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lowQualScore                  :          ......      .  .           .  ....   ...  ..... ....    .  .  .......    ...        ..        .   .     ...... .....  .  .        
lowQualScore                  :          555555      7  7           9  8888   999  55555 7777    2  2  1111111    111        66        5   6     111111 77777  0  1        
consensus                     : AAAGAATAA------TCTATA-TCTACATTCTGTCTTCTC---TGA---AA----NA----ATTA-TG-AC----G--GGCG---TATAATGC-TACGTTGGCGTTGCTCTTG------T-----TT-GT-ATATACTC
Reference ( gi|42299 )        : AAAGAATAA------TCTATA-TCGACATTCTGTCTGCTT---TGA---AA----GA----ATTA-TG-AC----A--GGCG---TATAATGC-CATGTTGGCATTGTTCTTG------T-----TT-GT-ATATACTC
gi|42301                      : AAAGAATAA------TCTATA-TCGACATTCTGTCTGCTT---TGA---AA----GA----ATTA-TG-AC----A--GGCG---TATAATGC-CATGTTGGCATTGTTCTTG------T-----TT-GT-ATATACTC
gi|42300                      : AAAGAATAA------TCTATA-TCGACATTCTGTCTGCTT---TGA---AA----GA----ATTA-TG-AC----A--GGCG---TATAATGC-CATGTTGGCATTGTTCTTG------T-----TT-GT-ATATACTC
gi|42302                      :    GAATAAGCCTTCTCTATA-TCTACATTCTGTCTTCTC---TGA---AA----TT----ATTA-TG-AC----G--GGTG---TATAATGC-TTTGTTGGCTTTGCGTTTG---------------GT-ATAGAC
gi|42303                      :         A------TCTACAAT--ACATTCTGTCT--TTCCATGA---AA----TA----AATA-TG-AC----G--GTCG---TATAATAC-TATGTTGGCGTTGCTTTTG------T-----
gi|42304                      :         A------TCTATA-TCTACTTTTTGTCTTCTC---TGA---AA----TA----ATTATTG-AC----ATGGGCGCCATATAATGC-TA
gi|42305                      :          ------TCTATA-TCTACATTGTGTCTTCTC---TGA---AA----TA----ATTA-TG-AC----G--GGCG---TATAATGC-TACATTGGCGTTGTTCTTG------
gi|42306                      :          ------TCTATA-TCTACATTCTGTCTTCTC---TGA---AA----TA----ACTA-TG-AC----G--GGCA---TATAATGC-CACGTTGGTGTTGTTCTT
gi|42307                      :          ------TCTATA-TCTACATTCTGTCTTCTC---TGATTAAATCCTAA----ATTA-TG-AC----C--GGCA---TATAATGC-TACGTTGGCATTGCTCTTG------TTGTAGTT-AT-ATATA
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gi|42309                      :          ------TCTATA-TCTACATCCTGTCTTCTC---TGA---AA----TA----ATTA-TG-ACAGCTA--GGTG---CATTATGC-TACAATGGCACTGCTCTTG------T-----T
gi|42310                      :          ------TTTGTA-TCTACATTCTGTGTTCTC---TGA---AT----TC----ATTA-TG-AA----G--AGCG---TATAATGC-TACGTTGGTGTTGTTC
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gi|42312                      :                 CCATA-TCTACATTCTGTCTTCTC---TGA---AA----TAATATATTA-TGAAC----A--GACG---TGTAATGC-TA
gi|42313                      :                   ACA-TCTACATTCTGT-----T---CGA---AA----CA----ATTA-TG-AC----G--GGCA---TATAATGC-TATTTTGGCGTTGCTGTTG------T-----TT-
gi|42314                      :                   ATA-TCTATATTCTGTCGTCTC---TGA---AA----TA----AATA-TG-AC----T--GGCA---TATAATGC-
gi|42315                      :                                TGT-TGCTT---TGA---AA----TA----ATTA-TG-AA----G--GGCT---TATTATGT-CATGTTGGTGTTGTT
gi|42316                      :                                      CTT---TGA---AA------------TC-T--AC----G--GGCG---TATTATGC-CACGTTGGCGTTGCTCTTG------T-----TT-G
gi|42317                      :                                               ---AA----AA----TTTA-TG----------GGCA---TATTATGC-CATGTTGGCATTGCTCTTG------T-----TT-
gi|42318                      :                                                   A----AA----ATCA-GT-AC----A--GGCG---TATTATGC-CACGTTGGCGTTGCTCTTG------T-----TT-GT-TTAT
gi|42319                      :                                                   A----AA----ATTA-TT-AT----G--GGCG---TATTATAA-CATGTTGGCATTGCTCTTG------T-----TT-GC-AT
gi|42320                      :                                                   A----AA----ATTA-GT-AC----A--GGTG---TAGTATGC-CATGTTGGCATTGCTCTTG------T-----T
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gi|42329                      :                                                                 A-TG-AC----G--GGCG---TATAATGT-TACGTTGGCGTTGCTCTTG------T-----TT-
gi|42330                      :                                                                 A-TG-AC----G--GACG---TATAATGC-TACGTTGGCGTTGCTCTTGTTCTGAT-----TT-GTAATATAC
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Alignments
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lowQualScore                  :          ......                        .   ...  ..... ....    .  .  ....     ...        .                   ...... .....  .  .        
lowQualScore                  :          666666                        4   999  99999 9999    2  1  0000     000        1                   000000 66666  8  9        
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Reference ( family-563 )      : AAAGAATAA------TCTATATCTACATTCTGTCTTCTC-TGA---AAN----A----ATTA-TG-AC----GGGCG---TATAATGC-TACGTTGGCGTTGCTCTTG------T-----TT-GT-ATATACTC
gi|42299                      : AAAGAATAA------TCTATATCGACATTCTGTCTGCTT-TGA---AAG----A----ATTA-TG-AC----AGGCG---TATAATGC-CATGTTGGCATTGTTCTTG------T-----TT-GT-ATATACTC
gi|42300                      : AAAGAATAA------TCTATATCGACATTCTGTCTGCTT-TGA---AAG----A----ATTA-TG-AC----AGGCG---TATAATGC-CATGTTGGCATTGTTCTTG------T-----TT-GT-ATATACTC
gi|42301                      : AAAGAATAA------TCTATATCGACATTCTGTCTGCTT-TGA---AAG----A----ATTA-TG-AC----AGGCG---TATAATGC-CATGTTGGCATTGTTCTTG------T-----TT-GT-ATATACTC
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gi|42310                      :          ------TTTGTATCTACATTCTGTGTTCTC-TGA---ATT----C----ATTA-TG-AA----GAGCG---TATAATGC-TACGTTGGTGTTGTTC
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gi|42328                      :                                                              A-TG-AT----GGGCG---TATAATGC-TATGTTGGCGTTGCTCTTG------T-----T
gi|42329                      :                                                              A-TG-AC----GGGCG---TATAATGT-TACGTTGGCGTTGCTCTTG------T-----TT-
gi|42330                      :                                                              A-TG-AC----GGACG---TATAATGC-TACGTTGGCGTTGCTCTTGTTCTGAT-----TT-GTAATATAC
gi|42331                      :                                                              A-TG-AC----GGGCG---TATAATGC-TACGTTGGCGTTGCTTTTG------T-----
gi|42332                      :                                                              A-TG-AC----AGGCG---TA-AAGGC-TACGTTGGCGTTGCTCTTG------T-----TT-G
gi|42333                      :                                                                  -AC----GGGCG---TATTATGC-CAAGTTGGCATTGCTCTTG------------TT-GT-A-ATACT





Alignments
lowQualScore                  :          999999                        2   333   555555555    1  1  4444     222        1                   444444 33333  3  2        
lowQualScore                  :          ......                        .   ...   .........    .  .  ....     ...        .                   ...... .....  .  .        
lowQualScore                  :          666666                        2   777   555555555    2  1  0000     000        1                   000000 66666  8  9        
consensus                     : AAAGAATAA------TCTATATCTACATTCTGTCTTCTC-TGA---AAT----A----ATTA-TG-AC----GGGCG---TATAATGC-TACGTTGGCGTTGCTCTTG------T-----TT-GT-ATATACTC
Reference ( family-563 )      : AAAGAATAA------TCTATATCTACATTCTGTCTTCTC-TGA---AAT----A----ATTA-TG-AC----GGGCG---TATAATGC-TACGTTGGCGTTGCTCTTG------T-----TT-GT-ATATACTC
gi|42299                      : AAAGAATAA------TCTATATCGACATTCTGTCTGCTT-TGA---AAG----A----ATTA-TG-AC----AGGCG---TATAATGC-CATGTTGGCATTGTTCTTG------T-----TT-GT-ATATACTC
gi|42300                      : AAAGAATAA------TCTATATCGACATTCTGTCTGCTT-TGA---AAG----A----ATTA-TG-AC----AGGCG---TATAATGC-CATGTTGGCATTGTTCTTG------T-----TT-GT-ATATACTC
gi|42301                      : AAAGAATAA------TCTATATCGACATTCTGTCTGCTT-TGA---AAG----A----ATTA-TG-AC----AGGCG---TATAATGC-CATGTTGGCATTGTTCTTG------T-----TT-GT-ATATACTC
gi|42302                      :    GAATAAGCCTTCTCTATATCTACATTCTGTCTTCTC-TGA---AAT----T----ATTA-TG-AC----GGGTG---TATAATGC-TTTGTTGGCTTTGC----G------T-----TTGGT-ATAGAC
gi|42303                      :         A------TCTACA-ATACATTCTGTCTTTCCATGA---AAT----A----AATA-TG-AC----GGTCG---TATAATAC-TATGTTGGCGTTGCTTTTG------T-----
gi|42304                      :         A------TCTATATCTACTTTTTGTCTTCTC-TGA---AAT----A----ATTATTG-ACAT--GGGCGCCATATAATGC-TA
gi|42305                      :          ------TCTATATCTACATTGTGTCTTCTC-TGA---AAT----A----ATTA-TG-AC----GGGCG---TATAATGC-TACATTGGCGTTGTTCTTG------
gi|42306                      :          ------TCTATATCTACATTCTGTCTTCTC-TGA---AAT----A----ACTA-TG-AC----GGGCA---TATAATGC-CACGTTGGTGTTGTTCTT
gi|42307                      :          ------TCTATATCTACATTCTGTCTTCTC-TGATTAAATCCTAA----ATTA-TG-AC----CGGCA---TATAATGC-TACGTTGGCATTGCTCTTG------TTGTAGTT-AT-ATATA
gi|42308                      :          ------TCTATATCTACATTCTGTCTTCAC-TGA---AAC----A----ATTA-TG-AT----TGGCG---TATAATGC-TACGTTGATGATGTTCTTG------T-----TT-
gi|42309                      :          ------TCTATATCTACATCCTGTCTTCTC-TGA---AAT----A----ATTA-TG-ACAGCTAGGTG---CATTATGC-TACAATGGCACTGCTCTTG------T-----T
gi|42310                      :          ------TTTGTATCTACATTCTGTGTTCTC-TGA---ATT----C----ATTA-TG-AA----GAGCG---TATAATGC-TACGTTGGTGTTGTTC
gi|42311                      :                 CTATATCTACATTCTTTCTTCTC-TGG---AAT----A----ATTA-TG-AT----GGACA---TATAATGC-AACATTGGCATTGCTCTTG------T-----TT--T-AT
gi|42312                      :                 CCATATCTACATTCTGTCTTCTC-TGA---AAT----AATATATTA-TGAAC----AGACG---TGTAATGC-TA
gi|42313                      :                   ACATCTACATTCTGT----TC--GA---AAC----A----ATTA-TG-AC----GGGCA---TATAATGC-TATTTTGGCGTTGCTGTTG------T-----TT-
gi|42314                      :                   ATATCTATATTCTGTCGTCTC-TGA---AAT----A----AATA-TG-AC----TGGCA---TATAATGC-
gi|42315                      :                                     CTT-TGA---AAT----A----ATTA-TG-AA----GGGCT---TATTATGT-CATGTTGGTGTTGTT
gi|42316                      :                                tgttgCTT-TGA---AAT----------CTA-----C----GGGCG---TATTATGC-CACGTTGGCGTTGCTCTTG------T-----TT-G
gi|42317                      :                                           A---AAT----------TTA-TG--------GGCA---TATTATGC-CATGTTGGCATTGCTCTTG------T-----TT-
gi|42318                      :                                                                 a-AC----AGGCG---TATTATGC-CACGTTGGCGTTGCTCTTG------T-----TT-GT-TTAT
gi|42319                      :                                         aaaatcagt----A----ATTA-TT-AT----GGGCG---TATTATAA-CATGTTGGCATTGCTCTTG------T-----TT-GC-AT
gi|42320                      :                                                aa----A----ATTA-GT-AC----AGGTG---TAGTATGC-CATGTTGGCATTGCTCTTG------T-----T
gi|42321                      :                                                            aaA-TG-AT----GGGTG---TATAATGC-TATGTTGGCATTGCTCTTG------T-----
gi|42322                      :                                             gagcc----A----ATTA-TG-AC----AGGCA---TATAATGC-TACATTTGCATTGCTCATG------T-----T
gi|42323                      :                                                              A-TG-AC----AGGCG---TATAATGC-TATGTTGGCGTTGCTCTTG------T-----TG-GT-
gi|42324                      :                                                              A-TG-AC----AGGCG---TATAATGCATATGTTGGCGTTGCTCTTG------T-----TG-GT-
gi|42325                      :                                                              A-TG-AC----AGGTG---TATAATGC-TATGTTGGCGTTGCTCTTG------T-----TT--T-ATTTA
gi|42326                      :                                                              A-TG-AC----AGGCG---AATAATGC-TACGTTGGCATTGCTCTTG------T-----TT-
gi|42327                      :                                                              A-TG-AC----AGGCG---TATATTGC-TACGTTGGCGTTGCTCTTG------T-----TTAGT-AT
gi|42328                      :                                                              A-TG-AT----GGGCG---TATAATGC-TATGTTGGCGTTGCTCTTG------T-----T
gi|42329                      :                                                              A-TG-AC----GGGCG---TATAATGT-TACGTTGGCGTTGCTCTTG------T-----TT-
gi|42330                      :                                                              A-TG-AC----GGACG---TATAATGC-TACGTTGGCGTTGCTCTTGTTCTGAT-----TT-GTAATATAC
gi|42331                      :                                                              A-TG-AC----GGGCG---TATAATGC-TACGTTGGCGTTGCTTTTG------T-----
gi|42332                      :                                                              A-TG-AC----AGGCG---TA-AAGGC-TACGTTGGCGTTGCTCTTG------T-----TT-G
gi|42333                      :                                                                  -AC----GGGCG---TATTATGC-CAAGTTGGCATTGCTCTTG------------TT-GT-A-ATACT


blockSeqs                     :          GCCTTC                        A   TTA   CCTAA        T  A  AGCT     CCA        A                   TTCTGA TGTAG  G  A
blockSeqs                     :          .                             .   .     AATAT        .  .  AT       .          .                   .      .      A  .
blockSeqs                     :          .                             .   .     A            .  .  .        .          .                   .      .      .  .
blockSeqs                     :          .                             .   .     A            .  .  .        .          .                   .      .      .  .
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blockSeqs                     :          .                             .   .     A            .  .  .        .          .                   .      .      .  .
blockSeqs                     :          .                             .   .     A            .  .  .        .          .                   .      .      .  .
blockSeqs                     :          .                             .   .     A            .  .  .        .          .                   .      .      .  .
blockSeqs                     :          .                             .   .     A            .  .  .        .          .                   .      .      .  .
blockSeqs                     :          .                             .   .     A            .  .  .        .          .                   .      .      .  .
blockSeqs                     :          .                             .   .     A            .  .  .        .          .                   .      .      .  .
blockSeqs                     :                                        .   .     C            .  .  .        .          .                   .      .      .  .
blockSeqs                     :                                        .   .     A            .  .  .        .          .                   .      .      .  .
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blockSeqs                     :                                        .   .     A            .  .  .        .          .                   .      .      .   
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blockSeqs                     :                                        .   .     A            .  .  .        .          .                   .      .      .   
blockSeqs                     :                                            .     A            .  .  .        .          .                   .      .      .   
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blockSeqCons                  : 
originalCons                  : AAAGAATAA------TCTATATCTACATTCTGTCTTCTC-TGA---AAT----A----ATTA-TG-AC----GGGCG---TATAATGC-TACGTTGGCGTTGCTCTTG------T-----TT-GT-ATATACTC
finalCons                     : AAAGAATAA------TCTATATCTACATTCTGTCTTCTC-TGA---AAT----A----ATTA-TG-AC----GGGCG---TATAATGC-TACGTTGGCGTTGCTCTTG------T-----TT-GT-ATATACTC





Alignments
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lowQualScore                  :          ......                        .   ...   .........    .  .  ....     ...        .                   ...... .....  .  .        
lowQualScore                  :          666666                        2   777   555555555    2  1  0000     000        1                   000000 66666  8  9        
consensus                     : AAAGAATAA------TCTATATCTACATTCTGTCTTCTC-TGA---AAT----A----ATTA-TG-AC----GGGCG---TATAATGC-TACGTTGGCGTTGCTCTTG------T-----TT-GT-ATATACTC
Reference ( family-563 )      : AAAGAATAA------TCTATATCTACATTCTGTCTTCTC-TGA---AAT----A----ATTA-TG-AC----GGGCG---TATAATGC-TACGTTGGCGTTGCTCTTG------T-----TT-GT-ATATACTC
gi|42299                      : AAAGAATAA------TCTATATCGACATTCTGTCTGCTT-TGA---AAG----A----ATTA-TG-AC----AGGCG---TATAATGC-CATGTTGGCATTGTTCTTG------T-----TT-GT-ATATACTC
gi|42300                      : AAAGAATAA------TCTATATCGACATTCTGTCTGCTT-TGA---AAG----A----ATTA-TG-AC----AGGCG---TATAATGC-CATGTTGGCATTGTTCTTG------T-----TT-GT-ATATACTC
gi|42301                      : AAAGAATAA------TCTATATCGACATTCTGTCTGCTT-TGA---AAG----A----ATTA-TG-AC----AGGCG---TATAATGC-CATGTTGGCATTGTTCTTG------T-----TT-GT-ATATACTC
gi|42302                      :    GAATAAGCCTTCTCTATATCTACATTCTGTCTTCTC-TGA---AAT----T----ATTA-TG-AC----GGGTG---TATAATGC-TTTGTTGGCTTTGC----G------T-----TTGGT-ATAGAC
gi|42303                      :         A------TCTACA-ATACATTCTGTCTTTCCATGA---AAT----A----AATA-TG-AC----GGTCG---TATAATAC-TATGTTGGCGTTGCTTTTG------T-----
gi|42304                      :         A------TCTATATCTACTTTTTGTCTTCTC-TGA---AAT----A----ATTATTG-ACAT--GGGCGCCATATAATGC-TA
gi|42305                      :          ------TCTATATCTACATTGTGTCTTCTC-TGA---AAT----A----ATTA-TG-AC----GGGCG---TATAATGC-TACATTGGCGTTGTTCTTG------
gi|42306                      :          ------TCTATATCTACATTCTGTCTTCTC-TGA---AAT----A----ACTA-TG-AC----GGGCA---TATAATGC-CACGTTGGTGTTGTTCTT
gi|42307                      :          ------TCTATATCTACATTCTGTCTTCTC-TGATTAAATCCTAA----ATTA-TG-AC----CGGCA---TATAATGC-TACGTTGGCATTGCTCTTG------TTGTAGTT-AT-ATATA
gi|42308                      :          ------TCTATATCTACATTCTGTCTTCAC-TGA---AAC----A----ATTA-TG-AT----TGGCG---TATAATGC-TACGTTGATGATGTTCTTG------T-----TT-
gi|42309                      :          ------TCTATATCTACATCCTGTCTTCTC-TGA---AAT----A----ATTA-TG-ACAGCTAGGTG---CATTATGC-TACAATGGCACTGCTCTTG------T-----T
gi|42310                      :          ------TTTGTATCTACATTCTGTGTTCTC-TGA---ATT----C----ATTA-TG-AA----GAGCG---TATAATGC-TACGTTGGTGTTGTTC
gi|42311                      :                 CTATATCTACATTCTTTCTTCTC-TGG---AAT----A----ATTA-TG-AT----GGACA---TATAATGC-AACATTGGCATTGCTCTTG------T-----TT--T-AT
gi|42312                      :                 CCATATCTACATTCTGTCTTCTC-TGA---AAT----AATATATTA-TGAAC----AGACG---TGTAATGC-TA
gi|42313                      :                   ACATCTACATTCTGT----TC--GA---AAC----A----ATTA-TG-AC----GGGCA---TATAATGC-TATTTTGGCGTTGCTGTTG------T-----TT-
gi|42314                      :                   ATATCTATATTCTGTCGTCTC-TGA---AAT----A----AATA-TG-AC----TGGCA---TATAATGC-
gi|42315                      :                                     CTT-TGA---AAT----A----ATTA-TG-AA----GGGCT---TATTATGT-CATGTTGGTGTTGTT
gi|42316                      :                                tgttgCTT-TGA---AAT----------CTA-----C----GGGCG---TATTATGC-CACGTTGGCGTTGCTCTTG------T-----TT-G
gi|42317                      :                                           A---AAT----------TTA-TG--------GGCA---TATTATGC-CATGTTGGCATTGCTCTTG------T-----TT-
gi|42318                      :                                                                 a-AC----AGGCG---TATTATGC-CACGTTGGCGTTGCTCTTG------T-----TT-GT-TTAT
gi|42319                      :                                         aaaatcagt----A----ATTA-TT-AT----GGGCG---TATTATAA-CATGTTGGCATTGCTCTTG------T-----TT-GC-AT
gi|42320                      :                                                aa----A----ATTA-GT-AC----AGGTG---TAGTATGC-CATGTTGGCATTGCTCTTG------T-----T
gi|42321                      :                                                            aaA-TG-AT----GGGTG---TATAATGC-TATGTTGGCATTGCTCTTG------T-----
gi|42322                      :                                             gagcc----A----ATTA-TG-AC----AGGCA---TATAATGC-TACATTTGCATTGCTCATG------T-----T
gi|42323                      :                                                              A-TG-AC----AGGCG---TATAATGC-TATGTTGGCGTTGCTCTTG------T-----TG-GT-
gi|42324                      :                                                              A-TG-AC----AGGCG---TATAATGCATATGTTGGCGTTGCTCTTG------T-----TG-GT-
gi|42325                      :                                                              A-TG-AC----AGGTG---TATAATGC-TATGTTGGCGTTGCTCTTG------T-----TT--T-ATTTA
gi|42326                      :                                                              A-TG-AC----AGGCG---AATAATGC-TACGTTGGCATTGCTCTTG------T-----TT-
gi|42327                      :                                                              A-TG-AC----AGGCG---TATATTGC-TACGTTGGCGTTGCTCTTG------T-----TTAGT-AT
gi|42328                      :                                                              A-TG-AT----GGGCG---TATAATGC-TATGTTGGCGTTGCTCTTG------T-----T
gi|42329                      :                                                              A-TG-AC----GGGCG---TATAATGT-TACGTTGGCGTTGCTCTTG------T-----TT-
gi|42330                      :                                                              A-TG-AC----GGACG---TATAATGC-TACGTTGGCGTTGCTCTTGTTCTGAT-----TT-GTAATATAC
gi|42331                      :                                                              A-TG-AC----GGGCG---TATAATGC-TACGTTGGCGTTGCTTTTG------T-----
gi|42332                      :                                                              A-TG-AC----AGGCG---TA-AAGGC-TACGTTGGCGTTGCTCTTG------T-----TT-G
gi|42333                      :                                                                  -AC----GGGCG---TATTATGC-CAAGTTGGCATTGCTCTTG------------TT-GT-A-ATACT