lowQualScore : 2 2 2 2 1 1 2 1 11 11 1 444444 1 1 11 1 1 3333 11 1 1 1 1 1 1 1 1 111 444 666666 11 222 1 1
lowQualScore : . . . . . . . . .. .. . ...... . . .. . . .... .. . . . . . . . . ... ... ...... .. ... . .
lowQualScore : 2 2 5 5 2 2 4 2 66 66 8 333333 1 1 55 1 1 5555 55 1 1 1 1 1 1 1 1 999 666 777777 55 000 2 5
consensus : AAATAAGAA-A-CA-A-GAC-T-T-G-GT--TGC--TTA------A-CT-C--CG-T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAA------A--AC---T-ATGTC-TAA
Reference ( gi|76252 ) : AAATAAGAA-A-CA-A-GAC-T-T-G-GT--TGC--TTA------A-CT-C--CA-T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAA------A--AC---T-ATGTC-TAA
gi|76254 : AAATAAGAA-A-CA-A-GAC-T-T-G-GT--TGC--TTA------A-CT----CA-T-TG---GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAA------A--AC---T-ATGTC-TAA
gi|76255 : AAATAAGAA-A-CA-A-GAC-T-TTG-GT--TGC--TTA------A-CT-C--CA-T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAA------A--AC---G-GTGTC-
gi|76256 : AAATAAAAA-A-CA-A-GAC-T-C-G-GT--TGC--TTA------A-CT-C--CA-T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAAT-----A--AC---A-ATGTC-TAA
gi|76257 : AAATAAGAA-A-CA-A-GAT-T-T-G-GT--TGC--TTA------A-CG-C--AA-T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAA------A--GC---T-ATATC-
gi|76253 : AAA-AAGAA-A-CA-A-GAC-T-T-G-GT--TGC--TTA------A-CT-C--CA-A-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAATACAGTA--AC---T-ATGTC-
gi|76259 : AAATAAGAA-A-CA-ATGAC-T-T-A-GT--TGC--TTA------A-CT-T--CA-T-T----G---T-CTAT-T---G-A-A-G-TA---G---AAA------A--AA---T-ATGTC-TAA
gi|76260 : AAATAAGAA-A-CA-A-GAC-T-T-G-GT--TGC--T-A------A-CT-C--CA-T-T----GC--T-CTAC-A-G-G-A-A-T-TA---G---AAA------A--AC---T-
gi|76258 : AAATAG--A-A-CA-A-GAC-T-T-G-GT--TGC--TTA------ACCT-C--CATT-T----GC--T-CTAT-T-G-G---A-G-TA---GT--AAA------A--AC---T-ATGTC-
gi|76266 : aaAAGTAAAAA-C-CA-A-GAC-T-T-C-GT--TGG--TTA------C-CT-C--CA-T-T----AC--T-CTGT-T-G-C-A-A-G-TA---G---AAA------A--AC---T-ACGTC-TA
gi|76263 : aAAATAAGAA-A-CA---GAC-T-TTG-GT--T-C--TTA------A-CT-C--AC-T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-GATA---G---AAA------A--AC---T-ATG
gi|76267 : aaAAGTAAAAA-C-CA-A-GAC-T-T-C-GT--TGG--TTA------C-CT-C--CA-T-T----AC--T-CTGT-T-G-C-A-A-G-TA---G---AAA------A--AC---T-ACGTC-
gi|76262 : aAAAT--GAA-A-CA-A-G-T-T-T-G-TT--TGC--TCC------A-CT-C--CA-T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAA------A--AC---
gi|76265 : aAAATAAGAA-A-CA-A-GACTT-T-G-GT--TGCCTTTA------A-GC-CGGTA-T-T----AT--C-CTAT-T-GCG-A-A-G-TA---G---AAA------A--AC---T-AT
gi|76264 : AAATAAAAA-A-CA-A--AC-T-T-T-GT--TGC--TAA------A-CTTC--CA-TGT----GCAATACTATGT-G-G-ACA-G-TA---G---AAA------A--AG---T-ATGTC-TAA
gi|76268 : aaAAAGAAAAA-ATCA-ACGAC-T-T-G-GG--TGT--TTA------A-CT-C--CT-T-TATGGGC--T-CTAT-TCG-G-A-A-A-TA---T---GAA------A--AC---TCATGCC-
gi|76271 : AAAAATA-TA-G-AAC-C-T-G-GT--TG---TTA------A-CT-C--CG-T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-T----G---AAA------C--AC---T-ATGTT-TA
gi|76269 : AA-A-TATA-GAC-C-T-G-GT--TGC--T-A------A-CT-C--CA-T-A----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAA------A--AC---T-ATGTC-
gi|76261 : agacaA-A-CATA-GAA-T-T-G-GT--TGC--TTT------G-CT-T--CG-T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAA------A--AC---T-ATG
gi|76273 : aaacacA-A-GAC-T-T-G-GT--TGC--T-A------A-CT-C--CA-T-T----GC--T-ATAT-T-A-GTG-A-A-CA---G---ACA------A--AC---T-
gi|76274 : aa-A-GAC-T-T-A-GT--TGC--TTA------A-CT-C--CG-T-T----GC--T-CTAT-T-G-T-A-A-G-TA---G---AAA------A--AC---T-ATGTC-
gi|76275 : -A-GAC-T-T-G-GT--TGC--TTA------A-CT-C--CA-T-T----GC--T-CTTT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAA------A--GC---T-AT
gi|76270 : -A-GAC-C-T-G-GT--TGC--TTA------A-CT-C--CG-T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TACATGTATAAA------A--AC---T-ATATC-
gi|76276 : aagat-A-GAC-T-T-A-GC--TGC--TCA------A-CT-C--CT-T-T----GC--T-CTGT-T-G-G-A-A-G-TA---G----AA------A--AC---T-ATATC-
gi|76277 : -A-GAA-T-T-G-GT--TGT--TTA------A-CT-C--CG-T-T----GC--T-CTGT-T-G-G-A-A-A-TA---G---AAA------A--ACTTAT-ATATC-
gi|76278 : -A-GAC-C-T-G-GT--TGC--TTA------A-CT-----G-T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-GA---G---AAA------A--AC---T-ATATG-TA
gi|76279 : -A-AAC-T-T-G-GT--TGC--TTA------A-CT-C--TG-T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-CA---A---AAA------T--AC---T-AAGCC-
gi|76272 : -A-GAC-T-T-G-GT--TGC--TAA------A-CT-C--GG-T-T----GT--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAA------A--A
gi|76280 : agaat-A-GAT-T-T-G-CT--TGC--T-A------A-CT-C--CA-T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAATTTT--AATAC---T-ATATC-
gi|76281 : -A-GAC-T-T-G-GC--TGC--TTACTAGTAA-CT-C--CG-A-C----GC--T-CTGT-T-G-G-A-A-G-TA---GAA-AAA------A--AC---T-ATATC-
gi|76283 : -A-GAC-A-T-T-GT--TAC--ATA--------CT-C--CA-T-T----GC--C-CTAT-T-G-A-A-A-G-TA---G---AGA------A--AC---T-ATGT
gi|76282 : -A-GAC-T-T-GTGTCTTG---TTA------A-CT-T--CG-T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAG------A--AC---A-ATG
gi|76284 : -A-GAC-A-T-T-GT--TGC----AC-----A-CT-C--CA-T-T-----C--C-CTAT-T-G-A-A-A-G-TA---G---AGA------A--AC---T-ATGTT-
gi|76285 : AC-TGT-A-GT--TGC--T-A------A-CT-C--C--T-T----GC--T-CTAT-T-G-T-A-A-G-TA---G---AAA------A--AC---T-ATGTC-
gi|76286 : AC-C-T-G-GT--TGC--TAA------A-CT-T--CA-T-A----G---T-CTAT-T-G-G-A-ACG-TA---G---AAA------A--AC---T-ATGTC-
gi|76287 : --TGT--TTA------A-CT-G--TA-T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAA------A--AC---T-ATGTCGTAA
gi|76288 : A------A-CT-C--CA-T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAA------A--AT---C-ATGTC-TAA
Alignments
lowQualScore : 2 2 2 2 1 1 2 1 11 11 444444 1 1 6666 1 2222 11 1 1 1 1 1 1 1 1 111 444 666666 11 111 1 1
lowQualScore : . . . . . . . . .. .. ...... . . .... . .... .. . . . . . . . . ... ... ...... .. ... . .
lowQualScore : 1 1 4 4 1 1 3 1 55 55 222222 1 1 1111 1 3333 55 1 1 1 1 1 1 1 1 999 555 555555 55 999 1 5
consensus : AAATAAGAA-A-CA-A-GAC-T-T-G-GT--TGC--TTA------A-CT-CCG---T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAA------A--AC---T-ATGTC-TAA
Reference ( family-547 ) : AAATAAGAA-A-CA-A-GAC-T-T-G-GT--TGC--TTA------A-CT-CCG---T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAA------A--AC---T-ATGTC-TAA
gi|76252 : AAATAAGAA-A-CA-A-GAC-T-T-G-GT--TGC--TTA------A-CT-CCA---T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAA------A--AC---T-ATGTC-TAA
gi|76253 : AAA-AAGAA-A-CA-A-GAC-T-T-G-GT--TGC--TTA------A-CT-CCA---A-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAATACAGTA--AC---T-ATGTC-
gi|76254 : AAATAAGAA-A-CA-A-GAC-T-T-G-GT--TGC--TTA------A-CT-CAT---T-G----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAA------A--AC---T-ATGTC-TAA
gi|76255 : AAATAAGAA-A-CA-A-GAC-T-TTG-GT--TGC--TTA------A-CT-CCA---T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAA------A--AC---G-GTGTC-
gi|76256 : AAATAAAAA-A-CA-A-GAC-T-C-G-GT--TGC--TTA------A-CT-CCA---T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAAT-----A--AC---A-ATGTC-TAA
gi|76257 : AAATAAGAA-A-CA-A-GAT-T-T-G-GT--TGC--TTA------A-CG-CAA---T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAA------A--GC---T-ATATC-
gi|76258 : AAATAG--A-A-CA-A-GAC-T-T-G-GT--TGC--TTA------ACCT-CCAT--T-T----GC--T-CTAT-T-G-G---A-G-TA---GT--AAA------A--AC---T-ATGTC-
gi|76259 : aaAAATAAGAA-A-CA-ATGAC-T-T-A-GT--TGC--TTA------A-CT-TCA---T-T----G---T-CTAT-T-G---A-A-G-TA---G---AAA------A--AA---T-ATGTC-TAA
gi|76260 : AAATAAGAA-A-CA-A-GAC-T-T-G-GT--TGC---TA------A-CT-CCA---T-T----GC--T-CTAC-A-G-G-A-A-T-TA---G---AAA------A--AC---T-
gi|76261 : A-A-CATA-GAA-T-T-G-GT--TGC--TTT------G-CT-TCG---T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAA------A--AC---T-ATG
gi|76262 : aaacacAAAT--GAA-A-CA-A-G-T-T-T-G-TT--TGC--TCC------A-CT-CCA---T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAA------A--AC---
gi|76263 : aAAATAAGAA-A-CA---GAC-T-TTG-GT--T-C--TTA------A-CT-CAC---T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-GATA---G---AAA------A--AC---T-ATG
gi|76264 : aaAAATAAAAA-A-CA-A--AC-T-T-T-GT--TGC--TAA------A-CTTCCA---TGT----GCAATACTATGT-G-G-ACA-G-TA---G---AAA------A--AG---T-ATGTC-TAA
gi|76265 : aaAAATAAGAA-A-CA-A-GACTT-T-G-GT--TGCCTTTA------A--G-CCGGTAT-T----AT--C-CTAT-T-GCG-A-A-G-TA---G---AAA------A--AC---T-AT
gi|76266 : AAGTAAAAA-C-CA-A-GAC-T-T-C-GT--TGG--TTA------C-CT-CCA---T-T----AC--T-CTGT-T-G-C-A-A-G-TA---G---AAA------A--AC---T-ACGTC-TA
gi|76267 : aAAGTAAAAA-C-CA-A-GAC-T-T-C-GT--TGG--TTA------C-CT-CCA---T-T----AC--T-CTGT-T-G-C-A-A-G-TA---G---AAA------A--AC---T-ACGTC-
gi|76268 : aAAAGAAAAA-ATCA-ACGAC-T-T-G-GG--TGT--TTA------A-CT-CCT---T-TATGGGC--T-CTAT-TCG-G-A-A-A-TA---T---GAA------A--AC---TCATGCC-
gi|76269 : AA-A-TATA-GAC-C-T-G-GT--TGC--T-A------A-CT-CCA---T-A----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAA------A--AC---T-ATGTC-
gi|76270 : agaca-A-GAC-C-T-G-GT--TGC--TTA------A-CT-CCG---T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TACATGTATAAA------A--AC---T-ATATC-
gi|76271 : aagatAAAAATA-TA-G-AAC-C-T-G-GT--TG---TTA------A-CT-CCG---T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-T----G---AAA------C--AC---T-ATGTT-TA
gi|76272 : -A-GAC-T-T-G-GT--TGC--TAA------A-CT-CGG---T-T----GT--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAA------A--A
gi|76273 : agaatA-A-GAC-T-T-G-GT--TGC---TA------A-CT-CCA---T-T----GC--T-ATAT-T-A-GTG-A-A-CA---G---ACA------A--AC---T-
gi|76274 : aa-A-GAC-T-T-A-GT--TGC--TTA------A-CT-CCG---T-T----GC--T-CTAT-T-G-T-A-A-G-TA---G---AAA------A--AC---T-ATGTC-
gi|76275 : -A-GAC-T-T-G-GT--TGC--TTA------A-CT-CCA---T-T----GC--T-CTTT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAA------A--GC---T-AT
gi|76276 : -A-GAC-T-T-A-GC--TGC--TCA------A-CT-CCT---T-T----GC--T-CTGT-T-G-G-A-A-G-TA---G----AA------A--AC---T-ATATC-
gi|76277 : -A-GAA-T-T-G-GT--TGT--TTA------A-CT-CCG---T-T----GC--T-CTGT-T-G-G-A-A-A-TA---G---AAA------A--ACTTAT-ATATC-
gi|76278 : -A-GAC-C-T-G-GT--TGC--TTA------A-CT---G---T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-GA---G---AAA------A--AC---T-ATATG-TA
gi|76279 : -A-AAC-T-T-G-GT--TGC--TTA------A-CT-CTG---T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-CA---A---AAA------T--AC---T-AAGCC-
gi|76280 : -A-GAT-T-T-G-CT--TGC--T-A------A-CT-CCA---T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAATTTT--AATAC---T-ATATC-
gi|76281 : -A-GAC-T-T-G-GC--TGC--TTACTAGTAA-CT-CCG---A-C----GC--T-CTGT-T-G-G-A-A-G-TA---GAA-AAA------A--AC---T-ATATC-
gi|76282 : -A-GAC-T-T-GTGTCTTG---TTA------A-CT-TCG---T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAG------A--AC---A-ATG
gi|76283 : -A-GAC-A-T-T-GT--TAC--ATA--------CT-CCA---T-T----GC--C-CTAT-T-G-A-A-A-G-TA---G---AGA------A--AC---T-ATGT
gi|76284 : -A-GAC-A-T-T-GT--TGC----AC-----A-CT-CCA---T-T-----C--C-CTAT-T-G-A-A-A-G-TA---G---AGA------A--AC---T-ATGTT-
gi|76285 : AC-TGT-A-GT--TGC--T-A------A-CT-CC----T-T----GC--T-CTAT-T-G-T-A-A-G-TA---G---AAA------A--AC---T-ATGTC-
gi|76286 : AC-C-T-G-GT--TGC--TAA------A-CT-TCA---T-A----G---T-CTAT-T-G-G-A-ACG-TA---G---AAA------A--AC---T-ATGTC-
gi|76287 : --TGT--TTA------A-CT-GTA---T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAA------A--AC---T-ATGTCGTAA
gi|76288 : A------A-CT-CCA---T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAA------A--AT---C-ATGTC-TAA
Alignments
lowQualScore : 2 2 2 2 1 1 2 1 11 11 444444 1 1 6666 1 2222 11 1 1 1 1 1 1 1 1 111 444 666666 11 111 1 1
lowQualScore : . . . . . . . . .. .. ...... . . .... . .... .. . . . . . . . . ... ... ...... .. ... . .
lowQualScore : 1 1 4 4 1 1 3 1 55 55 222222 1 1 1111 1 3333 55 1 1 1 1 1 1 1 1 999 555 555555 55 999 1 5
consensus : AAATAAGAA-A-CA-A-GAC-T-T-G-GT--TGC--TTA------A-CT-CCG---T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAA------A--AC---T-ATGTC-TAA
Reference ( family-547 ) : AAATAAGAA-A-CA-A-GAC-T-T-G-GT--TGC--TTA------A-CT-CCG---T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAA------A--AC---T-ATGTC-TAA
gi|76252 : AAATAAGAA-A-CA-A-GAC-T-T-G-GT--TGC--TTA------A-CT-CCA---T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAA------A--AC---T-ATGTC-TAA
gi|76253 : AAA-AAGAA-A-CA-A-GAC-T-T-G-GT--TGC--TTA------A-CT-CCA---A-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAATACAGTA--AC---T-ATGTC-
gi|76254 : AAATAAGAA-A-CA-A-GAC-T-T-G-GT--TGC--TTA------A-CT-CAT---T-G----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAA------A--AC---T-ATGTC-TAA
gi|76255 : AAATAAGAA-A-CA-A-GAC-T-TTG-GT--TGC--TTA------A-CT-CCA---T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAA------A--AC---G-GTGTC-
gi|76256 : AAATAAAAA-A-CA-A-GAC-T-C-G-GT--TGC--TTA------A-CT-CCA---T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAAT-----A--AC---A-ATGTC-TAA
gi|76257 : AAATAAGAA-A-CA-A-GAT-T-T-G-GT--TGC--TTA------A-CG-CAA---T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAA------A--GC---T-ATATC-
gi|76258 : AAATAG--A-A-CA-A-GAC-T-T-G-GT--TGC--TTA------ACCT-CCAT--T-T----GC--T-CTAT-T-G-G---A-G-TA---GT--AAA------A--AC---T-ATGTC-
gi|76259 : aaAAATAAGAA-A-CA-ATGAC-T-T-A-GT--TGC--TTA------A-CT-TCA---T-T----G---T-CTAT-T-G---A-A-G-TA---G---AAA------A--AA---T-ATGTC-TAA
gi|76260 : AAATAAGAA-A-CA-A-GAC-T-T-G-GT--TGC---TA------A-CT-CCA---T-T----GC--T-CTAC-A-G-G-A-A-T-TA---G---AAA------A--AC---T-
gi|76261 : A-A-CATA-GAA-T-T-G-GT--TGC--TTT------G-CT-TCG---T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAA------A--AC---T-ATG
gi|76262 : aaacacAAAT--GAA-A-CA-A-G-T-T-T-G-TT--TGC--TCC------A-CT-CCA---T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAA------A--AC---
gi|76263 : aAAATAAGAA-A-CA---GAC-T-TTG-GT--T-C--TTA------A-CT-CAC---T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-GATA---G---AAA------A--AC---T-ATG
gi|76264 : aaAAATAAAAA-A-CA-A--AC-T-T-T-GT--TGC--TAA------A-CTTCCA---TGT----GCAATACTATGT-G-G-ACA-G-TA---G---AAA------A--AG---T-ATGTC-TAA
gi|76265 : aaAAATAAGAA-A-CA-A-GACTT-T-G-GT--TGCCTTTA------A--G-CCGGTAT-T----AT--C-CTAT-T-GCG-A-A-G-TA---G---AAA------A--AC---T-AT
gi|76266 : AAGTAAAAA-C-CA-A-GAC-T-T-C-GT--TGG--TTA------C-CT-CCA---T-T----AC--T-CTGT-T-G-C-A-A-G-TA---G---AAA------A--AC---T-ACGTC-TA
gi|76267 : aAAGTAAAAA-C-CA-A-GAC-T-T-C-GT--TGG--TTA------C-CT-CCA---T-T----AC--T-CTGT-T-G-C-A-A-G-TA---G---AAA------A--AC---T-ACGTC-
gi|76268 : aAAAGAAAAA-ATCA-ACGAC-T-T-G-GG--TGT--TTA------A-CT-CCT---T-TATGGGC--T-CTAT-TCG-G-A-A-A-TA---T---GAA------A--AC---TCATGCC-
gi|76269 : AA-A-TATA-GAC-C-T-G-GT--TGC--T-A------A-CT-CCA---T-A----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAA------A--AC---T-ATGTC-
gi|76270 : agaca-A-GAC-C-T-G-GT--TGC--TTA------A-CT-CCG---T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TACATGTATAAA------A--AC---T-ATATC-
gi|76271 : aagatAAAAATA-TA-G-AAC-C-T-G-GT--TG---TTA------A-CT-CCG---T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-T----G---AAA------C--AC---T-ATGTT-TA
gi|76272 : -A-GAC-T-T-G-GT--TGC--TAA------A-CT-CGG---T-T----GT--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAA------A--A
gi|76273 : agaatA-A-GAC-T-T-G-GT--TGC---TA------A-CT-CCA---T-T----GC--T-ATAT-T-A-GTG-A-A-CA---G---ACA------A--AC---T-
gi|76274 : aa-A-GAC-T-T-A-GT--TGC--TTA------A-CT-CCG---T-T----GC--T-CTAT-T-G-T-A-A-G-TA---G---AAA------A--AC---T-ATGTC-
gi|76275 : -A-GAC-T-T-G-GT--TGC--TTA------A-CT-CCA---T-T----GC--T-CTTT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAA------A--GC---T-AT
gi|76276 : -A-GAC-T-T-A-GC--TGC--TCA------A-CT-CCT---T-T----GC--T-CTGT-T-G-G-A-A-G-TA---G----AA------A--AC---T-ATATC-
gi|76277 : -A-GAA-T-T-G-GT--TGT--TTA------A-CT-CCG---T-T----GC--T-CTGT-T-G-G-A-A-A-TA---G---AAA------A--ACTTAT-ATATC-
gi|76278 : -A-GAC-C-T-G-GT--TGC--TTA------A-CT---G---T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-GA---G---AAA------A--AC---T-ATATG-TA
gi|76279 : -A-AAC-T-T-G-GT--TGC--TTA------A-CT-CTG---T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-CA---A---AAA------T--AC---T-AAGCC-
gi|76280 : -A-GAT-T-T-G-CT--TGC--T-A------A-CT-CCA---T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAATTTT--AATAC---T-ATATC-
gi|76281 : -A-GAC-T-T-G-GC--TGC--TTACTAGTAA-CT-CCG---A-C----GC--T-CTGT-T-G-G-A-A-G-TA---GAA-AAA------A--AC---T-ATATC-
gi|76282 : -A-GAC-T-T-GTGTCTTG---TTA------A-CT-TCG---T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAG------A--AC---A-ATG
gi|76283 : -A-GAC-A-T-T-GT--TAC--ATA--------CT-CCA---T-T----GC--C-CTAT-T-G-A-A-A-G-TA---G---AGA------A--AC---T-ATGT
gi|76284 : -A-GAC-A-T-T-GT--TGC----AC-----A-CT-CCA---T-T-----C--C-CTAT-T-G-A-A-A-G-TA---G---AGA------A--AC---T-ATGTT-
gi|76285 : AC-TGT-A-GT--TGC--T-A------A-CT-CC----T-T----GC--T-CTAT-T-G-T-A-A-G-TA---G---AAA------A--AC---T-ATGTC-
gi|76286 : AC-C-T-G-GT--TGC--TAA------A-CT-TCA---T-A----G---T-CTAT-T-G-G-A-ACG-TA---G---AAA------A--AC---T-ATGTC-
gi|76287 : --TGT--TTA------A-CT-GTA---T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAA------A--AC---T-ATGTCGTAA
gi|76288 : A------A-CT-CCA---T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAA------A--AT---C-ATGTC-TAA
blockSeqs : T T T T T G T T CT CT CTAGTA C T GGTA G ATGG AA A G C C T C C A CAT TAT TACAGT AT TTA C G
blockSeqs : . . T C . . T . . . C . . AT . . . . . . . . . . . . AA TTTT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . T T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : AAATAAGAA-A-CA-A-GAC-T-T-G-GT--TGC--TTA------A-CT-CCG---T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAA------A--AC---T-ATGTC-TAA
finalCons : AAATAAGAA-A-CA-A-GAC-T-T-G-GT--TGC--TTA------A-CT-CCG---T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAA------A--AC---T-ATGTC-TAA
Alignments
lowQualScore : 2 2 2 2 1 1 2 1 11 11 444444 1 1 6666 1 2222 11 1 1 1 1 1 1 1 1 111 444 666666 11 111 1 1
lowQualScore : . . . . . . . . .. .. ...... . . .... . .... .. . . . . . . . . ... ... ...... .. ... . .
lowQualScore : 1 1 4 4 1 1 3 1 55 55 222222 1 1 1111 1 3333 55 1 1 1 1 1 1 1 1 999 555 555555 55 999 1 5
consensus : AAATAAGAA-A-CA-A-GAC-T-T-G-GT--TGC--TTA------A-CT-CCG---T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAA------A--AC---T-ATGTC-TAA
Reference ( family-547 ) : AAATAAGAA-A-CA-A-GAC-T-T-G-GT--TGC--TTA------A-CT-CCG---T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAA------A--AC---T-ATGTC-TAA
gi|76252 : AAATAAGAA-A-CA-A-GAC-T-T-G-GT--TGC--TTA------A-CT-CCA---T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAA------A--AC---T-ATGTC-TAA
gi|76253 : AAA-AAGAA-A-CA-A-GAC-T-T-G-GT--TGC--TTA------A-CT-CCA---A-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAATACAGTA--AC---T-ATGTC-
gi|76254 : AAATAAGAA-A-CA-A-GAC-T-T-G-GT--TGC--TTA------A-CT-CAT---T-G----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAA------A--AC---T-ATGTC-TAA
gi|76255 : AAATAAGAA-A-CA-A-GAC-T-TTG-GT--TGC--TTA------A-CT-CCA---T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAA------A--AC---G-GTGTC-
gi|76256 : AAATAAAAA-A-CA-A-GAC-T-C-G-GT--TGC--TTA------A-CT-CCA---T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAAT-----A--AC---A-ATGTC-TAA
gi|76257 : AAATAAGAA-A-CA-A-GAT-T-T-G-GT--TGC--TTA------A-CG-CAA---T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAA------A--GC---T-ATATC-
gi|76258 : AAATAG--A-A-CA-A-GAC-T-T-G-GT--TGC--TTA------ACCT-CCAT--T-T----GC--T-CTAT-T-G-G---A-G-TA---GT--AAA------A--AC---T-ATGTC-
gi|76259 : aaAAATAAGAA-A-CA-ATGAC-T-T-A-GT--TGC--TTA------A-CT-TCA---T-T----G---T-CTAT-T-G---A-A-G-TA---G---AAA------A--AA---T-ATGTC-TAA
gi|76260 : AAATAAGAA-A-CA-A-GAC-T-T-G-GT--TGC---TA------A-CT-CCA---T-T----GC--T-CTAC-A-G-G-A-A-T-TA---G---AAA------A--AC---T-
gi|76261 : A-A-CATA-GAA-T-T-G-GT--TGC--TTT------G-CT-TCG---T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAA------A--AC---T-ATG
gi|76262 : aaacacAAAT--GAA-A-CA-A-G-T-T-T-G-TT--TGC--TCC------A-CT-CCA---T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAA------A--AC---
gi|76263 : aAAATAAGAA-A-CA---GAC-T-TTG-GT--T-C--TTA------A-CT-CAC---T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-GATA---G---AAA------A--AC---T-ATG
gi|76264 : aaAAATAAAAA-A-CA-A--AC-T-T-T-GT--TGC--TAA------A-CTTCCA---TGT----GCAATACTATGT-G-G-ACA-G-TA---G---AAA------A--AG---T-ATGTC-TAA
gi|76265 : aaAAATAAGAA-A-CA-A-GACTT-T-G-GT--TGCCTTTA------A--G-CCGGTAT-T----AT--C-CTAT-T-GCG-A-A-G-TA---G---AAA------A--AC---T-AT
gi|76266 : AAGTAAAAA-C-CA-A-GAC-T-T-C-GT--TGG--TTA------C-CT-CCA---T-T----AC--T-CTGT-T-G-C-A-A-G-TA---G---AAA------A--AC---T-ACGTC-TA
gi|76267 : aAAGTAAAAA-C-CA-A-GAC-T-T-C-GT--TGG--TTA------C-CT-CCA---T-T----AC--T-CTGT-T-G-C-A-A-G-TA---G---AAA------A--AC---T-ACGTC-
gi|76268 : aAAAGAAAAA-ATCA-ACGAC-T-T-G-GG--TGT--TTA------A-CT-CCT---T-TATGGGC--T-CTAT-TCG-G-A-A-A-TA---T---GAA------A--AC---TCATGCC-
gi|76269 : AA-A-TATA-GAC-C-T-G-GT--TGC--T-A------A-CT-CCA---T-A----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAA------A--AC---T-ATGTC-
gi|76270 : agaca-A-GAC-C-T-G-GT--TGC--TTA------A-CT-CCG---T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TACATGTATAAA------A--AC---T-ATATC-
gi|76271 : aagatAAAAATA-TA-G-AAC-C-T-G-GT--TG---TTA------A-CT-CCG---T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-T----G---AAA------C--AC---T-ATGTT-TA
gi|76272 : -A-GAC-T-T-G-GT--TGC--TAA------A-CT-CGG---T-T----GT--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAA------A--A
gi|76273 : agaatA-A-GAC-T-T-G-GT--TGC---TA------A-CT-CCA---T-T----GC--T-ATAT-T-A-GTG-A-A-CA---G---ACA------A--AC---T-
gi|76274 : aa-A-GAC-T-T-A-GT--TGC--TTA------A-CT-CCG---T-T----GC--T-CTAT-T-G-T-A-A-G-TA---G---AAA------A--AC---T-ATGTC-
gi|76275 : -A-GAC-T-T-G-GT--TGC--TTA------A-CT-CCA---T-T----GC--T-CTTT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAA------A--GC---T-AT
gi|76276 : -A-GAC-T-T-A-GC--TGC--TCA------A-CT-CCT---T-T----GC--T-CTGT-T-G-G-A-A-G-TA---G----AA------A--AC---T-ATATC-
gi|76277 : -A-GAA-T-T-G-GT--TGT--TTA------A-CT-CCG---T-T----GC--T-CTGT-T-G-G-A-A-A-TA---G---AAA------A--ACTTAT-ATATC-
gi|76278 : -A-GAC-C-T-G-GT--TGC--TTA------A-CT---G---T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-GA---G---AAA------A--AC---T-ATATG-TA
gi|76279 : -A-AAC-T-T-G-GT--TGC--TTA------A-CT-CTG---T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-CA---A---AAA------T--AC---T-AAGCC-
gi|76280 : -A-GAT-T-T-G-CT--TGC--T-A------A-CT-CCA---T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAATTTT--AATAC---T-ATATC-
gi|76281 : -A-GAC-T-T-G-GC--TGC--TTACTAGTAA-CT-CCG---A-C----GC--T-CTGT-T-G-G-A-A-G-TA---GAA-AAA------A--AC---T-ATATC-
gi|76282 : -A-GAC-T-T-GTGTCTTG---TTA------A-CT-TCG---T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAG------A--AC---A-ATG
gi|76283 : -A-GAC-A-T-T-GT--TAC--ATA--------CT-CCA---T-T----GC--C-CTAT-T-G-A-A-A-G-TA---G---AGA------A--AC---T-ATGT
gi|76284 : -A-GAC-A-T-T-GT--TGC----AC-----A-CT-CCA---T-T-----C--C-CTAT-T-G-A-A-A-G-TA---G---AGA------A--AC---T-ATGTT-
gi|76285 : AC-TGT-A-GT--TGC--T-A------A-CT-CC----T-T----GC--T-CTAT-T-G-T-A-A-G-TA---G---AAA------A--AC---T-ATGTC-
gi|76286 : AC-C-T-G-GT--TGC--TAA------A-CT-TCA---T-A----G---T-CTAT-T-G-G-A-ACG-TA---G---AAA------A--AC---T-ATGTC-
gi|76287 : --TGT--TTA------A-CT-GTA---T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAA------A--AC---T-ATGTCGTAA
gi|76288 : A------A-CT-CCA---T-T----GC--T-CTAT-T-G-G-A-A-G-TA---G---AAA------A--AT---C-ATGTC-TAA