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Reference ( gi|128393 ) : TTGT-C-A-TGT-A-T--GCCA---------TTTTT--A-GA-CT--TT--G-C--GT--G-TG--TCA-GTTTTAG--CTT--TGCTT-TG-----C---A-----T-GAAG------A-C-TCA----T-G-----GA---T-CA-G----AC----CATC-CTC------C----T-T-C--A---A-T-T--A----GCT-T---T--A---A--CTCGTGGGGATCCG---GGTCA--GA---ATA-----A--A--TACC--C-AGCG---A-CCCGT-AA-T-GGT-C-AGTGACGTCTCCAT-ATAAG-T---GAAATAT
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Reference ( family-471 ) : TTGT-C-A-TGT-A-T--GCCACTTTTT--------A-GA-CT--TT--A-C--GT--G-TG--TCA-GTTTTAG--CTT--TGCTT-TG-----C---A-----T-GAAG------A-C-TCA----T-G-----GA---T-CA-G----AC----CATC-CTC------C----T-T-C--A---A-CT--A----GCT-T---T--A---A--CCCGTGGGG--GTCCGGGTTA--GA---ATAGG--T----CCCCAGC-A---NCCCGT-AA-T-GGT-C-AGTGACGTCTCCAT-ATAAG-T---GAAATAT
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Reference ( family-471 ) : TTGT-C-A-TGT-A-T--GCCACTTTTT--------A-GA-CT--TT--A-C--GT--G-TG--TCA-GTTTTAG--CTT--TGCTT-TG-----C---A-----T-GAAG------A-C-TCA----T-G-----GA---T-CA-G----AC----CATC-CTC------C----T-T-C--A---A-CT--A----GCT-T---T--A---A--CCCGTGGGG--GTCCGGGTTA--GA---ATAGG--T----CCCCAGC-A---NCCCGT-AA-T-GGT-C-AGTGACGTCTCCAT-ATAAG-T---GAAATAT
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blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . G . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . G . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . T . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . T . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . T . . . . . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . G . . . . . . . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . T . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . T . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . A . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . T . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . C . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . G . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . C . . . T . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . T . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . . . . C . . . C . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . C . . . C . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . T . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . T . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . T
blockSeqs : . . . T . . . . . . . A
blockSeqs : . T . . . . . . . T
blockSeqs : . T . . . . . . . T
blockSeqs : . C . . . . . . . T
blockSeqs : . T . . . . . . . T
blockSeqs : . T . . . . . . . T
blockSeqs : . T . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . A
blockSeqCons :
originalCons : TTGT-C-A-TGT-A-T--GCCACTTTTT--------A-GA-CT--TT--A-C--GT--G-TG--TCA-GTTTTAG--CTT--TGCTT-TG-----C---A-----T-GAAG------A-C-TCA----T-G-----GA---T-CA-G----AC----CATC-CTC------C----T-T-C--A---A-CT--A----GCT-T---T--A---A--CCCGTGGGG--GTCCGGGTTA--GA---ATAGG--T----CCCCAGC-A---NCCCGT-AA-T-GGT-C-AGTGACGTCTCCAT-ATAAG-T---GAAATAT
finalCons : TTGT-C-A-TGT-A-T--GCCACTTTTT--------A-GA-CT--TT--A-C--GT--G-TG--TCA-GTTTTAG--CTT--TGCTT-TG-----C---A-----T-GAAG------A-C-TCA----T-G-----GA---T-CA-G----AC----CATC-CTC------C----T-T-C--A---A-CT--A----GCT-T---T--A---A--CCCGTGGGG--GTCCGGGTTA--GA---ATAGG--T----CCCCAGC-A---NCCCGT-AA-T-GGT-C-AGTGACGTCTCCAT-ATAAG-T---GAAATAT
Alignments
lowQualScore : 3 2 2 0 2 5 77 99999999 8 2 33 33 2 33 33 2 66 8 33 33 2 55555 555 77777 4 555555 2 2 4444 2 55555 666 1 1 4444 3333 3 666666 4444 2 1 33 222 77 11 2222 1 333333 333 22 11 11 222 11 4444 0 2222 4 2 2 2 4 2 2 444
lowQualScore : . . . . . . .. ........ . . .. .. . .. .. . .. . .. .. . ..... ... ..... . ...... . . .... . ..... ... . . .... .... . ...... .... . . .. ... .. .. .... . ...... ... .. .. .. ... .. .... . .... . . . . . . . ...
lowQualScore : 1 9 9 6 9 7 99 77777777 0 7 77 77 7 77 77 7 33 0 44 11 0 00000 555 00000 0 888888 0 0 2222 0 00000 000 9 9 0000 9999 2 000000 5555 9 4 33 444 22 88 8888 0 444444 666 33 33 33 666 33 0000 9 6666 4 4 4 4 7 7 7 777
consensus : TTGT-C-A-TGT-A-T--GCCACTTTTT--------A-GA-CT--TT--A-C--GT--G-TG--TCA-GTTTTAG--CTT--TGCTT-TG-----C---A-----T-GAAG------A-C-TCA----T-G-----GA---T-CA-G----AC----CATC-CTC------C----T-T-C--A---A-CT--A----GCT-T---T--A---A--CCCGTGGGG--GTCCGGGTTA--GA---ATAGG--T----CCCCAGC-A---NCCCGT-AA-T-GGT-C-AGTGACGTCTCCAT-ATAAG-T---GAAATAT
Reference ( family-471 ) : TTGT-C-A-TGT-A-T--GCCACTTTTT--------A-GA-CT--TT--A-C--GT--G-TG--TCA-GTTTTAG--CTT--TGCTT-TG-----C---A-----T-GAAG------A-C-TCA----T-G-----GA---T-CA-G----AC----CATC-CTC------C----T-T-C--A---A-CT--A----GCT-T---T--A---A--CCCGTGGGG--GTCCGGGTTA--GA---ATAGG--T----CCCCAGC-A---NCCCGT-AA-T-GGT-C-AGTGACGTCTCCAT-ATAAG-T---GAAATAT
gi|128380 : TTGT-C-A-TGT-A-T--GCCACTTTTT--------A-GA-CT--TT--A-C--GT--G-TG--TCA-GTTTTTG--CTT--TGCTT-TG-----C---A-----T-GAAG------A-C-TCA----T-G-----GA---T-CA-G----AC----CATC-CTC------C----T-T-C--A---A-TT--A----GCT-T---T--A---A--GCCGTGGGG--GTCCGTGTCT--GA---ATAGA--T----ACCCAGC-A---ACCCCT-AA-T-GGT-C-AGTGACGTCTCCAT-ATAAG-T---GAAATAT
gi|128381 : cgcTGT-C-A-TGT-A-T--GCCACTTTTT--------A-GA-CT--TT--A-C--GT--G-TG--TCA-GTTTTAG--CTT--TGCTT-TG-----C---A-----T-GAAG------A-C-TCA----T-G-----GA---T-CA-G----AC----CATC-CTC------C----T-T-C--A---A-CT--A----GCT-C---T--A---A--CCCGTGGAG--GTCCGGGTTA--GA---ATAGC--T----ACCCAGC-G---ACCCGT-AA-T-GGT-C-AGTGACGTC
gi|128382 : cgcgTTGT-C-A-TAT-G-T--GCCACTTTTT--------A-G--CC--TT--A-C--G---G-TG--TCAAGTTTTAG--CTT--TGCTT-TG-----C---A-----T-GAAG------A-C-TCA----T-G-----GA---T-CA-G----AC----CATC-CTC------C----T-T-C--A---A-CT--A----GCTCT---T--A---A--CCCATGGGG--GTCCGGGTCA--GAG--ATA----T----ACCCAGC-A---ACCCGT--A-T-GGT-C-AGTGACGTCTTC-T-AT-AG-T---GAAATAT
gi|128383 : cgcTTGT-C-A-TATTA-T--GCCACTTTTT--------AAGA-CC--TT--A-C--GT--A-TG--TCA-GTTTTAG--CTT--TGCTT-TG-----C---A-----T-GAAG------A---TCA----TGG-----GA---T-CA-G----AC----CATC-CTC------C----T-T-C--A---A-CT--A----GCT-T---T--A---A--CCCTTGGGG--GTCC-GGTCA---A---ATAG--------TACCAGC-A---ACCCG--AA-T-GGT-C-AGTGACGTCTCCAT-ATAAG-T---GAAATAT
gi|128384 : cacTGT-C-A-TGT-A-T--GCCATTTTTT--------AAGA-CT--TT--A-C--GT--G-TG--TCA-GTTT-AG--CTT--TGCTT-TG-----C---A-----G-GAAG------A-C-CCA----T-G-----CA---T-CA-A----AC----CATC-CTC------T----T-T-C--A---A-TT--A----GCT-T------A---A--CCCGTGGGG--GTCCGAGTCA--GA---ATAGA--T----ACCCAGC-G---ATCCGT-AA-T-GGT-C-AGCGACGTCTCCAT-ATAAG-T---GACATAT
gi|128385 : cgcgTTGT-C-A-TGT-A-T--GCCACTTTTT--------A-GA-CT--TT--A-C--AT--G-TG--TCA-GTTTTAG--CTT--TG-TT-TG-----C---A-----C-GAAG------A-C-------------------------------------CATC-CTC------C----T-TTC--A---A-TT--ACGTAGCT-T---T--A---A--CCCATGGGG--GTCCGGTTCA--GA---ATAGA--T----ACCCAGC-A---ACCCAT-AA-T-GGT-C-AGTGACGTCTCCAT-ATAAG-T---AAAATA
gi|128386 : cgcTTGT-C-A-T-T-A-TTTGCCACTTTTT--------AAGA-CC--TT--A-T--GT--G-TG---CA-GTTTTAG--CTT---GCTT-TG-----C---A-----T-GAAG------A-C-TCA----T-G-----GA-----CA-G----AC----CATC-CTC------C----T-T-TCAA---A-CT--A----GCT-T---G--A---AG-CCCGTGGGG--GTCCAGGTCA--G----ATA---------CCCAAGC-A---ACCCGT-AAGT-GGG-C-AGTGACGT-TCCAT-ATAAGTT---GAAATAT
gi|128387 : cgcTTGT-C-A-T-T-A-TTTGCCACTTTT---------A-GA-CC--TT--A-TTTGT--G-TG--CCAAGTTTTAG--CTT---GCTT-TG-----C---A-----TGGAAG------A-C-TCA----T-G-----GA-----CA-G----AC----CATC-CTC------C----T-T-CA-A---A-CT--A----GCT-G---G--A---A--GCCGT--GG--GTCCAGGTCA--G----ATA---------CCCAAGC-A---ACCCGT-AA-T-GGCGC-A-TGACGTC-CCAT-ATAAG-T---GAAATAT
gi|128388 : cgcTTGT-C-A-TGT-A-T--GCCACTTTTT--------A-GA--T--TT--A-C--GT--G-TG--TCA-GTTTTAG--CTTATTGCTT--G-----C---A-----C-GAAG------A-C-------------------------------------CATC--TC------C----T---C--A---A-TA--A----GCT-T---T--A---A--CCCATGGGG--GTCCGGGTCA--GA---ATAGA--T----ACCCAGC-A---ACCCGT-AA-T-GGT-CTAGTGACGTCTCCAT-ATAAG-T---GAAATA
gi|128389 : cacTTGT-CCA-TGT-A-T--GCCACTTTTTTTTTTTTTA-GA-CT--TT--AAC--GT--G-TG--TCG-GTTTTAG--CTT--TGTTTATG-----C---A-----T-CGAG------A-C-TCA----T-G-----GATT-T-CA-G----AC----CAT--CTC------C----T-T-C------A-TT--A----GCT-T---T--AT--A--CCCCTGGGG--GT-CGGGTCA--GA---ATAGA--T----GCTCACC-A---ACCCATAAA-T-GGT-C-AGTG--GTCTTT-------G-T---GAAATA
gi|128390 : cgcTTGTTC-AGTGT-AGT--GCCACTTTTA--------A-GA-CT--TTTAA-C--GTCGG-TG--TCAAGTTTTAGACTTT--TGTTT-TG-----C---A-----TTGAAG------A-C-TCA----G-G-----GA---T-CA-G----AC----CATC-CTTA-----C----T-T-C--A---ATTT--A----GCT-T---T--A---A---CCGTGGAGTCGTTT-GGTCAGCGACCTATAAGCAT----ACCCAGC-A---ACCCGTAAA-TGGGT-CGAGTGACGTCTCCATAATAAG-TTGAGAAA
gi|128391 : cgc-A-TAT-A-T--GCCACTTTTT--------A-GA-CC--TT--A-T--GT--G-TGGGTCA-GTTTTAG--CTT--TGCTT--G-----CT--A-----T-AAAG------AGC-TCA----T-G-----GGATTT-CA-G----AC----CATC-CTC------CC---T-T-C--A---ATCT--A----G-T-T---G--A---A--GCCGTGGGG--GTCCGGGTCA--GA---ATAGA--TTTACCCTCAGCAA---GCCCGT-AA-T--GT-C-AA-GACGTC-CCAT-ATAAG-T---GAAATAT
gi|128392 : gctctggtTGT-C-A-TGT-AAT--ACCACTTTTT--------A-GAACTAATA--A-C--GT--GATGG-TCA-GTTTTAG--CAA--TGCTT-TGAGGGAC---AA----T-AAAG------A-CATCG----T-G-----GA---T-TA-A----AC----CATCACTC------C----TAT-C--A---A--T--A----GCA-T---T--A---C--ATCGTGGGT---TCCGGGTTA--GA---ATAGA--CATAATACCAGC-A---CCC
gi|128393 : gcgTTGT-C-A-TGT-A-T--GCCA-TTTTT--------A-GA-CT--TT--G-C--GT--G-TG--TCA-GTTTTAG--CTT--TGCTT-TG-----C---A-----T-GAAG------A-C-TCA----T-G-----GA---T-CA-G----AC----CATC-CTC------C----T-T-C--A---A-TT--A----GCT-T---T--A---A--CTCGTGGGG--ATCCGGGTCA--GA---ATAAA--T----ACCCAGC-G---ACCCGT-AA-T-GGT-C-AGTGACGTCTCCAT-ATAAG-T---GAAATAT
gi|128394 : CACTTTTT--------A-GA-CT--TT--A-C--GA--G-TG--TCA-GTGTTAG--CTT--TGTTT-TG-----C---A-----T-GAAG------A-C-TCA----T-G-----CA---T-
gi|128395 : TTTTGG--TTT--TGCTT-TG-----T---AATGTCT-GTCA------A-C-ACAAGTTT-G-----GG---T-TACGTTACAT----GATCTCGC------C----T-T-T--ATTTA-CT--A----GCT--------G---A--CCCGTGGGG--GTCCGGGTTA--GA---ATAGG--T----CCTCAGC-A---TCCC
gi|128396 : TC--TGCTT-TC-----CTCAA-----T-GAAGCACAGTG-C-TCA----T-GTGAACGA---TGTG-A----AC----CATC-CTC------TACTTT-T-C--A---T-CC--A----CAT-C---A--A---A--CCCGTGGGG--ATCCGGGTTA--GA---ATAGG--A----CCTCAGC-A---TCCC
gi|128397 : --TGTTT-TG-----C---A-----T-GAAG------A-T-CCA----T-G-----CA---T-CA-G----AC----CATC-CTT------C----T-T-C--A---A-TT--A----GCT-T---T--A---A--CCCGTGGGG--GTCCGGGTCA--GA---ATAGA--T----ACCCAGC-A---ACCCGT-AA-T-GGT-C-AGTGACGTCT
gi|128398 : GCTC-TT-----C---A-----T-GA-G------A-C-TTG----C-A-----GT---T-CA------ACTTCACACC-CTCACGTATT----T-T-C--A---G-----A----ACT-TAAAT--G---A--CCCGTGGGG--GTCCAGGTTA--GA---ATAGA--T----TCCCAGT-A---TCCC
gi|128399 : TT-TC-----C---A-----T-G-------------TCA----T-G------A---T-TA-G----A------ACC-TTC------C----C-T-A--T---A--T--A-----TT-T---C--ATACA--CCCGTGGGG--GTCCGGGTTA--GA---ATAGG--T----CCCCAGC-A---TCCC
gi|128400 : ---T-CT-G----AC----TAT---TC------A----TAT-C--A---A-TG--A----ATT-T---G--A---A--CCCGTGGGG--GTCCGGGTTA--GA---ATAGG--T----CCCCAGC-A---TCCC
gi|128401 : A-G----TC----CATT-CTT------T----T-T-C--A---A-----A------T-T---T--C---A--CCCGTGGGG--ATCCGGGTTA--GA---ATAGG--T----CCTCAGC-A---CCCC
gi|128402 : ----CATC--TC------T----A-T-C--A---A-CTTCC----GTT-T---T--AC--A--CCCGTGGGG--GTCCAGGTTA--GA---ATAGG--T----CCCCAGC-A---TCCC
gi|128403 : ATC-CTC------C----T-C-T--G---A-AT--C----ACT------------A--CCCGTGGGG--GTCCGGGTTA--GA---ATAGG--T----CCCCAGC-A---TCCC
gi|128404 : ATC-CT------------T-T-T--G---G-CA--A----GCC--------A---A--CCCGTGGGG--GTCCGGGTTA--GA---ATAGG--T----CCCCAGC-A---TCCC
gi|128405 : C-CTT------C----T-T----A---A-CT--A----CCT-T---TCCA---A--CCCGTGAGG--ATCCGGGTTA--GA---ATAGG--T----CCTCAGC-A---TCCC
gi|128406 : ------C----T-T-C--A---T-CT--A----G----------A---A--CCCGTGGGG--GTCCGGGTTA--GA---ATAGG--T----CCTCAGC-A---
gi|128407 : ----T-T-C--A---A-----A----GTT-T---CG-A---A--CCCGTGGGG--GTCCGGGTTA--GA---ATAGA--T----CCCCAGC-A---TCCC
gi|128408 : ----T-T-C--A-----CT--C----GCT-T---C--A---AGACCCGTGGGG--GTCCGGGTTA--GA---ATAGG--C----TCCCAGC-A---TCCC
gi|128409 : -C--A---A-CT--A-----TT-T---C--G---A--CCCGTGGGG--GTCCGGGTTA--GA---ATAGG--T----CCCCAGC-A---TCCC
gi|128410 : --A----GCT-T---T--A---A--CCCGTGGGG--GTTCGGGTCA--GA---ATTGA--T----ACCCAGC-A---ACCCGT-AA-T-GGT-C-AATGAAGTCTCCAT-ATAAG-T---GAAATA
gi|128411 : T-T---T--A---A--CCCGTGGGG--ATCCGGGTTA--GA---ATAGG--T----CCTCAGC-A---TCCC
gi|128412 : T-T---T--A---G--CCCGTGGGG--ATCCGGGTTA--GA---ATAGG--T----ATCCAGC-A---TCCC
gi|128413 : T-T---T--G---A--CCCGTGGGG--GCCCGGGTTA--GA---ATAGG--T----CCCCAGC-A---TCCC
gi|128414 : T-T---T--A------CCCGTGGGG--GTCCGGGTTA--GA---ATAGG--T----CCCCAGC-A---TCCC
gi|128415 : -T---T--G---A--CCCGTGGAG--GTCCGGGTTA--GA---AAAGG--T----CCCCAGC-A---TCCC
gi|128416 : -T---T--A---A--CCCGTAGGG--GTCCGGGTTA--GA---AAAGG--T----CCTCAGC-A---TCCC
gi|128417 : -T---T--G---A--CCCGTGGGG--GTCTGGGTCA--GA---ATAGG--T----CCCCAGC-A---TCCC
gi|128418 : -T---C--A---A--CCCGTGGGG--GTCCGGGTTA--GA---ATAGG--T----CCCCAGC-A---TCCC
gi|128419 : -T---T--A---A--CCCGTGGGG--GTCCGGGTTA--GA---ATAGG--T----CCCCAGT-A---TCCC
gi|128420 : -T---T--A---A--CCCGTGGGG--GTCCGGGTTA--GA---ATAGG--T----CCTCAGC-A---TCCC
gi|128421 : ---T--A---A--CCCGTGGGG--GTCCGGGTTA--GA---ATAGG--T----CCCCAGC-A---TCCC
gi|128422 : ---A--CCCGTGGGG--GTCCGGGTTA--GA---ATAGG--T----CCCCAGC-A---TCCCGT-
gi|128423 : TGGGG--GTCCGGGTTA--GA---ATAGG--T----CCCCATC-ATTCACCGGC-AA-T-G------GTGACGACTCCAT-ATGAG-T---GAAATAT
gi|128424 : C-A---ACCGGT-A-----GT-T-GGTGACGTCTCCAT-ATGAG-T---GAAATAT