lowQualScore : 111111111 111
lowQualScore : 1 0 33333 0 111111111 0 11 222 22 0 1111 2222 0 11 222222 0 0 111 888
lowQualScore : . . ..... . ......... . .. ... .. . .... .... . .. ...... . . ... ...
lowQualScore : 8 9 44444 9 222222222 9 22 666 99 9 8888 7777 9 22 555555 9 9 666 333
consensus : AAAAT-CATTCAGAT-C-----AAAA-TTT------A--AAA-TA--GG-AGG--T-G----CAC----AA-T--G------GC-A-T---CATGT-A-ACAAAGA
Reference ( gi|81786 ) : AAAAT-CATTCAGAT-C-----AAAA-TTT------G--AAA-TA--GG-GAG--T-G----CAC----AA-T--G------GC-A-T---CATGT-G-ACAAAGA
gi|81787 : AAAAT-CATTCAGAT-C-----AAAA-TTT------G--AAA-TA--GG-GAG--T-G----CAC----AA-T--G------GC-A-T---CATGT-G-A-AAAGA
gi|81789 : AAAAT-CATTCAGAT-C-----AAAA-TCT------A--AAA-TA--AA-AGA--T-G----CAC----AA-T--G------GC-A-T---CATGT-G-ACAAAGAa
gi|81784 : AAAAT-TATTCAGAT-C-----AAAA-TTT------A--AAA-TA--GA-AGG--T-G----CAC----AA-T--G------GC-A-T---CATGT-A-ACTAAGAa
gi|81788 : AAAAT-CATTCAGAT-C-----AAGA-TTT------A--AAA-TT--GT-AGG--T-G----CAC----AA-T--G------GC-A-T---CATGT-A-ACAAAGAa
gi|81797 : AAAAT-CGTTCAGAT-C-----AAAA-TTG------A--AAA-TA--GA-CGG--T-G----TAC----AA-T--G------GC-A-T---CATGT-A-ACAAAGAa
gi|81790 : AAAAT-CATTCAGAT-C-----AAAA-TTT------A--AAA-CA--GG-AGT--T-G----CAG----AA-T--G------GC-A-T---CATGT-A-ACAAAAAa
gi|81791 : AAAAT-CCTTCAGAT-C-----AAAA-TTC------A--AAA-TA--GG-AGG--T-G----CAC----AA-T--G------GC-A-T---CATAT-A-ACAa
gi|81785 : AAAAT-CATTCAGAT-C-----AAAA-TTT------A--GAA-TA--GG-AGG--T-G----CAC----AG-T--A------AA-A-T---CATGT-A-ACAAAGA
gi|81798 : AAAAC-CAATCATAT-C-----AAAA-TTT------A--AAA-TA--GG-AGG--T-G----CAC----AA-T--G------GC-A-T---CATGC-A-ACAAAa
gi|81792 : AAAAT-CACTCGGAT-C-----AAAA-TTT------A--AAG-TA--GG-AGG--T-G----CAA----AA-T--G------GC-A-T---TATGT-A-ACAAAAA
gi|81801 : AAAAT-CATTCAGAT-A-----AAAA-TTT------C--AAA-TA--GG-AGGTAT-A----CAC----AA-T--G------AC-A-T---CATGT-A-ACAAA
gi|81800 : AAAAT-CTTTCAGAT-C-----AAAA-TTT------A--AGT-TA--GG-AGG--T-G----AAC----AA-T--G------GC-A-T---CATTC-A-ACAAAGAtaa
gi|81803 : AAAAT-CATTCAGAT-C-----AAAA-TCT------A--AAA-TA--GG-AGG--T-G----TAA----AG-T--GGTACATGT-A-T---CATGT-A-ACAAAGAa
gi|81794 : AAAAT-CATTTAGAT-C-----AAAG-TTT------A--AGA-CA--TG-ATG--T-A----CAC----AA-T--G------AC-A-T---CATGT-T-ACAAAGAa
gi|81793 : AAAGT-CAATCAGAT-C-----AAAA-TTG------A--AAA-TA--GG-AGA--T-G----CAT----AA-T--G------AC-A-T---CATGT-A-AAAAAGAa
gi|81804 : AAAAT-AATTCAGAT-T-----AAAA-TCT------A--AAA-TA--GG-AGG--T-G----AAA----AA-T--G------GT-A-T---CGTGT-A-ACAAAAAa
gi|81799 : AAACT-CCTTCAGAT-C-----AAAA-TTT---------AAA-TA--GG-AGG--T-GTTTATAC----AA-T--G------GC-A-T---AATAT-A-ACAAAGAa
gi|81795 : AAAGT-CAATCAAAT-T-----AAAA-TTC------A--AAA-TC--GA-TGG--T-G----CAC----AA-C--G------AC-A-T---CATGT-A-ACAAAGAa
gi|81810 : AAAATTCATTGAGAT-C-----CAAA-TCT------G--AAA-TA--GG-AGG--T-G----CAA----AT-T--G------AT-A-T---CATGT-A-ATAAAGAa
gi|81807 : AAAAT-CATTCAAAT-C------AAA-TTT------A--AGA-TA--GG-AGG--T-G----CA-----AA-T--A------TC-A-T---CATGTCA-ACAGAGAa
gi|81802 : AAAAC-CATTCAGAT-C-----AAAA-TTT------A--AAA-CA--GA-AGG--T-G----CATA---AA-T--C------AC-A-T---CA-GT-ACACAAAGA
gi|81796 : AAAAT-TCTTCAGAT-C-----AAAA-TT----------GAT-TA--GG-AGG--T-G----CTA----AA-T--T------GC-A-T---CATGT-A-ACAAAGa
gi|81805 : AAAATTCATTCAGAT-C-----AAAA-TCT------A--AAA-TA--GGAGAG--T-G----TA-----AG-T--G------GC-G-TGTACATGT-
gi|81812 : AACAT-CATTCAGAT-C-----CACA-GCT------G--AGA-TA--GT-AGG--T-G----CAC----AA-T--G------GA-A-T---CATGT-atca
gi|81806 : AAAAT-CATTCATAT-TTTAAAAAAA-TTT------A--GAA-TA--AG-T----T-G----CAC----AA-T--G------GC-A-C---CATTT-T-ACAAAGA
gi|81809 : AAAAT-TAATCAGAT-A-----AAAA-TTT------A--GAA-TA--GG-AGG--T-G----CAC----AA-T--G------Ga
gi|81811 : AAAAC-CATTCGGAT-T-----AAAA-TATAGAAAAG--AAAGTA--AG-AGG--T-G----AAC----AC-T--G------GC-A-T---CATGT-A-ACAAA
gi|81808 : AAAAT-CATTCATAT-CAG---AAAA-TCTCC----A--AAA-TA--AG-AGGC-T-G----CAC----AA-TGGG------GC-A-T---CGTGT---ATAAAGAtaa
gi|81814 : AAAC-CATTCAAAT-C-----AAAA-TTT------G--AAA-TA--GG-AGG--T-G----CAC----AA-T--G------GG-A-T---CATGT-A-ACAAAGAa
gi|81813 : AAAT-CATTTAGAT-C-----AAAA-TTT------A--AAA-TA--GG-AGG--T-G----CAC----AA-T--G------GC-A-T---AATGT-A-ACAAAGA
gi|81816 : AAAT-CATTGAGAT-C-----AAAA-TTT------A--AAA-TA--GG-TGG--T-G----CAC----AA-T--G------GC-A-T---AATGT-A-GCAAAGAa
gi|81817 : AAAT-CTTTCAGAG-C-----AAAA-TTT------A--AAA-TA--GG-AGA--T-G----CAC----AA-A--G------GC-A-T---CATGT-A-ACAAAGAa
gi|81815 : AAAC-CATTCA-AT-C-----AAA--TTT------G--AAA-TA--GG-AGG--T-G----CAC----AA-T--G------GG-A-T---C-TGT-A-ACAAAGAa
gi|81818 : AAAT-CATTCAGAT-C-----AAAA-TTT------AATAAA-CA--AG-AGG--T-G----CAC----TA-T--G-----------T---TATGT-A-ACAAA
gi|81819 : AAT-CATTCAGAT-C-----AAAA-TCT------A--AAA-TA--GG-AGG--T-G----CAC----AA-T--G------GC-A-T---AATGT-A-ACAAAGA
gi|81820 : AAT-CATTCAGAT-C-----AAAA-TTT------A--AAA-TA--GG-AAG--T-G----CTT----AA-T--G------AC-A-G---CATGT-A-ACAAAGAa
gi|81821 : AAT-CATTCAGAT-C-----AAAA-TTT------A--AAA-TA--GG-AGGT-T-G----CAA----AAGT--G------GC-A-T---CATGT-A-AGAA
gi|81822 : AAT-TATTCAGAT-C-----AAAA-TTG------T--AAA-AA--GG-AGG--T-G----CAG----AA-T--G------GC-A-T---CATGT-A-TTAAAAA
gi|81823 : AT-CATTCAGAT-C-----AAAA-CTT------A--AAA-TA--GA-AGG--TGG----CAC----AA-T--G------GCAA-T---CATGT-A-ACAAAGA
gi|81824 : AT-CATTCAGAT-C-----TAAA-TTT------A--AAA-TATAGG-AGG--T-G----CAC----AA-T--G------GC-G-T---CATGT-A-a
gi|81826 : AT-CATTCAGAT-C-----AAAA-TTT------A--AAA-TA--GA-AGG--T-A----CACAATTAA-T--G------GC-A-T---TA-GT-A-ACAAAGA
gi|81825 : AT-CATTCAGATGC-----AAAA-TTTA-----A--AAA-TA--GG-AGG--T-G----CA-----AA----G------GC-A-T---CATGT-A-a
gi|81827 : -CGTTCAGAT-C-----AAAAATTT------A--AAA-TA--GG-AGG--T-G----CAC----AA-T---------GC-ATT---CATGT-A-GCAAAGA
gi|81828 : -CATTCAGA--------AAAA-TGT------T--AAA-TA--GG-AGG--T-G----AAC----AA-T--G------GC-A-T---CATAT-A-ACAAAGAa
gi|81829 : ATCCAGAT-C-----AAAA-TTT------A--AAA-TA--GG-GGG--T-G----CAC----AA-T---------AC-A-T---CGTGT-A-ACAAAGAa
gi|81830 : AT-C-----AGAA-TTT------A--AAA-TA--GG-AGG--T-G----CAC----AA-T--G------AC-A-T---CATGT-A-ATAAa
Alignments
lowQualScore : 1 0 33333 0 0 22 11 2222222 11 0 22 0 1111 2222 0 11 222222 0 0 111 0 0
lowQualScore : . . ..... . . .. .. ....... .. . .. . .... .... . .. ...... . . ... . .
lowQualScore : 8 9 33333 9 9 00 22 8888888 22 9 99 9 8888 7777 9 22 444444 9 9 555 9 9
consensus : AAAAT-CATTCAGAT-C-----AAAA-TT-T--A--AAA-------TA--GGAG-G--T-G----CAC----AA-T--G------GC-A-T---CATGT-A-ACAAAGA
Reference ( family-454 ) : AAAAT-CATTCAGAT-C-----AAAA-TT-T--A--AAA-------TA--GGAG-G--T-G----CAC----AA-T--G------GC-A-T---CATGT-A-ACAAAGA
gi|81784 : AAAAT-TATTCAGAT-C-----AAAA-TT-T--A--AAA-------TA--GAAG-G--T-G----CAC----AA-T--G------GC-A-T---CATGT-A-ACTAAGA
gi|81785 : AAAAT-CATTCAGAT-C-----AAAA-TT-T--A--GAA-------TA--GGAG-G--T-G----CAC----AG-T--A------AA-A-T---CATGT-A-ACAAAGAa
gi|81786 : AAAAT-CATTCAGAT-C-----AAAA-TT-T--G--AAA-------TA--GGGA-G--T-G----CAC----AA-T--G------GC-A-T---CATGT-G-ACAAAGAa
gi|81787 : AAAAT-CATTCAGAT-C-----AAAA-TT-T--G--AAA-------TA--GGGA-G--T-G----CAC----AA-T--G------GC-A-T---CATGT-G-A-AAAGA
gi|81788 : AAAAT-CATTCAGAT-C-----AAGA-TT-T--A--AAA-------TT--GTAG-G--T-G----CAC----AA-T--G------GC-A-T---CATGT-A-ACAAAGAa
gi|81789 : AAAAT-CATTCAGAT-C-----AAAA-TC-T--A--AAA-------TA--AAAG-A--T-G----CAC----AA-T--G------GC-A-T---CATGT-G-ACAAAGAa
gi|81790 : AAAAT-CATTCAGAT-C-----AAAA-TT-T--A--AAA-------CA--GGAG-T--T-G----CAG----AA-T--G------GC-A-T---CATGT-A-ACAAAAAa
gi|81791 : AAAAT-CCTTCAGAT-C-----AAAA-TT-C--A--AAA-------TA--GGAG-G--T-G----CAC----AA-T--G------GC-A-T---CATAT-A-ACAa
gi|81792 : AAAAT-CACTCGGAT-C-----AAAA-TT-T--A--AAG-------TA--GGAG-G--T-G----CAA----AA-T--G------GC-A-T---TATGT-A-ACAAAAA
gi|81793 : AAAGT-CAATCAGAT-C-----AAAA-TT-G--A--AAA-------TA--GGAG-A--T-G----CAT----AA-T--G------AC-A-T---CATGT-A-AAAAAGA
gi|81794 : AAAAT-CATTTAGAT-C-----AAAG-TT-T--A--AGA-------CA--TGAT-G--T-A----CAC----AA-T--G------AC-A-T---CATGT-T-ACAAAGAa
gi|81795 : AAAGT-CAATCAAAT-T-----AAAA-TT-C--A--AAA-------TC--GATG-G--T-G----CAC----AA-C--G------AC-A-T---CATGT-A-ACAAAGAa
gi|81796 : AAAAT-TCTTCAGAT-C-----AAAA-TT-------GAT-------TA--GGAG-G--T-G----CTA----AA-T--T------GC-A-T---CATGT-A-ACAAAGa
gi|81797 : AAAAT-CGTTCAGAT-C-----AAAA-TT-G--A--AAA-------TA--GACG-G--T-G----TAC----AA-T--G------GC-A-T---CATGT-A-ACAAAGA
gi|81798 : AAAAC-CAATCATAT-C-----AAAA-TT-T--A--AAA-------TA--GGAG-G--T-G----CAC----AA-T--G------GC-A-T---CATGC-A-ACAAAa
gi|81799 : AAACT-CCTTCAGAT-C-----AAAA-TT-T-----AAA-------TA--GGAG-G--T-GTTTATAC----AA-T--G------GC-A-T---AATAT-A-ACAAAGA
gi|81800 : AAAAT-CTTTCAGAT-C-----AAAA-TT-T--A--AGT-------TA--GGAG-G--T-G----AAC----AA-T--G------GC-A-T---CATTC-A-ACAAAGAa
gi|81801 : AAAAT-CATTCAGAT-A-----AAAA-TT-T--C--AAA-------TA--GGAG-GTAT-A----CAC----AA-T--G------AC-A-T---CATGT-A-ACAAAa
gi|81802 : AAAAC-CATTCAGAT-C-----AAAA-TT-T--A--AAA-------CA--GAAG-G--T-G----CATA---AA-T--C------AC-A-T---CA-GT-ACACAAAGAtaa
gi|81803 : AAAAT-CATTCAGAT-C-----AAAA-TC-T--A--AAA-------TA--GGAG-G--T-G----TAA----AG-T--GGTACATGT-A-T---CATGT-A-ACAAAGAa
gi|81804 : AAAAT-AATTCAGAT-T-----AAAA-TC-T--A--AAA-------TA--GGAG-G--T-G----AAA----AA-T--G------GT-A-T---CGTGT-A-ACAAAAAa
gi|81805 : AAAATTCATTCAGAT-C-----AAAA-TC-T--A--AAA-------TA--GGAGAG--T-G----TA-----AG-T--G------GC-G-TGTACATGT-A-TCAa
gi|81806 : AAAAT-CATTCATAT-TTTAAAAAAA-TT-T--A--GAA-------TA----AG-T--T-G----CAC----AA-T--G------GC-A-C---CATTT-T-ACAAAGA
gi|81807 : AAAAT-CATTCAAAT-C-----AAA--TT-T--A--AGA-------TA--GGAG-G--T-G----CA-----AA-T--A------TC-A-T---CATGTCA-ACAGAGAa
gi|81808 : AAAAT-CATTCATAT-CAG---AAAA-TC-TCCA--AAA-------TA--AGAG-GC-T-G----CAC----AA-TGGG------GC-A-T---CGTGT---ATAAAGA
gi|81809 : AAAAT-TAATCAGAT-A-----AAAA-TT-T--A--GAA-------TA--GGAG-G--T-G----CAC----AA-T--G------Ga
gi|81810 : AAAATTCATTGAGAT-C-----CAAA-TC-T--G--AAA-------TA--GGAG-G--T-G----CAA----AT-T--G------AT-A-T---CATGT-A-ATAAAGA
gi|81811 : AAAAC-CATTCGGAT-T-----AAAA-TA-T--A--GAAAAGAAAGTA--AGAG-G--T-G----AAC----AC-T--G------GC-A-T---CATGT-A-ACAAAa
gi|81812 : AACAT-CATTCAGAT-C-----CACA-GC-T--G--AGA-------TA--GTAG-G--T-G----CAC----AA-T--G------GA-A-T---CATGT-taa
gi|81813 : AAAT-CATTTAGAT-C-----AAAA-TT-T--A--AAA-------TA--GGAG-G--T-G----CAC----AA-T--G------GC-A-T---AATGT-A-ACAAAGA
gi|81814 : AAAC-CATTCAAAT-C-----AAAA-TT-T--G--AAA-------TA--GGAG-G--T-G----CAC----AA-T--G------GG-A-T---CATGT-A-ACAAAGAa
gi|81815 : AAAC-CATTCA-AT-C-----AAA--TT-T--G--AAA-------TA--GGAG-G--T-G----CAC----AA-T--G------GG-A-T---C-TGT-A-ACAAAGA
gi|81816 : AAAT-CATTGAGAT-C-----AAAA-TT-T--A--AAA-------TA--GGTG-G--T-G----CAC----AA-T--G------GC-A-T---AATGT-A-GCAAAGA
gi|81817 : AAAT-CTTTCAGAG-C-----AAAA-TT-T--A--AAA-------TA--GGAG-A--T-G----CAC----AA-A--G------GC-A-T---CATGT-A-ACAAAGAa
gi|81818 : AAAT-CATTCAGAT-C-----AAAA-TT-T--AATAAA-------CA--AGAG-G--T-G----CAC----TA-T--G-----------T---TATGT-A-ACAAAa
gi|81819 : AAT-CATTCAGAT-C-----AAAA-TC-T--A--AAA-------TA--GGAG-G--T-G----CAC----AA-T--G------GC-A-T---AATGT-A-ACAAAGA
gi|81820 : AAT-CATTCAGAT-C-----AAAA-TT-T--A--AAA-------TA--GGAA-G--T-G----CTT----AA-T--G------AC-A-G---CATGT-A-ACAAAGAa
gi|81821 : AAT-CATTCAGAT-C-----AAAA-TT-T--A--AAA-------TA--GGAG-GT-T-G----CAA----AAGT--G------GC-A-T---CATGT-A-AGAA
gi|81822 : AAT-TATTCAGAT-C-----AAAA-TTGT--A--AAA--------A--GGAG-G--T-G----CAG----AA-T--G------GC-A-T---CATGT-A-TTAAAAA
gi|81823 : AT-CATTCAGAT-C-----AAAA-CT-T--A--AAA-------TA--GAAG-G--TGG----CAC----AA-T--G------GCAA-T---CATGT-A-ACAAAGA
gi|81824 : AT-CATTCAGAT-C-----TAAA-TT-T--A--AAA-------TATAGGAG-G--T-G----CAC----AA-T--G------GC-G-T---CATGT-A-Aa
gi|81825 : AT-CATTCAGATGC-----AAAA-TT-TA-A--AAA-------TA--GGAG-G--T-G----CA-----AA----G------GC-A-T---CATGT-A-A
gi|81826 : AT-CATTCAGAT-C-----AAAA-TT-T--A--AAA-------TA--GAAG-G--T-A----CACAATTAA-T--G------GC-A-T---TA-GT-A-ACAAAGA
gi|81827 : -CGTTCAGAT-C-----AAAAATT-T--A--AAA-------TA--GGAG-G--T-G----CAC----AA-T---------GC-ATT---CATGT-A-GCAAAGAa
gi|81828 : -CATTCAGA--------AAAA-TG-T--T--AAA-------TA--GGAG-G--T-G----AAC----AA-T--G------GC-A-T---CATAT-A-ACAAAGAa
gi|81829 : ATCCAGAT-C-----AAAA-TT-T--A--AAA-------TA--GGGG-G--T-G----CAC----AA-T---------AC-A-T---CGTGT-A-ACAAAGAa
gi|81830 : AT-C-----AGAA-TT-T--A--AAA-------TA--GGAG-G--T-G----CAC----AA-T--G------AC-A-T---CATGT-A-ATAAa
Alignments
lowQualScore : 1 0 33333 0 0 22 11 2222222 11 0 22 0 1111 2222 0 11 222222 0 0 111 0 0
lowQualScore : . . ..... . . .. .. ....... .. . .. . .... .... . .. ...... . . ... . .
lowQualScore : 8 9 33333 9 9 00 22 8888888 22 9 99 9 8888 7777 9 22 444444 9 9 555 9 9
consensus : AAAAT-CATTCAGAT-C-----AAAA-TT-T--A--AAA-------TA--GGAG-G--T-G----CAC----AA-T--G------GC-A-T---CATGT-A-ACAAAGA
Reference ( family-454 ) : AAAAT-CATTCAGAT-C-----AAAA-TT-T--A--AAA-------TA--GGAG-G--T-G----CAC----AA-T--G------GC-A-T---CATGT-A-ACAAAGA
gi|81784 : AAAAT-TATTCAGAT-C-----AAAA-TT-T--A--AAA-------TA--GAAG-G--T-G----CAC----AA-T--G------GC-A-T---CATGT-A-ACTAAGA
gi|81785 : AAAAT-CATTCAGAT-C-----AAAA-TT-T--A--GAA-------TA--GGAG-G--T-G----CAC----AG-T--A------AA-A-T---CATGT-A-ACAAAGAa
gi|81786 : AAAAT-CATTCAGAT-C-----AAAA-TT-T--G--AAA-------TA--GGGA-G--T-G----CAC----AA-T--G------GC-A-T---CATGT-G-ACAAAGAa
gi|81787 : AAAAT-CATTCAGAT-C-----AAAA-TT-T--G--AAA-------TA--GGGA-G--T-G----CAC----AA-T--G------GC-A-T---CATGT-G-A-AAAGA
gi|81788 : AAAAT-CATTCAGAT-C-----AAGA-TT-T--A--AAA-------TT--GTAG-G--T-G----CAC----AA-T--G------GC-A-T---CATGT-A-ACAAAGAa
gi|81789 : AAAAT-CATTCAGAT-C-----AAAA-TC-T--A--AAA-------TA--AAAG-A--T-G----CAC----AA-T--G------GC-A-T---CATGT-G-ACAAAGAa
gi|81790 : AAAAT-CATTCAGAT-C-----AAAA-TT-T--A--AAA-------CA--GGAG-T--T-G----CAG----AA-T--G------GC-A-T---CATGT-A-ACAAAAAa
gi|81791 : AAAAT-CCTTCAGAT-C-----AAAA-TT-C--A--AAA-------TA--GGAG-G--T-G----CAC----AA-T--G------GC-A-T---CATAT-A-ACAa
gi|81792 : AAAAT-CACTCGGAT-C-----AAAA-TT-T--A--AAG-------TA--GGAG-G--T-G----CAA----AA-T--G------GC-A-T---TATGT-A-ACAAAAA
gi|81793 : AAAGT-CAATCAGAT-C-----AAAA-TT-G--A--AAA-------TA--GGAG-A--T-G----CAT----AA-T--G------AC-A-T---CATGT-A-AAAAAGA
gi|81794 : AAAAT-CATTTAGAT-C-----AAAG-TT-T--A--AGA-------CA--TGAT-G--T-A----CAC----AA-T--G------AC-A-T---CATGT-T-ACAAAGAa
gi|81795 : AAAGT-CAATCAAAT-T-----AAAA-TT-C--A--AAA-------TC--GATG-G--T-G----CAC----AA-C--G------AC-A-T---CATGT-A-ACAAAGAa
gi|81796 : AAAAT-TCTTCAGAT-C-----AAAA-TT-------GAT-------TA--GGAG-G--T-G----CTA----AA-T--T------GC-A-T---CATGT-A-ACAAAGa
gi|81797 : AAAAT-CGTTCAGAT-C-----AAAA-TT-G--A--AAA-------TA--GACG-G--T-G----TAC----AA-T--G------GC-A-T---CATGT-A-ACAAAGA
gi|81798 : AAAAC-CAATCATAT-C-----AAAA-TT-T--A--AAA-------TA--GGAG-G--T-G----CAC----AA-T--G------GC-A-T---CATGC-A-ACAAAa
gi|81799 : AAACT-CCTTCAGAT-C-----AAAA-TT-T-----AAA-------TA--GGAG-G--T-GTTTATAC----AA-T--G------GC-A-T---AATAT-A-ACAAAGA
gi|81800 : AAAAT-CTTTCAGAT-C-----AAAA-TT-T--A--AGT-------TA--GGAG-G--T-G----AAC----AA-T--G------GC-A-T---CATTC-A-ACAAAGAa
gi|81801 : AAAAT-CATTCAGAT-A-----AAAA-TT-T--C--AAA-------TA--GGAG-GTAT-A----CAC----AA-T--G------AC-A-T---CATGT-A-ACAAAa
gi|81802 : AAAAC-CATTCAGAT-C-----AAAA-TT-T--A--AAA-------CA--GAAG-G--T-G----CATA---AA-T--C------AC-A-T---CA-GT-ACACAAAGAtaa
gi|81803 : AAAAT-CATTCAGAT-C-----AAAA-TC-T--A--AAA-------TA--GGAG-G--T-G----TAA----AG-T--GGTACATGT-A-T---CATGT-A-ACAAAGAa
gi|81804 : AAAAT-AATTCAGAT-T-----AAAA-TC-T--A--AAA-------TA--GGAG-G--T-G----AAA----AA-T--G------GT-A-T---CGTGT-A-ACAAAAAa
gi|81805 : AAAATTCATTCAGAT-C-----AAAA-TC-T--A--AAA-------TA--GGAGAG--T-G----TA-----AG-T--G------GC-G-TGTACATGT-A-TCAa
gi|81806 : AAAAT-CATTCATAT-TTTAAAAAAA-TT-T--A--GAA-------TA----AG-T--T-G----CAC----AA-T--G------GC-A-C---CATTT-T-ACAAAGA
gi|81807 : AAAAT-CATTCAAAT-C-----AAA--TT-T--A--AGA-------TA--GGAG-G--T-G----CA-----AA-T--A------TC-A-T---CATGTCA-ACAGAGAa
gi|81808 : AAAAT-CATTCATAT-CAG---AAAA-TC-TCCA--AAA-------TA--AGAG-GC-T-G----CAC----AA-TGGG------GC-A-T---CGTGT---ATAAAGA
gi|81809 : AAAAT-TAATCAGAT-A-----AAAA-TT-T--A--GAA-------TA--GGAG-G--T-G----CAC----AA-T--G------Ga
gi|81810 : AAAATTCATTGAGAT-C-----CAAA-TC-T--G--AAA-------TA--GGAG-G--T-G----CAA----AT-T--G------AT-A-T---CATGT-A-ATAAAGA
gi|81811 : AAAAC-CATTCGGAT-T-----AAAA-TA-T--A--GAAAAGAAAGTA--AGAG-G--T-G----AAC----AC-T--G------GC-A-T---CATGT-A-ACAAAa
gi|81812 : AACAT-CATTCAGAT-C-----CACA-GC-T--G--AGA-------TA--GTAG-G--T-G----CAC----AA-T--G------GA-A-T---CATGT-taa
gi|81813 : AAAT-CATTTAGAT-C-----AAAA-TT-T--A--AAA-------TA--GGAG-G--T-G----CAC----AA-T--G------GC-A-T---AATGT-A-ACAAAGA
gi|81814 : AAAC-CATTCAAAT-C-----AAAA-TT-T--G--AAA-------TA--GGAG-G--T-G----CAC----AA-T--G------GG-A-T---CATGT-A-ACAAAGAa
gi|81815 : AAAC-CATTCA-AT-C-----AAA--TT-T--G--AAA-------TA--GGAG-G--T-G----CAC----AA-T--G------GG-A-T---C-TGT-A-ACAAAGA
gi|81816 : AAAT-CATTGAGAT-C-----AAAA-TT-T--A--AAA-------TA--GGTG-G--T-G----CAC----AA-T--G------GC-A-T---AATGT-A-GCAAAGA
gi|81817 : AAAT-CTTTCAGAG-C-----AAAA-TT-T--A--AAA-------TA--GGAG-A--T-G----CAC----AA-A--G------GC-A-T---CATGT-A-ACAAAGAa
gi|81818 : AAAT-CATTCAGAT-C-----AAAA-TT-T--AATAAA-------CA--AGAG-G--T-G----CAC----TA-T--G-----------T---TATGT-A-ACAAAa
gi|81819 : AAT-CATTCAGAT-C-----AAAA-TC-T--A--AAA-------TA--GGAG-G--T-G----CAC----AA-T--G------GC-A-T---AATGT-A-ACAAAGA
gi|81820 : AAT-CATTCAGAT-C-----AAAA-TT-T--A--AAA-------TA--GGAA-G--T-G----CTT----AA-T--G------AC-A-G---CATGT-A-ACAAAGAa
gi|81821 : AAT-CATTCAGAT-C-----AAAA-TT-T--A--AAA-------TA--GGAG-GT-T-G----CAA----AAGT--G------GC-A-T---CATGT-A-AGAA
gi|81822 : AAT-TATTCAGAT-C-----AAAA-TTGT--A--AAA--------A--GGAG-G--T-G----CAG----AA-T--G------GC-A-T---CATGT-A-TTAAAAA
gi|81823 : AT-CATTCAGAT-C-----AAAA-CT-T--A--AAA-------TA--GAAG-G--TGG----CAC----AA-T--G------GCAA-T---CATGT-A-ACAAAGA
gi|81824 : AT-CATTCAGAT-C-----TAAA-TT-T--A--AAA-------TATAGGAG-G--T-G----CAC----AA-T--G------GC-G-T---CATGT-A-Aa
gi|81825 : AT-CATTCAGATGC-----AAAA-TT-TA-A--AAA-------TA--GGAG-G--T-G----CA-----AA----G------GC-A-T---CATGT-A-A
gi|81826 : AT-CATTCAGAT-C-----AAAA-TT-T--A--AAA-------TA--GAAG-G--T-A----CACAATTAA-T--G------GC-A-T---TA-GT-A-ACAAAGA
gi|81827 : -CGTTCAGAT-C-----AAAAATT-T--A--AAA-------TA--GGAG-G--T-G----CAC----AA-T---------GC-ATT---CATGT-A-GCAAAGAa
gi|81828 : -CATTCAGA--------AAAA-TG-T--T--AAA-------TA--GGAG-G--T-G----AAC----AA-T--G------GC-A-T---CATAT-A-ACAAAGAa
gi|81829 : ATCCAGAT-C-----AAAA-TT-T--A--AAA-------TA--GGGG-G--T-G----CAC----AA-T---------AC-A-T---CGTGT-A-ACAAAGAa
gi|81830 : AT-C-----AGAA-TT-T--A--AAA-------TA--GGAG-G--T-G----CAC----AA-T--G------AC-A-T---CATGT-A-ATAAa
blockSeqs : T TTAAA CC AT AAGAAAG TA TA TTTA AATT GG GTACAT GTA
blockSeqs : T AG A . . . C . A . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : AAAAT-CATTCAGAT-C-----AAAA-TT-T--A--AAA-------TA--GGAG-G--T-G----CAC----AA-T--G------GC-A-T---CATGT-A-ACAAAGA
finalCons : AAAAT-CATTCAGAT-C-----AAAA-TT-T--A--AAA-------TA--GGAG-G--T-G----CAC----AA-T--G------GC-A-T---CATGT-A-ACAAAGA
Alignments
lowQualScore : 1 0 33333 0 0 22 11 2222222 11 0 22 0 1111 2222 0 11 222222 0 0 111 0 0
lowQualScore : . . ..... . . .. .. ....... .. . .. . .... .... . .. ...... . . ... . .
lowQualScore : 8 9 33333 9 9 00 22 8888888 22 9 99 9 8888 7777 9 22 444444 9 9 555 9 9
consensus : AAAAT-CATTCAGAT-C-----AAAA-TT-T--A--AAA-------TA--GGAG-G--T-G----CAC----AA-T--G------GC-A-T---CATGT-A-ACAAAGA
Reference ( family-454 ) : AAAAT-CATTCAGAT-C-----AAAA-TT-T--A--AAA-------TA--GGAG-G--T-G----CAC----AA-T--G------GC-A-T---CATGT-A-ACAAAGA
gi|81784 : AAAAT-TATTCAGAT-C-----AAAA-TT-T--A--AAA-------TA--GAAG-G--T-G----CAC----AA-T--G------GC-A-T---CATGT-A-ACTAAGA
gi|81785 : AAAAT-CATTCAGAT-C-----AAAA-TT-T--A--GAA-------TA--GGAG-G--T-G----CAC----AG-T--A------AA-A-T---CATGT-A-ACAAAGAa
gi|81786 : AAAAT-CATTCAGAT-C-----AAAA-TT-T--G--AAA-------TA--GGGA-G--T-G----CAC----AA-T--G------GC-A-T---CATGT-G-ACAAAGAa
gi|81787 : AAAAT-CATTCAGAT-C-----AAAA-TT-T--G--AAA-------TA--GGGA-G--T-G----CAC----AA-T--G------GC-A-T---CATGT-G-A-AAAGA
gi|81788 : AAAAT-CATTCAGAT-C-----AAGA-TT-T--A--AAA-------TT--GTAG-G--T-G----CAC----AA-T--G------GC-A-T---CATGT-A-ACAAAGAa
gi|81789 : AAAAT-CATTCAGAT-C-----AAAA-TC-T--A--AAA-------TA--AAAG-A--T-G----CAC----AA-T--G------GC-A-T---CATGT-G-ACAAAGAa
gi|81790 : AAAAT-CATTCAGAT-C-----AAAA-TT-T--A--AAA-------CA--GGAG-T--T-G----CAG----AA-T--G------GC-A-T---CATGT-A-ACAAAAAa
gi|81791 : AAAAT-CCTTCAGAT-C-----AAAA-TT-C--A--AAA-------TA--GGAG-G--T-G----CAC----AA-T--G------GC-A-T---CATAT-A-ACAa
gi|81792 : AAAAT-CACTCGGAT-C-----AAAA-TT-T--A--AAG-------TA--GGAG-G--T-G----CAA----AA-T--G------GC-A-T---TATGT-A-ACAAAAA
gi|81793 : AAAGT-CAATCAGAT-C-----AAAA-TT-G--A--AAA-------TA--GGAG-A--T-G----CAT----AA-T--G------AC-A-T---CATGT-A-AAAAAGA
gi|81794 : AAAAT-CATTTAGAT-C-----AAAG-TT-T--A--AGA-------CA--TGAT-G--T-A----CAC----AA-T--G------AC-A-T---CATGT-T-ACAAAGAa
gi|81795 : AAAGT-CAATCAAAT-T-----AAAA-TT-C--A--AAA-------TC--GATG-G--T-G----CAC----AA-C--G------AC-A-T---CATGT-A-ACAAAGAa
gi|81796 : AAAAT-TCTTCAGAT-C-----AAAA-TT-------GAT-------TA--GGAG-G--T-G----CTA----AA-T--T------GC-A-T---CATGT-A-ACAAAGa
gi|81797 : AAAAT-CGTTCAGAT-C-----AAAA-TT-G--A--AAA-------TA--GACG-G--T-G----TAC----AA-T--G------GC-A-T---CATGT-A-ACAAAGA
gi|81798 : AAAAC-CAATCATAT-C-----AAAA-TT-T--A--AAA-------TA--GGAG-G--T-G----CAC----AA-T--G------GC-A-T---CATGC-A-ACAAAa
gi|81799 : AAACT-CCTTCAGAT-C-----AAAA-TT-T-----AAA-------TA--GGAG-G--T-GTTTATAC----AA-T--G------GC-A-T---AATAT-A-ACAAAGA
gi|81800 : AAAAT-CTTTCAGAT-C-----AAAA-TT-T--A--AGT-------TA--GGAG-G--T-G----AAC----AA-T--G------GC-A-T---CATTC-A-ACAAAGAa
gi|81801 : AAAAT-CATTCAGAT-A-----AAAA-TT-T--C--AAA-------TA--GGAG-GTAT-A----CAC----AA-T--G------AC-A-T---CATGT-A-ACAAAa
gi|81802 : AAAAC-CATTCAGAT-C-----AAAA-TT-T--A--AAA-------CA--GAAG-G--T-G----CATA---AA-T--C------AC-A-T---CA-GT-ACACAAAGAtaa
gi|81803 : AAAAT-CATTCAGAT-C-----AAAA-TC-T--A--AAA-------TA--GGAG-G--T-G----TAA----AG-T--GGTACATGT-A-T---CATGT-A-ACAAAGAa
gi|81804 : AAAAT-AATTCAGAT-T-----AAAA-TC-T--A--AAA-------TA--GGAG-G--T-G----AAA----AA-T--G------GT-A-T---CGTGT-A-ACAAAAAa
gi|81805 : AAAATTCATTCAGAT-C-----AAAA-TC-T--A--AAA-------TA--GGAGAG--T-G----TA-----AG-T--G------GC-G-TGTACATGT-A-TCAa
gi|81806 : AAAAT-CATTCATAT-TTTAAAAAAA-TT-T--A--GAA-------TA----AG-T--T-G----CAC----AA-T--G------GC-A-C---CATTT-T-ACAAAGA
gi|81807 : AAAAT-CATTCAAAT-C-----AAA--TT-T--A--AGA-------TA--GGAG-G--T-G----CA-----AA-T--A------TC-A-T---CATGTCA-ACAGAGAa
gi|81808 : AAAAT-CATTCATAT-CAG---AAAA-TC-TCCA--AAA-------TA--AGAG-GC-T-G----CAC----AA-TGGG------GC-A-T---CGTGT---ATAAAGA
gi|81809 : AAAAT-TAATCAGAT-A-----AAAA-TT-T--A--GAA-------TA--GGAG-G--T-G----CAC----AA-T--G------Ga
gi|81810 : AAAATTCATTGAGAT-C-----CAAA-TC-T--G--AAA-------TA--GGAG-G--T-G----CAA----AT-T--G------AT-A-T---CATGT-A-ATAAAGA
gi|81811 : AAAAC-CATTCGGAT-T-----AAAA-TA-T--A--GAAAAGAAAGTA--AGAG-G--T-G----AAC----AC-T--G------GC-A-T---CATGT-A-ACAAAa
gi|81812 : AACAT-CATTCAGAT-C-----CACA-GC-T--G--AGA-------TA--GTAG-G--T-G----CAC----AA-T--G------GA-A-T---CATGT-taa
gi|81813 : AAAT-CATTTAGAT-C-----AAAA-TT-T--A--AAA-------TA--GGAG-G--T-G----CAC----AA-T--G------GC-A-T---AATGT-A-ACAAAGA
gi|81814 : AAAC-CATTCAAAT-C-----AAAA-TT-T--G--AAA-------TA--GGAG-G--T-G----CAC----AA-T--G------GG-A-T---CATGT-A-ACAAAGAa
gi|81815 : AAAC-CATTCA-AT-C-----AAA--TT-T--G--AAA-------TA--GGAG-G--T-G----CAC----AA-T--G------GG-A-T---C-TGT-A-ACAAAGA
gi|81816 : AAAT-CATTGAGAT-C-----AAAA-TT-T--A--AAA-------TA--GGTG-G--T-G----CAC----AA-T--G------GC-A-T---AATGT-A-GCAAAGA
gi|81817 : AAAT-CTTTCAGAG-C-----AAAA-TT-T--A--AAA-------TA--GGAG-A--T-G----CAC----AA-A--G------GC-A-T---CATGT-A-ACAAAGAa
gi|81818 : AAAT-CATTCAGAT-C-----AAAA-TT-T--AATAAA-------CA--AGAG-G--T-G----CAC----TA-T--G-----------T---TATGT-A-ACAAAa
gi|81819 : AAT-CATTCAGAT-C-----AAAA-TC-T--A--AAA-------TA--GGAG-G--T-G----CAC----AA-T--G------GC-A-T---AATGT-A-ACAAAGA
gi|81820 : AAT-CATTCAGAT-C-----AAAA-TT-T--A--AAA-------TA--GGAA-G--T-G----CTT----AA-T--G------AC-A-G---CATGT-A-ACAAAGAa
gi|81821 : AAT-CATTCAGAT-C-----AAAA-TT-T--A--AAA-------TA--GGAG-GT-T-G----CAA----AAGT--G------GC-A-T---CATGT-A-AGAA
gi|81822 : AAT-TATTCAGAT-C-----AAAA-TTGT--A--AAA--------A--GGAG-G--T-G----CAG----AA-T--G------GC-A-T---CATGT-A-TTAAAAA
gi|81823 : AT-CATTCAGAT-C-----AAAA-CT-T--A--AAA-------TA--GAAG-G--TGG----CAC----AA-T--G------GCAA-T---CATGT-A-ACAAAGA
gi|81824 : AT-CATTCAGAT-C-----TAAA-TT-T--A--AAA-------TATAGGAG-G--T-G----CAC----AA-T--G------GC-G-T---CATGT-A-Aa
gi|81825 : AT-CATTCAGATGC-----AAAA-TT-TA-A--AAA-------TA--GGAG-G--T-G----CA-----AA----G------GC-A-T---CATGT-A-A
gi|81826 : AT-CATTCAGAT-C-----AAAA-TT-T--A--AAA-------TA--GAAG-G--T-A----CACAATTAA-T--G------GC-A-T---TA-GT-A-ACAAAGA
gi|81827 : -CGTTCAGAT-C-----AAAAATT-T--A--AAA-------TA--GGAG-G--T-G----CAC----AA-T---------GC-ATT---CATGT-A-GCAAAGAa
gi|81828 : -CATTCAGA--------AAAA-TG-T--T--AAA-------TA--GGAG-G--T-G----AAC----AA-T--G------GC-A-T---CATAT-A-ACAAAGAa
gi|81829 : ATCCAGAT-C-----AAAA-TT-T--A--AAA-------TA--GGGG-G--T-G----CAC----AA-T---------AC-A-T---CGTGT-A-ACAAAGAa
gi|81830 : AT-C-----AGAA-TT-T--A--AAA-------TA--GGAG-G--T-G----CAC----AA-T--G------AC-A-T---CATGT-A-ATAAa