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lowQualScore                  :    2           1 22  1 1  0   1      0   11  0 22222222222 11 0 66 0  1  2 8888888 0 2  22 0  111   11   7 1 22222   1   
lowQualScore                  :    .           . ..  . .  .   .      .   ..  . ........... .. . .. .  .  . ....... . .  .. .  ...   ..   . . .....   .   
lowQualScore                  :    1           0 66  0 0  9   9      9   33  9 33333333333 33 9 22 9  2  8 6666666 9 8  22 9  666   33   2 1 99999   3   
consensus                     : ATC-CGTGCATTATA-A--GG-A-CC-CCA-TTGGAA-ATA--AG-C-------T-C-T--T-TG-A-GC-TT-T-------A-T-GG--G-TT---ATC--CTT-G-G-----TAT-ATA
Reference ( gi|61567 )        : ATC-TGTGCATTATA-A--GG-A-CC-CCA-TTGGAA-ATA--AG-C-------T-C-T--T-TG-A-GC-TT-T-------A-T-GG--G-TT---ATC--CTT-G-G-----TAT-ATA
gi|61568                      : ATC-TGTGCATTATA-A--GG-A-CC-CCA-TTGGAA-ATA--AG-C-------C-C-T--T-TG-A-GC-TT-T-------A-T-GG--G-TT---ATC--CTT-G-G-----TAT-ATA
gi|61569                      : ATC-TGTGCATTAAA-A--GG-A-CC-CCA-TTGGAA-ATA--AG-C-------T-C-T--T-TG-A-GC-TT-T-------A-T-GG--G-TT---ATC--CTT-G-G-----TAT-ATA
gi|61570                      : ATC-TGTGCATTATA-A--GG-A-CC-CCA-TTGGAA-ATA--AGCC-------C-C-T--T-TG-A-GC-TT-T-------A-T-GG--G-TT---ATC--CTT-G-G-----TAT-ATA
gi|61571                      : ATC-TGTGCATTAAA-A--GG-A-CC-CCA-TTGGAA-ATA--AG-C-------T-T-T--T-TG-A-GC-TT-G-------A-T-GG--G-TT---ATC--CTT-G-G-----TAT-ATA
gi|61572                      : ATC-TGTGC-TTATA-A--GG-AACCACCA-TTGGAA-ATA--AG-C-------C-C-T--T-TG-A-GC-TT-T-------A-T-GG--G-TT---ATC--CTT-G-G-----TAT-ATA
gi|61573                      : ATC-TGTGCATTATA-A--GG-A-CC-CCATTTGGAA-ATA--AG-C-------C-C-T--T-TG-A-GC-TT-A-------A-T--G--G-TT---ATC--CTT-G-G------AT-ATA
gi|61575                      : ATC-CGTGCATTAAA-AAAGA-A-CC-CCA-TTGGAA-ATG--AG-C-------C-C-T--T-TG-G-GC-TT-A-------A-T-GG--G-TT---ATC--CTT-G-G-----TAC-ACA
gi|61574                      : ATC-TGTGCATTATA-A--GG-A-CC-CCA-TTGGAA-AT-----------------------------C-TG-T-------A-T-GG--G-TT---ATC--CTT-G-G-----TAT-ATA
gi|61578                      : ATC-CGTGCATTGAA-A--GG-A-CC-CCA-ATGGAA-ATC--AG-C-------T-T-TAATACG-A-GC-TT-TC------A-T-GG--A-TT---ATC--CTT-G-G-----TAT-
gi|61576                      : ATC-TGTGCATTATA-A--TG-A-CC-CCA-CTGGAA-A--------------------------------TT-T-------A-T-GG--G-TT---ATC--CTT-G-G-----TAT-ATA
gi|61579                      : ATC-CATGCATTAGA-A--GG-A-CC-TCA-TTGGAA-ATATTAG-C-------T---T--T-TG-A-GC-TT-TCTTGGCCA-T-GG--G-TT---ATC--ATT---G-----TAT-AT
gi|61577                      : ATC-CGTACATTAAA-A--TG-A-CC-CCA-TTGGAA-ATA--AG-----------C-T--T-AGTA-GT-TT-A-------A-T-GG--G-CT---ATC--CTT-G-G-----TAC-GTA
gi|61581                      : ATC-CGTTCATTAAA-A--GG-A-CC-CCA-TTGCAA-ATA--AG-T-------TAC-------G-A-GCTTT-T-------G-T-GG--G-TT---ATC--CAT-G-G-----TAC-
gi|61582                      : ATCATGTGCAGTATA-C--GACG-CT-CCACTTGGAA-ATA--AG-C-------C-C-T--T-TG-A-GCATT-T-------A-T-GGTCG-T-----TC--CTT-G-G-----TAT-
gi|61580                      : ATC--GTG-ATAGTA-A--GG-A-CC-GCA-TTGGAA-ATA--AG-C-------T-G-A--T-TT-A-GCTTT-T-------A-T-GG--G-TT---ATC--TTA-G-G-----T-T-AT
gi|61583                      : ATT-TGTGCAATATA-AACGG-A-CC-CCA-TTGGAA-ATA--AC-G-------T-C----A-CG-A-GC-TC-A-------A-T-GT--A-TT---ATC--CTT---G-----TAT-GT
gi|61584                      :  TC-CGTGCATCAAG-A--GG-A-CC-TCA-TTTGAA-ATA--AG-C-------T-C-------------------------A-TAGG--G-TC---ATC--TTT-G-G-----TAT-GTA
gi|61585                      :  TC-CGTGCATCAAG-A--GG-A-CC-CTA-TTTGAA-ATG--AG-G-------T-C-A--T-T--A-GC-TT-TC------A-T-GA--G-TC---ATC--TTT-G-
gi|61586                      :   C-TGTGCATTATA---------CC-CCA-TTGGAA-ATA--AG-C-------C-C-T--T-TG-A-GC-TT-T-------A-T-GG--G-TT---ATC--CTT-G-G-----TAT-ATA
gi|61587                      :      GTGCATTAAA-A--GG-A-CC-CCA-TTAGAA-ATA--AA---------T-C-T--G-TG-A-GC-TT-A-------A-T-GA--A-TT---ATC--CTT-A-G-----TGT-ATA
gi|61588                      :       TGTATTA---A--GA-A-CC-CCA-TTGGAT-ATA--AG-C-------TGA-T--T-TC-A-GCTTT-T-------A-T-GG--G-TT---ATC--CTTAG-G-----T-T-AT
gi|61589                      :          ATAATA-A--TG-A-CC-CCA-TTGGAA-ATA--AG-C-------TGA-T--T-TC-A-GC-TT-T-------T-TGGG--G-TT---ATC--CTTAG-G-----TA
gi|61590                      :          ATTATG-A--TG-A-CC-CCA-TTAGAA-ATA--AG-C-------TGA-T--T-TC-A-GCTTT-T-------A-T-GG--A-TT---ATT--CT
gi|61592                      :          ATTATA-A--GG-A-TC-CTA-CTAGAA-ATA--AG-C-------TAC-G--T-TA-A-GCTTT-T-------A-C-AG--A-TT---ATC--CTC-A-G-----T
gi|61591                      :          ATAATT-A--GG-A-CC-CCA-TTGGAA-ATA--AG-CATCTTTTT-T-T--T-TG-AGGC-TTGT-------A-T-GGA-G-TTATAATCCACTT-G-G-----TAT-
gi|61593                      :           TTGTA-A--TG-A-CC-TCA-TTGGAA-ATA--AG-C-------TGA-T--T-TC-A-GCTTT-T-------A-T-GG--G-CA---ATC--CT
gi|61594                      :            TATA-A--G--A-CC-CC---TGGAA-ATA---G-C-------T-GAT--T-TC-A-GC-TT-TT------A-T-GG--G-TT---ATC--CTT-ATG-----TAC-AT
gi|61596                      :             ATA-A--AG-G-TC-C-A-TTGGCATATA--AG-C-------T-C-T--T-TG-A-GC-TT-T-------A-T-GG--G-TT---ATC--CT
gi|61595                      :             ATA-A--GG-A-CC-CCA-TTGGAA-ATA--AG-CAT-----T-C-T--C-TC-T-GC-TT-T-------CTT-GG--T-TT---ATC--CTT-G-G-----
gi|61597                      :             ATA-A--GG-A-CC-CAA-TTGAAA-ATA--AG-CAT-----T-C-T--C-TA-T-GC-TT-TC------A-T-GG--G-TC---ATC--CTTCG-G-----TTT-AT
gi|61598                      :             ATACA--GG-A-CC-CCA-CTGGAA-ATA--AG-C-------A-C-C--A--G-T-GC-TT-TC------A-T-GG--G-TT---ATC--CTT-
gi|61599                      :              TA-A--GG-A-CC-CCA-TTGAAA-ATA--AG-C-------TGA-T--T-TC-A-GCTTT-T-------A-T-GG--G-TT---ATC--CTTAG-G-----T-T-AT
gi|61600                      :              TA-A--GG-A-AC-CCA-TTGGAA-ATA--AG-C-------TGA-T--T-TC-A-GCTTT-T-------A-T-GG--G-TT---ATC--CTT-A-GGTTATTAT-ATA
gi|61601                      :              TA-A--GG-A-CC-CCA-TTGGAA-ATA--AG-C-------TGA-T--T-TC-A-GCTTT-T-------A-T-TG--G-TT---ATC--CTTAG-G-----T-T-AT
gi|61602                      :              TA-A--GG-A-CC-CCA-TTGGAA-ATA--AG-C-------TGA-T--T-TT-A-GCTTT-T-------A-T-AG--G-AT---ATC--CTT-
gi|61603                      :              TA-A--GG-A-CC-CCA-TTGGAA-ATA--AG-C-------TGA-T--T-TC-A-GC-TT-T-------T-T-AG--G-TC---ACC--
gi|61604                      :              TA-A--GG-A-CC-CCG-TTGAAA-ATG--AG-C-------TGA-T--T-TC-A-GC-TTCT-------A-T-GG--G-TA---ATT--CTT-A-G-----
gi|61605                      :              TA-A--GG-A-CC-TCA-TCGGAA-ATA--CG-C-------TGA-T--T-TC-A-GC-TT-T-------T-T-GG--GATT---GTC--CTT-G-
gi|61606                      :               A-A--AG-A-CC-CCA-TTGGAA-ATA--AG-C-------T-A-T--A-TA-A-GC-TT-T-------A-GAGG--G-TT---ATC--CTTAG-G-----TAT-
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gi|61608                      :               A-A--GT-A-CC-CCA-CTGGAA-ATA--AG-C-------T-T-T--C-T--A-GC-TTCC-------A-T-GG--G-TT---ATT--C-T-G-G-----TATCATA
gi|61607                      :               A-A--GG-A-CC-CCA-TTGGAA-ATA--AG-CAACAATAT-T-G--T-T----GC-TT-TA------A-T-GG--G-TT---ATC--CTA-G-G-----TA
gi|61610                      :                           -CCA-TTGAAA-ATA--AG-C---------C-T--T-TA-G-GC-TT-T-------A-T-GG--A-TT---ATC--CTT-A-G-----TAT-AT





Alignments
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lowQualScore                  :                    . ..  . .  .   .      .   ..  . ........... .. . .. .  .  . ....... . .  .. .  ...   ..   . . .....   .   
lowQualScore                  :                    9 66  9 9  9   8      9   22  9 44444444444 22 9 88 9  9  7 4444444 9 7  22 9  666   22   0 1 88888   3   
consensus                     :      ATCCGTGCATTATA-A--GG-A-CC-CCA-TTGGAA-ATA--AG-C-------T-C-T--T-TG-A-GC-TT-T-------A-T-GG--G-TT---ATC--CTT-G-G-----TAT-ATA
Reference ( family-476 )      :      ATCCGTGCATTATA-A--GG-A-CC-CCA-TTGGAA-ATA--AG-C-------T-C-T--T-TG-A-GC-TT-T-------A-T-GG--G-TT---ATC--CTT-G-G-----TAT-ATA
gi|61567                      :      ATCTGTGCATTATA-A--GG-A-CC-CCA-TTGGAA-ATA--AG-C-------T-C-T--T-TG-A-GC-TT-T-------A-T-GG--G-TT---ATC--CTT-G-G-----TAT-ATA
gi|61568                      :      ATCTGTGCATTATA-A--GG-A-CC-CCA-TTGGAA-ATA--AG-C-------C-C-T--T-TG-A-GC-TT-T-------A-T-GG--G-TT---ATC--CTT-G-G-----TAT-ATA
gi|61569                      :      ATCTGTGCATTAAA-A--GG-A-CC-CCA-TTGGAA-ATA--AG-C-------T-C-T--T-TG-A-GC-TT-T-------A-T-GG--G-TT---ATC--CTT-G-G-----TAT-ATA
gi|61570                      :      ATCTGTGCATTATA-A--GG-A-CC-CCA-TTGGAA-ATA--AGCC-------C-C-T--T-TG-A-GC-TT-T-------A-T-GG--G-TT---ATC--CTT-G-G-----TAT-ATA
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gi|61575                      :      ATCCGTGCATTAAA-AAAGA-A-CC-CCA-TTGGAA-ATG--AG-C-------C-C-T--T-TG-G-GC-TT-A-------A-T-GG--G-TT---ATC--CTT-G-G-----TAC-ACA
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gi|61579                      :      ATCCATGCATTAGA-A--GG-A-CC-TCA-TTGGAA-ATATTAG-C-------T---T--T-TG-A-GC-TT-TCTTGGCCA-T-GG--G-TT---ATC--ATT---G-----TAT-AT
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gi|61581                      :    atATCCGTTCATTAAA-A--GG-A-CC-CCA-TTGCAA-ATA--AG-T-------TAC-------G-A-GCTTT-T-------G-T-GG--G-TT---ATC--CAT-G-G-----TAC-
gi|61582                      :          GTGCAGTATA-C--GACG-CT-CCACTTGGAA-ATA--AG-C-------C-C-T--T-TG-A-GCATT-T-------A-T-GGTCG-T-----TC--CTT-G-G-----TAT-
gi|61583                      : atcatATTTGTGCAATATA-AACGG-A-CC-CCA-TTGGAA-ATA--AC-G-------T-C----A-CG-A-GC-TC-A-------A-T-GT--A-TT---ATC--CTT---G-----TAT-GT
gi|61584                      :       TCCGTGCATCAAG-A--GG-A-CC-TCA-TTTGAA-ATA--AG-C-------T-C-------------------------A-TAGG--G-TC---ATC--TTT-G-G-----TAT-GTA
gi|61585                      :       TCCGTGCATCAAG-A--GG-A-CC-CTA-TTTGAA-ATG--AG-G-------T-C-A--T-T--A-GC-TT-TC------A-T-GA--G-TC---ATC--TTT-G-
gi|61586                      :        CTGTGCATTATA---------CC-CCA-TTGGAA-ATA--AG-C-------C-C-T--T-TG-A-GC-TT-T-------A-T-GG--G-TT---ATC--CTT-G-G-----TAT-ATA
gi|61587                      :          GTGCATTAAA-A--GG-A-CC-CCA-TTAGAA-ATA--AA---------T-C-T--G-TG-A-GC-TT-A-------A-T-GA--A-TT---ATC--CTT-A-G-----TGT-ATA
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gi|61589                      :              ATAATA-A--TG-A-CC-CCA-TTGGAA-ATA--AG-C-------TGA-T--T-TC-A-GC-TT-T-------T-TGGG--G-TT---ATC--CTTAG-G-----TA
gi|61590                      :              ATTATG-A--TG-A-CC-CCA-TTAGAA-ATA--AG-C-------TGA-T--T-TC-A-GCTTT-T-------A-T-GG--A-TT---ATT--CT
gi|61591                      :              ATAATT-A--GG-A-CC-CCA-TTGGAA-ATA--AG-CATCTTTTT-T-T--T-TG-AGGC-TTGT-------A-T-GGA-G-TTATAATCCACTT-G-G-----TAT-
gi|61592                      :              ATTATA-A--GG-A-TC-CTA-CTAGAA-ATA--AG-C-------TAC-G--T-TA-A-GCTTT-T-------A-C-AG--A-TT---ATC--CTC-A-G-----T
gi|61593                      :               TTGTA-A--TG-A-CC-TCA-TTGGAA-ATA--AG-C-------TGA-T--T-TC-A-GCTTT-T-------A-T-GG--G-CA---ATC--CT
gi|61594                      :                TATA-A--G--A-CC-CC---TGGAA-ATA---G-C-------T-GAT--T-TC-A-GC-TT-TT------A-T-GG--G-TT---ATC--CTT-ATG-----TAC-AT
gi|61595                      :                 ATA-A--GG-A-CC-CCA-TTGGAA-ATA--AG-CAT-----T-C-T--C-TC-T-GC-TT-T-------CTT-GG--T-TT---ATC--CTT-G-G-----
gi|61596                      :                 ATA-A--AG-G-TC-C-A-TTGGCATATA--AG-C-------T-C-T--T-TG-A-GC-TT-T-------A-T-GG--G-TT---ATC--CT
gi|61597                      :                 ATA-A--GG-A-CC-CAA-TTGAAA-ATA--AG-CAT-----T-C-T--C-TA-T-GC-TT-TC------A-T-GG--G-TC---ATC--CTTCG-G-----TTT-AT
gi|61598                      :                 ATACA--GG-A-CC-CCA-CTGGAA-ATA--AG-C-------A-C-C--A--G-T-GC-TT-TC------A-T-GG--G-TT---ATC--CTT-
gi|61599                      :                  TA-A--GG-A-CC-CCA-TTGAAA-ATA--AG-C-------TGA-T--T-TC-A-GCTTT-T-------A-T-GG--G-TT---ATC--CTTAG-G-----T-T-AT
gi|61600                      :                  TA-A--GG-A-AC-CCA-TTGGAA-ATA--AG-C-------TGA-T--T-TC-A-GCTTT-T-------A-T-GG--G-TT---ATC--CTT-A-GGTTATTAT-ATA
gi|61601                      :                  TA-A--GG-A-CC-CCA-TTGGAA-ATA--AG-C-------TGA-T--T-TC-A-GCTTT-T-------A-T-TG--G-TT---ATC--CTTAG-G-----T-T-AT
gi|61602                      :                  TA-A--GG-A-CC-CCA-TTGGAA-ATA--AG-C-------TGA-T--T-TT-A-GCTTT-T-------A-T-AG--G-AT---ATC--CTT-
gi|61603                      :                  TA-A--GG-A-CC-CCA-TTGGAA-ATA--AG-C-------TGA-T--T-TC-A-GC-TT-T-------T-T-AG--G-TC---ACC--
gi|61604                      :                  TA-A--GG-A-CC-CCG-TTGAAA-ATG--AG-C-------TGA-T--T-TC-A-GC-TTCT-------A-T-GG--G-TA---ATT--CTT-A-G-----
gi|61605                      :                  TA-A--GG-A-CC-TCA-TCGGAA-ATA--CG-C-------TGA-T--T-TC-A-GC-TT-T-------T-T-GG--GATT---GTC--CTT-G-
gi|61606                      :                   A-A--AG-A-CC-CCA-TTGGAA-ATA--AG-C-------T-A-T--A-TA-A-GC-TT-T-------A-GAGG--G-TT---ATC--CTTAG-G-----TAT-
gi|61607                      :                   A-A--GG-A-CC-CCA-TTGGAA-ATA--AG-CAACAATAT-T-G--T-T----GC-TT-TA------A-T-GG--G-TT---ATC--CTA-G-G-----TA
gi|61608                      :                   A-A--GT-A-CC-CCA-CTGGAA-ATA--AG-C-------T-T-T--C-T--A-GC-TTCC-------A-T-GG--G-TT---ATT--C-T-G-G-----TATCATA
gi|61609                      :                   A-A--GG-A-CC-CTA-TTAGAA-ATA--AG-T-------TGA-T--T-TA-A-GCTTT-T-------A-T-GG--G-TT---ATC--CTTAG-G-----T-T-AT
gi|61610                      :                               -CCA-TTGAAA-ATA--AG-C---------C-T--T-TA-G-GC-TT-T-------A-T-GG--A-TT---ATC--CTT-A-G-----TAT-AT





Alignments
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lowQualScore                  :                    9 66  9 9  9   8      9   22  9 44444444444 22 9 88 9  9  7 4444444 9 7  22 9  666   22   0 1 88888   3   
consensus                     :      ATCCGTGCATTATA-A--GG-A-CC-CCA-TTGGAA-ATA--AG-C-------T-C-T--T-TG-A-GC-TT-T-------A-T-GG--G-TT---ATC--CTT-G-G-----TAT-ATA
Reference ( family-476 )      :      ATCCGTGCATTATA-A--GG-A-CC-CCA-TTGGAA-ATA--AG-C-------T-C-T--T-TG-A-GC-TT-T-------A-T-GG--G-TT---ATC--CTT-G-G-----TAT-ATA
gi|61567                      :      ATCTGTGCATTATA-A--GG-A-CC-CCA-TTGGAA-ATA--AG-C-------T-C-T--T-TG-A-GC-TT-T-------A-T-GG--G-TT---ATC--CTT-G-G-----TAT-ATA
gi|61568                      :      ATCTGTGCATTATA-A--GG-A-CC-CCA-TTGGAA-ATA--AG-C-------C-C-T--T-TG-A-GC-TT-T-------A-T-GG--G-TT---ATC--CTT-G-G-----TAT-ATA
gi|61569                      :      ATCTGTGCATTAAA-A--GG-A-CC-CCA-TTGGAA-ATA--AG-C-------T-C-T--T-TG-A-GC-TT-T-------A-T-GG--G-TT---ATC--CTT-G-G-----TAT-ATA
gi|61570                      :      ATCTGTGCATTATA-A--GG-A-CC-CCA-TTGGAA-ATA--AGCC-------C-C-T--T-TG-A-GC-TT-T-------A-T-GG--G-TT---ATC--CTT-G-G-----TAT-ATA
gi|61571                      :      ATCTGTGCATTAAA-A--GG-A-CC-CCA-TTGGAA-ATA--AG-C-------T-T-T--T-TG-A-GC-TT-G-------A-T-GG--G-TT---ATC--CTT-G-G-----TAT-ATA
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gi|61573                      :      ATCTGTGCATTATA-A--GG-A-CC-CCATTTGGAA-ATA--AG-C-------C-C-T--T-TG-A-GC-TT-A-------A-T--G--G-TT---ATC--CTT-G-G------AT-ATA
gi|61574                      :      ATCTGTGCATTATA-A--GG-A-CC-CCA-TTGGAA-AT-----------------------------C-TG-T-------A-T-GG--G-TT---ATC--CTT-G-G-----TAT-ATA
gi|61575                      :      ATCCGTGCATTAAA-AAAGA-A-CC-CCA-TTGGAA-ATG--AG-C-------C-C-T--T-TG-G-GC-TT-A-------A-T-GG--G-TT---ATC--CTT-G-G-----TAC-ACA
gi|61576                      :      ATCTGTGCATTATA-A--TG-A-CC-CCA-CTGGAA-A--------------------------------TT-T-------A-T-GG--G-TT---ATC--CTT-G-G-----TAT-ATA
gi|61577                      :      ATCCGTACATTAAA-A--TG-A-CC-CCA-TTGGAA-ATA--AG-----------C-T--T-AGTA-GT-TT-A-------A-T-GG--G-CT---ATC--CTT-G-G-----TAC-GTA
gi|61578                      :      ATCCGTGCATTGAA-A--GG-A-CC-CCA-ATGGAA-ATC--AG-C-------T-T-TAATACG-A-GC-TT-TC------A-T-GG--A-TT---ATC--CTT-G-G-----TAT-
gi|61579                      :      ATCCATGCATTAGA-A--GG-A-CC-TCA-TTGGAA-ATATTAG-C-------T---T--T-TG-A-GC-TT-TCTTGGCCA-T-GG--G-TT---ATC--ATT---G-----TAT-AT
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gi|61581                      :    atATCCGTTCATTAAA-A--GG-A-CC-CCA-TTGCAA-ATA--AG-T-------TAC-------G-A-GCTTT-T-------G-T-GG--G-TT---ATC--CAT-G-G-----TAC-
gi|61582                      :          GTGCAGTATA-C--GACG-CT-CCACTTGGAA-ATA--AG-C-------C-C-T--T-TG-A-GCATT-T-------A-T-GGTCG-T-----TC--CTT-G-G-----TAT-
gi|61583                      : atcatATTTGTGCAATATA-AACGG-A-CC-CCA-TTGGAA-ATA--AC-G-------T-C----A-CG-A-GC-TC-A-------A-T-GT--A-TT---ATC--CTT---G-----TAT-GT
gi|61584                      :       TCCGTGCATCAAG-A--GG-A-CC-TCA-TTTGAA-ATA--AG-C-------T-C-------------------------A-TAGG--G-TC---ATC--TTT-G-G-----TAT-GTA
gi|61585                      :       TCCGTGCATCAAG-A--GG-A-CC-CTA-TTTGAA-ATG--AG-G-------T-C-A--T-T--A-GC-TT-TC------A-T-GA--G-TC---ATC--TTT-G-
gi|61586                      :        CTGTGCATTATA---------CC-CCA-TTGGAA-ATA--AG-C-------C-C-T--T-TG-A-GC-TT-T-------A-T-GG--G-TT---ATC--CTT-G-G-----TAT-ATA
gi|61587                      :          GTGCATTAAA-A--GG-A-CC-CCA-TTAGAA-ATA--AA---------T-C-T--G-TG-A-GC-TT-A-------A-T-GA--A-TT---ATC--CTT-A-G-----TGT-ATA
gi|61588                      :           TGTATTA---A--GA-A-CC-CCA-TTGGAT-ATA--AG-C-------TGA-T--T-TC-A-GCTTT-T-------A-T-GG--G-TT---ATC--CTTAG-G-----T-T-AT
gi|61589                      :              ATAATA-A--TG-A-CC-CCA-TTGGAA-ATA--AG-C-------TGA-T--T-TC-A-GC-TT-T-------T-TGGG--G-TT---ATC--CTTAG-G-----TA
gi|61590                      :              ATTATG-A--TG-A-CC-CCA-TTAGAA-ATA--AG-C-------TGA-T--T-TC-A-GCTTT-T-------A-T-GG--A-TT---ATT--CT
gi|61591                      :              ATAATT-A--GG-A-CC-CCA-TTGGAA-ATA--AG-CATCTTTTT-T-T--T-TG-AGGC-TTGT-------A-T-GGA-G-TTATAATCCACTT-G-G-----TAT-
gi|61592                      :              ATTATA-A--GG-A-TC-CTA-CTAGAA-ATA--AG-C-------TAC-G--T-TA-A-GCTTT-T-------A-C-AG--A-TT---ATC--CTC-A-G-----T
gi|61593                      :               TTGTA-A--TG-A-CC-TCA-TTGGAA-ATA--AG-C-------TGA-T--T-TC-A-GCTTT-T-------A-T-GG--G-CA---ATC--CT
gi|61594                      :                TATA-A--G--A-CC-CC---TGGAA-ATA---G-C-------T-GAT--T-TC-A-GC-TT-TT------A-T-GG--G-TT---ATC--CTT-ATG-----TAC-AT
gi|61595                      :                 ATA-A--GG-A-CC-CCA-TTGGAA-ATA--AG-CAT-----T-C-T--C-TC-T-GC-TT-T-------CTT-GG--T-TT---ATC--CTT-G-G-----
gi|61596                      :                 ATA-A--AG-G-TC-C-A-TTGGCATATA--AG-C-------T-C-T--T-TG-A-GC-TT-T-------A-T-GG--G-TT---ATC--CT
gi|61597                      :                 ATA-A--GG-A-CC-CAA-TTGAAA-ATA--AG-CAT-----T-C-T--C-TA-T-GC-TT-TC------A-T-GG--G-TC---ATC--CTTCG-G-----TTT-AT
gi|61598                      :                 ATACA--GG-A-CC-CCA-CTGGAA-ATA--AG-C-------A-C-C--A--G-T-GC-TT-TC------A-T-GG--G-TT---ATC--CTT-
gi|61599                      :                  TA-A--GG-A-CC-CCA-TTGAAA-ATA--AG-C-------TGA-T--T-TC-A-GCTTT-T-------A-T-GG--G-TT---ATC--CTTAG-G-----T-T-AT
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gi|61607                      :                   A-A--GG-A-CC-CCA-TTGGAA-ATA--AG-CAACAATAT-T-G--T-T----GC-TT-TA------A-T-GG--G-TT---ATC--CTA-G-G-----TA
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gi|61609                      :                   A-A--GG-A-CC-CTA-TTAGAA-ATA--AG-T-------TGA-T--T-TA-A-GCTTT-T-------A-T-GG--G-TT---ATC--CTTAG-G-----T-T-AT
gi|61610                      :                               -CCA-TTGAAA-ATA--AG-C---------C-T--T-TA-G-GC-TT-T-------A-T-GG--A-TT---ATC--CTT-A-G-----TAT-AT


blockSeqs                     :                      AA           T          TT    ATCTTTTTT   AA   GT    T  G CTTGGCC   A  TC    ATA   CA   A T GTTAT   C
blockSeqs                     :                      AC           C          .     AACAATATT   .    G     T  C C         G  A     .     .    A . .       .
blockSeqs                     :                      .            .          .     ATTC        .    G     A  C C         A  .     .     .    C . .       .
blockSeqs                     :                      .            .          .     ATTC        .    G     T  . T         .  .     .     .    A . .       .
blockSeqs                     :                      .            .          .     TAC         .    G     T  . C         .  .     .     .    A . .       .
blockSeqs                     :                      .            .          .     TGA         .    G     T  . C         .  .     .     .    A . .       .
blockSeqs                     :                      .            .          .     TGA         .    G     T  . A         .  .     .     .    A . .       .
blockSeqs                     :                      .            .          .     TGA         .    G     T  . .         .  .     .     .    . . .       .
blockSeqs                     :                      .            .          .     TAC         .    G     T  . .         .  .     .     .    . . .       .
blockSeqs                     :                      .            .          .     TGA         .    G     T  . .         .  .     .     .    . . .       .
blockSeqs                     :                      .            .          .     TGA         .    T     T  . .         .  .     .     .    . . .       .
blockSeqs                     :                      .            .          .     TGA         .    G     T  . .         .  .     .     .    . . .       .
blockSeqs                     :                      .            .          .     TGA         .    G     .  . .         .  .     .     .    . . .       .
blockSeqs                     :                      .            .          .     TGA         .    G     .  . .         .  .     .     .    . . .       .
blockSeqs                     :                      .            .          .     TGA         .    G     .  . .         .  .     .     .    . . .       .
blockSeqs                     :                      .            .          .     TGA         .    G     .  . .         .  .     .     .    . . .       .
blockSeqs                     :                      .            .          .     TGA         .    C     .  . .         .  .     .     .    . . .       .
blockSeqs                     :                      .            .          .     TGA         .    C     .  . .         .  .     .     .    . . .       .
blockSeqs                     :                      .            .          .     TGA         .    C     .  . .         .  .     .     .    . . .       .
blockSeqs                     :                      .            .          .     CC          .    G     .  . .         .  .     .     .    . . .       .
blockSeqs                     :                      .            .          .     TC          .    A     .  . .         .  .     .     .    . . .       .
blockSeqs                     :                      .            .          .     CC          .    C     .  . .         .  .     .     .    . . .       .
blockSeqs                     :                      .            .          .     TT          .    C     .  . .         .  .     .     .    . . .       .
blockSeqs                     :                      .            .          .     CC          .    C     .  . .         .  .     .     .    . . .       .
blockSeqs                     :                      .            .          .     CC          .    G     .  . .         .  .     .     .    . . .       .
blockSeqs                     :                      .            .          .     CC          .    A     .  . .         .  .     .     .    . . .       .
blockSeqs                     :                      .            .          .     TT          .    G     .  . .         .  .     .     .    . . .       .
blockSeqs                     :                      .            .          .     TG          .    C     .  . .         .  .     .     .    . . .       .
blockSeqs                     :                      .            .          .     CC          .    C     .  . .         .  .     .     .    . . .       .
blockSeqs                     :                      .            .          .     TC          .    C     .  . .         .  .     .     .    . . .       .
blockSeqs                     :                      .            .          .     TC          .    T     .  . .         .  .     .     .    . . .        
blockSeqs                     :                      .            .          .     TC          .    C     .  . .         .  .     .     .    . . .        
blockSeqs                     :                      .            .          .     CC          .    C     .  . .         .  .     .     .    . . .        
blockSeqs                     :                      .            .          .     TC          .    C     .  . .         .  .     .     .    . . .        
blockSeqs                     :                      .            .          .     TC          .    A     .  . .         .  .     .     .    . . .        
blockSeqs                     :                      .            .          .     AC          .    A     .  . .         .  .     .     .    . .          
blockSeqs                     :                      .            .          .     TA          .    A     .  . .         .  .     .     .    . .          
blockSeqs                     :                      .            .          .     TT          .    .     .  . .         .  .     .     .    .            
blockSeqs                     :                      .            .          .     C           .    .     .  . .         .  .     .     .    .            
blockSeqs                     :                      .            .          .     T           .    .     .  . .         .  .     .     .                 
blockSeqs                     :                      .            .          .     C           .    .     .  . .         .  .     .     .                 
blockSeqs                     :                      .            .          .     .           .    .     .  . .         .  .     .     .                 
blockSeqs                     :                                   .          .     .           .    .     .  . .         .  .     .     .                 


blockSeqCons                  :      
originalCons                  :      ATCCGTGCATTATA-A--GG-A-CC-CCA-TTGGAA-ATA--AG-C-------T-C-T--T-TG-A-GC-TT-T-------A-T-GG--G-TT---ATC--CTT-G-G-----TAT-ATA
finalCons                     :      ATCCGTGCATTATA-A--GG-A-CC-CCA-TTGGAA-ATA--AG-C-------T-C-T--T-TG-A-GC-TT-T-------A-T-GG--G-TT---ATC--CTT-G-G-----TAT-ATA





Alignments
lowQualScore                  :                                                    22222222222            1                                                  
lowQualScore                  :                    0 22  0 0  0   1      0   11  0 11111111111 11 0 55 0  0  2 8888888 0 2  22 0  111   11   7 1 22222   1   
lowQualScore                  :                    . ..  . .  .   .      .   ..  . ........... .. . .. .  .  . ....... . .  .. .  ...   ..   . . .....   .   
lowQualScore                  :                    9 66  9 9  9   8      9   22  9 44444444444 22 9 88 9  9  7 4444444 9 7  22 9  666   22   0 1 88888   3   
consensus                     :      ATCCGTGCATTATA-A--GG-A-CC-CCA-TTGGAA-ATA--AG-C-------T-C-T--T-TG-A-GC-TT-T-------A-T-GG--G-TT---ATC--CTT-G-G-----TAT-ATA
Reference ( family-476 )      :      ATCCGTGCATTATA-A--GG-A-CC-CCA-TTGGAA-ATA--AG-C-------T-C-T--T-TG-A-GC-TT-T-------A-T-GG--G-TT---ATC--CTT-G-G-----TAT-ATA
gi|61567                      :      ATCTGTGCATTATA-A--GG-A-CC-CCA-TTGGAA-ATA--AG-C-------T-C-T--T-TG-A-GC-TT-T-------A-T-GG--G-TT---ATC--CTT-G-G-----TAT-ATA
gi|61568                      :      ATCTGTGCATTATA-A--GG-A-CC-CCA-TTGGAA-ATA--AG-C-------C-C-T--T-TG-A-GC-TT-T-------A-T-GG--G-TT---ATC--CTT-G-G-----TAT-ATA
gi|61569                      :      ATCTGTGCATTAAA-A--GG-A-CC-CCA-TTGGAA-ATA--AG-C-------T-C-T--T-TG-A-GC-TT-T-------A-T-GG--G-TT---ATC--CTT-G-G-----TAT-ATA
gi|61570                      :      ATCTGTGCATTATA-A--GG-A-CC-CCA-TTGGAA-ATA--AGCC-------C-C-T--T-TG-A-GC-TT-T-------A-T-GG--G-TT---ATC--CTT-G-G-----TAT-ATA
gi|61571                      :      ATCTGTGCATTAAA-A--GG-A-CC-CCA-TTGGAA-ATA--AG-C-------T-T-T--T-TG-A-GC-TT-G-------A-T-GG--G-TT---ATC--CTT-G-G-----TAT-ATA
gi|61572                      :      ATCTGTGC-TTATA-A--GG-AACCACCA-TTGGAA-ATA--AG-C-------C-C-T--T-TG-A-GC-TT-T-------A-T-GG--G-TT---ATC--CTT-G-G-----TAT-ATA
gi|61573                      :      ATCTGTGCATTATA-A--GG-A-CC-CCATTTGGAA-ATA--AG-C-------C-C-T--T-TG-A-GC-TT-A-------A-T--G--G-TT---ATC--CTT-G-G------AT-ATA
gi|61574                      :      ATCTGTGCATTATA-A--GG-A-CC-CCA-TTGGAA-AT-----------------------------C-TG-T-------A-T-GG--G-TT---ATC--CTT-G-G-----TAT-ATA
gi|61575                      :      ATCCGTGCATTAAA-AAAGA-A-CC-CCA-TTGGAA-ATG--AG-C-------C-C-T--T-TG-G-GC-TT-A-------A-T-GG--G-TT---ATC--CTT-G-G-----TAC-ACA
gi|61576                      :      ATCTGTGCATTATA-A--TG-A-CC-CCA-CTGGAA-A--------------------------------TT-T-------A-T-GG--G-TT---ATC--CTT-G-G-----TAT-ATA
gi|61577                      :      ATCCGTACATTAAA-A--TG-A-CC-CCA-TTGGAA-ATA--AG-----------C-T--T-AGTA-GT-TT-A-------A-T-GG--G-CT---ATC--CTT-G-G-----TAC-GTA
gi|61578                      :      ATCCGTGCATTGAA-A--GG-A-CC-CCA-ATGGAA-ATC--AG-C-------T-T-TAATACG-A-GC-TT-TC------A-T-GG--A-TT---ATC--CTT-G-G-----TAT-
gi|61579                      :      ATCCATGCATTAGA-A--GG-A-CC-TCA-TTGGAA-ATATTAG-C-------T---T--T-TG-A-GC-TT-TCTTGGCCA-T-GG--G-TT---ATC--ATT---G-----TAT-AT
gi|61580                      :         CGTG-ATAGTA-A--GG-A-CC-GCA-TTGGAA-ATA--AG-C-------T-G-A--T-TT-A-GCTTT-T-------A-T-GG--G-TT---ATC--TTA-G-G-----T-T-AT
gi|61581                      :    atATCCGTTCATTAAA-A--GG-A-CC-CCA-TTGCAA-ATA--AG-T-------TAC-------G-A-GCTTT-T-------G-T-GG--G-TT---ATC--CAT-G-G-----TAC-
gi|61582                      :          GTGCAGTATA-C--GACG-CT-CCACTTGGAA-ATA--AG-C-------C-C-T--T-TG-A-GCATT-T-------A-T-GGTCG-T-----TC--CTT-G-G-----TAT-
gi|61583                      : atcatATTTGTGCAATATA-AACGG-A-CC-CCA-TTGGAA-ATA--AC-G-------T-C----A-CG-A-GC-TC-A-------A-T-GT--A-TT---ATC--CTT---G-----TAT-GT
gi|61584                      :       TCCGTGCATCAAG-A--GG-A-CC-TCA-TTTGAA-ATA--AG-C-------T-C-------------------------A-TAGG--G-TC---ATC--TTT-G-G-----TAT-GTA
gi|61585                      :       TCCGTGCATCAAG-A--GG-A-CC-CTA-TTTGAA-ATG--AG-G-------T-C-A--T-T--A-GC-TT-TC------A-T-GA--G-TC---ATC--TTT-G-
gi|61586                      :        CTGTGCATTATA---------CC-CCA-TTGGAA-ATA--AG-C-------C-C-T--T-TG-A-GC-TT-T-------A-T-GG--G-TT---ATC--CTT-G-G-----TAT-ATA
gi|61587                      :          GTGCATTAAA-A--GG-A-CC-CCA-TTAGAA-ATA--AA---------T-C-T--G-TG-A-GC-TT-A-------A-T-GA--A-TT---ATC--CTT-A-G-----TGT-ATA
gi|61588                      :           TGTATTA---A--GA-A-CC-CCA-TTGGAT-ATA--AG-C-------TGA-T--T-TC-A-GCTTT-T-------A-T-GG--G-TT---ATC--CTTAG-G-----T-T-AT
gi|61589                      :              ATAATA-A--TG-A-CC-CCA-TTGGAA-ATA--AG-C-------TGA-T--T-TC-A-GC-TT-T-------T-TGGG--G-TT---ATC--CTTAG-G-----TA
gi|61590                      :              ATTATG-A--TG-A-CC-CCA-TTAGAA-ATA--AG-C-------TGA-T--T-TC-A-GCTTT-T-------A-T-GG--A-TT---ATT--CT
gi|61591                      :              ATAATT-A--GG-A-CC-CCA-TTGGAA-ATA--AG-CATCTTTTT-T-T--T-TG-AGGC-TTGT-------A-T-GGA-G-TTATAATCCACTT-G-G-----TAT-
gi|61592                      :              ATTATA-A--GG-A-TC-CTA-CTAGAA-ATA--AG-C-------TAC-G--T-TA-A-GCTTT-T-------A-C-AG--A-TT---ATC--CTC-A-G-----T
gi|61593                      :               TTGTA-A--TG-A-CC-TCA-TTGGAA-ATA--AG-C-------TGA-T--T-TC-A-GCTTT-T-------A-T-GG--G-CA---ATC--CT
gi|61594                      :                TATA-A--G--A-CC-CC---TGGAA-ATA---G-C-------T-GAT--T-TC-A-GC-TT-TT------A-T-GG--G-TT---ATC--CTT-ATG-----TAC-AT
gi|61595                      :                 ATA-A--GG-A-CC-CCA-TTGGAA-ATA--AG-CAT-----T-C-T--C-TC-T-GC-TT-T-------CTT-GG--T-TT---ATC--CTT-G-G-----
gi|61596                      :                 ATA-A--AG-G-TC-C-A-TTGGCATATA--AG-C-------T-C-T--T-TG-A-GC-TT-T-------A-T-GG--G-TT---ATC--CT
gi|61597                      :                 ATA-A--GG-A-CC-CAA-TTGAAA-ATA--AG-CAT-----T-C-T--C-TA-T-GC-TT-TC------A-T-GG--G-TC---ATC--CTTCG-G-----TTT-AT
gi|61598                      :                 ATACA--GG-A-CC-CCA-CTGGAA-ATA--AG-C-------A-C-C--A--G-T-GC-TT-TC------A-T-GG--G-TT---ATC--CTT-
gi|61599                      :                  TA-A--GG-A-CC-CCA-TTGAAA-ATA--AG-C-------TGA-T--T-TC-A-GCTTT-T-------A-T-GG--G-TT---ATC--CTTAG-G-----T-T-AT
gi|61600                      :                  TA-A--GG-A-AC-CCA-TTGGAA-ATA--AG-C-------TGA-T--T-TC-A-GCTTT-T-------A-T-GG--G-TT---ATC--CTT-A-GGTTATTAT-ATA
gi|61601                      :                  TA-A--GG-A-CC-CCA-TTGGAA-ATA--AG-C-------TGA-T--T-TC-A-GCTTT-T-------A-T-TG--G-TT---ATC--CTTAG-G-----T-T-AT
gi|61602                      :                  TA-A--GG-A-CC-CCA-TTGGAA-ATA--AG-C-------TGA-T--T-TT-A-GCTTT-T-------A-T-AG--G-AT---ATC--CTT-
gi|61603                      :                  TA-A--GG-A-CC-CCA-TTGGAA-ATA--AG-C-------TGA-T--T-TC-A-GC-TT-T-------T-T-AG--G-TC---ACC--
gi|61604                      :                  TA-A--GG-A-CC-CCG-TTGAAA-ATG--AG-C-------TGA-T--T-TC-A-GC-TTCT-------A-T-GG--G-TA---ATT--CTT-A-G-----
gi|61605                      :                  TA-A--GG-A-CC-TCA-TCGGAA-ATA--CG-C-------TGA-T--T-TC-A-GC-TT-T-------T-T-GG--GATT---GTC--CTT-G-
gi|61606                      :                   A-A--AG-A-CC-CCA-TTGGAA-ATA--AG-C-------T-A-T--A-TA-A-GC-TT-T-------A-GAGG--G-TT---ATC--CTTAG-G-----TAT-
gi|61607                      :                   A-A--GG-A-CC-CCA-TTGGAA-ATA--AG-CAACAATAT-T-G--T-T----GC-TT-TA------A-T-GG--G-TT---ATC--CTA-G-G-----TA
gi|61608                      :                   A-A--GT-A-CC-CCA-CTGGAA-ATA--AG-C-------T-T-T--C-T--A-GC-TTCC-------A-T-GG--G-TT---ATT--C-T-G-G-----TATCATA
gi|61609                      :                   A-A--GG-A-CC-CTA-TTAGAA-ATA--AG-T-------TGA-T--T-TA-A-GCTTT-T-------A-T-GG--G-TT---ATC--CTTAG-G-----T-T-AT
gi|61610                      :                               -CCA-TTGAAA-ATA--AG-C---------C-T--T-TA-G-GC-TT-T-------A-T-GG--A-TT---ATC--CTT-A-G-----TAT-AT