lowQualScore                  :                                      11   111111111                                                                                                                                                                                                                                            11111111111111111111111111                                                                                                            1                               
lowQualScore                  :       888  22 2 2 22   44    2 2     88   000000000   4 4 22  2   22  2 99999 2  1 22  22  22  2 2    2  22   4   2   333    1   555   1 44   3 1     444   555   1 1 1 1  66666666  44     777777 22   1  1 22 1  1 3 3 1  1  1   1 22 1  7777 1  22 1 999999999999  1 666666666 222 1  1 1 1 44444444444444444444444444  444 2 2 44 33 33 11   2 2 1 2   33 1 33   999  77    2 1 44444444 33 11  33 1 222   1  1 2 1  11 1 1  77  5   1 1   1 33  1 1 222         
lowQualScore                  :       ...  .. . . ..   ..    . .     ..   .........   . . ..  .   ..  . ..... .  . ..  ..  ..  . .    .  ..   .   .   ...    .   ...   . ..   . .     ...   ...   . . . .  ........  ..     ...... ..   .  . .. .  . . . .  .  .   . .. .  .... .  .. . ............  . ......... ... .  . . . ..........................  ... . . .. .. .. ..   . . . .   .. . ..   ...  ..    . . ........ .. ..  .. . ...   .  . . .  .. . .  ..  .   . .   . ..  . . ...         
lowQualScore                  :       222  88 0 0 88   66    0 0     66   000000000   0 0 88  0   88  0 66666 0  8 88  88  88  0 0    0  88   0   0   555    9   222   9 55   6 8     666   222   7 7 3 7  00000000  44     888888 22   6  6 22 6  6 2 2 5  5  5   5 00 5  0000 4  00 4 000000000000  3 333333333 333 3  3 3 3 66666666666666666666666666  888 5 5 22 00 00 77   6 6 3 6   11 3 11   888  44    7 3 88888888 22 88  77 3 333   3  3 7 3  88 3 3  88  9   3 3   4 33  4 4 444         
consensus                     : CAGCGG---GT--G-A-G--TTTT-GTGA-A-TTGCAT-CAA---------TTT-A-G--AT-GTC--CT-AA----T-TTTA--CA--GC--CT-T-CCCA-TC--AAA-GCA-CGA---TCCC-AAT---CCC-G--ATG-A-ATATT-G-AAA---TGT-G-AGA-AT--------AT--AAAAA--T---T--TAT-TT-C--T-TT-C-A-C-AC-CT-GCC-C--A-CC----A-AA--C-G------------TT-A-C-------G---A-AA-T-T-C-----------------------G--AA---C-T-T--G--A--T--CTG-T-A-G-TTT--G-A--CAC--TCT-GAAAC-T-A--------C--C--CT--G-C---AAG-TT-T-C-AA--A-T-GAN-TCCTCA-C-AAG-C--AT-A-A---AGAAAAAAA
Reference ( gi|87256 )        : CAGCGG---GT--G-A-G--TTTT-GTGA-A-TTGCAA-CAA---------TTT-A-G--AT-GTC--CT-AG----T-TTTA--CA--GC--CT-T-CCCA-TC--AAA-GCA-CGA---TCCC-AAT---CCC-G--ATG-A-ATATT-G-AAA---TGT-G-AGA-AT--------AT--AAAAA--T---T--TAT-TT-C--T-TT-C-A-C-AC-CT-GCC-C--A-CC----A-AA--C-G------------TT-A-T-------G---A-AA-T-T-C-----------------------G--AA---C-T-T--G--A--T--CTG-T-A-G-TTT--G-A--CAC--CCT-AAAAC-T-A--------C--C--CT--G-C---AAG-TT-T-C-AA--A-T-GAA-TCATCA-C-AAG-C--AT-A-A---AGAAAAAAA
gi|87258                      : CAGCTG---GT--G-A-G--TTTT-GTGA-A-TTGCAT-CAA---------TTT-A-G--AT-GCC--CT-AA----T-TTTA--TA--GC--CT-T-CCCA-TC--AAA-GCA-CTA---TCCC-AAT---CCC-G--ATG-A-ATATT-T-TA----TGT-A-AGA-AT--------AT--AAAAA--AAA-T--TCT-TT-C--T-TT-C-A-C-TC-CT-GCC-C--A-CC----A-AA--C-A------------TT-A-C-------G---A-AA-T-T-C-----------------------G--AA---C-T-T--G--A--T--CTG-T-A-G-TTT--G-A--CAC--TTT-GAAAC-T-A--------C--C--CT--G-C---AAG-TT-T-C-AA--A-T-GAA-TCCTTA-C-AAG-C--AC-A-A---AGAAAAAAA
gi|87259                      : CAGTGG---GT--G-A-A--TGTT-GTAA-A-TTGCAT-CAA---------TTT-A-G--AT-GTC--CT-AA----T-TT-A--CA--GC--CT-A-CCCA-TC--AAA-GCA-CGA---CCCC-AAG---CTC-G--ATG-A-ATATT-A-AAA---CGT-A-TGA-AT--------AT--AAAAA--T---T--TCT-TT-C--T-TT-C-A-C-AC-TT-GCA-C--A-CC----A-AA--C-G------------TT-A-C-------G---A-AA-T-T-C-----------------------G--AC---A-T-T--G--A--T--CTG-T-A-G-TTT--G-A--CAC--TCT-GAAAC-T-A--------C--C--CT--G-C---AAG-TT-T-C-AA--A-T-GAA-TCCTCG-C-AAG-C--AT-A-A---ATAAAA
gi|87260                      : CAGCGG---GT--G-A-G--TTTT-GTGA-A-TTGCAT-CAA---------TTT-A-G--AT-GTC--CT-AA----T-TTTA--CA--GC--CT-T-CCCA-TC--AAA-GCA-CGA---TCCC-AAT---CCC-G--ATG-A-ATATT-G-AAA---TGT-G-AGA-AT--------AT--AAAAA--T---T--TCT-CT-C--T-TT-C-A-C-AC-CT-GCC-C--A-CC----A-AA--C-G------------TT-A-T-------G---A-AA-T-T-C-----------------------G--AA---C-T-T--G--G--T--ATG-T-A-G-TTT--G-A--CAC--TCT-GAAA
gi|87261                      : CAGCGG---GT--G-G-G--TTTT-GTGA-A-TTGCAT-CAA---------TTT-A-G--AT-GCC--CT-AA----T-TTCA--TA--GC--CT-T-CTCA-TC--AAA-GCA-CGA---TACC-ACT---CCC-G--ATG-A-ATATT---AAA---TGA-A-AGA-AT--------AT--AAGAA--T---T--TCT-TT-C--T-TT-C-A-C-AC-CT-GCC-C--A-TC----A-AA--A-G------------TT-A-C-------G---A-AA-T-T-C-----------------------G--AA---C-T-T--G--A--T--CT------------------------CT-GAAAC-T-A--------C--C--CA--G-C---AAG-TT-T-C-AA--A-C-GAA-TCCTCA-C-AAG-C--AT-A-C---AGAAAAAAA
gi|87263                      : CAGCGG---GT--G-A-G--TTTT-GTGA-A-TTGCAT-CAA---------TT--A-G--AT-GTC--CT-AG----T-TTTA--CA--GC--CT-T-CC---TC--AAA-GCA-CGA---TCCC-AAT---CCC-A--ATG-A-ATAT--G-AAA---AGT-G-AAA-AT--------AC--AAAAA--T---T--TCT-TT-A--C-TT-C-A-C-AC--T-GCC-C--A-CTT---A-AA--C-A------------TT-A-TGAAATTCG---A-AA-T-N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG--AA---C-T-T--G--G--T--CTA-T-A-G-TTT--G-G--CAT--TCT-GAAAC-T-A--------C--C--CT--G-C---AAG-TT-T-C-AA--A-T-GAT-TCCTCA-C-AAG-C--AT-A-A---AGAAAAAAA
gi|87257                      : CAACGC---G---G-A-G--TTTC-GTGA-A-GGTCAT-CAA---------TTT-AAG--AT-TACGGCT-AA----T-TTTA--CA--GC--CT-T-CCCA-TC--AAA-GCA--GA---TCCC-AAT---CCCAG--ATG-T-ATATT-G-AAA---TGT-G-AAA-AT--------GT--AAAAAAAT---A--TAT-TT-C--T-TT-C-A-C-AC-CT-GCC-C--A-CC----A-AA--C-G------------TT-A-T-------G---A-AA-T-T-C-----------------------A--AA---CTT-T--G--A--T--CTGCT-A-GTTTT--G-AC-CAC--TCT-GAAA--T-A--------C--C--CT--G-C---AAG-TT-TCC-AA--A-T-GAT-TCCTCA-C-AAG-C--AT-A-A---AGAAAAA
gi|87265                      : CAGCGG---GC--G-A-G--TTT--GTGA-A-TTGGTG-CAA---------TTT-A-G--AG-GTC--CT-AC----T-TTTA--CAGCGC--CT-T-CCCA-TC--AAA-GCA-CGA---TCCC-AAT----------GTG-A---------------------AGA-AT--------GT--AAAAA--A---T--TAT-TT-C--T-TT-C-A-C-AC-CT-GCC-C--ACCC----A-AA--CGG------------TT-A-TG------G---A-AA-T-T-C-----------------------A--AAC--C-T-T--G--A--T--CTG-T-A-G--TT--G-A--CACTTCTT-GAAAC-T-A--------C--C--CT--G-C---AAT-GT-T-C-AA--A-T-ATT-TCCTCA-CGAAGCC--AT-A-A---AGAAAAAAA
gi|87264                      : CAGCGGTTCGT--GCA-G--TTTT-GTGA-A-TTGCAT-CAA---------TTT-A-G--A--GTC--CT-AA----T-TTTA--CA--AG--CT-T-CCC---C--AAA-GCA-CGA---TCCC-AAT---CCC-A--TT----ATATT-G-TA----TGT-G-AAA-AT--------A----AAAA--TG--T--TCT-TT-C--T-TT-CCA-C-AC-CT-GCC-C--A-CC----A-AA--C-GTTTTTATTTATATT-A-T-------G---A-AA-T-T-C-----------------------A--AA---C-T-T--G--A--T--C-G-T-A-G-TGT--G-A--CAC--TCT--GAAC-T-A--------C--C------G-A---AAG-TA-T---AA--A-T-GAT-TCCTCA-C-AAG-CATAT-A-A---AGAAAAAAA
gi|87266                      : CAGCGG---GT--G-A-G--TTTT-CTGATA-TTGCAT-CAAA--------TTT-A-G--AT--TC--CT-AA----T-TTTA--CA--GC--CT-TCCCCA-TC--AAA-A---------------------CC-G--ATG-A-ATATT-G-AAA---TGT-G-AGA-AT--------ATGAAAAAA--------------T-C--T-TT-C-AGC-A--CT-GCCTC--A-AC----C-AA--C-G------------TTAA-T-------G---A-AA-T-T-C-----------------------GATAA---C-T-T--GA-A--T--ATG-T-A-G-TTT--G-A--CAC--TCT--GAAC-T-A--------C--C--AT--G-C---AAG-TT-T-CAAA--A-T-GGATTCCTCA-C-AAT-A--AT-A-A---AGAAAAAAA
gi|87262                      : CAGCGGAC-GT--G-G-G--TTTT-GTGA-A-TTGCCT-CAA---------TTTTA-GCCAT-GCC--CTTAA----T-TTCA--TA--GC--CT-T-CTCAATC--AAAAGCA-CGAACATACC-ACTTTGCCC-G--ATG-A-ATATT---AAA---TGAAG-AGA-AT--------AT--AAGAA--G---T--AAT-TC-T--TCTT-C-A-C-AC-CT-GCC-C--A-TC----A-AA--A-AGT----------TT-A-C-------G---A-AAAT-T-C-----------------------G--AA---C-T-TT-G--A--T--CT------------------------CT-GAAAC---A--------C--CGTCG--G-CCCAAGG-TTGT-C-AA--A-C-CA--TC-TCA-C-AAG-C--AT-A-C---AGAGAAAAA
gi|87267                      :  AGCGG---GT--G-A-G--TTTT-GTGA-A-TTGCAT-CAA---------TTT-A-G--AT-GTC--CT-AA----T-TTTA--CA--GC--CT-T-CC-A-TC--AAA-GCA-TGA---TCCC-AAT---CC-----GTGTA-ATATT-G-AAA---TGT-G-AGA-AT--------AT--AAAAA--T---T--TAT-TT----T-TT-C-A-C-AC-CT-GCT-C--A-CC----A-AA--C-G------------TT-A-T-------G---A-AA-T-T-C-----------------------G--AA---C-T-T--G--A--T--CTG-T-A-G-TTT--G-A--CAC--TCT-GAAAC-T-A--------C--C--CT--G-C---AAG--T-T-C-AA--A-T-GAT-TCCTCA-C-AAG-C--AT-A-A---AGAAAAAA
gi|87268                      :  AGCAA---GC--G-A-G--TTTC-GTGA-A-TTGCAT-CAA---------TTT-A-G--AT-GTC--CT-AA----T-TTTA--CA--GC--CT-T-CCCA-TC--AAA-GCA-CGA---TCCC-AAT----CC-G--ATG-T-ATATT-G-AAA---TGT-G-AAA-AT--------GTAAAAAAA--T---A--TAT-TT-C--T-TT-C-A-C-AC-CT-GCC-C--A-CC----A-AA--C-G------------TT-A-T-------G---A-AA-T-T-C-----------------------A--AA---CTT-T--G--A--T--CTG-T-A-G-TTT--G-A--CAC--TCT-GAAAC-T-A--------C--C--CT--G-C---AAG-TT-T-C-AA--A-T-GAT-TCCTCA-C-AAG-C--ATAA-A---AGAAAAAAA
gi|87269                      :  AGCAG---GT--G-A-A--TTT--GTAA-A-TTGCAT-CAA---------TT--A-G--AT-GCC--TT-AA----T-TTTA--TA--GC--CT-T-CCCA-TC--GAT-GCA-CGA---TCCC-AAT---CCC-A--ATG-A-ATATA-A-AAA---TGT-A-AGA-AT--------AT--AAAAA--T---T--TAT-TT-C--T-TC-C-A-C-AC-CT-GCC-C--A-TT----A-AA--C-G------------TT-A-C-------G---A-AA-T-T-C-----------------------G--AA---C-T-T--G--A--T--CTG-T-A-G-TTT--G-A--CAC--TCT-GAGAC-T-A--------C--C--CT--G-C---AAG-TT-T-T-AA--A-T-GAA-TCCTCA-C-AAG-C--AT-A-A---AGAAAAAA
gi|87270                      :  AGCGT---TT--A-A-G--TTTC-ATTA-A-CTGCCT-CAA---------TTC-A-G--AT-ATC--CT-AGCTACT-TTCA--CA--GC--CT-T------TC--TGA-GT--------TCAC-AAT---C----------A-ATATA-A-AAA---TGT-GTAAA-ATATATATTAAT--AAAAA--T---C--CAT-TT-C--T-TT-A-A-C-AT-CT-ATC-T--A--T----A-AA-----------------TT-A-T-------G--------T-T-C-----------------------G--AA---C-T-T-----ATTT--CTG-T-A-G-TTC--T-A--CA---------------A--------T--C-------------AG-TT-T-C-AA--A-T-GAA-TCCTTG-C-TAG-C--AA-A-A---TGGAAAAAA
gi|87271                      :   GCGGT--GTTGG-A-GCTTTTT-GAGA-A-TTGCAT-CAAATTTAAGGGTTT-A-G--GT--CC--CT-AA----TATTTA--CA--GCTCCT-C-TCCA-TCTCAAATGCA-TGA---TCCCGAAT---CCC-GG-ATGTG-ATAT--G-AAAAT-TGT-G-AGATAT--------AT--AAAAA--T---TATTATCTT-CATT-TT-C-A-C-AC-CT-GCC-CTAG-CCTCA-A-AG--T-G------------TT-A-T-------GGATA-AA-T-T-C-----------------------G--AATATC-TAT--GGAA--TGGCTT-T-ACG-TTT--G-A--CAC--TCT-GAAATGTGA--------C--C--CCTAG-C---ACC-TT-T-C-AA--ATT-GAATTCCTCA-C-AAG-CT-AT-A-ACCCAGAAAAAAA
gi|87272                      :   GCGA---CC--G-A-G--TTTT-GTCG-A-CTGCTT-TTA---------TTT-A-T--TT-GTC--CT-TC----T-TTTA--AA--GC--TT-T-TTCA-TC--G------------------GAT---CCT-G--ATT-A-GTA-T-A-AAA---GGT-A-GCA-GT--------AT--GAAAA--T---T--AAT-TT-C--T-TT-C-A-C-AT-CT-TTC-C--A-TG----A-AA--A-G------------GT-A---------A---A-GA-TAA-C-----------------------A--AA---C-TGT--G--A--T--C
gi|87273                      :     GG---GT--G-A-G--TTTTTGTGA-AGTTGCAATCAA---------TTT-A-G--ATTGTC---T-AA----T-TT-A--CA------CT-T-CCCA-TC--AAA-GCA-CGA---TCCC-A-----TCA-GAAATG-T-ATATT-G-AAA---TGC-G-AAA-AT--------AT--AAAAA---------TAT-TT-C--T-TT-CTA-C-ACACT-G-C-C--A-CC----AGAA--C-G------------TT-A-T-------G---A-AA-T-TCC-----------------------A--AA---C-T-TGAG--A--T--CTG-TAA-G-TTT--GAA--CAC--TCT-GAAACAT-A--------CTTC--CT--G-C---AAGTTT-T-C-AA--A-T-GAT-TCCTCA-C-AAG-C--AT-A-A---AGAAAAAAA
gi|87274                      :     GG---GC--G-A-G--TTTTTGTGA-A-TTGCCGTCAA---------TTTTACG--AG-GTC--CT-AA----T-TT-AGGCA--GC--CTGT-CCCA-TC--AAA-GCAACGA---TCCC-AATG--CCC-G--ATG-GTATATT-GTAAA---TGT-G-A---AT--------GT--AAAAA--A---T--TAT-TT-C--T-TT-C-A-CCAT-CT-GCC-C--A-CC----A-AA--C-G------------TT-T-T-------G---A-AA-T-T-CA----------------------A--AA---C-T-T--G-----T--CTG-TAA-G-TTT--G-A--TACT-CCT-GAAAC-T-A-----------C--CT--G-C---AAG-TA-T-C--A--A-T-GAT-T--TCA-C-AAG-C--AT---A---AGAAAAAA
gi|87275                      :      G---GT--G-A-A--TGT--GTAA-A-TTGCAT-CAA---------TTT-A-G--AT--TC--CT-AA----T-T--A--CA--GC--CT-A-CCCA-TC--AAA-GCA-CGA----CCC-AAG---CTC-G--AGG-A-ATATT-T-AAAACGTAT-G-A-A-AT--------AT--AAAAA--T---T--TCT-TT-C--T-TT-C-A-C-AC-TT-GCA-C--A-CC----A-AA--C-G-------------T-A-C-------A---A-A----T-C-----------------------G--AC---A-T-T--G--A--T--CTGTT-A-G--TT--G-AACCAC--TCT-GAAAC-G-A--------C--C--CTTGG-C---AAG-TT-T-C-AA--A-TGGAA-TCCTCG-C-AAG-C--AT-A-A---TAAAA
gi|87276                      :       ---GT--G-AAG--TTTT-GTGA-A-TTGCAT-CAA---------TTT---G--AT-GTC--CT-AA----T-TTTA--CA--GT--CT-T-CCCA-TC--AAA-GCA-CGA---TCCC-AAT---CCC-G--ATG-A-ATATT-G-AAA---TGT-G-AGA-AT--------AT--AAAAA--T---T--TAT-TT-C--T-TT-A-A-C-AC-CT-GGC-C--A-CC----A-AA--C-G------------CT-A-T-------G---A-AA-T-T-T-----------------------A--AA---C-T-T--G--A--T--ATG-T-A-G-TTT--G-C--CAC--CCT-AAAAC-T-A--------C--C--CT--G-C---AAG-TT-T-C-AG--A-T-GAA-TCCTCA-C-AAG-T--AT-A-A---AGAAAAAAA
gi|87277                      :                                                                                                                             C-AAT---CCC-G--ATA-T-ATATA-A-AAA---CGT-A-ACA-CT--------AT--TAAAA--T---T--AAT-TTGC--T-TT-C-A-C-------GTC-C--A-TC----G-AA--T-G------------TG-A-C-------A---A-AA-T-T-G-----------------------G--AA---C-T-T--G--A--T--CTG-T-A-A-TTT--G-C--CAC--TGT-GGAAC-T-A--------C--A--TT--GCC---AAG-TT-TAC-AA------CAA-TCCTCG-T-AAG-C--AT-A-A---AGAAAAAA
gi|87278                      :                                                                                                                                             TG-A-ATATTTG-AAA---TGT-G-AGA-AT--------AT--AAAA---T---T--TAT-TT-C--T-CT-A-A-C-AC-CT-GCC-C--A-CC----A-AA--T-G------------TT-A-T-------G---A-AA-T-T-C-----------------------G--AA---C-T-T--G--A--A--TCG-T-A---TTT--G-A--CAC--TCT-GAAAT-T-A--------C--C--AT--A-T---AAG-TT-T-C-AA--A-T-GAA-TC-TCA-C-AAG-C--AT-A-A---AGAAAAAA
gi|87279                      :                                                                                                                                                      T-G-AAA---TGT-G-AGA-AT--------AT--AAAAA--T---T--TAT-CT-C--T-TT-T-A-C-AC-CT-GCC-C--A-CC----A-AA--C-G------------TT-A-T-------G---A-AA-T-T-C-----------------------G--AA---C-T-T--G--A--T--CTG-T-A-G-TTT--G-A--CAC--TCT-GAAAC-T-A--------C--C--CT--G-C---AGG-TT-T-C-AA--A-T-GAT-TCCTCA-C-AAG-C--AT-A-A---AGAAAAAAA
gi|87280                      :                                                                                                                                                             ---TAT-G-ATA-AT--------AT--ATATA--TATAT--TAT-TC-T--T-TT-C-A-C-AC-CTTGCA-C--A-CCCCACA-TA--C-G------------TT-A----------------A-T-T-C-----------------------G--AAA--C-T-TC-G--A--T--CTG-T-A-G-TTAA-G-A--CAC--TCT-AGAAC-T-AAGCCTTGCCG-C--CT--G-C---GAG-TT-T-C-AAGAA-T-GAAATCCTCA-C-AAG-C--AT-A-A---AGGAAAGAA
gi|87281                      :                                                                                                                                                                                     T--AAAGT--T---T--TAT-TT-C--T-TTTC-AGC-AC--T-GCC-C--A-CC----A-AAAAC-G------------TT-A-T-------G---ACGA-T-C-C-----------------------CT-AA---C-T-T--G--A--T--CTG-T-A-G-TTT--G-A--CG----CT-G--------------------------G-C---AAG-TT-C----A--A-T-GAT-TCCTCA-C-AAG-C--AT-ATA---AGAAAAAA
gi|87282                      :                                                                                                                                                                                                                          -AC-CT-GCC-C--A-TC----A-AA--C-G------------TA-A-C-------G---A-AA-G-T-C-----------------------A--AA---C-T-T--G--A--T--CTG-T-A-G-TTT--G-A--CAC--TTT-AAAAC-T-A--------C--T--CT--G-C---AA--TT-G-T-AA--A--------------------C--AT-A-A---AGAAAA
gi|87283                      :                                                                                                                                                                                                                                   C-C--A-TC----A-AA--C-G------------TA-A-C-------G---A-AA-G-T-C-----------------------A--AA---C-T-T--G--AT-T--CTG-T-A-GTTTT--G-C--CAC--TTTAAAAAC-T-A--------------CT--G-C---TGG------C-AA--T-T-GTA----------AAA-C--AT-A-A---AGAAAA
gi|87284                      :                                                                                                                                                                                                                                            ----A-AA--C-G------------TT-A-T-------G---A-AA-T-T-C-----------------------A--AA---C-T-T--G--A--T--CTG-T-A-A-CTT--G-A--CAT--TCT-GAAAC-T-A--------C--C--CT--G-C---AAG-TT-T-C-AA--A-T-GAT-TCCTCA-C-AAG-C--AT-A-A---AGAAAAAAA
gi|87285                      :                                                                                                                                                                                                                                                       -G------------TT-AAT-------G---A-GC-T-T-G-----------------------A--AA---T-G-T--G--A--T--CTG-G-A-A-TTT--G-C--CAT--TCT-GAAAC-T-A--------C--A--CT--G-C---AAG-TT-T-C-AA--A-T-GAA-TTCTTG-C-AAG-C--AT-G-A---
gi|87286                      :                                                                                                                                                                                                                                                                       -A-C-------G---A-AA-T-T-C-----------------------A--AA---C-T-T--G--G--A--TTG-T-A-A-CTTAAG-G--CAA------AGAAA-T-A--------A--C--C-----C---AAG-TT-T-C-AA--A-T-GAA-T-ATCCTC-AAG-A--AC-A-A---AGAAAA
gi|87287                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ---C-T-T--G--A--T--CTG-T-A-G-ATT--G-A--CAC--TCT-GAAAC-T-A--------C--A--CT--G-T---AAG-TT-T-C-AA--A-T-GAT-TCCTCA-C-AA
gi|87288                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                -T-T--G--A--T--CTG-T-A-G-TTT--G-T--CAC--TCT-GAAAC-T-A--------C--C--AC--G-C---AAG-TT-T-C-AA--A-T-GAA-TCCTCG-C-AAG-C---T-T-A---AGAAAACAA

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                            11111111111111111111111111                                                                                                                                            
lowQualScore                  :       777  22 1 1 22   44    1 1    1 1    999999999   3 3 22  1   22  1  4444 1  22     55  1 1    1  22   3   1   333    1   555   1 44   3 1     444   555   1 1 0 1  55555555  66      666 22   1  1 22 1  1 3 3 1  1  1   1 22 1  6666 1  11 1 999999999999  1 888888888 222 1  1 1 1 44444444444444444444444444  444 2 2 22 22 22 11   2 2 1 2   1 1 33    33  1     2 1 44444444 33 11  33 1 222   1  1 2 1  11  44  5555       1   1 33  1 1 222         
lowQualScore                  :       ...  .. . . ..   ..    . .    . .    .........   . . ..  .   ..  .  .... .  ..     ..  . .    .  ..   .   .   ...    .   ...   . ..   . .     ...   ...   . . . .  ........  ..      ... ..   .  . .. .  . . . .  .  .   . .. .  .... .  .. . ............  . ......... ... .  . . . ..........................  ... . . .. .. .. ..   . . . .   . . ..    ..  .     . . ........ .. ..  .. . ...   .  . . .  ..  ..  ....       .   . ..  . . ...         
lowQualScore                  :       999  66 9 9 66   00    9 9    9 9    555555555   8 8 66  9   66  9  0000 9  00     22  9 9    9  66   8   9   333    8   000   8 33   5 7     000   000   6 6 8 6  88888888  33      333 11   5  5 11 5  5 1 1 5  5  5   4 00 4  7777 4  99 4 000000000000  3 111111111 333 3  3 3 3 11111111111111111111111111  888 5 4 99 99 99 77   5 5 2 5   2 2 00    00  2     6 3 77777777 11 88  55 3 333   3  3 6 3  88  44  0000       3   3 22  3 3 333         
consensus                     : CAGCGG---GT--G-A-G--TTTT-GTGA-A-TTGC-A-TCAA---------TTT-A-G--AT-GTC--CT-AA----T-TT-TACAGC--CT-T-CCCA-TC--AAA-GCA-CGA---TCCC-AAT---CCC-G--ATG-A-ATATT-G-AAA---TGT-G-AGA-AT--------AT--AAAAAT---T--TAT-TT-C--T-TT-C-A-C-AC-CT-GCC-C--A-CC----A-AA--C-G------------TT-A-------C-G---A-AA-T-T-C-----------------------G--AA---C-T-T--G--A--T--CTG-T-A-G-TTT-G-A--CACT--CT-GAAAC-T-A--------C--C--CT--G-C---AAG-TT-T-C-AA--AT--GA--N-TCCTCAC-AAG-C--AT-A-A---AGAAAAAAA
Reference ( family-590 )      : CAGCGG---GT--G-A-G--TTTT-GTGA-A-TTGC-A-TCAA---------TTT-A-G--AT-GTC--CT-AA----T-TT-TACAGC--CT-T-CCCA-TC--AAA-GCA-CGA---TCCC-AAT---CCC-G--ATG-A-ATATT-G-AAA---TGT-G-AGA-AT--------AT--AAAAAT---T--TAT-TT-C--T-TT-C-A-C-AC-CT-GCC-C--A-CC----A-AA--C-G------------TT-A-------C-G---A-AA-T-T-C-----------------------G--AA---C-T-T--G--A--T--CTG-T-A-G-TTT-G-A--CACT--CT-GAAAC-T-A--------C--C--CT--G-C---AAG-TT-T-C-AA--AT--GA--N-TCCTCAC-AAG-C--AT-A-A---AGAAAAAAA
gi|87256                      : CAGCGG---GT--G-A-G--TTTT-GTGA-A-TTGC-A-ACAA---------TTT-A-G--AT-GTC--CT-AG----T-TT-TACAGC--CT-T-CCCA-TC--AAA-GCA-CGA---TCCC-AAT---CCC-G--ATG-A-ATATT-G-AAA---TGT-G-AGA-AT--------AT--AAAAAT---T--TAT-TT-C--T-TT-C-A-C-AC-CT-GCC-C--A-CC----A-AA--C-G------------TT-A-------T-G---A-AA-T-T-C-----------------------G--AA---C-T-T--G--A--T--CTG-T-A-G-TTT-G-A--CACC--CT-AAAAC-T-A--------C--C--CT--G-C---AAG-TT-T-C-AA--AT--GA--A-TCATCAC-AAG-C--AT-A-A---AGAAAAAAA
gi|87257                      : CAACGC---G---G-A-G--TTTC-GTGA-A-GGTC-A-TCAA---------TTT-AAG--AT-TACGGCT-AA----T-TT-TACAGC--CT-T-CCCA-TC--AAA-GCA--GA---TCCC-AAT---CCCAG--ATG-T-ATATT-G-AAA---TGT-G-AAA-AT--------GTAAAAAAAT---A--TAT-TT-C--T-TT-C-A-C-AC-CT-GCC-C--A-CC----A-AA--C-G------------TT-A-------T-G---A-AA-T-T-C-----------------------A--AA---CTT-T--G--A--T--CTGCT-A-GTTTT-G-AC-CACT--CT-GAAA--T-A--------C--C--CT--G-C---AAG-TT-TCC-AA--AT--GA--T-TCCTCAC-AAG-C--AT-A-A---AGAAAAA
gi|87258                      : CAGCTG---GT--G-A-G--TTTT-GTGA-A-TTGC-A-TCAA---------TTT-A-G--AT-GCC--CT-AA----T-TT-TATAGC--CT-T-CCCA-TC--AAA-GCA-CTA---TCCC-AAT---CCC-G--ATG-A-ATATT-T-TA----TGT-A-AGA-AT--------AT--AAAAAAAA-T--TCT-TT-C--T-TT-C-A-C-TC-CT-GCC-C--A-CC----A-AA--C-A------------TT-A-------C-G---A-AA-T-T-C-----------------------G--AA---C-T-T--G--A--T--CTG-T-A-G-TTT-G-A--CACT--TT-GAAAC-T-A--------C--C--CT--G-C---AAG-TT-T-C-AA--AT--GA--A-TCCTTAC-AAG-C--AC-A-A---AGAAAAAAA
gi|87259                      : CAGTGG---GT--G-A-A--TGTT-GTAA-A-TTGC-A-TCAA---------TTT-A-G--AT-GTC--CT-AA----T-TT--ACAGC--CT-A-CCCA-TC--AAA-GCA-CGA---CCCC-AAG---CTC-G--ATG-A-ATATT-A-AAA---CGT-A-TGA-AT--------AT--AAAAAT---T--TCT-TT-C--T-TT-C-A-C-AC-TT-GCA-C--A-CC----A-AA--C-G------------TT-A-------C-G---A-AA-T-T-C-----------------------G--AC---A-T-T--G--A--T--CTG-T-A-G-TTT-G-A--CACT--CT-GAAAC-T-A--------C--C--CT--G-C---AAG-TT-T-C-AA--AT--GA--A-TCCTCGC-AAG-C--AT-A-A---ATAAAA
gi|87260                      : CAGCGG---GT--G-A-G--TTTT-GTGA-A-TTGC-A-TCAA---------TTT-A-G--AT-GTC--CT-AA----T-TT-TACAGC--CT-T-CCCA-TC--AAA-GCA-CGA---TCCC-AAT---CCC-G--ATG-A-ATATT-G-AAA---TGT-G-AGA-AT--------AT--AAAAAT---T--TCT-CT-C--T-TT-C-A-C-AC-CT-GCC-C--A-CC----A-AA--C-G------------TT-A-------T-G---A-AA-T-T-C-----------------------G--AA---C-T-T--G--G--T--ATG-T-A-G-TTT-G-A--CACT--CT-GAAA
gi|87261                      : CAGCGG---GT--G-G-G--TTTT-GTGA-A-TTGC-A-TCAA---------TTT-A-G--AT-GCC--CT-AA----T-TT-CATAGC--CT-T-CTCA-TC--AAA-GCA-CGA---TACC-ACT---CCC-G--ATG-A-ATATT---AAA---TGA-A-AGA-AT--------AT--AAGAAT---T--TCT-TT-C--T-TT-C-A-C-AC-CT-GCC-C--A-TC----A-AA--A-G------------TT-A-------C-G---A-AA-T-T-C-----------------------G--AA---C-T-T--G--A--T-----------------------CT--CT-GAAAC-T-A--------C--C--CA--G-C---AAG-TT-T-C-AA--AC--GA--A-TCCTCAC-AAG-C--AT-A-C---AGAAAAAAA
gi|87262                      : CAGCGGAC-GT--G-G-G--TTTT-GTGA-A-TTGC-C-TCAA---------TTTTA-GCCAT-GCC--CTTAA----T-TT-CATAGC--CT-T-CTCAATC--AAAAGCA-CGAACATACC-ACTTTGCCC-G--ATG-A-ATATT---AAA---TGAAG-AGA-AT--------AT--AAGAAG---T--AAT-TC-T--TCTT-C-A-C-AC-CT-GCC-C--A-TC----A-AA--A-AGT----------TT-A-------C-G---A-AAAT-T-C-----------------------G--AA---C-T-T-----------------------T-G-A--T-CT--CT-GAAAC---A--------C--CGTCG--G-CCCAAGG-TTGT-C-AA--AC--CA--T---CTCAC-AAG-C--AT-A-C---AGAGAAAAA
gi|87263                      : CAGCGG---GT--G-A-G--TTTT-GTGA-A-TTGC-A-TCAA---------TT--A-G--AT-GTC--CT-AG----T-TT-TACAGC--CT-T-CC---TC--AAA-GCA-CGA---TCCC-AAT---CCC-A--ATG-A-ATAT--G-AAA---AGT-G-AAA-AT--------AC--AAAAAT---T--TCT-TT-A--C-TT-C-A-C-AC--T-GCC-C--A-CTT---A-AA--C-A------------TT-ATGAAATTC-G---A-AA-T-N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG--AA---C-T-T--G--G--T--CTA-T-A-G-TTT-G-G--CATT--CT-GAAAC-T-A--------C--C--CT--G-C---AAG-TT-T-C-AA--AT--GA--T-TCCTCAC-AAG-C--AT-A-A---AGAAAAAAA
gi|87264                      : CAGCGGTTCGT--GCA-G--TTTT-GTGA-A-TTGC-A-TCAA---------TTT-A-G--A--GTC--CT-AA----T-TT-TACAAG--CT-T-CCC---C--AAA-GCA-CGA---TCCC-AAT---CCC-A--TT----ATATT-G-TA----TGT-G-AAA-AT--------A----AAAATG--T--TCT-TT-C--T-TT-CCA-C-AC-CT-GCC-C--A-CC----A-AA--C-GTTTTTATTTATATT-A-------T-G---A-AA-T-T-C-----------------------A--AA---C-T-T--G--A--T--C-G-T-A-G-TGT-G-A--CACT--CT-G-AAC-T-A--------C--C------G-A---AAG-TA-T---AA--AT--GA--T-TCCTCAC-AAG-CATAT-A-A---AGAAAAAAA
gi|87265                      : CAGCGG---GC--G-A-G--TTT--GTGA-A-TTGG-T-GCAA---------TTT-A-G--AG-GTC--CT-AC----T-TT-TACAGCGCCT-T-CCCA-TC--AAA-GCA-CGA---TCCC-AAT----------GTG-A---------------------AGA-AT--------GT--AAAAAA---T--TAT-TT-C--T-TT-C-A-C-AC-CT-GCC-C--ACCC----A-AA--CGG------------TT-A-------TGG---A-AA-T-T-C-----------------------A--AAC--C-T-T--G--A--T--CTG-T-A-G--TT-G-A--CACTTCTT-GAAAC-T-A--------C--C--CT--G-C---AAT-GT-T-C-AA--AT--AT--T-TCCTCACGAAGCC--AT-A-A---AGAAAAAAA
gi|87266                      : CAGCGG---GT--G-A-G--TTTT-CTGATA-TTGC-A-TCAAA--------TTT-A-G--AT--TC--CT-AA----T-TT-TACAGC--CT-TCCCCA-TC--AAA-A---------------------CC-G--ATG-A-ATATT-G-AAA---TGT-G-AGA-AT--------ATGAAAAAA------------T-C--T-TT-C-AGC-A--CT-GCCTC--A-AC----C-AA--C-G------------TTAA-------T-G---A-AA-T-T-C-----------------------GATAA---C-T-T--GA-A--T--ATG-T-A-G-TTT-G-A--CACT--CT-G-AAC-T-A--------C--C--AT--G-C---AAG-TT-T-CAAA--ATG-GA--T-TCCTCAC-AAT-A--AT-A-A---AGAAAAAAA
gi|87267                      :  AGCGG---GT--G-A-G--TTTT-GTGA-A-TTGC-A-TCAA---------TTT-A-G--AT-GTC--CT-AA----T-TT-TACAGC--CT-T-CC-A-TC--AAA-GCA-TGA---TCCC-AAT---CC-----GTGTA-ATATT-G-AAA---TGT-G-AGA-AT--------AT--AAAAAT---T--TAT-TT----T-TT-C-A-C-AC-CT-GCT-C--A-CC----A-AA--C-G------------TT-A-------T-G---A-AA-T-T-C-----------------------G--AA---C-T-T--G--A--T--CTG-T-A-G-TTT-G-A--CACT--CT-GAAAC-T-A--------C--C--CT--G-C---AAG--T-T-C-AA--AT--GA--T-TCCTCAC-AAG-C--AT-A-A---AGAAAAAA
gi|87268                      :  AGCAA---GC--G-A-G--TTTC-GTGA-A-TTGC-A-TCAA---------TTT-A-G--AT-GTC--CT-AA----T-TT-TACAGC--CT-T-CCCA-TC--AAA-GCA-CGA---TCCC-AAT----CC-G--ATG-T-ATATT-G-AAA---TGT-G-AAA-AT--------GTAAAAAAAT---A--TAT-TT-C--T-TT-C-A-C-AC-CT-GCC-C--A-CC----A-AA--C-G------------TT-A-------T-G---A-AA-T-T-C-----------------------A--AA---CTT-T--G--A--T--CTG-T-A-G-TTT-G-A--CACT--CT-GAAAC-T-A--------C--C--CT--G-C---AAG-TT-T-C-AA--AT--GA--T-TCCTCAC-AAG-C--ATAA-A---AGAAAAAAA
gi|87269                      :  AGCAG---GT--G-A-A--TTT--GTAA-A-TTGC-A-TCAA---------TT--A-G--AT-GCC--TT-AA----T-TT-TATAGC--CT-T-CCCA-TC--GAT-GCA-CGA---TCCC-AAT---CCC-A--ATG-A-ATATA-A-AAA---TGT-A-AGA-AT--------AT--AAAAAT---T--TAT-TT-C--T-TC-C-A-C-AC-CT-GCC-C--A-TT----A-AA--C-G------------TT-A-------C-G---A-AA-T-T-C-----------------------G--AA---C-T-T--G--A--T--CTG-T-A-G-TTT-G-A--CACT--CT-GAGAC-T-A--------C--C--CT--G-C---AAG-TT-T-T-AA--AT--GA--A-TCCTCAC-AAG-C--AT-A-A---AGAAAAAA
gi|87270                      :  AGCGT---TT--A-A-G--TTTC-ATTA-A-CTGC-C-TCAA---------TTC-A-G--AT-ATC--CT-AGCTACT-TT-CACAGC--CT-T------TC--TGA-GT--------TCAC-AAT---C----------A-ATATA-A-AAA---TGT-GTAAA-ATATATATTAAT--AAAAAT---C--CAT-TT-C--T-TT-A-A-C-AT-CT-ATC-T--A--T----A-AA-----------------TT-A-------T-G--------T-T-C-----------------------G--AA---C-T-T-----ATTT--CTG-T-A-G-TTC-T-A--CAAT--C------------------------------------AG-TT-T-C-AA--AT--GA--A-TCCTTGC-TAG-C--AA-A-A---TGGAAAAAA
gi|87271                      :   GCGGT--GTTGG-A-GCTTTTT-GAGA-A-TTGC-A-TCAAATTTAAGGGTTT-A-G--GT--CC--CT-AA----TATT-TACAGCTCCT-C-TCCA-TCTCAAATGCA-TGA---TCCCGAAT---CCC-GG-ATGTG-ATAT--G-AAAAT-TGT-G-AGATAT--------AT--AAAAAT---TATTATCTT-CATT-TT-C-A-C-AC-CT-GCC-CTAG-CCTCA-A-AG--T-G------------TT-A-------T-GGATA-AA-T-T-C-----------------------G--AATATC-TAT--GGAA--TGGCTT-T-ACG-TTT-G-A--CACT--CT-GAAATGTGA--------C--C--CCTAG-C---ACC-TT-T-C-AA--ATTGAA--T-TCCTCAC-AAG-CT-AT-A-ACCCAGAAAAAAA
gi|87272                      :   GCGA---CC--G-A-G--TTTT-GTCG-A-CTGC-T-TTTA---------TTT-A-T--TT-GTC--CT-TC----T-TT-TAAAGC--TT-T-TTCA-TC--G------------------GAT---CCT-G--ATT-A-GTA-T-A-AAA---GGT-A-GCA-GT--------AT--GAAAAT---T--AAT-TT-C--T-TT-C-A-C-AT-CT-TTC-C--A-TG----A-AA--A-G------------GT-A---------A---A-GA-TAA-C-----------------------A--AA---C-TGT--G--A--T--C
gi|87273                      :     GG---GT--G-A-G--TTTTTGTGA-AGTTGC-AATCAA---------TTT-A-G--ATTGTC---T-AA----T-TT--ACA----CT-T-CCCA-TC--AAA-GCA-CGA---TCCC-A-----TCA-GAAATG-T-ATATT-G-AAA---TGC-G-AAA-AT--------AT--AAAAA-------TAT-TT-C--T-TT-CTA-C-ACACT-G-C-C--A-CC----AGAA--C-G------------TT-A-------T-G---A-AA-T-TCC-----------------------A--AA---C-T-TGAG--A--T--CTG-TAA-G-TTT-GAA--CACT--CT-GAAACAT-A--------CTTC--CT--G-C---AAGTTT-T-C-AA--AT--GA--T-TCCTCAC-AAG-C--AT-A-A---AGAAAAAAA
gi|87274                      :     GG---GC--G-A-G--TTTTTGTGA-A-TTGCCG-TCAA---------TTTTACG--AG-GTC--CT-AA----T-TTAGGCAGC--CTGT-CCCA-TC--AAA-GCAACGA---TCCC-AATG--CCC-G--ATG-GTATATT-GTAAA---TGT-G-A---AT--------GT--AAAAAA---T--TAT-TT-C--T-TT-C-A-CCAT-CT-GCC-C--A-CC----A-AA--C-G------------TT-T-------T-G---A-AA-T-T-CA----------------------A--AA---C-T-T--G-----T--CTG-TAA-G-TTT-G-A--TACTC-CT-GAAAC-T-A-----------C--CT--G-C---AAG-TA-T-C--A--AT--GA--T-T--TCAC-AAG-C--AT---A---AGAAAAAA
gi|87275                      :      G---GT--G-A-A--TGT--GTAA-A-TTGC-A-TCAA---------TTT-A-G--AT--TC--CT-AA----T-T---ACAGC--CT-A-CCCA-TC--AAA-GCA-CGA----CCC-AAG---CTC-G--AGG-A-ATATT-T-AAAACGTAT-G-A-A-AT--------AT--AAAAAT---T--TCT-TT-C--T-TT-C-A-C-AC-TT-GCA-C--A-CC----A-AA--C-G-------------T-A-------C-A---A-A----T-C-----------------------G--AC---A-T-T--G--A--T--CTGTT-A-G--TT-G-AACCACT--CT-GAAAC-G-A--------C--C--CTTGG-C---AAG-TT-T-C-AA--ATG-GA--A-TCCTCGC-AAG-C--AT-A-A---TAAAA
gi|87276                      :       ---GT--G-AAG--TTTT-GTGA-A-TTGC-A-TCAA---------TTT---G--AT-GTC--CT-AA----T-TT-TACAGT--CT-T-CCCA-TC--AAA-GCA-CGA---TCCC-AAT---CCC-G--ATG-A-ATATT-G-AAA---TGT-G-AGA-AT--------AT--AAAAAT---T--TAT-TT-C--T-TT-A-A-C-AC-CT-GGC-C--A-CC----A-AA--C-G------------CT-A-------T-G---A-AA-T-T-T-----------------------A--AA---C-T-T--G--A--T--ATG-T-A-G-TTT-G-C--CACC--CT-AAAAC-T-A--------C--C--CT--G-C---AAG-TT-T-C-AG--AT--GA--A-TCCTCAC-AAG-T--AT-A-A---AGAAAAAAA
gi|87277                      :                                                                                                                           C-AAT---CCC-G--ATA-T-ATATA-A-AAA---CGT-A-ACA-CT--------AT--TAAAAT---T--AAT-TTGC--T-TT-C-A-C-------GTC-C--A-TC----G-AA--T-G------------TG-A-------C-A---A-AA-T-T-G-----------------------G--AA---C-T-T--G--A--T--CTG-T-A-A-TTT-G-C--CACT--GT-GGAAC-T-A--------C--A--TT--GCC---AAG-TT-TAC-AA------CA--A-TCCTCGT-AAG-C--AT-A-A---AGAAAAAA
gi|87278                      :                                                                                                                                           TG-A-ATATTTG-AAA---TGT-G-AGA-AT--------AT--AAAA-T---T--TAT-TT-C--T-CT-A-A-C-AC-CT-GCC-C--A-CC----A-AA--T-G------------TT-A-------T-G---A-AA-T-T-C-----------------------G--AA---C-T-T--G--A--A--TCG-T-A---TTT-G-A--CACT--CT-GAAAT-T-A--------C--C--AT--A-T---AAG-TT-T-C-AA--AT--GA--A-T-CTCAC-AAG-C--AT-A-A---AGAAAAAA
gi|87279                      :                                                                                                                                                    T-G-AAA---TGT-G-AGA-AT--------AT--AAAAAT---T--TAT-CT-C--T-TT-T-A-C-AC-CT-GCC-C--A-CC----A-AA--C-G------------TT-A-------T-G---A-AA-T-T-C-----------------------G--AA---C-T-T--G--A--T--CTG-T-A-G-TTT-G-A--CACT--CT-GAAAC-T-A--------C--C--CT--G-C---AGG-TT-T-C-AA--AT--GA--T-TCCTCAC-AAG-C--AT-A-A---AGAAAAAAA
gi|87280                      :                                                                                                                                                           ---TAT-G-ATA-AT--------AT--ATATATATAT--TAT-TC-T--T-TT-C-A-C-AC-CTTGCA-C--A-CCCCACA-TA--C-G------------TT-A----------------A-T-T-C-----------------------G--AAA--C-T-TC-G--A--T--CTG-T-A-G-TTAAG-A--CACT--CT-AGAAC-T-AAGCCTTGCCG-C--CT--G-C---GAG-TT-T-C-AAGAAT--GA--AATCCTCAC-AAG-C--AT-A-A---AGGAAAGAA
gi|87281                      :                                                                                                                                                                                   T--AAAGTT---T--TAT-TT-C--T-TTTC-AGC-AC--T-GCC-C--A-CC----A-AAAAC-G------------TT-A-------T-G---ACGA-T-C-C-----------------------CT-AA---C-T-T--G--A--T--CTG-T-A-G-TTT-G-A--CGCT-----G--------------------------G-C---AAG-TT-C----A--AT--GA--T-TCCTCAC-AAG-C--AT-ATA---AGAAAAAA
gi|87282                      :                                                                                                                                                                                                                      -AC-CT-GCC-C--A-TC----A-AA--C-G------------TA-A-------C-G---A-AA-G-T-C-----------------------A--AA---C-T-T--G--A--T--CTG-T-A-G-TTT-G-A--CACT--TT-AAAAC-T-A--------C--T--CT--G-C---AA--TT-G-T-AA--A---------------------C--AT-A-A---AGAAAA
gi|87283                      :                                                                                                                                                                                                                               C-C--A-TC----A-AA--C-G------------TA-A-------C-G---A-AA-G-T-C-----------------------A--AA---C-T-T--G--AT-T--CTG-T-A-GTTTT-G-C--CACT--TTAAAAAC-T-A--------------CT--G-C---TGG------C-AA--TT--G---------TA--AAA-C--AT-A-A---AGAAAA
gi|87284                      :                                                                                                                                                                                                                                        ----A-AA--C-G------------TT-A-------T-G---A-AA-T-T-C-----------------------A--AA---C-T-T--G--A--T--CTG-T-A-A-CTT-G-A--CATT--CT-GAAAC-T-A--------C--C--CT--G-C---AAG-TT-T-C-AA--AT--GA--T-TCCTCAC-AAG-C--AT-A-A---AGAAAAAAA
gi|87285                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              -T--G--A--T--CTG-G-A-A-TTT-G-C--CATT--CT-GAAAC-T-A--------C--A--CT--G-C---AAG-TT-T-C-AA--AT--GA--A-TTCTTGC-AAG-C--AT-G-A---
gi|87286                      :                                                                                                                                                                                                                                                 gttaatgagcttgaaatg-A-------C-G---A-AA-T-T-C-----------------------A--AA---C-T-T--G--G--A--TTG-T-A-A-CTT-A-A--GGCA--AA-GAAAT-A-A--------C--C--C---------AAG-TT-T-C-AA--AT--GAATA-TCCT--C-AAG-A--AC-A-A---AGAAAA
gi|87287                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ---C-T-T--G--A--T--CTG-T-A-G-ATT-G-A--CACT--CT-GAAAC-T-A--------C--A--CT--G-T---AAG-TT-T-C-AA--AT--GA--T-TCCTCAC-AA
gi|87288                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            -T-T--G--A--T--CTG-T-A-G-TTT-G-T--CACT--CT-GAAAC-T-A--------C--C--AC--G-C---AAG-TT-T-C-AA--AT--GA--A-TCCTCGC-AAG-C---T-T-A---AGAAAACAA

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                            11111111111111111111111111                                                                                                                                            
lowQualScore                  :       777  22 1 1 22   44    1 1    1 1    999999999   3 3 22  1   22  1  4444 1  22     55  1 1    1  22   3   1   333    1   555   1 44   3 1     444   555   1 1 0 1  55555555  66      666 22   1  1 22 1  1 3 3 1  1  1   1 22 1  6666 1  11 1 999999999999  1 888888888 222 1  1 1 1 44444444444444444444444444  444 2 2 22 22 22 11   2 2 1 2   1 1 33    33  1     2 1 44444444 33 11  33 1 222   1  1 2 1  11  44  5555       1   1 33  1 1 222         
lowQualScore                  :       ...  .. . . ..   ..    . .    . .    .........   . . ..  .   ..  .  .... .  ..     ..  . .    .  ..   .   .   ...    .   ...   . ..   . .     ...   ...   . . . .  ........  ..      ... ..   .  . .. .  . . . .  .  .   . .. .  .... .  .. . ............  . ......... ... .  . . . ..........................  ... . . .. .. .. ..   . . . .   . . ..    ..  .     . . ........ .. ..  .. . ...   .  . . .  ..  ..  ....       .   . ..  . . ...         
lowQualScore                  :       999  66 9 9 66   00    9 9    9 9    555555555   8 8 66  9   66  9  0000 9  00     22  9 9    9  66   8   9   333    8   000   8 33   5 7     000   000   6 6 8 6  88888888  33      333 11   5  5 11 5  5 1 1 5  5  5   4 00 4  7777 4  99 4 000000000000  3 111111111 333 3  3 3 3 11111111111111111111111111  888 5 4 99 99 99 77   5 5 2 5   2 2 00    00  2     6 3 77777777 11 88  55 3 333   3  3 6 3  88  44  0000       3   3 22  3 3 333         
consensus                     : CAGCGG---GT--G-A-G--TTTT-GTGA-A-TTGC-A-TCAA---------TTT-A-G--AT-GTC--CT-AA----T-TT-TACAGC--CT-T-CCCA-TC--AAA-GCA-CGA---TCCC-AAT---CCC-G--ATG-A-ATATT-G-AAA---TGT-G-AGA-AT--------AT--AAAAAT---T--TAT-TT-C--T-TT-C-A-C-AC-CT-GCC-C--A-CC----A-AA--C-G------------TT-A-------C-G---A-AA-T-T-C-----------------------G--AA---C-T-T--G--A--T--CTG-T-A-G-TTT-G-A--CACT--CT-GAAAC-T-A--------C--C--CT--G-C---AAG-TT-T-C-AA--AT--GA--N-TCCTCAC-AAG-C--AT-A-A---AGAAAAAAA
Reference ( family-590 )      : CAGCGG---GT--G-A-G--TTTT-GTGA-A-TTGC-A-TCAA---------TTT-A-G--AT-GTC--CT-AA----T-TT-TACAGC--CT-T-CCCA-TC--AAA-GCA-CGA---TCCC-AAT---CCC-G--ATG-A-ATATT-G-AAA---TGT-G-AGA-AT--------AT--AAAAAT---T--TAT-TT-C--T-TT-C-A-C-AC-CT-GCC-C--A-CC----A-AA--C-G------------TT-A-------C-G---A-AA-T-T-C-----------------------G--AA---C-T-T--G--A--T--CTG-T-A-G-TTT-G-A--CACT--CT-GAAAC-T-A--------C--C--CT--G-C---AAG-TT-T-C-AA--AT--GA--N-TCCTCAC-AAG-C--AT-A-A---AGAAAAAAA
gi|87256                      : CAGCGG---GT--G-A-G--TTTT-GTGA-A-TTGC-A-ACAA---------TTT-A-G--AT-GTC--CT-AG----T-TT-TACAGC--CT-T-CCCA-TC--AAA-GCA-CGA---TCCC-AAT---CCC-G--ATG-A-ATATT-G-AAA---TGT-G-AGA-AT--------AT--AAAAAT---T--TAT-TT-C--T-TT-C-A-C-AC-CT-GCC-C--A-CC----A-AA--C-G------------TT-A-------T-G---A-AA-T-T-C-----------------------G--AA---C-T-T--G--A--T--CTG-T-A-G-TTT-G-A--CACC--CT-AAAAC-T-A--------C--C--CT--G-C---AAG-TT-T-C-AA--AT--GA--A-TCATCAC-AAG-C--AT-A-A---AGAAAAAAA
gi|87257                      : CAACGC---G---G-A-G--TTTC-GTGA-A-GGTC-A-TCAA---------TTT-AAG--AT-TACGGCT-AA----T-TT-TACAGC--CT-T-CCCA-TC--AAA-GCA--GA---TCCC-AAT---CCCAG--ATG-T-ATATT-G-AAA---TGT-G-AAA-AT--------GTAAAAAAAT---A--TAT-TT-C--T-TT-C-A-C-AC-CT-GCC-C--A-CC----A-AA--C-G------------TT-A-------T-G---A-AA-T-T-C-----------------------A--AA---CTT-T--G--A--T--CTGCT-A-GTTTT-G-AC-CACT--CT-GAAA--T-A--------C--C--CT--G-C---AAG-TT-TCC-AA--AT--GA--T-TCCTCAC-AAG-C--AT-A-A---AGAAAAA
gi|87258                      : CAGCTG---GT--G-A-G--TTTT-GTGA-A-TTGC-A-TCAA---------TTT-A-G--AT-GCC--CT-AA----T-TT-TATAGC--CT-T-CCCA-TC--AAA-GCA-CTA---TCCC-AAT---CCC-G--ATG-A-ATATT-T-TA----TGT-A-AGA-AT--------AT--AAAAAAAA-T--TCT-TT-C--T-TT-C-A-C-TC-CT-GCC-C--A-CC----A-AA--C-A------------TT-A-------C-G---A-AA-T-T-C-----------------------G--AA---C-T-T--G--A--T--CTG-T-A-G-TTT-G-A--CACT--TT-GAAAC-T-A--------C--C--CT--G-C---AAG-TT-T-C-AA--AT--GA--A-TCCTTAC-AAG-C--AC-A-A---AGAAAAAAA
gi|87259                      : CAGTGG---GT--G-A-A--TGTT-GTAA-A-TTGC-A-TCAA---------TTT-A-G--AT-GTC--CT-AA----T-TT--ACAGC--CT-A-CCCA-TC--AAA-GCA-CGA---CCCC-AAG---CTC-G--ATG-A-ATATT-A-AAA---CGT-A-TGA-AT--------AT--AAAAAT---T--TCT-TT-C--T-TT-C-A-C-AC-TT-GCA-C--A-CC----A-AA--C-G------------TT-A-------C-G---A-AA-T-T-C-----------------------G--AC---A-T-T--G--A--T--CTG-T-A-G-TTT-G-A--CACT--CT-GAAAC-T-A--------C--C--CT--G-C---AAG-TT-T-C-AA--AT--GA--A-TCCTCGC-AAG-C--AT-A-A---ATAAAA
gi|87260                      : CAGCGG---GT--G-A-G--TTTT-GTGA-A-TTGC-A-TCAA---------TTT-A-G--AT-GTC--CT-AA----T-TT-TACAGC--CT-T-CCCA-TC--AAA-GCA-CGA---TCCC-AAT---CCC-G--ATG-A-ATATT-G-AAA---TGT-G-AGA-AT--------AT--AAAAAT---T--TCT-CT-C--T-TT-C-A-C-AC-CT-GCC-C--A-CC----A-AA--C-G------------TT-A-------T-G---A-AA-T-T-C-----------------------G--AA---C-T-T--G--G--T--ATG-T-A-G-TTT-G-A--CACT--CT-GAAA
gi|87261                      : CAGCGG---GT--G-G-G--TTTT-GTGA-A-TTGC-A-TCAA---------TTT-A-G--AT-GCC--CT-AA----T-TT-CATAGC--CT-T-CTCA-TC--AAA-GCA-CGA---TACC-ACT---CCC-G--ATG-A-ATATT---AAA---TGA-A-AGA-AT--------AT--AAGAAT---T--TCT-TT-C--T-TT-C-A-C-AC-CT-GCC-C--A-TC----A-AA--A-G------------TT-A-------C-G---A-AA-T-T-C-----------------------G--AA---C-T-T--G--A--T-----------------------CT--CT-GAAAC-T-A--------C--C--CA--G-C---AAG-TT-T-C-AA--AC--GA--A-TCCTCAC-AAG-C--AT-A-C---AGAAAAAAA
gi|87262                      : CAGCGGAC-GT--G-G-G--TTTT-GTGA-A-TTGC-C-TCAA---------TTTTA-GCCAT-GCC--CTTAA----T-TT-CATAGC--CT-T-CTCAATC--AAAAGCA-CGAACATACC-ACTTTGCCC-G--ATG-A-ATATT---AAA---TGAAG-AGA-AT--------AT--AAGAAG---T--AAT-TC-T--TCTT-C-A-C-AC-CT-GCC-C--A-TC----A-AA--A-AGT----------TT-A-------C-G---A-AAAT-T-C-----------------------G--AA---C-T-T-----------------------T-G-A--T-CT--CT-GAAAC---A--------C--CGTCG--G-CCCAAGG-TTGT-C-AA--AC--CA--T---CTCAC-AAG-C--AT-A-C---AGAGAAAAA
gi|87263                      : CAGCGG---GT--G-A-G--TTTT-GTGA-A-TTGC-A-TCAA---------TT--A-G--AT-GTC--CT-AG----T-TT-TACAGC--CT-T-CC---TC--AAA-GCA-CGA---TCCC-AAT---CCC-A--ATG-A-ATAT--G-AAA---AGT-G-AAA-AT--------AC--AAAAAT---T--TCT-TT-A--C-TT-C-A-C-AC--T-GCC-C--A-CTT---A-AA--C-A------------TT-ATGAAATTC-G---A-AA-T-N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG--AA---C-T-T--G--G--T--CTA-T-A-G-TTT-G-G--CATT--CT-GAAAC-T-A--------C--C--CT--G-C---AAG-TT-T-C-AA--AT--GA--T-TCCTCAC-AAG-C--AT-A-A---AGAAAAAAA
gi|87264                      : CAGCGGTTCGT--GCA-G--TTTT-GTGA-A-TTGC-A-TCAA---------TTT-A-G--A--GTC--CT-AA----T-TT-TACAAG--CT-T-CCC---C--AAA-GCA-CGA---TCCC-AAT---CCC-A--TT----ATATT-G-TA----TGT-G-AAA-AT--------A----AAAATG--T--TCT-TT-C--T-TT-CCA-C-AC-CT-GCC-C--A-CC----A-AA--C-GTTTTTATTTATATT-A-------T-G---A-AA-T-T-C-----------------------A--AA---C-T-T--G--A--T--C-G-T-A-G-TGT-G-A--CACT--CT-G-AAC-T-A--------C--C------G-A---AAG-TA-T---AA--AT--GA--T-TCCTCAC-AAG-CATAT-A-A---AGAAAAAAA
gi|87265                      : CAGCGG---GC--G-A-G--TTT--GTGA-A-TTGG-T-GCAA---------TTT-A-G--AG-GTC--CT-AC----T-TT-TACAGCGCCT-T-CCCA-TC--AAA-GCA-CGA---TCCC-AAT----------GTG-A---------------------AGA-AT--------GT--AAAAAA---T--TAT-TT-C--T-TT-C-A-C-AC-CT-GCC-C--ACCC----A-AA--CGG------------TT-A-------TGG---A-AA-T-T-C-----------------------A--AAC--C-T-T--G--A--T--CTG-T-A-G--TT-G-A--CACTTCTT-GAAAC-T-A--------C--C--CT--G-C---AAT-GT-T-C-AA--AT--AT--T-TCCTCACGAAGCC--AT-A-A---AGAAAAAAA
gi|87266                      : CAGCGG---GT--G-A-G--TTTT-CTGATA-TTGC-A-TCAAA--------TTT-A-G--AT--TC--CT-AA----T-TT-TACAGC--CT-TCCCCA-TC--AAA-A---------------------CC-G--ATG-A-ATATT-G-AAA---TGT-G-AGA-AT--------ATGAAAAAA------------T-C--T-TT-C-AGC-A--CT-GCCTC--A-AC----C-AA--C-G------------TTAA-------T-G---A-AA-T-T-C-----------------------GATAA---C-T-T--GA-A--T--ATG-T-A-G-TTT-G-A--CACT--CT-G-AAC-T-A--------C--C--AT--G-C---AAG-TT-T-CAAA--ATG-GA--T-TCCTCAC-AAT-A--AT-A-A---AGAAAAAAA
gi|87267                      :  AGCGG---GT--G-A-G--TTTT-GTGA-A-TTGC-A-TCAA---------TTT-A-G--AT-GTC--CT-AA----T-TT-TACAGC--CT-T-CC-A-TC--AAA-GCA-TGA---TCCC-AAT---CC-----GTGTA-ATATT-G-AAA---TGT-G-AGA-AT--------AT--AAAAAT---T--TAT-TT----T-TT-C-A-C-AC-CT-GCT-C--A-CC----A-AA--C-G------------TT-A-------T-G---A-AA-T-T-C-----------------------G--AA---C-T-T--G--A--T--CTG-T-A-G-TTT-G-A--CACT--CT-GAAAC-T-A--------C--C--CT--G-C---AAG--T-T-C-AA--AT--GA--T-TCCTCAC-AAG-C--AT-A-A---AGAAAAAA
gi|87268                      :  AGCAA---GC--G-A-G--TTTC-GTGA-A-TTGC-A-TCAA---------TTT-A-G--AT-GTC--CT-AA----T-TT-TACAGC--CT-T-CCCA-TC--AAA-GCA-CGA---TCCC-AAT----CC-G--ATG-T-ATATT-G-AAA---TGT-G-AAA-AT--------GTAAAAAAAT---A--TAT-TT-C--T-TT-C-A-C-AC-CT-GCC-C--A-CC----A-AA--C-G------------TT-A-------T-G---A-AA-T-T-C-----------------------A--AA---CTT-T--G--A--T--CTG-T-A-G-TTT-G-A--CACT--CT-GAAAC-T-A--------C--C--CT--G-C---AAG-TT-T-C-AA--AT--GA--T-TCCTCAC-AAG-C--ATAA-A---AGAAAAAAA
gi|87269                      :  AGCAG---GT--G-A-A--TTT--GTAA-A-TTGC-A-TCAA---------TT--A-G--AT-GCC--TT-AA----T-TT-TATAGC--CT-T-CCCA-TC--GAT-GCA-CGA---TCCC-AAT---CCC-A--ATG-A-ATATA-A-AAA---TGT-A-AGA-AT--------AT--AAAAAT---T--TAT-TT-C--T-TC-C-A-C-AC-CT-GCC-C--A-TT----A-AA--C-G------------TT-A-------C-G---A-AA-T-T-C-----------------------G--AA---C-T-T--G--A--T--CTG-T-A-G-TTT-G-A--CACT--CT-GAGAC-T-A--------C--C--CT--G-C---AAG-TT-T-T-AA--AT--GA--A-TCCTCAC-AAG-C--AT-A-A---AGAAAAAA
gi|87270                      :  AGCGT---TT--A-A-G--TTTC-ATTA-A-CTGC-C-TCAA---------TTC-A-G--AT-ATC--CT-AGCTACT-TT-CACAGC--CT-T------TC--TGA-GT--------TCAC-AAT---C----------A-ATATA-A-AAA---TGT-GTAAA-ATATATATTAAT--AAAAAT---C--CAT-TT-C--T-TT-A-A-C-AT-CT-ATC-T--A--T----A-AA-----------------TT-A-------T-G--------T-T-C-----------------------G--AA---C-T-T-----ATTT--CTG-T-A-G-TTC-T-A--CAAT--C------------------------------------AG-TT-T-C-AA--AT--GA--A-TCCTTGC-TAG-C--AA-A-A---TGGAAAAAA
gi|87271                      :   GCGGT--GTTGG-A-GCTTTTT-GAGA-A-TTGC-A-TCAAATTTAAGGGTTT-A-G--GT--CC--CT-AA----TATT-TACAGCTCCT-C-TCCA-TCTCAAATGCA-TGA---TCCCGAAT---CCC-GG-ATGTG-ATAT--G-AAAAT-TGT-G-AGATAT--------AT--AAAAAT---TATTATCTT-CATT-TT-C-A-C-AC-CT-GCC-CTAG-CCTCA-A-AG--T-G------------TT-A-------T-GGATA-AA-T-T-C-----------------------G--AATATC-TAT--GGAA--TGGCTT-T-ACG-TTT-G-A--CACT--CT-GAAATGTGA--------C--C--CCTAG-C---ACC-TT-T-C-AA--ATTGAA--T-TCCTCAC-AAG-CT-AT-A-ACCCAGAAAAAAA
gi|87272                      :   GCGA---CC--G-A-G--TTTT-GTCG-A-CTGC-T-TTTA---------TTT-A-T--TT-GTC--CT-TC----T-TT-TAAAGC--TT-T-TTCA-TC--G------------------GAT---CCT-G--ATT-A-GTA-T-A-AAA---GGT-A-GCA-GT--------AT--GAAAAT---T--AAT-TT-C--T-TT-C-A-C-AT-CT-TTC-C--A-TG----A-AA--A-G------------GT-A---------A---A-GA-TAA-C-----------------------A--AA---C-TGT--G--A--T--C
gi|87273                      :     GG---GT--G-A-G--TTTTTGTGA-AGTTGC-AATCAA---------TTT-A-G--ATTGTC---T-AA----T-TT--ACA----CT-T-CCCA-TC--AAA-GCA-CGA---TCCC-A-----TCA-GAAATG-T-ATATT-G-AAA---TGC-G-AAA-AT--------AT--AAAAA-------TAT-TT-C--T-TT-CTA-C-ACACT-G-C-C--A-CC----AGAA--C-G------------TT-A-------T-G---A-AA-T-TCC-----------------------A--AA---C-T-TGAG--A--T--CTG-TAA-G-TTT-GAA--CACT--CT-GAAACAT-A--------CTTC--CT--G-C---AAGTTT-T-C-AA--AT--GA--T-TCCTCAC-AAG-C--AT-A-A---AGAAAAAAA
gi|87274                      :     GG---GC--G-A-G--TTTTTGTGA-A-TTGCCG-TCAA---------TTTTACG--AG-GTC--CT-AA----T-TTAGGCAGC--CTGT-CCCA-TC--AAA-GCAACGA---TCCC-AATG--CCC-G--ATG-GTATATT-GTAAA---TGT-G-A---AT--------GT--AAAAAA---T--TAT-TT-C--T-TT-C-A-CCAT-CT-GCC-C--A-CC----A-AA--C-G------------TT-T-------T-G---A-AA-T-T-CA----------------------A--AA---C-T-T--G-----T--CTG-TAA-G-TTT-G-A--TACTC-CT-GAAAC-T-A-----------C--CT--G-C---AAG-TA-T-C--A--AT--GA--T-T--TCAC-AAG-C--AT---A---AGAAAAAA
gi|87275                      :      G---GT--G-A-A--TGT--GTAA-A-TTGC-A-TCAA---------TTT-A-G--AT--TC--CT-AA----T-T---ACAGC--CT-A-CCCA-TC--AAA-GCA-CGA----CCC-AAG---CTC-G--AGG-A-ATATT-T-AAAACGTAT-G-A-A-AT--------AT--AAAAAT---T--TCT-TT-C--T-TT-C-A-C-AC-TT-GCA-C--A-CC----A-AA--C-G-------------T-A-------C-A---A-A----T-C-----------------------G--AC---A-T-T--G--A--T--CTGTT-A-G--TT-G-AACCACT--CT-GAAAC-G-A--------C--C--CTTGG-C---AAG-TT-T-C-AA--ATG-GA--A-TCCTCGC-AAG-C--AT-A-A---TAAAA
gi|87276                      :       ---GT--G-AAG--TTTT-GTGA-A-TTGC-A-TCAA---------TTT---G--AT-GTC--CT-AA----T-TT-TACAGT--CT-T-CCCA-TC--AAA-GCA-CGA---TCCC-AAT---CCC-G--ATG-A-ATATT-G-AAA---TGT-G-AGA-AT--------AT--AAAAAT---T--TAT-TT-C--T-TT-A-A-C-AC-CT-GGC-C--A-CC----A-AA--C-G------------CT-A-------T-G---A-AA-T-T-T-----------------------A--AA---C-T-T--G--A--T--ATG-T-A-G-TTT-G-C--CACC--CT-AAAAC-T-A--------C--C--CT--G-C---AAG-TT-T-C-AG--AT--GA--A-TCCTCAC-AAG-T--AT-A-A---AGAAAAAAA
gi|87277                      :                                                                                                                           C-AAT---CCC-G--ATA-T-ATATA-A-AAA---CGT-A-ACA-CT--------AT--TAAAAT---T--AAT-TTGC--T-TT-C-A-C-------GTC-C--A-TC----G-AA--T-G------------TG-A-------C-A---A-AA-T-T-G-----------------------G--AA---C-T-T--G--A--T--CTG-T-A-A-TTT-G-C--CACT--GT-GGAAC-T-A--------C--A--TT--GCC---AAG-TT-TAC-AA------CA--A-TCCTCGT-AAG-C--AT-A-A---AGAAAAAA
gi|87278                      :                                                                                                                                           TG-A-ATATTTG-AAA---TGT-G-AGA-AT--------AT--AAAA-T---T--TAT-TT-C--T-CT-A-A-C-AC-CT-GCC-C--A-CC----A-AA--T-G------------TT-A-------T-G---A-AA-T-T-C-----------------------G--AA---C-T-T--G--A--A--TCG-T-A---TTT-G-A--CACT--CT-GAAAT-T-A--------C--C--AT--A-T---AAG-TT-T-C-AA--AT--GA--A-T-CTCAC-AAG-C--AT-A-A---AGAAAAAA
gi|87279                      :                                                                                                                                                    T-G-AAA---TGT-G-AGA-AT--------AT--AAAAAT---T--TAT-CT-C--T-TT-T-A-C-AC-CT-GCC-C--A-CC----A-AA--C-G------------TT-A-------T-G---A-AA-T-T-C-----------------------G--AA---C-T-T--G--A--T--CTG-T-A-G-TTT-G-A--CACT--CT-GAAAC-T-A--------C--C--CT--G-C---AGG-TT-T-C-AA--AT--GA--T-TCCTCAC-AAG-C--AT-A-A---AGAAAAAAA
gi|87280                      :                                                                                                                                                           ---TAT-G-ATA-AT--------AT--ATATATATAT--TAT-TC-T--T-TT-C-A-C-AC-CTTGCA-C--A-CCCCACA-TA--C-G------------TT-A----------------A-T-T-C-----------------------G--AAA--C-T-TC-G--A--T--CTG-T-A-G-TTAAG-A--CACT--CT-AGAAC-T-AAGCCTTGCCG-C--CT--G-C---GAG-TT-T-C-AAGAAT--GA--AATCCTCAC-AAG-C--AT-A-A---AGGAAAGAA
gi|87281                      :                                                                                                                                                                                   T--AAAGTT---T--TAT-TT-C--T-TTTC-AGC-AC--T-GCC-C--A-CC----A-AAAAC-G------------TT-A-------T-G---ACGA-T-C-C-----------------------CT-AA---C-T-T--G--A--T--CTG-T-A-G-TTT-G-A--CGCT-----G--------------------------G-C---AAG-TT-C----A--AT--GA--T-TCCTCAC-AAG-C--AT-ATA---AGAAAAAA
gi|87282                      :                                                                                                                                                                                                                      -AC-CT-GCC-C--A-TC----A-AA--C-G------------TA-A-------C-G---A-AA-G-T-C-----------------------A--AA---C-T-T--G--A--T--CTG-T-A-G-TTT-G-A--CACT--TT-AAAAC-T-A--------C--T--CT--G-C---AA--TT-G-T-AA--A---------------------C--AT-A-A---AGAAAA
gi|87283                      :                                                                                                                                                                                                                               C-C--A-TC----A-AA--C-G------------TA-A-------C-G---A-AA-G-T-C-----------------------A--AA---C-T-T--G--AT-T--CTG-T-A-GTTTT-G-C--CACT--TTAAAAAC-T-A--------------CT--G-C---TGG------C-AA--TT--G---------TA--AAA-C--AT-A-A---AGAAAA
gi|87284                      :                                                                                                                                                                                                                                        ----A-AA--C-G------------TT-A-------T-G---A-AA-T-T-C-----------------------A--AA---C-T-T--G--A--T--CTG-T-A-A-CTT-G-A--CATT--CT-GAAAC-T-A--------C--C--CT--G-C---AAG-TT-T-C-AA--AT--GA--T-TCCTCAC-AAG-C--AT-A-A---AGAAAAAAA
gi|87285                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              -T--G--A--T--CTG-G-A-A-TTT-G-C--CATT--CT-GAAAC-T-A--------C--A--CT--G-C---AAG-TT-T-C-AA--AT--GA--A-TTCTTGC-AAG-C--AT-G-A---
gi|87286                      :                                                                                                                                                                                                                                                 gttaatgagcttgaaatg-A-------C-G---A-AA-T-T-C-----------------------A--AA---C-T-T--G--G--A--TTG-T-A-A-CTT-A-A--GGCA--AA-GAAAT-A-A--------C--C--C---------AAG-TT-T-C-AA--AT--GAATA-TCCT--C-AAG-A--AC-A-A---AGAAAA
gi|87287                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ---C-T-T--G--A--T--CTG-T-A-G-ATT-G-A--CACT--CT-GAAAC-T-A--------C--A--CT--G-T---AAG-TT-T-C-AA--AT--GA--T-TCCTCAC-AA
gi|87288                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            -T-T--G--A--T--CTG-T-A-G-TTT-G-T--CACT--CT-GAAAC-T-A--------C--C--AC--G-C---AAG-TT-T-C-AA--AT--GA--A-TCCTCGC-AAG-C---T-T-A---AGAAAACAA


blockSeqs                     :       TTC  TG C A CT   TT    T G    C A    ATTTAAGGG   T A CC  T   GG  T  CTAC A  AG     GC  G C    A  TC   A   A   ACA    G   TTG   A AA   T T     GT    ACG   A T   T  ATATATTA  AA      ATA AT   C  G AT C  T C G C  A  T   T TA C  CCAC G  AA G TTTTTATTTATA  A TGAAATTC  GAT C  A A C NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG    TAT T A GA GA TT GG   C A C T   A A AC    TC  A     G G AGCCTTGC TT GT  TA C CCA   T  G C A  GA  TG  ATA        G   C AT  A T CCC
blockSeqs                     :       AC   .  . . .    TT    . .    . .    A           T C .   .   .   .  .    .  T      TC  . .    .  .    T   .   .      .   G     . G    T .     TG    AT    . .   .  .         GA      AA  .    .  . .  .  . T G .  .  .   . .  .  TCA  .  .  . GT            . TG        .   .  . . . GAT                         C   T G C  A  T  .    T A . T   . . C     C   .     A . .        G  .   TG . .     .  . A .  .   G   AA         .   . T   . . .  
blockSeqs                     :       T    .  . . .    C     . .    . .    .           . . .   .   .   .  .    .  T      .   . .    .  .    .   .   .      .   .     . .    . .     G     .     . .   .  .         AA      G   .    .  . .  .  . . . .  .  .   . .  .  T    .  .  . .             . T         .   .  . . . AA                          A   . . .  .  .  .    . . . .   . . .     .   .     . . .        .  .   .  . .     .  . . .  .   G   T          .   . .   . . .  
blockSeqs                     :       .    .  . . .    T     . .    . .    .           . . .   .   .   .  .    .  T      .   . .    .  .    .   .   .      .   .     . .    . .     T     .     . .   .  .         .       .   .    .  . .  .  . . . .  .  .   . .  .  .    .  .  . .             . C         .   .  . . . CT                          .   . . .  .  .  .    . . . .   . . .     .   .     . . .        .  .   .  . .     .  . . .  .   .   A          .   . .   . . .  
blockSeqs                     :       .    .  . . .    T     . .    . .    .           . . .   .   .   .  .    .  C      .   . .    .  .    .   .   .      .   .     . .    . .     A     .     . .   .  .         .       .   .    .  . .  .  . . . .  .  .   . .  .  .    .  .  . .             . C         .   .  . . . A                           .   . . .  .  .  .    . . . .   . . .     .   .     . . .        .  .   .  . .     .  . . .  .   .   A          .   . .   . . .  
blockSeqs                     :       .    .  . . .    T     . .    . .    .           . . .   .   .   .  .    .  C      .   . .    .  .    .   .   .      .   .     . .    . .     G     .     . .   .  .         .       .   .    .  . .  .  . . . .  .  .   . .  .  .    .  .  . .             . T         .   .  . . . G                           .   . . .  .  .  .    . . . .   . . .     .   .     . . .        .  .   .  . .     .  . . .  .   .   A          .   . .   . . .  
blockSeqs                     :       .    .  . . .    T     . .    . .    .           . . .   .   .   .  .    .  T      .   . .    .  .    .   .   .      .   .     . .    . .     G     .     . .   .  .         .       .   .    .  . .  .  . . . .  .  .   . .  .  .    .  .  . .             . C         .   .  . . . G                           .   . . .  .  .  .    . . . .   . . .     .   .     . . .        .  .   .  . .     .  . . .  .   .   T          .   . .   . . .  
blockSeqs                     :       .    .  . . .    T     . .    . .    .           . . .   .   .   .  .    .  T      .   . .    .  .    .   .   .      .   .     . .    . .     G     .     . .   .  .         .       .   .    .  . .  .  . . . .  .  .   . .  .  .    .  .  . .             . C         .   .  . . . G                           .   . . .  .  .  .    . . . .   . . .     .   .     . . .        .  .   .  . .     .  . . .  .   .   T          .   . .   . . .  
blockSeqs                     :       .    .  . . .    T     . .    . .    .           . . .   .   .   .  .    .  T      .   . .    .  .    .   .   .      .   .     . .    . .     G     .     . .   .  .         .       .   .    .  . .  .  . . . .  .  .   . .  .  .    .  .  . .             . T         .   .  . . . G                           .   . . .  .  .  .    . . . .   . . .     .   .     . . .        .  .   .  . .     .  . . .  .   .   T          .   . .   . . .  
blockSeqs                     :       .    .  . . .    T     . .    . .    .           . . .   .   .   .  .    .  T      .   . .    .  .    .   .   .      .   .     . .    . .     G     .     . .   .  .         .       .   .    .  . .  .  . . . .  .  .   . .  .  .    .  .  . .             . T         .   .  . . . G                           .   . . .  .  .  .    . . . .   . . .     .   .     . . .        .  .   .  . .     .  . . .  .   .   T          .   . .   . . .  
blockSeqs                     :       .    .  . . .    T     . .    . .    .           . . .   .   .   .  .    .  T      .   . .    .  .    .   .   .      .   .     . .    . .     G     .     . .   .  .         .       .   .    .  . .  .  . . . .  .  .   . .  .  .    .  .  . .             . T         .   .  . . . A                           .   . . .  .  .  .    . . . .   . . .     .   .     . . .        .  .   .  . .     .  . . .  .   .   T          .   . .   . . .  
blockSeqs                     :       .    .  . . .    T     . .    . .    .           . . .   .   .   .  .    .  T      .   . .    .  .    .   .   .      .   .     . .    . .     A     .     . .   .  .         .       .   .    .  . .  .  . . . .  .  .   . .  .  .    .  .  . .             . T         .   .  . . . A                           .   . . .  .  .  .    . . . .   . . .     .   .     . . .        .  .   .  . .     .  . . .  .   .   T          .   . .   . . .  
blockSeqs                     :       .    .  . . .    C     . .    . .    .           . . .   .   .   .  .    .  T      .   . .    .  .    .   .   .      .   .     . .    . .     A     .     . .   .  .         .       .   .    .  . .  .  . . . .  .  .   . .  .  .    .  .  . .             . C         .   .  . . . G                           .   . . .  .  .  .    . . . .   . . .     .   .     . . .        .  .   .  . .     .  . . .  .   .   T          .   . .   . . .  
blockSeqs                     :       .    .  . . .    C     . .    . .    .           . . .   .   .   .  .    .  C      .   . .    .  .    .   .   .      .   .     . .    . .     G     .     . .   .  .         .       .   .    .  . .  .  . . . .  .  .   . .  .  .    .  .  . .             . T         .   .  . . . A                           .   . . .  .  .  .    . . . .   . . .     .   .     . . .        .  .   .  . .     .  . . .  .   .   A          .   . .   . . .  
blockSeqs                     :       .    .  . . .    T     . .    . .    .           . . .   .   .   .  .    .  T      .   . .    .  .    .   .   .      .   .     . .    . .     A     .     . .   .  .         .       .   .    .  . .  .  . . . .  .  .   . .  .  .    .  .  . .             . T         .   .  . . . G                           .   . . .  .  .  .    . . . .   . . .     .   .     . . .        .  .   .  . .     .  . . .  .   .   A          .   . .   . . .  
blockSeqs                     :       .    .  . . .    T     . .    . .    .           . . .   .   .   .  .    .  T      .   . .    .  .    .   .   .      .   .     . .    . .     G     .     . .   .  .         .       .   .    .  . .  .  . . . .  .  .   . .  .  .    .  .  . .             . T         .   .  . . . G                           .   . . .  .  .  .    . . . .   . . .     .   .     . . .        .  .   .  . .     .  . . .  .   .   T          .   . .   . . .  
blockSeqs                     :       .    .  . . .    T     . .    . .    .           . . .   .   .   .  .    .  T      .   . .    .  .    .   .   .      .   .     . .    . .     T     .     . .   .  .         .       .   .    .  . .  .  . . . .  .  .   . .  .  .    .  .  . .             . T         .   .  . . . G                           .   . . .  .  .  .    . . . .   . . .     .   .     . . .        .  .   .  . .     .  . . .  .   .   T          .   . .   . . .  
blockSeqs                     :       .    .  . . .    .     . .    . .    .           . . .   .   .   .  .    .  .      .   . .    .  .    .   .   .      .   .     . .    . .     G     .     . .   .  .         .       .   .    .  . .  .  . . . .  .  .   . .  .  .    .  .  . .             . C         .   .  . . . A                           .   . . .  .  .  .    . . . .   . . .     .   .     . . .        .  .   .  . .     .  . . .  .   .   T          .   . .   . . .  
blockSeqs                     :       .    .  . . .    .     . .    . .    .           . . .   .   .   .  .    .  .      .   . .    .  .    .   .   .      .   .     . .    . .     A     .     . .   .  .         .       .   .    .  . .  .  . . . .  .  .   . .  .  .    .  .  . .             . T         .   .  . . . A                           .   . . .  .  .  .    . . . .   . . .     .   .     . . .        .  .   .  . .     .  . . .  .   .   A          .   . .   . . .  
blockSeqs                     :       .    .  . . .    .     . .    . .    .           . . .   .   .   .  .    .  .      .   . .    .  .    .   .   .      .   .     . .    . .     G     .     . .   .  .         .       .   .    .  . .  .  . . . .  .  .   . .  .  .    .  .  . .             . C         .   .  . . . G                           .   . . .  .  .  .    . . . .   . . .     .   .     . . .        .  .   .  . .     .  . . .  .   .   A          .   . .   . . .  
blockSeqs                     :                                                                                                                            .   .     . .    . .     .     .     . .   .  .         .       .   .    .  . .  .  . . . .  .  .   . .  .  .    .  .  . .             . T         .   .  . . . A                           .   . . .  .  .  .    . . . .   . . .     .   .     . . .        .  .   .  . .     .  . . .  .   .   A          .   . .   . . .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                             . .     .     .     . .   .  .         .       .   .    .  . .  .  . . . .  .  .   . .  .  .    .  .  . .             . T         .   .  . . . G                           .   . . .  .  .  .    . . . .   . . .     .   .     . . .        .  .   .  . .     .  . . .  .   .   A          .   . .   . . .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                     .     .     . .   .  .         .       .   .    .  . .  .  . . . .  .  .   . .  .  .    .  .  . .             . T         .   .  . . . G                           .   . . .  .  .  .    . . . .   . . .     .   .     . . .        .  .   .  . .     .  . . .  .   .   T          .   . .   . . .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                           .     . .   .  .         .       .   .    .  . .  .  . . . .  .  .   . .  .  .    .  .  . .             . C         .   .  . . . G                           .   . . .  .  .  .    . . . .   . . .     .   .     . . .        .  .   .  . .     .  . . .  .   .   T          .   . .   . . .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                    .       .   .    .  . .  .  . . . .  .  .   . .  .  .    .  .  . .             . C         .   .  . . . G                           .   . . .  .  .  .    . . . .   . . .     .   .     . . .        .  .   .  . .     .  . . .  .   .   T          .   . .   . . .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                      .  .  .   . .  .  .    .  .  . .             . T         .   .  . . . A                           .   . . .  .  .  .    . . . .   . . .     .   .     . . .        .  .   .  . .     .  . . .  .   .   A          .   . .   . . .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                . .  .  .    .  .  . .             . C         .   .  . . . A                           .   . . .  .  .  .    . . . .   . . .     .   .     . . .        .  .   .  . .     .  . . .  .   .   T          .   . .   . . .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                        .    .  .  . .             . .         .   .  . . . A                           .   . . .  .  .  .    . . . .   . . .     .   .     . . .        .  .   .  . .     .  . . .  .   .   A          .   . .   . . .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                   . .         .   .  . . . A                           .   . . .  .  .  .    . . . .   . . .     .   .     . . .        .  .   .  . .     .  . . .  .   .   .          .   . .   . . .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        .   . . .  .  .  .    . . . .   . . .     .   .     . . .        .  .   .  . .     .  . . .  .   .   .          .                
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            . . .  .  .  .    . . . .   . . .     .   .                                                                                  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              . .  .  .  .                                                                                                               


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : CAGCGG---GT--G-A-G--TTTT-GTGA-A-TTGC-A-TCAA---------TTT-A-G--AT-GTC--CT-AA----T-TT-TACAGC--CT-T-CCCA-TC--AAA-GCA-CGA---TCCC-AAT---CCC-G--ATG-A-ATATT-G-AAA---TGT-G-AGA-AT--------AT--AAAAAT---T--TAT-TT-C--T-TT-C-A-C-AC-CT-GCC-C--A-CC----A-AA--C-G------------TT-A-------C-G---A-AA-T-T-C-----------------------G--AA---C-T-T--G--A--T--CTG-T-A-G-TTT-G-A--CACT--CT-GAAAC-T-A--------C--C--CT--G-C---AAG-TT-T-C-AA--AT--GA--N-TCCTCAC-AAG-C--AT-A-A---AGAAAAAAA
finalCons                     : CAGCGG---GT--G-A-G--TTTT-GTGA-A-TTGC-A-TCAA---------TTT-A-G--AT-GTC--CT-AA----T-TT-TACAGC--CT-T-CCCA-TC--AAA-GCA-CGA---TCCC-AAT---CCC-G--ATG-A-ATATT-G-AAA---TGT-G-AGA-AT--------AT--AAAAAT---T--TAT-TT-C--T-TT-C-A-C-AC-CT-GCC-C--A-CC----A-AA--C-G------------TT-A-------C-G---A-AA-T-T-C-----------------------G--AA---C-T-T--G--A--T--CTG-T-A-G-TTT-G-A--CACT--CT-GAAAC-T-A--------C--C--CT--G-C---AAG-TT-T-C-AA--AT--GA--N-TCCTCAC-AAG-C--AT-A-A---AGAAAAAAA