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Reference ( gi|76771 )        : ACTCCAC--A-TCT-AG-CA-T----C--TCTGC----T-C-TG------A---G-AC-A----T------AAA--G---A----TT-CC--AT-C-A-CG-AA-TAC-AG--A-T--GT---AAG--AAAC-C-C---A---AA-C--GCAA-T----------TCA--C--AA-T--A-AT----A-GC-CCCAC-G--A-CC-C-TCC-A-T----GA-CA---C-AGGAA-ACAAA
gi|76772                      : ACTCCAC--A-TTT-AG-CA-T----C--TCTGC----T-C-TG------A---G-AC-A----T------AAA--G---A----TT-CC--AT-C-A-CG-AA-TAC-AG--A-T--TT---AAG--AAAC-C-C---A---AA-C--ACAA-T----------TCA--C--AA-T--A-AT----A-GC-TCCAC-G--A-CC-C-TCC-A-T----GA-CA---C-AGG-A-ACAAA
gi|76774                      : ACTCCAC--A-TCT-AG-CA-T----C--TCTGC----T-C-CG------A---G-AC-A----T------AAA--G---A----TT-CC--AT-C-A-CG-AA-TAC-AG--A-T--GT----AG--AAAC-C-T---A---AA-C--ACAA-T----------TCA--C---A-T--A-AT----A-GC-TCCAC-G--A-CC-C-TCC-A-T----GA-CA---C-AGGAA-ACAAA
gi|76773                      : ACTCCAC--A-TTT-AG-CA-T----C--TCTGC----T-C-TG------A---G-AC-A----T------AAA--G---A----TT-CC--AT-C-A-CG-AA-TAC-AG--A-T--TT----AG--AAAC-C-C---A---AA-C--ACAA-T----------TCA--C--A-----A-AT----A-GC-TCCAC-G--A-CC-C-TCC-A-T----GA-CA---C-AGGAA-AAAAA
gi|76776                      : ACTCCAC--A-TCT-AG-CA-T----C--TCTTC----T-C-TA------A---G-AC-A----A------AAC--G---A----TT-CC--AT-C-A-CG-AA-TAC-AG--A-A--GT---AAG--AAAC-T-C---A---AA-C--CCAA-T----------TCA--C--AA-T--A-AT----A-GC-TCCAC-G--A-CC-C-TCC-A-T----GA-CA---C-AGGAA-ACA
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gi|76787                      : ACTCGAC--A-TCT-GG-CA-T----C--TCTGC----T-C-CA------A---G-AC-------------AAC--G---A----TT--C--AT-G-A-CG-AA-TAC-AAATA-T--GT---AAG--AAA--C-C---A---AA-C--A-AA-T----------TC---C--TA-TA-A-AT----A-GC-TC--C-G--A-CC-C-TCC-A-T----
gi|76788                      : ATTCCAC--A-TCTTAG-CA-TAGATC--TCTGC----T-CATGG-----A---G-AC-G----T------ACA--G---A----TT-CC--AT-CAA-GG-AA-TAC-A---A-T---T-----G--AAA--C-C---A---AA-C--ACTT-T----------TCA--CG-AA-T--A-AT----A-GC-TCCACAG--A-CC-CTTCC-A-T----GA--A---A-GGAAA-ACAAA
gi|76790                      : ACTCGAC--AATTT-AG-CA-T----T--CTTGC----T-T-TA------A---G-AC-A-----------AAA--A---ACATTTT-CC--AT-C-A-CT-AA-GAC-AA--A-T--ATGA-AAG--AAAC-CACA--A---AA-C--ACAA-T----------TCA--C---T-T--A-AT----ATGC-TCCAC-G--A-CA-C-CCC-A-A----GT-CATACC-AGGGA-AAAAA
gi|76789                      : ACTCGA---A-TCT-AG-CAGT----CAATCTGC----T-T-CC------A---G-AC-A-----------AGA--GTCGA----TT-CA--A--C-A-CG-AA-TAC-AA--A-T--ATGTAAAG--AAAC-C-C---A---AA-C--ACAATT----------TCA--CT-AG-T--A-ATCTCGA-GC-TCACC-G--A-CC-CATCC-GCT----GT-TA---C-AGGAA-ATA
gi|76791                      :  CTCAAC--A-TCT-AG-CA-T----C--TCTGC----T-C-TG------AC--G-A--A----T------AAT--G---A----TT-CC--AT-C-A-CG-AA-TAC-AG--A-T--GT---AAG--AAA--C-C---A---AA-C--ACAA-T----------TCA--C--AA-T--A-AT----A-GT-TCCAC-G--A-CT-C-TCC-A-T----GA-CA---C-AGGAA-ACAAA
gi|76792                      :  CTCGAC--A-TTT-AG-CA-T----C--TC-GC----T-C-TG------ACCAG-AC-AAACCT------ACA------------T-CC--AT-C-A-CG-AA-TAC-AG--A-T--GT---AAG--AAAC-C-C---A---AA-C--ACA-------------TGA--C--AA-T--A-AC----A-GCTTCCAC-G--A-CC-C-TCC-A-T----GT-CA---C-A-GAA-ACA
gi|76793                      :  CTCCAC--AATCT-AT-CA-T----C--TCTGC----T-C-TA------A---G-AC-AA---T------AAA--G---A----TT-CC--AT-C-A-CT-AA--AT-AG----C--GT---TAA--AAAC-C-C---A---AA-C--ACAA-T----------TCA--C--AA-TTCA-AT----A--C-TCAAC-G--A-CC-C-TCC-A-TTTAGAA-CA---CTAGGAA-ACA
gi|76794                      :   TCCAC--A-TCT-AG-CAAT----C--TCTGC----T-C-TG------A---G-AT-A-------------A--G---A----TT-CCTAAT-C-AACG-AA-TAC-AG--A-T--GTT--AAGGAAAAT-C-CGATA---AC-C--ACAAAT----------TCA--CCAAA-T--G-AT----A-GC-CTCAC-G--A-CC-T-CCC-A-T----GA-CA---C-ATG-A-ACAAA
gi|76795                      :      AC--A-TCT-AG-CA-T----C--TCTGC----T-C-TG------A---G-AC-A----A------AAC--G---A----TT-CC--AT-C-A-CG-AG-TAC-AG--A-T--GT---AAG--AAAC-C-C---A---AA-C--ACAA-T----------TCA--C--AA-T--A-AT----A-GC-TCCAC-G--A-CC-C-TCC-A-T----GT-CA---C-AGAAA-ACA
gi|76796                      :      AC--A-TCT-AG-CA-T----C--ATTGC----T-C-TG------A---G-AC-A----A------AAC--G---A----TT-CC--AT-C-A-CG-AG-TAC-AG--A-T--GT---AAG--AAAC-C-C---A---AA-C--ACAA-T----------TCA--C--AA-T--A-AT----A-GC-TCCAC-G--A-CC-C-TCC-A-T----GT-CA---C-AGAAA-ACA
gi|76797                      :       C--A-TCT-AG-CA-T----C--TCTGC----T-C-CA------A---G-AC-A-----------AAGCCG---A----TT-CC--AT-C-A-CGAAA-TAC-AAATA-T--GT---AAG--AAAC-C-C---A---AA-C--A-AA-T----------TCA--C--TA-T----AT----A-GCTTCCAC-G--A-CC-C-TCC---T----GT-TA---C-AGGAA-ATA
gi|76798                      :        --A-TTT-AG-CA-T----C--TTTAC----T-A-TG------A---C-AC-A----A------AAC--G---A----TT-CC--AT-C-A-CG-AA-TAC-AG--A-T--GT---ACG--AAAC-T-C---AAGTAA-CA-ACAA-T----------ATA--T--AA-G--A-AT---------TCCAC-G--A-CC-C-TCC-A-T----GC-CA---C-AGTAA-ACA
gi|76799                      :        --A-TCT-CGACA-T----C--TTTGC----T-C---------------AC-A----G------AAC--A---A----TT-CC-----C---CG-AAATAC-AG--A-T--GT---AA---AAAC-C-C---A---AG-C--ACAT-T----------TAA--C--AA-T--A-AT----A-GC-TCCAC-G--A-CC-C-TCC-A-T----GT-CA---C-AGGAA-ACA
gi|76800                      :                    A-T----C--TCTGC----T-C-TA------A---G-AC-C----A------AAC--G---A----TT-CC--AT-C-A-TG-AA-TAC-AT--A-T--GT---AAG--AAAC-T-C---A---AA-T--CCAA-T----------TCA--C--AA-T--A-AT----A-GC-TTCAT-G--A-CC-C-TCC-A-T----GT-TA---T-AGGAA-ACAAA
gi|76801                      :                                                    ---G-AT-A----TG-----AAA--G---A----TTTCC--AT-T-A-CG-AA-AAC-AG--A-T--GT---AAG--AAAC-C-C---A---AA-C--ACAA-T----------TCA--C---A-T--A-AT----A-GC-TCCAC-G--A--C-C-TCC-A-T----GA-CA---C-AGGAA-ACAAA
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gi|76803                      :                                                                                              T-C-A-CG-AA-TAC-AG--A-T--GT---AAG--AAAC-C-C---A---AG-C--ACAA-G----------TAA--C--AA-T--
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lowQualScore                  :        .. .   .  .  . .... ..     .... . .  ...... ... .  . .........  .... .  . ..  ..  . . .  .  .   .  .. . ..  ...   ..    . . ... ...  . . .   . ..........   .. ..  . .. .  .... .  .     . .. .  . .   . . ....  .  ... .     .     
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Reference ( family-566 )      : ACTCCAC--A-TCT-AG-CA-T----C--TCTGC----T-C-TG------A---G-AC-A--N------AA-N--G-AT-T--CC--AT-C-A-CG-AA-TAC-AG--A-T--GT---AAG--AAAC-C-C---A---AA-C-A-CAA-T----------TCA--C--AA-T--A-AT----A-GC-TCCAC-G--A-CC-C-TCC-A-T----GA-CA---C-AGGAA-ACAAA
gi|76771                      : ACTCCAC--A-TCT-AG-CA-T----C--TCTGC----T-C-TG------A---G-AC-A--T------AA-A--G-AT-T--CC--AT-C-A-CG-AA-TAC-AG--A-T--GT---AAG--AAAC-C-C---A---AA-C-G-CAA-T----------TCA--C--AA-T--A-AT----A-GC-CCCAC-G--A-CC-C-TCC-A-T----GA-CA---C-AGGAA-ACAAA
gi|76772                      : ACTCCAC--A-TTT-AG-CA-T----C--TCTGC----T-C-TG------A---G-AC-A--T------AA-A--G-AT-T--CC--AT-C-A-CG-AA-TAC-AG--A-T--TT---AAG--AAAC-C-C---A---AA-C-A-CAA-T----------TCA--C--AA-T--A-AT----A-GC-TCCAC-G--A-CC-C-TCC-A-T----GA-CA---C-AGG-A-ACAAA
gi|76773                      : ACTCCAC--A-TTT-AG-CA-T----C--TCTGC----T-C-TG------A---G-AC-A--T------AA-A--G-AT-T--CC--AT-C-A-CG-AA-TAC-AG--A-T--TT----AG--AAAC-C-C---A---AA-C-A-CAA-T----------TCA--C--A-----A-AT----A-GC-TCCAC-G--A-CC-C-TCC-A-T----GA-CA---C-AGGAA-AAAAA
gi|76774                      : ACTCCAC--A-TCT-AG-CA-T----C--TCTGC----T-C-CG------A---G-AC-A--T------AA-A--G-AT-T--CC--AT-C-A-CG-AA-TAC-AG--A-T--GT----AG--AAAC-C-T---A---AA-C-A-CAA-T----------TCA--C---A-T--A-AT----A-GC-TCCAC-G--A-CC-C-TCC-A-T----GA-CA---C-AGGAA-ACAAA
gi|76775                      : ACTCCAC--A-TCT-AG-CA-T----C--TCTGC----T-C-TG------A---G-AC-A--A------AA-C--G-AT-T--CC--AT-C-A-CG-AA-TAC-AA--A-T--GT---AAG--AAAC-T-C---A---AA-C-A-CAA-T----------TCA--C--AA-C--A-AT----T-GC-TCCAC-G--A-TC-C-TCC-A-T----GA-CA---C-AAGAA-ACA
gi|76776                      : ACTCCAC--A-TCT-AG-CA-T----C--TCTTC----T-C-TA------A---G-AC-A--A------AA-C--G-AT-T--CC--AT-C-A-CG-AA-TAC-AG--A-A--GT---AAG--AAAC-T-C---A---AA-C-C-CAA-T----------TCA--C--AA-T--A-AT----A-GC-TCCAC-G--A-CC-C-TCC-A-T----GA-CA---C-AGGAA-ACA
gi|76777                      : ACTCCAC--A-TCT-AG-CA-T----T--TCTGC----T-A-TG------A---G-AC-A--A------AA-C--G-AT-T--CC--AT-C-A-CG-AA-TAC-AG--A-G--AT---AAG--AAAC-C-C---A---AA-C-A-CAA-T----------TCA--T--GA-T--A-AT----A-TT-TTCAC-G--A-CC-C-TCC-A-T----GA-CA---C-AGGAA-ACA
gi|76778                      : ACTCCAC--A-TCT-AG-CA-T----T--TCTGC----TAT-TG------A---G--C-A--A------AA-C--G-AT-T--CC--AT-C-A-CG-AA-TAC-AG--A-T--AT---AAG--AAAC-C-C---A---AA-C-A-CAA-T----------TCA--T--GA-T----AT----C-AT-TTCAC-GGAA-CC-C-TCC-A-T----GA-CA---C-AGGAA-ACA
gi|76779                      : ACTCGAC--A-TCT-AG-CA-T----C--TCTGC----T-C-TG------A---G-AC-A--A------AA-C--G-AC-T--CA--AT-C-A-CG-AA-TAC-AG--A-T--GT---AAG--AAAC-C-CGTTG---AC-C-A-CAA-T----------TCA--C--AA-T--G-AT----A-GC-TCCAC-G--A-CC-C-TCC-A-T----GT-CA---C-GGGAA-ACA
gi|76780                      : ACTTCCC--A-TCT-AG-CA-T----C--TCTGC----T-C-TG------AC--A-ACAA--A------AA-T--G-AT-T--CC--AT-C-A-AG-AA-TAC-AG--ATT--GT---AAG--AAAC-C-C---A---AACC-ACCAA-T----------TCA--C--AA-T--A-AT------GC-TCCAC----A-CC-C-TCC-A-T----GA-CA---C-AGGAA-ACA
gi|76781                      : ACGCCAC--A-TCTTAG-CA-T----C--TCTGC----T-TATG------A---TTAC-A--T------AA-A--G--T-T--CC--AT-C-A-CG-AA-AAC-AG--A-T--GT---AAG--AAA--C-C---A---AA-C-A-CAA-T----------TCA--C--AA-T--A-A-----A-GC-TCCAC-G--AGCC-C-TCCTA-T----GA-CA---C-AGATA-ACAAA
gi|76782                      : ACTCCACGAA-TCT-AG-CA------C--TCTGC------C-TG------A---G-AC-A--TTGTTTTAA-C--G-AT-T--TC--AT-C-A-CA-AA-TACCAG--A-T--GT---AAG--AAAT-C-G---A---AAAC-A-CAA-T----------TCA--C--AAAT--ACGT----A-GC-TCTACCG--A-CC-C-CCC-A-T----GA-CA---C-AGGAA-AC
gi|76783                      : ACTCGAC--A-TCT-AG-CA-T----C--TCTGC----T-C-TG------A---G-AA-C--A------AA-C--G-AT-T--AC--AA-T-A-CA-AG-TAC-AA--A-TATGT---AAA--GAAC-A-C---A---AA-C-A-CAAAT----------TCA--T--TA-T--A-AT----A-GC-TCCAC-G--A-CC-C-TCC-A-T----GG-TA---C-AGGAACATAAA
gi|76784                      : ACTCCAC--A-TCT-AG-CA-T----C--TC--C----T-C-TGTATACAA---G-AC-A--C------AA-AC-G-AT-T--CC--AT-C-A-TG-AA-TA---A--A-T--GT---AAG--ACAA-C-C---A---AA-C-A-CAA-T----------TCA--C--AA-T--A-AT----A-GC-TTCAC-G--A-CCGCATCC-A-T----GATCA---C-A
gi|76785                      : ACTCCAC--A-TCT-AG-CA-T----A--TCTGC----T-C-TG------A-----AC-AATA------AA-T--G-AT-T--CC--ATAC-A-C--AA-TAC-AGA-A-T--GT---AAG--AAACAC-C---A---AACC-A-CAA-T----------TCA--C--AA-T--A-AT----G-----TCAT-G--A-CC-C-TCC-A-T----GA--A---C-AGAAA-ACAAA
gi|76786                      : ACTCGAC--A-TCT-AG-CA-T----C--TCTGCCCCCT-C-TG------A---G-AC-A---------AG-C--G-AT-TT-CC--AT-C-A-CG-AA-TAC-AAATA-T--GT---AAG-------------A---AA-C-A-CAA-T----------TCA--C--TA----A-AT----A-GCTTCCAC-G--A-CCTC-TCC-A-
gi|76787                      : ACTCGAC--A-TCT-GG-CA-T----C--TCTGC----T-C-CA------A---G-AC-----------AA-C--G-AT-T---C--AT-G-A-CG-AA-TAC-AAATA-T--GT---AAG--AAA--C-C---A---AA-C-A--AA-T----------TC---C--TA-TA-A-AT----A-GC-TC--C-G--A-CC-C-TCC-A-T----
gi|76788                      : ATTCCAC--A-TCTTAG-CA-TAGATC--TCTGC----T-CATGG-----A---G-AC-G--T------AC-A--G-AT-T--CC--AT-CAA-GG-AA-TAC-A---A-T---T-----G--AAA--C-C---A---AA-C-A-CTT-T----------TCA--CG-AA-T--A-AT----A-GC-TCCACAG--A-CC-CTTCC-A-T----GA--A---A-GGAAA-ACAAA
gi|76789                      : ACTCGA---A-TCT-AG-CAGT----CAATCTGC----T-T-CC------A---G-AC-A--A------GA-GTCG-AT-T--CA--A--C-A-CG-AA-TAC-AA--A-T--ATGTAAAG--AAAC-C-C---A---AA-C-A-CAATT----------TCA--CT-AG-T--A-ATCTCGA-GC-TCACC-G--A-CC-CATCC-GCT----GT-TA---C-AGGAA-ATA
gi|76790                      : ACTCGAC--AATTT-AG-CA-T----T--CTTGC----T-T-TA------A---G-AC-A--A------AA-A--ACAT-TTTCC--AT-C-A-CT-AA-GAC-AA--A-T--ATGA-AAG--AAAC-CAC---A---AAAC-A-CAA-T----------TCA--C---T-T--A-AT----ATGC-TCCAC-G--A-CA-C-CCC-A-A----GT-CATACC-AGGGA-AAAAA
gi|76791                      :  CTCAAC--A-TCT-AG-CA-T----C--TCTGC----T-C-TG------AC--G-A--A--T------AA-T--G-AT-T--CC--AT-C-A-CG-AA-TAC-AG--A-T--GT---AAG--AAA--C-C---A---AA-C-A-CAA-T----------TCA--C--AA-T--A-AT----A-GT-TCCAC-G--A-CT-C-TCC-A-T----GA-CA---C-AGGAA-ACAAA
gi|76792                      :  CTCGAC--A-TTT-AG-CA-T----C--TC-GC----T-C-TG------ACCAG-AC-A--A------AC-C--T-ACAT--CC--AT-C-A-CG-AA-TAC-AG--A-T--GT---AAG--AAAC-C-C---A---AA-C-A-CA-------------TGA--C--AA-T--A-AC----A-GCTTCCAC-G--A-CC-C-TCC-A-T----GT-CA---C-A-GAA-ACA
gi|76793                      :  CTCCAC--AATCT-AT-CA-T----C--TCTGC----T-C-TA------A---G-AC-A--AT-----AA-A--G-AT-T--CC--AT-C-A-CT-AA--AT-AG----C--GT---TAA--AAAC-C-C---A---AA-C-A-CAA-T----------TCA--C--AA-TTCA-AT----A--C-TCAAC-G--A-CC-C-TCC-A-TTTAGAA-CA---CTAGGAA-ACA
gi|76794                      :   TCCAC--A-TCT-AG-CAAT----C--TCTGC----T-C-TG------A---G-AT-A--A------------G-AT-T--CCTAAT-C-AACG-AA-TAC-AG--A-T--GTT--AAGGAAAAT-C-CGATA---AC-C-A-CAAAT----------TCA--CCAAA-T--G-AT----A-GC-CTCAC-G--A-CC-T-CCC-A-T----GA-CA---C-ATG-A-ACAAA
gi|76795                      :      AC--A-TCT-AG-CA-T----C--TCTGC----T-C-TG------A---G-AC-A--A------AA-C--G-AT-T--CC--AT-C-A-CG-AG-TAC-AG--A-T--GT---AAG--AAAC-C-C---A---AA-C-A-CAA-T----------TCA--C--AA-T--A-AT----A-GC-TCCAC-G--A-CC-C-TCC-A-T----GT-CA---C-AGAAA-ACA
gi|76796                      :      AC--A-TCT-AG-CA-T----C--ATTGC----T-C-TG------A---G-AC-A--A------AA-C--G-AT-T--CC--AT-C-A-CG-AG-TAC-AG--A-T--GT---AAG--AAAC-C-C---A---AA-C-A-CAA-T----------TCA--C--AA-T--A-AT----A-GC-TCCAC-G--A-CC-C-TCC-A-T----GT-CA---C-AGAAA-ACA
gi|76797                      :       C--A-TCT-AG-CA-T----C--TCTGC----T-C-CA------A---G-AC-A--A------AGCC--G-AT-T--CC--AT-C-A-CGAAA-TAC-AAATA-T--GT---AAG--AAAC-C-C---A---AA-C-A--AA-T----------TCA--C--TA-T----AT----A-GCTTCCAC-G--A-CC-C-TCC---T----GT-TA---C-AGGAA-ATA
gi|76798                      :        --A-TTT-AG-CA-T----C--TTTAC----T-A-TG------A---C-AC-A--A------AA-C--G-AT-T--CC--AT-C-A-CG-AA-TAC-AG--A-T--GT---ACG--AAAC-T-C---AAGTAA-CAA-CAA-T----------ATA--T--AA-G--A-AT---------TCCAC-G--A-CC-C-TCC-A-T----GC-CA---C-AGTAA-ACA
gi|76799                      :        --A-TCT-CGACA-T----C--TTTGC----T-C---------------AC-A--G------AA-C--A-AT-T--CC-----C---CG-AAATAC-AG--A-T--GT---AA---AAAC-C-C---A---AG-C-A-CAT-T----------TAA--C--AA-T--A-AT----A-GC-TCCAC-G--A-CC-C-TCC-A-T----GT-CA---C-AGGAA-ACA
gi|76800                      :                    A-T----C--TCTGC----T-C-TA------A---G-AC-C--A------AA-C--G-AT-T--CC--AT-C-A-TG-AA-TAC-AT--A-T--GT---AAG--AAAC-T-C---A---AA-T-C-CAA-T----------TCA--C--AA-T--A-AT----A-GC-TTCAT-G--A-CC-C-TCC-A-T----GT-TA---T-AGGAA-ACAAA
gi|76801                      :                                                                ------AA-A--G-AT-TT-CC--AT-T-A-CG-AA-AAC-AG--A-T--GT---AAG--AAAC-C-C---A---AA-C-A-CAA-T----------TCA--C---A-T--A-AT----A-GC-TCCAC-G--A--C-C-TCC-A-T----GA-CA---C-AGGAA-ACAAA
gi|76802                      :                                                          gatatg------AA-C--G-AT-T--TC--AT-C-A-CA-AA-TAC-AG--A-T--GT---AAG--AAAT-C-G---A---AA-C-A-CAA-T----------TCA--C--AA-T--A-GT----A-GC-TCTAC-G--A-CC-C-CCC-A-T----GA-CA---C-AGGAA-AC
gi|76803                      :                                                                                        tT-C-A-CG-AA-TAC-AG--A-T--GT---AAG--AAAC-C-C---A---AG-C-A-CAA-G----------TAA--C--AA-T--
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lowQualScore                  :        .. .   .  .  . .... ..     .... . .  ...... ... .  . .........  ..   .... .   ..  .  .  .  .   .  .. .   ...   ..    . . ... ...  . . . .  . ..........   .. ..  . .. .  .... .  .     . .. .  . .   . . ....  .  ... .     .     
lowQualScore                  :        99 8   8  4  7 8888 88     8888 3 7  222222 000 3  3 444444444  11   9999 2   77  2  2  4  2   2  44 1   777   66    1 1 111 000  4 1 1 1  3 7777777777   66 99  1 77 2  7777 2  5     4 66 2  4 7   2 2 6666  2  222 2     3     
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Reference ( family-566 )      : ACTCCAC--A-TCT-AG-CA-T----C--TCTGC----T-C-TG------A---G-AC-A--A------AA--CGA----T-TCC--AT-CA-CG-AA-TAC-AG--A-TGT---AAG--AAAC-C-C---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C--AA-T--A-AT----A-GC-TCCAC-G--A-CC-C-TCC-A-T----GA-CA---C-AGGAA-ACAAA
gi|76771                      : ACTCCAC--A-TCT-AG-CA-T----C--TCTGC----T-C-TG------A---G-AC-A--T------AA--AGA----T-TCC--AT-CA-CG-AA-TAC-AG--A-TGT---AAG--AAAC-C-C---A---AA-C-G-C-AA-T----------TCA--C--AA-T--A-AT----A-GC-CCCAC-G--A-CC-C-TCC-A-T----GA-CA---C-AGGAA-ACAAA
gi|76772                      : ACTCCAC--A-TTT-AG-CA-T----C--TCTGC----T-C-TG------A---G-AC-A--T------AA--AGA----T-TCC--AT-CA-CG-AA-TAC-AG--A-TTT---AAG--AAAC-C-C---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C--AA-T--A-AT----A-GC-TCCAC-G--A-CC-C-TCC-A-T----GA-CA---C-AGG-A-ACAAA
gi|76773                      : ACTCCAC--A-TTT-AG-CA-T----C--TCTGC----T-C-TG------A---G-AC-A--T------AA--AGA----T-TCC--AT-CA-CG-AA-TAC-AG--A-TTT----AG--AAAC-C-C---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C--A-----A-AT----A-GC-TCCAC-G--A-CC-C-TCC-A-T----GA-CA---C-AGGAA-AAAAA
gi|76774                      : ACTCCAC--A-TCT-AG-CA-T----C--TCTGC----T-C-CG------A---G-AC-A--T------AA--AGA----T-TCC--AT-CA-CG-AA-TAC-AG--A-TGT----AG--AAAC-C-T---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C---A-T--A-AT----A-GC-TCCAC-G--A-CC-C-TCC-A-T----GA-CA---C-AGGAA-ACAAA
gi|76775                      : ACTCCAC--A-TCT-AG-CA-T----C--TCTGC----T-C-TG------A---G-AC-A--A------AA--CGA----T-TCC--AT-CA-CG-AA-TAC-AA--A-TGT---AAG--AAAC-T-C---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C--AA-C--A-AT----T-GC-TCCAC-G--A-TC-C-TCC-A-T----GA-CA---C-AAGAA-ACA
gi|76776                      : ACTCCAC--A-TCT-AG-CA-T----C--TCTTC----T-C-TA------A---G-AC-A--A------AA--CGA----T-TCC--AT-CA-CG-AA-TAC-AG--A-AGT---AAG--AAAC-T-C---A---AA-C-C-C-AA-T----------TCA--C--AA-T--A-AT----A-GC-TCCAC-G--A-CC-C-TCC-A-T----GA-CA---C-AGGAA-ACA
gi|76777                      : ACTCCAC--A-TCT-AG-CA-T----T--TCTGC----T-A-TG------A---G-AC-A--A------AA--CGA----T-TCC--AT-CA-CG-AA-TAC-AG--A-GAT---AAG--AAAC-C-C---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--T--GA-T--A-AT----A-TT-TTCAC-G--A-CC-C-TCC-A-T----GA-CA---C-AGGAA-ACA
gi|76778                      : ACTCCAC--A-TCT-AG-CA-T----T--TCTGC----TAT-TG------A---G--C-A--A------AA--CGA----T-TCC--AT-CA-CG-AA-TAC-AG--A-TAT---AAG--AAAC-C-C---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--T--GA-T----AT----C-AT-TTCAC-GGAA-CC-C-TCC-A-T----GA-CA---C-AGGAA-ACA
gi|76779                      : ACTCGAC--A-TCT-AG-CA-T----C--TCTGC----T-C-TG------A---G-AC-A--A------AA--CGA----C-TCA--AT-CA-CG-AA-TAC-AG--A-TGT---AAG--AAAC-C-CGTTG---AC-C-A-C-AA-T----------TCA--C--AA-T--G-AT----A-GC-TCCAC-G--A-CC-C-TCC-A-T----GT-CA---C-GGGAA-ACA
gi|76780                      : ACTTCCC--A-TCT-AG-CA-T----C--TCTGC----T-C-TG------AC--A-ACAA--A------AA--TGA----T-TCC--AT-CA-AG-AA-TAC-AG--ATTGT---AAG--AAAC-C-C---A---AACC-ACC-AA-T----------TCA--C--AA-T--A-AT------GC-TCCAC----A-CC-C-TCC-A-T----GA-CA---C-AGGAA-ACA
gi|76781                      : ACGCCAC--A-TCTTAG-CA-T----C--TCTGC----T-TATG------A---TTAC-A--T------AA--AG-----T-TCC--AT-CA-CG-AA-AAC-AG--A-TGT---AAG--AAA--C-C---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C--AA-T--A-A-----A-GC-TCCAC-G--AGCC-C-TCCTA-T----GA-CA---C-AGATA-ACAAA
gi|76782                      : ACTCCACGAA-TCT-AG-CA------C--TCTGC------C-TG------A---G-AC-A--TTGTTTTAA--CGA----T-TTC--AT-CA-CA-AA-TACCAG--A-TGT---AAG--AAAT-C-G---A---AAAC-A-C-AA-T----------TCA--C--AAAT--ACGT----A-GC-TCTACCG--A-CC-C-CCC-A-T----GA-CA---C-AGGAA-AC
gi|76783                      : ACTCGAC--A-TCT-AG-CA-T----C--TCTGC----T-C-TG------A---G-AA-C--A------AA--CGA----T-TAC--AA-TA-CA-AG-TAC-AAATA-TGT---AAA--GAAC-A-C---A---AA-C-A-CAAA-T----------TCA--T--TA-T--A-AT----A-GC-TCCAC-G--A-CC-C-TCC-A-T----GG-TA---C-AGGAACATAAA
gi|76784                      : ACTCCAC--A-TCT-AG-CA-T----C--TC--C----T-C-TGTATACAA---G-AC-AC-A------AA--CGA----T-TCC--AT-CA-TG-AA-TA---A--A-TGT---AAG--ACAA-C-C---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C--AA-T--A-AT----A-GC-TTCAC-G--A-CCGCATCC-A-T----GATCA---C-A
gi|76785                      : ACTCCAC--A-TCT-AG-CA-T----A--TCTGC----T-C-TG------A-----AC-AATA------AA--TGA----T-TCC--ATACA-C--AA-TAC-AGA-A-TGT---AAG--AAACAC-C---A---AACC-A-C-AA-T----------TCA--C--AA-T--A-AT----G-----TCAT-G--A-CC-C-TCC-A-T----GA--A---C-AGAAA-ACAAA
gi|76786                      : ACTCGAC--A-TCT-AG-CA-T----C--TCTGCCCCCT-C-TG------A---G-AC----A------AG--CGAT---T-TCC--AT-CA-CG-AA-TAC-AAATA-TGT---AAG-------------A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C--TA----A-AT----A-GCTTCCAC-G--A-CCTC-TCC-A-
gi|76787                      : ACTCGAC--A-TCT-GG-CA-T----C--TCTGC----T-C-CA------A---G-AC-----------AA--CGA----T-T-C--AT-GA-CG-AA-TAC-AAATA-TGT---AAG--AAA--C-C---A---AA-C-A---AA-T----------TC---C--TA-TA-A-AT----A-GC-TC--C-G--A-CC-C-TCC-A-T----
gi|76788                      : ATTCCAC--A-TCTTAG-CA-TAGATC--TCTGC----T-CATGG-----A---G-AC-G--T------AC--AGA----T-TCC--AT-CA-AGGAA-TAC-A---A-T-T-----G--AAAC-C-----A---AA-C-A-C-TT-T----------TCA--CG-AA-T--A-AT----A-GC-TCCACAG--A-CC-CTTCC-A-T----GA--A---A-GGAAA-ACAAA
gi|76789                      : ACTCGA---A-TCT-AG-CAGT----CAATCTGC----T-T-CC------A---G-AC-A--A------GAGTCGA----T-TCA--A--CA-CG-AA-TAC-AA--A-TATGTAAAG--AAAC-C-C---A---AA-C-A-C-AATT----------TCA--CT-AG-T--A-ATCTCGA-GC-TCACC-G--A-CC-CATCC-GCT----GT-TA---C-AGGAA-ATA
gi|76790                      : ACTCGAC--AATTT-AG-CA-T----T--CTTGC----T-T-TA------A---G-AC-A--A------AA---AACATTT-TCC--AT-CA-CT-AA-GAC-AA--A-TATGA-AAG--AAAC-CACA--A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C---T-T--A-AT----ATGC-TCCAC-G--A-CA-C-CCC-A-A----GT-CATACC-AGGGA-AAAAA
gi|76791                      :  CTCAAC--A-TCT-AG-CA-T----C--TCTGC----T-C-TG------AC--G-A--A--T------AA--TGA----T-TCC--AT-CA-CG-AA-TAC-AG--A-TGT---AAG--AAA--C-C---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C--AA-T--A-AT----A-GT-TCCAC-G--A-CT-C-TCC-A-T----GA-CA---C-AGGAA-ACAAA
gi|76792                      :  CTCGAC--A-TTT-AG-CA-T----C--TC-GC----T-C-TG------ACCAG-AC-A--A------AC--CTA----CATCC--AT-CA-CG-AA-TAC-AG--A-TGT---AAG--AAAC-C-C---A---AA-C-A-C-A-------------TGA--C--AA-T--A-AC----A-GCTTCCAC-G--A-CC-C-TCC-A-T----GT-CA---C-A-GAA-ACA
gi|76793                      :  CTCCAC--AATCT-AT-CA-T----C--TCTGC----T-C-TA------A---G-AC-A--AT-----AA--AGA----T-TCC--AT-CA-CT-AA--AT-AG----CGT---TAA--AAAC-C-C---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C--AA-TTCA-AT----A--C-TCAAC-G--A-CC-C-TCC-A-TTTAGAA-CA---CTAGGAA-ACA
gi|76794                      :   TCCAC--A-TCT-AG-CAAT----C--TCTGC----T-C-TG------A---G-AT-A--A-----------GA----T-TCCTAAT-CAACG-AA-TAC-AG--A-TGTT--AAGGAAAAT-C-CGATA---AC-C-A-C-AAAT----------TCA--CCAAA-T--G-AT----A-GC-CTCAC-G--A-CC-T-CCC-A-T----GA-CA---C-ATG-A-ACAAA
gi|76795                      :      AC--A-TCT-AG-CA-T----C--TCTGC----T-C-TG------A---G-AC-A--A------AA--CGA----T-TCC--AT-CA-CG-AG-TAC-AG--A-TGT---AAG--AAAC-C-C---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C--AA-T--A-AT----A-GC-TCCAC-G--A-CC-C-TCC-A-T----GT-CA---C-AGAAA-ACA
gi|76796                      :      AC--A-TCT-AG-CA-T----C--ATTGC----T-C-TG------A---G-AC-A--A------AA--CGA----T-TCC--AT-CA-CG-AG-TAC-AG--A-TGT---AAG--AAAC-C-C---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C--AA-T--A-AT----A-GC-TCCAC-G--A-CC-C-TCC-A-T----GT-CA---C-AGAAA-ACA
gi|76797                      :       C--A-TCT-AG-CA-T----C--TCTGC----T-C-CA------A---G-AC-A--A------AGC-CGA----T-TCC--AT-CA-CGAAA-TAC-AAATA-TGT---AAG--AAAC-C-C---A---AA-C-A---AA-T----------TCA--C--TA-T----AT----A-GCTTCCAC-G--A-CC-C-TCC---T----GT-TA---C-AGGAA-ATA
gi|76798                      :        --A-TTT-AG-CA-T----C--TTTAC----T-A-TG------A---C-AC-A--A------AA--CGA----T-TCC--AT-CA-CG-AA-TAC-AG--A-TGT---ACG--AAAC-T-C---AAGTAA-CAA-C-AA-T----------ATA--T--AA-G--A-AT---------TCCAC-G--A-CC-C-TCC-A-T----GC-CA---C-AGTAA-ACA
gi|76799                      :        --A-TCT-CGACA-T----C--TTTGC----T-C---------------AC-A--G------AA--CAA----T-TCC-----C--CG-AAATAC-AG--A-TGT---AA---AAAC-C-C---A---AG-C-A-C-AT-T----------TAA--C--AA-T--A-AT----A-GC-TCCAC-G--A-CC-C-TCC-A-T----GT-CA---C-AGGAA-ACA
gi|76800                      :                    A-T----C--TCTGC----T-C-TA------A---G-AC-C--A------AA--CGA----T-TCC--AT-CA-TG-AA-TAC-AT--A-TGT---AAG--AAAC-T-C---A---AA-T-C-C-AA-T----------TCA--C--AA-T--A-AT----A-GC-TTCAT-G--A-CC-C-TCC-A-T----GT-TA---T-AGGAA-ACAAA
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lowQualScore                  :        .. .   .  .  . .... ..     .... . .  ...... ... .  . .........  ..   .... .   ..  .  .  .  .   .  .. .   ...   ..    . . ... ...  . . . .  . ..........   .. ..  . .. .  .... .  .     . .. .  . .   . . ....  .  ... .     .     
lowQualScore                  :        99 8   8  4  7 8888 88     8888 3 7  222222 000 3  3 444444444  11   9999 2   77  2  2  4  2   2  44 1   777   66    1 1 111 000  4 1 1 1  3 7777777777   66 99  1 77 2  7777 2  5     4 66 2  4 7   2 2 6666  2  222 2     3     
consensus                     : ACTCCAC--A-TCT-AG-CA-T----C--TCTGC----T-C-TG------A---G-AC-A--A------AA--CGA----T-TCC--AT-CA-CG-AA-TAC-AG--A-TGT---AAG--AAAC-C-C---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C--AA-T--A-AT----A-GC-TCCAC-G--A-CC-C-TCC-A-T----GA-CA---C-AGGAA-ACAAA
Reference ( family-566 )      : ACTCCAC--A-TCT-AG-CA-T----C--TCTGC----T-C-TG------A---G-AC-A--A------AA--CGA----T-TCC--AT-CA-CG-AA-TAC-AG--A-TGT---AAG--AAAC-C-C---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C--AA-T--A-AT----A-GC-TCCAC-G--A-CC-C-TCC-A-T----GA-CA---C-AGGAA-ACAAA
gi|76771                      : ACTCCAC--A-TCT-AG-CA-T----C--TCTGC----T-C-TG------A---G-AC-A--T------AA--AGA----T-TCC--AT-CA-CG-AA-TAC-AG--A-TGT---AAG--AAAC-C-C---A---AA-C-G-C-AA-T----------TCA--C--AA-T--A-AT----A-GC-CCCAC-G--A-CC-C-TCC-A-T----GA-CA---C-AGGAA-ACAAA
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gi|76785                      : ACTCCAC--A-TCT-AG-CA-T----A--TCTGC----T-C-TG------A-----AC-AATA------AA--TGA----T-TCC--ATACA-C--AA-TAC-AGA-A-TGT---AAG--AAACAC-C---A---AACC-A-C-AA-T----------TCA--C--AA-T--A-AT----G-----TCAT-G--A-CC-C-TCC-A-T----GA--A---C-AGAAA-ACAAA
gi|76786                      : ACTCGAC--A-TCT-AG-CA-T----C--TCTGCCCCCT-C-TG------A---G-AC----A------AG--CGAT---T-TCC--AT-CA-CG-AA-TAC-AAATA-TGT---AAG-------------A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C--TA----A-AT----A-GCTTCCAC-G--A-CCTC-TCC-A-
gi|76787                      : ACTCGAC--A-TCT-GG-CA-T----C--TCTGC----T-C-CA------A---G-AC-----------AA--CGA----T-T-C--AT-GA-CG-AA-TAC-AAATA-TGT---AAG--AAA--C-C---A---AA-C-A---AA-T----------TC---C--TA-TA-A-AT----A-GC-TC--C-G--A-CC-C-TCC-A-T----
gi|76788                      : ATTCCAC--A-TCTTAG-CA-TAGATC--TCTGC----T-CATGG-----A---G-AC-G--T------AC--AGA----T-TCC--AT-CA-AGGAA-TAC-A---A-T-T-----G--AAAC-C-----A---AA-C-A-C-TT-T----------TCA--CG-AA-T--A-AT----A-GC-TCCACAG--A-CC-CTTCC-A-T----GA--A---A-GGAAA-ACAAA
gi|76789                      : ACTCGA---A-TCT-AG-CAGT----CAATCTGC----T-T-CC------A---G-AC-A--A------GAGTCGA----T-TCA--A--CA-CG-AA-TAC-AA--A-TATGTAAAG--AAAC-C-C---A---AA-C-A-C-AATT----------TCA--CT-AG-T--A-ATCTCGA-GC-TCACC-G--A-CC-CATCC-GCT----GT-TA---C-AGGAA-ATA
gi|76790                      : ACTCGAC--AATTT-AG-CA-T----T--CTTGC----T-T-TA------A---G-AC-A--A------AA---AACATTT-TCC--AT-CA-CT-AA-GAC-AA--A-TATGA-AAG--AAAC-CACA--A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C---T-T--A-AT----ATGC-TCCAC-G--A-CA-C-CCC-A-A----GT-CATACC-AGGGA-AAAAA
gi|76791                      :  CTCAAC--A-TCT-AG-CA-T----C--TCTGC----T-C-TG------AC--G-A--A--T------AA--TGA----T-TCC--AT-CA-CG-AA-TAC-AG--A-TGT---AAG--AAA--C-C---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C--AA-T--A-AT----A-GT-TCCAC-G--A-CT-C-TCC-A-T----GA-CA---C-AGGAA-ACAAA
gi|76792                      :  CTCGAC--A-TTT-AG-CA-T----C--TC-GC----T-C-TG------ACCAG-AC-A--A------AC--CTA----CATCC--AT-CA-CG-AA-TAC-AG--A-TGT---AAG--AAAC-C-C---A---AA-C-A-C-A-------------TGA--C--AA-T--A-AC----A-GCTTCCAC-G--A-CC-C-TCC-A-T----GT-CA---C-A-GAA-ACA
gi|76793                      :  CTCCAC--AATCT-AT-CA-T----C--TCTGC----T-C-TA------A---G-AC-A--AT-----AA--AGA----T-TCC--AT-CA-CT-AA--AT-AG----CGT---TAA--AAAC-C-C---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C--AA-TTCA-AT----A--C-TCAAC-G--A-CC-C-TCC-A-TTTAGAA-CA---CTAGGAA-ACA
gi|76794                      :   TCCAC--A-TCT-AG-CAAT----C--TCTGC----T-C-TG------A---G-AT-A--A-----------GA----T-TCCTAAT-CAACG-AA-TAC-AG--A-TGTT--AAGGAAAAT-C-CGATA---AC-C-A-C-AAAT----------TCA--CCAAA-T--G-AT----A-GC-CTCAC-G--A-CC-T-CCC-A-T----GA-CA---C-ATG-A-ACAAA
gi|76795                      :      AC--A-TCT-AG-CA-T----C--TCTGC----T-C-TG------A---G-AC-A--A------AA--CGA----T-TCC--AT-CA-CG-AG-TAC-AG--A-TGT---AAG--AAAC-C-C---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C--AA-T--A-AT----A-GC-TCCAC-G--A-CC-C-TCC-A-T----GT-CA---C-AGAAA-ACA
gi|76796                      :      AC--A-TCT-AG-CA-T----C--ATTGC----T-C-TG------A---G-AC-A--A------AA--CGA----T-TCC--AT-CA-CG-AG-TAC-AG--A-TGT---AAG--AAAC-C-C---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C--AA-T--A-AT----A-GC-TCCAC-G--A-CC-C-TCC-A-T----GT-CA---C-AGAAA-ACA
gi|76797                      :       C--A-TCT-AG-CA-T----C--TCTGC----T-C-CA------A---G-AC-A--A------AGC-CGA----T-TCC--AT-CA-CGAAA-TAC-AAATA-TGT---AAG--AAAC-C-C---A---AA-C-A---AA-T----------TCA--C--TA-T----AT----A-GCTTCCAC-G--A-CC-C-TCC---T----GT-TA---C-AGGAA-ATA
gi|76798                      :        --A-TTT-AG-CA-T----C--TTTAC----T-A-TG------A---C-AC-A--A------AA--CGA----T-TCC--AT-CA-CG-AA-TAC-AG--A-TGT---ACG--AAAC-T-C---AAGTAA-CAA-C-AA-T----------ATA--T--AA-G--A-AT---------TCCAC-G--A-CC-C-TCC-A-T----GC-CA---C-AGTAA-ACA
gi|76799                      :        --A-TCT-CGACA-T----C--TTTGC----T-C---------------AC-A--G------AA--CAA----T-TCC-----C--CG-AAATAC-AG--A-TGT---AA---AAAC-C-C---A---AG-C-A-C-AT-T----------TAA--C--AA-T--A-AT----A-GC-TCCAC-G--A-CC-C-TCC-A-T----GT-CA---C-AGGAA-ACA
gi|76800                      :                    A-T----C--TCTGC----T-C-TA------A---G-AC-C--A------AA--CGA----T-TCC--AT-CA-TG-AA-TAC-AT--A-TGT---AAG--AAAC-T-C---A---AA-T-C-C-AA-T----------TCA--C--AA-T--A-AT----A-GC-TTCAT-G--A-CC-C-TCC-A-T----GT-TA---T-AGGAA-ACAAA
gi|76801                      :                                                                             ----T-TCC--AT-TA-CG-AA-AAC-AG--A-TGT---AAG--AAAC-C-C---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C---A-T--A-AT----A-GC-TCCAC-G--A--C-C-TCC-A-T----GA-CA---C-AGGAA-ACAAA
gi|76802                      :                                                    gatatgaaagat------AA--CGA----T-TTC--AT-CA-CA-AA-TAC-AG--A-TGT---AAG--AAAT-C-G---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C--AA-T--A-GT----A-GC-TCTAC-G--A-CC-C-CCC-A-T----GA-CA---C-AGGAA-AC
gi|76803                      :                                                                                        tT-CA-CG-AA-TAC-AG--A-TGT---AAG--AAAC-C-C---A---AG-C-A-C-AA-G----------TAA--C--AA-T--
gi|76804                      :                                                                                                          --A-TGT---AAG--AAAC-C-T---A---AA-C-A-C-AA-TAATTAAT---TCA--C--AA-T--A-AT----A-GC-TCCAC-G--A-CC-C-TCC-A-A----AA-CA---C-A-CAA-ACAAA
gi|76805                      :                                                                                                          --A-TGT---AAG--AAAC-C-T---A---AC-A-A-C-AA-TAAGTTAATATTCAAGC--AA-T--A-ATT---A-GC-TCCAC-G--A-CC-CCTCC-A-T----GA-CA---C-AGGAA-ACA


blockSeqs                     :        GA A   T  A  G AGAT AA     CCCC A A  TATACA CCA T  A TTGTTTT    GT   CATT A   TA  A  A  G  A   C  AT T   GTA   GA    A A GTT AGT  C A C A  T AAGTTAATAT   AG CA  A TC C  CTCG T  T     C GA G  G A   T C TTAG  T  TAC T     C
blockSeqs                     :        .  A   T  .  A .    .      .    . A  G      C   .  . ATA        C    T    .   .   .  .  A  .   .  AT .   GA    .     . . GAT .    A . . .  A AATTAAT      .  G   . A  .  T    .  T     A .  .  T T   . . .     .  .   .     .
blockSeqs                     :        .  .   .  .  . .    .      .    . .  .      C   .  . CA         .    .    .   .   .  .  .  .   .  AT .   T     .     . . A   .    C . . .  . .            .  T   . .  .  .    .  T     . .  .  . A   . . .     .  .   .     .
blockSeqs                     :        .  .   .  .  . .    .      .    . .  .      .   .  . AT         .    .    .   .   .  .  .  .   .  AT .   .     .     . . .   .    . . . .  . .            .  .   . .  .  .    .  .     . .  .  . C   . . .     .  .   .     .
blockSeqs                     :        .  .   .  .  . .    .      .    . .  .      .   .  . T          .    .    .   .   .  .  .  .   .  A  .   .     .     . . .   .    . . . .  . .            .  .   . .  .  .    .  .     . .  .  . .   . . .     .  .   .     .
blockSeqs                     :        .  .   .  .  . .    .      .    . .  .      .   .  . T          .    .    .   .   .  .  .  .   .  .  .   .     .     . . .   .    . . . .  . .            .  .   . .  .  .    .  .     . .  .  . .   . . .     .  .   .     .
blockSeqs                     :        .  .   .  .  . .    .      .    . .  .      .   .  . T          .    .    .   .   .  .  .  .   .  .  .   .     .     . . .   .    . . . .  . .            .  .   . .  .  .    .  .     . .  .  . .   . . .     .  .   .     .
blockSeqs                     :        .  .   .  .  . .    .      .    . .  .      .   .  . A          .    .    .   .   .  .  .  .   .  .  .   .     .     . . .   .    . . . .  . .            .  .   . .  .  .    .  .     . .  .  . .   . . .     .  .   .     .
blockSeqs                     :        .  .   .  .  . .    .      .    . .  .      .   .  . A          .    .    .   .   .  .  .  .   .  .  .   .     .     . . .   .    . . . .  . .            .  .   . .  .  .    .  .     . .  .  . .   . . .     .  .   .     .
blockSeqs                     :        .  .   .  .  . .    .      .    . .  .      .   .  . A          .    .    .   .   .  .  .  .   .  .  .   .     .     . . .   .    . . . .  . .            .  .   . .  .  .    .  .     . .  .  . .   . . .     .  .   .     .
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blockSeqs                     :        .  .   .  .  . .    .      .    . .  .      .   .  . A          .    .    .   .   .  .  .  .   .  .  .   .     .     . . .   .    . . . .  . .            .  .   . .  .  .    .  .     . .  .  . .   . . .     .  .   .     .
blockSeqs                     :        .  .   .  .  . .    .      .    . .  .      .   .  . T          .    .    .   .   .  .  .  .   .  .  .   .     .     . . .   .    . . . .  . .            .  .   . .  .  .    .  .     . .  .  . .   . . .     .  .   .     .
blockSeqs                     :        .  .   .  .  . .    .      .    . .  .      .   .  . A          .    .    .   .   .  .  .  .   .  .  .   .     .     . . .   .    . . . .  . .            .  .   . .  .  .    .  .     . .  .  . .   . . .     .  .   .     .
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blockSeqs                     :        .  .   .  .  . .    .      .    . .  .      .   .  . T          .    .    .   .   .  .  .  .   .  .  .   .     .     . . .   .    . . . .  . .            .  .   . .  .  .    .  .     . .  .  . .   . . .     .  .   .     .
blockSeqs                     :        .  .   .  .  . .    .      .    . .  .      .   .  . A          .    .    .   .   .  .  .  .   .  .  .   .     .     . . .   .    . . . .  . .            .  .   . .  .  .    .  .     . .  .  . .   . . .     .  .   .     .
blockSeqs                     :        .  .   .  .  . .    .      .    . .  .      .   .  . A          .    .    .   .   .  .  .  .   .  .  .   .     .     . . .   .    . . . .  . .            .  .   . .  .  .    .  .     . .  .  . .   . . .     .  .   .     .
blockSeqs                     :        .  .   .  .  . .    .      .    . .  .      .   .  . T          .    .    .   .   .  .  .  .   .  .  .   .     .     . . .   .    . . . .  . .            .  .   . .  .  .    .  .     . .  .  . .   . . .     .  .   .     .
blockSeqs                     :        .  .   .  .  . .    .      .    . .  .      .   .  . A          .    .    .   .   .  .  .  .   .  .  .   .     .     . . .   .    . . . .  . .            .  .   . .  .  .    .  .     . .  .  . .   . . .     .  .   .     .
blockSeqs                     :        .  .   .  .  . .    .      .    . .  .      .   .  . A          .    .    .   .   .  .  .  .   .  .  .   .     .     . . .   .    . . . .  . .            .  .   . .  .  .    .  .     . .  .  . .   . . .     .  .   .     .
blockSeqs                     :        .  .   .  .  . .    .      .    . .  .      .   .  . A          .    .    .   .   .  .  .  .   .  .  .   .     .     . . .   .    . . . .  . .            .  .   . .  .  .    .  .     . .  .  . .   . . .     .  .   .     .
blockSeqs                     :        .  .   .  .  . .    .      .    . .  .      .   .  . A          .    .    .   .   .  .  .  .   .  .  .   .     .     . . .   .    . . . .  . .            .  .   . .  .  .    .  .     . .  .  . .   . . .     .  .   .     .
blockSeqs                     :        .  .   .  .  . .    .      .    . .  .      .   .  . A          .    .    .   .   .  .  .  .   .  .  .   .     .     . . .   .    . . . .  . .            .  .   . .  .  .    .  .     . .  .  . .   . . .     .  .   .     .
blockSeqs                     :        .  .   .  .  . .    .      .    . .  .      .   .  . A          .    .    .   .   .  .  .  .   .  .  .   .     .     . . .   .    . . . .  . .            .  .   . .  .  .    .  .     . .  .  . .   . . .     .  .   .     .
blockSeqs                     :        .  .   .  .  . .    .      .    . .  .      .   .  . G          .    .    .   .   .  .  .  .   .  .  .   .     .     . . .   .    . . . .  . .            .  .   . .  .  .    .  .     . .  .  . .   . . .     .  .   .     .
blockSeqs                     :        .  .   .  .  . .    .      .    . .  .      .   .  . A          .    .    .   .   .  .  .  .   .  .  .   .     .     . . .   .    . . . .  . .            .  .   . .  .  .    .  .     . .  .  . .   . . .     .  .   .     .
blockSeqs                     :                     . .    .      .    . .  .      .   .  . .          .    .    .   .   .  .  .  .   .  .  .   .     .     . . .   .    . . . .  . .            .  .   . .  .  .    .  .     . .  .  . .   . . .     .  .   .     .
blockSeqs                     :                                                                        .    .    .   .   .  .  .  .   .  .  .   .     .     . . .   .    . . . .  . .            .  .   . .  .  .    .  .     . .  .  . .   . . .     .  .   .     .
blockSeqs                     :                                                                             .    .   .   .  .  .  .   .  .  .   .     .     . . .   .    . . . .  . .            .  .   . .  .  .    .  .     . .  .  . .   . . .     .  .   .      
blockSeqs                     :                                                                                          .  .  .  .   .  .  .   .     .     . . .   .    . . . .  . .            .  .   . .  .  .    .  .     . .  .  . .   . . .                   
blockSeqs                     :                                                                                                          .  .   .     .     . . .   .    . . . .  . .            .  .   . .  .  .    .  .     . .  .  . .   . .                     
blockSeqs                     :                                                                                                          .  .   .     .     . . .   .    . . . .  . .            .  .   . .                                                         


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : ACTCCAC--A-TCT-AG-CA-T----C--TCTGC----T-C-TG------A---G-AC-A--A------AA--CGA----T-TCC--AT-CA-CG-AA-TAC-AG--A-TGT---AAG--AAAC-C-C---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C--AA-T--A-AT----A-GC-TCCAC-G--A-CC-C-TCC-A-T----GA-CA---C-AGGAA-ACAAA
finalCons                     : ACTCCAC--A-TCT-AG-CA-T----C--TCTGC----T-C-TG------A---G-AC-A--A------AA--CGA----T-TCC--AT-CA-CG-AA-TAC-AG--A-TGT---AAG--AAAC-C-C---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C--AA-T--A-AT----A-GC-TCCAC-G--A-CC-C-TCC-A-T----GA-CA---C-AGGAA-ACAAA