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Reference ( gi|94468 )        :      AATA-T-GCTA--G-A---CAA---AGA-AG--AAA-AT---T----TGTTAAA----A--G--A-C-AGG---C-C-TG-CA--------C---T---TC-TT-T--ATA-A--AT-G---A-C------A-T--A--G--G---GG-TTTTT--G--A--G--A---G-G-T--A---TAA--A---C-T-CT-G-T--ATA--G-AA-------TG-AT-T-G-G-C---GAC-C-TA-GGAG-AGA--G-CGA--ATTG-T-CC-AG-G-----GAAT-TATC--AG-T-A--AA---AA---TCG--CG-TCG--A-AAA----G--AC-T---T---CA-TA-----ACG---TC-AT-G----G----T-TT-C--C-T-ATTG-TAA-T----T--T--AA-GC-A-G--A---GT--AAT-A-AA-G--T----AG--A---AAAA--TT-GA---AA--A---GT-C--C-G----AC-G-A--ACTTT--ATA--TTATATA
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Reference ( family-535 )      :        AATA-T-GCT------A--G-A---CAAA------GA-AG--AAA-A-T----A-T---GTTAA-A----A--G--A-C-AGG---C-C-TG-CA--------T---T---T--C-TT-T--ATA-A--AT-G---A-C------A-T--A--G--G---GG-TTTTT--G--A---G--A--G-G--T--AA---AAA---C-T-CT-G-T--ATAG--AA-------TG-AT-T-G-GC---GAC-C-TA-GGAG-AGA-----------G-CGA--ATT---------GAA-T-TAT-C--AG--T-----A--AAA--A---TC-A-C-G--TCG--A-A--------------------AA-G-----A--C-T---T---C-ATA-----AC-G---T-CAT-G----G---T-T----T-C--C-TA-TTG-T----AA-T-T--T--AA-GC-AG--A---GT--AA-C--A-A-G-G--T--AG--A---AAAA--TT-GA---AA--A---GT-C--C-G----AC-G-A--AC-TTTAACTTATATA
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Reference ( family-535 )      :        AATA-T-GCT------A--G-A---CAAA------GA-AG--AAA-A-T----A-T---GTTAA-A----A--G--A-C-AGG---C-C-TG-CA--------T---T---T--C-TT-T--ATA-A--AT-G---A-C------A-T--A--G--G---GG-TTTTT--G--A---G--A--G-G--T--AA---AAA---C-T-CT-G-T--ATAG--AA-------TG-AT-T-G-GC---GAC-C-TA-GGAG-AGA-----------G-CGA--ATT---------GAA-T-TAT-C--AG--T-----A--AAA--A---TC-A-C-G--TCG--A-A--------------------AA-G-----A--C-T---T---C-ATA-----AC-G---T-CAT-G----G---T-T----T-C--C-TA-TTG-T----AA-T-T--T--AA-GC-AG--A---GT--AA-C--A-A-G-G--T--AG--A---AAAA--TT-GA---AA--A---GT-C--C-G----AC-G-A--AC-TTTAACTTATATA
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gi|94472                      :                              ---CAAA------GA-AGC-AAA-A-T----A-C---GTTAG-A----A--GCAG-C-AGGG--C-C-TG-CA--------T---T---T--CCTT-T--ATA-ACCAT-G---AAC------A-T--A--G--A---GG-TTTTTCCG--A---G--A--G-G--T--AACA-AAG---C-T-CT-G-T--ACAG--AA-------TG-AT-TTG-GC---GACGC-TA-GGAG-AGA-----------G-CGAGCATT---------ACA-T-TAT-C--AG--T-----A--CAA--AGT-TC-A-C-G--TTG--A-A--------------------AG-G-----A--C-T---T---C-ATA-----AC-GCT-C-CAT-GGTT-G---T-T----T-C--C-TA-TTG-T----AA-T-T--TTAGA-GC-AGT-T---GT--AA-CG-A-A-GCG--TAGAG--A---AAAA--TT-GA---AA--A---GT-C--CGG----AT-G-A--AC-TTTAACTTAT
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blockSeqs                     :            . .   .      A  . AT     .       .  .    . . .    . .       . ATA     .  . .   A   . .  .  .        .   .   A  .  . C    . .   . .   . .      A .  .  .  .    .     G  .  .   .  CA . C  .   .     .   . .  . . G     A   .        T  . . .  .     . .  .    .   GCGAATTATCCCGGGGA                . .   . .   .  .     .    .  .    . . . T    ACA                       A  .     .  . .   .   C   .      . .   .   . T    T   . .    . A  .  .   . .     . . .  .   .  .  T  .    .   . A  . . . .  .   A  .      T   .  .    .  .    . .  . A     . A .   T
blockSeqs                     :            . .   .      .  . A      .       .  .    . . .    . .       . AA      .  . .   A   . .  .  .        .   .   .  .  . .    . .   . .   . .      . .  .  .  .    .     .  .  .   .  .  . .  .   .     .   . .  . . .     C   .        .  . . .  .     . .  .    .   GCGAATTACTCCCGGGA                . .   . .   .  .     .    .  .    . . . .    AA                        A  .     .  . .   .   .   .      . .   .   . .    T   . .    . G  .  .   . .     . . .  .   .  .  .  .    .   . G  . . . .  .   .  .      T   .  .    .  .    . .  . .     . . .   .
blockSeqs                     :            . .   .      .  . .      .       .  .    . . .    . .       . TA      .  . .   G   . .  .  .        .   .   .  .  . .    . .   . .   . .      . .  .  .  .    .     .  .  .   .  .  . .  .   .     .   . .  . . .     .   .        .  . . .  .     . .  .    .   GCGAATTATCCTGGGA                 . .   . .   .  .     .    .  .    . . . .    AA                        A  .     .  . .   .   .   .      . .   .   . .    T   . .    . T  .  .   . .     . . .  .   .  .  .  .    .   . .  . . . .  .   .  .      .   .  .    .  .    . .  . .     . . .   .
blockSeqs                     :            . .   .      .  . .      .       .  .    . . .    . .       . C       .  . .   .   . .  .  .        .   .   .  .  . .    . .   . .   . .      . .  .  .  .    .     .  .  .   .  .  . .  .   .     .   . .  . . .     .   .        .  . . .  .     . .  .    .   GCGAATTGTCCAGGGA                 . .   . .   .  .     .    .  .    . . . .    AA                        A  .     .  . .   .   .   .      . .   .   . .    T   . .    . .  .  .   . .     . . .  .   .  .  .  .    .   . .  . . . .  .   .  .      .   .  .    .  .    . .  . .     . . .   .
blockSeqs                     :            . .   .      .  . .      .       .  .    . . .    . .       . A       .  . .   .   . .  .  .        .   .   .  .  . .    . .   . .   . .      . .  .  .  .    .     .  .  .   .  .  . .  .   .     .   . .  . . .     .   .        .  . . .  .     . .  .    .   GCGAATCATTCCAGA                  . .   . .   .  .     .    .  .    . . . .    AA                        A  .     .  . .   .   .   .      . .   .   . .    A   . .    . .  .  .   . .     . . .  .   .  .  .  .    .   . .  . . . .  .   .  .      .   .  .    .  .    . .  . .     . . .   .
blockSeqs                     :            . .   .      .  . .      .       .  .    . . .    . .       . A       .  . .   .   . .  .  .        .   .   .  .  . .    . .   . .   . .      . .  .  .  .    .     .  .  .   .  .  . .  .   .     .   . .  . . .     .   .        .  . . .  .     . .  .    .   GCGAATCATTCCAGA                  . .   . .   .  .     .    .  .    . . . .    AA                        G  .     .  . .   .   .   .      . .   .   . .    T   . .    . .  .  .   . .     . . .  .   .  .  .  .    .   . .  . . . .  .   .  .      .   .  .    .  .    . .  . .     . . .   .
blockSeqs                     :            . .   .      .  . .      .       .  .    . . .    . .       . A       .  . .   .   . .  .  .        .   .   .  .  . .    . .   . .   . .      . .  .  .  .    .     .  .  .   .  .  . .  .   .     .   . .  . . .     .   .        .  . . .  .     . .  .    .   GCGAGCATTAC                      . .   . .   .  .     .    .  .    . . . .    AA                        G  .     .  . .   .   .   .      . .   .   . .    T   . .    . .  .  .   . .     . . .  .   .  .  .  .    .   . .  . . . .  .   .  .      .   .  .    .  .    . .  . .     . . .   .
blockSeqs                     :            . .   .      .  . .      .       .  .    . . .    . .       . A       .  . .   .   . .  .  .        .   .   .  .  . .    . .   . .   . .      . .  .  .  .    .     .  .  .   .  .  . .  .   .     .   . .  . . .     .   .        .  . . .  .     . .  .    .   GAAAGCGA                         . .   . .   .  .     .    .  .    . . . .    AA                        A  .     .  . .   .   .   .      . .   .   . .    T   . .    . .  .  .   . .     . . .  .   .  .  .  .    .   . .  . . . .  .   .  .      .   .  .    .  .    . .  . .     . . .   .
blockSeqs                     :            . .   .      .  . .      .       .  .    . . .    . .       . A       .  . .   .   . .  .  .        .   .   .  .  . .    . .   . .   . .      . .  .  .  .    .     .  .  .   .  .  . .  .   .     .   . .  . . .     .   .        .  . . .  .     . .  .    .   GTGAATTA                         . .   . .   .  .     .    .  .    . . . .    AA                        A  .     .  . .   .   .   .      . .   .   . .    T   . .    . .  .  .   . .     . . .  .   .  .  .  .    .   . .  . . . .  .   .  .      .   .  .    .  .    . .  . .     . . .   .
blockSeqs                     :            . .   .      .  . .      .       .  .    . . .    . .       . A       .  . .   .   . .  .  .        .   .   .  .  . .    . .   . .   . .      . .  .  .  .    .     .  .  .   .  .  . .  .   .     .   . .  . . .     .   .        .  . . .  .     . .  .    .   GACGAATT                         . .   . .   .  .     .    .  .    . . . .    AA                        A  .     .  . .   .   .   .      . .   .   . .    .   . .    . .  .  .   . .     . . .  .   .  .  .  .    .   . .  . . . .  .   .  .      .   .  .    .  .    . .  . .     . . .   .
blockSeqs                     :            . .   .      .  . .      .       .  .    . . .    . .       . A       .  . .   .   . .  .  .        .   .   .  .  . .    . .   . .   . .      . .  .  .  .    .     .  .  .   .  .  . .  .   .     .   . .  . . .     .   .        .  . . .  .     . .  .    .   ACGAATT                          . .   . .   .  .     .    .  .    . . . .    GA                        G  .     .  . .   .   .   .      . .   .   . .    .   . .    . .  .  .   . .     . . .  .   .  .  .  .    .   . .  . . . .  .   .  .      .   .  .    .  .    . .  . .     . . .   .
blockSeqs                     :            . .   .      .  . .      .       .  .    . . .    . .       . A       .  . .   .   . .  .  .        .   .   .  .  . .    . .   . .   . .      . .  .  .  .    .     .  .  .   .  .  . .  .   .     .   . .  . . .     .   .        .  . . .  .     . .  .    .   GCGAATT                          . .   . .   .  .     .    .  .    . . . .    AA                        A  .     .  . .   .   .   .      . .   .   . .    .   . .    . .  .  .   . .     . . .  .   .  .  .  .    .   . .  . . . .  .   .  .      .   .  .    .  .    . .  . .     . . .   .
blockSeqs                     :            . .   .      .  . .      .       .  .    . . .    . .       . A       .  . .   .   . .  .  .        .   .   .  .  . .    . .   . .   . .      . .  .  .  .    .     .  .  .   .  .  . .  .   .     .   . .  . . .     .   .        .  . . .  .     . .  .    .   ACGAATT                          . .   . .   .  .     .    .  .    . . . .    AA                        T  .     .  . .   .   .   .      . .   .   . .    .   . .    . .  .  .   . .     . . .  .   .  .  .  .    .   . .  . . . .  .   .  .      .   .  .    .  .    . .  . .     . . .   .
blockSeqs                     :            . .   .      .  . .      .       .  .    . . .    . .       . C       .  . .   .   . .  .  .        .   .   .  .  . .    . .   . .   . .      . .  .  .  .    .     .  .  .   .  .  . .  .   .     .   . .  . . .     .   .        .  . . .  .     . .  .    .   TGAACGA                          . .   . .   .  .     .    .  .    . . . .    AA                        G  .     .  . .   .   .   .      . .   .   . .    .   . .    . .  .  .   . .     . . .  .   .  .  .  .    .   . .  . . . .  .   .  .      .   .  .    .  .    . .  . .     . . .   .
blockSeqs                     :            . .   .      .  . .      .       .  .    . . .    . .       . A       .  . .   .   . .  .  .        .   .   .  .  . .    . .   . .   . .      . .  .  .  .    .     .  .  .   .  .  . .  .   .     .   . .  . . .     .   .        .  . . .  .     . .  .    .   GCGAATT                          . .   . .   .  .     .    .  .    . . . .    AA                        A  .     .  . .   .   .   .      . .   .   . .    .   . .    . .  .  .   . .     . . .  .   .  .  .  .    .   . .  . . . .  .   .  .      .   .  .    .  .    . .  . .     . . .   .
blockSeqs                     :            . .   .      .  . .      .       .  .    . . .    . .       . A       .  . .   .   . .  .  .        .   .   .  .  . .    . .   . .   . .      . .  .  .  .    .     .  .  .   .  .  . .  .   .     .   . .  . . .     .   .        .  . . .  .     . .  .    .   GCGAATT                          . .   . .   .  .     .    .  .    . . . .    AA                        A  .     .  . .   .   .   .      . .   .   . .    .   . .    . .  .  .   . .     . . .  .   .  .  .  .    .   . .  . . . .  .   .  .      .   .  .    .  .    . .  . .     . . .   .
blockSeqs                     :            . .   .      .  . .      .       .  .    . . .    . .       . A       .  . .   .   . .  .  .        .   .   .  .  . .    . .   . .   . .      . .  .  .  .    .     .  .  .   .  .  . .  .   .     .   . .  . . .     .   .        .  . . .  .     . .  .    .   GCGAATT                          . .   . .   .  .     .    .  .    . . . .    AA                        A  .     .  . .   .   .   .      . .   .   . .    .   . .    . .  .  .   . .     . . .  .   .  .  .  .    .   . .  . . . .  .   .  .      .   .  .    .  .    . .  . .     . . .   .
blockSeqs                     :            . .   .      .  . .      .       .  .    . . .    . .       . A       .  . .   .   . .  .  .        .   .   .  .  . .    . .   . .   . .      . .  .  .  .    .     .  .  .   .  .  . .  .   .     .   . .  . . .     .   .        .  . . .  .     . .  .    .   GCGAAT                           . .   . .   .  .     .    .  .    . . . .    A                         A  .     .  . .   .   .   .      . .   .   . .    .   . .    . .  .  .   . .     . . .  .   .  .  .  .    .   . .  . . . .  .   .  .      .   .  .    .  .    . .  . .     . . .   .
blockSeqs                     :            . .   .      .  . .      .       .  .    . . .    . .       . A       .  . .   .   . .  .  .        .   .   .  .  . .    . .   . .   . .      . .  .  .  .    .     .  .  .   .  .  . .  .   .     .   . .  . . .     .   .        .  . . .  .     . .  .    .   ACTGA                            . .   . .   .  .     .    .  .    . . . .    G                         A  .     .  . .   .   .   .      . .   .   . .    .   . .    . .  .  .   . .     . . .  .   .  .  .  .    .   . .  . . . .  .   .  .      .   .  .    .  .    . .  . .     . . .   .
blockSeqs                     :            . .   .      .  . .      .       .  .    . . .    . .       . A       .  . .   .   . .  .  .        .   .   .  .  . .    . .   . .   . .      . .  .  .  .    .     .  .  .   .  .  . .  .   .     .   . .  . . .     .   .        .  . . .  .     . .  .    .   GCCGA                            . .   . .   .  .     .    .  .    . . . .    A                         A  .     .  . .   .   .   .      . .   .   . .    .   . .    . .  .  .   . .     . . .  .   .  .  .  .    .   . .  . . . .  .   .  .      .   .  .    .  .    . .  . .     . . .   .
blockSeqs                     :            . .   .      .  . .      .       .  .    . . .    . .       . A       .  . .   .   . .  .  .        .   .   .  .  . .    . .   . .   . .      . .  .  .  .    .     .  .  .   .  .  . .  .   .     .   . .  . . .     .   .        .  . . .  .     . .  .    .   GTGAA                            . .   . .   .  .     .    .  .    . . . .    A                         G  .     .  . .   .   .   .      . .   .   . .    .   . .    . .  .  .   . .     . . .  .   .  .  .  .    .   . .  . . . .  .   .  .      .   .  .    .  .    . .  . .     . . .   .
blockSeqs                     :            . .   .      .  . .      .       .  .    . . .    . .       . A       .  . .   .   . .  .  .        .   .   .  .  . .    . .   . .   . .      . .  .  .  .    .     .  .  .   .  .  . .  .   .     .   . .  . . .     .   .        .  . . .  .     . .  .    .   GCGA                             . .   . .   .  .     .    .  .    . . . .    A                         A  .     .  . .   .   .   .      . .   .   . .    .   . .    . .  .  .   . .     . . .  .   .  .  .  .    .   . .  . . . .  .   .  .      .   .  .    .  .    . .  . .     . . .   .
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Reference ( family-535 )      :        AATA-T-GCT------A--G-A---CAAA------GA-AG--AAA-A-T----A-T---GTTAA-A----A--G--A-C-AGG---C-C-TG-CA--------T---T---T--C-TT-T--ATA-A--AT-G---A-C------A-T--A--G--G---GG-TTTTT--G--A---G--A--G-G--T--AA---AAA---C-T-CT-G-T--ATAG--AA-------TG-AT-T-G-GC---GAC-C-TA-G---GAG-A-G---A--G-CG---------A--AT---T-----------A--T---------T--------ATC--AG--T-----A--AAA--A---TC-A-CG--TCG--A-A--------------------AA-G-----A--C---T-T---C-ATA-----AC-G---T-CAT-G----G----T-TT-C--C-TA-TTG-T----AA-T-T--T--AA-GC-AG--A---GT--AA-C--A-A-G-G--T--AG--A---AAAA--TT-GA---AA--A---GT-C--C-G----AC-G-A--AC-TTTAACTTATATA
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