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lowQualScore                  :       ..  .  .  . .     ... . . ......  .            ..   .   ....  .  ......   ..  .... .  .         . .  .... . . .  .  . .     . ..   ... ..     .  . . ..  .....    .   .   .    ..      ..... .       . .  ... ...   ..    .   . .... ... ....  . . .. .... ..   ... ...........  .. ...  . .  ....  .... .. ..     .  . .. ....    .    .  ..    .   .. .     .. ..... .. ...   .... . .. .. ..  .. ..... .    .   .  .... ..        
lowQualScore                  :       88  0  0  0 0     555 9 9 555555  8            33   6   3333  5  666666   22  4444 6  0         9 9  4444 6 6 3  6  6 9     7 33   666 33     7  7 7 33  99999    7   7   7    33      55555 6       6 6  888 777   11    5   5 6666 777 1111  5 0 00 1111 11   666 88888888888  44 111  4 3  8888  5555 22 00     0  4 55 1111    5    5  00    4   55 5     88 88888 11 777   3333 5 11 11 77  22 88888 5    6   2  0000 22        
consensus                     : GAAAGT--AA-AG-AA-T-AAACT---T-G-T------GA-AATCTGGACTTT--GGG-ATT----TA-TT----T-CTC--TT----G-AAGTCTTGTGCATGTTT----A-A-T-CC-TT-T-CTTCG-T--TTT--CT--CACAC-TTAT-T--GC-NTT-TATT-GTT-CTA-ATTC--AACATA----GA-AGAATAT-T-AC---T---GGA--GTGT-TGC-A----T---T----GT-A-T--T----T-TTGT---G-----------CA--TA--TA-A-AC----AG----A--A--AACTT-GA-G--A----AATT-GAAG-CC--ATCAACTA--T-GTCTC-AA-----A--A-T-GTA----T-A--T--A--TT--T-----T-GATA-CGA-TT----A--ACCGGTTA
Reference ( gi|111591 )       : GAAAGT--AA-AG-AA-T-AAACT---T-G-T------GA-AATCTGGACTTT--GGG-ATT----TA-TT----T-CTC--TT----G-AAGTCTTGTGCATGATT----A-A-T-CC-TT-T-CTTCG-T--TTT--TT--CACAC-TTGT-T--GC-TTT-TATT-GTT-CTA-ATTC--AACATATT--GA-AGAATAT-T-AC---T---GGA--GTGT-TGC-A----T---T----GT-A-T--T----T-CTGT---G-----------CA--T---TA-A-AC----AG----A--A--AACTT-GA-G--A----AATT-GAAG-CC--ATCAGCTA--T-GTCTC-CA-----A--A-G-GTA----T-A--T--A--TT--T-----T-GATA-CGA-TT----A--ACCGGTTA
gi|111592                     : GAAAGT--AA-AT-AA-T-AAACT---T-G-T------GA-AATCTGGACTTT--GGG-ATT----TA-TT----T-CTC--TT----G-AAGTCTTGTGCATGATT----A-A-T-CC-TT-T-CTTCG-T--TTT--TT--CACAC-TTGT-T--GC-TTT-TATT-GTT-CTA-ATTC--AACATATTAAGA-AGAATAT-T-AC---T---GGA--GTGT-TGC-A----T---T----GT-A-T--T----T-CTGT---G-----------CA--T---TA-A-AC----AG----A--A--AACTT-GA-G--A----AATT-GAAG-CC--ATCTG-TA--T-GTCT--CA-----A--A-G-GTA----T-A--T--A--TT--T-----T-GATA-CGA-TT----A--ACCGGTTA
gi|111593                     : GAAAGT--AA-AG-AA-T-AAACT---T-T-T------GA-AATTTGGATTTT--GGG-ATT----TA-TT----T-CTC--TG----GGAAGTCTTGTGCATGTTT----A-A-T-CC-TT-T-CTTGG-T--TTT--CT--AACAC-TTAT-T--GC-ATT-TATT-GTT-CTA-ACTC--AACATAA---GA-AGAATAT-T-GC---T---GGA--GTGT-GTC-A----T---T----GC-A-T--T----T-TTGT---G-----------CA--TA--TA-A-AC----AG----AGAA--AACTT-GA-G--A----AATT-GAAG-CC--ATCAACTA--T-GTTTC-AA-----A--A-T-GTA----T-A--T--A--TT--T-----T-GATA-CGA-TT----A--ACCGGTTA
gi|111594                     : GAAAGT--AA-AT-AA-T-AAACT---T-G-T------GA-AACCTGGACTTT--GGG-ATT----TA-TT----TTCTC--TT----G-AAGTCTTGAGCA-GTTTTTAAA-A-T-CC-TT-T-CTTTC-T--TTT--TTTTCACAC-TTAT-T--GC-ATT-TATTTGTTTCTA-ATTC--AGCATAA---GA-AGAATAT-T-AC---T---AGA--GTGT-TGC-A----TCAAT----GTTA-T--TCTTTT-TTAT---G-----------CA--TA--TA-A-AC----AG----AGAA--AACTT-GA-G--A----AATTTGAAG-CC--ATCAACTA--T-GTCTC-TA-----A--A-T-GTA----T-A--T--A--TT--T-----T-GATA-CGA-TTA---A--ACCGGTTA
gi|111595                     : GAAAGT--AA-AG-AA-T-AAACT---C-A-T------TA-AATTTCGACATT--GGA-ATT----TA-TT----T-CTC--TT----C-AAGTCTCGTGCATGTTT----T-A-T-CC-TT-T-CTTCG-T--TTT--CT--CACAC-TTAT-T--GC-ATT-TATT-GTT-CTA-ATTC--ATCATA----AA-AGAAGAT-T-AC---T---TGA--GTGT-TGC-ATATTT---T----TT-A-T--T----T-TTTTTGAG-----------CA--TG--TA-A-GCAG--AG----A--A--AACTT-GA-G--A----AATG-GAAG-CC--ATCAACTA--T-GTCGC-AA-----C--A-T-GTA----T-A--T--A--TT--T-----T-GATA-CGA-TTTTAAA--AACGGTTA
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gi|111598                     : GATAGT--CA-AG-AA-A-AAACT---T-G-T------AA-AATCTGGACTTT--GGG-ATT----TA-TT----G-CTC--TT----G-AATTCTTGTGTATGTTT----A-A-C-CC-TT-T-CTTTG-T--TTT--CT--CACAC-TTAT-T--GC-ATT-TATT-GTT-CTA-ATTC--AACATA-A--GA-AGAATGT-T-AC---T---GGA--GTGT-TGC-C----T---T----GC-A-T--T----T-TTGT---G-----------CA--TA--TA-A-AC----AG----A--G--AA
gi|111599                     : GAAAGT--AA-AG-AA-T-AAACTGCAT-GGT------GA-AATCTGGACTTT--GAG-AAT----TA-TT----T-CGC--TT----G-AAGTCTCGTGCACGTTT----C-A-T-TC-TT-T----------------------A-------T--GT-TTT-TATT-GTT-CTA-ATTC--ATCATAA---AA-AGAACAT-T-AC---T---GGA--GAGT-TGC-A----T---T----GT-A-T--T----TATTGT---G-----------CA--TA--TA-C-AC----AG----AGAA--AACTT-GA-G--G----AAAT-GAAG-TC--ATCAACCA--T-GTCAC-AA-----A--A-T-GTACATGT-A--T--A--TT--T-----T-GATA-CGA-AT----G--GCCAGaacg
gi|111602                     : GAAAGT--AA-AG-AA-T-TAACT---T-G-T------GACAAT-TGGACTTT--GG--ATT----TA-------------------------------ACATTTTT----A-A-T-CC-TT-T-CT-CG-T--TTT--CT--CAC-C-TTAT-TTAAC-TTTATATT-GTT-TTA-ATTC--AACATA-------AGAATAT-T-CC---T---GGA--TTGT-TGC-A----T---T----GT-A-T--T----T-TTAT---G-----------CA--TA--TA-A-ACAG--AG----A--A--AACTT-GA-G--A----A--T-GAAG-CC--CTCAACGATTT-TTCTT-CA-----A--A-ATGTG----T-AT-T--AT-TT--T-----T-GATA-CGATTT----A--ACCGGTTA
gi|111600                     : GAAAGTCGAACAG-AAAT-AAAAT---T-G-T------GC-AATCTGGATT-----GG-ATT----CA-TT----T-CTCGTTC----G-AATTCTTGTGCATG-TT----T-A-T-CC-TT-TCCTTTG-T--TTT--CT--CACAC-CTATGT--GC-CTT-TATT-GGT-TTA-ATTC--AACATA-A--GA-AGAATA--T-AT---T---GAG--CTGT-TGC-A----TG--TTGAGGT-T-T--T----T-TTGT---G------------A--TA--TATA-ACAG--AG----A--A--AACTA-GA-G-------TATT-GAAG-CT--ATCAACTA--T-TTCTC-AA-----A--A-T-GTA----T-A--T--AGGTTA-T-----T-GATAGCGA-TT----A--ACCGGTTA
gi|111604                     : GAAAGT--CA-AG-AA-T-AAACT---T-G-T------GA-AATCTGGACTTC--GGG-ATT----TT-TT----G-CTC--TT----G-AATTCTCGTGCGTGTTT----A-A---AC-TT-T-CTTTG-T--TTT--CT--CACAC-TTAT-T--GC-
gi|111606                     : GAAAGT--CA-AG-AA-T-AAAGA---T---T------GA-AATCTGCACTTT--GGG-ATT----TA-TT----G-CCC--TT----G-AATTTTTGTGCATGTTT----A-A-T-CC-TT-atgta
gi|111607                     : GAAAAT--CA-AG-AA-T-AAAGT---T---T------GA-AATCTGCACTTT--GGG-ATT-----A-TT----G-CTC--TT----G-AAGTTTTGTGCA-GTTT----A-A-TGCC-TT-
gi|111605                     : GAAAGT--AA-AG-AA-T-GAACT---T-G-TGATTGTGA-AATCTGGACTTT--GGG-ATT----TA-
gi|111603                     : GAACGT--TA-AA-AA-T-AAACT---TTG-T------GA-A-TCTAGACTTT--GGG-ATT----TATTT----T-CTC--TT----T-AA---TTGT
gi|111608                     :  AAAGT--AA-AG-AA-T-AAAGT---T-G-T------GA-AATCTAGACTTT--AGG-ATT----TA-TT----T-CTC--TT----G-AAGTCTTGTGCATATTT----G-A-T-CC-TT-T-CTTCG-T--TTT--CT--CACAC-TTAT-T--GC-ATT-TATT-GTT-CTA-ATTC--AACATA-A--GA-AGAATAT-T-AC---T---GGA--GTGT-TGC-A----T---T----TT-A-T--T----T-TTGT---G-----------CA--TA--TA-A-AC----AG----A--GATAAC-T-GA-G--A----AACT-GAAG-AC--ATTAACTA--T-GTCTC-CA-----A--A-T-ATA----T-A--T--A--TT--T-----T-GATA-CGA-TT----A--ACCGGTTA
gi|111609                     :  AAAGC--AA-ATTAA-T-AA-CT---T-G-T------GA-AATCTGGACTTT--GGG-ATT----TA-TT----T-CTC--TT----G-AAGTTTTGAGCATGTTT----A-A-T-CCTTT-T-CTTCG-T--TTT--CT--CATAC-TTAT-T--GC-ATT-TATT-GTT-CTA-ATTC--AGCATA-A--GA-AGAATGT-T-AC---T---GGA--GTGT-TGC-A----T---T----GT-C-T--T----C-TTGT---G-----------CA------TA-T-ACTCAGAG----A--A--AACTT-GA-G--A----ACTT-GAAG-CC--ATCAACTA--T-GTCTCTTA-----A--A-A-GTA----T-A--T--A--TT--T-----T-GATA-TGA-TT----A--ACCGGTTA
gi|111610                     :  AAATT--GA-AA-AA---AAAAT---T-G-T------GA-AACCTGGACTTT--GGG-ATT----TA-AT----G-CTC--TT----G-AAGCCGTGTGGATATTT----A-A-
gi|111611                     :   AAGG--AA-AG-AA-T-AAACT---T-G-T------GA-AATCTGGACTTC--GGG-ATT----TA-TT----T-CTC--TT----G-AAGTCTTGTGCATGTTT----A-A-A-TC-TT-T-CTTTG-T--TTT--CT--CACAC-TTAT-T--GC-ATC-AATT-GTT-CCG-ATTC--AACATA-A--GA-AGAATAT-T-AC---T---GGA--GTGT-TAC-A----T---T----GC-ATT--T----T-TTGT---G-----------CAT-T---TA-A-AC----AG----A--A--AACTT-GA-G--A----AATT-GAAG-TC--ATCAACTA--T-GTCTC-AA-----A--A-T-GTA----C-A--T--G--TA--TATACGT-GATA-TGA-TT----A--ACCGGTTA
gi|111601                     :       --AA-AG-AAATGAAACT---T-G-T------TA-AATCTGGACTTT--GGG-ATT----TA--------------------------------CATTTTT----A-A-T-CC-TT-T-CTTCG-T--TTT--CT--CACAC-TTAT-T--ACATTTATATT-GTT-TTA-ATTC--CACAT------A-AGAATAT-T-AC---T---GGA--GTGT-TGC-A----T---T----A-----------------------------------------TA-A-ACAG--AG----A--A--AACTT--A-G--A----AATT-GAAG-TC--CTCAACAA--T-ATCTC-AA-----A--A-T-GTA----T-ATTT--A--TT--T-----T-GATA-CAA-TT----A--ACCGGTTA
gi|111613                     :                            g-G-T------AA-CATATGGACTTTTTGGG-ATTAGTCTA-TT----T-CTC--TT----G-AAGTCTTGACCATGTTT----ATA-C-AC-TT-T-CTTCG-T--TTTCATA--CACAC-TTAC-T--GC------------------ATT---AACATA----AA-AGAA-ATAT-AC---T---GGA--GTATATGA-A----T---T----GT-A-T--C----T--TGT---GAGCTGAAACAACA--C---TG-AGAC----AA----A--A--AACCTAGA-GTAA----GATT-GAAG-CCGGAT-AACTA--TAGTCTT-CACACTTA--A-G-TTA----C----T--A--TTGAT-----CAGATA-TAA-------A--ACCGGTTA
gi|111612                     :                                        A-AACCTGGACTTT--GGG-ATT----TA-TT----T-CTC--TT----G-AAGTCTTGTGCATATTT----A-A-T-AT-TT-T-CTTCG-T--TTT--CT--CAAAC-GTAT-T--GC-ATT-TATT-CTT-CTA-AATC--AACGTA-A--GA-CGACTAT-T-AC---T---GGA--GTGT-TAC-A----T---T----GT-A-T--T----C-TTGT---T-----------CA--TA--TA-A-AC----AG----AG-A--AAAT-----G--A----AATT-GAAG-CC--ATCAACTA--T-GTCTC-CA-----A--A-T-GTA----T-A--T--A--TT--T-----T-GATA-CGA-AA----A--ACTTGTTA
gi|111614                     :                                   aaatgatgaaagtaaCTTT--GGT-ATT----CA-TT----T-CTC--TTTCTTG-AAGTCTCGTGCAAGTTT----A-A-T-CC-CTAT-TTTTGAT--TTT--CT--TACAC-TTAT-T--GC-ATA-CAAT-ATT-CTA-ATTC--AATATA----AACAGAATAT-T-AC---T---GGG--GTGT-TGT-A----------------A-T--T----T-TTGT---A-----------CA--TA--TA-A-AC----AGAGC-A--A--AACTT-GA-G--A----AATC-GAAG-CT--ATCAACCA--T-GTC
gi|111615                     :                                                   TTT--GGTTATT----CA-TTCTCTT-TTC--TT----G-AAGTCTCGTGCA-GTTT----A-AAT-TC-CC-T-ATTTG-TGATTT--CT--TA-ACGTTAT-T--GC------A---GTA-CAATATTCGCAATATAAT---A-CGAATAT-T-AC---TTCCGGG--GT-C-TGT-A----------------A-T--T----T-TTGT---A-----------CA--TGTATA-A-AC----AGGAGCA--A--AACTT-GAAG--A----AATC-GAAG-CT--ATCAACCA--T-GTC-A-CA-----ATTA-G-GT----------T--A--TT--T-----T-GATA-C-A-TC----AATACCGATTAacaatatgta
gi|111623                     :                                                         GG-ATT-----A-TT----G-CTC--TT----G-AAGTTTTGTGCA-GTTT----A-A-TGCC-TT-
gi|111624                     :                                                               ----TA-TT----G-CCC--TT----G-AATTTTTGTGCATGTTT----A-A-T-CC-TT-aagaaacttaaagaaattgaaggccatcgactatgtcttcaaaatgtatatataattgatacgactaaccggtt
gi|111616                     :                                                                                                           T----A-A-T-CC-TT-T-CTTCG-T--TTT--CT--CACAC-TTAT-T--GC-ATT-TATT-GTA-CTT-ATTC------CATT--TA-AGAATAT-T-----------GA-----------A----T---T---------T--T----T-GTGT---A-----------CA------TA-A-AC----AGAA--A--A--AACTT-GA-G--A----AATT-GAAG-CT--ATCAACTA--T-GTCTT-GA-----A--T-T-CTA----T-G--T--A--TT--T-----T-GATA-CGATTT----C--ACCGGTTAaagaaacttaaagaaattgaagccatcgactatgtctcaaaatgtatataaaatttgatacgactaaccggtta
gi|111617                     :                                                                                                                       C-TC-T-TTTCG-T--TTT----------C-TTAA-T--GG-CAT-TATT-GTT-CTA-ATTC--AACATAAG--AA-AAAATAT-T-AC-------GGA--GTGT-TGC-A----T---T----GT-ACT--T----T-TTGT---G-----------TA--TA--TA-A-ATAG--AG----A--A--AACTT-GA-GA-A----AATT-GAAG-CC---TCAACAAT-T-GTCTC-AA-----A--A-T-GTA----TAA--T--A---T--T-----T-GATA-TGA-TT----A--ACC-GTTA
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gi|111599                     :  GAAAGT--AA-AG-AA-T-AAACTGCAT-GGT------GA-AATCTGGACTTT--GAG-AAT----TA-TT----T-CGC--TT----G-AAGTCTCGTGCACGTTT----C-AT-TC-TT-T-AT--G-T--T------------------------TT--TAT--T-GTT-CTAATTCATCATA---A--A--A-AGAA-CATT-AC---T---GGA--GAGT-TGC-A----T---T----GT-A-T--T----TAT-TGT---GC--A--TAT--A--C-------ACAG-AG----A---A--AACTT-G-A-G--G----AA-AT-GAAG-TC--ATCAACCA-T-GT---CA-C--AA-AATG-TACATGTA--T--A--T-T-T-----TGATA-CGA-A-T----G--GCCAGaacg
gi|111600                     :  GAAAGTCGAACAG-AAAT-AAAAT---T-G-T------GC-AATCTGGATT-----GG-ATT----CA-TT----T-CTCGTTC----G-AATTCTTGTGCATGTTT------AT-CC-TT-TCCTTTG-T--TTTC-T--CACAC-CTATGT--GCCTT--TAT--T-GGT-TTAATTCAACATA---A--G--A-AGAA-TA-T-AT---T---GAG--CTGT-TGC-A----TG--TTGAGGT-T-T--T----T-T-TGT---G---A--TAT--AT-A-------ACAG-AG----A---A--AACTA-G-A-G-------TA-TT-GAAG-CT--ATCAACTA-T-TT---CT-C--AA-AATG-TA----TA--T--AGGT-TAT-----TGATAGCGA-T-T----A--ACCGGTTA
gi|111601                     :        --AA-AG-AAATGAAACT---T-G-T------TA-AATCTGGACTTT--GGG-ATT----TA--------------------------------CATTTTT----A-AT-CC-TT-T-CTTCG-T--TTTC-T--CACAC-TTAT-T--ACATTTATAT--T-GTT-TTAATTCCACAT----------A-AGAA-TATT-AC---T---GGA--GTGT-TGC-A----T--------------------------------------TAT--A--A-------ACAG-AG----A---A--AACTT---A-G--A----AA-TT-GAAG-TC--CTCAACAA-T-AT---CT-C--AA-AATG-TA----TATTT--A--T-T-T-----TGATA-CAA-T-T----A--ACCGGTTA
gi|111602                     : gGAAAGT--AA-AG-AA-T-TAACT---T-G-T------GACAAT-TGGACTTT--GG--ATT----TA-------------------------------ACATTTTT----A-AT-CC-TT-T-CT-CG-T--TTTC-T--CAC-C-TTAT-TTAACTTTA-TAT--T-GTT-TTAATTCAACAT----------A-AGAA-TATT-CC---T---GGA--TTGT-TGC-A----T---T----GT-A-T--T----T-T-TAT---GC--A--TAT--A--A-------ACAG-AG----A---A--AACTT-G-A-G--A----A---T-GAAG-CC--CTCAACGA-T-TTTTCTT-C--AA-AATG-TG----TAT-T--AT-T-T-T-----TGATA-CGATT-T----A--ACCGGTTA
gi|111603                     :  GAACGT--TA-AA-AA-T-AAACT---TTG-T------GA-A-TCTAGACTTT--GGG-ATT----TATTT----T-CTC--TT----T-AA---TTGT
gi|111604                     :  GAAAGT--CA-AG-AA-T-AAACT---T-G-T------GA-AATCTGGACTTC--GGG-ATT----TT-TT----G-CTC--TT----G-AATTCTCGTGCGTGTTT----A-A--AC-TT-T-CTTTG-T--TTTC-T--CACAC-TTAT-T--GCATG--TA
gi|111605                     :  GAAAGT--AA-AG-AA-T-GAACT---T-G-TGATTGTGA-AATCTGGACTTT--GGG-ATT----TA-
gi|111606                     :  GAAAGT--CA-AG-AA-T-AAAGA---T---T------GA-AATCTGCACTTT--GGG-ATT----TA-TT----G-CCC--TT----G-AATTTTTGTGCATGTTT----A-AT-CC-TT-
gi|111607                     :  GAAAAT--CA-AG-AA-T-AAAGT---T---T------GA-AATCTGCACTTT--GGG-ATT-----A-TT----G-CTC--TT----G-AAGTTTTGTGCA-GTTT----A-ATGCC-TT-
gi|111608                     :   AAAGT--AA-AG-AA-T-AAAGT---T-G-T------GA-AATCTAGACTTT--AGG-ATT----TA-TT----T-CTC--TT----G-AAGTCTTGTGCATATTT----G-AT-CC-TT-T-CTTCG-T--TTTC-T--CACAC-TTAT-T--GCATT--TAT--T-GTT-CTAATTCAACATA---A--G--A-AGAA-TATT-AC---T---GGA--GTGT-TGC-A----T---T----TT-A-T--T----T-T-TGT---GC--A--TAT--A--A-------AC---AG----A---GATAAC-T-G-A-G--A----AA-CT-GAAG-AC--ATTAACTA-T-GT---CT-C--CA-AATA-TA----TA--T--A--T-T-T-----TGATA-CGA-T-T----A--ACCGGTTA
gi|111609                     :   AAAGC--AA-ATTAA-T-AA-CT---T-G-T------GA-AATCTGGACTTT--GGG-ATT----TA-TT----T-CTC--TT----G-AAGTTTTGAGCATGTTT----A-AT-CCTTT-T-CTTCG-T--TTTC-T--CATAC-TTAT-T--GCATT--TAT--T-GTT-CTAATTCAGCATA---A--G--A-AGAA-TGTT-AC---T---GGA--GTGT-TGC-A----T---T----GT-C-T--T----C-T-TGT---GC--A--TAT--ACTC-------AG---AG----A---A--AACTT-G-A-G--A----AC-TT-GAAG-CC--ATCAACTA-T-GT---CT-CTTAA-AA-G-TA----TA--T--A--T-T-T-----TGATA-TGA-T-T----A--ACCGGTTA
gi|111610                     :   AAATT--GA-AA-AA---AAAAT---T-G-T------GA-AACCTGGACTTT--GGG-ATT----TA-AT----G-CTC--TT----G-AAGCCGTGTGGATATTT----A-A
gi|111611                     :    AAGG--AA-AG-AA-T-AAACT---T-G-T------GA-AATCTGGACTTC--GGG-ATT----TA-TT----T-CTC--TT----G-AAGTCTTGTGCATGTTT----A-AA-TC-TT-T-CTTTG-T--TTTC-T--CACAC-TTAT-T--GCATC--AAT--T-GTT-CCGATTCAACATA---A--G--A-AGAA-TATT-AC---T---GGA--GTGT-TAC-A----T---T----GC-ATT--T----T-T-TGT---GC--A--TTT--A--A-------AC---AG----A---A--AACTT-G-A-G--A----AA-TT-GAAG-TC--ATCAACTA-T-GT---CT-C--AA-AATG-TA----CA--T--G--T-A-TATACGTGATA-TGA-T-T----A--ACCGGTTA
gi|111612                     :                                         A-AACCTGGACTTT--GGG-ATT----TA-TT----T-CTC--TT----G-AAGTCTTGTGCATATTT----A-AT-AT-TT-T-CTTCG-T--TTTC-T--CAAAC-GTAT-T--GCATT--TAT--T-CTT-CTAAATCAACGTA---A--G--A-CGAC-TATT-AC---T---GGA--GTGT-TAC-A----T---T----GT-A-T--T----C-T-TGT---TC--A--TAT--A--A-------AC---AG----AG--A--AAAT------G--A----AA-TT-GAAG-CC--ATCAACTA-T-GT---CT-C--CA-AATG-TA----TA--T--A--T-T-T-----TGATA-CGA-A-A----A--ACTTGTTA
gi|111613                     :               aaatgatgaaagtaa-G-T------AA-CATATGGACTTTTTGGG-ATTAGTCTA-TT----T-CTC--TT----G-AAGTCTTGACCATGTTT----ATAC-AC-TT-T-CTTCG-T--TTTCATA-CACAC-TTAC-T--GCATT--------------------AACAT----A--A--A-AGAAATAT--AC---T---GGA--GTATATGA-A----T---T----GT-A-T--C----T-TGTGA---GCTGA--AAC--A--ACACTGAGAC---AA----A---A--AACCTAG-A-GTAA----GA-TT-GAAG-CCGGAT-AACTA-TAGT---CT-T--CA-CACT-TA-----AGTT--A--C-TAT-----TGATC-AGA-TATAA--A--ACCGGTTA
gi|111614                     :                                                   CTTT--GGT-ATT----CA-TT----T-CTC--TTTCTTG-AAGTCTCGTGCAAGTTT----A-AT-CC-CTAT-TTTTGAT--TTTC-T--TACAC-TTAT-T--GCATA--CAA--T-ATT-CTAATTCAATAT----A--A--ACAGAA-TATT-AC---T---GGG--GTGT-TGT-A----------------A-T--T----T-T-TGT---AC--A--TAT--A--A-------AC---AG----AGCAA--AACTT-G-A-G--A----AA-TC-GAAG-CT--ATCAACCA-T-GT---CA-C--AA-TATG-TA----
gi|111615                     :                                                    TTT--GGTTATT----CA-TTCTCTT-TTC--TT----G-AAGTCTCGTGCA-GTTTA---A-AT-TC-CC-T-ATTTG-TGATTTC-T--TA-ACGTTAT-T--GCAGTA-CAA--T-ATT-C----GCAATAT----A--AT-A-CGAA-TATT-AC---TTCCGGG--GT-C-TGT-A----------------A-T--T----T-T-TGT---AC--ATGTAT--A--A-------AC---AGGAGCA---A--AACTT-GAA-G--A----AA-TC-GAAG-CT--ATCAACCA-T-GT---CA-C--AATTAGG-T---------T--A--T-T-T-----TGATA-C-A-T-C----AATACCGATTA
gi|111616                     :                                                                                                            T----A-AT-CC-TT-T-CTTCG-T--TTTC-T--CACAC-TTAT-T--GCATT--TAT--T-GTA-CTTATTC--CAT----T--T--A-AGAA-TATT-----------GA----------------------------A-T--T----T-T-TGT---GT--A--CAT--A--A-------AC---AGAA--A---A--AACTT-G-A-G--A----AA-TT-GAAG-CT--ATCAACTA-T-GT---CT-T--GA-ATTC-TA----TG--T--A--T-T-T-----TGATA-CGATT-T----C--ACCGGTTA
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lowQualScore                  :        ..  .  .  . .     ... . . ......  .            ..   .   ....  .  ......   ..  .... .  .              .... .  .  .  . .     . ..    . ..     .    . ..     ..   .. .   .            .......... . .   .    .  ... ...   ..    .   . .... ... ....  . . .. .... . .   ...  .. ..   .. .. .......  ...  .... ... ..     . . . .. ....  .  .    .  ..        . .  ...  . ..  .    .  ....  .. .. .. . . .....     .   . . .... ..        
lowQualScore                  :        66  9  9  8 9     333 8 8 222222  7            22   6   4444  6  222222   33  5555 7  4              2222 7  7  7  7 8     6 22    6 88     6    6 22     88   44 6   6            8888888888 5 5   5    5  777 666   00    4   4 5555 444 0000  4 9 00 0000 4 4   555  99 33   99 33 2222222  111  8888 111 99     9 4 9 00 0000  4  4    4  00        4 4  555  4 00  4    4  0000  77 00 55 5 4 77777     5   1 5 9999 11        
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Reference ( family-553 )      :  GAAAGT--AA-AG-AA-T-AAACT---T-G-T------GA-AATCTGGACTTT--GGG-ATT----TA-TT----T-CTC--TT----G-AAGTCTTGTGCATGTTT----A-AT-CC-TT-T-CTTCG-T--TTTC-T--CACAC-TTAT-T--GCATT--TAT--T-GTT-CTAATTCAACAT----A--G--A-A-GAA-TATT-AC---T---GGA--GTGT-TGC-A----T---T----GT-A-T--T----T-T-TGT---GC--A--TAT--A--A-------AC---AG----A---A--AACTT-G-A-G--A----AA-TT-GAAG-CC--ATCAACTA-T-GT---CT-C--AA-AATG-TA----TA--T--A--T-T-T-----TGATA-CGA-T-T----A--ACCGGTTA
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gi|111599                     :  GAAAGT--AA-AG-AA-T-AAACTGCAT-GGT------GA-AATCTGGACTTT--GAG-AAT----TA-TT----T-CGC--TT----G-AAGTCTCGTGCACGTTT----C-AT-TC-TT-T-AT--G-T--TTT--------------------------TAT--T-GTT-CTAATTCATCAT----A--A--A-AAGAA-CATT-AC---T---GGA--GAGT-TGC-A----T---T----GT-A-T--T----TAT-TGT---GC--A--TAT--A--C-------AC---AG----AGA-A--AACTT-G-A-G--G----AA-AT-GAAG-TC--ATCAACCA-T-GT---CA-C--AA-AATG-TACATGTA--T--A--T-T-T-----TGATA-CGA-A-T----G--GCCAGaacg
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gi|111602                     : gGAAAGT--AA-AG-AA-T-TAACT---T-G-T------GACAAT-TGGACTTT--GG--ATT----TA-------------------------------ACATTTTT----A-AT-CC-TT-T-CT-CG-T--TTTC-T--CAC-C-TTAT-TTAACTTTA-TAT--T-GTT-TTAATTCAACAT----------A-A-GAA-TATT-CC---T---GGA--TTGT-TGC-A----T---T----GT-A-T--T----T-T-TAT---GC--A--TAT--A--A-------ACAG-AG----A---A--AACTT-G-A-G--A----A---T-GAAG-CC--CTCAACGA-T-TTTTCTT-C--AA-AATG-TG----TAT-T--AT-T-T-T-----TGATA-CGATT-T----A--ACCGGTTA
gi|111603                     :  GAACGT--TA-AA-AA-T-AAACT---TTG-T------GA-A-TCTAGACTTT--GGG-ATT----TATTT----T-CTC--TT----T-AA---TTGT
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gi|111605                     :  GAAAGT--AA-AG-AA-T-GAACT---T-G-TGATTGTGA-AATCTGGACTTT--GGG-ATT----TA-
gi|111606                     :  GAAAGT--CA-AG-AA-T-AAAGA---T---T------GA-AATCTGCACTTT--GGG-ATT----TA-TT----G-CCC--TT----G-AATTTTTGTGCATGTTT----A-AT-CC-TT-
gi|111607                     :  GAAAAT--CA-AG-AA-T-AAAGT---T---T------GA-AATCTGCACTTT--GGG-ATT-----A-TT----G-CTC--TT----G-AAGTTTTGTGCA-GTTT----A-ATGCC-TT-
gi|111608                     :   AAAGT--AA-AG-AA-T-AAAGT---T-G-T------GA-AATCTAGACTTT--AGG-ATT----TA-TT----T-CTC--TT----G-AAGTCTTGTGCATATTT----G-AT-CC-TT-T-CTTCG-T--TTTC-T--CACAC-TTAT-T--GCATT--TAT--T-GTT-CTAATTCAACATA---A--G--A-A-GAA-TATT-AC---T---GGA--GTGT-TGC-A----T---T----TT-A-T--T----T-T-TGT---GC--A--TAT--A--A-------AC---AG----A---GATAAC-T-G-A-G--A----AA-CT-GAAG-AC--ATTAACTA-T-GT---CT-C--CA-AATA-TA----TA--T--A--T-T-T-----TGATA-CGA-T-T----A--ACCGGTTA
gi|111609                     :   AAAGC--AA-ATTAA-T-AA-CT---T-G-T------GA-AATCTGGACTTT--GGG-ATT----TA-TT----T-CTC--TT----G-AAGTTTTGAGCATGTTT----A-AT-CCTTT-T-CTTCG-T--TTTC-T--CATAC-TTAT-T--GCATT--TAT--T-GTT-CTAATTCAGCATA---A--G--A-A-GAA-TGTT-AC---T---GGA--GTGT-TGC-A----T---T----GT-C-T--T----C-T-TGT---GC--A--TAT--ACTC-------AG---AG----A---A--AACTT-G-A-G--A----AC-TT-GAAG-CC--ATCAACTA-T-GT---CT-CTTAA-AA-G-TA----TA--T--A--T-T-T-----TGATA-TGA-T-T----A--ACCGGTTA
gi|111610                     :   AAATT--GA-AA-AA---AAAAT---T-G-T------GA-AACCTGGACTTT--GGG-ATT----TA-AT----G-CTC--TT----G-AAGCCGTGTGGATATTT----A-A
gi|111611                     :    AAGG--AA-AG-AA-T-AAACT---T-G-T------GA-AATCTGGACTTC--GGG-ATT----TA-TT----T-CTC--TT----G-AAGTCTTGTGCATGTTT----A-AA-TC-TT-T-CTTTG-T--TTTC-T--CACAC-TTAT-T--GCATC--AAT--T-GTT-CCGATTCAACATA---A--G--A-A-GAA-TATT-AC---T---GGA--GTGT-TAC-A----T---T----GC-ATT--T----T-T-TGT---GC--A--TTT--A--A-------AC---AG----A---A--AACTT-G-A-G--A----AA-TT-GAAG-TC--ATCAACTA-T-GT---CT-C--AA-AATG-TA----CA--T--G--T-A-TATACGTGATA-TGA-T-T----A--ACCGGTTA
gi|111612                     :                                         A-AACCTGGACTTT--GGG-ATT----TA-TT----T-CTC--TT----G-AAGTCTTGTGCATATTT----A-AT-AT-TT-T-CTTCG-T--TTTC-T--CAAAC-GTAT-T--GCATT--TAT--T-CTT-CTAAATCAACGTA---A--G--A-C-GAC-TATT-AC---T---GGA--GTGT-TAC-A----T---T----GT-A-T--T----C-T-TGT---TC--A--TAT--A--A-------AC---AG----AG--A--AAAT------G--A----AA-TT-GAAG-CC--ATCAACTA-T-GT---CT-C--CA-AATG-TA----TA--T--A--T-T-T-----TGATA-CGA-A-A----A--ACTTGTTA
gi|111613                     :               aaatgatgaaagtaa-G-T------AA-CATATGGACTTTTTGGG-ATTAGTCTA-TT----T-CTC--TT----G-AAGTCTTGACCATGTTT----ATAC-AC-TT-T-CTTCG-T--TTTCATA-CACAC-TTAC-T--GCATT--------------------AACAT----A--A--A-A-GAAATAT--AC---T---GGA--GTATATGA-A----T---T----GT-A-T--C----T-TGTGA---GCTGA--AAC--A--ACACTGAGAC---AA----A---A--AACCTAG-A-GTAA----GA-TT-GAAG-CCGGAT-AACTA-TAGT---CT-T--CA-CACT-TA-----AGTT--A--C-TAT-----TGATC-AGA-TATAA--A--ACCGGTTA
gi|111614                     :                                                   CTTT--GGT-ATT----CA-TT----T-CTC--TTTCTTG-AAGTCTCGTGCAAGTTT----A-AT-CC-CTAT-TTTTGAT--TTTC-T--TACAC-TTAT-T--GCATA--CAA--T-ATT-CTAATTCAATAT----A--A--ACA-GAA-TATT-AC---T---GGG--GTGT-TGT-A----------------A-T--T----T-T-TGT---AC--A--TAT--A--A-------AC---AG----AGCAA--AACTT-G-A-G--A----AA-TC-GAAG-CT--ATCAACCA-T-GT---CA-C--AA-TATG-TA----
gi|111615                     :                                                    TTT--GGTTATT----CA-TTCTCTT-TTC--TT----G-AAGTCTCGTGCA-GTTTA---A-AT-TC-CC-T-ATTTG-TGATTTC-T--TA-ACGTTAT-T--GCAGTA-CAA--T-ATT-C----GCAATAT----A--AT-A-C-GAA-TATT-AC---TTCCGGG--GT-C-TGT-A----------------A-T--T----T-T-TGT---AC--ATGTAT--A--A-------AC---AGGAGCA---A--AACTT-GAA-G--A----AA-TC-GAAG-CT--ATCAACCA-T-GT---CA-C--AATTAGG-T---------T--A--T-T-T-----TGATA-C-A-T-C----AATACCGATTA
gi|111616                     :                                                                                                            T----A-AT-CC-TT-T-CTTCG-T--TTTC-T--CACAC-TTAT-T--GCATT--TAT--T-GTA-CTTATTC--CAT----T--T--A-A-GAA-TATT-----------GA----------------------------A-T--T----T-T-TGT---GT--A--CAT--A--A-------AC---AGAA--A---A--AACTT-G-A-G--A----AA-TT-GAAG-CT--ATCAACTA-T-GT---CT-T--GA-ATTC-TA----TG--T--A--T-T-T-----TGATA-CGATT-T----C--ACCGGTTA
gi|111617                     :                                                                                                                       C-TC-T-TTTCG-T--TTTC-T--TA------AT-G--GCATT---AT--T-GTT-CTAATTCAACAT----A--AGAA-A-AAA-TATT-AC-------GGA--GTGT-TGC-A----T---T----GT-ACT--T----T-T-TGT---GT--A--TAT--A--A-------AT---AG----AGA-A--AACTT-G-A-G--A----AAATT-GAAG-CC---TCAACAATT-GT---CT-C--AA-AATG-TA----TA-----A--TAT-T-----TGATA-TGA-T-T----A--ACC-GTTA
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gi|111619                     :                                                                                                                                   -T--TTTC-T--CACAC-TTAT-T--ACATTTATAT--T-GTT-TTAATTCAGCAC----------A-A-TAA-TATT-AC---T---GGA--GTGT-TGC-G----T---T----GT-G-T--T----T-T-TGT---GC--A--TAT--A--A-------ACAG-AG----A---A--AACTT-G-A-A--A----AA-TT-GAAG-CC--CTCAACGA-T-GT---TT-T--AG-AATG-TA----TATTT--A--T-T-T-----TGATA-CGA-T-T----A--ACCAATTA
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gi|111623                     :                                                                                                                                                                                                                        ---GGA--TTAT-TGCTC----T---T----GA-A-G--T----T-T-TGT---GC--AG-TTT--A--AT------GCCTTAA----G---A--AACTT-A-AAG--A----AA-TT-GAAGGCC--ATCGACTA-T-GT---CTTC--AA-AATG-TA----TA--T--A--T-AAT-----TGATA-CGA-C-T----A--ACCGGTT
gi|111624                     :                                                                                                                                                                                                                                 TAT-TGC-CC---T---T----GA-A-T--T----T-T-TGT---GC--A--TGTTTA--A-------TCCTTAA----G---A--AACTT-A-AAG--A----AA-TT-GAAG-CC--ATCGACTA-T-GT---CT-C--AA-AATG-TA----TA--TAAA--A-T-T-----TGATA-CGA-C-T----A--ACCGGTTA
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gi|111626                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ---AG----A---T--AACTT-G-A-G--A----AA-TC-GAAG-CC--ATCAACTA-T-GT---CT-C--AA-AACG-TA----TA--T--A--T-T-T-----TGATA-CAA-T-T----A--ATCGGTTA