lowQualScore : 11111 222222222222222 111111 333 222222222222222 111111 11 222 1
lowQualScore : 1 1 4 4 00000 1 1 222 222 3333 1 4444444 6666 1 222 2 2 1 2 222 1 222 77 555 555 44 33 3 1 55 1 6666 1 22 22 1 3 3 1 1 66666666 1 1 999999999999999 22 22 44 333 1 1 444 44 22 1 333333 1 1 44444 1 666 3 77 1 22 1 66 22 4 55 22 4444 22 22 333 111 2 2 22 4444 222222222222222 55 2 2 2 2 4 2 2 2 2 33 88 33 2 000000 2 4 2 6 55 4 2 2 2 33 55 55 22 2 33 2 55555 66 2 33 333 55 2 333 2 2 55 2 55 66 33 2 22 2 555 2 2 666 2 2 55 2
lowQualScore : . . . . ..... . . ... ... .... . ....... .... . ... . . . . ... . ... .. ... ... .. .. . . .. . .... . .. .. . . . . . ........ . . ............... .. .. .. ... . . ... .. .. . ...... . . ..... . ... . .. . .. . .. .. . .. .. .... .. .. ... ... . . .. .... ............... .. . . . . . . . . . .. .. .. . ...... . . . . .. . . . . .. .. .. .. . .. . ..... .. . .. ... .. . ... . . .. . .. .. .. . .. . ... . . ... . . .. .
lowQualScore : 5 5 4 4 44444 5 5 666 666 1111 5 8888888 1111 5 666 9 9 4 9 666 5 666 66 666 222 11 55 0 5 44 6 2222 6 22 22 6 3 3 7 7 00000000 7 7 000000000000000 44 44 11 000 7 7 888 11 44 8 444444 8 8 22222 9 777 8 44 9 66 9 44 99 2 00 99 5555 99 99 777 666 1 1 99 5555 999999999999999 00 1 2 2 2 4 2 2 2 2 11 33 11 2 888888 2 4 2 7 33 4 2 2 2 11 33 33 33 2 11 2 66666 11 2 11 999 88 2 999 2 2 33 2 33 11 11 2 88 2 666 3 4 555 4 4 99 9
consensus : ACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GCG--G--GT-AA-CA-AT-ATC-T--------CA-C-CCC--C------------AAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TGAAA--G-TTG--T--A----TCA--AA--AA---AA--CCAA-A-AA--T----G-C----------T--GC--AAT-GTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TT-A-G-TAG-A--GA-CT-AATGC-T-A--TCA--AA--TG-AA-CA--C-TTA-----A--C-TG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTTTATA-ATAA-AAAAAATGAA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
Reference ( gi|74933 ) : ACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GCG--G--GT-AA-CA-AT-ATC-T--------CA-C-CCC--C------------AAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TGAAA--G-TTG--T--A----TCA--AA--AA---A---CCAA-A-AA--T----G-C----------T--GC--AAT-GTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TT-A-G-TAG-A--GA-CT-AATGC-T-A--TCA--AA--TG-AA-CA--C-TTA-----A--C-TG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTTTATA-ATAA-AAAAAAAGAA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74912 : ATATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CTA---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GCG--G--AT-AA-CA-AT-ATC-T--------CA-C-CCC--CCA----------AAAAA--A--A--T---T-TTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TGAAA--G-TTG--T--A----TCA--AA--AA---AG--CCAA-A-AA--T----G-CC---------T--GC--AAT-GTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TT-A-G-TAG-A--GA-CT-AATGC-T-A--TCA--AA--TG-AA-CA--C-TTA-----A--C-TG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTTTATA-AT---AAAAAATGAA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74913 : atACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------CTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--T-CTCTCAC--C-C-GCG--G--GT-CA-CA-AT-ATC-T--------CA-C-CCC--CCA----------AAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TGAAA--G-TTG--T--A----TCA--AA--AA---A---GCGAGA-AA--T----G-CC---------T--GG--AAT-GTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TT-A-G-TAG-A--GA-CT-AATGC-T-A--TCA--AA--TG-AA-CA--C-TTA-----A--C-TG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTTTATA-AT---AAAAAATGAA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTA
gi|74915 : atACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCT-AC--T---GCG--G--GT-AA-CA-AT-ATC-T--------CA-C-CCC---------------AAAAA--A--A--A---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TGAAA--G-TTG--T--A----TCA--AA--AA---AG--CCAA-A-AA--T----GCC----------T--GC--AAT-GTC-CAGA-AG-ATA-C-T--CAA-GAAG-AA--TTT--T--A-CA------TT-A-G-TAG-A--GA-AT--ATGC-T-A--TCA--AA--TG-AA-CA--C-TTA-----A--C-TG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTTTATA-ATAA-AAATGAAAA---T---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74916 : atACATGT-G-A-TA-------C-TCTA---CC---C----T-T-------TTT----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GCG--G--GTAAA-CA-AT-ATC-T--------CA-C-CCC--CCAA---------AAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GTG-----GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TGAAA--G-TTG--T--A----TCA--AA--AA---AAG-CCAA-A-AA--T----GCC----------T--GC--AAT-G-C-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCTACT--A-CA------TT-A-G-TAG-A--GA-CT-AATGC-T-A--TCA--AA--TGAAA-CA--C-TTA-----A--C-TG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGCT-TTTTATATAT----AAAAATGAA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74914 : atACATGT-G-A-AA-TT----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--TT-C-T-CAC--G-ACCTCAC--CGC-G-G--G--GC-AA-CA-AT-ATC-T--------CA-C-TCC--C------------CAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGC-ATT-AG---TTTC-CTCT-TT--A-ATCA--TG-AA--G-TTG--T--A----TCA--AA--AA---G---CCAA-A-AA--T----GCC----------T--GC--AAT-ATC-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-G-AG-AA--TCT--T--C-CA------TT-A-G-TAGAA--GA-CT-AATGC-T-A--TCA--AA--TG-AA-CA--T-TAA-----A--C-TG--C---TG--AACTT-GC---T-TGT-T--ACA--TTG--A--T--AAT-TGC--TTTTATA-AT---AAAAAATGAA-CA---TAAGCT-AGT-A-TTT-AAGT-CTTATT
gi|74932 : atACATCT-GTA-TA-TA----C-TC-----CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-TCC---TT-TTT----A--A---GC---AA--C--T-T-CAC--T-ACCTCAC--C-G-GCG--G---T-AA-CA-AT-ATC-T--------CA-C-CCC--C------------AAAAC--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG--T------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TGAAA--G-TTG--T--A----TCA--AA--AA---AAG-CCAA-A-AA--G----C-C----------T--GC--AAT-GT--CAGA-AG-ATA-CAT-CCAA-GAAG-AA--T-T--A--A-CA------TT-A-GCTAT-A--GA-CT-AATGC-T-A--TCA--AA--TG-AA-CA--C-TTA-----A--C-TG--C---TGA-AA-TT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TG----TTTATA-ATAA-AAAATAAT---CT---AAAGCT-AGT-A-TTT-AAGT-CTTATT
gi|74918 : tACATGTTG-A-TA-T-----C-TC-A---TC------------------TTG----G-GG---T-G-GACCTC-A-CCT---TA-TTT---GA--A---GC---A---T--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GCG--G--GT-AA--A-CT-ATC-T--------CA-C-CCCACC------------AAAAA--A--AA-T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AGAT-A---GGGCAAAT-AG---TTTC-C-CT-TT--ACATCA--TGAAA--G-TTG--T--A----TCA--AA--AA---AAG-CCAA-A-AA--A----G-CCAAAAAGCCTT--GC--AAT-GTC-CAGACAG-ATA---T-CAAG-GAAG-AA--TCT--T--A-CAA-----TT-A-G-TAG-A--GA-CT-AATGC-T-A--TCA--AA--TG-AA-CA--C-TTA-----A--C-TG--C---TGA-AACTT-GA---TCTGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTTTATA-AT----AAAAATGAA-CTATAAAAGCT-AGT-A-TTT-AAGT-CTTATT
gi|74919 : atACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TGGT---G-GG---T-GGAGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--AA--GC---AACGT--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GTG--G---T-AA-CA-AT-ATC-T--------CA-C-CCC--A------------AAAAA--A--AACT---T-GCTG-T---T--A--AAG-GTTG----GT-AG-T-A---TGGCAAAT-AG---TT-C-C-CT-TT--A-ATCA--TGAAA--G-TTG--TCAA----TCA--AA--AA---AG--CCAA-A-AA--T----G-C----------C--TC--AATTGTC--AGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG-A---TCT--T--A-CA------TTTA-G-TAG-AA-GA-CTTAATGC-T-A--TCG--AAC-TG-AA-CA--C-TTA-----A--CCTA--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAC-TGCCTTTTTATA-ATAA-ACAATGA-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTTAAAGT-CTTA
gi|74917 : atACATAT-A-A-T--------C-TC-A---CC---C----G-T-------TTGC---G-GG---T-G-A----C-A-C-----TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CACAGG-ACCTCAC--C-C--CG--C--GT-AGCCA-AT-ATC-TCCACCCACCA-C-CCC--CCCCCCCA-----AAAAA--A--A--T---T-GTTG-----T--A--AAG-GT------GT-A--T-A---TGGCAA-T-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TGAAA--G-TTG--T--A----TCA--AA--AA---A---GCCA-A-AA--T----GCC----------T--TC--AAT-GTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CTAA-GAAG-AATTTCT--T----CA------T----G-TAG-A--GA-CT-AATGC-T-A--TCA--AA--T--AA-CA--C-TTA-----A--C-TG--C---TGA-AACCT-GA---T---T-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTTTGTA-AT---AAAAAATGAA-CT---AAAGCT-AGTCATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74923 : atACATGT-G-ACTA-T-----C-TC-A---CC--------T-T-------CTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT-------A---GC---AA--T--C-T-CAC-----TCTCAT--CAC-GCG--GTGGT-AA-CA-AT-ATC-T--------CA-C-CCC--CCA----------AAAAA--A--A--T---T--TTG-T------A--AAGTAT------GTTAA-T-A---TG-CAAT--AG---TTCC-C----TT--A-ATCAA-TGAAA--G-TTG--T--A----TCA--AA--AA---G---CGAA-ACAA--T----G-CC---------T--GG--AAT-GTC-CAGA-AG-A-A-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TT-A-G-TAG-A--GA-CT-AATGC-T-A--TCA--AA--TA-AA-CA--C-TTA-----A--C-TGCTC---TGACAACTT-GA---T-TGT-G--ACAA-CTG--A--T--AATATGC--TTTTATA-AT---AAAAAATGAA-CT---AAAGCT-AGT-AT
gi|74921 : atACATGT---A-TA-T-------TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--CAT-CAC--A-ACCTCAC--C-C-GCG--G--GG-AA-CA-AT-ATC-T--------C--C-CCC--C------------AAAAA--A--T--T---T-GTTG-T---T--A--AA--GT------GT-AG-T-----T-GC-ATT-AGTTCTTTCTC-CT-TT--A-ATTC--TGAAA--GTTTG--T-------TCA--AA--AA---AAT-CC-A-A-AA--T----GCC----------T--GC----T-GT--CAGA-AG-ATA-C-T-CAAG-GAAG-AA--TTT--T--A-CA------TT-AGG-TAG-A--G--CT-ACTGC-T-A--TC---AA--T--AA-CA--G-TTA-----AATC-TG--C---TG--AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC--TG--AAGT--AAT-TGCT-TTTTATA-AT---AAAAAATGAA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT--AGT-CTTA
gi|74920 : atACATGT---A-TA-T-------TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--CAT-CAC--A-ACCTCAC--C-C-GCG--G--GG-AA-CA-AT-ATC-T--------C--C-CCC--C------------AAAAA--A--T--T---T-GTTG-T---T--A--AA--GT------GT-AG-T-----T-GC-ATT-AGTTCTTTCTC-CT-TT--A-ATTC--TGAAA--GTTTG--T-------TCA--AA--AA---AAT-CC-A-A-AA--T----GCC----------T--GC----T-GT--CAGA-AG-ATA-C-T-CAAG-GAAG-AA--TTT--T--A-CA------TT-AGG-TAG-A--G--CT-ACTGC-T-A--TC---AA--T--AA-CA--G-TTA-----AATC-TG--C---TG--AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC--TG--AAGT--AAT-TGCT-TTTTATA-AT---AAAAAATGAA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT--AGT-CTTA
gi|74922 : atACATGT---A-TAAT-----C-TC-A---CC---T----T-T-------T------G-GG---T-G-GAACTC---CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCTCGA--C-A-GCG--C---C-AA-CA-ATGATCGT--------CA-CTCCC--C------------AAAAA--ACCA--T---G-GTTG-T---T--A--AGG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C--T-TT--A-ATCA--TGAAAAAG-TTG--T--A----TCA--AA--AG---T---CCAA-A-AA--T----G-C----------C--GC--AAT-ATC-CAGA-AGAATATC-TCCCAACGAAG-AA--TCT--TCCA-TA------TT-A-G-TAG-A--GA-CT--ATGC-TAA--TCAT-AA--TG-AA-------TTA-----A--C-TG--C---TG--AACTT-GC---T-T-T----ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTTTATA-AT-----AAAATGAA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT--AGTGCTTATT
gi|74934 : atACATGT---A-TAAT-----C-TC-A---CC---TCATAT-T-------CTA----G-GGAAGT-G-AGACTCCA-CCC---TTCTTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CACG-G-ACCTCAC--C-C-GC---G--GT-AA-CA-AT-AAC-T--------CACC-CCC--C------------AAAAAACA--A--T---G-GTTGTT---T--A--AAG-GT-------T-AG-T-GTACTGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TTAAA-ATCA--T-AAA--G--TG--T--AGTTCTCA--AA--AAAGTA---ACAA-A-AA--TTGCAA-C----------T--GCCAAAT-GTCACAGA-A--ATATC-T-CCAA-GAAGAAA--TCTA-T--ACCA------TT-A-G-TAGAA--GACCT-AATGC-T-A--TCA--AAATTG-AA-CAACC-TTA-----A--C-TG--C---TGA-AA--T-GA---T-TGTGG--ACAC-TTGAAA--TAAAAT-TGC--TTTTATA-ATAA-AAAAAATGAA-CTA--AAAGCTAAGT-ATTTT-A
gi|74926 : ACATGT-G-A-TA-T-----C-TT-----CC---C----T-TGCCTGTCTTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCCCCTTT-TTT---GA--A---GC---A---T--C-T-CAC--G--CCTC------C-GCG--G--GT-AA-CA--T-AT--T--------CA-C-CCC---------------ACAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-TGA---TGGCAATT-AG---TTTC-C--T-TA--A-ATCAG-TGAAC--G-TTAGAT--A----TCA--AA--AA---AG--CCAC-A-AA--T----A-T----------A--GC--A---GTC-CAGA-A---TA-C-T-GCG-----G-AA--TCTCAT--A-CAG-----TT-A-G-TAG-ACGGA-C--AATGC-T-A--TCATTGA--CA-AA-CA--CCTTA-----A--C-TG--C---CTG-AACTT-C----T-TGT-GG-AAAC-TT---A--T--AAT-TGC--TTTTATA-ATAA-AAAT---GAA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-TAGT-CTTA
gi|74925 : atACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC----T-TTT---GA--A---GC---AA--A--C-T--ACG-G-ACCTCAC--C-C-GCG--G--G--AA-C--AT-ATC-T--------CA-C-CCC--CCA----------AAAAA--A--A--T---T-GTTG-TA--TA-A--AAG-GT-------T-AG---A---TGGCAA-T-AG---TTAT-C-CC-TT--A-ATCA---GAAA--G-TTG--T--A----TCA--AA--AA---AAG-CCAA-A-AA--T----G-G----------TC-GC--AAT-
gi|74927 : atACATGT-G-A-TA-T-----C-CC-A---CG---C----T-T-------TTG----G-CG---C-G-AGACTT-A-TGC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACGTCAC--G-C--CC--G--GT-AA-CA-AT-ATC-T--------CA-T-GTT--A------------TAAAA--A--A--T---C-GCTG-T---T--C--AA
gi|74928 : atACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CA---C----T-T-------T-G----G-CA---T-G-AGTCTC-A-TGC---TT-TTT---CA--A---GC---AG--T--C-T-CTT--G-ACCTCAC--G-T-GTG--C--GT-AA-TA-AT-ATC-T--------CA-C-TCA--T------------AAAAA--A---------T-GCTG-T---TCAA--AAG-ATTTTA--GT-AG-T-
gi|74930 : atACATGT-G-AATA-TAAATCC-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---TTG-AGACTC-ACCCC---TT-TTT---GGACA---GCAAAAA--T--C-T-C
gi|74929 : atACATGT-G-AATA-TAAATCC-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---TTG-AGACTC-ACCCC---TT-TTT---GGACA---GCAAAAA--T--C-T-C
gi|74931 : atACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CG---C----T-T-------TTG----GCAA---T-G-AGACTC-A-
gi|74935 : atATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-A----C-A-C-----TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAT--G-ACCTCACG-C-C-GCG--G--GT-AG-CA-AT-ATC-T--------CA-C-CCC--CCCCCCCCCCCCCAAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-A--T-A---TGGCAAT--AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCGATTGAAA--G-TTG--T--A----TCA--AA--AA---AG--CCAA-A-AA--T----G-CC---------T--GC--AAT-GTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CTAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TT-A-G-TAG-A--GA-C--AATGCTT-A--TCA--AA--TG-AA-CA--C-TTA-----A--C-TG--C---TGA-AACTT-GA-----TGT-GGAGCAC-TTG--A--T---AT-TGC--TTTTGTA-ATAA-AAAAA
gi|74924 : ATGT-G-A-TA-T-----CCTC-A---CC---C----TGT-------TTG----G-GG---T-GGAGACTC-A-CCC---TT-TTT---GAGAA---GC---AA--T--C-T-CAC--G-AACTCAC--A-C-GCG--G---T-AA-AC-AT-ATC-T--------TC-C-CCC--C------------CAAAA--A--A--G---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGAAATT-AG---TTTC-C--T-TC--G-ATCA--TGAAA----TTG--T--A----TCA--AA--AA---AAAGC--A-A-AA--T----G-C----------CTGGC--AAT-GTC--AGA-AG-ATA-C-T-GCA--GAAG-AA--T----T--C-CA------TT-A-G-TAG-A--GT-C--AATGC-T-A--T----AA--TG-AAACA--C-TCATAAGAA--C-TG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--AAAC-TTG--A--T--AAT-GGC---TTTATA-ACAATAAAAAATGAA-CT---AACGTA-GGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74936 : ataaATGT-G-A-TA-T-----C-CC-A---AG---C----T-T-------TTG----G-CA---T-G-AGACTC-A-CGC---TT-TTT---CA--ATATGT---AA--T--C-T-C-C--G-ATCTCAC--G-C-GCA--G--GT-AA-CGCAT-G-----------------------------------AAAAA--A--A--TCGCT-GTTC-T---T--A--AAA-TT------TT-AC-T-G---GGTTATTT-AA---TTTT-C-----T--A-ATCA--
gi|74937 : ATGG-G-A-TA-T-----C-CA-A---CA---C----T-T-------TTG----G-CA---T-G-AGACTC-A-CGC---TT-TTT---CA--AT--GC---AA--T--C-T-C-C--G-ATCTCAC--G-C-ACG--G--GT-AA-CGCAT-G-----------------------------------AAAAA--A--A--T---C-GCTG-TTCAT--A--AAA-TT------TT-AC-T-G---GGTTATTT-AA---TTTT-C-----T--A-ATCA--
gi|74938 : ATGT-G-A-TACT-----C-CC-AGTTCCACGC----T-T-------TTG----G-CA---T-G-AGACTC-G-CGC---TT-TTT---CA--C---GC---AA--T--C-T-C-C--G-ATCTCACG-C-C-GCG--G--GT-A
gi|74939 : TGT-G-A-TA-T-----T-TT-A---CC---C----T-G-------TTGTCGGA-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTTTGCAAT-A---GC---GAAGT--C-T-CAC--GGACCTCACACC-CAGCGTCG--G--AA-CC-AT-CTC-T--------CC-C-CCC--C------------CAAAA--A--A--T---TAGGTG-T---T--ATGGAG-GTTAATTTGT-AG-T-T---GGGCAATTTAG---TTCC-C-GTCTT--A-AT-A--TGAAA--G-TTGG-T--A----TCACAAACGAA---G---CCAA-A-AAAAT----G-C----------C--GTG-AAT-GTC-CAGA-CG-ATC-T-T-CCAA-GACG-AA--TTC--T--A-CATTTGGCTT-A-G-TAGCG--GATCT-AATGC-T-ACTTCA--AA--TG-AA-CA--C-TTA-----A--C-TG--TGCATAG-AACGTAGAATCT-AGT-G--ACACTTTGC-A--T--AAT-TGCTTTTTTATA-A-GA-AAAAAATGAACCT---CAAGCC-TGT-ATTTT-TAG
gi|74940 : -G-AGACTC-A-CGC---TT-TTT---GA--A---GC---AT--TTGC-TCCAC--A-A-CTCAC--A-C-CCG--G--GT-AGCCA-AT-ATC-T--------CA-C-CC
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|74942 ): GAAAAAAAGACGGGAAAATGTTTTATTCGTGATGTCATAATGCTATCAAATTAGGAATAACGTACCAATTTTGTTAACGTAGTATGACTGTTATATATTTTT
Unaligned ( gi|74943 ): GAAAAAAGGCGGGGAAATGTCTTATTCGTGATGTCCTAATGCTATCAAATTAGGAATAACACTCCAATTTTGTGAACGTAGTATGCTTGTTAT
Unaligned ( gi|74944 ): AAAATCGGAAAATGTCTTATTCGTGATGTCATAATGCTATCAAATTAGGAATAACGTTCCAATTTTGTTAACGTAGTATGCCTGTTATATATTTTA
Unaligned ( gi|74945 ): GGGAAAATGTCTTATTCGTGATGTCATAATGCTATCAAATTAGGAATACATTCCAATATTGTGTTAACGTAGTATGCCTGTAATATATTTTTA
Unaligned ( gi|74941 ): ATTTAGGAAAAAGGCGGGAAAATGTCTTATTCGTGATGTCATAATGCTATCAAATTTGGAATAACGTTCCAATTTTGTTAACGTAGTATACCTGTTATATATTCTACTTTATTAAAA
Unaligned ( gi|74946 ): GGGAAAATGTCTTATTTCGTGATGTCATAATTGCTATCAATTAAGAATTAACGTTTCACATTTTTGTTAACGTAGTATGCCTGTTAT
Alignments
lowQualScore : 11111 222222222222222 111111 1111 222222222222222 111111 11 333
lowQualScore : 1 1 4 4 00000 1 1 222 222 3333 1 4444444 5555 1 222 2 2 1 2 222 1 222 77 555 555 33 33 2 1 55 1 55 1 1 1 22 22 1 1 1 3 1 1 6666666666 1 777777777777777 22 22 44 222 1 1 444 44 22 1 222222 1 1 33333 1 666 3 44 1 22 1 66 22 4 44 22 4444 2 22 0000 2 22 4444 000000000000000 44 2 2 2 2 4 2 2 2 2 22 77 22 2 222222 4 2 8 22 4 2 2 2 22 55 55 2 2 22 2 55555 77 22 333 55 2 333 2 2 55 2 55 55 22 2 22 2 111 2 4 2 666 2 2 55 2
lowQualScore : . . . . ..... . . ... ... .... . ....... .... . ... . . . . ... . ... .. ... ... .. .. . . .. . .. . . . .. .. . . . . . . .......... . ............... .. .. .. ... . . ... .. .. . ...... . . ..... . ... . .. . .. . .. .. . .. .. .... . .. .... . .. .... ............... .. . . . . . . . . . .. .. .. . ...... . . . .. . . . . .. .. .. . . .. . ..... .. .. ... .. . ... . . .. . .. .. .. . .. . ... . . . ... . . .. .
lowQualScore : 4 4 3 3 00000 4 4 555 555 0000 4 6666666 9999 4 555 8 8 4 8 555 4 555 33 444 000 99 44 9 4 22 5 22 5 5 5 11 11 5 6 6 2 6 6 2222222222 6 333333333333333 33 33 00 999 7 7 666 00 33 7 888888 7 7 66666 8 444 6 33 8 55 8 11 88 0 88 88 2222 0 88 5555 0 88 2222 888888888888888 88 0 1 1 1 2 1 1 1 1 99 99 99 1 444444 2 1 4 99 2 1 1 1 99 00 00 1 1 99 1 33333 99 99 777 00 1 777 1 1 00 1 00 88 99 1 11 1 000 1 4 2 111 2 2 11 7
consensus : ACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--GT-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--C------------AAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TCA-AAA--AA--G-CCAAA-AA--T----G-C----------T--GC--AAT-GTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AA-CA--C-TTA-----A--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTTTATA-AT---AAAA-AATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
Reference ( family-565 ) : ACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--GT-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--C------------AAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TCA-AAA--AA--A-CCAAA-AA--T----G-C----------T--GC--AAT-GTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AA-CA--C-TTA-----A--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTTTATA-ATAA-AAAA-AATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74912 : ATATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CTA---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--AT-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--CCA----------AAAAA--A--A--T---T-TTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TCA-AAA--AA--G-CCAAA-AA--T----G-CC---------T--GC--AAT-GTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AA-CA--C-TTA-----A--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTTTATA-AT---AAAA-AATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74913 : atACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------CTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--T-CTCTCAC--C-C-GC-G--G--GT-CA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--CCA----------AAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TCA-AAA--AA--G-CGAGA-AA--T----G-CC---------T--GG--AAT-GTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AA-CA--C-TTA-----A--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTTTATA-AT---AAAA-AATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTA
gi|74914 : atACATGT-G-A-AA-TT----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--TT-C-T-CAC--G-ACCTCA---C-C-GCGG--G--GC-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-TCC--C------------CAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGC-ATT-AG---TTTC-CTCT-TT--A-ATCA--TG---AAG-TTG--T--A----TC--AAA--AA--G-CCAAA-AA--T----GCC----------T--GC--AAT-ATC-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-G-AG-AA--TCT--T--C-CA------TTA-G-TAGAA--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AA-CA--T-TAA-----A--CTG--C---TG--AACTT-GC---T-TGT-T--ACA--TTG--A--T--AAT-TGC--TTTTATA-AT---AAAA-AATG-AA-CA---TAAGCT-AGT-A-TTT-AAGT-CTTATT
gi|74915 : atACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCT-AC--T---GC-G--G--GT-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC---------------AAAAA--A--A--A---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TCA-AAA--AA--G-CCAAA-AA--T----GCC----------T--GC--AAT-GTC-CAGA-AG-ATA-C-T--CAA-GAAG-AA--TTT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-A-T-ATGC-T-A--TCA--AA--TG-AA-CA--C-TTA-----A--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTTTATA-AT----AAA-AATGAAA-AT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74916 : atACATGT-G-A-TA-------C-TCTA---CC---C----T-T-------TTT----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--GTAAA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--CCAA---------AAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GTG-----GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TCA-AAA--AA--AGCCAAA-AA--T----GCC----------T--GC--AAT-G-C-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCTACT--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TGAAA-CA--C-TTA-----A--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGCT-TTTTATATAT----AAA-AATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74917 : atACATAT-A-A-T--------C-TC-A---CC---C----G-T-------TTGC---G-GG---T-G-A----C-A-C-----TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CACAGG-ACCTCAC--C-C--C-G--C--GT-AG-CCA-AT-ATC-TCCACCCACCA-C-CCC--CCCCCCCA-----AAAAA--A--A--T---T-GTTG-T------A--AAG-GT------GT-A--T-A---TGGCAAT--AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TCA-AAA--AA--G-CC-AA-AA--T----GCC----------T--TC--AAT-GTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CTAA-GAAG-AATTTCT--T----CA------T---G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--T--AA-CA--C-TTA-----A--CTG--C---TGA-AACCT-GA---T---T-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTTTGTA-AT---AAAA-AATG-AA-CT---AAAGCT-AGTCATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74918 : atACATGTTG-A-TA-T-----C-TC-A---TC------------------TTG----G-GG---T-G-GACCTC-A-CCT---TA-TTT---GA--A---GC---A---T--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--GT-AA---A-CT-ATC-TC--------A-C-CCCACC------------AAAAA--A--AA-T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AGAT-A---GGGCAAAT-AG---TTTC-C-CT-TT--ACATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TCA-AAA--AA--AGCCAAA-AA--A----G-CCAAAAAGCCTT--GC--AAT-GTC-CAGACAG-ATA---T-CAAG-GAAG-AA--TCT--T--A-CAA-----TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AA-CA--C-TTA-----A--CTG--C---TGA-AACTT-GA---TCTGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTTTATA-AT----AAA-AATG-AA-CTATAAAAGCT-AGT-A-TTT-AAGT-CTTATT
gi|74919 : atACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TGGT---G-GG---T-GGAGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--AA--GC---AACGT--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GT-G--G---T-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--A------------AAAAA--A--AACT---T-GCTG-T---T--A--AAG-GTTG----GT-AG-T-A---TGGCAAAT-AG---TT-C-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--TCAA----TCA-AAA--AA--G-CCAAA-AA--T----G-C----------C--TC--AATTGTC--AGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG--A--TCT--T--A-CAT-----TTA-G-TAGAA--GA-CTTAATGC-T-A--TCG--AAC-TG-AA-CA--C-TTA-----AC-CTA--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAC-TGCCTTTTTATA-AT---AAAC-AATGAAA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTTAAAGT-CTTA
gi|74920 : atACATGT---A-TA-T-------TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--CAT-CAC--A-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--GG-AA-C-A-AT-ATC-TC----------C-CCC--C------------AAAAA--A--T--T---T-GTTG-T---T--A--AA--GT------GT-AG-T-----T-GC-ATT-AGTTCTTTCTC-CT-TT--A-ATTC--TG--AAAGTTTG--T-------TCA-AAA--AA--A-TCCAA-AA--T----GCC----------T--GC----T-GT--CAGA-AG-ATA-C-T-CAAG-GAAG-AA--TTT--T--A-CA------TTAGG-TAG-A--G--C-TACTGC-T-A--TC---AA--T--AA-CA--G-TTA-----AATCTG--C---TG--AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC--TG--AAGT--AAT-TGCT-TTTTATA-AT---AAAA-AATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT--AGT-CTTA
gi|74921 : atACATGT---A-TA-T-------TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--CAT-CAC--A-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--GG-AA-C-A-AT-ATC-TC----------C-CCC--C------------AAAAA--A--T--T---T-GTTG-T---T--A--AA--GT------GT-AG-T-----T-GC-ATT-AGTTCTTTCTC-CT-TT--A-ATTC--TG--AAAGTTTG--T-------TCA-AAA--AA--A-TCCAA-AA--T----GCC----------T--GC----T-GT--CAGA-AG-ATA-C-T-CAAG-GAAG-AA--TTT--T--A-CA------TTAGG-TAG-A--G--C-TACTGC-T-A--TC---AA--T--AA-CA--G-TTA-----AATCTG--C---TG--AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC--TG--AAGT--AAT-TGCT-TTTTATA-AT---AAAA-AATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT--AGT-CTTA
gi|74922 : atACATGT---A-TAAT-----C-TC-A---CC---T----T-T-------T------G-GG---T-G-GAACTC---CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCTCGA--C-A-GC-G--C---C-AA-C-A-ATGATCGTC--------A-CTCCC--C------------AAAAA--ACCA--T---G-GTTG-T---T--A--AGG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTT--C-CT-TT--A-ATCA--TGAAAAAG-TTG--T--A----TC--AAA--AG--T-CCAAA-AA--T----G-C----------C--GC--AAT-ATC-CAGA-AGAATATC-TCCCAACGAAG-AA--TCT--TCCA-TA------TTA-G-TAG-A--GA-C-T-ATGC-TAA--TCAT-AA--TG-AA-------TTA-----A--CTG--C---TG--AACTT-GC---T-T-T----ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTTTATA-AT-----AA-AATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT--AGTGCTTATT
gi|74923 : atACATGT-G-ACTA-T-----C-TC-A---CC--------T-T-------CTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT-------A---GC---AA--T--C-T-CAC-----TCTCAT--CAC-GC-G--GTGGT-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--CCA----------AAAAA--A--A--T---T--TTG-T------A--AAGTAT------GTTAA-T-A---TG-CAAT--AG---TTCC-C----TT--A-ATCAA-TG--AAAG-TTG--T--A----TC--AAA--AA--G-CGAAACAA--T----GCC----------T--GG--AAT-GTC-CAGA-AG-A-A-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TA-AA-CA--C-TTA-----A--CTGCTC---TGACAACTT-GA---T-TGT-G--ACAA-CTG--A--T--AATATGC--TTTTATA-AT---AAAA-AATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-AT
gi|74924 : atATGT-G-A-TA-T-----CCTC-A---CC---C----TGT-------TTG----G-GG---T-GGAGACTC-A-CCC---TT-TTT---GAGAA---GC---AA--T--C-T-CAC--G-AACTCAC--A-C-GC-G--G---T-AA-A-C-AT-ATC-TT--------C-C-CCC--C------------CAAAA--A--A--G---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGAAATT-AG---TTTC-C--T-TC--G-ATCA--TG--AAA--TTG--T--A----TCA-AAA--AA--A-AGCAA-AA--T----G-C----------CTGGC--AAT-GTC--AGA-AG-ATA-C-T-GCA--GAAG-AA--T----T--C-CA------TTA-G-TAG-A--GT-C--AATGC-T-A--T----AA--TG-AAACA--C-TCATAAGAA--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--AAAC-TTG--A--T--AAT-GGC---TTTATA-ACAATAAAA-AATG-AA-CT---AACGTA-GGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74925 : ataaACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC----T-TTT---GA--A---GC---AA--A--C-T--ACG-G-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--G--AA-C---AT-ATC-TC--------A-C-CCC--CCA----------AAAAA--A--A--T---T-GTTG-TA--TA-A--AAG-GT-------T-AG---A---TGGCAA-T-AG---TTAT-C-CC-TT--A-ATCA---G--AAAG-TTG--T--A----TCA-AAA--AA--AGCCAAA-AA--T----G-G----------TC-GC--AAT-
gi|74926 : atACATGT-G-A-TA-T-----C-TT-----CC---C----T-TGCCTGTCTTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCCCCTTT-TTT---GA--A---GC---A---T--C-T-CAC--G--CCTC------C-GC-G--G--GT-AA-C-A--T-AT--TC--------A-C-CCC---------------ACAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-TGA---TGGCAATT-AG---TTTC-C--T-TA--A-ATCAG-TG--AACG-TTAGAT--A----TCA-AAA--AA--G-CCACA-AA--T----A-T----------A--GC--A---GTC-CAGA-A---TA-C-T-GCG-----G-AA--TCTCAT--A-CAG-----TTA-G-TAG-ACGGA-C--AATGC-T-A--TCATTGA--CA-AA-CA--CCTTA-----A--CTG--C---CTG-AACTT-C----T-TGT-GG-AAAC-TT---A--T--AAT-TGC--TTTTATA-ATAA-AA----ATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-TAGT-CTTA
gi|74927 : atACATGT-G-A-TA-T-----C-CC-A---CG---C----T-T-------TTG----G-CG---C-G-AGACTT-A-TGC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACGTCAC--G-C--C-C--G--GT-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-T-GTT--A------------TAAAA--A--A--T---C-GCTG-T---T--C--AA
gi|74928 : atACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CA---C----T-T-------T-G----G-CA---T-G-AGTCTC-A-TGC---TT-TTT---CA--A---GC---AG--T--C-T-CTT--G-ACCTCAC--G-T-GT-G--C--GT-AA-T-A-AT-ATC-TC--------A-C-TCA--T------------AAAAA--A---------T-GCTG-T---TCAA--AAG-ATTTTA--GT-AG-T-
gi|74929 : atACATGT-G-AATA-TAAATCC-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---TTG-AGACTC-ACCCC---TT-TTT---GGACA---GCAAAAA--T--C-T-C
gi|74930 : atACATGT-G-AATA-TAAATCC-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---TTG-AGACTC-ACCCC---TT-TTT---GGACA---GCAAAAA--T--C-T-C
gi|74931 : atACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CG---C----T-T-------TTG----GCAA---T-G-AGACTC-A-
gi|74932 : atACATCT-GTA-TA-TA----C-TC-----CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-TCC---TT-TTT----A--A---GC---AA--C--T-T-CAC--T-ACCTCAC--C-G-GC-G--G---T-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--C------------AAAAC--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG--T------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TCA-AAA--AA--AGCCAAA-AA--G----C-C----------T--GC--AAT-GT--CAGA-AG-ATA-CAT-CCAA-GAAG-AA--T-T--A--A-CA------TTA-GCTAT-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AA-CA--C-TTA-----A--CTG--C---TGA-AA-TT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TG----TTTATA-ATAA-AAAATAAT-----CT---AAAGCT-AGT-A-TTT-AAGT-CTTATT
gi|74933 : tACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--GT-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--C------------AAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TCA-AAA---A--A-CCAAA-AA--T----G-C----------T--GC--AAT-GTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AA-CA--C-TTA-----A--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTTTATA-ATAA-AAAA-AAAG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74934 : ACATGT---A-TAAT-----C-TC-A---CC---TCATAT-T-------CTA----G-GGAAGT-G-AGACTCCA-CCC---TTCTTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CACG-G-ACCTCAC--C-C-GC----G--GT-AA-C-A-AT-AAC-TC--------ACC-CCC--C------------AAAAAACA--A--T---G-GTTGTT---T--A--AAG-GT-------T-AG-T-GTACTGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TTAAA-ATCA--T---AAAG--TG--T--AGTTCTCA-AAA--AAGTA-ACAAA-AA--TTGCAA-C----------T--GCCAAAT-GTCACAGA-A--ATATC-T-CCAA-GAAGAAA--TCTA-T--ACCA------TTA-G-TAGAA--GACC-TAATGC-T-A--TCA--AAATTG-AA-CAACC-TTA-----A--CTG--C---TGA-AA--T-GA---T-TGTGG--ACAC-TTGAAA--TAAAAT-TGC--TTTTATA-ATAA-AAAA-AATG-AA-CTA--AAAGCTAAGT-ATTTT-A
gi|74935 : ATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-A----C-A-C-----TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAT--G-ACCTCACG-C-C-GC-G--G--GT-AG-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--CCCCCCCCCCCCCAAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-A--T-A---TGGCAAT--AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCGATTG--AAAG-TTG--T--A----TCA-AAA--AA--G-CCAAA-AA--T----G-CC---------T--GC--AAT-GTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CTAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C--AATGCTT-A--TCA--AA--TG-AA-CA--C-TTA-----A--CTG--C---TGA-AACTT-GA-----TGT-GGAGCAC-TTG--A--T---AT-TGC--TTTTGTA-ATAA-AAAA-A
gi|74936 : ATGT-G-A-TA-T-----C-CC-A---AG---C----T-T-------TTG----G-CA---T-G-AGACTC-A-CGC---TT-TTT---CA--ATATGT---AA--T--C-T-C-C--G-ATCTCAC--G-C-GC-A--G--GT-AA-C-GCAT-G-----------------------------------AAAAA--A--A--TCGCT-GTTC-T---T--A--AAA-TT------TT-AC-T-G---GGTTATTT-AA---TTTT-C-----T--A-ATCA--
gi|74937 : ATGG-G-A-TA-T-----C-CA-A---CA---C----T-T-------TTG----G-CA---T-G-AGACTC-A-CGC---TT-TTT---CA--AT--GC---AA--T--C-T-C-C--G-ATCTCAC--G-C-AC-G--G--GT-AA-C-GCAT-G-----------------------------------AAAAA--A--A--T---C-GCTG-TTCAT--A--AAA-TT------TT-AC-T-G---GGTTATTT-AA---TTTT-C-----T--A-ATCA--
gi|74938 : ATGT-G-A-TACT-----C-CC-AGTTCCACGC----T-T-------TTG----G-CA---T-G-AGACTC-G-CGC---TT-TTT---CA--C---GC---AA--T--C-T-C-C--G-ATCTCACG-C-C-GC-G--G--GT-A
gi|74939 : TGT-G-A-TA-T-----T-TT-A---CC---C----T-G-------TTGTCGGA-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTTTGCAAT-A---GC---GAAGT--C-T-CAC--GGACCTCACACC-CAGC-GTCG--G--AA-C-C-AT-CTC-TC--------C-C-CCC--C------------CAAAA--A--A--T---TAGGTG-T---T--ATGGAG-GTTAATTTGT-AG-T-T---GGGCAATTTAG---TTCC-C-GTCTT--A-AT-A--TG--AAAG-TTGG-T--A----TCACAAACGAA--G-CCAAA-AAAAT----G-C----------C--GTG-AAT-GTC-CAGA-CG-ATC-T-T-CCAA-GACG-AA--TTC--T--A-CATTTGGCTTA-G-TAGCG--GATC-TAATGC-T-ACTTCA--AA--TG-AA-CA--C-TTA-----A--CTG--TGCATAG-AACGTAGAATCT-AGT-G--ACACTTTGC-A--T--AAT-TGCTTTTTTATA-A-GA-AAAA-AATG-AACCT---CAAGCC-TGT-ATTTT-TAG
gi|74940 : -G-AGACTC-A-CGC---TT-TTT---GA--A---GC---AT--TTGC-TCCAC--A-A-CTCAC--A-C-CC-G--G--GT-AGCC-A-AT-ATC-TC--------A-C-CC
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|74942 ): GAAAAAAAGACGGGAAAATGTTTTATTCGTGATGTCATAATGCTATCAAATTAGGAATAACGTACCAATTTTGTTAACGTAGTATGACTGTTATATATTTTT
Unaligned ( gi|74943 ): GAAAAAAGGCGGGGAAATGTCTTATTCGTGATGTCCTAATGCTATCAAATTAGGAATAACACTCCAATTTTGTGAACGTAGTATGCTTGTTAT
Unaligned ( gi|74944 ): AAAATCGGAAAATGTCTTATTCGTGATGTCATAATGCTATCAAATTAGGAATAACGTTCCAATTTTGTTAACGTAGTATGCCTGTTATATATTTTA
Unaligned ( gi|74945 ): GGGAAAATGTCTTATTCGTGATGTCATAATGCTATCAAATTAGGAATACATTCCAATATTGTGTTAACGTAGTATGCCTGTAATATATTTTTA
Unaligned ( gi|74941 ): ATTTAGGAAAAAGGCGGGAAAATGTCTTATTCGTGATGTCATAATGCTATCAAATTTGGAATAACGTTCCAATTTTGTTAACGTAGTATACCTGTTATATATTCTACTTTATTAAAA
Unaligned ( gi|74946 ): GGGAAAATGTCTTATTTCGTGATGTCATAATTGCTATCAATTAAGAATTAACGTTTCACATTTTTGTTAACGTAGTATGCCTGTTAT
Alignments
lowQualScore : 11111 222222222222222 111111 222222222222222 111111 11
lowQualScore : 1 1 4 4 00000 1 1 222 222 3333 1 4444444 5555 1 222 2 2 1 2 222 1 222 77 555 555 33 33 2 1 55 1 55 1 1 1 22 22 1 1 1 3 1 1 6666666666 1 666666666666666 22 22 44 222 1 1 444 44 22 1 222222 1 1 33333 1 666 3 22 1 22 1 66 22 4 44 22 4444 9999 22 2 2 22 2 22 4444 000000000000000 44 2 55 2 2 4 2 2 2 2 22 77 22 2 222222 4 2 8 22 4 2 2 2 22 55 55 4 22 2 55555 77 22 333 55 2 333 2 2 55 2 55 55 22 2 00 2 2 2 8888 4 2 666 2 2 55 2
lowQualScore : . . . . ..... . . ... ... .... . ....... .... . ... . . . . ... . ... .. ... ... .. .. . . .. . .. . . . .. .. . . . . . . .......... . ............... .. .. .. ... . . ... .. .. . ...... . . ..... . ... . .. . .. . .. .. . .. .. .... .... .. . . .. . .. .... ............... .. . .. . . . . . . . .. .. .. . ...... . . . .. . . . . .. .. .. . .. . ..... .. .. ... .. . ... . . .. . .. .. .. . .. . . . .... . . ... . . .. .
lowQualScore : 4 4 3 3 00000 4 4 555 555 0000 4 6666666 9999 4 555 8 8 4 8 555 4 555 33 444 000 99 44 9 4 22 5 22 5 5 5 11 11 5 6 6 2 6 6 2222222222 6 333333333333333 33 33 00 999 7 7 666 00 33 7 888888 7 7 66666 8 444 6 00 8 55 8 11 88 0 88 88 2222 1111 88 0 0 88 0 88 2222 888888888888888 88 0 33 1 1 2 1 1 1 1 99 99 99 1 444444 2 1 4 99 2 1 1 1 99 00 00 2 99 1 33333 99 99 777 00 1 777 1 1 00 1 00 88 99 1 00 1 1 1 7777 4 2 111 2 2 11 7
consensus : ACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--GT-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--C------------AAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TC--A-AAA--AA-G-C--CAAA-AA--T----G-C----------T--GC--AA-TGTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T-ATA-AT--A-AAAAATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
Reference ( family-565 ) : ACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--GT-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--C------------AAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TC--A-AAA--AA-G-C--CAAA-AA--T----G-C----------T--GC--AA-TGTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T-ATA-AT--A-AAAAATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74912 : ATATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CTA---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--AT-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--CCA----------AAAAA--A--A--T---T-TTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TC--A-AAA--AA-G-C--CAAA-AA--T----G-CC---------T--GC--AA-TGTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T-ATA-AT--A-AAAAATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74913 : atACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------CTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--T-CTCTCAC--C-C-GC-G--G--GT-CA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--CCA----------AAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TC--A-AAA--AA-G-C--GAGA-AA--T----G-CC---------T--GG--AA-TGTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T-ATA-AT--A-AAAAATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTA
gi|74914 : atACATGT-G-A-AA-TT----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--TT-C-T-CAC--G-ACCTCA---C-C-GCGG--G--GC-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-TCC--C------------CAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGC-ATT-AG---TTTC-CTCT-TT--A-ATCA--TG---AAG-TTG--T--A----TC----AAA--AA-G-C--CAAA-AA--T----GCC----------T--GC--AA-TATC-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-G-AG-AA--TCT--T--C-CA------TTA-G-TAGAA--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AACA--T-TA-----AA--CTG--C---TG--AACTT-GC---T-TGT-T--ACA--TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T-ATA-AT--A-AAAAATG-AA-CA---TAAGCT-AGT-A-TTT-AAGT-CTTATT
gi|74915 : atACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCT-AC--T---GC-G--G--GT-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--A------------AAAAA--A--A--T-----GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TC--A-AAA--AA-G-C--CAAA-AA--T----G-CC---------T--GC--AA-TGTC-CAGA-AG-ATA-C-T-C-AA-GAAG-AA--TTT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-A-TA-TGC-T-A--TCA--AA--TG-AACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T-ATA-AT----AAAAATGAAA-AT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74916 : atACATGT-G-A-TA-------C-TCTA---CC---C----T-T-------TTT----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--GTAAA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--CCAA---------AAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GTG-----GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TCA-A-AAA--AA-G-C--CAAA-AA--T----GCC----------T--GC--AA-TG-C-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCTACT--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TGAAACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T--TATAT--ATAAAAATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74917 : atACATAT-A-A-T--------C-TC-A---CC---C----G-T-------TTGC---G-GG---T-G-A----C-A-C-----TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CACAGG-ACCTCAC--C-C--C-G--C--GT-AG-CCA-AT-ATC-TCCACCCACCA-C-CCC--CCCCCCCA-----AAAAA--A--A--T---T-GTTG-T------A--AAG-GT------GT-A--T-A---TGGCAAT--AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TC--A-AAA--AA-G-C--C-AA-AA--T----GCC----------T--TC--AA-TGTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CTAA-GAAG-AATTTCT--T----CA------T---G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--T--AACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AACCT-GA---T---T-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T-GTA-AT--A-AAAAATG-AA-CT---AAAGCT-AGTCATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74918 : atACATGTTG-A-TA-T-----C-TC-A---TC------------------TTG----G-GG---T-G-GACCTC-A-CCT---TA-TTT---GA--A---GC---A---T--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--GT-AA---A-CT-ATC-TC--------A-C-CCCACC------------AAAAA--A--AA-T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AGAT-A---GGGCAAAT-AG---TTTC-C-CT-TT--ACATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TC--A-AAA--AAAG-C--CAAA-AA--A----G-CCAAAAAGCCTT--GC--AA-TGTC-CAGACAG-ATA---T-CAAG-GAAG-AA--TCT--T--A-CAA-----TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AACTT-GA---TCTGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T-ATA-AT----AAAAATG-AA-CTATAAAAGCT-AGT-A-TTT-AAGT-CTTATT
gi|74919 : atACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TGGT---G-GG---T-GGAGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--AA--GC---AACGT--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GT-G--G---T-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--A------------AAAAA--A--AACT---T-GCTG-T---T--A--AAG-GTTG----GT-AG-T-A---TGGCAAAT-AG---TT-C-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--TCAA----TC--A-AAA--AA-G-C--CAAA-AA--T----G-C----------C--TC--AATTGT--CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG--A--TCT--T--A-CAT-----TTA-G-TAGAA--GA-CTTAATGC-T-A--TCG--AAC-TG-AACA--C-TT-----AAC-CTA--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAC-TGCCTTTT-T-ATA-AT--A-AACAATGAAA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTTAAAGT-CTTA
gi|74920 : atACATGT---A-TA-T-------TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--CAT-CAC--A-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--GG-AA-C-A-AT-ATC-TC----------C-CCC--C------------AAAAA--A--T--T---T-GTTG-T---T--A--AA--GT------GT-AG-T-----T-GC-ATT-AGTTCTTTCTC-CT-TT--A-ATTC--TG--AAAGTTTG--T-------TC--A-AAA--AA-A-T--CCAA-AA--T----GCC----------T--GC-----TGT--CAGA-AG-ATA-C-T-CAAG-GAAG-AA--TTT--T--A-CA------TTAGG-TAG-A--G--C-TACTGC-T-A--TC---AA--T--AACA--G-TT-----AAATCTG--C---TG--AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC--TG--AAGT--AAT-TGCT-TTT-T-ATA-AT--A-AAAAATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT--AGT-CTTA
gi|74921 : atACATGT---A-TA-T-------TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--CAT-CAC--A-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--GG-AA-C-A-AT-ATC-TC----------C-CCC--C------------AAAAA--A--T--T---T-GTTG-T---T--A--AA--GT------GT-AG-T-----T-GC-ATT-AGTTCTTTCTC-CT-TT--A-ATTC--TG--AAAGTTTG--T-------TC--A-AAA--AA-A-T--CCAA-AA--T----GCC----------T--GC-----TGT--CAGA-AG-ATA-C-T-CAAG-GAAG-AA--TTT--T--A-CA------TTAGG-TAG-A--G--C-TACTGC-T-A--TC---AA--T--AACA--G-TT-----AAATCTG--C---TG--AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC--TG--AAGT--AAT-TGCT-TTT-T-ATA-AT--A-AAAAATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT--AGT-CTTA
gi|74922 : atACATGT---A-TAAT-----C-TC-A---CC---T----T-T-------T------G-GG---T-G-GAACTC---CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCTCGA--C-A-GC-G--C---C-AA-C-A-ATGATCGTC--------A-CTCCC--C------------AAAAA--ACCA--T---G-GTTG-T---T--A--AGG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTT--C-CT-TT--A-ATCA--TGAAAAAG-TTG--T--A----TC-----AA--AA-GTC--CAAA-AA--T----G-C----------C--GC--AA-TATC-CAGA-AGAATATC-TCCCAACGAAG-AA--TCT--TCCA-TA------TTA-G-TAG-A--GA-C-T-ATGC-TAA--TCAT-AA--TG-AA------TT-----AA--CTG--C---TG--AACTT-GC---T-T-T----ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T-ATA-AT-----AAAATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT--AGTGCTTATT
gi|74923 : atACATGT-G-ACTA-T-----C-TC-A---CC--------T-T-------CTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT-------A---GC---AA--T--C-T-CAC-----TCTCAT--CAC-GC-G--GTGGT-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--CCA----------AAAAA--A--A--T---T--TTG-T------A--AAGTAT------GTTAA-T-A---TG-CAAT--AG---TTCC-C----TT--A-ATCAA-TG--AAAG-TTG--T--A----TC----AAA--AA-G-C--GAAACAA--T----GCC----------T--GG--AA-TGTC-CAGA-AG-A-A-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TA-AACA--C-TT-----AA--CTGCTC---TGACAACTT-GA---T-TGT-G--ACAA-CTG--A--T--AATATGC--TTT-T-ATA-AT--A-AAAAATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-AT
gi|74924 : atATGT-G-A-TA-T-----CCTC-A---CC---C----TGT-------TTG----G-GG---T-GGAGACTC-A-CCC---TT-TTT---GAGAA---GC---AA--T--C-T-CAC--G-AACTCAC--A-C-GC-G--G---T-AA-A-C-AT-ATC-TT--------C-C-CCC--C------------CAAAA--A--A--G---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGAAATT-AG---TTT--C-CT-TC--G-ATCA--TG--AAA--TTG--T--A----TCAAA-AAA--AA-G-C----AA-AA--T----G-C----------CTGGC--AA-TGT--CAGA-AG-ATA-C-T-GC-A-GAAG-AA----T--T--C-CA------TTA-G-TAG-A--GT-C--AATGC-T-A--T----AA--TGAAACA--C-TCATAAGAA--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--AAAC-TTG--A--T--AAT-GGC--TTTATAACA-AT--A-AAAAATG-AA-CT---AACGTA-GGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74925 : ataaACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC----T-TTT---GA--A---GC---AA--A--C-T--ACG-G-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--G--AA-C---AT-ATC-TC--------A-C-CCC--CCA----------AAAAA--A--A--T---T-GTTG-TA--TA-A--AAG-GT-------T-AG---A---TGGCAA-T-AG---TTAT-C-CC-TT--A-ATCA---G--AAAG-TTG--T--A----TCA-A-AAA--AA-G-C--CAAA-AA--T----G-G----------TC-GC--AA-T
gi|74926 : atACATGT-G-A-TA-T-----C-TT-----CC---C----T-TGCCTGTCTTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCCCCTTT-TTT---GA--A---GC---A---T--C-T-CAC--G--CCTC------C-GC-G--G--GT-AA-C-A--T-AT--TC--------A-C-CCC---------------ACAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-TGA---TGGCAATT-AG---TTTC-C--T-TA--A-ATCAG-TG--AACG-TTAGAT--A----TC--A-AAA--AA-G-C--CACA-AA--T----A-T----------A--GC--A---GTC-CAGA-A---TA-C-T-GCG-----G-AA--TCTCAT--A-CAG-----TTA-G-TAG-ACGGA-C--AATGC-T-A--TCATTGA--CA-AACA--CCTT-----AA--CTG--C---CTG-AACTT-C----T-TGT-GG-AAAC-TT---A--T--AAT-TGC--TTT-T-ATA-AT--A-AAA-ATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-TAGT-CTTA
gi|74927 : atACATGT-G-A-TA-T-----C-CC-A---CG---C----T-T-------TTG----G-CG---C-G-AGACTT-A-TGC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACGTCAC--G-C--C-C--G--GT-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-T-GTT--A------------TAAAA--A--A--T---C-GCTG-T---T--C--AA
gi|74928 : atACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CA---C----T-T-------T-G----G-CA---T-G-AGTCTC-A-TGC---TT-TTT---CA--A---GC---AG--T--C-T-CTT--G-ACCTCAC--G-T-GT-G--C--GT-AA-T-A-AT-ATC-TC--------A-C-TCA--T------------AAAAA--A---------T-GCTG-T---TCAA--AAG-ATTTTA--GT-AG-T-
gi|74929 : atACATGT-G-AATA-TAAATCC-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---TTG-AGACTC-ACCCC---TT-TTT---GGACA---GCAAAAA--T--C-T-C
gi|74930 : atACATGT-G-AATA-TAAATCC-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---TTG-AGACTC-ACCCC---TT-TTT---GGACA---GCAAAAA--T--C-T-C
gi|74931 : atACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CG---C----T-T-------TTG----GCAA---T-G-AGACTC-A-
gi|74932 : atACATCT-GTA-TA-TA----C-TC-----CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-TCC---TT-TTT----A--A---GC---AA--C--T-T-CAC--T-ACCTCAC--C-G-GC-G--G---T-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--C------------AAAAC--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG--T------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TCA-A-AAA--AA-G-C--CAAA-AA--G----C-C----------T--GC--AA-TGT--CAGA-AG-ATA-CAT-CCAA-GAAG-AA--T-T--A--A-CA------TTA-GCTAT-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AA-TT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TG----TT-T-ATA-AT--A-AAAAATA-AT-CT---AAAGCT-AGT-A-TTT-AAGT-CTTATT
gi|74933 : tACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--GT-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--C------------AAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TC--A-AAA--AA---C--CAAA-AA--T----G-C----------T--GC--AA-TGTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T-ATA-ATAAA-AAAAAAG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74934 : ACATGT---A-TAAT-----C-TC-A---CC---TCATAT-T-------CTA----G-GGAAGT-G-AGACTCCA-CCC---TTCTTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CACG-G-ACCTCAC--C-C-GC----G--GT-AA-C-A-AT-AAC-TC--------ACC-CCC--C------------AAAAAACA--A--T---G-GTTGTT---T--A--AAG-GT-------T-AG-T-GTACTGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TTAAA-ATCA--T---AAAG--TG--T--AGTTCTC--A-AAA--AA-G-TAACAAA-AA--TTGCAA-C----------T--GCCAAA-TGTCACAGA-A--ATATC-T-CCAA-GAAGAAA--TCTA-T--ACCA------TTA-G-TAGAA--GACC-TAATGC-T-A--TCA--AAATTG-AACAACC-TT-----AA--CTG--C---TGA-AA--T-GA---T-TGTGG--ACAC-TTGAAA--TAAAAT-TGC--TTT-T-ATA-ATAAA-AAAAATG-AA-CTA--AAAGCTAAGT-ATTTT-A
gi|74935 : ATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-A----C-A-C-----TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAT--G-ACCTCACG-C-C-GC-G--G--GT-AG-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--CCCCCCCCCCCCCAAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-A--T-A---TGGCAAT--AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCGATTG--AAAG-TTG--T--A----TC--A-AAA--AA-G-C--CAAA-AA--T----G-CC---------T--GC--AA-TGTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CTAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C--AATGCTT-A--TCA--AA--TG-AACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AACTT-GA-----TGT-GGAGCAC-TTG--A--T---AT-TGC--TTT-T-GTA-AT--A-AAAAA
gi|74936 : ATGT-G-A-TA-T-----C-CC-A---AG---C----T-T-------TTG----G-CA---T-G-AGACTC-A-CGC---TT-TTT---CA--ATATGT---AA--T--C-T-C-C--G-ATCTCAC--G-C-GC-A--G--GT-AA-C-GCAT-G-----------------------------------AAAAA--A--A--TCGCT-GTTC-T---T--A--AAA-TT------TT-AC-T-G---GGTTATTT-AA---TTTT-C-----T--A-ATCA--a
gi|74937 : ATGG-G-A-TA-T-----C-CA-A---CA---C----T-T-------TTG----G-CA---T-G-AGACTC-A-CGC---TT-TTT---CA--AT--GC---AA--T--C-T-C-C--G-ATCTCAC--G-C-AC-G--G--GT-AA-C-GCAT-G-----------------------------------AAAAA--A--A--T---C-GCTG-TTCAT--A--AAA-TT------TT-AC-T-G---GGTTATTT-AA---TTTT-C-----T--A-ATCA--
gi|74938 : ATGT-G-A-TACT-----C-CC-AGTTCCACGC----T-T-------TTG----G-CA---T-G-AGACTC-G-CGC---TT-TTT---CA--C---GC---AA--T--C-T-C-C--G-ATCTCACG-C-C-GC-G--G--GT-A
gi|74939 : TGT-G-A-TA-T-----T-TT-A---CC---C----T-G-------TTGTCGGA-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTTTGCAAT-A---GC---GAAGT--C-T-CAC--GGACCTCACACC-CAGC-GTCG--G--AA-C-C-AT-CTC-TC--------C-C-CCC--C------------CAAAA--A--A--T---TAGGTG-T---T--ATGGAG-GTTAATTTGT-AG-T-T---GGGCAATTTAG---TTCC-C-GTCTT--A-AT-A--TG--AAAG-TTGG-T--A----TC--ACAAACGAA-G-C--CAAA-AAAAT----G-C----------C--GTG-AA-TGTC-CAGA-CG-ATC-T-T-CCAA-GACG-AA--TTC--T--A-CATTTGGCTTA-G-TAGCG--GATC-TAATGC-T-ACTTCA--AA--TG-AACA--C-TT-----AA--CTG--TGCATAG-AACGTAGAATCT-AGT-G--ACACTTTGC-A--T--AAT-TGCTTTTT-T-ATA-AGA-A-AAAAATG-AACCT---CAAGCC-TGT-ATTTT-TAG
gi|74940 : -G-AGACTC-A-CGC---TT-TTT---GA--A---GC---AT--TTGC-TCCAC--A-A-CTCAC--A-C-CC-G--G--GT-AGCC-A-AT-ATC-TC--------A-C-CC
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|74942 ): GAAAAAAAGACGGGAAAATGTTTTATTCGTGATGTCATAATGCTATCAAATTAGGAATAACGTACCAATTTTGTTAACGTAGTATGACTGTTATATATTTTT
Unaligned ( gi|74943 ): GAAAAAAGGCGGGGAAATGTCTTATTCGTGATGTCCTAATGCTATCAAATTAGGAATAACACTCCAATTTTGTGAACGTAGTATGCTTGTTAT
Unaligned ( gi|74944 ): AAAATCGGAAAATGTCTTATTCGTGATGTCATAATGCTATCAAATTAGGAATAACGTTCCAATTTTGTTAACGTAGTATGCCTGTTATATATTTTA
Unaligned ( gi|74945 ): GGGAAAATGTCTTATTCGTGATGTCATAATGCTATCAAATTAGGAATACATTCCAATATTGTGTTAACGTAGTATGCCTGTAATATATTTTTA
Unaligned ( gi|74941 ): ATTTAGGAAAAAGGCGGGAAAATGTCTTATTCGTGATGTCATAATGCTATCAAATTTGGAATAACGTTCCAATTTTGTTAACGTAGTATACCTGTTATATATTCTACTTTATTAAAA
Unaligned ( gi|74946 ): GGGAAAATGTCTTATTTCGTGATGTCATAATTGCTATCAATTAAGAATTAACGTTTCACATTTTTGTTAACGTAGTATGCCTGTTAT
Alignments
lowQualScore : 11111 222222222222222 111111 222222222222222 111111 11
lowQualScore : 1 1 4 4 00000 1 1 222 222 3333 1 4444444 5555 1 222 2 2 1 2 222 1 222 77 555 555 33 33 2 1 55 1 55 1 1 1 22 22 1 1 1 3 1 1 6666666666 1 666666666666666 22 22 44 222 1 1 444 44 22 1 222222 1 1 33333 1 666 3 22 1 22 1 66 22 4 44 22 4444 9999 22 2 2 22 2 22 4444 000000000000000 44 2 55 2 2 4 2 2 2 2 22 77 22 2 222222 4 2 8 22 4 2 2 2 22 55 55 4 22 2 55555 77 22 333 55 2 333 2 2 55 2 55 55 22 2 00 2 2 2 8888 4 2 666 2 2 55 2
lowQualScore : . . . . ..... . . ... ... .... . ....... .... . ... . . . . ... . ... .. ... ... .. .. . . .. . .. . . . .. .. . . . . . . .......... . ............... .. .. .. ... . . ... .. .. . ...... . . ..... . ... . .. . .. . .. .. . .. .. .... .... .. . . .. . .. .... ............... .. . .. . . . . . . . .. .. .. . ...... . . . .. . . . . .. .. .. . .. . ..... .. .. ... .. . ... . . .. . .. .. .. . .. . . . .... . . ... . . .. .
lowQualScore : 4 4 3 3 00000 4 4 555 555 0000 4 6666666 9999 4 555 8 8 4 8 555 4 555 33 444 000 99 44 9 4 22 5 22 5 5 5 11 11 5 6 6 2 6 6 2222222222 6 333333333333333 33 33 00 999 7 7 666 00 33 7 888888 7 7 66666 8 444 6 00 8 55 8 11 88 0 88 88 2222 1111 88 0 0 88 0 88 2222 888888888888888 88 0 33 1 1 2 1 1 1 1 99 99 99 1 444444 2 1 4 99 2 1 1 1 99 00 00 2 99 1 33333 99 99 777 00 1 777 1 1 00 1 00 88 99 1 00 1 1 1 7777 4 2 111 2 2 11 7
consensus : ACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--GT-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--C------------AAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TC--A-AAA--AA-G-C--CAAA-AA--T----G-C----------T--GC--AA-TGTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T-ATA-AT--A-AAAAATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
Reference ( family-565 ) : ACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--GT-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--C------------AAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TC--A-AAA--AA-G-C--CAAA-AA--T----G-C----------T--GC--AA-TGTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T-ATA-AT--A-AAAAATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74912 : ATATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CTA---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--AT-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--CCA----------AAAAA--A--A--T---T-TTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TC--A-AAA--AA-G-C--CAAA-AA--T----G-CC---------T--GC--AA-TGTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T-ATA-AT--A-AAAAATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74913 : atACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------CTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--T-CTCTCAC--C-C-GC-G--G--GT-CA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--CCA----------AAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TC--A-AAA--AA-G-C--GAGA-AA--T----G-CC---------T--GG--AA-TGTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T-ATA-AT--A-AAAAATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTA
gi|74914 : atACATGT-G-A-AA-TT----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--TT-C-T-CAC--G-ACCTCA---C-C-GCGG--G--GC-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-TCC--C------------CAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGC-ATT-AG---TTTC-CTCT-TT--A-ATCA--TG---AAG-TTG--T--A----TC----AAA--AA-G-C--CAAA-AA--T----GCC----------T--GC--AA-TATC-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-G-AG-AA--TCT--T--C-CA------TTA-G-TAGAA--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AACA--T-TA-----AA--CTG--C---TG--AACTT-GC---T-TGT-T--ACA--TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T-ATA-AT--A-AAAAATG-AA-CA---TAAGCT-AGT-A-TTT-AAGT-CTTATT
gi|74915 : atACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCT-AC--T---GC-G--G--GT-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--A------------AAAAA--A--A--T-----GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TC--A-AAA--AA-G-C--CAAA-AA--T----G-CC---------T--GC--AA-TGTC-CAGA-AG-ATA-C-T-C-AA-GAAG-AA--TTT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-A-TA-TGC-T-A--TCA--AA--TG-AACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T-ATA-AT----AAAAATGAAA-AT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74916 : atACATGT-G-A-TA-------C-TCTA---CC---C----T-T-------TTT----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--GTAAA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--CCAA---------AAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GTG-----GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TCA-A-AAA--AA-G-C--CAAA-AA--T----GCC----------T--GC--AA-TG-C-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCTACT--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TGAAACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T--TATAT--ATAAAAATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74917 : atACATAT-A-A-T--------C-TC-A---CC---C----G-T-------TTGC---G-GG---T-G-A----C-A-C-----TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CACAGG-ACCTCAC--C-C--C-G--C--GT-AG-CCA-AT-ATC-TCCACCCACCA-C-CCC--CCCCCCCA-----AAAAA--A--A--T---T-GTTG-T------A--AAG-GT------GT-A--T-A---TGGCAAT--AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TC--A-AAA--AA-G-C--C-AA-AA--T----GCC----------T--TC--AA-TGTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CTAA-GAAG-AATTTCT--T----CA------T---G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--T--AACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AACCT-GA---T---T-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T-GTA-AT--A-AAAAATG-AA-CT---AAAGCT-AGTCATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74918 : atACATGTTG-A-TA-T-----C-TC-A---TC------------------TTG----G-GG---T-G-GACCTC-A-CCT---TA-TTT---GA--A---GC---A---T--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--GT-AA---A-CT-ATC-TC--------A-C-CCCACC------------AAAAA--A--AA-T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AGAT-A---GGGCAAAT-AG---TTTC-C-CT-TT--ACATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TC--A-AAA--AAAG-C--CAAA-AA--A----G-CCAAAAAGCCTT--GC--AA-TGTC-CAGACAG-ATA---T-CAAG-GAAG-AA--TCT--T--A-CAA-----TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AACTT-GA---TCTGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T-ATA-AT----AAAAATG-AA-CTATAAAAGCT-AGT-A-TTT-AAGT-CTTATT
gi|74919 : atACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TGGT---G-GG---T-GGAGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--AA--GC---AACGT--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GT-G--G---T-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--A------------AAAAA--A--AACT---T-GCTG-T---T--A--AAG-GTTG----GT-AG-T-A---TGGCAAAT-AG---TT-C-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--TCAA----TC--A-AAA--AA-G-C--CAAA-AA--T----G-C----------C--TC--AATTGT--CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG--A--TCT--T--A-CAT-----TTA-G-TAGAA--GA-CTTAATGC-T-A--TCG--AAC-TG-AACA--C-TT-----AAC-CTA--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAC-TGCCTTTT-T-ATA-AT--A-AACAATGAAA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTTAAAGT-CTTA
gi|74920 : atACATGT---A-TA-T-------TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--CAT-CAC--A-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--GG-AA-C-A-AT-ATC-TC----------C-CCC--C------------AAAAA--A--T--T---T-GTTG-T---T--A--AA--GT------GT-AG-T-----T-GC-ATT-AGTTCTTTCTC-CT-TT--A-ATTC--TG--AAAGTTTG--T-------TC--A-AAA--AA-A-T--CCAA-AA--T----GCC----------T--GC-----TGT--CAGA-AG-ATA-C-T-CAAG-GAAG-AA--TTT--T--A-CA------TTAGG-TAG-A--G--C-TACTGC-T-A--TC---AA--T--AACA--G-TT-----AAATCTG--C---TG--AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC--TG--AAGT--AAT-TGCT-TTT-T-ATA-AT--A-AAAAATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT--AGT-CTTA
gi|74921 : atACATGT---A-TA-T-------TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--CAT-CAC--A-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--GG-AA-C-A-AT-ATC-TC----------C-CCC--C------------AAAAA--A--T--T---T-GTTG-T---T--A--AA--GT------GT-AG-T-----T-GC-ATT-AGTTCTTTCTC-CT-TT--A-ATTC--TG--AAAGTTTG--T-------TC--A-AAA--AA-A-T--CCAA-AA--T----GCC----------T--GC-----TGT--CAGA-AG-ATA-C-T-CAAG-GAAG-AA--TTT--T--A-CA------TTAGG-TAG-A--G--C-TACTGC-T-A--TC---AA--T--AACA--G-TT-----AAATCTG--C---TG--AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC--TG--AAGT--AAT-TGCT-TTT-T-ATA-AT--A-AAAAATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT--AGT-CTTA
gi|74922 : atACATGT---A-TAAT-----C-TC-A---CC---T----T-T-------T------G-GG---T-G-GAACTC---CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCTCGA--C-A-GC-G--C---C-AA-C-A-ATGATCGTC--------A-CTCCC--C------------AAAAA--ACCA--T---G-GTTG-T---T--A--AGG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTT--C-CT-TT--A-ATCA--TGAAAAAG-TTG--T--A----TC-----AA--AA-GTC--CAAA-AA--T----G-C----------C--GC--AA-TATC-CAGA-AGAATATC-TCCCAACGAAG-AA--TCT--TCCA-TA------TTA-G-TAG-A--GA-C-T-ATGC-TAA--TCAT-AA--TG-AA------TT-----AA--CTG--C---TG--AACTT-GC---T-T-T----ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T-ATA-AT-----AAAATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT--AGTGCTTATT
gi|74923 : atACATGT-G-ACTA-T-----C-TC-A---CC--------T-T-------CTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT-------A---GC---AA--T--C-T-CAC-----TCTCAT--CAC-GC-G--GTGGT-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--CCA----------AAAAA--A--A--T---T--TTG-T------A--AAGTAT------GTTAA-T-A---TG-CAAT--AG---TTCC-C----TT--A-ATCAA-TG--AAAG-TTG--T--A----TC----AAA--AA-G-C--GAAACAA--T----GCC----------T--GG--AA-TGTC-CAGA-AG-A-A-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TA-AACA--C-TT-----AA--CTGCTC---TGACAACTT-GA---T-TGT-G--ACAA-CTG--A--T--AATATGC--TTT-T-ATA-AT--A-AAAAATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-AT
gi|74924 : atATGT-G-A-TA-T-----CCTC-A---CC---C----TGT-------TTG----G-GG---T-GGAGACTC-A-CCC---TT-TTT---GAGAA---GC---AA--T--C-T-CAC--G-AACTCAC--A-C-GC-G--G---T-AA-A-C-AT-ATC-TT--------C-C-CCC--C------------CAAAA--A--A--G---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGAAATT-AG---TTT--C-CT-TC--G-ATCA--TG--AAA--TTG--T--A----TCAAA-AAA--AA-G-C----AA-AA--T----G-C----------CTGGC--AA-TGT--CAGA-AG-ATA-C-T-GC-A-GAAG-AA----T--T--C-CA------TTA-G-TAG-A--GT-C--AATGC-T-A--T----AA--TGAAACA--C-TCATAAGAA--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--AAAC-TTG--A--T--AAT-GGC--TTTATAACA-AT--A-AAAAATG-AA-CT---AACGTA-GGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74925 : ataaACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC----T-TTT---GA--A---GC---AA--A--C-T--ACG-G-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--G--AA-C---AT-ATC-TC--------A-C-CCC--CCA----------AAAAA--A--A--T---T-GTTG-TA--TA-A--AAG-GT-------T-AG---A---TGGCAA-T-AG---TTAT-C-CC-TT--A-ATCA---G--AAAG-TTG--T--A----TCA-A-AAA--AA-G-C--CAAA-AA--T----G-G----------TC-GC--AA-T
gi|74926 : atACATGT-G-A-TA-T-----C-TT-----CC---C----T-TGCCTGTCTTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCCCCTTT-TTT---GA--A---GC---A---T--C-T-CAC--G--CCTC------C-GC-G--G--GT-AA-C-A--T-AT--TC--------A-C-CCC---------------ACAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-TGA---TGGCAATT-AG---TTTC-C--T-TA--A-ATCAG-TG--AACG-TTAGAT--A----TC--A-AAA--AA-G-C--CACA-AA--T----A-T----------A--GC--A---GTC-CAGA-A---TA-C-T-GCG-----G-AA--TCTCAT--A-CAG-----TTA-G-TAG-ACGGA-C--AATGC-T-A--TCATTGA--CA-AACA--CCTT-----AA--CTG--C---CTG-AACTT-C----T-TGT-GG-AAAC-TT---A--T--AAT-TGC--TTT-T-ATA-AT--A-AAA-ATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-TAGT-CTTA
gi|74927 : atACATGT-G-A-TA-T-----C-CC-A---CG---C----T-T-------TTG----G-CG---C-G-AGACTT-A-TGC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACGTCAC--G-C--C-C--G--GT-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-T-GTT--A------------TAAAA--A--A--T---C-GCTG-T---T--C--AA
gi|74928 : atACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CA---C----T-T-------T-G----G-CA---T-G-AGTCTC-A-TGC---TT-TTT---CA--A---GC---AG--T--C-T-CTT--G-ACCTCAC--G-T-GT-G--C--GT-AA-T-A-AT-ATC-TC--------A-C-TCA--T------------AAAAA--A---------T-GCTG-T---TCAA--AAG-ATTTTA--GT-AG-T-
gi|74929 : atACATGT-G-AATA-TAAATCC-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---TTG-AGACTC-ACCCC---TT-TTT---GGACA---GCAAAAA--T--C-T-C
gi|74930 : atACATGT-G-AATA-TAAATCC-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---TTG-AGACTC-ACCCC---TT-TTT---GGACA---GCAAAAA--T--C-T-C
gi|74931 : atACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CG---C----T-T-------TTG----GCAA---T-G-AGACTC-A-
gi|74932 : atACATCT-GTA-TA-TA----C-TC-----CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-TCC---TT-TTT----A--A---GC---AA--C--T-T-CAC--T-ACCTCAC--C-G-GC-G--G---T-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--C------------AAAAC--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG--T------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TCA-A-AAA--AA-G-C--CAAA-AA--G----C-C----------T--GC--AA-TGT--CAGA-AG-ATA-CAT-CCAA-GAAG-AA--T-T--A--A-CA------TTA-GCTAT-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AA-TT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TG----TT-T-ATA-AT--A-AAAAATA-AT-CT---AAAGCT-AGT-A-TTT-AAGT-CTTATT
gi|74933 : tACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--GT-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--C------------AAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TC--A-AAA--AA---C--CAAA-AA--T----G-C----------T--GC--AA-TGTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T-ATA-ATAAA-AAAAAAG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74934 : ACATGT---A-TAAT-----C-TC-A---CC---TCATAT-T-------CTA----G-GGAAGT-G-AGACTCCA-CCC---TTCTTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CACG-G-ACCTCAC--C-C-GC----G--GT-AA-C-A-AT-AAC-TC--------ACC-CCC--C------------AAAAAACA--A--T---G-GTTGTT---T--A--AAG-GT-------T-AG-T-GTACTGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TTAAA-ATCA--T---AAAG--TG--T--AGTTCTC--A-AAA--AA-G-TAACAAA-AA--TTGCAA-C----------T--GCCAAA-TGTCACAGA-A--ATATC-T-CCAA-GAAGAAA--TCTA-T--ACCA------TTA-G-TAGAA--GACC-TAATGC-T-A--TCA--AAATTG-AACAACC-TT-----AA--CTG--C---TGA-AA--T-GA---T-TGTGG--ACAC-TTGAAA--TAAAAT-TGC--TTT-T-ATA-ATAAA-AAAAATG-AA-CTA--AAAGCTAAGT-ATTTT-A
gi|74935 : ATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-A----C-A-C-----TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAT--G-ACCTCACG-C-C-GC-G--G--GT-AG-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--CCCCCCCCCCCCCAAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-A--T-A---TGGCAAT--AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCGATTG--AAAG-TTG--T--A----TC--A-AAA--AA-G-C--CAAA-AA--T----G-CC---------T--GC--AA-TGTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CTAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C--AATGCTT-A--TCA--AA--TG-AACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AACTT-GA-----TGT-GGAGCAC-TTG--A--T---AT-TGC--TTT-T-GTA-AT--A-AAAAA
gi|74936 : ATGT-G-A-TA-T-----C-CC-A---AG---C----T-T-------TTG----G-CA---T-G-AGACTC-A-CGC---TT-TTT---CA--ATATGT---AA--T--C-T-C-C--G-ATCTCAC--G-C-GC-A--G--GT-AA-C-GCAT-G-----------------------------------AAAAA--A--A--TCGCT-GTTC-T---T--A--AAA-TT------TT-AC-T-G---GGTTATTT-AA---TTTT-C-----T--A-ATCA--a
gi|74937 : ATGG-G-A-TA-T-----C-CA-A---CA---C----T-T-------TTG----G-CA---T-G-AGACTC-A-CGC---TT-TTT---CA--AT--GC---AA--T--C-T-C-C--G-ATCTCAC--G-C-AC-G--G--GT-AA-C-GCAT-G-----------------------------------AAAAA--A--A--T---C-GCTG-TTCAT--A--AAA-TT------TT-AC-T-G---GGTTATTT-AA---TTTT-C-----T--A-ATCA--
gi|74938 : ATGT-G-A-TACT-----C-CC-AGTTCCACGC----T-T-------TTG----G-CA---T-G-AGACTC-G-CGC---TT-TTT---CA--C---GC---AA--T--C-T-C-C--G-ATCTCACG-C-C-GC-G--G--GT-A
gi|74939 : TGT-G-A-TA-T-----T-TT-A---CC---C----T-G-------TTGTCGGA-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTTTGCAAT-A---GC---GAAGT--C-T-CAC--GGACCTCACACC-CAGC-GTCG--G--AA-C-C-AT-CTC-TC--------C-C-CCC--C------------CAAAA--A--A--T---TAGGTG-T---T--ATGGAG-GTTAATTTGT-AG-T-T---GGGCAATTTAG---TTCC-C-GTCTT--A-AT-A--TG--AAAG-TTGG-T--A----TC--ACAAACGAA-G-C--CAAA-AAAAT----G-C----------C--GTG-AA-TGTC-CAGA-CG-ATC-T-T-CCAA-GACG-AA--TTC--T--A-CATTTGGCTTA-G-TAGCG--GATC-TAATGC-T-ACTTCA--AA--TG-AACA--C-TT-----AA--CTG--TGCATAG-AACGTAGAATCT-AGT-G--ACACTTTGC-A--T--AAT-TGCTTTTT-T-ATA-AGA-A-AAAAATG-AACCT---CAAGCC-TGT-ATTTT-TAG
gi|74940 : -G-AGACTC-A-CGC---TT-TTT---GA--A---GC---AT--TTGC-TCCAC--A-A-CTCAC--A-C-CC-G--G--GT-AGCC-A-AT-ATC-TC--------A-C-CC
blockSeqs : T T C A AAATC C T GTT ACG CATA G GCCTGTC TCGG C AAG T G C C CCT C TGC GA TAT AAA CG TG A C AG G AC A A G TC TG A C C C G G CACCCACCA T CCCCCCCCCCCCC AC CC AC CGC A T TCA CA TG T TAATTT T A GTAC T TTC T TC C AA C AT AA T GA CA GTTC AAA CG A T AA C AA TGCA CCAAAAAGCCTT CA T CA C A T A C C A TT AC CC C TTTGGC G C A CG C T T A CT TT AT A AC C ATAAG AT CT GCA AC A ATC C G GA T AA AG AA A CT A A T AAA A C ATA A C AA G
blockSeqs : . . A A AAATC . . . . . . . C . . T G . C . . . AC A AAA AG T A . G . G . . . . . . . . C . . AC . CCCCCCCA . . A . . . A A . . TTTA . . GA . TTC T C . . . A . T G . . AA . . . . . . . CCTG G . C . . T . . . . . CA . . A G . A . T . . . . T C A . . . AT . . A . . . . G . C AG . . TT . . . AAA A . A . . A .
blockSeqs : . . A C T . . . . . . . T . . . . . . . . . AC T . . . . . G . G . . . . . . . . . . . A . CCAA . . . . . . . . . . TG . . A . . . C . . . G . . . . . AA . . . . . . . CCT . . C . . . . . . . . A . . T . . A . . . . . . . . . . . . C . . A . . . . . . . . . . T . . . AT . . . . . A .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . CCA . . . . . . . . . . G . . A . . . C . . . . . . . . . AA . . . . . . . CCT . . C . . . . . . . . . . . G . . C . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . T . . . AA . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . ACC . . . . . . . . . . . . . A . . . C . . . . . . . . . AC . . . . . . . CCT . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . CCA . . . . . . . . . . . . . A . . . C . . . . . . . . . A . . . . . . . CCT . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . CCA . . . . . . . . . . . . . A . . . C . . . . . . . . . A . . . . . . . CCT . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . C . . . . . . . . . . . . . A . . . C . . . . . . . . . A . . . . . . . CCT . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . A . . . . . . . . . . . . . A . . . C . . . . . . . . . A . . . . . . . CCT . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . A . . . . . . . . . . . . . A . . . C . . . . . . . . . A . . . . . . . CCT . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . C . . . . . . . . . . . . . A . . . C . . . . . . . . . A . . . . . . . GTC . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . C . . . . . . . . . . . . . A . . . C . . . . . . . . . A . . . . . . . CCT . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . C . . . . . . . . . . . . . A . . . C . . . . . . . . . A . . . . . . . CC . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . C . . . . . . . . . . . . . A . . . C . . . . . . . . . A . . . . . . . CC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . A . . . . . . . . . . . . . A . . . C . . . . . . . . . A . . . . . . . TA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . T . . . . . . . . . . . . . A . . . C . . . . . . . . . A . . . . . . . CT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . C . . . . . . . . . . . . . G . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . CT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . C . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . C . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CC . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : C**************
originalCons : ACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--GT-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--C------------AAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TC--A-AAA--AA-G-C--CAAA-AA--T----G-C----------T--GC--AA-TGTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T-ATA-AT--A-AAAAATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
finalCons : ACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--GT-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCCC--------------AAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TC--A-AAA--AA-G-C--CAAA-AA--T----G-C----------T--GC--AA-TGTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T-ATA-AT--A-AAAAATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|74942 ): GAAAAAAAGACGGGAAAATGTTTTATTCGTGATGTCATAATGCTATCAAATTAGGAATAACGTACCAATTTTGTTAACGTAGTATGACTGTTATATATTTTT
Unaligned ( gi|74943 ): GAAAAAAGGCGGGGAAATGTCTTATTCGTGATGTCCTAATGCTATCAAATTAGGAATAACACTCCAATTTTGTGAACGTAGTATGCTTGTTAT
Unaligned ( gi|74944 ): AAAATCGGAAAATGTCTTATTCGTGATGTCATAATGCTATCAAATTAGGAATAACGTTCCAATTTTGTTAACGTAGTATGCCTGTTATATATTTTA
Unaligned ( gi|74945 ): GGGAAAATGTCTTATTCGTGATGTCATAATGCTATCAAATTAGGAATACATTCCAATATTGTGTTAACGTAGTATGCCTGTAATATATTTTTA
Unaligned ( gi|74941 ): ATTTAGGAAAAAGGCGGGAAAATGTCTTATTCGTGATGTCATAATGCTATCAAATTTGGAATAACGTTCCAATTTTGTTAACGTAGTATACCTGTTATATATTCTACTTTATTAAAA
Unaligned ( gi|74946 ): GGGAAAATGTCTTATTTCGTGATGTCATAATTGCTATCAATTAAGAATTAACGTTTCACATTTTTGTTAACGTAGTATGCCTGTTAT
Alignments
lowQualScore : 11111 222222222222222 111111 222222222222222 111111 11
lowQualScore : 1 1 4 4 00000 1 1 222 222 3333 1 4444444 5555 1 222 2 2 1 2 222 1 222 77 555 555 33 33 2 1 55 1 55 1 1 1 22 22 1 1 1 3 1 1 6666666666 1 666666666666666 22 22 44 222 1 1 444 44 22 1 222222 1 1 33333 1 666 3 22 1 22 1 66 22 4 44 22 4444 9999 22 2 2 22 2 22 4444 000000000000000 44 2 55 2 2 4 2 2 2 2 22 77 22 2 222222 4 2 8 22 4 2 2 2 22 55 55 4 22 2 55555 77 22 333 55 2 333 2 2 55 2 55 55 22 2 00 2 2 2 8888 4 2 666 2 2 55 2
lowQualScore : . . . . ..... . . ... ... .... . ....... .... . ... . . . . ... . ... .. ... ... .. .. . . .. . .. . . . .. .. . . . . . . .......... . ............... .. .. .. ... . . ... .. .. . ...... . . ..... . ... . .. . .. . .. .. . .. .. .... .... .. . . .. . .. .... ............... .. . .. . . . . . . . .. .. .. . ...... . . . .. . . . . .. .. .. . .. . ..... .. .. ... .. . ... . . .. . .. .. .. . .. . . . .... . . ... . . .. .
lowQualScore : 4 4 3 3 00000 4 4 555 555 0000 4 6666666 9999 4 555 8 8 4 8 555 4 555 33 444 000 99 44 9 4 22 5 22 5 5 5 11 11 5 6 6 2 6 6 2222222222 6 333333333333333 33 33 00 999 7 7 666 00 33 7 888888 7 7 66666 8 444 6 00 8 55 8 11 88 0 88 88 2222 1111 88 0 0 88 0 88 2222 888888888888888 88 0 33 1 1 2 1 1 1 1 99 99 99 1 444444 2 1 4 99 2 1 1 1 99 00 00 2 99 1 33333 99 99 777 00 1 777 1 1 00 1 00 88 99 1 00 1 1 1 7777 4 2 111 2 2 11 7
consensus : ACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--GT-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--C------------AAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TC--A-AAA--AA-G-C--CAAA-AA--T----G-C----------T--GC--AA-TGTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T-ATA-AT--A-AAAAATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
Reference ( family-565 ) : ACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--GT-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--C------------AAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TC--A-AAA--AA-G-C--CAAA-AA--T----G-C----------T--GC--AA-TGTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T-ATA-AT--A-AAAAATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74912 : ATATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CTA---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--AT-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--CCA----------AAAAA--A--A--T---T-TTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TC--A-AAA--AA-G-C--CAAA-AA--T----G-CC---------T--GC--AA-TGTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T-ATA-AT--A-AAAAATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74913 : atACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------CTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--T-CTCTCAC--C-C-GC-G--G--GT-CA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--CCA----------AAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TC--A-AAA--AA-G-C--GAGA-AA--T----G-CC---------T--GG--AA-TGTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T-ATA-AT--A-AAAAATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTA
gi|74914 : atACATGT-G-A-AA-TT----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--TT-C-T-CAC--G-ACCTCA---C-C-GCGG--G--GC-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-TCC--C------------CAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGC-ATT-AG---TTTC-CTCT-TT--A-ATCA--TG---AAG-TTG--T--A----TC----AAA--AA-G-C--CAAA-AA--T----GCC----------T--GC--AA-TATC-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-G-AG-AA--TCT--T--C-CA------TTA-G-TAGAA--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AACA--T-TA-----AA--CTG--C---TG--AACTT-GC---T-TGT-T--ACA--TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T-ATA-AT--A-AAAAATG-AA-CA---TAAGCT-AGT-A-TTT-AAGT-CTTATT
gi|74915 : atACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCT-AC--T---GC-G--G--GT-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--A------------AAAAA--A--A--T-----GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TC--A-AAA--AA-G-C--CAAA-AA--T----G-CC---------T--GC--AA-TGTC-CAGA-AG-ATA-C-T-C-AA-GAAG-AA--TTT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-A-TA-TGC-T-A--TCA--AA--TG-AACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T-ATA-AT----AAAAATGAAA-AT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74916 : atACATGT-G-A-TA-------C-TCTA---CC---C----T-T-------TTT----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--GTAAA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--CCAA---------AAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GTG-----GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TCA-A-AAA--AA-G-C--CAAA-AA--T----GCC----------T--GC--AA-TG-C-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCTACT--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TGAAACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T--TATAT--ATAAAAATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74917 : atACATAT-A-A-T--------C-TC-A---CC---C----G-T-------TTGC---G-GG---T-G-A----C-A-C-----TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CACAGG-ACCTCAC--C-C--C-G--C--GT-AG-CCA-AT-ATC-TCCACCCACCA-C-CCC--CCCCCCCA-----AAAAA--A--A--T---T-GTTG-T------A--AAG-GT------GT-A--T-A---TGGCAAT--AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TC--A-AAA--AA-G-C--C-AA-AA--T----GCC----------T--TC--AA-TGTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CTAA-GAAG-AATTTCT--T----CA------T---G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--T--AACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AACCT-GA---T---T-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T-GTA-AT--A-AAAAATG-AA-CT---AAAGCT-AGTCATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74918 : atACATGTTG-A-TA-T-----C-TC-A---TC------------------TTG----G-GG---T-G-GACCTC-A-CCT---TA-TTT---GA--A---GC---A---T--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--GT-AA---A-CT-ATC-TC--------A-C-CCCACC------------AAAAA--A--AA-T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AGAT-A---GGGCAAAT-AG---TTTC-C-CT-TT--ACATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TC--A-AAA--AAAG-C--CAAA-AA--A----G-CCAAAAAGCCTT--GC--AA-TGTC-CAGACAG-ATA---T-CAAG-GAAG-AA--TCT--T--A-CAA-----TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AACTT-GA---TCTGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T-ATA-AT----AAAAATG-AA-CTATAAAAGCT-AGT-A-TTT-AAGT-CTTATT
gi|74919 : atACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TGGT---G-GG---T-GGAGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--AA--GC---AACGT--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GT-G--G---T-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--A------------AAAAA--A--AACT---T-GCTG-T---T--A--AAG-GTTG----GT-AG-T-A---TGGCAAAT-AG---TT-C-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--TCAA----TC--A-AAA--AA-G-C--CAAA-AA--T----G-C----------C--TC--AATTGT--CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG--A--TCT--T--A-CAT-----TTA-G-TAGAA--GA-CTTAATGC-T-A--TCG--AAC-TG-AACA--C-TT-----AAC-CTA--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAC-TGCCTTTT-T-ATA-AT--A-AACAATGAAA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTTAAAGT-CTTA
gi|74920 : atACATGT---A-TA-T-------TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--CAT-CAC--A-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--GG-AA-C-A-AT-ATC-TC----------C-CCC--C------------AAAAA--A--T--T---T-GTTG-T---T--A--AA--GT------GT-AG-T-----T-GC-ATT-AGTTCTTTCTC-CT-TT--A-ATTC--TG--AAAGTTTG--T-------TC--A-AAA--AA-A-T--CCAA-AA--T----GCC----------T--GC-----TGT--CAGA-AG-ATA-C-T-CAAG-GAAG-AA--TTT--T--A-CA------TTAGG-TAG-A--G--C-TACTGC-T-A--TC---AA--T--AACA--G-TT-----AAATCTG--C---TG--AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC--TG--AAGT--AAT-TGCT-TTT-T-ATA-AT--A-AAAAATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT--AGT-CTTA
gi|74921 : atACATGT---A-TA-T-------TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--CAT-CAC--A-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--GG-AA-C-A-AT-ATC-TC----------C-CCC--C------------AAAAA--A--T--T---T-GTTG-T---T--A--AA--GT------GT-AG-T-----T-GC-ATT-AGTTCTTTCTC-CT-TT--A-ATTC--TG--AAAGTTTG--T-------TC--A-AAA--AA-A-T--CCAA-AA--T----GCC----------T--GC-----TGT--CAGA-AG-ATA-C-T-CAAG-GAAG-AA--TTT--T--A-CA------TTAGG-TAG-A--G--C-TACTGC-T-A--TC---AA--T--AACA--G-TT-----AAATCTG--C---TG--AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC--TG--AAGT--AAT-TGCT-TTT-T-ATA-AT--A-AAAAATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT--AGT-CTTA
gi|74922 : atACATGT---A-TAAT-----C-TC-A---CC---T----T-T-------T------G-GG---T-G-GAACTC---CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCTCGA--C-A-GC-G--C---C-AA-C-A-ATGATCGTC--------A-CTCCC--C------------AAAAA--ACCA--T---G-GTTG-T---T--A--AGG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTT--C-CT-TT--A-ATCA--TGAAAAAG-TTG--T--A----TC-----AA--AA-GTC--CAAA-AA--T----G-C----------C--GC--AA-TATC-CAGA-AGAATATC-TCCCAACGAAG-AA--TCT--TCCA-TA------TTA-G-TAG-A--GA-C-T-ATGC-TAA--TCAT-AA--TG-AA------TT-----AA--CTG--C---TG--AACTT-GC---T-T-T----ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T-ATA-AT-----AAAATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT--AGTGCTTATT
gi|74923 : atACATGT-G-ACTA-T-----C-TC-A---CC--------T-T-------CTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT-------A---GC---AA--T--C-T-CAC-----TCTCAT--CAC-GC-G--GTGGT-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--CCA----------AAAAA--A--A--T---T--TTG-T------A--AAGTAT------GTTAA-T-A---TG-CAAT--AG---TTCC-C----TT--A-ATCAA-TG--AAAG-TTG--T--A----TC----AAA--AA-G-C--GAAACAA--T----GCC----------T--GG--AA-TGTC-CAGA-AG-A-A-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TA-AACA--C-TT-----AA--CTGCTC---TGACAACTT-GA---T-TGT-G--ACAA-CTG--A--T--AATATGC--TTT-T-ATA-AT--A-AAAAATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-AT
gi|74924 : atATGT-G-A-TA-T-----CCTC-A---CC---C----TGT-------TTG----G-GG---T-GGAGACTC-A-CCC---TT-TTT---GAGAA---GC---AA--T--C-T-CAC--G-AACTCAC--A-C-GC-G--G---T-AA-A-C-AT-ATC-TT--------C-C-CCC--C------------CAAAA--A--A--G---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGAAATT-AG---TTT--C-CT-TC--G-ATCA--TG--AAA--TTG--T--A----TCAAA-AAA--AA-G-C----AA-AA--T----G-C----------CTGGC--AA-TGT--CAGA-AG-ATA-C-T-GC-A-GAAG-AA----T--T--C-CA------TTA-G-TAG-A--GT-C--AATGC-T-A--T----AA--TGAAACA--C-TCATAAGAA--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--AAAC-TTG--A--T--AAT-GGC--TTTATAACA-AT--A-AAAAATG-AA-CT---AACGTA-GGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74925 : ataaACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC----T-TTT---GA--A---GC---AA--A--C-T--ACG-G-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--G--AA-C---AT-ATC-TC--------A-C-CCC--CCA----------AAAAA--A--A--T---T-GTTG-TA--TA-A--AAG-GT-------T-AG---A---TGGCAA-T-AG---TTAT-C-CC-TT--A-ATCA---G--AAAG-TTG--T--A----TCA-A-AAA--AA-G-C--CAAA-AA--T----G-G----------TC-GC--AA-T
gi|74926 : atACATGT-G-A-TA-T-----C-TT-----CC---C----T-TGCCTGTCTTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCCCCTTT-TTT---GA--A---GC---A---T--C-T-CAC--G--CCTC------C-GC-G--G--GT-AA-C-A--T-AT--TC--------A-C-CCC---------------ACAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-TGA---TGGCAATT-AG---TTTC-C--T-TA--A-ATCAG-TG--AACG-TTAGAT--A----TC--A-AAA--AA-G-C--CACA-AA--T----A-T----------A--GC--A---GTC-CAGA-A---TA-C-T-GCG-----G-AA--TCTCAT--A-CAG-----TTA-G-TAG-ACGGA-C--AATGC-T-A--TCATTGA--CA-AACA--CCTT-----AA--CTG--C---CTG-AACTT-C----T-TGT-GG-AAAC-TT---A--T--AAT-TGC--TTT-T-ATA-AT--A-AAA-ATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-TAGT-CTTA
gi|74927 : atACATGT-G-A-TA-T-----C-CC-A---CG---C----T-T-------TTG----G-CG---C-G-AGACTT-A-TGC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACGTCAC--G-C--C-C--G--GT-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-T-GTT--A------------TAAAA--A--A--T---C-GCTG-T---T--C--AA
gi|74928 : atACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CA---C----T-T-------T-G----G-CA---T-G-AGTCTC-A-TGC---TT-TTT---CA--A---GC---AG--T--C-T-CTT--G-ACCTCAC--G-T-GT-G--C--GT-AA-T-A-AT-ATC-TC--------A-C-TCA--T------------AAAAA--A---------T-GCTG-T---TCAA--AAG-ATTTTA--GT-AG-T-
gi|74929 : atACATGT-G-AATA-TAAATCC-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---TTG-AGACTC-ACCCC---TT-TTT---GGACA---GCAAAAA--T--C-T-C
gi|74930 : atACATGT-G-AATA-TAAATCC-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---TTG-AGACTC-ACCCC---TT-TTT---GGACA---GCAAAAA--T--C-T-C
gi|74931 : atACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CG---C----T-T-------TTG----GCAA---T-G-AGACTC-A-
gi|74932 : atACATCT-GTA-TA-TA----C-TC-----CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-TCC---TT-TTT----A--A---GC---AA--C--T-T-CAC--T-ACCTCAC--C-G-GC-G--G---T-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--C------------AAAAC--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG--T------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TCA-A-AAA--AA-G-C--CAAA-AA--G----C-C----------T--GC--AA-TGT--CAGA-AG-ATA-CAT-CCAA-GAAG-AA--T-T--A--A-CA------TTA-GCTAT-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AA-TT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TG----TT-T-ATA-AT--A-AAAAATA-AT-CT---AAAGCT-AGT-A-TTT-AAGT-CTTATT
gi|74933 : tACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--GT-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--C------------AAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TC--A-AAA--AA---C--CAAA-AA--T----G-C----------T--GC--AA-TGTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T-ATA-ATAAA-AAAAAAG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74934 : ACATGT---A-TAAT-----C-TC-A---CC---TCATAT-T-------CTA----G-GGAAGT-G-AGACTCCA-CCC---TTCTTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CACG-G-ACCTCAC--C-C-GC----G--GT-AA-C-A-AT-AAC-TC--------ACC-CCC--C------------AAAAAACA--A--T---G-GTTGTT---T--A--AAG-GT-------T-AG-T-GTACTGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TTAAA-ATCA--T---AAAG--TG--T--AGTTCTC--A-AAA--AA-G-TAACAAA-AA--TTGCAA-C----------T--GCCAAA-TGTCACAGA-A--ATATC-T-CCAA-GAAGAAA--TCTA-T--ACCA------TTA-G-TAGAA--GACC-TAATGC-T-A--TCA--AAATTG-AACAACC-TT-----AA--CTG--C---TGA-AA--T-GA---T-TGTGG--ACAC-TTGAAA--TAAAAT-TGC--TTT-T-ATA-ATAAA-AAAAATG-AA-CTA--AAAGCTAAGT-ATTTT-A
gi|74935 : ATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-A----C-A-C-----TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAT--G-ACCTCACG-C-C-GC-G--G--GT-AG-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--CCCCCCCCCCCCCAAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-A--T-A---TGGCAAT--AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCGATTG--AAAG-TTG--T--A----TC--A-AAA--AA-G-C--CAAA-AA--T----G-CC---------T--GC--AA-TGTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CTAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C--AATGCTT-A--TCA--AA--TG-AACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AACTT-GA-----TGT-GGAGCAC-TTG--A--T---AT-TGC--TTT-T-GTA-AT--A-AAAAA
gi|74936 : ATGT-G-A-TA-T-----C-CC-A---AG---C----T-T-------TTG----G-CA---T-G-AGACTC-A-CGC---TT-TTT---CA--ATATGT---AA--T--C-T-C-C--G-ATCTCAC--G-C-GC-A--G--GT-AA-C-GCAT-G-----------------------------------AAAAA--A--A--TCGCT-GTTC-T---T--A--AAA-TT------TT-AC-T-G---GGTTATTT-AA---TTTT-C-----T--A-ATCA--a
gi|74937 : ATGG-G-A-TA-T-----C-CA-A---CA---C----T-T-------TTG----G-CA---T-G-AGACTC-A-CGC---TT-TTT---CA--AT--GC---AA--T--C-T-C-C--G-ATCTCAC--G-C-AC-G--G--GT-AA-C-GCAT-G-----------------------------------AAAAA--A--A--T---C-GCTG-TTCAT--A--AAA-TT------TT-AC-T-G---GGTTATTT-AA---TTTT-C-----T--A-ATCA--
gi|74938 : ATGT-G-A-TACT-----C-CC-AGTTCCACGC----T-T-------TTG----G-CA---T-G-AGACTC-G-CGC---TT-TTT---CA--C---GC---AA--T--C-T-C-C--G-ATCTCACG-C-C-GC-G--G--GT-A
gi|74939 : TGT-G-A-TA-T-----T-TT-A---CC---C----T-G-------TTGTCGGA-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTTTGCAAT-A---GC---GAAGT--C-T-CAC--GGACCTCACACC-CAGC-GTCG--G--AA-C-C-AT-CTC-TC--------C-C-CCC--C------------CAAAA--A--A--T---TAGGTG-T---T--ATGGAG-GTTAATTTGT-AG-T-T---GGGCAATTTAG---TTCC-C-GTCTT--A-AT-A--TG--AAAG-TTGG-T--A----TC--ACAAACGAA-G-C--CAAA-AAAAT----G-C----------C--GTG-AA-TGTC-CAGA-CG-ATC-T-T-CCAA-GACG-AA--TTC--T--A-CATTTGGCTTA-G-TAGCG--GATC-TAATGC-T-ACTTCA--AA--TG-AACA--C-TT-----AA--CTG--TGCATAG-AACGTAGAATCT-AGT-G--ACACTTTGC-A--T--AAT-TGCTTTTT-T-ATA-AGA-A-AAAAATG-AACCT---CAAGCC-TGT-ATTTT-TAG
gi|74940 : -G-AGACTC-A-CGC---TT-TTT---GA--A---GC---AT--TTGC-TCCAC--A-A-CTCAC--A-C-CC-G--G--GT-AGCC-A-AT-ATC-TC--------A-C-CC
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|74942 ): GAAAAAAAGACGGGAAAATGTTTTATTCGTGATGTCATAATGCTATCAAATTAGGAATAACGTACCAATTTTGTTAACGTAGTATGACTGTTATATATTTTT
Unaligned ( gi|74943 ): GAAAAAAGGCGGGGAAATGTCTTATTCGTGATGTCCTAATGCTATCAAATTAGGAATAACACTCCAATTTTGTGAACGTAGTATGCTTGTTAT
Unaligned ( gi|74944 ): AAAATCGGAAAATGTCTTATTCGTGATGTCATAATGCTATCAAATTAGGAATAACGTTCCAATTTTGTTAACGTAGTATGCCTGTTATATATTTTA
Unaligned ( gi|74945 ): GGGAAAATGTCTTATTCGTGATGTCATAATGCTATCAAATTAGGAATACATTCCAATATTGTGTTAACGTAGTATGCCTGTAATATATTTTTA
Unaligned ( gi|74941 ): ATTTAGGAAAAAGGCGGGAAAATGTCTTATTCGTGATGTCATAATGCTATCAAATTTGGAATAACGTTCCAATTTTGTTAACGTAGTATACCTGTTATATATTCTACTTTATTAAAA
Unaligned ( gi|74946 ): GGGAAAATGTCTTATTTCGTGATGTCATAATTGCTATCAATTAAGAATTAACGTTTCACATTTTTGTTAACGTAGTATGCCTGTTAT