lowQualScore : 1 1 22 888 44444444 555555555 11 11 11 66666666 11 111 1 111 666666 1 1 66 11 1
lowQualScore : . . .. ... ........ ......... .. .. .. ........ .. ... . ... ...... . . .. .. .
lowQualScore : 2 0 44 000 55555555 777777777 33 33 33 22222222 33 777 0 777 999999 0 0 11 33 0
consensus : AACCAT-ATATGA-TAG--GTT--GGG--------G---------TC--AGG--CA--T--------A--GCC---C-CT---GGGG---CCCTTTT-AT-TA--TG--TTCTCT-TAAAAT
Reference ( gi|118118 ) : AACCAT-ATATGA-TAG--GTT--AGG--------G---------TC--AGG--CA--T--------A--GCC---C-CT---GGGA---TCCTTTT-AT-TA--TG--TTCTCT-TAAAAT
gi|118120 : AACCAT-ATATGA-TAG--GTT--GGG--------T---------TC--AGT--CA--T--------A--ACC---C-C----GGGA---CCCTTTT-AT-TA--TG--TTCTCT-TAAAAT
gi|118119 : AACCAT-ATATGA-TAG--GTT--GGG--------G---------TC--AGG--CA--T--------T--GCC---T-CT---GGGG---GCTTTTT-AT-TA--TG--TTCTCT-AAAAAT
gi|118121 : AACCAA-ATATGA-CAG--GTT--GGG--------G---------TC--AGG--TA--T--------A--GCC---C-CT---GAGG---CTCTTTT-AT-TA--CA--TTCTCT-TAAAAT
gi|118126 : AATCAT-ATATGA-TAG--GTT--GGA--------G---------TC--ATG--CA--TTATAACTAA--GCC---C-CT---GGGA---TCCTTTT-AT-AA--CG--TTCTCT-TAAAAT
gi|118124 : AACCAT-GTATGC-TAG--ATT--GGA--------G---------TC--AGG--CA--T--------A--GCC---C-CT---GGTG---TCCTTCT-TT-TA--TG--TTCTCT-TAAA
gi|118130 : AACCAA-ATATGA-TAG--GTT--AGGA-------G---------TC--ATG--CA--T--------A--G-C---C-CT---GGGG---TCATTTT-AT-CA--TG--TTCTCT-TGAAAT
gi|118123 : AACCAT-ATATGA-TAG--GTT--GGGCCAATGGGG---------AC--AGG--CA--T--------A--GCC---C-TT---GGGG---CCCTTTT-AT-TA--TA--TTCTCT-CAACAT
gi|118129 : AACCAT-TTATGA-TAG--ATT--GGG--------G---------TC--AGG--TA--T--------A--ACC---C-CT---GGGG---TCT------T-TA--TG--TTCTCT-TAAAAT
gi|118131 : AACCAC-ATATGA-TAG--GTT--GGG--------A---------TC--ATG--CA--T--------A--G-C---T-CT---GGGG---TTCTTTT-A--TG--TG--TTCTCT-TAAA
gi|118135 : AACCAC-ATATGA-TAG--GTT--AGC--------G---------TT--ATG--CA--T--------A--G-T---C-CT---GGGG---TTCTTTA-AT-CG--TG--TTCTCT-TAAAAT
gi|118136 : AACCAT-ATATGA-TCG--CTT--GAA--------A---------TC--ATG--CA--T--------A--ACC---C-TT---GGGA---TACTTTT-AT-CA--TG--TTTTCT-TAAAAT
gi|118133 : AACCAT-GTATGA-TAG--ATT--GGA--------G---------TC--GGG--CA--TACATGC--A--GCC---C-CT---GAGG---TCTTT----T-TA--TG--TTCTCT-TAAAAT
gi|118127 : AACCAT-AAATGA-TGC--GTT--GAG--------G---------TC--AGG--CA--T--------A--ATT---C-CT---GGGG---CCCTTTT-AT-TG--TG--TTTTCT-AAAAAT
gi|118122 : AAACAT-GTATGA-TAC--ATT--GGG--------G---------TC--AGG--CA--T--------A--GCC---C-CT---GGGG---CTCTTTT-AT-TAT-TG--TTTTGT-TACAAT
gi|118138 : AACCAC-ATATGA-TCG--GTT--AGG--------G---------TC--ATG--TA--T--------A---TC---C-CT---GGG----TTCTTTT-AT-CG--TG---TCTCT-TAAAAT
gi|118125 : AAACAT-CTATGA-TAC--ATT---GG--------G---------TC--AGG--CA--T--------A--GCC---C-CT---GGGG---CTCTTTT-AT-TAT-TG--TCTTCT-TACAAT
gi|118128 : AAACAT-GTATAA-TAG--ATT--TGG--------A---------CC--AGG--CA--T--------A--ACA---C-CT---GGGG---CTCTTTT-AT-TC--CG--TTCTCT-TAGAAT
gi|118143 : AACTAC-ACATAG-TAG--GTT--GGG--------G---------TC--AGG--CA--T--------A--GCT---C-CG---GGGGCTTTTTTTTT-AT-TA--TG--TTCTGA-TAAA
gi|118134 : AAACAT-GTATAA-TAC--ATTGAAGG--------G---------TC--AGG--CA--T--------A--GCC---C-CT---GGGC---T-CTTTT-AT-TAT-TG--TCTTGT-TACAAT
gi|118132 : AAACAT-GTATGG-TAC--ATT--GGG--------G---------TT--AGG--CA--T--------A--GCC---C-CT---GGGG---CTCTTTT-AT-CA--T
gi|118144 : AACAAC-ATGTGA-TAG--GTT--GGG--------G---------TCTTGGT--TA--T-------------C---C-CT---GGGG---CTCTTTT-AT-TG--TG--TTATCT-TAAA
gi|118140 : AACCAT-ATATGA-TAGC-GAT--TGG--------T---------TC--A-G--CA--T--------A--AAC---C-CT---TGGG---CCCTTTT--T-CA--TG--TTCTTTATAAA
gi|118137 : AAACAT-GTATGA-TAC--ATT--GAG--------G---------TC--AGG--TA--T--------A--TTC---C-CT---GAGG---CTCTTTT-A---A--TA--TTGTCT-T
gi|118139 : AAACAT-GTATGA-TAG--ACT--GGG--------GACCCAGGGGTC--AGG--CA--T--------A--ACC---C-CA---AGGG---CTCTTAT-AT-TATTTG--TCCTGT-TATAAT
gi|118147 : CAT-ATATGA-TAG--GAT--GGA--------A---------TC--ATG--CA--T--------A--GCC---C-CT---GGGG---TCATTTT-GT-TA--TG--TTCTCT-TAAA
gi|118141 : CAT-GT-TGA-TAGTTATT--GGG--------G---------TC--AGG--CA--T--------A--GTC---CTCT---GGCG---CTCTTTT-AT-TA--TG--TTCTC--TAAAAT
gi|118149 : aaCAT-GTGTGA-TTG--GTT---GG--------G---------TC--AGG--CA--C--------A--GTC------T---GGGG----CTTTTT-AT-TAA-TG--TTCTCT-TAAAAT
gi|118142 : CATGATATGAATAG--AT----GG--------G---------TC--AGG--CA--T--------A--G-C---C-CT---GGGG---CTCTTTT-ATATA--TC--TTCTTC-TAAAAT
gi|118146 : aaCAT-GTACAT-TAC--ATT--GGG--------G---------TC--AGA--CA--T--------A--GTC---T-CT---AGCG---TTCTTTT-AT-TAT-TG--TCTTGT-TACAAT
gi|118150 : aAT-ATATGA-TAG--GTT--GGG--------G---------TC--AGG--CA--T--------A--GCC---C-CT---GGGG---CCCTATC-AT-TA--TG--TTCTCT-TAAAAT
gi|118145 : AT-ATATGA-TAG--GTT--GGG--------GG--------TC--AGG--TA--T--------A--CCC---C-CT---GGGA---CTCTTTT-CT-TA--TG--TTCTCT-TAGAAT
gi|118151 : atT-GTATTG-CAG--ATT--GGG--------C---------TC--AGG--CA--T--------A--GCC---C-TT---GGAG---CGCTTTT-AT-TA--TC--TTCACC-TAAAAT
gi|118153 : TATGA-TAG--ATT--GGG--------G---------TC--AGG--CA--T--------A--GCC---C-CT---GGGG---TCTT-----T-CA--TG--TTCTCT-CAAAAT
gi|118152 : TANGA-TAG--ATT--GGG--------G---------TC--AGG--TA--T--------A--ACC---C-CT---GGGG---TCT------T-TA--TG--TTCTCT-TAAAAT
gi|118154 : TATGA-CAG--GTT--GGG--------G---------TC--AAG--CACAT--------A--GCC---C-CT---GGAA---CCCTTTT-A--AA--TA--TTTTCT-TAAA
gi|118155 : ATGA-CAG--GTT--GGG--------A---------TC--AGG--CA--T--------A--GCC---C-CT---GGGG---CCGTTTT-GT-TA--TG--TTCTAT-TGAAAT
gi|118156 : ATCA-TAG--GTT--GGG--------G---------TC--AGA--CA--T--------A--GCC---T-CT---GGGA---CCCTTTT-AT-GA--TGACCTCTTT-TAAAA
gi|118157 : ATGA-TAA--GTT--GGG--------GA--------TC--ATG--CA--T--------A--ACC---T-TT---G------TCCTTTTTAT-TA--TG--TTCTCT-TAAAAT
gi|118158 : ACGA-TAC--GTT--GGG--------G---------TC--AGG--CG--T--------A--TCCGGGC-CCAAGGGGA---T-----T-AT-TA--TG--TTCTCT-TAAAAT
gi|118159 : G--GGT--AAA--------G---------TG--AGGGCCA--T--------A--GCC---C-CT---GTGG---TC-TTTT-AT-TA--TG--TTCTCT-TAAAA
gi|118160 : tt--------G---------TC--AGG--CA--T--------A--GCC---C-CT---GGGG---CTCTTTT-GT-TA--TG--TTCTCT-TAAA
gi|118161 : ---------TC--ATG--CA--T--------ATAGCC---C-TT---GCGA---GCCTTTT-AT-TA--TG--TTCTCT-TAAA
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|118148 ): CATATACTACGGTTGGGATCAAGACATAGACCCGGGGCCCTTTTGTTATGTCTAATTAAA
Alignments
lowQualScore : 1 1 22 1 11 777777777777777777 11 33 55555555 11 0 111 22222 0 55 11 0
lowQualScore : . . .. . .. .................. .. .. ........ .. . ... ..... . .. .. .
lowQualScore : 2 0 33 0 33 111111111111111111 22 44 99999999 22 9 666 33333 9 88 33 9
consensus : AACCAT-ATATGA-TAG--GTT-G--GG--------G---------TC--AGG--CAT--------A--GCCC-CTGGGGC---CC-----TTTTAT-TA--TG--TTCTCT-TAAAAT
Reference ( family-478 ) : AACCAT-ATATGA-TAG--GTT-G--GG--------G---------TC--AGG--CAT--------A--GCCC-CTGGGGC---CC-----TTTTAT-TA--TG--TTCTCT-TAAAAT
gi|118118 : AACCAT-ATATGA-TAG--GTT-A--GG--------G---------TC--AGG--CAT--------A--GCCC-CTGGGAT---CC-----TTTTAT-TA--TG--TTCTCT-TAAAAT
gi|118119 : AACCAT-ATATGA-TAG--GTT-G--GG--------G---------TC--AGG--CAT--------T--GCCT-CTGGGGG---CT-----TTTTAT-TA--TG--TTCTCT-AAAAAT
gi|118120 : AACCAT-ATATGA-TAG--GTT-G--GG--------T---------TC--AGT--CAT--------A--ACCC-C-GGGAC---CC-----TTTTAT-TA--TG--TTCTCT-TAAAAT
gi|118121 : AACCAA-ATATGA-CAG--GTT-G--GG--------G---------TC--AGG--TAT--------A--GCCC-CTGAGGC---TC-----TTTTAT-TA--CA--TTCTCT-TAAAAT
gi|118122 : AAACAT-GTATGA-TAC--ATT-G--GG--------G---------TC--AGG--CAT--------A--GCCC-CTGGGGC---TC-----TTTTAT-TAT-TG--TTTTGT-TACAAT
gi|118123 : AACCAT-ATATGA-TAG--GTT-G--GGCCAATGGGG---------AC--AGG--CAT--------A--GCCC-TTGGGGC---CC-----TTTTAT-TA--TA--TTCTCT-CAACAT
gi|118124 : AACCAT-GTATGC-TAG--ATT-G--GA--------G---------TC--AGG--CAT--------A--GCCC-CTGGTGT---CC-----TTCTTT-TA--TG--TTCTCT-TAAA
gi|118125 : AAACAT-CTATGA-TAC--ATT-G--GG------------------TC--AGG--CAT--------A--GCCC-CTGGGGC---TC-----TTTTAT-TAT-TG--TCTTCT-TACAAT
gi|118126 : AATCAT-ATATGA-TAG--GTT-G--GA--------G---------TC--ATG--CATTATAACTAA--GCCC-CTGGGAT---CC-----TTTTAT-AA--CG--TTCTCT-TAAAAT
gi|118127 : AACCAT-AAATGA-TGC--GTT-G--AG--------G---------TC--AGG--CAT--------A--ATTC-CTGGGGC---CC-----TTTTAT-TG--TG--TTTTCT-AAAAAT
gi|118128 : AAACAT-GTATAA-TAG--ATT-T--GG--------A---------CC--AGG--CAT--------A--ACAC-CTGGGGC---TC-----TTTTAT-TC--CG--TTCTCT-TAGAAT
gi|118129 : AACCAT-TTATGA-TAG--ATT-G--GG--------G---------TC--AGG--TAT--------A--ACCC-CTGGGGT---CT----------T-TA--TG--TTCTCT-TAAAAT
gi|118130 : AACCAA-ATATGA-TAG--GTTAG--GA--------G---------TC--ATG--CAT--------A--G-CC-CTGGGGT---CA-----TTTTAT-CA--TG--TTCTCT-TGAAAT
gi|118131 : AACCAC-ATATGA-TAG--GTT-G--GG--------A---------TC--ATG--CAT--------A--G-CT-CTGGGGT---TC-----TTTTA--TG--TG--TTCTCT-TAAA
gi|118132 : AAACAT-GTATGG-TAC--ATT-G--GG--------G---------TT--AGG--CAT--------A--GCCC-CTGGGGC---TC-----TTTTAT-CA--T
gi|118133 : AACCAT-GTATGA-TAG--ATT-G--GA--------G---------TC--GGG--CATACATGC--A--GCCC-CTGAGGT---CT-----TT---T-TA--TG--TTCTCT-TAAAAT
gi|118134 : AAACAT-GTATAA-TAC--ATT-GAAGG--------G---------TC--AGG--CAT--------A--GCCC-CT-GGGC---TC-----TTTTAT-TAT-TG--TCTTGT-TACAAT
gi|118135 : AACCAC-ATATGA-TAG--GTT-A--GC--------G---------TT--ATG--CAT--------A--G-TC-CTGGGGT---TC-----TTTAAT-CG--TG--TTCTCT-TAAAAT
gi|118136 : AACCAT-ATATGA-TCG--CTT-G--AA--------A---------TC--ATG--CAT--------A--ACCC-TTGGGAT---AC-----TTTTAT-CA--TG--TTTTCT-TAAAAT
gi|118137 : AAACAT-GTATGA-TAC--ATT-G--AG--------G---------TC--AGG--TAT--------A--TTCC-CTGAGGC---TC-----TTTTA---A--TA--TTGTCT-T
gi|118138 : AACCAC-ATATGA-TCG--GTT-A--GG--------G---------TC--ATG--TAT--------A---TCC-CT-GGGT---TC-----TTTTAT-CG--TG---TCTCT-TAAAAT
gi|118139 : AAACAT-GTATGA-TAG--ACT-G--GG--------GACCCAGGGGTC--AGG--CAT--------A--ACCC-CAAGGGC---TC-----TTATAT-TATTTG--TCCTGT-TATAAT
gi|118140 : AACCAT-ATATGA-TAGC-GAT-T--GG--------T---------TC--A-G--CAT--------A--AACC-CTTGGGC---CC-----TTTT-T-CA--TG--TTCTTTATAAA
gi|118141 : CAT-GT-TGA-TAGTTATT-G--GG--------G---------TC--AGG--CAT--------A--GTCCTCTGGCGC---TC-----TTTTAT-TA--TG--TTCTC--TAAAAT
gi|118142 : aaCATGATATGAATAG--AT-----GG--------G---------TC--AGG--CAT--------A--G-CC-CTGGGGC---TC-----TTTTATATA--TC--TTCTTC-TAAAAT
gi|118143 : aaAACTAC-ACATAG-TAG--GTT-G--GG--------G---------TC--AGG--CAT--------A--GCTC-CGGGGGCTTTTT-----TTTTAT-TA--TG--TTCTGA-TAAA
gi|118144 : AACAAC-ATGTGA-TAG--GTT-G--GG--------G---------TCTTGGT--TAT-------------CC-CTGGGGC---TC-----TTTTAT-TG--TG--TTATCT-TAAA
gi|118145 : AT-ATATGA-TAG--GTT-G--GG--------GG--------TC--AGG--TAT--------A--CCCC-CTGGGAC---TC-----TTTTCT-TA--TG--TTCTCT-TAGAAT
gi|118146 : atCAT-GTACAT-TAC--ATT-G--GG--------G---------TC--AGA--CAT--------A--GTCT-CTAGCGT---TC-----TTTTAT-TAT-TG--TCTTGT-TACAAT
gi|118147 : aCAT-ATATGA-TAG--GAT-G--GA--------A---------TC--ATG--CAT--------A--GCCC-CTGGGGT---CA-----TTTTGT-TA--TG--TTCTCT-TAAA
gi|118148 : CAT-ATACTA-C-G--GTT-G--GG--------A---------TC--AAGA-CAT--------A--GACC-C-GGGGC---CC-----TTTTGT-TA--TG--TCTAAT-TAAA
gi|118149 : CAT-GTGTGA-TTG--GTT-G--GG------------------TC--AGG--CAC--------A--GTC---TGGGGC---T------TTTTAT-TAA-TG--TTCTCT-TAAAAT
gi|118150 : AT-ATATGA-TAG--GTT-G--GG--------G---------TC--AGG--CAT--------A--GCCC-CTGGGGC---CC-----TATCAT-TA--TG--TTCTCT-TAAAAT
gi|118151 : T-GTATTG-CAG--ATT-G--GG--------C---------TC--AGG--CAT--------A--GCCC-TTGGAGC---GC-----TTTTAT-TA--TC--TTCACC-TAAAAT
gi|118152 : TANGA-TAG--ATT-G--GG--------G---------TC--AGG--TAT--------A--ACCC-CTGGGGT---CT----------T-TA--TG--TTCTCT-TAAAAT
gi|118153 : TATGA-TAG--ATT-G--GG--------G---------TC--AGG--CAT--------A--GCCC-CTGGGGT---CT-----T----T-CA--TG--TTCTCT-CAAAAT
gi|118154 : TATGA-CAG--GTT-G--GG--------G---------TC--AAGCACAT--------A--GCCC-CTGGAAC---CC-----TTTTA--AA--TA--TTTTCT-TAAA
gi|118155 : ATGA-CAG--GTT-G--GG--------A---------TC--AGG--CAT--------A--GCCC-CTGGGGC---CG-----TTTTGT-TA--TG--TTCTAT-TGAAAT
gi|118156 : ATCA-TAG--GTT-G--GG--------G---------TC--AGA--CAT--------A--GCCT-CTGGGAC---CC-----TTTTAT-GA--TGACCTCTTT-TAAAA
gi|118157 : ATGA-TAA--GTT-G--GG--------GA--------TC--ATG--CAT--------A--ACCT-TTGT--C---CT-----TTTTAT-TA--TG--TTCTCT-TAAAAT
gi|118158 : ACGA-TAC--GTT-G--GG--------G---------TC--AGG--CGT--------A--TCC-----GGGC---CCAAGGGGATTAT-TA--TG--TTCTCT-TAAAAT
gi|118159 : TT-G--GGTAAA----G---------TG--AGGGCCAT--------A--GCCC-CTGTGGT---C------TTTTAT-TA--TG--TTCTCT-TAAAA
gi|118160 : --------G---------TC--AGG--CAT--------A--GCCC-CTGGGGC---TC-----TTTTGT-TA--TG--TTCTCT-TAAA
gi|118161 : ---------TC--ATG--CAT--------ATAGCCC-TTGCGAG---CC-----TTTTAT-TA--TG--TTCTCT-TAAA
Alignments
lowQualScore : 1 1 22 1 11 777777777777777777 11 33 55555555 11 0 111 22222 0 55 11 0
lowQualScore : . . .. . .. .................. .. .. ........ .. . ... ..... . .. .. .
lowQualScore : 2 0 33 0 33 111111111111111111 22 44 99999999 22 9 666 33333 9 88 33 9
consensus : AACCAT-ATATGA-TAG--GTT-G--GG--------G---------TC--AGG--CAT--------A--GCCC-CTGGGGC---CC-----TTTTAT-TA--TG--TTCTCT-TAAAAT
Reference ( family-478 ) : AACCAT-ATATGA-TAG--GTT-G--GG--------G---------TC--AGG--CAT--------A--GCCC-CTGGGGC---CC-----TTTTAT-TA--TG--TTCTCT-TAAAAT
gi|118118 : AACCAT-ATATGA-TAG--GTT-A--GG--------G---------TC--AGG--CAT--------A--GCCC-CTGGGAT---CC-----TTTTAT-TA--TG--TTCTCT-TAAAAT
gi|118119 : AACCAT-ATATGA-TAG--GTT-G--GG--------G---------TC--AGG--CAT--------T--GCCT-CTGGGGG---CT-----TTTTAT-TA--TG--TTCTCT-AAAAAT
gi|118120 : AACCAT-ATATGA-TAG--GTT-G--GG--------T---------TC--AGT--CAT--------A--ACCC-C-GGGAC---CC-----TTTTAT-TA--TG--TTCTCT-TAAAAT
gi|118121 : AACCAA-ATATGA-CAG--GTT-G--GG--------G---------TC--AGG--TAT--------A--GCCC-CTGAGGC---TC-----TTTTAT-TA--CA--TTCTCT-TAAAAT
gi|118122 : AAACAT-GTATGA-TAC--ATT-G--GG--------G---------TC--AGG--CAT--------A--GCCC-CTGGGGC---TC-----TTTTAT-TAT-TG--TTTTGT-TACAAT
gi|118123 : AACCAT-ATATGA-TAG--GTT-G--GGCCAATGGGG---------AC--AGG--CAT--------A--GCCC-TTGGGGC---CC-----TTTTAT-TA--TA--TTCTCT-CAACAT
gi|118124 : AACCAT-GTATGC-TAG--ATT-G--GA--------G---------TC--AGG--CAT--------A--GCCC-CTGGTGT---CC-----TTCTTT-TA--TG--TTCTCT-TAAA
gi|118125 : AAACAT-CTATGA-TAC--ATT-G--GG------------------TC--AGG--CAT--------A--GCCC-CTGGGGC---TC-----TTTTAT-TAT-TG--TCTTCT-TACAAT
gi|118126 : AATCAT-ATATGA-TAG--GTT-G--GA--------G---------TC--ATG--CATTATAACTAA--GCCC-CTGGGAT---CC-----TTTTAT-AA--CG--TTCTCT-TAAAAT
gi|118127 : AACCAT-AAATGA-TGC--GTT-G--AG--------G---------TC--AGG--CAT--------A--ATTC-CTGGGGC---CC-----TTTTAT-TG--TG--TTTTCT-AAAAAT
gi|118128 : AAACAT-GTATAA-TAG--ATT-T--GG--------A---------CC--AGG--CAT--------A--ACAC-CTGGGGC---TC-----TTTTAT-TC--CG--TTCTCT-TAGAAT
gi|118129 : AACCAT-TTATGA-TAG--ATT-G--GG--------G---------TC--AGG--TAT--------A--ACCC-CTGGGGT---CT----------T-TA--TG--TTCTCT-TAAAAT
gi|118130 : AACCAA-ATATGA-TAG--GTTAG--GA--------G---------TC--ATG--CAT--------A--G-CC-CTGGGGT---CA-----TTTTAT-CA--TG--TTCTCT-TGAAAT
gi|118131 : AACCAC-ATATGA-TAG--GTT-G--GG--------A---------TC--ATG--CAT--------A--G-CT-CTGGGGT---TC-----TTTTA--TG--TG--TTCTCT-TAAA
gi|118132 : AAACAT-GTATGG-TAC--ATT-G--GG--------G---------TT--AGG--CAT--------A--GCCC-CTGGGGC---TC-----TTTTAT-CA--T
gi|118133 : AACCAT-GTATGA-TAG--ATT-G--GA--------G---------TC--GGG--CATACATGC--A--GCCC-CTGAGGT---CT-----TT---T-TA--TG--TTCTCT-TAAAAT
gi|118134 : AAACAT-GTATAA-TAC--ATT-GAAGG--------G---------TC--AGG--CAT--------A--GCCC-CT-GGGC---TC-----TTTTAT-TAT-TG--TCTTGT-TACAAT
gi|118135 : AACCAC-ATATGA-TAG--GTT-A--GC--------G---------TT--ATG--CAT--------A--G-TC-CTGGGGT---TC-----TTTAAT-CG--TG--TTCTCT-TAAAAT
gi|118136 : AACCAT-ATATGA-TCG--CTT-G--AA--------A---------TC--ATG--CAT--------A--ACCC-TTGGGAT---AC-----TTTTAT-CA--TG--TTTTCT-TAAAAT
gi|118137 : AAACAT-GTATGA-TAC--ATT-G--AG--------G---------TC--AGG--TAT--------A--TTCC-CTGAGGC---TC-----TTTTA---A--TA--TTGTCT-T
gi|118138 : AACCAC-ATATGA-TCG--GTT-A--GG--------G---------TC--ATG--TAT--------A---TCC-CT-GGGT---TC-----TTTTAT-CG--TG---TCTCT-TAAAAT
gi|118139 : AAACAT-GTATGA-TAG--ACT-G--GG--------GACCCAGGGGTC--AGG--CAT--------A--ACCC-CAAGGGC---TC-----TTATAT-TATTTG--TCCTGT-TATAAT
gi|118140 : AACCAT-ATATGA-TAGC-GAT-T--GG--------T---------TC--A-G--CAT--------A--AACC-CTTGGGC---CC-----TTTT-T-CA--TG--TTCTTTATAAA
gi|118141 : CAT-GT-TGA-TAGTTATT-G--GG--------G---------TC--AGG--CAT--------A--GTCCTCTGGCGC---TC-----TTTTAT-TA--TG--TTCTC--TAAAAT
gi|118142 : aaCATGATATGAATAG--AT-----GG--------G---------TC--AGG--CAT--------A--G-CC-CTGGGGC---TC-----TTTTATATA--TC--TTCTTC-TAAAAT
gi|118143 : aaAACTAC-ACATAG-TAG--GTT-G--GG--------G---------TC--AGG--CAT--------A--GCTC-CGGGGGCTTTTT-----TTTTAT-TA--TG--TTCTGA-TAAA
gi|118144 : AACAAC-ATGTGA-TAG--GTT-G--GG--------G---------TCTTGGT--TAT-------------CC-CTGGGGC---TC-----TTTTAT-TG--TG--TTATCT-TAAA
gi|118145 : AT-ATATGA-TAG--GTT-G--GG--------GG--------TC--AGG--TAT--------A--CCCC-CTGGGAC---TC-----TTTTCT-TA--TG--TTCTCT-TAGAAT
gi|118146 : atCAT-GTACAT-TAC--ATT-G--GG--------G---------TC--AGA--CAT--------A--GTCT-CTAGCGT---TC-----TTTTAT-TAT-TG--TCTTGT-TACAAT
gi|118147 : aCAT-ATATGA-TAG--GAT-G--GA--------A---------TC--ATG--CAT--------A--GCCC-CTGGGGT---CA-----TTTTGT-TA--TG--TTCTCT-TAAA
gi|118148 : CAT-ATACTA-C-G--GTT-G--GG--------A---------TC--AAGA-CAT--------A--GACC-C-GGGGC---CC-----TTTTGT-TA--TG--TCTAAT-TAAA
gi|118149 : CAT-GTGTGA-TTG--GTT-G--GG------------------TC--AGG--CAC--------A--GTC---TGGGGC---T------TTTTAT-TAA-TG--TTCTCT-TAAAAT
gi|118150 : AT-ATATGA-TAG--GTT-G--GG--------G---------TC--AGG--CAT--------A--GCCC-CTGGGGC---CC-----TATCAT-TA--TG--TTCTCT-TAAAAT
gi|118151 : T-GTATTG-CAG--ATT-G--GG--------C---------TC--AGG--CAT--------A--GCCC-TTGGAGC---GC-----TTTTAT-TA--TC--TTCACC-TAAAAT
gi|118152 : TANGA-TAG--ATT-G--GG--------G---------TC--AGG--TAT--------A--ACCC-CTGGGGT---CT----------T-TA--TG--TTCTCT-TAAAAT
gi|118153 : TATGA-TAG--ATT-G--GG--------G---------TC--AGG--CAT--------A--GCCC-CTGGGGT---CT-----T----T-CA--TG--TTCTCT-CAAAAT
gi|118154 : TATGA-CAG--GTT-G--GG--------G---------TC--AAGCACAT--------A--GCCC-CTGGAAC---CC-----TTTTA--AA--TA--TTTTCT-TAAA
gi|118155 : ATGA-CAG--GTT-G--GG--------A---------TC--AGG--CAT--------A--GCCC-CTGGGGC---CG-----TTTTGT-TA--TG--TTCTAT-TGAAAT
gi|118156 : ATCA-TAG--GTT-G--GG--------G---------TC--AGA--CAT--------A--GCCT-CTGGGAC---CC-----TTTTAT-GA--TGACCTCTTT-TAAAA
gi|118157 : ATGA-TAA--GTT-G--GG--------GA--------TC--ATG--CAT--------A--ACCT-TTGT--C---CT-----TTTTAT-TA--TG--TTCTCT-TAAAAT
gi|118158 : ACGA-TAC--GTT-G--GG--------G---------TC--AGG--CGT--------A--TCC-----GGGC---CCAAGGGGATTAT-TA--TG--TTCTCT-TAAAAT
gi|118159 : TT-G--GGTAAA----G---------TG--AGGGCCAT--------A--GCCC-CTGTGGT---C------TTTTAT-TA--TG--TTCTCT-TAAAA
gi|118160 : --------G---------TC--AGG--CAT--------A--GCCC-CTGGGGC---TC-----TTTTGT-TA--TG--TTCTCT-TAAA
gi|118161 : ---------TC--ATG--CAT--------ATAGCCC-TTGCGAG---CC-----TTTTAT-TA--TG--TTCTCT-TAAA
blockSeqs : G TT AA GACCCAGGGG TT CA TATAACTA TA TTT AAGGG TT AC
blockSeqs : . C . CCAATGGGG . GC ACATGC . . . T .
blockSeqs : . . . TAAAG . A . . . . T .
blockSeqs : . . . GG . . . . . . T .
blockSeqs : . . . GA . . . . . . T .
blockSeqs : . . . G . . . . . . A .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : AACCAT-ATATGA-TAG--GTT-G--GG--------G---------TC--AGG--CAT--------A--GCCC-CTGGGGC---CC-----TTTTAT-TA--TG--TTCTCT-TAAAAT
finalCons : AACCAT-ATATGA-TAG--GTT-G--GG--------G---------TC--AGG--CAT--------A--GCCC-CTGGGGC---CC-----TTTTAT-TA--TG--TTCTCT-TAAAAT
Alignments
lowQualScore : 1 1 22 1 11 777777777777777777 11 33 55555555 11 0 111 22222 0 55 11 0
lowQualScore : . . .. . .. .................. .. .. ........ .. . ... ..... . .. .. .
lowQualScore : 2 0 33 0 33 111111111111111111 22 44 99999999 22 9 666 33333 9 88 33 9
consensus : AACCAT-ATATGA-TAG--GTT-G--GG--------G---------TC--AGG--CAT--------A--GCCC-CTGGGGC---CC-----TTTTAT-TA--TG--TTCTCT-TAAAAT
Reference ( family-478 ) : AACCAT-ATATGA-TAG--GTT-G--GG--------G---------TC--AGG--CAT--------A--GCCC-CTGGGGC---CC-----TTTTAT-TA--TG--TTCTCT-TAAAAT
gi|118118 : AACCAT-ATATGA-TAG--GTT-A--GG--------G---------TC--AGG--CAT--------A--GCCC-CTGGGAT---CC-----TTTTAT-TA--TG--TTCTCT-TAAAAT
gi|118119 : AACCAT-ATATGA-TAG--GTT-G--GG--------G---------TC--AGG--CAT--------T--GCCT-CTGGGGG---CT-----TTTTAT-TA--TG--TTCTCT-AAAAAT
gi|118120 : AACCAT-ATATGA-TAG--GTT-G--GG--------T---------TC--AGT--CAT--------A--ACCC-C-GGGAC---CC-----TTTTAT-TA--TG--TTCTCT-TAAAAT
gi|118121 : AACCAA-ATATGA-CAG--GTT-G--GG--------G---------TC--AGG--TAT--------A--GCCC-CTGAGGC---TC-----TTTTAT-TA--CA--TTCTCT-TAAAAT
gi|118122 : AAACAT-GTATGA-TAC--ATT-G--GG--------G---------TC--AGG--CAT--------A--GCCC-CTGGGGC---TC-----TTTTAT-TAT-TG--TTTTGT-TACAAT
gi|118123 : AACCAT-ATATGA-TAG--GTT-G--GGCCAATGGGG---------AC--AGG--CAT--------A--GCCC-TTGGGGC---CC-----TTTTAT-TA--TA--TTCTCT-CAACAT
gi|118124 : AACCAT-GTATGC-TAG--ATT-G--GA--------G---------TC--AGG--CAT--------A--GCCC-CTGGTGT---CC-----TTCTTT-TA--TG--TTCTCT-TAAA
gi|118125 : AAACAT-CTATGA-TAC--ATT-G--GG------------------TC--AGG--CAT--------A--GCCC-CTGGGGC---TC-----TTTTAT-TAT-TG--TCTTCT-TACAAT
gi|118126 : AATCAT-ATATGA-TAG--GTT-G--GA--------G---------TC--ATG--CATTATAACTAA--GCCC-CTGGGAT---CC-----TTTTAT-AA--CG--TTCTCT-TAAAAT
gi|118127 : AACCAT-AAATGA-TGC--GTT-G--AG--------G---------TC--AGG--CAT--------A--ATTC-CTGGGGC---CC-----TTTTAT-TG--TG--TTTTCT-AAAAAT
gi|118128 : AAACAT-GTATAA-TAG--ATT-T--GG--------A---------CC--AGG--CAT--------A--ACAC-CTGGGGC---TC-----TTTTAT-TC--CG--TTCTCT-TAGAAT
gi|118129 : AACCAT-TTATGA-TAG--ATT-G--GG--------G---------TC--AGG--TAT--------A--ACCC-CTGGGGT---CT----------T-TA--TG--TTCTCT-TAAAAT
gi|118130 : AACCAA-ATATGA-TAG--GTTAG--GA--------G---------TC--ATG--CAT--------A--G-CC-CTGGGGT---CA-----TTTTAT-CA--TG--TTCTCT-TGAAAT
gi|118131 : AACCAC-ATATGA-TAG--GTT-G--GG--------A---------TC--ATG--CAT--------A--G-CT-CTGGGGT---TC-----TTTTA--TG--TG--TTCTCT-TAAA
gi|118132 : AAACAT-GTATGG-TAC--ATT-G--GG--------G---------TT--AGG--CAT--------A--GCCC-CTGGGGC---TC-----TTTTAT-CA--T
gi|118133 : AACCAT-GTATGA-TAG--ATT-G--GA--------G---------TC--GGG--CATACATGC--A--GCCC-CTGAGGT---CT-----TT---T-TA--TG--TTCTCT-TAAAAT
gi|118134 : AAACAT-GTATAA-TAC--ATT-GAAGG--------G---------TC--AGG--CAT--------A--GCCC-CT-GGGC---TC-----TTTTAT-TAT-TG--TCTTGT-TACAAT
gi|118135 : AACCAC-ATATGA-TAG--GTT-A--GC--------G---------TT--ATG--CAT--------A--G-TC-CTGGGGT---TC-----TTTAAT-CG--TG--TTCTCT-TAAAAT
gi|118136 : AACCAT-ATATGA-TCG--CTT-G--AA--------A---------TC--ATG--CAT--------A--ACCC-TTGGGAT---AC-----TTTTAT-CA--TG--TTTTCT-TAAAAT
gi|118137 : AAACAT-GTATGA-TAC--ATT-G--AG--------G---------TC--AGG--TAT--------A--TTCC-CTGAGGC---TC-----TTTTA---A--TA--TTGTCT-T
gi|118138 : AACCAC-ATATGA-TCG--GTT-A--GG--------G---------TC--ATG--TAT--------A---TCC-CT-GGGT---TC-----TTTTAT-CG--TG---TCTCT-TAAAAT
gi|118139 : AAACAT-GTATGA-TAG--ACT-G--GG--------GACCCAGGGGTC--AGG--CAT--------A--ACCC-CAAGGGC---TC-----TTATAT-TATTTG--TCCTGT-TATAAT
gi|118140 : AACCAT-ATATGA-TAGC-GAT-T--GG--------T---------TC--A-G--CAT--------A--AACC-CTTGGGC---CC-----TTTT-T-CA--TG--TTCTTTATAAA
gi|118141 : CAT-GT-TGA-TAGTTATT-G--GG--------G---------TC--AGG--CAT--------A--GTCCTCTGGCGC---TC-----TTTTAT-TA--TG--TTCTC--TAAAAT
gi|118142 : aaCATGATATGAATAG--AT-----GG--------G---------TC--AGG--CAT--------A--G-CC-CTGGGGC---TC-----TTTTATATA--TC--TTCTTC-TAAAAT
gi|118143 : aaAACTAC-ACATAG-TAG--GTT-G--GG--------G---------TC--AGG--CAT--------A--GCTC-CGGGGGCTTTTT-----TTTTAT-TA--TG--TTCTGA-TAAA
gi|118144 : AACAAC-ATGTGA-TAG--GTT-G--GG--------G---------TCTTGGT--TAT-------------CC-CTGGGGC---TC-----TTTTAT-TG--TG--TTATCT-TAAA
gi|118145 : AT-ATATGA-TAG--GTT-G--GG--------GG--------TC--AGG--TAT--------A--CCCC-CTGGGAC---TC-----TTTTCT-TA--TG--TTCTCT-TAGAAT
gi|118146 : atCAT-GTACAT-TAC--ATT-G--GG--------G---------TC--AGA--CAT--------A--GTCT-CTAGCGT---TC-----TTTTAT-TAT-TG--TCTTGT-TACAAT
gi|118147 : aCAT-ATATGA-TAG--GAT-G--GA--------A---------TC--ATG--CAT--------A--GCCC-CTGGGGT---CA-----TTTTGT-TA--TG--TTCTCT-TAAA
gi|118148 : CAT-ATACTA-C-G--GTT-G--GG--------A---------TC--AAGA-CAT--------A--GACC-C-GGGGC---CC-----TTTTGT-TA--TG--TCTAAT-TAAA
gi|118149 : CAT-GTGTGA-TTG--GTT-G--GG------------------TC--AGG--CAC--------A--GTC---TGGGGC---T------TTTTAT-TAA-TG--TTCTCT-TAAAAT
gi|118150 : AT-ATATGA-TAG--GTT-G--GG--------G---------TC--AGG--CAT--------A--GCCC-CTGGGGC---CC-----TATCAT-TA--TG--TTCTCT-TAAAAT
gi|118151 : T-GTATTG-CAG--ATT-G--GG--------C---------TC--AGG--CAT--------A--GCCC-TTGGAGC---GC-----TTTTAT-TA--TC--TTCACC-TAAAAT
gi|118152 : TANGA-TAG--ATT-G--GG--------G---------TC--AGG--TAT--------A--ACCC-CTGGGGT---CT----------T-TA--TG--TTCTCT-TAAAAT
gi|118153 : TATGA-TAG--ATT-G--GG--------G---------TC--AGG--CAT--------A--GCCC-CTGGGGT---CT-----T----T-CA--TG--TTCTCT-CAAAAT
gi|118154 : TATGA-CAG--GTT-G--GG--------G---------TC--AAGCACAT--------A--GCCC-CTGGAAC---CC-----TTTTA--AA--TA--TTTTCT-TAAA
gi|118155 : ATGA-CAG--GTT-G--GG--------A---------TC--AGG--CAT--------A--GCCC-CTGGGGC---CG-----TTTTGT-TA--TG--TTCTAT-TGAAAT
gi|118156 : ATCA-TAG--GTT-G--GG--------G---------TC--AGA--CAT--------A--GCCT-CTGGGAC---CC-----TTTTAT-GA--TGACCTCTTT-TAAAA
gi|118157 : ATGA-TAA--GTT-G--GG--------GA--------TC--ATG--CAT--------A--ACCT-TTGT--C---CT-----TTTTAT-TA--TG--TTCTCT-TAAAAT
gi|118158 : ACGA-TAC--GTT-G--GG--------G---------TC--AGG--CGT--------A--TCC-----GGGC---CCAAGGGGATTAT-TA--TG--TTCTCT-TAAAAT
gi|118159 : TT-G--GGTAAA----G---------TG--AGGGCCAT--------A--GCCC-CTGTGGT---C------TTTTAT-TA--TG--TTCTCT-TAAAA
gi|118160 : --------G---------TC--AGG--CAT--------A--GCCC-CTGGGGC---TC-----TTTTGT-TA--TG--TTCTCT-TAAA
gi|118161 : ---------TC--ATG--CAT--------ATAGCCC-TTGCGAG---CC-----TTTTAT-TA--TG--TTCTCT-TAAA