lowQualScore : 1 1 11 11 1 2 1 5555 1 333 2 2 1 1 1 1 22 444444 3 555555 3 11 1 66 11 2 0 0 0 11 111 1 4444 0 1 1 2 3333 0 33 333333333 1 44444 1 1 1 4 1
lowQualScore : . . .. .. . . . .... . ... . . . . . . .. ...... . ...... . .. . .. .. . . . . .. ... . .... . . . . .... . .. ......... . ..... . . . . .
lowQualScore : 4 3 77 77 2 4 2 2222 2 111 3 3 1 1 1 1 66 111111 2 555555 2 77 8 99 22 6 9 9 9 22 555 7 5555 9 7 7 6 8888 9 22 888888888 0 33333 0 0 0 0 0
consensus : ATATCC-GT-G--T--AAA-CCC-T-A----A-TTTT---AC-GG-T-T-CA-T-AC--CG------T-A------T-A-GA-CT-GAA--C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-A-T----TC-TAT--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TGAT
Reference ( gi|123280 ) : ATATCC-GT-G--T--AAA-CCC-T-A----A-TTTT---AC-GG-T-T-CA-T-AC--CG------T-A------T-A-GA-CT-AAA--C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-A-T----TC-TAT--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TGAT
gi|123255 : ATATCC-GT-G--T--AAA-CCC-A-A----A-TTTT---AC-AG-T-T-CA-T-AC--CA------T-A------T-A-GA-CT-GAA--C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-A-T----TC-TAT--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-
gi|123254 : tcATATCC-GT-G--T--AAA-CCC-T-A----A-TTTT---AT-GG-T-T-CATT-AC--TG------T-A------T-A-AA-CT--GA--C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-A-T----TC-TAT--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TG
gi|123257 : ttATATCC-GT-G--T---AA-CCC-TAA----A-TTTT---AC-GG-T-T-CA-T-AC--AG------T-A------T-A-GA-AT-GAA--C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-A-T----TC-TAT--AC---------G-TCAG-----A-G-A-C-AAA-TGAT
gi|123256 : ttATATCC-AT-G--T--AAA-CCG-T-A----A-TTTT---AC-GG-T-T-CA-T-AC--TG------C-ATT----T-A-AA-CT-GAA--C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-CAA-A-T----TC-TAT--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TGAT
gi|123262 : ttATATCC-GT-G--T--AAA-CCC-A-A----A-TTTT---AC-AG-T-T-CA-T-AC--AG------T-A------T-A-GG-CT-GAA--C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-G-T----TC-TGC--AC---------G-TCAC-----A-G-A-CAAAA-TGAT
gi|123260 : tcATATCC-GT-G--T--AAA-CCC-A-A----A-TTTT---AC-GG-T-T-CA-T-AC--TG------T-AGATCTAT-A-GA-CT-GAA--C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-A-T----TC-TAA--AC---------A-TCAC-----A-G-A-CAAAA-TGAT
gi|123258 : ttATATCC-GT-G--T--AAA-CCCCT-A----A-TTTT---AT-GG-T-T-TA-T-AC--TG------T-A------T-A-AA-CT-GAA--C-T-T-CG-T--A---CA-T-----A-C-ATA-T----TC-TAT--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TG
gi|123259 : ttATATCCCGT-G--T--AAA-CCC-T-A----A-TTTTG--AT-GG-T-T-CA-T-AC--TG------T-A------T-A-AA-CT-GAA--C-T-T-CG-TTAA---CG-T----CA-CAA-A-T----TC-TAT--AC---------G-TCAC-----A-G-G-C-AAA-TG
gi|123263 : ttATATCC-GT-G--T--AAA-CC--T-A----A-TTTT---AT-GG-T-T-CA-T-AC--TG------T-A------T-A-AA-CT-GAA--C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-A------TC-TAT--AC---------G-TCAC-----A-A-A-
gi|123264 : ttATATCC-TT-G--T--AA--CCC-T-A----A-TTTT---AC-AG-T-T-CA-T-AC--C---------A------T-A-GA-CT-GAA--C-T-T--G-T------CG-T----CA-C-A-A-T----TC-TAT--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAG-TGAT
gi|123267 : tcATATCC-AT-G--T--AAA-CCT-A-A----A-TTTT---AC-AG-T-T-CA-T-AC--CG------T-A------T-A-GA-CT-GAA--C-T-T-CG-T--A---CG-TCTGACA-C-A-A-T----TC-TTA--AC---------G-TCAC-----A-GCA-C-A
gi|123276 : tcATATCC-GT-G------AA-CCG-T-A----A-TTTT---A--GT-T-T-CA-T-AC--TG------T-A------T-A-AAACTGAAA--C-T-T-CG-T--GTACCG-T----CA-C-A-G-T----TC-TAT--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TGAT
gi|123268 : tATATCC-GT-G--T--AA--CCC-T-A----A-TTTTTAAACAGG-T-T-CA-TCAC--CG--------A------T-A-GA--T-GAA--C-T-T-CGAT--A---CA-T----CA-C-A-A-T----TC-TATA-AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-
gi|123265 : ttATATCC-GT-G--T--AAC-CCC-T-A----A-TTTT---ATGGG-T-T-CA-T-AC--TG------T-A------T-A-AA-CT-GAA--C-T-T-CG----A---CT-T----CA-C-A-ATT----TC-TATA-AC---------G-CCAC-----A-G-A-A-CAA-TG
gi|123269 : ttATACCC-GT-G--T--AAA-CCC-A-A----A-TTTT---AC-GG-T-T-CA-T-AT--CG------T-A------T-A-GA-CT-GAA--C-T-T-CG-T--A---GG-T----CA-C-A-A-T----
gi|123272 : ttATATC--GT-G--T--AAA-CCC-T-A----A-TTTT---AC-GG-T-T-CA-T-AC--CG------T-AT-----T-A-GA-CT-GAA--C-T-T-C--T--A----G-T----CA-C-G---------T-TAT--AC---------G--CA------A-G-A-C-AAT-TGAT
gi|123271 : ttATATCC-GT-GGAT--AAA-CCG-T-A----C-TTTT---AC-AG-T---CA-T-AC--GG------TTA------T-A-AA-CT-GAA--C-T-TGCG-T--A---CG-TT---CA-C-ATA-T----TC-TAT--AC---------G-TCAC-----G-A-G-C-AAATTGAT
gi|123274 : ttATACCC-GT-G--T--AAA-CCC-A-A----A-TTTT---AC-GG-TCT-CA-T-AT--CGT-----T-A------T-A-GA-CT-GAA--C-T-T-CG-T--A----G-T----CA-C-A-A-T----
gi|123273 : ttATATCA-GT-G--T--AAA-CCG-T-A----A-CTTT---AC-GG-T-T-CA-T-AC--TG------T-A------T-A-AA-CT-GAA--C-T-T-CG-T--A---CG-A----CA-T-A-A-
gi|123275 : ttATATC-----G--T--AA----C-T-A----A-TTT----AT-GG-T-C----T-AC--TG------T-A------T-A--A-CT-GAA--C-T----G-C--A---CG-T----CA-C-A-A-T----TC-T-T--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TG
gi|123261 : ttATATCC-GT-G--T--AAA-CCC-A-A----A-TTTT---AC-GG-T-T-CA-T-AT--CG------TAA------T-A--A-TT-ACA--T-T-T-TG-C--A---C
gi|123278 : ttATATCG-CT-G--A--AAA-CCCGT-A----A-TTTT---AT-GT-G-T-CA-T-AC--TG------T-A------TCA-AG-CT-GAAGGCGTAT-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-A-T----TT-AGT--AC---------GCTCAC-----A-G---C-ACA-TG
gi|123279 : tATATCC-GT-G--T--AAA-CCC-T-A----A-TTTT---AA-GG-T-T-C
gi|123266 : tTACCG-GT-G--T--AAAACCC-T-A----A-TGTT---TC-GG-T-T-CA-T-ACA-CG------T-A------TTA-GA-CT-GAA--C-T-T-CG-T--A---CGAT----CA-C-A-A-T----TCGTAT--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TG
gi|123270 : ttatTATCC-GT-G--T--AA--CCC-T-A----A-TTTT---TA-GG-T-T-CA-T-AC--TG------T-A------A-A-AA-GT-GAA--CGT-T-CG-T--A---CG-TA---CA-C-A-ACT----TC-GAT--AC---------G-TCAC-----AGG-A-C-AAA-TGA
gi|123281 : ttatTATCC-GTTG--TTAAAA-CCC-T-A------TTTT---AC-GGAT-TACA-T-AC--CGAGGACTT-A------TGA-GA-CT-GAA--CGT-T-CG-T--A---CGGT----CA-C-A-A-T----TC-ACT--AT---------G-TCAC-----A-G-
gi|123277 : ATCC-GT----T--AAA-CCC-C-A----AATTTT---AC-GGGT-T-CA-T-AC--CG------T-A------T-A-GA-CT-GAA--C-T-G-TG-T--A---CG-T----CA-C-A-A-T----TC-TAT--AC---------G-TCATAGGGAA-G-A-C-AAA-
gi|123282 : tatcC-AT-G--T--AAA-CCA---G----A-TTTT---AC-AG-T-T-CA---AC--CA------T-A------T-A-GA--T-GAA--T-T-T-CA-T--A---CA-T----CA-C-A-A-T----TC-TAT--ACGTAAGTAATG-TCGC-----A-G-A-C-AAA-AGAT
gi|123284 : T-G--T--AAA-CCC-T-A----A-TTTT---AC-GA-T-T-CA-T-AC--CG------T-A------T-A-GA-CT-GAA--C-T-T-CG-T--A---TG-T----CACC-A-A-T----TC-TAT--AC---------T-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TGAT
gi|123283 : T-G--T--AAA-CCG-T-A----A-TTTT---AC-GG-T-T-CA-T-AC--TG------T-A------T-A-AA-CT-GAA--C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-A-T----TC-TAT--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C--AA-TGAT
gi|123285 : -G--T--AAA-CCG-T-A----A-TTTT---AC-GG-T-T-CA-T-AC--TG------T-A------T-A-AA-CT-GAA--C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-A-T----TC-TAT--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TGAT
gi|123286 : --T--ACA-CCC-T-ATGAAA-TTTT------TG-T-T------AC--TG------T-A------T-A-AA-CT-GAA--C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-A-T----TC-TAT--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TGAT
gi|123287 : --T--ACA-CCC-T-ATGAAA-TTTT-------G-T-T------AC--TG------T-A------T-A-AA-CT-GAA--C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-ATT----TC-TAT--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TGAT
gi|123288 : TT---AC-AG-T-T-TG-T-GCAACG------TCA------C-T-GATCT-GAG--C-T-T-TA-T--A---CG-T----CA-C-A-G-T----TG-TAC--AC---------G-TCCT-----A-G-A-C-AAA-TGAT
gi|123289 : T---AC-AG-T-T-C--T-AT--CG------T-A----------GA--T-GAA--C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-G------TC-TAT--AC---------A-TCCCA----A-G-ACC-AAA-TGAT
gi|123290 : -T-AC--CG--------A------T------CT-GAA--C-T-T-TG-T--A---CG-T----CA-C-A-G-TAAAAT--TAC--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TGAT
gi|123292 : -T-AC--CG--------A------T------CT-GAA--C-T-T-TG-T--A---CG-T----CA-C-A-G-TAAAAT--TAC--AC---------G-TCAC-----A-G-A-CAAAA-TGAT
gi|123293 : --CG------T-A------T-ATAA-CT-GAA--C-T-C-CG----G---CG-TT---CA-C-A-A-T----TC-TAA--AC---------G-TCGC-----A-G-A-C--AA-TGA
gi|123294 : ------T-A------T-A-GA-CT-GAA--C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-A-T----TC-T
gi|123295 : -CT-GAA--C-T-T-TG-T--A---CG-T----CA-C-A-G-C----TC-TAT--AC---------T-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TGAT
gi|123296 : -CT-GAA--C-T-A-TG-T--A---CG-T----CA-C-A-G-T----TT-TAC--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TGAT
gi|123291 : -CT-AAA--A-T-T-TG-T--A---CA-T----CA-C-A-G-T----TG-TAC--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TGAT
gi|123297 : taacgtcatgat-CT-GAA--C-T-T-TG-T--A---CG-T----CA-C-A-G-T----TG-TAC--AC---------G-TCAT-----A-A-A-C-AAA-TGAT
gi|123299 : -CT-TAA--C-T-T-TG-T--A---CG-T----CA-C-C-G-T----TG-TAC--AC---------G-TCAC-----A-T-A-C-AAA-TGAT
gi|123298 : -CT-GAA--C-T-T-TA-T--A---CG-T----CG-C-A-G-T----AG-TAC--AC---------A-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TGAT
gi|123300 : A--C-T-T-TG-T--A---CG-T----CA-C-A-G-T----TG-TAC--AC---------G-TCAC-----G-G-G-C-AAA-TGAT
gi|123301 : --C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-A-T----TC-TATGAAC---------G-CCACA----A-G-A-CAAAA-TGAT
gi|123302 : -T--A---CA-T----CA-C-A-G-T----TC-TAC--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TGAT
Alignments
lowQualScore : 1 1 11 11 1 2 1 5555 1 333 1 3 1 1 1 1 22 444444 2 555555 3 1 1 22 2 0 0 0 11 111 1 4444 0 1 1 2 3333 0 33 333333333 0 44444 0 0 1 3 1
lowQualScore : . . .. .. . . . .... . ... . . . . . . .. ...... . ...... . . . .. . . . . .. ... . .... . . . . .... . .. ......... . ..... . . . . .
lowQualScore : 4 2 66 66 2 4 2 0000 2 111 1 3 1 1 1 1 55 000000 1 444444 2 1 8 11 6 9 9 9 22 555 7 4444 9 7 7 6 7777 9 11 777777777 9 22222 9 9 0 9 0
consensus : ATATCC-GT-G--T--AAA-CCC-T-A----A-TTTT---AC-GG-T-T-CA-T-AC--CG------T-A------T-A-GA-CTGAA--C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-A-T----TC-TAT--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TGAT
Reference ( family-440 ) : ATATCC-GT-G--T--AAA-CCC-T-A----A-TTTT---AC-GG-T-T-CA-T-AC--CG------T-A------T-A-GA-CTGAA--C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-A-T----TC-TAT--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TGAT
gi|123254 : ATATCC-GT-G--T--AAA-CCC-T-A----A-TTTT---AT-GG-T-T-CATT-AC--TG------T-A------T-A-AA-CTG-A--C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-A-T----TC-TAT--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TG
gi|123255 : ttATATCC-GT-G--T--AAA-CCC-A-A----A-TTTT---AC-AG-T-T-CA-T-AC--CA------T-A------T-A-GA-CTGAA--C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-A-T----TC-TAT--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-
gi|123256 : tcATATCC-AT-G--T--AAA-CCG-T-A----A-TTTT---AC-GG-T-T-CA-T-AC--TG------C-ATT----T-A-AA-CTGAA--C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-CAA-A-T----TC-TAT--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TGAT
gi|123257 : ttATATCC-GT-G--T---AA-CCC-TAA----A-TTTT---AC-GG-T-T-CA-T-AC--AG------T-A------T-A-GA-ATGAA--C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-A-T----TC-TAT--AC---------G-TCAG-----A-G-A-C-AAA-TGAT
gi|123258 : ttATATCC-GT-G--T--AAA-CCCCT-A----A-TTTT---AT-GG-T-T-TA-T-AC--TG------T-A------T-A-AA-CTGAA--C-T-T-CG-T--A---CA-T-----A-C-ATA-T----TC-TAT--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TG
gi|123259 : ttATATCCCGT-G--T--AAA-CCC-T-A----A-TTTTG--AT-GG-T-T-CA-T-AC--TG------T-A------T-A-AA-CTGAA--C-T-T-CG-TTAA---CG-T----CA-CAA-A-T----TC-TAT--AC---------G-TCAC-----A-G-G-C-AAA-TG
gi|123260 : ttATATCC-GT-G--T--AAA-CCC-A-A----A-TTTT---AC-GG-T-T-CA-T-AC--TG------T-AGATCTAT-A-GA-CTGAA--C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-A-T----TC-TAA--AC---------A-TCAC-----A-G-A-CAAAA-TGAT
gi|123261 : ttATATCC-GT-G--T--AAA-CCC-A-A----A-TTTT---AC-GG-T-T-CA-T-AT--CG------T-A------
gi|123262 : ttATATCC-GT-G--T--AAA-CCC-A-A----A-TTTT---AC-AG-T-T-CA-T-AC--AG------T-A------T-A-GG-CTGAA--C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-G-T----TC-TGC--AC---------G-TCAC-----A-G-A-CAAAA-TGATataattacattttgcac
gi|123263 : tcATATCC-GT-G--T--AAA-CC--T-A----A-TTTT---AT-GG-T-T-CA-T-AC--TG------T-A------T-A-AA-CTGAA--C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-A------TC-TAT--AC---------G-TCAC-----A-A-A-
gi|123264 : ttATATCC-TT-G--T--AA--CCC-T-A----A-TTTT---AC-AG-T-T-CA-T-AC--C---------A------T-A-GA-CTGAA--C-T-T--G-T------CG-T----CA-C-A-A-T----TC-TAT--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAG-TGAT
gi|123265 : tcATATCC-GT-G--T--AAC-CCC-T-A----A-TTTT---AT-GGGT-T-CA-T-AC--TG------T-A------T-A-AA-CTGAA--C-T-T-CG----A---CT-T----CA-C-A-ATT----TC-TATA-AC---------G-CCAC-----A-G-A-A-CAA-TG
gi|123266 : ttTACCG-GT-G--T--AAAACCC-T-A----A-TGTT---TC-GG-T-T-CA-T-ACA-CG------T-A------TTA-GA-CTGAA--C-T-T-CG-T--A---CGAT----CA-C-A-A-T----TCGTAT--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TG
gi|123267 : ttatATATCC-AT-G--T--AAA-CCT-A-A----A-TTTT---AC-AG-T-T-CA-T-AC--CG------T-A------T-A-GA-CTGAA--C-T-T-CG-T--A---CG-TCTGACA-C-A-A-T----TC-TTA--AC---------G-TCAC-----A-GCA-C-A
gi|123268 : tcATATCC-GT-G--T--AA--CCC-T-A----A-TTTTTAAACAGG-T-T-CA-TCAC--CG--------A------T-A-GA--TGAA--C-T-T-CGAT--A---CA-T----CA-C-A-A-T----TC-TATA-AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-
gi|123269 : ttATACCC-GT-G--T--AAA-CCC-A-A----A-TTTT---AC-GG-T-T-CA-T-AT--CG------T-A------T-A-GA-CTGAA--C-T-T-CG-T--A---GG-T----CA-C-A-A-T----
gi|123270 : ttTATCC-GT-G--T--AA--CCC-T-A----A-TTTT---TA-GG-T-T-CA-T-AC--TG------T-A------A-A-AA-GTGAA--CGT-T-CG-T--A---CG-TA---CA-C-A-ACT----TC-GAT--AC---------G-TCAC-----AGG-A-C-AAA-TGA
gi|123271 : ttatATATCC-GT-GGAT--AAA-CCG-T-A----C-TTTT---AC-AG-T---CA-T-AC--GG------TTA------T-A-AA-CTGAA--C-T-TGCG-T--A---CG-TT---CA-C-ATA-T----TC-TAT--AC---------G-TCAC-----G-A-G-C-AAATTGAT
gi|123272 : ttATATC--GT-G--T--AAA-CCC-T-A----A-TTTT---AC-GG-T-T-CA-T-AC--CG------T-AT-----T-A-GA-CTGAA--C-T-T-C--T--A----G-T----CA-C-G---------T-TAT--AC---------G--CA------A-G-A-C-AAT-TGAT
gi|123273 : ttATATCA-GT-G--T--AAA-CCG-T-A----A-CTTT---AC-GG-T-T-CA-T-AC--TG------T-A------T-A-AA-CTGAA--C-T-T-CG-T--A---CG-A----CA-T-A-A-
gi|123274 : ttATACCC-GT-G--T--AAA-CCC-A-A----A-TTTT---AC-GG-TCT-CA-T-AT--CGT-----T-A------T-A-GA-CTGAA--C-T-T-CG-T--A----G-T----CA-C-A-A-T----
gi|123275 : ttATATC-----G--T--AA----C-T-A----A-TTT----AT-GG-T-C----T-AC--TG------T-A------T-A--A-CTGAA--C-T----G-C--A---CG-T----CA-C-A-A-T----TC-T-T--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TG
gi|123276 : ttATATCC-GT-G------AA-CCG-T-A----A-TTTT---A--GT-T-T-CA-T-AC--TG------T-A------T-A-AAACTGAAA-C-T-T-CG-T--GTACCG-T----CA-C-A-G-T----TC-TAT--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TGAT
gi|123277 : tATCC-GT----T--AAA-CCC-C-A----AATTTT---AC-GGGT-T-CA-T-AC--CG------T-A------T-A-GA-CTGAA--C-T-G-TG-T--A---CG-T----CA-C-A-A-T----TC-TAT--AC---------G-TCATAGGGAA-G-A-C-AAA-
gi|123278 : tatcATATCG-CT-G--A--AAA-CCCGT-A----A-TTTT---AT-GT-G-T-CA-T-AC--TG------T-A------TCA-AG-CTGAAGGCGTAT-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-A-T----TT-AGT--AC---------GCTCAC-----A-G---C-ACA-TG
gi|123279 : tATATCC-GT-G--T--AAA-CCC-T-A----A-TTTT---AA-GG-T-T-C
gi|123280 : tATATCC-GT-G--T--AAA-CCC-T-A----A-TTTT---AC-GG-T-T-CA-T-AC--CG------T-A------T-A-GA-CTAAA--C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-A-T----TC-TAT--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TGAT
gi|123281 : TATCC-GTTG--TTAAAA-CCC-T-A------TTTT---AC-GGAT-TACA-T-AC--CGAGGACTT-A------TGA-GA-CTGAA--CGT-T-CG-T--A---CGGT----CA-C-A-A-T----TC-ACT--AT---------G-TCAC-----A-G-
gi|123282 : C-AT-G--T--AAA-CCA---G----A-TTTT---AC-AG-T-T-CA---AC--CA------T-A------T-A-GA--TGAA--T-T-T-CA-T--A---CA-T----CA-C-A-A-T----TC-TAT--ACGTAAGTAATG-TCGC-----A-G-A-C-AAA-AGAT
gi|123283 : T-G--T--AAA-CCG-T-A----A-TTTT---AC-GG-T-T-CA-T-AC--TG------T-A------T-A-AA-CTGAA--C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-A-T----TC-TAT--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C--AA-TGAT
gi|123284 : T-G--T--AAA-CCC-T-A----A-TTTT---AC-GA-T-T-CA-T-AC--CG------T-A------T-A-GA-CTGAA--C-T-T-CG-T--A---TG-T----CACC-A-A-T----TC-TAT--AC---------T-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TGAT
gi|123285 : -G--T--AAA-CCG-T-A----A-TTTT---AC-GG-T-T-CA-T-AC--TG------T-A------T-A-AA-CTGAA--C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-A-T----TC-TAT--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TGAT
gi|123286 : --T--ACA-CCC-T-ATGAAA-TTTT------TG-T-T------AC--TG------T-A------T-A-AA-CTGAA--C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-A-T----TC-TAT--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TGAT
gi|123287 : --T--ACA-CCC-T-ATGAAA-TTTT-------G-T-T------AC--TG------T-A------T-A-AA-CTGAA--C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-ATT----TC-TAT--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TGAT
gi|123288 : TT---AC-AG-T-T-TG-T-GCAACG------TCA------C-T-GATCTGAG--C-T-T-TA-T--A---CG-T----CA-C-A-G-T----TG-TAC--AC---------G-TCCT-----A-G-A-C-AAA-TGAT
gi|123289 : T---AC-AG-T-T-C--T-AT--CG------T-A----------GA--TGAA--C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-G------TC-TAT--AC---------A-TCCCA----A-G-ACC-AAA-TGAT
gi|123290 : -T-AC--CG--------A------T------CTGAA--C-T-T-TG-T--A---CG-T----CA-C-A-G-TAAAAT--TAC--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TGAT
gi|123291 : -CTAAA--A-T-T-TG-T--A---CA-T----CA-C-A-G-T----TG-TAC--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TGAT
gi|123292 : taacgtcatgat-T-AC--CG--------A------T------CTGAA--C-T-T-TG-T--A---CG-T----CA-C-A-G-TAAAAT--TAC--AC---------G-TCAC-----A-G-A-CAAAA-TGAT
gi|123293 : --CG------T-A------T-ATAA-CTGAA--C-T-C-CG----G---CG-TT---CA-C-A-A-T----TC-TAA--AC---------G-TCGC-----A-G-A-C--AA-TGA
gi|123294 : ------T-A------T-A-GA-CTGAA--C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-A-T----TC-T
gi|123295 : -CTGAA--C-T-T-TG-T--A---CG-T----CA-C-A-G-C----TC-TAT--AC---------T-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TGAT
gi|123296 : -CTGAA--C-T-A-TG-T--A---CG-T----CA-C-A-G-T----TT-TAC--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TGAT
gi|123297 : -CTGAA--C-T-T-TG-T--A---CG-T----CA-C-A-G-T----TG-TAC--AC---------G-TCAT-----A-A-A-C-AAA-TGAT
gi|123298 : -CTGAA--C-T-T-TA-T--A---CG-T----CG-C-A-G-T----AG-TAC--AC---------A-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TGAT
gi|123299 : -CTTAA--C-T-T-TG-T--A---CG-T----CA-C-C-G-T----TG-TAC--AC---------G-TCAC-----A-T-A-C-AAA-TGAT
gi|123300 : A--C-T-T-TG-T--A---CG-T----CA-C-A-G-T----TG-TAC--AC---------G-TCAC-----G-G-G-C-AAA-TGAT
gi|123301 : --C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-A-T----TC-TATGAAC---------G-CCACA----A-G-A-CAAAA-TGAT
gi|123302 : -T--A---CA-T----CA-C-A-G-T----TC-TAC--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TGAT
Alignments
lowQualScore : 1 1 11 11 1 2 1 5555 1 333 1 3 1 1 1 1 22 444444 2 555555 3 1 1 22 2 0 0 0 11 111 1 4444 0 1 1 2 3333 0 33 333333333 0 44444 0 0 1 3 1
lowQualScore : . . .. .. . . . .... . ... . . . . . . .. ...... . ...... . . . .. . . . . .. ... . .... . . . . .... . .. ......... . ..... . . . . .
lowQualScore : 4 2 66 66 2 4 2 0000 2 111 1 3 1 1 1 1 55 000000 1 444444 2 1 8 11 6 9 9 9 22 555 7 4444 9 7 7 6 7777 9 11 777777777 9 22222 9 9 0 9 0
consensus : ATATCC-GT-G--T--AAA-CCC-T-A----A-TTTT---AC-GG-T-T-CA-T-AC--CG------T-A------T-A-GA-CTGAA--C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-A-T----TC-TAT--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TGAT
Reference ( family-440 ) : ATATCC-GT-G--T--AAA-CCC-T-A----A-TTTT---AC-GG-T-T-CA-T-AC--CG------T-A------T-A-GA-CTGAA--C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-A-T----TC-TAT--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TGAT
gi|123254 : ATATCC-GT-G--T--AAA-CCC-T-A----A-TTTT---AT-GG-T-T-CATT-AC--TG------T-A------T-A-AA-CTG-A--C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-A-T----TC-TAT--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TG
gi|123255 : ttATATCC-GT-G--T--AAA-CCC-A-A----A-TTTT---AC-AG-T-T-CA-T-AC--CA------T-A------T-A-GA-CTGAA--C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-A-T----TC-TAT--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-
gi|123256 : tcATATCC-AT-G--T--AAA-CCG-T-A----A-TTTT---AC-GG-T-T-CA-T-AC--TG------C-ATT----T-A-AA-CTGAA--C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-CAA-A-T----TC-TAT--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TGAT
gi|123257 : ttATATCC-GT-G--T---AA-CCC-TAA----A-TTTT---AC-GG-T-T-CA-T-AC--AG------T-A------T-A-GA-ATGAA--C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-A-T----TC-TAT--AC---------G-TCAG-----A-G-A-C-AAA-TGAT
gi|123258 : ttATATCC-GT-G--T--AAA-CCCCT-A----A-TTTT---AT-GG-T-T-TA-T-AC--TG------T-A------T-A-AA-CTGAA--C-T-T-CG-T--A---CA-T-----A-C-ATA-T----TC-TAT--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TG
gi|123259 : ttATATCCCGT-G--T--AAA-CCC-T-A----A-TTTTG--AT-GG-T-T-CA-T-AC--TG------T-A------T-A-AA-CTGAA--C-T-T-CG-TTAA---CG-T----CA-CAA-A-T----TC-TAT--AC---------G-TCAC-----A-G-G-C-AAA-TG
gi|123260 : ttATATCC-GT-G--T--AAA-CCC-A-A----A-TTTT---AC-GG-T-T-CA-T-AC--TG------T-AGATCTAT-A-GA-CTGAA--C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-A-T----TC-TAA--AC---------A-TCAC-----A-G-A-CAAAA-TGAT
gi|123261 : ttATATCC-GT-G--T--AAA-CCC-A-A----A-TTTT---AC-GG-T-T-CA-T-AT--CG------T-A------
gi|123262 : ttATATCC-GT-G--T--AAA-CCC-A-A----A-TTTT---AC-AG-T-T-CA-T-AC--AG------T-A------T-A-GG-CTGAA--C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-G-T----TC-TGC--AC---------G-TCAC-----A-G-A-CAAAA-TGATataattacattttgcac
gi|123263 : tcATATCC-GT-G--T--AAA-CC--T-A----A-TTTT---AT-GG-T-T-CA-T-AC--TG------T-A------T-A-AA-CTGAA--C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-A------TC-TAT--AC---------G-TCAC-----A-A-A-
gi|123264 : ttATATCC-TT-G--T--AA--CCC-T-A----A-TTTT---AC-AG-T-T-CA-T-AC--C---------A------T-A-GA-CTGAA--C-T-T--G-T------CG-T----CA-C-A-A-T----TC-TAT--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAG-TGAT
gi|123265 : tcATATCC-GT-G--T--AAC-CCC-T-A----A-TTTT---AT-GGGT-T-CA-T-AC--TG------T-A------T-A-AA-CTGAA--C-T-T-CG----A---CT-T----CA-C-A-ATT----TC-TATA-AC---------G-CCAC-----A-G-A-A-CAA-TG
gi|123266 : ttTACCG-GT-G--T--AAAACCC-T-A----A-TGTT---TC-GG-T-T-CA-T-ACA-CG------T-A------TTA-GA-CTGAA--C-T-T-CG-T--A---CGAT----CA-C-A-A-T----TCGTAT--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TG
gi|123267 : ttatATATCC-AT-G--T--AAA-CCT-A-A----A-TTTT---AC-AG-T-T-CA-T-AC--CG------T-A------T-A-GA-CTGAA--C-T-T-CG-T--A---CG-TCTGACA-C-A-A-T----TC-TTA--AC---------G-TCAC-----A-GCA-C-A
gi|123268 : tcATATCC-GT-G--T--AA--CCC-T-A----A-TTTTTAAACAGG-T-T-CA-TCAC--CG--------A------T-A-GA--TGAA--C-T-T-CGAT--A---CA-T----CA-C-A-A-T----TC-TATA-AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-
gi|123269 : ttATACCC-GT-G--T--AAA-CCC-A-A----A-TTTT---AC-GG-T-T-CA-T-AT--CG------T-A------T-A-GA-CTGAA--C-T-T-CG-T--A---GG-T----CA-C-A-A-T----
gi|123270 : ttTATCC-GT-G--T--AA--CCC-T-A----A-TTTT---TA-GG-T-T-CA-T-AC--TG------T-A------A-A-AA-GTGAA--CGT-T-CG-T--A---CG-TA---CA-C-A-ACT----TC-GAT--AC---------G-TCAC-----AGG-A-C-AAA-TGA
gi|123271 : ttatATATCC-GT-GGAT--AAA-CCG-T-A----C-TTTT---AC-AG-T---CA-T-AC--GG------TTA------T-A-AA-CTGAA--C-T-TGCG-T--A---CG-TT---CA-C-ATA-T----TC-TAT--AC---------G-TCAC-----G-A-G-C-AAATTGAT
gi|123272 : ttATATC--GT-G--T--AAA-CCC-T-A----A-TTTT---AC-GG-T-T-CA-T-AC--CG------T-AT-----T-A-GA-CTGAA--C-T-T-C--T--A----G-T----CA-C-G---------T-TAT--AC---------G--CA------A-G-A-C-AAT-TGAT
gi|123273 : ttATATCA-GT-G--T--AAA-CCG-T-A----A-CTTT---AC-GG-T-T-CA-T-AC--TG------T-A------T-A-AA-CTGAA--C-T-T-CG-T--A---CG-A----CA-T-A-A-
gi|123274 : ttATACCC-GT-G--T--AAA-CCC-A-A----A-TTTT---AC-GG-TCT-CA-T-AT--CGT-----T-A------T-A-GA-CTGAA--C-T-T-CG-T--A----G-T----CA-C-A-A-T----
gi|123275 : ttATATC-----G--T--AA----C-T-A----A-TTT----AT-GG-T-C----T-AC--TG------T-A------T-A--A-CTGAA--C-T----G-C--A---CG-T----CA-C-A-A-T----TC-T-T--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TG
gi|123276 : ttATATCC-GT-G------AA-CCG-T-A----A-TTTT---A--GT-T-T-CA-T-AC--TG------T-A------T-A-AAACTGAAA-C-T-T-CG-T--GTACCG-T----CA-C-A-G-T----TC-TAT--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TGAT
gi|123277 : tATCC-GT----T--AAA-CCC-C-A----AATTTT---AC-GGGT-T-CA-T-AC--CG------T-A------T-A-GA-CTGAA--C-T-G-TG-T--A---CG-T----CA-C-A-A-T----TC-TAT--AC---------G-TCATAGGGAA-G-A-C-AAA-
gi|123278 : tatcATATCG-CT-G--A--AAA-CCCGT-A----A-TTTT---AT-GT-G-T-CA-T-AC--TG------T-A------TCA-AG-CTGAAGGCGTAT-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-A-T----TT-AGT--AC---------GCTCAC-----A-G---C-ACA-TG
gi|123279 : tATATCC-GT-G--T--AAA-CCC-T-A----A-TTTT---AA-GG-T-T-C
gi|123280 : tATATCC-GT-G--T--AAA-CCC-T-A----A-TTTT---AC-GG-T-T-CA-T-AC--CG------T-A------T-A-GA-CTAAA--C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-A-T----TC-TAT--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TGAT
gi|123281 : TATCC-GTTG--TTAAAA-CCC-T-A------TTTT---AC-GGAT-TACA-T-AC--CGAGGACTT-A------TGA-GA-CTGAA--CGT-T-CG-T--A---CGGT----CA-C-A-A-T----TC-ACT--AT---------G-TCAC-----A-G-
gi|123282 : C-AT-G--T--AAA-CCA---G----A-TTTT---AC-AG-T-T-CA---AC--CA------T-A------T-A-GA--TGAA--T-T-T-CA-T--A---CA-T----CA-C-A-A-T----TC-TAT--ACGTAAGTAATG-TCGC-----A-G-A-C-AAA-AGAT
gi|123283 : T-G--T--AAA-CCG-T-A----A-TTTT---AC-GG-T-T-CA-T-AC--TG------T-A------T-A-AA-CTGAA--C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-A-T----TC-TAT--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C--AA-TGAT
gi|123284 : T-G--T--AAA-CCC-T-A----A-TTTT---AC-GA-T-T-CA-T-AC--CG------T-A------T-A-GA-CTGAA--C-T-T-CG-T--A---TG-T----CACC-A-A-T----TC-TAT--AC---------T-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TGAT
gi|123285 : -G--T--AAA-CCG-T-A----A-TTTT---AC-GG-T-T-CA-T-AC--TG------T-A------T-A-AA-CTGAA--C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-A-T----TC-TAT--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TGAT
gi|123286 : --T--ACA-CCC-T-ATGAAA-TTTT------TG-T-T------AC--TG------T-A------T-A-AA-CTGAA--C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-A-T----TC-TAT--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TGAT
gi|123287 : --T--ACA-CCC-T-ATGAAA-TTTT-------G-T-T------AC--TG------T-A------T-A-AA-CTGAA--C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-ATT----TC-TAT--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TGAT
gi|123288 : TT---AC-AG-T-T-TG-T-GCAACG------TCA------C-T-GATCTGAG--C-T-T-TA-T--A---CG-T----CA-C-A-G-T----TG-TAC--AC---------G-TCCT-----A-G-A-C-AAA-TGAT
gi|123289 : T---AC-AG-T-T-C--T-AT--CG------T-A----------GA--TGAA--C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-G------TC-TAT--AC---------A-TCCCA----A-G-ACC-AAA-TGAT
gi|123290 : -T-AC--CG--------A------T------CTGAA--C-T-T-TG-T--A---CG-T----CA-C-A-G-TAAAAT--TAC--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TGAT
gi|123291 : -CTAAA--A-T-T-TG-T--A---CA-T----CA-C-A-G-T----TG-TAC--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TGAT
gi|123292 : taacgtcatgat-T-AC--CG--------A------T------CTGAA--C-T-T-TG-T--A---CG-T----CA-C-A-G-TAAAAT--TAC--AC---------G-TCAC-----A-G-A-CAAAA-TGAT
gi|123293 : --CG------T-A------T-ATAA-CTGAA--C-T-C-CG----G---CG-TT---CA-C-A-A-T----TC-TAA--AC---------G-TCGC-----A-G-A-C--AA-TGA
gi|123294 : ------T-A------T-A-GA-CTGAA--C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-A-T----TC-T
gi|123295 : -CTGAA--C-T-T-TG-T--A---CG-T----CA-C-A-G-C----TC-TAT--AC---------T-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TGAT
gi|123296 : -CTGAA--C-T-A-TG-T--A---CG-T----CA-C-A-G-T----TT-TAC--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TGAT
gi|123297 : -CTGAA--C-T-T-TG-T--A---CG-T----CA-C-A-G-T----TG-TAC--AC---------G-TCAT-----A-A-A-C-AAA-TGAT
gi|123298 : -CTGAA--C-T-T-TA-T--A---CG-T----CG-C-A-G-T----AG-TAC--AC---------A-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TGAT
gi|123299 : -CTTAA--C-T-T-TG-T--A---CG-T----CA-C-C-G-T----TG-TAC--AC---------G-TCAC-----A-T-A-C-AAA-TGAT
gi|123300 : A--C-T-T-TG-T--A---CG-T----CA-C-A-G-T----TG-TAC--AC---------G-TCAC-----G-G-G-C-AAA-TGAT
gi|123301 : --C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-A-T----TC-TATGAAC---------G-CCACA----A-G-A-CAAAA-TGAT
gi|123302 : -T--A---CA-T----CA-C-A-G-T----TC-TAC--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TGAT
blockSeqs : C T GA TA A C A TGAA A TAA A G C A . C AA AGGACT T GATCTA T T A GG G TA TAC A CTGA A T T AAAA GA GTAAGTAAT AGGGA A T
blockSeqs : . . . . . G . TGAA . G . G . . . . A T C TT C . T A G . . G A A T C AAAA A . A A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . . . T G . . . G . . . T . . T . A . A A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : ATATCC-GT-G--T--AAA-CCC-T-A----A-TTTT---AC-GG-T-T-CA-T-AC--CG------T-A------T-A-GA-CTGAA--C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-A-T----TC-TAT--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TGAT
finalCons : ATATCC-GT-G--T--AAA-CCC-T-A----A-TTTT---AC-GG-T-T-CA-T-AC--CG------T-A------T-A-GA-CTGAA--C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-A-T----TC-TAT--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TGAT
Alignments
lowQualScore : 1 1 11 11 1 2 1 5555 1 333 1 3 1 1 1 1 22 444444 2 555555 3 1 1 22 2 0 0 0 11 111 1 4444 0 1 1 2 3333 0 33 333333333 0 44444 0 0 1 3 1
lowQualScore : . . .. .. . . . .... . ... . . . . . . .. ...... . ...... . . . .. . . . . .. ... . .... . . . . .... . .. ......... . ..... . . . . .
lowQualScore : 4 2 66 66 2 4 2 0000 2 111 1 3 1 1 1 1 55 000000 1 444444 2 1 8 11 6 9 9 9 22 555 7 4444 9 7 7 6 7777 9 11 777777777 9 22222 9 9 0 9 0
consensus : ATATCC-GT-G--T--AAA-CCC-T-A----A-TTTT---AC-GG-T-T-CA-T-AC--CG------T-A------T-A-GA-CTGAA--C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-A-T----TC-TAT--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TGAT
Reference ( family-440 ) : ATATCC-GT-G--T--AAA-CCC-T-A----A-TTTT---AC-GG-T-T-CA-T-AC--CG------T-A------T-A-GA-CTGAA--C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-A-T----TC-TAT--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TGAT
gi|123254 : ATATCC-GT-G--T--AAA-CCC-T-A----A-TTTT---AT-GG-T-T-CATT-AC--TG------T-A------T-A-AA-CTG-A--C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-A-T----TC-TAT--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TG
gi|123255 : ttATATCC-GT-G--T--AAA-CCC-A-A----A-TTTT---AC-AG-T-T-CA-T-AC--CA------T-A------T-A-GA-CTGAA--C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-A-T----TC-TAT--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-
gi|123256 : tcATATCC-AT-G--T--AAA-CCG-T-A----A-TTTT---AC-GG-T-T-CA-T-AC--TG------C-ATT----T-A-AA-CTGAA--C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-CAA-A-T----TC-TAT--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TGAT
gi|123257 : ttATATCC-GT-G--T---AA-CCC-TAA----A-TTTT---AC-GG-T-T-CA-T-AC--AG------T-A------T-A-GA-ATGAA--C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-A-T----TC-TAT--AC---------G-TCAG-----A-G-A-C-AAA-TGAT
gi|123258 : ttATATCC-GT-G--T--AAA-CCCCT-A----A-TTTT---AT-GG-T-T-TA-T-AC--TG------T-A------T-A-AA-CTGAA--C-T-T-CG-T--A---CA-T-----A-C-ATA-T----TC-TAT--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TG
gi|123259 : ttATATCCCGT-G--T--AAA-CCC-T-A----A-TTTTG--AT-GG-T-T-CA-T-AC--TG------T-A------T-A-AA-CTGAA--C-T-T-CG-TTAA---CG-T----CA-CAA-A-T----TC-TAT--AC---------G-TCAC-----A-G-G-C-AAA-TG
gi|123260 : ttATATCC-GT-G--T--AAA-CCC-A-A----A-TTTT---AC-GG-T-T-CA-T-AC--TG------T-AGATCTAT-A-GA-CTGAA--C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-A-T----TC-TAA--AC---------A-TCAC-----A-G-A-CAAAA-TGAT
gi|123261 : ttATATCC-GT-G--T--AAA-CCC-A-A----A-TTTT---AC-GG-T-T-CA-T-AT--CG------T-A------
gi|123262 : ttATATCC-GT-G--T--AAA-CCC-A-A----A-TTTT---AC-AG-T-T-CA-T-AC--AG------T-A------T-A-GG-CTGAA--C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-G-T----TC-TGC--AC---------G-TCAC-----A-G-A-CAAAA-TGATataattacattttgcac
gi|123263 : tcATATCC-GT-G--T--AAA-CC--T-A----A-TTTT---AT-GG-T-T-CA-T-AC--TG------T-A------T-A-AA-CTGAA--C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-A------TC-TAT--AC---------G-TCAC-----A-A-A-
gi|123264 : ttATATCC-TT-G--T--AA--CCC-T-A----A-TTTT---AC-AG-T-T-CA-T-AC--C---------A------T-A-GA-CTGAA--C-T-T--G-T------CG-T----CA-C-A-A-T----TC-TAT--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAG-TGAT
gi|123265 : tcATATCC-GT-G--T--AAC-CCC-T-A----A-TTTT---AT-GGGT-T-CA-T-AC--TG------T-A------T-A-AA-CTGAA--C-T-T-CG----A---CT-T----CA-C-A-ATT----TC-TATA-AC---------G-CCAC-----A-G-A-A-CAA-TG
gi|123266 : ttTACCG-GT-G--T--AAAACCC-T-A----A-TGTT---TC-GG-T-T-CA-T-ACA-CG------T-A------TTA-GA-CTGAA--C-T-T-CG-T--A---CGAT----CA-C-A-A-T----TCGTAT--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TG
gi|123267 : ttatATATCC-AT-G--T--AAA-CCT-A-A----A-TTTT---AC-AG-T-T-CA-T-AC--CG------T-A------T-A-GA-CTGAA--C-T-T-CG-T--A---CG-TCTGACA-C-A-A-T----TC-TTA--AC---------G-TCAC-----A-GCA-C-A
gi|123268 : tcATATCC-GT-G--T--AA--CCC-T-A----A-TTTTTAAACAGG-T-T-CA-TCAC--CG--------A------T-A-GA--TGAA--C-T-T-CGAT--A---CA-T----CA-C-A-A-T----TC-TATA-AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-
gi|123269 : ttATACCC-GT-G--T--AAA-CCC-A-A----A-TTTT---AC-GG-T-T-CA-T-AT--CG------T-A------T-A-GA-CTGAA--C-T-T-CG-T--A---GG-T----CA-C-A-A-T----
gi|123270 : ttTATCC-GT-G--T--AA--CCC-T-A----A-TTTT---TA-GG-T-T-CA-T-AC--TG------T-A------A-A-AA-GTGAA--CGT-T-CG-T--A---CG-TA---CA-C-A-ACT----TC-GAT--AC---------G-TCAC-----AGG-A-C-AAA-TGA
gi|123271 : ttatATATCC-GT-GGAT--AAA-CCG-T-A----C-TTTT---AC-AG-T---CA-T-AC--GG------TTA------T-A-AA-CTGAA--C-T-TGCG-T--A---CG-TT---CA-C-ATA-T----TC-TAT--AC---------G-TCAC-----G-A-G-C-AAATTGAT
gi|123272 : ttATATC--GT-G--T--AAA-CCC-T-A----A-TTTT---AC-GG-T-T-CA-T-AC--CG------T-AT-----T-A-GA-CTGAA--C-T-T-C--T--A----G-T----CA-C-G---------T-TAT--AC---------G--CA------A-G-A-C-AAT-TGAT
gi|123273 : ttATATCA-GT-G--T--AAA-CCG-T-A----A-CTTT---AC-GG-T-T-CA-T-AC--TG------T-A------T-A-AA-CTGAA--C-T-T-CG-T--A---CG-A----CA-T-A-A-
gi|123274 : ttATACCC-GT-G--T--AAA-CCC-A-A----A-TTTT---AC-GG-TCT-CA-T-AT--CGT-----T-A------T-A-GA-CTGAA--C-T-T-CG-T--A----G-T----CA-C-A-A-T----
gi|123275 : ttATATC-----G--T--AA----C-T-A----A-TTT----AT-GG-T-C----T-AC--TG------T-A------T-A--A-CTGAA--C-T----G-C--A---CG-T----CA-C-A-A-T----TC-T-T--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TG
gi|123276 : ttATATCC-GT-G------AA-CCG-T-A----A-TTTT---A--GT-T-T-CA-T-AC--TG------T-A------T-A-AAACTGAAA-C-T-T-CG-T--GTACCG-T----CA-C-A-G-T----TC-TAT--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TGAT
gi|123277 : tATCC-GT----T--AAA-CCC-C-A----AATTTT---AC-GGGT-T-CA-T-AC--CG------T-A------T-A-GA-CTGAA--C-T-G-TG-T--A---CG-T----CA-C-A-A-T----TC-TAT--AC---------G-TCATAGGGAA-G-A-C-AAA-
gi|123278 : tatcATATCG-CT-G--A--AAA-CCCGT-A----A-TTTT---AT-GT-G-T-CA-T-AC--TG------T-A------TCA-AG-CTGAAGGCGTAT-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-A-T----TT-AGT--AC---------GCTCAC-----A-G---C-ACA-TG
gi|123279 : tATATCC-GT-G--T--AAA-CCC-T-A----A-TTTT---AA-GG-T-T-C
gi|123280 : tATATCC-GT-G--T--AAA-CCC-T-A----A-TTTT---AC-GG-T-T-CA-T-AC--CG------T-A------T-A-GA-CTAAA--C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-A-T----TC-TAT--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TGAT
gi|123281 : TATCC-GTTG--TTAAAA-CCC-T-A------TTTT---AC-GGAT-TACA-T-AC--CGAGGACTT-A------TGA-GA-CTGAA--CGT-T-CG-T--A---CGGT----CA-C-A-A-T----TC-ACT--AT---------G-TCAC-----A-G-
gi|123282 : C-AT-G--T--AAA-CCA---G----A-TTTT---AC-AG-T-T-CA---AC--CA------T-A------T-A-GA--TGAA--T-T-T-CA-T--A---CA-T----CA-C-A-A-T----TC-TAT--ACGTAAGTAATG-TCGC-----A-G-A-C-AAA-AGAT
gi|123283 : T-G--T--AAA-CCG-T-A----A-TTTT---AC-GG-T-T-CA-T-AC--TG------T-A------T-A-AA-CTGAA--C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-A-T----TC-TAT--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C--AA-TGAT
gi|123284 : T-G--T--AAA-CCC-T-A----A-TTTT---AC-GA-T-T-CA-T-AC--CG------T-A------T-A-GA-CTGAA--C-T-T-CG-T--A---TG-T----CACC-A-A-T----TC-TAT--AC---------T-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TGAT
gi|123285 : -G--T--AAA-CCG-T-A----A-TTTT---AC-GG-T-T-CA-T-AC--TG------T-A------T-A-AA-CTGAA--C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-A-T----TC-TAT--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TGAT
gi|123286 : --T--ACA-CCC-T-ATGAAA-TTTT------TG-T-T------AC--TG------T-A------T-A-AA-CTGAA--C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-A-T----TC-TAT--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TGAT
gi|123287 : --T--ACA-CCC-T-ATGAAA-TTTT-------G-T-T------AC--TG------T-A------T-A-AA-CTGAA--C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-ATT----TC-TAT--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TGAT
gi|123288 : TT---AC-AG-T-T-TG-T-GCAACG------TCA------C-T-GATCTGAG--C-T-T-TA-T--A---CG-T----CA-C-A-G-T----TG-TAC--AC---------G-TCCT-----A-G-A-C-AAA-TGAT
gi|123289 : T---AC-AG-T-T-C--T-AT--CG------T-A----------GA--TGAA--C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-G------TC-TAT--AC---------A-TCCCA----A-G-ACC-AAA-TGAT
gi|123290 : -T-AC--CG--------A------T------CTGAA--C-T-T-TG-T--A---CG-T----CA-C-A-G-TAAAAT--TAC--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TGAT
gi|123291 : -CTAAA--A-T-T-TG-T--A---CA-T----CA-C-A-G-T----TG-TAC--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TGAT
gi|123292 : taacgtcatgat-T-AC--CG--------A------T------CTGAA--C-T-T-TG-T--A---CG-T----CA-C-A-G-TAAAAT--TAC--AC---------G-TCAC-----A-G-A-CAAAA-TGAT
gi|123293 : --CG------T-A------T-ATAA-CTGAA--C-T-C-CG----G---CG-TT---CA-C-A-A-T----TC-TAA--AC---------G-TCGC-----A-G-A-C--AA-TGA
gi|123294 : ------T-A------T-A-GA-CTGAA--C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-A-T----TC-T
gi|123295 : -CTGAA--C-T-T-TG-T--A---CG-T----CA-C-A-G-C----TC-TAT--AC---------T-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TGAT
gi|123296 : -CTGAA--C-T-A-TG-T--A---CG-T----CA-C-A-G-T----TT-TAC--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TGAT
gi|123297 : -CTGAA--C-T-T-TG-T--A---CG-T----CA-C-A-G-T----TG-TAC--AC---------G-TCAT-----A-A-A-C-AAA-TGAT
gi|123298 : -CTGAA--C-T-T-TA-T--A---CG-T----CG-C-A-G-T----AG-TAC--AC---------A-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TGAT
gi|123299 : -CTTAA--C-T-T-TG-T--A---CG-T----CA-C-C-G-T----TG-TAC--AC---------G-TCAC-----A-T-A-C-AAA-TGAT
gi|123300 : A--C-T-T-TG-T--A---CG-T----CA-C-A-G-T----TG-TAC--AC---------G-TCAC-----G-G-G-C-AAA-TGAT
gi|123301 : --C-T-T-CG-T--A---CG-T----CA-C-A-A-T----TC-TATGAAC---------G-CCACA----A-G-A-CAAAA-TGAT
gi|123302 : -T--A---CA-T----CA-C-A-G-T----TC-TAC--AC---------G-TCAC-----A-G-A-C-AAA-TGAT