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lowQualScore                  :    .  . ...  ....       ...      .   ....    .  .   ..................  . .   .  .  . .... ..  ...   .... . .  ...... ... . ..  ...... .  ...  .... . . . ..  .  .  . ..  . .....  ..  .  ...   ..  .  .. . ... ...  . . . .  . ..........   .. ..   .. .  .... .  .    . . .. .  . . .  . .. . ......   . ..... .  .   .   
lowQualScore                  :    2  0 555  8888       555      9   9999    8  8   555555555555555555  3 6   6  2  4 6666 77  111   6666 2 4  777777 555 2 77  444444 2  888  7777 2 2 2 66  2  2  4 22  2 99999  22  1  666   66  2  88 4 111 111  5 2 2 2  4 0000000000   66 11   88 2  7777 2  7    2 4 66 2  4 7 2  4 88 2 333333   2 22222 7  3   0   
consensus                     : CAT-GC-A---CC----GAACTCA---CGCTGC-CGG----GGTA-GG-CCT-A----A---C--T-C-GAC-A-TCT-AG-CA-T----C--TC---TGC----T-C-TG------A---G-A--CA------A-AA--CGA----T-T-C-C--AT-CA-CG-AA-TA-C-----AG--AT-GT---AAG--AA-AC--C-C---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C--AAT--A-AT----A-GC-TCCA-C-G--A-CC-C-T-CC-A--T-G-N----CAC-A-----GGAA-ACATAAA
Reference ( gi|5264 )         : CAT-GC-A---CC----GAACTCA---CGCTGC-CGG----GGTA-GG-CCT-A----A---C-ATAT-GAC-A-TCT-AG-CA-T----C--TC---TGC----T-C-TG------A---G-A--CA------A-AA--CGA----T-T-C-C--AT-CA-CG-AG-TA-C-----AG--AT-GT---AAG--AA-AC--C-C---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C--AAT--A-AT----A-GC-TCCA-C-G--A-CC-C-T-CC-A--T-G-T----CAC-A-----GAAA-ACATAAA
gi|5265                       : CAT-GC-A---CC----GAACTCA---CGCTGC-CGG----GGTA-GG-CCT-A----A---C-ATAT-GAC-A-TCT-AG-CA-T----C--AT---TGC----T-C-TG------A---G-A--CA------A-AA--CGA----T-T-C-C--AT-CA-CG-AG-TA-C-----AG--AT-GT---AAG--AA-AC--C-C---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C--AAT--A-AT----A-GC-TCCA-C-G--A-CC-C-T-CC-A--T-G-T----CAC-A-----GAAA-ACATAAA
gi|5270                       : CAT-GC-A---CC----GAACTCA---CACTGC-CGG----GGTA-GG-CCT-A----A---C--T-C-GAC-A-TCT-AG-CA-T----C--TC---TGC----T-C-TG------A---G-A--CA------A-AA--CGA----C-T-C-A--AT-CA-CG-AA-TA-C-----AG--AT-GT---AAG--AA-AC--C-CGTTG---AC-C-A-C-AA-T----------TCA--C--AAT--G-AT----A-GC-TCCA-C-G--A-CC-C-T-CC-A--T-G-T----CAC-G-----GGAA-ACATAAA
gi|5268                       : CAT-GC-A---CC----GAACTCA---CGCTGC-CGG----GGTA-AG-CTT-A----A---C--TCC--AC-A-TCT-AG-CA-T----C--TC---TTC----T-C-TA------A---G-A--CA------A-AA--CGA----T-T-C-C--AT-CA-CG-AA-TA-C-----AG--AA-GT---AAG--AA-AC--T-C---A---AA-C-C-C-AA-T----------TCA--C--AAT--A-AT----A-GC-TCCA-C-G--A-CC-C-T-CC-A--T-G-A----CAC-A-----GGAA-ACATAAA
gi|5269                       : CAT-GC-A---CC----GAACTCA---CGCTGT-CGG----GGTA-AG-CCT-A----A---C--TCC--AC-A-TCT-AG-CA-T----C--TC---TGC----T-C-TG------A---G-A--CA------A-AA--CGA----T-T-C-C--AT-CA-CG-AA-TA-C-----AA--AT-GT---AAG--AA-AC--T-C---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C--AAC--A-AT----T-GC-TCCA-C-G--A-TC-C-T-CC-A--T-G-A----CAC-A-----AGAA-ACATA
gi|5266                       : CAT-GC-A---CC----GAACTCA---CGCTGC-CGG----GGTA-GG-CCT-A----A---C--TCC--AC-A-TCT-AG-CA-T----T--TC---TGC----T-A-TG------A---G-A--CA------A-AA--CGA----T-T-C-C--AT-CA-CG-AA-TA-C-----AG--AG-AT---AAG--AA-AC--C-C---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--T--GAT--A-AT----A-TT-TTCA-C-G--A-CC-C-T-CC-A--T-G-A----CAC-A-----GGAA-ACATAAA
gi|5271                       : CAC-GC-A---CCA---GAACTCA---AGCTGC-CGA----GGTA-GG-CCT-A----AGCTC-A-----AC-A-TCT-AG-CA-T----C--TC---TGC----T-C-TG------AC--G-A---A------T-AA--TGA----T-T-C-C--AT-CA-CG-AA-TA-C-----AG--AT-GT---AAG--AA-A---C-C---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C--AAT--A-AT----A-GT-TCCA-C-G--A-CT-C-T-CC-A--T-G-A----CAC-A-----GGAA-ACAAAAA
gi|5267                       : CAT-GC-A---CC----GAACTCA---CGCTGC-CGG----GGTA-GG-CCT-A----C---T-CCA----C-A-TCT-AG-CA-T----T--TC---TGC----TAT-TG------A---G----CA------A-AA--CGA----T-T-C-C--AT-CA-CG-AA-TA-C-----AG--AT-AT---AAG--AA-AC--C-C---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--T--GAT----AT----C-AT-TTCA-C-GGAA-CC-C-T-CC-A--T-G-A----CAC-A-----GGAA-ACATAAA
gi|5272                       : CAT-GC-A---CC----GAACTCA---CGCTGC-CGG----GGTA-GG-CCT-A----A-----ACTC-GAC-A-TCT-AG-CA-T----C--TC---TGC----T-C-TG------A---G-A--AC------A-AA--CGA----T-T-A-C--AA-TA-CA-AG-TA-C-----AAATAT-GT---AAA--GA-AC--A-C---A---AA-C-A-CAAA-T----------TCA--T--TAT--A-AT----A-GC-TCCA-C-G--A-CC-C-T-CC-A--T-G-G----TAC-A-----G-GA-ACATAAA
gi|5273                       : CAT-GC-A---CC----TGACTCA---CGCCGC---G----GGTA-GG-CCT-T----A-----ATCTCGAC-A-TTT-AG-CA-T----C--TC----GC----T-C-TG------ACCAG-A--CA------A-AC--CTA----CAT-C-C--AT-CA-CG-AA-TA-C-----AG--AT-GT---AAG--AA-AC--C-C---A---AA-C-A-C-A-------------TGA--C--AAT--A-AC----A-GCTTCCA-C-G--A-CC-C-T-CC-A--T-G-T----CAC-A-----G-AA-ACATAAA
gi|5274                       : CAT-GC-A---CC----GAACTCAGTCCACTG--TGG----GGTA-AG-CCC-A----A---CTCCAC-GA--A-TCT-AG-CA------C--TC---TGC------C-TG------A---G-A--CATTGTTTT-AA--CGA----T-T-T-C--AT-CA-CA-AA-TACC-----AG--AT-GT---AAG--AA-AT--CGA---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--CA-AAT--ACGT----A-GC-TCTACC-G--A-CC-C-C-CC-A--T-G-A----CAC-A-----GGAA-AC
gi|5275                       : CAT-GC-A---C-----GAACTCA---CG------------GGTA-GG-CCT-A----A-----ACTC-GAC-A-TCT-AG-CA-T----C--TC---TGCCCCCT-C-TG------A---G-A--C-------A-AG--CGAT---T-T-C-C--AT-CA-CG-AA-TA-C-----AAATAT-GT---AAG---------------A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C--TA---A-AT----A-GCTTCCA-C-G--A-CCTC-T-CCAA--TAG-T----TGC-A-----GAAATATACAAA
gi|5276                       : CAT-CC-A---CCAAATGAACCCA---CGCCGC---------GCG-GG-C----------------GT-GGT-A-TCT-CGACA-T----C--TT---TGC----T-C---------------A--CA------G-AA--CAA----T-T-C-C-----C--CG-AAATA-C-----AG--AT-GT---AA---AA-AC--C-C---A---AG-C-A-C-AT-T----------TAA--C--AAT--A-AT----A-GC-TCCA-C-G--A-CC-C-T-CC-A--T-G-T----CAC-A-----GGAA-ACATAAA
gi|5277                       : CAT-GT-AACCCC----GAGCCGA---CACTCA-CTG----GGTA-GG-CCT-A----A---C--T-C-GA--A-TCT-AG-CAGT----CAATC---TGC----T-T-CC------A---G-A--CA------A-GAGTCGA----T-T-C-A--A--CA-CG-AA-TA-C-----AA--AT-ATGTAAAG--AA-AC--C-C---A---AA-C-A-C-AATT----------TCA--CT-AGT--A-ATCTCGA-GC-TCAC-C-G--A-CC-CAT-CC-GC-T-G-T----TAC-A-----GGAA-ATATA
gi|5278                       : CATAGC-AG--CC----GAACTCA---CGG-GT-AGGCATAGGCA-GG-CCT-A----A---C--T-C-GAC-AATCT-AG-CA-T----G--TCAAGTAC----A-C-TG----------G-ATTCT------A-TATGCGA----T-T-CGC--AT-CA-CG-AA-TA-CAAATAAG--AT-GT---AAG--AATACTAT-C---A---AA---A-C-TA-T----------T----G--AAT--T-AT------GCGTCTA-CGG--A-CC-C-TGCC-AAGT-G-T-----AC-A-----GGAA-ATATAA
gi|5279                       : CAT-GC-A---CCAAATGAAACCG---CGCGGC-CGG----GGCA-------------------------AC---TC--AA-CA-T----T--TC---TGC----T-C---------------A--CA------A-AA--CGA----T-T-C-C--AT-TA-CT-AA-TA-C-----AG--AT-AT---
gi|5280                       : CAT-GC-A---CCAAATGAAACCG---CGCGGC-CGG----GGCA-------------------------AC---TC--AA-CA-T----T--TC---TGC----T-C---------------A--CA------A-AA--CGA----T---C-C--AT-TA-CT-AA-TA-C-----AG--AT-AT---
gi|5281                       :   T-GC-A---CC----GAACTCG---CGCTGC-CGG----GGTA-GG-CATCA----A---C--TCC--AC-A-TCT-AG-CA-T----C--TC-----C----T-C-TGTATACAA---G-A--CAC-----A-AA--CGA----T-T-C-C--AT-CA-TG-AA-TA--------A--AT-GT---AAG--AC-AA--C-C---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C--AAT--A-AT----A-GC-TTCA-C-G--A-CCGCAT-CC-A--T-GAT----CAC-A-----
gi|5282                       :   T-GCGA---CC----GAACTCA---CG-------------GTA-GG-CC--A----T---T-ACTC-GAC-A-TCT-GG-CA-T----C--TC---TGC----T-C-CA------A---G-A--C---------AA--CGA----T-T---C--AT-GA-CG-AA-TA-C-----AAATAT-GT---AAG--AA-A---C-C---A---AA-C-A---AA-T----------TC---C--TATA-A-AT----A-GC-TC---C-G--A-CC-C-T-CC-A--T-
gi|5283                       :       -A---TC----GAACTCA----GCTGC-TGA----AGTA-GGGCCC-GCTCCA---C-A--------A-TCT-AT-CA-T----C--TC---TGC----T-C-TA------A---G-A--CA------ATAA--AGA----T-T-C-C--AT-CA-CT-AA--A-T-----AG---C-GT---TAA--AA-AC--C-C---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C--AATTCA-AT----A--C-TCAA-C-G--A-CC-C-T-CC-A--T-T-TAGAACACTA-----GGAA-ACATAAA
gi|5284                       :       -A---CC-----AACTCT---CGCTGCACTG----A--A-AG-CCTCA----A---C--T-C-GAC-AATTT-AG-CA-T----T--CT---TGC----T-T-TA------A---G-A--CA------A-AA---AACATTT-T-C-C--AT-CA-CT-AA-GA-C-----AA--AT-ATGA-AAG--AA-AC--CAC---A---AAAC-A-C-AA-T----------TCA--C---TT--A-AT----ATGC-TCCA-C-G--A-CA-C-C-CC-A--A-G-T----CAT-ACCAGGGAAA-AAATAAA
gi|5286                       :                                GT-CAG----GGTA-A--CTC-G----A---C-ATA---AG-A-TTT-AG-CA-T----C--TT---TAC----T-A-TG------A---C-A--CA------A-AA--CGA----T-T-C-C--AT-CA-CG-AA-TA-C-----AG--AT-GT---ACG--AA-AC--T-C---AAGTAA-CAA-C-AA-T----------ATA--T--AAG--A-AT---------TCCA-C-G--A-CC-C-T-CC-A--T-G-C----CAC-A-----GTAA-ACATAAA
gi|5287                       :                                     G----GGTAAGG-CCT-A----A---T----C-GACCA-TCT-AG-CA-T----C--TC---TGC----T-C-CA------A---G-A--CA------A-AGC-CGA----T-T-C-C--AT-CA-CGAAA-TA-C-----AAATAT-GT---AAG--AA-AC--C-C---A---AA-C-A---AA-T----------TCA--C--TAT----AT----A-GCTTCCA-C-G--A-CC-C-T-CC----T-G-T----TAC-A-----GGAA-ATATGA
gi|5288                       :                                                                       AC-A-TCT-AG-CA-T----C--TC---TGC----T-C-TG------A---G-A--CA------T-AA--AGA----T-T-C-C--AT-CA-CG-AA-TA-C-----AG--AT-GT---AAG--AA-AC--C-C---A---AA-C-G-C-AA-T----------TCA--C--AAT--A-AT----A-GC-CCCA-C-G--A-CC-C-T-CC-A--T-G-A----CAC-A-----GGAA-ACAAAAA
gi|5289                       :                                                                       AC-A-TTT-AG-CA-T----C--TC---TGC----T-C-TG------A---G-A--CA------T-AA--AGA----T-T-C-C--AT-CA-CG-AA-TA-C-----AG--AT-TT---AAG--AA-AC--C-C---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C--AAT--A-AT----A-GC-TCCA-C-G--A-CC-C-T-CC-A--T-G-A----CAC-A-----GGAA-
gi|5291                       :                                                                       AC-A-TCT-AG-CA-T----C--TC---TGC----T-C-CG------A---G-A--CA------T-AA--AGA----T-T-C-C--AT-CA-CG-AA-TA-C-----AG--AT-GT----AG--AA-AC--C-T---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C---AT--A-AT----A-GC-TCCA-C-G--A-CC-C-T-CC-A--T-G-A----CAC-A-----GGAA-ACAAAAA
gi|5290                       :                                                                       AC-A-TTT-AG-CA-T----C--TC---TGC----T-C-TG------A---G-A--CA------T-AA--AGA----T-T-C-C--AT-CA-CG-AA-TA-C-----AG--AT-TT----AG--AA-AC--C-C---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C--A----A-AT----A-GC-TCCA-C-G--A-CC-C-T-CC-A--T-G-A----CAC-A-----GGAA-
gi|5292                       :                                                                       AC-A-TCTTAG-CA-T----C--TC---TGC----T-TATG------A---TTA--CA------T-AA--AG-----T-T-C-C--AT-CA-CG-AA-AA-C-----AG--AT-GT---AAG--AA-A---C-C---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C--AAT--A-A-----A-GC-TCCA-C-G--AGCC-C-T-CCTA--T-G-A----CAC-A-----GATA-ACA-AAA
gi|5293                       :                                                                       AC-A-TCT-AG-CA-T----A--TC---TGC----T-C-TG------A-----A--CAAT----A-AA--TGA----T-T-C-C--ATACA-C--AA-TA-C-----AGA-AT-GT---AAG--AA-ACA-C-C---A---AACC-A-C-AA-T----------TCA--C--AAT--A-AT----G-----TCA-T-G--A-CC-C-T-CC-A--T-G------AAC-A-----GAAA-ACAAAAA
gi|5294                       :                                                                       AC-A-TCT-AG-CAAT----C--TC---TGC----T-C-TG------A---G-A--TA------A------GA----T-T-C-CTAAT-CAACG-AA-TA-C-----AG--AT-GTT--AAGGAAA-AT--C-CGATA---AC-C-A-C-AAAT----------TCA--CCAAAT--G-AT----A-GC-CTCA-C-G--A-CC-T-C-CC-A--T-G-A----CAC-AT----GAA
gi|5295                       :                                                                       AC-A-TCTTAG-CA-TAGATC--TC---TGC----T-CATGG-----A---G-A--CG------T-AC--AGA----T-T-C-C--AT-CA-AGGAA-TA-C-----A---AT--T-----G--AA-AC--C-----A---AA-C-A-C-TT-T----------TCA--CG-AAT--A-AT----A-GC-TCCA-CAG--A-CC-CTT-CC-A--T-G------AAA-G-----GAAA-ACAAAAA
gi|5285                       :                                                                        C-A-TCT-AG-CA-T----C--TC---TGC----T-C-TG------AC--A-A--CA------A-AAA-TGA----T-T-C-C--AT-CA-AG-AA-TA-C-----AG--ATTGT---AAG--AA-AC--C-C---A---AACC-ACC-AA-T----------TCA--C--AAT--A-AT------GC-TCCA-C----A-CC-C-T-CC-A--T-G-A----CAC-A-----GGAA-ACATAAA
gi|5296                       :                                                         tgctcggttggttggctaacttccG-CA-G----C--CC---TAC------A-TG------A---T-A--TG------A-AA---GA----T-TTC-C--AT-TA-CG-AA-AA-C-----AG--AT-GT---AAG--AA-AC--C-C---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C---AT--A-AT----A-GC-TCCA-C-G--A--C-C-T-CC-A--T-G-A----CAC-A-----GGAA-ACA-AAA
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lowQualScore                  :    .  . ...  ....       ...      .   .... .   .    . .  . . . .  .. . .....  .    . .... ..  ...  ....  . .  ...... ... . ..  .........  ..   .... . . . ..  .  .  .  .   .....  ..  .  ...   ..  .  .. . ... ...  . . . .  . ..........   .. ..  . .. .  .... .  .     . .. .  . . .  . .. .... ..  ... .   ..         
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Reference ( family-536 )      : CAT-GC-A---CC----GAACTCA---CGCTGC-CGG----G-GTA-GGCC-T-AA-C-T-CGAC--A-T-----CT-AGCA-T----C--TC---TG----CT-C-TG------A---G-A--CA--A------AA--CGA----T-T-C-C--AT-CA-CG-AA-TAC-----AG--AT-GT---AAG--AA-AC--C-C---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C--AA-T--A-AT----A-GC-TCCAC-G--A-CC-C-T-CC-A--T----G-NCA---C-AGG--AAACATAAA
gi|5264                       : CAT-GC-A---CC----GAACTCA---CGCTGC-CGG----G-GTA-GGCC-T-AA-CATATGAC--A-T-----CT-AGCA-T----C--TC---TG----CT-C-TG------A---G-A--CA--A------AA--CGA----T-T-C-C--AT-CA-CG-AG-TAC-----AG--AT-GT---AAG--AA-AC--C-C---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C--AA-T--A-AT----A-GC-TCCAC-G--A-CC-C-T-CC-A--T----G-TCA---C-AGA--AAACATAAA
gi|5265                       : CAT-GC-A---CC----GAACTCA---CGCTGC-CGG----G-GTA-GGCC-T-AA-CATATGAC--A-T-----CT-AGCA-T----C--AT---TG----CT-C-TG------A---G-A--CA--A------AA--CGA----T-T-C-C--AT-CA-CG-AG-TAC-----AG--AT-GT---AAG--AA-AC--C-C---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C--AA-T--A-AT----A-GC-TCCAC-G--A-CC-C-T-CC-A--T----G-TCA---C-AGA--AAACATAAA
gi|5266                       : CAT-GC-A---CC----GAACTCA---CGCTGC-CGG----G-GTA-GGCC-T-AA-C-T-CCAC--A-T-----CT-AGCA-T----T--TC---TG----CT-A-TG------A---G-A--CA--A------AA--CGA----T-T-C-C--AT-CA-CG-AA-TAC-----AG--AG-AT---AAG--AA-AC--C-C---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--T--GA-T--A-AT----A-TT-TTCAC-G--A-CC-C-T-CC-A--T----G-ACA---C-AGG--AAACATAAA
gi|5267                       : CAT-GC-A---CC----GAACTCA---CGCTGC-CGG----G-GTA-GGCC-T-A--C-T-CCAC--A-T-----CT-AGCA-T----T--TC---TG----CTAT-TG------A---G----CA--A------AA--CGA----T-T-C-C--AT-CA-CG-AA-TAC-----AG--AT-AT---AAG--AA-AC--C-C---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--T--GA-T----AT----C-AT-TTCAC-GGAA-CC-C-T-CC-A--T----G-ACA---C-AGG--AAACATAAA
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gi|5269                       : CAT-GC-A---CC----GAACTCA---CGCTGT-CGG----G-GTA-AGCC-T-AA-C-T-CCAC--A-T-----CT-AGCA-T----C--TC---TG----CT-C-TG------A---G-A--CA--A------AA--CGA----T-T-C-C--AT-CA-CG-AA-TAC-----AA--AT-GT---AAG--AA-AC--T-C---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C--AA-C--A-AT----T-GC-TCCAC-G--A-TC-C-T-CC-A--T----G-ACA---C-AAG--AAACATA
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gi|5276                       : CAT-CC-A---CCAAATGAACCCA---CGCCGCGCGG----GCGTG-G----T-AT-C-T-CGAC--A-T-----CT---------------T---TG----CT-C---------------A--CA--G------AA--CAA----T-T-C-C-----C--CG-AAATAC-----AG--AT-GT---AA---AA-AC--C-C---A---AG-C-A-C-AT-T----------TAA--C--AA-T--A-AT----A-GC-TCCAC-G--A-CC-C-T-CC-A--T----G-TCA---C-AGG--AAACATAAAcaaa
gi|5277                       : CAT-GT-AACCCC----GAGCCGA---CACTCA-CTG----G-GTA-GGCC-T-AA-C-T-CGA---A-T-----CT-AGCAGT----CAATC---TG----CT-T-CC------A---G-A--CA--A------GAGTCGA----T-T-C-A--A--CA-CG-AA-TAC-----AA--AT-ATGTAAAG--AA-AC--C-C---A---AA-C-A-C-AATT----------TCA--CT-AG-T--A-ATCTCGA-GC-TCACC-G--A-CC-CAT-CC-GC-T----G-TTA---C-AGG--AAATATA
gi|5278                       : CATAGC-AG--CC----GAACTCA---CGG-GT-AGGCATAG-GCA-GGCC-T-AA-C-T-CGAC--AAT-----CT-AGCA-T----G--TCAAGTA----CA-C-TG----------G-ATTCT--A------TATGCGA----T-T-CGC--AT-CA-CG-AA-TACAAATAAG--AT-GT---AAG--AATACTAT-C---A---AA---A-C-TA-T----------T----G--AA-T--T-AT------GCGTCTACGG--A-CC-C-TGCC-AAGT----G-T-A---C-AGG--AAATATAA
gi|5279                       : CAT-GC-A---CCAAATGAAACCG---CGCGGC-CGG----G-GCA---------A-C-T-CAAC--A-T-----TT---------------C---TG----CT-C---------------A--CA--A------AA--CGA----T-T-C-C--AT-TA-CT-AA-TAC-----AG--AT-AT---
gi|5280                       : CAT-GC-A---CCAAATGAAACCG---CGCGGC-CGG----G-GCA---------A-C-T-CAAC--A-T-----TT---------------C---TG----CT-C---------------A--CA--A------AA--CGA----T---C-C--AT-TA-CT-AA-TAC-----AG--AT-AT---
gi|5281                       :   T-GC-A---CC----GAACTCG---CGCTGC-CGG----G-GTA-GGCA-TCAA-C-T-CCAC--A-T-----CT-AGCA-T----C--TC---------CT-C-TGTATACAA---G-A--CAC-A------AA--CGA----T-T-C-C--AT-CA-TG-AA-TA-------A--AT-GT---AAG--AC-AA--C-C---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C--AA-T--A-AT----A-GC-TTCAC-G--A-CCGCAT-CC-A--T----GATCA---C-A
gi|5282                       :   T-GCGA---CC----GAACTCA---CG--------------GTA-GGCCAT-TA-C-T-CGAC--A-T-----CT-GGCA-T----C--TC---TG----CT-C-CA------A---G-A--C----------AA--CGA----T-T---C--AT-GA-CG-AA-TAC-----AAATAT-GT---AAG--AA-A---C-C---A---AA-C-A---AA-T----------TC---C--TA-TA-A-AT----A-GC-TC--C-G--A-CC-C-T-CC-A--T----
gi|5283                       :       -A---TC----GAACTCA----GCTGC-TGA----A-GTA-GGGC-C-CG-C-T-CCAC--AAT-----CT-ATCA-T----C--TC---TG----CT-C-TA------A---G-A--CA--AT-----AA--AGA----T-T-C-C--AT-CA-CT-AA--AT-----AG---C-GT---TAA--AA-AC--C-C---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C--AA-TTCA-AT----A--C-TCAAC-G--A-CC-C-T-CC-A--TTTAGA-ACA---CTAGG--AAACATAAA
gi|5284                       :       -A---CC-----AACTCT---CGCTGCACTG----A---A-AGCC-TCAA-C-T-CGAC--AAT-----TT-AGCA-T----T--CT---TG----CT-T-TA------A---G-A--CA--A------AA---AACATTT-T-C-C--AT-CA-CT-AA-GAC-----AA--AT-ATGA-AAG--AA-AC--CACA--A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C---T-T--A-AT----ATGC-TCCAC-G--A-CA-C-C-CC-A--A----G-TCATACC-AGGGAAAAAATAAA
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gi|5286                       :                                                    -T-AA-C-T-CGAC--A-TAAGATTT-AGCA-T----C--TT---TA----CT-A-TG------A---C-A--CA--A------AA--CGA----T-T-C-C--AT-CA-CG-AA-TAC-----AG--AT-GT---ACG--AA-AC--T-C---AAGTAA-CAA-C-AA-T----------ATA--T--AA-G--A-AT---------TCCAC-G--A-CC-C-T-CC-A--T----G-CCA---C-AGT--AAACATAAA
gi|5287                       :                              gtcagggG----G-GTAAGGCC-T-AA---T-CGACC-A-T-----CT-AGCA-T----C--TC---TG----CT-C-CA------A---G-A--CA--A------AGC-CGA----T-T-C-C--AT-CA-CGAAA-TAC-----AAATAT-GT---AAG--AA-AC--C-C---A---AA-C-A---AA-T----------TCA--C--TA-T----AT----A-GCTTCCAC-G--A-CC-C-T-CC----T----G-TTA---C-AGG--AAATATGA
gi|5288                       :                                                                AC--A-T-----CT-AGCA-T----C--TC---TG----CT-C-TG------A---G-A--CA--T------AA--AGA----T-T-C-C--AT-CA-CG-AA-TAC-----AG--AT-GT---AAG--AA-AC--C-C---A---AA-C-G-C-AA-T----------TCA--C--AA-T--A-AT----A-GC-CCCAC-G--A-CC-C-T-CC-A--T----G-ACA---C-AGG--AAACAAAAA
gi|5289                       :                                                                AC--A-T-----TT-AGCA-T----C--TC---TG----CT-C-TG------A---G-A--CA--T------AA--AGA----T-T-C-C--AT-CA-CG-AA-TAC-----AG--AT-TT---AAG--AA-AC--C-C---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C--AA-T--A-AT----A-GC-TCCAC-G--A-CC-C-T-CC-A--T----G-ACA---C-AGG--AA
gi|5290                       :                                                                AC--A-T-----TT-AGCA-T----C--TC---TG----CT-C-TG------A---G-A--CA--T------AA--AGA----T-T-C-C--AT-CA-CG-AA-TAC-----AG--AT-TT----AG--AA-AC--C-C---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C--A-----A-AT----A-GC-TCCAC-G--A-CC-C-T-CC-A--T----G-ACA---C-AGG--AAA
gi|5291                       :                                                                AC--A-T-----CT-AGCA-T----C--TC---TG----CT-C-CG------A---G-A--CA--T------AA--AGA----T-T-C-C--AT-CA-CG-AA-TAC-----AG--AT-GT----AG--AA-AC--C-T---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C---A-T--A-AT----A-GC-TCCAC-G--A-CC-C-T-CC-A--T----G-ACA---C-AGG--AAACAAAAA
gi|5292                       :                                                                AC--A-T-----CTTAGCA-T----C--TC---TG----CT-TATG------A---TTA--CA--T------AA--AG-----T-T-C-C--AT-CA-CG-AA-AAC-----AG--AT-GT---AAG--AA-A---C-C---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C--AA-T--A-A-----A-GC-TCCAC-G--AGCC-C-T-CCTA--T----G-ACA---C-AGA--TAACA-AAA
gi|5293                       :                                                                AC--A-T-----CT-AGCA-T----A--TC---TG----CT-C-TG------A-----A--CAATA------AA--TGA----T-T-C-C--ATACA-C--AA-TAC-----AGA-AT-GT---AAG--AA-ACA-C-C---A---AACC-A-C-AA-T----------TCA--C--AA-T--A-AT----G-----TCAT-G--A-CC-C-T-CC-A--T----G-A-A---C-AGA--AAACAAAAA
gi|5294                       :                                                                AC--A-T-----CT-AGCAAT----C--TC---TG----CT-C-TG------A---G-A--TA--A-----------GA----T-T-C-CTAAT-CAACG-AA-TAC-----AG--AT-GTT--AAGGAAA-AT--C-CGATA---AC-C-A-C-AAAT----------TCA--CCAAA-T--G-AT----A-GC-CTCAC-G--A-CC-T-C-CC-A--T----G-ACA---C-ATG--AA
gi|5295                       :                                                                AC--A-T-----CTTAGCA-TAGATC--TC---TG----CT-CATGG-----A---G-A--CG--T------AC--AGA----T-T-C-C--AT-CA-AGGAA-TAC-----A---AT--T-----G--AA-AC--C-----A---AA-C-A-C-TT-T----------TCA--CG-AA-T--A-AT----A-GC-TCCACAG--A-CC-CTT-CC-A--T----G---A---A-AGG--AAA-ACAAA
gi|5296                       :                                                                                GCA-G----C--CC---TA----C--A-TG------A---T-A--TG--A------AA---GA----T-TTC-C--AT-TA-CG-AA-AAC-----AG--AT-GT---AAG--AA-AC--C-C---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C---A-T--A-AT----A-GC-TCCAC-G--A--C-C-T-CC-A--T----G-ACA---C-AGG--AAACA-AAAaa
gi|5297                       :                                                                                  A-T----C--TC---TG----CT-C-TA------A---G-A--CC--A------AA--CGA----T-T-C-C--AT-CA-TG-AA-TAC-----AT--AT-GT---AAG--AA-AC--T-C---A---AA-T-C-C-AA-T----------TCA--C--AA-T--A-AT----A-GC-TTCAT-G--A-CC-C-T-CC-A--T----G-TTA---T-AGG--AAACAAAAA
gi|5298                       :                                                                                                                                  ------AA--CGA----T-T-T-C--AT-CA-CA-AA-TAC-----AG--AT-GT---AAG--AA-AT--C-G---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C--AA-T--A-GT----A-GC-TCTAC-G--A-CC-C-C-CC-A--T----G-ACA---C-AGG--AAACTTAAA
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lowQualScore                  :    .  . ...  ....       ...      .   .... .   .    . .  . . . .  .. . .....  .    . .... ..  ...  ....  . .  ...... ... . .. . .........  ..   .... . . . ..  .  .  .  .   .....  .. .   ...   ..  .  .. . ... ...  . . . .  . ..........   .. ..  . .. .  .... .  .     . .. .  . . .  . .. .... ..  ... .   ..     .   
lowQualScore                  :    1  9 222  0000       333      5   1111 7   7    7 0  7 3 3 3  00 8 11111  5    4 5555 66  111  5555  2 4  666666 444 2 66 2 555555555  33   6666 1 1 1 66  1  1  3  1   00000  00 1   555   66  1  77 1 111 000  4 1 1 1  3 7777777777   66 99  1 77 1  6666 1  6     4 66 1  3 6 1  1 77 5555 00  111 2   88     4   
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Reference ( family-536 )      : CAT-GC-A---CC----GAACTCA---CGCTGC-CGG----G-GTA-GGCC-T-AA-C-T-CGAC--A-T-----CT-AGCA-T----C--TC---TG----CT-C-TG------A---G-A--C-A--A------AA--CGA----T-T-C-C--AT-CA-CG-AA-TAC-----AG--A-TGT---AAG--AA-AC--C-C---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C--AA-T--A-AT----A-GC-TCCAC-G--A-CC-C-T-CC-A--T----GA-CA---C-AGG--AAACATAAA
gi|5264                       : CAT-GC-A---CC----GAACTCA---CGCTGC-CGG----G-GTA-GGCC-T-AA-CATATGAC--A-T-----CT-AGCA-T----C--TC---TG----CT-C-TG------A---G-A--C-A--A------AA--CGA----T-T-C-C--AT-CA-CG-AG-TAC-----AG--A-TGT---AAG--AA-AC--C-C---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C--AA-T--A-AT----A-GC-TCCAC-G--A-CC-C-T-CC-A--T----GT-CA---C-AGA--AAACATAAA
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gi|5274                       : CAT-GC-A---CC----GAACTCAGTCCACTGT--GG----G-GTA-AGCC-C-AA-C-T-CCACGAA-T-----CT-AGCA------C--TC---TG----C--C-TG------A---G-A--C-A--TTGTTTTAA--CGA----T-T-T-C--AT-CA-CA-AA-TACC----AG--A-TGT---AAG--AA-AT--C-G---A---AAAC-A-C-AA-T----------TCA--C--AAAT--ACGT----A-GC-TCTACCG--A-CC-C-C-CC-A--T----GA-CA---C-AGG--AAAC
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gi|5276                       : CAT-CC-A---CCAAATGAACCCA---CGCCGCGCGG----GCGTG-G----T-AT-C-T-CGAC--A-T-----CT---------------T---TG----CT-C---------------A--C-A--G------AA--CAA----T-T-C-C-----C--CG-AAATAC-----AG--A-TGT---AA---AA-AC--C-C---A---AG-C-A-C-AT-T----------TAA--C--AA-T--A-AT----A-GC-TCCAC-G--A-CC-C-T-CC-A--T----GT-CA---C-AGG--AAACATAAAatagttgcagaaatatacaaa
gi|5277                       : CAT-GT-AACCCC----GAGCCGA---CACTCA-CTG----G-GTA-GGCC-T-AA-C-T-CGA---A-T-----CT-AGCAGT----CAATC---TG----CT-T-CC------A---G-A--C-A--A------GAGTCGA----T-T-C-A--A--CA-CG-AA-TAC-----AA--A-TATGTAAAG--AA-AC--C-C---A---AA-C-A-C-AATT----------TCA--CT-AG-T--A-ATCTCGA-GC-TCACC-G--A-CC-CAT-CC-GC-T----GT-TA---C-AGG--AAATATA
gi|5278                       : CATAGC-AG--CC----GAACTCA---CGG-GT-AGGCATAG-GCA-GGCC-T-AA-C-T-CGAC--AAT-----CT-AGCA-T----G--TCAAGTA----CA-C-TG----------G-ATTC-T--A------TATGCGA----T-T-CGC--AT-CA-CG-AA-TACAAATAAG--A-TGT---AAG--AATACTAT-C---A---AA---A-C-TA-T----------T----G--AA-T--T-AT------GCGTCTACGG--A-CC-C-TGCC-AAGT----G--TA---C-AGG--AAATATAA
gi|5279                       : CAT-GC-A---CCAAATGAAACCG---CGCGGC-CGG----G-GCA---------A-C-T-CAAC--A-T-----TT---------------C---TG----CT-C---------------A--C-A--A------AA--CGA----T-T-C-C--AT-TA-CT-AA-TAC-----AG--A-TAT---
gi|5280                       : CAT-GC-A---CCAAATGAAACCG---CGCGGC-CGG----G-GCA---------A-C-T-CAAC--A-T-----TT---------------C---TG----CT-C---------------A--C-A--A------AA--CGA----T---C-C--AT-TA-CT-AA-TAC-----AG--A-TAT---
gi|5281                       :   T-GC-A---CC----GAACTCG---CGCTGC-CGG----G-GTA-GGCA-TCAA-C-T-CCAC--A-T-----CT-AGCA-T----C--TC---------CT-C-TGTATACAA---G-A--C-AC-A------AA--CGA----T-T-C-C--AT-CA-TG-AA-TA-------A--A-TGT---AAG--AC-AA--C-C---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C--AA-T--A-AT----A-GC-TTCAC-G--A-CCGCAT-CC-A--T----GATCA---C-A
gi|5282                       :   T-GCGA---CC----GAACTCA---CG--------------GTA-GGCCAT-TA-C-T-CGAC--A-T-----CT-GGCA-T----C--TC---TG----CT-C-CA------A---G-A--C-----------AA--CGA----T-T---C--AT-GA-CG-AA-TAC-----AAATA-TGT---AAG--AA-A---C-C---A---AA-C-A---AA-T----------TC---C--TA-TA-A-AT----A-GC-TC--C-G--A-CC-C-T-CC-A--T----
gi|5283                       :       -A---TC----GAACTCA----GCTGC-TGA----A-GTA-GGGC-C-CG-C-T-CCAC--AAT-----CT-ATCA-T----C--TC---TG----CT-C-TA------A---G-A--C-A--AT-----AA--AGA----T-T-C-C--AT-CA-CT-AA--AT-----AG----CGT---TAA--AA-AC--C-C---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C--AA-TTCA-AT----A--C-TCAAC-G--A-CC-C-T-CC-A--TTTAGAA-CA---CTAGG--AAACATAAA
gi|5284                       :       -A---CC-----AACTCT---CGCTGCACTG----A---A-AGCC-TCAA-C-T-CGAC--AAT-----TT-AGCA-T----T--CT---TG----CT-T-TA------A---G-A--C-A--A------AA---AACATTT-T-C-C--AT-CA-CT-AA-GAC-----AA--A-TATGA-AAG--AA-AC--CACA--A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C---T-T--A-AT----ATGC-TCCAC-G--A-CA-C-C-CC-A--A----GT-CATACC-AGGGAAAAAATAAA
gi|5285                       :                               TGCTCGGTT--G-GTT-GGC--T-AA-C-T-TCCC--A-T-----CT-AGCA-T----C--TC---TG----CT-C-TG------AC--A-A--CAA--A------AA--TGA----T-T-C-C--AT-CA-AG-AA-TAC-----AG--ATTGT---AAG--AA-AC--C-C---A---AACC-ACC-AA-T----------TCA--C--AA-T--A-AT------GC-TCCAC----A-CC-C-T-CC-A--T----GA-CA---C-AGG--AAACATAAA
gi|5286                       :                                                    -T-AA-C-T-CGAC--A-TAAGATTT-AGCA-T----C--TT---TA----CT-A-TG------A---C-A--C-A--A------AA--CGA----T-T-C-C--AT-CA-CG-AA-TAC-----AG--A-TGT---ACG--AA-AC--T-C---AAGTAA-CAA-C-AA-T----------ATA--T--AA-G--A-AT---------TCCAC-G--A-CC-C-T-CC-A--T----GC-CA---C-AGT--AAACATAAA
gi|5287                       :                              gtcagggG----G-GTAAGGCC-T-AA---T-CGACC-A-T-----CT-AGCA-T----C--TC---TG----CT-C-CA------A---G-A--C-A--A------AGC-CGA----T-T-C-C--AT-CA-CGAAA-TAC-----AAATA-TGT---AAG--AA-AC--C-C---A---AA-C-A---AA-T----------TCA--C--TA-T----AT----A-GCTTCCAC-G--A-CC-C-T-CC----T----GT-TA---C-AGG--AAATATGA
gi|5288                       :                                                                AC--A-T-----CT-AGCA-T----C--TC---TG----CT-C-TG------A---G-A--C-A--T------AA--AGA----T-T-C-C--AT-CA-CG-AA-TAC-----AG--A-TGT---AAG--AA-AC--C-C---A---AA-C-G-C-AA-T----------TCA--C--AA-T--A-AT----A-GC-CCCAC-G--A-CC-C-T-CC-A--T----GA-CA---C-AGG--AAACAAAAA
gi|5289                       :                                                                AC--A-T-----TT-AGCA-T----C--TC---TG----CT-C-TG------A---G-A--C-A--T------AA--AGA----T-T-C-C--AT-CA-CG-AA-TAC-----AG--A-TTT---AAG--AA-AC--C-C---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C--AA-T--A-AT----A-GC-TCCAC-G--A-CC-C-T-CC-A--T----GA-CA---C-AGG--AA
gi|5290                       :                                                                AC--A-T-----TT-AGCA-T----C--TC---TG----CT-C-TG------A---G-A--C-A--T------AA--AGA----T-T-C-C--AT-CA-CG-AA-TAC-----AG--A-TTT----AG--AA-AC--C-C---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C--A-----A-AT----A-GC-TCCAC-G--A-CC-C-T-CC-A--T----GA-CA---C-AGG--AAA
gi|5291                       :                                                                AC--A-T-----CT-AGCA-T----C--TC---TG----CT-C-CG------A---G-A--C-A--T------AA--AGA----T-T-C-C--AT-CA-CG-AA-TAC-----AG--A-TGT----AG--AA-AC--C-T---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C---A-T--A-AT----A-GC-TCCAC-G--A-CC-C-T-CC-A--T----GA-CA---C-AGG--AAACAAAAA
gi|5292                       :                                                                AC--A-T-----CTTAGCA-T----C--TC---TG----CT-TATG------A---TTA--C-A--T------AA--AG-----T-T-C-C--AT-CA-CG-AA-AAC-----AG--A-TGT---AAG--AA-A---C-C---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C--AA-T--A-A-----A-GC-TCCAC-G--AGCC-C-T-CCTA--T----GA-CA---C-AGA--TAACA-AAA
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gi|5294                       :                                                                AC--A-T-----CT-AGCAAT----C--TC---TG----CT-C-TG------A---G-A--T-A--A-----------GA----T-T-C-CTAAT-CAACG-AA-TAC-----AG--A-TGTT--AAGGAAA-AT--C-CGATA---AC-C-A-C-AAAT----------TCA--CCAAA-T--G-AT----A-GC-CTCAC-G--A-CC-T-C-CC-A--T----GA-CA---C-ATG--AA
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Reference ( family-536 )      : CAT-GC-A---CC----GAACTCA---CGCTGC-CGG----G-GTA-GGCC-T-AA-C-T-CGAC--A-T-----CT-AGCA-T----C--TC---TG----CT-C-TG------A---G-A--C-A--A------AA--CGA----T-T-C-C--AT-CA-CG-AA-TAC-----AG--A-TGT---AAG--AA-AC--C-C---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C--AA-T--A-AT----A-GC-TCCAC-G--A-CC-C-T-CC-A--T----GA-CA---C-AGG--AAACATAAA
gi|5264                       : CAT-GC-A---CC----GAACTCA---CGCTGC-CGG----G-GTA-GGCC-T-AA-CATATGAC--A-T-----CT-AGCA-T----C--TC---TG----CT-C-TG------A---G-A--C-A--A------AA--CGA----T-T-C-C--AT-CA-CG-AG-TAC-----AG--A-TGT---AAG--AA-AC--C-C---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C--AA-T--A-AT----A-GC-TCCAC-G--A-CC-C-T-CC-A--T----GT-CA---C-AGA--AAACATAAA
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gi|5271                       : CAC-GC-A---CCA---GAACTCA---AGCTGC-CGA----G-GTA-GGCC-T-AAGC-T-CAAC--A-T-----CT-AGCA-T----C--TC---TG----CT-C-TG------AC--G-A----A--T------AA--TGA----T-T-C-C--AT-CA-CG-AA-TAC-----AG--A-TGT---AAG--AA-A---C-C---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C--AA-T--A-AT----A-GT-TCCAC-G--A-CT-C-T-CC-A--T----GA-CA---C-AGG--AAACAAAAA
gi|5272                       : CAT-GC-A---CC----GAACTCA---CGCTGC-CGG----G-GTA-GGCC-T-AAAC-T-CGAC--A-T-----CT-AGCA-T----C--TC---TG----CT-C-TG------A---G-A--A-C--A------AA--CGA----T-T-A-C--AA-TA-CA-AG-TAC-----AAATA-TGT---AAA--GA-AC--A-C---A---AA-C-A-CAAA-T----------TCA--T--TA-T--A-AT----A-GC-TCCAC-G--A-CC-C-T-CC-A--T----GG-TA---C-AGG---AACATAAA
gi|5273                       : CAT-GC-A---CC----TGACTCA---CGCCGC---G----G-GTA-GGCC-TTAATC-T-CGAC--A-T-----TT-AGCA-T----C--TC----G----CT-C-TG------ACCAG-A--C-A--A------AC--CTA----CAT-C-C--AT-CA-CG-AA-TAC-----AG--A-TGT---AAG--AA-AC--C-C---A---AA-C-A-C-A-------------TGA--C--AA-T--A-AC----A-GCTTCCAC-G--A-CC-C-T-CC-A--T----GT-CA---C-A-G--AAACATAAA
gi|5274                       : CAT-GC-A---CC----GAACTCAGTCCACTGT--GG----G-GTA-AGCC-C-AA-C-T-CCACGAA-T-----CT-AGCA------C--TC---TG----C--C-TG------A---G-A--C-A--TTGTTTTAA--CGA----T-T-T-C--AT-CA-CA-AA-TACC----AG--A-TGT---AAG--AA-AT--C-G---A---AAAC-A-C-AA-T----------TCA--C--AAAT--ACGT----A-GC-TCTACCG--A-CC-C-C-CC-A--T----GA-CA---C-AGG--AAAC
gi|5275                       : CAT-GC-A---C-----GAACTCA---CG------------G-GTA-GGCC-T-AAAC-T-CGAC--A-T-----CT-AGCA-T----C--TC---TGCCCCCT-C-TG------A---G-A--C----A------AG--CGAT---T-T-C-C--AT-CA-CG-AA-TAC-----AAATA-TGT---AAG---------------A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C--TA----A-AT----A-GCTTCCAC-G--A-CCTC-T-CC-A--
gi|5276                       : CAT-CC-A---CCAAATGAACCCA---CGCCGCGCGG----GCGTG-G----T-AT-C-T-CGAC--A-T-----CT---------------T---TG----CT-C---------------A--C-A--G------AA--CAA----T-T-C-C-----C--CG-AAATAC-----AG--A-TGT---AA---AA-AC--C-C---A---AG-C-A-C-AT-T----------TAA--C--AA-T--A-AT----A-GC-TCCAC-G--A-CC-C-T-CC-A--T----GT-CA---C-AGG--AAACATAAAatagttgcagaaatatacaaa
gi|5277                       : CAT-GT-AACCCC----GAGCCGA---CACTCA-CTG----G-GTA-GGCC-T-AA-C-T-CGA---A-T-----CT-AGCAGT----CAATC---TG----CT-T-CC------A---G-A--C-A--A------GAGTCGA----T-T-C-A--A--CA-CG-AA-TAC-----AA--A-TATGTAAAG--AA-AC--C-C---A---AA-C-A-C-AATT----------TCA--CT-AG-T--A-ATCTCGA-GC-TCACC-G--A-CC-CAT-CC-GC-T----GT-TA---C-AGG--AAATATA
gi|5278                       : CATAGC-AG--CC----GAACTCA---CGG-GT-AGGCATAG-GCA-GGCC-T-AA-C-T-CGAC--AAT-----CT-AGCA-T----G--TCAAGTA----CA-C-TG----------G-ATTC-T--A------TATGCGA----T-T-CGC--AT-CA-CG-AA-TACAAATAAG--A-TGT---AAG--AATACTAT-C---A---AA---A-C-TA-T----------T----G--AA-T--T-AT------GCGTCTACGG--A-CC-C-TGCC-AAGT----G--TA---C-AGG--AAATATAA
gi|5279                       : CAT-GC-A---CCAAATGAAACCG---CGCGGC-CGG----G-GCA---------A-C-T-CAAC--A-T-----TT---------------C---TG----CT-C---------------A--C-A--A------AA--CGA----T-T-C-C--AT-TA-CT-AA-TAC-----AG--A-TAT---
gi|5280                       : CAT-GC-A---CCAAATGAAACCG---CGCGGC-CGG----G-GCA---------A-C-T-CAAC--A-T-----TT---------------C---TG----CT-C---------------A--C-A--A------AA--CGA----T---C-C--AT-TA-CT-AA-TAC-----AG--A-TAT---
gi|5281                       :   T-GC-A---CC----GAACTCG---CGCTGC-CGG----G-GTA-GGCA-TCAA-C-T-CCAC--A-T-----CT-AGCA-T----C--TC---------CT-C-TGTATACAA---G-A--C-AC-A------AA--CGA----T-T-C-C--AT-CA-TG-AA-TA-------A--A-TGT---AAG--AC-AA--C-C---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C--AA-T--A-AT----A-GC-TTCAC-G--A-CCGCAT-CC-A--T----GATCA---C-A
gi|5282                       :   T-GCGA---CC----GAACTCA---CG--------------GTA-GGCCAT-TA-C-T-CGAC--A-T-----CT-GGCA-T----C--TC---TG----CT-C-CA------A---G-A--C-----------AA--CGA----T-T---C--AT-GA-CG-AA-TAC-----AAATA-TGT---AAG--AA-A---C-C---A---AA-C-A---AA-T----------TC---C--TA-TA-A-AT----A-GC-TC--C-G--A-CC-C-T-CC-A--T----
gi|5283                       :       -A---TC----GAACTCA----GCTGC-TGA----A-GTA-GGGC-C-CG-C-T-CCAC--AAT-----CT-ATCA-T----C--TC---TG----CT-C-TA------A---G-A--C-A--AT-----AA--AGA----T-T-C-C--AT-CA-CT-AA--AT-----AG----CGT---TAA--AA-AC--C-C---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C--AA-TTCA-AT----A--C-TCAAC-G--A-CC-C-T-CC-A--TTTAGAA-CA---CTAGG--AAACATAAA
gi|5284                       :       -A---CC-----AACTCT---CGCTGCACTG----A---A-AGCC-TCAA-C-T-CGAC--AAT-----TT-AGCA-T----T--CT---TG----CT-T-TA------A---G-A--C-A--A------AA---AACATTT-T-C-C--AT-CA-CT-AA-GAC-----AA--A-TATGA-AAG--AA-AC--CACA--A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C---T-T--A-AT----ATGC-TCCAC-G--A-CA-C-C-CC-A--A----GT-CATACC-AGGGAAAAAATAAA
gi|5285                       :                               TGCTCGGTT--G-GTT-GGC--T-AA-C-T-TCCC--A-T-----CT-AGCA-T----C--TC---TG----CT-C-TG------AC--A-A--CAA--A------AA--TGA----T-T-C-C--AT-CA-AG-AA-TAC-----AG--ATTGT---AAG--AA-AC--C-C---A---AACC-ACC-AA-T----------TCA--C--AA-T--A-AT------GC-TCCAC----A-CC-C-T-CC-A--T----GA-CA---C-AGG--AAACATAAA
gi|5286                       :                                                    -T-AA-C-T-CGAC--A-TAAGATTT-AGCA-T----C--TT---TA----CT-A-TG------A---C-A--C-A--A------AA--CGA----T-T-C-C--AT-CA-CG-AA-TAC-----AG--A-TGT---ACG--AA-AC--T-C---AAGTAA-CAA-C-AA-T----------ATA--T--AA-G--A-AT---------TCCAC-G--A-CC-C-T-CC-A--T----GC-CA---C-AGT--AAACATAAA
gi|5287                       :                              gtcagggG----G-GTAAGGCC-T-AA---T-CGACC-A-T-----CT-AGCA-T----C--TC---TG----CT-C-CA------A---G-A--C-A--A------AGC-CGA----T-T-C-C--AT-CA-CGAAA-TAC-----AAATA-TGT---AAG--AA-AC--C-C---A---AA-C-A---AA-T----------TCA--C--TA-T----AT----A-GCTTCCAC-G--A-CC-C-T-CC----T----GT-TA---C-AGG--AAATATGA
gi|5288                       :                                                                AC--A-T-----CT-AGCA-T----C--TC---TG----CT-C-TG------A---G-A--C-A--T------AA--AGA----T-T-C-C--AT-CA-CG-AA-TAC-----AG--A-TGT---AAG--AA-AC--C-C---A---AA-C-G-C-AA-T----------TCA--C--AA-T--A-AT----A-GC-CCCAC-G--A-CC-C-T-CC-A--T----GA-CA---C-AGG--AAACAAAAA
gi|5289                       :                                                                AC--A-T-----TT-AGCA-T----C--TC---TG----CT-C-TG------A---G-A--C-A--T------AA--AGA----T-T-C-C--AT-CA-CG-AA-TAC-----AG--A-TTT---AAG--AA-AC--C-C---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C--AA-T--A-AT----A-GC-TCCAC-G--A-CC-C-T-CC-A--T----GA-CA---C-AGG--AA
gi|5290                       :                                                                AC--A-T-----TT-AGCA-T----C--TC---TG----CT-C-TG------A---G-A--C-A--T------AA--AGA----T-T-C-C--AT-CA-CG-AA-TAC-----AG--A-TTT----AG--AA-AC--C-C---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C--A-----A-AT----A-GC-TCCAC-G--A-CC-C-T-CC-A--T----GA-CA---C-AGG--AAA
gi|5291                       :                                                                AC--A-T-----CT-AGCA-T----C--TC---TG----CT-C-CG------A---G-A--C-A--T------AA--AGA----T-T-C-C--AT-CA-CG-AA-TAC-----AG--A-TGT----AG--AA-AC--C-T---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C---A-T--A-AT----A-GC-TCCAC-G--A-CC-C-T-CC-A--T----GA-CA---C-AGG--AAACAAAAA
gi|5292                       :                                                                AC--A-T-----CTTAGCA-T----C--TC---TG----CT-TATG------A---TTA--C-A--T------AA--AG-----T-T-C-C--AT-CA-CG-AA-AAC-----AG--A-TGT---AAG--AA-A---C-C---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C--AA-T--A-A-----A-GC-TCCAC-G--AGCC-C-T-CCTA--T----GA-CA---C-AGA--TAACA-AAA
gi|5293                       :                                                                AC--A-T-----CT-AGCA-T----A--TC---TG----CT-C-TG------A-----A--C-AATA------AA--TGA----T-T-C-C--ATACA-C--AA-TAC-----AGA-A-TGT---AAG--AA-ACA-C-C---A---AACC-A-C-AA-T----------TCA--C--AA-T--A-AT----G-----TCAT-G--A-CC-C-T-CC-A--T----GA--A---C-AGA--AAACAAAAA
gi|5294                       :                                                                AC--A-T-----CT-AGCAAT----C--TC---TG----CT-C-TG------A---G-A--T-A--A-----------GA----T-T-C-CTAAT-CAACG-AA-TAC-----AG--A-TGTT--AAGGAAA-AT--C-CGATA---AC-C-A-C-AAAT----------TCA--CCAAA-T--G-AT----A-GC-CTCAC-G--A-CC-T-C-CC-A--T----GA-CA---C-ATG--AA
gi|5295                       :                                                                AC--A-T-----CTTAGCA-TAGATC--TC---TG----CT-CATGG-----A---G-A--C-G--T------AC--AGA----T-T-C-C--AT-CA-AGGAA-TAC-----A---A-T-T-----G--AA-AC--C-----A---AA-C-A-C-TT-T----------TCA--CG-AA-T--A-AT----A-GC-TCCACAG--A-CC-CTT-CC-A--T----GA--A---A-GGA--AAACAAAAA
gi|5296                       :                                                                                GCA-G----C--CC---TA----C--A-TG------A---T-A--T-G--A------AA---GA----T-TTC-C--AT-TA-CG-AA-AAC-----AG--A-TGT---AAG--AA-AC--C-C---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C---A-T--A-AT----A-GC-TCCAC-G--A--C-C-T-CC-A--T----GA-CA---C-AGG--AAACA-AAA
gi|5297                       :                                                                                  A-T----C--TC---TG----CT-C-TA------A---G-A--C-C--A------AA--CGA----T-T-C-C--AT-CA-TG-AA-TAC-----AT--A-TGT---AAG--AA-AC--T-C---A---AA-T-C-C-AA-T----------TCA--C--AA-T--A-AT----A-GC-TTCAT-G--A-CC-C-T-CC-A--T----GT-TA---T-AGG--AAACAAAAA
gi|5298                       :                                                                                                                                   ------AA--CGA----T-T-T-C--AT-CA-CA-AA-TAC-----AG--A-TGT---AAG--AA-AT--C-G---A---AA-C-A-C-AA-T----------TCA--C--AA-T--A-GT----A-GC-TCTAC-G--A-CC-C-C-CC-A--T----GA-CA---C-AGG--AAACTTAAA
gi|5299                       :                                                                                                                                                                                   --A-TGT---AAG--AA-AC--C-T---A---AA-C-A-C-AA-TAATTAAT---TCA--C--AA-T--A-AT----A-GC-TCCAC-G--A-CC-C-T-CC-A--A----AA-CA---C-A
gi|5300                       :                                                                                                                                                                                   --A-TGT---AAG--AA-AC--C-T---A---AC-A-A-C-AA-TAAGTTAATATTCAAGC--AA-T--A-ATT---A-GC-TCCAC-G--A-CC-CCT-CC-A--T----GA-CA---C-AGG--AAACATcaaa


blockSeqs                     :    A  G ACC  AAAT       GTC      G   CATA C   A    A T  G A A    GA A AAGAT  T    G AGAT AA  AAG  CCCC  A A  TATACA CCA T TT A TTGTTTT    GT   CATT A T G TA  A  A  A  A   AAATA  AT T   GTA   GA  T  TA A GTT AGT  A A C A  T AAGTTAATAT   AG CA  A TC C  CTCG T  T     C GA G  T A G  T AG TTAG AT  TAC T   GA
blockSeqs                     :    .  . G    AAAT       .        A   TT   .   .    . C  A . .    C  A .      T    A .    .   .    .     . A  G      C   . .  . ATA        TG   T    . . . .   .  .  G  .   C      AT .   GA    .   .  A  . GAT .    C . . .  A AATTAAT      .  T   . A  .  T    .  T     G .  .  G A .  . C  .    T   .   .   . 
blockSeqs                     :    .  . .    AAAT       .        T   .    .   .    . C  T . .    .  A .      .    . .    .   .    .     . .  .      C   . .  . CA         C    .    . . . .   .  .  .  .   .      AT .   T     .   .  .  . A   .    C . . .  . .            .  G   . .  .  .    .  G     A .  .  . T .  . .  .    A   .   .   . 
blockSeqs                     :    .  . .    A          .        .   .    .   .    . .  A . .    .  . .      .    . .    .   .    .     . .  .      .   . .  . AT         .    .    . . . .   .  .  .  .   .      AT .   .     .   .  .  . .   .    . . . .  . .            .  .   . .  .  .    .  T     . .  .  . C .  . .  .    A   .   .   . 
blockSeqs                     :    .  . .    .          .        .   .    .   .    . .  . . .    .  . .      .    . .    .   .    .     . .  .      .   . .  . A          .    .    . . . .   .  .  .  .   .      A  .   .     .   .  .  . .   .    . . . .  . .            .  .   . .  .  .    .  .     . .  .  . . .  . .  .    A   .   .   . 
blockSeqs                     :    .  . .    .          .        .   .    .   .    . .  . . .    .  . .      .    . .    .   .    .     . .  .      .   . .  . A          .    .    . . . .   .  .  .  .   .      .  .   .     .   .  .  . .   .    . . . .  . .            .  .   . .  .  .    .  .     . .  .  . . .  . .  .    A   .   .   . 
blockSeqs                     :    .  . .    .          .        .   .    .   .    . .  . . .    .  . .      .    . .    .   .    .     . .  .      .   . .  . A          .    .    . . . .   .  .  .  .   .      .  .   .     .   .  .  . .   .    . . . .  . .            .  .   . .  .  .    .  .     . .  .  . . .  . .  .    T   .   .   . 
blockSeqs                     :    .  . .    .          .        .   .    .   .    . .  . . .    .  . .      .    . .    .   .    .     . .  .      .   . .  . A          .    .    . . . .   .  .  .  .   .      .  .   .     .   .  .  . .   .    . . . .  . .            .  .   . .  .  .    .  .     . .  .  . . .  . .  .    A   .   .   . 
blockSeqs                     :    .  . .    .          .        .   .    .   .    . .  . . .    .  . .      .    . .    .   .    .     . .  .      .   . .  . A          .    .    . . . .   .  .  .  .   .      .  .   .     .   .  .  . .   .    . . . .  . .            .  .   . .  .  .    .  .     . .  .  . . .  . .  .    G   .   .   . 
blockSeqs                     :    .  . .    .          .        .   .    .   .    . .  . . .    .  . .      .    . .    .   .    .     . .  .      .   . .  . A          .    .    . . . .   .  .  .  .   .      .  .   .     .   .  .  . .   .    . . . .  . .            .  .   . .  .  .    .  .     . .  .  . . .  . .  .    T   .   .   . 
blockSeqs                     :    .  . .    .          .        .   .    .   .    . .  . . .    .  . .      .    . .    .   .    .     . .  .      .   . .  . T          .    .    . . . .   .  .  .  .   .      .  .   .     .   .  .  . .   .    . . . .  . .            .  .   . .  .  .    .  .     . .  .  . . .  . .  .    A   .   .   . 
blockSeqs                     :    .  . .    .          .        .   .    .   .    . .  . . .    .  . .      .    . .    .   .    .     . .  .      .   . .  . A          .    .    . . . .   .  .  .  .   .      .  .   .     .   .  .  . .   .    . . . .  . .            .  .   . .  .  .    .  .     . .  .  . . .  . .  .    T   .   .   . 
blockSeqs                     :    .  . .    .          .        .   .    .   .    . .  . . .    .  . .      .    . .    .   .    .     . .  .      .   . .  . A          .    .    . . . .   .  .  .  .   .      .  .   .     .   .  .  . .   .    . . . .  . .            .  .   . .  .  .    .  .     . .  .  . . .  . .  .    T   .   .   . 
blockSeqs                     :    .  . .    .          .        .   .    .   .    . .  . . .    .  . .      .    . .    .   .    .     . .  .      .   . .  . A          .    .    . . . .   .  .  .  .   .      .  .   .     .   .  .  . .   .    . . . .  . .            .  .   . .  .  .    .  .     . .  .  . . .  . .  .    A   .   .   . 
blockSeqs                     :    .  . .    .          .        .   .    .   .    . .  . . .    .  . .      .    . .    .   .    .     . .  .      .   . .  . G          .    .    . . . .   .  .  .  .   .      .  .   .     .   .  .  . .   .    . . . .  . .            .  .   . .  .  .    .  .     . .  .  . . .  . .  .    T   .   .   . 
blockSeqs                     :    .  . .    .          .        .   .    .   .    . .  . . .    .  . .      .    . .    .   .    .     . .  .      .   . .  . A          .    .    . . . .   .  .  .  .   .      .  .   .     .   .  .  . .   .    . . . .  . .            .  .   . .  .  .    .  .     . .  .  . . .  . .  .    A   .   .   . 
blockSeqs                     :    .  . .    .          .        .   .    .   .    . .  . . .    .  . .      .    . .    .   .    .     . .  .      .   . .  . A          .    .    . . . .   .  .  .  .   .      .  .   .     .   .  .  . .   .    . . . .  . .            .  .   . .  .  .    .  .     . .  .  . . .  . .  .    C   .   .   . 
blockSeqs                     :    .  . .    .          .        .   .    .   .    . .  . . .    .  . .      .    . .    .   .    .     . .  .      .   . .  . A          .    .    . . . .   .  .  .  .   .      .  .   .     .   .  .  . .   .    . . . .  . .            .  .   . .  .  .    .  .     . .  .  . . .  . .  .    T   .   .   . 
blockSeqs                     :       . .    .          .        .   .    .   .    . .  . . .    .  . .      .    . .    .   .    .     . .  .      .   . .  . A          .    .    . . . .   .  .  .  .   .      .  .   .     .   .  .  . .   .    . . . .  . .            .  .   . .  .  .    .  .     . .  .  . . .  . .  .    A   .   .   . 
blockSeqs                     :       . .    .          .        .   .    .   .    . .  . . .    .  . .      .    . .    .   .    .     . .  .      .   . .  . A          .    .    . . . .   .  .  .  .   .      .  .   .     .   .  .  . .   .    . . . .  . .            .  .   . .  .  .    .  .     . .  .  . . .  . .  .    A   .   .   . 
blockSeqs                     :                                  .   .    .   .    . .  . . .    .  . .      .    . .    .   .    .     . .  .      .   . .  . A          .    .    . . . .   .  .  .  .   .      .  .   .     .   .  .  . .   .    . . . .  . .            .  .   . .  .  .    .  .     . .  .  . . .  . .  .    A   .   .   . 
blockSeqs                     :                                      .    .   .    . .  . . .    .  . .      .    . .    .   .    .     . .  .      .   . .  . A          .    .    . . . .   .  .  .  .   .      .  .   .     .   .  .  . .   .    . . . .  . .            .  .   . .  .  .    .  .     . .  .  . . .  . .  .    A   .   .   . 
blockSeqs                     :                                                    . .  . . .    .  . .      .    . .    .   .    .     . .  .      .   . .  . A          .    .    . . . .   .  .  .  .   .      .  .   .     .   .  .  . .   .    . . . .  . .            .  .   . .  .  .    .  .     . .  .  . . .  . .  .    A   .   .   . 
blockSeqs                     :                                                                  .  . .      .    . .    .   .    .     . .  .      .   . .  . T          .    .    . . . .   .  .  .  .   .      .  .   .     .   .  .  . .   .    . . . .  . .            .  .   . .  .  .    .  .     . .  .  . . .  . .  .    A   .   .   . 
blockSeqs                     :                                                                  .  . .      .    . .    .   .    .     . .  .      .   . .  . T          .    .    . . . .   .  .  .  .   .      .  .   .     .   .  .  . .   .    . . . .  . .            .  .   . .  .  .    .  .     . .  .  . . .  . .  .    A   .   .   . 
blockSeqs                     :                                                                  .  . .      .    . .    .   .    .     . .  .      .   . .  . T          .    .    . . . .   .  .  .  .   .      .  .   .     .   .  .  . .   .    . . . .  . .            .  .   . .  .  .    .  .     . .  .  . . .  . .  .    A   .   .   . 
blockSeqs                     :                                                                  .  . .      .    . .    .   .    .     . .  .      .   . .  . T          .    .    . . . .   .  .  .  .   .      .  .   .     .   .  .  . .   .    . . . .  . .            .  .   . .  .  .    .  .     . .  .  . . .  . .  .    A   .   .   . 
blockSeqs                     :                                                                  .  . .      .    . .    .   .    .     . .  .      .   . .  . T          .    .    . . . .   .  .  .  .   .      .  .   .     .   .  .  . .   .    . . . .  . .            .  .   . .  .  .    .  .     . .  .  . . .  . .  .    T   .   .   . 
blockSeqs                     :                                                                  .  . .      .    . .    .   .    .     . .  .      .   . .  . A          .    .    . . . .   .  .  .  .   .      .  .   .     .   .  .  . .   .    . . . .  . .            .  .   . .  .  .    .  .     . .  .  . . .  . .  .    A   .   .   . 
blockSeqs                     :                                                                  .  . .      .    . .    .   .    .     . .  .      .   . .  . T          .    .    . . . .   .  .  .  .   .      .  .   .     .   .  .  . .   .    . . . .  . .            .  .   . .  .  .    .  .     . .  .  . . .  . .  .    A   .   .   . 
blockSeqs                     :                                                                  .  . .      .    . .    .   .    .     . .  .      .   . .  . A          .    .    . . . .   .  .  .  .   .      .  .   .     .   .  .  . .   .    . . . .  . .            .  .   . .  .  .    .  .     . .  .  . . .  . .  .    A   .   .     
blockSeqs                     :                                                                                   . .    .   .    .     . .  .      .   . .  . A          .    .    . . . .   .  .  .  .   .      .  .   .     .   .  .  . .   .    . . . .  . .            .  .   . .  .  .    .  .     . .  .  . . .  . .  .    .   .   .     
blockSeqs                     :                                                                                   . .    .   .    .     . .  .      .   . .  . .          .    .    . . . .   .  .  .  .   .      .  .   .     .   .  .  . .   .    . . . .  . .            .  .   . .  .  .    .  .     . .  .  . . .  . .  .                  
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blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                   .  .   .                                                                                                                      
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