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lowQualScore                  :       55 1 1 2   11  1  33 2 2  55   1 1 1 2 3  1 1111111  222222222222 1 66666 777777777 666666666666666666666666666  22 1 3 1    111  22 88888 1 1  1   11 00000000000000 2     33333 2 111 1 1  5555 111111111111 11 111 1 44  00 1  44 1  1 3333 1    2 2  2  555555555555 222222 2   9999  1 666666 3 1 2222 2 1    111 2  222 11 111   11  1 444444 2    1  1  33333   22222   11 1 11 1  22  33 222 1 1  2  1 1 1   1 1 1   
lowQualScore                  :       .. . . .   ..  .  .. . .  ..   . . . . .  . .......  ............ . ..... ......... ...........................  .. . . .    ...  .. ..... . .  .   .. .............. .     ..... . ... . .  .... ............ .. ... . ..  .. .  .. .  . .... .    . .  .  ............ ...... .   ....  . ...... . . .... . .    ... .  ... .. ...   ..  . ...... .    .  .  .....   .....   .. . .. .  ..  .. ... . .  .  . . .   . . .   
lowQualScore                  :       77 3 3 7   77  2  77 4 4  22   1 1 1 2 3  1 8888888  999999999999 1 11111 444444444 111111111111111111111111111  66 1 2 1    999  66 11111 1 1  1   44 77777777777777 1     88888 1 888 0 0  6666 222222222222 44 777 0 22  00 0  33 0  0 0000 0    0 9  9  888888888888 888888 9   0000  0 000000 8 0 0000 9 9    777 2  666 33 888   33  0 111111 0    0  0  99999   66666   44 0 44 0  44  55 888 0 1  2  1 1 1   1 1 1   
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Reference ( gi|107216 )       :  TTGAT--C-A-A-GTA--AA-CCC-G-T-AG-GCGA-A-A-C-G-AA-A-------TTT---C-------T-T-----T---------G--------A---------------T--GA--A-A-C-TGAA---TT--A---T-C-G-GA-AAG--T-T-TT----A---AT-TTTTTTC---T-G---G-C-AA----T---A-T-C--G-G--A---T-AT-GAT-A-GG--A-CA-C----C-GAAA-T-AG-GT----A-------A------A-TTA--C-CA-G------T-A-T----G-C-TAAA---ATTT---T--T---ACT--GA-C------T-ATTC-GA-CT-----AAA-TT--TTT--T-T--A-GT--CG--A---A-C-GT-CG-A-T-GTT-A-T-CGA
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Reference ( family-477 )      :                                                                                          TTGATA-C-AA-GTA--AA-CCC-G-T-AG-ACGA-A-A-C-G-AA-A-------TTT---C-------T-T------T---------G--------A---------------T--GA--A-A-C-TGAA---TT--A---T-CG-G-A-AA-G--T-GCT----A--AT-TTTT-TTC---T---G---G-C-AA--TNT--C-AG-A-T-A----T--GAC-A-GG--A-CA-C----C-GAAA-T-AG-GT----A-------A------A-TTA--T-CA-G------T-A-T----G-C-TAAA---A-TTT---TT---A--CT--GA-C------T-ATTC-GA-CT-----AAA-TT--TTT--T-T--A-GT--CG--A---A-C-GT-CG-A-T-GTT-A-T-CGA
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gi|107226                     :                                                                                          TTGAT--C-AA-G-A--AA-CCG-G-A-AG-GCGA-A---C-G-AA---------TTT---C-------T-T------T---------G--------A------------------GG--G-A-T-TGAA---TT--A---T-CG---A-AA-T--T-GCT----A------TAT-TTC---T---G---GC-A--A--TT-T--C-A-G-AT-A----T--GAT-A-GGG-A-CA-C----C-GAA--T-AT-GT----A-------A------T-TCA--G--A-G------T-A-T----G-C-TATA---A-ATT---TT---A--CT--GA-C------T-ATTC-GA--T-----AAA-TT--TTT--T-T--A-GT--CG--A---A-C-GT-CG-A-TCGTTAA-T-CGA
gi|107227                     :                                                                                          TTGATA-C-AAAGTA--A--CCC-A-T-AG-ACGA-A-A-C-G-AA-AATTTGC-TTT---CAAGTTGAT-TGAA---T---------G--------AAACAGTTAT------T--GA--A-A-C-TGAA---TT--A---T-CG-G-A-GA-G--T-GCT----A--AT-TTTT-CTC---T---G---GC-A--A--CT-T------G-AC-C----TTAGAC-A-AA--A-CA-C----C-GAAA-T-AG-GT----A-------A------A-TTT--A-CA-G------TAA-T----GAA-TAAA---A-TTT---TT---G--CT--TA-T------T-ATTC-GA-CT-----AAA-TT--TTTTAT-T--A-GA--CG--A---A-A-GT-CG-A-T-GTT-A-T-
gi|107228                     :                                                                                          TTGATA-C-AAAGTA--A--CCC-GAT-AG-ACGA-A-A-C-G-AA-ATTTGCATTTT---CAAGGTTGTAT------T---------G--------ACATAAACATGTTACTT--GA--A-A-T-TGAA---TT--A---T-CG-G-A-GA-G--T-G-T----G--AT-TTTT-CTC---T---G---GC-AACA--CT-T--G-ACC-AT------T--GACAA-GA--A-CA-C----C-GAAA-TCAG-GT----A-------A------A-TTAACT-CAGG------TAA-T----GAT-TAAA---A-TTTTGCTT---A--TTTAGA-C---------TTC-GACCT-----AAATTT--TTT--T-T--A-GTA-CG--A---A-A-GT-CG-A-T-GTT-A-TGCGA
gi|107229                     :                                                                                          TTGATA-C-AA-GTA--A--CCC-G-T-AA-ACGA-A-A-C-G-AATAGC-----TTT---CAA-----T-TGA----T---------G--------A---------------T--GG--A-A-C-
gi|107229                     :                                                                                                                                                                                                                         GAA---TT--AC--T-CG-G-A-GA-G--T-GCT----A--AT-TTTT-T-C---T---G---GC-A--A--TT-T--A-A-C-CT-AAGGTT--GAC-ACAG--A-CA-C----T-GAAA-T-AG-GT----A-------A------AGTTA--T-CA-G------T-AAT----G-A-TAAA---A-TTT---T----G--CT--GA-C------T-ATTC-GA-CT-----AAA-TC--TTT--T-T--A-GT--CG--A---A-C-GTCCG-A-T-GTT-A-T-CGAaggggggggggggggggggggggggggggggagggggaattactcggagagtgctaattttttctggcaatttaacctaaggttgacacagacactgaaataggtaaagttatcagtaatgataaaattttgctgactattcgactaaatctttttagtcgaacgtccgatgttatcga
gi|107230                     : ttgatacaagtaacccgtaaacgaaacgaatagctttcaattgatgatggaacaggggggggggggggggggggggggggggggaggggTTGATA-C-AA-GTA--AA-CCG-G-T-AG-ACGA-A-A-C-GCAA-A-------TTG---C-------T-T------T---------G--------A---------------T--GG--A-ATC-GGAA---TT--AA--G-CG-G-A-AA-A--TTGCTGCAAA--AT-ATTT-TTT---T---G---AC-A--A--TT-T--C-A-GGAT-A-------GA--G-GG--A-CA-C----C-GAAAATGAA-AT----A-------A------AATTG--T-CA-G------T-A-T----G-CCTAAA------TT---TT---A--CT--GA-C------T-ATTC-GA-CT-----AAA-AT--TTT--T-T--ATGT--C---A---A-C-GT-C--A-T-GCC-A-T-CGA
gi|107231                     :                                                                                          TTG-TA-C-AA-GTA--AA-TTCTG-TTAG-ATGA-A-T-C-G-GA-A-------ATTAG-C-------T-T------T---------G--------C-------------------A--A-A-T-TGAA---T---A---T-AG-G-A-ATTG--T-GCA----T--AT-TTTT-TTC---T---G---GC-A--A--TT-TA-C-A-G-AT-A----A--GAC-A-GG--A-CA-C----C-GATA-TTAG-GTC---AGTT----A------A-TTA--TATA-GA-----T-A-T----GGC-TAAA---A-TAT---TT---A--CT--GA-C------T-ATTC-GA-CT-----AAT-TT--TTT--T-T--A-GT--CG--A---A-C-GT-CG-A-T-GTT-A-T-CGA
gi|107232                     :                                                                                          TTGATA-C-A--GTA--AAACCC-G-T-GG--CGA-A-A-C-G-AA-AA------TTT---C-------T-T------T---------G--------AT--------------T--GA--A-AGC-TGAA---TT--A---T-CG-G-A-A-----T-CGT----A--AT-TTTT-TTCT--T---A---GC-A--A--TA-T--C---G-AT------T--GAC-A-GG--A-CA-C----C-GAAA-T-AGCGT----A-------A------A-TTG--C-AA-GTA----T-A-T----G-C-TAAA---A-TTT---CT---A-----------------------AA-AA-----AAA----------T-T--A-GT--CG--A---A-C-GA-CG-A-T-TTT-ATT-CGA
gi|107233                     :                                                                                          TTGATAAC-AA-ATA--A--CAC-G-T-AG-A-------------A-A-------TTG---C-------T-T------T---------G--------T---------------G--GG--A-A-C-TGAA---TT--A---G-CG-G-A-AA-G--T-GCTT---A--AT-TTTT---C---T---G---GC-A--A--TT-T--T-A-G-AT-A----A--GAC-A-GA--A--A-C----C-GACA-T-TG-GT----A-------A------A-TTA--T-CA-G------T-A-T----G-T-TTAT---A-TTT---TT---A--CT--GA-T------C-G--C-GA-AT------AT-TT--TTT--T-T--A-GT--CG--A---A-C-GT-CG-A-T-GTT-A-T-CG
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