lowQualScore                  :               1                              11111111                                                                   11111           1111                                                                                                                             
lowQualScore                  :            1  8  3   555  33 3333 33  1 1    55555555  222 11 1   1 1 1    11 1   4444 2  444444 1 1   333 1 1 1 3333 3 00000 2  11 1 1 0000  1 11 33 1   33  44 1 11 1  33333 1 3  3    1   3333     66        33  999 11 1  4 1 77  666 2 1 2   222  11 1  2222  3     
lowQualScore                  :            .  .  .   ...  .. .... ..  . .    ........  ... .. .   . . .    .. .   .... .  ...... . .   ... . . . .... . ..... .  .. . . ....  . .. .. .   ..  .. . .. .  ..... . .  .    .   ....     ..        ..  ... .. .  . . ..  ... . . .   ...  .. .  ....  .     
lowQualScore                  :            5  3  0   000  44 0000 44  4 4    11111111  555 99 4   3 3 3    88 3   4444 5  777777 2 2   333 2 2 2 7777 5 33333 4  66 2 2 1111  1 66 99 1   88  66 1 44 1  77777 0 2  2    1   5555     00        88  666 55 1  4 1 66  111 2 1 3   000  66 1  5555  5     
consensus                     :       AAAAT-GAAAA-TAAT--AT--A----T--AT-T-GTGT--A-----TC---A--T-TAT-A-A-GATG--A-AAA----A-CA------T-A-CTT---G-A-A-T----A-T-G---A-AT--T-T-G-C--TC-G--A--C-GCA--TG--C-G--C-TG-----T-A-TG-TTTT-CTG----AAAGG--AAAACCAC--CT--GA--A-TT-T-G-NGG---A-T-A-TTT---TC--A-TT----GA-AAATG
Reference ( gi|37093 )        :       AAAAT-GATAA-TAAT--AT--A----T--AT-T-GTGT--G-----TC---A--T-TAT-A-A-GATG--A-AAA----A-CA------T-A-CTT---G-A-A-T----A-T-A---A-AT--T-T-G-T--TC-G--A--C-GCA--TG--C-G--C-TG-----T-A-TG-TTTT-CTG----AAAGG--AAAACCAC--CT--AA--A-TT-T-G-AGG---A-T-A-TTT---TC--A-TT----GA-AAATG
gi|37101                      :       AAAAT-GAAAA-TAAT--AA--A----T--AT-T-GTGT--G-----TC---A--T-TAT-A-A-GATG--A-AAA----A-CA------T-A-CTT---G-A-A-T----A-T-A---A-AT--T-T-G-C--TT-G--A--C-GCA--TG--T-G--C-TG-----T-A-TG-TTTT-CTT----AAAGG--AAAACCAC--CA--AA--A-TT-T-G-AGG---A-T-A-TTT---TC--C-TT----CA-AAATG
gi|37095                      :       AAAAT-GAAAA-TAAT--AT--A----T--AT-T-GGGT--A-----TC---A--T-TAT-A-A-GATG--A-AAA----A-CA------T-G-CTT---G-A-A-T----A-T-G---A-AT--T-T-G-C--CC-G--A--C-GCA--TG--C-G--C-TG---------TG-TTTT-CTG----AAAGG--AAAACCAC--TT--GA--A-CT-T-G-TGG---A-T-A-TTT---TC--A-TT----GA-AAATG
gi|37092                      :       AAAAT-GAAAA-TAAG--AT--A----T--AT-T-GTGT--A-----TC---A--T-TAT-A-A-GATG--A-AAA----A-CA------T-A-CTT---G-A-A-T----A-T-G---A-AT--T-T-G-C--TCAG--A--C-GCA--TG--C-G--C-TG-----T-A-TG-TTTT-C-G----ATAGG--AAAACCAC--CC--GA--A-TT-T-G-CAG---A-T-A-TTT---TC--A-TT----GA-AAATG
gi|37094                      :       AAAAT-AAAAA-TAAC--AT--A----T--AT-T-GTGT--A-----TC---A--T-TAT-A-A-GATG--A-AAA----A-TA------T-A-CTT---G-A-A-T----A-T-G---A-AT--C-T-G-C--TC-G--A--C-ACA--TG--C-G--C-TG-----T-A-TG-TTTT-CTG----AAAGG--AAAACCAC--CT--GA--A-TG-T-G-TGG---A-T-A-TTT---TA--A-TT----GA-AAAT
gi|37098                      :       AAAAC-AAAAA-TATT--AT--A----T--AT-T-ATGT--T-----TC---A--T-TAT-A-A-GATG--A-AAA----G-CA------T-A-CTT---G-A-A-T----A-T-G---A-AT--T-T-G-C--TA-G--A--C-GCA--TG--C-G--C-TG-----C-A-TG-TTTT-CTG----AAAGG--AAAACCAC--CT--GA--A-TT-T-G-AAG---A-T-A-TTT---TC--A-TT----AA-AAATG
gi|37097                      :       AAAAT-GAAAA-TAAT--AT--A----T--GT-T-GGGT--A-----TT---A--T-TAT-A-A-GATG--A-AAA----A-CA------T-A-CTT---G-A-A-T----A-T-G---A-AT--T-T-G-C--TC-G--A--C-GCA--TG--C-G--C-TG-----T-A-TG-TTTT-CTG----AAAGG--AAAATAAC--CT--GA--A-TT-T-G-TGG---A-T-A-TTT---TC--A-T
gi|37096                      :       AAAAT-GGAAA-TACT--AT--A----T--AT-T-GTGT--A-----TC---A--T-TAA-A-C-GATT--A-AAA----A-CA------T-A-CTT---G-A-A-T----A-T-A---A-AT--T-T-G-C--TC-G--A--C-GCA--TG--C-G--C-TG-----T-A-TG-GTTT-CAG----AAAAG--AAAACCAT--CT--GA--A-TT-T-G-TAG---A-T-A-TTT---TC--A-TT----GA-AAATG
gi|37102                      :       AAAAT-GAAAA-TAAT--AT--A----T--AT-T-GTGT--A-----TC---A--T-TAT-A-A-GATGAAA-AAA----A-CATACATGT-A-CTT---G-A-A-T------T-G---A-AT--T-T-G-C--TC-G--AACC-GCA--TGC-C-G--T-TG-----T-A-TG-TTTT-CTG----AAAGG--AAAACCAC--CTG-AA--A-TT-T-G-GGG---A-T-A--TT---TC--A-TT----GA-AAATG
gi|37099                      :       AAAAT-GAAAA-TAAG--AT--A----T--AT-T-GTGTTTA-----TC---A--T-TAT-A---GATA--A-AAAAA--A-CA------T-A-CTT---G-A-A-T----A-T-G---A-A---T-T-G-C--TC-G--AC-C-GCA--TG--C-G--C-TG-----T-A-TG-TTTT-CTG----AAAGGA-AAAACCAC--CT--GA--A-TT-T-G-TGG---A-T-A-TTT---TC--A-TT----GA-AAA
gi|37100                      :       AAAATTGAAAA-TAAG--AT--A----T--AG-T-GTTA--A-----TC---A--T-TAT-A-A-GATG--A-AAA----A-CA------T-A-CTT---G-A-A-T----AAT-G---A-AT--T-T-GCT--TC-G--AG-C-ACA--TG--C-G--C-TG-----T-A-TG-TTTT-CTA----AAAGG--AAAACCAC--CT--GA--A-TT-T-G-TGG---A-T-A-TTT---TC--A-TT----GA-AAA
gi|37105                      :       AAAAT-GAAAA-TAAG--AT--A----T--AT-T-ATGT----------------T-TAT-A---GATG--A-AAA----A-CA------T-AACTT---A-A-A-T----A-TGA---A-AT--T-T-G-C--TT-G--A--C-GCA--TG--C-G--C-TG-----T-A-TG-TTTT-CTG----AAAGGA-AAAACCAC--CT---G--A-TT-T-G-AGG---A-T-A--TT---TC--A-TT----TG-AAAT
gi|37110                      :       AAAAT-GACAAATAAT--AT--A----T--AT-G-ATGTT-A-----TC---A--TCTAT-G-A--ATG--A-AAA----AGCA------T-A-CTT---G-A-A-T----A-T-ATCGA-AT--T-T-G-C---C-G--A--C-GCC--TAT-C-G--C-TG-------A-TG-TTTT-CTG----AAAGG--AAAACCAC--CT--GA--A-TT-T-G-AGG---A-T-ATTTT---TC--A-TT----GA-AAATG
gi|37107                      :       AAAAT-GAAAA-TAAT--AT--G----C--AT-T-GAGC--A-----TC---A--T-TGT-A-A-GATA--A-CAA----A-CA------T-A-CTT---C-A-A-T----A-T-G---A-AT--T-T-G-C--GT-G--A--C-GAA--TG--C-G--T-TG-----T-A-TG-TTTG-CTG----AAAGG--AAAACCAC--CT--TA--A-TT-T-G-CAA---A-T-A-TCT---GC--A-TT----GC-AAATG
gi|37109                      :       AAAAT-GA-AA-TAAT---T--A----T--ATAT-GTGT--A-----T----A--T-TAT-ATA-AGTG--A-AAA------CA------T-A-CTT---G-A-G-T------T-G---A-AT--T-T-G-C--TC-G--A--C-GCA--TG--C-G--C-TG-----T-G-TG-ATTT-CTG----AAAGA--AA---CAC--CT--GA--A-TT-T-G-GAG---A-T-A-TTT---TC--A-TT----GA-AAATG
gi|37108                      :       AAAAT-GAAAA-AAAC--ATTTAGGCCT--AT-T-GGGC--A-----TC---A--T-TTT-A-A-GATA--A-AAA----A-CA------C-A-CTA---G-A-A-T----A-T-G---A-AT--T-T------TC-GTGA--C-GCA--TG--C-A--T-TG-----T-G-TG-TTTT-CTG----AAAAG--AAAATCAC--CT--GA--A-TT-T-G-AGG---A-T-A-TTT---TC--A-TT----GA-AAAT
gi|37103                      :       AAAAT-GAAAA-TGAT--ATT-A----T--AG-T-G-GT--A-----TC---A--T-T-T-A-A-GATG--A-AAA----A-CA------T-A-CCTA--G-A-A-T----A-TGA---A-AT--T-T-G-CC-TC-G--A--C-GCA--TG--C-G--C-TGA----T-A-TG-TTTT-CTG----GAAAT--GAAACCAT--CT--GA--A-TT-C----GG---G-T-A-TTT---TC--A-TT----GA-AAATG
gi|37106                      :       AAAAT-GAAAA-TAAG--AT--A----T--AT-T-GTGT--A-----TA---A--T-TATAA-A-GATA--A-AAA----A-CA------T---CTT---G-A-A-T----A-TGA---A-AT--T-T-G-CA-TC-G--A--C-GC---TG--C-G--C-TG-----T-A-TA-TATG-CTG----AAAGG--AAAACCAA--CTTGAATGA-TTGT-G-TGG---A-T-ATTTT---TC--A-TT----GA-AAA
gi|37104                      :       AAAAT-GAAAAATAAG--AT-------T--AT-T-GTGT--GA----TC---C--A-TAA-A-A-GATA--A-AAA----A-CA------T-A-CTT---G---A-T----A-TGG---A-AT--T-T-G-C--TT-G--A--C-GCA--TG--C-G--C-TG-----T-A-TG-TTTTGCTG----AAAGG--AAA--CACA-TT--GA--A-TT-T-GTAGGA--A-T-A-TTT---TC--A-TT----GA-AAATG
gi|37111                      :       AAAAT-AA-AA-TAAG--AT--A----T--GT---GT-T--A-----TC---A--T-T-T-A-A-GATG--A-AAA----AACAA-----T-A-CT------G-A-T----A-T-G---ATAT--T-T-G-C--TC-G--A--C-GCA--TG--C-G--C-TG-----T-A-TG-TTTT-CCG----AAAGGA-AAAACCACCTCT--AA--A-TT-T-G-TGG---A---A-TTT---TC--A-TT----TA-AAA
gi|37112                      :       AAAAT-GAAAA-TAAA--AT--A----T---T-T-GTGT--A-----TCCATA--T-AAT-A-A-GAT-----AAA----A-CA------TCA-CTG---A-G-A-TC---A-T-A---A--T--A-T-G-C--TC-G--A--C-GCA--TG--C-G--C-CT-----TAA-TA--TTC-CTG----AAAAG--AAAACCAC--CT--GA--A-TT-T-T-GGG---A-T-A-TTT---T---A--T----GA-AAATG
gi|37113                      :       AAAAT-AAGAA-TAAT---------------T-T-GTGT--GA----TC---A--T-TAT-A-G-TAT---A-CAA----A-C-------T-A-CTT---G-A---T----A-T-G---A-----T-T-G-C--TC-G--A--C-GCA--TG--C-A--G-TG-----T-A-TGATAGT-CAA----AAAGG----AACCAC--CT--GA--A-TT-T-G-TGG---ATT-A-TTT---T---A-TTCTTCGA-AAATG
gi|37114                      : aaattgAAAAT-GAAAG-TAAA--AT--A----T--AG-T-GTGT--A-----T-------T-TAT-A-A-GATG--A-AAT----A-CA------T-A-CAT---G-A-A-T----A-T-G---A-AT--T-T-G-C--TT-G--A--C-GCAT-TG--C-GGCC-TG-----T-
gi|37117                      :        AAAT-GAAAA-TAACGAAT--A----T--AT-T-GTGT--A-----TC---A--T-TA--A-A-GATA--A-AAA----A-CA------T-A-CTT---G-A-A-T----AGT-G---A-AT--T-T-G-C--TC-G--A--C-GCA--TG----G--C-TG-----T-A-T---TTT-CTG----AAAAG--GAAACCAC--CT--GA--A-TT-T-G-TGG---A-T-A-TTT---TC--A--T----GA-AAATG
gi|37118                      :        AAAT-GAAAA-TAAG--AT--A----TT-AT-T-GTGT--A-----TC---A--T-TAA-A-A-GATA--A-AAA----A-CA------T-A-CTT---G-A-ATT----A-T-G---A-AT--T-T-G-C--TC-G--A----GCA--TG--C-G--CTTG-----T-A-T--TTTT-CTGA---AAAAG--GAAACCAC--CT--GA--A-TT-T-G-TGG---A-TAA-TTT---TC--A--T----GA-AAATG
gi|37119                      :        AAAT-GAAAA-TAAT--TT--A----T---T-T-GTGT--A-----TC---A--T-TAT-A-A-GAGG--A-AAA----A-TA------T-A-CTT---G---A-T----A-T-T---A-AT--T-T-G-C--TC-G--A--C-GCAT-TGC-C-G--C-TG-----T-A-TGTTTTT-CTG----AAAGGA-AAAACTAT--CTG-AA--A-TT-T-G-AGGT--A-T-A--TT---TCAAA-TT----GA-AA
gi|37121                      :         AAT-GAAAA-TAA---AT--A----T---C-T-GTGT--A-----TC---A--T-AA--A-A-GATG--A-AAA------CA------T-A-TTT---GTA-A-T----AAT-G---A-AT--T---G-C--T--G--A--C-GCA--TG--C-G--C-TG-----T-A-TG--TTT-CTG----AAGG-----ATCCA---CT--GA--A-TT-T-G-TG------T-A-TTT---TC--ATTT----GA-AAAT
gi|37115                      :                AA-TATT--AT--A----T--AT-T-GTCT--GAGACATC---AATT-TGT-A-AAGATG--A-AAA----A-CA------T-A-CTT---G-AGA-TTAGGA-T-GC--A-AT--T-G-G-TCCTC-G--A--C-GCA--TG--CTG--C-TT-----T-A-----TTT-C-G----AAAGG--AAAACCAC--CTTGAA--T-TT-T-G-TGG---A-C-A--TT---TC--A-TT----GA-AAA
gi|37120                      :           aaattgaaaAAT--AT--A----TCTAT-TCGTGT--A-----AT---A--T-TAT-A-A-GA-G--ATAAA----A-CA------T-A-CTT---G-A-A-T----A---A---A-GTCAT-T-G-C--TG-A--A--CAGCAAGTGGCT-G--C-TG-----T-A-TGATTTT-TTG----AAAGGGAAAAACTAC--CT--GA--ATTT-T-G-AGGGATA-T-A-TGTGCATT--A-TT----GA-AAATG
gi|37122                      :                                                     aattgga--T-TAG-A-A-GA----A-AAA----A-CA------T-A-CTTCTGA-A-A-T----A-T-G---A-AT--T-TTG-C--T--G--A--C-GCA--TG--C----C-CGCAAAAT-A-TG-TTCC-CTGCCACAACCG--AAAACCACG-TT--GA--A-TT-TCC-AGGCCCACT-A--TT---TC--A--T----GA-AAATG
gi|37116                      :                                  aagataagatcgccatttgtctgatctagtaat-A-A-AATG--A-AAATAATA-TA------T-A-TT--------A-T----G-T-A---ATAC--TAT-G-T--------A--T--CA--TA--C-G--C-TG-----T-A-TG-TTTT-CTG----AAATG--AAACCCAC--CT--GA--A-TT-T-G-TGG---A-T-A-TTT---TC--A-TT----GA-AAATG
gi|37123                      :                                                                                 AA----C-CA------T-A-TCT---G-A-A-T----A-T-G---A-AT--T-T-G-C--TT-G--A--C-ACA--TG--C-G--C-TG-----T-A-TG-TTTT-CTG----AAAGG--AAATCCAC--AT--AA--A-TT-C-G-CAG---A-T-A-TTT---TT--A-TT----GA-AAATG
gi|37124                      :                                                                                   ----A-CA------G-A-CTT---G-A-A-T----A-T-G---A-AT--T-T-G-C--TC-G--A--C-GCA--TA--T-G--C-TG-----T-T-TG-TTTT-CT
gi|37125                      :                                                                                           ------T-A-CTT---G-A-A-T----A-T-G---A-AT--T-T-G-C--TC-G--A--C-GCA--TG--C-A--G-TG-----T-A-TA-T
gi|37126                      :                                                                                                                -T----A-T-G---A-GT--T-T-G-C--TC-G--A--T-GCA--TG--C-G--C-TA-----T-A-TG-TTTT-CTT----AAAGG--AAAACCAC--CT--GA--A-CT-G-G-AGG---A-T-A--TT---TC--A-TT----GA-AAATG
gi|37127                      :                                                                                                                                              C-G--A--C-ACA--TG--C-G--C-TG-----T-A-TG-TTTT-CTG----AAAGG--AGAGCCAC--CT--GA--A-TC-G-G-TGG---A-
gi|37128                      :                                                                                                                                                          A--TT--C-G--C-TT-----T-AATG-TTTT-CTG----AAAGG--AAAACCAC--CT--GA--A-TTGT-G-AGA-------A-TTT---TC--A-TT----GATAAAT
gi|37130                      :                                                                                                                                                               --C-G--C-TT-----T-AATG-TTTT-CTG----AAAGG--AAAACCAC--CT--GA--A-TTGT-G-AGA-------A-TTT---TC--A-TT----GATAAAT
gi|37129                      :                                                                                                                                                               --C-G--C-TT-----T-AATG-TTTT-CTG----AAAGG--AAAACCAC--CT--GA--A-TTGT-G-AGA-------A-TTT---TC--A-TT----GATAAAT
gi|37131                      :                                                                                                                                                                                -A-TG-TTTT-TTG----AAAGG--AAAACCAC--CT--GA--T-TT-T-T-TGG---A-T-A-TTT---TC--A-TT----GA-AAAT

lowQualScore                  :      1  1   2   666  33 2222 1 11 1 1    99999   222 11 1   1  1    11 1   11 2  444444 1 1   333 1 1 1 3333 3 222 3 1 3 11   11 2 1 1  33 1   33  44 1 11 1  33333  3  3 1   1   3333     55      1  33 1  2  1 11 44 11 222   33333 1 2 1  22222  11 1  2222  3     
lowQualScore                  :      .  .   .   ...  .. .... . .. . .    .....   ... .. .   .  .    .. .   .. .  ...... . .   ... . . . .... . ... . . . ..   .. . . .  .. .   ..  .. . .. .  .....  .  . .   .   ....     ..      .  .. .  .  . .. .. .. ...   ..... . . .  .....  .. .  ....  .     
lowQualScore                  :      3  3   7   222  22 8888 3 88 3 3    22222   333 88 3   3  3    88 3   77 4  666666 2 2   222 2 2 1 6666 4 000 4 1 4 66   66 3 1 1  88 1   66  55 0 44 0  66666  1  1 0   1   4444     88      1  66 1  2  1 55 77 55 555   88888 1 2 1  88888  55 1  4444  4     
consensus                     : AAAAT-GA-AAA-TAAN--AT--A----T-A--T-T-GTGT-----ATC---A--T-TAT-AA-GATG--A-AAA--A-CA------T-A-CTT---G-A-A-T----A-T---G-A-A-T--TTG--C-T-C-GA--C-GCA--TG--C-G--C-TG-----TA-TG-T-TTT-CTG----AAAGG--AAAACC-AC--C-TG-AA-T--T--T--G--NGGA-----T-A-T-TT-----TC--A-TT----GA-AAATG
Reference ( family-511 )      : AAAAT-GA-AAA-TAAT--AT--A----T-A--T-T-GTGT-----ATC---A--T-TAT-AA-GATG--A-AAA--A-CA------T-A-CTT---G-A-A-T----A-T---G-A-A-T--TTG--C-T-C-GA--C-GCA--TG--C-G--C-TG-----TA-TG-T-TTT-CTG----AAAGG--AAAACC-AC--C-TG-AA-T--T--T--G--NGGA-----T-A-T-TT-----TC--A-TT----GA-AAATG
gi|37092                      : AAAAT-GA-AAA-TAAG--AT--A----T-A--T-T-GTGT-----ATC---A--T-TAT-AA-GATG--A-AAA--A-CA------T-A-CTT---G-A-A-T----A-T---G-A-A-T--TTG--C-T-CAGA--C-GCA--TG--C-G--C-TG-----TA-TG-T-TTT-C-G----ATAGG--AAAACC-AC--C-CG-AA-T--T--T--G--CAGA-----T-A-T-TT-----TC--A-TT----GA-AAATG
gi|37093                      : AAAAT-GA-TAA-TAAT--AT--A----T-A--T-T-GTGT-----GTC---A--T-TAT-AA-GATG--A-AAA--A-CA------T-A-CTT---G-A-A-T----A-T---A-A-A-T--TTG--T-T-C-GA--C-GCA--TG--C-G--C-TG-----TA-TG-T-TTT-CTG----AAAGG--AAAACC-AC--C-TA-AA-T--T--T--G--AGGA-----T-A-T-TT-----TC--A-TT----GA-AAATG
gi|37094                      : AAAAT-AA-AAA-TAAC--AT--A----T-A--T-T-GTGT-----ATC---A--T-TAT-AA-GATG--A-AAA--A-TA------T-A-CTT---G-A-A-T----A-T---G-A-A-T--CTG--C-T-C-GA--C-ACA--TG--C-G--C-TG-----TA-TG-T-TTT-CTG----AAAGG--AAAACC-AC--C-TG-AA-T--G--T--G--TGGA-----T-A-T-TT-----TA--A-TT----GA-AAAT
gi|37095                      : AAAAT-GA-AAA-TAAT--AT--A----T-A--T-T-GGGT-----ATC---A--T-TAT-AA-GATG--A-AAA--A-CA------T-G-CTT---G-A-A-T----A-T---G-A-A-T--TTG--C-C-C-GA--C-GCA--TG--C-G--C-TG--------TG-T-TTT-CTG----AAAGG--AAAACC-AC--T-TG-AA-C--T--T--G--TGGA-----T-A-T-TT-----TC--A-TT----GA-AAATG
gi|37096                      : AAAAT-GG-AAA-TACT--AT--A----T-A--T-T-GTGT-----ATC---A--T-TAA-AC-GATT--A-AAA--A-CA------T-A-CTT---G-A-A-T----A-T---A-A-A-T--TTG--C-T-C-GA--C-GCA--TG--C-G--C-TG-----TA-TG-G-TTT-CAG----AAAAG--AAAACC-AT--C-TG-AA-T--T--T--G--TAGA-----T-A-T-TT-----TC--A-TT----GA-AAATG
gi|37097                      : AAAAT-GA-AAA-TAAT--AT--A----T-G--T-T-GGGT-----ATT---A--T-TAT-AA-GATG--A-AAA--A-CA------T-A-CTT---G-A-A-T----A-T---G-A-A-T--TTG--C-T-C-GA--C-GCA--TG--C-G--C-TG-----TA-TG-T-TTT-CTG----AAAGG--AAAATA-AC--C-TG-AA-T--T--T--G--TGGA-----T-A-T-TT-----TC--A-T
gi|37098                      : AAAAC-AA-AAA-TATT--AT--A----T-A--T-T-ATGT-----TTC---A--T-TAT-AA-GATG--A-AAA--G-CA------T-A-CTT---G-A-A-T----A-T---G-A-A-T--TTG--C-T-A-GA--C-GCA--TG--C-G--C-TG-----CA-TG-T-TTT-CTG----AAAGG--AAAACC-AC--C-TG-AA-T--T--T--G--AAGA-----T-A-T-TT-----TC--A-TT----AA-AAATG
gi|37099                      : AAAAT-GA-AAA-TAAG--AT--A----T-A--T-T-GTGTTT---ATC---A--T-TAT-A--GATA--A-AAAAAA-CA------T-A-CTT---G-A-A-T----A-T---G-A-A----TTG--C-T-C-GAC-C-GCA--TG--C-G--C-TG-----TA-TG-T-TTT-CTG----AAAGGA-AAAACC-AC--C-TG-AA-T--T--T--G--TGGA-----T-A-T-TT-----TC--A-TT----GA-AAA
gi|37100                      : AAAATTGA-AAA-TAAG--AT--A----T-A--G-T-GTTA-----ATC---A--T-TAT-AA-GATG--A-AAA--A-CA------T-A-CTT---G-A-A-T----AAT---G-A-A-T--TTG--C-TTC-GAG-C-ACA--TG--C-G--C-TG-----TA-TG-T-TTT-CTA----AAAGG--AAAACC-AC--C-TG-AA-T--T--T--G--TGGA-----T-A-T-TT-----TC--A-TT----GA-AAA
gi|37101                      : AAAAT-GA-AAA-TAAT--AA--A----T-A--T-T-GTGT-----GTC---A--T-TAT-AA-GATG--A-AAA--A-CA------T-A-CTT---G-A-A-T----A-T---A-A-A-T--TTG--C-T-T-GA--C-GCA--TG--T-G--C-TG-----TA-TG-T-TTT-CTT----AAAGG--AAAACC-AC--C-AA-AA-T--T--T--G--AGGA-----T-A-T-TT-----TC--C-TT----CA-AAATG
gi|37102                      : AAAAT-GA-AAA-TAAT--AT--A----T-A--T-T-GTGT-----ATC---A--T-TAT-AA-GATGAAA-AAA--A-CATACATGT-A-CTT---G-A-A-T------T---G-A-A-T--TTG--C-T-C-GAACC-GCA--TGC-C-G--T-TG-----TA-TG-T-TTT-CTG----AAAGG--AAAACC-AC--C-TGAAA-T--T--T--G--GGGA-----T-A---TT-----TC--A-TT----GA-AAATG
gi|37103                      : AAAAT-GA-AAA-TGAT--ATT-A----T-A--G-T-G-GT-----ATC---A--T-T-T-AA-GATG--A-AAA--A-CA------T-A-CCTA--G-A-A-T----A-T---G-A-AAT--TTG--CCT-C-GA--C-GCA--TG--C-G--C-TGA----TA-TG-T-TTT-CTG----GAAAT--GAAACC-AT--C-TG-AA-T--T--------CGGG-----T-A-T-TT-----TC--A-TT----GA-AAATG
gi|37104                      : AAAAT-GA-AAAATAAG--AT-------T-A--T-T-GTGTG----ATC---C--A-TAA-AA-GATA--A-AAA--A-CA------T-A-CTT---G-A---T----A-T---GGA-A-T--TTG--C-T-T-GA--C-GCA--TG--C-G--C-TG-----TA-TG-T-TTTGCTG----AAAGG--AAA--C-ACA-T-TG-AA-T--T--T--GTAGGAA-----T-A-T-TT-----TC--A-TT----GA-AAATG
gi|37105                      : AAAAT-GA-AAA-TAAG--AT--A----T-A--T-T-ATGT--------------T-TAT-A--GATG--A-AAA--A-CA------T-AACTT---A-A-A-T----A-T---G-A-AAT--TTG--C-T-T-GA--C-GCA--TG--C-G--C-TG-----TA-TG-T-TTT-CTG----AAAGGA-AAAACC-AC--C-TG--A-T--T--T--G--AGGA-----T-A---TT-----TC--A-TT----TG-AAAT
gi|37106                      : AAAAT-GA-AAA-TAAG--AT--A----T-A--T-T-GTGT-----ATA---A--T-TATAAA-GATA--A-AAA--A-CA------T---CTT---G-A-A-T----A-T---GAA-A-T--TTG--CAT-C-GA--C-GC---TG--C-G--C-TG-----TA-TA-T-ATG-CTG----AAAGG--AAAACCAAC--T-TG-AA-TGATTGT--G--TGGA-----T-ATT-TT-----TC--A-TT----GA-AAA
gi|37107                      : AAAAT-GA-AAA-TAAT--AT--G----C-A--T-T-GAGC-----ATC---A--T-TGT-AA-GATA--A-CAA--A-CA------T-A-CTT---C-A-A-T----A-T---G-A-A-T--TTG--C-G-T-GA--C-GAA--TG--C-G--T-TG-----TA-TG-T-TTG-CTG----AAAGG--AAAACC-AC--C-TT-AA-T--T--T--G--CAAA-----T-A-T-CT-----GC--A-TT----GC-AAATG
gi|37108                      : AAAAT-GA-AAA-AAAC--ATTTAGGCCT-A--T-T-GGGC-----ATC---A--T-TTT-AA-GATA--A-AAA--A-CA------C-A-CTA---G-A-A-T----A-T---G-A-A-T--TTT--C-G-T-GA--C-GCA--TG--C-A--T-TG-----TG-TG-T-TTT-CTG----AAAAG--AAAATC-AC--C-TG-AA-T--T--T--G--AGGA-----T-A-T-TT-----TC--A-TT----GA-AAAT
gi|37109                      : AAAAT-GA-AA--TAATT-AT--A----T-A--TGT-GTAT-----ATT---A--T--AT-AA-G-TG--A-AAA----CA------T-A-CTT---G-A-G-T------T---G-A-A-T--TTG--C-T-C-GA--C-GCA--TG--C-G--C-TG-----TG-TG-A-TTT-CTG----AAAGA--AA---C-AC--C-TG-AA-T--T--T--G--GAGA-----T-A-T-TT-----TC--A-TT----GA-AAATG
gi|37110                      : AAAAT-GACAAA-TAAT--AT--A----T-A--T-G-ATGTT----ATC---A--TCTAT-GA--ATG--A-AAA--AGCA------T-A-CTT---G-A-A-T----A-TATCG-A-A-T--TTG--C---C-GA--C-GCC--TAT-C-G--C-TG------A-TG-T-TTT-CTG----AAAGG--AAAACC-AC--C-TG-AA-T--T--T--G--AGGA-----T-ATT-TT-----TC--A-TT----GA-AAATG
gi|37111                      : AAAAT--A-AAA-TAAG--AT--A----T-G--T---GT-T-----ATC---A--T-T-T-AA-GATG--A-AAA--AACAA-----T-A-CT------G-A-T----A-T---G-ATA-T--TTG--C-T-C-GA--C-GCA--TG--C-G--C-TG-----TA-TG-T-TTT-CCG----AAAGGA-AAAACC-ACCTC-TA-AA-T--T--T--G--TGGA-------A-T-TT-----TC--A-TT----TA-AAA
gi|37112                      : AAAAT-GA-AAA-TAAA--AT--A----T----T-T-GTGT-----ATCCATA--T-AAT-AA-GAT-----AAA--A-CA------TCA-CTG---A-G-A-TC---A-T-----A-A-T--ATG--C-T-C-GA--C-GCA--TG--C-G--C-CT-----TA--A-TATTC-CTG----AAAAG--AAAACC-AC--C-TG-AA-T--T--T--T--GGGA-----T-A-T-TT-----T---A--T----GA-AAATG
gi|37113                      : AAATT-GA-AAA-TAAG--A---A----T-AATT-T-GTGTG----ATC---A--T-TAT-AG-TAT---A-CAA--A-C-------T-A-CTT---G-A---T----A-T---G-A------TTG--C-T-C-GA--C-GCA--TG--C-A--G-TG-----TA-TGAT-AGT-CAA----AAAGG----AACC-AC--C-TG-AA-T--T--T--G--TGGAT----T-A-T-TT-----T---A-TTCTTCGA-AAATG
gi|37114                      : AAAAT-GA-AAG-TAAA--AT--A----T-A--G-T-GTGT-----AT-------T-TAT-AA-GATG--A-AAT--A-CA------T-A-CAT---G-A-A-T----A-T---G-A-A-T--TTG--C-T-T-GA--C-GCAT-TG--C-GGCC-TG-----T
gi|37115                      : AAATT-GA-AAAATATT--AT--A----T-A--T-T-GTCTGAGACATC---AATT-TGT-AAAGATG--A-AAA--A-CA------T-A-CTT---G-AGA-TTAGGA-T---GCA-A-T--TGGTCC-T-C-GA--C-GCA--TG--CTG--C-TT-----TA------TTT-C-G----AAAGG--AAAACC-AC--CTTG-AATT--T--T--G--TGGA-----C-A---TT-----TC--A-TT----GA-AAA
gi|37116                      : AAAAT-GA-AAA-TAAT--AT--A----T-----------------------A--T-TAT-------G--T-AA-------------T-A-CT---------------A-T---G-T-A-T--------------------CA--TA--C-G--C-TG-----TA-TG-T-TTT-CTG----AAATG--AAACCC-AC--C-TG-AA-T--T--T--G--TGGA-----T-A-T-TT-----TC--A-TT----GA-AAATG
gi|37117                      :  AAAT-GA-AAA-TAACGAAT--A----T-A--T-T-GTGT-----ATC---A--T-TA--AA-GATA--A-AAA--A-CA------T-A-CTT---G-A-A-T----AGT---G-A-A-T--TTG--C-T-C-GA--C-GCA--TG----G--C-TG-----TA-T----TTT-CTG----AAAAG--GAAACC-AC--C-TG-AA-T--T--T--G--TGGA-----T-A-T-TT-----TC--A--T----GA-AAATG
gi|37118                      :  AAAT-GA-AAA-TAAG--AT--A----TTA--T-T-GTGT-----ATC---A--T-TAA-AA-GATA--A-AAA--A-CA------T-A-CTT---G-A-ATT----A-T---G-A-A-T--TTG--C-T-C-GA----GCA--TG--C-G--CTTG-----TA-T--T-TTT-CTGA---AAAAG--GAAACC-AC--C-TG-AA-T--T--T--G--TGGA-----TAA-T-TT-----TC--A--T----GA-AAATG
gi|37119                      :  AAAT-GA-AAA-TAAT--TT--A----T----T-T-GTGT-----ATC---A--T-TAT-AA-GAGG--A-AAA--A-TA------T-A-CTT---G---A-T----A-T---T-A-A-T--TTG--C-T-C-GA--C-GCAT-TGC-C-G--C-TG-----TA-TGTT-TTT-CTG----AAAGGA-AAAACT-AT--C-TGAAA-T--T--T--G--AGG------T-A-TATT-----TCAAA-TT----GA-AA
gi|37120                      :  AATT-GG-AAA-TA-T--AT--C----T-A--T-TCGTGT-----AAT---A--T-TAT-AA-GA-G--ATAAA--A-CA------T-A-CTT---G-A-A-T----A-----A-A-G-TCATTG--C-T-G-AA--CAGCAAGTGGCT-G--C-TG-----TA-TGAT-TTT-TTG----AAAGGGAAAAACT-AC--C-TG-AA-T--T--TTGA--GGGA-----T-A-T-ATGTGCATT--A-TT----GA-AAATG
gi|37121                      :   AAT-GA-AAA-TAA---AT--A----T----C-T-GTGT-----ATC---A--T-AA--AA-GATG--A-AAA----CA------T-A-TTT---GTA-A-T----AAT---G-A-A-T--T-G--C-T---GA--C-GCA--TG--C-G--C-TG-----TA-TG---TTT-CTG----AAGG-----ATCC-A---C-TG-AA-T--T--T--G--TG-------T-A-T-TT-----TC--ATTT----GA-AAAT
gi|37122                      :                                                      --T-TAG-AA-GA----A-AAA--A-CA------T-A-CTTCTGA-A-A-T----A-T---G-A-ATT--TTG--C-T---GA--C-GCA--TG--C----C-CGCAAAATA-TG-T-TCC-CTGCCACAACCG--AAAACC-ACG-T-TG-AA-T--T--T--C--CAGGCCCACT-A---TT-----TC--A--T----GA-AAATG
gi|37123                      :                                         aagataagatcgccatttgtctgatctagtaatAA--C-CA------T-A-TCT---G-A-A-T----A-T---G-A-A-T--TTG--C-T-T-GA--C-ACA--TG--C-G--C-TG-----TA-TG-T-TTT-CTG----AAAGG--AAATCC-AC--A-TA-AA-T--T--C--G--CAGA-----T-A-T-TT-----TT--A-TT----GA-AAATG
gi|37124                      :                                                                            --A-CA------G-A-CTT---G-A-A-T----A-T---G-A-A-T--TTG--C-T-C-GA--C-GCA--TA--T-G--C-TG-----TT-TG-T-TTT-CT
gi|37125                      :                                                                                  ------T-A-CTT---G-A-A-T----A-T---G-A-A-T--TTG--C-T-C-GA--C-GCA--TG--C-A--G-TG-----TA-TA-T-
gi|37126                      :                                                                                                       -T----A-T---G-A-G-T--TTG--C-T-C-GA--T-GCA--TG--C-G--C-TA-----TA-TG-T-TTT-CTT----AAAGG--AAAACC-AC--C-TG-AA-C--T--G--G--AGGA-----T-A---TT-----TC--A-TT----GA-AAATG
gi|37127                      :                                                                                                                                    -C-GA--C-ACA--TG--C-G--C-TG-----TA-TG-T-TTT-CTG----AAAGG--AGAGCC-AC--C-TG-AA-T--C--G--G--TGGA-----
gi|37128                      :                                                                                                                                               A--TT--C-G--C-TT-----TAATG-T-TTT-CTG----AAAGG--AAAACC-AC--C-TG-AA-T--TG-T--G--AGA--------A-T-TT-----TC--A-TT----GATAAAT
gi|37129                      :                                                                                                                                                    --C-G--C-TT-----TAATG-T-TTT-CTG----AAAGG--AAAACC-AC--C-TG-AA-T--TG-T--G--AGA--------A-T-TT-----TC--A-TT----GATAAAT
gi|37130                      :                                                                                                                                                    --C-G--C-TT-----TAATG-T-TTT-CTG----AAAGG--AAAACC-AC--C-TG-AA-T--TG-T--G--AGA--------A-T-TT-----TC--A-TT----GATAAAT
gi|37131                      :                                                                                                                                                                     A-TG-T-TTT-TTG----AAAGG--AAAACC-AC--C-TG-AT-T--T--T--T--TGGA-----T-A-T-TT-----TC--A-TT----GA-AAAT

lowQualScore                  :      1  1   2   555  33 2222 1 11 1 1    99999   222 11 1   1  1     1   11 555555  1 22 1   333 1 1 1 3333 3 222 3 1 3 11   11 2 1 1  33 1   33  33 2 11 1  33333  3  2 1 1  1   3333     55      1  33 1  2  1 11 44 11 222   33333 1 2 1  22222  11 1  2222  3     
lowQualScore                  :      .  .   .   ...  .. .... . .. . .    .....   ... .. .   .  .     .   .. ......  . .. .   ... . . . .... . ... . . . ..   .. . . .  .. .   ..  .. . .. .  .....  .  . . .  .   ....     ..      .  .. .  .  . .. .. .. ...   ..... . . .  .....  .. .  ....  .     
lowQualScore                  :      3  3   7   555  22 8888 3 88 3 3    22222   333 88 3   3  3     3   77 999999  2 88 2   222 2 2 1 6666 4 000 4 1 4 66   66 3 1 1  88 1   66  55 1 44 0  66666  1  1 0 1  1   4444     88      1  66 1  2  1 55 77 55 555   88888 1 2 1  88888  55 1  4444  4     
consensus                     : AAAAT-GA-AAA-TAAN--AT--A----T-A--T-T-GTGT-----ATC---A--T-TAT-AA-GATGA-AAA--A------CA-T--A-CTT---G-A-A-T----A-T---G-A-A-T--TTG--C-T-C-GA--C-GCA--TG--C-G--C-TG-----TA-TG-T-T-TT-CTG----AAAGG--AAAACC-AC--C-TG-AA-T--T--T--G--NGGA-----T-A-T-TT-----TC--A-TT----GA-AAATG
Reference ( family-511 )      : AAAAT-GA-AAA-TAAN--AT--A----T-A--T-T-GTGT-----ATC---A--T-TAT-AA-GATGA-AAA--A------CA-T--A-CTT---G-A-A-T----A-T---G-A-A-T--TTG--C-T-C-GA--C-GCA--TG--C-G--C-TG-----TA-TG-T-T-TT-CTG----AAAGG--AAAACC-AC--C-TG-AA-T--T--T--G--NGGA-----T-A-T-TT-----TC--A-TT----GA-AAATG
gi|37092                      : AAAAT-GA-AAA-TAAG--AT--A----T-A--T-T-GTGT-----ATC---A--T-TAT-AA-GATGA-AAA--A------CA-T--A-CTT---G-A-A-T----A-T---G-A-A-T--TTG--C-T-CAGA--C-GCA--TG--C-G--C-TG-----TA-TG-T-T-TT-C-G----ATAGG--AAAACC-AC--C-CG-AA-T--T--T--G--CAGA-----T-A-T-TT-----TC--A-TT----GA-AAATG
gi|37093                      : AAAAT-GA-TAA-TAAT--AT--A----T-A--T-T-GTGT-----GTC---A--T-TAT-AA-GATGA-AAA--A------CA-T--A-CTT---G-A-A-T----A-T---A-A-A-T--TTG--T-T-C-GA--C-GCA--TG--C-G--C-TG-----TA-TG-T-T-TT-CTG----AAAGG--AAAACC-AC--C-TA-AA-T--T--T--G--AGGA-----T-A-T-TT-----TC--A-TT----GA-AAATG
gi|37094                      : AAAAT-AA-AAA-TAAC--AT--A----T-A--T-T-GTGT-----ATC---A--T-TAT-AA-GATGA-AAA--A------TA-T--A-CTT---G-A-A-T----A-T---G-A-A-T--CTG--C-T-C-GA--C-ACA--TG--C-G--C-TG-----TA-TG-T-T-TT-CTG----AAAGG--AAAACC-AC--C-TG-AA-T--G--T--G--TGGA-----T-A-T-TT-----TA--A-TT----GA-AAAT
gi|37095                      : AAAAT-GA-AAA-TAAT--AT--A----T-A--T-T-GGGT-----ATC---A--T-TAT-AA-GATGA-AAA--A------CA-T--G-CTT---G-A-A-T----A-T---G-A-A-T--TTG--C-C-C-GA--C-GCA--TG--C-G--C-TG--------TG-T-T-TT-CTG----AAAGG--AAAACC-AC--T-TG-AA-C--T--T--G--TGGA-----T-A-T-TT-----TC--A-TT----GA-AAATG
gi|37096                      : AAAAT-GG-AAA-TACT--AT--A----T-A--T-T-GTGT-----ATC---A--T-TAA-AC-GATTA-AAA--A------CA-T--A-CTT---G-A-A-T----A-T---A-A-A-T--TTG--C-T-C-GA--C-GCA--TG--C-G--C-TG-----TA-TG-G-T-TT-CAG----AAAAG--AAAACC-AT--C-TG-AA-T--T--T--G--TAGA-----T-A-T-TT-----TC--A-TT----GA-AAATG
gi|37097                      : AAAAT-GA-AAA-TAAT--AT--A----T-G--T-T-GGGT-----ATT---A--T-TAT-AA-GATGA-AAA--A------CA-T--A-CTT---G-A-A-T----A-T---G-A-A-T--TTG--C-T-C-GA--C-GCA--TG--C-G--C-TG-----TA-TG-T-T-TT-CTG----AAAGG--AAAATA-AC--C-TG-AA-T--T--T--G--TGGA-----T-A-T-TT-----TC--A-T
gi|37098                      : AAAAC-AA-AAA-TATT--AT--A----T-A--T-T-ATGT-----TTC---A--T-TAT-AA-GATGA-AAA--G------CA-T--A-CTT---G-A-A-T----A-T---G-A-A-T--TTG--C-T-A-GA--C-GCA--TG--C-G--C-TG-----CA-TG-T-T-TT-CTG----AAAGG--AAAACC-AC--C-TG-AA-T--T--T--G--AAGA-----T-A-T-TT-----TC--A-TT----AA-AAATG
gi|37099                      : AAAAT-GA-AAA-TAAG--AT--A----T-A--T-T-GTGTTT---ATC---A--T-TAT-A--GATAA-AAAAAA------CA-T--A-CTT---G-A-A-T----A-T---G-A-A----TTG--C-T-C-GAC-C-GCA--TG--C-G--C-TG-----TA-TG-T-T-TT-CTG----AAAGGA-AAAACC-AC--C-TG-AA-T--T--T--G--TGGA-----T-A-T-TT-----TC--A-TT----GA-AAA
gi|37100                      : AAAATTGA-AAA-TAAG--AT--A----T-A--G-T-GTTA-----ATC---A--T-TAT-AA-GATGA-AAA--A------CA-T--A-CTT---G-A-A-T----AAT---G-A-A-T--TTG--C-TTC-GAG-C-ACA--TG--C-G--C-TG-----TA-TG-T-T-TT-CTA----AAAGG--AAAACC-AC--C-TG-AA-T--T--T--G--TGGA-----T-A-T-TT-----TC--A-TT----GA-AAA
gi|37101                      : AAAAT-GA-AAA-TAAT--AA--A----T-A--T-T-GTGT-----GTC---A--T-TAT-AA-GATGA-AAA--A------CA-T--A-CTT---G-A-A-T----A-T---A-A-A-T--TTG--C-T-T-GA--C-GCA--TG--T-G--C-TG-----TA-TG-T-T-TT-CTT----AAAGG--AAAACC-AC--C-AA-AA-T--T--T--G--AGGA-----T-A-T-TT-----TC--C-TT----CA-AAATG
gi|37102                      : AAAAT-GA-AAA-TAAT--AT--A----T-A--T-T-GTGT-----ATC---A--T-TAT-AA-GATGA-AAA--AAACATACA-TGTA-CTT---G-A-A-T------T---G-A-A-T--TTG--C-T-C-GAACC-GCA--TG--CCG--T-TG-----TA-TG-T-T-TT-CTG----AAAGG--AAAACC-AC--C-TGAAA-T--T--T--G--GGGA-----T-A---TT-----TC--A-TT----GA-AAATG
gi|37103                      : AAAAT-GA-AAA-TGAT--ATT-A----T-A--G-T-G-GT-----ATC---A--T-T-T-AA-GATGA-AAA--A------CA-T--A-CCTA--G-A-A-T----A-T---G-A-AAT--TTG--CCT-C-GA--C-GCA--TG--C-G--C-TGA----TA-TG-T-T-TT-CTG----GAAAT--GAAACC-AT--C-TG-AA-T--T--------CGGG-----T-A-T-TT-----TC--A-TT----GA-AAATG
gi|37104                      : AAAAT-GA-AAAATAAG--AT-------T-A--T-T-GTGTG----ATC---C--A-TAA-AA-GATAA-AAA--A------CA-T--A-CTT---G-A---T----A-T---GGA-A-T--TTG--C-T-T-GA--C-GCA--TG--C-G--C-TG-----TA-TG-T-T-TTGCTG----AAAGG--AAA--C-ACA-T-TG-AA-T--T--T--GTAGGAA-----T-A-T-TT-----TC--A-TT----GA-AAATG
gi|37105                      : AAAAT-GA-AAA-TAAG--AT--A----T-A--T-T-ATGT--------------T-TAT-A--GATGA-AAA--A------CA-T--AACTT---A-A-A-T----A-T---G-A-AAT--TTG--C-T-T-GA--C-GCA--TG--C-G--C-TG-----TA-TG-T-T-TT-CTG----AAAGGA-AAAACC-AC--C-TG--A-T--T--T--G--AGGA-----T-A---TT-----TC--A-TT----TG-AAAT
gi|37106                      : AAAAT-GA-AAA-TAAG--AT--A----T-A--T-T-GTGT-----ATA---A--T-TATAAA-GATAA-AAA--A------CA-T----CTT---G-A-A-T----A-T---GAA-A-T--TTG--CAT-C-GA--C-GC---TG--C-G--C-TG-----TA-TA-T-A-TG-CTG----AAAGG--AAAACCAAC--T-TG-AA-TGATTGT--G--TGGA-----T-ATT-TT-----TC--A-TT----GA-AAA
gi|37107                      : AAAAT-GA-AAA-TAAT--AT--G----C-A--T-T-GAGC-----ATC---A--T-TGT-AA-GATAA-CAA--A------CA-T--A-CTT---C-A-A-T----A-T---G-A-A-T--TTG--C-G-T-GA--C-GAA--TG--C-G--T-TG-----TA-TG-T-T-TG-CTG----AAAGG--AAAACC-AC--C-TT-AA-T--T--T--G--CAAA-----T-A-T-CT-----GC--A-TT----GC-AAATG
gi|37108                      : AAAAT-GA-AAA-AAAC--ATTTAGGCCT-A--T-T-GGGC-----ATC---A--T-TTT-AA-GATAA-AAA--A------CA-C--A-CTA---G-A-A-T----A-T---G-A-A-T--TTT--C-G-T-GA--C-GCA--TG--C-A--T-TG-----TG-TG-T-T-TT-CTG----AAAAG--AAAATC-AC--C-TG-AA-T--T--T--G--AGGA-----T-A-T-TT-----TC--A-TT----GA-AAAT
gi|37109                      : AAAAT-GA-AA--TAATT-AT--A----T-A--TGT-GTAT-----ATT---A--T--AT-AA-G-TGA-AAA---------CA-T--A-CTT---G-A-G-T------T---G-A-A-T--TTG--C-T-C-GA--C-GCA--TG--C-G--C-TG-----TG-TG-A-T-TT-CTG----AAAGA--AA---C-AC--C-TG-AA-T--T--T--G--GAGA-----T-A-T-TT-----TC--A-TT----GA-AAATG
gi|37110                      : AAAAT-GACAAA-TAAT--AT--A----T-A--T-G-ATGTT----ATC---A--TCTAT-GA--ATGA-AAA--AG-----CA-T--A-CTT---G-A-A-T----A-TATCG-A-A-T--TTG--C---C-GA--C-GCC--TAT-C-G--C-TG------A-TG-T-T-TT-CTG----AAAGG--AAAACC-AC--C-TG-AA-T--T--T--G--AGGA-----T-ATT-TT-----TC--A-TT----GA-AAATG
gi|37111                      : AAAAT--A-AAA-TAAG--AT--A----T-G--T---GT-T-----ATC---A--T-T-T-AA-GATGA-AAA--AA-----CAAT--A-CT------G-A-T----A-T---G-ATA-T--TTG--C-T-C-GA--C-GCA--TG--C-G--C-TG-----TA-TG-T-T-TT-CCG----AAAGGA-AAAACC-ACCTC-TA-AA-T--T--T--G--TGGA-------A-T-TT-----TC--A-TT----TA-AAA
gi|37112                      : AAAAT-GA-AAA-TAAA--AT--A----T----T-T-GTGT-----ATCCATA--T-AAT-AA-GAT---AAA--A------CA-TC-A-CTG---A-G-A-TC---A-T-----A-A-T--ATG--C-T-C-GA--C-GCA--TG--C-G--C-CT-----TA--A-TAT-TC-CTG----AAAAG--AAAACC-AC--C-TG-AA-T--T--T--T--GGGA-----T-A-T-TT-----T---A--T----GA-AAATG
gi|37113                      : AAATT-GA-AAA-TAAG--A---A----T-AATT-T-GTGTG----ATC---A--T-TAT-AG-TAT-A-CAA--A------C--T--A-CTT---G-A---T----A-T---G-A------TTG--C-T-C-GA--C-GCA--TG--C-A--G-TG-----TA-TG-A-TAGT-CAA----AAAGG--AA--CC-AC--C-TG-AA-T--T--T--G--TGGAT----T-A-T-TT-----T---A-TTCTTCGA-AAATG
gi|37114                      : AAAAT-GA-AAG-TAAA--AT--A----T-A--G-T-GTGT-----AT-------T-TAT-AA-GATGA-AAT--A------CA-T--A-CAT---G-A-A-T----A-T---G-A-A-T--TTG--C-T-T-GA--C-GCAT-TG--C-GGCC-TG-----T
gi|37115                      : AAATT-GA-AAAATATT--AT--A----T-A--T-T-GTCTGAGACATC---AATT-TGT-AAAGATGA-AAA--A------CA-T--A-CTT---G-AGA-TTAGGA-T---GCA-A-T--TGGTCC-T-C-GA--C-GCA--TG--CTG--C-TT-----TA------T-TT-C-G----AAAGG--AAAACC-AC--CTTG-AATT--T--T--G--TGGA-----C-A---TT-----TC--A-TT----GA-AAA
gi|37116                      : AAAAT-GA-AAA-TAAT--AT--A----T-----------------------A--T-TAT-------GT-AA-------------T--A-CT---------------A-T---G-T-A-T--------------------CA--TA--C-G--C-TG-----TA-TG-T-T-TT-CTG----AAATG--AAACCC-AC--C-TG-AA-T--T--T--G--TGGA-----T-A-T-TT-----TC--A-TT----GA-AAATG
gi|37117                      :  AAAT-GA-AAA-TAACGAAT--A----T-A--T-T-GTGT-----ATC---A--T-TA--AA-GATAA-AAA--A------CA-T--A-CTT---G-A-A-T----AGT---G-A-A-T--TTG--C-T-C-GA--C-GCA--TG----G--C-TG-----TA-T----T-TT-CTG----AAAAG--GAAACC-AC--C-TG-AA-T--T--T--G--TGGA-----T-A-T-TT-----TC--A--T----GA-AAATG
gi|37118                      :  AAAT-GA-AAA-TAAG--AT--A----TTA--T-T-GTGT-----ATC---A--T-TAA-AA-GATAA-AAA--A------CA-T--A-CTT---G-A-ATT----A-T---G-A-A-T--TTG--C-T-C-GA----GCA--TG--C-G--CTTG-----TA-T--T-T-TT-CTGA---AAAAG--GAAACC-AC--C-TG-AA-T--T--T--G--TGGA-----TAA-T-TT-----TC--A--T----GA-AAATG
gi|37119                      :  AAAT-GA-AAA-TAAT--TT--A----T----T-T-GTGT-----ATC---A--T-TAT-AA-GAGGA-AAA--A------TA-T--A-CTT---G---A-T----A-T---T-A-A-T--TTG--C-T-C-GA--C-GCAT-TGC-C-G--C-TG-----TA-TGTT-T-TT-CTG----AAAGGA-AAAACT-AT--C-TGAAA-T--T--T--G--AGG------T-A-TATT-----TCAAA-TT----GA-AA
gi|37120                      :  AATT-GG-AAA-TA-T--AT--C----T-A--T-TCGTGT-----AAT---A--T-TAT-AA-GA-GATAAA--A------CA-T--A-CTT---G-A-A-T----A-----A-A-G-TCATTG--C-T-G-AA--CAGCAAGTGGCT-G--C-TG-----TA-TGAT-T-TT-TTG----AAAGGGAAAAACT-AC--C-TG-AA-T--T--TTGA--GGGA-----T-A-T-ATGTGCATT--A-TT----GA-AAATG
gi|37121                      :   AAT-GA-AAA-TAA---AT--A----T----C-T-GTGT-----ATC---A--T-AA--AA-GATGA-AAA---------CA-T--A-TTT---GTA-A-T----AAT---G-A-A-T--T-G--C-T---GA--C-GCA--TG--C-G--C-TG-----TA-TG---T-TT-CTG----AAGG-----ATCC-A---C-TG-AA-T--T--T--G--TG-------T-A-T-TT-----TC--ATTT----GA-AAAT
gi|37122                      :                                                      --T-TAG-AA-GA--A-AAA--A------CA-T--A-CTTCTGA-A-A-T----A-T---G-A-ATT--TTG--C-T---GA--C-GCA--TG--C----C-CGCAAAATA-TG-T-T-CC-CTGCCACAACCG--AAAACC-ACG-T-TG-AA-T--T--T--C--CAGGCCCACT-A---TT-----TC--A--T----GA-AAATG
gi|37123                      :                                       aagataagatcgccatttgtctgatctagtaatAA--C------CA-T--A-TCT---G-A-A-T----A-T---G-A-A-T--TTG--C-T-T-GA--C-ACA--TG--C-G--C-TG-----TA-TG-T-T-TT-CTG----AAAGG--AAATCC-AC--A-TA-AA-T--T--C--G--CAGA-----T-A-T-TT-----TT--A-TT----GA-AAATG
gi|37124                      :                                                                          --A------CA-G--A-CTT---G-A-A-T----A-T---G-A-A-T--TTG--C-T-C-GA--C-GCA--TA--T-G--C-TG-----TT-TG-T-T-TT-CT
gi|37125                      :                                                                                     -T--A-CTT---G-A-A-T----A-T---G-A-A-T--TTG--C-T-C-GA--C-GCA--TG--C-A--G-TG-----TA-TA-T-
gi|37126                      :                                                                                                      -T----A-T---G-A-G-T--TTG--C-T-C-GA--T-GCA--TG--C-G--C-TA-----TA-TG-T-T-TT-CTT----AAAGG--AAAACC-AC--C-TG-AA-C--T--G--G--AGGA-----T-A---TT-----TC--A-TT----GA-AAATG
gi|37127                      :                                                                                                                                   -C-GA--C-ACA--TG--C-G--C-TG-----TA-TG-T-T-TT-CTG----AAAGG--AGAGCC-AC--C-TG-AA-T--C--G--G--TGGA-----
gi|37128                      :                                                                                                                                              A--TT--C-G--C-TT-----TAATG-T-T-TT-CTG----AAAGG--AAAACC-AC--C-TG-AA-T--TG-T--G--AGA--------A-T-TT-----TC--A-TT----GATAAAT
gi|37129                      :                                                                                                                                                   --C-G--C-TT-----TAATG-T-T-TT-CTG----AAAGG--AAAACC-AC--C-TG-AA-T--TG-T--G--AGA--------A-T-TT-----TC--A-TT----GATAAAT
gi|37130                      :                                                                                                                                                   --C-G--C-TT-----TAATG-T-T-TT-CTG----AAAGG--AAAACC-AC--C-TG-AA-T--TG-T--G--AGA--------A-T-TT-----TC--A-TT----GATAAAT
gi|37131                      :                                                                                                                                                                    A-TG-T-T-TT-TTG----AAAGG--AAAACC-AC--C-TG-AT-T--T--T--T--TGGA-----T-A-T-TT-----TC--A-TT----GA-AAAT

lowQualScore                  :      1  1   2   555  33 2222 1 11 1 1    99999   222 11 1   1  1     1   11 555555  1 22 1   333 1 1 1 3333 3 222 3 1 3 11   11 2 1 1  33 1   33  33 2 11 1  33333  3  2 1 1  1   3333     55      1  33 1  2  1 11 44 11 222   33333 1 2 1  22222  11 1  2222  3     
lowQualScore                  :      .  .   .   ...  .. .... . .. . .    .....   ... .. .   .  .     .   .. ......  . .. .   ... . . . .... . ... . . . ..   .. . . .  .. .   ..  .. . .. .  .....  .  . . .  .   ....     ..      .  .. .  .  . .. .. .. ...   ..... . . .  .....  .. .  ....  .     
lowQualScore                  :      3  3   7   555  22 8888 3 88 3 3    22222   333 88 3   3  3     3   77 999999  2 88 2   222 2 2 1 6666 4 000 4 1 4 66   66 3 1 1  88 1   66  55 1 44 0  66666  1  1 0 1  1   4444     88      1  66 1  2  1 55 77 55 555   88888 1 2 1  88888  55 1  4444  4     
consensus                     : AAAAT-GA-AAA-TAAN--AT--A----T-A--T-T-GTGT-----ATC---A--T-TAT-AA-GATGA-AAA--A------CA-T--A-CTT---G-A-A-T----A-T---G-A-A-T--TTG--C-T-C-GA--C-GCA--TG--C-G--C-TG-----TA-TG-T-T-TT-CTG----AAAGG--AAAACC-AC--C-TG-AA-T--T--T--G--NGGA-----T-A-T-TT-----TC--A-TT----GA-AAATG
Reference ( family-511 )      : AAAAT-GA-AAA-TAAN--AT--A----T-A--T-T-GTGT-----ATC---A--T-TAT-AA-GATGA-AAA--A------CA-T--A-CTT---G-A-A-T----A-T---G-A-A-T--TTG--C-T-C-GA--C-GCA--TG--C-G--C-TG-----TA-TG-T-T-TT-CTG----AAAGG--AAAACC-AC--C-TG-AA-T--T--T--G--NGGA-----T-A-T-TT-----TC--A-TT----GA-AAATG
gi|37092                      : AAAAT-GA-AAA-TAAG--AT--A----T-A--T-T-GTGT-----ATC---A--T-TAT-AA-GATGA-AAA--A------CA-T--A-CTT---G-A-A-T----A-T---G-A-A-T--TTG--C-T-CAGA--C-GCA--TG--C-G--C-TG-----TA-TG-T-T-TT-C-G----ATAGG--AAAACC-AC--C-CG-AA-T--T--T--G--CAGA-----T-A-T-TT-----TC--A-TT----GA-AAATG
gi|37093                      : AAAAT-GA-TAA-TAAT--AT--A----T-A--T-T-GTGT-----GTC---A--T-TAT-AA-GATGA-AAA--A------CA-T--A-CTT---G-A-A-T----A-T---A-A-A-T--TTG--T-T-C-GA--C-GCA--TG--C-G--C-TG-----TA-TG-T-T-TT-CTG----AAAGG--AAAACC-AC--C-TA-AA-T--T--T--G--AGGA-----T-A-T-TT-----TC--A-TT----GA-AAATG
gi|37094                      : AAAAT-AA-AAA-TAAC--AT--A----T-A--T-T-GTGT-----ATC---A--T-TAT-AA-GATGA-AAA--A------TA-T--A-CTT---G-A-A-T----A-T---G-A-A-T--CTG--C-T-C-GA--C-ACA--TG--C-G--C-TG-----TA-TG-T-T-TT-CTG----AAAGG--AAAACC-AC--C-TG-AA-T--G--T--G--TGGA-----T-A-T-TT-----TA--A-TT----GA-AAAT
gi|37095                      : AAAAT-GA-AAA-TAAT--AT--A----T-A--T-T-GGGT-----ATC---A--T-TAT-AA-GATGA-AAA--A------CA-T--G-CTT---G-A-A-T----A-T---G-A-A-T--TTG--C-C-C-GA--C-GCA--TG--C-G--C-TG--------TG-T-T-TT-CTG----AAAGG--AAAACC-AC--T-TG-AA-C--T--T--G--TGGA-----T-A-T-TT-----TC--A-TT----GA-AAATG
gi|37096                      : AAAAT-GG-AAA-TACT--AT--A----T-A--T-T-GTGT-----ATC---A--T-TAA-AC-GATTA-AAA--A------CA-T--A-CTT---G-A-A-T----A-T---A-A-A-T--TTG--C-T-C-GA--C-GCA--TG--C-G--C-TG-----TA-TG-G-T-TT-CAG----AAAAG--AAAACC-AT--C-TG-AA-T--T--T--G--TAGA-----T-A-T-TT-----TC--A-TT----GA-AAATG
gi|37097                      : AAAAT-GA-AAA-TAAT--AT--A----T-G--T-T-GGGT-----ATT---A--T-TAT-AA-GATGA-AAA--A------CA-T--A-CTT---G-A-A-T----A-T---G-A-A-T--TTG--C-T-C-GA--C-GCA--TG--C-G--C-TG-----TA-TG-T-T-TT-CTG----AAAGG--AAAATA-AC--C-TG-AA-T--T--T--G--TGGA-----T-A-T-TT-----TC--A-T
gi|37098                      : AAAAC-AA-AAA-TATT--AT--A----T-A--T-T-ATGT-----TTC---A--T-TAT-AA-GATGA-AAA--G------CA-T--A-CTT---G-A-A-T----A-T---G-A-A-T--TTG--C-T-A-GA--C-GCA--TG--C-G--C-TG-----CA-TG-T-T-TT-CTG----AAAGG--AAAACC-AC--C-TG-AA-T--T--T--G--AAGA-----T-A-T-TT-----TC--A-TT----AA-AAATG
gi|37099                      : AAAAT-GA-AAA-TAAG--AT--A----T-A--T-T-GTGTTT---ATC---A--T-TAT-A--GATAA-AAAAAA------CA-T--A-CTT---G-A-A-T----A-T---G-A-A----TTG--C-T-C-GAC-C-GCA--TG--C-G--C-TG-----TA-TG-T-T-TT-CTG----AAAGGA-AAAACC-AC--C-TG-AA-T--T--T--G--TGGA-----T-A-T-TT-----TC--A-TT----GA-AAA
gi|37100                      : AAAATTGA-AAA-TAAG--AT--A----T-A--G-T-GTTA-----ATC---A--T-TAT-AA-GATGA-AAA--A------CA-T--A-CTT---G-A-A-T----AAT---G-A-A-T--TTG--C-TTC-GAG-C-ACA--TG--C-G--C-TG-----TA-TG-T-T-TT-CTA----AAAGG--AAAACC-AC--C-TG-AA-T--T--T--G--TGGA-----T-A-T-TT-----TC--A-TT----GA-AAA
gi|37101                      : AAAAT-GA-AAA-TAAT--AA--A----T-A--T-T-GTGT-----GTC---A--T-TAT-AA-GATGA-AAA--A------CA-T--A-CTT---G-A-A-T----A-T---A-A-A-T--TTG--C-T-T-GA--C-GCA--TG--T-G--C-TG-----TA-TG-T-T-TT-CTT----AAAGG--AAAACC-AC--C-AA-AA-T--T--T--G--AGGA-----T-A-T-TT-----TC--C-TT----CA-AAATG
gi|37102                      : AAAAT-GA-AAA-TAAT--AT--A----T-A--T-T-GTGT-----ATC---A--T-TAT-AA-GATGA-AAA--AAACATACA-TGTA-CTT---G-A-A-T------T---G-A-A-T--TTG--C-T-C-GAACC-GCA--TG--CCG--T-TG-----TA-TG-T-T-TT-CTG----AAAGG--AAAACC-AC--C-TGAAA-T--T--T--G--GGGA-----T-A---TT-----TC--A-TT----GA-AAATG
gi|37103                      : AAAAT-GA-AAA-TGAT--ATT-A----T-A--G-T-G-GT-----ATC---A--T-T-T-AA-GATGA-AAA--A------CA-T--A-CCTA--G-A-A-T----A-T---G-A-AAT--TTG--CCT-C-GA--C-GCA--TG--C-G--C-TGA----TA-TG-T-T-TT-CTG----GAAAT--GAAACC-AT--C-TG-AA-T--T--------CGGG-----T-A-T-TT-----TC--A-TT----GA-AAATG
gi|37104                      : AAAAT-GA-AAAATAAG--AT-------T-A--T-T-GTGTG----ATC---C--A-TAA-AA-GATAA-AAA--A------CA-T--A-CTT---G-A---T----A-T---GGA-A-T--TTG--C-T-T-GA--C-GCA--TG--C-G--C-TG-----TA-TG-T-T-TTGCTG----AAAGG--AAA--C-ACA-T-TG-AA-T--T--T--GTAGGAA-----T-A-T-TT-----TC--A-TT----GA-AAATG
gi|37105                      : AAAAT-GA-AAA-TAAG--AT--A----T-A--T-T-ATGT--------------T-TAT-A--GATGA-AAA--A------CA-T--AACTT---A-A-A-T----A-T---G-A-AAT--TTG--C-T-T-GA--C-GCA--TG--C-G--C-TG-----TA-TG-T-T-TT-CTG----AAAGGA-AAAACC-AC--C-TG--A-T--T--T--G--AGGA-----T-A---TT-----TC--A-TT----TG-AAAT
gi|37106                      : AAAAT-GA-AAA-TAAG--AT--A----T-A--T-T-GTGT-----ATA---A--T-TATAAA-GATAA-AAA--A------CA-T----CTT---G-A-A-T----A-T---GAA-A-T--TTG--CAT-C-GA--C-GC---TG--C-G--C-TG-----TA-TA-T-A-TG-CTG----AAAGG--AAAACCAAC--T-TG-AA-TGATTGT--G--TGGA-----T-ATT-TT-----TC--A-TT----GA-AAA
gi|37107                      : AAAAT-GA-AAA-TAAT--AT--G----C-A--T-T-GAGC-----ATC---A--T-TGT-AA-GATAA-CAA--A------CA-T--A-CTT---C-A-A-T----A-T---G-A-A-T--TTG--C-G-T-GA--C-GAA--TG--C-G--T-TG-----TA-TG-T-T-TG-CTG----AAAGG--AAAACC-AC--C-TT-AA-T--T--T--G--CAAA-----T-A-T-CT-----GC--A-TT----GC-AAATG
gi|37108                      : AAAAT-GA-AAA-AAAC--ATTTAGGCCT-A--T-T-GGGC-----ATC---A--T-TTT-AA-GATAA-AAA--A------CA-C--A-CTA---G-A-A-T----A-T---G-A-A-T--TTT--C-G-T-GA--C-GCA--TG--C-A--T-TG-----TG-TG-T-T-TT-CTG----AAAAG--AAAATC-AC--C-TG-AA-T--T--T--G--AGGA-----T-A-T-TT-----TC--A-TT----GA-AAAT
gi|37109                      : AAAAT-GA-AA--TAATT-AT--A----T-A--TGT-GTAT-----ATT---A--T--AT-AA-G-TGA-AAA---------CA-T--A-CTT---G-A-G-T------T---G-A-A-T--TTG--C-T-C-GA--C-GCA--TG--C-G--C-TG-----TG-TG-A-T-TT-CTG----AAAGA--AA---C-AC--C-TG-AA-T--T--T--G--GAGA-----T-A-T-TT-----TC--A-TT----GA-AAATG
gi|37110                      : AAAAT-GACAAA-TAAT--AT--A----T-A--T-G-ATGTT----ATC---A--TCTAT-GA--ATGA-AAA--AG-----CA-T--A-CTT---G-A-A-T----A-TATCG-A-A-T--TTG--C---C-GA--C-GCC--TAT-C-G--C-TG------A-TG-T-T-TT-CTG----AAAGG--AAAACC-AC--C-TG-AA-T--T--T--G--AGGA-----T-ATT-TT-----TC--A-TT----GA-AAATG
gi|37111                      : AAAAT--A-AAA-TAAG--AT--A----T-G--T---GT-T-----ATC---A--T-T-T-AA-GATGA-AAA--AA-----CAAT--A-CT------G-A-T----A-T---G-ATA-T--TTG--C-T-C-GA--C-GCA--TG--C-G--C-TG-----TA-TG-T-T-TT-CCG----AAAGGA-AAAACC-ACCTC-TA-AA-T--T--T--G--TGGA-------A-T-TT-----TC--A-TT----TA-AAA
gi|37112                      : AAAAT-GA-AAA-TAAA--AT--A----T----T-T-GTGT-----ATCCATA--T-AAT-AA-GAT---AAA--A------CA-TC-A-CTG---A-G-A-TC---A-T-----A-A-T--ATG--C-T-C-GA--C-GCA--TG--C-G--C-CT-----TA--A-TAT-TC-CTG----AAAAG--AAAACC-AC--C-TG-AA-T--T--T--T--GGGA-----T-A-T-TT-----T---A--T----GA-AAATG
gi|37113                      : AAATT-GA-AAA-TAAG--A---A----T-AATT-T-GTGTG----ATC---A--T-TAT-AG-TAT-A-CAA--A------C--T--A-CTT---G-A---T----A-T---G-A------TTG--C-T-C-GA--C-GCA--TG--C-A--G-TG-----TA-TG-A-TAGT-CAA----AAAGG--AA--CC-AC--C-TG-AA-T--T--T--G--TGGAT----T-A-T-TT-----T---A-TTCTTCGA-AAATG
gi|37114                      : AAAAT-GA-AAG-TAAA--AT--A----T-A--G-T-GTGT-----AT-------T-TAT-AA-GATGA-AAT--A------CA-T--A-CAT---G-A-A-T----A-T---G-A-A-T--TTG--C-T-T-GA--C-GCAT-TG--C-GGCC-TG-----T
gi|37115                      : AAATT-GA-AAAATATT--AT--A----T-A--T-T-GTCTGAGACATC---AATT-TGT-AAAGATGA-AAA--A------CA-T--A-CTT---G-AGA-TTAGGA-T---GCA-A-T--TGGTCC-T-C-GA--C-GCA--TG--CTG--C-TT-----TA------T-TT-C-G----AAAGG--AAAACC-AC--CTTG-AATT--T--T--G--TGGA-----C-A---TT-----TC--A-TT----GA-AAA
gi|37116                      : AAAAT-GA-AAA-TAAT--AT--A----T-----------------------A--T-TAT-------GT-AA-------------T--A-CT---------------A-T---G-T-A-T--------------------CA--TA--C-G--C-TG-----TA-TG-T-T-TT-CTG----AAATG--AAACCC-AC--C-TG-AA-T--T--T--G--TGGA-----T-A-T-TT-----TC--A-TT----GA-AAATG
gi|37117                      :  AAAT-GA-AAA-TAACGAAT--A----T-A--T-T-GTGT-----ATC---A--T-TA--AA-GATAA-AAA--A------CA-T--A-CTT---G-A-A-T----AGT---G-A-A-T--TTG--C-T-C-GA--C-GCA--TG----G--C-TG-----TA-T----T-TT-CTG----AAAAG--GAAACC-AC--C-TG-AA-T--T--T--G--TGGA-----T-A-T-TT-----TC--A--T----GA-AAATG
gi|37118                      :  AAAT-GA-AAA-TAAG--AT--A----TTA--T-T-GTGT-----ATC---A--T-TAA-AA-GATAA-AAA--A------CA-T--A-CTT---G-A-ATT----A-T---G-A-A-T--TTG--C-T-C-GA----GCA--TG--C-G--CTTG-----TA-T--T-T-TT-CTGA---AAAAG--GAAACC-AC--C-TG-AA-T--T--T--G--TGGA-----TAA-T-TT-----TC--A--T----GA-AAATG
gi|37119                      :  AAAT-GA-AAA-TAAT--TT--A----T----T-T-GTGT-----ATC---A--T-TAT-AA-GAGGA-AAA--A------TA-T--A-CTT---G---A-T----A-T---T-A-A-T--TTG--C-T-C-GA--C-GCAT-TGC-C-G--C-TG-----TA-TGTT-T-TT-CTG----AAAGGA-AAAACT-AT--C-TGAAA-T--T--T--G--AGG------T-A-TATT-----TCAAA-TT----GA-AA
gi|37120                      :  AATT-GG-AAA-TA-T--AT--C----T-A--T-TCGTGT-----AAT---A--T-TAT-AA-GA-GATAAA--A------CA-T--A-CTT---G-A-A-T----A-----A-A-G-TCATTG--C-T-G-AA--CAGCAAGTGGCT-G--C-TG-----TA-TGAT-T-TT-TTG----AAAGGGAAAAACT-AC--C-TG-AA-T--T--TTGA--GGGA-----T-A-T-ATGTGCATT--A-TT----GA-AAATG
gi|37121                      :   AAT-GA-AAA-TAA---AT--A----T----C-T-GTGT-----ATC---A--T-AA--AA-GATGA-AAA---------CA-T--A-TTT---GTA-A-T----AAT---G-A-A-T--T-G--C-T---GA--C-GCA--TG--C-G--C-TG-----TA-TG---T-TT-CTG----AAGG-----ATCC-A---C-TG-AA-T--T--T--G--TG-------T-A-T-TT-----TC--ATTT----GA-AAAT
gi|37122                      :                                                      --T-TAG-AA-GA--A-AAA--A------CA-T--A-CTTCTGA-A-A-T----A-T---G-A-ATT--TTG--C-T---GA--C-GCA--TG--C----C-CGCAAAATA-TG-T-T-CC-CTGCCACAACCG--AAAACC-ACG-T-TG-AA-T--T--T--C--CAGGCCCACT-A---TT-----TC--A--T----GA-AAATG
gi|37123                      :                                       aagataagatcgccatttgtctgatctagtaatAA--C------CA-T--A-TCT---G-A-A-T----A-T---G-A-A-T--TTG--C-T-T-GA--C-ACA--TG--C-G--C-TG-----TA-TG-T-T-TT-CTG----AAAGG--AAATCC-AC--A-TA-AA-T--T--C--G--CAGA-----T-A-T-TT-----TT--A-TT----GA-AAATG
gi|37124                      :                                                                          --A------CA-G--A-CTT---G-A-A-T----A-T---G-A-A-T--TTG--C-T-C-GA--C-GCA--TA--T-G--C-TG-----TT-TG-T-T-TT-CT
gi|37125                      :                                                                                     -T--A-CTT---G-A-A-T----A-T---G-A-A-T--TTG--C-T-C-GA--C-GCA--TG--C-A--G-TG-----TA-TA-T-
gi|37126                      :                                                                                                      -T----A-T---G-A-G-T--TTG--C-T-C-GA--T-GCA--TG--C-G--C-TA-----TA-TG-T-T-TT-CTT----AAAGG--AAAACC-AC--C-TG-AA-C--T--G--G--AGGA-----T-A---TT-----TC--A-TT----GA-AAATG
gi|37127                      :                                                                                                                                   -C-GA--C-ACA--TG--C-G--C-TG-----TA-TG-T-T-TT-CTG----AAAGG--AGAGCC-AC--C-TG-AA-T--C--G--G--TGGA-----
gi|37128                      :                                                                                                                                              A--TT--C-G--C-TT-----TAATG-T-T-TT-CTG----AAAGG--AAAACC-AC--C-TG-AA-T--TG-T--G--AGA--------A-T-TT-----TC--A-TT----GATAAAT
gi|37129                      :                                                                                                                                                   --C-G--C-TT-----TAATG-T-T-TT-CTG----AAAGG--AAAACC-AC--C-TG-AA-T--TG-T--G--AGA--------A-T-TT-----TC--A-TT----GATAAAT
gi|37130                      :                                                                                                                                                   --C-G--C-TT-----TAATG-T-T-TT-CTG----AAAGG--AAAACC-AC--C-TG-AA-T--TG-T--G--AGA--------A-T-TT-----TC--A-TT----GATAAAT
gi|37131                      :                                                                                                                                                                    A-TG-T-T-TT-TTG----AAAGG--AAAACC-AC--C-TG-AT-T--T--T--T--TGGA-----T-A-T-TT-----TC--A-TT----GA-AAAT


blockSeqs                     :      T  C   A   CGA  TT GGCC T AT G C    GAGAC   CAT AT C   A  A     T   AA AACATA  A GT A   CTG T G T TAGG A ATC G T A CA   TC C T .  AC A   AG  GC C GC T  CAAAA  A  T A A  G   CCAC     GA      A  CT T  A  T GA TG TG TAG   CCCAC A T A  GTGCA  AA T  CTTC  T
blockSeqs                     :      .  .   A   TT   T  .    . .  . .    TT      .   .  .   .  .     .   .  G       . C  .   A   . . . C    G .   A . A .    .  A . .  C  .   T   T  T .  .  A      A  A . .  .   A        A       .  A  .  A  . .  G  .  A     T     . T .  .      .  .  .     T
blockSeqs                     :      .  .   .   T    .  .    . .  . .    G       .   .  .   .  .     .   .  A       . .  .   .   . . . .    A .   C . T .    .  . . .  G  .   T   C  . .  .  .      A  . . .  .   .        A       .  G  .  .  . .  G  .  T     .     . . .  .      .  .  .     T
blockSeqs                     :      .  .   .   C    .  .    . .  . .    T       .   .  .   .  .     .   .  .       . .  .   .   . . . .    . .   . . . .    .  . . .  .  .   .   .  . .  .  .      .  . . .  .   .        A       .  .  .  .  . .  G  .  T     .     . . .  .      .  .  .     .
blockSeqs                     :      .  .   .   T    .  .    . .  . .    G       .   .  .   .  .     .   .  .       . .  .   .   . . . .    . .   . . . .    .  . . .  .  .   .   .  . .  .  .      .  . . .  .   .        A       .  .  .  .  . .  .  .  T     .     . . .  .      .  .  .     .
blockSeqs                     :      .  .   .   T    .  .    . .  . .    .       .   .  .   .  .     .   .  .       . .  .   .   . . . .    . .   . . . .    .  . . .  .  .   .   .  . .  .  .      .  . . .  .   .        .       .  .  .  .  . .  .  .  T     .     . . .  .      .  .  .     .
blockSeqs                     :      .  .   .   T    .  .    . .  . .    .       .   .  .   .  .     .   .  .       . .  .   .   . . . .    . .   . . . .    .  . . .  .  .   .   .  . .  .  .      .  . . .  .   .        .       .  .  .  .  . .  .  .  A     .     . . .  .      .  .  .     .
blockSeqs                     :      .  .   .   T    .  .    . .  . .    .       .   .  .   .  .     .   .  .       . .  .   .   . . . .    . .   . . . .    .  . . .  .  .   .   .  . .  .  .      .  . . .  .   .        .       .  .  .  .  . .  .  .  T     .     . . .  .      .  .  .     .
blockSeqs                     :      .  .   .   G    .  .    . .  . .    .       .   .  .   .  .     .   .  .       . .  .   .   . . . .    . .   . . . .    .  . . .  .  .   .   .  . .  .  .      .  . . .  .   .        .       .  .  .  .  . .  .  .  T     .     . . .  .      .  .  .     .
blockSeqs                     :      .  .   .   G    .  .    . .  . .    .       .   .  .   .  .     .   .  .       . .  .   .   . . . .    . .   . . . .    .  . . .  .  .   .   .  . .  .  .      .  . . .  .   .        .       .  .  .  .  . .  .  .  A     .     . . .  .      .  .  .     .
blockSeqs                     :      .  .   .   T    .  .    . .  . .    .       .   .  .   .  .     .   .  .       . .  .   .   . . . .    . .   . . . .    .  . . .  .  .   .   .  . .  .  .      .  . . .  .   .        .       .  .  .  .  . .  .  .  G     .     . . .  .      .  .  .     .
blockSeqs                     :      .  .   .   T    .  .    . .  . .    .       .   .  .   .  .     .   .  .       . .  .   .   . . . .    . .   . . . .    .  . . .  .  .   .   .  . .  .  .      .  . . .  .   .        .       .  .  .  .  . .  .  .  C     .     . . .  .      .  .  .     .
blockSeqs                     :      .  .   .   T    .  .    . .  . .    .       .   .  .   .  .     .   .  .       . .  .   .   . . . .    . .   . . . .    .  . . .  .  .   .   .  . .  .  .      .  . . .  .   .        .       .  .  .  .  . .  .  .  A     .     . . .  .      .  .  .     .
blockSeqs                     :      .  .   .   G    .  .    . .  . .    .       .   .  .   .  .     .   .  .       . .  .   .   . . . .    . .   . . . .    .  . . .  .  .   .   .  . .  .  .      .  . . .  .   .        .       .  .  .  .  . .  .  .  T     .     . . .  .      .  .  .     .
blockSeqs                     :      .  .   .   G    .  .    . .  . .    .       .   .  .   .  .     .   .  .       . .  .   .   . . . .    . .   . . . .    .  . . .  .  .   .   .  . .  .  .      .  . . .  .   .        .       .  .  .  .  . .  .  .  C     .     . . .  .      .  .  .     .
blockSeqs                     :      .  .   .   G    .  .    . .  . .    .       .   .  .   .  .     .   .  .       . .  .   .   . . . .    . .   . . . .    .  . . .  .  .   .   .  . .  .  .      .  . . .  .   .        .       .  .  .  .  . .  .  .  A     .     . . .  .      .  .  .     .
blockSeqs                     :      .  .   .   T    .  .    . .  . .    .       .   .  .   .  .     .   .  .       . .  .   .   . . . .    . .   . . . .    .  . . .  .  .   .   .  . .  .  .      .  . . .  .   .        .       .  .  .  .  . .  .  .  G     .     . . .  .      .  .  .     .
blockSeqs                     :      .  .   .   C    .  .    . .  . .    .       .   .  .   .  .     .   .  .       . .  .   .   . . . .    . .   . . . .    .  . . .  .  .   .   .  . .  .  .      .  . . .  .   .        .       .  .  .  .  . .  .  .  A     .     . . .  .      .  .  .     .
blockSeqs                     :      .  .   .   T    .  .    . .  . .    .       .   .  .   .  .     .   .  .       . .  .   .   . . . .    . .   . . . .    .  . . .  .  .   .   .  . .  .  .      .  . . .  .   .        .       .  .  .  .  . .  .  .  T     .     . . .  .      .  .  .     .
blockSeqs                     :      .  .   .   G    .  .    . .  . .    .       .   .  .   .  .     .   .  .       . .  .   .   . . . .    . .   . . . .    .  . . .  .  .   .   .  . .  .  .      .  . . .  .   .        .       .  .  .  .  . .  .  .  G     .     . . .  .      .  .  .     .
blockSeqs                     :      .  .   .   A    .  .    . .  . .    .       .   .  .   .  .     .   .  .       . .  .   .   . . . .    . .   . . . .    .  . . .  .  .   .   .  . .  .  .      .  . . .  .   .        .       .  .  .  .  . .  .  .  T     .     . . .  .      .  .  .     .
blockSeqs                     :      .  .   .   G    .  .    . .  . .    .       .   .  .   .  .     .   .  .       . .  .   .   . . . .    . .   . . . .    .  . . .  .  .   .   .  . .  .  .      .  . . .  .   .        .       .  .  .  .  . .  .  .  T     .     . . .  .      .  .  .     .
blockSeqs                     :      .  .   .   A    .  .    . .  . .    .       .   .  .   .  .     .   .  .       . .  .   .   . . . .    . .   . . . .    .  . . .  .  .   .   .  . .  .  .      .  . . .  .   .        .       .  .  .  .  . .  .  .  T     .     . . .  .      .  .  .     .
blockSeqs                     :      .  .   .   T    .  .    . .  . .    .       .   .  .   .  .     .   .  .       . .  .   .   . . . .    . .   . . . .    .  . . .  .  .   .   .  . .  .  .      .  . . .  .   .        .       .  .  .  .  . .  .  .  T     .     . . .  .      .  .  .     .
blockSeqs                     :      .  .   .   T    .  .    . .  . .    .       .   .  .   .  .     .   .  .       . .  .   .   . . . .    . .   . . . .    .  . . .  .  .   .   .  . .  .  .      .  . . .  .   .        .       .  .  .  .  . .  .  .  T     .     . . .  .      .  .  .     .
blockSeqs                     :      .  .   .   G    .  .    . .  . .    .       .   .  .   .  .     .   .  .       . .  .   .   . . . .    . .   . . . .    .  . . .  .  .   .   .  . .  .  .      .  . . .  .   .        .       .  .  .  .  . .  .  .  A     .     . . .  .      .  .  .     .
blockSeqs                     :      .  .   .   T    .  .    . .  . .    .       .   .  .   .  .     .   .  .       . .  .   .   . . . .    . .   . . . .    .  . . .  .  .   .   .  . .  .  .      .  . . .  .   .        .       .  .  .  .  . .  .  .  G     .     . . .  .      .  .  .     .
blockSeqs                     :      .  .   .   T    .  .    . .  . .    .       .   .  .   .  .     .   .  .       . .  .   .   . . . .    . .   . . . .    .  . . .  .  .   .   .  . .  .  .      .  . . .  .   .        .       .  .  .  .  . .  .  .  T     .     . . .  .      .  .  .     .
blockSeqs                     :      .  .   .   .    .  .    . .  . .    .       .   .  .   .  .     .   .  .       . .  .   .   . . . .    . .   . . . .    .  . . .  .  .   .   .  . .  .  .      .  . . .  .   .        .       .  .  .  .  . .  .  .  C     .     . . .  .      .  .  .     .
blockSeqs                     :                                                      .  .   .  .     .   .  .       . .  .   .   . . . .    . .   . . . .    .  . . .  .  .   .   .  . .  .  .      .  . . .  .   .        .       .  .  .  .  . .  .  .  C     .     . . .  .      .  .  .     .
blockSeqs                     :                                                                          .  .       . .  .   .   . . . .    . .   . . . .    .  . . .  .  .   .   .  . .  .  .      .  . . .  .   .        .       .  .  .  .  . .  .  .  A     .     . . .  .      .  .  .     .
blockSeqs                     :                                                                          .  .       . .  .   .   . . . .    . .   . . . .    .  . . .  .  .   .   .  . .  .  .      .  . . .  .   .        .       .  .  .  .  . .  .  .  T     .     . . .  .      .  .  .     .
blockSeqs                     :                                                                                     . .  .   .   . . . .    . .   . . . .    .  . . .  .  .   .   .  . .  .  .      .  . . .  .   .        .       .  .  .  .  . .  .  .  A     .     . . .  .      .  .  .     .
blockSeqs                     :                                                                                                      . .    . .   . . . .    .  . . .  .  .   .   .  . .  .  .      .  . . .  .   .        .       .  .  .  .  . .  .  .  A     .     . . .  .      .  .  .     .
blockSeqs                     :                                                                                                                                   . .  .  .   .   .  . .  .  .      .  . . .  .   .        .       .  .  .  .  . .  .  .  A     .     . . .  .      .  .         
blockSeqs                     :                                                                                                                                               .   .  . .  .  .      .  . . .  .   .        .       .  .  .  .  . .  .  .  T     .                                
blockSeqs                     :                                                                                                                                                   .  . .  .  .      .  . . .  .                                                                                  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                   .  . .  .  .      .  . .                                                                                       


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : AAAAT-GA-AAA-TAAN--AT--A----T-A--T-T-GTGT-----ATC---A--T-TAT-AA-GATGA-AAA--A------CA-T--A-CTT---G-A-A-T----A-T---G-A-A-T--TTG--C-T-C-GA--C-GCA--TG--C-G--C-TG-----TA-TG-T-T-TT-CTG----AAAGG--AAAACC-AC--C-TG-AA-T--T--T--G--NGGA-----T-A-T-TT-----TC--A-TT----GA-AAATG
finalCons                     : AAAAT-GA-AAA-TAAN--AT--A----T-A--T-T-GTGT-----ATC---A--T-TAT-AA-GATGA-AAA--A------CA-T--A-CTT---G-A-A-T----A-T---G-A-A-T--TTG--C-T-C-GA--C-GCA--TG--C-G--C-TG-----TA-TG-T-T-TT-CTG----AAAGG--AAAACC-AC--C-TG-AA-T--T--T--G--NGGA-----T-A-T-TT-----TC--A-TT----GA-AAATG