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lowQualScore                  :      9 1      3   3 88  2 2  5    77   2 77 2   4 77    66    222 1  33333333 77 2    66   66  1 3  3    222222222  1  1 666666666 11 66 000  444444444444444   1   999 99999  3  66  333 55 55  0 66 999   77  2    55 4444 88 1 1 2 8    88    0  44 2  666 55 000 44444444  1  1 000 55555  1111111 222222 5555 1  77    1   77 77 2 222  00  5  77 22222 5   00  00 77 2  88888 2 33333     00 7777  222 3 9   3 3      
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Reference ( gi|61186 )        :   TGT-CAAGGTGT-TGC-G--TG-A-TT-GGCT--AAT-A--T-CAA-G--AATG--AAATC--A-TT--------T--G-GAAT--TGA--AA-G-AA-ATAT--T------AT-CA-A---------A--G--C---TT-A---A--A------TCA-ATT---G-----TCAGG--ATA--A--A--AAAT--T--ATTGC-AC-AAAA--T----CA-A-G-A-ATGGAAC-GAGG-AA--A-TT-G-C--C---A--------TG-GT-A---G-----GG---G-TAT------G----T-TT-GAAAT-GAA--G--G-G---TG--TA-AT--T-T--GC-TGC--AG--A--T-CT-C---T-G-----TGTGT--T--T-TA-G-A-A-ATG-T-ACAAAT
gi|61172                      :   TGT-CTAGGTGT-TGC-G--TG-A-TT-GGCT--AAT-A--T-CAA-G--ACTG--AAATT--A-TT--------T--G-GAATATTGA--AA-G-AA-ATAT--T------AT-TA-A---------A--G--C---TT-A---A--A------CGA-ATT---G-----TCGGG--ATA--A--A--AATT--T--ATTGC-AC-AAAA--T----CG-A-G-A-AAGGAAA-GAGG-AA--A-TT-G-T--C---A--------TG-GT-A---------GG---G-TGT------G----T-TT-GAAAT-GAA--G--G-G---TG--TA-AT--T-T--AC-TGC--AG--A--T-CT-C---T-G-----TGTGT--T--T-TA-A-A-A-ATG-T-ACAAAT
gi|61177                      :  aTGT-CTAGGTGT-TGC-G--TG-A-TT-GGCT--AAT-A--T-CAA-G--AATG--AAGTT--A-TT--------T--G-GAAT--TGA--AA-G-AA-AT----T------ATTCA-A---------A--G--C---TT-A---A--A------TTA-ATT---G-----TCGGG--ATA--A--A--AATT--T--ATTGC-AC-AAAA--T----CG-A-G-A-ATGGAAC-GAGG-AA--ATTT-G-C--C---A--------TG-GT-A---G-----GG---G-TAT------G------TT-GAAAT-GAA-----G-G---TG--TA-AT--T-T--AC-TGC--AG--AATT-CT-C---T-G-----TGTGT--T--T-TGCA-A-A-ATG-T-ACAAA
gi|61173                      :  aTGT-CTAGGCGT-TGC-G--TG-A-TT-GGCT--AAT-G--T-CAA-G--AATG--AAATT--A-TT--------T--G-GAAT--TGA--AA-G-AA-ATAT--T------AT-TA-A---------A--G--C---TT-A---A--A------TTA-ATT---G-----TCGGG--ATG--A--C--AATT--T--ATTGA-AC-AAAA--T----CG-A-G-A-AAGGAAT-GAGG-AA--A-TT-G-C--C---A--------TG-AT-A---G-----GG---T-TGT------G----T-TT-GAAAT-GAA--G--G-G---TG--T--AT--T-C--AC-TGC--AG--A--T-CT-C---T-A-----TGTGT--TG-T-CA-A-A-A-ATG-T-ACAAAT
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gi|61197                      :         AGGTGT-TAC-G--TG-A-TTCGGTT--AAT-A----CAA-G--AATG--AAATTTAA-TG--------TAGG-GAAT--TGG--GA---AA-AGAT--A------AT-TA-A---------ACTG--T---TT-A--------------CA-ATT---G-----TCCGG--ATG--G--A--AATT--T--GTTGG-AC-AAAA--T----AG-A-G-A-AAGGAAT-GAGG-
gi|61198                      :         AGGTGT-TAT-A--TG-A-TT-GGCT--AAT-A--T-CAA-G--AATG--AAATT--A-TT--------
gi|61179                      :          GGTGT-TGC-G--AG-A-TT-GGCT--AAT-A--T-CAA-G--AATT--AAATT--A-CT--------T--G-GAAT--TTA--AA-G-AA-ATAT--T------AT-TA-A---------A--G--C---TT-T---A--A------TTA-ATT---G-----TCGGG--ATG--A--A--AATT--T--ATTGG-AC-AAAA--T----CG-A-G-A-AAGGAAT-GAGG-AA--A-TT-T-C--C---A--------TG-GT-A---G-----GG---G-TGT------G----T-AG-AAAAT-GAA--G--C-G---TG--TA----------------------A--T-CT-T---T-G-----TGTGT--T--T-TA-A-A-A-ATA-T-ACAAAT
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gi|61200                      :            TGC-TGC-A--TGTA-TT-GGCT--AAT-A--T-CAA-G--AATG--AAATT--A-TT--------T--G-GAAT--TGA--AA-G-AA--TAT--T------AT-CA-A---------AC-G--T---TT-A-------------TCA-ATT---G-----TTGCA--ATG--A--A--AATT--T--GTTGG-AC-AAAA--T----CG-A-G-A-AAGGAAT-GAGG-AA--A-TT-T-C--C---A--------TG-GT-A---G-----GG-----TGT------G----T-TT-AAAAT-GAA--G--G-G---TG--TA-AT--T-C--AC-TAC--AG--A--T-CT-G---C-G-----TGTGT--T--A-TA-A-A-A-ATG-T-
gi|61189                      :            TGT-TGC----T--A-TG-TGCT--AAT-A--TTCAA-GCTACTT--AGATT--A-TT--------C--T-GGAT--TGA--AA-G-TA-ATATG-T------AT-CA-A---------AA-G--C---TT-A---A--G-------CT-ATT---A-----TCGGG--ATA--G--ATGAAAT--TT-ATTGC-CC-AAAAATT----TG-A-G-A-A-AGAAT-GGAG-GA--A-TT-G-CACCG--A--------TG-GT-A---G-----GG---T-GCT------G----T-TT-GAAAT-G-A--G--G-G---TG--TAGAT--TGT--ACGTGC--TG--A--T-TT-C---T-G-----TATGT--T--T-TA-A-ATA-AT--T-ACA
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Reference ( family-443 )      :        TGTCTAGGT-GT-TGC-G--TG-A-TT-GGCT--AAT-A--T-CAA-G--AATG--AAATT--A-TT--------T--G-GAAT--TGA--AA-G-AA-ATAT--T------A-TCA-A---------A--G--C---TT-A---A--A------TCA-ATT---G-----TCGG--G--AT-GA--AAA--T--TTG-T--TG-GAC-AAAA--T----C-GAGA-AAG---GAA-TGAGG-AA--A-TT-N-C--C---AT--G-GT-A---G-----GG---G---T----G-T---G-T-TT-AAAAT-GA--A--G--G-G---TG--TA-ATT-C--AC-TGC--AG--A--T-CT-C---T-G-----TGTGT--T--T-TA-AA-A-ATG-T-ACAAAT
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gi|61193                      :             AAGT-GT-TAC-G--TG-A-TT-G-CT--AAT-A--T-CAA-G--AATG--AAATT--A-TT--------T--G-GAAT--TGA--AA-GAAA-ATAT--T------A-TCA-A---------A--C--G---TT--------A------TCA-ATT---G-----TCGT--G--AT-GA--ATA--T--TTC-T--T--GAC-AAAA--T----C-GAGA-AA----GAA-TGAGG-AA--A-TT-T-C--C---AT--G----A---GCT---AG---G---T----G-T---G-T-TT-AAAAT-GA--gatttatataa
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gi|61206                      :                                                              --AGATT--A-TT-------------GAAT--TGA--AA-G-AA-AT----T------A-TTC-A---------A--G--CGTCTT-A-------------TCA-ATT---G-----TCGG--G--AT-GA--AA---T--TTG-T--TG-GCC-AAAA--T----C-G-GA-TAG---TAA--GAGG-AA----TT-T-C--C---AT--G-GT-A---GCTACGGG---G---TAGGCG-T---T-T-TT-AAAAT-GA--A--G--G-G---TG--TACATT-C--AC-TA---AG--A--T-CT-G---C-G-----TATGTA-T--A-TA-AA-AGATA-T-
gi|61207                      :                                                                    T--A-TT--------T--G-GA-T--TGA--AA-G-AAGATAT---------A-TCA-A---------A-----C---TT-A---A--C------T-A-AT----G-----TCGG--G--AA-AA--AAA--AAATCG-TACTG---C-AAC---T----C-AAGAGAAA---GAA-TGAGG-AA--A-GT-G-C--A---ATCTG-TT-A---G-----GC---C---T------T---GAT-TT-AA--C-GA--A--A--G-GAT-TG--TA-ATT-T---C-TGC--AGTAA--T-CT-C---TTG-----TGTCT--T--T-TA-AA-A-ATG---ACAA
gi|61208                      :                                                                                         AAT--TGA--AA-G-AA-ATAT------------CA-A---------A--G--C---TT-T---A--A------TTA-ATT---G-----TTGG--G--AT-GA--AAA--T--TTA-T--TG-GAC-GAAA--T----C-GAGT-AAG---GAA-TGAGC-AA--ATTT-T-C--C---AT--G-GT-A---G-----GG---G---T----G-T---G-T-TT-AAAA---------------------------T-C--AC-TGC--AA--A-----T-C---T-G-----TGTGT--T--T-T--AA-A-ATG-T-GTAAAT
gi|61209                      :                                                                                         AAT--TGA--AA-G-AA-ATAT------------CA-A---------A--G--C---TT-T---A--A------TTA-ATT---G-----TTGG--G--AT-GA--AAA--T--TTA-T--TG-GAC-GAAA--T----C-GAGT-AAG---GAA-TGAAGCAA--ATTT-T-C--C---AT--G-GT-A---G-----GG---G---T----G-T---G-T-TT-AAAA---------------------------T-C--AC-TGC--AA--A-----T-C---T-G-----TGTGT--T--T-T--AA-A-ATG-T-GTAAAT
gi|61210                      :                                                                                                               --T------A-TCA-A---------A--G--C---TT-A---A--A------TTA-ATT---T-----TCGG--G--AT-AA--AGA--T--TTA-T--TG-CAC-AAAA--T----C-GAGA-ATG---GAA-CGAGG-AA--A-TT-G-C--C---AT--G-GT-A---G-----GG---G---T----A-T---G-T-TT-GAAAT-GA--A--G--G-G---TG--TA-ATT-T--AC-TGC--AG--A--T-CT-C---T-G-----TGTGT--T--T-TG-AA-A-ATG-T-ACAAAT
gi|61211                      :                                                                                                                                                                    CA-ATT---G-----TCAG--G--AT-GA--AAAA-T--TTG-T--TG-AAC-AAAA--T----C-GAGA-AAG---GAA-TGAGG-AA--A-TT---C--C---AT--G-GT-A---GCT---AT---G---T----G-T---G-T-TTAAAAAT-GA--A--G--G-GA--TG--TA-ATT-C--ACTTAC--AG--A--T-CT-G---C-GC----TGTGT--T--TATAGAA-A-ATG-T-ATAA
gi|61212                      :                                                                                                                                                                     A-ATT---G-----TTGG--G--AT-GA--AAA--T--TTA-T--TG-GAC-GAGA--T----C-GAGT-AAG---GAA-TGAGC-AA--A-TT-C-C--C---AT--G-GT-A---G-----CG---G---T----G-T---G-T-TC-AGAAT-GA--G--C--T-G---TG--TA-ATT-C--AC-CGC--AG--A--T-CT-T---A-A-----TGTGT--T--T-TA-AA-A-ATG-T-GTAAAT
gi|61213                      :                                                                                                                                                                         T---G-----TCGG--G--AT-GA--AAA--T--TTG-T--TG-AAC-AAAA--T----G-AAGA-AAG---GAG-TGAGG-AA--A-----------------------------------------T----G-T---G-T-TT-ATAAT-GA--A--G--G-G---TG--TA--------------------------T-A---T-G-----TGTGT--T--A-TA-AA-A-ATG-T-ACA
gi|61214                      :                                                                                                                                                                                     GG--G--AT-GA--AAA--T--TTC-T--TG-GAC-AAAA--T----C-GAGA-ATG---GAA-TGCGG-AA--A-TT-T-C--C---AT--A-GT-A---GCTA--GG---A---T----G-T---G-T-TT-AAA
gi|61215                      :                                                                                                                                                                                      G--A--AT-TA--AAA--T--GTC-T--GG-TAT-AAAA--T----C--AGA-AAG---GAATTGAGG-AA--A-TT-G-C--C---A---G-GT-A---A-----GG---G---G----G-T---G-T-TT-GAAAT-GA--AGCG--G-G---TG--TA-ATT-TTAGC-TGCA-AG--A--TCCT-C---T-G-----TGTGT--T--T-T--AA-A-ATG-TCACATATggggcatggacacgttctgagctaaaaatgttcaaat
gi|61216                      :                                                                                                                                                                                                                                     -GAAA-AAG---GAA-AGAGG-AA--A-TT-G-C--C---AT--G-GT-A---G-----GGT--G---T----G-T-----T-TT-GAAAT-GA--A--G--G-G---TG--TA-ATT-T--AC-TGC--AG--A--T-CT-C---T-G-----TGTGT--T--T----AA-A-GTG-T-ACATAT
gi|61217                      :                                                                                                                                                                                                                                     -GAGA-AATTCTGAA-TGAGG-GA--A-TT-GTC--C---AT--G-GT-A---G-----GG-----------------------------T-G---------G-G---TG--TA-ATT-C--AC-TAC--AG--A--T-CTGC---T-G------GTGT--TA-C-TA-AA-ACATG-T-ACGA
gi|61218                      :                                                                                                                                                                                                                                              ---GAC-TGAGG-AA--A-TC-T-C--C---AT--G--T-A---GCTA--GG---G---T----G-T---G-T-TT-AAATT-GA--A--G--G-G---TG--TA-ATT-C--AC-TAC--AG--A--T-CT-G---C-G-----TGTGT--T--A-TA-GA-A-ATG-T-
gi|61219                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      A-ATT-T--AC-TGC--AG--A--T-CT-T---T-G-----TGTGT--T--T-TA-AA-A-GTG-T-ACAAAT
gi|61220                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                             tgcataaaagaaaaccctcggggatccgT-GAAAT-GA--A--G--G-G---TA--TA-ATT-T--AC-TGT--AG--A--T-CT-C-----------TGTGT--T--T-TA-AA-A-ATG-T-ACAAA