lowQualScore : 11 0 2222 5 0 7 2
lowQualScore : .. . .... . . . .
lowQualScore : 22 9 7777 7 9 0 4
consensus : GGTTGCCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACANGGT-CGAAGGTCAAGTGGTCAGTCT
Reference ( gi|21151 ) : GGTTGCCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-CGAAGGTCAAGTGGTCAGTCT
gi|21136 : GATTGCCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-TGAAGGTCAAGTGGTCAGTCT
gi|21153 : GGTTGCCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCC-----TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-CGAAGGTCAAGTGGTCAGTCT
gi|21152 : GGTTGCCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCCCC---TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-CGAA-GTCAAGTGGTCAGTCT
gi|21159 : GGTTGCCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-CTAAGGTCAA--GGTCAGTCTtagac
gi|21144 : GGTTGCCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-CGAAGGTCAAGgta
gi|21137 : GGTTGCCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-CGAAGGTCAAG
gi|21138 : GGTTGCCCTTAGAAAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-CGAAGGTCAAG
gi|21148 : GGTTGCCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-CAAAGGTCAAG
gi|21154 : GGTTGCACTTAGAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-CGAAGGTCAAG
gi|21149 : GGTTGCCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCCT----TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-TGAAGGTCAAG
gi|21145 : GGTTGCCCTTAGAGAGTA--GA-CGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-CCAAGGTCAAG
gi|21167 : GGTTGCCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-CTAA--TAAAGTGGTTAGT
gi|21156 : GGTTGCCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCC-----TATTGATTTTCAGGTCATATGGT-CGAAGGTCAAGatgttcgac
gi|21146 : GATTGCCCTTAGGGAATA--GA-TGATCCG----TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-CAAAGGTCAA--GGTCA
gi|21150 : GGTTGCCTTTAGAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACATGGC-CAAAAGTCAaacttc
gi|21135 : GATTGTCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACAAAGT-CAAAGGTCAA--GGTCAg
gi|21162 : GGTTGTCCTTAAAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-CAAAGGTaatct
gi|21161 : GGTTGTCCTTAAAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-CAAAGGT
gi|21155 : GGTTGCCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCTC----TATTGATTTTCAGGTCGAA--GT-C-AAGGTCAAGAGGTCAGT
gi|21158 : GGTTGCCCTTAAAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGA-TTTCAGGTCACATGGTCCAAAGGTCAAGgtgta
gi|21147 : GGTTGCCCTTAGAGGGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACAAGGT-C-AAAGTCAAACCGCTGGTCT
gi|21165 : GATTGCCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCCCAGACTATTGATTTTCAGGTCACATGGT-CCAATGTCAAGt
gi|21143 : GATTGTCCTTAGAGAGTA--GAATGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACAAAGT-CAAAGGTCAAG
gi|21157 : GATTGTC-TTAGAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACAAAGT-CAAAGTTCAA--GGTCAATC
gi|21164 : GGTTGCCCTTAGAGGGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAAGTCACAAGGT-CAAA
gi|21163 : GGTTGCCCTTAGAGGGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAAGTCACAAGGT-CAAA
gi|21160 : GATTTTCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACAAAGT-C-AAGGTCA
gi|21166 : GGTTGTCCTTAGAGAGTA--AA-TGATCCT----TATTGATTTTCAGGTC-TAAGGT-C-AAGGTCA
gi|21141 : GATTGCCCTTTGAGAATA--AA-TGATCGC----TATTGATTTTTAGGTCACACGAC-CAAAGGTCAAGgactgctggtctt
gi|21140 : GATTGCCCTTTGAGAGTA--GA-TGATCAC----TATTGATTTTTAGGTTACGAAGT-CAAAGGTCAgc
gi|21133 : GGTTGCTCTTAAAAAGTA--TA-TGACCCT----TATTGATTTTCAGGTCACTAGAT-AAAAGGTCAAATTGT
gi|21142 : GATTGCCCTAAGAACGTG--CA-TGATCCA----TATTGATTTTCAGGTCACAAGGT-C-AAGGTCAaattttctac
gi|21128 : GATTGCCCTTCAAGAGTA--TA-TGACCGG----TATTGATCTTCAGGACACAAAAT-CAAAAGTCAGG
gi|21127 : GATTGCCCTTCAAGAGTA--TA-TGACCGG----TATTGATCTTCAGGACACAAAAT-CAAAAGTCAGGctgtactcttcgac
gi|21139 : GATTGATTTTA-AGAGTA--TA-TGACCCT----TATTGATTTTCAGGTTACAAGAT-CAAAAGTctgtactcttcgac
gi|21132 : GATTGCGCTTAAAAAGTA--TA-TGACTCT----TATTGATTTTCGGGAAACAATAT-CGAAGCTCAGGatagtaataattttc
gi|21129 : GATTGCCCTTTAAGAGTT--TA-TGACCGG----TGTTGATCTTCAAGTCACAAAAT-CAAAAGTCAGGatgtaattttcaac
gi|21130 : GATTGCCCTTCAAGATTA--TA-TGACCGG----TATTGATCCTCAGGACACAAAAT-CAAActgtaattttcgac
gi|21131 : GATTACCCTTCAAAAGTA--TA-TGATCAG----TATTGATTCCCAGG
gi|21134 : GATTGTTCTTTAAGAGTA--TA-CAACC-------ATTGATTTTCTGGACACAAGAT-CAAAAACCAGGactcaaaataaaaaaaacatcaggctgtaattctcgac
gi|21169 : TTGTCCTTAAAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTAATTTTCAGGTCACACAGT-CAAAatgtaa
gi|21170 : TTACCCTTATAGAGTATGGA-TGATCTC----TATTGATTTTCAGGTCACAAGGT-CAAATGTCAttcagg
gi|21168 : TTGCCCTTTAAGATTA--TA-TGACCGG----TATTGCTTCTCAGGACAAAAGAT-CAAAAGTCAGG
gi|21172 : aTGCCCTAAGAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-CAAAGGTCAAGTGGTCActgtaattttcgac
gi|21171 : TGCCCTTAAAGAGTA--GA-TGACCCC----TATTGATTTTCAAGTCACAAGTT-CAAAGGTCAAt
gi|21173 : AGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACAAGGT-CAAAGGTCAAGactg
gi|21174 : -TAACCCT----TATTGATCTTCAAGACACAAGAT-CAAAAGTCAGG
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|21175 ): GTATGATTTTGAGGACACAAGATCAATAGCCAGGCTTTAATTTTCGAC
Alignments
lowQualScore : 11 0 2222 1 0 6 1
lowQualScore : .. . .... . . . .
lowQualScore : 22 8 6666 8 9 6 5
consensus : GGTTGCCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACANGGT-CGAAGGTCAAGTGGTCAGTCT
Reference ( family-438 ) : GGTTGCCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACANGGT-CGAAGGTCAAGTGGTCAGTCT
gi|21127 : GATTGCCCTTCAAGAGTA--TA-TGACCGG----TATTGATCTTCAGGACACAAAAT-CAAAAGTCAGG
gi|21128 : GATTGCCCTTCAAGAGTA--TA-TGACCGG----TATTGATCTTCAGGACACAAAAT-CAAAAGTCAGGctgtactcttcgac
gi|21129 : GATTGCCCTTTAAGAGTT--TA-TGACCGG----TGTTGATCTTCAAGTCACAAAAT-CAAAAGTCAGGctgtactcttcgac
gi|21130 : GATTGCCCTTCAAGATTA--TA-TGACCGG----TATTGATCCTCAGGACACAAAAT-CAAActgtaattttcgac
gi|21131 : GATTACCCTTCAAAAGTA--TA-TGATCAG----TATTGATTCCCAGG
gi|21132 : GATTGCGCTTAAAAAGTA--TA-TGACTCT----TATTGATTTTCGGGAAACAATAT-CGAAGCTCAGGactcaaaataaaaaaaacatcaggctgtaattctcgac
gi|21133 : GGTTGCTCTTAAAAAGTA--TA-TGACCCT----TATTGATTTTCAGGTCACTAGAT-AAAAGGTCAAATTGTatgtaattttcaac
gi|21134 : GATTGTTCTTTAAGAGTA--TA-CAACC-------ATTGATTTTCTGGACACAAGAT-CAAAAACCAGGaattttctac
gi|21135 : GATTGTCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACAAAGT-CAAAGGTCAA--GGTCAatgtaa
gi|21136 : GATTGCCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-TGAAGGTCAAGTGGTCAGTCTaatct
gi|21137 : GGTTGCCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-CGAAGGTCAAG
gi|21138 : GGTTGCCCTTAGAAAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-CGAAGGTCAAG
gi|21139 : GATTGATTTTA-AGAGTA--TA-TGACCCT----TATTGATTTTCAGGTTACAAGAT-CAAAAGT
gi|21140 : GATTGCCCTTTGAGAGTA--GA-TGATCAC----TATTGATTTTTAGGTTACGAAGT-CAAAGGTCAatagtaataattttc
gi|21141 : GATTGCCCTTTGAGAATA--AA-TGATCGC----TATTGATTTTTAGGTCACACGAC-CAAAGGTCAAG
gi|21142 : GATTGCCCTAAGAACGTG--CA-TGATCCA----TATTGATTTTCAGGTCACAAGGT-C-AAGGTCAgc
gi|21143 : GATTGTCCTTAGAGAGTA--GAATGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACAAAGT-CAAAGGTCAAG
gi|21144 : GGTTGCCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-CGAAGGTCAAG
gi|21145 : GGTTGCCCTTAGAGAGTA--GA-CGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-CCAAGGTCAAG
gi|21146 : GATTGCCCTTAGGGAATA--GA-TGATCCG----TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-CAAAGGTCAA--GGTCA
gi|21147 : GGTTGCCCTTAGAGGGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACAAGGT-C-AAAGTCAAACCGCTGGTCTaacttc
gi|21148 : GGTTGCCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-CAAAGGTCAAGt
gi|21149 : GGTTGCCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCCT----TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-TGAAGGTCAAG
gi|21150 : GGTTGCCTTTAGAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACATGGC-CAAAAGTCA
gi|21151 : GGTTGCCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-CGAAGGTCAAGTGGTCAGTCTg
gi|21152 : GGTTGCCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCCCC---TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-CGAA-GTCAAGTGGTCAGTCT
gi|21153 : GGTTGCCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCC-----TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-CGAAGGTCAAGTGGTCAGTCTtagac
gi|21154 : GGTTGCACTTAGAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-CGAAGGTCAAG
gi|21155 : GGTTGCCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCTC----TATTGATTTTCAGGTCGAA--GT-C-AAGGTCAAGAGGTCAGT
gi|21156 : GGTTGCCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCC-----TATTGATTTTCAGGTCATATGGT-CGAAGGTCAAGgtgta
gi|21157 : GATTGTC-TTAGAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACAAAGT-CAAAGTTCAA--GGTCAATC
gi|21158 : GGTTGCCCTTAAAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGA-TTTCAGGTCACATGGTCCAAAGGTCAAG
gi|21159 : GGTTGCCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-CTAAGGTCAA--GGTCAGTCT
gi|21160 : GATTTTCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACAAAGT-C-AAGGTCAgta
gi|21161 : GGTTGTCCTTAAAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-CAAAGGT
gi|21162 : GGTTGTCCTTAAAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-CAAAGGT
gi|21163 : GGTTGCCCTTAGAGGGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAAGTCACAAGGT-CAAA
gi|21164 : GGTTGCCCTTAGAGGGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAAGTCACAAGGT-CAAA
gi|21165 : GATTGCCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCCCAGACTATTGATTTTCAGGTCACATGGT-CCAATGTCAAG
gi|21166 : GGTTGTCCTTAGAGAGTA--AA-TGATCCT----TATTGATTTTCAGGTC-TAAGGT-C-AAGGTCA
gi|21167 : GGTTGCCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-CTAA--TAAAGTGGTTAGTgactgctggtctt
gi|21168 : TTGCCCTTTAAGATTA--TA-TGACCGG----TATTGCTTCTCAGGACAAAAGAT-CAAAAGTCAGGatgttcgac
gi|21169 : aTTGTCCTTAAAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTAATTTTCAGGTCACACAGT-CAAActgtaattttcgac
gi|21170 : TTACCCTTATAGAGTATGGA-TGATCTC----TATTGATTTTCAGGTCACAAGGT-CAAATGTCAttcagg
gi|21171 : TGCCCTTAAAGAGTA--GA-TGACCCC----TATTGATTTTCAAGTCACAAGTT-CAAAGGTCAA
gi|21172 : TGCCCTAAGAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-CAAAGGTCAAGTGGTCAactg
gi|21173 : AGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACAAGGT-CAAAGGTCAAGt
gi|21174 : -TAACCCT----TATTGATCTTCAAGACACAAGAT-CAAAAGTCAGG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21175 ): GTATGATTTTGAGGACACAAGATCAATAGCCAGGCTTTAATTTTCGAC
Alignments
lowQualScore : 11 0 2222 1 0 6 1
lowQualScore : .. . .... . . . .
lowQualScore : 22 8 6666 8 9 6 5
consensus : GGTTGCCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACANGGT-CGAAGGTCAAGTGGTCAGTCT
Reference ( family-438 ) : GGTTGCCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACANGGT-CGAAGGTCAAGTGGTCAGTCT
gi|21127 : GATTGCCCTTCAAGAGTA--TA-TGACCGG----TATTGATCTTCAGGACACAAAAT-CAAAAGTCAGG
gi|21128 : GATTGCCCTTCAAGAGTA--TA-TGACCGG----TATTGATCTTCAGGACACAAAAT-CAAAAGTCAGGctgtactcttcgac
gi|21129 : GATTGCCCTTTAAGAGTT--TA-TGACCGG----TGTTGATCTTCAAGTCACAAAAT-CAAAAGTCAGGctgtactcttcgac
gi|21130 : GATTGCCCTTCAAGATTA--TA-TGACCGG----TATTGATCCTCAGGACACAAAAT-CAAActgtaattttcgac
gi|21131 : GATTACCCTTCAAAAGTA--TA-TGATCAG----TATTGATTCCCAGG
gi|21132 : GATTGCGCTTAAAAAGTA--TA-TGACTCT----TATTGATTTTCGGGAAACAATAT-CGAAGCTCAGGactcaaaataaaaaaaacatcaggctgtaattctcgac
gi|21133 : GGTTGCTCTTAAAAAGTA--TA-TGACCCT----TATTGATTTTCAGGTCACTAGAT-AAAAGGTCAAATTGTatgtaattttcaac
gi|21134 : GATTGTTCTTTAAGAGTA--TA-CAACC-------ATTGATTTTCTGGACACAAGAT-CAAAAACCAGGaattttctac
gi|21135 : GATTGTCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACAAAGT-CAAAGGTCAA--GGTCAatgtaa
gi|21136 : GATTGCCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-TGAAGGTCAAGTGGTCAGTCTaatct
gi|21137 : GGTTGCCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-CGAAGGTCAAG
gi|21138 : GGTTGCCCTTAGAAAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-CGAAGGTCAAG
gi|21139 : GATTGATTTTA-AGAGTA--TA-TGACCCT----TATTGATTTTCAGGTTACAAGAT-CAAAAGT
gi|21140 : GATTGCCCTTTGAGAGTA--GA-TGATCAC----TATTGATTTTTAGGTTACGAAGT-CAAAGGTCAatagtaataattttc
gi|21141 : GATTGCCCTTTGAGAATA--AA-TGATCGC----TATTGATTTTTAGGTCACACGAC-CAAAGGTCAAG
gi|21142 : GATTGCCCTAAGAACGTG--CA-TGATCCA----TATTGATTTTCAGGTCACAAGGT-C-AAGGTCAgc
gi|21143 : GATTGTCCTTAGAGAGTA--GAATGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACAAAGT-CAAAGGTCAAG
gi|21144 : GGTTGCCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-CGAAGGTCAAG
gi|21145 : GGTTGCCCTTAGAGAGTA--GA-CGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-CCAAGGTCAAG
gi|21146 : GATTGCCCTTAGGGAATA--GA-TGATCCG----TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-CAAAGGTCAA--GGTCA
gi|21147 : GGTTGCCCTTAGAGGGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACAAGGT-C-AAAGTCAAACCGCTGGTCTaacttc
gi|21148 : GGTTGCCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-CAAAGGTCAAGt
gi|21149 : GGTTGCCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCCT----TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-TGAAGGTCAAG
gi|21150 : GGTTGCCTTTAGAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACATGGC-CAAAAGTCA
gi|21151 : GGTTGCCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-CGAAGGTCAAGTGGTCAGTCTg
gi|21152 : GGTTGCCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCCCC---TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-CGAA-GTCAAGTGGTCAGTCT
gi|21153 : GGTTGCCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCC-----TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-CGAAGGTCAAGTGGTCAGTCTtagac
gi|21154 : GGTTGCACTTAGAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-CGAAGGTCAAG
gi|21155 : GGTTGCCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCTC----TATTGATTTTCAGGTCGAA--GT-C-AAGGTCAAGAGGTCAGT
gi|21156 : GGTTGCCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCC-----TATTGATTTTCAGGTCATATGGT-CGAAGGTCAAGgtgta
gi|21157 : GATTGTC-TTAGAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACAAAGT-CAAAGTTCAA--GGTCAATC
gi|21158 : GGTTGCCCTTAAAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGA-TTTCAGGTCACATGGTCCAAAGGTCAAG
gi|21159 : GGTTGCCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-CTAAGGTCAA--GGTCAGTCT
gi|21160 : GATTTTCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACAAAGT-C-AAGGTCAgta
gi|21161 : GGTTGTCCTTAAAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-CAAAGGT
gi|21162 : GGTTGTCCTTAAAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-CAAAGGT
gi|21163 : GGTTGCCCTTAGAGGGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAAGTCACAAGGT-CAAA
gi|21164 : GGTTGCCCTTAGAGGGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAAGTCACAAGGT-CAAA
gi|21165 : GATTGCCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCCCAGACTATTGATTTTCAGGTCACATGGT-CCAATGTCAAG
gi|21166 : GGTTGTCCTTAGAGAGTA--AA-TGATCCT----TATTGATTTTCAGGTC-TAAGGT-C-AAGGTCA
gi|21167 : GGTTGCCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-CTAA--TAAAGTGGTTAGTgactgctggtctt
gi|21168 : TTGCCCTTTAAGATTA--TA-TGACCGG----TATTGCTTCTCAGGACAAAAGAT-CAAAAGTCAGGatgttcgac
gi|21169 : aTTGTCCTTAAAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTAATTTTCAGGTCACACAGT-CAAActgtaattttcgac
gi|21170 : TTACCCTTATAGAGTATGGA-TGATCTC----TATTGATTTTCAGGTCACAAGGT-CAAATGTCAttcagg
gi|21171 : TGCCCTTAAAGAGTA--GA-TGACCCC----TATTGATTTTCAAGTCACAAGTT-CAAAGGTCAA
gi|21172 : TGCCCTAAGAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-CAAAGGTCAAGTGGTCAactg
gi|21173 : AGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACAAGGT-CAAAGGTCAAGt
gi|21174 : -TAACCCT----TATTGATCTTCAAGACACAAGAT-CAAAAGTCAGG
blockSeqs : TG AGAC A A T
blockSeqs : . C A A C
blockSeqs : . . A A T
blockSeqs : . . A G T
blockSeqs : . . A A T
blockSeqs : . . A A A
blockSeqs : . . A A T
blockSeqs : . . T G T
blockSeqs : . . T G .
blockSeqs : . . T G .
blockSeqs : . . A A .
blockSeqs : . . A A .
blockSeqs : . . C A
blockSeqs : . . A A
blockSeqs : . . A G
blockSeqs : . . T C
blockSeqs : . . T A
blockSeqs : . . T A
blockSeqs : . . A G
blockSeqs : . . T A
blockSeqs : . . T G
blockSeqs : . . T G
blockSeqs : . . T G
blockSeqs : . . T G
blockSeqs : . . T G
blockSeqs : . . T A
blockSeqs : . . T A
blockSeqs : . . A T
blockSeqs : . . T A
blockSeqs : . . T A
blockSeqs : . . A A
blockSeqs : . . T A
blockSeqs : . . T C
blockSeqs : . . A T
blockSeqs : . . A A
blockSeqs : . . T A
blockSeqs : . . A A
blockSeqs : . . T A
blockSeqs : . . A A
blockSeqs : . . C A
blockSeqs : . . A A
blockSeqs : . . A .
blockSeqs : . . T .
blockSeqs : . . A .
blockSeqs : . . A .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons :
originalCons : GGTTGCCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACANGGT-CGAAGGTCAAGTGGTCAGTCT
finalCons : GGTTGCCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACANGGT-CGAAGGTCAAGTGGTCAGTCT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21175 ): GTATGATTTTGAGGACACAAGATCAATAGCCAGGCTTTAATTTTCGAC
Alignments
lowQualScore : 11 0 2222 1 0 6 1
lowQualScore : .. . .... . . . .
lowQualScore : 22 8 6666 8 9 6 5
consensus : GGTTGCCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACANGGT-CGAAGGTCAAGTGGTCAGTCT
Reference ( family-438 ) : GGTTGCCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACANGGT-CGAAGGTCAAGTGGTCAGTCT
gi|21127 : GATTGCCCTTCAAGAGTA--TA-TGACCGG----TATTGATCTTCAGGACACAAAAT-CAAAAGTCAGG
gi|21128 : GATTGCCCTTCAAGAGTA--TA-TGACCGG----TATTGATCTTCAGGACACAAAAT-CAAAAGTCAGGctgtactcttcgac
gi|21129 : GATTGCCCTTTAAGAGTT--TA-TGACCGG----TGTTGATCTTCAAGTCACAAAAT-CAAAAGTCAGGctgtactcttcgac
gi|21130 : GATTGCCCTTCAAGATTA--TA-TGACCGG----TATTGATCCTCAGGACACAAAAT-CAAActgtaattttcgac
gi|21131 : GATTACCCTTCAAAAGTA--TA-TGATCAG----TATTGATTCCCAGG
gi|21132 : GATTGCGCTTAAAAAGTA--TA-TGACTCT----TATTGATTTTCGGGAAACAATAT-CGAAGCTCAGGactcaaaataaaaaaaacatcaggctgtaattctcgac
gi|21133 : GGTTGCTCTTAAAAAGTA--TA-TGACCCT----TATTGATTTTCAGGTCACTAGAT-AAAAGGTCAAATTGTatgtaattttcaac
gi|21134 : GATTGTTCTTTAAGAGTA--TA-CAACC-------ATTGATTTTCTGGACACAAGAT-CAAAAACCAGGaattttctac
gi|21135 : GATTGTCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACAAAGT-CAAAGGTCAA--GGTCAatgtaa
gi|21136 : GATTGCCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-TGAAGGTCAAGTGGTCAGTCTaatct
gi|21137 : GGTTGCCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-CGAAGGTCAAG
gi|21138 : GGTTGCCCTTAGAAAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-CGAAGGTCAAG
gi|21139 : GATTGATTTTA-AGAGTA--TA-TGACCCT----TATTGATTTTCAGGTTACAAGAT-CAAAAGT
gi|21140 : GATTGCCCTTTGAGAGTA--GA-TGATCAC----TATTGATTTTTAGGTTACGAAGT-CAAAGGTCAatagtaataattttc
gi|21141 : GATTGCCCTTTGAGAATA--AA-TGATCGC----TATTGATTTTTAGGTCACACGAC-CAAAGGTCAAG
gi|21142 : GATTGCCCTAAGAACGTG--CA-TGATCCA----TATTGATTTTCAGGTCACAAGGT-C-AAGGTCAgc
gi|21143 : GATTGTCCTTAGAGAGTA--GAATGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACAAAGT-CAAAGGTCAAG
gi|21144 : GGTTGCCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-CGAAGGTCAAG
gi|21145 : GGTTGCCCTTAGAGAGTA--GA-CGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-CCAAGGTCAAG
gi|21146 : GATTGCCCTTAGGGAATA--GA-TGATCCG----TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-CAAAGGTCAA--GGTCA
gi|21147 : GGTTGCCCTTAGAGGGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACAAGGT-C-AAAGTCAAACCGCTGGTCTaacttc
gi|21148 : GGTTGCCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-CAAAGGTCAAGt
gi|21149 : GGTTGCCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCCT----TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-TGAAGGTCAAG
gi|21150 : GGTTGCCTTTAGAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACATGGC-CAAAAGTCA
gi|21151 : GGTTGCCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-CGAAGGTCAAGTGGTCAGTCTg
gi|21152 : GGTTGCCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCCCC---TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-CGAA-GTCAAGTGGTCAGTCT
gi|21153 : GGTTGCCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCC-----TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-CGAAGGTCAAGTGGTCAGTCTtagac
gi|21154 : GGTTGCACTTAGAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-CGAAGGTCAAG
gi|21155 : GGTTGCCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCTC----TATTGATTTTCAGGTCGAA--GT-C-AAGGTCAAGAGGTCAGT
gi|21156 : GGTTGCCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCC-----TATTGATTTTCAGGTCATATGGT-CGAAGGTCAAGgtgta
gi|21157 : GATTGTC-TTAGAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACAAAGT-CAAAGTTCAA--GGTCAATC
gi|21158 : GGTTGCCCTTAAAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGA-TTTCAGGTCACATGGTCCAAAGGTCAAG
gi|21159 : GGTTGCCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-CTAAGGTCAA--GGTCAGTCT
gi|21160 : GATTTTCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACAAAGT-C-AAGGTCAgta
gi|21161 : GGTTGTCCTTAAAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-CAAAGGT
gi|21162 : GGTTGTCCTTAAAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-CAAAGGT
gi|21163 : GGTTGCCCTTAGAGGGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAAGTCACAAGGT-CAAA
gi|21164 : GGTTGCCCTTAGAGGGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAAGTCACAAGGT-CAAA
gi|21165 : GATTGCCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCCCAGACTATTGATTTTCAGGTCACATGGT-CCAATGTCAAG
gi|21166 : GGTTGTCCTTAGAGAGTA--AA-TGATCCT----TATTGATTTTCAGGTC-TAAGGT-C-AAGGTCA
gi|21167 : GGTTGCCCTTAGAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-CTAA--TAAAGTGGTTAGTgactgctggtctt
gi|21168 : TTGCCCTTTAAGATTA--TA-TGACCGG----TATTGCTTCTCAGGACAAAAGAT-CAAAAGTCAGGatgttcgac
gi|21169 : aTTGTCCTTAAAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTAATTTTCAGGTCACACAGT-CAAActgtaattttcgac
gi|21170 : TTACCCTTATAGAGTATGGA-TGATCTC----TATTGATTTTCAGGTCACAAGGT-CAAATGTCAttcagg
gi|21171 : TGCCCTTAAAGAGTA--GA-TGACCCC----TATTGATTTTCAAGTCACAAGTT-CAAAGGTCAA
gi|21172 : TGCCCTAAGAGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACATGGT-CAAAGGTCAAGTGGTCAactg
gi|21173 : AGAGTA--GA-TGATCCC----TATTGATTTTCAGGTCACAAGGT-CAAAGGTCAAGt
gi|21174 : -TAACCCT----TATTGATCTTCAAGACACAAGAT-CAAAAGTCAGG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21175 ): GTATGATTTTGAGGACACAAGATCAATAGCCAGGCTTTAATTTTCGAC