lowQualScore : 11111 22222222 111111 11111111111111111 1111111
lowQualScore : 44 1 1 1 1 11111 11111111 1 9 1 1 1 1 7 3333 1 77777 2 11 77 1 44444 3333 1 111111 1 1 66 2 5555 1 33 1 11 99999999999999999 1 2 8888888 22 5555555 5555555 1 1 111 1 1 2
lowQualScore : .. . . . . ..... ........ . . . . . . . .... . ..... . .. .. . ..... .... . ...... . . .. . .... . .. . .. ................. . . ....... .. ....... ....... . . ... . . .
lowQualScore : 00 3 0 2 2 22222 11111111 1 1 1 1 1 0 7 5555 0 88888 8 33 88 0 11111 9999 0 000000 0 0 11 9 8888 0 44 0 44 55555555555555555 1 1 2222222 66 7777777 2222222 1 1 777 2 2 4
consensus : CCGGC-T-AGA-A-CG-GC--ACAT---TN---GGGGTGGCG-GTC-A-TG-C-GCNA----CA-T----GGNGTGGC--GGN-T-C--C--G-A--AG-C--GAG-AAAAAG-A-CN-AA-CAAGT---GGA-G--TA-A--AC-TT--A--AG-----A-TTT-T-T-A--T--ATAT--A-------TCT-A-G-A-C-G-C-GT-T-AG-TTCAA
Reference ( gi|100041 ) : CCGGC-T-AGA-A-CG-GC--ACAT---AA---GGGGTGGCG-GAC-A-TG-C-GCCA----CA-T----GGGGTGGC--GGA-T-T--T--G-A--AG-C--GAT-AAAAAG-A-CA-AA-CAAGT---GGA-G--TA-A--AC-TT--A--AG-----C-TTT-T-T-A--T--ATAT--A-------TCT-A-G-A-C-G-C-GT-T-AG-TTCAA
gi|100043 : CCGGC-T-AGA-A-CG-GC--ACAT---AA---GGGGTGGCG-GAC-A-TG-A-GCCA----CA-T----GGGGTGGC--GGA-T-T--T--G-A--AG-C--GAT-AAAAAG-A-CA-AG-CAAGT---GGA-G--TA-A--AC-TT--A--AG-----A-TTT-T-T----T--ATAT--A-------TCT-A-G-A-C-G-C-GT-T-AG-TTCAA
gi|100044 : CCGGC-T-AGA-A-CG-GC--ACAT---AA---GGGGTGGCG-GAC-A-TG-C-GCCA----CA-T----GGAGTGGC--GGA-T-T--T--G-A--AG-C--GAT-AAAAAG-A-CA-AA-CAAGT---TGA-G--TA-A--AC-TC--A--AGAT---T-TTT-T-T-A--T--ATAT--A-------TCT-A-G-A-C-G-C-GT-T-AG-TT
gi|100042 : CCGGC-T-AGA-AACG-GC--ACATT--AA---GGGGTGGCG-GAC-A-TG-C-GCCA----CA-T----GGGGTGGC--GGA-T-T--TTGA-A--AG-C--G-T-AAAAAG-A-CA-AACCAAGT---GGA-G--TA-A--AC-TT--A--AG-----C-TTT-T-TAA--T--ATAT--A-------TCT-A-G-A-C-G-C-GT-T-AG-TTCAA
gi|100045 : CCGGC-T-AGA-A-CG-TC--ACAT---AA---GGGGTGGCG-GAT-A-TG-C-GCCA----CA-T----GGGGTGGT--GGA-T-T--T--G-A--AG-C--AAT-AAAAAC-A-CA-AA-CAAGT---GGA-G--TA-C--AC-AT--A--AG-----A-TTT-T-T-T--T--ATAT--A-------TCC-A-G-A-C-G-C-AT-T-AT-TTCAA
gi|100046 : CCGGC-T-AGA-A-CG-GC--GCATTTAAA---GGGGTGGAG-GAC-A-TG-C-GCTA----CA-T----GGGGTGGC--GGA-T-T--T--G-A--AG-C--GAT-AAAAAG-A-CA-AA-CAAAT---TGA-G--TA-A--AC-TT--A--TGATTTTT-TTT-T-T-T--T--ATAA--A-------TAT-A-G-A-C-G-C-GT-C-AG--TCAA
gi|100048 : CCGGC-A-AGA-A-CG-GC--ACAT---AA---GGGGTGGCG-GAC-A-TG-CGGCCA----CA-C----GGAGTGGC--GGA-T-T--G--A-A--AG-C--GAT-AAAAAG-------A-CAAGT---GAA-AGCTA-A--AC-TT--A--AGA----T-TTT-T-T-A--T---TAT--A-------TCTAA-G-A-TAG-CAGT-T-AGTTTCAA
gi|100047 : CCAGC-T-AGA-A-GG-GC--TAATG--AA---GGGGTGGCG-GAC-T-TG-C-GCCAAG--CAAT----GGGGTGGG--GAG-T-T--T--G-A--AG-C--GAT-AAAAAG-A-C---A-C-AGT---GGA-G--TA-G--AC-TT--A--AG-----A-TTT-T-G-T--T--ATAT--A-------TCT-A-G-A-C---C-GT-T-AG-TTCAA
gi|100049 : CCGG--T-AGA-A-CG-GC--ACAT---AC---GGGGTGGCG-G-C---TG-C-GC-A----CA-T----GGG---------A-T-T--T--G-A--AAAC--GA---AAAAG-A-CA-AA-CAAGT---GGA-G--TA-A--AC-TT--C--AG-----A-TTT-T-TGA--T---TAT--A-------TCT-A-G-A-C-G-C-GT-T-AG-TTCAA
gi|100050 : CCGGG-T-AGA-A-CG-GC--ACAT---TC---GGGGTGGCG-GTC-A-TG-T-GCCA----CA-T----GGGGTGGC--G---------------------------AAAAG-A-TC-AA-CAAGG---TGA-G--TA-A--GC-TT--G--AG-----A-TTT-T-T----T--GCAT--C-------TGT-A-G-A-C-G-T-GT-T-A
gi|100051 : CTGGA-T-ATA-A-CG-CT--ACAT---TC---GGGGTGGCG-GTC-A-TG-C-GCAA----CA-T----GGCGTGGC--GGT-T-C--T--A-C--AG-C--AAG-AAAAAG-A-CC-AA-CAAGT---AGA-G--TA-A--AC-
gi|100052 : CTGGA-T-ACA-A-CG--CTAACAT---TT---GGGGTGGCG-GTT-A-TG-C-GCAA----CA-T----TGTATGGC--GGG-T-T--A--G-C--AG-C---AG-GAAAAG-A-CA-AA-CAAGT---AGA-G--TA-G--CA-TG--A--AG-----A-TTT-TCC-A--TC-ATAC----------TC------A-C-G-A-GT-T-AG-TCCAatgaaaaatt
gi|100055 : CTGGG-T-ACA-A-CG-CT--ACAT---TT---GGGGTGGCA-GTT-A-TG-C-GCAA----CA-A----TGCGTGGT--GGT-T-T--C--G-T--AG-C--AGG-AAAAAG-A-CC-AA-CAAGT---ATA-G--TA-A--ACATG--A--AA-----A-TTT-T-C-A--C--ATAT--A-------TTC-ATG-A-C-
gi|100058 : CTGGA-T-ACA-A-TG-CC--GCAT---TT---GGGATGACG-GTT-A-CG-C-GCAA----CA-T----TGTGTGGC--AGT-T-A--C--G-C--AG-C--TGG-AAAAAG-A-CC-AA-CAAGT---AGA-G--TA-A--ACATG--A--AA-----A-TGT-G-C-A--C--ATGT--A-------TTT-----A-C-G-T-GT-T-AG-TCCAA
gi|100054 : CCGGC-T-AGA-A-CG--C--ACAT---TC---GGGATGGCGAGTC-AATG-C-GCCG----CA-T----TGG-TGGC--GGA-A-C-----G-C--AG-C---AG-AGAAAG-A-CC-AA-CAAGT---TGA-G--T--T--AC-TT--GACAA-----T-TTT-T-T-A--GCAATCT--G-------T-T-A-GAA-C-G-T-GT-T-AT-TGCAA
gi|100059 : CTGGG-T-ACA-A-CG-CT--ACAT---TT---GGGGTGACG-GAT-A-TG-C-GCAA----CA-A----TGCGTGGC--GGT-T-C--C--G-C--AG-C--AGG-AAAAAG-A-CC-AG-CAAGT---ATA-G--CA-A--ACATG--A--AA-----A-TTT-T-C-A--C--ACAT--A-------TTC-ACG-A-C-
gi|100061 : CCGGT-T-AGA-G-CG-GT--ACAT---TT---GGGGTGGCG-GTC-A-TG-C-GCGA----CA-T----GGAGTGAC--GGT-C-C--C--G-A--GG-C--GAG-GAAAAG-A-
gi|100056 : CTGGA-T-ACA-A-CG-CT--GCAT---TT---TGGGTGGCG-CCC-A-TG-C-GCAA----CT-T----TATGTGAC--AGG-T-T--A--G-C--AG-C--ACG-AAAAAG-A-CA-AA-CAAGT---ATA-G--TA-A--GC-AT--A--AA-----T-ATT-T-T-C--TA-ATAT--AC------TC------A-C-G-A-GT-T-AG-TCCA
gi|100053 : CTGGCAT-ACA-A-CG--CTTACAT---TT---GGGGTGGCG-GTTTA-TG-C-GCAA----CA-T----TGTATGGC--GGG-T-T--TA-G-A--AG-CAGGA--AAAAAG-A-TA-GA-CAAGTA--GAA-G--TAGA--GCATG--A--AG-----A-TTT-T-C-T--C--ATAC----------TC------A-C-G-A-GT-T-AG--TCAA
gi|100060 : CTGGA-T-ACA-A-CG-CT--ACAT---TT---CGGGTGGCG-GTT-A-TG-C-GCAA----CA-T----TGCGTGGC--GGT-T-C--T--G-C--AA-C--AGG-AAAAAT-A-CC-AA-CAAGT---CAA-G--TA-A--AC-AT--G--AA-----C-ATT-T-T-
gi|100057 : CTGGA-T-ACA-A-CA-TT--GCAT---TT---GGGATGGCG-GTT-A-CG-C-GCAA----CA-T----TGCATGGC--GGT-T-C--C--G-C--AG-C--AGG-AAAATG-A-CT-AA-CAAGT---AGA-A--TA-A--ACATG--A--AA-----A-TTT-T-C-C--C--ATTT--A-------TTC-----A-C-G-T-GT-T-AG-TCCAcgttcgtattcacgttttagt
gi|100063 : CTGGA-T-ACA-A-CG-CT--ACAT---TT---GTGGTGGCG-GTT-A-TG-C-GCAA----CA-C----TGCGTGGC--GGT-T-C--C--C-A--AG-C---AG-GAAAAT-A-CC-AA-CAAGT---AGA-G--TA-A--ACATG--A--AA-----A-TGT-T-C-A--C--ATGT--A-------CTT-ACG-A-C------T-T-AA-TCTAA
gi|100062 : CCGGT-T-AGA-A-CG-GC--ACAT---TG---GGGCTGGCG-GTC-A-TG-C-CCGA----CA-T----GGGGTGGC----A-T-TCCC--G-A--AG-C--
gi|100064 : CTGGA-T-ACA-A-CG-CT--AAAT---TT---GGGATGGCA-GTT-A-CA-C-AAAA----CA-T----TGCGTGTC--GGC-T-C--C--A-C--AG-C--AGG-AAAAAG-A-CC-AA-TAAGT---AGA-G--TA-A--ACATG--A--AA-----A-TTT-T-C-A--C--ATGC--A-------TTC-----A-C-G-T-AT-T-AG-TCCA
gi|100065 : CTGGA-T-ACA-A-CG-CT--ACAT---TT---GGGATGGCG-GTT-A-CA-C-GCAA----CA-T----TGCGTGGC--GGT-T-C--C--G-C--AG------------------G-AA-CAAGT---AGT-G--TA-A--ACATG--A--AA-----A-TTT-T-C-A--A--ATGC--A-------TTC-----A-C-G-T-GT-T-AG-TCCA
gi|100066 : CGGC-T-AGA-A-CG-G---ACAT---AA---AGGGTGGCG-GAC-A-TG-C-GC-A----CA-T----GGGGTGGC--GGA---T--T--G-A--AG-C--GAT-AAAAAGAA-CA-AA-CAAGT---GGA-G--T--A--AT-TT--A--AA-----T-TTT-T-T-A--T--ATAT--C-------T-T-G-G-A-C-G-C-GT-T-AG-TTCAA
gi|100067 : CGGC-T-AGA-A-CG-G---ACAT---AA---AGGGTGGCG-GAC-A-TG-C-GC-A----CA-T----GGGGTGGC--GGA-T-T--T--G-A--AG-C--GAT-ATAAAA-A-TG-AA-CAAACATAGGA-G--TA-ATTA--TT--A--AGA----T-TTT-T-T-A--T--TTAT--A-------CTT-G-G-AGC-GTC-GT-T-AG-TTCAA
gi|100068 : GGC-T-AGA-A-CG-GC--CCAT---AA---GGGGTGGCG-G-C-A-TG-C-GCCAGCATTA-T----GGGGTTGCCGGGA-T-T--T--G-A--AG-C--GATAAAAAAG-A-CA-AA-CAAGT---GGA-GT-TA-A--AC-TT--A--GA-----A-TTTAT-T-A--T--ATAT--ACCAGTAGTCT-ATG-A-C-G-C-GT-T-CG-TTCAA
gi|100069 : GGC-T-AAA-A-CGCAC--ACATT--AA---GGGGTGGCT-GAC-A-TG-C-GCCA----CA-T----GGG--GGC--GGA-TGT--T--G-A--AG-C--GAT--AAAAG-G-CATTA-CAAGT---GGATG--TA-A--AC-TT--A--AG-----A-TTT-TAT-A--T--AT-T--A-------TCTCA-G-A-C-G-C-GT-T-CGTTTCAA
gi|100070 : GC-TGAGA-A-CG-GCCAACAT---AT---GGGTTGGCG-AAC-A-TG-C-ACCA----CA-CC---GGGGTGGC--GGAAT-T--T--GGA--AG-C--GAT-AAAAAG-A-CA-AAACAAGTT--GGA-G--TA-A--AC-TT--A--AA-----A-TTT-T-T-T--T--ATATA-A-------TCT-A-G-A-C-G-C-GTAT-AG-TTC
gi|100071 : C-T-GGATA-CA-AC--GCTT---AATTTGGGATGGCA-GTT-A-CG-C-GCAA----CA-T----TGCGTGGC--GGT-T-C--C--G-C--AA-C--AGG-AAAAAG-A-CC-AA-CAAAA---AGA-G--TA-A--ACATG--A--AA-----A-TAT-T-T-A--C--ATTT--AC------TCT-------C-G-T-AT-T-AG-
gi|100072 : -T-ACA-A-CG-CT--ACAT---TT---GGGGTGGCG-GTT-A-TG-C-GCAA----CA-T----TGCGTGGC--GGT-T-C--C--G-C--GG-C--TCT-GGAAAA-ACCC-AA-CAAGT---AGA-G--TA-A--ACATG--A--AA-----A-TGT-T-C-A--C--ATGT--T-------TTC-----A-C-G-A-GT-T-AG-TCCA
gi|100073 : A-A-CG-CT--ACAT---TT---GGGGTGGCG-GTT-A-TG-C-GCAA----CA-T----TTCGTGGC--GGT-T-C--C--G-C--AG-C--AAG-AAAAAG-A-CC-AA-CAAGT---AGA-G--TA-A--AC-CTGAA--AG-------TTT-T-C-A--T--ATGT--A-------T-T-A---A-C-G-T-GT-T-AG-TCCA
gi|100074 : A-A-CA-CT--ACAT---TT---GGGGTGGCG-GTT-A-TG-C-ACAA----CA-T----TGCGTGGC--AGT-T-C--C--G-C--AG-C--AGG-AAAAAT-A-CT-AA-CAAGT---AGA-G--T
gi|100075 : -GT--ACAT---TT---GGGGTGGCG-GTC-A-TG-C-GCAA----CA-T----TGCGAGGT--GGT-T-C--T--G-C--AA-C--AAG-GAAAAG-A-CC-AA-CAAGT---AGA-G--TA-A--ATATG--A--AA-----A-TTT-T-C-A--C--ACAT--A-------TAT-T-C-A-C-A-T-GT-T-AG-TTCttgcatgaacattttttca
gi|100077 : ---GGGGCGGCG-GTC-A-TG-C-GCAA----CA-T----TGTGTGGC--GGT-T-C--C--A-A--AG-C--AAG-AAAACG-A-CC-AA-CAAGT---
gi|100076 : ---GGGGTGGTG-GTC-A-TG-C--CAA----CA-T----TGTGTGGC--AG--T-T--T--A-AGCAG-C--G---GAAAAT-C-CA-AA-GAAGA---AGA-G--TA-A--ACATG--A--AA-----CATTT-T-T-C--TC-ATGT--T-------TC------A-C-G-T-GT-TAAG-TCCA
gi|100078 : G-GAT-A-TAAT-GCTA----CA-TTT--GGGGTGGC--GGT-T-C--C--G-C--TG-C--AGG-AAAAAT-A-CC-AG-CAAGT---AGA-G--TA-A--ACATG--A--AA-----A-TTT-T-C-A--T--ATGT--A-------TTC-----A-C-G-T-GT-T-AG-TCCA
gi|100079 : -C-GCCA-----A-TTTCGGGGGTGGC--GGT-C-C--C--A-A--AG-C--GAG-GAAAAG-A-TC-AA-CTAGG---TGA-G--TA-A--AC-TTG-A--AA-----T-TCT-T-T-GCCT--ATGTTAA-------TC--G-G-A-C-G-T-GT-T-AG-TGCA
gi|100080 : -GCCA----CA-T----GGGGTGGC--GGA-T-T--T--G-A--AG-C--GAT-AAAAAG-A-CA-AA-CAAGT---GGA-G--TA-A--AC-TT--A--TA-----T-TTT-T-T-C--T--ATAT--A-------TCT-AGG-A-C-T-C-GT-T-AG-TTCAA
gi|100081 : CA----CA-TAA--GGGGTG-C--GA----T--T--G-A--AG-C--GAG-AAAAAG-A-CA-AAACAAGT---GGA-G--TA-G--AC--T--A--AG-----A-TTT-T-T----T--ATAT--A-------TCT-A-G-A-C---C-CT-T-AG-TTCAA
gi|100082 : GGGTGGC--AGA-T-T--T--G-A--AG----AAT-AAAAAG-------A-CAAGT---TGA-GT-TA-A--AC-TT--A--TG-----A-TTT-T-G-T--T--AT-T--A-------TCT-A-G-
gi|100083 : -AAAAAG-A-CA-AA-CAAGT---GGA-G--TA-G--AC-GT--AC-CA-----T-TTT-T-T-A--T--TCGT--A-------TCT-A-GAA-C-G-C-GT-T-AG-TTTAA
gi|100084 : -AA-CAAGTT--GGA-G--TA-A--AC-TT--A---G-----A-TTT-T-T-A-----ATAT--A-------TCT-A-G-T-C-G-C-GT-T-AG-TTCAA
Alignments
lowQualScore : 11111 1 1111111
lowQualScore : 44 1 1 1 11111 6666 1 33 1 1 4 3333 1 555 2 11 222 66666 1 1 7777777 1 3 2 5555 1 22 1 1 11 3 33 11 66666 1 1 2 9999999 1 11 1 22 6666666 5555555 1 1 111 1 1 2
lowQualScore : .. . . . ..... .... . .. . . . .... . ... . .. ... ..... . . ....... . . . .... . .. . . .. . .. .. ..... . . . ....... . .. . .. ....... ....... . . ... . . .
lowQualScore : 44 2 4 2 00000 0000 1 00 1 0 0 5555 0 222 9 33 666 66666 3 0 0000000 0 2 9 4444 0 33 0 0 44 0 88 99 22222 0 0 1 7777777 0 44 0 44 4444444 9999999 1 1 555 1 1 3
consensus : CCGGC-T-AGAA-CG-GC--ACATTT---GGGGTGGCG-G-TCA-TGC-GCNA----CA-T--GGNGTGGC--GGN--T-CC--GAAG-C---GA-GAAAAAGA-CNAA-CAAGT---GGA-G--T-A-A--AC-TT--AAG-A-----TT-T-T-T-A--T--A-T--A-T--A-------TC-T-A-G-A-C-G-C-GT-T-AG-TTCAA
Reference ( family-481 ) : CCGGC-T-AGAA-CG-GC--ACATTN---GGGGTGGCG-G-TCA-TGC-GCNA----CA-T--GGNGTGGC--GGN--T-CC--GAAG-C---GA-GAAAAAGA-CNAA-CAAGT---GGA-G--T-A-A--AC-TT--AAG-A-----TT-T-T-T-A--T--A-T--A-T--A-------TC-T-A-G-A-C-G-C-GT-T-AG-TTCAA
gi|100041 : CCGGC-T-AGAA-CG-GC--ACATAA---GGGGTGGCG-G-ACA-TGC-GCCA----CA-T--GGGGTGGC--GGA--T-TT--GAAG-C---GA-TAAAAAGA-CAAA-CAAGT---GGA-G--T-A-A--AC-TT--AAG-C-----TT-T-T-T-A--T--A-T--A-T--A-------TC-T-A-G-A-C-G-C-GT-T-AG-TTCAA
gi|100042 : CCGGC-T-AGAAACG-GC--ACATTAA--GGGGTGGCG-G-ACA-TGC-GCCA----CA-T--GGGGTGGC--GGA--T-TTTGAAAG-C---G--TAAAAAGA-CAAACCAAGT---GGA-G--T-A-A--AC-TT--AAG-C-----TT-T-T-TAA--T--A-T--A-T--A-------TC-T-A-G-A-C-G-C-GT-T-AG-TTCAA
gi|100043 : CCGGC-T-AGAA-CG-GC--ACATAA---GGGGTGGCG-G-ACA-TGA-GCCA----CA-T--GGGGTGGC--GGA--T-TT--GAAG-C---GA-TAAAAAGA-CAAG-CAAGT---GGA-G--T-A-A--AC-TT--AAG-A-----TT-T-T-T----T--A-T--A-T--A-------TC-T-A-G-A-C-G-C-GT-T-AG-TTCAA
gi|100044 : CCGGC-T-AGAA-CG-GC--ACATAA---GGGGTGGCG-G-ACA-TGC-GCCA----CA-T--GGAGTGGC--GGA--T-TT--GAAG-C---GA-TAAAAAGA-CAAA-CAAGT---TGA-G--T-A-A--AC-TC--AAG-ATT---TT-T-T-T-A--T--A-T--A-T--A-------TC-T-A-G-A-C-G-C-GT-T-AG-TT
gi|100045 : CCGGC-T-AGAA-CG-TC--ACATAA---GGGGTGGCG-G-ATA-TGC-GCCA----CA-T--GGGGTGGT--GGA--T-TT--GAAG-C---AA-TAAAAACA-CAAA-CAAGT---GGA-G--T-A-C--AC-AT--AAG-A-----TT-T-T-T-T--T--A-T--A-T--A-------TC-C-A-G-A-C-G-C-AT-T-AT-TTCAA
gi|100046 : CCGGC-T-AGAA-CG-GC--GCATTTAAAGGGGTGGAG-G-ACA-TGC-GCTA----CA-T--GGGGTGGC--GGA--T-TT--GAAG-C---GA-TAAAAAGA-CAAA-CAAAT---TGA-G--T-A-A--AC-TT--ATG-ATTTTTTT-T-T-T-T--T--A-T--A-A--A-------TA-T-A-G-A-C-G-C-GT-C-AG--TCAA
gi|100047 : CCAGC-T-AGAA-GG-GC--TAATGAA--GGGGTGGCG-G-ACT-TGC-GCCAAG--CAAT--GGGGTGGG--GAG--T-TT--GAAG-C---GA-TAAAAAGA-C--A-C-AGT---GGA-G--T-A-G--AC-TT--AAG-A-----TT-T-T-G-T--T--A-T--A-T--A-------TC-T-A-G-A-C---C-GT-T-AG-TTCAA
gi|100048 : CCGGC-A-AGAA-CG-GC--ACATAA---GGGGTGGCG-G-ACA-TGCGGCCA----CA-C--GGAGTGGC--GGA--T-TG--AAAG-C---GA-TAAAAAG-----A-CAAGT---GAA-AGCT-A-A--AC-TT--AAG-A-----TT-T-T-T----T--ATT--A-T--A-------TC-TAA-G-A-TAG-CAGT-T-AGTTTCAA
gi|100049 : CCGG--T-AGAA-CG-GC--ACATAC---GGGGTGGCG-G-C---TGC-GC-A----CA-T--GG---------GA--T-TT--GAAAAC---GA---AAAAGA-CAAA-CAAGT---GGA-G--T-A-A--AC-TT--CAG-A-----TT-T-T-TGA--T----T--A-T--A-------TC-T-A-G-A-C-G-C-GT-T-AG-TTCAA
gi|100050 : CCGGG-T-AGAA-CG-GC--ACATTC---GGGGTGGCG-G-TCA-TGT-GCCA----CA-T--GGGGTGGC--G------------------------AAAAGA-TCAA-CAAGG---TGA-G--T-A-A--GC-TT--GAG-A-----TT-T-T-T----T--G-C--A-T--C-------TG-T-A-G-A-C-G-T-GT-T-A
gi|100051 : CTGGA-T-ATAA-CG-CT--ACATTC---GGGGTGGCG-G-TCA-TGC-GCAA----CA-T--GGCGTGGC--GGT--T-CT--ACAG-C---AA-GAAAAAGA-CCAA-CAAGT---AGA-G--T-A-A--AC-ATGAAAA-A-----TT-
gi|100052 : CTGGA-T-ACAA-CG--CTAACATTT---GGGGTGGCG-G-TTA-TGC-GCAA----CA-T--TGTATGGC--GGG--T-TA--GCAG-C----A-GGAAAAGA-CAAA-CAAGT---AGA-G--T-A-G--CA-TG--AAG-A-----TT-T-TCC-A--T----C--A-T--AC------TC-------A-C-G-A-GT-T-AG-TCCA
gi|100053 : CTGGCAT-ACAA-CG--CTTACATTT---GGGGTGGCG-GTTTA-TGC-GCAA----CA-T--TGTATGGC--GGG--T-TTA-GAAG-CA--GG-AAAAAAGA-TAGA-CAAGTA--GAA-G--T-AGA--GCATG--AAG-A-----TT-T-T-C-T--C--A-T--A-C----------TC-------A-C-G-A-GT-T-AG--TCAA
gi|100054 : CCGGC-T-AGAA-CG--C--ACATTC---GGGATGGCGAG-TCAATGC-GCCG----CA-T--TG-GTGGC--GGA----AC--GCAG-C----A-GAGAAAGA-CCAA-CAAGT---TGA-G--T---T--AC-TT--GAC-AAT---TT-T-T-T-A--GCAA-T--C-T--G-------T--T-A-GAA-C-G-T-GT-T-AT-TGCAA
gi|100055 : CTGGG-T-ACAA-CG-CT--ACATTT---GGGGTGGCA-G-TTA-TGC-GCAA----CA-A--TGCGTGGT--GGT--T-TC--GTAG-C---AG-GAAAAAGA-CCAA-CAAGT---ATA-G--T-A-A--ACATG--AAA-A-----TT-T-T-C-A--C--A-T--A-T--A-------TT-C-ATG-A-C-
gi|100056 : CTGGA-T-ACAA-CG-CT--GCATTT---TGGGTGGCG-C-CCA-TGC-GCAA----CT-T--TATGTGAC--AGG--T-TA--GCAG-C---AC-GAAAAAGA-CAAA-CAAGT---ATA-G--T-A-A--GC-AT--AAATA-----TT-T-TCT-A-----A-T--A-T--AC------TC-------A-C-G-A-GT-T-AG-TCCA
gi|100057 : CTGGA-T-ACAA-CA-TT--GCATTT---GGGATGGCG-G-TTA-CGC-GCAA----CA-T--TGCATGGC--GGT--T-CC--GCAG-C---AG-GAAAATGA-CTAA-CAAGT---AGA-A--T-A-A--ACATG--AAA-A-----TT-T-T-C-C--C--A-T--T-T--A-------TT-C-----A-C-G-T-GT-T-AG-TCCA
gi|100058 : CTGGA-T-ACAA-TG-CC--GCATTT---GGGATGACG-G-TTA-CGC-GCAA----CA-T--TGTGTGGC--AGT--T-AC--GCAG-C---TG-GAAAAAGA-CCAA-CAAGT---AGA-G--T-A-A--ACATG--AAA-A-----TG-T-G-C-A--C--A-T--G-T--A-------TT-T-----A-C-G-T-GT-T-AG-TCCAA
gi|100059 : CTGGG-T-ACAA-CG-CT--ACATTT---GGGGTGACG-G-ATA-TGC-GCAA----CA-A--TGCGTGGC--GGT--T-CC--GCAG-C---AG-GAAAAAGA-CCAG-CAAGT---ATA-G--C-A-A--ACATG--AAA-A-----TT-T-T-C-A--C--A-C--A-T--A-------TT-C-ACG-A-C-
gi|100060 : CTGGA-T-ACAA-CG-CT--ACATTT---CGGGTGGCG-G-TTA-TGC-GCAA----CA-T--TGCGTGGC--GGT--T-CT--GCAA-C---AG-GAAAAATA-CCAA-CAAGT---CAA-G--T-A-A--ACATG--AAC-A-----TT-T-T-C-G--T--T-C--G-T--A-------TT-C-----A-C-G-T-TT-T-AG-
gi|100061 : CCGGT-T-AGAG-CG-GT--ACATTT---GGGGTGGCG-G-TCA-TGC-GCGA----CA-T--GGAGTGAC--GGT--C-CC--GAGG-C---GA-GGAAAAGA-
gi|100062 : CCGGT-T-AGAA-CG-GC--ACATTG---GGGCTGGCG-G-TCA-TGC-CCGA----CA-T--GGGGTGGC--ATT--C-CC--GAAG-C---
gi|100063 : CTGGA-T-ACAA-CG-CT--ACATTT---GTGGTGGCG-G-TTA-TGC-GCAA----CA-C--TGCGTGGC--GGT--T-CC--CAAG-C----A-GGAAAATA-CCAA-CAAGT---AGA-G--T-A-A--ACATG--AAA-A-----TG-T-T-C-A--C--A-T--G-T--A-------CT-T-ACG-A-C------T-T-AA-TCTAA
gi|100064 : CTGGA-T-ACAA-CG-CT--AAATTT---GGGATGGCA-G-TTA-CAC-AAAA----CA-T--TGCGTGTC--GGC--T-CC--ACAG-C---AG-GAAAAAGA-CCAA-TAAGT---AGA-G--T-A-A--ACATG--AAA-A-----TT-T-T-C-A--C--A-T--G-C--A-------TT-C-----A-C-G-T-AT-T-AG-TCCA
gi|100065 : CTGGA-T-ACAA-CG-CT--ACATTT---GGGATGGCG-G-TTA-CAC-GCAA----CA-T--TGCGTGGC--GGT--T-CC--GCAG------------------GAA-CAAGT---AGT-G--T-A-A--ACATG--AAA-A-----TT-T-T-C-A--A--A-T--G-C--A-------TT-C-----A-C-G-T-GT-T-AG-TCCA
gi|100066 : CGGC-T-AGAA-CG-G---ACATAA---AGGGTGGCG-G-ACA-TGC-GC-A----CA-T--GGGGTGGC--GGA--T-T---GAAG-C---GA-TAAAAAGAACAAA-CAAGT---GGA-G--T---A--AT-TT--AA--A-----TT-T-T-T----T--A-T--A-T--A-------TCTT-G-G-A-C-G-C-GT-T-AG-TTCAA
gi|100067 : CGGC-T-AGAA-CG-G---ACATAA---AGGGTGGCG-G-ACA-TGC-GC-A----CA-T--GGGGTGGC--GGA--T-TT--GAAG-C---GA-TATAAAAA-TGAA-CAAACATAGGA-G--T-A-ATTA--TT--AAG-AT----TT-T-T-T-A--T--T-T--A-T--A-------CT-T-G-G-AGC-GTC-GT-T-AG-TTCAA
gi|100068 : GGC-T-AGAA-CG-GC--CCATAA---GGGGTGGCG-G--CA-TGC-GCCAGCATTA-T--GGGGTTGCCGGGA--T-TT--GAAG-C---GATAAAAAAGA-CAAA-CAAGT---GGA-GT-T-A-A--AC-TT--AGA-A-----TT-TAT-T-A--T--A-T--A-T--ACCAGTAGTC-T-ATG-A-C-G-C-GT-T-CG-TTCAA
gi|100069 : GGC-T-AAAA-CGCAC--ACATTAA--GGGGTGGCT-G-ACA-TGC-GCCA----CA-T--GGGG--GC--GGA--TGTT--GAAG-C---GA-TAAAAGGC-ATTA-CAAGT---GGATG--T-A-A--AC-TT--AAG-A------T-T-T-T-A--T--A-T--ATT--A-------TC-TCA-G-A-C-G-C-GT-T-CGTTTCAA
gi|100070 : GC-TGAGAA-CG-GCCAACATAT---GGGTTGGCG-A-ACA-TGC-ACCA----CA-CC-GGGGTGGC--GGAATT-TG--GAAG-C---GA-TAAAAAGA-CAAAACAAGTT--GGA-G--T-A-A--AC-TT--AAA-A-----TT-T-T-T-T--T--A-T--A-TA-A-------TC-T-A-G-A-C-G-C-GTAT-AG-TTC
gi|100071 : ATTT---GGGATGGCA-G-TTA-CGC-GCAA----CA-T--TGCGTGGC--GGT--T-CC--GCAA-C---AG-GAAAAAGA-CCAA-CAAAA---AGA-G--T-A-A--ACATG--AAA-A-----TA-T-T-T-A--C--A-T--T-T--AC------TC-T-------C-G-T-AT-T-AG-
gi|100072 : ctggatacaacgctta-T-ACAA-CG-CT--ACATTT---GGGGTGGCG-G-TTA-TGC-GCAA----CA-T--TGCGTGGC--GGT--T-CC--GCGG-CTCTG--GAAAAA-C-CCAA-CAAGT---AGA-G--T-A-A--ACATG--AAA-A-----TG-T-T-C-A--C--A-T--G-T--T-------TT-C-----A-C-G-A-GT-T-AG-TCCA
gi|100073 : AA-CG-CT--ACATTT---GGGGTGGCG-G-TTA-TGC-GCAA----CA-T--TTCGTGGC--GGT--T-CC--GCAG-C---AA-GAAAAAGA-CCAA-CAAGT---AGA-G--T-A-A--AC-CTG-AAA-G-----TT-T-T-C-A--T--A-T--G-T--A-------T--T-A---A-C-G-T-GT-T-AG-TCCA
gi|100074 : AA-CA-CT--ACATTT---GGGGTGGCG-G-TTA-TGC-ACAA----CA-T--TGCGTGGC--AGT--T-CC--GCAG-C---AG-GAAAAATA-CTAA-CAAGT---AGA-G--T-
gi|100075 : -GT--ACATTT---GGGGTGGCG-G-TCA-TGC-GCAA----CA-T--TGCGAGGT--GGT--T-CT--GCAA-C---AA-GGAAAAGA-CCAA-CAAGT---AGA-G--T-A-A--ATATG--AAA-A-----TT-T-T-C-A--C--A-C--A-T--A-------TA-T-T-C-A-C-A-T-GT-T-AG-TTCttgcatgaacattttttca
gi|100076 : ---GGGGTGGTG-G-TCA-TGC--CAA----CA-T--TGTGTGGC--AGT--T-T----AAG-CA--GC-GGAAAATC-CAAA-GAAGA---AGA-G--T-A-A--AC-ATGAAAC-A-----TT-T-T-T-C--TC-A-T--G-T--T-------TC-------A-C-G-T-GT-TAAG-TCCA
gi|100077 : ---GGGGCGGCG-G-TCA-TGC-GCAA----CA-T--TGTGTGGC--GGT--T-CC--AAAG-C---AA-GAAAACGA-CCAA-CAAGT---
gi|100078 : GGA-T-ATAA-TG-CT--ACATTT---GGGGTGGCG-G-T
gi|100078 : -GCTA----CA-TTTGGGGTGGC--GGT--T-CC--GCTG-C---AG-GAAAAATA-CCAG-CAAGT---AGA-G--T-A-A--ACATG--AAA-A-----TT-T-T-C-A--T--A-T--G-T--A-------TT-C-----A-C-G-T-GT-T-AG-TCCAtccgctgcaggaaaaataccagcaagtagagtaaacatgaaaattttcatatgtattcacgtgttagtcca
gi|100079 : ggatataat--GGGGTGGC--GGT--C-CC--AAAG-C---GA-GGAAAAGA-TCAA-CTAGG---TGA-G--T-A-A--AC-TT--GAA-A-----TTCT-T-T-GCCT--A-T--G-TTAA-------TC---G-G-A-C-G-T-GT-T-AG-TGCA
gi|100080 : cgccaatttcg-GCCA----CA-T--GGGGTGGC--GGA--T-TT--GAAG-C---GA-TAAAAAGA-CAAA-CAAGT---GGA-G--T-A-A--AC-TT--ATA-T-----TT-T-T-T-C--T--A-T--A-T--A-------TC-T-AGG-A-C-T-C-GT-T-AG-TTCAA
gi|100081 : A----CA-TAAGGGGTG-C--GAT--T-----GAAG-C---GA-GAAAAAGA-CAAAACAAGT---GGA-G--T-A-G--AC--T--AAG-A-----TT-T-T-T----T--A-T--A-T--A-------TC-T-A-G-A-C---C-CT-T-AG-TTCAA
gi|100082 : cGGGTGGC--AGA--T-TT--GAAG-----AA-TAAAAAGA-C-----AAGT---TGA-G--TTA-A--AC-TT--ATG-A-----TT-T-T-G-T--T--A-T----T--A-------TC-T-A-G-
gi|100083 : AAAAAGA-CAAA-CAAGT---GGA-G--T-A-G--AC-GT--ACC-A-----TT-T-T-T----T--A-TTCG-T--A-------TC-T-A-GAA-C-G-C-GT-T-AG-TTTAA
gi|100084 : AA-CAAGTT--GGA-G--T-A-A--AC-TT--A-G-A-----TT-T-T-T-A-----A-T--A-T--A-------TC-T-A-G-T-C-G-C-GT-T-AG-TTCAA
Alignments
lowQualScore : 11111 1 1111111
lowQualScore : 44 1 1 1 11111 6666 1 33 1 1 4 3333 1 555 2 11 222 66666 1 1 7777777 1 3 2 5555 1 22 1 1 11 3 33 11 66666 1 1 2 9999999 1 11 1 22 6666666 5555555 1 1 111 1 1 2
lowQualScore : .. . . . ..... .... . .. . . . .... . ... . .. ... ..... . . ....... . . . .... . .. . . .. . .. .. ..... . . . ....... . .. . .. ....... ....... . . ... . . .
lowQualScore : 44 2 4 2 00000 3333 1 00 1 0 0 5555 0 222 9 33 666 66666 3 0 0000000 0 2 9 4444 0 33 0 0 44 0 88 99 22222 0 0 1 7777777 0 44 0 44 4444444 9999999 1 1 555 1 1 3
consensus : CCGGC-T-AGAA-CG-GC--ACATTT---GGGGTGGCG-G-TCA-TGC-GCNA----CA-T--GGNGTGGC--GGN--T-CC--GAAG-C---GA-GAAAAAGA-CNAA-CAAGT---GGA-G--T-A-A--AC-TT--AAG-A-----TT-T-T-T-A--T--A-T--A-T--A-------TC-T-A-G-A-C-G-C-GT-T-AG-TTCAA
Reference ( family-481 ) : CCGGC-T-AGAA-CG-GC--ACATTT---GGGGTGGCG-G-TCA-TGC-GCNA----CA-T--GGNGTGGC--GGN--T-CC--GAAG-C---GA-GAAAAAGA-CNAA-CAAGT---GGA-G--T-A-A--AC-TT--AAG-A-----TT-T-T-T-A--T--A-T--A-T--A-------TC-T-A-G-A-C-G-C-GT-T-AG-TTCAA
gi|100041 : CCGGC-T-AGAA-CG-GC--ACATAA---GGGGTGGCG-G-ACA-TGC-GCCA----CA-T--GGGGTGGC--GGA--T-TT--GAAG-C---GA-TAAAAAGA-CAAA-CAAGT---GGA-G--T-A-A--AC-TT--AAG-C-----TT-T-T-T-A--T--A-T--A-T--A-------TC-T-A-G-A-C-G-C-GT-T-AG-TTCAA
gi|100042 : CCGGC-T-AGAAACG-GC--ACATTAA--GGGGTGGCG-G-ACA-TGC-GCCA----CA-T--GGGGTGGC--GGA--T-TTTGAAAG-C---G--TAAAAAGA-CAAACCAAGT---GGA-G--T-A-A--AC-TT--AAG-C-----TT-T-T-TAA--T--A-T--A-T--A-------TC-T-A-G-A-C-G-C-GT-T-AG-TTCAA
gi|100043 : CCGGC-T-AGAA-CG-GC--ACATAA---GGGGTGGCG-G-ACA-TGA-GCCA----CA-T--GGGGTGGC--GGA--T-TT--GAAG-C---GA-TAAAAAGA-CAAG-CAAGT---GGA-G--T-A-A--AC-TT--AAG-A-----TT-T-T-T----T--A-T--A-T--A-------TC-T-A-G-A-C-G-C-GT-T-AG-TTCAA
gi|100044 : CCGGC-T-AGAA-CG-GC--ACATAA---GGGGTGGCG-G-ACA-TGC-GCCA----CA-T--GGAGTGGC--GGA--T-TT--GAAG-C---GA-TAAAAAGA-CAAA-CAAGT---TGA-G--T-A-A--AC-TC--AAG-ATT---TT-T-T-T-A--T--A-T--A-T--A-------TC-T-A-G-A-C-G-C-GT-T-AG-TT
gi|100045 : CCGGC-T-AGAA-CG-TC--ACATAA---GGGGTGGCG-G-ATA-TGC-GCCA----CA-T--GGGGTGGT--GGA--T-TT--GAAG-C---AA-TAAAAACA-CAAA-CAAGT---GGA-G--T-A-C--AC-AT--AAG-A-----TT-T-T-T-T--T--A-T--A-T--A-------TC-C-A-G-A-C-G-C-AT-T-AT-TTCAA
gi|100046 : CCGGC-T-AGAA-CG-GC--GCATTTAAAGGGGTGGAG-G-ACA-TGC-GCTA----CA-T--GGGGTGGC--GGA--T-TT--GAAG-C---GA-TAAAAAGA-CAAA-CAAAT---TGA-G--T-A-A--AC-TT--ATG-ATTTTTTT-T-T-T-T--T--A-T--A-A--A-------TA-T-A-G-A-C-G-C-GT-C-AG--TCAA
gi|100047 : CCAGC-T-AGAA-GG-GC--TAATGAA--GGGGTGGCG-G-ACT-TGC-GCCAAG--CAAT--GGGGTGGG--GAG--T-TT--GAAG-C---GA-TAAAAAGA-C--A-CA-GT---GGA-G--T-A-G--AC-TT--AAG-A-----TT-T-T-G-T--T--A-T--A-T--A-------TC-T-A-G-A-C---C-GT-T-AG-TTCAA
gi|100048 : CCGGC-A-AGAA-CG-GC--ACATAA---GGGGTGGCG-G-ACA-TGCGGCCA----CA-C--GGAGTGGC--GGA--T-TG--AAAG-C---GA-TAAAAAG-----A-CAAGT---GAA-AGCT-A-A--AC-TT--AAG-A-----TT-T-T-T----T--ATT--A-T--A-------TC-TAA-G-A-TAG-CAGT-T-AGTTTCAA
gi|100049 : CCGG--T-AGAA-CG-GC--ACATAC---GGGGTGGCG-G-C---TGC-GC-A----CA-T--GG---------GA--T-TT--GAAAAC---GA---AAAAGA-CAAA-CAAGT---GGA-G--T-A-A--AC-TT--CAG-A-----TT-T-T-TGA--T----T--A-T--A-------TC-T-A-G-A-C-G-C-GT-T-AG-TTCAA
gi|100050 : CCGGG-T-AGAA-CG-GC--ACATTC---GGGGTGGCG-G-TCA-TGT-GCCA----CA-T--GGGGTGGC--G------------------------AAAAGA-TCAA-CAAGG---TGA-G--T-A-A--GC-TT--GAG-A-----TT-T-T-T----T--G-C--A-T--C-------TG-T-A-G-A-C-G-T-GT-T-A
gi|100051 : CTGGA-T-ATAA-CG-CT--ACATTC---GGGGTGGCG-G-TCA-TGC-GCAA----CA-T--GGCGTGGC--GGT--T-CT--ACAG-C---AA-GAAAAAGA-CCAA-CAAGT---AGA-G--T-A-A--AC-ATGAAAA-A-----TT-
gi|100052 : CTGGA-T-ACAA-CG--CTAACATTT---GGGGTGGCG-G-TTA-TGC-GCAA----CA-T--TGTATGGC--GGG--T-TA--GCAG-C----A-GGAAAAGA-CAAA-CAAGT---AGA-G--T-A-G--CA-TG--AAG-A-----TT-T-TCC-A--T----C--A-T--AC------TC-------A-C-G-A-GT-T-AG-TCCA
gi|100053 : CTGGCAT-ACAA-CG--CTTACATTT---GGGGTGGCG-GTTTA-TGC-GCAA----CA-T--TGTATGGC--GGG--T-TTA-GAAG-CA--GG-AAAAAAGA-TAGA-CAAGTA--GAA-G--T-AGA--GCATG--AAG-A-----TT-T-T-C-T--C--A-T--A-C----------TC-------A-C-G-A-GT-T-AG--TCAA
gi|100054 : CCGGC-T-AGAA-CG--C--ACATTC---GGGATGGCGAG-TCAATGC-GCCG----CA-T--TG-GTGGC--GGA----AC--GCAG-C----A-GAGAAAGA-CCAA-CAAGT---TGA-G--T---T--AC-TT--GAC-AAT---TT-T-T-T-A--GCAA-T--C-T--G-------T--T-A-GAA-C-G-T-GT-T-AT-TGCAA
gi|100055 : CTGGG-T-ACAA-CG-CT--ACATTT---GGGGTGGCA-G-TTA-TGC-GCAA----CA-A--TGCGTGGT--GGT--T-TC--GTAG-C---AG-GAAAAAGA-CCAA-CAAGT---ATA-G--T-A-A--ACATG--AAA-A-----TT-T-T-C-A--C--A-T--A-T--A-------TT-C-ATG-A-C-
gi|100056 : CTGGA-T-ACAA-CG-CT--GCATTT---TGGGTGGCG-C-CCA-TGC-GCAA----CT-T--TATGTGAC--AGG--T-TA--GCAG-C---AC-GAAAAAGA-CAAA-CAAGT---ATA-G--T-A-A--GC-AT--AAATA-----TT-T-TCT-A-----A-T--A-T--AC------TC-------A-C-G-A-GT-T-AG-TCCA
gi|100057 : CTGGA-T-ACAA-CA-TT--GCATTT---GGGATGGCG-G-TTA-CGC-GCAA----CA-T--TGCATGGC--GGT--T-CC--GCAG-C---AG-GAAAATGA-CTAA-CAAGT---AGA-A--T-A-A--ACATG--AAA-A-----TT-T-T-C-C--C--A-T--T-T--A-------TT-C-----A-C-G-T-GT-T-AG-TCCA
gi|100058 : CTGGA-T-ACAA-TG-CC--GCATTT---GGGATGACG-G-TTA-CGC-GCAA----CA-T--TGTGTGGC--AGT--T-AC--GCAG-C---TG-GAAAAAGA-CCAA-CAAGT---AGA-G--T-A-A--ACATG--AAA-A-----TG-T-G-C-A--C--A-T--G-T--A-------TT-T-----A-C-G-T-GT-T-AG-TCCAA
gi|100059 : CTGGG-T-ACAA-CG-CT--ACATTT---GGGGTGACG-G-ATA-TGC-GCAA----CA-A--TGCGTGGC--GGT--T-CC--GCAG-C---AG-GAAAAAGA-CCAG-CAAGT---ATA-G--C-A-A--ACATG--AAA-A-----TT-T-T-C-A--C--A-C--A-T--A-------TT-C-ACG-A-C-
gi|100060 : CTGGA-T-ACAA-CG-CT--ACATTT---CGGGTGGCG-G-TTA-TGC-GCAA----CA-T--TGCGTGGC--GGT--T-CT--GCAA-C---AG-GAAAAATA-CCAA-CAAGT---CAA-G--T-A-A--ACATG--AAC-A-----TT-T-T-C-G--T--T-C--G-T--A-------TT-C-----A-C-G-T-TT-T-AG-
gi|100061 : CCGGT-T-AGAG-CG-GT--ACATTT---GGGGTGGCG-G-TCA-TGC-GCGA----CA-T--GGAGTGAC--GGT--C-CC--GAGG-C---GA-GGAAAAGA-
gi|100062 : CCGGT-T-AGAA-CG-GC--ACATTG---GGGCTGGCG-G-TCA-TGC-CCGA----CA-T--GGGGTGGC--ATT--C-CC--GAAG-C---
gi|100063 : CTGGA-T-ACAA-CG-CT--ACATTT---GTGGTGGCG-G-TTA-TGC-GCAA----CA-C--TGCGTGGC--GGT--T-CC--CAAG-C----A-GGAAAATA-CCAA-CAAGT---AGA-G--T-A-A--ACATG--AAA-A-----TG-T-T-C-A--C--A-T--G-T--A-------CT-T-ACG-A-C------T-T-AA-TCTAA
gi|100064 : CTGGA-T-ACAA-CG-CT--AAATTT---GGGATGGCA-G-TTA-CAC-AAAA----CA-T--TGCGTGTC--GGC--T-CC--ACAG-C---AG-GAAAAAGA-CCAA-TAAGT---AGA-G--T-A-A--ACATG--AAA-A-----TT-T-T-C-A--C--A-T--G-C--A-------TT-C-----A-C-G-T-AT-T-AG-TCCA
gi|100065 : CTGGA-T-ACAA-CG-CT--ACATTT---GGGATGGCG-G-TTA-CAC-GCAA----CA-T--TGCGTGGC--GGT--T-CC--GCAG------------------GAA-CAAGT---AGT-G--T-A-A--ACATG--AAA-A-----TT-T-T-C-A--A--A-T--G-C--A-------TT-C-----A-C-G-T-GT-T-AG-TCCA
gi|100066 : CGGC-T-AGAA-CG-G---ACATAA---AGGGTGGCG-G-ACA-TGC-GC-A----CA-T--GGGGTGGC--GGA--T-T---GAAG-C---GA-TAAAAAGAACAAA-CAAGT---GGA-G--T---A--AT-TT--AA--A-----TT-T-T-T----T--A-T--A-T--A-------TCTT-G-G-A-C-G-C-GT-T-AG-TTCAA
gi|100067 : CGGC-T-AGAA-CG-G---ACATAA---AGGGTGGCG-G-ACA-TGC-GC-A----CA-T--GGGGTGGC--GGA--T-TT--GAAG-C---GA-TATAAAAA-TGAA-CAAACATAGGA-G--T-A-ATTA--TT--AAG-AT----TT-T-T-T-A--T--T-T--A-T--A-------CT-T-G-G-AGC-GTC-GT-T-AG-TTCAA
gi|100068 : GGC-T-AGAA-CG-GC--CCATAA---GGGGTGGCG-G--CA-TGC-GCCAGCATTA-T--GGGGTTGCCGGGA--T-TT--GAAG-C---GATAAAAAAGA-CAAA-CAAGT---GGA-GT-T-A-A--AC-TT--AGA-A-----TT-TAT-T-A--T--A-T--A-T--ACCAGTAGTC-T-ATG-A-C-G-C-GT-T-CG-TTCAA
gi|100069 : GGC-T-AAAA-CGCAC--ACATTAA--GGGGTGGCT-G-ACA-TGC-GCCA----CA-T--GGGG--GC--GGA--TGTT--GAAG-C---GA-TAAAAGGC-ATTA-CAAGT---GGATG--T-A-A--AC-TT--AAG-A------T-T-T-T-A--T--A-T--ATT--A-------TC-TCA-G-A-C-G-C-GT-T-CGTTTCAA
gi|100070 : GC-TGAGAA-CG-GCCAACATAT---GGGTTGGCG-A-ACA-TGC-ACCA----CA-CC-GGGGTGGC--GGAATT-TG--GAAG-C---GA-TAAAAAGA-CAAAACAAGTT--GGA-G--T-A-A--AC-TT--AAA-A-----TT-T-T-T-T--T--A-T--A-TA-A-------TC-T-A-G-A-C-G-C-GTAT-AG-TTC
gi|100071 : ATTT---GGGATGGCA-G-TTA-CGC-GCAA----CA-T--TGCGTGGC--GGT--T-CC--GCAA-C---AG-GAAAAAGA-CCAA-CAAAA---AGA-G--T-A-A--ACATG--AAA-A-----TA-T-T-T-A--C--A-T--T-T--AC------TC-T-------C-G-T-AT-T-AG-
gi|100072 : ctggatacaacgctta-T-ACAA-CG-CT--ACATTT---GGGGTGGCG-G-TTA-TGC-GCAA----CA-T--TGCGTGGC--GGT--T-CC--GCGG-CTCTG--GAAAAA-C-CCAA-CAAGT---AGA-G--T-A-A--ACATG--AAA-A-----TG-T-T-C-A--C--A-T--G-T--T-------TT-C-----A-C-G-A-GT-T-AG-TCCA
gi|100073 : AA-CG-CT--ACATTT---GGGGTGGCG-G-TTA-TGC-GCAA----CA-T--TTCGTGGC--GGT--T-CC--GCAG-C---AA-GAAAAAGA-CCAA-CAAGT---AGA-G--T-A-A--AC-CTG-AAA-G-----TT-T-T-C-A--T--A-T--G-T--A-------T--T-A---A-C-G-T-GT-T-AG-TCCA
gi|100074 : AA-CA-CT--ACATTT---GGGGTGGCG-G-TTA-TGC-ACAA----CA-T--TGCGTGGC--AGT--T-CC--GCAG-C---AG-GAAAAATA-CTAA-CAAGT---AGA-G--T-
gi|100075 : -GT--ACATTT---GGGGTGGCG-G-TCA-TGC-GCAA----CA-T--TGCGAGGT--GGT--T-CT--GCAA-C---AA-GGAAAAGA-CCAA-CAAGT---AGA-G--T-A-A--ATATG--AAA-A-----TT-T-T-C-A--C--A-C--A-T--A-------TA-T-T-C-A-C-A-T-GT-T-AG-TTCttgcatgaacattttttca
gi|100076 : ---GGGGTGGTG-G-TCA-TGC--CAA----CA-T--TGTGTGGC--AGT--T-T----AAG-CA--GC-GGAAAATC-CAAA-GAAGA---AGA-G--T-A-A--AC-ATGAAAC-A-----TT-T-T-T-C--TC-A-T--G-T--T-------TC-------A-C-G-T-GT-TAAG-TCCA
gi|100077 : ---GGGGCGGCG-G-TCA-TGC-GCAA----CA-T--TGTGTGGC--GGT--T-CC--AAAG-C---AA-GAAAACGA-CCAA-CAAGT---
gi|100078 : GGA-T-ATAA-TG-CT--ACATTT---GGGGTGGCG-G-T
gi|100078 : -GCTA----CA-TTTGGGGTGGC--GGT--T-CC--GCTG-C---AG-GAAAAATA-CCAG-CAAGT---AGA-G--T-A-A--ACATG--AAA-A-----TT-T-T-C-A--T--A-T--G-T--A-------TT-C-----A-C-G-T-GT-T-AG-TCCAtccgctgcaggaaaaataccagcaagtagagtaaacatgaaaattttcatatgtattcacgtgttagtcca
gi|100079 : ggatataat--GGGGTGGC--GGT--C-CC--AAAG-C---GA-GGAAAAGA-TCAA-CTAGG---TGA-G--T-A-A--AC-TT--GAA-A-----TTCT-T-T-GCCT--A-T--G-TTAA-------TC---G-G-A-C-G-T-GT-T-AG-TGCA
gi|100080 : cgccaatttcg-GCCA----CA-T--GGGGTGGC--GGA--T-TT--GAAG-C---GA-TAAAAAGA-CAAA-CAAGT---GGA-G--T-A-A--AC-TT--ATA-T-----TT-T-T-T-C--T--A-T--A-T--A-------TC-T-AGG-A-C-T-C-GT-T-AG-TTCAA
gi|100081 : A----CA-TAAGGGGTG-C--GAT--T-----GAAG-C---GA-GAAAAAGA-CAAAACAAGT---GGA-G--T-A-G--AC--T--AAG-A-----TT-T-T-T----T--A-T--A-T--A-------TC-T-A-G-A-C---C-CT-T-AG-TTCAA
gi|100082 : cGGGTGGC--AGA--T-TT--GAAG-----AA-TAAAAAGA-C-----AAGT---TGA-G--TTA-A--AC-TT--ATG-A-----TT-T-T-G-T--T--A-T----T--A-------TC-T-A-G-
gi|100083 : AAAAAGA-CAAA-CAAGT---GGA-G--T-A-G--AC-GT--ACC-A-----TT-T-T-T----T--A-TTCG-T--A-------TC-T-A-GAA-C-G-C-GT-T-AG-TTTAA
gi|100084 : AA-CAAGTT--GGA-G--T-A-A--AC-TT--A-G-A-----TT-T-T-T-A-----A-T--A-T--A-------TC-T-A-G-T-C-G-C-GT-T-AG-TTCAA
blockSeqs : CA G G A GCCA TAAA A TT A G C GCAT A TTG G CG AAT TTTG A TCTGG A C ATAG GC G TT A GA AT TTTTT C A C AGCA T TC T TA CCAGTAG TAAG G A CA A A T
blockSeqs : C . G . CTA AA . A . . C AG . AAG G . A TTA A AGGA A A AG T . . A GA G TT . . C GCCT . . . A C TAGA . . TC . . T
blockSeqs : C . G . CTT AA . A . . C . . CG A . A GTT A GATA A A TG . . . A G G AT . . . AAT . . . . C CATG . . C . . .
blockSeqs : C . G . CAC AA . A . . C . . G G . A TT A AGCG A . TG . . . A . G T . . . GAT . . . . C CACG . . C . . .
blockSeqs : C . G . GC A . A . . T . . G G . A TT A GAT A . G . . . A . G . . . . CTC . . . . . TACG . . C . . .
blockSeqs : C . G . GC A . A . . C . . G G . A TT A GAT A . G . . . A . G . . . . AT . . . . . TTGG . . C . . .
blockSeqs : C . G . GC A . A . . C . . G A . G TT A AAT C . T . . . A . G . . . . TT . . . . . TATG . . C . . .
blockSeqs : C . G . TC A . A . . C . . G G . A TT A GAT C . G . . . A . G . . . . TT . . . . . TCAG . . C . . .
blockSeqs : G . G . GC C . C . . A . . G C . A TG C GAT A . T . . . A . G . . . . TT . . . . . TAGG . . C . . .
blockSeqs : A . T . GC C . T . . A . . G T . T TT C GAT A . G . . . A . G . . . . AT . . . . . TAGA . . T . . .
blockSeqs : A . C . GC C . T . . A . . G T . G CT A AAG C . G . . . A . A . . . . TC . . . . . TAG . . A . . .
blockSeqs : C . C . GC T . T . . C . . G C . G TA C AGG C . G . . . A . G . . . . AC . . . . . TAG . . A . . .
blockSeqs : G . G . GC T . T . . A . . G T . A AC T ACG A . T . . . A . G . . . . CC . . . . . TAG . . T . . .
blockSeqs : A . C . CT C . T . . A . . T C . T TC C AGG T . A . . . . . C . . . . AC . . . . . CAG . . A . . .
blockSeqs : A . C . CT T . C . . A . . T T . G TA C TGG C . A . . . . . A . . . . AC . . . . . TAG . . T . . .
blockSeqs : A . C . CT T . T . . A . . T C . T CC C AGG C . T . . . . . A . . . . GT . . . . . TAG . . T . . .
blockSeqs : G . C . TT T . T . . A . . T C . T AC C AGG C . A . . . . . A . . . . AC . . . . . TAG . . T . . .
blockSeqs : A . C . CC T . A . . A . . T A . T CC C GAG C . A . . . . . A . . . . AC . . . . . TAG . . T . . .
blockSeqs : T . C . CT T . T . . G . . T G . T CT A AGG C . A . . . . . C . . . . AA . . . . . TGG . . T . . .
blockSeqs : T . G . CT T . T . . G . . T C . T CC A GAT G . A . . . . . A . . . . AT . . . . . TAG . . C . . .
blockSeqs : A . G . GT T . T . . A . . T C . T CC A GAT A . A . . . . . A . . . . AT . . . . . TTC . . C . . .
blockSeqs : A . C . GC G . T . . A . . T C . T CC C GAT G . C . . . . . A . . . . AT . . . . . TAG . . C . . .
blockSeqs : A . C . CT T . T . . A . . G G . C CC C GAT A . A . . . . . G . . . . TT . . . . . TAG . . C . . .
blockSeqs : C . C . CT T . T . . C . . G G . T CC A AGG T . A . . . . . A . . . . AC . . . . . TAG . . T . . .
blockSeqs : C . G . CT T . A . . C . . T G . A TT A AAG A . A . . . . . G . . . . AC . . . . . TA . . A . . .
blockSeqs : C . G . GC A . A . . C . . T G . A TT A AGG C . G . . . . . A . . . . AT . . . . . GG . . T . . .
blockSeqs : C . G . CT A . A . . A . . T G . A TG A AAG C . G . . . . . A . . . . AC . . . . . C . . T . . .
blockSeqs : C . A . CT A . A . . A . . G C . A CC A AAG C . G . . . . . A . . . . AT . . . . . T . . T . . .
blockSeqs : A . G . CT T . T . . A . . G C . T CC C AGG T . A . . . . . A . . . . CT . . . . . C . . T . . .
blockSeqs : . . C . GT T . T . . A . . G C . T CC C GAG C . A . . . . . A . . . . TT . . . . . C . . T . . .
blockSeqs : . T . CT T . T . . A . . G C . T CC C GAT A . A . . . . . C . . . . T . . . . . C . . C . . .
blockSeqs : . C T . T . . A . . T C . T CT C GAG C . A . . . . . A . . . . T . . . . . T . . C . . .
blockSeqs : . G T . T . . A . . T T . T CC C AAT C . A . . . . . A . . . . T . . . . . C . . C . . .
blockSeqs : G T . T . . T . . T T . T CC A GT C . A . . . . . A . . . . A . . . . . C . . C . . .
blockSeqs : T . T . . C . . T G . T CC A GA A . A . . . . . G . . . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . T G . T TT C AG A . T . . . . . G . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T G . T TT A AG A . G . . . . . C . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T G . A T A AG . . G . . . . . G . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . G G . T T A . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : G . . A . A . . . G .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : CCGGC-T-AGAA-CG-GC--ACATTT---GGGGTGGCG-G-TCA-TGC-GCNA----CA-T--GGNGTGGC--GGN--T-CC--GAAG-C---GA-GAAAAAGA-CNAA-CAAGT---GGA-G--T-A-A--AC-TT--AAG-A-----TT-T-T-T-A--T--A-T--A-T--A-------TC-T-A-G-A-C-G-C-GT-T-AG-TTCAA
finalCons : CCGGC-T-AGAA-CG-GC--ACATTT---GGGGTGGCG-G-TCA-TGC-GCNA----CA-T--GGNGTGGC--GGN--T-CC--GAAG-C---GA-GAAAAAGA-CNAA-CAAGT---GGA-G--T-A-A--AC-TT--AAG-A-----TT-T-T-T-A--T--A-T--A-T--A-------TC-T-A-G-A-C-G-C-GT-T-AG-TTCAA
Alignments
lowQualScore : 11111 1 1111111
lowQualScore : 44 1 1 1 11111 6666 1 33 1 1 4 3333 1 555 2 11 222 66666 1 1 7777777 1 3 2 5555 1 22 1 1 11 3 33 11 66666 1 1 2 9999999 1 11 1 22 6666666 5555555 1 1 111 1 1 2
lowQualScore : .. . . . ..... .... . .. . . . .... . ... . .. ... ..... . . ....... . . . .... . .. . . .. . .. .. ..... . . . ....... . .. . .. ....... ....... . . ... . . .
lowQualScore : 44 2 4 2 00000 3333 1 00 1 0 0 5555 0 222 9 33 666 66666 3 0 0000000 0 2 9 4444 0 33 0 0 44 0 88 99 22222 0 0 1 7777777 0 44 0 44 4444444 9999999 1 1 555 1 1 3
consensus : CCGGC-T-AGAA-CG-GC--ACATTT---GGGGTGGCG-G-TCA-TGC-GCNA----CA-T--GGNGTGGC--GGN--T-CC--GAAG-C---GA-GAAAAAGA-CNAA-CAAGT---GGA-G--T-A-A--AC-TT--AAG-A-----TT-T-T-T-A--T--A-T--A-T--A-------TC-T-A-G-A-C-G-C-GT-T-AG-TTCAA
Reference ( family-481 ) : CCGGC-T-AGAA-CG-GC--ACATTT---GGGGTGGCG-G-TCA-TGC-GCNA----CA-T--GGNGTGGC--GGN--T-CC--GAAG-C---GA-GAAAAAGA-CNAA-CAAGT---GGA-G--T-A-A--AC-TT--AAG-A-----TT-T-T-T-A--T--A-T--A-T--A-------TC-T-A-G-A-C-G-C-GT-T-AG-TTCAA
gi|100041 : CCGGC-T-AGAA-CG-GC--ACATAA---GGGGTGGCG-G-ACA-TGC-GCCA----CA-T--GGGGTGGC--GGA--T-TT--GAAG-C---GA-TAAAAAGA-CAAA-CAAGT---GGA-G--T-A-A--AC-TT--AAG-C-----TT-T-T-T-A--T--A-T--A-T--A-------TC-T-A-G-A-C-G-C-GT-T-AG-TTCAA
gi|100042 : CCGGC-T-AGAAACG-GC--ACATTAA--GGGGTGGCG-G-ACA-TGC-GCCA----CA-T--GGGGTGGC--GGA--T-TTTGAAAG-C---G--TAAAAAGA-CAAACCAAGT---GGA-G--T-A-A--AC-TT--AAG-C-----TT-T-T-TAA--T--A-T--A-T--A-------TC-T-A-G-A-C-G-C-GT-T-AG-TTCAA
gi|100043 : CCGGC-T-AGAA-CG-GC--ACATAA---GGGGTGGCG-G-ACA-TGA-GCCA----CA-T--GGGGTGGC--GGA--T-TT--GAAG-C---GA-TAAAAAGA-CAAG-CAAGT---GGA-G--T-A-A--AC-TT--AAG-A-----TT-T-T-T----T--A-T--A-T--A-------TC-T-A-G-A-C-G-C-GT-T-AG-TTCAA
gi|100044 : CCGGC-T-AGAA-CG-GC--ACATAA---GGGGTGGCG-G-ACA-TGC-GCCA----CA-T--GGAGTGGC--GGA--T-TT--GAAG-C---GA-TAAAAAGA-CAAA-CAAGT---TGA-G--T-A-A--AC-TC--AAG-ATT---TT-T-T-T-A--T--A-T--A-T--A-------TC-T-A-G-A-C-G-C-GT-T-AG-TT
gi|100045 : CCGGC-T-AGAA-CG-TC--ACATAA---GGGGTGGCG-G-ATA-TGC-GCCA----CA-T--GGGGTGGT--GGA--T-TT--GAAG-C---AA-TAAAAACA-CAAA-CAAGT---GGA-G--T-A-C--AC-AT--AAG-A-----TT-T-T-T-T--T--A-T--A-T--A-------TC-C-A-G-A-C-G-C-AT-T-AT-TTCAA
gi|100046 : CCGGC-T-AGAA-CG-GC--GCATTTAAAGGGGTGGAG-G-ACA-TGC-GCTA----CA-T--GGGGTGGC--GGA--T-TT--GAAG-C---GA-TAAAAAGA-CAAA-CAAAT---TGA-G--T-A-A--AC-TT--ATG-ATTTTTTT-T-T-T-T--T--A-T--A-A--A-------TA-T-A-G-A-C-G-C-GT-C-AG--TCAA
gi|100047 : CCAGC-T-AGAA-GG-GC--TAATGAA--GGGGTGGCG-G-ACT-TGC-GCCAAG--CAAT--GGGGTGGG--GAG--T-TT--GAAG-C---GA-TAAAAAGA-C--A-CA-GT---GGA-G--T-A-G--AC-TT--AAG-A-----TT-T-T-G-T--T--A-T--A-T--A-------TC-T-A-G-A-C---C-GT-T-AG-TTCAA
gi|100048 : CCGGC-A-AGAA-CG-GC--ACATAA---GGGGTGGCG-G-ACA-TGCGGCCA----CA-C--GGAGTGGC--GGA--T-TG--AAAG-C---GA-TAAAAAG-----A-CAAGT---GAA-AGCT-A-A--AC-TT--AAG-A-----TT-T-T-T----T--ATT--A-T--A-------TC-TAA-G-A-TAG-CAGT-T-AGTTTCAA
gi|100049 : CCGG--T-AGAA-CG-GC--ACATAC---GGGGTGGCG-G-C---TGC-GC-A----CA-T--GG---------GA--T-TT--GAAAAC---GA---AAAAGA-CAAA-CAAGT---GGA-G--T-A-A--AC-TT--CAG-A-----TT-T-T-TGA--T----T--A-T--A-------TC-T-A-G-A-C-G-C-GT-T-AG-TTCAA
gi|100050 : CCGGG-T-AGAA-CG-GC--ACATTC---GGGGTGGCG-G-TCA-TGT-GCCA----CA-T--GGGGTGGC--G------------------------AAAAGA-TCAA-CAAGG---TGA-G--T-A-A--GC-TT--GAG-A-----TT-T-T-T----T--G-C--A-T--C-------TG-T-A-G-A-C-G-T-GT-T-A
gi|100051 : CTGGA-T-ATAA-CG-CT--ACATTC---GGGGTGGCG-G-TCA-TGC-GCAA----CA-T--GGCGTGGC--GGT--T-CT--ACAG-C---AA-GAAAAAGA-CCAA-CAAGT---AGA-G--T-A-A--AC-ATGAAAA-A-----TT-
gi|100052 : CTGGA-T-ACAA-CG--CTAACATTT---GGGGTGGCG-G-TTA-TGC-GCAA----CA-T--TGTATGGC--GGG--T-TA--GCAG-C----A-GGAAAAGA-CAAA-CAAGT---AGA-G--T-A-G--CA-TG--AAG-A-----TT-T-TCC-A--T----C--A-T--AC------TC-------A-C-G-A-GT-T-AG-TCCA
gi|100053 : CTGGCAT-ACAA-CG--CTTACATTT---GGGGTGGCG-GTTTA-TGC-GCAA----CA-T--TGTATGGC--GGG--T-TTA-GAAG-CA--GG-AAAAAAGA-TAGA-CAAGTA--GAA-G--T-AGA--GCATG--AAG-A-----TT-T-T-C-T--C--A-T--A-C----------TC-------A-C-G-A-GT-T-AG--TCAA
gi|100054 : CCGGC-T-AGAA-CG--C--ACATTC---GGGATGGCGAG-TCAATGC-GCCG----CA-T--TG-GTGGC--GGA----AC--GCAG-C----A-GAGAAAGA-CCAA-CAAGT---TGA-G--T---T--AC-TT--GAC-AAT---TT-T-T-T-A--GCAA-T--C-T--G-------T--T-A-GAA-C-G-T-GT-T-AT-TGCAA
gi|100055 : CTGGG-T-ACAA-CG-CT--ACATTT---GGGGTGGCA-G-TTA-TGC-GCAA----CA-A--TGCGTGGT--GGT--T-TC--GTAG-C---AG-GAAAAAGA-CCAA-CAAGT---ATA-G--T-A-A--ACATG--AAA-A-----TT-T-T-C-A--C--A-T--A-T--A-------TT-C-ATG-A-C-
gi|100056 : CTGGA-T-ACAA-CG-CT--GCATTT---TGGGTGGCG-C-CCA-TGC-GCAA----CT-T--TATGTGAC--AGG--T-TA--GCAG-C---AC-GAAAAAGA-CAAA-CAAGT---ATA-G--T-A-A--GC-AT--AAATA-----TT-T-TCT-A-----A-T--A-T--AC------TC-------A-C-G-A-GT-T-AG-TCCA
gi|100057 : CTGGA-T-ACAA-CA-TT--GCATTT---GGGATGGCG-G-TTA-CGC-GCAA----CA-T--TGCATGGC--GGT--T-CC--GCAG-C---AG-GAAAATGA-CTAA-CAAGT---AGA-A--T-A-A--ACATG--AAA-A-----TT-T-T-C-C--C--A-T--T-T--A-------TT-C-----A-C-G-T-GT-T-AG-TCCA
gi|100058 : CTGGA-T-ACAA-TG-CC--GCATTT---GGGATGACG-G-TTA-CGC-GCAA----CA-T--TGTGTGGC--AGT--T-AC--GCAG-C---TG-GAAAAAGA-CCAA-CAAGT---AGA-G--T-A-A--ACATG--AAA-A-----TG-T-G-C-A--C--A-T--G-T--A-------TT-T-----A-C-G-T-GT-T-AG-TCCAA
gi|100059 : CTGGG-T-ACAA-CG-CT--ACATTT---GGGGTGACG-G-ATA-TGC-GCAA----CA-A--TGCGTGGC--GGT--T-CC--GCAG-C---AG-GAAAAAGA-CCAG-CAAGT---ATA-G--C-A-A--ACATG--AAA-A-----TT-T-T-C-A--C--A-C--A-T--A-------TT-C-ACG-A-C-
gi|100060 : CTGGA-T-ACAA-CG-CT--ACATTT---CGGGTGGCG-G-TTA-TGC-GCAA----CA-T--TGCGTGGC--GGT--T-CT--GCAA-C---AG-GAAAAATA-CCAA-CAAGT---CAA-G--T-A-A--ACATG--AAC-A-----TT-T-T-C-G--T--T-C--G-T--A-------TT-C-----A-C-G-T-TT-T-AG-
gi|100061 : CCGGT-T-AGAG-CG-GT--ACATTT---GGGGTGGCG-G-TCA-TGC-GCGA----CA-T--GGAGTGAC--GGT--C-CC--GAGG-C---GA-GGAAAAGA-
gi|100062 : CCGGT-T-AGAA-CG-GC--ACATTG---GGGCTGGCG-G-TCA-TGC-CCGA----CA-T--GGGGTGGC--ATT--C-CC--GAAG-C---
gi|100063 : CTGGA-T-ACAA-CG-CT--ACATTT---GTGGTGGCG-G-TTA-TGC-GCAA----CA-C--TGCGTGGC--GGT--T-CC--CAAG-C----A-GGAAAATA-CCAA-CAAGT---AGA-G--T-A-A--ACATG--AAA-A-----TG-T-T-C-A--C--A-T--G-T--A-------CT-T-ACG-A-C------T-T-AA-TCTAA
gi|100064 : CTGGA-T-ACAA-CG-CT--AAATTT---GGGATGGCA-G-TTA-CAC-AAAA----CA-T--TGCGTGTC--GGC--T-CC--ACAG-C---AG-GAAAAAGA-CCAA-TAAGT---AGA-G--T-A-A--ACATG--AAA-A-----TT-T-T-C-A--C--A-T--G-C--A-------TT-C-----A-C-G-T-AT-T-AG-TCCA
gi|100065 : CTGGA-T-ACAA-CG-CT--ACATTT---GGGATGGCG-G-TTA-CAC-GCAA----CA-T--TGCGTGGC--GGT--T-CC--GCAG------------------GAA-CAAGT---AGT-G--T-A-A--ACATG--AAA-A-----TT-T-T-C-A--A--A-T--G-C--A-------TT-C-----A-C-G-T-GT-T-AG-TCCA
gi|100066 : CGGC-T-AGAA-CG-G---ACATAA---AGGGTGGCG-G-ACA-TGC-GC-A----CA-T--GGGGTGGC--GGA--T-T---GAAG-C---GA-TAAAAAGAACAAA-CAAGT---GGA-G--T---A--AT-TT--AA--A-----TT-T-T-T----T--A-T--A-T--A-------TCTT-G-G-A-C-G-C-GT-T-AG-TTCAA
gi|100067 : CGGC-T-AGAA-CG-G---ACATAA---AGGGTGGCG-G-ACA-TGC-GC-A----CA-T--GGGGTGGC--GGA--T-TT--GAAG-C---GA-TATAAAAA-TGAA-CAAACATAGGA-G--T-A-ATTA--TT--AAG-AT----TT-T-T-T-A--T--T-T--A-T--A-------CT-T-G-G-AGC-GTC-GT-T-AG-TTCAA
gi|100068 : GGC-T-AGAA-CG-GC--CCATAA---GGGGTGGCG-G--CA-TGC-GCCAGCATTA-T--GGGGTTGCCGGGA--T-TT--GAAG-C---GATAAAAAAGA-CAAA-CAAGT---GGA-GT-T-A-A--AC-TT--AGA-A-----TT-TAT-T-A--T--A-T--A-T--ACCAGTAGTC-T-ATG-A-C-G-C-GT-T-CG-TTCAA
gi|100069 : GGC-T-AAAA-CGCAC--ACATTAA--GGGGTGGCT-G-ACA-TGC-GCCA----CA-T--GGGG--GC--GGA--TGTT--GAAG-C---GA-TAAAAGGC-ATTA-CAAGT---GGATG--T-A-A--AC-TT--AAG-A------T-T-T-T-A--T--A-T--ATT--A-------TC-TCA-G-A-C-G-C-GT-T-CGTTTCAA
gi|100070 : GC-TGAGAA-CG-GCCAACATAT---GGGTTGGCG-A-ACA-TGC-ACCA----CA-CC-GGGGTGGC--GGAATT-TG--GAAG-C---GA-TAAAAAGA-CAAAACAAGTT--GGA-G--T-A-A--AC-TT--AAA-A-----TT-T-T-T-T--T--A-T--A-TA-A-------TC-T-A-G-A-C-G-C-GTAT-AG-TTC
gi|100071 : ATTT---GGGATGGCA-G-TTA-CGC-GCAA----CA-T--TGCGTGGC--GGT--T-CC--GCAA-C---AG-GAAAAAGA-CCAA-CAAAA---AGA-G--T-A-A--ACATG--AAA-A-----TA-T-T-T-A--C--A-T--T-T--AC------TC-T-------C-G-T-AT-T-AG-
gi|100072 : ctggatacaacgctta-T-ACAA-CG-CT--ACATTT---GGGGTGGCG-G-TTA-TGC-GCAA----CA-T--TGCGTGGC--GGT--T-CC--GCGG-CTCTG--GAAAAA-C-CCAA-CAAGT---AGA-G--T-A-A--ACATG--AAA-A-----TG-T-T-C-A--C--A-T--G-T--T-------TT-C-----A-C-G-A-GT-T-AG-TCCA
gi|100073 : AA-CG-CT--ACATTT---GGGGTGGCG-G-TTA-TGC-GCAA----CA-T--TTCGTGGC--GGT--T-CC--GCAG-C---AA-GAAAAAGA-CCAA-CAAGT---AGA-G--T-A-A--AC-CTG-AAA-G-----TT-T-T-C-A--T--A-T--G-T--A-------T--T-A---A-C-G-T-GT-T-AG-TCCA
gi|100074 : AA-CA-CT--ACATTT---GGGGTGGCG-G-TTA-TGC-ACAA----CA-T--TGCGTGGC--AGT--T-CC--GCAG-C---AG-GAAAAATA-CTAA-CAAGT---AGA-G--T-
gi|100075 : -GT--ACATTT---GGGGTGGCG-G-TCA-TGC-GCAA----CA-T--TGCGAGGT--GGT--T-CT--GCAA-C---AA-GGAAAAGA-CCAA-CAAGT---AGA-G--T-A-A--ATATG--AAA-A-----TT-T-T-C-A--C--A-C--A-T--A-------TA-T-T-C-A-C-A-T-GT-T-AG-TTCttgcatgaacattttttca
gi|100076 : ---GGGGTGGTG-G-TCA-TGC--CAA----CA-T--TGTGTGGC--AGT--T-T----AAG-CA--GC-GGAAAATC-CAAA-GAAGA---AGA-G--T-A-A--AC-ATGAAAC-A-----TT-T-T-T-C--TC-A-T--G-T--T-------TC-------A-C-G-T-GT-TAAG-TCCA
gi|100077 : ---GGGGCGGCG-G-TCA-TGC-GCAA----CA-T--TGTGTGGC--GGT--T-CC--AAAG-C---AA-GAAAACGA-CCAA-CAAGT---
gi|100078 : GGA-T-ATAA-TG-CT--ACATTT---GGGGTGGCG-G-T
gi|100078 : -GCTA----CA-TTTGGGGTGGC--GGT--T-CC--GCTG-C---AG-GAAAAATA-CCAG-CAAGT---AGA-G--T-A-A--ACATG--AAA-A-----TT-T-T-C-A--T--A-T--G-T--A-------TT-C-----A-C-G-T-GT-T-AG-TCCAtccgctgcaggaaaaataccagcaagtagagtaaacatgaaaattttcatatgtattcacgtgttagtcca
gi|100079 : ggatataat--GGGGTGGC--GGT--C-CC--AAAG-C---GA-GGAAAAGA-TCAA-CTAGG---TGA-G--T-A-A--AC-TT--GAA-A-----TTCT-T-T-GCCT--A-T--G-TTAA-------TC---G-G-A-C-G-T-GT-T-AG-TGCA
gi|100080 : cgccaatttcg-GCCA----CA-T--GGGGTGGC--GGA--T-TT--GAAG-C---GA-TAAAAAGA-CAAA-CAAGT---GGA-G--T-A-A--AC-TT--ATA-T-----TT-T-T-T-C--T--A-T--A-T--A-------TC-T-AGG-A-C-T-C-GT-T-AG-TTCAA
gi|100081 : A----CA-TAAGGGGTG-C--GAT--T-----GAAG-C---GA-GAAAAAGA-CAAAACAAGT---GGA-G--T-A-G--AC--T--AAG-A-----TT-T-T-T----T--A-T--A-T--A-------TC-T-A-G-A-C---C-CT-T-AG-TTCAA
gi|100082 : cGGGTGGC--AGA--T-TT--GAAG-----AA-TAAAAAGA-C-----AAGT---TGA-G--TTA-A--AC-TT--ATG-A-----TT-T-T-G-T--T--A-T----T--A-------TC-T-A-G-
gi|100083 : AAAAAGA-CAAA-CAAGT---GGA-G--T-A-G--AC-GT--ACC-A-----TT-T-T-T----T--A-TTCG-T--A-------TC-T-A-GAA-C-G-C-GT-T-AG-TTTAA
gi|100084 : AA-CAAGTT--GGA-G--T-A-A--AC-TT--A-G-A-----TT-T-T-T-A-----A-T--A-T--A-------TC-T-A-G-T-C-G-C-GT-T-AG-TTCAA