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lowQualScore                  :         .  .......  .. . .    . .. ..   ..  ..  .  .  . .. ..... .. .. .... ..... .  .....  .......... .  . . ......  ... .    ... . .  .  ...... . . .  ... . .  . .... .  . ..  . .  .. . . ... . . . ...........     . ... .. . ... . .. ...... .. .   . ... . .   . .  .. .  ...  . .. .. .   ....... . .... . .  . ... ..   .  .... ..  . . . .  . .. . .    .     
lowQualScore                  :         0  5555555  00 6 6    6 22 22   11  11  5  5  0 00 77777 55 00 6666 77777 4  77777  9999999999 3  2 2 555555  333 6    111 4 4  4  777777 2 2 2  111 0 2  2 6666 4  2 88  2 8  99 2 4 333 2 4 2 00000000000     8 444 77 2 222 2 22 555555 22 2   2 999 5 2   5 2  00 5  333  3 88 11 3   2222222 7 2222 7 1  8 555 99   4  0000 99  4 9 4 4  5 22 5 5    7     
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Reference ( gi|81373 )        :      TAT-ATT--C-G-GA--C-C-TTGA-A--A--TCG--CC--CC-TT-TT-C--T-----G--C--A----T-----C-TA-----TA----------C-AA-T-G------GA---C-TCAT---T-T-GC-AT------A-A-A-GA---GAG-TT-A----T-CG-CC-TG-T-AA--A-C-A---A-T-G-C-GC-----C--AGTTT-C---A--C-G---A-T--A-C----C--T-GCT-A-C-A-G-TCA-G-TT--A-CA---CA-A--T--T-TTT----T--G-G----A-T-AT-A-G-A--TTC-TG--C-A--TT-T-A-T-TT-A--T-A-TTTT-TGAAA
gi|81377                      :      TAT-AT---C-GCGA--C-C-TTGA-A--C--TCG--CC--CC-TT-TT-C--T-----G--C--A----T-----C-TA-----TA----------C-AA-T-G------AA---C-TCAT---T-T-GC-AT------A-A-A-GA---G-G-TT-A----T-CG-CC-TG-T-AA--A-C-A---A-T-G-C-GC-----C--AGTTT-C---A--C-G---A-T--A-C----C--T-GCT-A-C-A-G-TCA-G-TT--A-CA---CA-A--T--T-TTT----T--G-GA---A-T-AA-A-G-A--TTC-TG--C-A--TT-C-A-T-TT-A--T-A-TTTT-TGAAA
gi|81375                      :      TAT-AT---C-GCGA--C-C-TTGA-A--A--TCG--CC--CC-TT-TT-C--T-----G--C--A----T-----C-TA-----TA----------C-AA-T-G------GA---C-TCAT---T-T-GC-AT------T-A-A-GA---GGG-TT-A----T-CG-CC-TG-T-AA--A-C-A---A-T-G-C-GC-----C--AGTTT-C---A--C-G---A-T--A-C----C--T-GCT-A-C-A-G-TCAGG-TT--A-CA---CA-A--T--T-TTT----T--G-GA---A-T-AT-A-G-A--TTC-TG--T-A--TT-T-A-T-TC-A--T-ATTTTT-TGAAA
gi|81376                      :      TAT-AT---C-GCGA--C-C-TTGA-A--A--TCG--CC--CC-TT-TT-C--T-----G--C--A----T-----C-TA-----TA----------C-AA-T-G------GA---C-TCAT---T-T-GC-ATT-----A-A-A-GA---GGG-TT-A----T-CG-CC-TG-T-AA--A-C-A---A-T-G-C-GC-----C--AGTTT-C---A--C-G---A-T--A-C----C--T-GCT-A-C-A-G-TCAGG-TT--A-CA---CA-A--T--T-TTT----T--G-GA---A-T-ATAA-G-A--TTT-TG--T-A--TT-T-A-T-TC-A--T-A-TTTT-TGAAAa
gi|81374                      :      TAT-AT---C-GTGA--C-C-TTGA-T--A--TCG--CC--CC-TT-TT-C--T-----G--C--A----T-----C-CA-----TG----------C-AG-T-G------GA---C-TCAT---T-T-GC-AT------A-A-A-AA---GGG-TT-A----T-CG-CA-TG-T-AA--A-C-A---A-T-G-C-GA-----A--AGTTT-C---A--C-G---A-T--A-T----C--T-GCT-A-T-T-A-TCA-G-TT--A-CA---CA-A--T--T-TTT----T--G-GA---A-T-AT-A-T-A--TTC-TG--C-A--TT-T-G-T-TT-A--T-A-TTTT-TTAAA
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gi|81381                      :      TAT-AT---C-GCGA--C---TTGA-A--A--TCG--CC--CC-TT-TTTC--T-----G--C--A----T-----CCTA-----TA----------C-AA-T-G------AA---C-TCAT---T-T-GC-AC------A-A---GA---GGT-TT-A------CG-CC-TG-T-AA--A-C-A---A-T-G-C-GC-----T--A-TTT-C---A--C-G---A-T--A-C-------T-GCT-A-C-A-G-TCA-T-TT--A-CA---CA-A--T--T-TTT----G--G-GA---A-T-AT-A-G-A--TTC-T---T-A--TT-T-A-T-TC-G--T-A-TTTT-TGAAA
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gi|81383                      :      TAT-ATT--G-A-GAA-C-C-TTGA-A--A--TCGGCCT--CC-TT-TT-C--T-----G--C--C----T-----C-TA-----TA----------C-AA-TTG------GA---C-TCAT---T-T-GC-AT------A-A-A-GA---TGG-GT-A----T-CG-CC-TGAT-AA--A-C-A---A-T-G-C-GC-----C--AGTTT-C---A----G---A-T--A-TA---C--T-GCT-A-CTACG-TCA-G-TT--A-CA---CA-T--G--T-TTT----T--G-A----A-TAAT-A-G-A--TCT-GG--C-A--TT-T-ATT-TT-A--T-A-TTTT-TAAAAa
gi|81384                      :      TAT-ATCGGC-G-AA--C-C-TTGA-A--A--ATG--CC--C--TT-TT-C--T-----G--CGAA----T-----C-TA-----TA----------C-AA-T-G------GA---C-GTAT---T-T-GC-AT------A-A-A-GA---GGG-TT-A----T-CG--C-TG-TAAA--A-C-A---A-T-GAC-GC-----C--AGTTT-C---A--C-G---A-T--A-C----C--T-GCG-A-C-A-GTTCA-G-TTG-A-CA----G-A--T--T-TTT----G--G-A----A-TGAT-AGG-A--TTCGTG--C-ATTTT-T-A-T-TT-AGGT-A-TT
gi|81379                      :      TAT-ACT--G-T-AA--C-C-TTGA-A--A--TCA--CC--TC-TT-TT-T--TATGGTG--C--G----T-----C--G-----TA----------T-AA-T-G------GA---C-TCAT---T-T-GC-AT------A-A-A-GA---GGG-TT-A----T-CG-TA-CG-T-AA--A-C-A---A-T-G-T-GA-----A--AGTTT-C---A--C-G---A-T--A-T----C--T-GCC-A-T-A-G-CCA-G-TT-----A---CA-A--TC-T-TTT----T--G-A----A-T-AT-A-T-A--TTC-TG--G-A--TT-T-A-T-
gi|81385                      :      TAT-AT---C-G-GA--C-C-TTGA-A--A--TCG--CC--CC-TT-TT-C--T-----GGCC--A----T-----C-TA-----TA----------CGAA-T-G------GA---C--CAT---T-T-GC--T------A-A-A-GA---G-G-TT-A----G-CG-CC-TG-TAAA--A-C-A---ACT-G-C-GC-----C--AG-TT-C---A--CGG---A-T--A-C----C--T-GCT-A-C-A-G-TCA-GCTT--A-GAT--CA-A--T--T-
gi|81387                      :      TAT-AT---C-G-A-----C-TTGA-AGAA--TCG--CC--C---T-TT-C--T-----G--G--C----T-----C-TA-----TA----------C-AA-T-G------GA---C-TCAT---T-TAGCGAT------A-A-A-GA---GGG-TC------T-CG-CCTTG-T-AC--A-C-----A-T-G---GC-----C--AGTTT-C---A--C-G---A-T--A------C--T-GCT-A-T---G-TCA-G-TT--A--A---CA-A--T--T-TTA----G--A-GC---A-T-AT-A-G-A--ATT-TG--C-A--TTCT-A-T-TT-A--T-A-TATT-TGAA
gi|81388                      :      TATGATT--CTG-GATAC-T-TTTA-A--A--TCG--CC--TC-TT-AT-C--T-----G--C--A----TGTTTGG-TACGTGTTA----------C-AA-T-G------GA---C-TCAT---T-T-GC-AT------A-A-A-CA---GGA-AT-A----T-CG-TA-TG-T-AA--G----------------------C--AGTTT-C---A--G-G---A-C--A-T----C--T-GCT-A-T-A-G-CTA-G-----A-CA---TA-C--T--T-TTT----G--G-G----A-T-AT-G-C-A--TTC-TT--G-A--TT-T-T-T-TT-A--T-A-CGTT-TGAAA
gi|81390                      : tatatTAT-AT---C-GCGA--C-C-TTGA-------TCG--CA--CC-TT-TT-C--T-----G--C---------------TA-----TAGGA-------C-AA-T-G-------A---C-CCAT---GAT-GC-A--------------A---GAG-GT-A----T--G-CC-TG-T-AAACA-C-A---A-T-G-C-G------C--AG-TT-C---A--G-G---A-T--G-C----C--T-GCT-A-A-A-G-TCA-G-TT--AGTA---AA-A--T--A-TTT----G--GAG----A-T-AT-A-G-G--ATG-CG--C-A--TT-T-A-TATT-A-------TTT-TGAAA
gi|81389                      :      TAT-ATCG-C-G-AT--C-C-TTGA-A--AC-TCG--CC--CC-TC-TT----T-----G--C--A----T-----C-TAA----TA----------C-AA-T-G------AC---C-TCAT---T-T-GC-AT--------A-A-GA---GGA-TT-C----T-CA-TC--A-T-AA--A-A-C---A-T-G-C-TCAAAATCGAAG-TT-C---A--C-G---A-C--ATC----C--T-GCT-A-T-A-G---G-A-TT--A-TA---CA-A--T--TCTTC----T--G-GAAT-A-T-AT-A-G----TTC-CA--G-A--TT-TCA-T-TT-A-------TTT-TGAAAa
gi|81392                      :      TGT-ATT--A-T-GA--C-T-CTGA-A--A--TTG--CC--CT-TA-AT-C--T-----G--C--AGAAGT-----G-TT-----TA----------A-AA-T-G------TA---A-T-GT---T-T-GT-AT------G-A-A-TA---GTT-AT-A----T-CG-TA-TG-T-AA--A-C-G---A-T-G-C-G
gi|81394                      :       AT-AT---C-GCGA--C-C-TTGAGA--A--TTG--CC--CC-AT-TT-CAAG-----G--C--A----T-----A-TA-----TA----------C-AA-T-G------GG---CCTCAT---T-T-CG-AT------A-A-A-GA---GGG-TT-A----T-CGGCC-TG-TCAAC-A-C-A---A-T-G-CCGC-----C--AGTTTTC---A--C-G---A-T--A-C----CT-T-GCT-G-C-A---TCA-G-TT--A-CA---CA-A--T--T-TTT----T--G-GTA--A-T-AT-T-A-A---TC-TG--C-A--TT-T-A-T-TT-A--TCA-TTTT-TGAAAatactttagatgtacaagttctcactatctttggtacattcagcgcagaaggatataatt
gi|81395                      :       AT-AT---C-GCGA--C-CGTTGA-A--A--TCG--CC--C--TT-TT-C--T-----G--C--A----T-----C-TA-----TA----------C-AA-T-G-------A---C-TCAT---T-TTGC-ATCAAAGAA-A-A-GA---GGG-AG-G----T--G-CC--G-T-AA--A-CCA---A-TAG-C--C-----C--AGTTT-C---C--A-G---A-T--A-C----C--T-GCT---C-A-G-TC----TT--AACA---CA-A--T--T-TTT----G--G-A----A-T-AT-A-G-A--TTC-TG--CAA--TT-TAA-T-TT-A--T-A-TTTT-TGAAA
gi|81396                      :         -ATT--C-T-GATAC-T-TTTA-A--A--TCG--CC--TC-TT-AT-C--T-----G--C--A----T-----G-TT-----TG----------T-AG-T-GTTAAATGA---C-TCAT---TCT-GC-AT------A-A-A-CA---GGA-AT-A----T-CC-GC-AG-T-AA--G-C-A-------G-C-------------TTT-C---AG-C-G---A-C--A-T----C--T-GCT-A---A-G-CTA-G-----A--A---TA-C--T--T-TTT----G--G-G----A-T-AT-G-C-A--TTC-TT--G-A--TT-----T-TT-A--T-A-CGTT-TGAAA
gi|81397                      :                  -GA--CGC-TTGA-A--G--ATG--CC--CC-TT-TT-C--T-----G--C--A----T-----C-TA-----TA----------C-AAGT-G------GAG--C-CCAT---T-T-GCAAT------A-ATA-GA---GGG-TT-A----T-CG-CA-TG-C-AA--A-C-A---A-TGG-C-GA-----A--AGTTT-C---A--C-GAATA-T--A-T----C--T-GCT---C-G-C-TCA-G-TT----CA---CA-AATT--T-TTT----T--G-G----A-T-GTGA-T-A--TTC-TG--G-A--TT-T-A-T-TT-AG-T-A-TTTT-TGAAA
gi|81393                      :               tgt-GA--C-C-TTGA-A--A--TCA--CC--CC-TT-CT-C--T-----G--C--A----C--------A-----TA----------C-AA-T-A------GA---C-TCAT---T-T-GC-AT------A-A-A-CA---GGG-GT-A----T-CG-TA-TG-T-AA--A-C-A---G-T-G-C-AA-----A--ATTTT-C---A--C-G---A-T--A-T----C--T-GCT-A-T-A-A-CTA-G-TT--A-TA---TA-A--T--A-TTT----T--G-G----A-T-AT-G-T-G--TTC-TA--G-A--TT-C-A-T-TT-A--C-A-T
gi|81386                      :           atactgt-GA--C-C-TTGA-A--A--TTG--CC--CC-TT-CT-T--T-----C--C--A----T-----C-TA-----TAGTGCAGCTTAC-AT-T-G------TA---C-TCAT---T-T-GC-AT------A------------------------CG-TA-TT-T-AA--A-A-A---A-T-A-C-GA-----A--TGTTT-T---A--C-G---A-T--A-T----C--T-GCA-A-T-A-G-CCA-G-TG--A-TA---CA-A--T--G-TTT----T--GAG----A-T-TT-A-T-A--TTC-TT--G-A--TC-T-A-T-TT-C--T-A-TCTT-TGAAA
gi|81399                      :            tatgtcatA--C-C-TTGA-G--AATTCG--CC--CCATT-GT-C--A-----A--A--A----T-----A-TA------A----------C-AA-T-G------GG---CCTCAT---T-T--C-GT------A-A-A-GA---GGG-T--A----T-CG-CC-TG-T-CA--A-C-ACCAA-T-G-CCGC-----C--AGTTT-C---A--C-G---AGT--A-C----C--TCGCT-A-----------G-TT--A-CA---CA-AATT--T-TTT----T--G-GTAATA-T-AT-A-G-A--TTC-TG--C-A--TT-T-A-T-TA-A--T-A-TTTTCTGAAA
gi|81400                      :                    A--C-C-TTGA-A--A--TC----C--CC-TTATTGC--T-----GG-C--AG---T-----C-TA-----TA------------AA-T-G------GA---A-CTAT---T-T-GC-AT------A-A-A-AA---GGGCTT-AAAATT-CA-CA-TG-C-GA--A-C-A---A------------------GTTT-C---TGTC-G---A-TT-A-C----CC-T-GCT-AGC-A-G-TCA-G-TT--A-CA---CA-AT-T--T-TTT----T--G-A----A-A-AT-A---A--TTA-TG--C-A--TT-G-A-T-TTAA--T-A-TTTT-TGAAA
gi|81401                      :                                    --TCG--CC--CC-TT-TT-C--T-----G--C--A----T-----C-TA-----TA----------C-AA-T-A------AA---C-TTAT---T-T-GC-AT------A-A-A-TA---TGG-CT-A----T-CG-CA-TG-T-AA--A-C-A---A-T-G-A-TA-----C--AGTTT-C---A--C-G---A-T--A-C----C--T-GCT-T-C-A-G-TCA-G-TT--A-C
gi|81402                      :                                                 -TT-TT-C--T-----G--C--A----T-----C-TA-----TA----------C-AA-T-A------GA-----TCCT---T-T-GC-AT------A-A-A-GA---GGG-TTGA----T-CG-ACATG-T-AA--A-C-AT--A-T-G-C-GA-----C--AGTTTTC---A--C-G---A-T--A-C----C--T-GTA-A-C-A-T-TCA-G-TT--A-CA---CA-A--TGTT-TTT----T--G-G----AAT-AT-A-G-A--TTC-TG--C-A--TT-T-A-T-TT-A--T-A--TTT-TGAAA
gi|81403                      :                                                                                   -TA-----TA----------T-AA-T-A------GA---C-TCAC---T-T-GC-AT------A-A-A-GA---GGG-TT-A----T-TG-TA-TG-T-AA--A-A-A---A-T-G-C-TA-----A--AGTTT-C---A--C-G---A-T--G-T----C--T-GCC-A-T-A-G-CCA-G-TT--G-CA---AACA--T--T-TTT----G--G-A----A-T-AC-A-T-AATTTC-TGAAA-A--TT-C-A---TT-A--T-A-TTTT-GGAAAa
gi|81404                      :                                                                                      -----TA----------T-AA-T-G------GATCTC-TCAT---T---GC--T------AGA-A-GA---G-G-TT-A----A-TG-TA-CG-T-AA----C-A---A-T-G-T-GA-----A--AGTTT-C---A--C-G---A-T--ATT----C--T-GCC-A-T-A-G-CCA-G-TT--A-C-------A--T--C-TTT----T--G-A----A-T-AT-A-T----TTC-TG--G-A--TT-T-A-T-
gi|81391                      :                                                                                      -----TA----------T-GA-T-T------GA---C-TCAT---T-T-GC-AT------A-A-A-TA---TTC-TT-A----T-AA-AC-AA-T-AA--A-C-A---A-T-A-C-AA-----A--AG-TT-C---A--C----------A-CTCTGC--T-GCT-A-T-A-T-TCG-G-------CACTTCA-A--T--T-CTT----TA-A-G----A-T-AC-A-T-A--TTG-TA--G-A--TA-T-A-C-TT-AG-T-A-TTTC-TTAA
gi|81405                      :                                            tatatcgtggcgttgatataatctattatccgtgtgtctgatgtggttA----------T-AA-T-T------GA---C-TCAT---T-C-GC-AT------G-A-A-TA---TTG-TC-A----T-TG-AA-TA-T-AA--A-C-A---G-T-G-C-AA--------AGGTT-C---A--A-A---C-TC-A-T----C--T-GCG-A-T-A-G-TCG-G-----A-CATT-CA-A--T--T-TTT----T--A-AAC--A-T-AT-A-T-A--TTC-TA--G-A--TT-
gi|81406                      :                                                                                                          A-T-G------GA---CACCAT---T-T-GC-AT------A-A-A-GA---GG---T-A----G-CG-CC-TG-T-AA--AAC-A---A-T-G-C-GCG----C--AGTTTTC---A--C-G---A-T--A-C----C--T-GCT-A-C-A-G-TCA-G-TTAGA-GA---CA-A--T--T-AAT----T--G-G----A-
gi|81407                      :                                                                                                             -G------GA-----TCATATGT-T-GC-AT------A-G-A-GGAGGGGG-TT-A----TGCG-CT-TA-A-AA--G-C-A---A-T-G-C-GC--------AGTTT-CGTCA--C-G---A-TTAA-T----CCGT-GCT-A-C-A-G-TCA-G-TG--A-TA---CC-A--C--T-TTTGCTTT--G-G----AATGAT-A-G-A--TTC-TG--C-A--TT-T-A---TT-A--T-A-T

Unaligned ( gi|81398 ): TGACTTTTAAATCACCCCTAATCCGAGTGTTTGATGTGTTTAATTGATTCATTTGCATTAATATTCTCAATGAACATAAATAATGCAAAAGTTCAAGCGCATCTGTTATAACCAGCAATTATTGTTAAAGATACATCTTCTATATATATATTTTT

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Reference ( family-571 )      :                   TATAT-CG-CGA-C-C-TTGA-A--A--TCG--CC--CC-TT-TT-C--T-----G--C--A----T-----C-TA--------TA----------C-AA-T-G------GA---C-TCA-T---T-T-GC-A-T------A-A-A-GA---GGG-TT-A----T-CG-CC-TG-T-AA--A-C-A---A-T-G-C-GC-----C--AGTTT-C---A--C-G---A-T--A-C----C--T-GCT-A-C-A-G-TCA-G-TT--A-CA---CA-A--T--T-TTT----T--G-G----A-T-AT-A-G-A--TTC-TG--C-A--TT-T-A-T-TT-A--T-A-TTTT-TGAAA
gi|81373                      :                   TATATTCG--GA-C-C-TTGA-A--A--TCG--CC--CC-TT-TT-C--T-----G--C--A----T-----C-TA--------TA----------C-AA-T-G------GA---C-TCA-T---T-T-GC-A-T------A-A-A-GA---GAG-TT-A----T-CG-CC-TG-T-AA--A-C-A---A-T-G-C-GC-----C--AGTTT-C---A--C-G---A-T--A-C----C--T-GCT-A-C-A-G-TCA-G-TT--A-CA---CA-A--T--T-TTT----T--G-G----A-T-AT-A-G-A--TTC-TG--C-A--TT-T-A-T-TT-A--T-A-TTTT-TGAAA
gi|81374                      :                   TATAT-CG-TGA-C-C-TTGA-T--A--TCG--CC--CC-TT-TT-C--T-----G--C--A----T-----C-CA--------TG----------C-AG-T-G------GA---C-TCA-T---T-T-GC-A-T------A-A-A-AA---GGG-TT-A----T-CG-CA-TG-T-AA--A-C-A---A-T-G-C-GA-----A--AGTTT-C---A--C-G---A-T--A-T----C--T-GCT-A-T-T-A-TCA-G-TT--A-CA---CA-A--T--T-TTT----T--G-GA---A-T-AT-A-T-A--TTC-TG--C-A--TT-T-G-T-TT-A--T-A-TTTT-TTAAA
gi|81375                      :                   TATAT-CG-CGA-C-C-TTGA-A--A--TCG--CC--CC-TT-TT-C--T-----G--C--A----T-----C-TA--------TA----------C-AA-T-G------GA---C-TCA-T---T-T-GC-A-T------T-A-A-GA---GGG-TT-A----T-CG-CC-TG-T-AA--A-C-A---A-T-G-C-GC-----C--AGTTT-C---A--C-G---A-T--A-C----C--T-GCT-A-C-A-G-TCAGG-TT--A-CA---CA-A--T--T-TTT----T--G-GA---A-T-AT-A-G-A--TTC-TG--T-A--TT-T-A-T-TC-A--T-ATTTTT-TGAAA
gi|81376                      :                   TATAT-CG-CGA-C-C-TTGA-A--A--TCG--CC--CC-TT-TT-C--T-----G--C--A----T-----C-TA--------TA----------C-AA-T-G------GA---C-TCA-T---T-T-GC-ATT------A-A-A-GA---GGG-TT-A----T-CG-CC-TG-T-AA--A-C-A---A-T-G-C-GC-----C--AGTTT-C---A--C-G---A-T--A-C----C--T-GCT-A-C-A-G-TCAGG-TT--A-CA---CA-A--T--T-TTT----T--G-GA---A-T-ATAA-G-A--TTT-TG--T-A--TT-T-A-T-TC-A--T-A-TTTT-TGAAAa
gi|81377                      :                   TATAT-CG-CGA-C-C-TTGA-A--C--TCG--CC--CC-TT-TT-C--T-----G--C--A----T-----C-TA--------TA----------C-AA-T-G------AA---C-TCA-T---T-T-GC-A-T------A-A-A-GA---GG--TT-A----T-CG-CC-TG-T-AA--A-C-A---A-T-G-C-GC-----C--AGTTT-C---A--C-G---A-T--A-C----C--T-GCT-A-C-A-G-TCA-G-TT--A-CA---CA-A--T--T-TTT----T--G-GA---A-T-AA-A-G-A--TTC-TG--C-A--TT-C-A-T-TT-A--T-A-TTTT-TGAAA
gi|81378                      :                   TATAT-CG-CAA-C-C-TTGA-A--A--TCG--CC--CC-TT-TT-C--G-----G--T--A----T-----C-TA--------TA----------C-AA-T-G------GA---C-TCA-T---T-T-GC-A-T------A-A-A-GA----GG-CT-A----T-CG-CA-TG-T-AA--A-CAA---A-T-G-C-GA-----C--ATTTT-C---ACGC-G---A-T--A-C----C--T-GCA-T-C-A-G-TCA-G-TT--A-CA---CA-A-----T-TTT----T--G-G----A-T-AT-A-G-A--TTC-TG--C-A--TT-T-A-T-TT-A--T-A--TTT-TGAAA
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gi|81381                      :                   TATAT-CG-CGA-C---TTGA-A--A--TCG--CC--CC-TT-TTTC--T-----G--C--A----T-----CCTA--------TA----------C-AA-T-G------AA---C-TCA-T---T-T-GC-A-C------A-A---GA---GGT-TT-A------CG-CC-TG-T-AA--A-C-A---A-T-G-C-GC-----T--A-TTT-C---A--C-G---A-T--A-C-------T-GCT-A-C-A-G-TCA-T-TT--A-CA---CA-A--T--T-TTT----G--G-GA---A-T-AT-A-G-A--TTC-T---T-A--TT-T-A-T-TC-G--T-A-TTTT-TGAAA
gi|81382                      :                   TATAT-CG-CGA-T-C-TTGA-A--AA-TCG--CC--CC-TT-T--C--T-----G--C--A----T-----C-TA--------TA----------C-AA-T-G------GA---C-TCA-T---T-T-GC-A-T------A-A-AGGA---GGG-TT-A----T--G-CC-TG-TAAA--A-C-A---A-T-G-C-GC-----C--AG--T-C---A--C-G---A-T--A-C----C--T-GCTGG-C-ATG-TCA-G-TT--A-CA---GA-A--A--T-ATT----TAGG-A----A-T-AT-A-G-A--TTC-TG--C-A--TT-T-A-T-TC----T-A--TTT-TGAAA
gi|81383                      :                   TATAT-TG-AGAAC-C-TTGA-A--A--TCGGCCT--CC-TT-TT-C--T-----G--C--C----T-----C-TA--------TA----------C-AA-TTG------GA---C-TCA-T---T-T-GC-A-T------A-A-A-GA---TGG-GT-A----T-CG-CC-TGAT-AA--A-C-A---A-T-G-C-GC-----C--AGTTT-C---A----G---A-T--A-TA---C--T-GCT-A-CTACG-TCA-G-TT--A-CA---CA-T--G--T-TTT----T--G-A----A-TAAT-A-G-A--TCT-GG--C-A--TT-T-ATT-TT-A--T-A-TTTT-TAAAAa
gi|81384                      :                   TATAT-CGGCGAAC-C-TTGA-A--A--ATG--CC--C--TT-TT-C--T-----G--CGAA----T-----C-TA--------TA----------C-AA-T-G------GA---C-GTA-T---T-T-GC-A-T------A-A-A-GA---GGG-TT-A----T-CG--C-TG-TAAA--A-C-A---A-T-GAC-GC-----C--AGTTT-C---A--C-G---A-T--A-C----C--T-GCG-A-C-A-GTTCA-G-TTG-A-CA----G-A--T--T-TTT----G--G-A----A-TGAT-AGG-A--TTCGTG--C-ATTTT-T-A-T-TT-AGGT-A-TT
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gi|81386                      :                   TATGT-CA-TGA-C-C-TTGA-A--A--TTG--CC--CC-TT-CT-T--T-----C--C--A----T-----C-TA--------TAGTGCAGCTTAC-AT-T-G------TA---C-TCA-T---T-T-GC-A-T------A------------------------CG-TA-TT-T-AA--A-A-A---A-T-A-C-GA-----A--TGTTT-T---A--C-G---A-T--A-T----C--T-GCA-A-T-A-G-CCA-G-TG--A-TA---CA-A--T--G-TTT----T--GAG----A-T-TT-A-T-A--TTC-TT--G-A--TC-T-A-T-TT-C--T-A-TCTT-TGAAA
gi|81387                      :                   TATAT-CG---A-C---TTGA-AGAA--TCG--CC--C---T-TT-C--T-----G--G--C----T-----C-TA--------TA----------C-AA-T-G------GA---C-TCA-T---T-TAGCGA-T------A-A-A-GA---GGG-TC------T-CG-CCTTG-T-AC--A-C-----A-T-G---GC-----C--AGTTT-C---A--C-G---A-T--A------C--T-GCT-A-T---G-TCA-G-TT--A--A---CA-A--T--T-TTA----G--A-GC---A-T-AT-A-G-A--ATT-TG--C-A--TTCT-A-T-TT-A--T-A-TATT-TGAA
gi|81388                      :                              A-C-T-TTTA-A--A--TCG--CC--TC-TT-AT-C--T-----G--C--A----TGTTTGG-TACGTGT---TA----------C-AA-T-G------GA---C-TCA-T---T-T-GC-A-T------A-A-A-CA---GGA-AT-A----T-CG-TA-TG-T-AA--G----------------------C--AGTTT-C---A--G-G---A-C--A-T----C--T-GCT-A-T-A-G-CTA-G-----A-CA---TA-C--T--T-TTT----G--G-G----A-T-AT-G-C-A--TTC-TT--G-A--TT-T-T-T-TT-A--T-A-CGTT-TGAAA
gi|81389                      : tatattatgattctggatTATAT-CG-CGATC-C-TTGA-A--AC-TCG--CC--CC-TC-TT----T-----G--C--A----T-----C-TAA-------TA----------C-AA-T-G------AC---C-TCA-T---T-T-GC-A-T--------A-A-GA---GGA-TT-C----T-CA-TC--A-T-AA--A-A-C---A-T-G-C-TCAAAATCGAAG-TT-C---A--C-G---A-C--ATC----C--T-GCT-A-T-A-G---G-A-TT--A-TA---CA-A--T--TCTTC----T--G-GAAT-A-T-AT-A-G----TTC-CA--G-A--TT-TCA-T-TT-A-------TTT-TGAAA
gi|81390                      :                   TATAT-CG-CGA-C-C-TTGA-------TCG--CA--CC-TT-TT-C--T-----G--C---------------TA--------TAGGA-------C-AA-T-G-------A---C-CCA-T---GAT-GC-A------------A-GA---GG---T-A----T--G-CC-TG-T-AAACA-C-A---A-T-G-C-G------C--AG-TT-C---A--G-G---A-T--G-C----C--T-GCT-A-A-A-G-TCA-G-TT--AGTA---AA-A--T--A-TTT----G--GAG----A-T-AT-A-G-G--ATG-CG--C-A--TT-T-A-TATT-A-------TTT-TGAAA
gi|81391                      :                   TATAT-CG-TGG-C-G-TTGA-T--A--TAA--TC--TA-TT-AT-CCGT-----G--T--G----T-----C-TGATGTGGTTTA----------T-GA-T-T------GA---C-TCA-T---T-T-GC-A-T------A-A-A-TA---TTC-TT-A----T-AA-AC-AA-T-AA--A-C-A---A-T-A-C-AA-----A--AG-TT-C---A--C----------A-CTCTGC--T-GCT-A-T-A-T-TCG-G-------CACTTCA-A--T--T-CTT----TA-A-G----A-T-AC-A-T-A--TTG-TA--G-A--TA-T-A-C-TT-AG-T-A-TTTC-TTAAa
gi|81392                      :                   TGTAT-TA-TGA-C-T-CTGA-A--A--TTG--CC--CT-TA-AT-C--T-----G--C--AGAAGT-----G-TT--------TA----------A-AA-T-G------TA---A-T-G-T---T-T-GT-A-T------G-A-A-TA---GTT-AT-A----T-CG-TA-TG-T-AA--A-C-G---A-T-G-C-G
gi|81393                      :                    ATAC-TG-TGA-C-C-TTGA-A--A--TCA--CC--CC-TT-CT-C--T-----G--C--A----C--------A--------TA----------C-AA-T-A------GA---C-TCA-T---T-T-GC-A-T------A-A-A-CA---GGG-GT-A----T-CG-TA-TG-T-AA--A-C-A---G-T-G-C-AA-----A--ATTTT-C---A--C-G---A-T--A-T----C--T-GCT-A-T-A-A-CTA-G-TT--A-TA---TA-A--T--A-TTT----T--G-G----A-T-AT-G-T-G--TTC-TA--G-A--TT-C-A-T-TT-A--C-A-Tatactttagatgtacaagttctcactatctttggtacattcagcgcagaaggatataatt
gi|81394                      :                    ATAT-CG-CGA-C-C-TTGAGA--A--TTG--CC--CC-AT-TT-CAAG-----G--C--A----T-----A-TA--------TA----------C-AA-T-G------GG---CCTCA-T---T-T-CG-A-T------A-A-A-GA---GGG-TT-A----T-CGGCC-TG-TCAAC-A-C-A---A-T-G-CCGC-----C--AGTTTTC---A--C-G---A-T--A-C----CT-T-GCT-G-C-A---TCA-G-TT--A-CA---CA-A--T--T-TTT----T--G-GTA--A-T-AT-T-A-A---TC-TG--C-A--TT-T-A-T-TT-A--TCA-TTTT-TGAAA
gi|81395                      :                    ATAT-CG-CGA-C-CGTTGA-A--A--TCG---C--CC-TT-TT-C--T-----G--C--A----T-----C-TA--------TA----------C-AA-T--------GA---C-TCATT---T-T-GC-A-TCAAAGAA-A-A-GA---GGG-AG-G----T--G-CC--G-T-AA--ACC-A---A-TAG-C--C-----C--AGTTT-C---C--A-G---A-T--A-C----C--T-GCT---C-A-G-TC----TTA-A-CA---CA-A--T--T-TTT----G--G-A----A-T-AT-A-G-A--TTC-TG--CAA--TT-TAA-T-TT-A--T-A-TTTT-TGAAA
gi|81396                      :                              A-C-T-TTTA-A--A--TCG--CC--TC-TT-AT-C--T-----G--C--A----T-----G-TT--------TG----------T-AG-T-GTTAAATGA---C-TCA-T---TCT-GC-A-T------A-A-A-CA---GGA-AT-A----T-CC-GC-AG-T-AA--G-C-A-------G-C-------------TTT-C---AG-C-G---A-C--A-T----C--T-GCT-A---A-G-CTA-G-----A--A---TA-C--T--T-TTT----G--G-G----A-T-AT-G-C-A--TTC-TT--G-A--TT-----T-TT-A--T-A-CGTT-TGAAA
gi|81397                      :                  attctgatG-TGA-CGC-TTGA-A--G--ATG--CC--CC-TT-TT-C--T-----G--C--A----T-----C-TA--------TA----------C-AAGT-G------GAG--C-CCA-T---T-T-GCAA-T------A-ATA-GA---GGG-TT-A----T-CG-CA-TG-C-AA--A-C-A---A-TGG-C-GA-----A--AGTTT-C---A--C-GAATA-T--A-T----C--T-GCT---C-G-C-TCA-G-TT----CA---CA-AATT--T-TTT----T--G-G----A-T-GTGA-T-A--TTC-TG--G-A--TT-T-A-T-TT-AG-T-A-TTTT-TGAAA
gi|81399                      :                             tA-C-C-TTGA-G--AATTCG--CC--CCATT-GT-C--A-----A--A--A----T-----A-TA---------A----------C-AA-T-G------GG---CCTCA-T---T-T--C-G-T------A-A-A-GA---GGG-T--A----T-CG-CC-TG-T-CA--A-C-ACCAA-T-G-CCGC-----C--AGTTT-C---A--C-G---AGT--A-C----C--TCGCT-A-----------G-TT--A-CA---CA-AATT--T-TTT----T--G-GTAATA-T-AT-A-G-A--TTC-TG--C-A--TT-T-A-T-TA-A--T-A-TTTTCTGAAA
gi|81400                      :                              A-C-C-TTGA-A--A--TC----C--CC-TTATTGC--T-----GG-C--AG---T-----C-TA--------TA------------AA-T-G------GA---A-CTA-T---T-T-GC-A-T------A-A-A-AA---GGGCTT-AAAATT-CA-CA-TG-C-GA--A-C-A---A------------------GTTT-C---TGTC-G---A-TT-A-C----CC-T-GCT-AGC-A-G-TCA-G-TT--A-CA---CA-AT-T--T-TTT----T--G-A----A-A-AT-A---A--TTA-TG--C-A--TT-G-A-T-TTAA--T-A-TTTT-TGAAA
gi|81401                      :                                             --TCG--CC--CC-TT-TT-C--T-----G--C--A----T-----C-TA--------TA----------C-AA-T-A------AA---C-TTA-T---T-T-GC-A-T------A-A-A-TA---TGG-CT-A----T-CG-CA-TG-T-AA--A-C-A---A-T-G-A-TA-----C--AGTTT-C---A--C-G---A-T--A-C----C--T-GCT-T-C-A-G-TCA-G-TT--A-C
gi|81402                      :                                                          -TT-TT-C--T-----G--C--A----T-----C-TA--------TA----------C-AA-T-A------GA-----TCC-T---T-T-GC-A-T------A-A-A-GA---GGG-TTGA----T-CG-ACATG-T-AA--A-C-AT--A-T-G-C-GA-----C--AGTTTTC---A--C-G---A-T--A-C----C--T-GTA-A-C-A-T-TCA-G-TT--A-CA---CA-A--TGTT-TTT----T--G-G----AAT-AT-A-G-A--TTC-TG--C-A--TT-T-A-T-TT-A--T-A--TTT-TGAAA
gi|81403                      :                                                                                            -TA--------TA----------T-AA-T-A------GA---C-TCA-C---T-T-GC-A-T------A-A-A-GA---GGG-TT-A----T-TG-TA-TG-T-AA--A-A-A---A-T-G-C-TA-----A--AGTTT-C---A--C-G---A-T--G-T----C--T-GCC-A-T-A-G-CCA-G-TT--G-CA---AACA--T--T-TTT----G--G-A----A-T-AC-A-T-AATTTC-TGAAA-A--TT-C-A---TT-A--T-A-TTTT-GGAAAa
gi|81404                      :                                                                                               --------TA----------T-AA-T-G------GATCTC-TCA-T---T---GC---T------AGA-A-GA---GG--TT-A----A-TG-TA-CG-T-AA----C-A---A-T-G-T-GA-----A--AGTTT-C---A--C-G---A-T--ATT----C--T-GCC-A-T-A-G-CCA-G-TT--A-C-------A--T--C-TTT----T--G-A----A-T-AT-A-T----TTC-TG--G-A--TT-T-A-T-
gi|81405                      :                                                                                                        A----------T-AA-T-T------GA---C-TCA-T---T-C-GC-A-T------G-A-A-TA---TTG-TC-A----T-TG-AA-TA-T-AA--A-C-A---G-T-G-C-AA--------AGGTT-C---A--A-A---C-TC-A-T----C--T-GCG-A-T-A-G-TCG-G-----A-CATT-CA-A--T--T-TTT----T--A-AAC--A-T-AT-A-T-A--TTC-TA--G-A--TT-
gi|81406                      :                                                                                                                      A-T-G------GA---CACCA-T---T-T-GC-A-T------A-A-A-GA---GG---T-A----G-CG-CC-TG-T-AA--AAC-A---A-T-G-C-GCG----C--AGTTTTC---A--C-G---A-T--A-C----C--T-GCT-A-C-A-G-TCA-G-TTAGA-GA---CA-A--T--T-AAT----T--G-G----A-
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Unaligned ( gi|81398 ): TGACTTTTAAATCACCCCTAATCCGAGTGTTTGATGTGTTTAATTGATTCATTTGCATTAATATTCTCAATGAACATAAATAATGCAAAAGTTCAAGCGCATCTGTTATAACCAGCAATTATTGTTAAAGATACATCTTCTATATATATATTTTT

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Reference ( family-571 )      :                   TATAT-CG-CGA-C-C-TTGA-A--A--TCG--CC--CC-TT-TT-C--T-----G--C--A----T-----C-TA--------TA----------C-AA-T-G------GA---C-TCA-T---T-T-GC-A-T------A-A-A-GA---GGG-TT-A----T-CG-CC-TG-T-AA--A-C-A---A-T-G-C-GC-----C--AGTTT-C---A--C-G---A-T--A-C----C--T-GCT-A-C-A-G-TCA-G-TT--A-CA---CA-A--T--T-TTT----T--G-G----A-T-AT-A-G-A--TTC-TG--C-A--TT-T-A-T-TT-A--T-A-TTTT-TGAAA
gi|81373                      :                   TATATTCG--GA-C-C-TTGA-A--A--TCG--CC--CC-TT-TT-C--T-----G--C--A----T-----C-TA--------TA----------C-AA-T-G------GA---C-TCA-T---T-T-GC-A-T------A-A-A-GA---GAG-TT-A----T-CG-CC-TG-T-AA--A-C-A---A-T-G-C-GC-----C--AGTTT-C---A--C-G---A-T--A-C----C--T-GCT-A-C-A-G-TCA-G-TT--A-CA---CA-A--T--T-TTT----T--G-G----A-T-AT-A-G-A--TTC-TG--C-A--TT-T-A-T-TT-A--T-A-TTTT-TGAAA
gi|81374                      :                   TATAT-CG-TGA-C-C-TTGA-T--A--TCG--CC--CC-TT-TT-C--T-----G--C--A----T-----C-CA--------TG----------C-AG-T-G------GA---C-TCA-T---T-T-GC-A-T------A-A-A-AA---GGG-TT-A----T-CG-CA-TG-T-AA--A-C-A---A-T-G-C-GA-----A--AGTTT-C---A--C-G---A-T--A-T----C--T-GCT-A-T-T-A-TCA-G-TT--A-CA---CA-A--T--T-TTT----T--G-GA---A-T-AT-A-T-A--TTC-TG--C-A--TT-T-G-T-TT-A--T-A-TTTT-TTAAA
gi|81375                      :                   TATAT-CG-CGA-C-C-TTGA-A--A--TCG--CC--CC-TT-TT-C--T-----G--C--A----T-----C-TA--------TA----------C-AA-T-G------GA---C-TCA-T---T-T-GC-A-T------T-A-A-GA---GGG-TT-A----T-CG-CC-TG-T-AA--A-C-A---A-T-G-C-GC-----C--AGTTT-C---A--C-G---A-T--A-C----C--T-GCT-A-C-A-G-TCAGG-TT--A-CA---CA-A--T--T-TTT----T--G-GA---A-T-AT-A-G-A--TTC-TG--T-A--TT-T-A-T-TC-A--T-ATTTTT-TGAAA
gi|81376                      :                   TATAT-CG-CGA-C-C-TTGA-A--A--TCG--CC--CC-TT-TT-C--T-----G--C--A----T-----C-TA--------TA----------C-AA-T-G------GA---C-TCA-T---T-T-GC-ATT------A-A-A-GA---GGG-TT-A----T-CG-CC-TG-T-AA--A-C-A---A-T-G-C-GC-----C--AGTTT-C---A--C-G---A-T--A-C----C--T-GCT-A-C-A-G-TCAGG-TT--A-CA---CA-A--T--T-TTT----T--G-GA---A-T-ATAA-G-A--TTT-TG--T-A--TT-T-A-T-TC-A--T-A-TTTT-TGAAAa
gi|81377                      :                   TATAT-CG-CGA-C-C-TTGA-A--C--TCG--CC--CC-TT-TT-C--T-----G--C--A----T-----C-TA--------TA----------C-AA-T-G------AA---C-TCA-T---T-T-GC-A-T------A-A-A-GA---GG--TT-A----T-CG-CC-TG-T-AA--A-C-A---A-T-G-C-GC-----C--AGTTT-C---A--C-G---A-T--A-C----C--T-GCT-A-C-A-G-TCA-G-TT--A-CA---CA-A--T--T-TTT----T--G-GA---A-T-AA-A-G-A--TTC-TG--C-A--TT-C-A-T-TT-A--T-A-TTTT-TGAAA
gi|81378                      :                   TATAT-CG-CAA-C-C-TTGA-A--A--TCG--CC--CC-TT-TT-C--G-----G--T--A----T-----C-TA--------TA----------C-AA-T-G------GA---C-TCA-T---T-T-GC-A-T------A-A-A-GA----GG-CT-A----T-CG-CA-TG-T-AA--A-CAA---A-T-G-C-GA-----C--ATTTT-C---ACGC-G---A-T--A-C----C--T-GCA-T-C-A-G-TCA-G-TT--A-CA---CA-A-----T-TTT----T--G-G----A-T-AT-A-G-A--TTC-TG--C-A--TT-T-A-T-TT-A--T-A--TTT-TGAAA
gi|81379                      :                   TATAC-TG-TAA-C-C-TTGA-A--A--TCA--CC--TC-TT-TT-T--TATGGTG--C--G----T-----C--G--------TA----------T-AA-T-G------GA---C-TCA-T---T-T-GC-A-T------A-A-A-GA---GGG-TT-A----T-CG-TA-CG-T-AA--A-C-A---A-T-G-T-GA-----A--AGTTT-C---A--C-G---A-T--A-T----C--T-GCC-A-T-A-G-CCA-G-TT-----A---CA-A--TC-T-TTT----T--G-A----A-T-AT-A-T-A--TTC-TG--G-A--TT-T-A-T-a
gi|81380                      :                   TATAT-CG-CGA-C-C-TTGA-A--A--TCG--CCGCCT-TT-TT-C--T-----G--C--A----T-----C-TA--------TA----------C-AA-T-G------AA---C-TCA-T---T-T-GC-A-C------A-A-A-GA---GGT-TT-T----A-CG-CC-TG-T-AA--A-C-A---A-T-G-C-GC-----T--AGTTT-CA--A--C-G---A-T--A------C--T-GCT-A-C-A-G-TCA-T-TT--A-CA---CA-A--T--T-TTT----G--G-GA---A-T-AT-A-GAA--TTC-T---T-A--TT-T-A-T-TC-G--T-A-TTTT-TGAAA
gi|81381                      :                   TATAT-CG-CGA-C---TTGA-A--A--TCG--CC--CC-TT-TTTC--T-----G--C--A----T-----CCTA--------TA----------C-AA-T-G------AA---C-TCA-T---T-T-GC-A-C------A-A---GA---GGT-TT-A------CG-CC-TG-T-AA--A-C-A---A-T-G-C-GC-----T--A-TTT-C---A--C-G---A-T--A-C-------T-GCT-A-C-A-G-TCA-T-TT--A-CA---CA-A--T--T-TTT----G--G-GA---A-T-AT-A-G-A--TTC-T---T-A--TT-T-A-T-TC-G--T-A-TTTT-TGAAA
gi|81382                      :                   TATAT-CG-CGA-T-C-TTGA-A--AA-TCG--CC--CC-TT-T--C--T-----G--C--A----T-----C-TA--------TA----------C-AA-T-G------GA---C-TCA-T---T-T-GC-A-T------A-A-AGGA---GGG-TT-A----T--G-CC-TG-TAAA--A-C-A---A-T-G-C-GC-----C--AG--T-C---A--C-G---A-T--A-C----C--T-GCTGG-C-ATG-TCA-G-TT--A-CA---GA-A--A--T-ATT----TAGG-A----A-T-AT-A-G-A--TTC-TG--C-A--TT-T-A-T-TC----T-A--TTT-TGAAA
gi|81383                      :                   TATAT-TG-AGAAC-C-TTGA-A--A--TCGGCCT--CC-TT-TT-C--T-----G--C--C----T-----C-TA--------TA----------C-AA-TTG------GA---C-TCA-T---T-T-GC-A-T------A-A-A-GA---TGG-GT-A----T-CG-CC-TGAT-AA--A-C-A---A-T-G-C-GC-----C--AGTTT-C---A----G---A-T--A-TA---C--T-GCT-A-CTACG-TCA-G-TT--A-CA---CA-T--G--T-TTT----T--G-A----A-TAAT-A-G-A--TCT-GG--C-A--TT-T-ATT-TT-A--T-A-TTTT-TAAAAa
gi|81384                      :                   TATAT-CGGCGAAC-C-TTGA-A--A--ATG--CC--C--TT-TT-C--T-----G--CGAA----T-----C-TA--------TA----------C-AA-T-G------GA---C-GTA-T---T-T-GC-A-T------A-A-A-GA---GGG-TT-A----T-CG--C-TG-TAAA--A-C-A---A-T-GAC-GC-----C--AGTTT-C---A--C-G---A-T--A-C----C--T-GCG-A-C-A-GTTCA-G-TTG-A-CA----G-A--T--T-TTT----G--G-A----A-TGAT-AGG-A--TTCGTG--C-ATTTT-T-A-T-TT-AGGT-A-TT
gi|81385                      :                   TATAT-CG--GA-C-C-TTGA-A--A--TCG--CC--CC-TT-TT-C--T-----GGCC--A----T-----C-TA--------TA----------CGAA-T-G------GA---C--CA-T---T-T-GC---T------A-A-A-GA----GG-TT-A----G-CG-CC-TG-TAAA--A-C-A---ACT-G-C-GC-----C--AG-TT-C---A--CGG---A-T--A-C----C--T-GCT-A-C-A-G-TCA-GCTT--A-GAT--CA-A--T--T-
gi|81386                      :                   TATGT-CA-TGA-C-C-TTGA-A--A--TTG--CC--CC-TT-CT-T--T-----C--C--A----T-----C-TA--------TAGTGCAGCTTAC-AT-T-G------TA---C-TCA-T---T-T-GC-A-T------A------------------------CG-TA-TT-T-AA--A-A-A---A-T-A-C-GA-----A--TGTTT-T---A--C-G---A-T--A-T----C--T-GCA-A-T-A-G-CCA-G-TG--A-TA---CA-A--T--G-TTT----T--GAG----A-T-TT-A-T-A--TTC-TT--G-A--TC-T-A-T-TT-C--T-A-TCTT-TGAAA
gi|81387                      :                   TATAT-CG---A-C---TTGA-AGAA--TCG--CC--C---T-TT-C--T-----G--G--C----T-----C-TA--------TA----------C-AA-T-G------GA---C-TCA-T---T-TAGCGA-T------A-A-A-GA---GGG-TC------T-CG-CCTTG-T-AC--A-C-----A-T-G---GC-----C--AGTTT-C---A--C-G---A-T--A------C--T-GCT-A-T---G-TCA-G-TT--A--A---CA-A--T--T-TTA----G--A-GC---A-T-AT-A-G-A--ATT-TG--C-A--TTCT-A-T-TT-A--T-A-TATT-TGAA
gi|81388                      :                              A-C-T-TTTA-A--A--TCG--CC--TC-TT-AT-C--T-----G--C--A----TGTTTGG-TACGTGT---TA----------C-AA-T-G------GA---C-TCA-T---T-T-GC-A-T------A-A-A-CA---GGA-AT-A----T-CG-TA-TG-T-AA--G----------------------C--AGTTT-C---A--G-G---A-C--A-T----C--T-GCT-A-T-A-G-CTA-G-----A-CA---TA-C--T--T-TTT----G--G-G----A-T-AT-G-C-A--TTC-TT--G-A--TT-T-T-T-TT-A--T-A-CGTT-TGAAA
gi|81389                      : tatattatgattctggatTATAT-CG-CGATC-C-TTGA-A--AC-TCG--CC--CC-TC-TT----T-----G--C--A----T-----C-TAA-------TA----------C-AA-T-G------AC---C-TCA-T---T-T-GC-A-T--------A-A-GA---GGA-TT-C----T-CA-TC--A-T-AA--A-A-C---A-T-G-C-TCAAAATCGAAG-TT-C---A--C-G---A-C--ATC----C--T-GCT-A-T-A-G---G-A-TT--A-TA---CA-A--T--TCTTC----T--G-GAAT-A-T-AT-A-G----TTC-CA--G-A--TT-TCA-T-TT-A-------TTT-TGAAA
gi|81390                      :                   TATAT-CG-CGA-C-C-TTGA-------TCG--CA--CC-TT-TT-C--T-----G--C---------------TA--------TAGGA-------C-AA-T-G-------A---C-CCA-T---GAT-GC-A------------A-GA---GG---T-A----T--G-CC-TG-T-AAACA-C-A---A-T-G-C-G------C--AG-TT-C---A--G-G---A-T--G-C----C--T-GCT-A-A-A-G-TCA-G-TT--AGTA---AA-A--T--A-TTT----G--GAG----A-T-AT-A-G-G--ATG-CG--C-A--TT-T-A-TATT-A-------TTT-TGAAA
gi|81391                      :                   TATAT-CG-TGG-C-G-TTGA-T--A--TAA--TC--TA-TT-AT-CCGT-----G--T--G----T-----C-TGATGTGGTTTA----------T-GA-T-T------GA---C-TCA-T---T-T-GC-A-T------A-A-A-TA---TTC-TT-A----T-AA-AC-AA-T-AA--A-C-A---A-T-A-C-AA-----A--AG-TT-C---A--C----------A-CTCTGC--T-GCT-A-T-A-T-TCG-G-------CACTTCA-A--T--T-CTT----TA-A-G----A-T-AC-A-T-A--TTG-TA--G-A--TA-T-A-C-TT-AG-T-A-TTTC-TTAAa
gi|81392                      :                   TGTAT-TA-TGA-C-T-CTGA-A--A--TTG--CC--CT-TA-AT-C--T-----G--C--AGAAGT-----G-TT--------TA----------A-AA-T-G------TA---A-T-G-T---T-T-GT-A-T------G-A-A-TA---GTT-AT-A----T-CG-TA-TG-T-AA--A-C-G---A-T-G-C-G
gi|81393                      :                    ATAC-TG-TGA-C-C-TTGA-A--A--TCA--CC--CC-TT-CT-C--T-----G--C--A----C--------A--------TA----------C-AA-T-A------GA---C-TCA-T---T-T-GC-A-T------A-A-A-CA---GGG-GT-A----T-CG-TA-TG-T-AA--A-C-A---G-T-G-C-AA-----A--ATTTT-C---A--C-G---A-T--A-T----C--T-GCT-A-T-A-A-CTA-G-TT--A-TA---TA-A--T--A-TTT----T--G-G----A-T-AT-G-T-G--TTC-TA--G-A--TT-C-A-T-TT-A--C-A-Tatactttagatgtacaagttctcactatctttggtacattcagcgcagaaggatataatt
gi|81394                      :                    ATAT-CG-CGA-C-C-TTGAGA--A--TTG--CC--CC-AT-TT-CAAG-----G--C--A----T-----A-TA--------TA----------C-AA-T-G------GG---CCTCA-T---T-T-CG-A-T------A-A-A-GA---GGG-TT-A----T-CGGCC-TG-TCAAC-A-C-A---A-T-G-CCGC-----C--AGTTTTC---A--C-G---A-T--A-C----CT-T-GCT-G-C-A---TCA-G-TT--A-CA---CA-A--T--T-TTT----T--G-GTA--A-T-AT-T-A-A---TC-TG--C-A--TT-T-A-T-TT-A--TCA-TTTT-TGAAA
gi|81395                      :                    ATAT-CG-CGA-C-CGTTGA-A--A--TCG---C--CC-TT-TT-C--T-----G--C--A----T-----C-TA--------TA----------C-AA-T--------GA---C-TCATT---T-T-GC-A-TCAAAGAA-A-A-GA---GGG-AG-G----T--G-CC--G-T-AA--ACC-A---A-TAG-C--C-----C--AGTTT-C---C--A-G---A-T--A-C----C--T-GCT---C-A-G-TC----TTA-A-CA---CA-A--T--T-TTT----G--G-A----A-T-AT-A-G-A--TTC-TG--CAA--TT-TAA-T-TT-A--T-A-TTTT-TGAAA
gi|81396                      :                              A-C-T-TTTA-A--A--TCG--CC--TC-TT-AT-C--T-----G--C--A----T-----G-TT--------TG----------T-AG-T-GTTAAATGA---C-TCA-T---TCT-GC-A-T------A-A-A-CA---GGA-AT-A----T-CC-GC-AG-T-AA--G-C-A-------G-C-------------TTT-C---AG-C-G---A-C--A-T----C--T-GCT-A---A-G-CTA-G-----A--A---TA-C--T--T-TTT----G--G-G----A-T-AT-G-C-A--TTC-TT--G-A--TT-----T-TT-A--T-A-CGTT-TGAAA
gi|81397                      :                  attctgatG-TGA-CGC-TTGA-A--G--ATG--CC--CC-TT-TT-C--T-----G--C--A----T-----C-TA--------TA----------C-AAGT-G------GAG--C-CCA-T---T-T-GCAA-T------A-ATA-GA---GGG-TT-A----T-CG-CA-TG-C-AA--A-C-A---A-TGG-C-GA-----A--AGTTT-C---A--C-GAATA-T--A-T----C--T-GCT---C-G-C-TCA-G-TT----CA---CA-AATT--T-TTT----T--G-G----A-T-GTGA-T-A--TTC-TG--G-A--TT-T-A-T-TT-AG-T-A-TTTT-TGAAA
gi|81399                      :                             tA-C-C-TTGA-G--AATTCG--CC--CCATT-GT-C--A-----A--A--A----T-----A-TA---------A----------C-AA-T-G------GG---CCTCA-T---T-T--C-G-T------A-A-A-GA---GGG-T--A----T-CG-CC-TG-T-CA--A-C-ACCAA-T-G-CCGC-----C--AGTTT-C---A--C-G---AGT--A-C----C--TCGCT-A-----------G-TT--A-CA---CA-AATT--T-TTT----T--G-GTAATA-T-AT-A-G-A--TTC-TG--C-A--TT-T-A-T-TA-A--T-A-TTTTCTGAAA
gi|81400                      :                              A-C-C-TTGA-A--A--TC----C--CC-TTATTGC--T-----GG-C--AG---T-----C-TA--------TA------------AA-T-G------GA---A-CTA-T---T-T-GC-A-T------A-A-A-AA---GGGCTT-AAAATT-CA-CA-TG-C-GA--A-C-A---A------------------GTTT-C---TGTC-G---A-TT-A-C----CC-T-GCT-AGC-A-G-TCA-G-TT--A-CA---CA-AT-T--T-TTT----T--G-A----A-A-AT-A---A--TTA-TG--C-A--TT-G-A-T-TTAA--T-A-TTTT-TGAAA
gi|81401                      :                                             --TCG--CC--CC-TT-TT-C--T-----G--C--A----T-----C-TA--------TA----------C-AA-T-A------AA---C-TTA-T---T-T-GC-A-T------A-A-A-TA---TGG-CT-A----T-CG-CA-TG-T-AA--A-C-A---A-T-G-A-TA-----C--AGTTT-C---A--C-G---A-T--A-C----C--T-GCT-T-C-A-G-TCA-G-TT--A-C
gi|81402                      :                                                          -TT-TT-C--T-----G--C--A----T-----C-TA--------TA----------C-AA-T-A------GA-----TCC-T---T-T-GC-A-T------A-A-A-GA---GGG-TTGA----T-CG-ACATG-T-AA--A-C-AT--A-T-G-C-GA-----C--AGTTTTC---A--C-G---A-T--A-C----C--T-GTA-A-C-A-T-TCA-G-TT--A-CA---CA-A--TGTT-TTT----T--G-G----AAT-AT-A-G-A--TTC-TG--C-A--TT-T-A-T-TT-A--T-A--TTT-TGAAA
gi|81403                      :                                                                                            -TA--------TA----------T-AA-T-A------GA---C-TCA-C---T-T-GC-A-T------A-A-A-GA---GGG-TT-A----T-TG-TA-TG-T-AA--A-A-A---A-T-G-C-TA-----A--AGTTT-C---A--C-G---A-T--G-T----C--T-GCC-A-T-A-G-CCA-G-TT--G-CA---AACA--T--T-TTT----G--G-A----A-T-AC-A-T-AATTTC-TGAAA-A--TT-C-A---TT-A--T-A-TTTT-GGAAAa
gi|81404                      :                                                                                               --------TA----------T-AA-T-G------GATCTC-TCA-T---T---GC---T------AGA-A-GA---GG--TT-A----A-TG-TA-CG-T-AA----C-A---A-T-G-T-GA-----A--AGTTT-C---A--C-G---A-T--ATT----C--T-GCC-A-T-A-G-CCA-G-TT--A-C-------A--T--C-TTT----T--G-A----A-T-AT-A-T----TTC-TG--G-A--TT-T-A-T-
gi|81405                      :                                                                                                        A----------T-AA-T-T------GA---C-TCA-T---T-C-GC-A-T------G-A-A-TA---TTG-TC-A----T-TG-AA-TA-T-AA--A-C-A---G-T-G-C-AA--------AGGTT-C---A--A-A---C-TC-A-T----C--T-GCG-A-T-A-G-TCG-G-----A-CATT-CA-A--T--T-TTT----T--A-AAC--A-T-AT-A-T-A--TTC-TA--G-A--TT-
gi|81406                      :                                                                                                                      A-T-G------GA---CACCA-T---T-T-GC-A-T------A-A-A-GA---GG---T-A----G-CG-CC-TG-T-AA--AAC-A---A-T-G-C-GCG----C--AGTTTTC---A--C-G---A-T--A-C----C--T-GCT-A-C-A-G-TCA-G-TTAGA-GA---CA-A--T--T-AAT----T--G-G----A-
gi|81407                      :                                                                                                                         -G------GA-----TCA-TATGT-T-GC-A-T------A-G-A-GGAGGGGG-TT-A----TGCG-CT-TA-A-AA--G-C-A---A-T-G-C-GC--------AGTTT-CGTCA--C-G---A-TTAA-T----CCGT-GCT-A-C-A-G-TCA-G-TG--A-TA---CC-A--C--T-TTTGCTTT--G-G----AATGAT-A-G-A--TTC-TG--C-A--TT-T-A---TT-A--T-A-T


blockSeqs                     :                        .  GC  A G G    G GA AT   GC  GC  A  A  T CG ATGGT GC GA GAAG GTTTG C  ATGTGGTT  GTGCAGCTTA G  G T TTAAAT  TCT C   T ATG A A  G T CAAAGA G T G  AGG  GC  G AAAT G  G CT  A A  AC C A CCA C A A TCAAAATCGA      T GTC CG G AAT G TA CTCTG  CG C   G CT  T T   G C  AG G  CTT  C AT GT C   GCTTT   A TAAT A A  A GA  AT   G  AAA  TT  C C T A  A GG C T    C
blockSeqs                     :                        .  T   A . .    . .  A    .   .   .  .  G AA .     G  .  G    .     .  CGTGT     GGA        .  . . .       G   C   . .   C .  A . .      . . .  .    G   . .    .  . CA  . A  C  A . T   . G . CGCC            T A   GT . .   . T  TA     T  .   . GC  C .   G .  G  .  TT   . AT C  .   TAG     A AAT  A G  G GG  .    .  CA   .   . A . .  . G  . .    .
blockSeqs                     :                        .  C   T . .    . .  C    .   .   .  .  . .  .     .  .  .    .     .  A         .          .  . . .       .   A   . .   . .  . . .      . . .  .    G   . .    .  . A   . A  .  . . .   . . . CGCC            T .   G  . .   . C  TC     C  .   . T   . .   . .  A  .  T    . T  .  .   TA      . TA   . G  . T   .    .  C    .   . . . .  . G  . .    .
blockSeqs                     :                        .  C   . . .    . .  .    .   .   .  .  . .  .     .  .  .    .     .  .         .          .  . . .       .   .   . .   . .  . . .      . . .  .    G   . .    .  . C   . C  .  . . .   . . . GCGC            . .   .  . .   . .  TT     .  .   . C   . .   . .  .  .  .    . .  .  .   T       . AC   . .  . G   .    .  T    .   . . . .  . .  . .    .
blockSeqs                     :                        .  C   . . .    . .  .    .   .   .  .  . .  .     .  .  .    .     .  .         .          .  . . .       .   .   . .   . .  . . .      . . .  .    G   . .    .  . C   . .  .  . . .   . . . GAA             . .   .  . .   . .  T      .  .   . C   . .   . .  .  .  .    . .  .  .   T       . A    . .  . G   .    .  T    .   . . . .  . .  . .    .
blockSeqs                     :                        .  C   . . .    . .  .    .   .   .  .  . .  .     .  .  .    .     .  .         .          .  . . .       .   .   . .   . .  . . .      . . .  .    G   . .    .  . C   . .  .  . . .   . . . GCC             . .   .  . .   . .  C      .  .   . C   . .   . .  .  .  .    . .  .  .   T       . A    . .  . G   .    .  C    .   . . . .  . .  . .    .
blockSeqs                     :                        .  T   . . .    . .  .    .   .   .  .  . .  .     .  .  .    .     .  .         .          .  . . .       .   .   . .   . .  . . .      . . .  .    T   . .    .  . A   . .  .  . . .   . . . GCC             . .   .  . .   . .  C      .  .   . C   . .   . .  .  .  .    . .  .  .   T       . A    . .  . G   .    .  C    .   . . . .  . .  . .    .
blockSeqs                     :                        .  C   . . .    . .  .    .   .   .  .  . .  .     .  .  .    .     .  .         .          .  . . .       .   .   . .   . .  . . .      . . .  .    T   . .    .  . A   . .  .  . . .   . . . GCC             . .   .  . .   . .  C      .  .   . T   . .   . .  .  .  .    . .  .  .   T       . A    . .  . T   .    .  G    .   . . . .  . .  . .    .
blockSeqs                     :                        .  C   . . .    . .  .    .   .   .  .  . .  .     .  .  .    .     .  .         .          .  . . .       .   .   . .   . .  . . .      . . .  .    G   . .    .  . C   . .  .  . . .   . . . GAC             . .   .  . .   . .  C      .  .   . C   . .   . .  .  .  .    . .  .  .   T       . A    . .  . G   .    .  T    .   . . . .  . .  . .    .
blockSeqs                     :                        .  C   . . .    . .  .    .   .   .  .  . .  .     .  .  .    .     .  .         .          .  . . .       .   .   . .   . .  . . .      . . .  .    G   . .    .  . C   . .  .  . . .   . . . GAA             . .   .  . .   . .  T      .  .   . C   . .   . .  .  .  .    . .  .  .   G       . A    . .  . G   .    .  T    .   . . . .  . .  . .    .
blockSeqs                     :                        .  A   . . .    . .  .    .   .   .  .  . .  .     .  .  .    .     .  .         .          .  . . .       .   .   . .   . .  . . .      . . .  .    G   . .    .  . C   . .  .  . . .   . . . GCT             . .   .  . .   . .  C      .  .   . C   . .   . .  .  .  .    . .  .  .   G       . C    . .  . G   .    .  C    .   . . . .  . .  . .    .
blockSeqs                     :                        .  T   . . .    . .  .    .   .   .  .  . .  .     .  .  .    .     .  .         .          .  . . .       .   .   . .   . .  . . .      . . .  .    G   . .    .  . C   . .  .  . . .   . . . GCT             . .   .  . .   . .  C      .  .   . C   . .   . .  .  .  .    . .  .  .   T       . .    . .  . T   .    .  C    .   . . . .  . .  . .    .
blockSeqs                     :                        .  C   . . .    . .  .    .   .   .  .  . .  .     .  .  .    .     .  .         .          .  . . .       .   .   . .   . .  . . .      . . .  .    G   . .    .  . C   . .  .  . . .   . . . GCC             . .   .  . .   . .  C      .  .   . C   . .   . .  .  .  .    . .  .  .   G       . .    . .  . G   .    .  C    .   . . . .  . .  . .    .
blockSeqs                     :                        .  C   . . .    . .  .    .   .   .  .  . .  .     .  .  .    .     .  .         .          .  . . .       .   .   . .   . .  . . .      . . .  .    A   . .    .  . C   . .  .  . . .   . . . GCC             . .   .  . .   . .  C      .  .   . T   . .   . .  .  .  .    . .  .  .   T       . .    . .  . C   .    .  G    .   . . . .  . .  . .    .
blockSeqs                     :                        .  T   . . .    . .  .    .   .   .  .  . .  .     .  .  .    .     .  .         .          .  . . .       .   .   . .   . .  . . .      . . .  .    A   . .    .  . A   . .  .  . . .   . . . GCC             . .   .  . .   . .  T      .  .   . T   . .   . .  .  .  .    . .  .  .   G       . .    . .  . G   .    .  C    .   . . . .  . .  . .    .
blockSeqs                     :                        .  T   . . .    . .  .    .   .   .  .  . .  .     .  .  .    .     .  .         .          .  . . .       .   .   . .   . .  . . .      . . .  .    C   . .    .  . A   . .  .  . . .   . . . GCC             . .   .  . .   . .  T      .  .   . T   . .   . .  .  .  .    . .  .  .   G       . .    . .  . G   .    .  G    .   . . . .  . .  . .    .
blockSeqs                     :                        .  T   . . .    . .  .    .   .   .  .  . .  .     .  .  .    .     .  .         .          .  . . .       .   .   . .   . .  . . .      . . .  .    T   . .    .  . C   . .  .  . . .   . . . GAA             . .   .  . .   . .  C      .  .   . T   . .   . .  .  .  .    . .  .  .   T       . .    . .  . T   .    .  G    .   . . . .  . .  . .    .
blockSeqs                     :                        .  C   . . .    . .  .    .   .   .  .  . .  .     .  .  .    .     .  .         .          .  . . .       .   .   . .   . .  . . .      . . .  .    G   . .    .  . C   . .  .  . . .   . . . GCC             . .   .  . .   . .  T      .  .   . A   . .   . .  .  .  .    . .  .  .   G       . .    . .  . T   .    .  C    .   . . . .  . .  . .    .
blockSeqs                     :                        .  C   . . .    . .  .    .   .   .  .  . .  .     .  .  .    .     .  .         .          .  . . .       .   .   . .   . .  . . .      . . .  .    G   . .    .  . C   . .  .  . . .   . . . AAA             . .   .  . .   . .  C      .  .   . T   . .   . .  .  .  .    . .  .  .   T       . .    . .  . A   .    .  G    .   . . . .  . .  . .    .
blockSeqs                     :                        .  T   . . .    . .  .    .   .   .  .  . .  .     .  .  .    .     .  .         .          .  . . .       .   .   . .   . .  . . .      . . .  .    G   . .    .  . A   . .  .  . . .   . . . AAA             . .   .  . .   . .  C      .  .   . T   . .   . .  .  .  .    . .  .  .   T       . .    . .  . G   .    .  G    .   . . . .  . .  . .    .
blockSeqs                     :                        .  .   . . .    . .  .    .   .   .  .  . .  .     .  .  .    .     .  .         .          .  . . .       .   .   . .   . .  . . .      . . .  .    A   . .    .  . A   . .  .  . . .   . . . GAA             . .   .  . .   . .  T      .  .   . C   . .   . .  .  .  .    . .  .  .   G       . .    . .  . C   .    .  C    .   . . . .  . .  . .    .
blockSeqs                     :                           .   . . .    . .  .    .   .   .  .  . .  .     .  .  .    .     .  .         .          .  . . .       .   .   . .   . .  . . .      . . .  .    G   . .    .  . C   . .  .  . . .   . . . TAC             . .   .  . .   . .  T      .  .   . C   . .   . .  .  .  .    . .  .  .   G       . .    . .  . T   .    .  G    .   . . . .  . .  . .    .
blockSeqs                     :                               . . .    . .  .    .   .   .  .  . .  .     .  .  .    .     .  .         .          .  . . .       .   .   . .   . .  . . .      . . .  .    G   . .    .  . C   . .  .  . . .   . . . GAC             . .   .  . .   . .  C      .  .   . C   . .   . .  .  .  .    . .  .  .   T       . .    . .  . G   .    .  G    .   . . . .  . .  . .    .
blockSeqs                     :                               . . .    . .  .    .   .   .  .  . .  .     .  .  .    .     .  .         .          .  . . .       .   .   . .   . .  . . .      . . .  .    G   . .    .  . C   . .  .  . . .   . . . TAA             . .   .  . .   . .  C      .  .   . C   . .   . .  .  .  .    . .  .  .   T       . .    . .  . G   .    .  C    .   . . . .  . .  . .     
blockSeqs                     :                               . . .    . .  .    .   .   .  .  . .  .     .  .  .    .     .  .         .          .  . . .       .   .   . .   . .  . . .      . . .  .    G   . .    .  . A   . .  .  . . .   . . . GAA             . .   .  . .   . .  C      .  .   . C   . .   . .  .  .  .    . .  .  .   T       . .    . .  . T   .    .  C    .   . . . .  . .  . .     
blockSeqs                     :                               . . .    . .  .    .   .   .  .  . .  .     .  .  .    .     .  .         .          .  . . .       .   .   . .   . .  . . .      . . .  .    G   . .    .  . C   . .  .  . . .   . . . GC              . .   .  . .   . .  C      .  .   . T   . .   . .  .  .  .    . .  .  .   T       . .    . .  . T   .    .  C    .   . . . .  . .  . .     
blockSeqs                     :                                             .    .   .   .  .  . .  .     .  .  .    .     .  .         .          .  . . .       .   .   . .   . .  . . .      . . .  .    G   . .    .  . A   . .  .  . . .   . . . CC              . .   .  . .   . .  T      .  .   . T   . .   . .  .  .  .    . .  .  .   G       . .    . .  . T   .    .  G    .   . . . .               
blockSeqs                     :                                                          .  .  . .  .     .  .  .    .     .  .         .          .  . . .       .   .   . .   . .  . . .      . . .  .    G   . .    .  . A   . .  .  . . .   . . . AA              . .   .  . .   . .  T      .  .   . T   . .   . .  .  .  .    . .  .  .   T       . .    . .  . G   .    .  G    .   . . . .               
blockSeqs                     :                                                                                            .  .         .          .  . . .       .   .   . .   . .  . . .      . . .  .    .   . .    .  . A   . .  .  . . .   . . . GC              . .   .  . .   . .  C      .  .   . C   . .   . .  .  .  .    . .  .  .   T       . .    . .  . .   .    .  C    .   .                     
blockSeqs                     :                                                                                               .         .          .  . . .       .   .   . .   . .  . . .      . . .  .    .   . .    .  . A   . .  .  . . .   . . . C               . .   .  . .   . .  T      .  .   . C   . .   . .  .  .  .    . .  .  .   T       . .    .                                                 
blockSeqs                     :                                                                                                         .          .  . . .       .   .   . .   . .  . . .      . . .  .    .   . .    .  . A   . .  .  . . .   . . . .               . .   .  . .   . .  .      .  .   . .   . .   . .  .  .  .    . .  .  .                                                                    
blockSeqs                     :                                                                                                                       . . .       .   .   . .   . .  . . .      . . .  .    .   . .    .  . C   . .  .  . . .   . . . .               . .   .  . .   . .  .      .  .   . .   . .   . .  .  .                                                                                    
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blockSeqCons                  :                           C*
originalCons                  :                   TATAT-CG-CGA-C-C-TTGA-A--A--TCG--CC--CC-TT-TT-C--T-----G--C--A----T-----C-TA--------TA----------C-AA-T-G------GA---C-TCA-T---T-T-GC-A-T------A-A-A-GA---GGG-TT-A----T-CG-CC-TG-T-AA--A-C-A---A-T-G-C-GC-----C--AGTTT-C---A--C-G---A-T--A-C----C--T-GCT-A-C-A-G-TCA-G-TT--A-CA---CA-A--T--T-TTT----T--G-G----A-T-AT-A-G-A--TTC-TG--C-A--TT-T-A-T-TT-A--T-A-TTTT-TGAAA
finalCons                     :                   TATAT-CGC-GA-C-C-TTGA-A--A--TCG--CC--CC-TT-TT-C--T-----G--C--A----T-----C-TA--------TA----------C-AA-T-G------GA---C-TCA-T---T-T-GC-A-T------A-A-A-GA---GGG-TT-A----T-CG-CC-TG-T-AA--A-C-A---A-T-G-C-GC-----C--AGTTT-C---A--C-G---A-T--A-C----C--T-GCT-A-C-A-G-TCA-G-TT--A-CA---CA-A--T--T-TTT----T--G-G----A-T-AT-A-G-A--TTC-TG--C-A--TT-T-A-T-TT-A--T-A-TTTT-TGAAA