lowQualScore                  :                   1111          11                                                                            111111111111111111111111111                                                                                      111111111111111                                           1111          11        111        
lowQualScore                  :        1  2 1 1   2222 333  1 2 88 111  11  1 1 2222 666 11 222  5555 1 11   1 5 1 55 4 1     3 44 11 11 2 11 000000000000000000000000000  222222 1 33 777 55    777    1   1  2  4444 1  22 1 1     5 1  111 1 2 4  2 22  1 2 000000000000000  111 111 7 1 2 2 2 22  555555555  444 1 1 0000 1 2  33  88   1 44 000    1   
lowQualScore                  :        .  . . .   .... ...  . . .. ...  ..  . . .... ... .. ...  .... . ..   . . . .. . .     . .. .. .. . .. ...........................  ...... . .. ... ..    ...    .   .  .  .... .  .. . .     . .  ... . . .  . ..  . . ...............  ... ... . . . . . ..  .........  ... . . .... . .  ..  ..   . .. ...    .   
lowQualScore                  :        1  2 1 1   4444 000  1 2 55 999  55  1 1 8888 111 44 888  3333 0 44   0 1 0 99 1 0     1 55 44 44 0 44 999999999999999999999999999  999999 0 44 888 11    999    0   0  0  0000 0  44 0 0     1 0  888 0 0 0  0 44  0 1 444444444444444  888 888 5 0 1 1 1 44  111111111  666 0 0 0000 0 1  99  00   1 11 222    2   
consensus                     : GCCCAAA-AT-A-T-TGA-T--G---AT-T-TC-A---CT--TG-G-A--G-C---T--C---AA----A-C--CCT-T-G-C--A-G-TCAAA-T--A--A--G-G--A-------------------------A-TA------T-A--T-T-A--GCAAN--CCAA-AAA-TC-CG----C-TC--A-G-TTTGA-T-CA---G-T-A-AA-A--TG-A-T---------------TT---G---TGT-C-A-T-A--TG---------AC-G-A-G-A-G--C-T-TG--AA-GTTG-G--CA--AAAA-ATT
Reference ( gi|94477 )        : GCCCAAA-AT-A-T-TGA-C--G---AT-T-TG-A---CT--TG-G-A--G-C---T--C---AA----A-C--CCT-T-G-C--A-G-TCAAA-T--A--A--G-G--A-------------------------A-TA------T-A--T-C-A--GCAAT--CCAA-AAA-TC-CG----C-TC--A-G-TTTGA-T-CA---G-T-A-AA-A--TG-A-T---------------TT---G---TAT-C-A-T-A--TG---------AC-A-A-G-A-A--C-T-TG--AA-TTTG-G--CG--AAAA-ATT
gi|94479                      : GCCCAAA-AT-G-T-TGA-T--G---AT-T-TA-A---TT--TG-G-A--G-C---T--C---AA----A-T--TCT-T-G-C--A-G-TCAAA-T--A--A--G-G--A-------------------------A-TA------T-A--T-C-A--GCAAT--CC---AAA-TC-CG----C-TC--A-G-TTTTA-T-CA---G-T-A-AA-A--TG-A-T---------------TT---G---TGT-C-A-T-A--TG---------AC-A-A-G-A-G--C-T-TG--AA-GTTG-G--CC--AAAA-ATT
gi|94480                      : GCCCAAA-AT-A-T-TGA-T--G---AC-T-TC-A---CT--TC-T-A--G-C---T--C---AA----A-C--CCT-T-G-C--A-G-TCAAA-T--ATAA--G-G--A-------------------------A-TA------T-A--T-G-A--GCAAT--CCAA-AAA-TC-CG----C-TC--A-G-TTTGA-T-CA---A-T-A-AA-A--TG-A-T---------------TT---G---TGC-C-A-T-A--TG---------AC-G-A-G-A-G--T-T-TG--AA-GTTG-G--CA--AAAA-ATT
gi|94481                      : GCCCAAA-AT-A-T-TGA-T--G---AT-T-TC-A---CT--TG-A-A--G-C---T--C---AA----A-C--TCT-T-G-C--A-G-TCAAA-G--A--A--G-G--C-------------------------A-TA------T-A--T-T-A--GCAAA--CCAT-AAA-TC-CG----C-TC--A-G-TGTGA-T-CA---G-T-A-AA-A--TG-A-T---------------TT---G---TGT-C-A-T-A--TG---------AC-G-A-G-A-A--C-T-TG--AA-GTTG-GCCCA--AAAA-
gi|94478                      : GCCCAAA-AT-A-T-TGA-T--G---AT-T-TC-A---CT--TG-G-A--G-C---T--C---AA----A-C--CTT-T-C-C--A-G-ACAAA-T--A--A--G-G--A-------------------------A-TA------T-A--T-T-A--GCGCA--CCAA-AAA-TC-CG----C-TC--A-G-TCTCA-T-CA---G-T-A-AA-A--TG-A-T---------------TT---G---TGT-C-A-T-A--TG---------AC-G-A-G-A-G--C-T-TG--AA-GTAG-G--CA--A
gi|94484                      : GCCCAAA-AT-T-T-TAA----A---AT-T-TC-A---CT--TG-G-A--T-C---T--C---AA----A-C--CCT-T-G-CC-A-G-TCAAA----A--A--G-G--A-------------------------A-TA------T-A--T-T-A--GCAAT--CCAA-AAA-TC-CA----C-TC--G-G-TTTGA-T-CA---G-T-A-AA-A--TG-A-T---------------TG---G---TGT-C-A-T-A--TG---------AC-G-A-G-A-G--C-T-TG--AA-GTTG-G--CA--AAAA-
gi|94482                      : GCCCAAA-AT-A-T-TGA-T--GGTAAT-T-TC-A---CT--TG-G-A--G-T---T--C---AATTAAA-C--CCT-T-G-C--A-G-TCAAA-T--A--A--G-G--A-------------------------AATA------G-A--C-T-A--GCAAA--CCAA-AAA-TC-TG----C-TT--A-G-TTTGA-T-CA---G-C-A-AA-A--TG-A-T---------------TT---G---TGT-C-A-T-A--TG---------AC-A-A-G-A-G--C-T-TT--AA-GTTG-G--CA--TAAA-ATT
gi|94483                      : GCCCAAA-CT-A-T-TGA-T--G---AT-T-TC-A---CT--TG-G-A--G-C---T--C---AA----T-C--CCT-T-G-C--A-G-TCATA-T--A--A--G-G--A-------------------------A-TA------T-A--T-T-A--GCTAA--CGAA-AAC-TT-CG----C-TC--A-G-TTTGA-T-CA---G-T-A-AA-A--TA-A-----------------TA---G---TGT-C-A-T-A--TG---------AT-G-A-G-A-G--C-T-CG--AA-GTTG-G--CA--AAAA-ATT
gi|94485                      : GCCCAAA-AT-A-T-TGA-T--G---AC-T-TT-A---CC--TG-G-ATCG-T---C--C---AA----ATC--CCT-T-G-CC-A-G-TCAAA-T--A--A--G-G--A-------------------------A-TA------T-A--T-T-A--GC-AT--CCAA-AAA-TC-CA----C-TC--A-G-TTTTATT-CA---G-T-A-AA-A--TG-A-T---------------TT---G---T-T-C-A-T-A--TG---------AC-G-A-G-A-G--C-T-TA--AA-GTTT-G--CA--AAAA-
gi|94488                      : GCCCAAA-AT-A-T-TGA-TATG---AT-T-TC-A---CT--TG-G-A--G-C---T--C---AA------C--CCT-T-G-T--A-G-TCAAA-T--A--A--G-T--A-------------------------A-TA------T-A--T-T-A--GCAAT--CGAA-AAA-TC-C-----C-TC--T-G-TTT-A-T-TG---T-T-A-AA-A--TG-A-T---------------TT---G---TGT-C-A-T-A--TG---------ACGA-A-G-A-G--C-T-TG--AG---TG-G--CA--AAAA-ATT
gi|94487                      : GCCCAAA-AT-A-T-TGA-T--G---AT-T-TC-A---CT--TG-G-A--G-C---T--G---AT----A-T--CCT-T-G-C--A-T-TAAAA-T--A--A--G-G--A-------------------------C-TA------------------GCAAA--CCAA-AAA-TC-TC----C-TC--A-G-TTTGA-T-CA---G-T-A-AA-A--TG-A-T---------------TT---G---TGT-C-A-T-A--TA---------AT-G-A-G-A-T--C-T-TG--AA-GTTG-G--CA--AAA
gi|94489                      : GCCCAAA-AT-A-T--GA-T--G---AT-T-TC-A---CT--TG-G-A--G-C---T--C---AA----A-C--CCT-T-G-T--AGG-TCAAA-A--A--A--GCG--A-------------------------A-TATACATGT-A--T-T-A--GCAAT---CAA-CAA-TC-CG----C-TC--A-A-TTTGA-T-CA---GTT-A-AA-A--TG-A-T---------------TT---G---ATT-C-A-T-A--TG---------AC-GCA-G-A-G--CTT-TG--AA-GTTG-G--CA--AAAA-ATT
gi|94494                      : GCCCAAA-AT-A-T-TGA-T--G---A-----------------------A-C---T--C---AA----A-C--CCT-T-G-C--A-G-TCAAA-T--A--G--G-A--A-------------------------A-TA------T-A--T-T-A--GCAAT--CTAA-AAG--C-CG----C-TC--A-G-TTTGA-T-CA---G-T-A-AA-A--TG-A-TAGTAAAGGATTGATTTT---G---TGTTC-A-T-A--TG---------AC-A-A-G-A-G--C-T-TG--AA-GTTG-G--CG--AAAA-
gi|94492                      : GCCAGAA-AT-A-T-TGA-T--G---AT-T-T--A---CT---G-G-A--A-C---T--C---AA---------CCT-T-G-C--A-G-T--AA-T--A--A--G-G--A-------------------------AATA------T-A--T-T-A--GAAAT--CCAA-AAA-TC-CG----C-TC--A-G-TTTGA-T-CA---G-T-A-AA-T--AG-A-T---------------TT---G---TGT-CAA-T-A--TG---------AC---A-G-A-G--C-T-TG--AA-GTTG-GA-TA--AAAA-ATT
gi|94490                      : GCCCAAA-AT-A-T-CGA-T--G---AT-T-TC-C---AT--TG-G-A--T-C---T--C---AA----A-C--TCT-T-G-C--A-G-TGAAA-T--A--A--G-A--A-------------------------A-TA------G-A--T-T-A--GCAA---ACAA-AAA-TC-AG----C-TC--A-G-TTTGA-T-TA---G-C-A-AA-A--TG-A-A---------------TT---G---TGC-C-A-T-A--TG---------GC-A-A-G-A-G--C-T-TG--AA-GTAA-G--CAT-AAAA-ATT
gi|94493                      : GTCCAAA-AT-A-G-CGA-T--G---AT-T-TA-A---CT--TG-G-A--G-G---T--C---AA----A-C--CCT-T-G-C--A-G-TCAAA-T--A--A--G-G--A-------------------------A-T----------------A--GCAAA--CCAA-GAA-TC-CG----C-TC--A-C-TTTGA-T-CA---T-C-A-AC-A--TG-ATT---------------TT---GTTTTGT-T-A-T-G--TG---------AC-G-A-G-A-A--C-T-TG--AA-GTTG-G--C
gi|94495                      : GCCGAAA-AT-A-T-CGA-T--G---AT-T-TC-A---CT--TG-G-A--G-C---T--C---AA----A-C--CCA-T-G-T--A-G-TCAAA-T--A--A--G-G--A-------------------------A-TA------C-A--T-T-A--GCAAA--TCAA-AAA-TC-CG----C-TC--A-G-TTTGA-T-CA---G-T-A-AA-A--TG-atacaat
gi|94491                      : GCCCAAA-AT-A-T-TGA-T--G---AT-T-T--------------------C---T--C---------------TT-T-G-A--A-C-TCAAA-T--A--A--G-G--A-------------------------A-TA------T-A--T-T-A--GCAAT--CCAA-AAA-TC-CG----C-TC--A-G-TTTGA-T-CA---G-T-A-AA-T--TG-A-T---------------TA---G---TGT-C-A-T-A--TG---------AG-G-A-G-G-G--C-T-TG--AA-GTTG-A--CA--AAAA-
gi|94486                      : GCCCAAA-AT-A-T-TGA-T--G---AT-T-T--A---CC--TG-G-A--TTC---T--CC--AA----A-C--CCT-TTG-CC-A-G-TCAAA-T--A--A--G-G--A-------------------------A-TA------T-A--T-T-A--GCA----TCAA-AAA-TC-CA----C-TCAAA-G-TTTTATT-CA---G-T-A-AA-A--TG-A-T---------------TT---G---T-T-C-A-T-A--TGA--------AC-G-A-G-A-G--C-TATA--AA-GTTT-G--CA--AAAA-
gi|94497                      : GCCCAAA-AT-A-T-TGA-T--G---AT-T-TC-A---CT--TG-G-A--G-C---T--C---AA----A-C--CCT-T-G-T--A-G-TC------------------------------------------------------------------------------AAA-TC-CG----C-TC--A-G-TTTGA-T-C----G-T-A-AA-A--TG-A-T---------------TT---A---TGT-C-A-A-A--TG---------AC-A-A-G-A-G--C-T-TG--AA-GTAG-G--CA--AAAA-
gi|94498                      : GCCCAAA-ATTA-T-TGA-T--G---AT-C-TG-ATCACT--TG-G-A--G-C---T--C---CA----A----CCT-T-A-C--A-G-TCAAA-TACA--G--G-G--A-------------------------A-TA------T-AT-T-T-A--GCAAA--CC-A-AAA-TC-TG----C-TCA-A-G-TTTGA-T-CAATTA-T-A-AA-A--TG-A-----------------TT---G---TGC-C-A-T-ATTTG----------C-A-A-G-A-G--C---TG--AA--GTG-G--CA--AAAA-ATT
gi|94502                      : GCCCAAA--T-A-T-TGA-T-------C-T-TC-A----T--TG-G-A--A-CA--T--C---AAT---A-T--CCT-TCG-C--AAG-TCAAAAT--A--A--G-G--A-------------------------CCTA------T-A--T-T-AATGCAATTTCCAA-AAA-TC-CG----C-TC--A-G-TTTGAAT-CA---G-T-ACAA-A--TG-A-T---------------TT---G---TGG-C-A-T-A--TG---------AC-A-A-G-A-G--C-T-TG--AAGTTGG-G--CA--AATA-AT
gi|94501                      : GCCCAAA--T-A-T-TGA-T-------C-T-TC-A----T--TG-G-A--A-CA--T--C---AAT---A-T--CCT-TCG-C--AAG-TCAAAAT--A--A--G-G--A-------------------------CCTA------T-A--T-T-AATGCAATTTCCAA-AAA-TC-CG----C-TC--A-G-TTTGAAT-CA---G-T-ACAA-A--TG-A-T---------------TT---G---TGG-C-A-T-A--TG---------AC-A-A-G-A-G--C-T-TG--AAGTTGG-G--CA--AATA-AT
gi|94500                      : GCCCAAA--T-A-T-TGA-T-------C-T-TC-A----T--TG-G-A--A-CA--T--C---AAT---A-T--CCT-TCG-C--AAG-TCAAAAT--A--A--G-G--A-------------------------CCTA------T-A--T-T-AATGCAATTTCCAA-AAA-TC-CG----C-TC--A-G-TTTGAAT-CA---G-T-ACAA-A--TG-A-T---------------TT---G---TGG-C-A-T-A--TG---------AC-A-A-G-A-G--C-T-TG--AAGTTGG-G--CA--AATA-AT
gi|94499                      : GCCCAAACAT-A-T-TGA-TCGG---AT-T-TC-A---CC--AG-G----T-C---T--C---AA----A-C--C-T-T-G-C--G-T-CCAAA-T--A--A--G-A--A-------------------------T-TA------T-A--T-T-A--GCAAT--CCAA-AAACTC-CACCT-C-CC--G-G-TTTTA-T-CA---G-T-A-AA-AC-TG-A-T---------------TT---G---TGT-C-ATT-A--TG---------AC-G-A-G-A-G--C-T-TAACAG-TTTGCA--CA--AAAA-ATT
gi|94496                      : GCCCAAA-AT-A-T-TA-----G---AT-TATC-A---CT--TG---A--G-T---T--CTTAGA----A-CGGCCT-T-G-C--A-G-TCAAA-TT-A--A--A-G--A-------------------------A-TG------TTA--TGC-A--GCAAA--CCAA-AAA-TG-CG----CAGC--A-A-GTTGA-T-TA---G-T-A-AA-AGATA-A-T---------------TT---G---CAT-C-A-T-A--TG---------AC-G-ACG-AGG--C-T-TGA-AA-GTCG-G--CAT-AAAA-ATT
gi|94503                      : GCCCAAA-AC-A-T-CGA-T--A---AT-T-TT-A---CT--TA-G-A--A-C---T--C---AA----A-C--CCT-T-G-T--G-G-TCAAA-T--A--A--G-G--A-------------------------A-TA------C-A--C-T-A--GCAAA--CCAA-AAA-TC-
gi|94505                      : GCTCAAA-AT-AAT-TGA-T--G---GG-T-TT-C---CT--AG-A-A--T-C---T--C---AA----A-C--CCT-G-G-C--A-G-T-AAA-T--A--A--GTGATA-------------------------A-TA------T----T-T-A--GAAAT--CCAA-AAT-TCTCA----C-T---A-G---TGG-T-TA-----T-A-GACA--TG-A-T---------------CT---G---TTA-C-A-T-A--CG------------A-A-G-A------T-TG--AAGGTTG-G--TC--AAAATATT
gi|94504                      : GCCCAAA--T-A-T-TGAAT--G---AT-T-C--A---CA---A-A-A--T-C---T--C---AA----A-C--CCT-G-G----A-G-TCAAA-T--C--A--G------------------------------A-TA------T--------A--GCAAA--CAAC-AAG-CC-CA----C-TA--A-G-TGTTA---CA---G-T-T-AA-A--TGCA-T---------------CT---G---TGT-C-C-C-A--TG---------AC-G-A-G-C-G--C-T-TG--AA-
gi|94506                      :  CCCAAA-AT-A-T-TGAAT--G---ATGT-TC-A---CT--TG-G-A--T-C---T--C---AA----A-C--CCT-T-G-CCAA-G-TCAAA-T--A--ACGG-G--A-------------------------ACTA------T----T-T-A--GCAAT--CCAA-AAA-TC-CA----C-TC--A-G-TTTTA-T-CA---G-T-G-AA-A--TG-A-TTGTTCG---------TT---G---TG--C-A-T-A--TG---------AC-G-A-G-G-AGCC-T-TT--AA-GTTG-G--CACCAAAA-ATagttg
gi|94507                      :  CCCAAA-AT-A-T--GA-T--G---AT-T-TC-A---TTAATG-G-A--T-CA--T--C---AA---------CCT-T-G-CCCA-GATCAAA-T--A--A--G-G--A-------------------------A-CA------T-A--T-T-A--GCAAT--CCAA-AAA-TC-CA----C-TC--A-GCTTTTA-TGCA---G-T-A-AA-A--TG-ATT---------------TT---G---TGT-C-A-TCA--TG---------AC-A-A-G-AGA--C-C-TT--AA-GTTG-G--
gi|94508                      :  CCAAAA-AT-A-T-TGA-T--G---AT-T-TACA---CT--TGTGCA--A-C---TCCC---AA----A-C--CTC-A-G-C--A-G-TTAAT-TA-A--A--G-G--A-------------------------A-TA------T-AC-T-T-AG-GCAAT--CCCA-A----T-CA----C-TC--A-G--TTGA-T-CA---G-T-ACAA-A--TT-A-T---------------TT---G---TGT-C---T-A--GGGAATCGAACAC-G-A-G-A-G--C-T-TG--AA-ATTG-G--CA--AAAA-tactaacaaaaact
gi|94510                      :   CCAAA-AT-A-T-TGA-T--G---AT-T-CA-A---CT--TG-G-A--G-C---T--C---AA----A-C--CCT-T-G-C--A-G-TTAAA-T--A--A--G-G--A-------------------------A-TA------T-A--T-TGA--GC-AT--CCAA-AA---C-CA----C-TC--A-G-TTTGA-T-CA---G-T-A-AATA--TT-A-T---------------TT---G---TGT-C-A-T-A--TA---------AC-GCA-G-A-G--C-TGTGATAA-TTAG-G--CA--AAAA-ATT
gi|94509                      :   CCAAA-ATTA-T-TGA-T--G---AT-T-C--A---CT--TG-G-A--G-C---T--C---AA----A-C--CCC---G-C--A-G-TCCAA-T--A--A--G-G--A-------------------------A-TA------T-A--T-T-A--GCAAT--CCAA-AAA-TC-CGCCATC-CC--ACG-TTTTG-T-CA---G-TAA-AA-A--TG-A-T---------------TT---G---TGT---A-T-A--TG---------AC-G-A-G-A-G--C-T-TG--GA-GTTG-A--CA--AAAA-ATT
gi|94511                      :   CCAAA-AT-A-TATGA-T--G---AT-T-TC-A---CT--TG-G-A--T-C---T------AA----A-C----T-T-G-C--A-G-TCAAA-T--A--A--G-G--A-------------------------A-TA------T-A--T-T-A---C-AT--CCAA-AAA-TC-C-----C-AC--T-G-TTTG--T-CA---G-T---AA-A--TG-A-TA--------------TG---G---TGT-C-A-TAA--TG---------AT-G-A-G---G--C-T-TA--AA-GTTG-GCACA--AAAA-ATT
gi|94512                      :     AAA-AT-A-T-TGA-T--GT--AT-T-C--A---CT--TG-G-A--G-C---T--C---AA----A-C--CCT-G-G-C--A-G-TCAAG-T--A--A--G-G--A-------------------------A-TA------T-A--T-T-A--GCAAA--CTAA-AAA-TC-CG----C-TC--A-G-TTTGA-T-CA---A-T-A-AA-A--TG-A-T---------------TT---G---TGT-C-ATT-A--TG---------AC-G-A-G-A-AAGC-T-TG--AA--TTG-G--CA--AAAC-ATT
gi|94513                      :     AAA-AT-A-T-TGA-T--T---AT-TGTC-G---TT--TC-G-A--G-C---C-------A----A-C--CCTGT-G-C--A-G-TCAAA-T--G--A--A-G--ATAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN------T-A--T-C-A--GCAAA--CCAA-AAA-TC-CG----C-CC--A-G-TTTGA-A-TA---G-T-A-CA-A--TG-A-T---------------TT---G---TGT-C-A-T-A--TG---------AC-G-A-A-A-G--C-T-TG--AA-GTCG-G--CA--AAAA-
gi|94514                      :                     --G---AT-C-TT-A---CT--TG-T-A--A-CACAG--C---AA----A--------T-GAC--A-G-TCAAA-T--A--A--G-G--A-------------------------A-TA------T-A--T-T-A--GCAAA--CCAA-AAA-TC-CG----C-TC--C-G-TTTTA-T-CA---G-T-A-AA-A--TG-A-T---------------TT---G---TGT-CTG-T-A--TG---------AC-G-A-G-A-G--C-T-TG--AA-GTTG-G--TA--AGAA-
gi|94515                      :                                                      ---T--T---AG----A-C--CCT-T-G-C--A-G-TCAAA-T--A--A--A-G--A-------------------------A-TT------T-A--T-C-A--GCAAA--CCAA-AAA-TG-CG----C-AC--A-G-TTTGA-T-TA---G-T-A-AA-A--TA-A-T---------------TT---G---TAT-C-A-T-A--TG---------AC-G-A-G-A-G--C-T-TG--AA-GTCG-G--CA--AAAA-
gi|94516                      :                                                             ---AA----A-C--CCT-TTG-C--A-G-TCAAA-TA-A--A--G-G--T-------------------------A-TA------T-AATT-A-A--GCAAG--TTAATAAA-TCTTG----C-T-----A-TTTGA-T-CA---G-TAA-AA-A--TG-A-T---------------TTTTAG---TGG-C-A-T-AT-TG---------AC-A-A-GTA-A------TG--AA-GTTG-G--CC--AAA
gi|94517                      :                                                                                                          -G--A-------------------------A-TA------T-A--T-T-A--GCAAT--CCAA-AAA-TC-CG----T-TC--A-G-TTTGA-A-CA---G-T-A-AA-A--TG-A-T---------------TT---G---TGT-C-A-T-A--TG---------AC-A-A-G-A-T--G-T-TG--AA-GTTG-G--CA--AAAT-ATTcaaat
gi|94518                      :                                                                                                                                                                                                                 -A-AA-A--TG-A-T---------------TT---G---TGT-C-A-T-A--TG---------AC-G-A-G-A-G--C-T-T

lowQualScore                  :                                                                                                               111111111111111111111111111                                                                                     111111111111111                                                                                
lowQualScore                  :        1  2 1 1   2 22 111 1 1 2 222    11  1 1 2222 555 11 222  5555 1 11   1 5 2 44 4 1     3 44 11 11 2 11 111111111111111111111111111  222222 2 2 1 2 55    555    1   1  2  3333 1  22 1 1     5 1  111 1 2 3  2 22  1 2 000000000000000  111 111   1 2 2 2 22  555555555   3 2 22 1 2 1 2  2 2 1   4  77  66666  1     
lowQualScore                  :        .  . . .   . .. ... . . . ...    ..  . . .... ... .. ...  .... . ..   . . . .. . .     . .. .. .. . .. ...........................  ...... . . . . ..    ...    .   .  .  .... .  .. . .     . .  ... . . .  . ..  . . ...............  ... ...   . . . . ..  .........   . . .. . . . .  . . .   .  ..  .....  .     
lowQualScore                  :        1  2 1 1   2 99 888 1 1 1 999    44  1 1 2222 999 44 888  1111 0 44   0 0 0 88 0 0     0 44 44 44 0 33 666666666666666666666666666  888888 0 0 0 0 00    777    0   0  0  9999 0  44 0 0     0 0  888 0 0 9  0 33  0 0 111111111111111  888 888   0 0 0 0 44  000000000   0 0 44 0 0 0 0  0 0 0   1  55  22222  1     
consensus                     : GCCCAAA-AT-A-T-TGA-T--G---A-T-T-T---CACT--TG-G-A--G-C---T--C---AA----A-C--CCT-T-G-C--A-G-TCAAA-T--A--A--G-G--A-------------------------A-TA------T-A-T-T-A--GCAAN--CCAA-AAA-TC-CG----C-TC--A-G-TTTGA-T-CA---G-T-A-AA-A--TG-A-T---------------TT---G---TGT-C-A-T-A--TG---------ACG-A-G--A-G-C-T-TG-A-A-GTT-GG--CA-----AA-AAATT
Reference ( family-499 )      : GCCCAAA-AT-A-T-TGA-T--G---A-T-T-T---CACT--TG-G-A--G-C---T--C---AA----A-C--CCT-T-G-C--A-G-TCAAA-T--A--A--G-G--A-------------------------A-TA------T-A-T-T-A--GCAAN--CCAA-AAA-TC-CG----C-TC--A-G-TTTGA-T-CA---G-T-A-AA-A--TG-A-T---------------TT---G---TGT-C-A-T-A--TG---------ACG-A-G--A-G-C-T-TG-A-A-GTT-GG--CA-----AA-AAATT
gi|94477                      : GCCCAAA-AT-A-T-TGA-C--G---A-T-T-T---GACT--TG-G-A--G-C---T--C---AA----A-C--CCT-T-G-C--A-G-TCAAA-T--A--A--G-G--A-------------------------A-TA------T-A-T-C-A--GCAAT--CCAA-AAA-TC-CG----C-TC--A-G-TTTGA-T-CA---G-T-A-AA-A--TG-A-T---------------TT---G---TAT-C-A-T-A--TG---------ACA-A-G--A-A-C-T-TG-A-A-TTT-GG--CG-----AA-AAATT
gi|94478                      : GCCCAAA-AT-A-T-TGA-T--G---A-T-T-T---CACT--TG-G-A--G-C---T--C---AA----A-C--CTT-T-C-C--A-G-ACAAA-T--A--A--G-G--A-------------------------A-TA------T-A-T-T-A--GCGCA--CCAA-AAA-TC-CG----C-TC--A-G-TCTCA-T-CA---G-T-A-AA-A--TG-A-T---------------TT---G---TGT-C-A-T-A--TG---------ACG-A-G--A-G-C-T-TG-A-A-GTA-GG--CA-----A
gi|94479                      : GCCCAAA-AT-G-T-TGA-T--G---A-T-T-T---AATT--TG-G-A--G-C---T--C---AA----A-T--TCT-T-G-C--A-G-TCAAA-T--A--A--G-G--A-------------------------A-TA------T-A-T-C-A--GCAAT--CCAA-A---TC-CG----C-TC--A-G-TTTTA-T-CA---G-T-A-AA-A--TG-A-T---------------TT---G---TGT-C-A-T-A--TG---------ACA-A-G--A-G-C-T-TG-A-A-GTT-GG--CC-----AA-AAATT
gi|94480                      : GCCCAAA-AT-A-T-TGA-T--G---A-C-T-T---CACT--TC-T-A--G-C---T--C---AA----A-C--CCT-T-G-C--A-G-TCAAA-T--ATAA--G-G--A-------------------------A-TA------T-A-T-G-A--GCAAT--CCAA-AAA-TC-CG----C-TC--A-G-TTTGA-T-CA---A-T-A-AA-A--TG-A-T---------------TT---G---TGC-C-A-T-A--TG---------ACG-A-G--A-G-T-T-TG-A-A-GTT-GG--CA-----AA-AAATT
gi|94481                      : GCCCAAA-AT-A-T-TGA-T--G---A-T-T-T---CACT--TG-A-A--G-C---T--C---AA----A-C--TCT-T-G-C--A-G-TCAAA-G--A--A--G-G--C-------------------------A-TA------T-A-T-T-A--GCAAA--CCAT-AAA-TC-CG----C-TC--A-G-TGTGA-T-CA---G-T-A-AA-A--TG-A-T---------------TT---G---TGT-C-A-T-A--TG---------ACG-A-G--A-A-C-T-TG-A-A-GTT-GGCCCA-----AA-AAA
gi|94482                      : GCCCAAA-AT-A-T-TGA-T--GGTAA-T-T-T---CACT--TG-G-A--G-T---T--C---AATTAAA-C--CCT-T-G-C--A-G-TCAAA-T--A--A--G-G--A-------------------------AATA------G-A-C-T-A--GCAAA--CCAA-AAA-TC-TG----C-TT--A-G-TTTGA-T-CA---G-C-A-AA-A--TG-A-T---------------TT---G---TGT-C-A-T-A--TG---------ACA-A-G--A-G-C-T-TT-A-A-GTT-GG--CA-----TA-AAATT
gi|94483                      : GCCCAAA-CT-A-T-TGA-T--G---A-T-T-T---CACT--TG-G-A--G-C---T--C---AA----T-C--CCT-T-G-C--A-G-TCATA-T--A--A--G-G--A-------------------------A-TA------T-A-T-T-A--GCTAA--CGAA-AAC-TT-CG----C-TC--A-G-TTTGA-T-CA---G-T-A-AA-A--TA-A-----------------TA---G---TGT-C-A-T-A--TG---------ATG-A-G--A-G-C-T-CG-A-A-GTT-GG--CA-----AA-AAATT
gi|94484                      : GCCCAAA-AT-T-T-TAA----A---A-T-T-T---CACT--TG-G-A--T-C---T--C---AA----A-C--CCT-T-GCC--A-G-TCAAA----A--A--G-G--A-------------------------A-TA------T-A-T-T-A--GCAAT--CCAA-AAA-TC-CA----C-TC--G-G-TTTGA-T-CA---G-T-A-AA-A--TG-A-T---------------TG---G---TGT-C-A-T-A--TG---------ACG-A-G--A-G-C-T-TG-A-A-GTT-GG--CA-----AA-AA
gi|94485                      : GCCCAAA-AT-A-T-TGA-T--G---A-C-T-T---TACC--TG-G-ATCG-T---C--C---AA----ATC--CCT-T-G-CC-A-G-TCAAA-T--A--A--G-G--A-------------------------A-TA------T-A-T-T-A--GC-AT--CCAA-AAA-TC-CA----C-TC--A-G-TTTTATT-CA---G-T-A-AA-A--TG-A-T---------------TT---G---T-T-C-A-T-A--TG---------ACG-A-G--A-G-C-T-TA-A-A-GTT-TG--CA-----AA-AAA
gi|94486                      : GCCCAAA-AT-A-T-TGA-T--G---A-T-T-T----ACC--TG-G-A--TTC---T--CC--AA----A-C--CCT-TTG-CC-A-G-TCAAA-T--A--A--G-G--A-------------------------A-TA------T-A-T-T-A--GCA----TCAA-AAA-TC-CA----C-TCAAA-G-TTTTATT-CA---G-T-A-AA-A--TG-A-T---------------TT---G---T-T-C-A-T-A--TGA--------ACG-A-G--A-G-C-TATA-A-A-GTT-TG--CA-----AA-AAA
gi|94487                      : GCCCAAA-AT-A-T-TGA-T--G---A-T-T-T---CACT--TG-G-A--G-C---T--G---AT----A-T--CCT-T-G-C--A-T-TAAAA-T--A--A--G-G--A---------------------------------------C-T-A--GCAAA--CCAA-AAA-TC-TC----C-TC--A-G-TTTGA-T-CA---G-T-A-AA-A--TG-A-T---------------TT---G---TGT-C-A-T-A--TA---------ATG-A-G--A-T-C-T-TG-A-A-GTT-GG--CA-----AA-
gi|94488                      : GCCCAAA-AT-A-T-TGA-TATG---A-T-T-T---CACT--TG-G-A--G-C---T--C---AA------C--CCT-T-G-T--A-G-TCAAA-T--A--A--G-T--A-------------------------A-TA------T-A-T-T-A--GCAAT--CGAA-AAA-TC-C-----C-TC--T-G-TTT-A-T-TG---T-T-A-AA-A--TG-A-T---------------TT---G---TGT-C-A-T-A--TG---------ACGAA-G--A-G-C-T-TG-A-G---T-GG--CA-----AA-AAATT
gi|94489                      : GCCCAAA-AT-A-T--GA-T--G---A-T-T-T---CACT--TG-G-A--G-C---T--C---AA----A-C--CCT-T-G-T--AGG-TCAAA-A--A--A--GCG--A-------------------------A-TATACATGT-A-T-T-A--GCAAT---CAA-CAA-TC-CG----C-TC--A-A-TTTGA-T-CA---GTT-A-AA-A--TG-A-T---------------TT---G---ATT-C-A-T-A--TG---------ACGCA-G--A-G-CTT-TG-A-A-GTT-GG--CA-----AA-AAATT
gi|94490                      : GCCCAAA-AT-A-T-CGA-T--G---A-T-T-T---CCAT--TG-G-A--T-C---T--C---AA----A-C--TCT-T-G-C--A-G-TGAAA-T--A--A--G-A--A-------------------------A-TA------G-A-T-T-A--GCAAA---CAA-AAA-TC-AG----C-TC--A-G-TTTGA-T-TA---G-C-A-AA-A--TG-A-A---------------TT---G---TGC-C-A-T-A--TG---------GCA-A-G--A-G-C-T-TG-A-A-GTA-AG--CAT----AA-AAATT
gi|94491                      : GCCCAAA-AT-A-T-TGA-T--G---A-T-T-T---CTCT--TT-G-A--A-C---T--C---AA----------------------------A-T--A--A--G-G--A-------------------------A-TA------T-A-T-T-A--GCAAT--CCAA-AAA-TC-CG----C-TC--A-G-TTTGA-T-CA---G-T-A-AA-T--TG-A-T---------------TA---G---TGT-C-A-T-A--TG---------AGG-A-G--G-G-C-T-TG-A-A-GTT-GA--CA-----AA-AA
gi|94492                      : GCCAGAA-AT-A-T-TGA-T--G---A-T-T-T----ACT---G-G-A--A-C---T--C---AA---------CCT-T-G-C--A-G-T--AA-T--A--A--G-G--A-------------------------AATA------T-A-T-T-A--GAAAT--CCAA-AAA-TC-CG----C-TC--A-G-TTTGA-T-CA---G-T-A-AA-T--AG-A-T---------------TT---G---TGT-CAA-T-A--TG---------AC--A-G--A-G-C-T-TG-A-A-GTT-GGA-TA-----AA-AAATT
gi|94493                      : GTCCAAA-AT-A-G-CGA-T--G---A-T-T-T---AACT--TG-G-A--G-G---T--C---AA----A-C--CCT-T-G-C--A-G-TCAAA-T--A--A--G-G--A-------------------------A---------------T-A--GCAAA--CCAA-GAA-TC-CG----C-TC--A-C-TTTGA-T-CA---T-C-A-AC-A--TG-ATT---------------TT---GTTTTGT-T-A-T-G--TG---------ACG-A-G--A-A-C-T-TG-A-A-GTT-GG--CA-----TA-CAAT
gi|94494                      : GCCCAAA-AT-A-T-TGA-T--G---A-----------------------A-C---T--C---AA----A-C--CCT-T-G-C--A-G-TCAAA-T--A--G--G-A--A-------------------------A-TA------T-A-T-T-A--GCAAT--CTAA-AAG--C-CG----C-TC--A-G-TTTGA-T-CA---G-T-A-AA-A--TG-A-TAGTAAAGGATTGATTTT---G---TGTTC-A-T-A--TG---------ACA-A-G--A-G-C-T-TG-A-A-GTT-GG--CG-----AA-AAA
gi|94495                      : GCCGAAA-AT-A-T-CGA-T--G---A-T-T-T---CACT--TG-G-A--G-C---T--C---AA----A-C--CCA-T-G-T--A-G-TCAAA-T--A--A--G-G--A-------------------------A-TA------C-A-T-T-A--GCAAA--TCAA-AAA-TC-CG----C-TC--A-G-TTTGA-T-CA---G-T-A-AA-A--TG-
gi|94496                      : GCCCAAA-AT-A-T-TA-----G---A-T-TAT---CACT--TG---A--G-T---T--CTTAGA----A-CGGCCT-T-G-C--A-G-TCAAA-TT-A--A--A-G--A-------------------------A-TG------TTA-TGC-A--GCAAA--CCAA-AAA-TG-CG----CAGC--A-A-GTTGA-T-TA---G-T-A-AA-AGATA-A-T---------------TT---G---CAT-C-A-T-A--TG---------ACG-ACG--AGG-C-T-TGAA-A-GTC-GG--CAT----AA-AAATT
gi|94497                      : GCCCAAA-AT-A-T-TGA-T--G---A-T-T-T---CACT--TG-G-A--G-C---T--C---AA----A-C--CCT-T-G-T--A-G-TCAAA-T-----------------------------------------------------------------------------C-CG----C-TC--A-G-TTTGA-T-C----G-T-A-AA-A--TG-A-T---------------TT---A---TGT-C-A-A-A--TG---------ACA-A-G--A-G-C-T-TG-A-A-GTA-GG--CA-----AA-AAA
gi|94498                      : GCCCAAA-ATTA-T-TGA-T--G---A-T-C-TGATCACT--TG-G-A--G-C---T--C---CA----A----CCT-T-A-C--A-G-TCAAA-TACA--G--G-G--A-------------------------A-TA------T-ATT-T-A--GCAAA--CC-A-AAA-TC-TG----C-TCA-A-G-TTTGA-T-CAATTA-T-A-AA-A--TG-A-----------------TT---G---TGC-C-A-T-ATTTG----------CA-A-G--A-G-C---TG-A-A-G-T-GG--CA-----AA-AAATT
gi|94499                      : GCCCAAACAT-A-T-TGA-TCGG---A-T-T-T---CACC--AG-G----T-C---T--C---AA----A-C--C-T-T-G-C--G-T-CCAAA-T--A--A--G-A--A-------------------------T-TA------T-A-T-T-A--GCAAT--CCAA-AAACTC-CACCT-C-CC--G-G-TTTTA-T-CA---G-T-A-AA-AC-TG-A-T---------------TT---G---TGT-C-ATT-A--TG---------ACG-A-G--A-G-C-T-TA-ACA-GTT-TGCACA-----AA-AAATT
gi|94500                      : GCCCAAA--T-A-T-TGA-T--------C-T-T---CA-T--TG-G-A--A-CA--T--C---AAT---A-T--CCT-TCG-C--AAG-TCAAAAT--A--A--G-G--A-------------------------CCTA------T-A-T-T-AATGCAATTTCCAA-AAA-TC-CG----C-TC--A-G-TTTGAAT-CA---G-T-ACAA-A--TG-A-T---------------TT---G---TGG-C-A-T-A--TG---------ACA-A-G--A-G-C-T-TG-A-A-GTTGGG--CA-----AA-TAAT
gi|94501                      : GCCCAAA--T-A-T-TGA-T--------C-T-T---CA-T--TG-G-A--A-CA--T--C---AAT---A-T--CCT-TCG-C--AAG-TCAAAAT--A--A--G-G--A-------------------------CCTA------T-A-T-T-AATGCAATTTCCAA-AAA-TC-CG----C-TC--A-G-TTTGAAT-CA---G-T-ACAA-A--TG-A-T---------------TT---G---TGG-C-A-T-A--TG---------ACA-A-G--A-G-C-T-TG-A-A-GTTGGG--CA-----AA-TAAT
gi|94502                      : GCCCAAA--T-A-T-TGA-T--------C-T-T---CA-T--TG-G-A--A-CA--T--C---AAT---A-T--CCT-TCG-C--AAG-TCAAAAT--A--A--G-G--A-------------------------CCTA------T-A-T-T-AATGCAATTTCCAA-AAA-TC-CG----C-TC--A-G-TTTGAAT-CA---G-T-ACAA-A--TG-A-T---------------TT---G---TGG-C-A-T-A--TG---------ACA-A-G--A-G-C-T-TG-A-A-GTTGGG--CA-----AA-TAAT
gi|94503                      : GCCCAAA-AC-A-T-CGA-T--A---A-T-T-T---TACT--TA-G-A--A-C---T--C---AA----A-C--CCT-T-G-T--G-G-TCAAA-T--A--A--G-G--A-------------------------A-TA------C-A-C-T-A--GCAAA--CCAA-AAA-TC-
gi|94504                      : GCCCAAA--T-A-T-TGAAT--G---A-T-T-----CACA---A-A-A--T-C---T--C---AA----A-C--CCT-G-G----A-G-TCAAA-T--C--A--G---------------------------------A------T-A-T---A--GCAAA--CAAC-AAG-CC-CA----C-TA--A-G-TGTTA---CA---G-T-T-AA-A--TGCA-T---------------CT---G---TGT-C-C-C-A--TG---------ACG-A-G--C-G-C-T-TGAA-A-GTT-G
gi|94505                      : GCTCAAA-AT-AAT-TGA-T--G---GGT-T-T---C-CT--AG-A-A--T-C---T--C---AA----A-C--CCT-G-G-C--A-G-T-AAA-T--A--A--GTGATA-------------------------A-TA------T---T-T-A--GAAAT--CCAA-AAT-TCTCA----C-T---A-G---TGG-T-TA-----T-A-GACA--TG-A-T---------------CT---G---TTA-C-A-T-A--CG---------A---A-G--A-----T-TG-A-AGGTT-GGT-CA-----AA-ATATT
gi|94506                      :  CCCAAA-AT-A-T-TGAAT--G---A-TGT-T---CACT--TG-G-A--T-C---T--C---AA----A-C--CCT-T-G-CCAA-G-TCAAA-T--A--ACGG-G--A-------------------------ACTA------T---T-T-A--GCAAT--CCAA-AAA-TC-CA----C-TC--A-G-TTTTA-T-CA---G-T-G-AA-A--TG-A-TTGTTCG---------TT---G---TG--C-A-T-A--TG---------ACG-AGG--A-GCC-T-TT-A-A-GTT-GG--CACC---AA-AAAT
gi|94507                      :  CCCAAA-AT-A-T--GA-T--G---A-T-T-T---CATTAATG-G-A--T-CA--T--C---AA---------CCT-T-G-CCCA-GATCAAA-T--A--A--G-G--A-------------------------A-CA------T-A-T-T-A--GCAAT--CCAA-AAA-TC-CA----C-TC--A-GCTTTTA-TGCA---G-T-A-AA-A--TG-ATT---------------TT---G---TGT-C-A-TCA--TG---------ACA-A-G--A-GAC-C-TT-A-A-GTT-GG--TACTAACAA-AAACT
gi|94508                      :  CCAAAA-AT-A-T-TGA-T--G---A-T-T-TA--CACT--TGTGCA--A-C---TCCC---AA----A-C--CTC-A-G-C--A-G-TTAAT-TA-A--A--G-G--A-------------------------A-TA------T-ACT-T-AG-GCAAT--CCCA-A----T-CA----C-TC--A-G--TTGA-T-CA---G-T-ACAA-A--TT-A-T---------------TT---G---TGT-C---T-A--GGGAATCGAACACG-A-G--A-G-C-T-TG-A-A-ATT-GG--CA-----AA-AAA
gi|94509                      :   CCAAA-ATTA-T-TGA-T--G---A-T-T-----CACT--TG-G-A--G-C---T--C---AA----A-C--CCC---G-C--A-G-TCCAA-T--A--A--G-G--A-------------------------A-TA------T-A-T-T-A--GCAAT--CCAA-AAA-TC-CGCCATC-CC--ACG-TTTTG-T-CA---G-TAA-AA-A--TG-A-T---------------TT---G---TGT---A-T-A--TG---------ACG-A-G--A-G-C-T-TG-G-A-GTT-GA--CA-----AA-AAATT
gi|94510                      :   CCAAA-AT-A-T-TGA-T--G---A-T-T-C---AACT--TG-G-A--G-C---T--C---AA----A-C--CCT-T-G-C--A-G-TTAAA-T--A--A--G-G--A-------------------------A-TA------T-A-T-TGA--GC-AT--CCAA-AA---C-CA----C-TC--A-G-TTTGA-T-CA---G-T-A-AATA--TT-A-T---------------TT---G---TGT-C-A-T-A--TA---------ACGCA-G--A-G-C-TGTG-ATA-ATTAGG--CA-----AA-AAATT
gi|94511                      :   CCAAA-AT-A-TATGA-T--G---A-T-T-T---CACT--TG-G-A--T-C---T------AA----A-C----T-T-G-C--A-G-TCAAA-T--A--A--G-G--A-------------------------A-TA------T-A-T-T-A---C-AT--CCAA-AAA-TC-C-----C-AC--T-G-TTTG--T-CA---G-T---AA-A--TG-A-TA--------------TG---G---TGT-C-A-TAA--TG---------ATG-A-G----G-C-T-TA-A-A-GTT-GGCACA-----AA-AAATT
gi|94512                      :     AAA-AT-A-T-TGA-T--G---T-A-T-T---CACT--TG-G-A--G-C---T--C---AA----A-C--CCT-G-G-C--A-G-TCAAG-T--A--A--G-G--A-------------------------A-TA------T-A-T-T-A--GCAAA--CTAA-AAA-TC-CG----C-TC--A-G-TTTGA-T-CA---A-T-A-AA-A--TG-A-T---------------TT---G---TGT-C-ATT-A--TG---------ACG-A-GAAA-G-C-T-TG-A-A--TT-GG--CA-----AA-ACATT
gi|94513                      :     AAA-AT-A-T-TGA-T--T---A-T-TGT---CGTT--TC-G-A--G-C---C-------A----A-C--CCTGT-G-C--A-G-TCAAA-T--G--A--A-G--ATAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN------T-A-T-C-A--GCAAA--CCAA-AAA-TC-CG----C-CC--A-G-TTTGA-A-TA---G-T-A-CA-A--TG-A-T---------------TT---G---TGT-C-A-T-A--TG---------ACG-A-A--A-G-C-T-TG-A-A-GTC-GG--CA-----AA-AA
gi|94514                      :                     --G---A-T-C-T---TACT--TG-T-A--A-CACAG--C---AA----A--------T-GAC--A-G-TCAAA-T--A--A--G-G--A-------------------------A-TA------T-A-T-T-A--GCAAA--CCAA-AAA-TC-CG----C-TC--C-G-TTTTA-T-CA---G-T-A-AA-A--TG-A-T---------------TT---G---TGT-CTG-T-A--TG---------ACG-A-G--A-G-C-T-TG-A-A-GTT-GG--TA-----AG-AAA
gi|94515                      :                                                      ---T--T---AG----A-C--CCT-T-G-C--A-G-TCAAA-T--A--A--A-G--A-------------------------A-TT------T-A-T-C-A--GCAAA--CCAA-AAA-TG-CG----C-AC--A-G-TTTGA-T-TA---G-T-A-AA-A--TA-A-T---------------TT---G---TAT-C-A-T-A--TG---------ACG-A-G--A-G-C-T-TG-A-A-GTC-GG--CA-----AA-AA
gi|94516                      :                                                             ---AA----A-C--CCT-TTG-C--A-G-TCAAA-TA-A--A--G-G--T-------------------------A-TA------TAA-T-TAA--GCAAG--TTAATAAA-TCTTG----C-T-----A-TTTGA-T-CA---G-TAA-AA-A--TG-A-T---------------TTTTAG---TGG-C-A-T-AT-TG---------ACA-A-GT-A-A-----TG-A-A-GTT-GGC-CA-----AACAAAT
gi|94517                      :                                                                                                          -G--A-------------------------A-TA------T-A-T-T-A--GCAAT--CCAA-AAA-TC-CG----T-TC--A-G-TTTGA-A-CA---G-T-A-AA-A--TG-A-T---------------TT---G---TGT-C-A-T-A--TG---------ACA-A-G--A-T-G-T-TG-A-A-GTT-GG--CA-----AA-ATATT
gi|94518                      :                                                                                                                                                                                                                -A-AA-A--TG-A-T---------------TT---G---TGT-C-A-T-A--TG---------ACG-A-G--A-G-C-T-TA-T-A-GT

lowQualScore                  :                                                                                                               111111111111111111111111111                                                                                     111111111111111                                                                                
lowQualScore                  :        1  2 1 1   2 22 111 1 1 2 222    11  1 1 2222 555 11 222  5555 1 11   1 5 2 44 4 1     3 44 11 11 2 11 111111111111111111111111111  222222 2 2 1 2 55    555    1   1  2  3333 1  22 1 1     5 1  111 1 2 3  2 22  1 2 000000000000000  111 111   1 2 2 2 22  555555555   3 2 22 1 2 1 2  2 2 1   4  77  66666  1     
lowQualScore                  :        .  . . .   . .. ... . . . ...    ..  . . .... ... .. ...  .... . ..   . . . .. . .     . .. .. .. . .. ...........................  ...... . . . . ..    ...    .   .  .  .... .  .. . .     . .  ... . . .  . ..  . . ...............  ... ...   . . . . ..  .........   . . .. . . . .  . . .   .  ..  .....  .     
lowQualScore                  :        1  2 1 1   2 99 888 1 1 1 999    44  1 1 2222 999 44 888  1111 0 44   0 0 0 88 0 0     0 44 44 44 0 33 666666666666666666666666666  888888 0 0 0 0 00    777    0   0  0  9999 0  44 0 0     0 0  888 0 0 9  0 33  0 0 111111111111111  888 888   0 0 0 0 44  000000000   0 0 44 0 0 0 0  0 0 0   1  55  22222  1     
consensus                     : GCCCAAA-AT-A-T-TGA-T--G---A-T-T-T---CACT--TG-G-A--G-C---T--C---AA----A-C--CCT-T-G-C--A-G-TCAAA-T--A--A--G-G--A-------------------------A-TA------T-A-T-T-A--GCAAN--CCAA-AAA-TC-CG----C-TC--A-G-TTTGA-T-CA---G-T-A-AA-A--TG-A-T---------------TT---G---TGT-C-A-T-A--TG---------ACG-A-G--A-G-C-T-TG-A-A-GTT-GG--CA-----AA-AAATT
Reference ( family-499 )      : GCCCAAA-AT-A-T-TGA-T--G---A-T-T-T---CACT--TG-G-A--G-C---T--C---AA----A-C--CCT-T-G-C--A-G-TCAAA-T--A--A--G-G--A-------------------------A-TA------T-A-T-T-A--GCAAN--CCAA-AAA-TC-CG----C-TC--A-G-TTTGA-T-CA---G-T-A-AA-A--TG-A-T---------------TT---G---TGT-C-A-T-A--TG---------ACG-A-G--A-G-C-T-TG-A-A-GTT-GG--CA-----AA-AAATT
gi|94477                      : GCCCAAA-AT-A-T-TGA-C--G---A-T-T-T---GACT--TG-G-A--G-C---T--C---AA----A-C--CCT-T-G-C--A-G-TCAAA-T--A--A--G-G--A-------------------------A-TA------T-A-T-C-A--GCAAT--CCAA-AAA-TC-CG----C-TC--A-G-TTTGA-T-CA---G-T-A-AA-A--TG-A-T---------------TT---G---TAT-C-A-T-A--TG---------ACA-A-G--A-A-C-T-TG-A-A-TTT-GG--CG-----AA-AAATT
gi|94478                      : GCCCAAA-AT-A-T-TGA-T--G---A-T-T-T---CACT--TG-G-A--G-C---T--C---AA----A-C--CTT-T-C-C--A-G-ACAAA-T--A--A--G-G--A-------------------------A-TA------T-A-T-T-A--GCGCA--CCAA-AAA-TC-CG----C-TC--A-G-TCTCA-T-CA---G-T-A-AA-A--TG-A-T---------------TT---G---TGT-C-A-T-A--TG---------ACG-A-G--A-G-C-T-TG-A-A-GTA-GG--CA-----A
gi|94479                      : GCCCAAA-AT-G-T-TGA-T--G---A-T-T-T---AATT--TG-G-A--G-C---T--C---AA----A-T--TCT-T-G-C--A-G-TCAAA-T--A--A--G-G--A-------------------------A-TA------T-A-T-C-A--GCAAT--CCAA-A---TC-CG----C-TC--A-G-TTTTA-T-CA---G-T-A-AA-A--TG-A-T---------------TT---G---TGT-C-A-T-A--TG---------ACA-A-G--A-G-C-T-TG-A-A-GTT-GG--CC-----AA-AAATT
gi|94480                      : GCCCAAA-AT-A-T-TGA-T--G---A-C-T-T---CACT--TC-T-A--G-C---T--C---AA----A-C--CCT-T-G-C--A-G-TCAAA-T--ATAA--G-G--A-------------------------A-TA------T-A-T-G-A--GCAAT--CCAA-AAA-TC-CG----C-TC--A-G-TTTGA-T-CA---A-T-A-AA-A--TG-A-T---------------TT---G---TGC-C-A-T-A--TG---------ACG-A-G--A-G-T-T-TG-A-A-GTT-GG--CA-----AA-AAATT
gi|94481                      : GCCCAAA-AT-A-T-TGA-T--G---A-T-T-T---CACT--TG-A-A--G-C---T--C---AA----A-C--TCT-T-G-C--A-G-TCAAA-G--A--A--G-G--C-------------------------A-TA------T-A-T-T-A--GCAAA--CCAT-AAA-TC-CG----C-TC--A-G-TGTGA-T-CA---G-T-A-AA-A--TG-A-T---------------TT---G---TGT-C-A-T-A--TG---------ACG-A-G--A-A-C-T-TG-A-A-GTT-GGCCCA-----AA-AAA
gi|94482                      : GCCCAAA-AT-A-T-TGA-T--GGTAA-T-T-T---CACT--TG-G-A--G-T---T--C---AATTAAA-C--CCT-T-G-C--A-G-TCAAA-T--A--A--G-G--A-------------------------AATA------G-A-C-T-A--GCAAA--CCAA-AAA-TC-TG----C-TT--A-G-TTTGA-T-CA---G-C-A-AA-A--TG-A-T---------------TT---G---TGT-C-A-T-A--TG---------ACA-A-G--A-G-C-T-TT-A-A-GTT-GG--CA-----TA-AAATT
gi|94483                      : GCCCAAA-CT-A-T-TGA-T--G---A-T-T-T---CACT--TG-G-A--G-C---T--C---AA----T-C--CCT-T-G-C--A-G-TCATA-T--A--A--G-G--A-------------------------A-TA------T-A-T-T-A--GCTAA--CGAA-AAC-TT-CG----C-TC--A-G-TTTGA-T-CA---G-T-A-AA-A--TA-A-----------------TA---G---TGT-C-A-T-A--TG---------ATG-A-G--A-G-C-T-CG-A-A-GTT-GG--CA-----AA-AAATT
gi|94484                      : GCCCAAA-AT-T-T-TAA----A---A-T-T-T---CACT--TG-G-A--T-C---T--C---AA----A-C--CCT-T-GCC--A-G-TCAAA----A--A--G-G--A-------------------------A-TA------T-A-T-T-A--GCAAT--CCAA-AAA-TC-CA----C-TC--G-G-TTTGA-T-CA---G-T-A-AA-A--TG-A-T---------------TG---G---TGT-C-A-T-A--TG---------ACG-A-G--A-G-C-T-TG-A-A-GTT-GG--CA-----AA-AA
gi|94485                      : GCCCAAA-AT-A-T-TGA-T--G---A-C-T-T---TACC--TG-G-ATCG-T---C--C---AA----ATC--CCT-T-G-CC-A-G-TCAAA-T--A--A--G-G--A-------------------------A-TA------T-A-T-T-A--GC-AT--CCAA-AAA-TC-CA----C-TC--A-G-TTTTATT-CA---G-T-A-AA-A--TG-A-T---------------TT---G---T-T-C-A-T-A--TG---------ACG-A-G--A-G-C-T-TA-A-A-GTT-TG--CA-----AA-AAA
gi|94486                      : GCCCAAA-AT-A-T-TGA-T--G---A-T-T-T----ACC--TG-G-A--TTC---T--CC--AA----A-C--CCT-TTG-CC-A-G-TCAAA-T--A--A--G-G--A-------------------------A-TA------T-A-T-T-A--GCA----TCAA-AAA-TC-CA----C-TCAAA-G-TTTTATT-CA---G-T-A-AA-A--TG-A-T---------------TT---G---T-T-C-A-T-A--TGA--------ACG-A-G--A-G-C-TATA-A-A-GTT-TG--CA-----AA-AAA
gi|94487                      : GCCCAAA-AT-A-T-TGA-T--G---A-T-T-T---CACT--TG-G-A--G-C---T--G---AT----A-T--CCT-T-G-C--A-T-TAAAA-T--A--A--G-G--A---------------------------------------C-T-A--GCAAA--CCAA-AAA-TC-TC----C-TC--A-G-TTTGA-T-CA---G-T-A-AA-A--TG-A-T---------------TT---G---TGT-C-A-T-A--TA---------ATG-A-G--A-T-C-T-TG-A-A-GTT-GG--CA-----AA-
gi|94488                      : GCCCAAA-AT-A-T-TGA-TATG---A-T-T-T---CACT--TG-G-A--G-C---T--C---AA------C--CCT-T-G-T--A-G-TCAAA-T--A--A--G-T--A-------------------------A-TA------T-A-T-T-A--GCAAT--CGAA-AAA-TC-C-----C-TC--T-G-TTT-A-T-TG---T-T-A-AA-A--TG-A-T---------------TT---G---TGT-C-A-T-A--TG---------ACGAA-G--A-G-C-T-TG-A-G---T-GG--CA-----AA-AAATT
gi|94489                      : GCCCAAA-AT-A-T--GA-T--G---A-T-T-T---CACT--TG-G-A--G-C---T--C---AA----A-C--CCT-T-G-T--AGG-TCAAA-A--A--A--GCG--A-------------------------A-TATACATGT-A-T-T-A--GCAAT---CAA-CAA-TC-CG----C-TC--A-A-TTTGA-T-CA---GTT-A-AA-A--TG-A-T---------------TT---G---ATT-C-A-T-A--TG---------ACGCA-G--A-G-CTT-TG-A-A-GTT-GG--CA-----AA-AAATT
gi|94490                      : GCCCAAA-AT-A-T-CGA-T--G---A-T-T-T---CCAT--TG-G-A--T-C---T--C---AA----A-C--TCT-T-G-C--A-G-TGAAA-T--A--A--G-A--A-------------------------A-TA------G-A-T-T-A--GCAAA---CAA-AAA-TC-AG----C-TC--A-G-TTTGA-T-TA---G-C-A-AA-A--TG-A-A---------------TT---G---TGC-C-A-T-A--TG---------GCA-A-G--A-G-C-T-TG-A-A-GTA-AG--CAT----AA-AAATT
gi|94491                      : GCCCAAA-AT-A-T-TGA-T--G---A-T-T-T---CTCT--TT-G-A--A-C---T--C---AA----------------------------A-T--A--A--G-G--A-------------------------A-TA------T-A-T-T-A--GCAAT--CCAA-AAA-TC-CG----C-TC--A-G-TTTGA-T-CA---G-T-A-AA-T--TG-A-T---------------TA---G---TGT-C-A-T-A--TG---------AGG-A-G--G-G-C-T-TG-A-A-GTT-GA--CA-----AA-AA
gi|94492                      : GCCAGAA-AT-A-T-TGA-T--G---A-T-T-T----ACT---G-G-A--A-C---T--C---AA---------CCT-T-G-C--A-G-T--AA-T--A--A--G-G--A-------------------------AATA------T-A-T-T-A--GAAAT--CCAA-AAA-TC-CG----C-TC--A-G-TTTGA-T-CA---G-T-A-AA-T--AG-A-T---------------TT---G---TGT-CAA-T-A--TG---------AC--A-G--A-G-C-T-TG-A-A-GTT-GGA-TA-----AA-AAATT
gi|94493                      : GTCCAAA-AT-A-G-CGA-T--G---A-T-T-T---AACT--TG-G-A--G-G---T--C---AA----A-C--CCT-T-G-C--A-G-TCAAA-T--A--A--G-G--A-------------------------A---------------T-A--GCAAA--CCAA-GAA-TC-CG----C-TC--A-C-TTTGA-T-CA---T-C-A-AC-A--TG-ATT---------------TT---GTTTTGT-T-A-T-G--TG---------ACG-A-G--A-A-C-T-TG-A-A-GTT-GG--CA-----TA-CAAT
gi|94494                      : GCCCAAA-AT-A-T-TGA-T--G---A-----------------------A-C---T--C---AA----A-C--CCT-T-G-C--A-G-TCAAA-T--A--G--G-A--A-------------------------A-TA------T-A-T-T-A--GCAAT--CTAA-AAG--C-CG----C-TC--A-G-TTTGA-T-CA---G-T-A-AA-A--TG-A-TAGTAAAGGATTGATTTT---G---TGTTC-A-T-A--TG---------ACA-A-G--A-G-C-T-TG-A-A-GTT-GG--CG-----AA-AAA
gi|94495                      : GCCGAAA-AT-A-T-CGA-T--G---A-T-T-T---CACT--TG-G-A--G-C---T--C---AA----A-C--CCA-T-G-T--A-G-TCAAA-T--A--A--G-G--A-------------------------A-TA------C-A-T-T-A--GCAAA--TCAA-AAA-TC-CG----C-TC--A-G-TTTGA-T-CA---G-T-A-AA-A--TG-
gi|94496                      : GCCCAAA-AT-A-T-TA-----G---A-T-TAT---CACT--TG---A--G-T---T--CTTAGA----A-CGGCCT-T-G-C--A-G-TCAAA-TT-A--A--A-G--A-------------------------A-TG------TTA-TGC-A--GCAAA--CCAA-AAA-TG-CG----CAGC--A-A-GTTGA-T-TA---G-T-A-AA-AGATA-A-T---------------TT---G---CAT-C-A-T-A--TG---------ACG-ACG--AGG-C-T-TGAA-A-GTC-GG--CAT----AA-AAATT
gi|94497                      : GCCCAAA-AT-A-T-TGA-T--G---A-T-T-T---CACT--TG-G-A--G-C---T--C---AA----A-C--CCT-T-G-T--A-G-TCAAA-T-----------------------------------------------------------------------------C-CG----C-TC--A-G-TTTGA-T-C----G-T-A-AA-A--TG-A-T---------------TT---A---TGT-C-A-A-A--TG---------ACA-A-G--A-G-C-T-TG-A-A-GTA-GG--CA-----AA-AAA
gi|94498                      : GCCCAAA-ATTA-T-TGA-T--G---A-T-C-TGATCACT--TG-G-A--G-C---T--C---CA----A----CCT-T-A-C--A-G-TCAAA-TACA--G--G-G--A-------------------------A-TA------T-ATT-T-A--GCAAA--CC-A-AAA-TC-TG----C-TCA-A-G-TTTGA-T-CAATTA-T-A-AA-A--TG-A-----------------TT---G---TGC-C-A-T-ATTTG----------CA-A-G--A-G-C---TG-A-A-G-T-GG--CA-----AA-AAATT
gi|94499                      : GCCCAAACAT-A-T-TGA-TCGG---A-T-T-T---CACC--AG-G----T-C---T--C---AA----A-C--C-T-T-G-C--G-T-CCAAA-T--A--A--G-A--A-------------------------T-TA------T-A-T-T-A--GCAAT--CCAA-AAACTC-CACCT-C-CC--G-G-TTTTA-T-CA---G-T-A-AA-AC-TG-A-T---------------TT---G---TGT-C-ATT-A--TG---------ACG-A-G--A-G-C-T-TA-ACA-GTT-TGCACA-----AA-AAATT
gi|94500                      : GCCCAAA--T-A-T-TGA-T--------C-T-T---CA-T--TG-G-A--A-CA--T--C---AAT---A-T--CCT-TCG-C--AAG-TCAAAAT--A--A--G-G--A-------------------------CCTA------T-A-T-T-AATGCAATTTCCAA-AAA-TC-CG----C-TC--A-G-TTTGAAT-CA---G-T-ACAA-A--TG-A-T---------------TT---G---TGG-C-A-T-A--TG---------ACA-A-G--A-G-C-T-TG-A-A-GTTGGG--CA-----AA-TAAT
gi|94501                      : GCCCAAA--T-A-T-TGA-T--------C-T-T---CA-T--TG-G-A--A-CA--T--C---AAT---A-T--CCT-TCG-C--AAG-TCAAAAT--A--A--G-G--A-------------------------CCTA------T-A-T-T-AATGCAATTTCCAA-AAA-TC-CG----C-TC--A-G-TTTGAAT-CA---G-T-ACAA-A--TG-A-T---------------TT---G---TGG-C-A-T-A--TG---------ACA-A-G--A-G-C-T-TG-A-A-GTTGGG--CA-----AA-TAAT
gi|94502                      : GCCCAAA--T-A-T-TGA-T--------C-T-T---CA-T--TG-G-A--A-CA--T--C---AAT---A-T--CCT-TCG-C--AAG-TCAAAAT--A--A--G-G--A-------------------------CCTA------T-A-T-T-AATGCAATTTCCAA-AAA-TC-CG----C-TC--A-G-TTTGAAT-CA---G-T-ACAA-A--TG-A-T---------------TT---G---TGG-C-A-T-A--TG---------ACA-A-G--A-G-C-T-TG-A-A-GTTGGG--CA-----AA-TAAT
gi|94503                      : GCCCAAA-AC-A-T-CGA-T--A---A-T-T-T---TACT--TA-G-A--A-C---T--C---AA----A-C--CCT-T-G-T--G-G-TCAAA-T--A--A--G-G--A-------------------------A-TA------C-A-C-T-A--GCAAA--CCAA-AAA-TC-
gi|94504                      : GCCCAAA--T-A-T-TGAAT--G---A-T-T-----CACA---A-A-A--T-C---T--C---AA----A-C--CCT-G-G----A-G-TCAAA-T--C--A--G---------------------------------A------T-A-T---A--GCAAA--CAAC-AAG-CC-CA----C-TA--A-G-TGTTA---CA---G-T-T-AA-A--TGCA-T---------------CT---G---TGT-C-C-C-A--TG---------ACG-A-G--C-G-C-T-TGAA-A-GTT-G
gi|94505                      : GCTCAAA-AT-AAT-TGA-T--G---GGT-T-T---C-CT--AG-A-A--T-C---T--C---AA----A-C--CCT-G-G-C--A-G-T-AAA-T--A--A--GTGATA-------------------------A-TA------T---T-T-A--GAAAT--CCAA-AAT-TCTCA----C-T---A-G---TGG-T-TA-----T-A-GACA--TG-A-T---------------CT---G---TTA-C-A-T-A--CG---------A---A-G--A-----T-TG-A-AGGTT-GGT-CA-----AA-ATATT
gi|94506                      :  CCCAAA-AT-A-T-TGAAT--G---A-TGT-T---CACT--TG-G-A--T-C---T--C---AA----A-C--CCT-T-G-CCAA-G-TCAAA-T--A--ACGG-G--A-------------------------ACTA------T---T-T-A--GCAAT--CCAA-AAA-TC-CA----C-TC--A-G-TTTTA-T-CA---G-T-G-AA-A--TG-A-TTGTTCG---------TT---G---TG--C-A-T-A--TG---------ACG-AGG--A-GCC-T-TT-A-A-GTT-GG--CACC---AA-AAAT
gi|94507                      :  CCCAAA-AT-A-T--GA-T--G---A-T-T-T---CATTAATG-G-A--T-CA--T--C---AA---------CCT-T-G-CCCA-GATCAAA-T--A--A--G-G--A-------------------------A-CA------T-A-T-T-A--GCAAT--CCAA-AAA-TC-CA----C-TC--A-GCTTTTA-TGCA---G-T-A-AA-A--TG-ATT---------------TT---G---TGT-C-A-TCA--TG---------ACA-A-G--A-GAC-C-TT-A-A-GTT-GG--TACTAACAA-AAACT
gi|94508                      :  CCAAAA-AT-A-T-TGA-T--G---A-T-T-TA--CACT--TGTGCA--A-C---TCCC---AA----A-C--CTC-A-G-C--A-G-TTAAT-TA-A--A--G-G--A-------------------------A-TA------T-ACT-T-AG-GCAAT--CCCA-A----T-CA----C-TC--A-G--TTGA-T-CA---G-T-ACAA-A--TT-A-T---------------TT---G---TGT-C---T-A--GGGAATCGAACACG-A-G--A-G-C-T-TG-A-A-ATT-GG--CA-----AA-AAA
gi|94509                      :   CCAAA-ATTA-T-TGA-T--G---A-T-T-----CACT--TG-G-A--G-C---T--C---AA----A-C--CCC---G-C--A-G-TCCAA-T--A--A--G-G--A-------------------------A-TA------T-A-T-T-A--GCAAT--CCAA-AAA-TC-CGCCATC-CC--ACG-TTTTG-T-CA---G-TAA-AA-A--TG-A-T---------------TT---G---TGT---A-T-A--TG---------ACG-A-G--A-G-C-T-TG-G-A-GTT-GA--CA-----AA-AAATT
gi|94510                      :   CCAAA-AT-A-T-TGA-T--G---A-T-T-C---AACT--TG-G-A--G-C---T--C---AA----A-C--CCT-T-G-C--A-G-TTAAA-T--A--A--G-G--A-------------------------A-TA------T-A-T-TGA--GC-AT--CCAA-AA---C-CA----C-TC--A-G-TTTGA-T-CA---G-T-A-AATA--TT-A-T---------------TT---G---TGT-C-A-T-A--TA---------ACGCA-G--A-G-C-TGTG-ATA-ATTAGG--CA-----AA-AAATT
gi|94511                      :   CCAAA-AT-A-TATGA-T--G---A-T-T-T---CACT--TG-G-A--T-C---T------AA----A-C----T-T-G-C--A-G-TCAAA-T--A--A--G-G--A-------------------------A-TA------T-A-T-T-A---C-AT--CCAA-AAA-TC-C-----C-AC--T-G-TTTG--T-CA---G-T---AA-A--TG-A-TA--------------TG---G---TGT-C-A-TAA--TG---------ATG-A-G----G-C-T-TA-A-A-GTT-GGCACA-----AA-AAATT
gi|94512                      :     AAA-AT-A-T-TGA-T--G---T-A-T-T---CACT--TG-G-A--G-C---T--C---AA----A-C--CCT-G-G-C--A-G-TCAAG-T--A--A--G-G--A-------------------------A-TA------T-A-T-T-A--GCAAA--CTAA-AAA-TC-CG----C-TC--A-G-TTTGA-T-CA---A-T-A-AA-A--TG-A-T---------------TT---G---TGT-C-ATT-A--TG---------ACG-A-GAAA-G-C-T-TG-A-A--TT-GG--CA-----AA-ACATT
gi|94513                      :     AAA-AT-A-T-TGA-T--T---A-T-TGT---CGTT--TC-G-A--G-C---C-------A----A-C--CCTGT-G-C--A-G-TCAAA-T--G--A--A-G--ATAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN------T-A-T-C-A--GCAAA--CCAA-AAA-TC-CG----C-CC--A-G-TTTGA-A-TA---G-T-A-CA-A--TG-A-T---------------TT---G---TGT-C-A-T-A--TG---------ACG-A-A--A-G-C-T-TG-A-A-GTC-GG--CA-----AA-AA
gi|94514                      :                     --G---A-T-C-T---TACT--TG-T-A--A-CACAG--C---AA----A--------T-GAC--A-G-TCAAA-T--A--A--G-G--A-------------------------A-TA------T-A-T-T-A--GCAAA--CCAA-AAA-TC-CG----C-TC--C-G-TTTTA-T-CA---G-T-A-AA-A--TG-A-T---------------TT---G---TGT-CTG-T-A--TG---------ACG-A-G--A-G-C-T-TG-A-A-GTT-GG--TA-----AG-AAA
gi|94515                      :                                                      ---T--T---AG----A-C--CCT-T-G-C--A-G-TCAAA-T--A--A--A-G--A-------------------------A-TT------T-A-T-C-A--GCAAA--CCAA-AAA-TG-CG----C-AC--A-G-TTTGA-T-TA---G-T-A-AA-A--TA-A-T---------------TT---G---TAT-C-A-T-A--TG---------ACG-A-G--A-G-C-T-TG-A-A-GTC-GG--CA-----AA-AA
gi|94516                      :                                                             ---AA----A-C--CCT-TTG-C--A-G-TCAAA-TA-A--A--G-G--T-------------------------A-TA------TAA-T-TAA--GCAAG--TTAATAAA-TCTTG----C-T-----A-TTTGA-T-CA---G-TAA-AA-A--TG-A-T---------------TTTTAG---TGG-C-A-T-AT-TG---------ACA-A-GT-A-A-----TG-A-A-GTT-GGC-CA-----AACAAAT
gi|94517                      :                                                                                                          -G--A-------------------------A-TA------T-A-T-T-A--GCAAT--CCAA-AAA-TC-CG----T-TC--A-G-TTTGA-A-CA---G-T-A-AA-A--TG-A-T---------------TT---G---TGT-C-A-T-A--TG---------ACA-A-G--A-T-G-T-TG-A-A-GTT-GG--CA-----AA-ATATT
gi|94518                      :                                                                                                                                                                                                                -A-AA-A--TG-A-T---------------TT---G---TGT-C-A-T-A--TG---------ACG-A-G--A-G-C-T-TA-T-A-GT


blockSeqs                     :        C  T A A   A AT GTA G G A GAT    AA  T C TCG  ACA CC TTA  TTAA T GG   G T C CA G A     A AC TA CG C AT TAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN   TACATG T T   G AT    TTT           T  CCAT A  AA C C     T G  ATT T A C  C GA    T AGTAAAGGATTGATT  TTA TTT   T A T C TT  GAATCGAAC   A C AA G C T A  A C G   G  CC  CTAAC  C
blockSeqs                     :        .  T . .   A CG .   . . G A      .   . . TT   A   .  C    T    . .    . C A CC A .     A T  .  .  T .  AA                           .      A C   A AT    TTT           T  CCT  .  A  . .     T .  .   . A C  T C     T TGTTCG           .   .     . T T A T   A           C G T  . A . G  A T .   G  CA  CC     .
blockSeqs                     :        .  . . .   . .  .   . . . .      .   . . G    A   .  .    T    . .    . C . C  A .     A A  .  .  . .  AA                           .      . .   . AT    TTT           .  .    .  .  . .     A .  .   . . C  . .     . A                .   .     . . . . .   .           C . .  . . . .  . . .   G  CA  T      .
blockSeqs                     :        .  . . .   . .  .   . . . .      .   . . G    A   .  .    T    . .    . C . C  A .     . A  .  .  . .  CC                           .      . .   . G     A             .  .    .  .  . .     A .  .   . . C  . .     . .                .   .     . . . . .   .           . . .  . . . .  . . .   A  A   T      .
blockSeqs                     :        .  . . .   . .  .   . . . .      .   . . G    A   .  .    .    . .    . T . .  . .     . .  .  .  . .  CC                           .      . .   . .     T             .  .    .  .  . .     A .  .   . . .  . .     . .                .   .     . . . . .   .           . . .  . . . .  . . .   .  T   .      .
blockSeqs                     :        .  . . .   . .  .   . . . .      .   . . G    .   .  .    .    . .    . . . .  . .     . .  .  .  . .  CC                           .      . .   . .     T             .  .    .  .  . .     . .  .   . . .  . .     . .                .   .     . . . . .   .           . . .  . . . .  . . .   .  C   .      .
blockSeqs                     :        .  . . .   . .  .   . . . .      .   . . G    .   .  .    .    . .    . . . .  . .     . .  .  .  . .  AC                           .      . .   . .     A             .  .    .  .  . .     . .  .   . . .  . .     . .                .   .     . . . . .   .           . . .  . . . .  . . .   .  .   .      .
blockSeqs                     :        .  . . .   . .  .   . . . .      .   . . G    .   .  .    .    . .    . . . .  . .     . .  .  .  . .  A                            .      . .   . .     A             .  .    .  .  . .     . .  .   . . .  . .     . .                .   .     . . . . .   .           . . .  . . . .  . . .   .  .   .      .
blockSeqs                     :        .  . . .   . .  .   . . . .      .   . . T    .   .  .    .    . .    . . . .  . .     . .  .  .  . .  A                            .      . .   . .     A             .  .    .  .  . .     . .  .   . . .  . .     . .                .   .     . . . . .   .           . . .  . . . .  . . .   .  .   .      .
blockSeqs                     :        .  . . .   . .  .   . . . .      .   . . G    .   .  .    .    . .    . . . .  . .     . .  .  .  . .  A                            .      . .   . .     T             .  .    .  .  . .     . .  .   . . .  . .     . .                .   .     . . . . .   .           . . .  . . . .  . . .   .  .   .      .
blockSeqs                     :        .  . . .   . .  .   . . . .      .   . . G    .   .  .    .    . .    . . . .  . .     . .  .  .  . .  A                            .      . .   . .     T             .  .    .  .  . .     . .  .   . . .  . .     . .                .   .     . . . . .   .           . . .  . . . .  . . .   .  .   .      .
blockSeqs                     :        .  . . .   . .  .   . . . .      .   . . G    .   .  .    .    . .    . . . .  . .     . .  .  .  . .  A                            .      . .   . .     A             .  .    .  .  . .     . .  .   . . .  . .     . .                .   .     . . . . .   .           . . .  . . . .  . . .   .  .   .      .
blockSeqs                     :        .  . . .   . .  .   . . . .      .   . . T    .   .  .    .    . .    . . . .  . .     . .  .  .  . .  A                            .      . .   . .     T             .  .    .  .  . .     . .  .   . . .  . .     . .                .   .     . . . . .   .           . . .  . . . .  . . .   .  .   .      .
blockSeqs                     :        .  . . .   . .  .   . . . .      .   . . A    .   .  .    .    . .    . . . .  . .     . .  .  .  . .  A                            .      . .   . .     T             .  .    .  .  . .     . .  .   . . .  . .     . .                .   .     . . . . .   .           . . .  . . . .  . . .   .  .   .      .
blockSeqs                     :        .  . . .   . .  .   . . . .      .   . . A    .   .  .    .    . .    . . . .  . .     . .  .  .  . .  A                            .      . .   . .     A             .  .    .  .  . .     . .  .   . . .  . .     . .                .   .     . . . . .   .           . . .  . . . .  . . .   .  .   .      .
blockSeqs                     :        .  . . .   . .  .   . . . .      .   . . G    .   .  .    .    . .    . . . .  . .     . .  .  .  . .  A                            .      . .   . .     T             .  .    .  .  . .     . .  .   . . .  . .     . .                .   .     . . . . .   .           . . .  . . . .  . . .   .  .   .      .
blockSeqs                     :        .  . . .   . .  .   . . . .      .   . . A    .   .  .    .    . .    . . . .  . .     . .  .  .  . .  A                            .      . .   . .     T             .  .    .  .  . .     . .  .   . . .  . .     . .                .   .     . . . . .   .           . . .  . . . .  . . .   .  .   .      .
blockSeqs                     :        .  . . .   . .  .   . . . .      .   . . G    .   .  .    .    . .    . . . .  . .     . .  .  .  . .  A                            .      . .   . .     A             .  .    .  .  . .     . .  .   . . .  . .     . .                .   .     . . . . .   .           . . .  . . . .  . . .   .  .   .      .
blockSeqs                     :        .  . . .   . .  .   . . . .      .   . . G    .   .  .    .    . .    . . . .  . .     . .  .  .  . .  A                            .      . .   . .     T             .  .    .  .  . .     . .  .   . . .  . .     . .                .   .     . . . . .   .           . . .  . . . .  . . .   .  .   .      .
blockSeqs                     :        .  . . .   . .  .   . . . .      .   . . G    .   .  .    .    . .    . . . .  . .     . .  .  .  . .  A                            .      . .   . .     A             .  .    .  .  . .     . .  .   . . .  . .     . .                .   .     . . . . .   .           . . .  . . . .  . . .   .  .   .      .
blockSeqs                     :        .  . . .   . .  .   . . . .      .   . . G    .   .  .    .    . .    . . . .  . .     . .  .  .  . .  A                            .      . .   . .     A             .  .    .  .  . .     . .  .   . . .  . .     . .                .   .     . . . . .   .           . . .  . . . .  . . .   .  .   .      .
blockSeqs                     :        .  . . .   . .  .   . . . .      .   . . T    .   .  .    .    . .    . . . .  . .     . .  .  .  . .  A                            .      . .   . .     A             .  .    .  .  . .     . .  .   . . .  . .     . .                .   .     . . . . .   .           . . .  . . . .  . . .   .  .   .      .
blockSeqs                     :        .  . . .   . .  .   . . . .      .   . . A    .   .  .    .    . .    . . . .  . .     . .  .  .  . .  A                            .      . .   . .     T             .  .    .  .  . .     . .  .   . . .  . .     . .                .   .     . . . . .   .           . . .  . . . .  . . .   .  .   .      .
blockSeqs                     :        .  . . .   . .  .   . . . .      .   . . A    .   .  .    .    . .    . . . .  . .     . .  .  .  . .  A                            .      . .   . .     A             .  .    .  .  . .     . .  .   . . .  . .     . .                .   .     . . . . .   .           . . .  . . . .  . . .   .  .   .      .
blockSeqs                     :        .  . . .   . .  .   . . . .      .   . . A    .   .  .    .    . .    . . . .  . .     . .  .  .  . .  T                            .      . .   . .     A             .  .    .  .  . .     . .  .   . . .  . .     . .                .   .     . . . . .   .           . . .  . . . .  . . .   .  .   .      .
blockSeqs                     :        .  . . .   . .  .   . . . .      .   . . A    .   .  .    .    . .    . . . .  . .     . .  .  .  . .  A                            .      . .   . .     T             .  .    .  .  . .     . .  .   . . .  . .     . .                .   .     . . . . .   .           . . .  . . . .  . . .   .  .   .      .
blockSeqs                     :        .  . . .   . .  .   . . . .      .   . . T    .   .  .    .    . .    . . . .  . .     . .  .  .  . .  A                            .      . .   . .     T             .  .    .  .  . .     . .  .   . . .  . .     . .                .   .     . . . . .   .           . . .  . . . .  . . .   .  .   .      .
blockSeqs                     :        .  . . .   . .  .   . . . .      .   . . T    .   .  .    .    . .    . . . .  . .     . .  .  .  . .  A                            .      . .   . .     T             .  .    .  .  . .     . .  .   . . .  . .     . .                .   .     . . . . .   .           . . .  . . . .  . . .   .  .   .      .
blockSeqs                     :        .  . . .   . .  .   . . . .      .   . . T    .   .  .    .    . .    . . . .  . .     . .  .  .  . .  A                            .      . .   . .     T             .  .    .  .  . .     . .  .   . . .  . .     . .                .   .     . . . . .   .           . . .  . . . .  . . .   .  .   .      .
blockSeqs                     :        .  . . .   . .  .   . . . .      .   . . T    .   .  .    .    . .    . . . .  . .     . .  .  .  . .  A                            .      . .   . .     T             .  .    .  .  . .     . .  .   . . .  . .     . .                .   .     . . . . .   .           . . .  . . . .  . . .   .  .   .      .
blockSeqs                     :        .  . . .   . .  .   . . . .      .   . . A    .   .  .    .    . .    . . . .  . .     . .  .  .  . .  A                            .      . .   . .     T             .  .    .  .  . .     . .  .   . . .  . .     . .                .   .     . . . . .   .           . . .  . . . .  . . .   .  .   .      .
blockSeqs                     :        .  . . .   . .  .   . . . .      .   . . G    .   .  .    .    . .    . . . .  . .     . .  .  .  . .  A                            .      . .   . .     T             .  .    .  .  . .     . .  .   . . .  . .     . .                .   .     . . . . .   .           . . .  . . . .  . . .   .  .   .      .
blockSeqs                     :        .  . . .   . .  .   . . . .      .   . . G    .   .  .    .    . .    . . . .  . .     . .  .  .  . .  A                            .      . .   . .     A             .  .    .  .  . .     . .  .   . . .  . .     . .                .   .     . . . . .   .           . . .  . . . .  . . .   .  .   .      .
blockSeqs                     :        .  . . .   . .  .   . . . .      .   . . T    .   .  .    .    . .    . . . .  . .     . .  .  .  . .  A                            .      . .   . .     A             .  .    .  .  . .     . .  .   . . .  . .     . .                .   .     . . . . .   .           . . .  . . . .  . . .   .  .   .      .
blockSeqs                     :        .  . . .   . .  .   . . . .      .   . . G    .   .  .    .    . .    . . . .  . .     . .  .  .  . .  A                            .      . .   . .     A             .  .    .  .  . .     . .  .   . . .  . .     . .                .   .     . . . . .   .           . . .  . . . .  . . .   .  .   .      .
blockSeqs                     :        .  . . .   . .  .   . . . .      .   . . G    .   .  .    .    . .    . . . .  . .     . .  .  .  . .  A                            .      . .   . .     A             .  .    .  .  . .     . .  .   . . .  . .     . .                .   .     . . . . .   .           . . .  . . . .  . . .   .  .   .      .
blockSeqs                     :                     .  .   . . . .      .   . . A    .   .  .    .    . .    . . . .  . .     . .  .  .  . .  A                            .      . .   . .     G             .  .    .  .  . .     . .  .   . . .  . .     . .                .   .     . . . . .   .           . . .  . . . .  . . .   .  .   .       
blockSeqs                     :                                                      .   .  .    .    . .    . . . .  . .     . .  .  .  . .  .                            .      . .   . .     T             .  .    .  .  . .     . .  .   . . .  . .     . .                .   .     . . . . .   .           . . .  . . . .  . . .   .              
blockSeqs                     :                                                             .    .    . .    . . . .  . .     . .  .  .  . .  .                            .      . .   . .     .             .  .    .  .  . .     . .  .   . . .  . .     . .                .   .     . . . . .   .           . . .  . . . .  . . .                  
blockSeqs                     :                                                                                                          . .  .                            .      . .   . .     .             .                                . .  . .                                                                                                 


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : GCCCAAA-AT-A-T-TGA-T--G---A-T-T-T---CACT--TG-G-A--G-C---T--C---AA----A-C--CCT-T-G-C--A-G-TCAAA-T--A--A--G-G--A-------------------------A-TA------T-A-T-T-A--GCAAN--CCAA-AAA-TC-CG----C-TC--A-G-TTTGA-T-CA---G-T-A-AA-A--TG-A-T---------------TT---G---TGT-C-A-T-A--TG---------ACG-A-G--A-G-C-T-TG-A-A-GTT-GG--CA-----AA-AAATT
finalCons                     : GCCCAAA-AT-A-T-TGA-T--G---A-T-T-T---CACT--TG-G-A--G-C---T--C---AA----A-C--CCT-T-G-C--A-G-TCAAA-T--A--A--G-G--A-------------------------A-TA------T-A-T-T-A--GCAAN--CCAA-AAA-TC-CG----C-TC--A-G-TTTGA-T-CA---G-T-A-AA-A--TG-A-T---------------TT---G---TGT-C-A-T-A--TG---------ACG-A-G--A-G-C-T-TG-A-A-GTT-GG--CA-----AA-AAATT