lowQualScore : 33 222 111 11 111111 1111111111111111111111111 11111111111111
lowQualScore : 00 22 55555 1 222 22 4444 3 3 1 22 99 11 33 33 8888 11 333 4444 11 11 2 1 5 1 1 333 1 444 00 11 33 1 11 33 111111 1 1 66666666 11 8888888888888888888888888 1 333 444444 1 1 1 33 1 2222 333333 1 1 1 11 1 1 1 444 11 55555555555555 11 3333333 2 11 888888 1 1 2 1 2 2 44 11 33 1 1 1 5 1 11 2 1 1 1
lowQualScore : .. .. ..... . ... .. .... . . . .. .. .. .. .. .... .. ... .... .. .. . . . . . ... . ... .. .. .. . .. .. ...... . . ........ .. ......................... . ... ...... . . . .. . .... ...... . . . .. . . . ... .. .............. .. ....... . .. ...... . . . . . . .. .. .. . . . . . .. . . . .
lowQualScore : 33 99 88888 5 666 00 1111 0 0 5 00 11 99 33 11 9999 77 333 4444 77 77 5 2 0 2 3 777 3 222 77 88 55 3 88 11 111111 1 3 00000000 88 1111111111111111111111111 2 999 888888 2 3 3 11 3 7777 777777 3 3 3 88 3 3 3 000 77 99999999999999 77 9999999 4 77 222222 2 2 4 2 4 4 11 77 00 2 2 2 0 2 77 5 2 3 4
consensus : ATTGT-C--AAAAGGAG-----TA-TG---T--T--T-GAG-T-G-CC--GTA--TTA--T--T--T----AGAG--CT--CT----G--T--C-T-GT-A-AA-AA--CAA-A-T-GCG-TT--AAA--TTG-AA--TTAA--A-A----TCCA-T--------A--C------------A------------T-T---GT------T-GC-A-T--G-AA----G------TAA-G-A-T--G-AG-T-A---AC--A---A--G--T----CA--G-------T-C--G------T-T-T-A-C-TG-CA--A--AA--GA-CAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-GACTC
Reference ( gi|81979 ) : ATTG--C--AAAAGGAG-----TA-TG---T--T--T-GAG-T-G-CC--GTA--TTA--T--T--T----AGAG--CT--CT----G--T--C-T-GT-A-AA-A---CAA-A-A-GCG-TT--AAA--TTG-AA--TTAA--A-A----TTCA-T--------A--C------------A------------T-T---GT------T-GC-A-T--G-AA----G------TAA-G-A-T--G-AG-T-A---AC--A---A--G--T----CA--G-------T-C--G------T-T-T-A-C-TG-CA--A--AA--GA-CAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-GACTC
gi|81980 : ATTGT-C--AAAAGGAG-----TA-TG---T--T----GAG-T-G-CC--GTA--TTA--T--T--T----AGAG--CT--CT----G--T--C-T-GT-A-AA-AAAACAA-A-T-GCGCTT--AAA--TTG-AA--TTAA--A-A----TCCA-T--------A--C------------A------------T-T---GT------T-GC-A-T--G-AA----G------TAA-G-A-T--G-AG-T-A---AC--A---A--G--T----CA--G-------T-C--G------T-T-T-A-C-TG-CA--A--AA--GACCAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-GACTC
gi|81978 : ATTGT-C--AAAAGGAG-----TA-TG---T--T--T-GAG-T-G-CC--GTA--TTT--T--T--T----AGAG--CT--CT----G--T--C-T-GT-A-AA-AA--CAA-A-T-GCA-TT--AAA--TTG-AA--TTAA--A-A----TCCA-T--------A--C------------A------------T-T---GT------T-GCAA-T--G-AA----G------TAA-G-A-T--G-AG-T-----AC--A---A--G--T----CA--G-------T-C--G------T-T-T-A-C-TG-CA--A--AA--GA-CAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-GACTC
gi|81981 : ATTGT-C--AAAAGGAG-----TA-TG---T--T--T-GAG-T-G-CC--GTA--T-A--T--T--T----AGAG--CT--CT----G--T--C-T-GTAA-AA-A---CAA-A-T-GCG-TT--AAA--TTG-AA--TTAA--A-A----TCCA-T--------A--C-------------------------T-T---GT------T-GC-A-T--G-AA----G------TAA-G-A-T--G-AG-T-A---AC--A---A--G--T----CG--G-------T-C--G------T-T-T-A-C-TG-CA--A--AG--AA-CAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-GA
gi|81983 : ATTGT-C--AAAAGGAG-----TA-TG---T--T--T-GAAAT-G-CC--GTAATTTA--T--T--T----AGAA--CT--CT----G--T--CCT-GT-A-AA-AA--CAA-A-T-GCG-TT--AAA--TTG-AA--TTAA--A-A----TCCA-T--------A--C------------A------------T-T---GT------T-AC-A-T--G-AA----G------T-A-G-A-T--G-AG-T-A---AC--A---A--G--T----CA--G-------TCC--G------T-T-TAA-C-TG-CA--A--AA--GA-CAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-GACTC
gi|81984 : ATTGT-C--AAAAGGAG-----TA-TG---T--T--T-GAG-----CC--GTA--TTA--TA-T--T----AGAG--CT--CTAGCTG--T--C-T-GTAA-AA-A---CAA-A-T-GCG-TT--AAA--TTG--A--TTAA--A-A----TCCA-T--------A--C------------A------------T-T---GT------T-GC-A-T--G-AA----G------TAA-G-A-T--G-AG-T-A---TC--A---A--G--T----CA--G-------T-C--G------T-T-T-A-C-TGCCA--A--AA--GA-CAC-G-T-GG-AA--ATCC-A-A-GACTC
gi|81986 : ATTGT-C--AAAAGGAG-----TA-TG---T--T--TTGAG-T-G-CC--GTA--TTA--T--T--T----AGAG--CT--CT----G--T----T-GT-A-AA-A---CAA-A-T-GCG-TT--AAA--TTG-AA--TTAA--A-AGA--TCCA-T--------A--C------------A------------T-T---GTAATAGTT-GC-A-T--G-AA----G------TAA-G-A-A--G-AG-T-A---AC--A---A-----T----CA--G-------TCC--G------T-T-T-A-C-TG-CA--A--AA--GA--AC-GTT-GG-AA--AT---A-A-GAC
gi|81985 : ATTGT-C--AAAAGGAG-----TA-TG---T--TGAT-GAG-T-G-CC--GTA--TTA--T--T--T----AGAG--CT--GT----G--T--CAC-TT-A-AA-A---C-A-A-T-GCG-TT--AAA--TTG-AA--TTAA--A-------TCACT--------A--C------------A------------T-T---GTG-----T-GC-A-T--A-AA----G------TAA-G-A-T--G-AG-T-A---AC--A---A--G--T----CA--G-------T-C--G--------T-T-A-C-TG-CA--A--A----G-CAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-c
gi|81987 : ATTGGTC--AAAAGGAG-----TA-TG---T--T--T-GAG-TTG-CC--GAA--TTA--T--T--T----AGAG--C---CT----G--T----T-GT----------TAA-A-A-AC---------------------AA--A-A----TCCA-T--------A--C------------A------------T-T---GT------T-GC-A-T--G-A-----G------TAA-G-A-T--G-AG-T-A---AC--A---A--G--T----CA--G-------T-C--G------T-T-T-A-C-TG-CA--A--AA--GA-CAC-G-T-GGAAA--AT-C-A-T-GACTCgacc
gi|81990 : ATTGT-C--AACAGGAG-----TA-TG---T--T--TTGAG-TTG-CC--GTA--ATA--T--T-------AGAG--CT--CT----G--T--C-T-GT-A-AA-AAACCAA-T-A-GCG-TT--AAA--TTG-AA--TTAA--A-A----TCCA-T--------A--C-------------------------T-T---GT------T-GC-A-TTGG-AA----G------TAA-G-A-T--G-AC-T-T---AC--A---A--G--T----CA--G-------T-C--G--------T-T-A-C-TG-CAC-ATTAA--GA-CCA-G-TCGG-AA--AT-C-A-A-
gi|81992 : ATTG--T--AAAAGGAG-----TA-TGGGAT--T--T-GAG-T-GGCC--GTA--TTA--T--TG-T----AAGG--CT--TT----G--T--C-T--T---AA-A---CAA-ATG-GCG-TT--AAA--TTG-AA--TTAA--A-A----TCCA-T--------A--C------------A--------------T---GT------T-GC-A-T--G-AA----A-------GA-G-A-T--G-AG-T-A---A---A---A--GT-T----CA--G-------T-CCGG------T-TGC-A-CGTG-CA--A--AG--AA-CAC-G-TGGG-AA--AT-C-A-A-GACTC
gi|81993 : ATTG--TCAAAAAGGAG-----TAATG---T--T-----AG-T-G-AC--GTA--TT------T--T----AGAATCCT--CTCG--A--T--C-T-GT-A-AA-AAC-TAA-A-T-GCG-TT--TAA--T-G-AA--TTAA--A------TCCA-T--------A--C------------A------------T-T---GT------T-GC-A-T--G-AA----G------TAA-G-A-T--G-AG-T-A---A-------A--G--T----CA--G-------T-C--G------T-T-T-A-CAGG-CA--A--AA--G--CAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-GACTC
gi|81991 : ATTGT-C--AAAAGGAG-----TA-TG---TTGT--T-GAG-T-T-GC--GTA--TTA--T--T--T----AG-G--CT--CT----GTCT--C-T-GT-A-AA-AAACCAATA-A-GCG-TT--AAA--TTG--A--TTAA--A-A----TCCA-T--------A--C-------------------------T-T---GT------T-GC-ATT--G-AA----G------TAA-G-ATT--G-AC-T-AGT-AC--A---A--G--T----CA--G-------T-C--G------G-T-T-A-T-CT-CAC-A--AA--GA-CCC-G-TCGG-AA--AT-C-A-A-
gi|81988 : ATTGT-C--AAAAGGAGG----TA-TG---T--T--T-GAG-T-G-CC--G-A--TTA--T--T--TT---AGAG--CT--CT----G--T--C-T-GT-A-AA-AA--CAA------C---------------AA--TC------------CCA-T--------A--C------------A------------T-T---GT------T-GC---T--G-AA----GCTACCATAA-G-A-T--G-AG-TTA---AC--A---A--G--T----CA--G-------T-C--GCAACCCT-T-T-A-C-TG-CA--A--AA--GA-CAC-G-T-GG-AA--AT-C-ATG-GACTC
gi|81989 : ATTGT-C--AAAAGGAG-----TA-TG---T--T--T-GAG-T-G-C---GAA--TTA--T--T--T----AGAG--CT--CT----G--T--C-T-GT-A-AA-AA--CAA-A-A----------------------TCA-----------CCA-T--------A--C------------A------------T-T---GT------T-GC---T--G-AGCCTCA------TAA-G-A-T--G-AGCT-A---AC--A---A--G--T----CA--G-------T-C--GCAACCAT-T-T-A-C--G-CA--A--AAAGGA-CAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-T-GACTC
gi|81994 : ATTGT-C--AAAATGAG-----GA-TA---T--T----GAG-T-G-AC--GTAA-TTA--T--TATT----ATAG--CG--CT----A--T--C-T-GT-A-AA-AA--CAA-T-ATGCT-TT--GAA--ATA-AA----AAC-A-A----ATCA-T--------A--CTCATTCTCTGA-A------------T-TTATGT------T-GC-A-T--G-AA----G------------A-T--G-AG-T-A---AC--ATACAT-G--TACACCA--G-------T-C--G------C-T-T-A-C-TG-CG--A--AT--TA-AAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-GGCCC
gi|81996 : ATTGT-C--AAAATGAG-----GG-TA---T--T----GAG-T-G-CC--GTAA-TTA--T--T--T----AGAG--CG--CC----G--T--C-C-GT-A-AA-AAC-TAA-A-A-----TT--AAA------AA----AA--A-ACAC-CTCA-T--------ACCC------------ATCCTCTGAACCTT-T---GT------T-GG-A-T--G---------------AA-G-A-T--G-GG-T-----AT--A---A--T--TC---CAATG-------T-C--C------T-T-T-A-T-TA-CG--A--
gi|81999 : --C--AAAAGGAG-----AT-TG---T--G--T-GAGAT-G-CC--GTA--TTA--T--T--TC---AGAG--CT--CT----G--T--C-G-GT-A-AA-AAG-CAA-A-T-GCG-TT--AAA--TTGGAA--TTAA--A-AA---TCCA-TT-------A--C------------A------------T-T---GT------TTGC-A-T--GCAA----G------TAA-G-A-T--G-AG-T-A---AC------A--G--T----CA--G-------T-C--G------T-T-T-A-C-TG-CA--A--AA--A---AC-G-T-AG-CA--AT-C-A-ACGACTCtggcgtacgtccaagttcgcttactgcaaaagacacgtggaaagatcaa
gi|82000 : tgt--C--AAAAGGAG-----TA-TG---T--T--T-GAG-T-G-CCCGATA--TTA--T--T--------AAG--CT--CT----G--T--C-T-GT-A-A
gi|81998 : t--C--AAAATGAGGGTACTA-TG-----------GAG-T-G-TC--GTAA-TTA--T--T--T----AGAA--CT--CC----G--T--C-T-GT-G-AA-A---AAA-A-A-
gi|81982 : atagtAAAGGAA-----TA-TG---T--T--T-GAG-T-G-CC--GTAA-TTA--T--T--T----AGAG--AT--CT----G--T--C-T-GT-A-AA-AA--CAA-A-T-GCT-TC--AAA--TTG-AA--TTAA--A-A----TTCA-C--------A--C------------A------------T-T---TT------T-GC-A-T--A-AA----A------TAA-G-A-T--G-GG-T-A---AC--AAC-A--G--T----CA--G-------T-C--G------T-T-T-A-C-TG-CA--A--AA--GA-CAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-
gi|81995 : atcgtAGGAG-----TA-T-------T--T-GAG-T-G-CC--GAA--TTA--T--T--TTTACAG-G--CG--CT----G--T--C-T-GA-ATAA-A---CAA-T-ATGCT-TTTGAAA--TAA-AA--ATCA--A-A----T-CA-T--------A--CTCATTTCTTGAAA------------T-TAT-GT------T-GC-A-T--G-AA----C------------A-T--G-GA-T-A---AC--ATACAT-G--TACACCA--G---------C--G------C-T-T-A-C-TG-CG--A--AT--TA-AAC-T-T-GG-AA--AT-C-A-T-GGCCC
gi|82002 : attggtcaacaatgGAA-----TA-TG---T--T--T-GAG-T-G-CC--GTAA-TTA--T--T--T----AGAG--GT--CT----G--TAAT-T-GT-A-AATA---CAA-A-T-GCT-TT--AAA--TTG-AA--TTAA--A-A----TTCA-C--------A--T------------A------------T-T---GT------T-GC-A-T--A-AA----A------TAA-G-A-T--G-GG-T-A---AC--AAC-A--G--T----CA--G-------T-C--G------T-T-T-A-C-TG-CA--A--AA--GA-CAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-
gi|81997 : AG-----TA-TG---T--T--T-GAG-T-G-TC--GTA--TTATTT--T--T----AGAG--C--------------------A-A-AA-A---CAA-A-T-GCT-TT---AA--TTG-AA--TTAA--A-T----TTCA-T--------A--C------------A------------T-T---GT------T-
gi|82003 : attgtcaa-----TA-GG---C--C--T-AAG-T-G-TC--GTA--TTA--T--T--TTT--AGAG----------------------GA-A-AC-A---CGA-A-T-GCT-TT--AAA--ATG-GACATTAA--A------TTCA-T-----------C------------A------------T-T---GT------T-G--A-T--G-AA----G------TAAAG-A-T--GCGG-T-A---AC--A---G----------CA--G-------T-C--G------T-T-T-A-C-TG-C---A--AA--GA-CAC-G-TGGG-AA--AT-C-A-A-
gi|82004 : -TG---T--T--T-GAG-T-G-CC--GTA--TTA--T--T--T----AGAG--CT--CT----G--T--C-T-GTAA-AA-A---CAA-A-T-GCG-TT--AAA--TTG-AA--TT-A--A-A----TCCA-T--------A--C------------A------------T-T---GT------T-G--A-T--G-AA----G------TAA-GAA-T--G-AG-T-A---AC--A---A--G--T----CA--G-------T-C--G------T-T-T-A-C-TG-CA--A--AA--GA-CACTG-T-GG-AA--AT-CAA-A-GACTC
gi|82005 : -TG---T--T--T-GAG-T-G-TC--GTA--TTA--T--T--TTT--AGAG--C----------------------A-AA-A---CGA-A-T-GC-----------TGG-AA--TTAA--A------TTCA-T--------A--C------------A------------T-T---GT------T-GC-A-T--G-AA----G------TAA-A-A-T--G-GG-T-A---AC--AAC-A--G--T----CA--G-------T-C--G------T-T-T-A-C-TG-CA--A--AA--GA-CAC-G-T-GG-AA--AT-C-
gi|82006 : -TG---T--T--T-TGC-T-G-TC--GTA--TTA--TATT--T----AGAG--C----------------------A-AA-A---CGA-A-T-GC------------TG-AA--TTAA--A-------TCC-T--------A--C------------A------------T-T---GT------T-GC-A-TT-G-AA----G------TAA---A-T--G-GG-T-A---AC--A---ACAG--T----CA--G-------T-C--G------T-T-TTA-T-TG-CA--A--AA--GA-CAC-G-T-GG-AA--ATAC-A-A-GA
gi|82007 : A--TTA--T--T--T----AGAG--CT--CT----A--T--C-T-GTAA-AA-A---CAA-A-T-GT--TT--AAA--TCT-AA--TTAA--A-A----TTCA-C--------A--C------------A------------T-T---GT------T-GC-A-T--A-AA----A------TAA-G-A-T--G--G-T-A---G---A---A----------CA--G-------T-C--G------T-T-T-A-C-TG-CA--A--AA--GA-CAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-
gi|82001 : gaTA--T--T--T----AGAG--CTACCT----A--T--C-TAGT-A-AA-AA--CAA-A-T-GTA-TT--AAAATTCT-AA--TTAA--A-AAAAATTCA-C--------A--C------------A------------TGT---GT------T--C-A-C--A-AA------------AA-G-A-TAAA-AG-C-ATAGAC--A---G--GA-TTA--CA--GAACAGACT-A--C------T-T-T-AGC-TGCCAACA--AA--GA-CAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-
gi|82009 : aaacggacatgttaaaggaata--T----ACAG--CG--CT----G-----C-T-GT-A-AA-AA--CAA-T-ATGCT-TT--GAA--ATA-AA--GAAA--A-A----TTCA-T--------A--C-------------------------T-C---AT------C-TC---T--G-AA----A------TT------T--G-AG-T-A---AC--AT--AC-A--C----CA--G-------T-C--G------C-T-T-A-C-TG-CG--A--AA--TA-AAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-
gi|82008 : --T----ACAG--CG--CT----G--T--C-T-GT-A-AA-AA--CAT-A-T-GC--TT--AGCCTTTG-AA--ATAA--A-G------AA-A--------A--C------------C------------T-C------------------T--G-AA----A------TT------T--G-AG-T-A---AC--AT--AC-G--C----CA--G-------T-C--G------C-T-T-A-C-TG-TG--A--AAT-GA--AC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-
gi|82010 : GAG--AT--AT----G--T--C-T-GT-A-AA-A---ACA-A-T-GCT-TT--GAA--ATG-AA--TGAATCATA----CCCA-TCCTTTGAAA--C------------T------------T-T---GT------T-GC-A-T--G-AA----G------ATG-G-A-T-----A-T-A---ACGTA---T--G--T----CA--G-------G-C--G------C-T-T-A-C-TA-CG--A--TA--GA-CAC-G-T-GG-GA--AT-C-A-A-GGCtccc
gi|82011 : -TT--AAA--TTG-AA--T--A--A-A----TTCA-T--------A--C------------A------------T-T---GT------T----A-T--G-AA----G------TAA-G-A-T--G-GG-T-A---AC--A---AAAG--T----CA--G-------T-C--GC-----T-T-T-A-C-TG-CA--A------GA-CAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-GA
gi|82012 : ------------T-T---GT------T-GC-A-T--G-AA----G------------A-T--G-AG-T-A---AC--A---T--GCAT----CA--A-------T-C--G------CCT-T-A-C-TG-CG--A--AA--TA-AAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-tc
gi|81996 : aaattC--A---A--G--T----------------T-C--G------C-T-T-A-C-TG-CA--A--AA--GA-CAC-G-T-GG-AAAGAT-C-A-A-tccc
gi|82013 : attgtcaaaatgagggtattgagtgccgtaattatttagagcgccgtccgtaaaaactaaaattaaaaaaaaacacctcatacccatcctctgaacctttgttggatgaagatgggtataattccaatgtcctttattacgatggcgtacgtc--G-------T-C--G------T-T-T-A-C-TG-CA--A--AA--GA-CAT-G-T-GG-AA--AT-C-A-
Alignments
lowQualScore : 111111111111 11111111111111
lowQualScore : 3 3333 1 55555 1 222 22 3333 2 2 1 22 88 11 33 33 8888 11 333 4444 11 11 1 1 2 44 1 3 33 1 99 11 33 1 11 3333 11 55555 1 44444444 55 666666666666 333333333333 1 444444 1 1 33 1 33333333333 1 1 1 11 1 1 1 333 11 44444444444444 11 3333333 2 11 777777 1 1 2 1 2 2 44 11 22 1 1 1 4 1 11 2 1 1 1
lowQualScore : . .... . ..... . ... .. .... . . . .. .. .. .. .. .... .. ... .... .. .. . . . .. . . .. . .. .. .. . .. .... .. ..... . ........ .. ............ ............ . ...... . . .. . ........... . . . .. . . . ... .. .............. .. ....... . .. ...... . . . . . . .. .. .. . . . . . .. . . . .
lowQualScore : 5 7777 7 66666 4 555 00 7777 9 9 4 00 88 88 22 00 6666 77 000 2222 77 77 2 2 4 22 2 8 11 3 22 77 44 2 77 9999 77 11111 2 55555555 22 222222222222 666666666666 2 777777 2 2 00 2 77777777777 2 2 2 77 2 2 2 999 77 66666666666666 66 8888888 4 66 999999 2 2 4 2 4 4 00 66 99 2 2 2 8 2 77 4 2 2 3
consensus : ATTG-TCAA----AA-GGAG-----TA-TG---T--T--T-GAG-T-G-CC--GTA--TTA--T--T--T----AGAG--CT--CT----G--T--C-T-GT-AAAAA--C-AA-AT--G-CG-TT--AAA--TT-GAA--TT----AA--A-A---TCCA-T--------A--CA------------T------------TG-T------TGC-A-T--G-AA----G------TAA-G-A-T--G-AG-T-A---AC--A--A---G--T----CA--G-------T-C--G------T-T-T-A-C-TG-CA--A--AA--GA-CAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-GACTC
Reference ( family-561 ) : ATTG-TCAA----AA-GGAG-----TA-TG---T--T--T-GAG-T-G-CC--GTA--TTA--T--T--T----AGAG--CT--CT----G--T--C-T-GT-AAAAA--C-AA-AT--G-CG-TT--AAA--TT-GAA--TT----AA--A-A---TCCA-T--------A--CA------------T------------TG-T------TGC-A-T--G-AA----G------TAA-G-A-T--G-AG-T-A---AC--A--A---G--T----CA--G-------T-C--G------T-T-T-A-C-TG-CA--A--AA--GA-CAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-GACTC
gi|81978 : ATTG-TCAA----AA-GGAG-----TA-TG---T--T--T-GAG-T-G-CC--GTA--TTT--T--T--T----AGAG--CT--CT----G--T--C-T-GT-AAAAA--C-AA-AT--G-CA-TT--AAA--TT-GAA--TT----AA--A-A---TCCA-T--------A--CA------------T------------TG-T------TGCAA-T--G-AA----G------TAA-G-A-T--G-AG-T-----AC--A--A---G--T----CA--G-------T-C--G------T-T-T-A-C-TG-CA--A--AA--GA-CAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-GACTC
gi|81979 : ATTG--CAA----AA-GGAG-----TA-TG---T--T--T-GAG-T-G-CC--GTA--TTA--T--T--T----AGAG--CT--CT----G--T--C-T-GT-AAAA---C-AA-AA--G-CG-TT--AAA--TT-GAA--TT----AA--A-A---TTCA-T--------A--CA------------T------------TG-T------TGC-A-T--G-AA----G------TAA-G-A-T--G-AG-T-A---AC--A--A---G--T----CA--G-------T-C--G------T-T-T-A-C-TG-CA--A--AA--GA-CAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-GACTC
gi|81980 : ATTG-TCAA----AA-GGAG-----TA-TG---T--T----GAG-T-G-CC--GTA--TTA--T--T--T----AGAG--CT--CT----G--T--C-T-GT-AAAAAAAC-AA-AT--G-CGCTT--AAA--TT-GAA--TT----AA--A-A---TCCA-T--------A--CA------------T------------TG-T------TGC-A-T--G-AA----G------TAA-G-A-T--G-AG-T-A---AC--A--A---G--T----CA--G-------T-C--G------T-T-T-A-C-TG-CA--A--AA--GACCAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-GACTC
gi|81981 : ATTG-TCAA----AA-GGAG-----TA-TG---T--T--T-GAG-T-G-CC--GTA--T-A--T--T--T----AGAG--CT--CT----G--T--C-T-GT-AAAAA--C-AA-AT--G-CG-TT--AAA--TT-GAA--TT----AA--A-A---TCCA-T--------A--C-------------T------------TG-T------TGC-A-T--G-AA----G------TAA-G-A-T--G-AG-T-A---AC--A--A---G--T----CG--G-------T-C--G------T-T-T-A-C-TG-CA--A--AG--AA-CAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-GA
gi|81982 : ATCG-T--A----AA-GGAA-----TA-TG---T--T--T-GAG-T-G-CC--GTAA-TTA--T--T--T----AGAG--AT--CT----G--T--C-T-GT-AAAAA--C-AA-AT--G-CT-TC--AAA--TT-GAA--TT----AA--A-A---TTCA-C--------A--CA------------T------------TT-T------TGC-A-T--A-AA----A------TAA-G-A-T--G-GG-T-A---AC--AACA---G--T----CA--G-------T-C--G------T-T-T-A-C-TG-CA--A--AA--GA-CAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-
gi|81983 : ATTG-TCAA----AA-GGAG-----TA-TG---T--T--T-GAAAT-G-CC--GTAATTTA--T--T--T----AGAA--CT--CT----G--T--CCT-GT-AAAAA--C-AA-AT--G-CG-TT--AAA--TT-GAA--TT----AA--A-A---TCCA-T--------A--CA------------T------------TG-T------TAC-A-T--G-AA----G------T-A-G-A-T--G-AG-T-A---AC--A--A---G--T----CA--G-------TCC--G------T-T-TAA-C-TG-CA--A--AA--GA-CAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-GACTC
gi|81984 : ATTG-TCAA----AA-GGAG-----TA-TG---T--T--T-GAG-----CC--GTA--TTA--TA-T--T----AGAG--CT--CTAGCTG--T--C-T-GT-AAAAA--C-AA-AT--G-CG-TT--AAA--TT-GA---TT----AA--A-A---TCCA-T--------A--CA------------T------------TG-T------TGC-A-T--G-AA----G------TAA-G-A-T--G-AG-T-A---TC--A--A---G--T----CA--G-------T-C--G------T-T-T-A-C-TGCCA--A--AA--GA-CAC-G-T-GG-AA--ATCC-A-A-GACTC
gi|81985 : ATTG-TCAA----AA-GGAG-----TA-TG---T--TGAT-GAG-T-G-CC--GTA--TTA--T--T--T----AGAG--CT--GT----G--T--C-A-CT-TAAAA--C-AA--T--G-CG-TT--AAA--TT-GAA--TT-----A--A-A---TCAC-T--------A--CA------------T------------TG-TG-----TGC-A-T--A-AA----G------TAA-G-A-T--G-AG-T-A---AC--A--A---G--T----CA--G-------T-C--G--------T-T-A-C-TG-CA--A--A----G-CAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-
gi|81986 : ATTG-TCAA----AA-GGAG-----TA-TG---T--T--TTGAG-T-G-CC--GTA--TTA--T--T--T----AGAG--CT--CT----G--T----T-GT-AAAA---C-AA-AT--G-CG-TT--AAA--TT-GAA--TT----AA--A-AGA-TCCA-T--------A--CA------------T------------TG-TAATAGTTGC-A-T--G-AA----G------TAA-G-A-A--G-AG-T-A---AC--A--A------T----CA--G-------TCC--G------T-T-T-A-C-TG-CA--A--AA--GA--AC-GTT-GG-AA--AT---A-A-GACgacc
gi|81987 : ATTGGTCAA----AA-GGAG-----TA-TG---T--T--T-GAG-TTG-CC--GAA--TTA--T--T--T----AGAG--C---CT----G--T----T-GTTAAAAA--C-AA-A-------------------------------------A---TCCA-T--------A--CA------------T------------TG-T------TGC-A-T--G-A-----G------TAA-G-A-T--G-AG-T-A---AC--A--A---G--T----CA--G-------T-C--G------T-T-T-A-C-TG-CA--A--AA--GA-CAC-G-T-GGAAA--AT-C-A-T-GACTCc
gi|81988 : ATTG-TCAA----AA-GGAGG----TA-TG---T--T--T-GAG-T-G-CC--G-A--TTA--T--T--TT---AGAG--CT--CT----G--T--C-T-GT-AAAAA--C-AA-------C---------------AA--TC---------------CCA-T--------A--CA------------T------------TG-T------TGC---T--G-AA----GCTACCATAA-G-A-T--G-AG-TTA---AC--A--A---G--T----CA--G-------T-C--GCAACCCT-T-T-A-C-TG-CA--A--AA--GA-CAC-G-T-GG-AA--AT-C-ATG-GACTC
gi|81989 : ATTG-TCAA----AA-GGAG-----TA-TG---T--T--T-GAG-T-G-C---GAA--TTA--T--T--T----AGAG--CT--CT----G--T--C-T-GT-AAAAA--C-AA-----------------------AA--TC----A----------CCA-T--------A--CA------------T------------TG-T------TGC---T--G-AGCCTCA------TAA-G-A-T--G-AGCT-A---AC--A--A---G--T----CA--G-------T-C--GCAACCAT-T-T-A-C--G-CA--A--AAAGGA-CAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-T-GACTC
gi|81990 : ATTG-TCAA----CA-GGAG-----TA-TG---T--T--TTGAG-TTG-CC--GTA--ATA--T--T-------AGAG--CT--CT----G--T--C-T-GT-AAAAAA-C-CA-ATA-G-CG-TT--AAA--TT-GAA--TT----AA--A-A---TCCA-T--------A--C-------------T------------TG-T------TGC-A-TTGG-AA----G------TAA-G-A-T--G-AC-T-T---AC--A--A---G--T----CA--G-------T-C--G--------T-T-A-C-TG-CAC-ATTAA--GA-CCA-G-TCGG-AA--AT-C-A-A-
gi|81991 : ATTG-TCAA----AA-GGAG-----TA-TG---TTGT--T-GAG-T-T-GC--GTA--TTA--T--T--T----AG-G--CT--CT----GTCT--C-T-GTAAAAAA--C-CA-ATAAG-CG-TT--AAA--TT-G-A--TT----AA--A-A---TCCA-T--------A--C-------------T------------TG-T------TGC-ATT--G-AA----G------TAA-G-ATT--G-AC-T-AGT-AC--A--A---G--T----CA--G-------T-C--G------G-T-T-A-T-CT-CAC-A--AA--GA-CCC-G-TCGG-AA--AT-C-A-A-
gi|81992 : ATTG-T-AA----AA-GGAG-----TA-TGGGAT--T--T-GAG-T-GGCC--GTA--TTA--T--TG-T----AAGG--CT--TT----G--T--C-T--T-AAA----C-AA-AT--GGCG-TT--AAA--TT-GAA--TT----AA--A-A---TCCA-T--------A--CA-------------------------TG-T------TGC-A-T--G-AA----A-------GA-G-A-T--G-AG-T-A---A---A--A---GT-T----CA--G-------T-CCGG------T-TGC-A-CGTG-CA--A--AG--AA-CAC-G-TGGG-AA--AT-C-A-A-GACTC
gi|81993 : ATTG-TCAA----AAAGGAG-----TAATG---T--T-----AG-T-G-AC--GTA--TT------T--T----AGAATCCT--CTCG--A--T--C-T-GT-AAAAA--CTAA-AT--G-CG-TT--TAA--T--GAA--TT----AA--A-----TCCA-T--------A--CA------------T------------TG-T------TGC-A-T--G-AA----G------TAA-G-A-T--G-AG-T-A-------A--A---G--T----CA--G-------T-C--G------T-T-T-A-CAGG-CA--A--AA--G--CAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-GACTC
gi|81994 : ATTG-TCAA----AA-TGAG-----GA-TA---T--T----GAG-T-G-AC--GTAA-TTA--T--TATT----ATAG--CG--CT----A--T--C-T-GT-AAAAA--C-AATAT--G-CT-TT--GAA--AT-AAA--AA----CA--A-A---T-CA-T--------ACTCA------------TTCTCTGAATTTATG-T------TGC-A-T--G---------------AA-G-A-T--G-AG-T-A---AC--AT-ACATG--TACACCA--G-------T-C--G------C-T-T-A-C-TG-CG--A--AT--TA-AAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-GGCCC
gi|81995 : ATTGGTCAACAATGA-GGAG-----TA-T-------T--T-GAG-T-G-CC--GAA--TTA--T--T--TTTACAG-G--CG--CT----G--T--C-T-GA-ATAAA--C-AATAT--G-CT-TTTGAAA--TA-AAA--AT----CA--A-A---T-CA-T--------ACTCA------------TTTCTTGAAATTATG-T------TGC-A-T--G---------------AA-C-A-T--G-GA-T-A---AC--AT-ACATG--TACACCA--G---------C--G------C-T-T-A-C-TG-CG--A--AT--TA-AAC-T-T-GG-AA--AT-C-A-T-GGCCC
gi|81996 : ATTG-TCAA----AA-TGAG-----GG-TA---T--T----GAG-T-G-CC--GTAA-TTA--T--T--T----AGAG--CG--CC----G--T--C-C-GT-AAAAA--C-------------TA--AAA--TT-AAA--AA----AA--A-ACACCTCA-T--------ACCCATCCTCTGAACCTT------------TG-T------TGG-A-T--G---------------AA-G-A-T--G-GG-T-----AT--A--A---T--TC---CAATG-------T-C--C------T-T-T-A-T-TA-CG--A--
gi|81996 : C--A--A---G--T----------------T-C--G------C-T-T-A-C-TG-CA--A--AA--GA-CAC-G-T-GG-AAAGAT-C-A-A-tggcgtacgtccaagttcgcttactgcaaaagacacgtggaaagatcaa
gi|81997 : attgtcaaaatgagggtattgagtgccgtaattatttagagcgccgtccgtaaaaactaaaattaaaaaaaaacacctcatacccatcctctgaacctttgttggatgaagatgggtataattccaatgtcctttattacgatggcgtacgtcATTG-TCAA----A-----G-----TA-TG---T--T--T-GAG-T-G-TC--GTA--TTATTT--T--T----AGAG--C----------------------AAAAA--C-AA-AT--G-CT-TT---AA--TT-GAA--TT----AA--A-T---TTCA-T--------A--CA------------T------------TG-T------T
gi|81998 : ATAG-TCAA----AA-TGAGGGTACTA-TG-----------GAG-T-G-TC--GTAA-TTA--T--T--T----AGAA--CT--CC----G--T--C-T-GT-GAAAA--A-AA-A
gi|81999 : TG-TCAA----AA-GGAG-----AT-TG---T--G--T-GAGAT-G-CC--GTA--TTA--T--T--TC---AGAG--CT--CT----G--T--C-G-GT-AAAAAG-C-AA-AT--G-CG-TT--AAA--TTGGAA--TTA---AA--A-A---TCCATT--------A--CA------------T------------TGTT------TGC-A-T--GCAA----G------TAA-G-A-T--G-AG-T-A---AC-----A---G--T----CA--G-------T-C--G------T-T-T-A-C-TG-CA--A--AA--A---AC-G-T-AG-CA--AT-C-A-ACGACTC
gi|82000 : -TCAA----AA-GGAG-----TA-TG---T--T--T-GAG-T-G-CCCGATA--TTA--T--T--------AAG--CT--CT----G--T--C-T-GT-AA
gi|82001 : TA--T--T--T----AGAG--CTACCT----A--T--C-TAGT-AAAAA--C-AA-AT--G-TA-TT--AAAATTC-TAA--TTAAAAAA--A-A---TTCA-C--------A--CA------------TG-----------TG-T------T-C-A-C--A-AA------------AA-G-A-TAAA-AG-C-ATAGAC--A--G---GA-TTA--CA--GAACAGACT-A--C------T-T-T-AGC-TGCCAACA--AA--GA-CAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-
gi|82002 : aaacggacatgttaaaggaataGAA-----TA-TG---T--T--T-GAG-T-G-CC--GTAA-TTA--T--T--T----AGAG--GT--CT----G--TAAT-T-GT-AAATA--C-AA-AT--G-CT-TT--AAA--TT-GAA--TT----AA--A-A---TTCA-C--------A--TA------------T------------TG-T------TGC-A-T--A-AA----A------TAA-G-A-T--G-GG-T-A---AC--AACA---G--T----CA--G-------T-C--G------T-T-T-A-C-TG-CA--A--AA--GA-CAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-
gi|82003 : -----TA-GG---C--C--T-AAG-T-G-TC--GTA--TTA--T--T--TTT--AGAG----------------------G--AAACA--C-GA-AT--G-CT-TT--AAA--AT-GGACATT----AA--A-----TTCA-T-----------CA------------T------------TG-T------TG--A-T--G-AA----G------TAAAG-A-T--GCGG-T-A---AC--A--G-----------CA--G-------T-C--G------T-T-T-A-C-TG-C---A--AA--GA-CAC-G-TGGG-AA--AT-C-A-A-
gi|82004 : -TG---T--T--T-GAG-T-G-CC--GTA--TTA--T--T--T----AGAG--CT--CT----G--T--C-T-GT-AAAAA--C-AA-AT--G-CG-TT--AAA--TT-GAA--TT-----A--A-A---TCCA-T--------A--CA------------T------------TG-T------TG--A-T--G-AA----G------TAA-GAA-T--G-AG-T-A---AC--A--A---G--T----CA--G-------T-C--G------T-T-T-A-C-TG-CA--A--AA--GA-CACTG-T-GG-AA--AT-CAA-A-GACTC
gi|82005 : -TG---T--T--T-GAG-T-G-TC--GTA--TTA--T--T--TTT--AGAG--C-----------------------AAAA--C-GA-AT--G-C-----------TG-GAA--TT----AA--A-----TTCA-T--------A--CA------------T------------TG-T------TGC-A-T--G-AA----G------TAA-A-A-T--G-GG-T-A---AC--A--ACA-G--T----CA--G-------T-C--G------T-T-T-A-C-TG-CA--A--AA--GA-CAC-G-T-GG-AA--AT-C-
gi|82006 : -TG---T--T--T-TGC-T-G-TC--GTA--TTA--TATT--T----AGAG--C-----------------------AAAA--C-GA-AT--G-C------------T-GAA--TT----AA--A-----TCC--T--------A--CA------------T------------TG-T------TGC-A-TT-G-AA----G------TAA---A-T--G-GG-T-A---AC--A--ACA-G--T----CA--G-------T-C--G------T-T-TTA-T-TG-CA--A--AA--GA-CAC-G-T-GG-AA--ATAC-A-A-GA
gi|82007 : A--TTA--T--T--T----AGAG--CT--CT----A--T--C-T-GT-AAAAA--C-AA-AT--G-T--TT--AAA--TC-TAA--TT----AA--A-A---TTCA-C--------A--CA------------T------------TG-T------TGC-A-T--A-AA----A------TAA-G-A-T--G--G-T-A---G---A--A-----------CA--G-------T-C--G------T-T-T-A-C-TG-CA--A--AA--GA-CAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-
gi|82008 : ga--T----ACAG--CG--CT----G--T--C-T-GT-AAAAA--C-AT-AT--G-C--TT--AGCCTTT-GAA--AT----AA--A-G-----AA-A--------A--CC------------T------------C---------------T--G-AA----A------TT------T--G-AG-T-A---AC--AT-AC--G--C----CA--G-------T-C--G------C-T-T-A-C-TG-TG--A--AAT-GA--AC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-
gi|82009 : --T----ACAG--CG--CT----G-----C-T-GT-AAAAA--C-AATAT--G-CT-TT--GAA--AT-AAA--GA----AA--A-A---TTCA-T--------A--C-------------T------------CA-T------CTC---T--G-AA----A------TT------T--G-AG-T-A---AC--AT-AC--A--C----CA--G-------T-C--G------C-T-T-A-C-TG-CG--A--AA--TA-AAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-tccc
gi|82010 : GAG--AT--AT----G--T--C-T-GT-AAAAA--C-AA--T--G-CT-TT--GAA--AT-GAA--TG----AATCATA---CCCA-TCCTTTGAAA--CT------------T------------TG-T------TGC-A-T--G-AA----G------ATG-G-A-T-----A-T-A---ACGTA--T---G--T----CA--G-------G-C--G------C-T-T-A-C-TA-CG--A--TA--GA-CAC-G-T-GG-GA--AT-C-A-A-GGC
gi|82011 : -TT--AAA--TT-GAA--T------A--A-A---TTCA-T--------A--CA------------T------------TG-T------T---A-T--G-AA----G------TAA-G-A-T--G-GG-T-A---AC--A--AAA-G--T----CA--G-------T-C--GC-----T-T-T-A-C-TG-CA--A------GA-CAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-GA
gi|82012 : ------------T------------TG-T------TGC-A-T--G-AA----G------------A-T--G-AG-T-A---AC--A--T---GCAT----CA--A-------T-C--G------CCT-T-A-C-TG-CG--A--AA--TA-AAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-tc
gi|82013 : aaatt--G-------T-C--G------T-T-T-A-C-TG-CA--A--AA--GA-CAT-G-T-GG-AA--AT-C-A-tccc
Alignments
lowQualScore : 111111111111 11111111111111
lowQualScore : 3 3333 1 55555 1 222 22 3333 2 2 1 22 88 11 33 33 8888 11 333 4444 11 11 1 1 2 44 1 3 33 1 99 11 33 1 11 3333 11 55555 1 44444444 55 666666666666 333333333333 1 444444 1 1 33 1 33333333333 1 1 1 11 1 1 1 333 11 44444444444444 11 3333333 2 11 777777 1 1 2 1 2 2 44 11 22 1 1 1 4 1 11 2 1 1 1
lowQualScore : . .... . ..... . ... .. .... . . . .. .. .. .. .. .... .. ... .... .. .. . . . .. . . .. . .. .. .. . .. .... .. ..... . ........ .. ............ ............ . ...... . . .. . ........... . . . .. . . . ... .. .............. .. ....... . .. ...... . . . . . . .. .. .. . . . . . .. . . . .
lowQualScore : 5 7777 7 66666 4 555 00 7777 9 9 4 00 88 88 22 00 6666 77 000 2222 77 77 2 2 4 22 2 8 11 3 22 77 44 2 77 9999 77 11111 2 55555555 22 222222222222 666666666666 2 777777 2 2 00 2 77777777777 2 2 2 77 2 2 2 999 77 66666666666666 66 8888888 4 66 999999 2 2 4 2 4 4 00 66 99 2 2 2 8 2 77 4 2 2 3
consensus : ATTG-TCAA----AA-GGAG-----TA-TG---T--T--T-GAG-T-G-CC--GTA--TTA--T--T--T----AGAG--CT--CT----G--T--C-T-GT-AAAAA--C-AA-AT--G-CG-TT--AAA--TT-GAA--TT----AA--A-A---TCCA-T--------A--CA------------T------------TG-T------TGC-A-T--G-AA----G------TAA-G-A-T--G-AG-T-A---AC--A--A---G--T----CA--G-------T-C--G------T-T-T-A-C-TG-CA--A--AA--GA-CAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-GACTC
Reference ( family-561 ) : ATTG-TCAA----AA-GGAG-----TA-TG---T--T--T-GAG-T-G-CC--GTA--TTA--T--T--T----AGAG--CT--CT----G--T--C-T-GT-AAAAA--C-AA-AT--G-CG-TT--AAA--TT-GAA--TT----AA--A-A---TCCA-T--------A--CA------------T------------TG-T------TGC-A-T--G-AA----G------TAA-G-A-T--G-AG-T-A---AC--A--A---G--T----CA--G-------T-C--G------T-T-T-A-C-TG-CA--A--AA--GA-CAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-GACTC
gi|81978 : ATTG-TCAA----AA-GGAG-----TA-TG---T--T--T-GAG-T-G-CC--GTA--TTT--T--T--T----AGAG--CT--CT----G--T--C-T-GT-AAAAA--C-AA-AT--G-CA-TT--AAA--TT-GAA--TT----AA--A-A---TCCA-T--------A--CA------------T------------TG-T------TGCAA-T--G-AA----G------TAA-G-A-T--G-AG-T-----AC--A--A---G--T----CA--G-------T-C--G------T-T-T-A-C-TG-CA--A--AA--GA-CAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-GACTC
gi|81979 : ATTG--CAA----AA-GGAG-----TA-TG---T--T--T-GAG-T-G-CC--GTA--TTA--T--T--T----AGAG--CT--CT----G--T--C-T-GT-AAAA---C-AA-AA--G-CG-TT--AAA--TT-GAA--TT----AA--A-A---TTCA-T--------A--CA------------T------------TG-T------TGC-A-T--G-AA----G------TAA-G-A-T--G-AG-T-A---AC--A--A---G--T----CA--G-------T-C--G------T-T-T-A-C-TG-CA--A--AA--GA-CAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-GACTC
gi|81980 : ATTG-TCAA----AA-GGAG-----TA-TG---T--T----GAG-T-G-CC--GTA--TTA--T--T--T----AGAG--CT--CT----G--T--C-T-GT-AAAAAAAC-AA-AT--G-CGCTT--AAA--TT-GAA--TT----AA--A-A---TCCA-T--------A--CA------------T------------TG-T------TGC-A-T--G-AA----G------TAA-G-A-T--G-AG-T-A---AC--A--A---G--T----CA--G-------T-C--G------T-T-T-A-C-TG-CA--A--AA--GACCAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-GACTC
gi|81981 : ATTG-TCAA----AA-GGAG-----TA-TG---T--T--T-GAG-T-G-CC--GTA--T-A--T--T--T----AGAG--CT--CT----G--T--C-T-GT-AAAAA--C-AA-AT--G-CG-TT--AAA--TT-GAA--TT----AA--A-A---TCCA-T--------A--C-------------T------------TG-T------TGC-A-T--G-AA----G------TAA-G-A-T--G-AG-T-A---AC--A--A---G--T----CG--G-------T-C--G------T-T-T-A-C-TG-CA--A--AG--AA-CAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-GA
gi|81982 : ATCG-T--A----AA-GGAA-----TA-TG---T--T--T-GAG-T-G-CC--GTAA-TTA--T--T--T----AGAG--AT--CT----G--T--C-T-GT-AAAAA--C-AA-AT--G-CT-TC--AAA--TT-GAA--TT----AA--A-A---TTCA-C--------A--CA------------T------------TT-T------TGC-A-T--A-AA----A------TAA-G-A-T--G-GG-T-A---AC--AACA---G--T----CA--G-------T-C--G------T-T-T-A-C-TG-CA--A--AA--GA-CAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-
gi|81983 : ATTG-TCAA----AA-GGAG-----TA-TG---T--T--T-GAAAT-G-CC--GTAATTTA--T--T--T----AGAA--CT--CT----G--T--CCT-GT-AAAAA--C-AA-AT--G-CG-TT--AAA--TT-GAA--TT----AA--A-A---TCCA-T--------A--CA------------T------------TG-T------TAC-A-T--G-AA----G------T-A-G-A-T--G-AG-T-A---AC--A--A---G--T----CA--G-------TCC--G------T-T-TAA-C-TG-CA--A--AA--GA-CAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-GACTC
gi|81984 : ATTG-TCAA----AA-GGAG-----TA-TG---T--T--T-GAG-----CC--GTA--TTA--TA-T--T----AGAG--CT--CTAGCTG--T--C-T-GT-AAAAA--C-AA-AT--G-CG-TT--AAA--TT-GA---TT----AA--A-A---TCCA-T--------A--CA------------T------------TG-T------TGC-A-T--G-AA----G------TAA-G-A-T--G-AG-T-A---TC--A--A---G--T----CA--G-------T-C--G------T-T-T-A-C-TGCCA--A--AA--GA-CAC-G-T-GG-AA--ATCC-A-A-GACTC
gi|81985 : ATTG-TCAA----AA-GGAG-----TA-TG---T--TGAT-GAG-T-G-CC--GTA--TTA--T--T--T----AGAG--CT--GT----G--T--C-A-CT-TAAAA--C-AA--T--G-CG-TT--AAA--TT-GAA--TT-----A--A-A---TCAC-T--------A--CA------------T------------TG-TG-----TGC-A-T--A-AA----G------TAA-G-A-T--G-AG-T-A---AC--A--A---G--T----CA--G-------T-C--G--------T-T-A-C-TG-CA--A--A----G-CAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-
gi|81986 : ATTG-TCAA----AA-GGAG-----TA-TG---T--T--TTGAG-T-G-CC--GTA--TTA--T--T--T----AGAG--CT--CT----G--T----T-GT-AAAA---C-AA-AT--G-CG-TT--AAA--TT-GAA--TT----AA--A-AGA-TCCA-T--------A--CA------------T------------TG-TAATAGTTGC-A-T--G-AA----G------TAA-G-A-A--G-AG-T-A---AC--A--A------T----CA--G-------TCC--G------T-T-T-A-C-TG-CA--A--AA--GA--AC-GTT-GG-AA--AT---A-A-GACgacc
gi|81987 : ATTGGTCAA----AA-GGAG-----TA-TG---T--T--T-GAG-TTG-CC--GAA--TTA--T--T--T----AGAG--C---CT----G--T----T-GTTAAAAA--C-AA-A-------------------------------------A---TCCA-T--------A--CA------------T------------TG-T------TGC-A-T--G-A-----G------TAA-G-A-T--G-AG-T-A---AC--A--A---G--T----CA--G-------T-C--G------T-T-T-A-C-TG-CA--A--AA--GA-CAC-G-T-GGAAA--AT-C-A-T-GACTCc
gi|81988 : ATTG-TCAA----AA-GGAGG----TA-TG---T--T--T-GAG-T-G-CC--G-A--TTA--T--T--TT---AGAG--CT--CT----G--T--C-T-GT-AAAAA--C-AA-------C---------------AA--TC---------------CCA-T--------A--CA------------T------------TG-T------TGC---T--G-AA----GCTACCATAA-G-A-T--G-AG-TTA---AC--A--A---G--T----CA--G-------T-C--GCAACCCT-T-T-A-C-TG-CA--A--AA--GA-CAC-G-T-GG-AA--AT-C-ATG-GACTC
gi|81989 : ATTG-TCAA----AA-GGAG-----TA-TG---T--T--T-GAG-T-G-C---GAA--TTA--T--T--T----AGAG--CT--CT----G--T--C-T-GT-AAAAA--C-AA-----------------------AA--TC----A----------CCA-T--------A--CA------------T------------TG-T------TGC---T--G-AGCCTCA------TAA-G-A-T--G-AGCT-A---AC--A--A---G--T----CA--G-------T-C--GCAACCAT-T-T-A-C--G-CA--A--AAAGGA-CAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-T-GACTC
gi|81990 : ATTG-TCAA----CA-GGAG-----TA-TG---T--T--TTGAG-TTG-CC--GTA--ATA--T--T-------AGAG--CT--CT----G--T--C-T-GT-AAAAAA-C-CA-ATA-G-CG-TT--AAA--TT-GAA--TT----AA--A-A---TCCA-T--------A--C-------------T------------TG-T------TGC-A-TTGG-AA----G------TAA-G-A-T--G-AC-T-T---AC--A--A---G--T----CA--G-------T-C--G--------T-T-A-C-TG-CAC-ATTAA--GA-CCA-G-TCGG-AA--AT-C-A-A-
gi|81991 : ATTG-TCAA----AA-GGAG-----TA-TG---TTGT--T-GAG-T-T-GC--GTA--TTA--T--T--T----AG-G--CT--CT----GTCT--C-T-GTAAAAAA--C-CA-ATAAG-CG-TT--AAA--TT-G-A--TT----AA--A-A---TCCA-T--------A--C-------------T------------TG-T------TGC-ATT--G-AA----G------TAA-G-ATT--G-AC-T-AGT-AC--A--A---G--T----CA--G-------T-C--G------G-T-T-A-T-CT-CAC-A--AA--GA-CCC-G-TCGG-AA--AT-C-A-A-
gi|81992 : ATTG-T-AA----AA-GGAG-----TA-TGGGAT--T--T-GAG-T-GGCC--GTA--TTA--T--TG-T----AAGG--CT--TT----G--T--C-T--T-AAA----C-AA-AT--GGCG-TT--AAA--TT-GAA--TT----AA--A-A---TCCA-T--------A--CA-------------------------TG-T------TGC-A-T--G-AA----A-------GA-G-A-T--G-AG-T-A---A---A--A---GT-T----CA--G-------T-CCGG------T-TGC-A-CGTG-CA--A--AG--AA-CAC-G-TGGG-AA--AT-C-A-A-GACTC
gi|81993 : ATTG-TCAA----AAAGGAG-----TAATG---T--T-----AG-T-G-AC--GTA--TT------T--T----AGAATCCT--CTCG--A--T--C-T-GT-AAAAA--CTAA-AT--G-CG-TT--TAA--T--GAA--TT----AA--A-----TCCA-T--------A--CA------------T------------TG-T------TGC-A-T--G-AA----G------TAA-G-A-T--G-AG-T-A-------A--A---G--T----CA--G-------T-C--G------T-T-T-A-CAGG-CA--A--AA--G--CAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-GACTC
gi|81994 : ATTG-TCAA----AA-TGAG-----GA-TA---T--T----GAG-T-G-AC--GTAA-TTA--T--TATT----ATAG--CG--CT----A--T--C-T-GT-AAAAA--C-AATAT--G-CT-TT--GAA--AT-AAA--AA----CA--A-A---T-CA-T--------ACTCA------------TTCTCTGAATTTATG-T------TGC-A-T--G---------------AA-G-A-T--G-AG-T-A---AC--AT-ACATG--TACACCA--G-------T-C--G------C-T-T-A-C-TG-CG--A--AT--TA-AAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-GGCCC
gi|81995 : ATTGGTCAACAATGA-GGAG-----TA-T-------T--T-GAG-T-G-CC--GAA--TTA--T--T--TTTACAG-G--CG--CT----G--T--C-T-GA-ATAAA--C-AATAT--G-CT-TTTGAAA--TA-AAA--AT----CA--A-A---T-CA-T--------ACTCA------------TTTCTTGAAATTATG-T------TGC-A-T--G---------------AA-C-A-T--G-GA-T-A---AC--AT-ACATG--TACACCA--G---------C--G------C-T-T-A-C-TG-CG--A--AT--TA-AAC-T-T-GG-AA--AT-C-A-T-GGCCC
gi|81996 : ATTG-TCAA----AA-TGAG-----GG-TA---T--T----GAG-T-G-CC--GTAA-TTA--T--T--T----AGAG--CG--CC----G--T--C-C-GT-AAAAA--C-------------TA--AAA--TT-AAA--AA----AA--A-ACACCTCA-T--------ACCCATCCTCTGAACCTT------------TG-T------TGG-A-T--G---------------AA-G-A-T--G-GG-T-----AT--A--A---T--TC---CAATG-------T-C--C------T-T-T-A-T-TA-CG--A--
gi|81996 : C--A--A---G--T----------------T-C--G------C-T-T-A-C-TG-CA--A--AA--GA-CAC-G-T-GG-AAAGAT-C-A-A-tggcgtacgtccaagttcgcttactgcaaaagacacgtggaaagatcaa
gi|81997 : attgtcaaaatgagggtattgagtgccgtaattatttagagcgccgtccgtaaaaactaaaattaaaaaaaaacacctcatacccatcctctgaacctttgttggatgaagatgggtataattccaatgtcctttattacgatggcgtacgtcATTG-TCAA----A-----G-----TA-TG---T--T--T-GAG-T-G-TC--GTA--TTATTT--T--T----AGAG--C----------------------AAAAA--C-AA-AT--G-CT-TT---AA--TT-GAA--TT----AA--A-T---TTCA-T--------A--CA------------T------------TG-T------T
gi|81998 : ATAG-TCAA----AA-TGAGGGTACTA-TG-----------GAG-T-G-TC--GTAA-TTA--T--T--T----AGAA--CT--CC----G--T--C-T-GT-GAAAA--A-AA-A
gi|81999 : TG-TCAA----AA-GGAG-----AT-TG---T--G--T-GAGAT-G-CC--GTA--TTA--T--T--TC---AGAG--CT--CT----G--T--C-G-GT-AAAAAG-C-AA-AT--G-CG-TT--AAA--TTGGAA--TTA---AA--A-A---TCCATT--------A--CA------------T------------TGTT------TGC-A-T--GCAA----G------TAA-G-A-T--G-AG-T-A---AC-----A---G--T----CA--G-------T-C--G------T-T-T-A-C-TG-CA--A--AA--A---AC-G-T-AG-CA--AT-C-A-ACGACTC
gi|82000 : -TCAA----AA-GGAG-----TA-TG---T--T--T-GAG-T-G-CCCGATA--TTA--T--T--------AAG--CT--CT----G--T--C-T-GT-AA
gi|82001 : TA--T--T--T----AGAG--CTACCT----A--T--C-TAGT-AAAAA--C-AA-AT--G-TA-TT--AAAATTC-TAA--TTAAAAAA--A-A---TTCA-C--------A--CA------------TG-----------TG-T------T-C-A-C--A-AA------------AA-G-A-TAAA-AG-C-ATAGAC--A--G---GA-TTA--CA--GAACAGACT-A--C------T-T-T-AGC-TGCCAACA--AA--GA-CAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-
gi|82002 : aaacggacatgttaaaggaataGAA-----TA-TG---T--T--T-GAG-T-G-CC--GTAA-TTA--T--T--T----AGAG--GT--CT----G--TAAT-T-GT-AAATA--C-AA-AT--G-CT-TT--AAA--TT-GAA--TT----AA--A-A---TTCA-C--------A--TA------------T------------TG-T------TGC-A-T--A-AA----A------TAA-G-A-T--G-GG-T-A---AC--AACA---G--T----CA--G-------T-C--G------T-T-T-A-C-TG-CA--A--AA--GA-CAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-
gi|82003 : -----TA-GG---C--C--T-AAG-T-G-TC--GTA--TTA--T--T--TTT--AGAG----------------------G--AAACA--C-GA-AT--G-CT-TT--AAA--AT-GGACATT----AA--A-----TTCA-T-----------CA------------T------------TG-T------TG--A-T--G-AA----G------TAAAG-A-T--GCGG-T-A---AC--A--G-----------CA--G-------T-C--G------T-T-T-A-C-TG-C---A--AA--GA-CAC-G-TGGG-AA--AT-C-A-A-
gi|82004 : -TG---T--T--T-GAG-T-G-CC--GTA--TTA--T--T--T----AGAG--CT--CT----G--T--C-T-GT-AAAAA--C-AA-AT--G-CG-TT--AAA--TT-GAA--TT-----A--A-A---TCCA-T--------A--CA------------T------------TG-T------TG--A-T--G-AA----G------TAA-GAA-T--G-AG-T-A---AC--A--A---G--T----CA--G-------T-C--G------T-T-T-A-C-TG-CA--A--AA--GA-CACTG-T-GG-AA--AT-CAA-A-GACTC
gi|82005 : -TG---T--T--T-GAG-T-G-TC--GTA--TTA--T--T--TTT--AGAG--C-----------------------AAAA--C-GA-AT--G-C-----------TG-GAA--TT----AA--A-----TTCA-T--------A--CA------------T------------TG-T------TGC-A-T--G-AA----G------TAA-A-A-T--G-GG-T-A---AC--A--ACA-G--T----CA--G-------T-C--G------T-T-T-A-C-TG-CA--A--AA--GA-CAC-G-T-GG-AA--AT-C-
gi|82006 : -TG---T--T--T-TGC-T-G-TC--GTA--TTA--TATT--T----AGAG--C-----------------------AAAA--C-GA-AT--G-C------------T-GAA--TT----AA--A-----TCC--T--------A--CA------------T------------TG-T------TGC-A-TT-G-AA----G------TAA---A-T--G-GG-T-A---AC--A--ACA-G--T----CA--G-------T-C--G------T-T-TTA-T-TG-CA--A--AA--GA-CAC-G-T-GG-AA--ATAC-A-A-GA
gi|82007 : A--TTA--T--T--T----AGAG--CT--CT----A--T--C-T-GT-AAAAA--C-AA-AT--G-T--TT--AAA--TC-TAA--TT----AA--A-A---TTCA-C--------A--CA------------T------------TG-T------TGC-A-T--A-AA----A------TAA-G-A-T--G--G-T-A---G---A--A-----------CA--G-------T-C--G------T-T-T-A-C-TG-CA--A--AA--GA-CAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-
gi|82008 : ga--T----ACAG--CG--CT----G--T--C-T-GT-AAAAA--C-AT-AT--G-C--TT--AGCCTTT-GAA--AT----AA--A-G-----AA-A--------A--CC------------T------------C---------------T--G-AA----A------TT------T--G-AG-T-A---AC--AT-AC--G--C----CA--G-------T-C--G------C-T-T-A-C-TG-TG--A--AAT-GA--AC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-
gi|82009 : --T----ACAG--CG--CT----G-----C-T-GT-AAAAA--C-AATAT--G-CT-TT--GAA--AT-AAA--GA----AA--A-A---TTCA-T--------A--C-------------T------------CA-T------CTC---T--G-AA----A------TT------T--G-AG-T-A---AC--AT-AC--A--C----CA--G-------T-C--G------C-T-T-A-C-TG-CG--A--AA--TA-AAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-tccc
gi|82010 : GAG--AT--AT----G--T--C-T-GT-AAAAA--C-AA--T--G-CT-TT--GAA--AT-GAA--TG----AATCATA---CCCA-TCCTTTGAAA--CT------------T------------TG-T------TGC-A-T--G-AA----G------ATG-G-A-T-----A-T-A---ACGTA--T---G--T----CA--G-------G-C--G------C-T-T-A-C-TA-CG--A--TA--GA-CAC-G-T-GG-GA--AT-C-A-A-GGC
gi|82011 : -TT--AAA--TT-GAA--T------A--A-A---TTCA-T--------A--CA------------T------------TG-T------T---A-T--G-AA----G------TAA-G-A-T--G-GG-T-A---AC--A--AAA-G--T----CA--G-------T-C--GC-----T-T-T-A-C-TG-CA--A------GA-CAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-GA
gi|82012 : ------------T------------TG-T------TGC-A-T--G-AA----G------------A-T--G-AG-T-A---AC--A--T---GCAT----CA--A-------T-C--G------CCT-T-A-C-TG-CG--A--AA--TA-AAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-tc
gi|82013 : aaatt--G-------T-C--G------T-T-T-A-C-TG-CA--A--AA--GA-CAT-G-T-GG-AA--AT-C-A-tccc
blockSeqs : G CAAT A GGTAC A GGA TG GAT A T G CG AT TT AT AT TTAC TC TAC AGCT TC AA C A T AA T T AA G GC TG AT G CA AAAA TC ACAC T CCTTTGAA CT TCCTCTGAACCT TCTCTGAATTTA T AATAGT . T TG C GCTACCA A A T AA C C T TAG GT TACATGTACAC AT AACAGAC C CG CAACCC C G A G G C AC TT AG C T T C A AG C A T C
blockSeqs : G . . G . . . TT A T . . A . A G TT . T CG . . . . A A . T A . G . CT . . A . AGA . . CT . TTCTTGAAATTA . G . . T . CCTCA . . . . . . . GT . TACATGTACAC . . C . CAACCA . . T . A C C . T . . . C . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . TT . . . . A . . . TT . T . . . . . . G . T . . G . . . . . . TA . . CC . G . . . . . . G . . . . . . . . . GGATTA . . . . C . . . . . . C . . . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . A . . . T . T . . . . . . . . . . . T . . . . . . A . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . ACAGT . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . A . . . C . T . . . . . . . . . . . G . . . . . . A . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . ACAGT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . A . . . . . T . . . . . . . . . . . G . . . . . . A . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . ACAGT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . G . . . . . . A . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . ACAGT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . G . . . . . . A . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . TACGC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . G . . . . . . A . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . TACAC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . G . . . . . . A . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . AAAGT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . G . . . . . . A . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . TGCAT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . G . . . . . . A . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . AGTT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . T . . . . . . A . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . ATTC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . T . . . . . . A . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . AGT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . T . . . . . . A . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . AGT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . G . . . . . . A . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . AGT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . A . . . . . . T . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . AGT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . T . . . . . . A . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . AGT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . T . . . . . . A . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . AGT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . G . . . . . . A . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . AGT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . T . . . . . . A . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . AGT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . T . . . . . . A . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . AGT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . AGT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . AGT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . AGT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . AGT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . AGT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AGT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TGT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : ATTG-TCAA----AA-GGAG-----TA-TG---T--T--T-GAG-T-G-CC--GTA--TTA--T--T--T----AGAG--CT--CT----G--T--C-T-GT-AAAAA--C-AA-AT--G-CG-TT--AAA--TT-GAA--TT----AA--A-A---TCCA-T--------A--CA------------T------------TG-T------TGC-A-T--G-AA----G------TAA-G-A-T--G-AG-T-A---AC--A--A---G--T----CA--G-------T-C--G------T-T-T-A-C-TG-CA--A--AA--GA-CAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-GACTC
finalCons : ATTG-TCAA----AA-GGAG-----TA-TG---T--T--T-GAG-T-G-CC--GTA--TTA--T--T--T----AGAG--CT--CT----G--T--C-T-GT-AAAAA--C-AA-AT--G-CG-TT--AAA--TT-GAA--TT----AA--A-A---TCCA-T--------A--CA------------T------------TG-T------TGC-A-T--G-AA----G------TAA-G-A-T--G-AG-T-A---AC--A--A---G--T----CA--G-------T-C--G------T-T-T-A-C-TG-CA--A--AA--GA-CAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-GACTC
Alignments
lowQualScore : 111111111111 11111111111111
lowQualScore : 3 3333 1 55555 1 222 22 3333 2 2 1 22 88 11 33 33 8888 11 333 4444 11 11 1 1 2 44 1 3 33 1 99 11 33 1 11 3333 11 55555 1 44444444 55 666666666666 333333333333 1 444444 1 1 33 1 33333333333 1 1 1 11 1 1 1 333 11 44444444444444 11 3333333 2 11 777777 1 1 2 1 2 2 44 11 22 1 1 1 4 1 11 2 1 1 1
lowQualScore : . .... . ..... . ... .. .... . . . .. .. .. .. .. .... .. ... .... .. .. . . . .. . . .. . .. .. .. . .. .... .. ..... . ........ .. ............ ............ . ...... . . .. . ........... . . . .. . . . ... .. .............. .. ....... . .. ...... . . . . . . .. .. .. . . . . . .. . . . .
lowQualScore : 5 7777 7 66666 4 555 00 7777 9 9 4 00 88 88 22 00 6666 77 000 2222 77 77 2 2 4 22 2 8 11 3 22 77 44 2 77 9999 77 11111 2 55555555 22 222222222222 666666666666 2 777777 2 2 00 2 77777777777 2 2 2 77 2 2 2 999 77 66666666666666 66 8888888 4 66 999999 2 2 4 2 4 4 00 66 99 2 2 2 8 2 77 4 2 2 3
consensus : ATTG-TCAA----AA-GGAG-----TA-TG---T--T--T-GAG-T-G-CC--GTA--TTA--T--T--T----AGAG--CT--CT----G--T--C-T-GT-AAAAA--C-AA-AT--G-CG-TT--AAA--TT-GAA--TT----AA--A-A---TCCA-T--------A--CA------------T------------TG-T------TGC-A-T--G-AA----G------TAA-G-A-T--G-AG-T-A---AC--A--A---G--T----CA--G-------T-C--G------T-T-T-A-C-TG-CA--A--AA--GA-CAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-GACTC
Reference ( family-561 ) : ATTG-TCAA----AA-GGAG-----TA-TG---T--T--T-GAG-T-G-CC--GTA--TTA--T--T--T----AGAG--CT--CT----G--T--C-T-GT-AAAAA--C-AA-AT--G-CG-TT--AAA--TT-GAA--TT----AA--A-A---TCCA-T--------A--CA------------T------------TG-T------TGC-A-T--G-AA----G------TAA-G-A-T--G-AG-T-A---AC--A--A---G--T----CA--G-------T-C--G------T-T-T-A-C-TG-CA--A--AA--GA-CAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-GACTC
gi|81978 : ATTG-TCAA----AA-GGAG-----TA-TG---T--T--T-GAG-T-G-CC--GTA--TTT--T--T--T----AGAG--CT--CT----G--T--C-T-GT-AAAAA--C-AA-AT--G-CA-TT--AAA--TT-GAA--TT----AA--A-A---TCCA-T--------A--CA------------T------------TG-T------TGCAA-T--G-AA----G------TAA-G-A-T--G-AG-T-----AC--A--A---G--T----CA--G-------T-C--G------T-T-T-A-C-TG-CA--A--AA--GA-CAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-GACTC
gi|81979 : ATTG--CAA----AA-GGAG-----TA-TG---T--T--T-GAG-T-G-CC--GTA--TTA--T--T--T----AGAG--CT--CT----G--T--C-T-GT-AAAA---C-AA-AA--G-CG-TT--AAA--TT-GAA--TT----AA--A-A---TTCA-T--------A--CA------------T------------TG-T------TGC-A-T--G-AA----G------TAA-G-A-T--G-AG-T-A---AC--A--A---G--T----CA--G-------T-C--G------T-T-T-A-C-TG-CA--A--AA--GA-CAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-GACTC
gi|81980 : ATTG-TCAA----AA-GGAG-----TA-TG---T--T----GAG-T-G-CC--GTA--TTA--T--T--T----AGAG--CT--CT----G--T--C-T-GT-AAAAAAAC-AA-AT--G-CGCTT--AAA--TT-GAA--TT----AA--A-A---TCCA-T--------A--CA------------T------------TG-T------TGC-A-T--G-AA----G------TAA-G-A-T--G-AG-T-A---AC--A--A---G--T----CA--G-------T-C--G------T-T-T-A-C-TG-CA--A--AA--GACCAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-GACTC
gi|81981 : ATTG-TCAA----AA-GGAG-----TA-TG---T--T--T-GAG-T-G-CC--GTA--T-A--T--T--T----AGAG--CT--CT----G--T--C-T-GT-AAAAA--C-AA-AT--G-CG-TT--AAA--TT-GAA--TT----AA--A-A---TCCA-T--------A--C-------------T------------TG-T------TGC-A-T--G-AA----G------TAA-G-A-T--G-AG-T-A---AC--A--A---G--T----CG--G-------T-C--G------T-T-T-A-C-TG-CA--A--AG--AA-CAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-GA
gi|81982 : ATCG-T--A----AA-GGAA-----TA-TG---T--T--T-GAG-T-G-CC--GTAA-TTA--T--T--T----AGAG--AT--CT----G--T--C-T-GT-AAAAA--C-AA-AT--G-CT-TC--AAA--TT-GAA--TT----AA--A-A---TTCA-C--------A--CA------------T------------TT-T------TGC-A-T--A-AA----A------TAA-G-A-T--G-GG-T-A---AC--AACA---G--T----CA--G-------T-C--G------T-T-T-A-C-TG-CA--A--AA--GA-CAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-
gi|81983 : ATTG-TCAA----AA-GGAG-----TA-TG---T--T--T-GAAAT-G-CC--GTAATTTA--T--T--T----AGAA--CT--CT----G--T--CCT-GT-AAAAA--C-AA-AT--G-CG-TT--AAA--TT-GAA--TT----AA--A-A---TCCA-T--------A--CA------------T------------TG-T------TAC-A-T--G-AA----G------T-A-G-A-T--G-AG-T-A---AC--A--A---G--T----CA--G-------TCC--G------T-T-TAA-C-TG-CA--A--AA--GA-CAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-GACTC
gi|81984 : ATTG-TCAA----AA-GGAG-----TA-TG---T--T--T-GAG-----CC--GTA--TTA--TA-T--T----AGAG--CT--CTAGCTG--T--C-T-GT-AAAAA--C-AA-AT--G-CG-TT--AAA--TT-GA---TT----AA--A-A---TCCA-T--------A--CA------------T------------TG-T------TGC-A-T--G-AA----G------TAA-G-A-T--G-AG-T-A---TC--A--A---G--T----CA--G-------T-C--G------T-T-T-A-C-TGCCA--A--AA--GA-CAC-G-T-GG-AA--ATCC-A-A-GACTC
gi|81985 : ATTG-TCAA----AA-GGAG-----TA-TG---T--TGAT-GAG-T-G-CC--GTA--TTA--T--T--T----AGAG--CT--GT----G--T--C-A-CT-TAAAA--C-AA--T--G-CG-TT--AAA--TT-GAA--TT-----A--A-A---TCAC-T--------A--CA------------T------------TG-TG-----TGC-A-T--A-AA----G------TAA-G-A-T--G-AG-T-A---AC--A--A---G--T----CA--G-------T-C--G--------T-T-A-C-TG-CA--A--A----G-CAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-
gi|81986 : ATTG-TCAA----AA-GGAG-----TA-TG---T--T--TTGAG-T-G-CC--GTA--TTA--T--T--T----AGAG--CT--CT----G--T----T-GT-AAAA---C-AA-AT--G-CG-TT--AAA--TT-GAA--TT----AA--A-AGA-TCCA-T--------A--CA------------T------------TG-TAATAGTTGC-A-T--G-AA----G------TAA-G-A-A--G-AG-T-A---AC--A--A------T----CA--G-------TCC--G------T-T-T-A-C-TG-CA--A--AA--GA--AC-GTT-GG-AA--AT---A-A-GACgacc
gi|81987 : ATTGGTCAA----AA-GGAG-----TA-TG---T--T--T-GAG-TTG-CC--GAA--TTA--T--T--T----AGAG--C---CT----G--T----T-GTTAAAAA--C-AA-A-------------------------------------A---TCCA-T--------A--CA------------T------------TG-T------TGC-A-T--G-A-----G------TAA-G-A-T--G-AG-T-A---AC--A--A---G--T----CA--G-------T-C--G------T-T-T-A-C-TG-CA--A--AA--GA-CAC-G-T-GGAAA--AT-C-A-T-GACTCc
gi|81988 : ATTG-TCAA----AA-GGAGG----TA-TG---T--T--T-GAG-T-G-CC--G-A--TTA--T--T--TT---AGAG--CT--CT----G--T--C-T-GT-AAAAA--C-AA-------C---------------AA--TC---------------CCA-T--------A--CA------------T------------TG-T------TGC---T--G-AA----GCTACCATAA-G-A-T--G-AG-TTA---AC--A--A---G--T----CA--G-------T-C--GCAACCCT-T-T-A-C-TG-CA--A--AA--GA-CAC-G-T-GG-AA--AT-C-ATG-GACTC
gi|81989 : ATTG-TCAA----AA-GGAG-----TA-TG---T--T--T-GAG-T-G-C---GAA--TTA--T--T--T----AGAG--CT--CT----G--T--C-T-GT-AAAAA--C-AA-----------------------AA--TC----A----------CCA-T--------A--CA------------T------------TG-T------TGC---T--G-AGCCTCA------TAA-G-A-T--G-AGCT-A---AC--A--A---G--T----CA--G-------T-C--GCAACCAT-T-T-A-C--G-CA--A--AAAGGA-CAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-T-GACTC
gi|81990 : ATTG-TCAA----CA-GGAG-----TA-TG---T--T--TTGAG-TTG-CC--GTA--ATA--T--T-------AGAG--CT--CT----G--T--C-T-GT-AAAAAA-C-CA-ATA-G-CG-TT--AAA--TT-GAA--TT----AA--A-A---TCCA-T--------A--C-------------T------------TG-T------TGC-A-TTGG-AA----G------TAA-G-A-T--G-AC-T-T---AC--A--A---G--T----CA--G-------T-C--G--------T-T-A-C-TG-CAC-ATTAA--GA-CCA-G-TCGG-AA--AT-C-A-A-
gi|81991 : ATTG-TCAA----AA-GGAG-----TA-TG---TTGT--T-GAG-T-T-GC--GTA--TTA--T--T--T----AG-G--CT--CT----GTCT--C-T-GTAAAAAA--C-CA-ATAAG-CG-TT--AAA--TT-G-A--TT----AA--A-A---TCCA-T--------A--C-------------T------------TG-T------TGC-ATT--G-AA----G------TAA-G-ATT--G-AC-T-AGT-AC--A--A---G--T----CA--G-------T-C--G------G-T-T-A-T-CT-CAC-A--AA--GA-CCC-G-TCGG-AA--AT-C-A-A-
gi|81992 : ATTG-T-AA----AA-GGAG-----TA-TGGGAT--T--T-GAG-T-GGCC--GTA--TTA--T--TG-T----AAGG--CT--TT----G--T--C-T--T-AAA----C-AA-AT--GGCG-TT--AAA--TT-GAA--TT----AA--A-A---TCCA-T--------A--CA-------------------------TG-T------TGC-A-T--G-AA----A-------GA-G-A-T--G-AG-T-A---A---A--A---GT-T----CA--G-------T-CCGG------T-TGC-A-CGTG-CA--A--AG--AA-CAC-G-TGGG-AA--AT-C-A-A-GACTC
gi|81993 : ATTG-TCAA----AAAGGAG-----TAATG---T--T-----AG-T-G-AC--GTA--TT------T--T----AGAATCCT--CTCG--A--T--C-T-GT-AAAAA--CTAA-AT--G-CG-TT--TAA--T--GAA--TT----AA--A-----TCCA-T--------A--CA------------T------------TG-T------TGC-A-T--G-AA----G------TAA-G-A-T--G-AG-T-A-------A--A---G--T----CA--G-------T-C--G------T-T-T-A-CAGG-CA--A--AA--G--CAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-GACTC
gi|81994 : ATTG-TCAA----AA-TGAG-----GA-TA---T--T----GAG-T-G-AC--GTAA-TTA--T--TATT----ATAG--CG--CT----A--T--C-T-GT-AAAAA--C-AATAT--G-CT-TT--GAA--AT-AAA--AA----CA--A-A---T-CA-T--------ACTCA------------TTCTCTGAATTTATG-T------TGC-A-T--G---------------AA-G-A-T--G-AG-T-A---AC--AT-ACATG--TACACCA--G-------T-C--G------C-T-T-A-C-TG-CG--A--AT--TA-AAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-GGCCC
gi|81995 : ATTGGTCAACAATGA-GGAG-----TA-T-------T--T-GAG-T-G-CC--GAA--TTA--T--T--TTTACAG-G--CG--CT----G--T--C-T-GA-ATAAA--C-AATAT--G-CT-TTTGAAA--TA-AAA--AT----CA--A-A---T-CA-T--------ACTCA------------TTTCTTGAAATTATG-T------TGC-A-T--G---------------AA-C-A-T--G-GA-T-A---AC--AT-ACATG--TACACCA--G---------C--G------C-T-T-A-C-TG-CG--A--AT--TA-AAC-T-T-GG-AA--AT-C-A-T-GGCCC
gi|81996 : ATTG-TCAA----AA-TGAG-----GG-TA---T--T----GAG-T-G-CC--GTAA-TTA--T--T--T----AGAG--CG--CC----G--T--C-C-GT-AAAAA--C-------------TA--AAA--TT-AAA--AA----AA--A-ACACCTCA-T--------ACCCATCCTCTGAACCTT------------TG-T------TGG-A-T--G---------------AA-G-A-T--G-GG-T-----AT--A--A---T--TC---CAATG-------T-C--C------T-T-T-A-T-TA-CG--A--
gi|81996 : C--A--A---G--T----------------T-C--G------C-T-T-A-C-TG-CA--A--AA--GA-CAC-G-T-GG-AAAGAT-C-A-A-tggcgtacgtccaagttcgcttactgcaaaagacacgtggaaagatcaa
gi|81997 : attgtcaaaatgagggtattgagtgccgtaattatttagagcgccgtccgtaaaaactaaaattaaaaaaaaacacctcatacccatcctctgaacctttgttggatgaagatgggtataattccaatgtcctttattacgatggcgtacgtcATTG-TCAA----A-----G-----TA-TG---T--T--T-GAG-T-G-TC--GTA--TTATTT--T--T----AGAG--C----------------------AAAAA--C-AA-AT--G-CT-TT---AA--TT-GAA--TT----AA--A-T---TTCA-T--------A--CA------------T------------TG-T------T
gi|81998 : ATAG-TCAA----AA-TGAGGGTACTA-TG-----------GAG-T-G-TC--GTAA-TTA--T--T--T----AGAA--CT--CC----G--T--C-T-GT-GAAAA--A-AA-A
gi|81999 : TG-TCAA----AA-GGAG-----AT-TG---T--G--T-GAGAT-G-CC--GTA--TTA--T--T--TC---AGAG--CT--CT----G--T--C-G-GT-AAAAAG-C-AA-AT--G-CG-TT--AAA--TTGGAA--TTA---AA--A-A---TCCATT--------A--CA------------T------------TGTT------TGC-A-T--GCAA----G------TAA-G-A-T--G-AG-T-A---AC-----A---G--T----CA--G-------T-C--G------T-T-T-A-C-TG-CA--A--AA--A---AC-G-T-AG-CA--AT-C-A-ACGACTC
gi|82000 : -TCAA----AA-GGAG-----TA-TG---T--T--T-GAG-T-G-CCCGATA--TTA--T--T--------AAG--CT--CT----G--T--C-T-GT-AA
gi|82001 : TA--T--T--T----AGAG--CTACCT----A--T--C-TAGT-AAAAA--C-AA-AT--G-TA-TT--AAAATTC-TAA--TTAAAAAA--A-A---TTCA-C--------A--CA------------TG-----------TG-T------T-C-A-C--A-AA------------AA-G-A-TAAA-AG-C-ATAGAC--A--G---GA-TTA--CA--GAACAGACT-A--C------T-T-T-AGC-TGCCAACA--AA--GA-CAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-
gi|82002 : aaacggacatgttaaaggaataGAA-----TA-TG---T--T--T-GAG-T-G-CC--GTAA-TTA--T--T--T----AGAG--GT--CT----G--TAAT-T-GT-AAATA--C-AA-AT--G-CT-TT--AAA--TT-GAA--TT----AA--A-A---TTCA-C--------A--TA------------T------------TG-T------TGC-A-T--A-AA----A------TAA-G-A-T--G-GG-T-A---AC--AACA---G--T----CA--G-------T-C--G------T-T-T-A-C-TG-CA--A--AA--GA-CAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-
gi|82003 : -----TA-GG---C--C--T-AAG-T-G-TC--GTA--TTA--T--T--TTT--AGAG----------------------G--AAACA--C-GA-AT--G-CT-TT--AAA--AT-GGACATT----AA--A-----TTCA-T-----------CA------------T------------TG-T------TG--A-T--G-AA----G------TAAAG-A-T--GCGG-T-A---AC--A--G-----------CA--G-------T-C--G------T-T-T-A-C-TG-C---A--AA--GA-CAC-G-TGGG-AA--AT-C-A-A-
gi|82004 : -TG---T--T--T-GAG-T-G-CC--GTA--TTA--T--T--T----AGAG--CT--CT----G--T--C-T-GT-AAAAA--C-AA-AT--G-CG-TT--AAA--TT-GAA--TT-----A--A-A---TCCA-T--------A--CA------------T------------TG-T------TG--A-T--G-AA----G------TAA-GAA-T--G-AG-T-A---AC--A--A---G--T----CA--G-------T-C--G------T-T-T-A-C-TG-CA--A--AA--GA-CACTG-T-GG-AA--AT-CAA-A-GACTC
gi|82005 : -TG---T--T--T-GAG-T-G-TC--GTA--TTA--T--T--TTT--AGAG--C-----------------------AAAA--C-GA-AT--G-C-----------TG-GAA--TT----AA--A-----TTCA-T--------A--CA------------T------------TG-T------TGC-A-T--G-AA----G------TAA-A-A-T--G-GG-T-A---AC--A--ACA-G--T----CA--G-------T-C--G------T-T-T-A-C-TG-CA--A--AA--GA-CAC-G-T-GG-AA--AT-C-
gi|82006 : -TG---T--T--T-TGC-T-G-TC--GTA--TTA--TATT--T----AGAG--C-----------------------AAAA--C-GA-AT--G-C------------T-GAA--TT----AA--A-----TCC--T--------A--CA------------T------------TG-T------TGC-A-TT-G-AA----G------TAA---A-T--G-GG-T-A---AC--A--ACA-G--T----CA--G-------T-C--G------T-T-TTA-T-TG-CA--A--AA--GA-CAC-G-T-GG-AA--ATAC-A-A-GA
gi|82007 : A--TTA--T--T--T----AGAG--CT--CT----A--T--C-T-GT-AAAAA--C-AA-AT--G-T--TT--AAA--TC-TAA--TT----AA--A-A---TTCA-C--------A--CA------------T------------TG-T------TGC-A-T--A-AA----A------TAA-G-A-T--G--G-T-A---G---A--A-----------CA--G-------T-C--G------T-T-T-A-C-TG-CA--A--AA--GA-CAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-
gi|82008 : ga--T----ACAG--CG--CT----G--T--C-T-GT-AAAAA--C-AT-AT--G-C--TT--AGCCTTT-GAA--AT----AA--A-G-----AA-A--------A--CC------------T------------C---------------T--G-AA----A------TT------T--G-AG-T-A---AC--AT-AC--G--C----CA--G-------T-C--G------C-T-T-A-C-TG-TG--A--AAT-GA--AC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-
gi|82009 : --T----ACAG--CG--CT----G-----C-T-GT-AAAAA--C-AATAT--G-CT-TT--GAA--AT-AAA--GA----AA--A-A---TTCA-T--------A--C-------------T------------CA-T------CTC---T--G-AA----A------TT------T--G-AG-T-A---AC--AT-AC--A--C----CA--G-------T-C--G------C-T-T-A-C-TG-CG--A--AA--TA-AAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-tccc
gi|82010 : GAG--AT--AT----G--T--C-T-GT-AAAAA--C-AA--T--G-CT-TT--GAA--AT-GAA--TG----AATCATA---CCCA-TCCTTTGAAA--CT------------T------------TG-T------TGC-A-T--G-AA----G------ATG-G-A-T-----A-T-A---ACGTA--T---G--T----CA--G-------G-C--G------C-T-T-A-C-TA-CG--A--TA--GA-CAC-G-T-GG-GA--AT-C-A-A-GGC
gi|82011 : -TT--AAA--TT-GAA--T------A--A-A---TTCA-T--------A--CA------------T------------TG-T------T---A-T--G-AA----G------TAA-G-A-T--G-GG-T-A---AC--A--AAA-G--T----CA--G-------T-C--GC-----T-T-T-A-C-TG-CA--A------GA-CAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-GA
gi|82012 : ------------T------------TG-T------TGC-A-T--G-AA----G------------A-T--G-AG-T-A---AC--A--T---GCAT----CA--A-------T-C--G------CCT-T-A-C-TG-CG--A--AA--TA-AAC-G-T-GG-AA--AT-C-A-A-tc
gi|82013 : aaatt--G-------T-C--G------T-T-T-A-C-TG-CA--A--AA--GA-CAT-G-T-GG-AA--AT-C-A-tccc