lowQualScore : 7777777777777777777777777777 1111111
lowQualScore : 1 4 11 3 11 3333333333333333333333333333 1 1 11 1 11 6666666 1 2222 3333333 1 1 111 2 2 66666 44 4 22222 1 555 1 11 11 2 1 33 3333 222 1 1 33 33
lowQualScore : . . .. . .. ............................ . . .. . .. ....... . .... ....... . . ... . . ..... .. . ..... . ... . .. .. . . .. .... ... . . .. ..
lowQualScore : 4 6 99 3 77 0000000000000000000000000000 1 1 55 1 55 2222222 1 4444 0000000 1 1 999 3 3 99999 33 6 99999 1 666 1 66 66 3 1 99 3333 111 2 2 44 22
consensus : AATACCAG-GGC--GAC--TAAAG-------GGAGGT-ATA--------TA-AT-C-AG--AATGAAAGG-AAA--TTTG-------A-CTA----AAT-A-T--T-G-A---GG-T-AAGA-----TTTT--AA-T-----T-CTAT---C-C--G--C-A-GC--AAAC---A---G-C-TTTC--AAAC--TTCA
Reference ( gi|59431 ) : AATACCAG-GAC--GGC--TAAAGCAA----GGAGGT-ATAT-------TA-AT-C-AG--AATGAAAGG-AAA--TTTG-------A-CTA----AAA-A-C--T-G-A---GG-T-AAGA-----TTTT--AA-T-----T-CTAT---C-C--G--C-A-GC--AAAT---A---G-C-TTTC--AAAC--TTCA
gi|59432 : AATACCAG-GGC--GAC--TAAAG--------GAGGT-ACATATGTA--TA-AT-C-AG--AATGAAAGG-ACA--TTTG-------A-CTA----TAT-A-T--T-G-A---GG-C-AATA-----TTTT--AA-T-----T-CTAT---C-C--G--C-A-GC--AAAT---A---G-C-TTTC--AAAC--TTC
gi|59430 : AATACCAG-GGC--GGC--TAAAG--------GAGCT-ATG-----------AT-C-AG--AATGAAAGG-AAA--TTTG-------A-CTA----AAT-A-T--T-G-A---GG-T-AAGA-----TTTT---A-T-----T-CTAT---C-C--G--C-A-GC---AAT---A---G-C-TTTCAAAAAC--TTCA
gi|59445 : AATACCAG-G-C--GGC--TAAAGT---------GGT-ATAT-------TA-AT-C-AG--AATGAAAGA-ACA--TTTG-------A-CTA----AAA-A-C--T-G-A---GG-T-AATA------TTT--AA-T-----T-CAAT---C-C--G--C-A-GCA-AAAT---A---G-C-TTTTCAAAAC--TTCA
gi|59436 : AATACCAG-AGC--GAT--TAAAG-----------GT----T-------TA-AT-C-AG--A-TGAAAGA-AAA--TTTG-------A-CTA----AAT-A-T--T-G-A---GG-T-AAAA-----TTTC--AA-T-----T-CTAT---C-C--G--C-A-GC--AAAC---A---G-C-TTTC--AAAC--TTCA
gi|59434 : AATACCAG-GGC--GAC--TA---CA-----GGAGGT-ATA--------------C-AG--AATGAAAGG-AAA--TTTG-------G-CTA----AAT-A-C--T-G-ATCAGG-T-AAGA-----TTTT--TA-T-----T-CCAT---A-T--G--C-A-GC--AAAC---A---G-C-TTTC--AAAC--TTCA
gi|59429 : AATAGCAA-AGC--GAC--TAAAG--------GAGGT-ATA-----------AT-C-AG--AATGAAAGG-AAA--TTTG-------A-TTA----AAT-A-T--C-G-A---GG-T-AAGA-----ATTT--TA-T-----T-CTCT---C-C--G--C-A-GT--AAAC---A---G-C-TTTC--AAAC--TTCA
gi|59440 : AATACCAG-GAT--GAC--TAAAGTA--------GGT-ACATGTT----TA-AT-C-AG--AATCAAAGG-ACA--GTTG-------A-CCA----AAT-A-T--T-G-A---GA-T-AAGA-----TTTC--AA-T-----T-ATAT---C-C--A--C-G-GC--AAAC---A---G-C-TTTC--AAAC--TTCA
gi|59433 : AATACCAG-GGC--GAC--TAAAG--------GAGGT-ACATATGTGTATA-AT-C-AG--AATGAAAGG-ACA--TTTG-------A-CTA----TAT-A-T--T-G-A---GG-C-AATA-----TTTT--AATT-----T-CTAT---C-C--G----A-GC--AAAT---A---G-C--TTC--AAAC--TTC
gi|59435 : AATACCAG-AGC--GAC--TAAAG--------GTGGT-ATA-----------AT-C-AG--AATGAAATT-AAA--TTTG-------A-CCA----AAT-A-T--T-G-A---GG-T-ACGA-----TTTT--AA-T-----T-CTAT---C-T--A--C-A-GT--AAAC---A---G-C-TTTC--AAAC--TTTA
gi|59439 : AATATCAG-GGT--GAC--TA---CA-----GGAGGT-ATA-----------AT-C-AG--AA---AAGG-AAA--TTTG-------A-CCA----AAT-A-T--T-G-A---GG-T-AAGA-----TTTC--AA-C-----T-GAAT---C-C--A--C-A-GC--AAAC---A---G-C-TTTC--AAAC--TACA
gi|59438 : AATACCAG-GGG--GAC--TAAAG--------GAGCT-ATA-----------AT-C-AG--AATGAAAGG-GAA--TTT--------A-CTA----AAT-A-T--T-G-A---GA-A-AACA-----GTTT--AA-T-----T-CTAC---C-C--A--G-A-GC--AAAC---A---G-C-TTTC--AAAC--TTCA
gi|59448 : AATACCAG-GGC--GG-------GTGT----GGAGAT-ATG-----------AT-C-AG--A-TGAAAGG-AAA--TT-G-------A-CTA----AAA-T-G--T-G-A---G--T-AAGA-----TTTT--AA-TAATTATACTGT---T-C--G--C-A-GC--AGAT---A---G-C-TTTC--AAAC--TTCA
gi|59442 : AATATCAC-AGT--GAC--TGAAG---------AGGT-ATA-----------AT-C-AG--AATGAAAGG-GAA--TTTG-------A-CTA----ATA-A-T--T-GAA---GG-TGAAGA-----TTTT--TA-T-----T-CTAT---C-CCAA--C-A-GC--AAAC---A---G-C-TTTC--
gi|59447 : AATACCAG-GAC--GAC--TAAAGAAA-------------AA-------TA-AT-C-AG--GATGAAGGG-GAA--TCTG----------TA----AAA-A-T--TCG-A---GG-T-AAGGGTTTTTTTT--AAAT-----T-CTAT---C-G--A--C-A-AC--ACAC---A---G-C-TTTC--AAAC--TTCA
gi|59446 : AATACCAG-GAC--GAC--TAAAGAAA----AAA---------------TA-AT-C-AG--GATGAAGGG-GAA--TCTG----------TA----AAA-A-TATC-G-A---GG-T-AAGGGTTTTTTTT--AAAT-----T-CTAT---C-G--A--C-A-AC--ACAC---A---G-C-TTTC--AAAC--TTCA
gi|59443 : AATATCAG-GGC--GAC--TAAAG--------GGGGT-ACG-----------AT-C-AG--GATGAAAGG-AAA--TTTG-------A-CCA----AAT-A-T--T-G-A---GG-T-TAGA-------TT--AA-T-----T-ATGC---C-G--A--C-A-AC--AAAC---A---G-T-TTTC--AAAC--
gi|59449 : AATACCAG-GAC--GGC--TAA---------GAATGT-ATA-----------AT-C-AG--AATGAAAG--AAA--GTTG-------A-CTA----AA-----------------------------TTTT--AA-T-------CTAT---C-C--G--C-A-GC--A----------G-C-TTTC--AAAC--TTCA
gi|59444 : AATACCAG-AGC--GAC--TTA---------GGAGG--GTAG-------TAGATGC-AG--AATGAAAGG-AAA--TTTG-------A-CAA----AAT-A-T--T-G-A---GGCT-AAGA-------TT--AA-T-----T-TCGTACGT-C--G--C-A-GCG-AAAC---A---GTC-TTTC--AAAC--TTCA
gi|59451 : AATACCAG-GGCTGGGC--T---------------TT-ATAT-------TG-AT-CCAG--AATGAAAGGGAAA--TTTGGA-----A-CTA----AAA-AGC--T-G-A---GG-T-AAAAG----TTTTA-AA-T-----T-CTATTC-C-T--G--CAA-GCAAAAAT---AAAGG-C-TTTC--AAACCGTTCA
gi|59452 : AATACCAG-GAC--GGC--TAAAA--------GAG--------------------C-AG--AATGAAAGG-AAA--TTTA-------A-CTA----AAA-A-C--T-G-A---
gi|59453 : ATACCAG-AGC--GAC--TAATG--------GAGAT-ATATA------TA-AT-C-AA--AATGAAAGG-AAA--TTTG-------A-CTA----TAT-A-T--T-G-A---GG-T-AAAA-----TTTT--AA-T-----T-CTAC---C-C--A--C-A-GC--AAAC---A---G-T-TTTC--AAAC--TTCA
gi|59454 : ATACCAG-GGC--GAC--TAAAG----------GAT-GTGT-------TA--T-C-AA--GATGAAAGG-AAA--TCTG-------G-CCA----AAT-A-T--T-G-A---GG-T-AAGA-----TTTT--AA-T-----T-CTTT---C-C--A--C-A-AC--AAAC---A---G-C-TTTC--AAA
gi|59456 : ATACCAG-GGC--GGCCTTAAAGCGA----GCA---------------TG-AT-C-GA--CATGAAAGG-AAA--TTTG-------A-CTA----ATA-A-T--T-G-A---GG-T-AAGG--------T--AA-T-----T-CTAT---C-C--G--C-AGGC--AAAT---A---G-C-TTTC---AAC--TTC
gi|59455 : ATACCAGCGGC--G-C--T----CAA----GGAGGT-GTA-----------AT-C-AGTAAATGAAAGG-AAA--TTTT-------A-TTA----ATA---T--T-G-A---GG-T-AA-A-----TTTT--AA-T-----T-CTAA---CGC--G--C-A-GC--AAAT---A---G-C-TTTC--AAA---TTCA
gi|59457 : ACACCAG-AGC--GAC--TAAA--AA----GGAAGT-ATA-----------GT-C-AG--AATGAAAGG-AAAATTTTGGAAAATAA-CTA----ACATA-T--T-G-A---GG-T-AGAA-----TTTTTAAA-T-----T-CCATCCCC-C--G--C-A-GC--AAA
gi|59458 : TACCAG-AGC--GAC--TAAAGGAG----GGAA---------------A-AT-C-AG--AATGAAAGA-AAA--TTTG-------A-CTA----AAT-A-T--T-G-A---GG-T-AAAA-----TTTT--AA-T-----T-CTAC---C-T--A--C-A-GT--AAAC---A---G-C-TTTC--AAAC--
gi|59460 : ACCAG-AGC--GAC--TAAAG--------GAAGT-ATA-----------GT-C-AG--AATGAAAGG-AAA--TTGG-------A-CTA----AAT-A-T--T-G-A---GG-T-AGAA-----TTTT--AA-T-----C-CTAT---C-C--G--C-A-GC--AAAC---A---T-C-TTTC--AAACG-TTC
gi|59461 : CAG-AGC--GAC--TAAAT--------GAGGT-ATA-----------AT-C-AG--AATGAAAGG-AAA--TTTG-------T-CTA----AA
gi|59462 : AG-GGC--GAC--TAAAG--------GAGGT-ATA-----------AT-C-AG--AATGAAAGG-AAA--TTT--------A-CTA----AAT-A-T--T-G-A---GG-T-AAGA-----TTTT--AA-T-----T-TTAT---C-C--A--C-A-GC--AAGT---A---G-C-TTTC--AAAC--TTCAtat
gi|59463 : C--TAAA---A----GGAGCT--TAT----------GT-C-AG--AATGAAAGG--AA--TTTGA------A-CTA----AAT-A-T--T-G-A---GGATAAAAA-----TTTT--AATT-----T-CTAT---C-C--GCCC-A-GC---AAT---A---G-C-T
gi|59459 : gagcaaC--CAGAGCAACGTAGAAGGCGATAC-------TG-AT---AG--A-TGAAGGA-AAA--TCTG-------AGCTA----A-----T--T-G-A---GG-T-AGGA-----TTTT--GA-T-----T-CTAA---T-C--G--C-A-GC--AAGCG--A---G-CTTTTC--AAAT--TTTA
gi|59450 : ta--TAAAAAAA----GGAGGT-ATA-----------AT-C-AG--AATGAAAGA-ACA--TTGG-------G-CTA----CGT-A-T--T-G-A---GG-T-GAGA-----TTTC--AA-T-----T-ATAT---C-C--A--C-A-GT--AAAC---A---A-T-TTT
gi|59437 : aataacacagAA----GGAGGT-ATA-----------AC-C-AA--AATGAA-GG-AAA--TTTG-------A-CTAGCCTAAATA-T--T-G-A---GG-T-AAGA-----TTTT--AA-T-----T-CTAT---C-C--G--C-A-GC--AAATACGA---G-C-TTTC--AAAC--TTCA
gi|59464 : aataccatacta----GGAG----TAA-------TA-AT-C-AG--AATGAAAGA-AAA--TTTG-------A-CTA----AGT-A-T--T-G-A---AG-T-AAGA-----TTTTAAAA-T-----T-CTAT---C-C--A--C-A-GC--AAAT---A---G-C-TTTC--AAAC--TTCA
gi|59465 : -------TA-AT-C-AG--AATGAAAGG-AAA--TTTG-------A-CTA----AAT-A-T--T-G-A---GG-T-AAGA-----TTTT--AA-T-----T-CTAT---C-C--G--C-A-GT--AAAT---A---G-C-TTTC--AAAC--
gi|59441 : ggggtg-AG--AATGAAAGG-AAA--TTTG-------A-CTA----AAT-A-T--T-G-A----G-T-A--A-----TTTT--AA-T-----T-CTAT---C-C--G--CAA-GC--AAAT---A---G-C-TTAC--AAAC--TTC
gi|59466 : aataccaagcaacataaaagagctaaagtca-A-C--C-G-A---GA-T-AAAA-----TTTT--AA-T-----T-CTAC---C-T--G--C-A-GC--AAAC---A---G-C-TTTC--AAAC--TTCA
Alignments
lowQualScore : 33333333333333333333333
lowQualScore : 1 44 11 444 44444444444444444444444 1 1 11 1 11 6666666 1 22222 1 1 1 1 1 111 2 2 66666 44 4 22222 1 555 1 11 11 2 1 2 333 22222 1 1 33 33
lowQualScore : . .. .. ... ....................... . . .. . .. ....... . ..... . . . . . ... . . ..... .. . ..... . ... . .. .. . . . ... ..... . . .. ..
lowQualScore : 2 00 66 222 77777777777777777777777 1 1 55 1 55 1111111 1 66666 1 1 1 1 1 999 2 2 77777 22 4 88888 1 444 1 55 55 2 1 2 111 99999 1 1 33 11
consensus : AATACCAG-GGCGAC--TAA--AG---G-GAGGTA--------TAT----AATC-A-G--AATGAAA-GGAAA--TTTG-------A-CTA-----A-ATA-T-T-G-A---GG-T-AAGA-----TTTT--AA-T-----T-CTAT---C-C--G--C-A-GC-AAAC---A-----G-C-TTTC--AAAC--TTCA
Reference ( family-526 ) : AATACCAG-GGCGAC--TAA--AG---G-GAGGTA--------TAT----AATC-A-G--AATGAAA-GGAAA--TTTG-------A-CTA-----A-ATA-T-T-G-A---GG-T-AAGA-----TTTT--AA-T-----T-CTAT---C-C--G--C-A-GC-AAAC---A-----G-C-TTTC--AAAC--TTCA
gi|59429 : AATAGCAA-AGCGAC--TAA--AG---G--AGGTA--------TA------ATC-A-G--AATGAAA-GGAAA--TTTG-------A-TTA-----A-ATA-T-C-G-A---GG-T-AAGA-----ATTT--TA-T-----T-CTCT---C-C--G--C-A-GT-AAAC---A-----G-C-TTTC--AAAC--TTCA
gi|59430 : AATACCAG-GGCGGC--TAA--AG---G--AGCTA--------TG------ATC-A-G--AATGAAA-GGAAA--TTTG-------A-CTA-----A-ATA-T-T-G-A---GG-T-AAGA-----TTTT---A-T-----T-CTAT---C-C--G--C-A-GC--AAT---A-----G-C-TTTCAAAAAC--TTCA
gi|59431 : AATACCAG-GACGGC--TAA--AGCAAG-GAGGTA--------TATT---AATC-A-G--AATGAAA-GGAAA--TTTG-------A-CTA-----A-AAA-C-T-G-A---GG-T-AAGA-----TTTT--AA-T-----T-CTAT---C-C--G--C-A-GC-AAAT---A-----G-C-TTTC--AAAC--TTCA
gi|59432 : AATACCAG-GGCGAC--TAA--AG---G--AGGTACATATG--TAT----AATC-A-G--AATGAAA-GGACA--TTTG-------A-CTA-----T-ATA-T-T-G-A---GG-C-AATA-----TTTT--AA-T-----T-CTAT---C-C--G--C-A-GC-AAAT---A-----G-C-TTTC--AAAC--TTC
gi|59433 : AATACCAG-GGCGAC--TAA--AG---G--AGGTACATATGTGTAT----AATC-A-G--AATGAAA-GGACA--TTTG-------A-CTA-----T-ATA-T-T-G-A---GG-C-AATA-----TTTT--AATT-----T-CTAT---C-C--G----A-GC-AAAT---A-----G-C--TTC--AAAC--TTC
gi|59434 : AATACCAG-GGCGAC--TAC--AG---G--AGGTA--------TA--------C-A-G--AATGAAA-GGAAA--TTTG-------G-CTA-----A-ATA-C-T-G-ATCAGG-T-AAGA-----TTTT--TA-T-----T-CCAT---A-T--G--C-A-GC-AAAC---A-----G-C-TTTC--AAAC--TTCA
gi|59435 : AATACCAG-AGCGAC--TAA--AG---G-TGG-----------TAT----AATC-A-G--AATGAAA-TTAAA--TTTG-------A-CCA-----A-ATA-T-T-G-A---GG-T-ACGA-----TTTT--AA-T-----T-CTAT---C-T--A--C-A-GT-AAAC---A-----G-C-TTTC--AAAC--TTTA
gi|59436 : AATACCAG-AGCGAT--TAA--AG---G---------------TTT----AATC-A-G--A-TGAAA-GAAAA--TTTG-------A-CTA-----A-ATA-T-T-G-A---GG-T-AAAA-----TTTC--AA-T-----T-CTAT---C-C--G--C-A-GC-AAAC---A-----G-C-TTTC--AAAC--TTCA
gi|59437 : AATACCAT-----AC--TAA--AG---G--AGGTA--------TA------ACC-A-A--AATGAA--GGAAA--TTTG-------A-CTAGCCTAA-ATA-T-T-G-A---GG-T-AAGA-----TTTT--AA-T-----T-CTAT---C-C--G--C-A-GC-AAATACGA-----G-C-TTTC--AAAC--TTCA
gi|59438 : AATACCAG-GGGGAC--TAA--AG---G--AGCTA--------TA------ATC-A-G--AATGAAA-GGGAA--TTT--------A-CTA-----A-ATA-T-T-G-A---GA-A-AACA-----GTTT--AA-T-----T-CTAC---C-C--A--G-A-GC-AAAC---A-----G-C-TTTC--AAAC--TTCA
gi|59439 : AATATCAG-GGTGAC--TAC--AG---G--AGGTA--------TA------ATC-A-G--AA---AA-GGAAA--TTTG-------A-CCA-----A-ATA-T-T-G-A---GG-T-AAGA-----TTTC--AA-C-----T-GAAT---C-C--A--C-A-GC-AAAC---A-----G-C-TTTC--AAAC--TACA
gi|59440 : AATACCAG-GATGAC--TAA--AG---T--AGGTA--------CATGTTTAATC-A-G--AATCAAA-GGACA--GTTG-------A-CCA-----A-ATA-T-T-G-A---GA-T-AAGA-----TTTC--AA-T-----T-ATAT---C-C--A--C-G-GC-AAAC---A-----G-C-TTTC--AAAC--TTCA
gi|59441 : AATACCAA-G-CAACA-TAA--AA---G--AGCTA---------A-----AGTC-AAG--AATGAAA-GGAAA--TTTG-------A-CTA-----A-ATA-T-T-G-A----G-T-A--A-----TTTT--AA-T-----T-CTAT---C-C--G--CAA-GC-AAAT---A-----G-C-TTAC--AAAC--TTC
gi|59442 : AATATCAC-AGTGAC--TGA--AG------AGGTA--------TA------ATC-A-G--AATGAAA-GGGAA--TTTG-------A-CTA-----A-TAA-T-T-GAA---GG-TGAAGA-----TTTT--TA-T-----T-CTAT---C-CCAA--C-A-GC-AAAC---A-----G-C-TTTC--
gi|59443 : AATATCAG-GGCGAC--TAA--AG---G-GGG-----------TAC----GATC-A-G--GATGAAA-GGAAA--TTTG-------A-CCA-----A-ATA-T-T-G-A---GG-T-TAGA-------TT--AA-T-----T-ATGC---C-G--A--C-A-AC-AAAC---A-----G-T-TTTC--AAAC--
gi|59444 : AATACCAG-AGCGAC--TTAGGAG---G-GTAGTA--------GAT----G--C-A-G--AATGAAA-GGAAA--TTTG-------A-CAA-----A-ATA-T-T-G-A---GGCT-AAGA-------TT--AA-T-----T-TCGTACGT-C--G--C-A-GCGAAAC---A-----GTC-TTTC--AAAC--TTCA
gi|59445 : AATACCAG-G-CGGC--TAA--AG---T-G--GTA--------TATT---AATC-A-G--AATGAAA-GAACA--TTTG-------A-CTA-----A-AAA-C-T-G-A---GG-T-AATA------TTT--AA-T-----T-CAAT---C-C--G--C-A-GCAAAAT---A-----G-C-TTTTCAAAAC--TTCA
gi|59446 : AATACCAG-GACGAC--TAA--AG---A-AA---A--------AAT----AATC-A-G--GATGAAG-GGGAA--TCTG-------T-AAA-----A-ATA-T-C-G-A---GG-T-AAGGGTTTTTTTT--AAAT-----T-CTAT---C-G--A--C-A-AC-ACAC---A-----G-C-TTTC--AAAC--TTCA
gi|59447 : AATACCAG-GACGAC--TAA--AG---A-AAA------------AT----AATC-A-G--GATGAAG-GGGAA--TCTG----------TA-----A-AAA-T-TCG-A---GG-T-AAGGGTTTTTTTT--AAAT-----T-CTAT---C-G--A--C-A-AC-ACAC---A-----G-C-TTTC--AAAC--TTCA
gi|59448 : AATACCAG-GGCGGG--T-----GT--G-GAG--A--------TAT----GATC-A-G--A-TGAAA-GGAAA--TT-G-------A-CTA-----A-A-A-TGT-G-A---G--T-AAGA-----TTTT--AA-TAATTATACTGT---T-C--G--C-A-GC-AGAT---A-----G-C-TTTC--AAAC--TTCA
gi|59449 : AATACCAG-GACGGC--TAA---------GAA-TG--------TAT----AATC-A-G--AATGAAA-G-AAA--GTTG-------A-CTA-----A-AT---------------------------TTT--AA-T-------CTAT---C-C--G--C-A-GC-A------------G-C-TTTC--AAAC--TTCA
gi|59450 : AA--AA---G-GAGGTA--------TA------ATC-A-G--AATGAAA-GAACA--TTGG-------G-CTA-----C-GTA-T-T-G-A---GG-T-GAGA-----TTTC--AA-T-----T-ATAT---C-C--A--C-A-GT-AAAC---A-----A-T-TTT
gi|59451 : aataacacagtaaaAATACCAG-GGC-----T-----G---G-GCTTTA--------TATT---GATCCA-G--AATGAAAGGGAAA--TTTGGA-----A-CTA-----A-AAAGC-T-G-A---GG-T-AAAAG----TTTTA-AA-T-----T-CTATTC-C-T--G--CAA-GC-AAAA---ATAAAGG-C-TTTC--AAACCGTTCA
gi|59452 : AATACCAG-GACGGC--TAA--AA---G--AG---------------------C-A-G--AATGAAA-GGAAA--TTTA-------A-CTA-----A-AAA-C-T-G-A---
gi|59453 : ATACCAG-AGCGAC--TAA--TG---GAGATATA--------TAT----AATC-A-A--AATGAAA-GGAAA--TTTG-------A-CTA-----T-ATA-T-T-G-A---GG-T-AAAA-----TTTT--AA-T-----T-CTAC---C-C--A--C-A-GC-AAAC---A-----G-T-TTTC--AAAC--TTCA
gi|59454 : ATACCAG-GGCGAC--TAA--AG---G-A---TG--------TGT----TATC-A-A--GATGAAA-GGAAA--TCTG-------G-CCA-----A-ATA-T-T-G-A---GG-T-AAGA-----TTTT--AA-T-----T-CTTT---C-C--A--C-A-AC-AAAC---A-----G-C-TTTC--AAA
gi|59455 : ATACCAGCGGCG-C--TCA--AG---G--AGGTG--------TA------ATC-A-GTAAATGAAA-GGAAA--TTTT-------A-TTA-----A--TA-T-T-G-A---GG-T-AA-A-----TTTT--AA-T-----T-CTAA---CGC--G--C-A-GC-AAAT---A-----G-C-TTTC--AAA---TTCA
gi|59456 : ATACCAG-GGCGGCCTTAA--AG---C-GAG-----------CAT----GATC-G-A--CATGAAA-GGAAA--TTTG-------A-CTA-----A-TAA-T-T-G-A---GG-T-AAGG--------T--AA-T-----T-CTAT---C-C--G--C-AGGC-AAAT---A-----G-C-TTTC---AAC--TTC
gi|59457 : ACACCAG-AGCGAC--TAA--AAA--G-GAAGTA--------TA------GTC-A-G--AATGAAA-GGAAAATTTTGGAAAATAA-CTA-----ACATA-T-T-G-A---GG-T-AGAA-----TTTTTAAA-T-----T-CCATCCCC-C--G--C-A-GC-AAA
gi|59458 : TACCAG-AGCGAC--TAA--AG---G-AGGGAA---------------AATC-A-G--AATGAAA-GAAAA--TTTG-------A-CTA-----A-ATA-T-T-G-A---GG-T-AAAA-----TTTT--AA-T-----T-CTAC---C-T--A--C-A-GT-AAAC---A-----G-C-TTTC--AAAC--
gi|59459 : TACCAG-AGCAACG-TAG--AA---G-GCGATA--------C-T----GAT--A-G--A-TGAAG-GAAAA--TCTG-------AGCTA-----A-----T-T-G-A---GG-T-AGGA-----TTTT--GA-T-----T-CTAA---T-C--G--C-A-GC-AAGCG--A-----G-CTTTTC--AAAT--TTTA
gi|59460 : ACCAG-AGCGAC--TAA--AG---G-AAG-----------TAT----AGTC-A-G--AATGAAA-GGAAA--TTGG-------A-CTA-----A-ATA-T-T-G-A---GG-T-AGAA-----TTTT--AA-T-----C-CTAT---C-C--G--C-A-GC-AAAC---A-----T-C-TTTC--AAACG-TTC
gi|59461 : CAG-AGCGAC--TAA--AT---G--AGGTA--------TA------ATC-A-G--AATGAAA-GGAAA--TTTG-------T-CTA-----A-ATA-T-
gi|59462 : AG-GGCGAC--TAA--AG---G--AGGTA--------TA------ATC-A-G--AATGAAA-GGAAA--TTT--------A-CTA-----A-ATA-T-T-G-A---GG-T-AAGA-----TTTT--AA-T-----T-TTAT---C-C--A--C-A-GC-AAGT---A-----G-C-TTTC--AAAC--TTCA
gi|59463 : G-AGCAAC--TAA--AA---G-GAGCT---------TAT----G-TC-A-G--AATGAAA-GG-AA--TTTGA------A-CTA-----A-ATA-T-T-G-A---GGATAAAAA-----TTTT--AATT-----T-CTAT---C-C--GCCC-A-GC--AAT---A-----G-C-T
gi|59464 : ---G-GAG-TA---------AT----AATC-A-G--AATGAAA-GAAAA--TTTG-------A-CTA-----A-GTA-T-T-G-A---AG-T-AAGA-----TTTTAAAA-T-----T-CTAT---C-C--A--C-A-GC-AAAT---A-----G-C-TTTC--AAAC--TTCA
gi|59465 : --------TGT----AATC-A-G--AATGAAA-GGAAA--TTTG-------A-CTA-----A-ATA-T-T-G-A---GG-T-AAGA-----TTTT--AA-T-----T-CTAT---C-C--G--C-A-GT-AAAT---A-----G-C-TTTC--AAAC--
gi|59466 : gggg-----A-GTA-C-C-G-A---GA-T-AAAA-----TTTT--AA-T-----T-CTAC---C-T--G--C-A-GC-AAAC---A-----G-C-TTTC--AAAC--TTCA
Alignments
lowQualScore : 33333333333333333333333
lowQualScore : 1 44 11 444 44444444444444444444444 1 1 11 1 11 6666666 1 22222 1 1 1 1 1 111 2 2 66666 44 4 22222 1 555 1 11 11 2 1 2 333 22222 1 1 33 33
lowQualScore : . .. .. ... ....................... . . .. . .. ....... . ..... . . . . . ... . . ..... .. . ..... . ... . .. .. . . . ... ..... . . .. ..
lowQualScore : 2 00 66 222 77777777777777777777777 1 1 55 1 55 1111111 1 66666 1 1 1 1 1 999 2 2 77777 22 4 88888 1 444 1 55 55 2 1 2 111 99999 1 1 33 11
consensus : AATACCAG-GGCGAC--TAA--AG---G-GAGGTA--------TAT----AATC-A-G--AATGAAA-GGAAA--TTTG-------A-CTA-----A-ATA-T-T-G-A---GG-T-AAGA-----TTTT--AA-T-----T-CTAT---C-C--G--C-A-GC-AAAC---A-----G-C-TTTC--AAAC--TTCA
Reference ( family-526 ) : AATACCAG-GGCGAC--TAA--AG---G-GAGGTA--------TAT----AATC-A-G--AATGAAA-GGAAA--TTTG-------A-CTA-----A-ATA-T-T-G-A---GG-T-AAGA-----TTTT--AA-T-----T-CTAT---C-C--G--C-A-GC-AAAC---A-----G-C-TTTC--AAAC--TTCA
gi|59429 : AATAGCAA-AGCGAC--TAA--AG---G--AGGTA--------TA------ATC-A-G--AATGAAA-GGAAA--TTTG-------A-TTA-----A-ATA-T-C-G-A---GG-T-AAGA-----ATTT--TA-T-----T-CTCT---C-C--G--C-A-GT-AAAC---A-----G-C-TTTC--AAAC--TTCA
gi|59430 : AATACCAG-GGCGGC--TAA--AG---G--AGCTA--------TG------ATC-A-G--AATGAAA-GGAAA--TTTG-------A-CTA-----A-ATA-T-T-G-A---GG-T-AAGA-----TTTT---A-T-----T-CTAT---C-C--G--C-A-GC--AAT---A-----G-C-TTTCAAAAAC--TTCA
gi|59431 : AATACCAG-GACGGC--TAA--AGCAAG-GAGGTA--------TATT---AATC-A-G--AATGAAA-GGAAA--TTTG-------A-CTA-----A-AAA-C-T-G-A---GG-T-AAGA-----TTTT--AA-T-----T-CTAT---C-C--G--C-A-GC-AAAT---A-----G-C-TTTC--AAAC--TTCA
gi|59432 : AATACCAG-GGCGAC--TAA--AG---G--AGGTACATATG--TAT----AATC-A-G--AATGAAA-GGACA--TTTG-------A-CTA-----T-ATA-T-T-G-A---GG-C-AATA-----TTTT--AA-T-----T-CTAT---C-C--G--C-A-GC-AAAT---A-----G-C-TTTC--AAAC--TTC
gi|59433 : AATACCAG-GGCGAC--TAA--AG---G--AGGTACATATGTGTAT----AATC-A-G--AATGAAA-GGACA--TTTG-------A-CTA-----T-ATA-T-T-G-A---GG-C-AATA-----TTTT--AATT-----T-CTAT---C-C--G----A-GC-AAAT---A-----G-C--TTC--AAAC--TTC
gi|59434 : AATACCAG-GGCGAC--TAC--AG---G--AGGTA--------TA--------C-A-G--AATGAAA-GGAAA--TTTG-------G-CTA-----A-ATA-C-T-G-ATCAGG-T-AAGA-----TTTT--TA-T-----T-CCAT---A-T--G--C-A-GC-AAAC---A-----G-C-TTTC--AAAC--TTCA
gi|59435 : AATACCAG-AGCGAC--TAA--AG---G-TGG-----------TAT----AATC-A-G--AATGAAA-TTAAA--TTTG-------A-CCA-----A-ATA-T-T-G-A---GG-T-ACGA-----TTTT--AA-T-----T-CTAT---C-T--A--C-A-GT-AAAC---A-----G-C-TTTC--AAAC--TTTA
gi|59436 : AATACCAG-AGCGAT--TAA--AG---G---------------TTT----AATC-A-G--A-TGAAA-GAAAA--TTTG-------A-CTA-----A-ATA-T-T-G-A---GG-T-AAAA-----TTTC--AA-T-----T-CTAT---C-C--G--C-A-GC-AAAC---A-----G-C-TTTC--AAAC--TTCA
gi|59437 : AATACCAT-----AC--TAA--AG---G--AGGTA--------TA------ACC-A-A--AATGAA--GGAAA--TTTG-------A-CTAGCCTAA-ATA-T-T-G-A---GG-T-AAGA-----TTTT--AA-T-----T-CTAT---C-C--G--C-A-GC-AAATACGA-----G-C-TTTC--AAAC--TTCA
gi|59438 : AATACCAG-GGGGAC--TAA--AG---G--AGCTA--------TA------ATC-A-G--AATGAAA-GGGAA--TTT--------A-CTA-----A-ATA-T-T-G-A---GA-A-AACA-----GTTT--AA-T-----T-CTAC---C-C--A--G-A-GC-AAAC---A-----G-C-TTTC--AAAC--TTCA
gi|59439 : AATATCAG-GGTGAC--TAC--AG---G--AGGTA--------TA------ATC-A-G--AA---AA-GGAAA--TTTG-------A-CCA-----A-ATA-T-T-G-A---GG-T-AAGA-----TTTC--AA-C-----T-GAAT---C-C--A--C-A-GC-AAAC---A-----G-C-TTTC--AAAC--TACA
gi|59440 : AATACCAG-GATGAC--TAA--AG---T--AGGTA--------CATGTTTAATC-A-G--AATCAAA-GGACA--GTTG-------A-CCA-----A-ATA-T-T-G-A---GA-T-AAGA-----TTTC--AA-T-----T-ATAT---C-C--A--C-G-GC-AAAC---A-----G-C-TTTC--AAAC--TTCA
gi|59441 : AATACCAA-G-CAACA-TAA--AA---G--AGCTA---------A-----AGTC-AAG--AATGAAA-GGAAA--TTTG-------A-CTA-----A-ATA-T-T-G-A----G-T-A--A-----TTTT--AA-T-----T-CTAT---C-C--G--CAA-GC-AAAT---A-----G-C-TTAC--AAAC--TTC
gi|59442 : AATATCAC-AGTGAC--TGA--AG------AGGTA--------TA------ATC-A-G--AATGAAA-GGGAA--TTTG-------A-CTA-----A-TAA-T-T-GAA---GG-TGAAGA-----TTTT--TA-T-----T-CTAT---C-CCAA--C-A-GC-AAAC---A-----G-C-TTTC--
gi|59443 : AATATCAG-GGCGAC--TAA--AG---G-GGG-----------TAC----GATC-A-G--GATGAAA-GGAAA--TTTG-------A-CCA-----A-ATA-T-T-G-A---GG-T-TAGA-------TT--AA-T-----T-ATGC---C-G--A--C-A-AC-AAAC---A-----G-T-TTTC--AAAC--
gi|59444 : AATACCAG-AGCGAC--TTAGGAG---G-GTAGTA--------GAT----G--C-A-G--AATGAAA-GGAAA--TTTG-------A-CAA-----A-ATA-T-T-G-A---GGCT-AAGA-------TT--AA-T-----T-TCGTACGT-C--G--C-A-GCGAAAC---A-----GTC-TTTC--AAAC--TTCA
gi|59445 : AATACCAG-G-CGGC--TAA--AG---T-G--GTA--------TATT---AATC-A-G--AATGAAA-GAACA--TTTG-------A-CTA-----A-AAA-C-T-G-A---GG-T-AATA------TTT--AA-T-----T-CAAT---C-C--G--C-A-GCAAAAT---A-----G-C-TTTTCAAAAC--TTCA
gi|59446 : AATACCAG-GACGAC--TAA--AG---A-AA---A--------AAT----AATC-A-G--GATGAAG-GGGAA--TCTG-------T-AAA-----A-ATA-T-C-G-A---GG-T-AAGGGTTTTTTTT--AAAT-----T-CTAT---C-G--A--C-A-AC-ACAC---A-----G-C-TTTC--AAAC--TTCA
gi|59447 : AATACCAG-GACGAC--TAA--AG---A-AAA------------AT----AATC-A-G--GATGAAG-GGGAA--TCTG----------TA-----A-AAA-T-TCG-A---GG-T-AAGGGTTTTTTTT--AAAT-----T-CTAT---C-G--A--C-A-AC-ACAC---A-----G-C-TTTC--AAAC--TTCA
gi|59448 : AATACCAG-GGCGGG--T-----GT--G-GAG--A--------TAT----GATC-A-G--A-TGAAA-GGAAA--TT-G-------A-CTA-----A-A-A-TGT-G-A---G--T-AAGA-----TTTT--AA-TAATTATACTGT---T-C--G--C-A-GC-AGAT---A-----G-C-TTTC--AAAC--TTCA
gi|59449 : AATACCAG-GACGGC--TAA---------GAA-TG--------TAT----AATC-A-G--AATGAAA-G-AAA--GTTG-------A-CTA-----A-AT---------------------------TTT--AA-T-------CTAT---C-C--G--C-A-GC-A------------G-C-TTTC--AAAC--TTCA
gi|59450 : AA--AA---G-GAGGTA--------TA------ATC-A-G--AATGAAA-GAACA--TTGG-------G-CTA-----C-GTA-T-T-G-A---GG-T-GAGA-----TTTC--AA-T-----T-ATAT---C-C--A--C-A-GT-AAAC---A-----A-T-TTT
gi|59451 : aataacacagtaaaAATACCAG-GGC-----T-----G---G-GCTTTA--------TATT---GATCCA-G--AATGAAAGGGAAA--TTTGGA-----A-CTA-----A-AAAGC-T-G-A---GG-T-AAAAG----TTTTA-AA-T-----T-CTATTC-C-T--G--CAA-GC-AAAA---ATAAAGG-C-TTTC--AAACCGTTCA
gi|59452 : AATACCAG-GACGGC--TAA--AA---G--AG---------------------C-A-G--AATGAAA-GGAAA--TTTA-------A-CTA-----A-AAA-C-T-G-A---
gi|59453 : ATACCAG-AGCGAC--TAA--TG---GAGATATA--------TAT----AATC-A-A--AATGAAA-GGAAA--TTTG-------A-CTA-----T-ATA-T-T-G-A---GG-T-AAAA-----TTTT--AA-T-----T-CTAC---C-C--A--C-A-GC-AAAC---A-----G-T-TTTC--AAAC--TTCA
gi|59454 : ATACCAG-GGCGAC--TAA--AG---G-A---TG--------TGT----TATC-A-A--GATGAAA-GGAAA--TCTG-------G-CCA-----A-ATA-T-T-G-A---GG-T-AAGA-----TTTT--AA-T-----T-CTTT---C-C--A--C-A-AC-AAAC---A-----G-C-TTTC--AAA
gi|59455 : ATACCAGCGGCG-C--TCA--AG---G--AGGTG--------TA------ATC-A-GTAAATGAAA-GGAAA--TTTT-------A-TTA-----A--TA-T-T-G-A---GG-T-AA-A-----TTTT--AA-T-----T-CTAA---CGC--G--C-A-GC-AAAT---A-----G-C-TTTC--AAA---TTCA
gi|59456 : ATACCAG-GGCGGCCTTAA--AG---C-GAG-----------CAT----GATC-G-A--CATGAAA-GGAAA--TTTG-------A-CTA-----A-TAA-T-T-G-A---GG-T-AAGG--------T--AA-T-----T-CTAT---C-C--G--C-AGGC-AAAT---A-----G-C-TTTC---AAC--TTC
gi|59457 : ACACCAG-AGCGAC--TAA--AAA--G-GAAGTA--------TA------GTC-A-G--AATGAAA-GGAAAATTTTGGAAAATAA-CTA-----ACATA-T-T-G-A---GG-T-AGAA-----TTTTTAAA-T-----T-CCATCCCC-C--G--C-A-GC-AAA
gi|59458 : TACCAG-AGCGAC--TAA--AG---G-AGGGAA---------------AATC-A-G--AATGAAA-GAAAA--TTTG-------A-CTA-----A-ATA-T-T-G-A---GG-T-AAAA-----TTTT--AA-T-----T-CTAC---C-T--A--C-A-GT-AAAC---A-----G-C-TTTC--AAAC--
gi|59459 : TACCAG-AGCAACG-TAG--AA---G-GCGATA--------C-T----GAT--A-G--A-TGAAG-GAAAA--TCTG-------AGCTA-----A-----T-T-G-A---GG-T-AGGA-----TTTT--GA-T-----T-CTAA---T-C--G--C-A-GC-AAGCG--A-----G-CTTTTC--AAAT--TTTA
gi|59460 : ACCAG-AGCGAC--TAA--AG---G-AAG-----------TAT----AGTC-A-G--AATGAAA-GGAAA--TTGG-------A-CTA-----A-ATA-T-T-G-A---GG-T-AGAA-----TTTT--AA-T-----C-CTAT---C-C--G--C-A-GC-AAAC---A-----T-C-TTTC--AAACG-TTC
gi|59461 : CAG-AGCGAC--TAA--AT---G--AGGTA--------TA------ATC-A-G--AATGAAA-GGAAA--TTTG-------T-CTA-----A-ATA-T-
gi|59462 : AG-GGCGAC--TAA--AG---G--AGGTA--------TA------ATC-A-G--AATGAAA-GGAAA--TTT--------A-CTA-----A-ATA-T-T-G-A---GG-T-AAGA-----TTTT--AA-T-----T-TTAT---C-C--A--C-A-GC-AAGT---A-----G-C-TTTC--AAAC--TTCA
gi|59463 : G-AGCAAC--TAA--AA---G-GAGCT---------TAT----G-TC-A-G--AATGAAA-GG-AA--TTTGA------A-CTA-----A-ATA-T-T-G-A---GGATAAAAA-----TTTT--AATT-----T-CTAT---C-C--GCCC-A-GC--AAT---A-----G-C-T
gi|59464 : ---G-GAG-TA---------AT----AATC-A-G--AATGAAA-GAAAA--TTTG-------A-CTA-----A-GTA-T-T-G-A---AG-T-AAGA-----TTTTAAAA-T-----T-CTAT---C-C--A--C-A-GC-AAAT---A-----G-C-TTTC--AAAC--TTCA
gi|59465 : --------TGT----AATC-A-G--AATGAAA-GGAAA--TTTG-------A-CTA-----A-ATA-T-T-G-A---GG-T-AAGA-----TTTT--AA-T-----T-CTAT---C-C--G--C-A-GT-AAAT---A-----G-C-TTTC--AAAC--
gi|59466 : gggg-----A-GTA-C-C-G-A---GA-T-AAAA-----TTTT--AA-T-----T-CTAC---C-T--G--C-A-GC-AAAC---A-----G-C-TTTC--AAAC--TTCA
blockSeqs : C CT GG CAA AGGTACATATGTGTATA C A TA G AT GAAAATA G GCCTA C G G C A TCA C G GTTTT TA T AATTA A ACG G CA CC A G G ACG TAAAG T T AA CG
blockSeqs : . A . T AGGTACATATGTATA . . . . . GA . . . . . . . . A A GTTTT AA A . . CCC . . . A . A G . . . CA G
blockSeqs : . G . A AGGTACATGTTTA . . . . . A . . . . . . . . . . G A A . . TC . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . GAGGTATATTA . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . GCTTTATATTG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . AGATATATATA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . GTAGTAGATG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . GGTATATTA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . GAATGTATA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . GCGATACTG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . GAGCTTATG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . GAGATATG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . GAGGTATA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . GAAGTATA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . GAGTAATA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . AGCTATG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . AGGTATA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . TGGTATA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . AGGTATA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . AGCTATA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . AGGTATA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . AGCTAAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . AGGTATA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . GGGTACG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . AAAAATA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . ATGTGTT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . AGGTGTA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . GAGCATG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . AGGGAAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . AAGTATA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . AGGTATA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . AGGTATA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . AAAATA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . TTTA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . AG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons :
originalCons : AATACCAG-GGCGAC--TAA--AG---G-GAGGTA--------TAT----AATC-A-G--AATGAAA-GGAAA--TTTG-------A-CTA-----A-ATA-T-T-G-A---GG-T-AAGA-----TTTT--AA-T-----T-CTAT---C-C--G--C-A-GC-AAAC---A-----G-C-TTTC--AAAC--TTCA
finalCons : AATACCAG-GGCGAC--TAA--AG---G-GAGGTA--------TAT----AATC-A-G--AATGAAA-GGAAA--TTTG-------A-CTA-----A-ATA-T-T-G-A---GG-T-AAGA-----TTTT--AA-T-----T-CTAT---C-C--G--C-A-GC-AAAC---A-----G-C-TTTC--AAAC--TTCA
Alignments
lowQualScore : 33333333333333333333333
lowQualScore : 1 44 11 444 44444444444444444444444 1 1 11 1 11 6666666 1 22222 1 1 1 1 1 111 2 2 66666 44 4 22222 1 555 1 11 11 2 1 2 333 22222 1 1 33 33
lowQualScore : . .. .. ... ....................... . . .. . .. ....... . ..... . . . . . ... . . ..... .. . ..... . ... . .. .. . . . ... ..... . . .. ..
lowQualScore : 2 00 66 222 77777777777777777777777 1 1 55 1 55 1111111 1 66666 1 1 1 1 1 999 2 2 77777 22 4 88888 1 444 1 55 55 2 1 2 111 99999 1 1 33 11
consensus : AATACCAG-GGCGAC--TAA--AG---G-GAGGTA--------TAT----AATC-A-G--AATGAAA-GGAAA--TTTG-------A-CTA-----A-ATA-T-T-G-A---GG-T-AAGA-----TTTT--AA-T-----T-CTAT---C-C--G--C-A-GC-AAAC---A-----G-C-TTTC--AAAC--TTCA
Reference ( family-526 ) : AATACCAG-GGCGAC--TAA--AG---G-GAGGTA--------TAT----AATC-A-G--AATGAAA-GGAAA--TTTG-------A-CTA-----A-ATA-T-T-G-A---GG-T-AAGA-----TTTT--AA-T-----T-CTAT---C-C--G--C-A-GC-AAAC---A-----G-C-TTTC--AAAC--TTCA
gi|59429 : AATAGCAA-AGCGAC--TAA--AG---G--AGGTA--------TA------ATC-A-G--AATGAAA-GGAAA--TTTG-------A-TTA-----A-ATA-T-C-G-A---GG-T-AAGA-----ATTT--TA-T-----T-CTCT---C-C--G--C-A-GT-AAAC---A-----G-C-TTTC--AAAC--TTCA
gi|59430 : AATACCAG-GGCGGC--TAA--AG---G--AGCTA--------TG------ATC-A-G--AATGAAA-GGAAA--TTTG-------A-CTA-----A-ATA-T-T-G-A---GG-T-AAGA-----TTTT---A-T-----T-CTAT---C-C--G--C-A-GC--AAT---A-----G-C-TTTCAAAAAC--TTCA
gi|59431 : AATACCAG-GACGGC--TAA--AGCAAG-GAGGTA--------TATT---AATC-A-G--AATGAAA-GGAAA--TTTG-------A-CTA-----A-AAA-C-T-G-A---GG-T-AAGA-----TTTT--AA-T-----T-CTAT---C-C--G--C-A-GC-AAAT---A-----G-C-TTTC--AAAC--TTCA
gi|59432 : AATACCAG-GGCGAC--TAA--AG---G--AGGTACATATG--TAT----AATC-A-G--AATGAAA-GGACA--TTTG-------A-CTA-----T-ATA-T-T-G-A---GG-C-AATA-----TTTT--AA-T-----T-CTAT---C-C--G--C-A-GC-AAAT---A-----G-C-TTTC--AAAC--TTC
gi|59433 : AATACCAG-GGCGAC--TAA--AG---G--AGGTACATATGTGTAT----AATC-A-G--AATGAAA-GGACA--TTTG-------A-CTA-----T-ATA-T-T-G-A---GG-C-AATA-----TTTT--AATT-----T-CTAT---C-C--G----A-GC-AAAT---A-----G-C--TTC--AAAC--TTC
gi|59434 : AATACCAG-GGCGAC--TAC--AG---G--AGGTA--------TA--------C-A-G--AATGAAA-GGAAA--TTTG-------G-CTA-----A-ATA-C-T-G-ATCAGG-T-AAGA-----TTTT--TA-T-----T-CCAT---A-T--G--C-A-GC-AAAC---A-----G-C-TTTC--AAAC--TTCA
gi|59435 : AATACCAG-AGCGAC--TAA--AG---G-TGG-----------TAT----AATC-A-G--AATGAAA-TTAAA--TTTG-------A-CCA-----A-ATA-T-T-G-A---GG-T-ACGA-----TTTT--AA-T-----T-CTAT---C-T--A--C-A-GT-AAAC---A-----G-C-TTTC--AAAC--TTTA
gi|59436 : AATACCAG-AGCGAT--TAA--AG---G---------------TTT----AATC-A-G--A-TGAAA-GAAAA--TTTG-------A-CTA-----A-ATA-T-T-G-A---GG-T-AAAA-----TTTC--AA-T-----T-CTAT---C-C--G--C-A-GC-AAAC---A-----G-C-TTTC--AAAC--TTCA
gi|59437 : AATACCAT-----AC--TAA--AG---G--AGGTA--------TA------ACC-A-A--AATGAA--GGAAA--TTTG-------A-CTAGCCTAA-ATA-T-T-G-A---GG-T-AAGA-----TTTT--AA-T-----T-CTAT---C-C--G--C-A-GC-AAATACGA-----G-C-TTTC--AAAC--TTCA
gi|59438 : AATACCAG-GGGGAC--TAA--AG---G--AGCTA--------TA------ATC-A-G--AATGAAA-GGGAA--TTT--------A-CTA-----A-ATA-T-T-G-A---GA-A-AACA-----GTTT--AA-T-----T-CTAC---C-C--A--G-A-GC-AAAC---A-----G-C-TTTC--AAAC--TTCA
gi|59439 : AATATCAG-GGTGAC--TAC--AG---G--AGGTA--------TA------ATC-A-G--AA---AA-GGAAA--TTTG-------A-CCA-----A-ATA-T-T-G-A---GG-T-AAGA-----TTTC--AA-C-----T-GAAT---C-C--A--C-A-GC-AAAC---A-----G-C-TTTC--AAAC--TACA
gi|59440 : AATACCAG-GATGAC--TAA--AG---T--AGGTA--------CATGTTTAATC-A-G--AATCAAA-GGACA--GTTG-------A-CCA-----A-ATA-T-T-G-A---GA-T-AAGA-----TTTC--AA-T-----T-ATAT---C-C--A--C-G-GC-AAAC---A-----G-C-TTTC--AAAC--TTCA
gi|59441 : AATACCAA-G-CAACA-TAA--AA---G--AGCTA---------A-----AGTC-AAG--AATGAAA-GGAAA--TTTG-------A-CTA-----A-ATA-T-T-G-A----G-T-A--A-----TTTT--AA-T-----T-CTAT---C-C--G--CAA-GC-AAAT---A-----G-C-TTAC--AAAC--TTC
gi|59442 : AATATCAC-AGTGAC--TGA--AG------AGGTA--------TA------ATC-A-G--AATGAAA-GGGAA--TTTG-------A-CTA-----A-TAA-T-T-GAA---GG-TGAAGA-----TTTT--TA-T-----T-CTAT---C-CCAA--C-A-GC-AAAC---A-----G-C-TTTC--
gi|59443 : AATATCAG-GGCGAC--TAA--AG---G-GGG-----------TAC----GATC-A-G--GATGAAA-GGAAA--TTTG-------A-CCA-----A-ATA-T-T-G-A---GG-T-TAGA-------TT--AA-T-----T-ATGC---C-G--A--C-A-AC-AAAC---A-----G-T-TTTC--AAAC--
gi|59444 : AATACCAG-AGCGAC--TTAGGAG---G-GTAGTA--------GAT----G--C-A-G--AATGAAA-GGAAA--TTTG-------A-CAA-----A-ATA-T-T-G-A---GGCT-AAGA-------TT--AA-T-----T-TCGTACGT-C--G--C-A-GCGAAAC---A-----GTC-TTTC--AAAC--TTCA
gi|59445 : AATACCAG-G-CGGC--TAA--AG---T-G--GTA--------TATT---AATC-A-G--AATGAAA-GAACA--TTTG-------A-CTA-----A-AAA-C-T-G-A---GG-T-AATA------TTT--AA-T-----T-CAAT---C-C--G--C-A-GCAAAAT---A-----G-C-TTTTCAAAAC--TTCA
gi|59446 : AATACCAG-GACGAC--TAA--AG---A-AA---A--------AAT----AATC-A-G--GATGAAG-GGGAA--TCTG-------T-AAA-----A-ATA-T-C-G-A---GG-T-AAGGGTTTTTTTT--AAAT-----T-CTAT---C-G--A--C-A-AC-ACAC---A-----G-C-TTTC--AAAC--TTCA
gi|59447 : AATACCAG-GACGAC--TAA--AG---A-AAA------------AT----AATC-A-G--GATGAAG-GGGAA--TCTG----------TA-----A-AAA-T-TCG-A---GG-T-AAGGGTTTTTTTT--AAAT-----T-CTAT---C-G--A--C-A-AC-ACAC---A-----G-C-TTTC--AAAC--TTCA
gi|59448 : AATACCAG-GGCGGG--T-----GT--G-GAG--A--------TAT----GATC-A-G--A-TGAAA-GGAAA--TT-G-------A-CTA-----A-A-A-TGT-G-A---G--T-AAGA-----TTTT--AA-TAATTATACTGT---T-C--G--C-A-GC-AGAT---A-----G-C-TTTC--AAAC--TTCA
gi|59449 : AATACCAG-GACGGC--TAA---------GAA-TG--------TAT----AATC-A-G--AATGAAA-G-AAA--GTTG-------A-CTA-----A-AT---------------------------TTT--AA-T-------CTAT---C-C--G--C-A-GC-A------------G-C-TTTC--AAAC--TTCA
gi|59450 : AA--AA---G-GAGGTA--------TA------ATC-A-G--AATGAAA-GAACA--TTGG-------G-CTA-----C-GTA-T-T-G-A---GG-T-GAGA-----TTTC--AA-T-----T-ATAT---C-C--A--C-A-GT-AAAC---A-----A-T-TTT
gi|59451 : aataacacagtaaaAATACCAG-GGC-----T-----G---G-GCTTTA--------TATT---GATCCA-G--AATGAAAGGGAAA--TTTGGA-----A-CTA-----A-AAAGC-T-G-A---GG-T-AAAAG----TTTTA-AA-T-----T-CTATTC-C-T--G--CAA-GC-AAAA---ATAAAGG-C-TTTC--AAACCGTTCA
gi|59452 : AATACCAG-GACGGC--TAA--AA---G--AG---------------------C-A-G--AATGAAA-GGAAA--TTTA-------A-CTA-----A-AAA-C-T-G-A---
gi|59453 : ATACCAG-AGCGAC--TAA--TG---GAGATATA--------TAT----AATC-A-A--AATGAAA-GGAAA--TTTG-------A-CTA-----T-ATA-T-T-G-A---GG-T-AAAA-----TTTT--AA-T-----T-CTAC---C-C--A--C-A-GC-AAAC---A-----G-T-TTTC--AAAC--TTCA
gi|59454 : ATACCAG-GGCGAC--TAA--AG---G-A---TG--------TGT----TATC-A-A--GATGAAA-GGAAA--TCTG-------G-CCA-----A-ATA-T-T-G-A---GG-T-AAGA-----TTTT--AA-T-----T-CTTT---C-C--A--C-A-AC-AAAC---A-----G-C-TTTC--AAA
gi|59455 : ATACCAGCGGCG-C--TCA--AG---G--AGGTG--------TA------ATC-A-GTAAATGAAA-GGAAA--TTTT-------A-TTA-----A--TA-T-T-G-A---GG-T-AA-A-----TTTT--AA-T-----T-CTAA---CGC--G--C-A-GC-AAAT---A-----G-C-TTTC--AAA---TTCA
gi|59456 : ATACCAG-GGCGGCCTTAA--AG---C-GAG-----------CAT----GATC-G-A--CATGAAA-GGAAA--TTTG-------A-CTA-----A-TAA-T-T-G-A---GG-T-AAGG--------T--AA-T-----T-CTAT---C-C--G--C-AGGC-AAAT---A-----G-C-TTTC---AAC--TTC
gi|59457 : ACACCAG-AGCGAC--TAA--AAA--G-GAAGTA--------TA------GTC-A-G--AATGAAA-GGAAAATTTTGGAAAATAA-CTA-----ACATA-T-T-G-A---GG-T-AGAA-----TTTTTAAA-T-----T-CCATCCCC-C--G--C-A-GC-AAA
gi|59458 : TACCAG-AGCGAC--TAA--AG---G-AGGGAA---------------AATC-A-G--AATGAAA-GAAAA--TTTG-------A-CTA-----A-ATA-T-T-G-A---GG-T-AAAA-----TTTT--AA-T-----T-CTAC---C-T--A--C-A-GT-AAAC---A-----G-C-TTTC--AAAC--
gi|59459 : TACCAG-AGCAACG-TAG--AA---G-GCGATA--------C-T----GAT--A-G--A-TGAAG-GAAAA--TCTG-------AGCTA-----A-----T-T-G-A---GG-T-AGGA-----TTTT--GA-T-----T-CTAA---T-C--G--C-A-GC-AAGCG--A-----G-CTTTTC--AAAT--TTTA
gi|59460 : ACCAG-AGCGAC--TAA--AG---G-AAG-----------TAT----AGTC-A-G--AATGAAA-GGAAA--TTGG-------A-CTA-----A-ATA-T-T-G-A---GG-T-AGAA-----TTTT--AA-T-----C-CTAT---C-C--G--C-A-GC-AAAC---A-----T-C-TTTC--AAACG-TTC
gi|59461 : CAG-AGCGAC--TAA--AT---G--AGGTA--------TA------ATC-A-G--AATGAAA-GGAAA--TTTG-------T-CTA-----A-ATA-T-
gi|59462 : AG-GGCGAC--TAA--AG---G--AGGTA--------TA------ATC-A-G--AATGAAA-GGAAA--TTT--------A-CTA-----A-ATA-T-T-G-A---GG-T-AAGA-----TTTT--AA-T-----T-TTAT---C-C--A--C-A-GC-AAGT---A-----G-C-TTTC--AAAC--TTCA
gi|59463 : G-AGCAAC--TAA--AA---G-GAGCT---------TAT----G-TC-A-G--AATGAAA-GG-AA--TTTGA------A-CTA-----A-ATA-T-T-G-A---GGATAAAAA-----TTTT--AATT-----T-CTAT---C-C--GCCC-A-GC--AAT---A-----G-C-T
gi|59464 : ---G-GAG-TA---------AT----AATC-A-G--AATGAAA-GAAAA--TTTG-------A-CTA-----A-GTA-T-T-G-A---AG-T-AAGA-----TTTTAAAA-T-----T-CTAT---C-C--A--C-A-GC-AAAT---A-----G-C-TTTC--AAAC--TTCA
gi|59465 : --------TGT----AATC-A-G--AATGAAA-GGAAA--TTTG-------A-CTA-----A-ATA-T-T-G-A---GG-T-AAGA-----TTTT--AA-T-----T-CTAT---C-C--G--C-A-GT-AAAT---A-----G-C-TTTC--AAAC--
gi|59466 : gggg-----A-GTA-C-C-G-A---GA-T-AAAA-----TTTT--AA-T-----T-CTAC---C-T--G--C-A-GC-AAAC---A-----G-C-TTTC--AAAC--TTCA