lowQualScore : 1111
lowQualScore : 2 88 444 11 11 3333333 11 1 111 2222 1 44 222 2 1 0 2 1 55 1111 1 1
lowQualScore : . .. ... .. .. ....... .. . ... .... . .. ... . . . . . .. .... . .
lowQualScore : 3 33 999 44 44 3333333 44 0 888 1111 0 66 222 4 1 8 3 2 99 4444 6 7
consensus : TAGAA-TTATTNNAN-TAACA--GCATG--ATAG-------TT--C-GCTT---CAGT----GA-GCG-TGCG--ATGTTT-TCATAACA-T-GAT-T----ACCAT-A-TTACTCA
Reference ( gi|82448 ) : TAGAA-TTATTCCAC-TAACA--GCATG--ATAG-------TT--C-GCTT---CAGT----GA-GCA-TGCA--ATGTTT-TCATAACA-T-GAC-T----ACCAT-A-TTACTCA
gi|82446 : TAGAA-TTATTCCAC-TCACA--GCATG--ATAG-------TT--C-GCTT---CAGT----GA-GCG-TGCA--ATGTTT-TCATAACA-T-GAT-T----ACCAT-A-TTACTCA
gi|82454 : TAGAA-TTAGTCCAC-TAACA--GAATG--ATAG-------TT--C-GCTT---CAGT----GA-GCG-TGCA--ATGTTT-TCATAACA-T-GAT-T----ACCAT-A-TTACTCA
gi|82456 : TAGAA-TTATTCCAC-GAACA--GCATG--ATAC-------TT--C-GCTT---CAGT----GA-GCG-TGCA--ATGTTT-TCGTAACA-T-GAT-T----ACCAT-A-TTACTCA
gi|82452 : TAGAA-TTATTAGAT-TAACA--GCATG--ATAG-------TT--T-GCTT---CAGT----GG-GCG-TGTA--ATGTTT-TCATAACA-T-GAC-T----ACCAT-A-TTACTCA
gi|82460 : TAGAA-TTATTCCAC-TAACA--GCATG--ATAG-------TT--C-GCTT---CAGT----GA-GCG-TGCA--ATGTTT-TCATAACA-T-GA
gi|82457 : TATAA-TTATTCCAC-CAACG--GCACG--ATAG-------TT--C-GCTT---CAGT----GA-GCG-TGCA--ATGTTT-TCATAACA-T-GAT-T----GCCAT-A-TTAt
gi|82464 : TAGAA-TTATTCCAC-TAACA--GCATG--ATAG-------TT--C-GCTC---C-----------CG-TGCA--GTGTTT-TCATAACA-T-GAT-T----ACCAT-A-TTACTCA
gi|82467 : TAGAA-TTATTCCAC-TAACA--GCGTG--GTAG-------TT--C-GCTTTGACAGT----GA-GCG-TGCA--ATGTTT-GAATAA-A-T-GATGT----ACCAT-A-TTACTCA
gi|82469 : TAGAA-TCATTCCAA-CAACA--GCACG--ATAG-------TT--T-GCTT---CAGT----TA-GCG-TGCA--AGATTT-TCAT-ATA-T-GAT-T----ACCAT-A-TTACCCA
gi|82462 : TAGAA-TTATTAAAC-AAACA--GAATG--ATAG-------TT--C-GCTT---CAGT----GA-GCG-TGCA--ATGTTT-TCATAACA-T-TAC-TC---ACC
gi|82449 : TAGAA-TTATTAAAG-TAACA--GCGTG--ATAG-------TT--C-GCTT---CAGT----AA-GCA-TGCC--AGATTT-TCACATCA-C-GAT-T----ACCAT-A-TCACTCA
gi|82471 : TAGAA-TTAGTGAAT-TAACA--GCATG--ATAG-------TT--C-GCTT---CAGT----GA-GCA-CGCA--ATGTTT-GCATAACA-T-TAC-TC---ACCt
gi|82463 : TAGAA-TTATTAAAC-AAACA--GCATA--ATAG-------TT--C-GCTT---CAGT----GA-GCG-TGCA--ATGTTT-TCAAAACA-T-TAC-TC---ACC
gi|82453 : TAGAA-TTATTAAAG-TAACA--GCGTG--ATAG-------TT--C-GCTT---CAGT----AA-GCA-TGCAAGATGTTC-ACATTACA----AT-T----ACCAT-A-TTACTCA
gi|82447 : TAGAA-TTATTAAAG-TAACA--GCGTG--ATAG-------TT--A-GCTT---CAGT----AA-GTA-TGCC--AGATTT-TCACATCA-C-GAT-T----ACCAT-A-TTACTCAt
gi|82461 : TAGAA-TTATTAAAG-TAACA--GCGTG--ATAG-------TT--C-GCTT---CAGT----AA-GCA-TGCC--AGAATT-TCACATCA-C-AAT-T----ACCAT-A-TTACTCAt
gi|82466 : TAGAA-TTATTAAAC-AAACA--ACATG--ATAG-------TT--C-GCTT---CAGT----GA-GCG-TGCG--ATGTGT-TCATAACA-T-TAT-TC---ACCt
gi|82465 : TAGAAATTAATCCAC-TA-CA--GCA-G--ATAG-------TT--C-GATT---CAGT----GA-GCT-TGCT--ATGTTT-TCATAACA-TGGAT-T----A--ATCA-TTACTCA
gi|82455 : TAGAA-TTATTAAAG-TAACA--GCGTG--ATAG-------TT--C-GCTT---CAAT----AA-GCG-TGCC--AGATTT-TCACATCA-C-GAT-C----ACCAT-A-TTAATCA
gi|82470 : TAGAA-TTATTAAAC-AAACA--GCATG--AT-G-------TT--CTGCTT---C-GT----GA-GCG-TGCA--ATGTTT-TCATAACA-T-TAT-TC---ACCt
gi|82472 : TAGAA-TTATTCCAA-TAGCA--GCATGTAATAG-------TT--G-ACCT---TTGT----GA-GTG-TGCG--AGATTT-TCATACCA-T-GAT-C----ACCAT-A-TT
gi|82458 : TAGAA-TTATTAAAG-TAACA--GTGTG--ATAG-------TT--C-GCTT---CAAT----AA-CCA-TGCC--AGATTT-TCACACCA-A-GA--T----ACCAT-A-ATACTCA
gi|82473 : TAGAAATTATTCCATGTAACA--GCATG--ATAG-------TT--G-ACCT---TTGT----GA-GCG-TGCG--AGATTTGTCATACCA-T-GAA-TTCACACCAT-A-TTACt
gi|82468 : TAGAA-TTACTCCAA-TAAT------TG--ATAG-------TT--G-ACCT---TTGT----GA-GCG-TGCG--AGATTT-TCATACCA-T-GAT-C----ACCAT-A-TTGCTCA
gi|82451 : TAGAA-TTATT------AACAAAGCATG--GTAG-------TT--C-GCTT---CAGT----GATGCG-TGC---ATG-TT-TCATAACA-T-t
gi|82450 : TAGAA-TTATTAAAC-AAACA--GCATG--AT---------TT--C-TTCT---CAGT----GA-GCGCTGCA--ATGTTT-TCATAATA-
gi|82474 : TAGGA-TTATTAAAG-TAACA--GCGTT--ATAG-------TT--C-GCTT---CAGT----AA-GCA-TGTC--AGATTT-T
gi|82459 : TAGAA-TTATTAAAG-TAACA--GCGTG--ATAG--------------------------------CA-TGCT--AAATTT-TCACATCA-C-GAT-T----ACCAT-A-TTACACA
gi|82475 : AGAA-TAATTAAAC-AAACA--GCATG--ATAG-------TT--C-GCTT---CAGT----GC-GCG-TGCA--ATGTTT-TCATAACA-T-TAC-TC---ACCt
gi|82476 : AGAA-TTATTAAAC-AAACA--GCATG--ATAGTTCATAGTT--C-GCTT---CAGT----GA-GCG-TGCA--ATGTTT-TCATAAC
gi|82477 : AGAA-TTATTCCAA-CAAAA--GCATG--ATAG-------TT--T-ACTT---CAGT----GA-GCG-TGCA--Atattattcacc
gi|82479 : AGAA-TTATTCCAA-CAAAA--GCATG--CTAG-------TTTAT-ACTT---CAGT----GA-GCG-TGCA--AGGT
gi|82478 : AGAA-ATATTCTAA-CAAAA--GCATG--ATCG-------TT--T-ACTT---CAGT----GA-GCG-TGCG--A
gi|82480 : A-TTAATCAAA-CAACA--GCATG--ACAG-------T---C-GCTT---CAGTTAGTGA-GCT-CGAG--AGGTTT-ACATTCCA-T-GAT-T----GCCAT-
gi|82481 : -TTATTCAAA-CAACA--GCATG--ACAG-------TT--C-GCCC---GAGT----G--GCG-TGCG--AGAATT-TTACACCA-T-GAT-T----ACTAT-A-
gi|82482 : -TAACA--GCTTG--ATAG-------TT--C-GCTT---TGGT----GA-GCG-TGGG--AGATTT-TCA-GGCACT-GAA-T-----CCGT-A-ATACTCA
gi|82483 : AACA--GCATG--ATAG-------TT--T-GCTT---CAGT----GA-GTG-TGCA--ATGTTT-TCATAACA-T-TAC-TC---ACC
gi|82484 : A--GCATG--TCAG-------TT--C-GCTT---CATC----GA-GTG-TGCG--AGATTT-TCATGCAA-T-AGT-T----ACCGT-A-TAACTCA
gi|82485 : ATG--GTAG-------TT--C-GCTT---CAGT----GA-GTG-TGCG--A-----------------GAT-T----ACCAT-ATTTACTCAt
gi|82486 : CTT---CAGT----GA-GCG-TGCA--ATATTT-TCAT-GCATT-GGT-T----ACCGG-T-TTACCCt
Alignments
lowQualScore : 2 33 22 11 3333333 11 1 111 2222 1 1 555 2 1 0 1 2 1 1 5 1 555 1 1
lowQualScore : . .. .. .. ....... .. . ... .... . . ... . . . . . . . . . ... . .
lowQualScore : 2 55 11 44 2222222 44 0 777 1111 0 0 666 2 1 5 1 2 1 1 7 1 666 5 6
consensus : TAGAA-TTATTNNAN-TAACAGCATG--ATAG-------TT--C-GCTT---CAGT----GA-GCG-TGC--GATGTTT-TCATAAC-A-T-G-A-T-T---ACCAT-A-TTACTCA
Reference ( family-500 ) : TAGAA-TTATTNNAN-TAACAGCATG--ATAG-------TT--C-GCTT---CAGT----GA-GCG-TGC--GATGTTT-TCATAAC-A-T-G-A-T-T---ACCAT-A-TTACTCA
gi|82446 : TAGAA-TTATTCCAC-TCACAGCATG--ATAG-------TT--C-GCTT---CAGT----GA-GCG-TGC--AATGTTT-TCATAAC-A-T-G-A-T-T---ACCAT-A-TTACTCA
gi|82447 : TAGAA-TTATTAAAG-TAACAGCGTG--ATAG-------TT--A-GCTT---CAGT----AA-GTA-TGC--CAGATTT-TCACATC-A-C-G-A-T-T---ACCAT-A-TTACTCA
gi|82448 : TAGAA-TTATTCCAC-TAACAGCATG--ATAG-------TT--C-GCTT---CAGT----GA-GCA-TGC--AATGTTT-TCATAAC-A-T-G-A-C-T---ACCAT-A-TTACTCAt
gi|82449 : TAGAA-TTATTAAAG-TAACAGCGTG--ATAG-------TT--C-GCTT---CAGT----AA-GCA-TGC--CAGATTT-TCACATC-A-C-G-A-T-T---ACCAT-A-TCACTCA
gi|82450 : TAGAA-TTATTAAAC-AAACAGCATG--AT---------TT--C-TTCT---CAGT----GA-GCGCTGC--AATGTTT-TCATAAT-A-t
gi|82451 : TAGAA-TTATT--AA-CAA-AGCATG--GTAG-------TT--C-GCTT---CAGT----GATGCG-TGC---ATG-TT-TCATAAC-A-T-
gi|82452 : TAGAA-TTATTAGAT-TAACAGCATG--ATAG-------TT--T-GCTT---CAGT----GG-GCG-TGT--AATGTTT-TCATAAC-A-T-G-A-C-T---ACCAT-A-TTACTCA
gi|82453 : TAGAA-TTATTAAAG-TAACAGCGTG--ATAG-------TT--C-GCTT---CAGT----AA-GCA-TGCAAGATGTTC-ACATTAC-A-----A-T-T---ACCAT-A-TTACTCA
gi|82454 : TAGAA-TTAGTCCAC-TAACAGAATG--ATAG-------TT--C-GCTT---CAGT----GA-GCG-TGC--AATGTTT-TCATAAC-A-T-G-A-T-T---ACCAT-A-TTACTCAt
gi|82455 : TAGAA-TTATTAAAG-TAACAGCGTG--ATAG-------TT--C-GCTT---CAAT----AA-GCG-TGC--CAGATTT-TCACATC-A-C-G-A-T-C---ACCAT-A-TTAATCA
gi|82456 : TAGAA-TTATTCCAC-GAACAGCATG--ATAC-------TT--C-GCTT---CAGT----GA-GCG-TGC--AATGTTT-TCGTAAC-A-T-G-A-T-T---ACCAT-A-TTACTCAt
gi|82457 : TATAA-TTATTCCAC-CAACGGCACG--ATAG-------TT--C-GCTT---CAGT----GA-GCG-TGC--AATGTTT-TCATAAC-A-T-G-A-T-T---GCCAT-A-TTA
gi|82458 : TAGAA-TTATTAAAG-TAACAGTGTG--ATAG-------TT--C-GCTT---CAAT----AA-CCA-TGC--CAGATTT-TCACACC-A-A-G-A---T---ACCAT-A-ATACTCA
gi|82459 : TAGAA-TTATTAAAG-TAACAGCGTG--ATAG--------------------------------CA-TGC--TAAATTT-TCACATC-A-C-G-A-T-T---ACCAT-A-TTACACAt
gi|82460 : TAGAA-TTATTCCAC-TAACAGCATG--ATAG-------TT--C-GCTT---CAGT----GA-GCG-TGC--AATGTTT-TCATAAC-A-T-G-A-T-t
gi|82461 : TAGAA-TTATTAAAG-TAACAGCGTG--ATAG-------TT--C-GCTT---CAGT----AA-GCA-TGC--CAGAATT-TCACATC-A-C-A-A-T-T---ACCAT-A-TTACTCA
gi|82462 : TAGAA-TTATTAAAC-AAACAGAATG--ATAG-------TT--C-GCTT---CAGT----GA-GCG-TGC--AATGTTT-TCATAAC-A-T-T-ACT-C---ACCt
gi|82463 : TAGAA-TTATTAAAC-AAACAGCATA--ATAG-------TT--C-GCTT---CAGT----GA-GCG-TGC--AATGTTT-TCAAAAC-A-T-T-ACT-C---ACC
gi|82464 : TAGAA-TTATTCCAC-TAACAGCATG--ATAG-------TT--C-GCTC---C-----------CG-TGC--AGTGTTT-TCATAAC-A-T-G-A-T-T---ACCAT-A-TTACTCA
gi|82465 : TAGAAATTAATCCAC-TA-CAGCA-G--ATAG-------TT--C-GATT---CAGT----GA-GCT-TGC--TATGTTT-TCATAAC-A-TGG-A-T-T---A--ATCA-TTACTCA
gi|82466 : TAGAA-TTATTAAAC-AAACAACATG--ATAG-------TT--C-GCTT---CAGT----GA-GCG-TGC--GATGTGT-TCATAAC-A-T-T-A-T-TC--ACC
gi|82467 : TAGAA-TTATTCCAC-TAACAGCGTG--GTAG-------TT--C-GCTTTGACAGT----GA-GCG-TGC--AATGTTT-GAATAA--A-T-G-A-TGT---ACCAT-A-TTACTCA
gi|82468 : TAGAA-TTACTCCAA-TAAT----TG--ATAG-------TT--G-ACCT---TTGT----GA-GCG-TGC--GAGATTT-TCATACC-A-T-G-A-T-C---ACCAT-A-TTGCTCA
gi|82469 : TAGAA-TCATTCCAA-CAACAGCACG--ATAG-------TT--T-GCTT---CAGT----TA-GCG-TGC--AAGATTT-TCAT-AT-A-T-G-A-T-T---ACCAT-A-TTACCCAt
gi|82470 : TAGAA-TTATTAAAC-AAACAGCATG--AT-G-------TT--CTGCTT---C-GT----GA-GCG-TGC--AATGTTT-TCATAAC-A-T-T-A-T-TC--ACC
gi|82471 : TAGAA-TTAGTGAAT-TAACAGCATG--ATAG-------TT--C-GCTT---CAGT----GA-GCA-CGC--AATGTTT-GCATAAC-A-T-T-ACT-C---ACC
gi|82472 : TAGAA-TTATTCCAA-TAGCAGCATGTAATAG-------TT--G-ACCT---TTGT----GA-GTG-TGC--GAGATTT-TCATACC-A-T-G-A-T-C---ACCAT-A-TT
gi|82473 : TAGAAATTATTCCATGTAACAGCATG--ATAG-------TT--G-ACCT---TTGT----GA-GCG-TGC--GAGATTTGTCATACC-A-T-GAA-T-TCACACCAT-A-TTAC
gi|82474 : TAGGA-TTATTAAAG-TAACAGCGTT--ATAG-------TT--C-GCTT---CAGT----AA-GCA-TGT--CAGATTT-T
gi|82475 : AGAA-TAATTAAAC-AAACAGCATG--ATAG-------TT--C-GCTT---CAGT----GC-GCG-TGC--AATGTTT-TCATAAC-A-T-T-ACT-C---ACC
gi|82476 : AGAA-TTATTAAAC-AAACAGCATG--ATAGTTCATAGTT--C-GCTT---CAGT----GA-GCG-TGC--AATGTTT-TCATAACTA-T-T-A-T-TC--ACC
gi|82477 : AGAA-TTATTCCAA-CAAAAGCATG--ATAG-------TT--T-ACTT---CAGT----GA-GCG-TGC--AA
gi|82478 : AGAA-ATATTCTAA-CAAAAGCATG--ATCG-------TT--T-ACTT---CAGT----GA-GCG-TGC--GA
gi|82479 : AGAA-TTATTCCAA-CAAAAGCATG--CTAG-------TTTAT-ACTT---CAGT----GA-GCG-TGC--AAGGT
gi|82480 : A-TTAATCAAA-CAACAGCATG--ACAG-------T---C-GCTT---CAGTTAGTGA-GCT-CGA--GAGGTTT-ACATTCC-A-T-G-A-T-T---GCCAT-
gi|82481 : -TTATTCAAA-CAACAGCATG--ACAG-------TT--C-GCCC---GAGT----G--GCG-TGC--GAGAATT-TTACACC-A-T-G-A-T-T---ACTAT-A-
gi|82482 : -TAACAGCTTG--ATAG-------TT--C-GCTT---TGGT----GA-GCG-TGG--GAGATTT-TCA-GGC-ACT-G-A-A-T----CCGT-A-ATACTCA
gi|82483 : AACAGCATG--ATAG-------TT--T-GCTT---CAGT----GA-GTG-TGC--AATGTTT-TCATAAC-A-T-T-ACT-C---ACC
gi|82484 : AGCATG--TCAG-------TT--C-GCTT---CATC----GA-GTG-TGC--GAGATTT-TCATGCA-A-T-A-G-T-T---ACCGT-A-TAACTCA
gi|82485 : ATG--GTAG-------TT--C-GCTT---CAGT----GA-GTG-TGC--GA------------------G-A-T-T---ACCAT-ATTTACTCAt
gi|82486 : CTT---CAGT----GA-GCG-TGC--AATATTT-TCAT-GC-ATT-G-G-T-T---ACCGG-T-TTACCCt
Alignments
lowQualScore : 2 33 22 11 3333333 11 1 111 2222 1 1 555 2 1 0 1 2 1 1 5 1 555 1 1
lowQualScore : . .. .. .. ....... .. . ... .... . . ... . . . . . . . . . ... . .
lowQualScore : 2 55 11 44 2222222 44 0 777 1111 0 0 666 2 1 5 1 2 1 1 7 1 666 5 6
consensus : TAGAA-TTATTNNAN-TAACAGCATG--ATAG-------TT--C-GCTT---CAGT----GA-GCG-TGC--GATGTTT-TCATAAC-A-T-G-A-T-T---ACCAT-A-TTACTCA
Reference ( family-500 ) : TAGAA-TTATTNNAN-TAACAGCATG--ATAG-------TT--C-GCTT---CAGT----GA-GCG-TGC--GATGTTT-TCATAAC-A-T-G-A-T-T---ACCAT-A-TTACTCA
gi|82446 : TAGAA-TTATTCCAC-TCACAGCATG--ATAG-------TT--C-GCTT---CAGT----GA-GCG-TGC--AATGTTT-TCATAAC-A-T-G-A-T-T---ACCAT-A-TTACTCA
gi|82447 : TAGAA-TTATTAAAG-TAACAGCGTG--ATAG-------TT--A-GCTT---CAGT----AA-GTA-TGC--CAGATTT-TCACATC-A-C-G-A-T-T---ACCAT-A-TTACTCA
gi|82448 : TAGAA-TTATTCCAC-TAACAGCATG--ATAG-------TT--C-GCTT---CAGT----GA-GCA-TGC--AATGTTT-TCATAAC-A-T-G-A-C-T---ACCAT-A-TTACTCAt
gi|82449 : TAGAA-TTATTAAAG-TAACAGCGTG--ATAG-------TT--C-GCTT---CAGT----AA-GCA-TGC--CAGATTT-TCACATC-A-C-G-A-T-T---ACCAT-A-TCACTCA
gi|82450 : TAGAA-TTATTAAAC-AAACAGCATG--AT---------TT--C-TTCT---CAGT----GA-GCGCTGC--AATGTTT-TCATAAT-A-t
gi|82451 : TAGAA-TTATT--AA-CAA-AGCATG--GTAG-------TT--C-GCTT---CAGT----GATGCG-TGC---ATG-TT-TCATAAC-A-T-
gi|82452 : TAGAA-TTATTAGAT-TAACAGCATG--ATAG-------TT--T-GCTT---CAGT----GG-GCG-TGT--AATGTTT-TCATAAC-A-T-G-A-C-T---ACCAT-A-TTACTCA
gi|82453 : TAGAA-TTATTAAAG-TAACAGCGTG--ATAG-------TT--C-GCTT---CAGT----AA-GCA-TGCAAGATGTTC-ACATTAC-A-----A-T-T---ACCAT-A-TTACTCA
gi|82454 : TAGAA-TTAGTCCAC-TAACAGAATG--ATAG-------TT--C-GCTT---CAGT----GA-GCG-TGC--AATGTTT-TCATAAC-A-T-G-A-T-T---ACCAT-A-TTACTCAt
gi|82455 : TAGAA-TTATTAAAG-TAACAGCGTG--ATAG-------TT--C-GCTT---CAAT----AA-GCG-TGC--CAGATTT-TCACATC-A-C-G-A-T-C---ACCAT-A-TTAATCA
gi|82456 : TAGAA-TTATTCCAC-GAACAGCATG--ATAC-------TT--C-GCTT---CAGT----GA-GCG-TGC--AATGTTT-TCGTAAC-A-T-G-A-T-T---ACCAT-A-TTACTCAt
gi|82457 : TATAA-TTATTCCAC-CAACGGCACG--ATAG-------TT--C-GCTT---CAGT----GA-GCG-TGC--AATGTTT-TCATAAC-A-T-G-A-T-T---GCCAT-A-TTA
gi|82458 : TAGAA-TTATTAAAG-TAACAGTGTG--ATAG-------TT--C-GCTT---CAAT----AA-CCA-TGC--CAGATTT-TCACACC-A-A-G-A---T---ACCAT-A-ATACTCA
gi|82459 : TAGAA-TTATTAAAG-TAACAGCGTG--ATAG--------------------------------CA-TGC--TAAATTT-TCACATC-A-C-G-A-T-T---ACCAT-A-TTACACAt
gi|82460 : TAGAA-TTATTCCAC-TAACAGCATG--ATAG-------TT--C-GCTT---CAGT----GA-GCG-TGC--AATGTTT-TCATAAC-A-T-G-A-T-t
gi|82461 : TAGAA-TTATTAAAG-TAACAGCGTG--ATAG-------TT--C-GCTT---CAGT----AA-GCA-TGC--CAGAATT-TCACATC-A-C-A-A-T-T---ACCAT-A-TTACTCA
gi|82462 : TAGAA-TTATTAAAC-AAACAGAATG--ATAG-------TT--C-GCTT---CAGT----GA-GCG-TGC--AATGTTT-TCATAAC-A-T-T-ACT-C---ACCt
gi|82463 : TAGAA-TTATTAAAC-AAACAGCATA--ATAG-------TT--C-GCTT---CAGT----GA-GCG-TGC--AATGTTT-TCAAAAC-A-T-T-ACT-C---ACC
gi|82464 : TAGAA-TTATTCCAC-TAACAGCATG--ATAG-------TT--C-GCTC---C-----------CG-TGC--AGTGTTT-TCATAAC-A-T-G-A-T-T---ACCAT-A-TTACTCA
gi|82465 : TAGAAATTAATCCAC-TA-CAGCA-G--ATAG-------TT--C-GATT---CAGT----GA-GCT-TGC--TATGTTT-TCATAAC-A-TGG-A-T-T---A--ATCA-TTACTCA
gi|82466 : TAGAA-TTATTAAAC-AAACAACATG--ATAG-------TT--C-GCTT---CAGT----GA-GCG-TGC--GATGTGT-TCATAAC-A-T-T-A-T-TC--ACC
gi|82467 : TAGAA-TTATTCCAC-TAACAGCGTG--GTAG-------TT--C-GCTTTGACAGT----GA-GCG-TGC--AATGTTT-GAATAA--A-T-G-A-TGT---ACCAT-A-TTACTCA
gi|82468 : TAGAA-TTACTCCAA-TAAT----TG--ATAG-------TT--G-ACCT---TTGT----GA-GCG-TGC--GAGATTT-TCATACC-A-T-G-A-T-C---ACCAT-A-TTGCTCA
gi|82469 : TAGAA-TCATTCCAA-CAACAGCACG--ATAG-------TT--T-GCTT---CAGT----TA-GCG-TGC--AAGATTT-TCAT-AT-A-T-G-A-T-T---ACCAT-A-TTACCCAt
gi|82470 : TAGAA-TTATTAAAC-AAACAGCATG--AT-G-------TT--CTGCTT---C-GT----GA-GCG-TGC--AATGTTT-TCATAAC-A-T-T-A-T-TC--ACC
gi|82471 : TAGAA-TTAGTGAAT-TAACAGCATG--ATAG-------TT--C-GCTT---CAGT----GA-GCA-CGC--AATGTTT-GCATAAC-A-T-T-ACT-C---ACC
gi|82472 : TAGAA-TTATTCCAA-TAGCAGCATGTAATAG-------TT--G-ACCT---TTGT----GA-GTG-TGC--GAGATTT-TCATACC-A-T-G-A-T-C---ACCAT-A-TT
gi|82473 : TAGAAATTATTCCATGTAACAGCATG--ATAG-------TT--G-ACCT---TTGT----GA-GCG-TGC--GAGATTTGTCATACC-A-T-GAA-T-TCACACCAT-A-TTAC
gi|82474 : TAGGA-TTATTAAAG-TAACAGCGTT--ATAG-------TT--C-GCTT---CAGT----AA-GCA-TGT--CAGATTT-T
gi|82475 : AGAA-TAATTAAAC-AAACAGCATG--ATAG-------TT--C-GCTT---CAGT----GC-GCG-TGC--AATGTTT-TCATAAC-A-T-T-ACT-C---ACC
gi|82476 : AGAA-TTATTAAAC-AAACAGCATG--ATAGTTCATAGTT--C-GCTT---CAGT----GA-GCG-TGC--AATGTTT-TCATAACTA-T-T-A-T-TC--ACC
gi|82477 : AGAA-TTATTCCAA-CAAAAGCATG--ATAG-------TT--T-ACTT---CAGT----GA-GCG-TGC--AA
gi|82478 : AGAA-ATATTCTAA-CAAAAGCATG--ATCG-------TT--T-ACTT---CAGT----GA-GCG-TGC--GA
gi|82479 : AGAA-TTATTCCAA-CAAAAGCATG--CTAG-------TTTAT-ACTT---CAGT----GA-GCG-TGC--AAGGT
gi|82480 : A-TTAATCAAA-CAACAGCATG--ACAG-------T---C-GCTT---CAGTTAGTGA-GCT-CGA--GAGGTTT-ACATTCC-A-T-G-A-T-T---GCCAT-
gi|82481 : -TTATTCAAA-CAACAGCATG--ACAG-------TT--C-GCCC---GAGT----G--GCG-TGC--GAGAATT-TTACACC-A-T-G-A-T-T---ACTAT-A-
gi|82482 : -TAACAGCTTG--ATAG-------TT--C-GCTT---TGGT----GA-GCG-TGG--GAGATTT-TCA-GGC-ACT-G-A-A-T----CCGT-A-ATACTCA
gi|82483 : AACAGCATG--ATAG-------TT--T-GCTT---CAGT----GA-GTG-TGC--AATGTTT-TCATAAC-A-T-T-ACT-C---ACC
gi|82484 : AGCATG--TCAG-------TT--C-GCTT---CATC----GA-GTG-TGC--GAGATTT-TCATGCA-A-T-A-G-T-T---ACCGT-A-TAACTCA
gi|82485 : ATG--GTAG-------TT--C-GCTT---CAGT----GA-GTG-TGC--GA------------------G-A-T-T---ACCAT-ATTTACTCAt
gi|82486 : CTT---CAGT----GA-GCG-TGC--AATATTT-TCAT-GC-ATT-G-G-T-T---ACCGG-T-TTACCCt
blockSeqs : A AA TG TA TTCATAG TA T TGA TAGT AAG G G T C G A C G CAC C T
blockSeqs : A CC G . . . . . . C T . . T . . C . C . .
blockSeqs : . AA C . . . . . . A G . . . . . C . C . .
blockSeqs : . AA G . . . . . . C T . . . . . C . C . .
blockSeqs : . AG C . . . . . . A T . . . . . C . . . .
blockSeqs : . AA A . . . . . . A T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . CC T . . . . . . A T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . AA G . . . . . . C T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . CC C . . . . . . A G . . . . . . . . . .
blockSeqs : . CC G . . . . . . A T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . AA C . . . . . . C T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . AA C . . . . . . T G . . . . . . . . . .
blockSeqs : . CC G . . . . . . A A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . AA G . . . . . . C T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . AA C . . . . . . A G . . . . . . . . . .
blockSeqs : . AA G . . . . . . A T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . CC C . . . . . . A T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . CC C . . . . . . T T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . AA C . . . . . . G T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . CC C . . . . . . A T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . CC C . . . . . . G T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . CC C . . . . . . A G . . . . . . . . . .
blockSeqs : . AA A . . . . . . A G . . . . . . . . . .
blockSeqs : . GA A . . . . . . A T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . CC C . . . . . . G T . . . . . . . . .
blockSeqs : . CC T . . . . . . G G . . . . . . . .
blockSeqs : . AA A . . . . . . C G . . . . . . . .
blockSeqs : . AA G . . . . . . A G . . . . . . . .
blockSeqs : . AA C . . . . . . A T . . . . . . . .
blockSeqs : . CC C . . . . . . A T . . . . . . . .
blockSeqs : . CT A . . . . . . G G . . . . . . . .
blockSeqs : . CC A . . . . . . A G . . . . . . . .
blockSeqs : . CA A . . . . . . G G . . . . . . . .
blockSeqs : . CA A . . . . . . G G . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . G T . . . .
blockSeqs : . . . . . . A G . . .
blockSeqs : . . . . . . G T .
blockSeqs : . . . . . . G .
blockSeqs : . . . . . . A
blockSeqs : . . .
blockSeqCons :
originalCons : TAGAA-TTATTNNAN-TAACAGCATG--ATAG-------TT--C-GCTT---CAGT----GA-GCG-TGC--GATGTTT-TCATAAC-A-T-G-A-T-T---ACCAT-A-TTACTCA
finalCons : TAGAA-TTATTNNAN-TAACAGCATG--ATAG-------TT--C-GCTT---CAGT----GA-GCG-TGC--GATGTTT-TCATAAC-A-T-G-A-T-T---ACCAT-A-TTACTCA
Alignments
lowQualScore : 2 33 22 11 3333333 11 1 111 2222 1 1 555 2 1 0 1 2 1 1 5 1 555 1 1
lowQualScore : . .. .. .. ....... .. . ... .... . . ... . . . . . . . . . ... . .
lowQualScore : 2 55 11 44 2222222 44 0 777 1111 0 0 666 2 1 5 1 2 1 1 7 1 666 5 6
consensus : TAGAA-TTATTNNAN-TAACAGCATG--ATAG-------TT--C-GCTT---CAGT----GA-GCG-TGC--GATGTTT-TCATAAC-A-T-G-A-T-T---ACCAT-A-TTACTCA
Reference ( family-500 ) : TAGAA-TTATTNNAN-TAACAGCATG--ATAG-------TT--C-GCTT---CAGT----GA-GCG-TGC--GATGTTT-TCATAAC-A-T-G-A-T-T---ACCAT-A-TTACTCA
gi|82446 : TAGAA-TTATTCCAC-TCACAGCATG--ATAG-------TT--C-GCTT---CAGT----GA-GCG-TGC--AATGTTT-TCATAAC-A-T-G-A-T-T---ACCAT-A-TTACTCA
gi|82447 : TAGAA-TTATTAAAG-TAACAGCGTG--ATAG-------TT--A-GCTT---CAGT----AA-GTA-TGC--CAGATTT-TCACATC-A-C-G-A-T-T---ACCAT-A-TTACTCA
gi|82448 : TAGAA-TTATTCCAC-TAACAGCATG--ATAG-------TT--C-GCTT---CAGT----GA-GCA-TGC--AATGTTT-TCATAAC-A-T-G-A-C-T---ACCAT-A-TTACTCAt
gi|82449 : TAGAA-TTATTAAAG-TAACAGCGTG--ATAG-------TT--C-GCTT---CAGT----AA-GCA-TGC--CAGATTT-TCACATC-A-C-G-A-T-T---ACCAT-A-TCACTCA
gi|82450 : TAGAA-TTATTAAAC-AAACAGCATG--AT---------TT--C-TTCT---CAGT----GA-GCGCTGC--AATGTTT-TCATAAT-A-t
gi|82451 : TAGAA-TTATT--AA-CAA-AGCATG--GTAG-------TT--C-GCTT---CAGT----GATGCG-TGC---ATG-TT-TCATAAC-A-T-
gi|82452 : TAGAA-TTATTAGAT-TAACAGCATG--ATAG-------TT--T-GCTT---CAGT----GG-GCG-TGT--AATGTTT-TCATAAC-A-T-G-A-C-T---ACCAT-A-TTACTCA
gi|82453 : TAGAA-TTATTAAAG-TAACAGCGTG--ATAG-------TT--C-GCTT---CAGT----AA-GCA-TGCAAGATGTTC-ACATTAC-A-----A-T-T---ACCAT-A-TTACTCA
gi|82454 : TAGAA-TTAGTCCAC-TAACAGAATG--ATAG-------TT--C-GCTT---CAGT----GA-GCG-TGC--AATGTTT-TCATAAC-A-T-G-A-T-T---ACCAT-A-TTACTCAt
gi|82455 : TAGAA-TTATTAAAG-TAACAGCGTG--ATAG-------TT--C-GCTT---CAAT----AA-GCG-TGC--CAGATTT-TCACATC-A-C-G-A-T-C---ACCAT-A-TTAATCA
gi|82456 : TAGAA-TTATTCCAC-GAACAGCATG--ATAC-------TT--C-GCTT---CAGT----GA-GCG-TGC--AATGTTT-TCGTAAC-A-T-G-A-T-T---ACCAT-A-TTACTCAt
gi|82457 : TATAA-TTATTCCAC-CAACGGCACG--ATAG-------TT--C-GCTT---CAGT----GA-GCG-TGC--AATGTTT-TCATAAC-A-T-G-A-T-T---GCCAT-A-TTA
gi|82458 : TAGAA-TTATTAAAG-TAACAGTGTG--ATAG-------TT--C-GCTT---CAAT----AA-CCA-TGC--CAGATTT-TCACACC-A-A-G-A---T---ACCAT-A-ATACTCA
gi|82459 : TAGAA-TTATTAAAG-TAACAGCGTG--ATAG--------------------------------CA-TGC--TAAATTT-TCACATC-A-C-G-A-T-T---ACCAT-A-TTACACAt
gi|82460 : TAGAA-TTATTCCAC-TAACAGCATG--ATAG-------TT--C-GCTT---CAGT----GA-GCG-TGC--AATGTTT-TCATAAC-A-T-G-A-T-t
gi|82461 : TAGAA-TTATTAAAG-TAACAGCGTG--ATAG-------TT--C-GCTT---CAGT----AA-GCA-TGC--CAGAATT-TCACATC-A-C-A-A-T-T---ACCAT-A-TTACTCA
gi|82462 : TAGAA-TTATTAAAC-AAACAGAATG--ATAG-------TT--C-GCTT---CAGT----GA-GCG-TGC--AATGTTT-TCATAAC-A-T-T-ACT-C---ACCt
gi|82463 : TAGAA-TTATTAAAC-AAACAGCATA--ATAG-------TT--C-GCTT---CAGT----GA-GCG-TGC--AATGTTT-TCAAAAC-A-T-T-ACT-C---ACC
gi|82464 : TAGAA-TTATTCCAC-TAACAGCATG--ATAG-------TT--C-GCTC---C-----------CG-TGC--AGTGTTT-TCATAAC-A-T-G-A-T-T---ACCAT-A-TTACTCA
gi|82465 : TAGAAATTAATCCAC-TA-CAGCA-G--ATAG-------TT--C-GATT---CAGT----GA-GCT-TGC--TATGTTT-TCATAAC-A-TGG-A-T-T---A--ATCA-TTACTCA
gi|82466 : TAGAA-TTATTAAAC-AAACAACATG--ATAG-------TT--C-GCTT---CAGT----GA-GCG-TGC--GATGTGT-TCATAAC-A-T-T-A-T-TC--ACC
gi|82467 : TAGAA-TTATTCCAC-TAACAGCGTG--GTAG-------TT--C-GCTTTGACAGT----GA-GCG-TGC--AATGTTT-GAATAA--A-T-G-A-TGT---ACCAT-A-TTACTCA
gi|82468 : TAGAA-TTACTCCAA-TAAT----TG--ATAG-------TT--G-ACCT---TTGT----GA-GCG-TGC--GAGATTT-TCATACC-A-T-G-A-T-C---ACCAT-A-TTGCTCA
gi|82469 : TAGAA-TCATTCCAA-CAACAGCACG--ATAG-------TT--T-GCTT---CAGT----TA-GCG-TGC--AAGATTT-TCAT-AT-A-T-G-A-T-T---ACCAT-A-TTACCCAt
gi|82470 : TAGAA-TTATTAAAC-AAACAGCATG--AT-G-------TT--CTGCTT---C-GT----GA-GCG-TGC--AATGTTT-TCATAAC-A-T-T-A-T-TC--ACC
gi|82471 : TAGAA-TTAGTGAAT-TAACAGCATG--ATAG-------TT--C-GCTT---CAGT----GA-GCA-CGC--AATGTTT-GCATAAC-A-T-T-ACT-C---ACC
gi|82472 : TAGAA-TTATTCCAA-TAGCAGCATGTAATAG-------TT--G-ACCT---TTGT----GA-GTG-TGC--GAGATTT-TCATACC-A-T-G-A-T-C---ACCAT-A-TT
gi|82473 : TAGAAATTATTCCATGTAACAGCATG--ATAG-------TT--G-ACCT---TTGT----GA-GCG-TGC--GAGATTTGTCATACC-A-T-GAA-T-TCACACCAT-A-TTAC
gi|82474 : TAGGA-TTATTAAAG-TAACAGCGTT--ATAG-------TT--C-GCTT---CAGT----AA-GCA-TGT--CAGATTT-T
gi|82475 : AGAA-TAATTAAAC-AAACAGCATG--ATAG-------TT--C-GCTT---CAGT----GC-GCG-TGC--AATGTTT-TCATAAC-A-T-T-ACT-C---ACC
gi|82476 : AGAA-TTATTAAAC-AAACAGCATG--ATAGTTCATAGTT--C-GCTT---CAGT----GA-GCG-TGC--AATGTTT-TCATAACTA-T-T-A-T-TC--ACC
gi|82477 : AGAA-TTATTCCAA-CAAAAGCATG--ATAG-------TT--T-ACTT---CAGT----GA-GCG-TGC--AA
gi|82478 : AGAA-ATATTCTAA-CAAAAGCATG--ATCG-------TT--T-ACTT---CAGT----GA-GCG-TGC--GA
gi|82479 : AGAA-TTATTCCAA-CAAAAGCATG--CTAG-------TTTAT-ACTT---CAGT----GA-GCG-TGC--AAGGT
gi|82480 : A-TTAATCAAA-CAACAGCATG--ACAG-------T---C-GCTT---CAGTTAGTGA-GCT-CGA--GAGGTTT-ACATTCC-A-T-G-A-T-T---GCCAT-
gi|82481 : -TTATTCAAA-CAACAGCATG--ACAG-------TT--C-GCCC---GAGT----G--GCG-TGC--GAGAATT-TTACACC-A-T-G-A-T-T---ACTAT-A-
gi|82482 : -TAACAGCTTG--ATAG-------TT--C-GCTT---TGGT----GA-GCG-TGG--GAGATTT-TCA-GGC-ACT-G-A-A-T----CCGT-A-ATACTCA
gi|82483 : AACAGCATG--ATAG-------TT--T-GCTT---CAGT----GA-GTG-TGC--AATGTTT-TCATAAC-A-T-T-ACT-C---ACC
gi|82484 : AGCATG--TCAG-------TT--C-GCTT---CATC----GA-GTG-TGC--GAGATTT-TCATGCA-A-T-A-G-T-T---ACCGT-A-TAACTCA
gi|82485 : ATG--GTAG-------TT--C-GCTT---CAGT----GA-GTG-TGC--GA------------------G-A-T-T---ACCAT-ATTTACTCAt
gi|82486 : CTT---CAGT----GA-GCG-TGC--AATATTT-TCAT-GC-ATT-G-G-T-T---ACCGG-T-TTACCCt