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Reference ( gi|59097 )        :                              CTGAA-AAT-A-CG-A--A----T-T-T-CT-A-GT-C-G-T-T--G-GG-----AA--A-CAA-G-A-C---A-------CA-TAT---TT--T----------G-T-T---AG---AA-AA---C-A-C------T---C--------TG----A----TT-G-C--C-C-A-C-A-CA-A---GT-A----CT-C--TG-A-A--GTA----------GA-TA--TT----A-----A-G-A--G-C-AT-G-C-TT-GGG-T-TT---C-T--T--A-T-----A-G-A-T-AA-T-A-T-T--T-AT--GTA-A---T-C--T-T--T---GGA-G----A--CC--A-G-G-T-C--T--T-C--C-A-A-C-A-A--T-C--C-G--T--A--G-G--T--A-TT-CC-T----A-T-G-GG--C-AC-T-A-AT--T--G-T-G-----CC-CC--T-TTA-TT--G-GC-A----G-G--C----TT--A-T-TTT--T-A--------TA--T---T-C-A--T------A-TGA-A--G--C-A-G--A-A--T-T---T--G-T---A-C---AG--AAA--C-TGT--TA-CA-G----G-----A--T--AA--A-----A---A---C-AA-A--------A-A-----------A-----------A-C-T--TGCC-G-TG--T----C-C-T-T-CA-AC--C-TT--A-C--A--T-A------T-A-----------G-G-T---A-T-A-T-A--------G-A-T-GA-T--G-T--G--T-T---A-T-C-A-A--T-T-------AA-C------AA-T--C-A----TA-A--TT-T----T----C----A-C-A-A-T-T-A--T-G-T-CC-A--T-TT-G--A-T-A-T-A-TC---C-C--G--A-A--G-A-A-C--TC-G--AT--A-T----A-AAGG---A---C-A--C--C-A-CA-G------------AA-T-C-TGA-C-AT--A-------T--CT--G-C-----------T--T-C--A-TA-T-T-T-GGA----T-A-TTT--TA--C-T--T-AA-CA-T--T--G-AC--TC----T--A--A-TG--GC--A-G-A-CT--G-A-C--A--A-CT-ACAT
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gi|59063                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          caaaaacggcacCTGAA-AA-T-G-C-G-A-A-T-G-T-CT-A-GT-C-G-T-T--G-GG-----AA--A-CAA-G-A-C-G-------CA----AT---TT--T----------A-T-T----AGA-A----A---A-T-AC---T---C--------TG----A----TT-G-C--CAC-A-C-A-CA-A---GT-A----CT-C--TG-A-A--ATA----------GA-TA--TT----G-----A-G-A--A-C-AT-G-C-TG-GGG-T-TT--C-T---T--A-T-----A-G-A-T-AA-T-A-T-T--T-AT--GTA-G-T--C-T-T--C---GGA-G--A--C-C--A-G--G-T-C--T--T-C--C-A-A-C-A-A--T-C-T-G-T--T--G-G--TT--TT-CC-T----ATT-G-AG--C-AC-T-A-AT--T--G-T-G-----TC-CC-C--TTATTGGCAGA-TT--G-GC-A-G-A-T----------------TT--A-C-TTC--T-A--------TA---T-T-C-A-T-A-TG-A-A--G--T-A-G--A-A-T-T---T--G-T--A-C---AA--AAA---C-TGT--TA-CG-G----G-----A--T--AA--A-----A------A---C------A--------G-A-----------A-----------AC-T--TGCC-G-T-G--T----C-C-T-T-CA-AC--G-TT--A-C--A--T-A------T-A-----------G-G-T---A-T---T-A--------GA--T-GA-T--GT--G--C-T---A-T-C-A-A--T-T-------AA-C------AA-T--C-A----TA-A--TT-T----T----C----A-C-A-A-T-G-T--T-G-T-CC-A--T-TC-G--A-T-A-T-A-TC---C-C--G--AC-G--A-A-C--TC-G-A--TA-T----A-AA-GG---A---C-G--C--A-A-CA-T------------AA-T-C-TGA-C-A--TA-------T--CT--G-C-----------T--T-C--A-TA-T-C-T-ATA----T-A-TTT--TA--C-T--T-AT-C--T--T--G-AC--TC----T--A--A-TG--GC--A-G-A-CT--G-
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Reference ( family-56 )       :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      CCGAA-AA-T-A-C-G-A-G-T-T-T-CT-G-GT-C-G-T-T--G-GG-----AA--A-CAA-G-A-T-A-------CA---TAT---TT--T----------G-T-C----AGA-A----A---C-C-AC---T---C--------TG----A----TT-G-C--C-C-A-C-A-CA-A---GT-A----CT-C--TG-A-A--GTA----------GA-TA--TT----A-----A-G-A--G-C-AT-G-C-TT-GGG-T-TT--C-T---T--A-T-----A-G-A-T-AA-T-A-T-T--T-AT--GTA-G-T--C-T-T--T---GGA-G--A--C-C--A-T--G-T-C--T--T-C--C-A-A-C-A-A--T-C-C-G-T--T--G-G--TA--TT-CC-T----A-T-G-GG--C-AC-T-A-AT--T--G-T-G-----CC-CC-C--TT--------A-TT--G-GC-A-G-A-C----------------TT--A-T-TTT--T-A--------TA---T-T-C-A-T-A-CG-A-A--G--C-A-G--A-A-T-T---T--G-T--N-C---AG--AAA---C-TGT--TA-CG-G----G-----A--T--AA--A-----A------A---C---AA-A--------A-A-----------A-----------AC-T--TGCC-G-T-G--T----C-C-T-T-CA-AC--C-TT--A-C--A--T-A------T-A-----------G-G-T---A-T-A-T-A--------GA--C-GA-T--GT--C--T-T---A-T-C-A-A--T-T-------AA-C------AA-T--C-A----TA-A--TT-T----T----C----A-C-A-A-T-T-A--T-G-T-CC-A--T-TT-G--A-T-A-T-A-TC---C-C--G--AC-G--A-A-C--TC-G-A--AA-T----A-AA-GG---A---C-A--C--C-A-CA-G------------AA-T-C-TGA-C-A--NA-------T--CT--G-C-----------T--T-C--A-TA-T-T-T-GGA----T-A-TTT--TA--C-T--T-AA-CA-T--T--G-AC--TC----T--A--A-TG--GC--A-G-A-CT--G-A-C--A--A-CT-ACAT
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gi|58950                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       aacaaaaacggccacCCGAA-AA-T-A-C-A-A-G-T-C-C-CT-G-GC-C-G-T-T--G-GG-----AA--A-CAA-G-A-T-A-------CA---TAT---TT--T----------C-T-C----AGA-A----A---C-C-AC---T---C--------TG----A----TT-A-C--C-C-T-C-A-CA-A---GT-A----CT-C--TG-A-A--GTA----------GA-TA--TT----A-----A-ACA--G-C-AT-T-C-TT-GGG-T-TT--C-A---T--T-T-----C-G-A-T-AA-T-A-T-T--T-AT--GTA-T-T--C---T--T---GGA-G--A--C-C--A-T--A-T-C--G--T-T--C-A-A-C-A-A--T-C-C-G-T--T--G-G--TT--TT-CT-T----A-T-G-GT--C-AC-T-A-AT--T--G-T-GCTCCTCC-CC-C--TT--------A-TT--T-AC-A-G-A-C----------------TT--A-T-TTT--T-A--------TG---T-T-C-A-T-G-CG-A-A--G--C-A-G--A-A-T-T---T--G-T--T-A---AA--AAA---C-TGT--TA-CG-G----G-----A--T--AA--A-----A------A---C----A-A--------A-A-----------A-----------AC-T--TCCC-G-T-G--T----C-C-T-T-CA-AC--C-TT--A-C--A--T-A------T-A-----------G-A-T---A-T-A-G-T--------GA--T-GA-T--GT--C--TAT---T-T-C-A-A--T-T-------AA-C------AA-T--A-A----GA-A--TC-TCATAT----CCATAA-A-A-A-G-T-A--T-GAT-CC-A--TATT-G--A-TAA-T-A-TC---C-C--G--ACAG--A-A-C--TC-GAA--AA-G----A-AA-GG---A---C-A--CCAC-A-CA-G------------AA-TAC-TGA-C-A--TA-------T--CT--T-T-----------T--T-C--G-T--T-C-T-GGA----T-A-TTT--TA--C-T--T-AA-TA-T--T--G-AC--TC----T--A--A-TA--GC--A-G-A-CT--G-A-C--A--A-
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gi|59063                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          caaaaacggcacCTGAA-AA-T-G-C-G-A-A-T-G-T-CT-A-GT-C-G-T-T--G-GG-----AA--A-CAA-G-A-C-G-------CA----AT---TT--T----------A-T-T----AGA-A----A---A-T-AC---T---C--------TG----A----TT-G-C--CAC-A-C-A-CA-A---GT-A----CT-C--TG-A-A--ATA----------GA-TA--TT----G-----A-G-A--A-C-AT-G-C-TG-GGG-T-TT--C-T---T--A-T-----A-G-A-T-AA-T-A-T-T--T-AT--GTA-G-T--C-T-T--C---GGA-G--A--C-C--A-G--G-T-C--T--T-C--C-A-A-C-A-A--T-C-T-G-T--T--G-G--TT--TT-CC-T----ATT-G-AG--C-AC-T-A-AT--T--G-T-G-----TC-CC-C--TTATTGGCAGA-TT--G-GC-A-G-A-T----------------TT--A-C-TTC--T-A--------TA---T-T-C-A-T-A-TG-A-A--G--T-A-G--A-A-T-T---T--G-T--A-C---AA--AAA---C-TGT--TA-CG-G----G-----A--T--AA--A-----A------A---C------A--------G-A-----------A-----------AC-T--TGCC-G-T-G--T----C-C-T-T-CA-AC--G-TT--A-C--A--T-A------T-A-----------G-G-T---A-T---T-A--------GA--T-GA-T--GT--G--C-T---A-T-C-A-A--T-T-------AA-C------AA-T--C-A----TA-A--TT-T----T----C----A-C-A-A-T-G-T--T-G-T-CC-A--T-TC-G--A-T-A-T-A-TC---C-C--G--AC-G--A-A-C--TC-G-A--TA-T----A-AA-GG---A---C-G--C--A-A-CA-T------------AA-T-C-TGA-C-A--TA-------T--CT--G-C-----------T--T-C--A-TA-T-C-T-ATA----T-A-TTT--TA--C-T--T-AT-C--T--T--G-AC--TC----T--A--A-TG--GC--A-G-A-CT--G-
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gi|59255                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   -T---T--ACT-----A-G-A-T-AA-T-A-T-T--T-AT--GTA-G-T--C-T-T--T---GGA-G--A--C-C--A-G--G-T-C--T--T-C--C-A-A-C-A-A--T-T---G-T--A--G-G--TA--TT-CC-T----A-T-G-G---C-AC-T-A-AT--T--G-T-G-----CC-CC-C--TT--------A-TT--G-GC-A-G-A-C----------------TT--A-T-TTT--T-A--------TA---T-T-C-A-T-A-TG-A-A--G--C-A-G--A-A-T-T---T--G-T--A-C---AG--AAA---C-TGT--TG-CG-G----G-----A--T--AA--A-----A------A---C---AA-A--------A-A-----------A------------C-T--TGCC-G-T-T--T----C-C-T-T-CA-AC--C-TT--A-C--A--T-A------T-A-----------G-G-T---A-T-A-T-A--------GA--T-GA-T--GT--G--T-T---A-T-C-A-A--T-T-------AA-C------AA-T--C-A----TA-A--TT-T----T----C----A-C-A-A-T-T-A--T-G---CC-A--T-TT-G--A-T-A-T-A-TC---C-C--G--AA-G--A-A-C--TC-G-A--CA-T----A-AA-GG---A---C-A--C--C-A-CA-G------------AA-T-C-TGA-C-A--TA-------T--CT--G-C-----------T--T-C--A-TA-T-T-T-GGA----T-A-TTT--TA--C-T--T-AA-CA-T--T--G-AC--TC----T--A--A-TG--GC--A-G-A-CT--G-A-C--A--A-CT-ACAT


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gi|59063                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          caaaaacggcacCTGAA-AA-T-G-C-G-A-A-T-G-T-CT-A-GT-C-G-T-T--G-GG-----AA--A-CAA-G-A-C-G-------CA----AT---TT--T----------A-T-T----AGA-A----A---A-T-AC---T---C--------TG----A----TT-G-C--CAC-A-C-A-CA-A---GT-A----CT-C--TG-A-A--ATA----------GA-TA--TT----G-----A-G-A--A-C-AT-G-C-TG-GGG-T-TT--C-T---T--A-T-----A-G-A-T-AA-T-A-T-T--T-AT--GTA-G-T--C-T-T--C---GGA-G--A--C-C--A-G--G-T-C--T--T-C--C-A-A-C-A-A--T-C-T-G-T--T--G-G--TT--TT-CC-T----ATT-G-AG--C-AC-T-A-AT--T--G-T-G-----TC-CC-C--TTATTGGCAGA-TT--G-GC-A-G-A-T----------------TT--A-C-TTC--T-A--------TA---T-T-C-A-T-A-TG-A-A--G--T-A-G--A-A-T-T---T--G-T--A-C---AA--AAA---C-TGT--TA-CG-G----G-----A--T--AA--A-----A------A---C------A--------G-A-----------A-----------AC-T--TGCC-G-T-G--T----C-C-T-T-CA-AC--G-TT--A-C--A--T-A------T-A-----------G-G-T---A-T---T-A--------GA--T-GA-T--GT--G--C-T---A-T-C-A-A--T-T-------AA-C------AA-T--C-A----TA-A--TT-T----T----C----A-C-A-A-T-G-T--T-G-T-CC-A--T-TC-G--A-T-A-T-A-TC---C-C--G--AC-G--A-A-C--TC-G-A--TA-T----A-AA-GG---A---C-G--C--A-A-CA-T------------AA-T-C-TGA-C-A--TA-------T--CT--G-C-----------T--T-C--A-TA-T-C-T-ATA----T-A-TTT--TA--C-T--T-AT-C--T--T--G-AC--TC----T--A--A-TG--GC--A-G-A-CT--G-
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