lowQualScore : 222222 22222222222222222 11111111 111111 22222222222222222 11111111111111 111 1111
lowQualScore : 444444 1 22 33 222 1 2 222 2 2 1 1 1 1 1 1 00000000000000000 3333333 2 1 00000000 2222 0 222222 11 00000000000000000 2222 1 1 1 11111111111111 22 1 3 111 444 111 22 22 0 33333 444444 1 22 1 333 1 33 1 11 222 1 6666 1 1 1 66
lowQualScore : ...... . .. .. ... . . ... . . . . . . . . ................. ....... . . ........ .... . ...... .. ................. .... . . . .............. .. . . ... ... ... .. .. . ..... ...... . .. . ... . .. . .. ... . .... . . . ..
lowQualScore : 000000 5 00 44 444 4 8 444 7 7 3 3 3 3 3 2 33333333333333333 9999999 4 2 44444444 5555 1 555555 55 22222222222222222 4444 1 1 1 99999999999999 44 0 1 777 000 777 33 33 6 44444 666666 0 88 1 888 1 22 1 66 000 1 1111 1 1 3 22
consensus : AAGTGTTACTTT------AA-T--T--TCA---T-CG-TA---ACAA-G-A-A-C-TAG-AT-AAATCA-CC--------A--------A-------GTAA-T-A--------TTC----TAT---C--AA--TACCT-----C-A---N-----A----A-A-CA-TG-------------T--CC-A-AGCGT---ACTA--A---AAG--AA--TGAA-----TA------A-GA--GT-T---TC-TC-GG-T--AA---T-G----A-A-AT-CC-GTGCTTCA
Reference ( gi|89981 ) : AAGTGTTACTTT------AA-T--T--TCA---T-CG-TA---ACAA-G-A-A-C-TAG-AT-AAATCA-CC--------A--------A-------GTAA-T-A--------TTC----TAT---G--AA--TACCT-----C-A---A-----A----A-A-CA-TA-------------T--CC-A-AGCGT---ACTT--A---AAG--AA--TGAA-----TA------A-GA--GT-T---TC-TC-GG-T--AA---T-G----A-A-AT-TG-GTGTTTCA
gi|89982 : AAGTGTTACTTT------AA-T--T--TCA---T-CG-TA---ACAA-G-A-A-C--AG-AT-AAATCA-CC--------A--------A-------GTAA-T-A--------TTC----TAT---G--AA--TACCT-----CAA---A-----A----A-A-CA-TG-------------T--CC-A-ATCGT---ACTA--A---AAG--AA--TGAA-----TA------A-GA--GT-T---TC-TC-GG-T--AA---T-G----A-A-AT-TG-GTGTTTCA
gi|89983 : AAGTGTTACTTT------AA-T--T--TCA---T-TG-TA---ACAA-G-A-A-C-TAG-AT-AAATCA-C---------A--------A-------GTAA-T-A--------TTC----TAT---G--AA--TACCT-------A---A-----A----A-A-CA-TG-------------T--CC-A-AGCAT---ACTA--A---AAG--AA--TGAA-----TA------A-GA--GT-T---TC-TC-GG-T--AA---T-G----A-A-GT-TG-GTGTTTCA
gi|89984 : AAGTGTTACTTT------AA-T--T--TCA---T-CA-TA---ACAA-G-A-A-C-TAG-AT-AAATCA-CC--------T--------A-------GTAA-T-A--------TTC----TAT---C--AA--TACTT-----C-AT--AATGATA----A-A-CA-TG-------------T--CC-A-AGCGT---ACTA--A---AAG--AA--TGAA-----TA------A-GA--GT-T---TC-TT-GG-T--AA---T-GA---A-A-AT-CC-ATGCTTCA
gi|89985 : AAGTGTTACTTC------AA-T--T--TCA---T-CG-TA---ACAA-G-A-C-A-TAG-AT-AAATCA-CC--------A--------A-------GTAA-T-A--------T------TAT---G--AA--TACCT-----T-A---A-----A----A-A-C--TG-------------T---C-A-AGCGT---ACTA--A---AAG--AA--TGAA-----TA------A-GA--G--T---TC-TC-GG-T--AA---T-GA---A-A-AT-TG-GTGGTTCA
gi|89987 : AAGTGTTACTTTT-----AA-T--TA-TCA---T-CG-TA---ACAA-G-A-A-C-TAGCAT--AATCA-CCA-------A--------A-------GTAA-T-A--------TTC------T---G--AA--TACCT-----A-A---A-----A----A-A-CA-T--------------T--GT-A-AGCGT---A-TA--A---AAG--AA--TGAA-----TAAGATCTA-GA--GT-T---TC-TC-GG-T--AA---T-GA---A-A-AT-TG-GTGTTTCA
gi|89986 : AAGTGTTACTCT------AA-T--T--TCA---T-CG-TA---ACAA-G-A-A-C-TAG-AT-AAATCG-CC--------T--------A-------GTAA-T-A--------TTC----TAT---C--AA--TATTT-----C-A---T-----A----A-A-CA-TG-------------T--CC-A-AGCGT---ACTA--A---AAGA-AA--TGAA-----TA------A-GA--GT-T---T
gi|89989 : AAGTGTTACTTT------AA-T--TTATCA---T-CG--A---ACAA-GAA-A-T-TAG-AT-AAATCATCC--------A--------A-------GTAA-T-AC-------TTC----TAT---G--AA--TA-CT-----C-A---A-----A----A-ATCA-TG-------------T---C-A-AGC-T----CT-------AAG--AA--GGAA-----TA------A-AAAGGT-T---TC-TC-GG-T--AA---T-G----A-AGAT-TA-GTGTTTCA
gi|89988 : AAGTGTTACTTT------AA-T--T--TCA---T-CG-TA---ACAA-G-A-A-C-TAG-AG-AAATCA-CCT-------A--------A-------GTAA-T-AT-------TTC----TAT---C--AA--TACCT-----T-A---T-----A----A-A-CA-TG-------------T--CCAA-AGCGT---ACTA--A---AAG--AA--TAAA-----TG------A-GA--
gi|89990 : AAGTGTTACTTTTTCA--AA-A--T--TCA---T-CG-TA---ACAA-G-A-A-C-GAG-AT-AAATCA-CT--------A--------ACTTAAAAGTAA-T-A--------TTC-------------------CCT-----C-A---A-----A----A-G-TA-TG-------------T--CT-A-AGCAT---ACTA--A---AAG--AA--TAAA-----TA------A-GA--GT-T---AC-TT-GG-T--AA---T-G----A-A-AA-TG-
gi|89991 : AAGTGTTACTCTTTCCAAAA-T--T----A---C-CG-TA---ACAA-G-A-A-C-TAG-AC-AAATCA-CT--------A--------A-------GTAA-T-A--------TTC----TCT---C--AA--TATCTAATA-C-A---ATTGT-A----A-G-TA-TG-------------T--TC-A-AGCGT---ACTA--A---AAG--AA--GAAA-----TA------A-GA--G
gi|89992 : AAGTGTTACTTTTCCAAAAA-T--T----A---C-CG-TA---ACAA-G-A-T-C-TAG-AT-AA-TCA-CT--------A--------A-------GTAA-T-A--------TTC----TC-------AA--TATCTAATTAC-A---A-----ATTGAA-G-TA-TG-------------T--TC-A-AGCGT---ACTA--A---AAG--AA--GAAA-----TA------A-GA--G
gi|89993 : AAGTGGTTCTTT------AA-T--T--TCA---T-CG-TA---ACAA-GAA-A-C-TAG-ATAAAACCA-CCT-------ACATT----A-------G-AA-T-A--------TCT----AAT---C--AA--TA-CT-----C-----------A----A-A-C--TG-------------T--CC-A-AGCG----AC----A---AAGGAAA--TGAA-----GA------A-GAATGT-T---CT-TT-GG-T--AAATCC-G----A-A-AT-
gi|89995 : AAGTGTTACTTTTCA---AA-T--T--T-A---TGCG-TA----CA--G-A-A-C-TAG-AT-TAAT-A-T---------A--------A-------GTAT-G-A--------TTC----T-T---T--CA--TACT------------------A----A-G-TA-TG-------------T--TC-A-AGAGT---AAT--------AG--AA--GAGA-----TA------G-GA--GT-T---TC-TT-GG-T---A---T-G----A-A-AT-
gi|89994 : AAGTGTTACTTTGTCCA-AA-T--T--T-A---T-CA-TA---GCAA-G-A-A-A-TAG-AT-AAATCA-CTTTTTACCTAT-------A-------GTAA-T-A--------TTC----T--------AG--TACCT-----C-A---
gi|89996 : AAGTTTTACTTTTCCAA-AA-T-------A---C-TG-TA---ACAA-G-A-A---TA--AT-ACATCA-TG--------A--------A-------GTAA-T-A--------TTC----TCT---C--AA--TATCTAATAAC-A---ACTGC-A----A-G-TA-TG-------------T--TC-A-AG-GT---ACTA--A---AAG--AA---GAA-----
gi|89997 : AGTGTTACTTT------------C--TCAAAAC-CG-TA---ACAA-G-A-A-A-TAT-AA-AAATCG-CT--------A--------A-------TTGA-T-T--------TTCCCTATAT---ACTAG--TACCT-----C-A---T-----A----C-G-CA-TA-------------T--CC-ACAGAATTAAACTT--A---CAG--AAAATGAA-----TA------A-GA--GT-T---TC-TT-GG-T--AA---T-GA---A-A-AT-TC-ATGTTTCA
gi|89998 : GTGTTACTTT------AA-TATT--TCA---T-CA-TA---ACAA-G-A-A-C-TAG-AT-AAATCA-CC--------T--------A-------GTAA-T-ACATGTATATCC----TAT---C--AA--TACCT-----C-A---T-----A----A-A-CA-TG-------------T--CC-A-AGCGT---ACTA--A---AAG--AA--TGAA------A------A-GA--GC-TTAATC-TT-AA-T--AA---A-GA---A-A-AT-CC-ATGCTTCA
gi|89999 : GTGTTACTTT------AAAT--T--TCA---T-CAATA---ACAA-G-A---C-TAG-AT-AAATCA-CC--------T--------A-------GTAA-T-AATGTAAT-TCC----TAT---C--AA--TACGT-----C-A---T-----A----A-A-CA-TG-------------T--CC-ACCGCGT---ACTA--A---AAG--AA--TGAA------A------A-GA--GC-TTAATC-TT-AA-T--AA---A-G----A-A-A
gi|90000 : TATTACTTT------AA-T--T--TCA---T-TG-TA---ACGA-G-A-A-C-TAG-AT-AAATCA--C--------A--------A-------GTAA-T-A--------TTC----TAT---G--AA--TACCA-----A-T---A-----A----A-A-CA-TG-------------T--CC---AGCAT---ACTA--A---AAG--AA--TGAA-----TA------ATGA--GTCT---TC-TC-GG-T--AA---T-G----A-A-GT-TG-GTGTTTCA
gi|90001 : GTTACTTT------AA-T--T---CA---T-CG-TA---ACAAAG-ACA-C-TAG-A--AAACCA-CC--------ATACATGTCA-------GTAAAT-T--------TTC----TAT---C--AA--TACCG-----C-A---T-----A----A-A-CAATG-------------T--CC-A-A-CG-----CTA--A---AAA--GA--TGAA-----GA------A-GA--GT-T---TCTTT-GG-T--AA---TGG----A-A-ATCCG-GTGCT
gi|90002 : TTACTTT------AA-T--T--TCA---T-CG-TACTAACAA-G-A-A-C-TAG-AT-AAATCA-CC--------A--------A-------GTAA-T-A--------TTC----TAT---G--AA--TACCT-----C-A---A-----A----A-A-CA-TG-------------T--CC-A-AGCGT---ACTA--A---AAG--AA--TGAA-----TA------A-GA--GT-T---TC-TC-GG-T--AA---T-G----A-A-AT-TG-GTGTTTCA
gi|90003 : TTACTTT------CA-T--T--TCA---T-CG-TA---ACAA-G-A-G-C-TAG-AT-AAATCA-CG--------T--------A-------GTAA-T-A--------TTC----TATCAAT--AA--TACCT-----C-A---T-----A----A-A-CA-TG-------------T--TC--------------------------AA--TGAA-----TA------T-GA--GT-G---TC-TT-GG-T--AT---T-GA---A-A-AT-TC-ATGCTTCA
gi|90004 : ACTAT------AA-T--T--TCA---T-TG-TA---ACAA-G-A-A-C-TAG-AT-
gi|90006 : ACTTT------AA-T--G--TCA---T-CA-TA---A------G-A-C-TAA-AT--AATCA-CC-----------------T-------GTAT-T-A--------TTC----TAT---C--CACGTACCTG----C-T---T-----A----A-C-GA-TG-------------T--CC---AGCGT---ATTT--ATTTAAG--AA----AA-----TAATT---A-GA--GT-G---TC-T--GG-T--AA---T-G----AGA-AT-CC-ATGTTTtgcgtttgacacgatgttgattttgcctttgactagccacctagtaacattatatcaatacctcataaacatgtccaagcgtactaaaagttccttggtaatgaaaatccatgcttca
gi|90005 : ACTAT------AA-T--T--TCA---T-TG-TA---ACAA-G-A-A-C-TAG-AT-
gi|90007 : T------GA-T--T--T-A---T-CG-TG---ACAA-G-A-A-A-TAG-AT-AAAACA-CT-----------------G-------GTAA-T-A--------TTC----TCT---A--AA--TA-CT-----T-A---T-----A----A-G-CA-TG----------------CC-ACGGTGT---ACTA--A---AGG--AA--TACA-----TA------A-TA---T-T---TC-TC-Gtgcatttgacacgatgttgattttgcctttgactagccacctcagctaacattatatcaatacctcatcacatgtccaagcgtactaaaagtttcttggtaatgaaaatccatgcttca
gi|90008 : A-T--T--TAA---T-CGGTG---ACAA-G-A-AACATAG-AT-AAAACA-T------------------A-------GTAA-TTA--------TTC----TTT---A--AA--TACCG-----T-A---A-----T----ATG-CA-TG-------------T--AC-A-GGTGT---ACT---A---AAA--AA--TAGG-----TA------A-GA--GT-T---TC-TT-TG-T---A---T-G----A-A-A
gi|90009 : --T--TTA---T-CG-TG---ACAA-G-A-A-A-TAG-AT-AAAACA-CC--------T--------A-------GTAA-T-A--------TTC----TTT---A--AA--TACCT-----T-A---T-----A----T-G-CA-TG-------------C--CC-A-GGAGT---ATTA--A---AAG--AA--TAGG-----TA------A-GA--GT-T---TC-TT-CG-T--AA---T-G----A-A-AA-TACATGCTTCA
gi|90010 : ---T-CG-TT---ACAATG-A-A-A-TAG-AT-AAAACA-CC--------T--------A-------GTAA-T-A--------TCT----TA-------AA--TACCT-----T-AT--A-----T----A-A-TA-TATATATATGCATGGT--CC-A-TGTGT---ACTA--A---AAG--AA--T-AG-----TA------A-GA--GT-T---CT-TC--G-T--AA---T-G----A-A-A
gi|90011 : A-A-A-A-A-TAG-AT-AAAACA-CT--------A--------A-------GTGA-T-A--------TTC----TCT---A--AA--TACCT-----T-A---T-----A----A-G-CA-TG-------------C--CC-A-CGTGT---ACTA--A---AAG--AA--TAGA-----TA------A-GA--GT-T---TC-TT-CG-T--AA---C-G----A-A-AA-TGCATGCTTCA
gi|90012 : -AAATCA-CC--------T--------A-------GTAA-T-A--------GCC----GAT---C--A---TACCT-----C-A---T-----A----A-A-CA-TG-------------T--CC-A-AGCGT---A-TTAAA---AAG--AA--TGAAT----TA------A-CA--GT-T---TC-TT-AG-TTAAG---T-G----A-A-A
gi|90004 : CA-CC--------T--------A-------GTAA-C-A--------TTA----TAT---C--AA--TACCT-----C-A---T-----A----A-A-CA-TG-------------T--CC-A-AGCGT---AC--------------------------TA------A-AA--GT-T---CC-TT-GG-T--AA---T-GA---A-A-AT-CC-ATGCTTCA
gi|90013 : actataatttcattgtaacaagaactagattgcgtttgacacgatgttgattttgcctttgactagcCA-CCT-------A--------A-------GTAACT-A--------TAC-----AT---C--AA--TACCT-----C-C---T-----A----A-A-CA-TG-------------T--CC-A-AGCAT---AC--------------------------TA------A-AA--GT-T---TC-TT-GG-T---A---T-G------A-AT-CC-ATGCTTCA
gi|90014 : A-CC--------G--------A-------GTAA-C-A--------TAA----TATC--A--AA--TACCT-----C-AT--A-----A----A-A-CA-TG-------------T--CC-A-AGCGT---AC-T--A---AAG--------------------------------T---TC-TCTGG-T--AA---T-GGGAAA-A-AT-CC-ATGCTTC
gi|90015 : --------A-------GTAA-C-A--------TTA----TAT---C--AA--TACCT-----C-C---AT----A----A-A-CA-TA-------------TC-CC-A-AGCGT---AC--------------------------TA------A-AA--GT-T---TC-T-----T--AA---T-G----A-A-AT-C--ATGCTTC
gi|90005 : TAA-C-A--------TTA----TAT---C--AA--TACCT-----C-A---T-----C----A---CA-TG-------------T--CC-A-AGCGT---AC--------------------------TA------A-AA--GT-T---TC-TT-GG-T--AA---T-GA---A-A-AT-CC-ATGCTTCA
gi|90016 : actataatttcattgtaacaagaactagattgcatttgacacgatgttgattttgcctttgactagccacctcagcAT---G--CA--TGCTT-----C-A---A-----T----T-T-CG-T--------------T--TC-A-CGTGT---ACTT--A---AAA--AAA-TAAA-----AA------A-GA--GA-T---TC-TT-GG-T--AA---T-GA---A-A-AT-TG-ATGCTTCA
gi|90017 : --TGCCT-----C-ATATA-----A----A-G-CA-TA-------------TGTCC-A-ACCGT---ACTA--A---AAG--AA--TGAATAACTTA------A-GA--GT-T---TC-TT-GGTT--AA---T-GA---A-A-AT-CC-ATGTTTCA
gi|90018 : -------------T--TC-A-TGCAT---ACCT--A---AA---AA--TGAA-----TA------A-GA--GT-T---TC-TC-GG-T--AA---T-G----A-A-AA-TG-GTGTTTC
gi|90020 : -------------T--TC-A-CGCGT---ACTT--A---ATA--AT--TT-------TA------A-GA--GT-T---TC-TT-GG-T--AA---T-G----A-A-AT-TG-GTGTTTCA
gi|90019 : -------------T--TC-A-CGCTT---ACTT--A---AAA--AA--TAAA-----CA------A-GA--GT-T---TC-TC-GG-T--AA---T-GA---A-A-AT-TA-GT
gi|90021 : -------------T--TC-A-AGCAT---ACAA--A---AAG--A---TAAA-----CA------A-GA--GT-T---TC-TT-GG-T--AA---T-A----A-A-AA-TC-AAGTTTCA
gi|90022 : CGT---ACTA--A---AAG--AA--TGAA-----TA------A-GA--GT-T---TC-TT-GG-T--AT---A-G----A-A-A
gi|90023 : T---ACTT--A---AA---AG--TAAA-----TA------A-GA--GT-T---TC-TC-AG-T--AA---T-GA---A-A-AT-TG-GTGTTTCA
Alignments
lowQualScore : 222222 11111111111111111 11111111 1111
lowQualScore : 333333 1 11 33 222 1 2 222 2 2 1 1 1 1 1 1 99999999999999999 3333333 2 1 00000000 333333 3333 22 1 999999999999 33333 7777 2 3333333 2 7777777777777 1 1 55555555 22222 1 2 1 1 33333 222222 1 22 1 333 1 22 1 11 1 6666 1 1 444
lowQualScore : ...... . .. .. ... . . ... . . . . . . . . ................. ....... . . ........ ...... .... .. . ............ ..... .... . ....... . ............. . . ........ ..... . . . . ..... ...... . .. . ... . .. . .. . .... . . ...
lowQualScore : 111111 4 99 33 333 3 7 333 6 6 3 3 3 3 2 2 44444444444444444 8888888 3 1 11111111 333333 2222 66 1 222222222222 88888 1111 3 7777777 3 9999999999999 0 0 66666666 44444 0 9 0 1 33333 888888 0 77 1 777 1 99 1 55 1 8888 1 1 333
consensus : AAGTGTTACTTT------AA-T--T--TCA---T-CG-TA---ACAA-G-A-A-C-TAG-AT-AAATCA-CC--------A--------A-------GTAA-T-A--------TTC------TATC---AA--TACC-T-----C------A----TA----AA-C-------A-T-------------GT-CC-A--------AGCGTA-----C-T-AAAAG-AATGAA-----TA------A-GA--GT-T---TC-TC-GG-T--AAT-G----A-A-ATTC-GTGCTTCA
Reference ( family-484 ) : AAGTGTTACTTT------AA-T--T--TCA---T-CG-TA---ACAA-G-A-A-C-TAG-AT-AAATCA-CC--------A--------A-------GTAA-T-A--------TTC------TATC---AA--TACC-T-----C------A----NA----AA-C-------A-T-------------GT-CC-A--------AGCGTA-----C-T-AAAAG-AATGAA-----TA------A-GA--GT-T---TC-TC-GG-T--AAT-G----A-A-ATCC-GTGCTTCA
gi|89981 : AAGTGTTACTTT------AA-T--T--TCA---T-CG-TA---ACAA-G-A-A-C-TAG-AT-AAATCA-CC--------A--------A-------GTAA-T-A--------TTC------TATG---AA--TACC-T-----C------A----AA----AA-C-------A-T-------------AT-CC-A--------AGCGTA-----C-T-TAAAG-AATGAA-----TA------A-GA--GT-T---TC-TC-GG-T--AAT-G----A-A-ATTG-GTGTTTCA
gi|89982 : AAGTGTTACTTT------AA-T--T--TCA---T-CG-TA---ACAA-G-A-A-C--AG-AT-AAATCA-CC--------A--------A-------GTAA-T-A--------TTC------TATG---AA--TACC-T-----CA-----A----AA----AA-C-------A-T-------------GT-CC-A--------ATCGTA-----C-T-AAAAG-AATGAA-----TA------A-GA--GT-T---TC-TC-GG-T--AAT-G----A-A-ATTG-GTGTTTCA
gi|89983 : AAGTGTTACTTT------AA-T--T--TCA---T-TG-TA---ACAA-G-A-A-C-TAG-AT-AAATCA-C---------A--------A-------GTAA-T-A--------TTC------TATG---AA--TACC-T------------A----AA----AA-C-------A-T-------------GT-CC-A--------AGCATA-----C-T-AAAAG-AATGAA-----TA------A-GA--GT-T---TC-TC-GG-T--AAT-G----A-A-GTTG-GTGTTTCA
gi|89984 : AAGTGTTACTTT------AA-T--T--TCA---T-CA-TA---ACAA-G-A-A-C-TAG-AT-AAATCA-CC--------T--------A-------GTAA-T-A--------TTC------TATC---AA--TACT-T-----CATAATGA----TA----AA-C-------A-T-------------GT-CC-A--------AGCGTA-----C-T-AAAAG-AATGAA-----TA------A-GA--GT-T---TC-TT-GG-T--AAT-GA---A-A-ATCC-ATGCTTCA
gi|89985 : AAGTGTTACTTC------AA-T--T--TCA---T-CG-TA---ACAA-G-A-C-A-TAG-AT-AAATCA-CC--------A--------A-------GTAA-T-A--------T--------TATG---AA--TACC-T-----T------A----AA----AA-C---------T-------------GT--C-A--------AGCGTA-----C-T-AAAAG-AATGAA-----TA------A-GA--G--T---TC-TC-GG-T--AAT-GA---A-A-ATTG-GTGGTTCA
gi|89986 : AAGTGTTACTCT------AA-T--T--TCA---T-CG-TA---ACAA-G-A-A-C-TAG-AT-AAATCG-CC--------T--------A-------GTAA-T-A--------TTC------TATC---AA--TATT-T-----C------A----TA----AA-C-------A-T-------------GT-CC-A--------AGCGTA-----C-T-AAAAGAAATGAA-----TA------A-GA--GT-T---T
gi|89987 : AAGTGTTACTTTT-----AA-T--TA-TCA---T-CG-TA---ACAA-G-A-A-C-TAGCAT--AATCA-CCA-------A--------A-------GTAA-T-A--------TTC------TG-----AA--TACC-T-----A------A----AA----AA-C-------ATT-------------GT----A--------AGCGTA-------T-AAAAG-AATGAA-----TAAGATCTA-GA--GT-T---TC-TC-GG-T--AAT-GA---A-A-ATTG-GTGTTTCA
gi|89988 : AAGTGTTACTTT------AA-T--T--TCA---T-CG-TA---ACAA-G-A-A-C-TAG-AG-AAATCA-CCT-------A--------A-------GTAA-T-AT-------TTC------TATC---AA--TACC-T-----T------A----TA----AA-C-------A-T-------------GT-CCAA--------AGCGTA-----C-T-AAAAG-AATAAA-----TG------A-GA--
gi|89989 : AAGTGTTACTTT------AA-T--TTATCA---T-CG--A---ACAA-GAA-A-T-TAG-AT-AAATCATCC--------A--------A-------GTAA-T-AC-------TTC------TATG---AA--TA-C-T-----C------A----AA----AATC-------A-T-------------GT--C-A--------AGC-T------C-T---AAG-AAGGAA-----TA------A-AAAGGT-T---TC-TC-GG-T--AAT-G----A-AGATTA-GTGTTTCA
gi|89990 : AAGTGTTACTTTTTCA--AA-A--T--TCA---T-CG-TA---ACAA-G-A-A-C-GAG-AT-AAATCA-CT--------A--------ACTTAAAAGTAA-T-A--------TTC-------------------CC-T-----C------A----AA----AG-T-------A-T-------------GT-CT-A--------AGCATA-----C-T-AAAAG-AATAAA-----TA------A-GA--GT-T---AC-TT-GG-T--AAT-G----A-A-A
gi|89991 : AAGTGTTACTCTTTCCAAAA-T--T----A---C-CG-TA---ACAA-G-A-A-C-TAG-AC-AAATCA-CT--------A--------A-------GTAA-T-A--------TTC------TCTC---AA--TATC-TAATA-C------AATTGTA----AG-T-------A-T-------------GT-TC-A--------AGCGTA-----C-T-AAAAG-AAGAAA-----TA------A-GA--Gatg
gi|89992 : AAGTGTTACTTTTCCAAAAA-T--T----A---C-CG-TA---ACAA-G-A-T-C-TAG-AT-AA-TCA-CT--------A--------A-------GTAA-T-A--------TTC------T--C---AA--TATC-TAATTAC------A----AATTGAAG-T-------A-T-------------GT-TC-A--------AGCGTA-----C-T-AAAAG-AAGAAA-----TA------A-GA--G
gi|89993 : AAGTGGTTCTTT------AA-T--T--TCA---T-CG-TA---ACAA-GAA-A-C-TAG-ATAAAACCA-CCT-------ACATT----A-------G-AA-T-A--------TCT------AATC---AA--TA-C-T-----C------------A----AA-C---------T-------------GT-CC-A--------AGCG-A-----C-A-AAGGA-AATGAA-----GA------A-GAATGT-T---CT-TT-GG-T-----------A-A-ATCC-
gi|89994 : AAGTGTTACTTTGTCCA-AA-T--T--T-A---T-CA-TA---GCAA-G-A-A-A-TAG-AT-AAATCA-CTTTTTACCTAT-------A-------GTAA-T-A--------TTC------T------AG--TACC-T-----C------A----aaat
gi|89995 : AAGTGTTACTTTTCA---AA-T--T--T-A---TGCG-TA----CA--G-A-A-C-TAG-AT-TAAT-A-T---------A--------A-------GTAT-G-A--------TTC------TTTC---A---TAC--------------------TA----AG-T-------A-T-------------GT-TC-A--------AGAGTA-----A-T-AGAAG-AG---A-----TA------G-GA--GT-T---TC-TT-GG-T---AT-G----A-A-AT
gi|89996 : AAGTTTTACTTTTCCAA-AA-T-------A---C-TG-TA---ACAA-G-A-A---TA--AT-ACATCA-TG--------A--------A-------GTAA-T-A--------TTC------TCTC---AA--TATC-T-----A------A----TAAC--AA-CTGCAAGTA-T-------------GT-TC-A--------AG-GTA-----C-T-AAAAG-AA-GAA-----
gi|89997 : AGTGTTACTTT------------C--TCAAAAC-CG-TA---ACAA-G-A-A-A-TAT-AA-AAATCG-CT--------A--------A-------TTGA-T-T--------TTCCCTATATACT---AG--TACC-T-----C------A----TA----CG-C-------A-T-------------AT-CC-ACAGAATTAAACTTA-----C----AGAA-AATGAA-----TA------A-GA--GT-T---TC-TT-GG-T--AAT-GA---A-A-ATTC-ATGTTTCA
gi|89998 : GTGTTACTTT------AA-TATT--TCA---T-CA-TA---ACAA-G-A-A-C-TAG-AT-AAATCA-CC--------T--------A-------GTAA-T-ACATGTATATCC------TATC---AA--TACC-T-----C------A----TA----AA-C-------A-T-------------GT-CC-A--------AGCGTA-----C-T-AAAAG-AATGAA------A------A-GA--GC-TTAATC-TT-AA-T--AAA-GA---A-A-ATCC-ATGCTTCA
gi|89999 : GTGTTACTTT------AAAT--T--TCA---T-CAATA---ACAA-G-A---C-TAG-AT-AAATCA-CC--------T--------A-------GTAA-T-AATGTAAT-TCC------TATC---AA--TACG-T-----C------A----TA----AA-C-------A-T-------------GT-CC-AC-------CGCGTA-----C-T-AAAAG-AATGAA------A------A-GA--GC-TTAATC-TT-AA-T--AAA-G----A-A-A
gi|90000 : TATTACTTT------AA-T--T--TCA---T-TG-TA---ACGA-G-A-A-C-TAG-AT-AAATCA--C--------A--------A-------GTAA-T-A--------TTC------TATG---AA--TACC-A-----A------T----AA----AA-C-------A-T-------------GT-CC----------AGCATA-----C-T-AAAAG-AATGAA-----TA------ATGA--GTCT---TC-TC-GG-T--AAT-G----A-A-GTTG-GTGTTTCA
gi|90001 : GTTACTTT------AA-T--T---CA---T-CG-TA---ACAAAG-ACA-C-TAG-A--AAACCA-CC--------ATACATGTCA-------GTAAAT-T--------TTC------TATC---AA--TACC-G-----C------A----TA----AA-C-------AAT-------------GT-CC-A--------A-CG-------C-T-AAAAA-GATGAA-----GA------A-GA--GT-T---TCTTT-GG-T--AATGG----A-A-ATCCGGTGCT
gi|90002 : TTACTTT------AA-T--T--TCA---T-CG-TACTAACAA-G-A-A-C-TAG-AT-AAATCA-CC--------A--------A-------GTAA-T-A--------TTC------TATG---AA--TACC-T-----C------A----AA----AA-C-------A-T-------------GT-CC-A--------AGCGTA-----C-T-AAAAG-AATGAA-----TA------A-GA--GT-T---TC-TC-GG-T--AAT-G----A-A-ATTG-GTGTTTCA
gi|90003 : TTACTTT------CA-T--T--TCA---T-CG-TA---ACAA-G-A-G-C-TAG-AT-AAATCA-CG--------T--------A-------GTAA-T-A--------TTC------TATCAATAA--TACC-T-----C------A----TA----AA-C-------A-T-------------GT-TC-------------------------------AATGAA-----TA------T-GA--GT-G---TC-TT-GG-T--ATT-GA---A-A-ATTC-ATGCTTCA
gi|90004 : ACTAT------AA-T--T--TCA---T-TG-TA---ACAA-G-A-A-C-TAG-AT-
gi|90004 : CA-CC--------T--------A-------GTAA-C-A--------TTA------TATC---AA--TACC-T-----C------A----TA----AA-C-------A-T-------------GT-CC-A--------AGCGTA-----C-T-AAA-------------------------A--GT-T---CC-TT-GG-T--AAT-GA---A-A-ATCC-ATGCTTCAtgcgtttgacacgatgttgattttgcctttgactagccacctagtaacattatatcaatacctcataaacatgtccaagcgtactaaaagttccttggtaatgaaaatccatgcttca
gi|90005 : actataatttcattgtaacaagaactagattgcgtttgacacgatgttgattttgcctttgactagcACTAT------AA-T--T--TCA---T-TG-TA---ACAA-G-A-A-C-TAG-AT-
gi|90005 : TAA-C-A--------TTA------TATC---AA--TACC-T-----C------A----TC----A--C-------A-T-------------GT-CC-A--------AGCGTA-----C-T-AAA-------------------------A--GT-T---TC-TT-GG-T--AAT-GA---A-A-ATCC-ATGCTTCAtgcatttgacacgatgttgattttgcctttgactagccacctcagctaacattatatcaatacctcatcacatgtccaagcgtactaaaagtttcttggtaatgaaaatccatgcttca
gi|90006 : actataatttcattgtaacaagaactagattgcatttgacacgatgttgattttgcctttgactagccacctcagcACTTT------AA-T--G--TCA---T-CA-TA---A------G-A-C-TAA-AT--AATCA-CC-----------------T-------GTAT-T-A--------TTC------TATC---CACGTACC-TG----C------T----TA----AC-G-------A-T-------------GT-CC----------AGCGTATTTATT-T-AAGAA-AAT-AA-----TT------A-GA--GT-G---TC-T--GG-T--AAT-G----AGA-ATCC-ATGTTT
gi|90007 : T------GA-T--T--T-A---T-CG-TG---ACAA-G-A-A-A-TAG-AT-AAAACA-CT-----------------G-------GTAA-T-A--------TTC------TCTA---AA--TA-C-T-----T------A----TA----AG-C-------A-T-------------G--CC-AC-------GGTGTA-----C-T-AAAGG-AATACA-----TA------A-TA---T-T---TC-TC-G
gi|90008 : A-T--T--TAA---T-CGGTG---ACAA-G-A-AACATAG-AT-AAAACA-T------------------A-------GTAA-TTA--------TTC------TTTA---AA--TACCGT-----A------A----TA----TG-C-------A-T-------------GT-AC-A--------GGTGTA-----C-T-AAAA--AATAGG-----TA------A-GA--GT-T---TC-TT-TG-T---AT-G----A-A-A
gi|90009 : --T--TTA---T-CG-TG---ACAA-G-A-A-A-TAG-AT-AAAACA-CC--------T--------A-------GTAA-T-A--------TTC------TTTA---AA--TACC-T-----T------A----TA----TG-C-------A-T-------------GC-CC-A--------GGAGTA-----T-T-AAAAG-AATAGG-----TA------A-GA--GT-T---TC-TT-CG-T--AAT-GA---A-A-ATAC-ATGCTTCA
gi|90010 : ---T-CG-TT---ACAATG-A-A-A-TAG-AT-AAAACA-CC--------T--------A-------GTAA-T-A--------TCT------TA-----AA--TACC-T-----T------A----TAT---AA-T-------A-TATATATATGCATGGT-CC-A--------TGTGTA-----C-T-AAAAG-AAT-AG-----TA------A-GA--GT-T---CT-TC--G-T--AAT-G----A-A-A
gi|90011 : A-A-A-A-A-TAG-AT-AAAACA-CT--------A--------A-------GTGA-T-A--------TTC------TCTA---AA--TACC-T-----T------A----TA----AG-C-------A-T-------------GC-CC-A--------CGTGTA-----C-T-AAAAG-AATAGA-----TA------A-GA--GT-T---TC-TT-CG-T--AAC-GA---A-A-ATGC-ATGCTTCA
gi|90012 : -AAATCA-CC--------T--------A-------GTAA-T-A--------GCC------GATC---A---TACC-T-----C------A----TA----AA-C-------A-T-------------GT-CC-A--------AGCGTA-----T-TAAAAAG-AATGAAT----TA------A-CA--GT-T---TC-TT-AG-TTAAGT-G----A-A-A
gi|90013 : CA-CCT-------A--------A-------GTAACT-A--------TAC-------ATC---AA--TACC-T-----C------C----TA----AA-C-------A-T-------------GT-CC-A--------AGCATA-----C-T-AAAAG---------------------------T-T---TC-TT-GG-T---AT-G------A-ATCC-ATGCTTCA
gi|90014 : A-CC--------G--------A-------GTAA-C-A--------TAA------TATC---AAA-TACC-T-----C------A----TA----AAAC-------A-T-------------GT-CC-A--------AGCGTA-----C-T-AAAG------------------------------T---TC-TCTGG-T--AAT-GGGAAA-A-ATCC-ATGCTTC
gi|90015 : --------A-------GTAA-C-A--------TTA------TATC---AA--TACC-TC----C------A----TA----AA-C-------A-T-------------ATCCC-A--------AGCGTA-----C-T-AAA-------------------------A--GT-T---TC-T-----T--AAT-G----A-A-AT-C-ATGCTTC
gi|90016 : T-TC-A--------CGTGTA-----C-TTAAAAA-AATAAA-----AA------A-GA--GA-T---TC-TT-GG-T--AAT-GA---A-A-ATTG-ATGCTTCA
gi|90017 : atgcatgcttcaatttcgt--TGCC-T-----C------A----TATAA-AG-C-------A-TAT-----------GT-CC-A--------ACCGTA-----C-T-AAAAG-AATGAATAACTTA------A-GA--GT-T---TC-TT-GGTT--AAT-GA---A-A-ATCC-ATGTTTCA
gi|90018 : T-TC-A--------TGCATA-----CCT-AAAA---ATGAA-----TA------A-GA--GT-T---TC-TC-GG-T--AAT-G----A-A-AATG-GTGTTTC
gi|90019 : T-TC-A--------CGCTTA-----C-T-TAAAA-AATAAA-----CA------A-GA--GT-T---TC-TC-GG-T--AAT-G----A-A-A
gi|90020 : T-TC-A--------CGCGTA-----C-T-TAATA-ATTT-------TA------A-GA--GT-T---TC-TT-GG-T--AAT-G----A-A-ATTG-GTGTTTCAattagt
gi|90021 : T-TC-A--------AGCATA-----C-A-AAAAG-A-TAAA-----CA------A-GA--GT-T---TC-TT-GG-T--AAT-A----A-A-AATC-AAGTTTCA
gi|90022 : CGTA-----C-T-AAAAG-AATGAA-----TA------A-GA--GT-T---TC-TT-GG-T--ATA-G----A-A-A
gi|90023 : TA-----C-TTAAAAG---TAAA-----TA------A-GA--GT-T---TC-TC-AG-T--AAT-GA---A-A-ATTG-GTGTTTCA
Alignments
lowQualScore : 222222 11111111111111111 11111111 1111
lowQualScore : 333333 1 11 33 222 1 2 222 2 2 1 1 1 1 1 1 99999999999999999 3333333 2 1 00000000 333333 3333 22 1 55555555555 66666666666666 333 11 3 4444444 1 7777777777777 1 1 55555555 22222 1 2 1 1 33333 222222 1 22 1 333 1 22 1 11 111 1 6666 1 1 22
lowQualScore : ...... . .. .. ... . . ... . . . . . . . . ................. ....... . . ........ ...... .... .. . ........... .............. ... .. . ....... . ............. . . ........ ..... . . . . ..... ...... . .. . ... . .. . .. ... . .... . . ..
lowQualScore : 111111 4 99 33 333 3 7 333 6 6 3 3 3 3 2 2 44444444444444444 8888888 3 1 11111111 333333 2222 66 1 33333333333 44444444444444 111 66 4 9999999 1 9999999999999 0 0 66666666 44444 0 9 0 1 33333 888888 0 77 1 777 1 99 1 55 999 1 8888 1 1 66
consensus : AAGTGTTACTTT------AA-T--T--TCA---T-CG-TA---ACAA-G-A-A-C-TAG-AT-AAATCA-CC--------A--------A-------GTAA-T-A--------TTC------TATC---AA--TACC-T----C------A----T---------A---A--A-C-------A-T-------------GT-CC-A--------AGCGTA-----C-T-AAAAG-AATGAA-----TA------A-GA--GT-T---TC-TC-GG-T--AA---T-G----A-A-ATTC-GTGCTTCA
Reference ( family-484 ) : AAGTGTTACTTT------AA-T--T--TCA---T-CG-TA---ACAA-G-A-A-C-TAG-AT-AAATCA-CC--------A--------A-------GTAA-T-A--------TTC------TATC---AA--TACC-T----C------A----T---------A---A--A-C-------A-T-------------GT-CC-A--------AGCGTA-----C-T-AAAAG-AATGAA-----TA------A-GA--GT-T---TC-TC-GG-T--AA---T-G----A-A-ATTC-GTGCTTCA
gi|89981 : AAGTGTTACTTT------AA-T--T--TCA---T-CG-TA---ACAA-G-A-A-C-TAG-AT-AAATCA-CC--------A--------A-------GTAA-T-A--------TTC------TATG---AA--TACC-T----C------A----A---------A---A--A-C-------A-T-------------AT-CC-A--------AGCGTA-----C-T-TAAAG-AATGAA-----TA------A-GA--GT-T---TC-TC-GG-T--AA---T-G----A-A-ATTG-GTGTTTCA
gi|89982 : AAGTGTTACTTT------AA-T--T--TCA---T-CG-TA---ACAA-G-A-A-C--AG-AT-AAATCA-CC--------A--------A-------GTAA-T-A--------TTC------TATG---AA--TACC-T----C------A----A---------A---A--AAC-------A-T-------------GT-CC-A--------ATCGTA-----C-T-AAAAG-AATGAA-----TA------A-GA--GT-T---TC-TC-GG-T--AA---T-G----A-A-ATTG-GTGTTTCA
gi|89983 : AAGTGTTACTTT------AA-T--T--TCA---T-TG-TA---ACAA-G-A-A-C-TAG-AT-AAATCA-C---------A--------A-------GTAA-T-A--------TTC------TATG---AA--TACC-T----A------A--------------A---A--A-C-------A-T-------------GT-CC-A--------AGCATA-----C-T-AAAAG-AATGAA-----TA------A-GA--GT-T---TC-TC-GG-T--AA---T-G----A-A-GTTG-GTGTTTCA
gi|89984 : AAGTGTTACTTT------AA-T--T--TCA---T-CA-TA---ACAA-G-A-A-C-TAG-AT-AAATCA-CC--------T--------A-------GTAA-T-A--------TTC------TATC---AA--TACT-T----CATAATGA----T---------A---A--A-C-------A-T-------------GT-CC-A--------AGCGTA-----C-T-AAAAG-AATGAA-----TA------A-GA--GT-T---TC-TT-GG-T--AA---T-GA---A-A-ATCC-ATGCTTCA
gi|89985 : AAGTGTTACTTC------AA-T--T--TCA---T-CG-TA---ACAA-G-A-C-A-TAG-AT-AAATCA-CC--------A--------A-------GTAA-T-A--------T--------TATG---AA--TACC-T----T------A----A---------A---A--A-C---------T-------------GT--C-A--------AGCGTA-----C-T-AAAAG-AATGAA-----TA------A-GA--G--T---TC-TC-GG-T--AA---T-GA---A-A-ATTG-GTGGTTCA
gi|89986 : AAGTGTTACTCT------AA-T--T--TCA---T-CG-TA---ACAA-G-A-A-C-TAG-AT-AAATCG-CC--------T--------A-------GTAA-T-A--------TTC------TATC---AA--TATT-T----C------A----T---------A---A--A-C-------A-T-------------GT-CC-A--------AGCGTA-----C-T-AAAAGAAATGAA-----TA------A-GA--GT-T---T
gi|89987 : AAGTGTTACTTTT-----AA-T--TA-TCA---T-CG-TA---ACAA-G-A-A-C-TAGCAT--AATCA-CCA-------A--------A-------GTAA-T-A--------TTC------TG-----AA--TACC-T----A------A----A---------A---A--A-C-------ATT-------------GT----A--------AGCGTA-------T-AAAAG-AATGAA-----TAAGATCTA-GA--GT-T---TC-TC-GG-T--AA---T-GA---A-A-ATTG-GTGTTTCA
gi|89988 : AAGTGTTACTTT------AA-T--T--TCA---T-CG-TA---ACAA-G-A-A-C-TAG-AG-AAATCA-CCT-------A--------A-------GTAA-T-AT-------TTC------TATC---AA--TACC-T----T------A----T---------A---A--A-C-------A-T-------------GT-CCAA--------AGCGTA-----C-T-AAAAG-AATAAA-----TG------A-GA--
gi|89989 : AAGTGTTACTTT------AA-T--TTATCA---T-CG--A---ACAA-GAA-A-T-TAG-AT-AAATCATCC--------A--------A-------GTAA-T-AC-------TTC------TATG---AA--TA-C-T----C------A----A---------A---A--ATC-------A-T-------------GT--C-A--------AGC-T------C-T---AAG-AAGGAA-----TA------A-AAAGGT-T---TC-TC-GG-T--AA---T-G----A-AGATTA-GTGTTTCA
gi|89990 : AAGTGTTACTTTTTCA--AA-A--T--TCA---T-CG-TA---ACAA-G-A-A-C-GAG-AT-AAATCA-CT--------A--------ACTTAAAAGTAA-T-A--------TTC-------------------CC-T----C------A----A---------A---A--G-T-------A-T-------------GT-CT-A--------AGCATA-----C-T-AAAAG-AATAAA-----TA------A-GA--GT-T---AC-TT-GG-T--AA---T-G----A-A-A
gi|89991 : AAGTGTTACTCTTTCCAAAA-T--T----A---C-CG-TA---ACAA-G-A-A-C-TAG-AC-AAATCA-CT--------A--------A-------GTAA-T-A--------TTC------TCTC---AA--TATC-TAATAC------AATTGT---------A---A--G-T-------A-T-------------GT-TC-A--------AGCGTA-----C-T-AAAAG-AAGAAA-----TA------A-GA--Gatg
gi|89992 : AAGTGTTACTTTTCCAAAAA-T--T----A---C-CG-TA---ACAA-G-A-T-C-TAG-AT-AA-TCA-CT--------A--------A-------GTAA-T-A--------TTC------T--C---AA--TATC-T----A------A----TTACAAATTGA---A--G-T-------A-T-------------GT-TC-A--------AGCGTA-----C-T-AAAAG-AAGAAA-----TA------A-GA--G
gi|89993 : AAGTGGTTCTTT------AA-T--T--TCA---T-CG-TA---ACAA-GAA-A-C-TAG-ATAAAACCA-CCT-------ACATT----A-------G-AA-T-A--------TCT------AATC---AA--TA-C-T----C---------------------A---A--A-C---------T-------------GT-CC-A--------AGCG-A-----C-A-AAGGA-AATGAA-----GA------A-GAATGT-T---CT-TT-GG-T--AAATCC-G----A-A-AT
gi|89994 : AAGTGTTACTTTGTCCA-AA-T--T--T-A---T-CA-TA---GCAA-G-A-A-A-TAG-AT-AAATCA-CTTTTTACCTAT-------A-------GTAA-T-A--------TTC------T------AG--TACC-T----C------A----
gi|89995 : AAGTGTTACTTTTCA---AA-T--T--T-A---TGCG-TA----CA--G-A-A-C-TAG-AT-TAAT-A-T---------A--------A-------GTAT-G-A--------TTC------TTTC---A---TAC-------------------T---------A---A--G-T-------A-T-------------GT-TC-A--------AGAGTA-----A-T-AGAAG-AG---A-----TA------G-GA--GT-T---TC-TT-GG-T---A---T-G----A-A-AT
gi|89996 : AAGTTTTACTTTTCCAA-AA-T-------A---C-TG-TA---ACAA-G-A-A---TA--AT-ACATCA-TG--------A--------A-------GTAA-T-A--------TTC------TCTC---AA--TATC-T----A------A----T---------A---ACAA-CTGCAAGTA-T-------------GT-TC-A--------AG-GTA-----C-T-AAAAG-AA-GAA-----
gi|89997 : AGTGTTACTTT------------C--TCAAAAC-CG-TA---ACAA-G-A-A-A-TAT-AA-AAATCG-CT--------A--------A-------TTGA-T-T--------TTCCCTATATACT---AG--TACC-T----C------A----T---------A---C--G-C-------A-T-------------AT-CC-ACAGAATTAAACTTA-----C----AGAA-AATGAA-----TA------A-GA--GT-T---TC-TT-GG-T--AA---T-GA---A-A-ATTC-ATGTTTCA
gi|89998 : GTGTTACTTT------AA-TATT--TCA---T-CA-TA---ACAA-G-A-A-C-TAG-AT-AAATCA-CC--------T--------A-------GTAA-T-ACATGTATATCC------TATC---AA--TACC-T----C------A----T---------A---A--A-C-------A-T-------------GT-CC-A--------AGCGTA-----C-T-AAAAG-AATGAA------A------A-GA--GC-TTAATC-TT-AA-T--AA---A-GA---A-A-ATCC-ATGCTTCA
gi|89999 : GTGTTACTTT------AAAT--T--TCA---T-CAATA---ACAA-G-A---C-TAG-AT-AAATCA-CC--------T--------A-------GTAA-T-AATGTAAT-TCC------TATC---AA--TACG-T----C------A----T---------A---A--A-C-------A-T-------------GT-CC-AC-------CGCGTA-----C-T-AAAAG-AATGAA------A------A-GA--GC-TTAATC-TT-AA-T--AA---A-G----A-A-A
gi|90000 : TATTACTTT------AA-T--T--TCA---T-TG-TA---ACGA-G-A-A-C-TAG-AT-AAATCA--C--------A--------A-------GTAA-T-A--------TTC------TATG---AA--TACC------A------A----TA--------A---A--A-C-------A-T-------------GT-CC----------AGCATA-----C-T-AAAAG-AATGAA-----TA------ATGA--GTCT---TC-TC-GG-T--AA---T-G----A-A-GTTG-GTGTTTCA
gi|90001 : GTTACTTT------AA-T--T---CA---T-CG-TA---ACAAAG-ACA-C-TAG-A--AAACCA-CC--------ATACATGTCA-------GTAAAT-T--------TTC------TATC---AA--TACC-G----C------A----T---------A---A--A-CA------A-T-------------GT-CC-A--------A-CG-------C-T-AAAAA-GATGAA-----GA------A-GA--GT-T---TCTTT-GG-T--AA---TGG----A-A-ATCCGGTGCT
gi|90002 : TTACTTT------AA-T--T--TCA---T-CG-TACTAACAA-G-A-A-C-TAG-AT-AAATCA-CC--------A--------A-------GTAA-T-A--------TTC------TATG---AA--TACC-T----C------A----A---------A---A--A-C-------A-T-------------GT-CC-A--------AGCGTA-----C-T-AAAAG-AATGAA-----TA------A-GA--GT-T---TC-TC-GG-T--AA---T-G----A-A-ATTG-GTGTTTCA
gi|90003 : TTACTTT------CA-T--T--TCA---T-CG-TA---ACAA-G-A-G-C-TAG-AT-AAATCA-CG--------T--------A-------GTAA-T-A--------TTC------TATCAATAA--TACC-T----C------A----T---------A---A--A-C-------A-T-------------GT-TC-------------------------------AATGAA-----TA------T-GA--GT-G---TC-TT-GG-T--AT---T-GA---A-A-ATTC-ATGCTTCA
gi|90004 : ACTAT------AA-T--T--TCA---T-TG-TA---ACAA-G-A-A-C-TAG-AT-
gi|90004 : CA-CC--------T--------A-------GTAA-C-A--------TTA------TATC---AA--TACC-T----C------A----T---------A---A--A-C-------A-T-------------GT-CC-A--------AGCGTA-----C-T-AAA-------------------------A--GT-T---CC-TT-GG-T--AA---T-GA---A-A-ATCC-ATGCTTCAtgcgtttgacacgatgttgattttgcctttgactagccacctagtaacattatatcaatacctcataaacatgtccaagcgtactaaaagttccttggtaatgaaaatccatgcttca
gi|90005 : actataatttcattgtaacaagaactagattgcgtttgacacgatgttgattttgcctttgactagcACTAT------AA-T--T--TCA---T-TG-TA---ACAA-G-A-A-C-TAG-AT-
gi|90005 : TAA-C-A--------TTA------TATC---AA--TACC-T----C------A----T---------C---A----C-------A-T-------------GT-CC-A--------AGCGTA-----C-T-AAA-------------------------A--GT-T---TC-TT-GG-T--AA---T-GA---A-A-ATCC-ATGCTTCAtgcatttgacacgatgttgattttgcctttgactagccacctcagctaacattatatcaatacctcatcacatgtccaagcgtactaaaagtttcttggtaatgaaaatccatgcttca
gi|90006 : actataatttcattgtaacaagaactagattgcatttgacacgatgttgattttgcctttgactagccacctcagcACTTT------AA-T--G--TCA---T-CA-TA---A------G-A-C-TAA-AT--AATCA-CC-----------------T-------GTAT-T-A--------TTC------TATC---CACGTACC-TG---C------T----T---------A---A--C-G-------A-T-------------GT-CC----------AGCGTATTTATT-T-AAGAA-AAT-AA-----TT------A-GA--GT-G---TC-T--GG-T--AA---T-G----AGA-ATCC-ATGTTT
gi|90007 : T------GA-T--T--T-A---T-CG-TG---ACAA-G-A-A-A-TAG-AT-AAAACA-CT-----------------G-------GTAA-T-A--------TTC------TCTA---AA--TA-C-T----T------A----T---------A---A--G-C-------A-T-------------G--CC-AC-------GGTGTA-----C-T-AAAGG-AATACA-----TA------A-TA---T-T---TC-TC-G
gi|90008 : A-T--T--TAA---T-CGGTG---ACAA-G-A-AACATAG-AT-AAAACA-T------------------A-------GTAA-TTA--------TTC------TTTA---AA--TACCGT----A------A----T---------A---T--G-C-------A-T-------------GT-AC-A--------GGTGTA-----C-T-AAAA--AATAGG-----TA------A-GA--GT-T---TC-TT-TG-T---A---T-G----A-A-A
gi|90009 : --T--TTA---T-CG-TG---ACAA-G-A-A-A-TAG-AT-AAAACA-CC--------T--------A-------GTAA-T-A--------TTC------TTTA---AA--TACC-T----T------A----T---------A---T--G-C-------A-T-------------GC-CC-A--------GGAGTA-----T-T-AAAAG-AATAGG-----TA------A-GA--GT-T---TC-TT-CG-T--AA---T-GA---A-A-ATAC-ATGCTTCA
gi|90010 : ---T-CG-TT---ACAATG-A-A-A-TAG-AT-AAAACA-CC--------T--------A-------GTAA-T-A--------TCT------TA-----AA--TACC-T----T------A----T---------AT--A--A-T-------A-TATATATATGCATGGT-CC-A--------TGTGTA-----C-T-AAAAG-AAT-AG-----TA------A-GA--GT-T---CT-TC--G-T--AA---T-G----A-A-A
gi|90011 : A-A-A-A-A-TAG-AT-AAAACA-CT--------A--------A-------GTGA-T-A--------TTC------TCTA---AA--TACC-T----T------A----T---------A---A--G-C-------A-T-------------GC-CC-A--------CGTGTA-----C-T-AAAAG-AATAGA-----TA------A-GA--GT-T---TC-TT-CG-T--AA---C-GA---A-A-ATGC-ATGCTTCA
gi|90012 : -AAATCA-CC--------T--------A-------GTAA-T-A--------GCC------GATC---A---TACC-T----C------A----T---------A---A--A-C-------A-T-------------GT-CC-A--------AGCGTA-----T-TAAAAAG-AATGAAT----TA------A-CA--GT-T---TC-TT-AG-TTAAG---T-G----A-A-A
gi|90013 : CA-CCT-------A--------A-------GTAACT-A--------TAC-------ATC---AA--TACC-T----C------C----T---------A---A--A-C-------A-T-------------GT-CC-A--------AGCATA-----C-T-AAA-------------------------A--GT-T---TC-TT-GG-T---A---T-G------A-ATCC-ATGCTTCA
gi|90014 : A-CC--------G--------A-------GTAA-C-A--------TAA------TATC---AAA-TACC-T----C------A----T---------A---A--AAC-------A-T-------------GT-CC-A--------AGCGTA-----C-T-AAAG------------------------------T---TC-TCTGG-T--AA---T-GGGAAA-A-ATCC-ATGCTTC
gi|90015 : --------A-------GTAA-C-A--------TTA------TATC---AA--TACC-TC---C------A----T---------A---A--A-C-------A-T-------------ATCCC-A--------AGCGTA-----C-T-AAA-------------------------A--GT-T---TC-T-----T--AA---T-G----A-A-A-TC-ATGCTTC
gi|90016 : T-TC-A--------CGTGTA-----C-TTAAAAA-AATAAA-----AA------A-GA--GA-T---TC-TT-GG-T--AA---T-GA---A-A-ATTG-ATGCTTCA
gi|90017 : atgcatgcttcaatttcgt--TGCC-T----C------A----T---------ATAAA--G-C-------A-TAT-----------GT-CC-A--------ACCGTA-----C-T-AAAAG-AATGAATAACTTA------A-GA--GT-T---TC-TT-GGTT--AA---T-GA---A-A-ATCC-ATGTTTCA
gi|90018 : T-TC-A--------TGCATA-----CCT-AAAA---ATGAA-----TA------A-GA--GT-T---TC-TC-GG-T--AA---T-G----A-A-AATG-GTGTTTC
gi|90019 : T-TC-A--------CGCTTA-----C-T-TAAAA-AATAAA-----CA------A-GA--GT-T---TC-TC-GG-T--AA---T-G----A-A-A
gi|90020 : T-TC-A--------CGCGTA-----C-T-TAATA-ATTT-------TA------A-GA--GT-T---TC-TT-GG-T--AA---T-G----A-A-ATTG-GTGTTTCAattagt
gi|90021 : T-TC-A--------AGCATA-----C-A-AAAAG-A-TAAA-----CA------A-GA--GT-T---TC-TT-GG-T--AA---T-A----A-A-AATC-AAGTTTCA
gi|90022 : CGTA-----C-T-AAAAG-AATGAA-----TA------A-GA--GT-T---TC-TT-GG-T--AT---A-G----A-A-A
gi|90023 : TA-----C-TTAAAAG---TAAA-----TA------A-GA--GT-T---TC-TC-AG-T--AA---T-GA---A-A-ATTG-GTGTTTCA
Alignments
lowQualScore : 222222 11111111111111111 11111111 1111
lowQualScore : 333333 1 11 33 222 1 2 222 2 2 1 1 1 1 1 1 99999999999999999 3333333 2 1 00000000 333333 3333 22 1 55555555555 66666666666666 333 11 3 4444444 1 7777777777777 1 1 55555555 22222 1 2 1 1 33333 222222 1 22 1 333 1 22 1 11 111 1 6666 1 1 22
lowQualScore : ...... . .. .. ... . . ... . . . . . . . . ................. ....... . . ........ ...... .... .. . ........... .............. ... .. . ....... . ............. . . ........ ..... . . . . ..... ...... . .. . ... . .. . .. ... . .... . . ..
lowQualScore : 111111 4 99 33 333 3 7 333 6 6 3 3 3 3 2 2 44444444444444444 8888888 3 1 11111111 333333 2222 66 1 33333333333 44444444444444 111 66 4 9999999 1 9999999999999 0 0 66666666 44444 0 9 0 1 33333 888888 0 77 1 777 1 99 1 55 999 1 8888 1 1 66
consensus : AAGTGTTACTTT------AA-T--T--TCA---T-CG-TA---ACAA-G-A-A-C-TAG-AT-AAATCA-CC--------A--------A-------GTAA-T-A--------TTC------TATC---AA--TACC-T----C------A----T---------A---A--A-C-------A-T-------------GT-CC-A--------AGCGTA-----C-T-AAAAG-AATGAA-----TA------A-GA--GT-T---TC-TC-GG-T--AA---T-G----A-A-ATTC-GTGCTTCA
Reference ( family-484 ) : AAGTGTTACTTT------AA-T--T--TCA---T-CG-TA---ACAA-G-A-A-C-TAG-AT-AAATCA-CC--------A--------A-------GTAA-T-A--------TTC------TATC---AA--TACC-T----C------A----T---------A---A--A-C-------A-T-------------GT-CC-A--------AGCGTA-----C-T-AAAAG-AATGAA-----TA------A-GA--GT-T---TC-TC-GG-T--AA---T-G----A-A-ATTC-GTGCTTCA
gi|89981 : AAGTGTTACTTT------AA-T--T--TCA---T-CG-TA---ACAA-G-A-A-C-TAG-AT-AAATCA-CC--------A--------A-------GTAA-T-A--------TTC------TATG---AA--TACC-T----C------A----A---------A---A--A-C-------A-T-------------AT-CC-A--------AGCGTA-----C-T-TAAAG-AATGAA-----TA------A-GA--GT-T---TC-TC-GG-T--AA---T-G----A-A-ATTG-GTGTTTCA
gi|89982 : AAGTGTTACTTT------AA-T--T--TCA---T-CG-TA---ACAA-G-A-A-C--AG-AT-AAATCA-CC--------A--------A-------GTAA-T-A--------TTC------TATG---AA--TACC-T----C------A----A---------A---A--AAC-------A-T-------------GT-CC-A--------ATCGTA-----C-T-AAAAG-AATGAA-----TA------A-GA--GT-T---TC-TC-GG-T--AA---T-G----A-A-ATTG-GTGTTTCA
gi|89983 : AAGTGTTACTTT------AA-T--T--TCA---T-TG-TA---ACAA-G-A-A-C-TAG-AT-AAATCA-C---------A--------A-------GTAA-T-A--------TTC------TATG---AA--TACC-T----A------A--------------A---A--A-C-------A-T-------------GT-CC-A--------AGCATA-----C-T-AAAAG-AATGAA-----TA------A-GA--GT-T---TC-TC-GG-T--AA---T-G----A-A-GTTG-GTGTTTCA
gi|89984 : AAGTGTTACTTT------AA-T--T--TCA---T-CA-TA---ACAA-G-A-A-C-TAG-AT-AAATCA-CC--------T--------A-------GTAA-T-A--------TTC------TATC---AA--TACT-T----CATAATGA----T---------A---A--A-C-------A-T-------------GT-CC-A--------AGCGTA-----C-T-AAAAG-AATGAA-----TA------A-GA--GT-T---TC-TT-GG-T--AA---T-GA---A-A-ATCC-ATGCTTCA
gi|89985 : AAGTGTTACTTC------AA-T--T--TCA---T-CG-TA---ACAA-G-A-C-A-TAG-AT-AAATCA-CC--------A--------A-------GTAA-T-A--------T--------TATG---AA--TACC-T----T------A----A---------A---A--A-C---------T-------------GT--C-A--------AGCGTA-----C-T-AAAAG-AATGAA-----TA------A-GA--G--T---TC-TC-GG-T--AA---T-GA---A-A-ATTG-GTGGTTCA
gi|89986 : AAGTGTTACTCT------AA-T--T--TCA---T-CG-TA---ACAA-G-A-A-C-TAG-AT-AAATCG-CC--------T--------A-------GTAA-T-A--------TTC------TATC---AA--TATT-T----C------A----T---------A---A--A-C-------A-T-------------GT-CC-A--------AGCGTA-----C-T-AAAAGAAATGAA-----TA------A-GA--GT-T---T
gi|89987 : AAGTGTTACTTTT-----AA-T--TA-TCA---T-CG-TA---ACAA-G-A-A-C-TAGCAT--AATCA-CCA-------A--------A-------GTAA-T-A--------TTC------TG-----AA--TACC-T----A------A----A---------A---A--A-C-------ATT-------------GT----A--------AGCGTA-------T-AAAAG-AATGAA-----TAAGATCTA-GA--GT-T---TC-TC-GG-T--AA---T-GA---A-A-ATTG-GTGTTTCA
gi|89988 : AAGTGTTACTTT------AA-T--T--TCA---T-CG-TA---ACAA-G-A-A-C-TAG-AG-AAATCA-CCT-------A--------A-------GTAA-T-AT-------TTC------TATC---AA--TACC-T----T------A----T---------A---A--A-C-------A-T-------------GT-CCAA--------AGCGTA-----C-T-AAAAG-AATAAA-----TG------A-GA--
gi|89989 : AAGTGTTACTTT------AA-T--TTATCA---T-CG--A---ACAA-GAA-A-T-TAG-AT-AAATCATCC--------A--------A-------GTAA-T-AC-------TTC------TATG---AA--TA-C-T----C------A----A---------A---A--ATC-------A-T-------------GT--C-A--------AGC-T------C-T---AAG-AAGGAA-----TA------A-AAAGGT-T---TC-TC-GG-T--AA---T-G----A-AGATTA-GTGTTTCA
gi|89990 : AAGTGTTACTTTTTCA--AA-A--T--TCA---T-CG-TA---ACAA-G-A-A-C-GAG-AT-AAATCA-CT--------A--------ACTTAAAAGTAA-T-A--------TTC-------------------CC-T----C------A----A---------A---A--G-T-------A-T-------------GT-CT-A--------AGCATA-----C-T-AAAAG-AATAAA-----TA------A-GA--GT-T---AC-TT-GG-T--AA---T-G----A-A-A
gi|89991 : AAGTGTTACTCTTTCCAAAA-T--T----A---C-CG-TA---ACAA-G-A-A-C-TAG-AC-AAATCA-CT--------A--------A-------GTAA-T-A--------TTC------TCTC---AA--TATC-TAATAC------AATTGT---------A---A--G-T-------A-T-------------GT-TC-A--------AGCGTA-----C-T-AAAAG-AAGAAA-----TA------A-GA--Gatg
gi|89992 : AAGTGTTACTTTTCCAAAAA-T--T----A---C-CG-TA---ACAA-G-A-T-C-TAG-AT-AA-TCA-CT--------A--------A-------GTAA-T-A--------TTC------T--C---AA--TATC-T----A------A----TTACAAATTGA---A--G-T-------A-T-------------GT-TC-A--------AGCGTA-----C-T-AAAAG-AAGAAA-----TA------A-GA--G
gi|89993 : AAGTGGTTCTTT------AA-T--T--TCA---T-CG-TA---ACAA-GAA-A-C-TAG-ATAAAACCA-CCT-------ACATT----A-------G-AA-T-A--------TCT------AATC---AA--TA-C-T----C---------------------A---A--A-C---------T-------------GT-CC-A--------AGCG-A-----C-A-AAGGA-AATGAA-----GA------A-GAATGT-T---CT-TT-GG-T--AAATCC-G----A-A-AT
gi|89994 : AAGTGTTACTTTGTCCA-AA-T--T--T-A---T-CA-TA---GCAA-G-A-A-A-TAG-AT-AAATCA-CTTTTTACCTAT-------A-------GTAA-T-A--------TTC------T------AG--TACC-T----C------A----
gi|89995 : AAGTGTTACTTTTCA---AA-T--T--T-A---TGCG-TA----CA--G-A-A-C-TAG-AT-TAAT-A-T---------A--------A-------GTAT-G-A--------TTC------TTTC---A---TAC-------------------T---------A---A--G-T-------A-T-------------GT-TC-A--------AGAGTA-----A-T-AGAAG-AG---A-----TA------G-GA--GT-T---TC-TT-GG-T---A---T-G----A-A-AT
gi|89996 : AAGTTTTACTTTTCCAA-AA-T-------A---C-TG-TA---ACAA-G-A-A---TA--AT-ACATCA-TG--------A--------A-------GTAA-T-A--------TTC------TCTC---AA--TATC-T----A------A----T---------A---ACAA-CTGCAAGTA-T-------------GT-TC-A--------AG-GTA-----C-T-AAAAG-AA-GAA-----
gi|89997 : AGTGTTACTTT------------C--TCAAAAC-CG-TA---ACAA-G-A-A-A-TAT-AA-AAATCG-CT--------A--------A-------TTGA-T-T--------TTCCCTATATACT---AG--TACC-T----C------A----T---------A---C--G-C-------A-T-------------AT-CC-ACAGAATTAAACTTA-----C----AGAA-AATGAA-----TA------A-GA--GT-T---TC-TT-GG-T--AA---T-GA---A-A-ATTC-ATGTTTCA
gi|89998 : GTGTTACTTT------AA-TATT--TCA---T-CA-TA---ACAA-G-A-A-C-TAG-AT-AAATCA-CC--------T--------A-------GTAA-T-ACATGTATATCC------TATC---AA--TACC-T----C------A----T---------A---A--A-C-------A-T-------------GT-CC-A--------AGCGTA-----C-T-AAAAG-AATGAA------A------A-GA--GC-TTAATC-TT-AA-T--AA---A-GA---A-A-ATCC-ATGCTTCA
gi|89999 : GTGTTACTTT------AAAT--T--TCA---T-CAATA---ACAA-G-A---C-TAG-AT-AAATCA-CC--------T--------A-------GTAA-T-AATGTAAT-TCC------TATC---AA--TACG-T----C------A----T---------A---A--A-C-------A-T-------------GT-CC-AC-------CGCGTA-----C-T-AAAAG-AATGAA------A------A-GA--GC-TTAATC-TT-AA-T--AA---A-G----A-A-A
gi|90000 : TATTACTTT------AA-T--T--TCA---T-TG-TA---ACGA-G-A-A-C-TAG-AT-AAATCA--C--------A--------A-------GTAA-T-A--------TTC------TATG---AA--TACC------A------A----TA--------A---A--A-C-------A-T-------------GT-CC----------AGCATA-----C-T-AAAAG-AATGAA-----TA------ATGA--GTCT---TC-TC-GG-T--AA---T-G----A-A-GTTG-GTGTTTCA
gi|90001 : GTTACTTT------AA-T--T---CA---T-CG-TA---ACAAAG-ACA-C-TAG-A--AAACCA-CC--------ATACATGTCA-------GTAAAT-T--------TTC------TATC---AA--TACC-G----C------A----T---------A---A--A-CA------A-T-------------GT-CC-A--------A-CG-------C-T-AAAAA-GATGAA-----GA------A-GA--GT-T---TCTTT-GG-T--AA---TGG----A-A-ATCCGGTGCT
gi|90002 : TTACTTT------AA-T--T--TCA---T-CG-TACTAACAA-G-A-A-C-TAG-AT-AAATCA-CC--------A--------A-------GTAA-T-A--------TTC------TATG---AA--TACC-T----C------A----A---------A---A--A-C-------A-T-------------GT-CC-A--------AGCGTA-----C-T-AAAAG-AATGAA-----TA------A-GA--GT-T---TC-TC-GG-T--AA---T-G----A-A-ATTG-GTGTTTCA
gi|90003 : TTACTTT------CA-T--T--TCA---T-CG-TA---ACAA-G-A-G-C-TAG-AT-AAATCA-CG--------T--------A-------GTAA-T-A--------TTC------TATCAATAA--TACC-T----C------A----T---------A---A--A-C-------A-T-------------GT-TC-------------------------------AATGAA-----TA------T-GA--GT-G---TC-TT-GG-T--AT---T-GA---A-A-ATTC-ATGCTTCA
gi|90004 : ACTAT------AA-T--T--TCA---T-TG-TA---ACAA-G-A-A-C-TAG-AT-
gi|90004 : CA-CC--------T--------A-------GTAA-C-A--------TTA------TATC---AA--TACC-T----C------A----T---------A---A--A-C-------A-T-------------GT-CC-A--------AGCGTA-----C-T-AAA-------------------------A--GT-T---CC-TT-GG-T--AA---T-GA---A-A-ATCC-ATGCTTCAtgcgtttgacacgatgttgattttgcctttgactagccacctagtaacattatatcaatacctcataaacatgtccaagcgtactaaaagttccttggtaatgaaaatccatgcttca
gi|90005 : actataatttcattgtaacaagaactagattgcgtttgacacgatgttgattttgcctttgactagcACTAT------AA-T--T--TCA---T-TG-TA---ACAA-G-A-A-C-TAG-AT-
gi|90005 : TAA-C-A--------TTA------TATC---AA--TACC-T----C------A----T---------C---A----C-------A-T-------------GT-CC-A--------AGCGTA-----C-T-AAA-------------------------A--GT-T---TC-TT-GG-T--AA---T-GA---A-A-ATCC-ATGCTTCAtgcatttgacacgatgttgattttgcctttgactagccacctcagctaacattatatcaatacctcatcacatgtccaagcgtactaaaagtttcttggtaatgaaaatccatgcttca
gi|90006 : actataatttcattgtaacaagaactagattgcatttgacacgatgttgattttgcctttgactagccacctcagcACTTT------AA-T--G--TCA---T-CA-TA---A------G-A-C-TAA-AT--AATCA-CC-----------------T-------GTAT-T-A--------TTC------TATC---CACGTACC-TG---C------T----T---------A---A--C-G-------A-T-------------GT-CC----------AGCGTATTTATT-T-AAGAA-AAT-AA-----TT------A-GA--GT-G---TC-T--GG-T--AA---T-G----AGA-ATCC-ATGTTT
gi|90007 : T------GA-T--T--T-A---T-CG-TG---ACAA-G-A-A-A-TAG-AT-AAAACA-CT-----------------G-------GTAA-T-A--------TTC------TCTA---AA--TA-C-T----T------A----T---------A---A--G-C-------A-T-------------G--CC-AC-------GGTGTA-----C-T-AAAGG-AATACA-----TA------A-TA---T-T---TC-TC-G
gi|90008 : A-T--T--TAA---T-CGGTG---ACAA-G-A-AACATAG-AT-AAAACA-T------------------A-------GTAA-TTA--------TTC------TTTA---AA--TACCGT----A------A----T---------A---T--G-C-------A-T-------------GT-AC-A--------GGTGTA-----C-T-AAAA--AATAGG-----TA------A-GA--GT-T---TC-TT-TG-T---A---T-G----A-A-A
gi|90009 : --T--TTA---T-CG-TG---ACAA-G-A-A-A-TAG-AT-AAAACA-CC--------T--------A-------GTAA-T-A--------TTC------TTTA---AA--TACC-T----T------A----T---------A---T--G-C-------A-T-------------GC-CC-A--------GGAGTA-----T-T-AAAAG-AATAGG-----TA------A-GA--GT-T---TC-TT-CG-T--AA---T-GA---A-A-ATAC-ATGCTTCA
gi|90010 : ---T-CG-TT---ACAATG-A-A-A-TAG-AT-AAAACA-CC--------T--------A-------GTAA-T-A--------TCT------TA-----AA--TACC-T----T------A----T---------AT--A--A-T-------A-TATATATATGCATGGT-CC-A--------TGTGTA-----C-T-AAAAG-AAT-AG-----TA------A-GA--GT-T---CT-TC--G-T--AA---T-G----A-A-A
gi|90011 : A-A-A-A-A-TAG-AT-AAAACA-CT--------A--------A-------GTGA-T-A--------TTC------TCTA---AA--TACC-T----T------A----T---------A---A--G-C-------A-T-------------GC-CC-A--------CGTGTA-----C-T-AAAAG-AATAGA-----TA------A-GA--GT-T---TC-TT-CG-T--AA---C-GA---A-A-ATGC-ATGCTTCA
gi|90012 : -AAATCA-CC--------T--------A-------GTAA-T-A--------GCC------GATC---A---TACC-T----C------A----T---------A---A--A-C-------A-T-------------GT-CC-A--------AGCGTA-----T-TAAAAAG-AATGAAT----TA------A-CA--GT-T---TC-TT-AG-TTAAG---T-G----A-A-A
gi|90013 : CA-CCT-------A--------A-------GTAACT-A--------TAC-------ATC---AA--TACC-T----C------C----T---------A---A--A-C-------A-T-------------GT-CC-A--------AGCATA-----C-T-AAA-------------------------A--GT-T---TC-TT-GG-T---A---T-G------A-ATCC-ATGCTTCA
gi|90014 : A-CC--------G--------A-------GTAA-C-A--------TAA------TATC---AAA-TACC-T----C------A----T---------A---A--AAC-------A-T-------------GT-CC-A--------AGCGTA-----C-T-AAAG------------------------------T---TC-TCTGG-T--AA---T-GGGAAA-A-ATCC-ATGCTTC
gi|90015 : --------A-------GTAA-C-A--------TTA------TATC---AA--TACC-TC---C------A----T---------A---A--A-C-------A-T-------------ATCCC-A--------AGCGTA-----C-T-AAA-------------------------A--GT-T---TC-T-----T--AA---T-G----A-A-A-TC-ATGCTTC
gi|90016 : T-TC-A--------CGTGTA-----C-TTAAAAA-AATAAA-----AA------A-GA--GA-T---TC-TT-GG-T--AA---T-GA---A-A-ATTG-ATGCTTCA
gi|90017 : atgcatgcttcaatttcgt--TGCC-T----C------A----T---------ATAAA--G-C-------A-TAT-----------GT-CC-A--------ACCGTA-----C-T-AAAAG-AATGAATAACTTA------A-GA--GT-T---TC-TT-GGTT--AA---T-GA---A-A-ATCC-ATGTTTCA
gi|90018 : T-TC-A--------TGCATA-----CCT-AAAA---ATGAA-----TA------A-GA--GT-T---TC-TC-GG-T--AA---T-G----A-A-AATG-GTGTTTC
gi|90019 : T-TC-A--------CGCTTA-----C-T-TAAAA-AATAAA-----CA------A-GA--GT-T---TC-TC-GG-T--AA---T-G----A-A-A
gi|90020 : T-TC-A--------CGCGTA-----C-T-TAATA-ATTT-------TA------A-GA--GT-T---TC-TT-GG-T--AA---T-G----A-A-ATTG-GTGTTTCAattagt
gi|90021 : T-TC-A--------AGCATA-----C-A-AAAAG-A-TAAA-----CA------A-GA--GT-T---TC-TT-GG-T--AA---T-A----A-A-AATC-AAGTTTCA
gi|90022 : CGTA-----C-T-AAAAG-AATGAA-----TA------A-GA--GT-T---TC-TT-GG-T--AT---A-G----A-A-A
gi|90023 : TA-----C-TTAAAAG---TAAA-----TA------A-GA--GT-T---TC-TC-AG-T--AA---T-GA---A-A-ATTG-GTGTTTCA
blockSeqs : TTCCAA A AT TA AAA G A CTA A A C A A C A T TTTTACCTAT CTTAAAA A T CATGTATA CCTATA CAAT CG G CATAATG TTACAAATTG TAA CA A TGCAAGT T ATATATATGCATG C A CAGAATTA TTTAT A G TAACT AGATCT AG C TAA T CT T TA ATC G GGAA G G CG
blockSeqs : TCCAAA . . A . . G . T A . . . . . . ATACATGTC . C . ATGTAAT . G A . AATAC ATTGT T . T A . AT . . C . T G T . AT . TAA . C . . . . A . . G
blockSeqs : GTCCA . . . . . . . . . . . . . . . TACATT . . . T . G . . GC TA . . A . . . . . C . T G . . . . . . C . . . . A . . G
blockSeqs : TCCAA . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . C . C . . CC A . . . . . . . . . . . G . . . . . . T . . . . A . . C
blockSeqs : TTCA . . . . . . . . . . . . . . . TA . . . . . G . . C T . . . . . . . . . . . G . . . . . . C . . . . A . . G
blockSeqs : TCA . . . . . . . . . . . . . . . TA . . . . . C . . A A . . . . . . . . . . . G . . . . . . C . . . . A . . G
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . C . . T T . . . . . . . . . . . A . . . . . . C . . . . A . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . G . . C A . . . . . . . . . . . G . . . . . . T . . . . A . . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . C . . A T . . . . . . . . . . . A . . . . . . T . . . . A . . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . C . . T A . . . . . . . . . . . A . . . . . . T . . . . A . . G
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . C . . C A . . . . . . . . . . . A . . . . . . T . . . . A . . G
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . C . . C T . . . . . . . . . . . G . . . . . . T . . . . A . . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . C . . A T . . . . . . . . . . . G . . . . . . T . . . . A . . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . T . . C T . . . . . . . . . . . G . . . . . . C . . . . A . . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . C . . C T . . . . . . . . . . . G . . . . . . T . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . C . . A T . . . . . . . . . . . G . . . . . . C . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . G . . C T . . . . . . . . . . . G . . . . . . T . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . C . . C A . . . . . . . . . . . G . . . . . . T . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . G . . C T . . . . . . . . . . . G . . . . . . T . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . C . . A T . . . . . . . . . . . G . . . . . . C . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . C . . C T . . . . . . . . . . . A . . . . . . T . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . C . . C T . . . . . . . . . . . A . . . . . . T . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . A . . C T . . . . . . . . . . . A . . . . . . C . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . A . . C T . . . . . . . . . . . A . . . . . . T . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . A . . C T . . . . . . . . . . . G . . . . . . T . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . A . . T T . . . . . . . . . . . A . . . . . . T . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . C . . A T . . . . . . . . . . . G . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . C . . T T . . . . . . . . . . . G . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . G . . . . . C . . T T . . . . . . . . . . . A . . . . . . C . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . C . . T T . . . . . . . . . . . T . . . . . . C . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C T . . . . . . . . . . . A . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C T . . . . . . . . . . . G . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . A . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons :
originalCons : AAGTGTTACTTT------AA-T--T--TCA---T-CG-TA---ACAA-G-A-A-C-TAG-AT-AAATCA-CC--------A--------A-------GTAA-T-A--------TTC------TATC---AA--TACC-T----C------A----T---------A---A--A-C-------A-T-------------GT-CC-A--------AGCGTA-----C-T-AAAAG-AATGAA-----TA------A-GA--GT-T---TC-TC-GG-T--AA---T-G----A-A-ATTC-GTGCTTCA
finalCons : AAGTGTTACTTT------AA-T--T--TCA---T-CG-TA---ACAA-G-A-A-C-TAG-AT-AAATCA-CC--------A--------A-------GTAA-T-A--------TTC------TATC---AA--TACC-T----C------A----T---------A---A--A-C-------A-T-------------GT-CC-A--------AGCGTA-----C-T-AAAAG-AATGAA-----TA------A-GA--GT-T---TC-TC-GG-T--AA---T-G----A-A-ATTC-GTGCTTCA
Alignments
lowQualScore : 222222 11111111111111111 11111111 1111
lowQualScore : 333333 1 11 33 222 1 2 222 2 2 1 1 1 1 1 1 99999999999999999 3333333 2 1 00000000 333333 3333 22 1 55555555555 66666666666666 333 11 3 4444444 1 7777777777777 1 1 55555555 22222 1 2 1 1 33333 222222 1 22 1 333 1 22 1 11 111 1 6666 1 1 22
lowQualScore : ...... . .. .. ... . . ... . . . . . . . . ................. ....... . . ........ ...... .... .. . ........... .............. ... .. . ....... . ............. . . ........ ..... . . . . ..... ...... . .. . ... . .. . .. ... . .... . . ..
lowQualScore : 111111 4 99 33 333 3 7 333 6 6 3 3 3 3 2 2 44444444444444444 8888888 3 1 11111111 333333 2222 66 1 33333333333 44444444444444 111 66 4 9999999 1 9999999999999 0 0 66666666 44444 0 9 0 1 33333 888888 0 77 1 777 1 99 1 55 999 1 8888 1 1 66
consensus : AAGTGTTACTTT------AA-T--T--TCA---T-CG-TA---ACAA-G-A-A-C-TAG-AT-AAATCA-CC--------A--------A-------GTAA-T-A--------TTC------TATC---AA--TACC-T----C------A----T---------A---A--A-C-------A-T-------------GT-CC-A--------AGCGTA-----C-T-AAAAG-AATGAA-----TA------A-GA--GT-T---TC-TC-GG-T--AA---T-G----A-A-ATTC-GTGCTTCA
Reference ( family-484 ) : AAGTGTTACTTT------AA-T--T--TCA---T-CG-TA---ACAA-G-A-A-C-TAG-AT-AAATCA-CC--------A--------A-------GTAA-T-A--------TTC------TATC---AA--TACC-T----C------A----T---------A---A--A-C-------A-T-------------GT-CC-A--------AGCGTA-----C-T-AAAAG-AATGAA-----TA------A-GA--GT-T---TC-TC-GG-T--AA---T-G----A-A-ATTC-GTGCTTCA
gi|89981 : AAGTGTTACTTT------AA-T--T--TCA---T-CG-TA---ACAA-G-A-A-C-TAG-AT-AAATCA-CC--------A--------A-------GTAA-T-A--------TTC------TATG---AA--TACC-T----C------A----A---------A---A--A-C-------A-T-------------AT-CC-A--------AGCGTA-----C-T-TAAAG-AATGAA-----TA------A-GA--GT-T---TC-TC-GG-T--AA---T-G----A-A-ATTG-GTGTTTCA
gi|89982 : AAGTGTTACTTT------AA-T--T--TCA---T-CG-TA---ACAA-G-A-A-C--AG-AT-AAATCA-CC--------A--------A-------GTAA-T-A--------TTC------TATG---AA--TACC-T----C------A----A---------A---A--AAC-------A-T-------------GT-CC-A--------ATCGTA-----C-T-AAAAG-AATGAA-----TA------A-GA--GT-T---TC-TC-GG-T--AA---T-G----A-A-ATTG-GTGTTTCA
gi|89983 : AAGTGTTACTTT------AA-T--T--TCA---T-TG-TA---ACAA-G-A-A-C-TAG-AT-AAATCA-C---------A--------A-------GTAA-T-A--------TTC------TATG---AA--TACC-T----A------A--------------A---A--A-C-------A-T-------------GT-CC-A--------AGCATA-----C-T-AAAAG-AATGAA-----TA------A-GA--GT-T---TC-TC-GG-T--AA---T-G----A-A-GTTG-GTGTTTCA
gi|89984 : AAGTGTTACTTT------AA-T--T--TCA---T-CA-TA---ACAA-G-A-A-C-TAG-AT-AAATCA-CC--------T--------A-------GTAA-T-A--------TTC------TATC---AA--TACT-T----CATAATGA----T---------A---A--A-C-------A-T-------------GT-CC-A--------AGCGTA-----C-T-AAAAG-AATGAA-----TA------A-GA--GT-T---TC-TT-GG-T--AA---T-GA---A-A-ATCC-ATGCTTCA
gi|89985 : AAGTGTTACTTC------AA-T--T--TCA---T-CG-TA---ACAA-G-A-C-A-TAG-AT-AAATCA-CC--------A--------A-------GTAA-T-A--------T--------TATG---AA--TACC-T----T------A----A---------A---A--A-C---------T-------------GT--C-A--------AGCGTA-----C-T-AAAAG-AATGAA-----TA------A-GA--G--T---TC-TC-GG-T--AA---T-GA---A-A-ATTG-GTGGTTCA
gi|89986 : AAGTGTTACTCT------AA-T--T--TCA---T-CG-TA---ACAA-G-A-A-C-TAG-AT-AAATCG-CC--------T--------A-------GTAA-T-A--------TTC------TATC---AA--TATT-T----C------A----T---------A---A--A-C-------A-T-------------GT-CC-A--------AGCGTA-----C-T-AAAAGAAATGAA-----TA------A-GA--GT-T---T
gi|89987 : AAGTGTTACTTTT-----AA-T--TA-TCA---T-CG-TA---ACAA-G-A-A-C-TAGCAT--AATCA-CCA-------A--------A-------GTAA-T-A--------TTC------TG-----AA--TACC-T----A------A----A---------A---A--A-C-------ATT-------------GT----A--------AGCGTA-------T-AAAAG-AATGAA-----TAAGATCTA-GA--GT-T---TC-TC-GG-T--AA---T-GA---A-A-ATTG-GTGTTTCA
gi|89988 : AAGTGTTACTTT------AA-T--T--TCA---T-CG-TA---ACAA-G-A-A-C-TAG-AG-AAATCA-CCT-------A--------A-------GTAA-T-AT-------TTC------TATC---AA--TACC-T----T------A----T---------A---A--A-C-------A-T-------------GT-CCAA--------AGCGTA-----C-T-AAAAG-AATAAA-----TG------A-GA--
gi|89989 : AAGTGTTACTTT------AA-T--TTATCA---T-CG--A---ACAA-GAA-A-T-TAG-AT-AAATCATCC--------A--------A-------GTAA-T-AC-------TTC------TATG---AA--TA-C-T----C------A----A---------A---A--ATC-------A-T-------------GT--C-A--------AGC-T------C-T---AAG-AAGGAA-----TA------A-AAAGGT-T---TC-TC-GG-T--AA---T-G----A-AGATTA-GTGTTTCA
gi|89990 : AAGTGTTACTTTTTCA--AA-A--T--TCA---T-CG-TA---ACAA-G-A-A-C-GAG-AT-AAATCA-CT--------A--------ACTTAAAAGTAA-T-A--------TTC-------------------CC-T----C------A----A---------A---A--G-T-------A-T-------------GT-CT-A--------AGCATA-----C-T-AAAAG-AATAAA-----TA------A-GA--GT-T---AC-TT-GG-T--AA---T-G----A-A-A
gi|89991 : AAGTGTTACTCTTTCCAAAA-T--T----A---C-CG-TA---ACAA-G-A-A-C-TAG-AC-AAATCA-CT--------A--------A-------GTAA-T-A--------TTC------TCTC---AA--TATC-TAATAC------AATTGT---------A---A--G-T-------A-T-------------GT-TC-A--------AGCGTA-----C-T-AAAAG-AAGAAA-----TA------A-GA--Gatg
gi|89992 : AAGTGTTACTTTTCCAAAAA-T--T----A---C-CG-TA---ACAA-G-A-T-C-TAG-AT-AA-TCA-CT--------A--------A-------GTAA-T-A--------TTC------T--C---AA--TATC-T----A------A----TTACAAATTGA---A--G-T-------A-T-------------GT-TC-A--------AGCGTA-----C-T-AAAAG-AAGAAA-----TA------A-GA--G
gi|89993 : AAGTGGTTCTTT------AA-T--T--TCA---T-CG-TA---ACAA-GAA-A-C-TAG-ATAAAACCA-CCT-------ACATT----A-------G-AA-T-A--------TCT------AATC---AA--TA-C-T----C---------------------A---A--A-C---------T-------------GT-CC-A--------AGCG-A-----C-A-AAGGA-AATGAA-----GA------A-GAATGT-T---CT-TT-GG-T--AAATCC-G----A-A-AT
gi|89994 : AAGTGTTACTTTGTCCA-AA-T--T--T-A---T-CA-TA---GCAA-G-A-A-A-TAG-AT-AAATCA-CTTTTTACCTAT-------A-------GTAA-T-A--------TTC------T------AG--TACC-T----C------A----
gi|89995 : AAGTGTTACTTTTCA---AA-T--T--T-A---TGCG-TA----CA--G-A-A-C-TAG-AT-TAAT-A-T---------A--------A-------GTAT-G-A--------TTC------TTTC---A---TAC-------------------T---------A---A--G-T-------A-T-------------GT-TC-A--------AGAGTA-----A-T-AGAAG-AG---A-----TA------G-GA--GT-T---TC-TT-GG-T---A---T-G----A-A-AT
gi|89996 : AAGTTTTACTTTTCCAA-AA-T-------A---C-TG-TA---ACAA-G-A-A---TA--AT-ACATCA-TG--------A--------A-------GTAA-T-A--------TTC------TCTC---AA--TATC-T----A------A----T---------A---ACAA-CTGCAAGTA-T-------------GT-TC-A--------AG-GTA-----C-T-AAAAG-AA-GAA-----
gi|89997 : AGTGTTACTTT------------C--TCAAAAC-CG-TA---ACAA-G-A-A-A-TAT-AA-AAATCG-CT--------A--------A-------TTGA-T-T--------TTCCCTATATACT---AG--TACC-T----C------A----T---------A---C--G-C-------A-T-------------AT-CC-ACAGAATTAAACTTA-----C----AGAA-AATGAA-----TA------A-GA--GT-T---TC-TT-GG-T--AA---T-GA---A-A-ATTC-ATGTTTCA
gi|89998 : GTGTTACTTT------AA-TATT--TCA---T-CA-TA---ACAA-G-A-A-C-TAG-AT-AAATCA-CC--------T--------A-------GTAA-T-ACATGTATATCC------TATC---AA--TACC-T----C------A----T---------A---A--A-C-------A-T-------------GT-CC-A--------AGCGTA-----C-T-AAAAG-AATGAA------A------A-GA--GC-TTAATC-TT-AA-T--AA---A-GA---A-A-ATCC-ATGCTTCA
gi|89999 : GTGTTACTTT------AAAT--T--TCA---T-CAATA---ACAA-G-A---C-TAG-AT-AAATCA-CC--------T--------A-------GTAA-T-AATGTAAT-TCC------TATC---AA--TACG-T----C------A----T---------A---A--A-C-------A-T-------------GT-CC-AC-------CGCGTA-----C-T-AAAAG-AATGAA------A------A-GA--GC-TTAATC-TT-AA-T--AA---A-G----A-A-A
gi|90000 : TATTACTTT------AA-T--T--TCA---T-TG-TA---ACGA-G-A-A-C-TAG-AT-AAATCA--C--------A--------A-------GTAA-T-A--------TTC------TATG---AA--TACC------A------A----TA--------A---A--A-C-------A-T-------------GT-CC----------AGCATA-----C-T-AAAAG-AATGAA-----TA------ATGA--GTCT---TC-TC-GG-T--AA---T-G----A-A-GTTG-GTGTTTCA
gi|90001 : GTTACTTT------AA-T--T---CA---T-CG-TA---ACAAAG-ACA-C-TAG-A--AAACCA-CC--------ATACATGTCA-------GTAAAT-T--------TTC------TATC---AA--TACC-G----C------A----T---------A---A--A-CA------A-T-------------GT-CC-A--------A-CG-------C-T-AAAAA-GATGAA-----GA------A-GA--GT-T---TCTTT-GG-T--AA---TGG----A-A-ATCCGGTGCT
gi|90002 : TTACTTT------AA-T--T--TCA---T-CG-TACTAACAA-G-A-A-C-TAG-AT-AAATCA-CC--------A--------A-------GTAA-T-A--------TTC------TATG---AA--TACC-T----C------A----A---------A---A--A-C-------A-T-------------GT-CC-A--------AGCGTA-----C-T-AAAAG-AATGAA-----TA------A-GA--GT-T---TC-TC-GG-T--AA---T-G----A-A-ATTG-GTGTTTCA
gi|90003 : TTACTTT------CA-T--T--TCA---T-CG-TA---ACAA-G-A-G-C-TAG-AT-AAATCA-CG--------T--------A-------GTAA-T-A--------TTC------TATCAATAA--TACC-T----C------A----T---------A---A--A-C-------A-T-------------GT-TC-------------------------------AATGAA-----TA------T-GA--GT-G---TC-TT-GG-T--AT---T-GA---A-A-ATTC-ATGCTTCA
gi|90004 : ACTAT------AA-T--T--TCA---T-TG-TA---ACAA-G-A-A-C-TAG-AT-
gi|90004 : CA-CC--------T--------A-------GTAA-C-A--------TTA------TATC---AA--TACC-T----C------A----T---------A---A--A-C-------A-T-------------GT-CC-A--------AGCGTA-----C-T-AAA-------------------------A--GT-T---CC-TT-GG-T--AA---T-GA---A-A-ATCC-ATGCTTCAtgcgtttgacacgatgttgattttgcctttgactagccacctagtaacattatatcaatacctcataaacatgtccaagcgtactaaaagttccttggtaatgaaaatccatgcttca
gi|90005 : actataatttcattgtaacaagaactagattgcgtttgacacgatgttgattttgcctttgactagcACTAT------AA-T--T--TCA---T-TG-TA---ACAA-G-A-A-C-TAG-AT-
gi|90005 : TAA-C-A--------TTA------TATC---AA--TACC-T----C------A----T---------C---A----C-------A-T-------------GT-CC-A--------AGCGTA-----C-T-AAA-------------------------A--GT-T---TC-TT-GG-T--AA---T-GA---A-A-ATCC-ATGCTTCAtgcatttgacacgatgttgattttgcctttgactagccacctcagctaacattatatcaatacctcatcacatgtccaagcgtactaaaagtttcttggtaatgaaaatccatgcttca
gi|90006 : actataatttcattgtaacaagaactagattgcatttgacacgatgttgattttgcctttgactagccacctcagcACTTT------AA-T--G--TCA---T-CA-TA---A------G-A-C-TAA-AT--AATCA-CC-----------------T-------GTAT-T-A--------TTC------TATC---CACGTACC-TG---C------T----T---------A---A--C-G-------A-T-------------GT-CC----------AGCGTATTTATT-T-AAGAA-AAT-AA-----TT------A-GA--GT-G---TC-T--GG-T--AA---T-G----AGA-ATCC-ATGTTT
gi|90007 : T------GA-T--T--T-A---T-CG-TG---ACAA-G-A-A-A-TAG-AT-AAAACA-CT-----------------G-------GTAA-T-A--------TTC------TCTA---AA--TA-C-T----T------A----T---------A---A--G-C-------A-T-------------G--CC-AC-------GGTGTA-----C-T-AAAGG-AATACA-----TA------A-TA---T-T---TC-TC-G
gi|90008 : A-T--T--TAA---T-CGGTG---ACAA-G-A-AACATAG-AT-AAAACA-T------------------A-------GTAA-TTA--------TTC------TTTA---AA--TACCGT----A------A----T---------A---T--G-C-------A-T-------------GT-AC-A--------GGTGTA-----C-T-AAAA--AATAGG-----TA------A-GA--GT-T---TC-TT-TG-T---A---T-G----A-A-A
gi|90009 : --T--TTA---T-CG-TG---ACAA-G-A-A-A-TAG-AT-AAAACA-CC--------T--------A-------GTAA-T-A--------TTC------TTTA---AA--TACC-T----T------A----T---------A---T--G-C-------A-T-------------GC-CC-A--------GGAGTA-----T-T-AAAAG-AATAGG-----TA------A-GA--GT-T---TC-TT-CG-T--AA---T-GA---A-A-ATAC-ATGCTTCA
gi|90010 : ---T-CG-TT---ACAATG-A-A-A-TAG-AT-AAAACA-CC--------T--------A-------GTAA-T-A--------TCT------TA-----AA--TACC-T----T------A----T---------AT--A--A-T-------A-TATATATATGCATGGT-CC-A--------TGTGTA-----C-T-AAAAG-AAT-AG-----TA------A-GA--GT-T---CT-TC--G-T--AA---T-G----A-A-A
gi|90011 : A-A-A-A-A-TAG-AT-AAAACA-CT--------A--------A-------GTGA-T-A--------TTC------TCTA---AA--TACC-T----T------A----T---------A---A--G-C-------A-T-------------GC-CC-A--------CGTGTA-----C-T-AAAAG-AATAGA-----TA------A-GA--GT-T---TC-TT-CG-T--AA---C-GA---A-A-ATGC-ATGCTTCA
gi|90012 : -AAATCA-CC--------T--------A-------GTAA-T-A--------GCC------GATC---A---TACC-T----C------A----T---------A---A--A-C-------A-T-------------GT-CC-A--------AGCGTA-----T-TAAAAAG-AATGAAT----TA------A-CA--GT-T---TC-TT-AG-TTAAG---T-G----A-A-A
gi|90013 : CA-CCT-------A--------A-------GTAACT-A--------TAC-------ATC---AA--TACC-T----C------C----T---------A---A--A-C-------A-T-------------GT-CC-A--------AGCATA-----C-T-AAA-------------------------A--GT-T---TC-TT-GG-T---A---T-G------A-ATCC-ATGCTTCA
gi|90014 : A-CC--------G--------A-------GTAA-C-A--------TAA------TATC---AAA-TACC-T----C------A----T---------A---A--AAC-------A-T-------------GT-CC-A--------AGCGTA-----C-T-AAAG------------------------------T---TC-TCTGG-T--AA---T-GGGAAA-A-ATCC-ATGCTTC
gi|90015 : --------A-------GTAA-C-A--------TTA------TATC---AA--TACC-TC---C------A----T---------A---A--A-C-------A-T-------------ATCCC-A--------AGCGTA-----C-T-AAA-------------------------A--GT-T---TC-T-----T--AA---T-G----A-A-A-TC-ATGCTTC
gi|90016 : T-TC-A--------CGTGTA-----C-TTAAAAA-AATAAA-----AA------A-GA--GA-T---TC-TT-GG-T--AA---T-GA---A-A-ATTG-ATGCTTCA
gi|90017 : atgcatgcttcaatttcgt--TGCC-T----C------A----T---------ATAAA--G-C-------A-TAT-----------GT-CC-A--------ACCGTA-----C-T-AAAAG-AATGAATAACTTA------A-GA--GT-T---TC-TT-GGTT--AA---T-GA---A-A-ATCC-ATGTTTCA
gi|90018 : T-TC-A--------TGCATA-----CCT-AAAA---ATGAA-----TA------A-GA--GT-T---TC-TC-GG-T--AA---T-G----A-A-AATG-GTGTTTC
gi|90019 : T-TC-A--------CGCTTA-----C-T-TAAAA-AATAAA-----CA------A-GA--GT-T---TC-TC-GG-T--AA---T-G----A-A-A
gi|90020 : T-TC-A--------CGCGTA-----C-T-TAATA-ATTT-------TA------A-GA--GT-T---TC-TT-GG-T--AA---T-G----A-A-ATTG-GTGTTTCAattagt
gi|90021 : T-TC-A--------AGCATA-----C-A-AAAAG-A-TAAA-----CA------A-GA--GT-T---TC-TT-GG-T--AA---T-A----A-A-AATC-AAGTTTCA
gi|90022 : CGTA-----C-T-AAAAG-AATGAA-----TA------A-GA--GT-T---TC-TT-GG-T--AT---A-G----A-A-A
gi|90023 : TA-----C-TTAAAAG---TAAA-----TA------A-GA--GT-T---TC-TC-AG-T--AA---T-GA---A-A-ATTG-GTGTTTCA