lowQualScore                  :                  11111                                                                                                                                                            222222222222222                                        111111                                                                                     333                 222222222222222                                                      111111                                                                                                                        11          222      1                                     
lowQualScore                  :         1 1 4  4 00000 1  1 222  222 3333 1 4444444   6666 1  222 2 2      1 2   222  1   222  77 555  555  44 33 3 1   55 1       6666 1   22 22  1  3  3  1   1 66666666  1 1   999999999999999     22 22 44 333 1    1 444 44 22   1  333333  1  1 44444        1  666    3 77 1  22 1    66     22 4   55 22 4444   22  22  333 111    2 2  22 4444 222222222222222  55   2   2    2  2   4 2 2    2    2  33   88 33 2  000000  2 4 2   6 55  4  2     2 2 33   55  55 22  2  33 2   55555 66 2  33 333  55     2  333 2   2 55    2   55 66 33   2   22       2  555      2   2  666      2   2     55   2      
lowQualScore                  :         . . .  . ..... .  . ...  ... .... . .......   .... .  ... . .      . .   ...  .   ...  .. ...  ...  .. .. . .   .. .       .... .   .. ..  .  .  .  .   . ........  . .   ...............     .. .. .. ... .    . ... .. ..   .  ......  .  . .....        .  ...    . .. .  .. .    ..     .. .   .. .. ....   ..  ..  ... ...    . .  .. .... ...............  ..   .   .    .  .   . . .    .    .  ..   .. .. .  ......  . . .   . ..  .  .     . . ..   ..  .. ..  .  .. .   ..... .. .  .. ...  ..     .  ... .   . ..    .   .. .. ..   .   ..       .  ...      .   .  ...      .   .     ..   .      
lowQualScore                  :         5 5 4  4 44444 5  5 666  666 1111 5 8888888   1111 5  666 9 9      4 9   666  5   666  66 666  222  11 55 0 5   44 6       2222 6   22 22  6  3  3  7   7 00000000  7 7   000000000000000     44 44 11 000 7    7 888 11 44   8  444444  8  8 22222        9  777    8 44 9  66 9    44     99 2   00 99 5555   99  99  777 666    1 1  99 5555 999999999999999  00   1   2    2  2   4 2 2    2    2  11   33 11 2  888888  2 4 2   7 33  4  2     2 2 11   33  33 33  2  11 2   66666 11 2  11 999  88     2  999 2   2 33    2   33 11 11   2   88       2  666      3   4  555      4   4     99   9      
consensus                     :   ACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GCG--G--GT-AA-CA-AT-ATC-T--------CA-C-CCC--C------------AAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TGAAA--G-TTG--T--A----TCA--AA--AA---AA--CCAA-A-AA--T----G-C----------T--GC--AAT-GTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TT-A-G-TAG-A--GA-CT-AATGC-T-A--TCA--AA--TG-AA-CA--C-TTA-----A--C-TG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTTTATA-ATAA-AAAAAATGAA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
Reference ( gi|74933 )        :   ACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GCG--G--GT-AA-CA-AT-ATC-T--------CA-C-CCC--C------------AAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TGAAA--G-TTG--T--A----TCA--AA--AA---A---CCAA-A-AA--T----G-C----------T--GC--AAT-GTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TT-A-G-TAG-A--GA-CT-AATGC-T-A--TCA--AA--TG-AA-CA--C-TTA-----A--C-TG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTTTATA-ATAA-AAAAAAAGAA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74912                      :   ATATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CTA---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GCG--G--AT-AA-CA-AT-ATC-T--------CA-C-CCC--CCA----------AAAAA--A--A--T---T-TTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TGAAA--G-TTG--T--A----TCA--AA--AA---AG--CCAA-A-AA--T----G-CC---------T--GC--AAT-GTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TT-A-G-TAG-A--GA-CT-AATGC-T-A--TCA--AA--TG-AA-CA--C-TTA-----A--C-TG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTTTATA-AT---AAAAAATGAA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74913                      : atACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------CTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--T-CTCTCAC--C-C-GCG--G--GT-CA-CA-AT-ATC-T--------CA-C-CCC--CCA----------AAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TGAAA--G-TTG--T--A----TCA--AA--AA---A---GCGAGA-AA--T----G-CC---------T--GG--AAT-GTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TT-A-G-TAG-A--GA-CT-AATGC-T-A--TCA--AA--TG-AA-CA--C-TTA-----A--C-TG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTTTATA-AT---AAAAAATGAA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTA
gi|74915                      : atACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCT-AC--T---GCG--G--GT-AA-CA-AT-ATC-T--------CA-C-CCC---------------AAAAA--A--A--A---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TGAAA--G-TTG--T--A----TCA--AA--AA---AG--CCAA-A-AA--T----GCC----------T--GC--AAT-GTC-CAGA-AG-ATA-C-T--CAA-GAAG-AA--TTT--T--A-CA------TT-A-G-TAG-A--GA-AT--ATGC-T-A--TCA--AA--TG-AA-CA--C-TTA-----A--C-TG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTTTATA-ATAA-AAATGAAAA---T---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74916                      : atACATGT-G-A-TA-------C-TCTA---CC---C----T-T-------TTT----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GCG--G--GTAAA-CA-AT-ATC-T--------CA-C-CCC--CCAA---------AAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GTG-----GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TGAAA--G-TTG--T--A----TCA--AA--AA---AAG-CCAA-A-AA--T----GCC----------T--GC--AAT-G-C-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCTACT--A-CA------TT-A-G-TAG-A--GA-CT-AATGC-T-A--TCA--AA--TGAAA-CA--C-TTA-----A--C-TG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGCT-TTTTATATAT----AAAAATGAA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74914                      : atACATGT-G-A-AA-TT----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--TT-C-T-CAC--G-ACCTCAC--CGC-G-G--G--GC-AA-CA-AT-ATC-T--------CA-C-TCC--C------------CAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGC-ATT-AG---TTTC-CTCT-TT--A-ATCA--TG-AA--G-TTG--T--A----TCA--AA--AA---G---CCAA-A-AA--T----GCC----------T--GC--AAT-ATC-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-G-AG-AA--TCT--T--C-CA------TT-A-G-TAGAA--GA-CT-AATGC-T-A--TCA--AA--TG-AA-CA--T-TAA-----A--C-TG--C---TG--AACTT-GC---T-TGT-T--ACA--TTG--A--T--AAT-TGC--TTTTATA-AT---AAAAAATGAA-CA---TAAGCT-AGT-A-TTT-AAGT-CTTATT
gi|74932                      : atACATCT-GTA-TA-TA----C-TC-----CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-TCC---TT-TTT----A--A---GC---AA--C--T-T-CAC--T-ACCTCAC--C-G-GCG--G---T-AA-CA-AT-ATC-T--------CA-C-CCC--C------------AAAAC--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG--T------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TGAAA--G-TTG--T--A----TCA--AA--AA---AAG-CCAA-A-AA--G----C-C----------T--GC--AAT-GT--CAGA-AG-ATA-CAT-CCAA-GAAG-AA--T-T--A--A-CA------TT-A-GCTAT-A--GA-CT-AATGC-T-A--TCA--AA--TG-AA-CA--C-TTA-----A--C-TG--C---TGA-AA-TT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TG----TTTATA-ATAA-AAAATAAT---CT---AAAGCT-AGT-A-TTT-AAGT-CTTATT
gi|74918                      :  tACATGTTG-A-TA-T-----C-TC-A---TC------------------TTG----G-GG---T-G-GACCTC-A-CCT---TA-TTT---GA--A---GC---A---T--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GCG--G--GT-AA--A-CT-ATC-T--------CA-C-CCCACC------------AAAAA--A--AA-T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AGAT-A---GGGCAAAT-AG---TTTC-C-CT-TT--ACATCA--TGAAA--G-TTG--T--A----TCA--AA--AA---AAG-CCAA-A-AA--A----G-CCAAAAAGCCTT--GC--AAT-GTC-CAGACAG-ATA---T-CAAG-GAAG-AA--TCT--T--A-CAA-----TT-A-G-TAG-A--GA-CT-AATGC-T-A--TCA--AA--TG-AA-CA--C-TTA-----A--C-TG--C---TGA-AACTT-GA---TCTGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTTTATA-AT----AAAAATGAA-CTATAAAAGCT-AGT-A-TTT-AAGT-CTTATT
gi|74919                      : atACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TGGT---G-GG---T-GGAGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--AA--GC---AACGT--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GTG--G---T-AA-CA-AT-ATC-T--------CA-C-CCC--A------------AAAAA--A--AACT---T-GCTG-T---T--A--AAG-GTTG----GT-AG-T-A---TGGCAAAT-AG---TT-C-C-CT-TT--A-ATCA--TGAAA--G-TTG--TCAA----TCA--AA--AA---AG--CCAA-A-AA--T----G-C----------C--TC--AATTGTC--AGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG-A---TCT--T--A-CA------TTTA-G-TAG-AA-GA-CTTAATGC-T-A--TCG--AAC-TG-AA-CA--C-TTA-----A--CCTA--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAC-TGCCTTTTTATA-ATAA-ACAATGA-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTTAAAGT-CTTA
gi|74917                      : atACATAT-A-A-T--------C-TC-A---CC---C----G-T-------TTGC---G-GG---T-G-A----C-A-C-----TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CACAGG-ACCTCAC--C-C--CG--C--GT-AGCCA-AT-ATC-TCCACCCACCA-C-CCC--CCCCCCCA-----AAAAA--A--A--T---T-GTTG-----T--A--AAG-GT------GT-A--T-A---TGGCAA-T-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TGAAA--G-TTG--T--A----TCA--AA--AA---A---GCCA-A-AA--T----GCC----------T--TC--AAT-GTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CTAA-GAAG-AATTTCT--T----CA------T----G-TAG-A--GA-CT-AATGC-T-A--TCA--AA--T--AA-CA--C-TTA-----A--C-TG--C---TGA-AACCT-GA---T---T-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTTTGTA-AT---AAAAAATGAA-CT---AAAGCT-AGTCATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74923                      : atACATGT-G-ACTA-T-----C-TC-A---CC--------T-T-------CTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT-------A---GC---AA--T--C-T-CAC-----TCTCAT--CAC-GCG--GTGGT-AA-CA-AT-ATC-T--------CA-C-CCC--CCA----------AAAAA--A--A--T---T--TTG-T------A--AAGTAT------GTTAA-T-A---TG-CAAT--AG---TTCC-C----TT--A-ATCAA-TGAAA--G-TTG--T--A----TCA--AA--AA---G---CGAA-ACAA--T----G-CC---------T--GG--AAT-GTC-CAGA-AG-A-A-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TT-A-G-TAG-A--GA-CT-AATGC-T-A--TCA--AA--TA-AA-CA--C-TTA-----A--C-TGCTC---TGACAACTT-GA---T-TGT-G--ACAA-CTG--A--T--AATATGC--TTTTATA-AT---AAAAAATGAA-CT---AAAGCT-AGT-AT
gi|74921                      : atACATGT---A-TA-T-------TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--CAT-CAC--A-ACCTCAC--C-C-GCG--G--GG-AA-CA-AT-ATC-T--------C--C-CCC--C------------AAAAA--A--T--T---T-GTTG-T---T--A--AA--GT------GT-AG-T-----T-GC-ATT-AGTTCTTTCTC-CT-TT--A-ATTC--TGAAA--GTTTG--T-------TCA--AA--AA---AAT-CC-A-A-AA--T----GCC----------T--GC----T-GT--CAGA-AG-ATA-C-T-CAAG-GAAG-AA--TTT--T--A-CA------TT-AGG-TAG-A--G--CT-ACTGC-T-A--TC---AA--T--AA-CA--G-TTA-----AATC-TG--C---TG--AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC--TG--AAGT--AAT-TGCT-TTTTATA-AT---AAAAAATGAA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT--AGT-CTTA
gi|74920                      : atACATGT---A-TA-T-------TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--CAT-CAC--A-ACCTCAC--C-C-GCG--G--GG-AA-CA-AT-ATC-T--------C--C-CCC--C------------AAAAA--A--T--T---T-GTTG-T---T--A--AA--GT------GT-AG-T-----T-GC-ATT-AGTTCTTTCTC-CT-TT--A-ATTC--TGAAA--GTTTG--T-------TCA--AA--AA---AAT-CC-A-A-AA--T----GCC----------T--GC----T-GT--CAGA-AG-ATA-C-T-CAAG-GAAG-AA--TTT--T--A-CA------TT-AGG-TAG-A--G--CT-ACTGC-T-A--TC---AA--T--AA-CA--G-TTA-----AATC-TG--C---TG--AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC--TG--AAGT--AAT-TGCT-TTTTATA-AT---AAAAAATGAA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT--AGT-CTTA
gi|74922                      : atACATGT---A-TAAT-----C-TC-A---CC---T----T-T-------T------G-GG---T-G-GAACTC---CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCTCGA--C-A-GCG--C---C-AA-CA-ATGATCGT--------CA-CTCCC--C------------AAAAA--ACCA--T---G-GTTG-T---T--A--AGG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C--T-TT--A-ATCA--TGAAAAAG-TTG--T--A----TCA--AA--AG---T---CCAA-A-AA--T----G-C----------C--GC--AAT-ATC-CAGA-AGAATATC-TCCCAACGAAG-AA--TCT--TCCA-TA------TT-A-G-TAG-A--GA-CT--ATGC-TAA--TCAT-AA--TG-AA-------TTA-----A--C-TG--C---TG--AACTT-GC---T-T-T----ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTTTATA-AT-----AAAATGAA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT--AGTGCTTATT
gi|74934                      : atACATGT---A-TAAT-----C-TC-A---CC---TCATAT-T-------CTA----G-GGAAGT-G-AGACTCCA-CCC---TTCTTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CACG-G-ACCTCAC--C-C-GC---G--GT-AA-CA-AT-AAC-T--------CACC-CCC--C------------AAAAAACA--A--T---G-GTTGTT---T--A--AAG-GT-------T-AG-T-GTACTGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TTAAA-ATCA--T-AAA--G--TG--T--AGTTCTCA--AA--AAAGTA---ACAA-A-AA--TTGCAA-C----------T--GCCAAAT-GTCACAGA-A--ATATC-T-CCAA-GAAGAAA--TCTA-T--ACCA------TT-A-G-TAGAA--GACCT-AATGC-T-A--TCA--AAATTG-AA-CAACC-TTA-----A--C-TG--C---TGA-AA--T-GA---T-TGTGG--ACAC-TTGAAA--TAAAAT-TGC--TTTTATA-ATAA-AAAAAATGAA-CTA--AAAGCTAAGT-ATTTT-A
gi|74926                      :   ACATGT-G-A-TA-T-----C-TT-----CC---C----T-TGCCTGTCTTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCCCCTTT-TTT---GA--A---GC---A---T--C-T-CAC--G--CCTC------C-GCG--G--GT-AA-CA--T-AT--T--------CA-C-CCC---------------ACAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-TGA---TGGCAATT-AG---TTTC-C--T-TA--A-ATCAG-TGAAC--G-TTAGAT--A----TCA--AA--AA---AG--CCAC-A-AA--T----A-T----------A--GC--A---GTC-CAGA-A---TA-C-T-GCG-----G-AA--TCTCAT--A-CAG-----TT-A-G-TAG-ACGGA-C--AATGC-T-A--TCATTGA--CA-AA-CA--CCTTA-----A--C-TG--C---CTG-AACTT-C----T-TGT-GG-AAAC-TT---A--T--AAT-TGC--TTTTATA-ATAA-AAAT---GAA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-TAGT-CTTA
gi|74925                      : atACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC----T-TTT---GA--A---GC---AA--A--C-T--ACG-G-ACCTCAC--C-C-GCG--G--G--AA-C--AT-ATC-T--------CA-C-CCC--CCA----------AAAAA--A--A--T---T-GTTG-TA--TA-A--AAG-GT-------T-AG---A---TGGCAA-T-AG---TTAT-C-CC-TT--A-ATCA---GAAA--G-TTG--T--A----TCA--AA--AA---AAG-CCAA-A-AA--T----G-G----------TC-GC--AAT-
gi|74927                      : atACATGT-G-A-TA-T-----C-CC-A---CG---C----T-T-------TTG----G-CG---C-G-AGACTT-A-TGC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACGTCAC--G-C--CC--G--GT-AA-CA-AT-ATC-T--------CA-T-GTT--A------------TAAAA--A--A--T---C-GCTG-T---T--C--AA
gi|74928                      : atACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CA---C----T-T-------T-G----G-CA---T-G-AGTCTC-A-TGC---TT-TTT---CA--A---GC---AG--T--C-T-CTT--G-ACCTCAC--G-T-GTG--C--GT-AA-TA-AT-ATC-T--------CA-C-TCA--T------------AAAAA--A---------T-GCTG-T---TCAA--AAG-ATTTTA--GT-AG-T-
gi|74930                      : atACATGT-G-AATA-TAAATCC-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---TTG-AGACTC-ACCCC---TT-TTT---GGACA---GCAAAAA--T--C-T-C
gi|74929                      : atACATGT-G-AATA-TAAATCC-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---TTG-AGACTC-ACCCC---TT-TTT---GGACA---GCAAAAA--T--C-T-C
gi|74931                      : atACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CG---C----T-T-------TTG----GCAA---T-G-AGACTC-A-
gi|74935                      :   atATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-A----C-A-C-----TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAT--G-ACCTCACG-C-C-GCG--G--GT-AG-CA-AT-ATC-T--------CA-C-CCC--CCCCCCCCCCCCCAAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-A--T-A---TGGCAAT--AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCGATTGAAA--G-TTG--T--A----TCA--AA--AA---AG--CCAA-A-AA--T----G-CC---------T--GC--AAT-GTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CTAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TT-A-G-TAG-A--GA-C--AATGCTT-A--TCA--AA--TG-AA-CA--C-TTA-----A--C-TG--C---TGA-AACTT-GA-----TGT-GGAGCAC-TTG--A--T---AT-TGC--TTTTGTA-ATAA-AAAAA
gi|74924                      :     ATGT-G-A-TA-T-----CCTC-A---CC---C----TGT-------TTG----G-GG---T-GGAGACTC-A-CCC---TT-TTT---GAGAA---GC---AA--T--C-T-CAC--G-AACTCAC--A-C-GCG--G---T-AA-AC-AT-ATC-T--------TC-C-CCC--C------------CAAAA--A--A--G---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGAAATT-AG---TTTC-C--T-TC--G-ATCA--TGAAA----TTG--T--A----TCA--AA--AA---AAAGC--A-A-AA--T----G-C----------CTGGC--AAT-GTC--AGA-AG-ATA-C-T-GCA--GAAG-AA--T----T--C-CA------TT-A-G-TAG-A--GT-C--AATGC-T-A--T----AA--TG-AAACA--C-TCATAAGAA--C-TG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--AAAC-TTG--A--T--AAT-GGC---TTTATA-ACAATAAAAAATGAA-CT---AACGTA-GGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74936                      : ataaATGT-G-A-TA-T-----C-CC-A---AG---C----T-T-------TTG----G-CA---T-G-AGACTC-A-CGC---TT-TTT---CA--ATATGT---AA--T--C-T-C-C--G-ATCTCAC--G-C-GCA--G--GT-AA-CGCAT-G-----------------------------------AAAAA--A--A--TCGCT-GTTC-T---T--A--AAA-TT------TT-AC-T-G---GGTTATTT-AA---TTTT-C-----T--A-ATCA--
gi|74937                      :     ATGG-G-A-TA-T-----C-CA-A---CA---C----T-T-------TTG----G-CA---T-G-AGACTC-A-CGC---TT-TTT---CA--AT--GC---AA--T--C-T-C-C--G-ATCTCAC--G-C-ACG--G--GT-AA-CGCAT-G-----------------------------------AAAAA--A--A--T---C-GCTG-TTCAT--A--AAA-TT------TT-AC-T-G---GGTTATTT-AA---TTTT-C-----T--A-ATCA--
gi|74938                      :     ATGT-G-A-TACT-----C-CC-AGTTCCACGC----T-T-------TTG----G-CA---T-G-AGACTC-G-CGC---TT-TTT---CA--C---GC---AA--T--C-T-C-C--G-ATCTCACG-C-C-GCG--G--GT-A
gi|74939                      :      TGT-G-A-TA-T-----T-TT-A---CC---C----T-G-------TTGTCGGA-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTTTGCAAT-A---GC---GAAGT--C-T-CAC--GGACCTCACACC-CAGCGTCG--G--AA-CC-AT-CTC-T--------CC-C-CCC--C------------CAAAA--A--A--T---TAGGTG-T---T--ATGGAG-GTTAATTTGT-AG-T-T---GGGCAATTTAG---TTCC-C-GTCTT--A-AT-A--TGAAA--G-TTGG-T--A----TCACAAACGAA---G---CCAA-A-AAAAT----G-C----------C--GTG-AAT-GTC-CAGA-CG-ATC-T-T-CCAA-GACG-AA--TTC--T--A-CATTTGGCTT-A-G-TAGCG--GATCT-AATGC-T-ACTTCA--AA--TG-AA-CA--C-TTA-----A--C-TG--TGCATAG-AACGTAGAATCT-AGT-G--ACACTTTGC-A--T--AAT-TGCTTTTTTATA-A-GA-AAAAAATGAACCT---CAAGCC-TGT-ATTTT-TAG
gi|74940                      :                                                                   -G-AGACTC-A-CGC---TT-TTT---GA--A---GC---AT--TTGC-TCCAC--A-A-CTCAC--A-C-CCG--G--GT-AGCCA-AT-ATC-T--------CA-C-CC
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|74942 ): GAAAAAAAGACGGGAAAATGTTTTATTCGTGATGTCATAATGCTATCAAATTAGGAATAACGTACCAATTTTGTTAACGTAGTATGACTGTTATATATTTTT
Unaligned ( gi|74943 ): GAAAAAAGGCGGGGAAATGTCTTATTCGTGATGTCCTAATGCTATCAAATTAGGAATAACACTCCAATTTTGTGAACGTAGTATGCTTGTTAT
Unaligned ( gi|74944 ): AAAATCGGAAAATGTCTTATTCGTGATGTCATAATGCTATCAAATTAGGAATAACGTTCCAATTTTGTTAACGTAGTATGCCTGTTATATATTTTA
Unaligned ( gi|74945 ): GGGAAAATGTCTTATTCGTGATGTCATAATGCTATCAAATTAGGAATACATTCCAATATTGTGTTAACGTAGTATGCCTGTAATATATTTTTA
Unaligned ( gi|74941 ): ATTTAGGAAAAAGGCGGGAAAATGTCTTATTCGTGATGTCATAATGCTATCAAATTTGGAATAACGTTCCAATTTTGTTAACGTAGTATACCTGTTATATATTCTACTTTATTAAAA
Unaligned ( gi|74946 ): GGGAAAATGTCTTATTTCGTGATGTCATAATTGCTATCAATTAAGAATTAACGTTTCACATTTTTGTTAACGTAGTATGCCTGTTAT






Alignments
lowQualScore                  :                    11111                                                                                                                                                              222222222222222                                        111111                                                                                 1111                222222222222222                                                      111111                                                                                                                      11          333                                              
lowQualScore                  :           1 1 4  4 00000 1  1 222  222 3333 1 4444444   5555 1  222 2 2      1 2   222  1   222  77 555  555  33 33 2 1   55 1       55 1 1  1 22 22  1  1 1 3  1   1  6666666666 1   777777777777777     22 22 44 222 1    1 444 44 22   1  222222  1  1 33333        1  666    3 44 1  22 1    66  22    4   44 22 4444   2   22  0000     2  22 4444 000000000000000  44   2   2    2  2   4 2 2    2    2  22   77 22 2  222222   4 2   8 22  4 2      2 2 22   55  55  2  2  22 2   55555 77   22 333  55     2  333 2   2 55    2   55 55 22   2   22       2  111    2    4  2  666      2   2     55   2      
lowQualScore                  :           . . .  . ..... .  . ...  ... .... . .......   .... .  ... . .      . .   ...  .   ...  .. ...  ...  .. .. . .   .. .       .. . .  . .. ..  .  . . .  .   .  .......... .   ...............     .. .. .. ... .    . ... .. ..   .  ......  .  . .....        .  ...    . .. .  .. .    ..  ..    .   .. .. ....   .   ..  ....     .  .. .... ...............  ..   .   .    .  .   . . .    .    .  ..   .. .. .  ......   . .   . ..  . .      . . ..   ..  ..  .  .  .. .   ..... ..   .. ...  ..     .  ... .   . ..    .   .. .. ..   .   ..       .  ...    .    .  .  ...      .   .     ..   .      
lowQualScore                  :           4 4 3  3 00000 4  4 555  555 0000 4 6666666   9999 4  555 8 8      4 8   555  4   555  33 444  000  99 44 9 4   22 5       22 5 5  5 11 11  5  6 6 2  6   6  2222222222 6   333333333333333     33 33 00 999 7    7 666 00 33   7  888888  7  7 66666        8  444    6 33 8  55 8    11  88    0   88 88 2222   0   88  5555     0  88 2222 888888888888888  88   0   1    1  1   2 1 1    1    1  99   99 99 1  444444   2 1   4 99  2 1      1 1 99   00  00  1  1  99 1   33333 99   99 777  00     1  777 1   1 00    1   00 88 99   1   11       1  000    1    4  2  111      2   2     11   7      
consensus                     :     ACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--GT-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--C------------AAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TCA-AAA--AA--G-CCAAA-AA--T----G-C----------T--GC--AAT-GTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AA-CA--C-TTA-----A--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTTTATA-AT---AAAA-AATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
Reference ( family-565 )      :     ACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--GT-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--C------------AAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TCA-AAA--AA--A-CCAAA-AA--T----G-C----------T--GC--AAT-GTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AA-CA--C-TTA-----A--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTTTATA-ATAA-AAAA-AATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74912                      :     ATATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CTA---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--AT-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--CCA----------AAAAA--A--A--T---T-TTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TCA-AAA--AA--G-CCAAA-AA--T----G-CC---------T--GC--AAT-GTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AA-CA--C-TTA-----A--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTTTATA-AT---AAAA-AATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74913                      :   atACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------CTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--T-CTCTCAC--C-C-GC-G--G--GT-CA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--CCA----------AAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TCA-AAA--AA--G-CGAGA-AA--T----G-CC---------T--GG--AAT-GTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AA-CA--C-TTA-----A--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTTTATA-AT---AAAA-AATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTA
gi|74914                      :   atACATGT-G-A-AA-TT----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--TT-C-T-CAC--G-ACCTCA---C-C-GCGG--G--GC-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-TCC--C------------CAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGC-ATT-AG---TTTC-CTCT-TT--A-ATCA--TG---AAG-TTG--T--A----TC--AAA--AA--G-CCAAA-AA--T----GCC----------T--GC--AAT-ATC-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-G-AG-AA--TCT--T--C-CA------TTA-G-TAGAA--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AA-CA--T-TAA-----A--CTG--C---TG--AACTT-GC---T-TGT-T--ACA--TTG--A--T--AAT-TGC--TTTTATA-AT---AAAA-AATG-AA-CA---TAAGCT-AGT-A-TTT-AAGT-CTTATT
gi|74915                      :   atACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCT-AC--T---GC-G--G--GT-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC---------------AAAAA--A--A--A---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TCA-AAA--AA--G-CCAAA-AA--T----GCC----------T--GC--AAT-GTC-CAGA-AG-ATA-C-T--CAA-GAAG-AA--TTT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-A-T-ATGC-T-A--TCA--AA--TG-AA-CA--C-TTA-----A--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTTTATA-AT----AAA-AATGAAA-AT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74916                      :   atACATGT-G-A-TA-------C-TCTA---CC---C----T-T-------TTT----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--GTAAA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--CCAA---------AAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GTG-----GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TCA-AAA--AA--AGCCAAA-AA--T----GCC----------T--GC--AAT-G-C-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCTACT--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TGAAA-CA--C-TTA-----A--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGCT-TTTTATATAT----AAA-AATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74917                      :   atACATAT-A-A-T--------C-TC-A---CC---C----G-T-------TTGC---G-GG---T-G-A----C-A-C-----TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CACAGG-ACCTCAC--C-C--C-G--C--GT-AG-CCA-AT-ATC-TCCACCCACCA-C-CCC--CCCCCCCA-----AAAAA--A--A--T---T-GTTG-T------A--AAG-GT------GT-A--T-A---TGGCAAT--AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TCA-AAA--AA--G-CC-AA-AA--T----GCC----------T--TC--AAT-GTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CTAA-GAAG-AATTTCT--T----CA------T---G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--T--AA-CA--C-TTA-----A--CTG--C---TGA-AACCT-GA---T---T-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTTTGTA-AT---AAAA-AATG-AA-CT---AAAGCT-AGTCATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74918                      :   atACATGTTG-A-TA-T-----C-TC-A---TC------------------TTG----G-GG---T-G-GACCTC-A-CCT---TA-TTT---GA--A---GC---A---T--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--GT-AA---A-CT-ATC-TC--------A-C-CCCACC------------AAAAA--A--AA-T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AGAT-A---GGGCAAAT-AG---TTTC-C-CT-TT--ACATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TCA-AAA--AA--AGCCAAA-AA--A----G-CCAAAAAGCCTT--GC--AAT-GTC-CAGACAG-ATA---T-CAAG-GAAG-AA--TCT--T--A-CAA-----TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AA-CA--C-TTA-----A--CTG--C---TGA-AACTT-GA---TCTGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTTTATA-AT----AAA-AATG-AA-CTATAAAAGCT-AGT-A-TTT-AAGT-CTTATT
gi|74919                      :   atACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TGGT---G-GG---T-GGAGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--AA--GC---AACGT--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GT-G--G---T-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--A------------AAAAA--A--AACT---T-GCTG-T---T--A--AAG-GTTG----GT-AG-T-A---TGGCAAAT-AG---TT-C-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--TCAA----TCA-AAA--AA--G-CCAAA-AA--T----G-C----------C--TC--AATTGTC--AGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG--A--TCT--T--A-CAT-----TTA-G-TAGAA--GA-CTTAATGC-T-A--TCG--AAC-TG-AA-CA--C-TTA-----AC-CTA--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAC-TGCCTTTTTATA-AT---AAAC-AATGAAA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTTAAAGT-CTTA
gi|74920                      :   atACATGT---A-TA-T-------TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--CAT-CAC--A-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--GG-AA-C-A-AT-ATC-TC----------C-CCC--C------------AAAAA--A--T--T---T-GTTG-T---T--A--AA--GT------GT-AG-T-----T-GC-ATT-AGTTCTTTCTC-CT-TT--A-ATTC--TG--AAAGTTTG--T-------TCA-AAA--AA--A-TCCAA-AA--T----GCC----------T--GC----T-GT--CAGA-AG-ATA-C-T-CAAG-GAAG-AA--TTT--T--A-CA------TTAGG-TAG-A--G--C-TACTGC-T-A--TC---AA--T--AA-CA--G-TTA-----AATCTG--C---TG--AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC--TG--AAGT--AAT-TGCT-TTTTATA-AT---AAAA-AATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT--AGT-CTTA
gi|74921                      :   atACATGT---A-TA-T-------TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--CAT-CAC--A-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--GG-AA-C-A-AT-ATC-TC----------C-CCC--C------------AAAAA--A--T--T---T-GTTG-T---T--A--AA--GT------GT-AG-T-----T-GC-ATT-AGTTCTTTCTC-CT-TT--A-ATTC--TG--AAAGTTTG--T-------TCA-AAA--AA--A-TCCAA-AA--T----GCC----------T--GC----T-GT--CAGA-AG-ATA-C-T-CAAG-GAAG-AA--TTT--T--A-CA------TTAGG-TAG-A--G--C-TACTGC-T-A--TC---AA--T--AA-CA--G-TTA-----AATCTG--C---TG--AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC--TG--AAGT--AAT-TGCT-TTTTATA-AT---AAAA-AATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT--AGT-CTTA
gi|74922                      :   atACATGT---A-TAAT-----C-TC-A---CC---T----T-T-------T------G-GG---T-G-GAACTC---CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCTCGA--C-A-GC-G--C---C-AA-C-A-ATGATCGTC--------A-CTCCC--C------------AAAAA--ACCA--T---G-GTTG-T---T--A--AGG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTT--C-CT-TT--A-ATCA--TGAAAAAG-TTG--T--A----TC--AAA--AG--T-CCAAA-AA--T----G-C----------C--GC--AAT-ATC-CAGA-AGAATATC-TCCCAACGAAG-AA--TCT--TCCA-TA------TTA-G-TAG-A--GA-C-T-ATGC-TAA--TCAT-AA--TG-AA-------TTA-----A--CTG--C---TG--AACTT-GC---T-T-T----ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTTTATA-AT-----AA-AATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT--AGTGCTTATT
gi|74923                      :   atACATGT-G-ACTA-T-----C-TC-A---CC--------T-T-------CTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT-------A---GC---AA--T--C-T-CAC-----TCTCAT--CAC-GC-G--GTGGT-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--CCA----------AAAAA--A--A--T---T--TTG-T------A--AAGTAT------GTTAA-T-A---TG-CAAT--AG---TTCC-C----TT--A-ATCAA-TG--AAAG-TTG--T--A----TC--AAA--AA--G-CGAAACAA--T----GCC----------T--GG--AAT-GTC-CAGA-AG-A-A-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TA-AA-CA--C-TTA-----A--CTGCTC---TGACAACTT-GA---T-TGT-G--ACAA-CTG--A--T--AATATGC--TTTTATA-AT---AAAA-AATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-AT
gi|74924                      :     atATGT-G-A-TA-T-----CCTC-A---CC---C----TGT-------TTG----G-GG---T-GGAGACTC-A-CCC---TT-TTT---GAGAA---GC---AA--T--C-T-CAC--G-AACTCAC--A-C-GC-G--G---T-AA-A-C-AT-ATC-TT--------C-C-CCC--C------------CAAAA--A--A--G---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGAAATT-AG---TTTC-C--T-TC--G-ATCA--TG--AAA--TTG--T--A----TCA-AAA--AA--A-AGCAA-AA--T----G-C----------CTGGC--AAT-GTC--AGA-AG-ATA-C-T-GCA--GAAG-AA--T----T--C-CA------TTA-G-TAG-A--GT-C--AATGC-T-A--T----AA--TG-AAACA--C-TCATAAGAA--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--AAAC-TTG--A--T--AAT-GGC---TTTATA-ACAATAAAA-AATG-AA-CT---AACGTA-GGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74925                      : ataaACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC----T-TTT---GA--A---GC---AA--A--C-T--ACG-G-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--G--AA-C---AT-ATC-TC--------A-C-CCC--CCA----------AAAAA--A--A--T---T-GTTG-TA--TA-A--AAG-GT-------T-AG---A---TGGCAA-T-AG---TTAT-C-CC-TT--A-ATCA---G--AAAG-TTG--T--A----TCA-AAA--AA--AGCCAAA-AA--T----G-G----------TC-GC--AAT-
gi|74926                      :   atACATGT-G-A-TA-T-----C-TT-----CC---C----T-TGCCTGTCTTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCCCCTTT-TTT---GA--A---GC---A---T--C-T-CAC--G--CCTC------C-GC-G--G--GT-AA-C-A--T-AT--TC--------A-C-CCC---------------ACAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-TGA---TGGCAATT-AG---TTTC-C--T-TA--A-ATCAG-TG--AACG-TTAGAT--A----TCA-AAA--AA--G-CCACA-AA--T----A-T----------A--GC--A---GTC-CAGA-A---TA-C-T-GCG-----G-AA--TCTCAT--A-CAG-----TTA-G-TAG-ACGGA-C--AATGC-T-A--TCATTGA--CA-AA-CA--CCTTA-----A--CTG--C---CTG-AACTT-C----T-TGT-GG-AAAC-TT---A--T--AAT-TGC--TTTTATA-ATAA-AA----ATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-TAGT-CTTA
gi|74927                      :   atACATGT-G-A-TA-T-----C-CC-A---CG---C----T-T-------TTG----G-CG---C-G-AGACTT-A-TGC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACGTCAC--G-C--C-C--G--GT-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-T-GTT--A------------TAAAA--A--A--T---C-GCTG-T---T--C--AA
gi|74928                      :   atACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CA---C----T-T-------T-G----G-CA---T-G-AGTCTC-A-TGC---TT-TTT---CA--A---GC---AG--T--C-T-CTT--G-ACCTCAC--G-T-GT-G--C--GT-AA-T-A-AT-ATC-TC--------A-C-TCA--T------------AAAAA--A---------T-GCTG-T---TCAA--AAG-ATTTTA--GT-AG-T-
gi|74929                      :   atACATGT-G-AATA-TAAATCC-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---TTG-AGACTC-ACCCC---TT-TTT---GGACA---GCAAAAA--T--C-T-C
gi|74930                      :   atACATGT-G-AATA-TAAATCC-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---TTG-AGACTC-ACCCC---TT-TTT---GGACA---GCAAAAA--T--C-T-C
gi|74931                      :   atACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CG---C----T-T-------TTG----GCAA---T-G-AGACTC-A-
gi|74932                      :   atACATCT-GTA-TA-TA----C-TC-----CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-TCC---TT-TTT----A--A---GC---AA--C--T-T-CAC--T-ACCTCAC--C-G-GC-G--G---T-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--C------------AAAAC--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG--T------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TCA-AAA--AA--AGCCAAA-AA--G----C-C----------T--GC--AAT-GT--CAGA-AG-ATA-CAT-CCAA-GAAG-AA--T-T--A--A-CA------TTA-GCTAT-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AA-CA--C-TTA-----A--CTG--C---TGA-AA-TT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TG----TTTATA-ATAA-AAAATAAT-----CT---AAAGCT-AGT-A-TTT-AAGT-CTTATT
gi|74933                      :    tACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--GT-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--C------------AAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TCA-AAA---A--A-CCAAA-AA--T----G-C----------T--GC--AAT-GTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AA-CA--C-TTA-----A--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTTTATA-ATAA-AAAA-AAAG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74934                      :     ACATGT---A-TAAT-----C-TC-A---CC---TCATAT-T-------CTA----G-GGAAGT-G-AGACTCCA-CCC---TTCTTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CACG-G-ACCTCAC--C-C-GC----G--GT-AA-C-A-AT-AAC-TC--------ACC-CCC--C------------AAAAAACA--A--T---G-GTTGTT---T--A--AAG-GT-------T-AG-T-GTACTGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TTAAA-ATCA--T---AAAG--TG--T--AGTTCTCA-AAA--AAGTA-ACAAA-AA--TTGCAA-C----------T--GCCAAAT-GTCACAGA-A--ATATC-T-CCAA-GAAGAAA--TCTA-T--ACCA------TTA-G-TAGAA--GACC-TAATGC-T-A--TCA--AAATTG-AA-CAACC-TTA-----A--CTG--C---TGA-AA--T-GA---T-TGTGG--ACAC-TTGAAA--TAAAAT-TGC--TTTTATA-ATAA-AAAA-AATG-AA-CTA--AAAGCTAAGT-ATTTT-A
gi|74935                      :       ATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-A----C-A-C-----TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAT--G-ACCTCACG-C-C-GC-G--G--GT-AG-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--CCCCCCCCCCCCCAAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-A--T-A---TGGCAAT--AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCGATTG--AAAG-TTG--T--A----TCA-AAA--AA--G-CCAAA-AA--T----G-CC---------T--GC--AAT-GTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CTAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C--AATGCTT-A--TCA--AA--TG-AA-CA--C-TTA-----A--CTG--C---TGA-AACTT-GA-----TGT-GGAGCAC-TTG--A--T---AT-TGC--TTTTGTA-ATAA-AAAA-A
gi|74936                      :       ATGT-G-A-TA-T-----C-CC-A---AG---C----T-T-------TTG----G-CA---T-G-AGACTC-A-CGC---TT-TTT---CA--ATATGT---AA--T--C-T-C-C--G-ATCTCAC--G-C-GC-A--G--GT-AA-C-GCAT-G-----------------------------------AAAAA--A--A--TCGCT-GTTC-T---T--A--AAA-TT------TT-AC-T-G---GGTTATTT-AA---TTTT-C-----T--A-ATCA--
gi|74937                      :       ATGG-G-A-TA-T-----C-CA-A---CA---C----T-T-------TTG----G-CA---T-G-AGACTC-A-CGC---TT-TTT---CA--AT--GC---AA--T--C-T-C-C--G-ATCTCAC--G-C-AC-G--G--GT-AA-C-GCAT-G-----------------------------------AAAAA--A--A--T---C-GCTG-TTCAT--A--AAA-TT------TT-AC-T-G---GGTTATTT-AA---TTTT-C-----T--A-ATCA--
gi|74938                      :       ATGT-G-A-TACT-----C-CC-AGTTCCACGC----T-T-------TTG----G-CA---T-G-AGACTC-G-CGC---TT-TTT---CA--C---GC---AA--T--C-T-C-C--G-ATCTCACG-C-C-GC-G--G--GT-A
gi|74939                      :        TGT-G-A-TA-T-----T-TT-A---CC---C----T-G-------TTGTCGGA-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTTTGCAAT-A---GC---GAAGT--C-T-CAC--GGACCTCACACC-CAGC-GTCG--G--AA-C-C-AT-CTC-TC--------C-C-CCC--C------------CAAAA--A--A--T---TAGGTG-T---T--ATGGAG-GTTAATTTGT-AG-T-T---GGGCAATTTAG---TTCC-C-GTCTT--A-AT-A--TG--AAAG-TTGG-T--A----TCACAAACGAA--G-CCAAA-AAAAT----G-C----------C--GTG-AAT-GTC-CAGA-CG-ATC-T-T-CCAA-GACG-AA--TTC--T--A-CATTTGGCTTA-G-TAGCG--GATC-TAATGC-T-ACTTCA--AA--TG-AA-CA--C-TTA-----A--CTG--TGCATAG-AACGTAGAATCT-AGT-G--ACACTTTGC-A--T--AAT-TGCTTTTTTATA-A-GA-AAAA-AATG-AACCT---CAAGCC-TGT-ATTTT-TAG
gi|74940                      :                                                                     -G-AGACTC-A-CGC---TT-TTT---GA--A---GC---AT--TTGC-TCCAC--A-A-CTCAC--A-C-CC-G--G--GT-AGCC-A-AT-ATC-TC--------A-C-CC
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|74942 ): GAAAAAAAGACGGGAAAATGTTTTATTCGTGATGTCATAATGCTATCAAATTAGGAATAACGTACCAATTTTGTTAACGTAGTATGACTGTTATATATTTTT
Unaligned ( gi|74943 ): GAAAAAAGGCGGGGAAATGTCTTATTCGTGATGTCCTAATGCTATCAAATTAGGAATAACACTCCAATTTTGTGAACGTAGTATGCTTGTTAT
Unaligned ( gi|74944 ): AAAATCGGAAAATGTCTTATTCGTGATGTCATAATGCTATCAAATTAGGAATAACGTTCCAATTTTGTTAACGTAGTATGCCTGTTATATATTTTA
Unaligned ( gi|74945 ): GGGAAAATGTCTTATTCGTGATGTCATAATGCTATCAAATTAGGAATACATTCCAATATTGTGTTAACGTAGTATGCCTGTAATATATTTTTA
Unaligned ( gi|74941 ): ATTTAGGAAAAAGGCGGGAAAATGTCTTATTCGTGATGTCATAATGCTATCAAATTTGGAATAACGTTCCAATTTTGTTAACGTAGTATACCTGTTATATATTCTACTTTATTAAAA
Unaligned ( gi|74946 ): GGGAAAATGTCTTATTTCGTGATGTCATAATTGCTATCAATTAAGAATTAACGTTTCACATTTTTGTTAACGTAGTATGCCTGTTAT






Alignments
lowQualScore                  :                    11111                                                                                                                                                              222222222222222                                        111111                                                                                                        222222222222222                                                      111111                                                                                                                     11                                                            
lowQualScore                  :           1 1 4  4 00000 1  1 222  222 3333 1 4444444   5555 1  222 2 2      1 2   222  1   222  77 555  555  33 33 2 1   55 1       55 1 1  1 22 22  1  1 1 3  1   1  6666666666 1   666666666666666     22 22 44 222 1    1 444 44 22   1  222222  1  1 33333        1  666    3 22 1  22 1    66  22    4   44 22 4444  9999   22  2 2 22    2  22 4444 000000000000000  44  2   55    2  2   4 2 2    2    2  22   77 22 2  222222   4 2   8 22  4 2      2 2 22   55  55  4    22 2  55555  77   22 333  55     2  333 2   2 55    2   55 55 22   2   00   2 2   2  8888       4  2  666      2   2     55   2      
lowQualScore                  :           . . .  . ..... .  . ...  ... .... . .......   .... .  ... . .      . .   ...  .   ...  .. ...  ...  .. .. . .   .. .       .. . .  . .. ..  .  . . .  .   .  .......... .   ...............     .. .. .. ... .    . ... .. ..   .  ......  .  . .....        .  ...    . .. .  .. .    ..  ..    .   .. .. ....  ....   ..  . . ..    .  .. .... ...............  ..  .   ..    .  .   . . .    .    .  ..   .. .. .  ......   . .   . ..  . .      . . ..   ..  ..  .    .. .  .....  ..   .. ...  ..     .  ... .   . ..    .   .. .. ..   .   ..   . .   .  ....       .  .  ...      .   .     ..   .      
lowQualScore                  :           4 4 3  3 00000 4  4 555  555 0000 4 6666666   9999 4  555 8 8      4 8   555  4   555  33 444  000  99 44 9 4   22 5       22 5 5  5 11 11  5  6 6 2  6   6  2222222222 6   333333333333333     33 33 00 999 7    7 666 00 33   7  888888  7  7 66666        8  444    6 00 8  55 8    11  88    0   88 88 2222  1111   88  0 0 88    0  88 2222 888888888888888  88  0   33    1  1   2 1 1    1    1  99   99 99 1  444444   2 1   4 99  2 1      1 1 99   00  00  2    99 1  33333  99   99 777  00     1  777 1   1 00    1   00 88 99   1   00   1 1   1  7777       4  2  111      2   2     11   7      
consensus                     :     ACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--GT-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--C------------AAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TC--A-AAA--AA-G-C--CAAA-AA--T----G-C----------T--GC--AA-TGTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T-ATA-AT--A-AAAAATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
Reference ( family-565 )      :     ACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--GT-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--C------------AAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TC--A-AAA--AA-G-C--CAAA-AA--T----G-C----------T--GC--AA-TGTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T-ATA-AT--A-AAAAATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74912                      :     ATATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CTA---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--AT-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--CCA----------AAAAA--A--A--T---T-TTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TC--A-AAA--AA-G-C--CAAA-AA--T----G-CC---------T--GC--AA-TGTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T-ATA-AT--A-AAAAATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74913                      :   atACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------CTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--T-CTCTCAC--C-C-GC-G--G--GT-CA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--CCA----------AAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TC--A-AAA--AA-G-C--GAGA-AA--T----G-CC---------T--GG--AA-TGTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T-ATA-AT--A-AAAAATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTA
gi|74914                      :   atACATGT-G-A-AA-TT----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--TT-C-T-CAC--G-ACCTCA---C-C-GCGG--G--GC-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-TCC--C------------CAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGC-ATT-AG---TTTC-CTCT-TT--A-ATCA--TG---AAG-TTG--T--A----TC----AAA--AA-G-C--CAAA-AA--T----GCC----------T--GC--AA-TATC-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-G-AG-AA--TCT--T--C-CA------TTA-G-TAGAA--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AACA--T-TA-----AA--CTG--C---TG--AACTT-GC---T-TGT-T--ACA--TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T-ATA-AT--A-AAAAATG-AA-CA---TAAGCT-AGT-A-TTT-AAGT-CTTATT
gi|74915                      :   atACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCT-AC--T---GC-G--G--GT-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--A------------AAAAA--A--A--T-----GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TC--A-AAA--AA-G-C--CAAA-AA--T----G-CC---------T--GC--AA-TGTC-CAGA-AG-ATA-C-T-C-AA-GAAG-AA--TTT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-A-TA-TGC-T-A--TCA--AA--TG-AACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T-ATA-AT----AAAAATGAAA-AT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74916                      :   atACATGT-G-A-TA-------C-TCTA---CC---C----T-T-------TTT----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--GTAAA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--CCAA---------AAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GTG-----GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TCA-A-AAA--AA-G-C--CAAA-AA--T----GCC----------T--GC--AA-TG-C-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCTACT--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TGAAACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T--TATAT--ATAAAAATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74917                      :   atACATAT-A-A-T--------C-TC-A---CC---C----G-T-------TTGC---G-GG---T-G-A----C-A-C-----TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CACAGG-ACCTCAC--C-C--C-G--C--GT-AG-CCA-AT-ATC-TCCACCCACCA-C-CCC--CCCCCCCA-----AAAAA--A--A--T---T-GTTG-T------A--AAG-GT------GT-A--T-A---TGGCAAT--AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TC--A-AAA--AA-G-C--C-AA-AA--T----GCC----------T--TC--AA-TGTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CTAA-GAAG-AATTTCT--T----CA------T---G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--T--AACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AACCT-GA---T---T-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T-GTA-AT--A-AAAAATG-AA-CT---AAAGCT-AGTCATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74918                      :   atACATGTTG-A-TA-T-----C-TC-A---TC------------------TTG----G-GG---T-G-GACCTC-A-CCT---TA-TTT---GA--A---GC---A---T--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--GT-AA---A-CT-ATC-TC--------A-C-CCCACC------------AAAAA--A--AA-T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AGAT-A---GGGCAAAT-AG---TTTC-C-CT-TT--ACATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TC--A-AAA--AAAG-C--CAAA-AA--A----G-CCAAAAAGCCTT--GC--AA-TGTC-CAGACAG-ATA---T-CAAG-GAAG-AA--TCT--T--A-CAA-----TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AACTT-GA---TCTGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T-ATA-AT----AAAAATG-AA-CTATAAAAGCT-AGT-A-TTT-AAGT-CTTATT
gi|74919                      :   atACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TGGT---G-GG---T-GGAGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--AA--GC---AACGT--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GT-G--G---T-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--A------------AAAAA--A--AACT---T-GCTG-T---T--A--AAG-GTTG----GT-AG-T-A---TGGCAAAT-AG---TT-C-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--TCAA----TC--A-AAA--AA-G-C--CAAA-AA--T----G-C----------C--TC--AATTGT--CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG--A--TCT--T--A-CAT-----TTA-G-TAGAA--GA-CTTAATGC-T-A--TCG--AAC-TG-AACA--C-TT-----AAC-CTA--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAC-TGCCTTTT-T-ATA-AT--A-AACAATGAAA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTTAAAGT-CTTA
gi|74920                      :   atACATGT---A-TA-T-------TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--CAT-CAC--A-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--GG-AA-C-A-AT-ATC-TC----------C-CCC--C------------AAAAA--A--T--T---T-GTTG-T---T--A--AA--GT------GT-AG-T-----T-GC-ATT-AGTTCTTTCTC-CT-TT--A-ATTC--TG--AAAGTTTG--T-------TC--A-AAA--AA-A-T--CCAA-AA--T----GCC----------T--GC-----TGT--CAGA-AG-ATA-C-T-CAAG-GAAG-AA--TTT--T--A-CA------TTAGG-TAG-A--G--C-TACTGC-T-A--TC---AA--T--AACA--G-TT-----AAATCTG--C---TG--AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC--TG--AAGT--AAT-TGCT-TTT-T-ATA-AT--A-AAAAATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT--AGT-CTTA
gi|74921                      :   atACATGT---A-TA-T-------TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--CAT-CAC--A-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--GG-AA-C-A-AT-ATC-TC----------C-CCC--C------------AAAAA--A--T--T---T-GTTG-T---T--A--AA--GT------GT-AG-T-----T-GC-ATT-AGTTCTTTCTC-CT-TT--A-ATTC--TG--AAAGTTTG--T-------TC--A-AAA--AA-A-T--CCAA-AA--T----GCC----------T--GC-----TGT--CAGA-AG-ATA-C-T-CAAG-GAAG-AA--TTT--T--A-CA------TTAGG-TAG-A--G--C-TACTGC-T-A--TC---AA--T--AACA--G-TT-----AAATCTG--C---TG--AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC--TG--AAGT--AAT-TGCT-TTT-T-ATA-AT--A-AAAAATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT--AGT-CTTA
gi|74922                      :   atACATGT---A-TAAT-----C-TC-A---CC---T----T-T-------T------G-GG---T-G-GAACTC---CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCTCGA--C-A-GC-G--C---C-AA-C-A-ATGATCGTC--------A-CTCCC--C------------AAAAA--ACCA--T---G-GTTG-T---T--A--AGG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTT--C-CT-TT--A-ATCA--TGAAAAAG-TTG--T--A----TC-----AA--AA-GTC--CAAA-AA--T----G-C----------C--GC--AA-TATC-CAGA-AGAATATC-TCCCAACGAAG-AA--TCT--TCCA-TA------TTA-G-TAG-A--GA-C-T-ATGC-TAA--TCAT-AA--TG-AA------TT-----AA--CTG--C---TG--AACTT-GC---T-T-T----ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T-ATA-AT-----AAAATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT--AGTGCTTATT
gi|74923                      :   atACATGT-G-ACTA-T-----C-TC-A---CC--------T-T-------CTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT-------A---GC---AA--T--C-T-CAC-----TCTCAT--CAC-GC-G--GTGGT-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--CCA----------AAAAA--A--A--T---T--TTG-T------A--AAGTAT------GTTAA-T-A---TG-CAAT--AG---TTCC-C----TT--A-ATCAA-TG--AAAG-TTG--T--A----TC----AAA--AA-G-C--GAAACAA--T----GCC----------T--GG--AA-TGTC-CAGA-AG-A-A-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TA-AACA--C-TT-----AA--CTGCTC---TGACAACTT-GA---T-TGT-G--ACAA-CTG--A--T--AATATGC--TTT-T-ATA-AT--A-AAAAATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-AT
gi|74924                      :     atATGT-G-A-TA-T-----CCTC-A---CC---C----TGT-------TTG----G-GG---T-GGAGACTC-A-CCC---TT-TTT---GAGAA---GC---AA--T--C-T-CAC--G-AACTCAC--A-C-GC-G--G---T-AA-A-C-AT-ATC-TT--------C-C-CCC--C------------CAAAA--A--A--G---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGAAATT-AG---TTT--C-CT-TC--G-ATCA--TG--AAA--TTG--T--A----TCAAA-AAA--AA-G-C----AA-AA--T----G-C----------CTGGC--AA-TGT--CAGA-AG-ATA-C-T-GC-A-GAAG-AA----T--T--C-CA------TTA-G-TAG-A--GT-C--AATGC-T-A--T----AA--TGAAACA--C-TCATAAGAA--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--AAAC-TTG--A--T--AAT-GGC--TTTATAACA-AT--A-AAAAATG-AA-CT---AACGTA-GGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74925                      : ataaACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC----T-TTT---GA--A---GC---AA--A--C-T--ACG-G-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--G--AA-C---AT-ATC-TC--------A-C-CCC--CCA----------AAAAA--A--A--T---T-GTTG-TA--TA-A--AAG-GT-------T-AG---A---TGGCAA-T-AG---TTAT-C-CC-TT--A-ATCA---G--AAAG-TTG--T--A----TCA-A-AAA--AA-G-C--CAAA-AA--T----G-G----------TC-GC--AA-T
gi|74926                      :   atACATGT-G-A-TA-T-----C-TT-----CC---C----T-TGCCTGTCTTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCCCCTTT-TTT---GA--A---GC---A---T--C-T-CAC--G--CCTC------C-GC-G--G--GT-AA-C-A--T-AT--TC--------A-C-CCC---------------ACAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-TGA---TGGCAATT-AG---TTTC-C--T-TA--A-ATCAG-TG--AACG-TTAGAT--A----TC--A-AAA--AA-G-C--CACA-AA--T----A-T----------A--GC--A---GTC-CAGA-A---TA-C-T-GCG-----G-AA--TCTCAT--A-CAG-----TTA-G-TAG-ACGGA-C--AATGC-T-A--TCATTGA--CA-AACA--CCTT-----AA--CTG--C---CTG-AACTT-C----T-TGT-GG-AAAC-TT---A--T--AAT-TGC--TTT-T-ATA-AT--A-AAA-ATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-TAGT-CTTA
gi|74927                      :   atACATGT-G-A-TA-T-----C-CC-A---CG---C----T-T-------TTG----G-CG---C-G-AGACTT-A-TGC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACGTCAC--G-C--C-C--G--GT-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-T-GTT--A------------TAAAA--A--A--T---C-GCTG-T---T--C--AA
gi|74928                      :   atACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CA---C----T-T-------T-G----G-CA---T-G-AGTCTC-A-TGC---TT-TTT---CA--A---GC---AG--T--C-T-CTT--G-ACCTCAC--G-T-GT-G--C--GT-AA-T-A-AT-ATC-TC--------A-C-TCA--T------------AAAAA--A---------T-GCTG-T---TCAA--AAG-ATTTTA--GT-AG-T-
gi|74929                      :   atACATGT-G-AATA-TAAATCC-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---TTG-AGACTC-ACCCC---TT-TTT---GGACA---GCAAAAA--T--C-T-C
gi|74930                      :   atACATGT-G-AATA-TAAATCC-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---TTG-AGACTC-ACCCC---TT-TTT---GGACA---GCAAAAA--T--C-T-C
gi|74931                      :   atACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CG---C----T-T-------TTG----GCAA---T-G-AGACTC-A-
gi|74932                      :   atACATCT-GTA-TA-TA----C-TC-----CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-TCC---TT-TTT----A--A---GC---AA--C--T-T-CAC--T-ACCTCAC--C-G-GC-G--G---T-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--C------------AAAAC--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG--T------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TCA-A-AAA--AA-G-C--CAAA-AA--G----C-C----------T--GC--AA-TGT--CAGA-AG-ATA-CAT-CCAA-GAAG-AA--T-T--A--A-CA------TTA-GCTAT-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AA-TT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TG----TT-T-ATA-AT--A-AAAAATA-AT-CT---AAAGCT-AGT-A-TTT-AAGT-CTTATT
gi|74933                      :    tACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--GT-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--C------------AAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TC--A-AAA--AA---C--CAAA-AA--T----G-C----------T--GC--AA-TGTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T-ATA-ATAAA-AAAAAAG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74934                      :     ACATGT---A-TAAT-----C-TC-A---CC---TCATAT-T-------CTA----G-GGAAGT-G-AGACTCCA-CCC---TTCTTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CACG-G-ACCTCAC--C-C-GC----G--GT-AA-C-A-AT-AAC-TC--------ACC-CCC--C------------AAAAAACA--A--T---G-GTTGTT---T--A--AAG-GT-------T-AG-T-GTACTGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TTAAA-ATCA--T---AAAG--TG--T--AGTTCTC--A-AAA--AA-G-TAACAAA-AA--TTGCAA-C----------T--GCCAAA-TGTCACAGA-A--ATATC-T-CCAA-GAAGAAA--TCTA-T--ACCA------TTA-G-TAGAA--GACC-TAATGC-T-A--TCA--AAATTG-AACAACC-TT-----AA--CTG--C---TGA-AA--T-GA---T-TGTGG--ACAC-TTGAAA--TAAAAT-TGC--TTT-T-ATA-ATAAA-AAAAATG-AA-CTA--AAAGCTAAGT-ATTTT-A
gi|74935                      :       ATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-A----C-A-C-----TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAT--G-ACCTCACG-C-C-GC-G--G--GT-AG-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--CCCCCCCCCCCCCAAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-A--T-A---TGGCAAT--AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCGATTG--AAAG-TTG--T--A----TC--A-AAA--AA-G-C--CAAA-AA--T----G-CC---------T--GC--AA-TGTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CTAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C--AATGCTT-A--TCA--AA--TG-AACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AACTT-GA-----TGT-GGAGCAC-TTG--A--T---AT-TGC--TTT-T-GTA-AT--A-AAAAA
gi|74936                      :       ATGT-G-A-TA-T-----C-CC-A---AG---C----T-T-------TTG----G-CA---T-G-AGACTC-A-CGC---TT-TTT---CA--ATATGT---AA--T--C-T-C-C--G-ATCTCAC--G-C-GC-A--G--GT-AA-C-GCAT-G-----------------------------------AAAAA--A--A--TCGCT-GTTC-T---T--A--AAA-TT------TT-AC-T-G---GGTTATTT-AA---TTTT-C-----T--A-ATCA--a
gi|74937                      :       ATGG-G-A-TA-T-----C-CA-A---CA---C----T-T-------TTG----G-CA---T-G-AGACTC-A-CGC---TT-TTT---CA--AT--GC---AA--T--C-T-C-C--G-ATCTCAC--G-C-AC-G--G--GT-AA-C-GCAT-G-----------------------------------AAAAA--A--A--T---C-GCTG-TTCAT--A--AAA-TT------TT-AC-T-G---GGTTATTT-AA---TTTT-C-----T--A-ATCA--
gi|74938                      :       ATGT-G-A-TACT-----C-CC-AGTTCCACGC----T-T-------TTG----G-CA---T-G-AGACTC-G-CGC---TT-TTT---CA--C---GC---AA--T--C-T-C-C--G-ATCTCACG-C-C-GC-G--G--GT-A
gi|74939                      :        TGT-G-A-TA-T-----T-TT-A---CC---C----T-G-------TTGTCGGA-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTTTGCAAT-A---GC---GAAGT--C-T-CAC--GGACCTCACACC-CAGC-GTCG--G--AA-C-C-AT-CTC-TC--------C-C-CCC--C------------CAAAA--A--A--T---TAGGTG-T---T--ATGGAG-GTTAATTTGT-AG-T-T---GGGCAATTTAG---TTCC-C-GTCTT--A-AT-A--TG--AAAG-TTGG-T--A----TC--ACAAACGAA-G-C--CAAA-AAAAT----G-C----------C--GTG-AA-TGTC-CAGA-CG-ATC-T-T-CCAA-GACG-AA--TTC--T--A-CATTTGGCTTA-G-TAGCG--GATC-TAATGC-T-ACTTCA--AA--TG-AACA--C-TT-----AA--CTG--TGCATAG-AACGTAGAATCT-AGT-G--ACACTTTGC-A--T--AAT-TGCTTTTT-T-ATA-AGA-A-AAAAATG-AACCT---CAAGCC-TGT-ATTTT-TAG
gi|74940                      :                                                                     -G-AGACTC-A-CGC---TT-TTT---GA--A---GC---AT--TTGC-TCCAC--A-A-CTCAC--A-C-CC-G--G--GT-AGCC-A-AT-ATC-TC--------A-C-CC
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|74942 ): GAAAAAAAGACGGGAAAATGTTTTATTCGTGATGTCATAATGCTATCAAATTAGGAATAACGTACCAATTTTGTTAACGTAGTATGACTGTTATATATTTTT
Unaligned ( gi|74943 ): GAAAAAAGGCGGGGAAATGTCTTATTCGTGATGTCCTAATGCTATCAAATTAGGAATAACACTCCAATTTTGTGAACGTAGTATGCTTGTTAT
Unaligned ( gi|74944 ): AAAATCGGAAAATGTCTTATTCGTGATGTCATAATGCTATCAAATTAGGAATAACGTTCCAATTTTGTTAACGTAGTATGCCTGTTATATATTTTA
Unaligned ( gi|74945 ): GGGAAAATGTCTTATTCGTGATGTCATAATGCTATCAAATTAGGAATACATTCCAATATTGTGTTAACGTAGTATGCCTGTAATATATTTTTA
Unaligned ( gi|74941 ): ATTTAGGAAAAAGGCGGGAAAATGTCTTATTCGTGATGTCATAATGCTATCAAATTTGGAATAACGTTCCAATTTTGTTAACGTAGTATACCTGTTATATATTCTACTTTATTAAAA
Unaligned ( gi|74946 ): GGGAAAATGTCTTATTTCGTGATGTCATAATTGCTATCAATTAAGAATTAACGTTTCACATTTTTGTTAACGTAGTATGCCTGTTAT






Alignments
lowQualScore                  :                    11111                                                                                                                                                              222222222222222                                        111111                                                                                                        222222222222222                                                      111111                                                                                                                     11                                                            
lowQualScore                  :           1 1 4  4 00000 1  1 222  222 3333 1 4444444   5555 1  222 2 2      1 2   222  1   222  77 555  555  33 33 2 1   55 1       55 1 1  1 22 22  1  1 1 3  1   1  6666666666 1   666666666666666     22 22 44 222 1    1 444 44 22   1  222222  1  1 33333        1  666    3 22 1  22 1    66  22    4   44 22 4444  9999   22  2 2 22    2  22 4444 000000000000000  44  2   55    2  2   4 2 2    2    2  22   77 22 2  222222   4 2   8 22  4 2      2 2 22   55  55  4    22 2  55555  77   22 333  55     2  333 2   2 55    2   55 55 22   2   00   2 2   2  8888       4  2  666      2   2     55   2      
lowQualScore                  :           . . .  . ..... .  . ...  ... .... . .......   .... .  ... . .      . .   ...  .   ...  .. ...  ...  .. .. . .   .. .       .. . .  . .. ..  .  . . .  .   .  .......... .   ...............     .. .. .. ... .    . ... .. ..   .  ......  .  . .....        .  ...    . .. .  .. .    ..  ..    .   .. .. ....  ....   ..  . . ..    .  .. .... ...............  ..  .   ..    .  .   . . .    .    .  ..   .. .. .  ......   . .   . ..  . .      . . ..   ..  ..  .    .. .  .....  ..   .. ...  ..     .  ... .   . ..    .   .. .. ..   .   ..   . .   .  ....       .  .  ...      .   .     ..   .      
lowQualScore                  :           4 4 3  3 00000 4  4 555  555 0000 4 6666666   9999 4  555 8 8      4 8   555  4   555  33 444  000  99 44 9 4   22 5       22 5 5  5 11 11  5  6 6 2  6   6  2222222222 6   333333333333333     33 33 00 999 7    7 666 00 33   7  888888  7  7 66666        8  444    6 00 8  55 8    11  88    0   88 88 2222  1111   88  0 0 88    0  88 2222 888888888888888  88  0   33    1  1   2 1 1    1    1  99   99 99 1  444444   2 1   4 99  2 1      1 1 99   00  00  2    99 1  33333  99   99 777  00     1  777 1   1 00    1   00 88 99   1   00   1 1   1  7777       4  2  111      2   2     11   7      
consensus                     :     ACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--GT-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--C------------AAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TC--A-AAA--AA-G-C--CAAA-AA--T----G-C----------T--GC--AA-TGTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T-ATA-AT--A-AAAAATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
Reference ( family-565 )      :     ACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--GT-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--C------------AAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TC--A-AAA--AA-G-C--CAAA-AA--T----G-C----------T--GC--AA-TGTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T-ATA-AT--A-AAAAATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74912                      :     ATATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CTA---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--AT-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--CCA----------AAAAA--A--A--T---T-TTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TC--A-AAA--AA-G-C--CAAA-AA--T----G-CC---------T--GC--AA-TGTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T-ATA-AT--A-AAAAATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74913                      :   atACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------CTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--T-CTCTCAC--C-C-GC-G--G--GT-CA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--CCA----------AAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TC--A-AAA--AA-G-C--GAGA-AA--T----G-CC---------T--GG--AA-TGTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T-ATA-AT--A-AAAAATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTA
gi|74914                      :   atACATGT-G-A-AA-TT----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--TT-C-T-CAC--G-ACCTCA---C-C-GCGG--G--GC-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-TCC--C------------CAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGC-ATT-AG---TTTC-CTCT-TT--A-ATCA--TG---AAG-TTG--T--A----TC----AAA--AA-G-C--CAAA-AA--T----GCC----------T--GC--AA-TATC-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-G-AG-AA--TCT--T--C-CA------TTA-G-TAGAA--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AACA--T-TA-----AA--CTG--C---TG--AACTT-GC---T-TGT-T--ACA--TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T-ATA-AT--A-AAAAATG-AA-CA---TAAGCT-AGT-A-TTT-AAGT-CTTATT
gi|74915                      :   atACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCT-AC--T---GC-G--G--GT-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--A------------AAAAA--A--A--T-----GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TC--A-AAA--AA-G-C--CAAA-AA--T----G-CC---------T--GC--AA-TGTC-CAGA-AG-ATA-C-T-C-AA-GAAG-AA--TTT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-A-TA-TGC-T-A--TCA--AA--TG-AACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T-ATA-AT----AAAAATGAAA-AT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74916                      :   atACATGT-G-A-TA-------C-TCTA---CC---C----T-T-------TTT----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--GTAAA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--CCAA---------AAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GTG-----GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TCA-A-AAA--AA-G-C--CAAA-AA--T----GCC----------T--GC--AA-TG-C-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCTACT--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TGAAACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T--TATAT--ATAAAAATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74917                      :   atACATAT-A-A-T--------C-TC-A---CC---C----G-T-------TTGC---G-GG---T-G-A----C-A-C-----TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CACAGG-ACCTCAC--C-C--C-G--C--GT-AG-CCA-AT-ATC-TCCACCCACCA-C-CCC--CCCCCCCA-----AAAAA--A--A--T---T-GTTG-T------A--AAG-GT------GT-A--T-A---TGGCAAT--AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TC--A-AAA--AA-G-C--C-AA-AA--T----GCC----------T--TC--AA-TGTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CTAA-GAAG-AATTTCT--T----CA------T---G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--T--AACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AACCT-GA---T---T-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T-GTA-AT--A-AAAAATG-AA-CT---AAAGCT-AGTCATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74918                      :   atACATGTTG-A-TA-T-----C-TC-A---TC------------------TTG----G-GG---T-G-GACCTC-A-CCT---TA-TTT---GA--A---GC---A---T--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--GT-AA---A-CT-ATC-TC--------A-C-CCCACC------------AAAAA--A--AA-T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AGAT-A---GGGCAAAT-AG---TTTC-C-CT-TT--ACATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TC--A-AAA--AAAG-C--CAAA-AA--A----G-CCAAAAAGCCTT--GC--AA-TGTC-CAGACAG-ATA---T-CAAG-GAAG-AA--TCT--T--A-CAA-----TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AACTT-GA---TCTGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T-ATA-AT----AAAAATG-AA-CTATAAAAGCT-AGT-A-TTT-AAGT-CTTATT
gi|74919                      :   atACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TGGT---G-GG---T-GGAGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--AA--GC---AACGT--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GT-G--G---T-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--A------------AAAAA--A--AACT---T-GCTG-T---T--A--AAG-GTTG----GT-AG-T-A---TGGCAAAT-AG---TT-C-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--TCAA----TC--A-AAA--AA-G-C--CAAA-AA--T----G-C----------C--TC--AATTGT--CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG--A--TCT--T--A-CAT-----TTA-G-TAGAA--GA-CTTAATGC-T-A--TCG--AAC-TG-AACA--C-TT-----AAC-CTA--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAC-TGCCTTTT-T-ATA-AT--A-AACAATGAAA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTTAAAGT-CTTA
gi|74920                      :   atACATGT---A-TA-T-------TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--CAT-CAC--A-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--GG-AA-C-A-AT-ATC-TC----------C-CCC--C------------AAAAA--A--T--T---T-GTTG-T---T--A--AA--GT------GT-AG-T-----T-GC-ATT-AGTTCTTTCTC-CT-TT--A-ATTC--TG--AAAGTTTG--T-------TC--A-AAA--AA-A-T--CCAA-AA--T----GCC----------T--GC-----TGT--CAGA-AG-ATA-C-T-CAAG-GAAG-AA--TTT--T--A-CA------TTAGG-TAG-A--G--C-TACTGC-T-A--TC---AA--T--AACA--G-TT-----AAATCTG--C---TG--AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC--TG--AAGT--AAT-TGCT-TTT-T-ATA-AT--A-AAAAATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT--AGT-CTTA
gi|74921                      :   atACATGT---A-TA-T-------TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--CAT-CAC--A-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--GG-AA-C-A-AT-ATC-TC----------C-CCC--C------------AAAAA--A--T--T---T-GTTG-T---T--A--AA--GT------GT-AG-T-----T-GC-ATT-AGTTCTTTCTC-CT-TT--A-ATTC--TG--AAAGTTTG--T-------TC--A-AAA--AA-A-T--CCAA-AA--T----GCC----------T--GC-----TGT--CAGA-AG-ATA-C-T-CAAG-GAAG-AA--TTT--T--A-CA------TTAGG-TAG-A--G--C-TACTGC-T-A--TC---AA--T--AACA--G-TT-----AAATCTG--C---TG--AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC--TG--AAGT--AAT-TGCT-TTT-T-ATA-AT--A-AAAAATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT--AGT-CTTA
gi|74922                      :   atACATGT---A-TAAT-----C-TC-A---CC---T----T-T-------T------G-GG---T-G-GAACTC---CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCTCGA--C-A-GC-G--C---C-AA-C-A-ATGATCGTC--------A-CTCCC--C------------AAAAA--ACCA--T---G-GTTG-T---T--A--AGG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTT--C-CT-TT--A-ATCA--TGAAAAAG-TTG--T--A----TC-----AA--AA-GTC--CAAA-AA--T----G-C----------C--GC--AA-TATC-CAGA-AGAATATC-TCCCAACGAAG-AA--TCT--TCCA-TA------TTA-G-TAG-A--GA-C-T-ATGC-TAA--TCAT-AA--TG-AA------TT-----AA--CTG--C---TG--AACTT-GC---T-T-T----ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T-ATA-AT-----AAAATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT--AGTGCTTATT
gi|74923                      :   atACATGT-G-ACTA-T-----C-TC-A---CC--------T-T-------CTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT-------A---GC---AA--T--C-T-CAC-----TCTCAT--CAC-GC-G--GTGGT-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--CCA----------AAAAA--A--A--T---T--TTG-T------A--AAGTAT------GTTAA-T-A---TG-CAAT--AG---TTCC-C----TT--A-ATCAA-TG--AAAG-TTG--T--A----TC----AAA--AA-G-C--GAAACAA--T----GCC----------T--GG--AA-TGTC-CAGA-AG-A-A-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TA-AACA--C-TT-----AA--CTGCTC---TGACAACTT-GA---T-TGT-G--ACAA-CTG--A--T--AATATGC--TTT-T-ATA-AT--A-AAAAATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-AT
gi|74924                      :     atATGT-G-A-TA-T-----CCTC-A---CC---C----TGT-------TTG----G-GG---T-GGAGACTC-A-CCC---TT-TTT---GAGAA---GC---AA--T--C-T-CAC--G-AACTCAC--A-C-GC-G--G---T-AA-A-C-AT-ATC-TT--------C-C-CCC--C------------CAAAA--A--A--G---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGAAATT-AG---TTT--C-CT-TC--G-ATCA--TG--AAA--TTG--T--A----TCAAA-AAA--AA-G-C----AA-AA--T----G-C----------CTGGC--AA-TGT--CAGA-AG-ATA-C-T-GC-A-GAAG-AA----T--T--C-CA------TTA-G-TAG-A--GT-C--AATGC-T-A--T----AA--TGAAACA--C-TCATAAGAA--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--AAAC-TTG--A--T--AAT-GGC--TTTATAACA-AT--A-AAAAATG-AA-CT---AACGTA-GGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74925                      : ataaACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC----T-TTT---GA--A---GC---AA--A--C-T--ACG-G-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--G--AA-C---AT-ATC-TC--------A-C-CCC--CCA----------AAAAA--A--A--T---T-GTTG-TA--TA-A--AAG-GT-------T-AG---A---TGGCAA-T-AG---TTAT-C-CC-TT--A-ATCA---G--AAAG-TTG--T--A----TCA-A-AAA--AA-G-C--CAAA-AA--T----G-G----------TC-GC--AA-T
gi|74926                      :   atACATGT-G-A-TA-T-----C-TT-----CC---C----T-TGCCTGTCTTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCCCCTTT-TTT---GA--A---GC---A---T--C-T-CAC--G--CCTC------C-GC-G--G--GT-AA-C-A--T-AT--TC--------A-C-CCC---------------ACAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-TGA---TGGCAATT-AG---TTTC-C--T-TA--A-ATCAG-TG--AACG-TTAGAT--A----TC--A-AAA--AA-G-C--CACA-AA--T----A-T----------A--GC--A---GTC-CAGA-A---TA-C-T-GCG-----G-AA--TCTCAT--A-CAG-----TTA-G-TAG-ACGGA-C--AATGC-T-A--TCATTGA--CA-AACA--CCTT-----AA--CTG--C---CTG-AACTT-C----T-TGT-GG-AAAC-TT---A--T--AAT-TGC--TTT-T-ATA-AT--A-AAA-ATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-TAGT-CTTA
gi|74927                      :   atACATGT-G-A-TA-T-----C-CC-A---CG---C----T-T-------TTG----G-CG---C-G-AGACTT-A-TGC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACGTCAC--G-C--C-C--G--GT-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-T-GTT--A------------TAAAA--A--A--T---C-GCTG-T---T--C--AA
gi|74928                      :   atACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CA---C----T-T-------T-G----G-CA---T-G-AGTCTC-A-TGC---TT-TTT---CA--A---GC---AG--T--C-T-CTT--G-ACCTCAC--G-T-GT-G--C--GT-AA-T-A-AT-ATC-TC--------A-C-TCA--T------------AAAAA--A---------T-GCTG-T---TCAA--AAG-ATTTTA--GT-AG-T-
gi|74929                      :   atACATGT-G-AATA-TAAATCC-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---TTG-AGACTC-ACCCC---TT-TTT---GGACA---GCAAAAA--T--C-T-C
gi|74930                      :   atACATGT-G-AATA-TAAATCC-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---TTG-AGACTC-ACCCC---TT-TTT---GGACA---GCAAAAA--T--C-T-C
gi|74931                      :   atACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CG---C----T-T-------TTG----GCAA---T-G-AGACTC-A-
gi|74932                      :   atACATCT-GTA-TA-TA----C-TC-----CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-TCC---TT-TTT----A--A---GC---AA--C--T-T-CAC--T-ACCTCAC--C-G-GC-G--G---T-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--C------------AAAAC--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG--T------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TCA-A-AAA--AA-G-C--CAAA-AA--G----C-C----------T--GC--AA-TGT--CAGA-AG-ATA-CAT-CCAA-GAAG-AA--T-T--A--A-CA------TTA-GCTAT-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AA-TT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TG----TT-T-ATA-AT--A-AAAAATA-AT-CT---AAAGCT-AGT-A-TTT-AAGT-CTTATT
gi|74933                      :    tACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--GT-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--C------------AAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TC--A-AAA--AA---C--CAAA-AA--T----G-C----------T--GC--AA-TGTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T-ATA-ATAAA-AAAAAAG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74934                      :     ACATGT---A-TAAT-----C-TC-A---CC---TCATAT-T-------CTA----G-GGAAGT-G-AGACTCCA-CCC---TTCTTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CACG-G-ACCTCAC--C-C-GC----G--GT-AA-C-A-AT-AAC-TC--------ACC-CCC--C------------AAAAAACA--A--T---G-GTTGTT---T--A--AAG-GT-------T-AG-T-GTACTGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TTAAA-ATCA--T---AAAG--TG--T--AGTTCTC--A-AAA--AA-G-TAACAAA-AA--TTGCAA-C----------T--GCCAAA-TGTCACAGA-A--ATATC-T-CCAA-GAAGAAA--TCTA-T--ACCA------TTA-G-TAGAA--GACC-TAATGC-T-A--TCA--AAATTG-AACAACC-TT-----AA--CTG--C---TGA-AA--T-GA---T-TGTGG--ACAC-TTGAAA--TAAAAT-TGC--TTT-T-ATA-ATAAA-AAAAATG-AA-CTA--AAAGCTAAGT-ATTTT-A
gi|74935                      :       ATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-A----C-A-C-----TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAT--G-ACCTCACG-C-C-GC-G--G--GT-AG-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--CCCCCCCCCCCCCAAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-A--T-A---TGGCAAT--AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCGATTG--AAAG-TTG--T--A----TC--A-AAA--AA-G-C--CAAA-AA--T----G-CC---------T--GC--AA-TGTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CTAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C--AATGCTT-A--TCA--AA--TG-AACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AACTT-GA-----TGT-GGAGCAC-TTG--A--T---AT-TGC--TTT-T-GTA-AT--A-AAAAA
gi|74936                      :       ATGT-G-A-TA-T-----C-CC-A---AG---C----T-T-------TTG----G-CA---T-G-AGACTC-A-CGC---TT-TTT---CA--ATATGT---AA--T--C-T-C-C--G-ATCTCAC--G-C-GC-A--G--GT-AA-C-GCAT-G-----------------------------------AAAAA--A--A--TCGCT-GTTC-T---T--A--AAA-TT------TT-AC-T-G---GGTTATTT-AA---TTTT-C-----T--A-ATCA--a
gi|74937                      :       ATGG-G-A-TA-T-----C-CA-A---CA---C----T-T-------TTG----G-CA---T-G-AGACTC-A-CGC---TT-TTT---CA--AT--GC---AA--T--C-T-C-C--G-ATCTCAC--G-C-AC-G--G--GT-AA-C-GCAT-G-----------------------------------AAAAA--A--A--T---C-GCTG-TTCAT--A--AAA-TT------TT-AC-T-G---GGTTATTT-AA---TTTT-C-----T--A-ATCA--
gi|74938                      :       ATGT-G-A-TACT-----C-CC-AGTTCCACGC----T-T-------TTG----G-CA---T-G-AGACTC-G-CGC---TT-TTT---CA--C---GC---AA--T--C-T-C-C--G-ATCTCACG-C-C-GC-G--G--GT-A
gi|74939                      :        TGT-G-A-TA-T-----T-TT-A---CC---C----T-G-------TTGTCGGA-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTTTGCAAT-A---GC---GAAGT--C-T-CAC--GGACCTCACACC-CAGC-GTCG--G--AA-C-C-AT-CTC-TC--------C-C-CCC--C------------CAAAA--A--A--T---TAGGTG-T---T--ATGGAG-GTTAATTTGT-AG-T-T---GGGCAATTTAG---TTCC-C-GTCTT--A-AT-A--TG--AAAG-TTGG-T--A----TC--ACAAACGAA-G-C--CAAA-AAAAT----G-C----------C--GTG-AA-TGTC-CAGA-CG-ATC-T-T-CCAA-GACG-AA--TTC--T--A-CATTTGGCTTA-G-TAGCG--GATC-TAATGC-T-ACTTCA--AA--TG-AACA--C-TT-----AA--CTG--TGCATAG-AACGTAGAATCT-AGT-G--ACACTTTGC-A--T--AAT-TGCTTTTT-T-ATA-AGA-A-AAAAATG-AACCT---CAAGCC-TGT-ATTTT-TAG
gi|74940                      :                                                                     -G-AGACTC-A-CGC---TT-TTT---GA--A---GC---AT--TTGC-TCCAC--A-A-CTCAC--A-C-CC-G--G--GT-AGCC-A-AT-ATC-TC--------A-C-CC


blockSeqs                     :           T T C  A AAATC C  T GTT  ACG CATA G GCCTGTC   TCGG C  AAG T G      C C   CCT  C   TGC  GA TAT  AAA  CG TG A C   AG G       AC A A  G TC TG  A  C C C  G   G  CACCCACCA  T   CCCCCCCCCCCCC       AC CC AC CGC A    T TCA CA TG   T  TAATTT  T  A GTAC         T  TTC    T TC C  AA C    AT  AA    T   GA CA GTTC  AAA    CG  A T AA    C  AA TGCA CCAAAAAGCCTT     CA  T   CA    C  A   T A C    C    A  TT   AC CC C  TTTGGC   G C   A CG  C T      T A CT   TT  AT  A    AC C  ATAAG  AT   CT GCA  AC     A  ATC C   G GA    T   AA AG AA   A   CT   A A   T  AAA        A  C  ATA      A   C     AA   G
blockSeqs                     :           . . A  A AAATC .  . .    .   .    . .         C    .  .   T G      . C   .    .   .    AC A    AAA  AG T  A .   G  .       G  . .  . .  .   .  . . C  .   .  AC         .   CCCCCCCA            .  .  A  .   .    . A   A  .    .  TTTA    .  . GA           .  TTC    T C  .  .  .    A   .     T   G  .  .     AA     .   . . .     .  .  .    CCTG             G   .   C     .  .   T . .    .    .  .    CA .  .  A        G .   A .   T .      . . .    T   C   A    .  .  .      AT   .  .    A      .  .   .   . G     .   C  AG .    .   TT   . .   .  AAA        A  .  A        .   .     A    .
blockSeqs                     :           . . A  C T     .  . .    .   .    . .         T    .  .   . .      . .   .    .   .    AC T    .    .  .  . .   G  .       G  . .  . .  .   .  . . .  .   .  A          .   CCAA                .  .  .  .   .    . .   .  .    .  TG      .  . A            .  .      . C  .  .  .    G   .     .   .  .  .     AA     .   . . .     .  .  .    CCT              .   .   C     .  .   . . .    .    .  .    A  .  .  T        . .   A .   . .      . . .    .   .   .    .  .  .      C    .  .    A      .  .   .   . .     .   .  .  .    .   T    . .   .  AT         .  .  .        .   .     A    .
blockSeqs                     :           . . .  . A     .  . .    .   .    . .         .    .  .   . .      . .   .    .   .    T  .    .    .  .  . .   .  .       .  . .  . .  .   .  . . .  .   .  A          .   CCA                 .  .  .  .   .    . .   .  .    .  G       .  . A            .  .      . C  .  .  .    .   .     .   .  .  .     AA     .   . . .     .  .  .    CCT              .   .   C     .  .   . . .    .    .  .    .  .  .  G        . .   C .   . .      . . .    .   .   .    .  .  .      .    .  .    A      .  .   .   . .     .   .  .  .    .   T    . .   .  AA         .  .  .        .   .     A    .
blockSeqs                     :           . . .  . .     .  . .    .   .    . .         .    .  .   . .      . .   .    .   .    .  .    .    .  .  . .   .  .       .  . .  . .  .   .  . . .  .   .  A          .   ACC                 .  .  .  .   .    . .   .  .    .  .       .  . A            .  .      . C  .  .  .    .   .     .   .  .  .     AC     .   . . .     .  .  .    CCT              .   .   C     .  .   . . .    .    .  .    .  .  .  .        . .   . .   . .      . . .    .   .   .    .  .  .      .    .  .    A      .  .   .   . .     .   .  .  .    .   .    . .   .  A          .  .  .        .   .     A    .
blockSeqs                     :           . . .  . .     .  . .    .   .    . .         .    .  .   . .      . .   .    .   .    .  .    .    .  .  . .   .  .       .  . .  . .  .   .  . . .  .   .  A          .   CCA                 .  .  .  .   .    . .   .  .    .  .       .  . A            .  .      . C  .  .  .    .   .     .   .  .  .     A      .   . . .     .  .  .    CCT              .   .   C     .  .   . . .    .    .  .    .  .  .  .        . .   . .   . .      . . .    .   .   .    .  .  .      .    .  .    A      .  .   .   . .     .   .  .  .    .   .    . .   .  A          .  .  .        .   .     A    .
blockSeqs                     :           . . .  . .     .  . .    .   .    . .         .    .  .   . .      . .   .    .   .    .  .    .    .  .  . .   .  .       .  . .  . .  .   .  . . .  .   .  A          .   CCA                 .  .  .  .   .    . .   .  .    .  .       .  . A            .  .      . C  .  .  .    .   .     .   .  .  .     A      .   . . .     .  .  .    CCT              .   .   C     .  .   . . .    .    .  .    .  .  .  .        . .   . .   . .      . . .    .   .   .    .  .  .      .    .  .    A      .  .   .   . .     .   .  .  .    .   .    . .   .  A          .  .  .        .   .     A    .
blockSeqs                     :           . . .  . .     .  . .    .   .    . .         .    .  .   . .      . .   .    .   .    .  .    .    .  .  . .   .  .       .  . .  . .  .   .  . . .  .   .  A          .   C                   .  .  .  .   .    . .   .  .    .  .       .  . A            .  .      . C  .  .  .    .   .     .   .  .  .     A      .   . . .     .  .  .    CCT              .   .   C     .  .   . . .    .    .  .    .  .  .  .        . .   . .   . .      . . .    .   .   .    .  .  .      .    .  .    A      .  .   .   . .     .   .  .  .    .   .    . .   .  A          .  .  .        .   .     A    .
blockSeqs                     :           . . .  . .     .  . .    .   .    . .         .    .  .   . .      . .   .    .   .    .  .    .    .  .  . .   .  .       .  . .  . .  .   .  . . .  .   .  A          .   A                   .  .  .  .   .    . .   .  .    .  .       .  . A            .  .      . C  .  .  .    .   .     .   .  .  .     A      .   . . .     .  .  .    CCT              .   .   C     .  .   . . .    .    .  .    .  .  .  .        . .   . .   . .      . . .    .   .   .    .  .  .      .    .  .    G      .  .   .   . .     .   .  .  .    .   .    . .   .  A          .  .  .        .   .     T    .
blockSeqs                     :           . . .  . .     .  . .    .   .    . .         .    .  .   . .      . .   .    .   .    .  .    .    .  .  . .   .  .       .  . .  . .  .   .  . . .  .   .  A          .   A                   .  .  .  .   .    . .   .  .    .  .       .  . A            .  .      . C  .  .  .    .   .     .   .  .  .     A      .   . . .     .  .  .    CCT              .   .   C     .  .   . . .    .    .  .    .  .  .  .        . .   . .   . .      . . .    .   .   .    .  .  .      .    .  .    A      .  .   .   . .     .   .  .  .    .   .    . .   .  A          .  .  .        .   .     A    .
blockSeqs                     :           . . .  . .     .  . .    .   .    . .         .    .  .   . .      . .   .    .   .    .  .    .    .  .  . .   .  .       .  . .  . .  .   .  . . .  .   .  C          .   C                   .  .  .  .   .    . .   .  .    .  .       .  . A            .  .      . C  .  .  .    .   .     .   .  .  .     A      .   . . .     .  .  .    GTC              .   .   C     .  .   . . .    .    .  .    .  .  .  .        . .   . .   . .      . . .    .   .   .    .  .  .      .    .  .    A      .  .   .   . .     .   .  .  .    .   .    . .   .  A          .  .  .        .   .     A    .
blockSeqs                     :           . . .  . .     .  . .    .   .    . .         .    .  .   . .      . .   .    .   .    .  .    .    .  .  . .   .  .       .  . .  . .  .   .  . . .  .   .  A          .   C                   .  .  .  .   .    . .   .  .    .  .       .  . A            .  .      . C  .  .  .    .   .     .   .  .  .     A      .   . . .     .  .  .    CCT              .   .   C     .  .   . . .    .    .  .    .  .  .  .        . .   . .   . .      . . .    .   .   .    .  .  .      .    .  .    A      .  .   .   . .     .   .  .  .    .   .    . .   .  A          .  .  .        .   .     A    .
blockSeqs                     :           . . .  . .     .  . .    .   .    . .         .    .  .   . .      . .   .    .   .    .  .    .    .  .  . .   .  .       .  . .  . .  .   .  . . .  .   .  A          .   C                   .  .  .  .   .    . .   .  .    .  .       .  . A            .  .      . C  .  .  .    .   .     .   .  .  .     A      .   . . .     .  .  .    CC               .   .   C     .  .   . . .    .    .  .    .  .  .  .        . .   . .   . .      . . .    .   .   .    .  .  .      .    .  .    A      .  .   .   . .     .   .  .  .    .   .    . .   .  A          .  .  .        .   .     T    .
blockSeqs                     :           . . .  . .     .  . .    .   .    . .         .    .  .   . .      . .   .    .   .    .  .    .    .  .  . .   .  .       .  . .  . .  .   .  . . .  .   .  A          .   C                   .  .  .  .   .    . .   .  .    .  .       .  . A            .  .      . C  .  .  .    .   .     .   .  .  .     A      .   . . .     .  .  .    CC               .   .   .     .  .   . . .    .    .  .    .  .  .  .        . .   . .   . .      . . .    .   .   .    .  .  .      .    .  .    G      .  .   .   . .     .   .  .  .    .   .    . .   .  A          .  .  .        .   .     .    .
blockSeqs                     :           . . .  . .     .  . .    .   .    . .         .    .  .   . .      . .   .    .   .    .  .    .    .  .  . .   .  .       .  . .  . .  .   .  . . .  .   .  A          .   A                   .  .  .  .   .    . .   .  .    .  .       .  . A            .  .      . C  .  .  .    .   .     .   .  .  .     A      .   . . .     .  .  .    TA               .   .   .     .  .   . . .    .    .  .    .  .  .  .        . .   . .   . .      . . .    .   .   .    .  .  .      .    .  .    .      .  .   .   . .     .   .  .  .    .   .    . .   .  A          .  .  .        .   .     .     
blockSeqs                     :           . . .  . .     .  . .    .   .    . .         .    .  .   . .      . .   .    .   .    .  .    .    .  .  . .   .  .       .  . .  . .  .   .  . . .  .   .  A          .   T                   .  .  .  .   .    . .   .  .    .  .       .  . A            .  .      . C  .  .  .    .   .     .   .  .  .     A      .   . . .     .  .  .    CT               .   .   .     .  .   . . .    .    .  .    .  .  .  .        . .   . .   . .      . . .    .   .   .    .  .  .      .    .  .    .      .  .   .   . .     .   .  .  .    .   .    . .   .  .          .  .  .        .   .     .     
blockSeqs                     :           . . .  . .     .  . .    .   .    . .         .    .  .   . .      . .   .    .   .    .  .    .    .  .  . .   .  .       .  . .  . .  .   .  . . .  .   .  A          .   C                   .  .  .  .   .    . .   .  .    .  .       .  . G            .  .      . G  .  .  .    .   .     .   .  .  .     .      .   . . .     .  .  .    CT               .   .   .     .  .   . . .    .    .  .    .  .  .  .        . .   . .   . .      . . .    .   .   .    .  .  .      .    .  .    .      .  .   .   . .     .   .  .  .    .   .    . .   .  .          .  .  .        .   .           
blockSeqs                     :           . . .  . .     .  . .    .   .    . .         .    .  .   . .      . .   .    .   .    .  .    .    .  .  . .   .  .       .  . .  . .  .   .  . . .  .   .  A          .   C                   .  .  .  .   .    . .   .  .    .  .       .  . G            .  .      . .  .  .  .    .   .     .   .  .  .     .      .   . . .     .  .  .    CT               .   .   .     .  .   . . .    .    .  .    .  .  .  .        . .   . .   . .      . . .    .   .   .    .  .  .      .    .  .    .      .  .   .   . .     .   .  .  .    .   .    . .   .  .                                         
blockSeqs                     :           . . .  . .     .  . .    .   .    . .         .    .  .   . .      . .   .    .   .    .  .    .    .  .  . .   .  .       .  . .  . .  .   .  . . .  .   .  C          .   C                   .  .  .  .   .    . .   .  .    .  .       .  . T            .  .      . .  .  .  .    .   .     .   .  .  .     .      .   . . .     .  .  .    CC               .   .                                                                                                                                                                                                                                  
blockSeqs                     :           . . .  . .     .  . .    .   .    . .         .    .  .   . .      . .   .    .   .    .  .    .    .  .  . .   .  .       .  . .  . .  .   .  . . .  .   .  A          .   C                   .  .  .  .   .    . .   .  .    .  .       .  . .            .  .      . .  .  .  .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 
blockSeqs                     :           . . .  . .     .  . .    .   .    . .         .    .  .   . .      . .   .    .   .    .  .    .    .  .  . .   .  .       .  . .  . .  .   .  . . .  .   .  .          .   .                   .  .  .  .   .    . .   .  .    .  .       .  . .            .  .      . .  .  .  .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 
blockSeqs                     :           . . .  . .     .  . .    .   .    . .         .    .  .   . .      . .   .    .   .    .  .    .    .  .  . .   .  .       .  . .  . .  .   .  . . .  .   .  .          .   .                   .  .  .  .   .    . .   .  .    .  .       .  .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          
blockSeqs                     :           . . .  . .     .  . .    .   .    . .         .    .  .   . .      . .   .    .   .    .  .    .    .  .  . .   .  .       .  . .  . .  .   .  . . .  .   .  .          .   .                   .  .  .  .   .    . .   .  .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             
blockSeqs                     :           . . .  . .     .  . .    .   .    . .         .    .  .   . .      . .   .    .   .    .  .    .    .  .  . .   .  .       .  . .  . .  .   .  . . .  .   .  .          .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                
blockSeqs                     :           . . .  . .     .  . .    .   .    . .         .    .  .   . .      . .   .    .   .    .  .    .    .  .  . .   .  .       .  . .  . .  .   .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :           . . .  . .     .  . .    .   .    . .         .    .  .   . .      . .   .    .   .    .  .    .    .  .  . .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :           . . .  . .     .  . .    .   .    . .         .    .  .   . .      . .   .    .   .    .  .    .    .  .  . .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :                                                                     . .      . .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                       C**************
originalCons                  :     ACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--GT-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--C------------AAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TC--A-AAA--AA-G-C--CAAA-AA--T----G-C----------T--GC--AA-TGTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T-ATA-AT--A-AAAAATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
finalCons                     :     ACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--GT-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCCC--------------AAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TC--A-AAA--AA-G-C--CAAA-AA--T----G-C----------T--GC--AA-TGTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T-ATA-AT--A-AAAAATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|74942 ): GAAAAAAAGACGGGAAAATGTTTTATTCGTGATGTCATAATGCTATCAAATTAGGAATAACGTACCAATTTTGTTAACGTAGTATGACTGTTATATATTTTT
Unaligned ( gi|74943 ): GAAAAAAGGCGGGGAAATGTCTTATTCGTGATGTCCTAATGCTATCAAATTAGGAATAACACTCCAATTTTGTGAACGTAGTATGCTTGTTAT
Unaligned ( gi|74944 ): AAAATCGGAAAATGTCTTATTCGTGATGTCATAATGCTATCAAATTAGGAATAACGTTCCAATTTTGTTAACGTAGTATGCCTGTTATATATTTTA
Unaligned ( gi|74945 ): GGGAAAATGTCTTATTCGTGATGTCATAATGCTATCAAATTAGGAATACATTCCAATATTGTGTTAACGTAGTATGCCTGTAATATATTTTTA
Unaligned ( gi|74941 ): ATTTAGGAAAAAGGCGGGAAAATGTCTTATTCGTGATGTCATAATGCTATCAAATTTGGAATAACGTTCCAATTTTGTTAACGTAGTATACCTGTTATATATTCTACTTTATTAAAA
Unaligned ( gi|74946 ): GGGAAAATGTCTTATTTCGTGATGTCATAATTGCTATCAATTAAGAATTAACGTTTCACATTTTTGTTAACGTAGTATGCCTGTTAT






Alignments
lowQualScore                  :                    11111                                                                                                                                                              222222222222222                                        111111                                                                                                        222222222222222                                                      111111                                                                                                                     11                                                            
lowQualScore                  :           1 1 4  4 00000 1  1 222  222 3333 1 4444444   5555 1  222 2 2      1 2   222  1   222  77 555  555  33 33 2 1   55 1       55 1 1  1 22 22  1  1 1 3  1   1  6666666666 1   666666666666666     22 22 44 222 1    1 444 44 22   1  222222  1  1 33333        1  666    3 22 1  22 1    66  22    4   44 22 4444  9999   22  2 2 22    2  22 4444 000000000000000  44  2   55    2  2   4 2 2    2    2  22   77 22 2  222222   4 2   8 22  4 2      2 2 22   55  55  4    22 2  55555  77   22 333  55     2  333 2   2 55    2   55 55 22   2   00   2 2   2  8888       4  2  666      2   2     55   2      
lowQualScore                  :           . . .  . ..... .  . ...  ... .... . .......   .... .  ... . .      . .   ...  .   ...  .. ...  ...  .. .. . .   .. .       .. . .  . .. ..  .  . . .  .   .  .......... .   ...............     .. .. .. ... .    . ... .. ..   .  ......  .  . .....        .  ...    . .. .  .. .    ..  ..    .   .. .. ....  ....   ..  . . ..    .  .. .... ...............  ..  .   ..    .  .   . . .    .    .  ..   .. .. .  ......   . .   . ..  . .      . . ..   ..  ..  .    .. .  .....  ..   .. ...  ..     .  ... .   . ..    .   .. .. ..   .   ..   . .   .  ....       .  .  ...      .   .     ..   .      
lowQualScore                  :           4 4 3  3 00000 4  4 555  555 0000 4 6666666   9999 4  555 8 8      4 8   555  4   555  33 444  000  99 44 9 4   22 5       22 5 5  5 11 11  5  6 6 2  6   6  2222222222 6   333333333333333     33 33 00 999 7    7 666 00 33   7  888888  7  7 66666        8  444    6 00 8  55 8    11  88    0   88 88 2222  1111   88  0 0 88    0  88 2222 888888888888888  88  0   33    1  1   2 1 1    1    1  99   99 99 1  444444   2 1   4 99  2 1      1 1 99   00  00  2    99 1  33333  99   99 777  00     1  777 1   1 00    1   00 88 99   1   00   1 1   1  7777       4  2  111      2   2     11   7      
consensus                     :     ACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--GT-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--C------------AAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TC--A-AAA--AA-G-C--CAAA-AA--T----G-C----------T--GC--AA-TGTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T-ATA-AT--A-AAAAATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
Reference ( family-565 )      :     ACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--GT-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--C------------AAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TC--A-AAA--AA-G-C--CAAA-AA--T----G-C----------T--GC--AA-TGTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T-ATA-AT--A-AAAAATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74912                      :     ATATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CTA---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--AT-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--CCA----------AAAAA--A--A--T---T-TTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TC--A-AAA--AA-G-C--CAAA-AA--T----G-CC---------T--GC--AA-TGTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T-ATA-AT--A-AAAAATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74913                      :   atACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------CTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--T-CTCTCAC--C-C-GC-G--G--GT-CA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--CCA----------AAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TC--A-AAA--AA-G-C--GAGA-AA--T----G-CC---------T--GG--AA-TGTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T-ATA-AT--A-AAAAATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTA
gi|74914                      :   atACATGT-G-A-AA-TT----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--TT-C-T-CAC--G-ACCTCA---C-C-GCGG--G--GC-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-TCC--C------------CAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGC-ATT-AG---TTTC-CTCT-TT--A-ATCA--TG---AAG-TTG--T--A----TC----AAA--AA-G-C--CAAA-AA--T----GCC----------T--GC--AA-TATC-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-G-AG-AA--TCT--T--C-CA------TTA-G-TAGAA--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AACA--T-TA-----AA--CTG--C---TG--AACTT-GC---T-TGT-T--ACA--TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T-ATA-AT--A-AAAAATG-AA-CA---TAAGCT-AGT-A-TTT-AAGT-CTTATT
gi|74915                      :   atACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCT-AC--T---GC-G--G--GT-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--A------------AAAAA--A--A--T-----GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TC--A-AAA--AA-G-C--CAAA-AA--T----G-CC---------T--GC--AA-TGTC-CAGA-AG-ATA-C-T-C-AA-GAAG-AA--TTT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-A-TA-TGC-T-A--TCA--AA--TG-AACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T-ATA-AT----AAAAATGAAA-AT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74916                      :   atACATGT-G-A-TA-------C-TCTA---CC---C----T-T-------TTT----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--GTAAA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--CCAA---------AAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GTG-----GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TCA-A-AAA--AA-G-C--CAAA-AA--T----GCC----------T--GC--AA-TG-C-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCTACT--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TGAAACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T--TATAT--ATAAAAATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74917                      :   atACATAT-A-A-T--------C-TC-A---CC---C----G-T-------TTGC---G-GG---T-G-A----C-A-C-----TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CACAGG-ACCTCAC--C-C--C-G--C--GT-AG-CCA-AT-ATC-TCCACCCACCA-C-CCC--CCCCCCCA-----AAAAA--A--A--T---T-GTTG-T------A--AAG-GT------GT-A--T-A---TGGCAAT--AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TC--A-AAA--AA-G-C--C-AA-AA--T----GCC----------T--TC--AA-TGTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CTAA-GAAG-AATTTCT--T----CA------T---G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--T--AACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AACCT-GA---T---T-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T-GTA-AT--A-AAAAATG-AA-CT---AAAGCT-AGTCATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74918                      :   atACATGTTG-A-TA-T-----C-TC-A---TC------------------TTG----G-GG---T-G-GACCTC-A-CCT---TA-TTT---GA--A---GC---A---T--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--GT-AA---A-CT-ATC-TC--------A-C-CCCACC------------AAAAA--A--AA-T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AGAT-A---GGGCAAAT-AG---TTTC-C-CT-TT--ACATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TC--A-AAA--AAAG-C--CAAA-AA--A----G-CCAAAAAGCCTT--GC--AA-TGTC-CAGACAG-ATA---T-CAAG-GAAG-AA--TCT--T--A-CAA-----TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AACTT-GA---TCTGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T-ATA-AT----AAAAATG-AA-CTATAAAAGCT-AGT-A-TTT-AAGT-CTTATT
gi|74919                      :   atACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TGGT---G-GG---T-GGAGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--AA--GC---AACGT--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GT-G--G---T-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--A------------AAAAA--A--AACT---T-GCTG-T---T--A--AAG-GTTG----GT-AG-T-A---TGGCAAAT-AG---TT-C-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--TCAA----TC--A-AAA--AA-G-C--CAAA-AA--T----G-C----------C--TC--AATTGT--CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG--A--TCT--T--A-CAT-----TTA-G-TAGAA--GA-CTTAATGC-T-A--TCG--AAC-TG-AACA--C-TT-----AAC-CTA--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAC-TGCCTTTT-T-ATA-AT--A-AACAATGAAA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTTAAAGT-CTTA
gi|74920                      :   atACATGT---A-TA-T-------TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--CAT-CAC--A-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--GG-AA-C-A-AT-ATC-TC----------C-CCC--C------------AAAAA--A--T--T---T-GTTG-T---T--A--AA--GT------GT-AG-T-----T-GC-ATT-AGTTCTTTCTC-CT-TT--A-ATTC--TG--AAAGTTTG--T-------TC--A-AAA--AA-A-T--CCAA-AA--T----GCC----------T--GC-----TGT--CAGA-AG-ATA-C-T-CAAG-GAAG-AA--TTT--T--A-CA------TTAGG-TAG-A--G--C-TACTGC-T-A--TC---AA--T--AACA--G-TT-----AAATCTG--C---TG--AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC--TG--AAGT--AAT-TGCT-TTT-T-ATA-AT--A-AAAAATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT--AGT-CTTA
gi|74921                      :   atACATGT---A-TA-T-------TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--CAT-CAC--A-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--GG-AA-C-A-AT-ATC-TC----------C-CCC--C------------AAAAA--A--T--T---T-GTTG-T---T--A--AA--GT------GT-AG-T-----T-GC-ATT-AGTTCTTTCTC-CT-TT--A-ATTC--TG--AAAGTTTG--T-------TC--A-AAA--AA-A-T--CCAA-AA--T----GCC----------T--GC-----TGT--CAGA-AG-ATA-C-T-CAAG-GAAG-AA--TTT--T--A-CA------TTAGG-TAG-A--G--C-TACTGC-T-A--TC---AA--T--AACA--G-TT-----AAATCTG--C---TG--AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC--TG--AAGT--AAT-TGCT-TTT-T-ATA-AT--A-AAAAATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT--AGT-CTTA
gi|74922                      :   atACATGT---A-TAAT-----C-TC-A---CC---T----T-T-------T------G-GG---T-G-GAACTC---CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCTCGA--C-A-GC-G--C---C-AA-C-A-ATGATCGTC--------A-CTCCC--C------------AAAAA--ACCA--T---G-GTTG-T---T--A--AGG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTT--C-CT-TT--A-ATCA--TGAAAAAG-TTG--T--A----TC-----AA--AA-GTC--CAAA-AA--T----G-C----------C--GC--AA-TATC-CAGA-AGAATATC-TCCCAACGAAG-AA--TCT--TCCA-TA------TTA-G-TAG-A--GA-C-T-ATGC-TAA--TCAT-AA--TG-AA------TT-----AA--CTG--C---TG--AACTT-GC---T-T-T----ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T-ATA-AT-----AAAATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT--AGTGCTTATT
gi|74923                      :   atACATGT-G-ACTA-T-----C-TC-A---CC--------T-T-------CTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT-------A---GC---AA--T--C-T-CAC-----TCTCAT--CAC-GC-G--GTGGT-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--CCA----------AAAAA--A--A--T---T--TTG-T------A--AAGTAT------GTTAA-T-A---TG-CAAT--AG---TTCC-C----TT--A-ATCAA-TG--AAAG-TTG--T--A----TC----AAA--AA-G-C--GAAACAA--T----GCC----------T--GG--AA-TGTC-CAGA-AG-A-A-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TA-AACA--C-TT-----AA--CTGCTC---TGACAACTT-GA---T-TGT-G--ACAA-CTG--A--T--AATATGC--TTT-T-ATA-AT--A-AAAAATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-AT
gi|74924                      :     atATGT-G-A-TA-T-----CCTC-A---CC---C----TGT-------TTG----G-GG---T-GGAGACTC-A-CCC---TT-TTT---GAGAA---GC---AA--T--C-T-CAC--G-AACTCAC--A-C-GC-G--G---T-AA-A-C-AT-ATC-TT--------C-C-CCC--C------------CAAAA--A--A--G---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGAAATT-AG---TTT--C-CT-TC--G-ATCA--TG--AAA--TTG--T--A----TCAAA-AAA--AA-G-C----AA-AA--T----G-C----------CTGGC--AA-TGT--CAGA-AG-ATA-C-T-GC-A-GAAG-AA----T--T--C-CA------TTA-G-TAG-A--GT-C--AATGC-T-A--T----AA--TGAAACA--C-TCATAAGAA--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--AAAC-TTG--A--T--AAT-GGC--TTTATAACA-AT--A-AAAAATG-AA-CT---AACGTA-GGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74925                      : ataaACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC----T-TTT---GA--A---GC---AA--A--C-T--ACG-G-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--G--AA-C---AT-ATC-TC--------A-C-CCC--CCA----------AAAAA--A--A--T---T-GTTG-TA--TA-A--AAG-GT-------T-AG---A---TGGCAA-T-AG---TTAT-C-CC-TT--A-ATCA---G--AAAG-TTG--T--A----TCA-A-AAA--AA-G-C--CAAA-AA--T----G-G----------TC-GC--AA-T
gi|74926                      :   atACATGT-G-A-TA-T-----C-TT-----CC---C----T-TGCCTGTCTTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCCCCTTT-TTT---GA--A---GC---A---T--C-T-CAC--G--CCTC------C-GC-G--G--GT-AA-C-A--T-AT--TC--------A-C-CCC---------------ACAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-TGA---TGGCAATT-AG---TTTC-C--T-TA--A-ATCAG-TG--AACG-TTAGAT--A----TC--A-AAA--AA-G-C--CACA-AA--T----A-T----------A--GC--A---GTC-CAGA-A---TA-C-T-GCG-----G-AA--TCTCAT--A-CAG-----TTA-G-TAG-ACGGA-C--AATGC-T-A--TCATTGA--CA-AACA--CCTT-----AA--CTG--C---CTG-AACTT-C----T-TGT-GG-AAAC-TT---A--T--AAT-TGC--TTT-T-ATA-AT--A-AAA-ATG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-TAGT-CTTA
gi|74927                      :   atACATGT-G-A-TA-T-----C-CC-A---CG---C----T-T-------TTG----G-CG---C-G-AGACTT-A-TGC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACGTCAC--G-C--C-C--G--GT-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-T-GTT--A------------TAAAA--A--A--T---C-GCTG-T---T--C--AA
gi|74928                      :   atACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CA---C----T-T-------T-G----G-CA---T-G-AGTCTC-A-TGC---TT-TTT---CA--A---GC---AG--T--C-T-CTT--G-ACCTCAC--G-T-GT-G--C--GT-AA-T-A-AT-ATC-TC--------A-C-TCA--T------------AAAAA--A---------T-GCTG-T---TCAA--AAG-ATTTTA--GT-AG-T-
gi|74929                      :   atACATGT-G-AATA-TAAATCC-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---TTG-AGACTC-ACCCC---TT-TTT---GGACA---GCAAAAA--T--C-T-C
gi|74930                      :   atACATGT-G-AATA-TAAATCC-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---TTG-AGACTC-ACCCC---TT-TTT---GGACA---GCAAAAA--T--C-T-C
gi|74931                      :   atACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CG---C----T-T-------TTG----GCAA---T-G-AGACTC-A-
gi|74932                      :   atACATCT-GTA-TA-TA----C-TC-----CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-TCC---TT-TTT----A--A---GC---AA--C--T-T-CAC--T-ACCTCAC--C-G-GC-G--G---T-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--C------------AAAAC--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG--T------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TCA-A-AAA--AA-G-C--CAAA-AA--G----C-C----------T--GC--AA-TGT--CAGA-AG-ATA-CAT-CCAA-GAAG-AA--T-T--A--A-CA------TTA-GCTAT-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AA-TT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TG----TT-T-ATA-AT--A-AAAAATA-AT-CT---AAAGCT-AGT-A-TTT-AAGT-CTTATT
gi|74933                      :    tACATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAC--G-ACCTCAC--C-C-GC-G--G--GT-AA-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--C------------AAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-AG-T-A---TGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCA--TG--AAAG-TTG--T--A----TC--A-AAA--AA---C--CAAA-AA--T----G-C----------T--GC--AA-TGTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CCAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C-TAATGC-T-A--TCA--AA--TG-AACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AACTT-GA---T-TGT-G--ACAC-TTG--A--T--AAT-TGC--TTT-T-ATA-ATAAA-AAAAAAG-AA-CT---AAAGCT-AGT-ATTTT-AAGT-CTTATT
gi|74934                      :     ACATGT---A-TAAT-----C-TC-A---CC---TCATAT-T-------CTA----G-GGAAGT-G-AGACTCCA-CCC---TTCTTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CACG-G-ACCTCAC--C-C-GC----G--GT-AA-C-A-AT-AAC-TC--------ACC-CCC--C------------AAAAAACA--A--T---G-GTTGTT---T--A--AAG-GT-------T-AG-T-GTACTGGCAATT-AG---TTTC-C-CT-TTAAA-ATCA--T---AAAG--TG--T--AGTTCTC--A-AAA--AA-G-TAACAAA-AA--TTGCAA-C----------T--GCCAAA-TGTCACAGA-A--ATATC-T-CCAA-GAAGAAA--TCTA-T--ACCA------TTA-G-TAGAA--GACC-TAATGC-T-A--TCA--AAATTG-AACAACC-TT-----AA--CTG--C---TGA-AA--T-GA---T-TGTGG--ACAC-TTGAAA--TAAAAT-TGC--TTT-T-ATA-ATAAA-AAAAATG-AA-CTA--AAAGCTAAGT-ATTTT-A
gi|74935                      :       ATGT-G-A-TA-T-----C-TC-A---CC---C----T-T-------TTG----G-GG---T-G-A----C-A-C-----TT-TTT---GA--A---GC---AA--T--C-T-CAT--G-ACCTCACG-C-C-GC-G--G--GT-AG-C-A-AT-ATC-TC--------A-C-CCC--CCCCCCCCCCCCCAAAAA--A--A--T---T-GTTG-T---T--A--AAG-GT------GT-A--T-A---TGGCAAT--AG---TTTC-C-CT-TT--A-ATCGATTG--AAAG-TTG--T--A----TC--A-AAA--AA-G-C--CAAA-AA--T----G-CC---------T--GC--AA-TGTC-CAGA-AG-ATA-C-T-CTAA-GAAG-AA--TCT--T--A-CA------TTA-G-TAG-A--GA-C--AATGCTT-A--TCA--AA--TG-AACA--C-TT-----AA--CTG--C---TGA-AACTT-GA-----TGT-GGAGCAC-TTG--A--T---AT-TGC--TTT-T-GTA-AT--A-AAAAA
gi|74936                      :       ATGT-G-A-TA-T-----C-CC-A---AG---C----T-T-------TTG----G-CA---T-G-AGACTC-A-CGC---TT-TTT---CA--ATATGT---AA--T--C-T-C-C--G-ATCTCAC--G-C-GC-A--G--GT-AA-C-GCAT-G-----------------------------------AAAAA--A--A--TCGCT-GTTC-T---T--A--AAA-TT------TT-AC-T-G---GGTTATTT-AA---TTTT-C-----T--A-ATCA--a
gi|74937                      :       ATGG-G-A-TA-T-----C-CA-A---CA---C----T-T-------TTG----G-CA---T-G-AGACTC-A-CGC---TT-TTT---CA--AT--GC---AA--T--C-T-C-C--G-ATCTCAC--G-C-AC-G--G--GT-AA-C-GCAT-G-----------------------------------AAAAA--A--A--T---C-GCTG-TTCAT--A--AAA-TT------TT-AC-T-G---GGTTATTT-AA---TTTT-C-----T--A-ATCA--
gi|74938                      :       ATGT-G-A-TACT-----C-CC-AGTTCCACGC----T-T-------TTG----G-CA---T-G-AGACTC-G-CGC---TT-TTT---CA--C---GC---AA--T--C-T-C-C--G-ATCTCACG-C-C-GC-G--G--GT-A
gi|74939                      :        TGT-G-A-TA-T-----T-TT-A---CC---C----T-G-------TTGTCGGA-GG---T-G-AGACTC-A-CCC---TT-TTTTGCAAT-A---GC---GAAGT--C-T-CAC--GGACCTCACACC-CAGC-GTCG--G--AA-C-C-AT-CTC-TC--------C-C-CCC--C------------CAAAA--A--A--T---TAGGTG-T---T--ATGGAG-GTTAATTTGT-AG-T-T---GGGCAATTTAG---TTCC-C-GTCTT--A-AT-A--TG--AAAG-TTGG-T--A----TC--ACAAACGAA-G-C--CAAA-AAAAT----G-C----------C--GTG-AA-TGTC-CAGA-CG-ATC-T-T-CCAA-GACG-AA--TTC--T--A-CATTTGGCTTA-G-TAGCG--GATC-TAATGC-T-ACTTCA--AA--TG-AACA--C-TT-----AA--CTG--TGCATAG-AACGTAGAATCT-AGT-G--ACACTTTGC-A--T--AAT-TGCTTTTT-T-ATA-AGA-A-AAAAATG-AACCT---CAAGCC-TGT-ATTTT-TAG
gi|74940                      :                                                                     -G-AGACTC-A-CGC---TT-TTT---GA--A---GC---AT--TTGC-TCCAC--A-A-CTCAC--A-C-CC-G--G--GT-AGCC-A-AT-ATC-TC--------A-C-CC
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|74942 ): GAAAAAAAGACGGGAAAATGTTTTATTCGTGATGTCATAATGCTATCAAATTAGGAATAACGTACCAATTTTGTTAACGTAGTATGACTGTTATATATTTTT
Unaligned ( gi|74943 ): GAAAAAAGGCGGGGAAATGTCTTATTCGTGATGTCCTAATGCTATCAAATTAGGAATAACACTCCAATTTTGTGAACGTAGTATGCTTGTTAT
Unaligned ( gi|74944 ): AAAATCGGAAAATGTCTTATTCGTGATGTCATAATGCTATCAAATTAGGAATAACGTTCCAATTTTGTTAACGTAGTATGCCTGTTATATATTTTA
Unaligned ( gi|74945 ): GGGAAAATGTCTTATTCGTGATGTCATAATGCTATCAAATTAGGAATACATTCCAATATTGTGTTAACGTAGTATGCCTGTAATATATTTTTA
Unaligned ( gi|74941 ): ATTTAGGAAAAAGGCGGGAAAATGTCTTATTCGTGATGTCATAATGCTATCAAATTTGGAATAACGTTCCAATTTTGTTAACGTAGTATACCTGTTATATATTCTACTTTATTAAAA
Unaligned ( gi|74946 ): GGGAAAATGTCTTATTTCGTGATGTCATAATTGCTATCAATTAAGAATTAACGTTTCACATTTTTGTTAACGTAGTATGCCTGTTAT