lowQualScore : 1111 1 11
lowQualScore : 1 0000 555 22 88 2 444 333 1 1 222 1 1 1 1 333 2222 1 2 11 11 1 1 1 2 11 333 11 11 6 1 1 2 1 2 1 1 66 1 333 1 66 2 1 1 5555 22 11 1 1 2 1
lowQualScore : . .... ... .. .. . ... ... . . ... . . . . ... .... . . .. .. . . . . .. ... .. .. . . . . . . . . .. . ... . .. . . . .... .. .. . . . .
lowQualScore : 2 3333 888 99 44 4 555 333 2 2 111 2 2 2 2 222 5555 2 4 66 66 2 2 2 4 66 777 66 66 4 2 2 4 2 4 2 2 55 2 333 2 55 9 4 4 0000 00 11 4 4 9 4
consensus : CTCTCAG-G-A--TGG---CAGGTGCTT--CAG-GC-A---A---T-CTC-G---AC-CCA-T-TT-C---CAG----GCA-A-GCAG--CAC--ATG-TGATC-A-TG-GAC--A---T--AT--AAATTC-T-TT-G-T-TG-T-GTC--T-A---TTTT-C-AA-T-AA-A----TAAAGA--C--A-TTA-TTTAT-GAA-AATTGGT
Reference ( gi|30114 ) : CTCTCAG-G-G--TGG---CAGGTGCTT--CAG-AC-A---A---T-CTC-G---AC-CCA-T-TT-C---CAG----GCA-A-GCAG--CAC--ATG-TGATC-A-TG-GAC--A---T--AT--AACTTC-T-TT-G-T-TG-T-GTC--T-A---TTTT-C-AA-T-AA-A----TAAAGA--C--A-TTA-TTTAT-GAA-AATTGGT
gi|30113 : CTCTCAG-G-A--TGG---CAGGTGCTT--CAG-GC-A---A---T-CTC-G---AC-C-A-T-CT-C---CAG----GCA-A-GCAG--CAC--ATG-TGATC-A-TG-GAC--A---T--AT--AAATTC-T-TT-G-T-TG-T-GTC--T-A---TTTT-C-AA-T--A-A----TAGAGA--C--A-TTA-TTTAT-GAA-AATTGGT
gi|30116 : CTCTCAG-G-A--TGG---CAAGTGCTT--CAG-GC-A---A---T-CTC-A---AC-CCA-T-AT-C---CAG----GCA-A-GCAG--CAC--GTG-TGATT-A-TG-GAC--A---T--AT--AAATTC-T-TT-G-T-TG-T-GTC--T-A---ATTT-C-AA-T-AA-A----TAAAGA--C--A-TTA-TTTAT-GAA-AATTGGT
gi|30111 : CTCTCAG-G-A--TGA---CAGGTGCTT--CAG-GC-A---T---T-CTC-G---AC-CCA-T-TT-C---CAG----GCA-A-GCAG--CAA--ATG-TGATT-A-TG-GAC--A---G--AT--AAATTC-T-TT-G-T-TG-T-GTC--T-A---TTTT-C-AA-T-AA-A----TAGAGG--C--A-TTA-TTTAT-GAA-AATTGGT
gi|30108 : CTCTCAG-G-G--TGG---CAGGTGCTT--CAG-GCAA---A---T-CTC-G---AC-CCA-T-TT-C---CAG----GCA-A-GCAG--CA---GTG-TGAT--A-TG-GAC--A---T--AT--AAATTC-T-TT-G-TATG-T-GTC--T-A---TTTT-T-AA-T-AA-A----TAAAGA--C--A-TTA-TTTAT-GAA-AATT
gi|30112 : atttctCTCTCAG-G-A--TGA---CAGGTGCTT--CAG-GC-A---A---TTCTC-G---AC-CCA-T-TT-C---CAG----GCA-A-GCAG--CAA--ATG-TGATT-A-TG-GAC--A---G--AT--AAATTC-T-TT-G-T-TG-T-GTC--T-A---TTTTCC-AA-T-AA-A----TATAGAGGC--A-TTA-TTTAT-GAA-AATTGGTtg
gi|30121 : CTCTCAG-G-A--TGG---TAGGTGCTT--CAG-GC-A---A---T-CTC-G---AC-CCA-T-TT-T---CAG----GCA-A-GCAG--CTC--ATG-TGATC-A-AG-GAT--A---T--GT--AAATTC-T-TT-G-T-TG-T-GTC--T-A---TTTT-C-------A-A----TAAAGA--C--A-TTA-TTTAT-GAACAATTGGT
gi|30122 : CTCTCAG-G-A--TGG---CAGGTGCTT--CA-------------T-CAC-G---AT-CCA-T-TT-C---CAG----GCA-A-ACAA--CAC--ATG-TAATT-A-TG-GAC--G---T--AT--ACATTC-T-TT-G-T-TG-T-GTC--T-A---TTTT-C-AA-T-AA-A----TAAAGA--C--A-TTA-TTTAT-GAA-AATTGGT
gi|30119 : CTCTCAG-G-A--TGG---CAGGTGCTT--CAG-GC-A---A---T-TTC-G---AC-CCA-T-TT-C---CAG----GCA-A-GCAA--TAC--ATG-TGATC-A-TG-GAC--A---T--AT--AA-TTC-T-TT-G-T-TG-T-GTC--T-A---TTTT-C-------A-A----TAGAGA--C--A-TTA-TATGT-GGC-AATTGGT
gi|30110 : CTCTCAG-G-A--TGG---CAGGTGGTT--CAG-GC-A-------T-ATC-G---AA-CCAAT-TT-C---CAG----GCT-A-GCAG--CAC--ATG-TGATC-A-TGAGAC--A---T--AT--AAATTC-T-TT-G-T-TG-T-GTT--T-A---TTTT-C-AA-T-AA-------AAAGA--C--A-TTA-TTTAT-GAA-AATTGGTtgc
gi|30124 : atttCTCTCAG-GAG--TGGAGGCAGGTGCTT--CAG-GCAA---A---T-CAC-G---A--CCA-T-TT-C---CAG----GCA-A-GCAG--CAC--ATG-TGATCAA-TG-GAC--A---T--AT--AAATTC-T-TT-G-T-TT-T-GTC--T-A---TTTT-C-------A-A----TAAAGA--C--T-TTA-TTTATAGAA-AATTGGT
gi|30120 : CTCTCAG-G-A--TGG---CAGGTGCTTT-CAG-GC-A---A---T-TTC-G---AC-CCA-T----C---CAG----GCA-A-GCAA--TAC--ATG-TGATC-A-TG-GAC--A---T--AT--AA-TTC-T-TT-G-T-TG-T-GTC--T-A---ATTT-C-------A-A----TAGAGA--C--A-TTA-TATGT-GGC-AATTGGT
gi|30125 : CTCTCAG-G-A--TGG---CAGTTG-TT--CAG-GC-A---A---T-CCC-G---AC-C-------------AG----GCA-A-GCAG--CAC--ATG-TGATC-A-TG-GAC--A---T--AT--AAATTC-T-TT-G-T-TG-T-GTCT-T-A---TTTT-C-AA-TCAA-A----TAAA-A--T--A-TTA-TTT-T-GAA-AATTGGTtgc
gi|30127 : CTCTCTG-G-A--TGG---CAGGTCCTT--CAG-AC-A---A---T-ATC-A---AG-CCA-T-TT-C---CAG----GCA-A-GCAT--CAT--ATG-TAATC-A-TG-GAC--A----------------------G-T-TG-T-GTC--T-A---TTTT-C-AA-T-CA-A----T-AAGA--C--A-TTA-TTTAT-GAA-AATTGGT
gi|30126 : CTCTCAGTG-A--TGGG--CAGGTGCTT--CAG-GC-A---A---T-CTC-T---AC-CCA-T-TT-CACGCAG----GC--A-GCAG--CAC--CTG-TGATC-A-TG-AACATA---T--AT--AATATCTT-TT-GTT-TG-T-GTC--T-A---TTTT-C-AA-T-AA-G----TAAAGC--C--T-TTA--TTAT-GAA-AATTGGT
gi|30117 : CCCTCAG-G-A--TGG---CAGGTGCTT--CAG-GC-A-------T-CTC-G---AC-CCA-T-T--C---CAG----GCA-A-GCAG--CAC--GTG-TGATC-A-TG-GAC--A---T--AT--AAATTC-T-TT-G-T-TG-T-GTC----A---TTTT-
gi|30118 : CCCTCAG-G-A--TG----CAGGTGCT---CAG-GC-A---AA--T-CTC-G---AC-CCA-T-TT-C---CAG----GCA-AGGCAAGCCAC--GTG-TGAT--A-TG-GAC--A------AT--AAATTC-T-TT-G-C-TG-TGGTC--T-A---TTTT-C-AATT-AA-A----TAAA-A--C--ATTTA-TTTAT-GAA-AA
gi|30123 : CTCTCAG-G-A--TG----CAGGTGCTT--CAG-GC-A---A---T-CTC-G---AC-C-A-T-TT-C---C-G----ACAGA-GCAG--CAC--ATG-TGATC-A-TG-GAC--A---T--AT--AAATTC-T-TT-G-T-TG-T-GTT--T-A---TTT
gi|30129 : CTCTCAG-G-GGATGG---CAGGTGCCTTGCGG-GC-A---A---T-CTC-G---ACGCCA-T-TTTC---CAG----GCA-A-GCAG--CAC--GAG-TGATC-A-TG-GAC--A---T--AT--AATTCT-T-TT-G-T-TG-T--TC--T-A---TTTT-
gi|30128 : CTCTCAG-G-A--TGG---CAGGTTCTT--CAG-GC-A---A---T-CTT-G---AC-CCA-T-TT-C---CAGGCTTGCA-A-GCAG--CAA--ATG-AGATC-A-TG-GGC--A---T---T--AAATTA-T-TT-A-T-
gi|30100 : CCCTCAG-G-T--TGA---CAGGTGCTT--GGG-TG-T---A---T-CTC-A---GC-CCA-T-TT-C---CAG----GTA-A-GCAG--CAG--ATG-TTATC-A-TG-CAC--C---C--TT--AAAATC-T-TT-C-A-TG-T-GTC--T-A---CTTT-T-TA-G-AA-G----C-ATGT--CA-A-TTA-TTTGC-GAA-AATTCGTg
gi|30101 : atttgaCCCTCAG-G-T--TGA---CAGGTGCTT--GGG-TG-T---A---T-CTC-A---GC-CCA-T-TT-C---CAG----GTA-A-GCAG--CAG--ATG-CTATC-A-TG-CAC--C---C--TT--AAAATC-T-TT-C-A-TG-T-GTC--T-A---CTTT-T-TA-G-AA-G----C-ATGT--CA-A-TTA-TTTGC-GAA-AATTCGT
gi|30103 : atttgaCCCTCAG-T----TGA---CAGGTGCTT--GGGTGT-A---A---T-CTC-A---GC-CCA-T-TT-C---CAG----GTA-A-G--G--CCCGAATG-T-ATC-A-TG-CAC--C---C--TT--AAATCT-T-TC-A-TGTG-T-TTC--T-A---CTTT----A-T-AA-G----C-ATGT--CA-A-TTATTTTGC-GAA-AATTCGT
gi|30105 : atttgaCCCTTAG-G-G--TGA---CAGGTGCT-----G-GC-GTGTA---T-CTC-A---GC-CCA-TGTT-C---CAG----GTA-ATGCAG--CAG--ATGTTTATC-ACTG-CAC--C---TTCAA--AAATCT-T-TC-A-A-TG-T-GTC--T-ACACTTTT----A-G-AA-G----CAATGG--TCAA-TTA-TTTGCGGAA-AATT
gi|30109 : atttgaCTCAG-G-A--TGG---CAGGTGCTT--CAG-GC-A---A---T-TTC-G---AC-CCA-T-TT-C---CAG----GCA-A-GCAG--CAC--GTG-TGATC-A-TG-GAC--A---T--AT--AA-TTC-T-TT-G-T-TG-T-GTCT-T-T---TTTT-C-AA-T-AATA----TAAAGA--C--A-TTA-TTTAT-GAA-AAtcgt
gi|30132 : atttcCTCAG-G-A--TGAA--CAG-TGCTT--CGT-TC-A---A---T-CTC-----AC-CCA-T-TT-C---AAG----GCA-A-GCA---CAC--ATG-TGATC-A-TG-GAC--A---T--AT--AAATTC-T-TT-G-T-TG-T-GTCC-T-A---TATT-C-AA-T-AA-A----TAAAGA--C--A-TTA-TTTAT-GAA-AATTGGT
gi|30131 : CTCAG-G-A--TGAA--CAG-TGCTT--CGT-TC-A---A---T-CTC-----AC-CCA-T-TT-C---AAG----GCA-A-GCA---CAC--ATG-TGATC-A-TG-GAC--A---T--AT--AAATTC-T-TT-G-T-TG-T-GTCC-T-A---TATT-C-AA-T-AA-A----TAAAGA--C--A-TTA-TTTAT-GAA-AATTGGT
gi|30130 : CTCAA-G-GAGTGG---CAGATGCTT--CAG-GC-G---AATAT-CTC-GGACAC-C-----TT-C---AAG----GCA-A-GCAG--CAC--GTG-TGATT-A-TG-GAC--A---T--ATAAAATTTC-TCTT-G-T-TGAT-GTC--TGA---TTTT-CAAA-T-AA-AAC--TAAAGA--CAAA-TTA-TTTAT-GAA-AA
gi|30102 : cCTCAG-G-T--TGA---CAGGTGCTT----G-GT-GT--A---T-CTC-G----C-CCT-T-TT-CA--CAG----GTA-A-GCAG--CAG--AAG-TTTTC-A-TGCAAC--C---T---T--AAAATC-T-TT-C-A-TG-T-GTC--T-A---CTTT-T-TA-G-AA-G----CATAGT--CA-A-TTA-TTTGC-GAA-AATTCGT
gi|30104 : atttacgcCTCAG-G-T--CCA---CAGGTGCTT----G-GT-GT--A---T-CTCAG---GC-CCA-G-TT-C---CAG----GTA---GCAG--CAG--ATG-TTATC-A-TG-CAC--CCT-T--AA--AAATCT-T-TC-A-T-GG-T-GTC--T-A---CTTT-
gi|30133 : atttgacTCAG-G-A--TGG---CAGGTGCTT--CAG-GC-A---A---T-CTC-G---AC-CCA-T-TT-C---CAG----GCA-A-GCAG--CAC--ATG-TGATC-A-TG-GAC--A---T--AT--AAATCC-T-TT-G-T-CG-T-GTT--T-G---TTTT-C-AG-T-AA-A----TAAAGT--C--A-ATA-ATTTT-GAA-AATTGGTttagaagccactggtcaattactttgcgaaaat
gi|30134 : TCAG-G-A--TGG---CAGGTGCTT--CGG-GC-A---A---T-CTC-G---AT-C-A-T-T--C---CAG----GCA-A-GCAG--CAC--ATG-TGATC-A-T--GAC--A---T--AT--AAATTC---TT-G-T-TG-T-GTC--T-A---TTTC----A-T--A-A----TAAAGA--C--A-TTA-TTTAT-GAA-AA
gi|30115 : G-G-A--TGG---CAGGTGCTT---AG-GC-A---A---T-CTC-G---AC-CCA-T-T--C---CAG----GCA-A-GCAG--CAC--ATG-TGATC-A-T--GAC--A---T--AT--AAATTC-T-TTGG-T-TG-T-GTC--T-A---TTTT-C-AAGT-AA-A----TAAAGA--C--A-TTA-TTTAT-GAA-AATTGGT
gi|30135 : ccct--TGG---CAGGTGCTT--CAG-GA-A---A---T-CTC-G---AC-CCA-C-TT-C---CAG----GCA-A-GCAA--CAC--ACG-TGATC-A-TG-GGC--A---T--TT--AAGTTC-T-TTCA-T-TT-T-GTT--T-A---TTTT-
gi|30106 : -T-TT-C---CAG----GAA-A-GCAG--CAG--ATT-TTATC-A-TG-TAC--CCTTT--A---AAATCC-T-TT-C-A-TG-T-GTCTTT-AC--TTTT-T----T-AG-AGCATTCATGT--CA-A-TTA-TTTGC-GAA-AATTCGT
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|30107 ): ATTTTGGACCCTCAGGTTGACACAGAGGTTTGGCTGTTGTGAAGAGACTACAGCCCATTTCCAGGTAGACAATGCACACGCAGCTTGCATTATCAAATGTCCACACCTAAAATCTTTCATGTGGTCTATTTTTAGAAAAGCAATGTCAATGATTTGTGCGAAATAAATTCG
Alignments
lowQualScore : 11
lowQualScore : 1 1 11 2 555 22 1 1 666 444 1 1 333 1 1 1 333 2222 1 2 11 11 11 33333 2222 1 22 2 333 11 11 1 11 1 1 1 2 1 2 1 1 1 2 33 1 333 1 666 2 1 1 4444 11 11 1 1 2 1 1
lowQualScore : . . .. . ... .. . . ... ... . . ... . . . ... .... . . .. .. .. ..... .... . .. . ... .. .. . .. . . . . . . . . . . .. . ... . ... . . . .... .. .. . . . . .
lowQualScore : 2 2 77 4 666 88 2 2 888 444 2 2 222 1 1 1 111 4444 1 2 55 55 55 99999 4444 1 66 2 555 55 55 1 55 1 1 1 2 1 2 1 1 1 3 99 1 111 2 888 7 3 3 7777 88 77 3 3 7 3 3
consensus : CTCTCA-G-G--A-TGG---CAGGTGCTT--CAG-GC-A---A---T-CTC-G---AC-CCAT-TT-C---CAG----GCA-A-GCA--G--CAC--ATG-----TG----ATC-A--TG-GACA---T--A--TA-AA--T-TC-T-TT-G-T-TG-T-G-T-C--T-A---TTTT-C-A-A-T-AA-A----TAAAGA--C--A-TTA-TTTAT-G-AA-AATTGGT
Reference ( family-552 ) : CTCTCA-G-G--A-TGG---CAGGTGCTT--CAG-GC-A---A---T-CTC-G---AC-CCAT-TT-C---CAG----GCA-A-GCA--G--CAC--ATG-----TG----ATC-A--TG-GACA---T--A--TA-AA--T-TC-T-TT-G-T-TG-T-G-T-C--T-A---TTTT-C-A-A-T-AA-A----TAAAGA--C--A-TTA-TTTAT-G-AA-AATTGGT
gi|30100 : CCCTCA-G-G--T-TGA---CAGGTGCTT---GG-GT-GT--A---T-CTC-A---GC-CCAT-TT-C---CAG----GTA-A-GCA--G--CAG--ATG-----TT----ATC-A--TG-CACC---C--T--TA-AA--A-TC-T-TT-C-A-TG-T-G-T-C--T-A---CTTT-T-T-A-G-AA-G----C-ATGT--CA-A-TTA-TTTGC-G-AA-AATTCGT
gi|30101 : atttgaCCCTCA-G-G--T-TGA---CAGGTGCTT---GG-GT-GT--A---T-CTC-A---GC-CCAT-TT-C---CAG----GTA-A-GCA--G--CAG--ATG-----CT----ATC-A--TG-CACC---C--T--TA-AA--A-TC-T-TT-C-A-TG-T-G-T-C--T-A---CTTT-T-T-A-G-AA-G----C-ATGT--CA-A-TTA-TTTGC-G-AA-AATTCGT
gi|30102 : atttgaCTCA-G-G--T-TGA---CAGGTGCTT----G-GT-GT--A---T-CTC-G----C-CCTT-TT-CA--CAG----GTA-A-GCA--G--CAG--AAG-----TT----TTC-A--TGCAACC---T-----TA-AA--A-TC-T-TT-C-A-TG-T-G-T-C--T-A---CTTT-T-T-A-G-AA-G----CATAGT--CA-A-TTA-TTTGC-G-AA-AATTCGT
gi|30103 : atttacgcCCCTCA-G-T----TGA---CAGGTGCTT--GGGTGT-A---A---T-CTC-A---GC-CCAT-TT-C---CAG----GTA-A-G----G--CCCGAATG-----T-----ATC-A--TG-CACC---C--T--TA-AA--T-CT-T-TC-A-TGTG-T-T-T-C--T-A---CTTT-----A-T-AA-G----C-ATGT--CA-A-TTATTTTGC-G-AA-AATTCGT
gi|30104 : atttgaCTCA-G-G--T-CCA---CAGGTGCTT----G-GT-GT--A---T-CTCAG---GC-CCAG-TT-C---CAG----GTA---GCA--G--CAG--ATG-----TT----ATC-A--TG-CACCCT-T--A--AA-AA--T-CT-T-TC-A-T-GG-T-G-T-C--T-A---CTTT-
gi|30105 : atttgacCCCTTA-G-G--G-TGA---CAGGTGCT-----G-GC-GTGTA---T-CTC-A---GC-CCATGTT-C---CAG----GTA-ATGCA--G--CAG--ATGT----TT----ATC-AC-TG-CACC---TTCA--AA-AA--T-CT-T-TC-A-A-TG-T-G-T-C--T-ACACTTTT-----A-G-AA-G----CAATGG--TCAA-TTA-TTTGCGG-AA-AATTttagaagccactggtcaattactttgcgaaaat
gi|30106 : atttgaT-TT-C---CAG----GAA-A-GCA--G--CAG--ATT-----TT----ATC-A--TG-TACCCTTT--A---A-AA--T-CC-T-TT-C-A-TG-T-G-T-CTTT-AC--TTTT-T-----T-AG-AGCATTCATGT--CA-A-TTA-TTTGC-G-AA-AATTCGTtcgt
gi|30107 : atttgaccctcagttgcacagttgcttggtgtatcgcacagcccttC-CCAT-TT-C---CAG----GTA-G-ACAATG--CAC--ACGCAGCTTGCATTATC-AAATG-TCCA---C--ACCTA-AA--A-TC-T-TT-C-A-TG-T-GGT-C--T-A---TTTT-T-AGA-A-AA-G----CAATGT--CA-A-TGA-TTTGT-GCGA-AAT
gi|30108 : attttggaccctcaggttgacacagaggtttggctgttgtgaagagactacagCTCTCA-G-G--G-TGG---CAGGTGCTT--CAG-GC-A---AA--T-CTC-G---AC-CCAT-TT-C---CAG----GCA-A-GCA--G--CA---GTG-----TG----AT--A--TG-GACA---T--A--TA-AA--T-TC-T-TT-G-TATG-T-G-T-C--T-A---TTTT-T-A-A-T-AA-A----TAAAGA--C--A-TTA-TTTAT-G-AA-AATTaaattcg
gi|30109 : atttctCTCA-G-G--A-TGG---CAGGTGCTT--CAG-GC-A---A---T-TTC-G---AC-CCAT-TT-C---CAG----GCA-A-GCA--G--CAC--GTG-----TG----ATC-A--TG-GACA---T--A--T--AA--T-TC-T-TT-G-T-TG-T-G-T-CT-T-T---TTTT-C-A-A-T-AATA----TAAAGA--C--A-TTA-TTTAT-G-AA-AAtg
gi|30110 : atttcCTCTCA-G-G--A-TGG---CAGGTGGTT--CAG-GC-----A---T-ATC-GA--AC-CAAT-TT-C---CAG----GCT-A-GCA--G--CAC--ATG-----TG----ATC-A--TGAGACA---T--A--TA-AA--T-TC-T-TT-G-T-TG-T-G-T-T--T-A---TTTT-C-A-A-T-AA-------AAAGA--C--A-TTA-TTTAT-G-AA-AATTGGT
gi|30111 : atttCTCTCA-G-G--A-TGA---CAGGTGCTT--CAG-GC-A---T---T-CTC-G---AC-CCAT-TT-C---CAG----GCA-A-GCA--G--CAA--ATG-----TG----ATT-A--TG-GACA---G--A--TA-AA--T-TC-T-TT-G-T-TG-T-G-T-C--T-A---TTTT-C-A-A-T-AA-A----TAGAGG--C--A-TTA-TTTAT-G-AA-AATTGGT
gi|30112 : CTCTCA-G-G--A-TGA---CAGGTGCTT--CAG-GC-A---A---TTCTC-G---AC-CCAT-TT-C---CAG----GCA-A-GCA--G--CAA--ATG-----TG----ATT-A--TG-GACA---G--A--TA-AA--T-TC-T-TT-G-T-TG-T-G-T-C--T-A---TTTTCC-A-A-T-AA-A----TATAGAGGC--A-TTA-TTTAT-G-AA-AATTGGT
gi|30113 : CTCTCA-G-G--A-TGG---CAGGTGCTT--CAG-GC-A---A---T-CTC-G---AC-C-AT-CT-C---CAG----GCA-A-GCA--G--CAC--ATG-----TG----ATC-A--TG-GACA---T--A--TA-AA--T-TC-T-TT-G-T-TG-T-G-T-C--T-A---TTTT-C-A-A-T--A-A----TAGAGA--C--A-TTA-TTTAT-G-AA-AATTGGT
gi|30114 : CTCTCA-G-G--G-TGG---CAGGTGCTT--CAG-AC-A---A---T-CTC-G---AC-CCAT-TT-C---CAG----GCA-A-GCA--G--CAC--ATG-----TG----ATC-A--TG-GACA---T--A--TA-AC--T-TC-T-TT-G-T-TG-T-G-T-C--T-A---TTTT-C-A-A-T-AA-A----TAAAGA--C--A-TTA-TTTAT-G-AA-AATTGGT
gi|30115 : -G-G--A-TGG---CAGGTGCTT---AG-GC-A---A---T-CTC-G---AC-CCAT-T--C---CAG----GCA-A-GCA--G--CAC--ATG-----TG----ATC-A--T--GACA---T--A--TA-AA--T-TC-T-TTGG-T-TG-T-G-T-C--T-A---TTTT-C-A-AGT-AA-A----TAAAGA--C--A-TTA-TTTAT-G-AA-AATTGGT
gi|30116 : ccctCTCTCA-G-G--A-TGG---CAAGTGCTT--CAG-GC-A---A---T-CTC-A---AC-CCAT-AT-C---CAG----GCA-A-GCA--G--CAC--GTG-----TG----ATT-A--TG-GACA---T--A--TA-AA--T-TC-T-TT-G-T-TG-T-G-T-C--T-A---ATTT-C-A-A-T-AA-A----TAAAGA--C--A-TTA-TTTAT-G-AA-AATTGGT
gi|30117 : CCCTCA-G-G--A-TGG---CAGGTGCTT--CAG-GC-A-------T-CTC-G---AC-CCAT-T--C---CAG----GCA-A-GCA--G--CAC--GTG-----TG----ATC-A--TG-GACA---T--A--TA-AA--T-TC-T-TT-G-T-TG-T-G-T-C----A---TTTT-
gi|30118 : CCCTCA-G-G--A-TG----CAGGTGCT---CAG-GC-A---AA--T-CTC-G---AC-CCAT-TT-C---CAG----GCA-AGGCA--AGCCAC--GTG-----TG----AT--A--TG-GACA------A--TA-AA--T-TC-T-TT-G-C-TG-TGG-T-C--T-A---TTTT-C-A-ATT-AA-A----TAAA-A--C--ATTTA-TTTAT-G-AA-AA
gi|30119 : CTCTCA-G-G--A-TGG---CAGGTGCTT--CAG-GC-A---A---T-TTC-G---AC-CCAT-TT-C---CAG----GCA-A-GCA--A--TAC--ATG-----TG----ATC-A--TG-GACA---T--A--T--AA--T-TC-T-TT-G-T-TG-T-G-T-C--T-A---TTTT-C--------A-A----TAGAGA--C--A-TTA-TATGT-G-GC-AATTGGT
gi|30120 : CTCTCA-G-G--A-TGG---CAGGTGCTTT-CAG-GC-A---A---T-TTC-G---AC-CCAT----C---CAG----GCA-A-GCA--A--TAC--ATG-----TG----ATC-A--TG-GACA---T--A--T--AA--T-TC-T-TT-G-T-TG-T-G-T-C--T-A---ATTT-C--------A-A----TAGAGA--C--A-TTA-TATGT-G-GC-AATTGGTtgc
gi|30121 : CTCTCA-G-G--A-TGG---TAGGTGCTT--CAG-GC-A---A---T-CTC-G---AC-CCAT-TT-T---CAG----GCA-A-GCA--G--CTC--ATG-----TG----ATC-A--AG-GATA---T--G--TA-AA--T-TC-T-TT-G-T-TG-T-G-T-C--T-A---TTTT-C--------A-A----TAAAGA--C--A-TTA-TTTAT-G-AACAATTGGTtgc
gi|30122 : CTCTCA-G-G--A-TGG---CAGGTGCTT--CA-------------T-CAC-G---AT-CCAT-TT-C---CAG----GCA-A-ACA--A--CAC--ATG-----TA----ATT-A--TG-GACG---T--A--TA-CA--T-TC-T-TT-G-T-TG-T-G-T-C--T-A---TTTT-C-A-A-T-AA-A----TAAAGA--C--A-TTA-TTTAT-G-AA-AATTGGT
gi|30123 : CTCTCA-G-G--A-TG----CAGGTGCTT--CAG-GC-A---A---T-CTC-G---AC-C-AT-TT-C---C-G----ACAGA-GCA--G--CAC--ATG-----TG----ATC-A--TG-GACA---T--A--TA-AA--T-TC-T-TT-G-T-TG-T-G-T-T--T-A---TTT
gi|30124 : CTCTCA-G-G--AGTGGAGGCAGGTGCTT--CAG-GCAA---A---T-CAC-G---A--CCAT-TT-C---CAG----GCA-A-GCA--G--CAC--ATG-----TG----ATCAA--TG-GACA---T--A--TA-AA--T-TC-T-TT-G-T-TT-T-G-T-C--T-A---TTTT-C--------A-A----TAAAGA--C--T-TTA-TTTATAG-AA-AATTGGT
gi|30125 : CTCTCA-G-G--A-TGG---CAGTTG-TT--CAG-GC-A---A---T-CCC-G---AC-C------------AG----GCA-A-GCA--G--CAC--ATG-----TG----ATC-A--TG-GACA---T--A--TA-AA--T-TC-T-TT-G-T-TG-T-G-T-CT-T-A---TTTT-C-A-A-TCAA-A----TAAA-A--T--A-TTA-TTT-T-G-AA-AATTGGT
gi|30126 : CTCTCA-GTG--A-TGGG--CAGGTGCTT--CAG-GC-A---A---T-CTC-T---AC-CCAT-TT-CACGCAG----GC--A-GCA--G--CAC--CTG-----TG----ATC-A--TG-AACA---T--A--TATAA--TATCTT-TT-GTT-TG-T-G-T-C--T-A---TTTT-C-A-A-T-AA-G----TAAAGC--C--T-TTA--TTAT-G-AA-AATTGGT
gi|30127 : CTCTCT-G-G--A-TGG---CAGGTCCTT--CAG-AC-A---A---T-ATC-A---AG-CCAT-TT-C---CAG----GCA-A-GCA--T--CAT--ATG-----TA----ATC-A--TG-GACA--------------------------G-T-TG-T-G-T-C--T-A---TTTT-C-A-A-T-CA-A----T-AAGA--C--A-TTA-TTTAT-G-AA-AATTGGT
gi|30128 : CTCTCA-G-G--A-TGG---CAGGTTCTT--CAG-GC-A---A---T-CTT-G---AC-CCAT-TT-C---CAGGCTTGCA-A-GCA--G--CAA--ATG-----AG----ATC-A--TG-GGCA---T-----TA-AA--T-TA-T-TT-A-T-
gi|30129 : CTCTCA-G-GGGA-TGG---CAGGTGCCTTGCGG-GC-A---A---T-CTC-G---ACGCCAT-TTTC---CAG----GCA-A-GCA--G--CAC--GAG-----TG----ATC-A--TG-GACA---T--A--TA-AT--T-CT-T-TT-G-T-TG-T---T-C--T-A---TTTT-g
gi|30130 : CTCAAG-G--AGTGG---CAGATGCTT--CAG-GC-G---AATAT-CTC-GGACAC-C----TT-C---AAG----GCA-A-GCA--G--CAC--GTG-----TG----ATT-A--TG-GACA---T--A--TA-AAATT-TC-TCTT-G-T-TGAT-G-T-C--TGA---TTTT-CAA-A-T-AA-AAC--TAAAGA--CAAA-TTA-TTTAT-G-AA-AA
gi|30131 : cCTCA-G-G--A-TGAA--CAG-TGCTT--CGT-TC-A---A---T-CTC-----AC-CCAT-TT-C---AAG----GCA-A-GCA-----CAC--ATG-----TG----ATC-A--TG-GACA---T--A--TA-AA--T-TC-T-TT-G-T-TG-T-G-TCC--T-A---TATT-C-A-A-T-AA-A----TAAAGA--C--A-TTA-TTTAT-G-AA-AATTGGT
gi|30132 : CTCA-G-G--A-TGAA--CAG-TGCTT--CGT-TC-A---A---T-CTC-----AC-CCAT-TT-C---AAG----GCA-A-GCA-----CAC--ATG-----TG----ATC-A--TG-GACA---T--A--TA-AA--T-TC-T-TT-G-T-TG-T-G-TCC--T-A---TATT-C-A-A-T-AA-A----TAAAGA--C--A-TTA-TTTAT-G-AA-AATTGGT
gi|30133 : TCA-G-G--A-TGG---CAGGTGCTT--CAG-GC-A---A---T-CTC-G---AC-CCAT-TT-C---CAG----GCA-A-GCA--G--CAC--ATG-----TG----ATC-A--TG-GACA---T--A--TA-AA--T-CC-T-TT-G-T-CG-T-G-T-T--T-G---TTTT-C-A-G-T-AA-A----TAAAGT--C--A-ATA-ATTTT-G-AA-AATTGGT
gi|30134 : TCA-G-G--A-TGG---CAGGTGCTT--CGG-GC-A---A---T-CTC-G---A--TCA--TT-C---CAG----GCA-A-GCA--G--CAC--ATG-----TG----ATC-A--T--GACA---T--A--TA-AA--T-TC---TT-G-T-TG-T-G-T-C--T-A---TTTC-----A-T--A-A----TAAAGA--C--A-TTA-TTTAT-G-AA-AA
gi|30135 : -TGG---CAGGTGCTT--CAG-GA-A---A---T-CTC-G---AC-CCAC-TT-C---CAG----GCA-A-GCA--A--CAC--ACG-----TG----ATC-A--TG-GGCA---T--T--TA-AG--T-TC-T-TTCA-T-TT-T-G-T-T--T-A---TTTT-
Alignments
lowQualScore : 11
lowQualScore : 1 1 11 2 555 22 1 1 666 444 1 1 333 1 1 1 333 2222 1 2 11 11 11 33333 2222 1 22 2 333 11 11 1 11 1 1 1 2 1 2 1 1 1 2 33 1 333 1 666 2 1 1 4444 11 11 1 1 2 1 1
lowQualScore : . . .. . ... .. . . ... ... . . ... . . . ... .... . . .. .. .. ..... .... . .. . ... .. .. . .. . . . . . . . . . . .. . ... . ... . . . .... .. .. . . . . .
lowQualScore : 2 2 77 4 666 88 2 2 888 444 2 2 222 1 1 1 111 4444 1 2 55 55 55 99999 4444 1 66 2 555 55 55 1 55 1 1 1 2 1 2 1 1 1 3 99 1 111 2 888 7 3 3 7777 88 77 3 3 7 3 3
consensus : CTCTCA-G-G--A-TGG---CAGGTGCTT--CAG-GC-A---A---T-CTC-G---AC-CCAT-TT-C---CAG----GCA-A-GCA--G--CAC--ATG-----TG----ATC-A--TG-GACA---T--A--TA-AA--T-TC-T-TT-G-T-TG-T-G-T-C--T-A---TTTT-C-A-A-T-AA-A----TAAAGA--C--A-TTA-TTTAT-G-AA-AATTGGT
Reference ( family-552 ) : CTCTCA-G-G--A-TGG---CAGGTGCTT--CAG-GC-A---A---T-CTC-G---AC-CCAT-TT-C---CAG----GCA-A-GCA--G--CAC--ATG-----TG----ATC-A--TG-GACA---T--A--TA-AA--T-TC-T-TT-G-T-TG-T-G-T-C--T-A---TTTT-C-A-A-T-AA-A----TAAAGA--C--A-TTA-TTTAT-G-AA-AATTGGT
gi|30100 : CCCTCA-G-G--T-TGA---CAGGTGCTT---GG-GT-GT--A---T-CTC-A---GC-CCAT-TT-C---CAG----GTA-A-GCA--G--CAG--ATG-----TT----ATC-A--TG-CACC---C--T--TA-AA--A-TC-T-TT-C-A-TG-T-G-T-C--T-A---CTTT-T-T-A-G-AA-G----C-ATGT--CA-A-TTA-TTTGC-G-AA-AATTCGT
gi|30101 : atttgaCCCTCA-G-G--T-TGA---CAGGTGCTT---GG-GT-GT--A---T-CTC-A---GC-CCAT-TT-C---CAG----GTA-A-GCA--G--CAG--ATG-----CT----ATC-A--TG-CACC---C--T--TA-AA--A-TC-T-TT-C-A-TG-T-G-T-C--T-A---CTTT-T-T-A-G-AA-G----C-ATGT--CA-A-TTA-TTTGC-G-AA-AATTCGT
gi|30102 : atttgaCTCA-G-G--T-TGA---CAGGTGCTT----G-GT-GT--A---T-CTC-G----C-CCTT-TT-CA--CAG----GTA-A-GCA--G--CAG--AAG-----TT----TTC-A--TGCAACC---T-----TA-AA--A-TC-T-TT-C-A-TG-T-G-T-C--T-A---CTTT-T-T-A-G-AA-G----CATAGT--CA-A-TTA-TTTGC-G-AA-AATTCGT
gi|30103 : atttacgcCCCTCA-G-T----TGA---CAGGTGCTT--GGGTGT-A---A---T-CTC-A---GC-CCAT-TT-C---CAG----GTA-A-G----G--CCCGAATG-----T-----ATC-A--TG-CACC---C--T--TA-AA--T-CT-T-TC-A-TGTG-T-T-T-C--T-A---CTTT-----A-T-AA-G----C-ATGT--CA-A-TTATTTTGC-G-AA-AATTCGT
gi|30104 : atttgaCTCA-G-G--T-CCA---CAGGTGCTT----G-GT-GT--A---T-CTCAG---GC-CCAG-TT-C---CAG----GTA---GCA--G--CAG--ATG-----TT----ATC-A--TG-CACCCT-T--A--AA-AA--T-CT-T-TC-A-T-GG-T-G-T-C--T-A---CTTT-
gi|30105 : atttgacCCCTTA-G-G--G-TGA---CAGGTGCT-----G-GC-GTGTA---T-CTC-A---GC-CCATGTT-C---CAG----GTA-ATGCA--G--CAG--ATGT----TT----ATC-AC-TG-CACC---TTCA--AA-AA--T-CT-T-TC-A-A-TG-T-G-T-C--T-ACACTTTT-----A-G-AA-G----CAATGG--TCAA-TTA-TTTGCGG-AA-AATTttagaagccactggtcaattactttgcgaaaat
gi|30106 : atttgaT-TT-C---CAG----GAA-A-GCA--G--CAG--ATT-----TT----ATC-A--TG-TACCCTTT--A---A-AA--T-CC-T-TT-C-A-TG-T-G-T-CTTT-AC--TTTT-T-----T-AG-AGCATTCATGT--CA-A-TTA-TTTGC-G-AA-AATTCGTtcgt
gi|30107 : atttgaccctcagttgcacagttgcttggtgtatcgcacagcccttC-CCAT-TT-C---CAG----GTA-G-ACAATG--CAC--ACGCAGCTTGCATTATC-AAATG-TCCA---C--ACCTA-AA--A-TC-T-TT-C-A-TG-T-GGT-C--T-A---TTTT-T-AGA-A-AA-G----CAATGT--CA-A-TGA-TTTGT-GCGA-AAT
gi|30108 : attttggaccctcaggttgacacagaggtttggctgttgtgaagagactacagCTCTCA-G-G--G-TGG---CAGGTGCTT--CAG-GC-A---AA--T-CTC-G---AC-CCAT-TT-C---CAG----GCA-A-GCA--G--CA---GTG-----TG----AT--A--TG-GACA---T--A--TA-AA--T-TC-T-TT-G-TATG-T-G-T-C--T-A---TTTT-T-A-A-T-AA-A----TAAAGA--C--A-TTA-TTTAT-G-AA-AATTaaattcg
gi|30109 : atttctCTCA-G-G--A-TGG---CAGGTGCTT--CAG-GC-A---A---T-TTC-G---AC-CCAT-TT-C---CAG----GCA-A-GCA--G--CAC--GTG-----TG----ATC-A--TG-GACA---T--A--T--AA--T-TC-T-TT-G-T-TG-T-G-T-CT-T-T---TTTT-C-A-A-T-AATA----TAAAGA--C--A-TTA-TTTAT-G-AA-AAtg
gi|30110 : atttcCTCTCA-G-G--A-TGG---CAGGTGGTT--CAG-GC-----A---T-ATC-GA--AC-CAAT-TT-C---CAG----GCT-A-GCA--G--CAC--ATG-----TG----ATC-A--TGAGACA---T--A--TA-AA--T-TC-T-TT-G-T-TG-T-G-T-T--T-A---TTTT-C-A-A-T-AA-------AAAGA--C--A-TTA-TTTAT-G-AA-AATTGGT
gi|30111 : atttCTCTCA-G-G--A-TGA---CAGGTGCTT--CAG-GC-A---T---T-CTC-G---AC-CCAT-TT-C---CAG----GCA-A-GCA--G--CAA--ATG-----TG----ATT-A--TG-GACA---G--A--TA-AA--T-TC-T-TT-G-T-TG-T-G-T-C--T-A---TTTT-C-A-A-T-AA-A----TAGAGG--C--A-TTA-TTTAT-G-AA-AATTGGT
gi|30112 : CTCTCA-G-G--A-TGA---CAGGTGCTT--CAG-GC-A---A---TTCTC-G---AC-CCAT-TT-C---CAG----GCA-A-GCA--G--CAA--ATG-----TG----ATT-A--TG-GACA---G--A--TA-AA--T-TC-T-TT-G-T-TG-T-G-T-C--T-A---TTTTCC-A-A-T-AA-A----TATAGAGGC--A-TTA-TTTAT-G-AA-AATTGGT
gi|30113 : CTCTCA-G-G--A-TGG---CAGGTGCTT--CAG-GC-A---A---T-CTC-G---AC-C-AT-CT-C---CAG----GCA-A-GCA--G--CAC--ATG-----TG----ATC-A--TG-GACA---T--A--TA-AA--T-TC-T-TT-G-T-TG-T-G-T-C--T-A---TTTT-C-A-A-T--A-A----TAGAGA--C--A-TTA-TTTAT-G-AA-AATTGGT
gi|30114 : CTCTCA-G-G--G-TGG---CAGGTGCTT--CAG-AC-A---A---T-CTC-G---AC-CCAT-TT-C---CAG----GCA-A-GCA--G--CAC--ATG-----TG----ATC-A--TG-GACA---T--A--TA-AC--T-TC-T-TT-G-T-TG-T-G-T-C--T-A---TTTT-C-A-A-T-AA-A----TAAAGA--C--A-TTA-TTTAT-G-AA-AATTGGT
gi|30115 : -G-G--A-TGG---CAGGTGCTT---AG-GC-A---A---T-CTC-G---AC-CCAT-T--C---CAG----GCA-A-GCA--G--CAC--ATG-----TG----ATC-A--T--GACA---T--A--TA-AA--T-TC-T-TTGG-T-TG-T-G-T-C--T-A---TTTT-C-A-AGT-AA-A----TAAAGA--C--A-TTA-TTTAT-G-AA-AATTGGT
gi|30116 : ccctCTCTCA-G-G--A-TGG---CAAGTGCTT--CAG-GC-A---A---T-CTC-A---AC-CCAT-AT-C---CAG----GCA-A-GCA--G--CAC--GTG-----TG----ATT-A--TG-GACA---T--A--TA-AA--T-TC-T-TT-G-T-TG-T-G-T-C--T-A---ATTT-C-A-A-T-AA-A----TAAAGA--C--A-TTA-TTTAT-G-AA-AATTGGT
gi|30117 : CCCTCA-G-G--A-TGG---CAGGTGCTT--CAG-GC-A-------T-CTC-G---AC-CCAT-T--C---CAG----GCA-A-GCA--G--CAC--GTG-----TG----ATC-A--TG-GACA---T--A--TA-AA--T-TC-T-TT-G-T-TG-T-G-T-C----A---TTTT-
gi|30118 : CCCTCA-G-G--A-TG----CAGGTGCT---CAG-GC-A---AA--T-CTC-G---AC-CCAT-TT-C---CAG----GCA-AGGCA--AGCCAC--GTG-----TG----AT--A--TG-GACA------A--TA-AA--T-TC-T-TT-G-C-TG-TGG-T-C--T-A---TTTT-C-A-ATT-AA-A----TAAA-A--C--ATTTA-TTTAT-G-AA-AA
gi|30119 : CTCTCA-G-G--A-TGG---CAGGTGCTT--CAG-GC-A---A---T-TTC-G---AC-CCAT-TT-C---CAG----GCA-A-GCA--A--TAC--ATG-----TG----ATC-A--TG-GACA---T--A--T--AA--T-TC-T-TT-G-T-TG-T-G-T-C--T-A---TTTT-C--------A-A----TAGAGA--C--A-TTA-TATGT-G-GC-AATTGGT
gi|30120 : CTCTCA-G-G--A-TGG---CAGGTGCTTT-CAG-GC-A---A---T-TTC-G---AC-CCAT----C---CAG----GCA-A-GCA--A--TAC--ATG-----TG----ATC-A--TG-GACA---T--A--T--AA--T-TC-T-TT-G-T-TG-T-G-T-C--T-A---ATTT-C--------A-A----TAGAGA--C--A-TTA-TATGT-G-GC-AATTGGTtgc
gi|30121 : CTCTCA-G-G--A-TGG---TAGGTGCTT--CAG-GC-A---A---T-CTC-G---AC-CCAT-TT-T---CAG----GCA-A-GCA--G--CTC--ATG-----TG----ATC-A--AG-GATA---T--G--TA-AA--T-TC-T-TT-G-T-TG-T-G-T-C--T-A---TTTT-C--------A-A----TAAAGA--C--A-TTA-TTTAT-G-AACAATTGGTtgc
gi|30122 : CTCTCA-G-G--A-TGG---CAGGTGCTT--CA-------------T-CAC-G---AT-CCAT-TT-C---CAG----GCA-A-ACA--A--CAC--ATG-----TA----ATT-A--TG-GACG---T--A--TA-CA--T-TC-T-TT-G-T-TG-T-G-T-C--T-A---TTTT-C-A-A-T-AA-A----TAAAGA--C--A-TTA-TTTAT-G-AA-AATTGGT
gi|30123 : CTCTCA-G-G--A-TG----CAGGTGCTT--CAG-GC-A---A---T-CTC-G---AC-C-AT-TT-C---C-G----ACAGA-GCA--G--CAC--ATG-----TG----ATC-A--TG-GACA---T--A--TA-AA--T-TC-T-TT-G-T-TG-T-G-T-T--T-A---TTT
gi|30124 : CTCTCA-G-G--AGTGGAGGCAGGTGCTT--CAG-GCAA---A---T-CAC-G---A--CCAT-TT-C---CAG----GCA-A-GCA--G--CAC--ATG-----TG----ATCAA--TG-GACA---T--A--TA-AA--T-TC-T-TT-G-T-TT-T-G-T-C--T-A---TTTT-C--------A-A----TAAAGA--C--T-TTA-TTTATAG-AA-AATTGGT
gi|30125 : CTCTCA-G-G--A-TGG---CAGTTG-TT--CAG-GC-A---A---T-CCC-G---AC-C------------AG----GCA-A-GCA--G--CAC--ATG-----TG----ATC-A--TG-GACA---T--A--TA-AA--T-TC-T-TT-G-T-TG-T-G-T-CT-T-A---TTTT-C-A-A-TCAA-A----TAAA-A--T--A-TTA-TTT-T-G-AA-AATTGGT
gi|30126 : CTCTCA-GTG--A-TGGG--CAGGTGCTT--CAG-GC-A---A---T-CTC-T---AC-CCAT-TT-CACGCAG----GC--A-GCA--G--CAC--CTG-----TG----ATC-A--TG-AACA---T--A--TATAA--TATCTT-TT-GTT-TG-T-G-T-C--T-A---TTTT-C-A-A-T-AA-G----TAAAGC--C--T-TTA--TTAT-G-AA-AATTGGT
gi|30127 : CTCTCT-G-G--A-TGG---CAGGTCCTT--CAG-AC-A---A---T-ATC-A---AG-CCAT-TT-C---CAG----GCA-A-GCA--T--CAT--ATG-----TA----ATC-A--TG-GACA--------------------------G-T-TG-T-G-T-C--T-A---TTTT-C-A-A-T-CA-A----T-AAGA--C--A-TTA-TTTAT-G-AA-AATTGGT
gi|30128 : CTCTCA-G-G--A-TGG---CAGGTTCTT--CAG-GC-A---A---T-CTT-G---AC-CCAT-TT-C---CAGGCTTGCA-A-GCA--G--CAA--ATG-----AG----ATC-A--TG-GGCA---T-----TA-AA--T-TA-T-TT-A-T-
gi|30129 : CTCTCA-G-GGGA-TGG---CAGGTGCCTTGCGG-GC-A---A---T-CTC-G---ACGCCAT-TTTC---CAG----GCA-A-GCA--G--CAC--GAG-----TG----ATC-A--TG-GACA---T--A--TA-AT--T-CT-T-TT-G-T-TG-T---T-C--T-A---TTTT-g
gi|30130 : CTCAAG-G--AGTGG---CAGATGCTT--CAG-GC-G---AATAT-CTC-GGACAC-C----TT-C---AAG----GCA-A-GCA--G--CAC--GTG-----TG----ATT-A--TG-GACA---T--A--TA-AAATT-TC-TCTT-G-T-TGAT-G-T-C--TGA---TTTT-CAA-A-T-AA-AAC--TAAAGA--CAAA-TTA-TTTAT-G-AA-AA
gi|30131 : cCTCA-G-G--A-TGAA--CAG-TGCTT--CGT-TC-A---A---T-CTC-----AC-CCAT-TT-C---AAG----GCA-A-GCA-----CAC--ATG-----TG----ATC-A--TG-GACA---T--A--TA-AA--T-TC-T-TT-G-T-TG-T-G-TCC--T-A---TATT-C-A-A-T-AA-A----TAAAGA--C--A-TTA-TTTAT-G-AA-AATTGGT
gi|30132 : CTCA-G-G--A-TGAA--CAG-TGCTT--CGT-TC-A---A---T-CTC-----AC-CCAT-TT-C---AAG----GCA-A-GCA-----CAC--ATG-----TG----ATC-A--TG-GACA---T--A--TA-AA--T-TC-T-TT-G-T-TG-T-G-TCC--T-A---TATT-C-A-A-T-AA-A----TAAAGA--C--A-TTA-TTTAT-G-AA-AATTGGT
gi|30133 : TCA-G-G--A-TGG---CAGGTGCTT--CAG-GC-A---A---T-CTC-G---AC-CCAT-TT-C---CAG----GCA-A-GCA--G--CAC--ATG-----TG----ATC-A--TG-GACA---T--A--TA-AA--T-CC-T-TT-G-T-CG-T-G-T-T--T-G---TTTT-C-A-G-T-AA-A----TAAAGT--C--A-ATA-ATTTT-G-AA-AATTGGT
gi|30134 : TCA-G-G--A-TGG---CAGGTGCTT--CGG-GC-A---A---T-CTC-G---A--TCA--TT-C---CAG----GCA-A-GCA--G--CAC--ATG-----TG----ATC-A--T--GACA---T--A--TA-AA--T-TC---TT-G-T-TG-T-G-T-C--T-A---TTTC-----A-T--A-A----TAAAGA--C--A-TTA-TTTAT-G-AA-AA
gi|30135 : -TGG---CAGGTGCTT--CAG-GA-A---A---T-CTC-G---AC-CCAC-TT-C---CAG----GCA-A-GCA--A--CAC--ACG-----TG----ATC-A--TG-GGCA---T--T--TA-AG--T-TC-T-TTCA-T-TT-T-G-T-T--T-A---TTTT-
blockSeqs : A T GG G AGG TG T A TGT ATA T A GAC G G T ACG GCTT G T AT GC GA CAGCT CATT A AA C CTT TC CC T AT A T C G T G A G G C TT G CAC C AG G C T GCAT GG CA T T G C C
blockSeqs : . . . G G T . . T A . . A . . . A . . G . . . T . . C A CT . . . . . . . C . A . . . C T . C . AA T . . AC . AA . . A . .
blockSeqs : . . . . A . . . T A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . T . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : *** **
originalCons : CTCTCA-G-G--A-TGG---CAGGTGCTT--CAG-GC-A---A---T-CTC-G---AC-CCAT-TT-C---CAG----GCA-A-GCA--G--CAC--ATG-----TG----ATC-A--TG-GACA---T--A--TA-AA--T-TC-T-TT-G-T-TG-T-G-T-C--T-A---TTTT-C-A-A-T-AA-A----TAAAGA--C--A-TTA-TTTAT-G-AA-AATTGGT
finalCons : CTCTCA-G-G--A-TGG---CAGGTGCTT--CAG-GC-A---A---T-CTC-G---AC-CCAT-TT-C---CAG----GCA-A-GCA--G--CAC--ATG-----TG----ATC-A--TG-GACA---T--A--TA-AA--T-TC-T-TT-G-T-TG-T-G-T-C--T-A---TTTT-C-A-A-T-AA-A----TAAAGA--C--A-TTA-TTTAT-G-AA-AATTGGT
Alignments
lowQualScore : 11
lowQualScore : 1 1 11 2 555 22 1 1 666 444 1 1 333 1 1 1 333 2222 1 2 11 11 11 33333 2222 1 22 2 333 11 11 1 11 1 1 1 2 1 2 1 1 1 2 33 1 333 1 666 2 1 1 4444 11 11 1 1 2 1 1
lowQualScore : . . .. . ... .. . . ... ... . . ... . . . ... .... . . .. .. .. ..... .... . .. . ... .. .. . .. . . . . . . . . . . .. . ... . ... . . . .... .. .. . . . . .
lowQualScore : 2 2 77 4 666 88 2 2 888 444 2 2 222 1 1 1 111 4444 1 2 55 55 55 99999 4444 1 66 2 555 55 55 1 55 1 1 1 2 1 2 1 1 1 3 99 1 111 2 888 7 3 3 7777 88 77 3 3 7 3 3
consensus : CTCTCA-G-G--A-TGG---CAGGTGCTT--CAG-GC-A---A---T-CTC-G---AC-CCAT-TT-C---CAG----GCA-A-GCA--G--CAC--ATG-----TG----ATC-A--TG-GACA---T--A--TA-AA--T-TC-T-TT-G-T-TG-T-G-T-C--T-A---TTTT-C-A-A-T-AA-A----TAAAGA--C--A-TTA-TTTAT-G-AA-AATTGGT
Reference ( family-552 ) : CTCTCA-G-G--A-TGG---CAGGTGCTT--CAG-GC-A---A---T-CTC-G---AC-CCAT-TT-C---CAG----GCA-A-GCA--G--CAC--ATG-----TG----ATC-A--TG-GACA---T--A--TA-AA--T-TC-T-TT-G-T-TG-T-G-T-C--T-A---TTTT-C-A-A-T-AA-A----TAAAGA--C--A-TTA-TTTAT-G-AA-AATTGGT
gi|30100 : CCCTCA-G-G--T-TGA---CAGGTGCTT---GG-GT-GT--A---T-CTC-A---GC-CCAT-TT-C---CAG----GTA-A-GCA--G--CAG--ATG-----TT----ATC-A--TG-CACC---C--T--TA-AA--A-TC-T-TT-C-A-TG-T-G-T-C--T-A---CTTT-T-T-A-G-AA-G----C-ATGT--CA-A-TTA-TTTGC-G-AA-AATTCGT
gi|30101 : atttgaCCCTCA-G-G--T-TGA---CAGGTGCTT---GG-GT-GT--A---T-CTC-A---GC-CCAT-TT-C---CAG----GTA-A-GCA--G--CAG--ATG-----CT----ATC-A--TG-CACC---C--T--TA-AA--A-TC-T-TT-C-A-TG-T-G-T-C--T-A---CTTT-T-T-A-G-AA-G----C-ATGT--CA-A-TTA-TTTGC-G-AA-AATTCGT
gi|30102 : atttgaCTCA-G-G--T-TGA---CAGGTGCTT----G-GT-GT--A---T-CTC-G----C-CCTT-TT-CA--CAG----GTA-A-GCA--G--CAG--AAG-----TT----TTC-A--TGCAACC---T-----TA-AA--A-TC-T-TT-C-A-TG-T-G-T-C--T-A---CTTT-T-T-A-G-AA-G----CATAGT--CA-A-TTA-TTTGC-G-AA-AATTCGT
gi|30103 : atttacgcCCCTCA-G-T----TGA---CAGGTGCTT--GGGTGT-A---A---T-CTC-A---GC-CCAT-TT-C---CAG----GTA-A-G----G--CCCGAATG-----T-----ATC-A--TG-CACC---C--T--TA-AA--T-CT-T-TC-A-TGTG-T-T-T-C--T-A---CTTT-----A-T-AA-G----C-ATGT--CA-A-TTATTTTGC-G-AA-AATTCGT
gi|30104 : atttgaCTCA-G-G--T-CCA---CAGGTGCTT----G-GT-GT--A---T-CTCAG---GC-CCAG-TT-C---CAG----GTA---GCA--G--CAG--ATG-----TT----ATC-A--TG-CACCCT-T--A--AA-AA--T-CT-T-TC-A-T-GG-T-G-T-C--T-A---CTTT-
gi|30105 : atttgacCCCTTA-G-G--G-TGA---CAGGTGCT-----G-GC-GTGTA---T-CTC-A---GC-CCATGTT-C---CAG----GTA-ATGCA--G--CAG--ATGT----TT----ATC-AC-TG-CACC---TTCA--AA-AA--T-CT-T-TC-A-A-TG-T-G-T-C--T-ACACTTTT-----A-G-AA-G----CAATGG--TCAA-TTA-TTTGCGG-AA-AATTttagaagccactggtcaattactttgcgaaaat
gi|30106 : atttgaT-TT-C---CAG----GAA-A-GCA--G--CAG--ATT-----TT----ATC-A--TG-TACCCTTT--A---A-AA--T-CC-T-TT-C-A-TG-T-G-T-CTTT-AC--TTTT-T-----T-AG-AGCATTCATGT--CA-A-TTA-TTTGC-G-AA-AATTCGTtcgt
gi|30107 : atttgaccctcagttgcacagttgcttggtgtatcgcacagcccttC-CCAT-TT-C---CAG----GTA-G-ACAATG--CAC--ACGCAGCTTGCATTATC-AAATG-TCCA---C--ACCTA-AA--A-TC-T-TT-C-A-TG-T-GGT-C--T-A---TTTT-T-AGA-A-AA-G----CAATGT--CA-A-TGA-TTTGT-GCGA-AAT
gi|30108 : attttggaccctcaggttgacacagaggtttggctgttgtgaagagactacagCTCTCA-G-G--G-TGG---CAGGTGCTT--CAG-GC-A---AA--T-CTC-G---AC-CCAT-TT-C---CAG----GCA-A-GCA--G--CA---GTG-----TG----AT--A--TG-GACA---T--A--TA-AA--T-TC-T-TT-G-TATG-T-G-T-C--T-A---TTTT-T-A-A-T-AA-A----TAAAGA--C--A-TTA-TTTAT-G-AA-AATTaaattcg
gi|30109 : atttctCTCA-G-G--A-TGG---CAGGTGCTT--CAG-GC-A---A---T-TTC-G---AC-CCAT-TT-C---CAG----GCA-A-GCA--G--CAC--GTG-----TG----ATC-A--TG-GACA---T--A--T--AA--T-TC-T-TT-G-T-TG-T-G-T-CT-T-T---TTTT-C-A-A-T-AATA----TAAAGA--C--A-TTA-TTTAT-G-AA-AAtg
gi|30110 : atttcCTCTCA-G-G--A-TGG---CAGGTGGTT--CAG-GC-----A---T-ATC-GA--AC-CAAT-TT-C---CAG----GCT-A-GCA--G--CAC--ATG-----TG----ATC-A--TGAGACA---T--A--TA-AA--T-TC-T-TT-G-T-TG-T-G-T-T--T-A---TTTT-C-A-A-T-AA-------AAAGA--C--A-TTA-TTTAT-G-AA-AATTGGT
gi|30111 : atttCTCTCA-G-G--A-TGA---CAGGTGCTT--CAG-GC-A---T---T-CTC-G---AC-CCAT-TT-C---CAG----GCA-A-GCA--G--CAA--ATG-----TG----ATT-A--TG-GACA---G--A--TA-AA--T-TC-T-TT-G-T-TG-T-G-T-C--T-A---TTTT-C-A-A-T-AA-A----TAGAGG--C--A-TTA-TTTAT-G-AA-AATTGGT
gi|30112 : CTCTCA-G-G--A-TGA---CAGGTGCTT--CAG-GC-A---A---TTCTC-G---AC-CCAT-TT-C---CAG----GCA-A-GCA--G--CAA--ATG-----TG----ATT-A--TG-GACA---G--A--TA-AA--T-TC-T-TT-G-T-TG-T-G-T-C--T-A---TTTTCC-A-A-T-AA-A----TATAGAGGC--A-TTA-TTTAT-G-AA-AATTGGT
gi|30113 : CTCTCA-G-G--A-TGG---CAGGTGCTT--CAG-GC-A---A---T-CTC-G---AC-C-AT-CT-C---CAG----GCA-A-GCA--G--CAC--ATG-----TG----ATC-A--TG-GACA---T--A--TA-AA--T-TC-T-TT-G-T-TG-T-G-T-C--T-A---TTTT-C-A-A-T--A-A----TAGAGA--C--A-TTA-TTTAT-G-AA-AATTGGT
gi|30114 : CTCTCA-G-G--G-TGG---CAGGTGCTT--CAG-AC-A---A---T-CTC-G---AC-CCAT-TT-C---CAG----GCA-A-GCA--G--CAC--ATG-----TG----ATC-A--TG-GACA---T--A--TA-AC--T-TC-T-TT-G-T-TG-T-G-T-C--T-A---TTTT-C-A-A-T-AA-A----TAAAGA--C--A-TTA-TTTAT-G-AA-AATTGGT
gi|30115 : -G-G--A-TGG---CAGGTGCTT---AG-GC-A---A---T-CTC-G---AC-CCAT-T--C---CAG----GCA-A-GCA--G--CAC--ATG-----TG----ATC-A--T--GACA---T--A--TA-AA--T-TC-T-TTGG-T-TG-T-G-T-C--T-A---TTTT-C-A-AGT-AA-A----TAAAGA--C--A-TTA-TTTAT-G-AA-AATTGGT
gi|30116 : ccctCTCTCA-G-G--A-TGG---CAAGTGCTT--CAG-GC-A---A---T-CTC-A---AC-CCAT-AT-C---CAG----GCA-A-GCA--G--CAC--GTG-----TG----ATT-A--TG-GACA---T--A--TA-AA--T-TC-T-TT-G-T-TG-T-G-T-C--T-A---ATTT-C-A-A-T-AA-A----TAAAGA--C--A-TTA-TTTAT-G-AA-AATTGGT
gi|30117 : CCCTCA-G-G--A-TGG---CAGGTGCTT--CAG-GC-A-------T-CTC-G---AC-CCAT-T--C---CAG----GCA-A-GCA--G--CAC--GTG-----TG----ATC-A--TG-GACA---T--A--TA-AA--T-TC-T-TT-G-T-TG-T-G-T-C----A---TTTT-
gi|30118 : CCCTCA-G-G--A-TG----CAGGTGCT---CAG-GC-A---AA--T-CTC-G---AC-CCAT-TT-C---CAG----GCA-AGGCA--AGCCAC--GTG-----TG----AT--A--TG-GACA------A--TA-AA--T-TC-T-TT-G-C-TG-TGG-T-C--T-A---TTTT-C-A-ATT-AA-A----TAAA-A--C--ATTTA-TTTAT-G-AA-AA
gi|30119 : CTCTCA-G-G--A-TGG---CAGGTGCTT--CAG-GC-A---A---T-TTC-G---AC-CCAT-TT-C---CAG----GCA-A-GCA--A--TAC--ATG-----TG----ATC-A--TG-GACA---T--A--T--AA--T-TC-T-TT-G-T-TG-T-G-T-C--T-A---TTTT-C--------A-A----TAGAGA--C--A-TTA-TATGT-G-GC-AATTGGT
gi|30120 : CTCTCA-G-G--A-TGG---CAGGTGCTTT-CAG-GC-A---A---T-TTC-G---AC-CCAT----C---CAG----GCA-A-GCA--A--TAC--ATG-----TG----ATC-A--TG-GACA---T--A--T--AA--T-TC-T-TT-G-T-TG-T-G-T-C--T-A---ATTT-C--------A-A----TAGAGA--C--A-TTA-TATGT-G-GC-AATTGGTtgc
gi|30121 : CTCTCA-G-G--A-TGG---TAGGTGCTT--CAG-GC-A---A---T-CTC-G---AC-CCAT-TT-T---CAG----GCA-A-GCA--G--CTC--ATG-----TG----ATC-A--AG-GATA---T--G--TA-AA--T-TC-T-TT-G-T-TG-T-G-T-C--T-A---TTTT-C--------A-A----TAAAGA--C--A-TTA-TTTAT-G-AACAATTGGTtgc
gi|30122 : CTCTCA-G-G--A-TGG---CAGGTGCTT--CA-------------T-CAC-G---AT-CCAT-TT-C---CAG----GCA-A-ACA--A--CAC--ATG-----TA----ATT-A--TG-GACG---T--A--TA-CA--T-TC-T-TT-G-T-TG-T-G-T-C--T-A---TTTT-C-A-A-T-AA-A----TAAAGA--C--A-TTA-TTTAT-G-AA-AATTGGT
gi|30123 : CTCTCA-G-G--A-TG----CAGGTGCTT--CAG-GC-A---A---T-CTC-G---AC-C-AT-TT-C---C-G----ACAGA-GCA--G--CAC--ATG-----TG----ATC-A--TG-GACA---T--A--TA-AA--T-TC-T-TT-G-T-TG-T-G-T-T--T-A---TTT
gi|30124 : CTCTCA-G-G--AGTGGAGGCAGGTGCTT--CAG-GCAA---A---T-CAC-G---A--CCAT-TT-C---CAG----GCA-A-GCA--G--CAC--ATG-----TG----ATCAA--TG-GACA---T--A--TA-AA--T-TC-T-TT-G-T-TT-T-G-T-C--T-A---TTTT-C--------A-A----TAAAGA--C--T-TTA-TTTATAG-AA-AATTGGT
gi|30125 : CTCTCA-G-G--A-TGG---CAGTTG-TT--CAG-GC-A---A---T-CCC-G---AC-C------------AG----GCA-A-GCA--G--CAC--ATG-----TG----ATC-A--TG-GACA---T--A--TA-AA--T-TC-T-TT-G-T-TG-T-G-T-CT-T-A---TTTT-C-A-A-TCAA-A----TAAA-A--T--A-TTA-TTT-T-G-AA-AATTGGT
gi|30126 : CTCTCA-GTG--A-TGGG--CAGGTGCTT--CAG-GC-A---A---T-CTC-T---AC-CCAT-TT-CACGCAG----GC--A-GCA--G--CAC--CTG-----TG----ATC-A--TG-AACA---T--A--TATAA--TATCTT-TT-GTT-TG-T-G-T-C--T-A---TTTT-C-A-A-T-AA-G----TAAAGC--C--T-TTA--TTAT-G-AA-AATTGGT
gi|30127 : CTCTCT-G-G--A-TGG---CAGGTCCTT--CAG-AC-A---A---T-ATC-A---AG-CCAT-TT-C---CAG----GCA-A-GCA--T--CAT--ATG-----TA----ATC-A--TG-GACA--------------------------G-T-TG-T-G-T-C--T-A---TTTT-C-A-A-T-CA-A----T-AAGA--C--A-TTA-TTTAT-G-AA-AATTGGT
gi|30128 : CTCTCA-G-G--A-TGG---CAGGTTCTT--CAG-GC-A---A---T-CTT-G---AC-CCAT-TT-C---CAGGCTTGCA-A-GCA--G--CAA--ATG-----AG----ATC-A--TG-GGCA---T-----TA-AA--T-TA-T-TT-A-T-
gi|30129 : CTCTCA-G-GGGA-TGG---CAGGTGCCTTGCGG-GC-A---A---T-CTC-G---ACGCCAT-TTTC---CAG----GCA-A-GCA--G--CAC--GAG-----TG----ATC-A--TG-GACA---T--A--TA-AT--T-CT-T-TT-G-T-TG-T---T-C--T-A---TTTT-g
gi|30130 : CTCAAG-G--AGTGG---CAGATGCTT--CAG-GC-G---AATAT-CTC-GGACAC-C----TT-C---AAG----GCA-A-GCA--G--CAC--GTG-----TG----ATT-A--TG-GACA---T--A--TA-AAATT-TC-TCTT-G-T-TGAT-G-T-C--TGA---TTTT-CAA-A-T-AA-AAC--TAAAGA--CAAA-TTA-TTTAT-G-AA-AA
gi|30131 : cCTCA-G-G--A-TGAA--CAG-TGCTT--CGT-TC-A---A---T-CTC-----AC-CCAT-TT-C---AAG----GCA-A-GCA-----CAC--ATG-----TG----ATC-A--TG-GACA---T--A--TA-AA--T-TC-T-TT-G-T-TG-T-G-TCC--T-A---TATT-C-A-A-T-AA-A----TAAAGA--C--A-TTA-TTTAT-G-AA-AATTGGT
gi|30132 : CTCA-G-G--A-TGAA--CAG-TGCTT--CGT-TC-A---A---T-CTC-----AC-CCAT-TT-C---AAG----GCA-A-GCA-----CAC--ATG-----TG----ATC-A--TG-GACA---T--A--TA-AA--T-TC-T-TT-G-T-TG-T-G-TCC--T-A---TATT-C-A-A-T-AA-A----TAAAGA--C--A-TTA-TTTAT-G-AA-AATTGGT
gi|30133 : TCA-G-G--A-TGG---CAGGTGCTT--CAG-GC-A---A---T-CTC-G---AC-CCAT-TT-C---CAG----GCA-A-GCA--G--CAC--ATG-----TG----ATC-A--TG-GACA---T--A--TA-AA--T-CC-T-TT-G-T-CG-T-G-T-T--T-G---TTTT-C-A-G-T-AA-A----TAAAGT--C--A-ATA-ATTTT-G-AA-AATTGGT
gi|30134 : TCA-G-G--A-TGG---CAGGTGCTT--CGG-GC-A---A---T-CTC-G---A--TCA--TT-C---CAG----GCA-A-GCA--G--CAC--ATG-----TG----ATC-A--T--GACA---T--A--TA-AA--T-TC---TT-G-T-TG-T-G-T-C--T-A---TTTC-----A-T--A-A----TAAAGA--C--A-TTA-TTTAT-G-AA-AA
gi|30135 : -TGG---CAGGTGCTT--CAG-GA-A---A---T-CTC-G---AC-CCAC-TT-C---CAG----GCA-A-GCA--A--CAC--ACG-----TG----ATC-A--TG-GGCA---T--T--TA-AG--T-TC-T-TTCA-T-TT-T-G-T-T--T-A---TTTT-