lowQualScore : 1111111
lowQualScore : 1 11 3333 2 11 11 1 22 1 1 999 55555 4444444444 1 2222222 1 22 11 2222 11 66
lowQualScore : . .. .... . .. .. . .. . . ... ..... .......... . ....... . .. .. .... .. ..
lowQualScore : 2 44 3333 1 44 44 0 33 0 0 888 11111 3333333333 0 4444444 0 33 33 1111 44 22
consensus : AGTA-TTTCATTG--GTT----AG-AT--GC--AG-TTCGG--GGA-G-C---A-----TCC----------AT-CAG------TTT-T--ACT--GA----TATTC--TT-GTTT
Reference ( gi|69803 ) : AGTA-TTTCATTG--GTT----AG-AT--GC--AG-TTCGG--GGA-G-C---A-----TCC----------AT-CAG------CTT-T--ACT--GA----TATTC--TC-GTTT
gi|69790 : AGTA-TTTCATTG--ATT----AG-AT--GC--AA-TTCAG--GGA-G-CAT-A-----TTC----------AT-CAG------TTT-T--ACT--GA----TATTC--TT-GTTT
gi|69775 : taAGTA-GTTTATTG--GTT----AG-AT--GC--AG-TTCTG--GGA-G-C---A-----TCC----------AT-CAG------TTT-T--ACT--GA----TAGTC--TT-GT
gi|69792 : atgaAGTA-TTTCATTG--TTT----AG-AT--GC--AA-TTCGG--GGA-G-C---A-----TTC----------AT-CAG------TTT-T--ACT--GA----TATT
gi|69791 : taAGTA-TTTCATTG--GTT----AG-AT--GG--AA-TTCGG--GGA-G-CAT-A-----TTC----------AT-CAG------TTT-T--ACT--GA----TATCC--TT-GTTTgtt
gi|69789 : taAGTA-TTTCATTG--GTT----AG-AT--GC--AA-TTCTG--GGA-G-CAT-A-----TTC----------AT-TAG------TTT-T--ACT--GA----TATTC--TT-GTTT
gi|69774 : taAGTA-TTTCATTG--GTT----AG-AT--GC--AA-TTCGG--GGA-G-CAT-A-----TTC----------AT-CAG------TTT-T--ACT--GA----TATT
gi|69777 : attaAGTA-TTTCATTG--GTA----AG-GT--GC--AG-TTTGG--TGA-G-C---A-----TCC----------AT-TGG------TTT-T--ACT--GA----TATTC--TT-GTTattg
gi|69793 : atgaAGTT-TTTCATTG--GTT----AG-AT--GC--AA-TTCGG--GGA-G-CAT-A-----TTC----------AT-CAG------TTT-T--ACA--GA----TATTC--TT-GTT
gi|69778 : taAGTA-TTTCTTTG--GTTTAATAG-AT--GC--AA-TTTGG--GGA-A-C---A-----TCC----------AT-CAG------TTT-T--ACT--GA----TATTA--TT-GTTT
gi|69802 : atgaAATA-TTTCATTG--GAT----AG-AT--GT--AG-TTCGG--GGA-A-C---A-----TCT----------AT-CAGTTTACTCTT-T--ACT--GA----TATTT--TT-GTTT
gi|69781 : aAGTA-TTTCATTG--GTT----GA-AT--GC--AG-CTCTG--GGA-G-C---A-----TCC----------AT-CAG------TTT-T--ACT--GACCAGTA-TC--TCTGTTT
gi|69780 : atgaAGTA-GTTCATTG--GTT----AG-AT--GC--AG-TTCGGTTAGA-G-C---A-----TCT----------AT-CAA------TTT-T--ACC--GA----GGTTC--TT-GTTT
gi|69779 : atgaAGTA-TTTTATTG--GTT----AG-AT--GC--AA-TTTGG--GGA-A-C---A-----TCC----------AT-CAG------TTA-T--ACC--GA----TACTG--TT-GT
gi|69776 : atgaAGTA-GTTTATTG--GTT----AG-AT--GC--AG-TTCTG--G---A-C---A-----TCC----------AT-CAG------TTT-T--ACT--GA----TAGTC--TT-GT
gi|69783 : atgaAGTA-GTTCATTG--GTT----AT-ATCTAC--AG-TTCAG--GGG-G-C---A-----TCC----------AT-CAG------TTT-T--ACTAAAA----TATTC--TT-GTTT
gi|69801 : atgaAATA-ATTCATTG--GTT----AG-AT--GT--AGTTTCGG--GGA-G-C---A-----CCC----------ATACAGT-----TTT-T--ACT--GA----TATTC--
gi|69796 : aAGTA-TTTCATTG--GTT----AG-AT--GC--AG-TTCGG--AGA-G-C---A-----TCC----------------------------------GA----TATTC--TT-GTTcttgtct
gi|69784 : taAATA-ATTCGTTG--GTT----AG-AT--GC--AG-TTCGG--GAA-G-C---A-----TTT----------AT-TAA------TTTAC--ACT--GA----TATTT--T
gi|69785 : atgaAGTA-CTTTATCG--GTG----AG-AT--GT--AG-TTCGG--GGA-A-T---A-----TCC----------AT-CTG------TAA-T--ACT--GA----TGTTC--TT-GTt
gi|69786 : atgaAGTAATGTCGTTG--GTT----AG-AT--GC--AA-TTCGG--GAA-G-C---ATAT--TAT----------AT-CAG------TTT-T--ACT--G------ATTT--TC-ATTT
gi|69799 : attaAGTA-TTTCATTG--CTT----AA-AT--GC--AG-TTTTG--GGA-G-C---A-----TTT----------AT-TAG-------TT-T--GAT--GA----TATttt
gi|69787 : taAGTA-GTTCATAA--GTT----GG-AC--AC--AT-TTTAG--AGA-G-T---A-----TTC----------AT-CAG------TTG-T--ACT--GA----TATTC--TT-
gi|69798 : attAGTA-TTTCATTG--GTT-------AT--GC--AA-TTC-G--GGA-G-CACTA-----TTC----------AT-CAG------TTT-T--ATT--TA----CAATC--T
gi|69800 : taAGTA-TT-CATTG--GTT----AGAAT--GCCTAA-TTCGGC-GGA-G-CAT-A-----TTC----------AA-TAGTC----TTT-T--ACT--GA----TATTCCTTT-GTTT
gi|69788 : taAGTA-TTTCATTGTGGTT----AGTAT--GC--AA-TTCGG--GGA-G-C---A-----T-------------------------------ATT--CA----TATTC--TT-GTTT
gi|69797 : ttaGTA-TATCATTC--GTT----TA-AA--GC--AT-TTTGG--GGA-G-C---A-----TCC----------AT-CGG------TTT-T--ACT--GA----TATTC--TT-GT
gi|69782 : tagGTA-TTTCATTG--GTT----AA-AT--GC--AA-TTCGG--GGATG-C---A-----TTTGATATTCAATAT-CAA------TTT-TTCACT--GA----TATTC--TT-GTTT
gi|69804 : attatA-TTTCATTG--GTT----AG-AT--GC--AG-TTCGG--GGA-G-C---A-----TCC----------AT-CAG------TTT-T--CCT--GA----TATTC--TT-GTT
gi|69805 : A-TTTCATTG--GTT----AG-AT--GT--AG-TTCGG--GGA-G-C---A-----CCC----------AT-CAG------TTT-T--ACT--GA----TATTC--TT-GTCT
gi|69807 : -TTTCATTG--GTT----AG-AT--GC--AG-TTCGG--GGA-G-C---A-----TCC----------AT-GAG------TTT-G--ACT--AA----TATTC--TT-GTT
gi|69808 : -TTTCATTA--GTT----AA-AT--GC--AA-GTCGG--GGA-G-C---A-----TTC----------AT-CAG------TTT-T--ACT--GA----TATCC--TT-GTTT
gi|69806 : -TTCCATTG--GTTC---AG-AT---T--AG-TTCGG--GGA-G-C---AG----TCC----------AT-CAG------TTT-T--ACT--G-----TATTC--TT-GT
gi|69794 : TTGATTG--GTT----AG-AT--GC--AA-TTCGG--GGA-GTC---AATAATTTC----------AT-CAG------TTT-T--ACT--GA----TATTC--TT-GTTT
gi|69809 : taagataTTCATTG--GCT----AG-AT--GC--AG-TTTGT--GAA-G-T---G-----TCC----------AT-CAT------TTT-C--ACT--GA----TTTTT--TT-GTTT
gi|69810 : TCTTTG--GTT----AG-AT--GC--AG-TTAAA--CGA-A-T---A-----TCC----------AT-CA-------CTT-TA-ACT--GA----CGTTC--TT-GTTT
gi|69795 : CATTG--GTT----AG-AT--GC--AG-AATGG--GGA-G-C---A-----TTC----------AT-CTG------TTT-T--ACT--GA----TATTC--TT-GTT
gi|69811 : taagaatgtaaTG--GTT----AG-AT--GC--A--TTTGG--GGA-G-C---A-----TCC----------AT-CAG--------T-T--ACT--GA----TATTC--TT-
gi|69812 : TG--GTT----TG-AT--GC--AG-TTTGA--GAA-G-C---A-----TCC----------AT-CAG------TTT-T--ATT---A----CATTC--TT-GTT
gi|69813 : -AT--GC--AA-TTCGG--GGA-G-C---A-----TTC----------AT-CAG------TTT-T--ACC--GA----TATTC--TT-GGTT
gi|69814 : -TTCGG--GGA-G-C---A-----TCC----------AT-CAG------TTT-T--ACT--GA----TATTC--TT-GTTT
gi|69815 : -TTCGG--GGA-G-C---A-----TGC----------AT-CAG------TTT-T--ACT--GA----TATTC--T
Alignments
lowQualScore : 1 11 3333 1 1 11 11 1 22 1 1 888 55555 11 4444444444 1 1 444444 1 11 11 2222 1 22
lowQualScore : . .. .... . . .. .. . .. . . ... ..... .. .......... . . ...... . .. .. .... . ..
lowQualScore : 2 44 2222 0 0 44 44 0 33 0 0 222 00000 33 2222222222 0 0 000000 0 33 33 0000 0 33
consensus : AGTA-TTTCATTG--GTT----AG-A-T--GC--AG-TTCGG--GGA-G-C---A-----T--CC----------AT-CAG-T------TT-T--ACT--GA----TATT-C--TTGTTT
Reference ( family-493 ) : AGTA-TTTCATTG--GTT----AG-A-T--GC--AG-TTCGG--GGA-G-C---A-----T--CC----------AT-CAG-T------TT-T--ACT--GA----TATT-C--TTGTTT
gi|69774 : AGTA-TTTCATTG--GTT----AG-A-T--GC--AA-TTCGG--GGA-G-CAT-A-----T--TC----------AT-CAG-T------TT-T--ACT--GA----TATT-A--TTG
gi|69775 : attaAGTA-GTTTATTG--GTT----AG-A-T--GC--AG-TTCTG--GGA-G-C---A-----T--CC----------AT-CAG-T------TT-T--ACT--GA----TAGT-C--TTGT
gi|69776 : atgaAGTA-GTTTATTG--GTT----AG-A-T--GC--AG-TTCTG--GA----C---A-----T--CC----------AT-CAG-T------TT-T--ACT--GA----TAGT-C--TTGT
gi|69777 : atgaAGTA-TTTCATTG--GTA----AG-G-T--GC--AG-TTTGG--TGA-G-C---A-----T--CC----------AT-TGG-T------TT-T--ACT--GA----TATT-C--TTGTT
gi|69778 : atgaAGTA-TTTCTTTG--GTTTAATAG-A-T--GC--AA-TTTGG--GGA-A-C---A-----T--CC----------AT-CAG-T------TT-T--ACT--GA----TATT-A--TTGTTT
gi|69779 : atgaAGTA-TTTTATTG--GTT----AG-A-T--GC--AA-TTTGG--GGA-A-C---A-----T--CC----------AT-CAG-T------TA-T--ACC--GA----TACT-G--TTGT
gi|69780 : atgaAGTA-GTTCATTG--GTT----AG-A-T--GC--AG-TTCGGTTAGA-G-C---A-----T--CT----------AT-CAA-T------TT-T--ACC--GA----GGTT-C--TTGTTT
gi|69781 : atgaAGTA-TTTCATTG--GTT----GA-A-T--GC--AG-CTCTG--GGA-G-C---A-----T--CC----------AT-CAG-T------TT-T--ACT--GACCAGTATC-T--CTGTTT
gi|69782 : atgaGTA-TTTCATTG--GTT----AA-A-T--GC--AA-TTCGG--GGATG-C---A-----T--TTGATATTCAATAT-CAA-T------TT-TTCACT--GA----TATT-C--TTGTTT
gi|69783 : attatAGTA-GTTCATTG--GTT----AT-A-TCTAC--AG-TTCAG--GGG-G-C---A-----T--CC----------AT-CAG-T------TT-T--ACTAAAA----TATT-C--TTGTTT
gi|69784 : atgaAATA-ATTCGTTG--GTT----AG-A-T--GC--AG-TTCGG--GAA-G-C---A-----T--TT----------AT-TAA-T------TTAC--ACT--GA----TATT-T--TT
gi|69785 : atgaAGTA-CTTTATCG--GTG----AG-A-T--GT--AG-TTCGG--GGA-A-T---A-----T--CC----------AT-CTG-T------AA-T--ACT--GA----TGTT-C--TTGT
gi|69786 : atgaAGTAATGTCGTTG--GTT----AG-A-T--GC--AA-TTCGG--GAA-G-C---ATAT--T--AT----------AT-CAG-T------TT-T--ACT--GA----TTTT-CA-TTTTTT
gi|69787 : attaAGTA-GTTCATAA--GTT----GG-A-C--AC--AT-TTTAG--AGA-G-T---A-----T--TC----------AT-CAG-T------TG-T--ACT--GA----TATT-C--TTG
gi|69788 : attAGTA-TTTCATTGTGGTT----AGTA-T--GC--AA-TTCGG--GGA-G-C---A-----T----------------------------------ATT--CA----TATT-C--TTGTTT
gi|69789 : ttaAGTA-TTTCATTG--GTT----AG-A-T--GC--AA-TTCTG--GGA-G-CAT-A-----T--TC----------AT-TAG-T------TT-T--ACT--GA----TATT-C--TTGTTT
gi|69790 : taAGTA-TTTCATTG--ATT----AG-A-T--GC--AA-TTCAG--GGA-G-CAT-A-----T--TC----------AT-CAG-T------TT-T--ACT--GA----TATT-C--TTGTTT
gi|69791 : taAGTA-TTTCATTG--GTT----AG-A-T--GG--AA-TTCGG--GGA-G-CAT-A-----T--TC----------AT-CAG-T------TT-T--ACT--GA----TATC-C--TTGTTT
gi|69792 : taAGTA-TTTCATTG--TTT----AG-A-T--GC--AA-TTCGG--GGA-G-C---A-----T--TC----------AT-CAG-T------TT-T--ACT--GA----TATT-G--TT
gi|69793 : taAGTT-TTTCATTG--GTT----AG-A-T--GC--AA-TTCGG--GGA-G-CAT-A-----T--TC----------AT-CAG-T------TT-T--ACA--GA----TATT-C--TTGTT
gi|69794 : taTTGATTG--GTT----AG-A-T--GC--AA-TTCGG--GGA-GTC---AATAATT--TC----------AT-CAG-T------TT-T--ACT--GA----TATT-C--TTGTTT
gi|69795 : taagataCATTG--GTT----AG-A-T--GC--AG-AATGG--GGA-G-C---A-----T--TC----------AT-CTG-T------TT-T--ACT--GA----TATT-C--TTGTT
gi|69796 : taagaatgtaaAGTA-TTTCATTG--GTT----AG-A-T--GC--AG-TTCGG--AGA-G-C---A-----T--CC-----------------------------------GA----TATT-C--TTGTT
gi|69797 : taGTA-TATCATTC--GTT----TA-A-A--GC--AT-TTTGG--GGA-G-C---A-----T--CC----------AT-CGG-T------TT-T--ACT--GA----TATT-C--TTGT
gi|69798 : tagAGTA-TTTCATTG--GTT-------A-T--GC--AA-TTC-G--GGA-G-CACTA-----T--TC----------AT-CAG-T------TT-T--ATT--TA----CAAT-C--
gi|69799 : taAGTA-TTTCATTG--CTT----AA-A-T--GC--AG-TTTTG--GGA-G-C---A-----T--TT----------AT-TAG-T------TT-G--A-T--GA----TAT
gi|69800 : taAGTA-TT-CATTG--GTT----AG-AAT--GCCTAA-TTCGGC-GGA-G-C---A-----TATTC----------AA-TAG-TCT----TT-T--ACT--GA----TATT-CCTTTGTTT
gi|69801 : taAATA-ATTCATTG--GTT----AG-A-T--GT--AGTTTCGG--GGA-G-C---A-----C--CC----------ATACAGTT------TT-T--ACT--GA----TATTCC--TTGTCT
gi|69802 : aAATA-TTTCATTG--GAT----AG-A-T--GT--AG-TTCGG--GGA-A-C---A-----T--CT----------AT-CAG-TTTACTCTT-T--ACT--GA----TATT-T--TTGTTT
gi|69803 : aAGTA-TTTCATTG--GTT----AG-A-T--GC--AG-TTCGG--GGA-G-C---A-----T--CC----------AT-CAG-C------TT-T--ACT--GA----TATT-C--TCGTTT
gi|69804 : A-TTTCATTG--GTT----AG-A-T--GC--AG-TTCGG--GGA-G-C---A-----T--CC----------AT-CAG-T------TT-T--CCT--GA----TATT-C--TTGTT
gi|69805 : A-TTTCATTG--GTT----AG-A-T--GT--AG-TTCGG--GGA-G-C---A-----C--CC----------AT-CAG-T------TT-T--ACT--GA----TATT-C--TTGTCT
gi|69806 : -TTCCATTG--GTTC---AG-A-T---T--AG-TTCGG--GGA-G-C---AG----T--CC----------AT-CAG-T------TT-T--ACT--G-----TATT-C--TTGT
gi|69807 : -TTTCATTG--GTT----AG-A-T--GC--AG-TTCGG--GGA-G-C---A-----T--CC----------AT-GAG-T------TT-G--ACT--AA----TATT-C--TTGTT
gi|69808 : -TTTCATTA--GTT----AA-A-T--GC--AA-GTCGG--GGA-G-C---A-----T--TC----------AT-CAG-T------TT-T--ACT--GA----TATC-C--TTGTTT
gi|69809 : TTCATTG--GCT----AG-A-T--GC--AG-TTTGT--GAA-G-T---G-----T--CC----------AT-CAT-T------TT-C--ACT--GA----TTTT-T--TTGTTT
gi|69810 : TCTTTG--GTT----AG-A-T--GC--AG-TTAAA--CGA-A-T---A-----T--CC----------AT-CAC-T------TT-A--ACT--GA----CGTT-C--TTGTTT
gi|69811 : TG--GTT----AG-A-T--GC--A--TTTGG--GGA-G-C---A-----T--CC----------AT-CAG---------T-T--ACT--GA----TATT-C--TTG
gi|69812 : TG--GTT----TG-A-T--GC--AG-TTTGA--GAA-G-C---A-----T--CC----------AT-CAG-T------TT-T--ATT---A----CATT-C--TTGTT
gi|69813 : -A-T--GC--AA-TTCGG--GGA-G-C---A-----T--TC----------AT-CAG-T------TT-T--ACC--GA----TATT-C--TTGGTT
gi|69814 : -TTCGG--GGA-G-C---A-----T--CC----------AT-CAG-T------TT-T--ACT--GA----TATT-C--TTGTTT
gi|69815 : -TTCGG--GGA-G-C---A-----T--GC----------AT-CAG-T------TT-T--ACT--GA----TATT-C--TTCTT
Alignments
lowQualScore : 1 11 3333 1 1 11 11 1 22 1 1 888 55555 11 4444444444 1 1 444444 1 11 11 2222 1 22
lowQualScore : . .. .... . . .. .. . .. . . ... ..... .. .......... . . ...... . .. .. .... . ..
lowQualScore : 2 44 2222 0 0 44 44 0 33 0 0 222 00000 33 2222222222 0 0 000000 0 33 33 0000 0 33
consensus : AGTA-TTTCATTG--GTT----AG-A-T--GC--AG-TTCGG--GGA-G-C---A-----T--CC----------AT-CAG-T------TT-T--ACT--GA----TATT-C--TTGTTT
Reference ( family-493 ) : AGTA-TTTCATTG--GTT----AG-A-T--GC--AG-TTCGG--GGA-G-C---A-----T--CC----------AT-CAG-T------TT-T--ACT--GA----TATT-C--TTGTTT
gi|69774 : AGTA-TTTCATTG--GTT----AG-A-T--GC--AA-TTCGG--GGA-G-CAT-A-----T--TC----------AT-CAG-T------TT-T--ACT--GA----TATT-A--TTG
gi|69775 : attaAGTA-GTTTATTG--GTT----AG-A-T--GC--AG-TTCTG--GGA-G-C---A-----T--CC----------AT-CAG-T------TT-T--ACT--GA----TAGT-C--TTGT
gi|69776 : atgaAGTA-GTTTATTG--GTT----AG-A-T--GC--AG-TTCTG--GA----C---A-----T--CC----------AT-CAG-T------TT-T--ACT--GA----TAGT-C--TTGT
gi|69777 : atgaAGTA-TTTCATTG--GTA----AG-G-T--GC--AG-TTTGG--TGA-G-C---A-----T--CC----------AT-TGG-T------TT-T--ACT--GA----TATT-C--TTGTT
gi|69778 : atgaAGTA-TTTCTTTG--GTTTAATAG-A-T--GC--AA-TTTGG--GGA-A-C---A-----T--CC----------AT-CAG-T------TT-T--ACT--GA----TATT-A--TTGTTT
gi|69779 : atgaAGTA-TTTTATTG--GTT----AG-A-T--GC--AA-TTTGG--GGA-A-C---A-----T--CC----------AT-CAG-T------TA-T--ACC--GA----TACT-G--TTGT
gi|69780 : atgaAGTA-GTTCATTG--GTT----AG-A-T--GC--AG-TTCGGTTAGA-G-C---A-----T--CT----------AT-CAA-T------TT-T--ACC--GA----GGTT-C--TTGTTT
gi|69781 : atgaAGTA-TTTCATTG--GTT----GA-A-T--GC--AG-CTCTG--GGA-G-C---A-----T--CC----------AT-CAG-T------TT-T--ACT--GACCAGTATC-T--CTGTTT
gi|69782 : atgaGTA-TTTCATTG--GTT----AA-A-T--GC--AA-TTCGG--GGATG-C---A-----T--TTGATATTCAATAT-CAA-T------TT-TTCACT--GA----TATT-C--TTGTTT
gi|69783 : attatAGTA-GTTCATTG--GTT----AT-A-TCTAC--AG-TTCAG--GGG-G-C---A-----T--CC----------AT-CAG-T------TT-T--ACTAAAA----TATT-C--TTGTTT
gi|69784 : atgaAATA-ATTCGTTG--GTT----AG-A-T--GC--AG-TTCGG--GAA-G-C---A-----T--TT----------AT-TAA-T------TTAC--ACT--GA----TATT-T--TT
gi|69785 : atgaAGTA-CTTTATCG--GTG----AG-A-T--GT--AG-TTCGG--GGA-A-T---A-----T--CC----------AT-CTG-T------AA-T--ACT--GA----TGTT-C--TTGT
gi|69786 : atgaAGTAATGTCGTTG--GTT----AG-A-T--GC--AA-TTCGG--GAA-G-C---ATAT--T--AT----------AT-CAG-T------TT-T--ACT--GA----TTTT-CA-TTTTTT
gi|69787 : attaAGTA-GTTCATAA--GTT----GG-A-C--AC--AT-TTTAG--AGA-G-T---A-----T--TC----------AT-CAG-T------TG-T--ACT--GA----TATT-C--TTG
gi|69788 : attAGTA-TTTCATTGTGGTT----AGTA-T--GC--AA-TTCGG--GGA-G-C---A-----T----------------------------------ATT--CA----TATT-C--TTGTTT
gi|69789 : ttaAGTA-TTTCATTG--GTT----AG-A-T--GC--AA-TTCTG--GGA-G-CAT-A-----T--TC----------AT-TAG-T------TT-T--ACT--GA----TATT-C--TTGTTT
gi|69790 : taAGTA-TTTCATTG--ATT----AG-A-T--GC--AA-TTCAG--GGA-G-CAT-A-----T--TC----------AT-CAG-T------TT-T--ACT--GA----TATT-C--TTGTTT
gi|69791 : taAGTA-TTTCATTG--GTT----AG-A-T--GG--AA-TTCGG--GGA-G-CAT-A-----T--TC----------AT-CAG-T------TT-T--ACT--GA----TATC-C--TTGTTT
gi|69792 : taAGTA-TTTCATTG--TTT----AG-A-T--GC--AA-TTCGG--GGA-G-C---A-----T--TC----------AT-CAG-T------TT-T--ACT--GA----TATT-G--TT
gi|69793 : taAGTT-TTTCATTG--GTT----AG-A-T--GC--AA-TTCGG--GGA-G-CAT-A-----T--TC----------AT-CAG-T------TT-T--ACA--GA----TATT-C--TTGTT
gi|69794 : taTTGATTG--GTT----AG-A-T--GC--AA-TTCGG--GGA-GTC---AATAATT--TC----------AT-CAG-T------TT-T--ACT--GA----TATT-C--TTGTTT
gi|69795 : taagataCATTG--GTT----AG-A-T--GC--AG-AATGG--GGA-G-C---A-----T--TC----------AT-CTG-T------TT-T--ACT--GA----TATT-C--TTGTT
gi|69796 : taagaatgtaaAGTA-TTTCATTG--GTT----AG-A-T--GC--AG-TTCGG--AGA-G-C---A-----T--CC-----------------------------------GA----TATT-C--TTGTT
gi|69797 : taGTA-TATCATTC--GTT----TA-A-A--GC--AT-TTTGG--GGA-G-C---A-----T--CC----------AT-CGG-T------TT-T--ACT--GA----TATT-C--TTGT
gi|69798 : tagAGTA-TTTCATTG--GTT-------A-T--GC--AA-TTC-G--GGA-G-CACTA-----T--TC----------AT-CAG-T------TT-T--ATT--TA----CAAT-C--
gi|69799 : taAGTA-TTTCATTG--CTT----AA-A-T--GC--AG-TTTTG--GGA-G-C---A-----T--TT----------AT-TAG-T------TT-G--A-T--GA----TAT
gi|69800 : taAGTA-TT-CATTG--GTT----AG-AAT--GCCTAA-TTCGGC-GGA-G-C---A-----TATTC----------AA-TAG-TCT----TT-T--ACT--GA----TATT-CCTTTGTTT
gi|69801 : taAATA-ATTCATTG--GTT----AG-A-T--GT--AGTTTCGG--GGA-G-C---A-----C--CC----------ATACAGTT------TT-T--ACT--GA----TATTCC--TTGTCT
gi|69802 : aAATA-TTTCATTG--GAT----AG-A-T--GT--AG-TTCGG--GGA-A-C---A-----T--CT----------AT-CAG-TTTACTCTT-T--ACT--GA----TATT-T--TTGTTT
gi|69803 : aAGTA-TTTCATTG--GTT----AG-A-T--GC--AG-TTCGG--GGA-G-C---A-----T--CC----------AT-CAG-C------TT-T--ACT--GA----TATT-C--TCGTTT
gi|69804 : A-TTTCATTG--GTT----AG-A-T--GC--AG-TTCGG--GGA-G-C---A-----T--CC----------AT-CAG-T------TT-T--CCT--GA----TATT-C--TTGTT
gi|69805 : A-TTTCATTG--GTT----AG-A-T--GT--AG-TTCGG--GGA-G-C---A-----C--CC----------AT-CAG-T------TT-T--ACT--GA----TATT-C--TTGTCT
gi|69806 : -TTCCATTG--GTTC---AG-A-T---T--AG-TTCGG--GGA-G-C---AG----T--CC----------AT-CAG-T------TT-T--ACT--G-----TATT-C--TTGT
gi|69807 : -TTTCATTG--GTT----AG-A-T--GC--AG-TTCGG--GGA-G-C---A-----T--CC----------AT-GAG-T------TT-G--ACT--AA----TATT-C--TTGTT
gi|69808 : -TTTCATTA--GTT----AA-A-T--GC--AA-GTCGG--GGA-G-C---A-----T--TC----------AT-CAG-T------TT-T--ACT--GA----TATC-C--TTGTTT
gi|69809 : TTCATTG--GCT----AG-A-T--GC--AG-TTTGT--GAA-G-T---G-----T--CC----------AT-CAT-T------TT-C--ACT--GA----TTTT-T--TTGTTT
gi|69810 : TCTTTG--GTT----AG-A-T--GC--AG-TTAAA--CGA-A-T---A-----T--CC----------AT-CAC-T------TT-A--ACT--GA----CGTT-C--TTGTTT
gi|69811 : TG--GTT----AG-A-T--GC--A--TTTGG--GGA-G-C---A-----T--CC----------AT-CAG---------T-T--ACT--GA----TATT-C--TTG
gi|69812 : TG--GTT----TG-A-T--GC--AG-TTTGA--GAA-G-C---A-----T--CC----------AT-CAG-T------TT-T--ATT---A----CATT-C--TTGTT
gi|69813 : -A-T--GC--AA-TTCGG--GGA-G-C---A-----T--TC----------AT-CAG-T------TT-T--ACC--GA----TATT-C--TTGGTT
gi|69814 : -TTCGG--GGA-G-C---A-----T--CC----------AT-CAG-T------TT-T--ACT--GA----TATT-C--TTGTTT
gi|69815 : -TTCGG--GGA-G-C---A-----T--GC----------AT-CAG-T------TT-T--ACT--GA----TATT-C--TTCTT
blockSeqs : A TG TAAT T A CT CT TT ACT ATAAT AT GATATTCAAT TTACTC TC AA CCAG CT
blockSeqs : . . C . . . . C AT TAT . . CT . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . AT G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . AT . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . AT . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqCons : ***
originalCons : AGTA-TTTCATTG--GTT----AG-A-T--GC--AG-TTCGG--GGA-G-C---A-----T--CC----------AT-CAG-T------TT-T--ACT--GA----TATT-C--TTGTTT
finalCons : AGTA-TTTCATTG--GTT----AG-A-T--GC--AG-TTCGG--GGA-G-C---A-----T--CC----------AT-CAG-T------TT-T--ACT--GA----TATT-C--TTGTTT
Alignments
lowQualScore : 1 11 3333 1 1 11 11 1 22 1 1 888 55555 11 4444444444 1 1 444444 1 11 11 2222 1 22
lowQualScore : . .. .... . . .. .. . .. . . ... ..... .. .......... . . ...... . .. .. .... . ..
lowQualScore : 2 44 2222 0 0 44 44 0 33 0 0 222 00000 33 2222222222 0 0 000000 0 33 33 0000 0 33
consensus : AGTA-TTTCATTG--GTT----AG-A-T--GC--AG-TTCGG--GGA-G-C---A-----T--CC----------AT-CAG-T------TT-T--ACT--GA----TATT-C--TTGTTT
Reference ( family-493 ) : AGTA-TTTCATTG--GTT----AG-A-T--GC--AG-TTCGG--GGA-G-C---A-----T--CC----------AT-CAG-T------TT-T--ACT--GA----TATT-C--TTGTTT
gi|69774 : AGTA-TTTCATTG--GTT----AG-A-T--GC--AA-TTCGG--GGA-G-CAT-A-----T--TC----------AT-CAG-T------TT-T--ACT--GA----TATT-A--TTG
gi|69775 : attaAGTA-GTTTATTG--GTT----AG-A-T--GC--AG-TTCTG--GGA-G-C---A-----T--CC----------AT-CAG-T------TT-T--ACT--GA----TAGT-C--TTGT
gi|69776 : atgaAGTA-GTTTATTG--GTT----AG-A-T--GC--AG-TTCTG--GA----C---A-----T--CC----------AT-CAG-T------TT-T--ACT--GA----TAGT-C--TTGT
gi|69777 : atgaAGTA-TTTCATTG--GTA----AG-G-T--GC--AG-TTTGG--TGA-G-C---A-----T--CC----------AT-TGG-T------TT-T--ACT--GA----TATT-C--TTGTT
gi|69778 : atgaAGTA-TTTCTTTG--GTTTAATAG-A-T--GC--AA-TTTGG--GGA-A-C---A-----T--CC----------AT-CAG-T------TT-T--ACT--GA----TATT-A--TTGTTT
gi|69779 : atgaAGTA-TTTTATTG--GTT----AG-A-T--GC--AA-TTTGG--GGA-A-C---A-----T--CC----------AT-CAG-T------TA-T--ACC--GA----TACT-G--TTGT
gi|69780 : atgaAGTA-GTTCATTG--GTT----AG-A-T--GC--AG-TTCGGTTAGA-G-C---A-----T--CT----------AT-CAA-T------TT-T--ACC--GA----GGTT-C--TTGTTT
gi|69781 : atgaAGTA-TTTCATTG--GTT----GA-A-T--GC--AG-CTCTG--GGA-G-C---A-----T--CC----------AT-CAG-T------TT-T--ACT--GACCAGTATC-T--CTGTTT
gi|69782 : atgaGTA-TTTCATTG--GTT----AA-A-T--GC--AA-TTCGG--GGATG-C---A-----T--TTGATATTCAATAT-CAA-T------TT-TTCACT--GA----TATT-C--TTGTTT
gi|69783 : attatAGTA-GTTCATTG--GTT----AT-A-TCTAC--AG-TTCAG--GGG-G-C---A-----T--CC----------AT-CAG-T------TT-T--ACTAAAA----TATT-C--TTGTTT
gi|69784 : atgaAATA-ATTCGTTG--GTT----AG-A-T--GC--AG-TTCGG--GAA-G-C---A-----T--TT----------AT-TAA-T------TTAC--ACT--GA----TATT-T--TT
gi|69785 : atgaAGTA-CTTTATCG--GTG----AG-A-T--GT--AG-TTCGG--GGA-A-T---A-----T--CC----------AT-CTG-T------AA-T--ACT--GA----TGTT-C--TTGT
gi|69786 : atgaAGTAATGTCGTTG--GTT----AG-A-T--GC--AA-TTCGG--GAA-G-C---ATAT--T--AT----------AT-CAG-T------TT-T--ACT--GA----TTTT-CA-TTTTTT
gi|69787 : attaAGTA-GTTCATAA--GTT----GG-A-C--AC--AT-TTTAG--AGA-G-T---A-----T--TC----------AT-CAG-T------TG-T--ACT--GA----TATT-C--TTG
gi|69788 : attAGTA-TTTCATTGTGGTT----AGTA-T--GC--AA-TTCGG--GGA-G-C---A-----T----------------------------------ATT--CA----TATT-C--TTGTTT
gi|69789 : ttaAGTA-TTTCATTG--GTT----AG-A-T--GC--AA-TTCTG--GGA-G-CAT-A-----T--TC----------AT-TAG-T------TT-T--ACT--GA----TATT-C--TTGTTT
gi|69790 : taAGTA-TTTCATTG--ATT----AG-A-T--GC--AA-TTCAG--GGA-G-CAT-A-----T--TC----------AT-CAG-T------TT-T--ACT--GA----TATT-C--TTGTTT
gi|69791 : taAGTA-TTTCATTG--GTT----AG-A-T--GG--AA-TTCGG--GGA-G-CAT-A-----T--TC----------AT-CAG-T------TT-T--ACT--GA----TATC-C--TTGTTT
gi|69792 : taAGTA-TTTCATTG--TTT----AG-A-T--GC--AA-TTCGG--GGA-G-C---A-----T--TC----------AT-CAG-T------TT-T--ACT--GA----TATT-G--TT
gi|69793 : taAGTT-TTTCATTG--GTT----AG-A-T--GC--AA-TTCGG--GGA-G-CAT-A-----T--TC----------AT-CAG-T------TT-T--ACA--GA----TATT-C--TTGTT
gi|69794 : taTTGATTG--GTT----AG-A-T--GC--AA-TTCGG--GGA-GTC---AATAATT--TC----------AT-CAG-T------TT-T--ACT--GA----TATT-C--TTGTTT
gi|69795 : taagataCATTG--GTT----AG-A-T--GC--AG-AATGG--GGA-G-C---A-----T--TC----------AT-CTG-T------TT-T--ACT--GA----TATT-C--TTGTT
gi|69796 : taagaatgtaaAGTA-TTTCATTG--GTT----AG-A-T--GC--AG-TTCGG--AGA-G-C---A-----T--CC-----------------------------------GA----TATT-C--TTGTT
gi|69797 : taGTA-TATCATTC--GTT----TA-A-A--GC--AT-TTTGG--GGA-G-C---A-----T--CC----------AT-CGG-T------TT-T--ACT--GA----TATT-C--TTGT
gi|69798 : tagAGTA-TTTCATTG--GTT-------A-T--GC--AA-TTC-G--GGA-G-CACTA-----T--TC----------AT-CAG-T------TT-T--ATT--TA----CAAT-C--
gi|69799 : taAGTA-TTTCATTG--CTT----AA-A-T--GC--AG-TTTTG--GGA-G-C---A-----T--TT----------AT-TAG-T------TT-G--A-T--GA----TAT
gi|69800 : taAGTA-TT-CATTG--GTT----AG-AAT--GCCTAA-TTCGGC-GGA-G-C---A-----TATTC----------AA-TAG-TCT----TT-T--ACT--GA----TATT-CCTTTGTTT
gi|69801 : taAATA-ATTCATTG--GTT----AG-A-T--GT--AGTTTCGG--GGA-G-C---A-----C--CC----------ATACAGTT------TT-T--ACT--GA----TATTCC--TTGTCT
gi|69802 : aAATA-TTTCATTG--GAT----AG-A-T--GT--AG-TTCGG--GGA-A-C---A-----T--CT----------AT-CAG-TTTACTCTT-T--ACT--GA----TATT-T--TTGTTT
gi|69803 : aAGTA-TTTCATTG--GTT----AG-A-T--GC--AG-TTCGG--GGA-G-C---A-----T--CC----------AT-CAG-C------TT-T--ACT--GA----TATT-C--TCGTTT
gi|69804 : A-TTTCATTG--GTT----AG-A-T--GC--AG-TTCGG--GGA-G-C---A-----T--CC----------AT-CAG-T------TT-T--CCT--GA----TATT-C--TTGTT
gi|69805 : A-TTTCATTG--GTT----AG-A-T--GT--AG-TTCGG--GGA-G-C---A-----C--CC----------AT-CAG-T------TT-T--ACT--GA----TATT-C--TTGTCT
gi|69806 : -TTCCATTG--GTTC---AG-A-T---T--AG-TTCGG--GGA-G-C---AG----T--CC----------AT-CAG-T------TT-T--ACT--G-----TATT-C--TTGT
gi|69807 : -TTTCATTG--GTT----AG-A-T--GC--AG-TTCGG--GGA-G-C---A-----T--CC----------AT-GAG-T------TT-G--ACT--AA----TATT-C--TTGTT
gi|69808 : -TTTCATTA--GTT----AA-A-T--GC--AA-GTCGG--GGA-G-C---A-----T--TC----------AT-CAG-T------TT-T--ACT--GA----TATC-C--TTGTTT
gi|69809 : TTCATTG--GCT----AG-A-T--GC--AG-TTTGT--GAA-G-T---G-----T--CC----------AT-CAT-T------TT-C--ACT--GA----TTTT-T--TTGTTT
gi|69810 : TCTTTG--GTT----AG-A-T--GC--AG-TTAAA--CGA-A-T---A-----T--CC----------AT-CAC-T------TT-A--ACT--GA----CGTT-C--TTGTTT
gi|69811 : TG--GTT----AG-A-T--GC--A--TTTGG--GGA-G-C---A-----T--CC----------AT-CAG---------T-T--ACT--GA----TATT-C--TTG
gi|69812 : TG--GTT----TG-A-T--GC--AG-TTTGA--GAA-G-C---A-----T--CC----------AT-CAG-T------TT-T--ATT---A----CATT-C--TTGTT
gi|69813 : -A-T--GC--AA-TTCGG--GGA-G-C---A-----T--TC----------AT-CAG-T------TT-T--ACC--GA----TATT-C--TTGGTT
gi|69814 : -TTCGG--GGA-G-C---A-----T--CC----------AT-CAG-T------TT-T--ACT--GA----TATT-C--TTGTTT
gi|69815 : -TTCGG--GGA-G-C---A-----T--GC----------AT-CAG-T------TT-T--ACT--GA----TATT-C--TTCTT