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Reference ( gi|79042 )        : TTTT-TTTTTGCGT----ATC--ACA--AA--T-T-TT--G-CGAA--T-CT---G---CC-CC--A-AAAC-A-CTGC-T--A--T---TTTTT--A-TT-TA-CG---T---G-T--TCC-TTTG-TTT-----GCGATTCT-T-GG---T--AT----T---A--TC---------T---GA-GA---AAT------A--A-GA-T-A--T-GGAACG---C-----------A-C---TTG-GTG-TAAA--TTT-----T-AT----G-CGA-ATTC-A--A-T-TGTT-T-G-CG-AT-T----C--A---A-AAA-TAC-T-C--G-C---A--AATA--AA--GC-GA-AA--A-TTAGA--T-----------TA-----TCG---C---G---AAAA-AAAAC-CC-GTTACACGGTA
gi|79041                      : TTTT-TTTTTGCGT----ATC--ACA--AA--T-T-TT--G-CGAA--T-CT---G---CC-CC--A-AAAC-A-CTGC-T--A--T---TTTTT--A-TT-TG-CG---T---G-T--TCC-TTTG-TTT-----GCGATTCT-T-GG---T--ATTACGT---A--TC-------------GC-G------T------A--A-GA-T-A--T-GGAACA---C-----------T-C---TTG-GTG-TAAA--TTT-----T-AT----G-CGA-ATTC-A--A-T-TGTT-T-G-CG-AT-T----C--A---A-AAA-TAC-T-C--G-C---A--AATA--AA--GC-GA-AA--A-TTAGA--T-----------TA-----TCG---C---G---AAAA-AAAAC-CC-GTTATACGGTA
gi|79043                      : TTTT-TTTTTGCGT----ATC--ACA--AA--T-T-TT--G-CGAA--T-CT---G---CC-CC--A-AAAC-A-CTGT-T--A--T---TTTTT--A-TT-TG-CG---T---G-T--TCC-TTTG-TTT-----GCGATTCT-T-GG---T--AT----T---A--TC---------T---GA-GA---AA-------A--A-GA-T-A--T-GGAACA---C-----------A-G---TTG-GTG-TAAA--TTT-----T-AT----G-TGA-ATTC-A--G-T-TGTT-T-G-CG-AT-T----A--A---A-AAA-TAC-T-C--G-C---A--AATA--AA--GC-GA-AA--A-TTAGA--T-----------TA-----TCG---C---G---AAAA-AAAA---C-GTTATACGGTA
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Reference ( family-592 )      : TTTT-TTTTTGCGT----ATC--ACA--AA--T-T-TT--G-CGAA--T-CT---G---CC-CC--A-AAAC-A-CTGC-T--A--T---TTTTT--A-TT-T-GCG---T---G-T--TCC-TTTG-TTT-----GCGATTCT-T-GG---T--AT----T---A--TC---------T---G--A-GA---AAT------A-A---GA-T-------A---T-GG-A-AC--AC---AG-TTG-GTG-TAAA--TTT-----T-AT----G-CGA-ATTC-A--A-T-TGTT-TG-CG-AT-T----C--A---A-AAATAC-T-C--G-C---A--AATA--AA--GC-G-A-AA--A-TTAGA--T-----------TA-----TCG---C---G---AAAA-AAAAC-C-C-G--T-TAT-----ACGGTA
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Reference ( family-592 )      : TTTT-TTTTTGCGT----ATC--ACA--AA--T-T-TT--G-CGAA--T-CT---G---CC-CC--A-AAAC-A-CTGC-T--A--T---TTTTT--A-TT-T-GCG---T---G-T--TCC-TTTG-TTT-----GCGATTCT-T-GG---T--AT----T---A--TC---------T---G--A-GA---AAT------A-A---GA-T-------A---T-GG-A-AC--AC---AG-TTG-GTG-TAAA--TTT-----T-AT----G-CGA-ATTC-A--A-T-TGTT-TG-CG-AT-T----C--A---A-AAATAC-T-C--G-C---A--AATA--AA--GC-G-A-AA--A-TTAGA--T-----------TA-----TCG---C---G---AAAA-AAAAC-C-C-G--T-TAT-----ACGGTA
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gi|79043                      : TTTT-TTTTTGCGT----ATC--ACA--AA--T-T-TT--G-CGAA--T-CT---G---CC-CC--A-AAAC-A-CTGT-T--A--T---TTTTT--A-TT-T-GCG---T---G-T--TCC-TTTG-TTT-----GCGATTCT-T-GG---T--AT----T---A--TC---------T---G--A-GA---AA-------A-A---GA-T-------A---T-GG-A-AC--AC---AG-TTG-GTG-TAAA--TTT-----T-AT----G-TGA-ATTC-A--G-T-TGTT-TG-CG-AT-T----A--A---A-AAATAC-T-C--G-C---A--AATA--AA--GC-G-A-AA--A-TTAGA--T-----------TA-----TCG---C---G---AAAA-AAAA----C-G--T-TAT-----ACGGTA
gi|79044                      : TTTTATTTTTGCGT----ATC--ACA--AA--T-T-TT--G-CGAA--T-CT---G---CC-CC--A-AAAC-A-CTGC-T--A--T---TTTTTTAA-TT-T-GCG---T---G-T--TCC-TTTG-TTT-----GCGATTCT-T-GA---T--AT----TCGTA--TC-------------G--C-G------T------A-A---GA-T-------A---T-GG-A-AC--AC---AG-TTG-CTG-TAAT--TTT-----T-AT----G-CGA-ATTC-A--A-T-CGTT-TG-CG-AT-T----C--A---A-AAATAC-T-C--G-C---A--AATA--AA--GC-G-A-AA--A-TTAGA--T-----------TA-----TCG---C---G---AAAA-AAA---C-C-T--T-TAT-----ACGGT
gi|79045                      : TTTT-TTTTTGCGT----ATC--AC---AA--T-T-TT--G-CGAA--T-CT---G---CC-CCA-A-AAAC-A-CTGC-T--A--T---TTTTT--A-TT-T-GCG---T---G-T--T-C-TTTG-TTT-----GCGATTCT-T-AG---T--AT----T---A--TC---------T---G--A--A---AAT------A-A---GA-T-------A---T-G----AC--AC---AG-TTG-GTG-TAAA--TTT-----T-AT----G-CGA-ATTC-A--A-T-TG-T-TG-CG-AT-T----C------A-AAATAC-T-C--G-C---A--AATA--AA--GC-G-A-AA--A-TTA-A--T-----------TA-----TCG---C---G----AAA-AAAAC-C-A-G--T-TAT-----ACGGTA
gi|79046                      : TTTT-TTTTTGCGT----ATC--ACA--AA--T-T-TT--G-CGAA--T-CT---G----C-CC--A-AAACAA-CTGC----A--T---TTTTTA-A-TT-T-GCG---T---G-T--T-C-TTTG-TTT-----GCGATTCT-T-AG---T--AT----T---A--TC---------T---G--A--A---AAT------A-A---GA-T-------A---T--G-A-AC--AC---AG-TTG-GTG-TAAA--TTT-----T-AT----G-CGA-ATTC-A--A-T-TG-T-TG-CG-AT-T----C--A---A-AAATA--T-C--G-C---A--AATA--AA--GC-G-A-AA--A-TTAAA--T-----------TA-----TCG---C---G----AAA-AAAAC-C-A-G--T-TAT-----ACGGTA
gi|79047                      : TTTT-TTTTTGCGT----ATC--AC---AA--T-T-TT--G-CGAA--T-CT---G---CC-CCA-A-AAAC-A-CTGC-T--A--T---TTTTTA-A-TT-T-GCG---T---G-T--T-C-TTTG-TTT-----GCGATTCT-T-AG---T--AT----T---A--TC---------T---G--A-AA---AAT------A-A---GA-T-------A---T-G----AC--AC---AG-TT--GTG-TAAA--TTT-----T-AT----G-CGA-ATTC-A--A-T-TG-T-TG-CG-AT-T----C------A-AAATA--T-C--G-C---A--AATA--AA--GC-G-A-AA--A-TTA-A--T-----------TA-----TCG---C---G----AAA-AAAAC-C-A-G--T-TAT-----ACGGTA
gi|79048                      : TTTT-TTTTTGCGT----ATC--AAA--AA--TGT-TC--G-C-AA--T-CT---G---CC-CC--A-AAAC-A--TGC-T--A--T---TTTTT--A-TT-T-GCG---T---G-T--TCC-TT-G-TTT-----GCGATTCT-T--G---T--AT----T---A--TC---------T---G--A-AA---AAT------A-A---GA-T-------AT--T-GG-A-TA--AC---AG-TTT-GT--TAAA--TTT-----TAAT----G-CGA-ATTC-A--A-T-TGTT-TG-CG-AT-T----C------A-AAATAC-T-C--G-----A--AATA--AA--GC-G-AGAA--A-TTAGA--T-----------TA-----C-----C---G---AAAA-AAAA--C-C-G--T-TAT-----ACGG
gi|79049                      : TTTT-TTTTTGCGT----ATC--ACA--AA--T-T-TT--G-CGAA--T-CT---G---CC-CC--A-AAAC-A-TTGC-T--A--TGATTTTTT--A-TT-T-GCG---T---G-T--TCT-TTTG-TAT-----GCGAGTCT-T-TG---T--AT----T---A--TC---------T---G--A-GA---AAT------T-A---GA-T-------A---T-GG-T-AC--AC---AG-TTG-CTG-TATG--TTG-----T-AT----T-AGT-ATGC-A--A-T-TTTT-TT-CG-AT-T----C--A---T-AAATAC-T-C--G-C---A--AATT--AA--GC-G-A-AA--A-TTAGA--T-----------TA-----TCG---C---GA--AAAA-AAAAG-C-C-G--T-TAT-----ACGGTA
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gi|79051                      : TTTT-TTTTCGCGT----ATC--ACA--AA--A-T-TT--G-CGAA--T-CC---G---TC-CC--A-TAAC-A--TGC------------TTTT--A-TTCT-GC----T---G-T--TCC--TTG--TT-----GCGATTCT-T-GG---T--AT----C---A--TC---------T---GTTG-TA---TAT------T-A----A-T-------A---T-AC-ATAC--AT---A--TTG-GTG-TAA----TT-----T-AT----G-CGA-ATTC-A--A-T-TGTT-TG-CGCAC-T----CA-A---A-AAATAC-T-C--G-C---A--AATA--AA--GC-GAA-AA--A-TTAGA--T-----------TA-----TCG---C---GAA-AAAA-AAAAC-C-C-G--T-TAT-----ACG
gi|79052                      : TTTT-TTTTCGCGT----ATC--ACA--AA--A-T-TT--G-CGAA--T-CT---G---CC-CC--A-AAAC-A-CTGC-T--A------TATTT--A-TT-T-GCG---T-----T--TC---TTG-TTT-----GCGATTCT-T--G---T--AA----C---A--TC---------T---G--T-TG---TAT------A-T---TA-T-------A---T-T----AC--AT---TA-TTATGTG-TAAA---TT-----T-AT----G-CGA-ATTC-A------TG-T-TG-CG-AT-T----C------A-AAATAC-T-C--G-C---A--AATA--AA--GC-G-A-AA-----TA-A--T-----------TA-----TCG---C---G----AAA-AAAAC-C-C-G--T-T-T-----ACG
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gi|79054                      : TTTT-GTTCTGCGTTATCATC--ACA--AA--T-T-TT--G-CGAAATT-CT---GAC-CC-TC--A-CAAC-AACTTC-T--A--T---TTTTT--A-AT-TAGCG---TCTTG-T--TCC-TTTG-TGT-----GCGATTCT-T-TA---T--AT----C---A--TG---------T---G--ACGA---AAT------T-A---AA-TAATTGAAA---T-GA-A-AA--ACCA-AA----------AAA--TTT-----T-G-----G-CG--ATTC-ACTA-T-TG---TG-C--AT-TTTTGC--A---A-AAATAC-T-CATG-C---AAGAATG--AAGGGC-G-G-AA------AGA--TCACGCTTTTTATA-----TCGGCCT---G---AAAA-AAAA--C-C-G--TATATAGCCAACGGTA
gi|79055                      : TTTT-TTTTTGCGT----AT---------A--T-T-TTTGG-CGAA--AACT---AGATCC-CC--A-CAACCA-CTGCCT--A--T---TTTTT--A-TT-T-GCG---T---GTT--TCC-ATTG-TTT-----GCGATTCT----GCCTT--ATTCA-T---A--TCCCCGCCCGTT---G--A--A---AAG------A-A---TACT-------G---T-G-------------AG-TTGAGTG-TCTA--TCTCTTTAT-AT----GTCGA-ATTC-A--A-TGTGTTATGACG-AC-T----T--ATTCA-AAATAC-T-A--G-C------AACA-------C-T-A-GAT-A-TT-GA--T-----------TAGTCGGTTG---C---G---AAAA-AA--------G--T-TAT-----
gi|79056                      : TTTG-TTACTGCGT----ATC--ACA------T-CATT--G-CGAA--A-AT---C---CC-CC--A-AAAC-A-GTGT-T--GC-T---TCTTT--A-TT-T-GCA---T---A-C--TCC-TTTGTTTT-----GC-ATTC
gi|79057                      : TTTT-TTTTTGCGT----AAT--ACA--AA--T-T-TT--G-CGAA--T-CT---G---CC-CC--A-AAAC-A-CTG
gi|79058                      :  TTT-TTTCTGCGT----ATC--ACA--AA--T-T-TT--G-CGAA--T-CT---G---CC-CC--A-AA-C-A-CTGC-T--A--T---TTTTT--A-TT-T-GCG---T---G-T---CC-TTTG-TTTT----GCGATTCT-T-GG---T--AT----T---A--TT---------C---G--T-TATCGCGT------A-A---GA-T-------A---T-GA-A-AT--AC---AG-TTG-GTG--AAA--TTT-----T-AT----G-CGA-ATTC-A--A-T-TGTT-TG-CG-AT-T----C--A---A-AAATAC-T-C--G-C---A--AATA--AA--GC-G-A-AA--A-TTAGA--T-----------TA-----TCG---C---G----AAA-AAAAC-C------T-TAT-----ACGAT
gi|79059                      :  TTT-TTTTTGCGT----ATC--AAA--AA--T-G-TT--G-C-AA--T-CT---G---CC-CC--A-AAAC-A--TGC-T--A--T---TTTTT--A-TT-T-GCG---T---G-T--TCC-TT-G-TTT-----GCGATTCT-T-GG---T--AT----T---A--TC---------T---G--A-AA---AAT------A-A---GA-T-------A---T-GG-A-A---AC---AGTTTG-GTG-TAAA--TTT-----T--T----G-CGA-ATTC-A--A-T-TGTT-TG-CG-AT-T----C------A-AAATAC-T-C--G-T---A--AATA--AA--GC-G-G-AA--A-TTAGA--T-----------TA-----C-----C---G---AAAA-AA----C-C-G--T-TAT-----ACGGT
gi|79060                      :  TTT-TTTTTGCGT----ATC--AAA--AA--T-T-TT--G-CGAA--T-CT---G----C-CC--A-AAAC-A-CTGC-CTGA--T---TTTTT--ATTT-T-GCG---T---G-T--TCCTTTTG-TTT-----GCAATTCT-T-GG---T--AT----C------TC---------T---G--A-GG---AAT------A-A---GA-T-------A---TGGG-A-AT--AC---AG-TTG-GTG-TAAA--TTT-----T-AT----GCCGA-ATTC-A--A-T-TGTT-T--CG-AT-T----CA-A---A-AAATAC-TGC--G-C---C--AATATTAA--GC-G-A-AA--A-TTA-A--T-----------TA-----TCG---C---G---GAAA-AACA--C-C-G--T-TAT-----ACGGTA
gi|79061                      :  TTT-TATTTGCGT----ATC--ACA--AA--T-T-TT--G-CACA--A-AT---A---CC-TC--C-AAGC-A-GTGC-T--G------TTTTT--A-TT-T-GTG---T---
gi|79062                      :  TTT-TGTTCGCGT----ATC--GCA--AA--T-T-TT--G-CGAA--A-AT---A---CC-TC--C-AAAC-A-GTGT-T--G--T---TTTTT--A-TT-T-GCG---TA--G-T--CAC-TTTG-
gi|79063                      :   TT-TTTTTGCGT----ATC--ACA--AA--T-T-TT--G-CGAA--T-CT---G---CC-CC--A-AA-C-A-CTGC-T--A--T---TTTTT--A-TT-T-GCG---T-----T--TCC-TTTG-TTT-----GCGAT-CT-T-GG---T--AT----T---A--TC---------T---G--A-GA---AAT------------GA-T-------A---T-GG-A-AC--AC---AC-TTG-GTG-TAAA--TTT-----T-AT----G-CGA-ATTC-A--A-T-TGTT-TG-CG-AT-T----C--A---A-AAATAC-T-C--G-C---A--AATA--AA--GC-A-G-AA--A-TTAGA--T-----------TA-----TCG---C---G-----AA-AAAAC-C-CAG--T-TAT-----A-GGTA
gi|79064                      :    T-TTTTTTC-T----ATCGAATA--A-------TT--G-CGAA--C-TA---G---CCTCC--A-AAAC-A-CTGC-T--GATT---TTTTT--A-TT-T-GTGCAGT---G-T--TCC-TTAG-TTTATGAGGCAATCTT-TAGG---T--AT--------A--TC---------TCTAG--A-GA---AAT------A-AAATGA-T-------AATGC-GGTA-AT--ATCCAAG-TTG-GTGGTAAAATTTT-----C-ATATGCG-CGA-ATTC-A--A-T-TGTT-T--CGCAT-T----CAAA---A-AAATAC-TGC--G-CCATA--AATA--AA--GC---A-AA--A-TTTAA--T-----------TA-----TCG---C---G---GAAA-AAAACAC-C-G--T-TAT-----ACGGTA
gi|79065                      :    T-TTTTCGCGT----ATC--ACA--AAAAT-T-TG--GGCGAA--T-CTTTGG---CC-CCCAA-AAAC-A-CTGC-T--A--T---TTTT---A-TT---GCG---T---G-T--TCC-TT-G-TTT-----GCGATTCT-T-GG---T--AT----C---A--T
gi|79066                      :     -TTTTAGCGA----GAC--GCA--AA--T-T-TA--G-CG----T-TT---G---CT-CC--AGAAAA-A-GTGG-T--A--T---TTTAT--T-TT-A-GCG-------G-TAATTA-TTT--TTA-----GCGATTTTAT-AA---TCTAT----T---ACGTC-------------G--A-AA---AGCTCTGCCA-AT--GA-T-------A---T-GG-A-ATGAAT---AG-TTA-CAG-TA--------------------G-CGATATCT-A--A-T-T-TT-AG-CG-TT-C----T--C---A-AAGCCC-T-C--G-C---T--AATA--AT--GC-C-A-AA--A-TTAAA--T-----------CC-----TCG---C---T---AAAA-
gi|79067                      :                                                                                                                                                                                                    T------A-A---GA-T-------A---T-GA-T-AC--AC---AA-TTG-GTG-TACA--TTT-----T-AT----G-CAT-ATTT-A--A-T-TGTT-TG-TG-AT-T----C--A---A-AAATAC-T-C--A-C---A--TACA--AA--AC-G-A-AA--A-GTGGA--T-----------TA-----TTG---C-------AAAA-ATAAC-C-T-G--T-TAT-----ATGGTA
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gi|79069                      :                                                                                                                                                                                         tttgtattttgT------A-A---GA-T-------A---A-GG-T-AC--AC---A--------------------------AT----G-CGG-ATTT-A--A-T-TGTT-TG-CG-AT-T----C--A---A-AATCAC-C-A--G-C---A--AACA--AA--GC-G-A-AA--A-TTGGA--T-----------TA-----TCT---C---G----AGA-ATAAC-T-C-G--T-TAT-----ACAGTA
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gi|79071                      :                                                                                                                                                                                                                                                  -TTG-GAA-TGAA--TTT-----T-TA----G-CGATATTT-A--A-T-T-TT-AG-CG-ATCT----C--A---A-AGAC-C-T-C--G-C---T--AATA--AT--GC-C-A-AA--A-TTAAA--T-----------CC-----TCG---C---T---AAAA-TT--T-C-T-GC-T-TAT-----ACGGTA
gi|79072                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        --AA--GC-G-A-AA--A-TTAAA--T-----------TA-----TCG---C---G----AAA-AAAAC-C-A-G--T-TAT-----ACGGTA


blockSeqs                     :     A         TATC   GA   GG  AA G A  TG G    AT A  TTG GAT  T  CC G    A A    C TG TGAT       TA T  C A   CAG CTT T AA   T    T   ATGAG        A AG CCT CT  TACGT    CG  CCCGCCCGTT    TT TATCG    TCTGCC T AAT  C AATTGAA ATG G CAT   GA  CCA GT   T   G    AT   CTTTA A  ATGC T   T    A CT G G    A  C  C  C TTTG ATTC   T      T G AT T CAT AG    TT  GG  A A G  AT T     TT CACGCTTTTTA  GTCGG   GCC GGG CTCA   T    CA A A AA G   AGCCA
blockSeqs                     :     .         .      .    .   .  . .  .  .    .  .  .   AC   .  CA .    C .    . .  ATT        A  .  . .   C   A   . .    .    .   T            . G  .   .   TCGT     C   TCTA          .  CGA      .      . T    . .       T   . GTA   .   CA  C    A   .    .    .     .  .    C   T    . .  . .    .  A  C  . .    AAA    .      . G .  . .   C     .   .   . . .  T  .     .  G            .       .   .   AAA    .    C  . . C  A   .    
blockSeqs                     :     .         .      .    .   .  . .  .  .    .  .  .   .    .  A  .    . .    . .  CT         A  .  . .   .   .   . .    .    .   .            . G  .   .   TCAT     .   T             .  GA       .      . T    . .       .   . GA    .   .   C    .   .    .    .     .  .    .   .    . .  . .    .  .  .  . .    AA     .      . . .  . .   .     .   .   . . .  .  .     .  .            .       .   .   AA     .    C  . . .  .   .    
blockSeqs                     :     .         .      .    .   .  . .  .  .    .  .  .   .    .  A  .    . .    . .  T          .  .  . .   .   .   . .    .    .   .            . G  .   .   T        .   T             .  GA       .      . .    . .       .   . GA    .   .   G    .   .    .    .     .  .    .   .    . .  . .    .  .  .  . .    AA     .      . . .  . .   .     .   .   . . .  .  .     .  .            .       .   .   A      .    C  . . .  .   .    
blockSeqs                     :     .         .      .    .   .  . .  .  .    .  .  .   .    .  C  .    . .    . .  T          .  .  . .   .   .   . .    .    .   .            . G  .   .   T        .   T             .  AA       .      . .    . .       .   . GA    .   .   G    .   .    .    .     .  .    .   .    . .  . .    .  .  .  . .    A      .      . . .  . .   .     .   .   . . .  .  .     .  .            .       .   .   A      .    C  . . .  .   .    
blockSeqs                     :     .         .      .    .   .  . .  .  .    .  .  .   .    .  .  .    . .    . .  T          .  .  . .   .   .   . .    .    .   .            . A  .   .   T        .   T             .  AA       .      . .    . .       .   . GA    .   .   G    .   .    .    .     .  .    .   .    . .  . .    .  .  .  . .    A      .      . . .  . .   .     .   .   . . .  .  .     .  .            .       .   .   A      .    C  . . .  .   .    
blockSeqs                     :     .         .      .    .   .  . .  .  .    .  .  .   .    .  .  .    . .    . .  T          .  .  . .   .   .   . .    .    .   .            . A  .   .   T        .   T             .  GA       .      . .    . .       .   . GA    .   .   G    .   .    .    .     .  .    .   .    . .  . .    .  .  .  . .    A      .      . . .  . .   .     .   .   . . .  .  .     .  .            .       .   .   A      .    G  . . .  .   .    
blockSeqs                     :     .         .      .    .   .  . .  .  .    .  .  .   .    .  .  .    . .    . .  T          .  .  . .   .   .   . .    .    .   .            . A  .   .   T        .   T             .  GA       .      . .    . .       .   . GA    .   .   G    .   .    .    .     .  .    .   .    . .  . .    .  .  .  . .    A      .      . . .  . .   .     .   .   . . .  .  .     .  .            .       .   .   A      .    C  . . .  .   .    
blockSeqs                     :     .         .      .    .   .  . .  .  .    .  .  .   .    .  .  .    . .    . .  T          .  .  . .   .   .   . .    .    .   .            . T  .   .   T        .   T             .  TA       .      . .    . .       .   . GT    .   .   G    .   .    .    .     .  .    .   .    . .  . .    .  .  .  . .    A      .      . . .  . .   .     .   .   . . .  .  .     .  .            .       .   .   A      .    C  . . .  .   .    
blockSeqs                     :     .         .      .    .   .  . .  .  .    .  .  .   .    .  .  .    . .    . .  T          .  .  . .   .   .   . .    .    .   .            . G  .   .   T        .   T             .  TG       .      . .    . .       .   . GA    .   .   G    .   .    .    .     .  .    .   .    . .  . .    .  .  .  . .    A      .      . . .  . .   .     .   .   . . .  .  .     .  .            .       .   .   A      .    C  . . .  .   .    
blockSeqs                     :     .         .      .    .   .  . .  .  .    .  .  .   .    .  .  .    . .    . .  T          .  .  . .   .   .   . .    .    .   .            . G  .   .   T        .   T             .  GA       .      . .    . .       .   . GA    .   .   G    .   .    .    .     .  .    .   .    . .  . .    .  .  .  . .    A      .      . . .  . .   .     .   .   . . .  .  .     .  .            .       .   .   A      .    C  . . .  .   .    
blockSeqs                     :     .         .      .    .   .  . .  .  .    .  .  .   .    .  .  .    . .    . .  G          .  .  . .   .   .   . .    .    .   .            . A  .   .   C        .   T             .  AA       .      . .    . .       .   . AA    .   .   A    .   .    .    .     .  .    .   .    . .  . .    .  .  .  . .    A      .      . . .  . .   .     .   .   . . .  .  .     .  .            .       .   .   A      .    C  . . .  .   .    
blockSeqs                     :     .         .      .    .   .  . .  .  .    .  .  .   .    .  .  .    . .    . .  A          .  .  . .   .   .   . .    .    .   .            . T  .   .   C        .   T             .  GG       .      . .    . .       .   . AA    .   .   G    .   .    .    .     .  .    .   .    . .  . .    .  .  .  . .    A      .      . . .  . .   .     .   .   . . .  .  .     .  .            .       .   .   G      .    C  . . .  .   .    
blockSeqs                     :     .         .      .    .   .  . .  .  .    .  .  .   .    .  .  .    . .    . .  T          .  .  . .   .   .   . .    .    .   .            . G  .   .   T        .   T             .  GA       .      . .    . .       .   . GA    .   .   A    .   .    .    .     .  .    .   .    . .  . .    .  .  .  . .    A      .      . . .  . .   .     .   .   . . .  .  .     .  .            .       .   .   G      .    C  . . .  .   .    
blockSeqs                     :     .         .      .    .   .  . .  .  .    .  .  .   .    .  .  .    . .    . .  T          .  .  . .   .   .   . .    .    .   .            . G  .   .   C        .   C             .  GA       .      . .    . .       .   . GA    .   .   G    .   .    .    .     .  .    .   .    . .  . .    .  .  .  . .    A      .      . . .  . .   .     .   .   . . .  .  .     .  .            .       .   .   A      .    T  . . .  .   .    
blockSeqs                     :     .         .      .    .   .  . .  .  .    .  .  .   .    .  .  .    . .    . .  T          .  .  . .   .   .   . .    .    .   .            . G  .   .   T        .   T             .  AA       .      . .    . .       .   . GA    .   .   G    .   .    .    .     .  .    .   .    . .  . .    .  .  .  . .    C      .      . . .  . .   .     .   .   . . .  .  .     .  .            .       .   .   A      .    C  . . .  .   .    
blockSeqs                     :     .         .      .    .   .  . .  .  .    .  .  .   .    .  .  .    . .    . .  T          .  .  . .   .   .   . .    .    .   .            . G  .   .   T        .   T             .  G        .      . .    . .       .   . GA    .   .   G    .   .    .    .     .  .    .   .    . .  . .    .  .  .  . .    A      .      . . .  . .   .     .   .   . . .  .  .     .  .            .       .   .   A      .    .  . . .  .   .    
blockSeqs                     :     .         .      .    .   .  . .  .  .    .  .  .   .    .  .  .    . .    . .  T          .  .  . .   .   .   . .    .    .   .            . G  .   .   C        .   T             .  G        .      . .    . .       .   . AT    .   .   C    .   .    .    .     .  .    .   .    . .  . .    .  .  .  . .    A      .      . . .  . .   .     .   .   . . .  .  .     .  .            .       .   .   .      .    .  . . .  .   .    
blockSeqs                     :     .         .      .    .   .  . .  .  .    .  .  .   .    .  .  .    . .    . .  T          .  .  . .   .   .   . .    .    .   .            . A  .   .   T        .   .             .  A        .      . .    . .       .   . GT    .   .   G    .   .    .    .     .  .    .   .    . .  . .    .  .  .  . .    A      .      . . .  . .   .     .   .   . . .  .  .     .  .            .       .   .   .      .    .  . . .  .   .    
blockSeqs                     :     .         .      .    .   .  . .  .  .    .  .  .   .    .  .  .    . .    . .  T          .  .  . .   .   .   . .    .    .   .            . .  .   .   C        .   .             .  A        .      . .    . .       .   . GT    .   .   G    .   .    .    .     .  .    .   .    . .  . .    .  .  .  . .    A      .      . . .  . .   .     .   .   . . .  .  .     .  .            .       .   .   .      .    .  . . .  .   .    
blockSeqs                     :     .         .      .    .   .  . .  .  .    .  .  .   .    .  .  .    . .    . .  T          .  .  . .   .   .   . .    .    .   .            . .  .   .   T        .   .             .  A        .      . .    . .       .   . GT    .   .   A    .   .    .    .     .  .    .   .    . .  . .    .  .  .  . .    A      .      . . .  . .   .     .   .   . . .  .  .     .  .            .       .   .   .      .    .  . . .  .   .    
blockSeqs                     :     .         .      .    .   .  . .  .  .    .  .  .   .    .  .  .    . .    . .  T          .  .  . .   .   .   . .    .    .   .            . .  .   .   .        .                             .      . .    . .       .   . .     .   .   C    .   .    .    .     .  .    .   .    . .  . .    .  .  .  . .    .      .      . . .  . .   .     .   .   . . .  .  .     .  .            .       .   .   .      .    .  . . .  .   .    
blockSeqs                     :     .         .      .    .   .  . .  .  .    .  .  .   .    .  .  .    . .    . .  .          .  .  . .   .   .   . .    .    .   .                                                                .      . .    . .       .   . .     .   .   A    .   .    .    .     .  .    .   .    . .  . .    .  .  .  . .    .      .      . . .  . .   .     .   .   . . .  .  .     .  .            .       .   .   .      .    .  . . .  .   .    
blockSeqs                     :     .         .      .    .   .  . .  .  .    .  .  .   .    .  .  .    . .    . .  .          .  .  . .   .   .   . .    .    .                                                                    .      . .    . .       .   . .     .   .   .    .   .    .    .     .  .    .   .    . .  . .    .  .  .  . .    .      .      . . .  . .   .     .   .   . . .  .  .     .  .            .       .   .   .      .    .  . . .  .   .    
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originalCons                  : TTTT-TTTTTGCGT----ATC--ACA--AA--T-T-TT--G-CGAA--T-CT---G---CC-CC--A-AAAC-A-CTGC-T--A--T---TTTTT--A-TT-T-GCG---T---G-T--TCC-TTTG-TTT-----GCGATTCT-T-GG---T--AT----T---A--TC---------T---G--A-GA---AAT------A-A---GA-T-------A---T-GG-A-AC--AC---AG-TTG-GTG-TAAA--TTT-----T-AT----G-CGA-ATTC-A--A-T-TGTT-TG-CG-AT-T----C--A---A-AAATAC-T-C--G-C---A--AATA--AA--GC-G-A-AA--A-TTAGA--T-----------TA-----TCG---C---G---AAAA-AAAAC-C-C-G--T-TAT-----ACGGTA
finalCons                     : TTTT-TTTTTGCGT----ATC--ACA--AA--T-T-TT--G-CGAA--T-CT---G---CC-CC--A-AAAC-A-CTGC-T--A--T---TTTTT--A-TT-T-GCG---T---G-T--TCC-TTTG-TTT-----GCGATTCT-T-GG---T--ATT-------A--TCT------------G--AGA----AAT------A-A---GA-T-------A---T-GG-A-AC--AC---AG-TTG-GTG-TAAA--TTT-----T-AT----G-CGA-ATTC-A--A-T-TGTT-TG-CG-AT-T----C--A---A-AAATAC-T-C--G-C---A--AATA--AA--GC-G-A-AA--A-TTAGA--T-----------TA-----TCG---C---G---AAAA-AAAAC-C-C-G--T-TAT-----ACGGTA





Alignments
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lowQualScore                  :     1         3333   22   22  22 1 1  22 1    22 1  222 444  1  88 1    3 1    1 22 444444     55 1  1 1   444 444 1 22   1    1   55555        1 22 333 22  99999999 44  1111111111111 22 777777   444444 1 555  1 5555555 444 1 3333  22  444 11   3   1    22   33333 1  3333 3   3    1 22 1 1  0 1  3  3  1 3333 888888 1      1 3 22 1 222 33    22  22  1 1 1  33 1   1 22 88888888888  33333   222 222 3333   1    66 1 1 33 3   44444      
lowQualScore                  :     .         ....   ..   ..  .. . .  .. .    .. .  ... ...  .  .. .    . .    . .. ......     .. .  . .   ... ... . ..   .    .   .....        . .. ... ..  ........ ..  ............. .. ......   ...... . ...  . ....... ... . ....  ..  ... ..   .   .    ..   ..... .  .... .   .    . .. . .  . .  .  .  . .... ...... .      . . .. . ... ..    ..  ..  . . .  .. .   . .. ...........  .....   ... ... ....   .    .. . . .. .   .....      
lowQualScore                  :     5         1111   00   00  00 5 5  00 5    00 5  666 666  5  55 5    0 5    5 11 000000     22 5  5 5   222 222 6 22   6    6   88888        7 88 000 44  22222222 11  0000000000000 55 222222   444444 5 888  5 0000000 222 5 3333  11  888 66   0   5    00   77777 5  1111 0   0    5 00 5 5  6 5  0  0  5 1111 666666 5      5 1 11 5 777 77    00  00  5 5 5  55 5   0 00 55555555555  77777   777 777 6666   5    22 6 6 88 2   00000      
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Reference ( family-592 )      : TTTT-TTTTTGCGT----ATC--ACA--AA--T-T-TT--G-CGAA--T-CT---G---CC-CC--A-AAAC-A-CTGC-T--A--T---TTTTT--A-TT-T-GCG---T---G-T--TCC-TTTG-TTT-----GCGATTCT-T-GG---T--AT----T---A--TC---------T---G--A-GA---AAT------A-A---GA-T-------A---T-GG-A-AC--AC---AG-TTG-GTG-TAAA--TTT-----T-AT----G-CGA-ATTC-A--A-T-TGTT-TG-CG-AT-T----C--A---A-AAATAC-T-C--G-C---A--AATA--AA--GC-G-A-AA--A-TTAGA--T-----------TA-----TCG---C---G---AAAA-AAAAC-C-C-G--T-TAT-----ACGGTA
gi|79040                      : TTTT-TTTTTGCGT----ATC--ACA--AA--T-T-TT--G-CGAA--T-CT---G---CC-CC--A-AAAC-A-CTGC-T--A--T---TTTTT--A-TT-T-GCG---T---G-T--TCC-TTTG-TTT-----GCGATTCT-T-GG---T--AT----TCGTA--TC-------------G--C-G------T------A-A---GA-T-------A---T-GG-A-AC--AC---AG-TTG-GTG-TAAA--TTT-----T-AT----G-CGA-ATTC-A--A-T-TGTT-TG-CG-AT-T----C--A---A-AAATAC-T-C--G-C---A--AATA--AA--GC-G-A-AA--A-TTAGA--T-----------TA-----TCG---C---G---AAAA-AAAAC-C-C-G--T-TAT-----ACGATA
gi|79041                      : TTTT-TTTTTGCGT----ATC--ACA--AA--T-T-TT--G-CGAA--T-CT---G---CC-CC--A-AAAC-A-CTGC-T--A--T---TTTTT--A-TT-T-GCG---T---G-T--TCC-TTTG-TTT-----GCGATTCT-T-GG---T--ATTACGT---A--TC-------------G--C-G------T------A-A---GA-T-------A---T-GG-A-AC--AC---TC-TTG-GTG-TAAA--TTT-----T-AT----G-CGA-ATTC-A--A-T-TGTT-TG-CG-AT-T----C--A---A-AAATAC-T-C--G-C---A--AATA--AA--GC-G-A-AA--A-TTAGA--T-----------TA-----TCG---C---G---AAAA-AAAAC-C-C-G--T-TAT-----ACGGTA
gi|79042                      : TTTT-TTTTTGCGT----ATC--ACA--AA--T-T-TT--G-CGAA--T-CT---G---CC-CC--A-AAAC-A-CTGC-T--A--T---TTTTT--A-TT-T-ACG---T---G-T--TCC-TTTG-TTT-----GCGATTCT-T-GG---T--AT----T---A--TC---------T---G--A-GA---AAT------A-A---GA-T-------A---T-GG-A-AC--GC---AC-TTG-GTG-TAAA--TTT-----T-AT----G-CGA-ATTC-A--A-T-TGTT-TG-CG-AT-T----C--A---A-AAATAC-T-C--G-C---A--AATA--AA--GC-G-A-AA--A-TTAGA--T-----------TA-----TCG---C---G---AAAA-AAAAC-C-C-G--T-TAC-----ACGGTA
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gi|79049                      : TTTT-TTTTTGCGT----ATC--ACA--AA--T-T-TT--G-CGAA--T-CT---G---CC-CC--A-AAAC-A-TTGC-T--A--TGATTTTTT--A-TT-T-GCG---T---G-T--TCT-TTTG-TAT-----GCGAGTCT-T-TG---T--AT----T---A--TC---------T---G--A-GA---AAT------T-A---GA-T-------A---T-GG-T-AC--AC---AG-TTG-CTG-TATG--TTG-----T-AT----T-AGT-ATGC-A--A-T-TTTT-TT-CG-AT-T----C--A---T-AAATAC-T-C--G-C---A--AATT--AA--GC-G-A-AA--A-TTAGA--T-----------TA-----TCG---C---GA--AAAA-AAAAG-C-C-G--T-TAT-----ACGGTA
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gi|79052                      : TTTT-TTTTCGCGT----ATC--ACA--AA--A-T-TT--G-CGAA--T-CT---G---CC-CC--A-AAAC-A-CTGC-T--A------TATTT--A-TT-T-GCG---T-----T--TC---TTG-TTT-----GCGATTCT-T--G---T--AA----C---A--TC---------T---G--T-TG---TAT------A-T---TA-T-------A---T-T----AC--AT---TA-TTATGTG-TAAA---TT-----T-AT----G-CGA-ATTC-A------TG-T-TG-CG-AT-T----C------A-AAATAC-T-C--G-C---A--AATA--AA--GC-G-A-AA-----TA-A--T-----------TA-----TCG---C---G----AAA-AAAAC-C-C-G--T-T-T-----ACG
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gi|79056                      : TTTG-TTACTGCGT----ATC--ACA------T-CATT--G-CGAA--A-AT---C---CC-CC--A-AAAC-A-GTGT-T--GC-T---TCTTT--A-TT-T-GCA---T---A-C--TCC-TTTGTTTT-----GC-ATTC
gi|79057                      : TTTT-TTTTTGCGT----AAT--ACA--AA--T-T-TT--G-CGAA--T-CT---G---CC-CC--A-AAAC-A-CTG
gi|79058                      :  TTT-TTTCTGCGT----ATC--ACA--AA--T-T-TT--G-CGAA--T-CT---G---CC-CC--A-AA-C-A-CTGC-T--A--T---TTTTT--A-TT-T-GCG---T---G-T---CC-TTTG-TTTT----GCGATTCT-T-GG---T--AT----T---A--TT---------C---G--T-TATCGCGT------A-A---GA-T-------A---T-GA-A-AT--AC---AG-TTG-GTG--AAA--TTT-----T-AT----G-CGA-ATTC-A--A-T-TGTT-TG-CG-AT-T----C--A---A-AAATAC-T-C--G-C---A--AATA--AA--GC-G-A-AA--A-TTAGA--T-----------TA-----TCG---C---G----AAA-AAAAC-C------T-TAT-----ACGAT
gi|79059                      :  TTT-TTTTTGCGT----ATC--AAA--AA--T-G-TT--G-C-AA--T-CT---G---CC-CC--A-AAAC-A--TGC-T--A--T---TTTTT--A-TT-T-GCG---T---G-T--TCC-TT-G-TTT-----GCGATTCT-T-GG---T--AT----T---A--TC---------T---G--A-AA---AAT------A-A---GA-T-------A---T-GG-A-A---AC---AGTTTG-GTG-TAAA--TTT-----T--T----G-CGA-ATTC-A--A-T-TGTT-TG-CG-AT-T----C------A-AAATAC-T-C--G-T---A--AATA--AA--GC-G-G-AA--A-TTAGA--T-----------TA-----C-----C---G---AAAA-AA----C-C-G--T-TAT-----ACGGT
gi|79060                      :  TTT-TTTTTGCGT----ATC--AAA--AA--T-T-TT--G-CGAA--T-CT---G----C-CC--A-AAAC-A-CTGC-CTGA--T---TTTTT--ATTT-T-GCG---T---G-T--TCCTTTTG-TTT-----GCAATTCT-T-GG---T--AT----C------TC---------T---G--A-GG---AAT------A-A---GA-T-------A---TGGG-A-AT--AC---AG-TTG-GTG-TAAA--TTT-----T-AT----GCCGA-ATTC-A--A-T-TGTT-T--CG-AT-T----CA-A---A-AAATAC-TGC--G-C---C--AATATTAA--GC-G-A-AA--A-TTA-A--T-----------TA-----TCG---C---G---GAAA-AACA--C-C-G--T-TAT-----ACGGTA
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gi|79063                      :   TT-TTTTTGCGT----ATC--ACA--AA--T-T-TT--G-CGAA--T-CT---G---CC-CC--A-AA-C-A-CTGC-T--A--T---TTTTT--A-TT-T-GCG---T-----T--TCC-TTTG-TTT-----GCGAT-CT-T-GG---T--AT----T---A--TC---------T---G--A-GA---AAT------------GA-T-------A---T-GG-A-AC--AC---AC-TTG-GTG-TAAA--TTT-----T-AT----G-CGA-ATTC-A--A-T-TGTT-TG-CG-AT-T----C--A---A-AAATAC-T-C--G-C---A--AATA--AA--GC-A-G-AA--A-TTAGA--T-----------TA-----TCG---C---G-----AA-AAAAC-C-CAG--T-TAT-----A-GGTA
gi|79064                      :    T-TTTTTTC-T----ATCGAATA--A-------TT--G-CGAA--C-TA---G---CCTCC--A-AAAC-A-CTGC-T--GATT---TTTTT--A-TT-T-GTGCAGT---G-T--TCC-TTAG-TTTATGAGGCAATCTT-TAGG---T--AT--------A--TC---------TCTAG--A-GA---AAT------A-AAATGA-T-------AATGC-GGTA-AT--ATCCAAG-TTG-GTGGTAAAATTTT-----C-ATATGCG-CGA-ATTC-A--A-T-TGTT-T--CGCAT-T----CAAA---A-AAATAC-TGC--G-CCATA--AATA--AA--GC---A-AA--A-TTTAA--T-----------TA-----TCG---C---G---GAAA-AAAACAC-C-G--T-TAT-----ACGGTA
gi|79065                      :    T-TTTTCGCGT----ATC--ACA--AAAAT-T-TG--GGCGAA--T-CTTTGG---CC-CCCAA-AAAC-A-CTGC-T--A--T---TTTT---A-TT---GCG---T---G-T--TCC-TT-G-TTT-----GCGATTCT-T-GG---T--AT----C---A--T
gi|79066                      :     -TTTTAGCGA----GAC--GCA--AA--T-T-TA--G-CG----T-TT---G---CT-CC--AGAAAA-A-GTGG-T--A--T---TTTAT--T-TT-A-GCG-------G-TAATTA-TTT--TTA-----GCGATTTTAT-AA---TCTAT----T---ACGTC-------------G--A-AA---AGCTCTGCCA-AT--GA-T-------A---T-GG-A-ATGAAT---AG-TTA-CAG-TA--------------------G-CGATATCT-A--A-T-T-TT-AG-CG-TT-C----T--C---A-AAGCCC-T-C--G-C---T--AATA--AT--GC-C-A-AA--A-TTAAA--T-----------CC-----TCG---C---T---AAAA-
gi|79067                      :                                                                                                                                                                                                    T------A-A---GA-T-------A---T-GA-T-AC--AC---AA-TTG-GTG-TACA--TTT-----T-AT----G-CAT-ATTT-A--A-T-TGTT-TG-TG-AT-T----C--A---A-AAATAC-T-C--A-C---A--TACA--AA--AC-G-A-AA--A-GTGGA--T-----------TA-----TTG---C-------AAAA-ATAAC-C-T-G--T-TAT-----ATGGTA
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gi|79071                      :                                                                                                                                                                                                                                                  -TTG-GAA-TGAA--TTT-----T-TA----G-CGATATTT-A--A-T-T-TT-AG-CG-ATCT----C--A---A-AGAC-C-T-C--G-C---T--AATA--AT--GC-C-A-AA--A-TTAAA--T-----------CC-----TCG---C---T---AAAA-TT--T-C-T-GC-T-TAT-----ACGGTA
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