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Reference ( gi|70832 )        : CTTG-G-AC--------TT------T-A-CC-TA--AAGG-G--G---G-GA-----A-TAG-G-T-T---AG-A-T-A-G--T---C-A-T-G-C-T-GCCC---GGCG--A--GC-T-A-TG-G-TG---T-C-T--T-CTG-----------AC-A-A-CTC-TTGTT
gi|70833                      : CTTG-G-AC--------TT------T-A-CC-TA--AAGT-G--G---G-GA-----A-TAG-G-T-T---AG-A-T-A-G--C---C-A-T-G-T-T-GCCC---GGCG--A--GC-T-A-TG-T-TG---T-C-T--T-CTG-----------AC-A-A-CTC-TTGTT
gi|70835                      : CTTG-G-AC--------TT------T-A-CC-TA--AAGG-G--G---G-GA-------TAG-G-C-T---AG-A-T-A-G--T---T-A-T-G-C-T-GCCC---GGCG--A--GC-T-A-TGTA-TG---T-C-T--T-CTG-----------AC-A-A-CTC-TTGT
gi|70834                      : CTTG-G-AC--------TT------T-A-CC-TA--AAGG-G--G-----GA-----A-TAG-G-T-T---AG-T-T-A-G--T---C-A-T-A-C-T-GCTC---GGCG--A--GC-T-A-TG-T-TG---T-C-T--T-CTG-----------AC-A-A-CTC-TTGTT
gi|70836                      : CTTG-G-AC--------TT------TTA-CC-TATAAAGG-G--G---G-GA-----A-TAG-G-T-T---AG-A-C-A-G--T---C-A-T-G-C-T-GCCC---GGCG--A--GC-T-A-TG-T-TG---T-C-T--T-CTG-----------AG-A-A-CTC-TTGTT
gi|70839                      : CTTG-G-AC--------TT------T-A-CC-TA--AAGG-G--G---G-GG-----A-TAG-A-T-T---AG-A-T-A-G--T---C-A-T-G-C-T-GCCC---TGCG--A--TC-C-A-TG-T-TG---T-C-T--T-CTG-----------AC-A-A-CTC-TTGTT
gi|70837                      : CTTG-G-AC--------TT------TCA-CC-TA--AAGG-G--G------A-----A-TAG-G-T-T---AG-A-T-A-G--T---C-A-T-G-C-T-ACCC---GGTG--A--GC-T-A-TG-T-TG---T-C-T--T-CTG-----------AC-A-A-CTC-TTGTT
gi|70838                      : CTTG-G-AT--------TTGGAC--T-A-CC-TA--AAGG-G--G-----GA-----A-TAG-G-T-T---AG-A-T-A-G--T---C-A-T-G-C-T-GCCC---GGCG--A--GC-T-T-TG-T-TG---T-C-T--T-CTG-----------GC-A-A-CTC-TTGTT
gi|70840                      : CCTG-G-AC--------TA--------A-CC-TA--AAGG-G--G---G-GA-----A-TAG-G-TGT---AG-A-T-A-G--T---C-A-T-G-C-T-GCCC---GGCG--A--GC-T-A-TG-T-TG---T-C----T-CTG-----------AC-A-A-CTC-TTGTT
gi|70842                      : CTTG-G-AC--------TT------T-A-CT-TA--AAGG-G--G---G-GGGGGGGA-TAG-G-T-T---AG-A-T-A-G--T---C---T-G-C-T-GCCC---GGCG--A--GC-T-A-TG-T-TG---T-C-T--T-CTG-----------AC---A-CTCTTTGTT
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gi|70853                      : CCTG-G-AC--------TTATT---T-AACC-TA--AAGG-G--G---G-AG-----A-TAG-G-T-T---AG-A-T-A-G--T---C-A---G-C-T-G-CC---GGCG--AC-GC-T-A-T--G-TG---T-C-T--T--TG-----------A--A-T-CTC-TTGTT
gi|70852                      : CCTG-G-AC--------TTATT---T-AACC-TA--AAGG-G--G---G-AG-----A-TAG-G-T-T---AG-A-T-A-G--T---C-A---G-C-T-G-CC---GGCG--AC-GC-T-A-T--G-TG---T-C-T--T--TG-----------A--A-T-CTC-TTGTT
gi|70850                      : CCTG-G-AC--------TT------T-A-CC-T---AATA-A--G---G-AA-----A-T-G-G-T-T---AG-ATT-A-G--T---C-A-T-G-CTT-GCCC---GGCG--AAGGC-TAA-TG-GTTG---T-CTT--T-CTGC----------AC-A-A-CTC--TGTT
gi|70854                      : CTTG-G-AC--------TT------T-A-CC-TA--AAGG-G--G-----GA-----A-TAG-G-T-T---AG-G-T-A-G--T---C-A-T-G-T-T-G
gi|70855                      : CTTG-G-ACGACTGACTTT------T-A-CC-TA--AAGG-A--G--------------TAG-G-T-T---TA-A-T-A-GAAC---C-A-T-G-C-T-TCCA---AGCG--A--GC-T-A-TA-T-TG---T-C-T--T-CTGTCTTAATTCTTAC-A-A-CTC-TTGTT
gi|70856                      : CTTG-G-AC--------TTAGAACTT-A-CC-TA--AAGG-G--G---G-TG-----A-TAGCA-T-T---AGAA-T-A-G--T---C-A-C-G-C-T-GCCC----ATG--A--GC-C-A-TG-
gi|70857                      :  TTG-G-AC--------TT------T-A-C--TA--AAGG-G--G---G--A-----A-TAG-G-T-T---AG-A-T-A-G--T---C-A-T-G-C-T-GCC----GGCG--A--GC-T-A-TG-T-TG---T-C-T--T-CTG-----------AC-A-A-CTC-TTGTTt
gi|70858                      :  TTG-G-AC--------TT------T-T-AC-TA--AAAA-G--G---G-GA-----A-TAG-G-T-T---AG-A-T-A-GAGT---T-A-T-G-C-T-GCCC---GGCG--A--GC-T-A-TG-T-TG---T-T-C--T-CTG-----------AC-A-A-CTC-TTAT
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Alignments
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lowQualScore                  :     . .  ........  ...... . .  .  ..    . .. .....  ..... .   . . . ...  . . . . .. ... . . . . . .    ...    .. ..  .... . . .  .   . . .. .   ...........  . . .   .     
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Reference ( family-541 )      : CTTG-G-AC--------TT------T-A-CC-TA--AAGG-G--G---G-GA-----A-TAG-G-T-T---AG-A-T-A-G--T---C-A-T-G-C-T-GCCC---GGCG--A--GC----T-A-T-GT-TGT-C-T--T-CTG-----------AC-A-A-CTC-TTGTT
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gi|70833                      : CTTG-G-AC--------TT------T-A-CC-TA--AAGT-G--G---G-GA-----A-TAG-G-T-T---AG-A-T-A-G--C---C-A-T-G-T-T-GCCC---GGCG--A--GC----T-A-T-GT-TGT-C-T--T-CTG-----------AC-A-A-CTC-TTGTT
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gi|70841                      : CTTG-A-AC--------TT------T-A-C--TA--GAAG-G--G---G-GA-----A-TAG-G-T-T---AG-A-TAA-G--T---C-A-TGG-C-T-GCCC---GGCG--A--GC----T-A-TGGT-TG----C--T-CTG-----------AC-A-A-CTC-TTGTT
gi|70842                      : CTTG-G-AC--------TT------T-A-CT-TA--AAGG-G--G---G-GGGGGGGA-TAG-G-T-T---AG-A-T-A-G--T---C---T-G-C-T-GCCC---GGCG--A--GC----T-A-T-GT-TGT-C-T--T-CTG-----------AC---A-CTCTTTGTT
gi|70843                      : CTTG-G-AC--------CT------T-T-CC-TA--A----G--G---C-GA-----T-CAG-G-T-T----G-A-T-A-G--T---C-A-T-G-C-T-GCCC---GGCG--A--GC----T-A-T-GT-TGT-C-T--T-CTG-----------AC-A-A-CTC-TTGTT
gi|70844                      : CTTG-G-AC--------TT------T-A-CC-TA--AAGG-G--G-----GA-----A-TAG-G-T-T---AG-A-T-A-G--T---T-A-T-G-C-T-----------------GC----T-A-T-GT-TGT-C-T--T-TTG-----------AC-A-A-CTC-TTGTT
gi|70845                      : CTTG-GGAC--------TT------T-A-CC-TA--AAGG-A--G---A-GA-----ACTAG-G-T-T---AG----------T---C-A-T-G-C-T-GCCC---GGCG--AA-GC----T-A-T-GT-TGT-C-T--T-CTG-----------AC-A-A-CTC-TTGTT
gi|70846                      : CTTG-G-AC--------TT------T-A-CT-TA--AA-G-G--G---G-GA-----A-TAG-G-T-T---AG-A-T-A-G--T---CTA-T-G-C-T-GCCC---GGCG--A--GCCTTGT-G-T-GT-CTT-C-T--T-CTG-----------AC-A-A-A-C-CTGTT
gi|70847                      : CTTG-G-AC--------TT------T-A-CC-TA--AAGG-GGTG---G-GA-----A-TAG-G-T-T---AT-A-C-G----------A-T-G-C-T-GCCC---TGCGA-A--GC----TAA-T-GT-TGT-C-TTCT-CTG-----------AC-A-A-CTC-TTGTT
gi|70848                      : CTTGAG-AC--------TT------T-A-CTGTA--AAGA-G--A---GAGA-----A-GAG-G-T-T---AG-A-TTA-G--C---C-A-T-G-C-T-GCCC---GGCT--A--GC----T-ATT-GT-TGT-C-T--T-CTG-----------AC-A-C-TTC-TTTTT
gi|70849                      : CTTG-G-AC--------TT------T-A-CC-TAT-AAGG-----------------A-TAG-GGT-T---AG-A-T-A-G--T---C-A-T-GCC-T-GCCC---GGCGA-A--GC----T-A-TGGT-TGT-CTT--T-CTGC----------AC-A-ACCTC-TTGTT
gi|70850                      : CCTG-G-AC--------TT------T-A-CC-T---AATA-A--G---G-AA-----A-T-G-G-T-T---AG-ATT-A-G--T---C-A-T-G-CTT-GCCC---GGCG--AAGGC----TAA-TGGT-TGT-CTT--T-CTGC----------AC-A-A-CTC--TGTT
gi|70851                      : CTTG---AC--------TT------G-A-CC-TAT-AAGC-G--G---G-GA-----A-TAG-A-T-TTTTAG-A-T-A-G--T---C-A-T-GCC-T-GCCC----GCG--A--GC----C-A-T--T-TGT-C-T--T-CTG-----------ACAA-A-CTC-TTGTT
gi|70852                      : CCTG-G-AC--------TTATT---T-AACC-TA--AAGG-G--G---G-AG-----A-TAG-G-T-T---AG-A-T-A-G--T---C-A---G-C-T-G-CC---GGCG--AC-GC----T-A-T-G--TGT-C-T--T--TG-----------A--A-T-CTC-TTGTT
gi|70853                      : CCTG-G-AC--------TTATT---T-AACC-TA--AAGG-G--G---G-AG-----A-TAG-G-T-T---AG-A-T-A-G--T---C-A---G-C-T-G-CC---GGCG--AC-GC----T-A-T-G--TGT-C-T--T--TG-----------A--A-T-CTC-TTGTT
gi|70854                      : CTTG-G-AC--------TT------T-A-CC-TA--AAGG-G--G-----GA-----A-TAG-G-T-T---AG-G-T-A-G--T---C-A-T-G-T-T-G
gi|70855                      : CTTG-G-ACGACTGACTTT------T-A-CC-TA--AAGG-A--G--------------TAG-G-T-T---TA-A-T-A-GAAC---C-A-T-G-C-T-TCCA---AGCG--A--GC----T-A-T-AT-TGT-C-T--T-CTGTCTTAATTCTTAC-A-A-CTC-TTGTT
gi|70856                      : CTTG-G-AC--------TTAGAACTT-A-CC-TA--AAGG-G--G---G-TG-----A-TAGCA-T-T---AGAA-T-A-G--T---C-A-C-G-C-T-GCCC----ATG--A--GC----C-A-T-GT-
gi|70857                      :  TTG-G-AC--------TT------T-A-C--TA--AAGG-G--G---G--A-----A-TAG-G-T-T---AG-A-T-A-G--T---C-A-T-G-C-T-GCC----GGCG--A--GC----T-A-T-GT-TGT-C-T--T-CTG-----------AC-A-A-CTC-TTGTT
gi|70858                      :  TTG-G-AC--------TT------T-T-AC-TA--AAAA-G--G---G-GA-----A-TAG-G-T-T---AG-A-T-A-GAGT---T-A-T-G-C-T-GCCC---GGCG--A--GC----T-A-T-GT-TGT-T-C--T-CTG-----------AC-A-A-CTC-TTAT
gi|70859                      :  TTG-G-ACCTG-----TT------T-A-CCCTAC-AAGG-G--GCCGG-GA-----A-TAG-A-T-T---AG-A-T-A-G--T---C-A-T-G-C-TGGCCC---GGCG--A--GC----T-A-T-GT-TG--C-T--T-CTG-----------ACAA-A-CTC-TTGTT
gi|70860                      :  TTG-G-AC--------TT------T-AACC-TA--AAGG-G--G---G-GA-----A-TAG-G-T-T---AG-A-T-A-G--T---CAA-T-G-C-T--CCC---AGCG--T--GC----T-A-T-GT-TTG-C-T--T-CTG-----------AC-ATA-CTC-TTGTT
gi|70861                      :  TTG-G-AC--------TT------T-A-CC-AA--AAGG-G--G---A-GG-----A-TAG-G-T-T----G-A-T-A-G--GAGAC-ACT-G---T-GCCC---GGCG--A--GC----TAA-T-GT-TGTGC-T--T-CTG-----------AC-A-A-CTC-TTGTT
gi|70862                      :    G-G-AC--------TT------T-A-CC-TA--AAGGAG--G---G-GA-----A-TAGTA-T-T----G-A-T-ACG--T---CAA-T-G-C-T-GCCTTCGGGCGA-A--GCA---T-T-T-GT-TGT-C-T--T-CTGA----------AC-A-A-CTC-TTGTT
gi|70863                      :       -AC--------TT------T-G-CC-TA--AAGG-G--G---G-GA-----A-TAG-G-T-T---AG-A-T-A-G--T---C-A-T-G-C-T-GCCC---GGTG--A--GC----T-A-T-GT-TGT-C-T--T-CTG-----------AC-A-A-CTC-TTGTT
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gi|70867                      :                                                                 -T-C---AG-A-T-A-G--T---C-A-T-G-T-T-GCCC---GGCG--A--GC----T-A-T-GT-TGT-C-T--A-CTG-----------AC-A-A-CTC-TTGTT
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Alignments
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lowQualScore                  :     . .  ........  ...... . .  .  ..    . .. .....  ..... .   . . . ...  . . . . .. ... . . . . . .    ...    .. ..  .... . . .  .   . . .. .   ...........  . . .   .     
lowQualScore                  :     3 2  55555555  333333 4 6  4  33    2 66 55555  99999 1   3 1 1 999  1 1 2 1 66 999 3 1 1 2 1 1    000    44 99  5555 3 1 3  1   1 3 66 1   99999999999  3 1 1   1     
consensus                     : CTTG-G-AC--------TT------T-A-CC-TA--AAGG-G--G---G-GA-----A-TAG-G-T-T---AG-A-T-A-G--T---C-A-T-G-C-T-GCCC---GGCG--A--GC----T-A-T-GT-TGT-C-T--T-CTG-----------AC-A-A-CTC-TTGTT
Reference ( family-541 )      : CTTG-G-AC--------TT------T-A-CC-TA--AAGG-G--G---G-GA-----A-TAG-G-T-T---AG-A-T-A-G--T---C-A-T-G-C-T-GCCC---GGCG--A--GC----T-A-T-GT-TGT-C-T--T-CTG-----------AC-A-A-CTC-TTGTT
gi|70832                      : CTTG-G-AC--------TT------T-A-CC-TA--AAGG-G--G---G-GA-----A-TAG-G-T-T---AG-A-T-A-G--T---C-A-T-G-C-T-GCCC---GGCG--A--GC----T-A-T-GG-TGT-C-T--T-CTG-----------AC-A-A-CTC-TTGTT
gi|70833                      : CTTG-G-AC--------TT------T-A-CC-TA--AAGT-G--G---G-GA-----A-TAG-G-T-T---AG-A-T-A-G--C---C-A-T-G-T-T-GCCC---GGCG--A--GC----T-A-T-GT-TGT-C-T--T-CTG-----------AC-A-A-CTC-TTGTT
gi|70834                      : CTTG-G-AC--------TT------T-A-CC-TA--AAGG-G--G-----GA-----A-TAG-G-T-T---AG-T-T-A-G--T---C-A-T-A-C-T-GCTC---GGCG--A--GC----T-A-T-GT-TGT-C-T--T-CTG-----------AC-A-A-CTC-TTGTT
gi|70835                      : CTTG-G-AC--------TT------T-A-CC-TA--AAGG-G--G---G-GA-------TAG-G-C-T---AG-A-T-A-G--T---T-A-T-G-C-T-GCCC---GGCG--A--GC----T-A-T-GTATGT-C-T--T-CTG-----------AC-A-A-CTC-TTGT
gi|70836                      : CTTG-G-AC--------TT------TTA-CC-TATAAAGG-G--G---G-GA-----A-TAG-G-T-T---AG-A-C-A-G--T---C-A-T-G-C-T-GCCC---GGCG--A--GC----T-A-T-GT-TGT-C-T--T-CTG-----------AG-A-A-CTC-TTGTT
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gi|70839                      : CTTG-G-AC--------TT------T-A-CC-TA--AAGG-G--G---G-GG-----A-TAG-A-T-T---AG-A-T-A-G--T---C-A-T-G-C-T-GCCC---TGCG--A--TC----C-A-T-GT-TGT-C-T--T-CTG-----------AC-A-A-CTC-TTGTT
gi|70840                      : CCTG-G-AC--------TA--------A-CC-TA--AAGG-G--G---G-GA-----A-TAG-G-TGT---AG-A-T-A-G--T---C-A-T-G-C-T-GCCC---GGCG--A--GC----T-A-T-GT-TGT-C----T-CTG-----------AC-A-A-CTC-TTGTT
gi|70841                      : CTTG-A-AC--------TT------T-A-C--TA--GAAG-G--G---G-GA-----A-TAG-G-T-T---AG-A-TAA-G--T---C-A-TGG-C-T-GCCC---GGCG--A--GC----T-A-TGGT-TG----C--T-CTG-----------AC-A-A-CTC-TTGTT
gi|70842                      : CTTG-G-AC--------TT------T-A-CT-TA--AAGG-G--G---G-GGGGGGGA-TAG-G-T-T---AG-A-T-A-G--T---C---T-G-C-T-GCCC---GGCG--A--GC----T-A-T-GT-TGT-C-T--T-CTG-----------AC---A-CTCTTTGTT
gi|70843                      : CTTG-G-AC--------CT------T-T-CC-TA--A----G--G---C-GA-----T-CAG-G-T-T----G-A-T-A-G--T---C-A-T-G-C-T-GCCC---GGCG--A--GC----T-A-T-GT-TGT-C-T--T-CTG-----------AC-A-A-CTC-TTGTT
gi|70844                      : CTTG-G-AC--------TT------T-A-CC-TA--AAGG-G--G-----GA-----A-TAG-G-T-T---AG-A-T-A-G--T---T-A-T-G-C-T-----------------GC----T-A-T-GT-TGT-C-T--T-TTG-----------AC-A-A-CTC-TTGTT
gi|70845                      : CTTG-GGAC--------TT------T-A-CC-TA--AAGG-A--G---A-GA-----ACTAG-G-T-T---AG----------T---C-A-T-G-C-T-GCCC---GGCG--AA-GC----T-A-T-GT-TGT-C-T--T-CTG-----------AC-A-A-CTC-TTGTT
gi|70846                      : CTTG-G-AC--------TT------T-A-CT-TA--AA-G-G--G---G-GA-----A-TAG-G-T-T---AG-A-T-A-G--T---CTA-T-G-C-T-GCCC---GGCG--A--GCCTTGT-G-T-GT-CTT-C-T--T-CTG-----------AC-A-A-A-C-CTGTT
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gi|70848                      : CTTGAG-AC--------TT------T-A-CTGTA--AAGA-G--A---GAGA-----A-GAG-G-T-T---AG-A-TTA-G--C---C-A-T-G-C-T-GCCC---GGCT--A--GC----T-ATT-GT-TGT-C-T--T-CTG-----------AC-A-C-TTC-TTTTT
gi|70849                      : CTTG-G-AC--------TT------T-A-CC-TAT-AAGG-----------------A-TAG-GGT-T---AG-A-T-A-G--T---C-A-T-GCC-T-GCCC---GGCGA-A--GC----T-A-TGGT-TGT-CTT--T-CTGC----------AC-A-ACCTC-TTGTT
gi|70850                      : CCTG-G-AC--------TT------T-A-CC-T---AATA-A--G---G-AA-----A-T-G-G-T-T---AG-ATT-A-G--T---C-A-T-G-CTT-GCCC---GGCG--AAGGC----TAA-TGGT-TGT-CTT--T-CTGC----------AC-A-A-CTC--TGTT
gi|70851                      : CTTG---AC--------TT------G-A-CC-TAT-AAGC-G--G---G-GA-----A-TAG-A-T-TTTTAG-A-T-A-G--T---C-A-T-GCC-T-GCCC----GCG--A--GC----C-A-T--T-TGT-C-T--T-CTG-----------ACAA-A-CTC-TTGTT
gi|70852                      : CCTG-G-AC--------TTATT---T-AACC-TA--AAGG-G--G---G-AG-----A-TAG-G-T-T---AG-A-T-A-G--T---C-A---G-C-T-G-CC---GGCG--AC-GC----T-A-T-G--TGT-C-T--T--TG-----------A--A-T-CTC-TTGTT
gi|70853                      : CCTG-G-AC--------TTATT---T-AACC-TA--AAGG-G--G---G-AG-----A-TAG-G-T-T---AG-A-T-A-G--T---C-A---G-C-T-G-CC---GGCG--AC-GC----T-A-T-G--TGT-C-T--T--TG-----------A--A-T-CTC-TTGTT
gi|70854                      : CTTG-G-AC--------TT------T-A-CC-TA--AAGG-G--G-----GA-----A-TAG-G-T-T---AG-G-T-A-G--T---C-A-T-G-T-T-G
gi|70855                      : CTTG-G-ACGACTGACTTT------T-A-CC-TA--AAGG-A--G--------------TAG-G-T-T---TA-A-T-A-GAAC---C-A-T-G-C-T-TCCA---AGCG--A--GC----T-A-T-AT-TGT-C-T--T-CTGTCTTAATTCTTAC-A-A-CTC-TTGTT
gi|70856                      : CTTG-G-AC--------TTAGAACTT-A-CC-TA--AAGG-G--G---G-TG-----A-TAGCA-T-T---AGAA-T-A-G--T---C-A-C-G-C-T-GCCC----ATG--A--GC----C-A-T-GT-
gi|70857                      :  TTG-G-AC--------TT------T-A-C--TA--AAGG-G--G---G--A-----A-TAG-G-T-T---AG-A-T-A-G--T---C-A-T-G-C-T-GCC----GGCG--A--GC----T-A-T-GT-TGT-C-T--T-CTG-----------AC-A-A-CTC-TTGTT
gi|70858                      :  TTG-G-AC--------TT------T-T-AC-TA--AAAA-G--G---G-GA-----A-TAG-G-T-T---AG-A-T-A-GAGT---T-A-T-G-C-T-GCCC---GGCG--A--GC----T-A-T-GT-TGT-T-C--T-CTG-----------AC-A-A-CTC-TTAT
gi|70859                      :  TTG-G-ACCTG-----TT------T-A-CCCTAC-AAGG-G--GCCGG-GA-----A-TAG-A-T-T---AG-A-T-A-G--T---C-A-T-G-C-TGGCCC---GGCG--A--GC----T-A-T-GT-TG--C-T--T-CTG-----------ACAA-A-CTC-TTGTT
gi|70860                      :  TTG-G-AC--------TT------T-AACC-TA--AAGG-G--G---G-GA-----A-TAG-G-T-T---AG-A-T-A-G--T---CAA-T-G-C-T--CCC---AGCG--T--GC----T-A-T-GT-TTG-C-T--T-CTG-----------AC-ATA-CTC-TTGTT
gi|70861                      :  TTG-G-AC--------TT------T-A-CC-AA--AAGG-G--G---A-GG-----A-TAG-G-T-T----G-A-T-A-G--GAGAC-ACT-G---T-GCCC---GGCG--A--GC----TAA-T-GT-TGTGC-T--T-CTG-----------AC-A-A-CTC-TTGTT
gi|70862                      :    G-G-AC--------TT------T-A-CC-TA--AAGGAG--G---G-GA-----A-TAGTA-T-T----G-A-T-ACG--T---CAA-T-G-C-T-GCCTTCGGGCGA-A--GCA---T-T-T-GT-TGT-C-T--T-CTGA----------AC-A-A-CTC-TTGTT
gi|70863                      :       -AC--------TT------T-G-CC-TA--AAGG-G--G---G-GA-----A-TAG-G-T-T---AG-A-T-A-G--T---C-A-T-G-C-T-GCCC---GGTG--A--GC----T-A-T-GT-TGT-C-T--T-CTG-----------AC-A-A-CTC-TTGTT
gi|70864                      :          --------TT------T-A-AC-TA--GAAA-G--G---G--------A-TAT-G-T-T---AA-G-T-A-GAGT---C-A-T-G-C-T-TTCC---GGCG--A--GC----T-A-C-GC-TGT-C-T--T-CTG-----------AT-A-A-CTC-GTGTT
gi|70865                      :                                           --G---G-GA-----A-TAG-G-T-T---TA-A-T-A-GAGT---C-A-T-G-C-T-TCCC---AGTATTA--GC----T-A-T-GT-TGT-C-T--T-CTG-----------AC-A-A-CTC-TTGTT
gi|70866                      :                                           --G---A-GA-----A-TAG-G-T-T---TA-A-T-A-GAGT---C-A-T-G-C-T-TCCC---AGTATTA--GC----T-A-T-GT-TGT-C-T--TTCTG-----------AC-A-A-CTC-TTGTT
gi|70867                      :                                                                 -T-C---AG-A-T-A-G--T---C-A-T-G-T-T-GCCC---GGCG--A--GC----T-A-T-GT-TGT-C-T--A-CTG-----------AC-A-A-CTC-TTGTT
gi|70868                      :                                                                                                             CG--A--GC----T-A-T-TT-TGT-C-T--T-CTG-----------AC-A-A-CTC-TTGTT


blockSeqs                     :     A G  GACTGACT  AGAACT T A  G  TA    A GT CCGG   GGGGG C   C G G TTT  A T A C AA AGA T C G C T G    TCG    TT AG  CTTG A T G  A   G T TC T   TCTTAATTCTT  A T C   T
blockSeqs                     :     . .  CTG       GGAC   C A  C  T     . .  GA     .     .   T . . .    . . T . AG .   A . . C . .    .      TT A   A    A . G  .   . T .  .   C            A . .   .
blockSeqs                     :     . .  .         ATT    . A  .  T     . .  G      .     .   . . . .    . . . . AG .   A . . . . .    .      A  C   .    A . G  .   . . .  .   C            . . .   .
blockSeqs                     :     . .  .         ATT    . .  .  C     . .  G      .     .   . . . .    . . . . AG .   . . . . . .    .      A  C   .    . . .  .   . . .  .   A            . . .   .
blockSeqs                     :     . .  .         .      . .  .  .     . .  G      .     .   . . . .    . . . . AG .   . . . . . .    .      A  .   .    . . .  .   . . .  .   .            . . .   .
blockSeqs                     :     . .  .         .      . .  .  .     . .  G      .     .   . . . .    . . . . .  .   . . . . . .    .      .  .   .    . . .  .   . . .  .   .            . . .   .
blockSeqs                     :     . .  .         .      . .  .  .     . .  G      .     .   . . . .    . . . . .  .   . . . . . .    .      .  .   .    . . .  .   . . .  .   .            . . .   .
blockSeqs                     :     . .  .         .      . .  .  .     . .  G      .     .   . . . .    . . . . .  .   . . . . . .    .      .  .   .    . . .  .   . . .  .   .            . . .   .
blockSeqs                     :     . .  .         .      . .  .  .     . .  G      .     .   . . . .    . . . . .  .   . . . . . .    .      .  .   .    . . .  .   . . .  .   .            . . .   .
blockSeqs                     :     . .  .         .      . .  .  .     . .  C      .     .   . . . .    . . . . .  .   . . . . . .    .      .  .   .    . . .  .   . . .  .   .            . . .   .
blockSeqs                     :     . .  .         .      . .  .  .     . .  A      .     .   . . . .    . . . . .  .   . . . . . .    .      .  .   .    . . .  .   . . .  .   .            . . .   .
blockSeqs                     :     . .  .         .      . .  .  .     . .  G      .     .   . . . .    . . . . .  .   . . . . . .    .      .  .   .    . . .  .   . . .  .   .            . . .   .
blockSeqs                     :     . .  .         .      . .  .  .     . .  G      .     .   . . . .    . . . . .  .   . . . . . .    .      .  .   .    . . .  .   . . .  .   .            . . .   .
blockSeqs                     :     . .  .         .      . .  .  .     . .  G      .     .   . . . .    . . . . .  .   . . . . . .    .      .  .   .    . . .  .   . . .  .   .            . . .   .
blockSeqs                     :     . .  .         .      . .  .  .     . .  G      .     .   . . . .    . . . . .  .   . . . . . .    .      .  .   .    . . .  .   . . .  .   .            . . .   .
blockSeqs                     :     . .  .         .      . .  .  .     . .  G      .     .   . . . .    . . . . .  .   . . . . . .    .      .  .   .    . . .  .   . . .  .   .            . . .   .
blockSeqs                     :     . .  .         .      . .  .  .     . .  G      .     .   . . . .    . . . . .  .   . . . . . .    .      .  .   .    . . .  .   . . .  .   .            . . .   .
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blockSeqs                     :     . .  .         .      . .  .  .     . .  G      .     .   . . . .    . . . . .  .   . . . . . .    .      .  .   .    . . .  .   . . .  .   .            . . .   .
blockSeqs                     :     . .  .         .      . .  .  .     . .  G      .     .   . . . .    . . . . .  .   . . . . . .    .      .  .   .    . . .  .   . . .  .   .            . . .   .
blockSeqs                     :     . .  .         .      . .  .  .     . .  G      .     .   . . . .    . . . . .  .   . . . . . .    .      .  .   .    . . .  .   . . .  .   .            . . .   .
blockSeqs                     :     . .  .         .      . .  .  .     . .  G      .     .   . . . .    . . . . .  .   . . . . . .    .      .  .   .    . . .  .   . . .  .   .            . . .   .
blockSeqs                     :     . .  .         .      . .  .  .     . .  A      .     .   . . . .    . . . . .  .   . . . . . .    .      .  .   .    . . .  .   . . .  .   .            . . .   .
blockSeqs                     :     . .  .         .      . .  .  .     . .  .      .     .   . . . .    . . . . .  .   . . . . . .    .      .  .   .    . . .  .   . . .  .   .            . . .   .
blockSeqs                     :     . .  .         .      . .  .  .     . .  .      .     .   . . . .    . . . . .  .   . . . . . .    .      .  .   .    . . .  .   . . .  .   .            . . .   .
blockSeqs                     :     . .  .         .      . .  .  .     . .  .      .     .   . . . .    . . . . .  .   . . . . . .    .      .  .   .    . . .  .   . . .  .   .            . . .   .
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originalCons                  : CTTG-G-AC--------TT------T-A-CC-TA--AAGG-G--G---G-GA-----A-TAG-G-T-T---AG-A-T-A-G--T---C-A-T-G-C-T-GCCC---GGCG--A--GC----T-A-T-GT-TGT-C-T--T-CTG-----------AC-A-A-CTC-TTGTT
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lowQualScore                  :     3 2  55555555  333333 4 6  4  33    2 66 55555  99999 1   3 1 1 999  1 1 2 1 66 999 3 1 1 2 1 1    000    44 99  5555 3 1 3  1   1 3 66 1   99999999999  3 1 1   1     
consensus                     : CTTG-G-AC--------TT------T-A-CC-TA--AAGG-G--G---G-GA-----A-TAG-G-T-T---AG-A-T-A-G--T---C-A-T-G-C-T-GCCC---GGCG--A--GC----T-A-T-GT-TGT-C-T--T-CTG-----------AC-A-A-CTC-TTGTT
Reference ( family-541 )      : CTTG-G-AC--------TT------T-A-CC-TA--AAGG-G--G---G-GA-----A-TAG-G-T-T---AG-A-T-A-G--T---C-A-T-G-C-T-GCCC---GGCG--A--GC----T-A-T-GT-TGT-C-T--T-CTG-----------AC-A-A-CTC-TTGTT
gi|70832                      : CTTG-G-AC--------TT------T-A-CC-TA--AAGG-G--G---G-GA-----A-TAG-G-T-T---AG-A-T-A-G--T---C-A-T-G-C-T-GCCC---GGCG--A--GC----T-A-T-GG-TGT-C-T--T-CTG-----------AC-A-A-CTC-TTGTT
gi|70833                      : CTTG-G-AC--------TT------T-A-CC-TA--AAGT-G--G---G-GA-----A-TAG-G-T-T---AG-A-T-A-G--C---C-A-T-G-T-T-GCCC---GGCG--A--GC----T-A-T-GT-TGT-C-T--T-CTG-----------AC-A-A-CTC-TTGTT
gi|70834                      : CTTG-G-AC--------TT------T-A-CC-TA--AAGG-G--G-----GA-----A-TAG-G-T-T---AG-T-T-A-G--T---C-A-T-A-C-T-GCTC---GGCG--A--GC----T-A-T-GT-TGT-C-T--T-CTG-----------AC-A-A-CTC-TTGTT
gi|70835                      : CTTG-G-AC--------TT------T-A-CC-TA--AAGG-G--G---G-GA-------TAG-G-C-T---AG-A-T-A-G--T---T-A-T-G-C-T-GCCC---GGCG--A--GC----T-A-T-GTATGT-C-T--T-CTG-----------AC-A-A-CTC-TTGT
gi|70836                      : CTTG-G-AC--------TT------TTA-CC-TATAAAGG-G--G---G-GA-----A-TAG-G-T-T---AG-A-C-A-G--T---C-A-T-G-C-T-GCCC---GGCG--A--GC----T-A-T-GT-TGT-C-T--T-CTG-----------AG-A-A-CTC-TTGTT
gi|70837                      : CTTG-G-AC--------TT------TCA-CC-TA--AAGG-G--G------A-----A-TAG-G-T-T---AG-A-T-A-G--T---C-A-T-G-C-T-ACCC---GGTG--A--GC----T-A-T-GT-TGT-C-T--T-CTG-----------AC-A-A-CTC-TTGTT
gi|70838                      : CTTG-G-AT--------TTGGAC--T-A-CC-TA--AAGG-G--G-----GA-----A-TAG-G-T-T---AG-A-T-A-G--T---C-A-T-G-C-T-GCCC---GGCG--A--GC----T-T-T-GT-TGT-C-T--T-CTG-----------GC-A-A-CTC-TTGTT
gi|70839                      : CTTG-G-AC--------TT------T-A-CC-TA--AAGG-G--G---G-GG-----A-TAG-A-T-T---AG-A-T-A-G--T---C-A-T-G-C-T-GCCC---TGCG--A--TC----C-A-T-GT-TGT-C-T--T-CTG-----------AC-A-A-CTC-TTGTT
gi|70840                      : CCTG-G-AC--------TA--------A-CC-TA--AAGG-G--G---G-GA-----A-TAG-G-TGT---AG-A-T-A-G--T---C-A-T-G-C-T-GCCC---GGCG--A--GC----T-A-T-GT-TGT-C----T-CTG-----------AC-A-A-CTC-TTGTT
gi|70841                      : CTTG-A-AC--------TT------T-A-C--TA--GAAG-G--G---G-GA-----A-TAG-G-T-T---AG-A-TAA-G--T---C-A-TGG-C-T-GCCC---GGCG--A--GC----T-A-TGGT-TG----C--T-CTG-----------AC-A-A-CTC-TTGTT
gi|70842                      : CTTG-G-AC--------TT------T-A-CT-TA--AAGG-G--G---G-GGGGGGGA-TAG-G-T-T---AG-A-T-A-G--T---C---T-G-C-T-GCCC---GGCG--A--GC----T-A-T-GT-TGT-C-T--T-CTG-----------AC---A-CTCTTTGTT
gi|70843                      : CTTG-G-AC--------CT------T-T-CC-TA--A----G--G---C-GA-----T-CAG-G-T-T----G-A-T-A-G--T---C-A-T-G-C-T-GCCC---GGCG--A--GC----T-A-T-GT-TGT-C-T--T-CTG-----------AC-A-A-CTC-TTGTT
gi|70844                      : CTTG-G-AC--------TT------T-A-CC-TA--AAGG-G--G-----GA-----A-TAG-G-T-T---AG-A-T-A-G--T---T-A-T-G-C-T-----------------GC----T-A-T-GT-TGT-C-T--T-TTG-----------AC-A-A-CTC-TTGTT
gi|70845                      : CTTG-GGAC--------TT------T-A-CC-TA--AAGG-A--G---A-GA-----ACTAG-G-T-T---AG----------T---C-A-T-G-C-T-GCCC---GGCG--AA-GC----T-A-T-GT-TGT-C-T--T-CTG-----------AC-A-A-CTC-TTGTT
gi|70846                      : CTTG-G-AC--------TT------T-A-CT-TA--AA-G-G--G---G-GA-----A-TAG-G-T-T---AG-A-T-A-G--T---CTA-T-G-C-T-GCCC---GGCG--A--GCCTTGT-G-T-GT-CTT-C-T--T-CTG-----------AC-A-A-A-C-CTGTT
gi|70847                      : CTTG-G-AC--------TT------T-A-CC-TA--AAGG-GGTG---G-GA-----A-TAG-G-T-T---AT-A-C-G----------A-T-G-C-T-GCCC---TGCGA-A--GC----TAA-T-GT-TGT-C-TTCT-CTG-----------AC-A-A-CTC-TTGTT
gi|70848                      : CTTGAG-AC--------TT------T-A-CTGTA--AAGA-G--A---GAGA-----A-GAG-G-T-T---AG-A-TTA-G--C---C-A-T-G-C-T-GCCC---GGCT--A--GC----T-ATT-GT-TGT-C-T--T-CTG-----------AC-A-C-TTC-TTTTT
gi|70849                      : CTTG-G-AC--------TT------T-A-CC-TAT-AAGG-----------------A-TAG-GGT-T---AG-A-T-A-G--T---C-A-T-GCC-T-GCCC---GGCGA-A--GC----T-A-TGGT-TGT-CTT--T-CTGC----------AC-A-ACCTC-TTGTT
gi|70850                      : CCTG-G-AC--------TT------T-A-CC-T---AATA-A--G---G-AA-----A-T-G-G-T-T---AG-ATT-A-G--T---C-A-T-G-CTT-GCCC---GGCG--AAGGC----TAA-TGGT-TGT-CTT--T-CTGC----------AC-A-A-CTC--TGTT
gi|70851                      : CTTG---AC--------TT------G-A-CC-TAT-AAGC-G--G---G-GA-----A-TAG-A-T-TTTTAG-A-T-A-G--T---C-A-T-GCC-T-GCCC----GCG--A--GC----C-A-T--T-TGT-C-T--T-CTG-----------ACAA-A-CTC-TTGTT
gi|70852                      : CCTG-G-AC--------TTATT---T-AACC-TA--AAGG-G--G---G-AG-----A-TAG-G-T-T---AG-A-T-A-G--T---C-A---G-C-T-G-CC---GGCG--AC-GC----T-A-T-G--TGT-C-T--T--TG-----------A--A-T-CTC-TTGTT
gi|70853                      : CCTG-G-AC--------TTATT---T-AACC-TA--AAGG-G--G---G-AG-----A-TAG-G-T-T---AG-A-T-A-G--T---C-A---G-C-T-G-CC---GGCG--AC-GC----T-A-T-G--TGT-C-T--T--TG-----------A--A-T-CTC-TTGTT
gi|70854                      : CTTG-G-AC--------TT------T-A-CC-TA--AAGG-G--G-----GA-----A-TAG-G-T-T---AG-G-T-A-G--T---C-A-T-G-T-T-G
gi|70855                      : CTTG-G-ACGACTGACTTT------T-A-CC-TA--AAGG-A--G--------------TAG-G-T-T---TA-A-T-A-GAAC---C-A-T-G-C-T-TCCA---AGCG--A--GC----T-A-T-AT-TGT-C-T--T-CTGTCTTAATTCTTAC-A-A-CTC-TTGTT
gi|70856                      : CTTG-G-AC--------TTAGAACTT-A-CC-TA--AAGG-G--G---G-TG-----A-TAGCA-T-T---AGAA-T-A-G--T---C-A-C-G-C-T-GCCC----ATG--A--GC----C-A-T-GT-
gi|70857                      :  TTG-G-AC--------TT------T-A-C--TA--AAGG-G--G---G--A-----A-TAG-G-T-T---AG-A-T-A-G--T---C-A-T-G-C-T-GCC----GGCG--A--GC----T-A-T-GT-TGT-C-T--T-CTG-----------AC-A-A-CTC-TTGTT
gi|70858                      :  TTG-G-AC--------TT------T-T-AC-TA--AAAA-G--G---G-GA-----A-TAG-G-T-T---AG-A-T-A-GAGT---T-A-T-G-C-T-GCCC---GGCG--A--GC----T-A-T-GT-TGT-T-C--T-CTG-----------AC-A-A-CTC-TTAT
gi|70859                      :  TTG-G-ACCTG-----TT------T-A-CCCTAC-AAGG-G--GCCGG-GA-----A-TAG-A-T-T---AG-A-T-A-G--T---C-A-T-G-C-TGGCCC---GGCG--A--GC----T-A-T-GT-TG--C-T--T-CTG-----------ACAA-A-CTC-TTGTT
gi|70860                      :  TTG-G-AC--------TT------T-AACC-TA--AAGG-G--G---G-GA-----A-TAG-G-T-T---AG-A-T-A-G--T---CAA-T-G-C-T--CCC---AGCG--T--GC----T-A-T-GT-TTG-C-T--T-CTG-----------AC-ATA-CTC-TTGTT
gi|70861                      :  TTG-G-AC--------TT------T-A-CC-AA--AAGG-G--G---A-GG-----A-TAG-G-T-T----G-A-T-A-G--GAGAC-ACT-G---T-GCCC---GGCG--A--GC----TAA-T-GT-TGTGC-T--T-CTG-----------AC-A-A-CTC-TTGTT
gi|70862                      :    G-G-AC--------TT------T-A-CC-TA--AAGGAG--G---G-GA-----A-TAGTA-T-T----G-A-T-ACG--T---CAA-T-G-C-T-GCCTTCGGGCGA-A--GCA---T-T-T-GT-TGT-C-T--T-CTGA----------AC-A-A-CTC-TTGTT
gi|70863                      :       -AC--------TT------T-G-CC-TA--AAGG-G--G---G-GA-----A-TAG-G-T-T---AG-A-T-A-G--T---C-A-T-G-C-T-GCCC---GGTG--A--GC----T-A-T-GT-TGT-C-T--T-CTG-----------AC-A-A-CTC-TTGTT
gi|70864                      :          --------TT------T-A-AC-TA--GAAA-G--G---G--------A-TAT-G-T-T---AA-G-T-A-GAGT---C-A-T-G-C-T-TTCC---GGCG--A--GC----T-A-C-GC-TGT-C-T--T-CTG-----------AT-A-A-CTC-GTGTT
gi|70865                      :                                           --G---G-GA-----A-TAG-G-T-T---TA-A-T-A-GAGT---C-A-T-G-C-T-TCCC---AGTATTA--GC----T-A-T-GT-TGT-C-T--T-CTG-----------AC-A-A-CTC-TTGTT
gi|70866                      :                                           --G---A-GA-----A-TAG-G-T-T---TA-A-T-A-GAGT---C-A-T-G-C-T-TCCC---AGTATTA--GC----T-A-T-GT-TGT-C-T--TTCTG-----------AC-A-A-CTC-TTGTT
gi|70867                      :                                                                 -T-C---AG-A-T-A-G--T---C-A-T-G-T-T-GCCC---GGCG--A--GC----T-A-T-GT-TGT-C-T--A-CTG-----------AC-A-A-CTC-TTGTT
gi|70868                      :                                                                                                             CG--A--GC----T-A-T-TT-TGT-C-T--T-CTG-----------AC-A-A-CTC-TTGTT