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lowQualScore                  :     .. .    . . ...    ..  . .. ...   .  . . .. .. .  . . .  ... .  . ...  . . ......   ...   ..... .. .. .  .  .  .   .... .      . .      .   
lowQualScore                  :     44 1    1 1 999    55  1 55 888   2  0 0 11 44 0  0 9 8  555 9  6 555  8 7 444444   222   00000 99 99 0  4  6  8   9999 8      7 7      0   
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Reference ( gi|47103 )        : TATT--A-GGAA-A-A---TCAA--TG-T--A---GAATAC-A-CC-T--A-AG-G-T-AG---A-GG-A---AT-T-G------CCA---CCA-----T--A--GCAG-TT-AT-TGC----C-CTTGAC-A-ATATTTGTTT
gi|47102                      : TATT--A-GAAA-A-A---TCAA--TG-T--A---GAATAC-A-CC-T--A-AG-G-T-AG---A-GG-A---AT-T-G------CCA---CCA-----T--A--GGAG-TT-AT-TGC----C-GTTGAC-A-ATATTTTTTT
gi|47105                      : TATT--A-GGAA-A-A---ACAA--TG-T--A---GAATAC-A-CC-T--A-AG-G-T-AG---A-GG-A---AT-T-G------CCA---CCA-----T--A--GGAG-TT-AT-TGC----C-CTTGAC-A-ATATATTTTT
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gi|47109                      : TATTTAA-GGAA-A-A---TCAA--TG-T--A---GAAAAC-A-CG-T--AGAA-G-T-AG---A-GGAA---AT-C-A------CCG---CCA-----T--C--GGAG-TT-AT-TGC----C-CT
gi|47111                      : TATTTCA-GGAA-A-----TCAA--TG-T--A---GAAAAC-A-CG-T--A-AA-GTT-AG---A-GG-A---AT-CAG------CCG---CCA-----TC-A--GGAGTTT-AT-TGC----C-TCTG---A-GCATTTGTTTgagcattttttt
gi|47127                      : TATT--A-GGAA-A-A---TTAAACT--T--A---GAATTC-A-CC-T--A-AG-G-T-AG---G-AG-T---AT-TGG------CCA----CA-----TAAA--GGAG-TT-AT-TCC----C-CTC--C-A-ATATTTTTTT
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gi|47126                      : TATC--A-GGGA-A-A---TCAT--TA-C--A---CAACAT-A-CA-T--ACAA-A-T-AG---A-AA-A---AAAT-G------CCT---GCA-----T--A--GGAG-TT-AT-TCC----C-CTTGAC-A-
gi|47129                      :  ATA--A-GGAA-A-A---TCAA--TG-TT-A---GAA-AC-A-CCGT--A-AG-G-TTAG---A-CG-A---AT-T-G------CCA---CCA-----T--A--GGAG-TTTAT-TGC----C-CTTGAC-A-ATATTTTTTT
gi|47130                      :  ATT--A-GGAA-T-A---TCAA--TG-T--A---GAATACAA-CT-T--A-AG-G-T-AG---A-GG-A---AT-T-G------CCT---ACA-----T--AAGGAGG-TTAAT-TGC----CGCTTGAT-A-ATATTTTTT
gi|47131                      :  ATT--A-GGGA-A-A---ACAT--TG-T--A---TAATAG-A-CA-T--G-CT-G-T-AA---A-GG-ATAAAT-C-A------ACA---TAT-----T--A--GGAG-TT-AT-TGC----C-CTTTAC-A-ACATTTTTT
gi|47132                      :   TT--A-GGAATA-A---TCAA--TG-T--ATTAGAAAAC-A-CC-T--A-AG-G-T-AG---AGGG-A---AT-C-G------CCA---CCA-----T--A--GGAG-TT-A--TG-----C-CTTGGC-A-ATATTTTTTT
gi|47133                      :   TT--A-GGGA-A-AAATTCAA--TA-T--A----AATCA-A-TC-T--A-AG---T-AG---A-GG-A---AT---G------CCAA--CCAGATAAT--A--TGAG-TT-AT-TGC----C-CTTGAC-A-ATATTTTTT
gi|47134                      :          GAA-A-A---TCAA--TG-T--A---GAATAC-A-CA-T--A-AG-G-T-AA---A-GG-G---AT-T-G------TCA---CCA-----T--A--GGAG-T---T-TGC----C-CTTGCC-A-ATGTTTTTTT
gi|47135                      :            A-A-C---TCAA--TG-T--A---GAATAC-A-CA-T--A-AG-G-T-AG---A-GG-A---TT-T-GCATGTACCA---TCA-----T--A--GGAG-TT-TG-TGC----C-CTTGAC-A-ATAT
gi|47136                      :            A-A-A---TTAA--TG-T--A---GA----------------G-G-T-AT---A-GG-A---AT-T-G------CCA---CCA-----T--A--GGAG-TT-AT-TGC----C-CGTGAC-A-ATATTTTTTT
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gi|47138                      :                                         C-A-CC-T--A-AG-G-T-AG---C-GG-A---AA-T-G------GC----CCA-----T--A--GGAG-AT-AT-TG-----C-CTTGAC-ATATATTTTTTT
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gi|47143                      :                                                catgtacaa-T-AG---A-GA-A---AT-T-A------TTA---CCA-----T--A--GGAG-TT-AT-TGCCG--C-CTTGGC-A-GCATTT
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lowQualScore                  :     .. .    . . ...    ..  . .. ...   .  . . .. .. .  . . .  ...   . ... . . . ......   ...   ..... ..   . . .  .  .   .... .      . . .         
lowQualScore                  :     33 1    0 0 888    44  0 44 888   9  0 0 77 33 9  0 9 7  555   7 555 7 8 6 333333   222   00000 77   8 8 4  6  8   9999 8      8 8 8         
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Reference ( family-436 )      : TATT--A-GGAA-A-A---TCAA--TG-T--A---GAATAC-A-CC-T--A-AG-G-T-AG---AGG-A---A-T-T-G------CCA---CCA-----T--AGG-A-G-TT-AT-TGC----C-CTTGAC-A-A-TATTTTTTT
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gi|47105                      : TATT--A-GGAA-A-A---ACAA--TG-T--A---GAATAC-A-CC-T--A-AG-G-T-AG---AGG-A---A-T-T-G------CCA---CCA-----T--AGG-A-G-TT-AT-TGC----C-CTTGAC-A-A-TATATTTTT
gi|47106                      : TATT--A-GGAA-A-A---TCAA--TG-T--A---GAATAC-A-CC-T--A-GG-G-T-AG---AGG-A---A-T-T-G------CCA---CCA-----T--AGG-G-G-TT-AT-TGT----C-CTTGAC-A-A-TATTTTT
gi|47107                      : TATT--A-GGAA-A-A---TCAA--TG-T--A---GAATAC-A-TC-T--A-AG-G-T-AG---A---A---A-T-T-G------CCA---CCA-----T--AGG-A-G-TT-AT-TGC----C-CTTGAC-A-A-TATTTTTT
gi|47108                      : TATT--A-GGAA-A-A---TCAA--TG-T--A---GAAAAC-A-CG-T--A-AATG-T-AG---AGG-A---AAT-C-A------CCG---CCA-----T--CGG-A-G-TT-AT-TGC----C-CTTGAC------ATTTTTTT
gi|47109                      : TATTTAA-GGAA-A-A---TCAA--TG-T--A---GAAAAC-A-CG-T--AGAA-G-T-AG---AGG-A---AAT-C-A------CCG---CCA-----T--CGG-A-G-TT-AT-TGC----C-C-TG---A-G-CATTTTTTT
gi|47110                      : TATTC-A-GGAA-A-A---TCAA--TG-T--A---GAAAAC-A-CG-TAGA-AT-G-T-AG---AGG-A---A-T-C-A------CCG---CCA-----T--CGG-A-GTTT-AT-TGC----C-CTTG---A-G-CATTTGTTT
gi|47111                      : TATTTCA-GGAA-A-----TCAA--TG-T--A---GAAAAC-A-CG-T--A-AA-GTT-AG---AGG-A---A-T-CAG------CCG---CCA-----TC-AGG-A-GTTT-AT-TGC----C-TCTG---A-G-CATTTGTTT
gi|47112                      : TATT--A-GAAT-A-A---TCAA--TG-T--A---GAATAC-A-CC-T--T-AG-G-T-AG---AGG-A---A-T-T-G------CCA---CCA-----T--AGG-A-G-TT-AT-TGC----T-CTTGAC-A-A-TATTTTTTT
gi|47113                      : TATT--A-GGAA-A-A---TCAA--CG-T--A---GAATAC-A-CC-T--A-AG-G-T-AG---AGG-A---A-T-T-G------CCA---CAA-----T--AGG-A-G-AT-AT-TGC----C-ATGGAC-A-A-TATTTGTTT
gi|47114                      : TATT--A-GGAA-A-A---TCAA--TG-T--A---GAATAC-A-TC-T--T-AG-G-T-AG---AAG-A---A-T-T-G------CCA---TAA-----T--AGG-A-G-TT-AT-TGC----C-CTTGAC-A-A-TATTTATTT
gi|47115                      : TATT--A-GGAA-A-A---TAAA--CT-TCAG---GAATTC-AGCC-T--A-AG-G-TTAG---AGG-A---A-T---G------CCA---CCA-----T--AGG-A-G-TT-AT-TGC----C-CTTGCC-A-A-TATTTTTTT
gi|47116                      : TATT--A-GGGA-A-A---TCAA--TG-T--A---GAATGC-A-CA-T--A-TG-G-T-AT---AGG-A---A-T-T-A------CCA---GCA-----T--AAG-A-G-TT-AT-TGA----C-CCTGAC-A-A-TATTTTTT
gi|47117                      : TATT--A-GGAA-A-A---TCAT--TG-T--A---GAATAG-A-CC-T--A-AG-G-T-AG---AGG-A---A-T-T-G------CCA---CAA-----T--AGG-A-T-TT-AT-TTC----G-CTTGAC-A-A-TATTTTTTT
gi|47118                      : TATT--A-GGGA-A-A---TCAA--TG-T--A---GAATAC-A-CA-T--A-CT-G-T-AG---AGG-A---A-T-T-A------CCA---GAA-----T--AGG-A-G-TT-AT-CGC----C-CTTGAC------ATTTTT
gi|47119                      : TATT--A-GGAA-A-A---TCAA--TG-T--A---GAAC-C-A--C-T--A-AG-G-T-AG---AGG-A---A-T-T-G-------CA---CCA-----T--A-G-A-G-TT-AT-TG-----C-CTTG-C-A-A-TATTTTTTT
gi|47120                      : TATT--A-GGAA-A-A---TCAA--TG-T--A---GTATAC-A----------G-G-T-AG---AGG-A---A-T-A-A------CTA---CCA-----T--AGG-A-G-TT-AT-TGC----C-CTTAAC-A-A-TATTT
gi|47121                      : TATT--A-GGAA-A-AA--TCAA--TG-T--A---GA--AC-A-CC-TA-A-AG-G-T-AG---AGGAA---A-T-T-G------TCAATGCAA-----T--AGG-A-GTTT-AT-TGC----C-CTTTAC---A-TATTTTTTT
gi|47122                      : TATT--A-GGGA-A-A---TCAA--TG-T--A---GAATAC-A-CA-T--A-CG-G-T-TA---GGG-A---A-T-T-A------CCA---GCA-----C--ATG-A-G-TT-AC-TGT----C-TTTGAC-A-A-TATTATT
gi|47123                      : TATT--C-GGGA-A-A---TCAA--TG-T--A---CAATAG-A-GA-T--A-CA-G-T-AG---AGG-A---A-A-T----------A---CCA-----T--AAG-A-G-TC-AT-TGC----C-CTTGGC-A-A-AATTTTT
gi|47124                      : TATT--A-GGGA-A-A---TAAT--TG-C--A---TAGTAG-A-CA-T--ACAG-G---AG---AGG-A---A-A-A-A------CCA---GCA-----T--AGG-A-A-TT-GT-TAC----C-CTTGAC-A-A-CAATTTTT
gi|47125                      : TATTC-A-GGAA-A-A---TCAA--TG-T--A---GAAAAC-A-CC-T--A-AA-G-T-AG---AGG-A---A-T-C-A------CCA---CCA-----T--AGG-A-G-TA-AT-
gi|47126                      : TATC--A-GGGA-A-A---TCAT--TA-C--A---CAACAT-A-CA-T--ACAA-A-T-AG---AAA-A---A-AAT-G------CCT---GCA-----T--AGG-A-G-TT-AT-TCC----C-CTTGAC-A-
gi|47127                      : TATT--A-GGAA-A-A---TTAAACT--T--A---GAATTC-A-CC-T--A-AG-G-T-AG---GAG-T---A-T-TGG------CCA----CA-----TAAAGG-A-G-TT-AT-TCC----C-CTC--C-A-A-TATTTTTTT
gi|47128                      : TATT--ATGGAA-ATA---TCAT--TG-T--A---TAACAT-A-------A-AC-A-C-AG---AGA-A---A-A-T-A------CTA---GCA-----C--AG--A-G-TT-AT-TGC----C-CTTGAC-A-A-CATT
gi|47129                      :  ATA--A-GGAA-A-A---TCAA--TG-TT-A---GAA-AC-A-CCGT--A-AG-G-TTAG---ACG-A---A-T-T-G------CCA---CCA-----T--AGG-A-G-TTTAT-TGC----C-CTTGAC-A-A-TATTTTTTT
gi|47130                      :  ATT--A-GGAA-T-A---TCAA--TG-T--A---GAATACAA-CT-T--A-AG-G-T-AG---AGG-A---A-T-T-G------CCT---ACA-----TA-AGG-AGG-TTAAT-TGC----CGCTTGAT-A-A-TATTTTTT
gi|47131                      :  ATT--A-GGGA-A-A---ACAT--TG-T--A---TAATAG-A-CA-T--G-CT-G-T-AA---AGG-ATAAA-T-C-A------ACA---TAT-----T--AGG-A-G-TT-AT-TGC----C-CTTTAC-A-A-CATTTTTT
gi|47132                      :   TT--A-GGAATA-A---TCAA--TG-T--ATTAGAAAAC-A-CC-T--A-AG-G-T-AG---AGGGA---A-T-C-G------CCA---CCA-----T--AGG-A-G-TT-A--TG-----C-CTTGGC-A-A-TATTTTTTT
gi|47133                      :   TT--A-GGGA-A-AAATTCAA--TA-T--A----AATCA-A-TC-T--A-AG---T-AG---AGG-A---A-T---G------CCAA--CCAGATAAT--ATG-A-G-TT-AT-TGC----C-CTTGAC-A-A-TATTTTTT
gi|47134                      :          GAA-A-A---TCAA--TG-T--A---GAATAC-A-CA-T--A-AG-G-T-AA---AGG-G---A-T-T-G------TCA---CCA-----T--AGG-A-G-T---T-TGC----C-CTTGCC-A-A-TGTTTTTTT
gi|47135                      :            A-A-C---TCAA--TG-T--A---GAATAC-A-CA-T--A-AG-G-T-AG---AGG-A---T-T-T-GCATGTACCA---TCA-----T--AGG-A-G-TT-TG-TGC----C-CTTGAC-A-A-TAT
gi|47136                      :            A-A-A---TTAA--TG-T--A---GA----------------G-G-T-AT---AGG-A---A-T-T-G------CCA---CCA-----T--AGG-A-G-TT-AT-TGC----C-CGTGAC-A-A-TATTTTTTT
gi|47137                      :                                                        c-T-AT---AGG-A---A-A-T-C------CCA---GCA-----T--AGG-A-G-TT-AT-TGC----C-CTTGAC---A-CATTTTATT
gi|47138                      :                     aaattgtggaaatcatacaaC-A-CC-T--A-AG-G-T-AG---CGG-A---A-A-T-G------GC----CCA-----T--AGG-A-G-AT-AT-TGC----C--TTGAC-ATA-TATTTTTTT
gi|47139                      :                                      agAC-A-C-------AG-A-T-AGCATAGA-A---A-A-T-A------TCA---GCA-----G--AGG-A-G-TT-AT-TGC----C-CTTGAC-A-A-CATTT
gi|47140                      :                                                         -T-AG---AGA-A---A-T---A------TTA---CCA-----T--AGG-A-G-TT-AT-TGC----C-CTTGAC-A-G-CATT
gi|47141                      :                                              catgtacaa-G-T-AA---TGG-A---A-A-T-C------CCA---GCA-----C--AGG-A-G-TT-AT-TGC----C-TTTGAC-A-A-CATTTTATT
gi|47142                      :                                                  atataca-T-AG---AAA-A---A-A-T-A------CTA---ACC-----T--AGG-A-G-TT-AT-TGCATGCC-CTTGAC-A-A-CATTTTCTT
gi|47143                      :                                                     ataa-T-AG---AGA-A---A-T-T-A------TTA---CCA-----T--AGG-A-G-TT-AT-TGCCG--C-CTTGGC-A-G-CATTTTT
gi|47144                      :                                                            aa---AGG-A---A-A-T-G------CCA---GTA-----T--TGG-A-G-TT-AT-TGC----C-CTTCAC-A-A-CAT
gi|47145                      :                                                              ---AGG-A---A-A-T-G------CCA---GTA-----T--TGG-A-G-TT-AT-TGC----C-CTTGAT-A-A-GAT
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gi|47147                      :                                                                                       aa---CCA-----T--AGG-A-G-TT-AT-TGC----C-CTTGAA-C-A-CATTTTTTT





Alignments
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lowQualScore                  :     .. .    . . ...    ..  . .. ...   .  . . .. .. .  . . .  ...   . ... . . . ......   ...   ..... ..   . . .  .  .   .... .      . . .         
lowQualScore                  :     33 1    0 0 888    44  0 44 888   9  0 0 77 33 9  0 9 7  555   7 555 7 8 6 333333   222   00000 77   8 8 4  6  8   9999 8      8 8 8         
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Reference ( family-436 )      : TATT--A-GGAA-A-A---TCAA--TG-T--A---GAATAC-A-CC-T--A-AG-G-T-AG---AGG-A---A-T-T-G------CCA---CCA-----T--AGG-A-G-TT-AT-TGC----C-CTTGAC-A-A-TATTTTTTT
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gi|47116                      : TATT--A-GGGA-A-A---TCAA--TG-T--A---GAATGC-A-CA-T--A-TG-G-T-AT---AGG-A---A-T-T-A------CCA---GCA-----T--AAG-A-G-TT-AT-TGA----C-CCTGAC-A-A-TATTTTTT
gi|47117                      : TATT--A-GGAA-A-A---TCAT--TG-T--A---GAATAG-A-CC-T--A-AG-G-T-AG---AGG-A---A-T-T-G------CCA---CAA-----T--AGG-A-T-TT-AT-TTC----G-CTTGAC-A-A-TATTTTTTT
gi|47118                      : TATT--A-GGGA-A-A---TCAA--TG-T--A---GAATAC-A-CA-T--A-CT-G-T-AG---AGG-A---A-T-T-A------CCA---GAA-----T--AGG-A-G-TT-AT-CGC----C-CTTGAC------ATTTTT
gi|47119                      : TATT--A-GGAA-A-A---TCAA--TG-T--A---GAAC-C-A--C-T--A-AG-G-T-AG---AGG-A---A-T-T-G-------CA---CCA-----T--A-G-A-G-TT-AT-TG-----C-CTTG-C-A-A-TATTTTTTT
gi|47120                      : TATT--A-GGAA-A-A---TCAA--TG-T--A---GTATAC-A----------G-G-T-AG---AGG-A---A-T-A-A------CTA---CCA-----T--AGG-A-G-TT-AT-TGC----C-CTTAAC-A-A-TATTT
gi|47121                      : TATT--A-GGAA-A-AA--TCAA--TG-T--A---GA--AC-A-CC-TA-A-AG-G-T-AG---AGGAA---A-T-T-G------TCAATGCAA-----T--AGG-A-GTTT-AT-TGC----C-CTTTAC---A-TATTTTTTT
gi|47122                      : TATT--A-GGGA-A-A---TCAA--TG-T--A---GAATAC-A-CA-T--A-CG-G-T-TA---GGG-A---A-T-T-A------CCA---GCA-----C--ATG-A-G-TT-AC-TGT----C-TTTGAC-A-A-TATTATT
gi|47123                      : TATT--C-GGGA-A-A---TCAA--TG-T--A---CAATAG-A-GA-T--A-CA-G-T-AG---AGG-A---A-A-T----------A---CCA-----T--AAG-A-G-TC-AT-TGC----C-CTTGGC-A-A-AATTTTT
gi|47124                      : TATT--A-GGGA-A-A---TAAT--TG-C--A---TAGTAG-A-CA-T--ACAG-G---AG---AGG-A---A-A-A-A------CCA---GCA-----T--AGG-A-A-TT-GT-TAC----C-CTTGAC-A-A-CAATTTTT
gi|47125                      : TATTC-A-GGAA-A-A---TCAA--TG-T--A---GAAAAC-A-CC-T--A-AA-G-T-AG---AGG-A---A-T-C-A------CCA---CCA-----T--AGG-A-G-TA-AT-
gi|47126                      : TATC--A-GGGA-A-A---TCAT--TA-C--A---CAACAT-A-CA-T--ACAA-A-T-AG---AAA-A---A-AAT-G------CCT---GCA-----T--AGG-A-G-TT-AT-TCC----C-CTTGAC-A-
gi|47127                      : TATT--A-GGAA-A-A---TTAAACT--T--A---GAATTC-A-CC-T--A-AG-G-T-AG---GAG-T---A-T-TGG------CCA----CA-----TAAAGG-A-G-TT-AT-TCC----C-CTC--C-A-A-TATTTTTTT
gi|47128                      : TATT--ATGGAA-ATA---TCAT--TG-T--A---TAACAT-A-------A-AC-A-C-AG---AGA-A---A-A-T-A------CTA---GCA-----C--AG--A-G-TT-AT-TGC----C-CTTGAC-A-A-CATT
gi|47129                      :  ATA--A-GGAA-A-A---TCAA--TG-TT-A---GAA-AC-A-CCGT--A-AG-G-TTAG---ACG-A---A-T-T-G------CCA---CCA-----T--AGG-A-G-TTTAT-TGC----C-CTTGAC-A-A-TATTTTTTT
gi|47130                      :  ATT--A-GGAA-T-A---TCAA--TG-T--A---GAATACAA-CT-T--A-AG-G-T-AG---AGG-A---A-T-T-G------CCT---ACA-----TA-AGG-AGG-TTAAT-TGC----CGCTTGAT-A-A-TATTTTTT
gi|47131                      :  ATT--A-GGGA-A-A---ACAT--TG-T--A---TAATAG-A-CA-T--G-CT-G-T-AA---AGG-ATAAA-T-C-A------ACA---TAT-----T--AGG-A-G-TT-AT-TGC----C-CTTTAC-A-A-CATTTTTT
gi|47132                      :   TT--A-GGAATA-A---TCAA--TG-T--ATTAGAAAAC-A-CC-T--A-AG-G-T-AG---AGGGA---A-T-C-G------CCA---CCA-----T--AGG-A-G-TT-A--TG-----C-CTTGGC-A-A-TATTTTTTT
gi|47133                      :   TT--A-GGGA-A-AAATTCAA--TA-T--A----AATCA-A-TC-T--A-AG---T-AG---AGG-A---A-T---G------CCAA--CCAGATAAT--ATG-A-G-TT-AT-TGC----C-CTTGAC-A-A-TATTTTTT
gi|47134                      :          GAA-A-A---TCAA--TG-T--A---GAATAC-A-CA-T--A-AG-G-T-AA---AGG-G---A-T-T-G------TCA---CCA-----T--AGG-A-G-T---T-TGC----C-CTTGCC-A-A-TGTTTTTTT
gi|47135                      :            A-A-C---TCAA--TG-T--A---GAATAC-A-CA-T--A-AG-G-T-AG---AGG-A---T-T-T-GCATGTACCA---TCA-----T--AGG-A-G-TT-TG-TGC----C-CTTGAC-A-A-TAT
gi|47136                      :            A-A-A---TTAA--TG-T--A---GA----------------G-G-T-AT---AGG-A---A-T-T-G------CCA---CCA-----T--AGG-A-G-TT-AT-TGC----C-CGTGAC-A-A-TATTTTTTT
gi|47137                      :                                                        c-T-AT---AGG-A---A-A-T-C------CCA---GCA-----T--AGG-A-G-TT-AT-TGC----C-CTTGAC---A-CATTTTATT
gi|47138                      :                     aaattgtggaaatcatacaaC-A-CC-T--A-AG-G-T-AG---CGG-A---A-A-T-G------GC----CCA-----T--AGG-A-G-AT-AT-TGC----C--TTGAC-ATA-TATTTTTTT
gi|47139                      :                                      agAC-A-C-------AG-A-T-AGCATAGA-A---A-A-T-A------TCA---GCA-----G--AGG-A-G-TT-AT-TGC----C-CTTGAC-A-A-CATTT
gi|47140                      :                                                         -T-AG---AGA-A---A-T---A------TTA---CCA-----T--AGG-A-G-TT-AT-TGC----C-CTTGAC-A-G-CATT
gi|47141                      :                                              catgtacaa-G-T-AA---TGG-A---A-A-T-C------CCA---GCA-----C--AGG-A-G-TT-AT-TGC----C-TTTGAC-A-A-CATTTTATT
gi|47142                      :                                                  atataca-T-AG---AAA-A---A-A-T-A------CTA---ACC-----T--AGG-A-G-TT-AT-TGCATGCC-CTTGAC-A-A-CATTTTCTT
gi|47143                      :                                                     ataa-T-AG---AGA-A---A-T-T-A------TTA---CCA-----T--AGG-A-G-TT-AT-TGCCG--C-CTTGGC-A-G-CATTTTT
gi|47144                      :                                                            aa---AGG-A---A-A-T-G------CCA---GTA-----T--TGG-A-G-TT-AT-TGC----C-CTTCAC-A-A-CAT
gi|47145                      :                                                              ---AGG-A---A-A-T-G------CCA---GTA-----T--TGG-A-G-TT-AT-TGC----C-CTTGAT-A-A-GAT
gi|47146                      :                                                                            -T-A------CCA---GCA-----T--TGG-A-G-TT-AT-TGC----C-CTTGAC-A-A-CCTTT
gi|47147                      :                                                                                       aa---CCA-----T--AGG-A-G-TT-AT-TGC----C-CTTGAA-C-A-CATTTTTTT


blockSeqs                     :     TA T    T T AAT    AC  C CA TTA   A      CG AG G      T  CAT   A TAA A   A CATGTA   ATG   GATAA AA       T  T      ATGC
blockSeqs                     :     TC .    . . A      A   . T  .     A      CG A  C      T  .     G .   A   G .        A     .     C        T  A      CG  
blockSeqs                     :     C  .    . . .      .   . .  .     T      C  .  C      .  .     . .   .   . .        .     .     A        T  .      .   
blockSeqs                     :     C  .    . . .      .   . .  .     T      C  .  .      .  .     . .   .   . .        .     .     .        .  .      .   
blockSeqs                     :     .  .    . . .      .   . .  .     A      C  .  .      .  .     . .   .   . .        .     .     .        .  .      .   
blockSeqs                     :     .  .    . . .      .   . .  .     T      C  .  .      .  .     . .   .   . .        .     .     .        .  .      .   
blockSeqs                     :     .  .    . . .      .   . .  .     T      C  .  .      .  .     . .   .   . .        .     .     .        .  .      .   
blockSeqs                     :     .  .    . . .      .   . .  .     T      C  .  .      .  .     . .   .   . .        .     .     .        .  .      .   
blockSeqs                     :     .  .    . . .      .   . .  .     A      C  .  .      .  .     . .   .   . .        .     .     .        .  .      .   
blockSeqs                     :     .  .    . . .      .   . .  .     A      C  .  .      .  .     . .   .   . .        .     .     .        .  .      .   
blockSeqs                     :     .  .    . . .      .   . .  .     A      G  .  .      .  .     . .   .   . .        .     .     .        .  .      .   
blockSeqs                     :     .  .    . . .      .   . .  .     A      G  .  .      .  .     . .   .   . .        .     .     .        .  .      .   
blockSeqs                     :     .  .    . . .      .   . .  .     T      G  .  .      .  .     . .   .   . .        .     .     .        .  .      .   
blockSeqs                     :     .  .    . . .      .   . .  .     T      G  .  .      .  .     . .   .   . .        .     .     .        .  .      .   
blockSeqs                     :     .  .    . . .      .   . .  .     T      C  .  .      .  .     . .   .   . .        .     .     .        .  .      .   
blockSeqs                     :     .  .    . . .      .   . .  .     T      C  .  .      .  .     . .   .   . .        .     .     .        .  .      .   
blockSeqs                     :     .  .    . . .      .   . .  .     T      C  .  .      .  .     . .   .   . .        .     .     .        .  .      .   
blockSeqs                     :     .  .    . . .      .   . .  .     T      C  .  .      .  .     . .   .   . .        .     .     .        .  .      .   
blockSeqs                     :     .  .    . . .      .   . .  .     T      A  .  .      .  .     . .   .   . .        .     .     .        .  .      .   
blockSeqs                     :     .  .    . . .      .   . .  .     C      C  .  .      .  .     . .   .   . .        .     .     .        .  .      .   
blockSeqs                     :     .  .    . . .      .   . .  .     T      A  .  .      .  .     . .   .   . .        .     .     .        .  .      .   
blockSeqs                     :     .  .    . . .      .   . .  .     T      C  .  .      .  .     . .   .   . .        .     .     .        .  .      .   
blockSeqs                     :     .  .    . . .      .   . .  .     T      C  .  .      .  .     . .   .   . .        .     .     .        .  .      .   
blockSeqs                     :     .  .    . . .      .   . .  .     T      A  .  .      .  .     . .   .   . .        .     .     .        .  .      .   
blockSeqs                     :     .  .    . . .      .   . .  .     A      A  .  .      .  .     . .   .   . .        .     .     .        .  .      .   
blockSeqs                     :     .  .    . . .      .   . .  .     C      A  .  .      .  .     . .   .   . .        .     .     .        .  .      .   
blockSeqs                     :     .  .    . . .      .   . .  .     T      C  .  .      .  .     . .   .   . .        .     .     .        .  .      .   
blockSeqs                     :     .  .    . . .      .   . .  .     C      A  .  .      .  .     . .   .   . .        .     .     .        .  .      .   
blockSeqs                     :     .  .    . . .      .   . .  .     T      C  .  .      .  .     . .   .   . .        .     .     .        .  .      .   
blockSeqs                     :     .  .    . . .      .   . .  .     T      T  .  .      .  .     . .   .   . .        .     .     .        .  .      .   
blockSeqs                     :     .  .    . . .      .   . .  .     A      A  .  .      .  .     . .   .   . .        .     .     .        .  .      .   
blockSeqs                     :     .  .    . . .      .   . .  .     T      C  .  .      .  .     . .   .   . .        .     .     .        .  .      .   
blockSeqs                     :     .  .    . . .      .   . .  .     T      C  .  .      .  .     . .   .   . .        .     .     .        .  .      .   
blockSeqs                     :     .  .    . . .      .   . .  .     T      A  .  .      .  .     . .   .   . .        .     .     .        .  .      .   
blockSeqs                     :     .  .    . . .      .   . .  .     .      A  .  .      .  .     . .   .   . .        .     .     .        .  .      .   
blockSeqs                     :             . . .      .   . .  .     .      C  .  .      .  .     . .   .   . .        .     .     .        .  .      .   
blockSeqs                     :             . . .      .   . .  .     .      .  .  .      .  .     . .   .   . .        .     .     .        .  .      .   
blockSeqs                     :             . . .      .   . .  .     .      .  .  .      .  .     . .   .   . .        .     .     .        .  .      .   
blockSeqs                     :                                              .  .  .      .  .     . .   .   . .        .     .     .        .  .      .   
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blockSeqCons                  : 
originalCons                  : TATT--A-GGAA-A-A---TCAA--TG-T--A---GAATAC-A-CC-T--A-AG-G-T-AG---AGG-A---A-T-T-G------CCA---CCA-----T--AGG-A-G-TT-AT-TGC----C-CTTGAC-A-A-TATTTTTTT
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Alignments
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Reference ( family-436 )      : TATT--A-GGAA-A-A---TCAA--TG-T--A---GAATAC-A-CC-T--A-AG-G-T-AG---AGG-A---A-T-T-G------CCA---CCA-----T--AGG-A-G-TT-AT-TGC----C-CTTGAC-A-A-TATTTTTTT
gi|47098                      : TATT--A-GGAA-G-A---TCAA--TA-T--A---GAATAC-A-CT-T--A-AG-A-T-AG---AGG-A---A-T-T-G------CCA---CCA-----T--AGG-A-G-TT-AT-TGC----C-CTTGAC-A-A-CATTTTTT
gi|47099                      : TATT--A-GGAA-A-A---TCAA--TG-T--A---GAA-AC-A-CC-T--A-AG-G-T-AG---AGG-A---A-T-T-G------CCA---CCA-----T--AGGAA-G-TT-AT-TGC----C-CTTGAC-A-A-TATTTTTT
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gi|47121                      : TATT--A-GGAA-A-AA--TCAA--TG-T--A---GA--AC-A-CC-TA-A-AG-G-T-AG---AGGAA---A-T-T-G------TCAATGCAA-----T--AGG-A-GTTT-AT-TGC----C-CTTTAC---A-TATTTTTTT
gi|47122                      : TATT--A-GGGA-A-A---TCAA--TG-T--A---GAATAC-A-CA-T--A-CG-G-T-TA---GGG-A---A-T-T-A------CCA---GCA-----C--ATG-A-G-TT-AC-TGT----C-TTTGAC-A-A-TATTATT
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gi|47125                      : TATTC-A-GGAA-A-A---TCAA--TG-T--A---GAAAAC-A-CC-T--A-AA-G-T-AG---AGG-A---A-T-C-A------CCA---CCA-----T--AGG-A-G-TA-AT-
gi|47126                      : TATC--A-GGGA-A-A---TCAT--TA-C--A---CAACAT-A-CA-T--ACAA-A-T-AG---AAA-A---A-AAT-G------CCT---GCA-----T--AGG-A-G-TT-AT-TCC----C-CTTGAC-A-
gi|47127                      : TATT--A-GGAA-A-A---TTAAACT--T--A---GAATTC-A-CC-T--A-AG-G-T-AG---GAG-T---A-T-TGG------CCA----CA-----TAAAGG-A-G-TT-AT-TCC----C-CTC--C-A-A-TATTTTTTT
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gi|47131                      :  ATT--A-GGGA-A-A---ACAT--TG-T--A---TAATAG-A-CA-T--G-CT-G-T-AA---AGG-ATAAA-T-C-A------ACA---TAT-----T--AGG-A-G-TT-AT-TGC----C-CTTTAC-A-A-CATTTTTT
gi|47132                      :   TT--A-GGAATA-A---TCAA--TG-T--ATTAGAAAAC-A-CC-T--A-AG-G-T-AG---AGGGA---A-T-C-G------CCA---CCA-----T--AGG-A-G-TT-A--TG-----C-CTTGGC-A-A-TATTTTTTT
gi|47133                      :   TT--A-GGGA-A-AAATTCAA--TA-T--A----AATCA-A-TC-T--A-AG---T-AG---AGG-A---A-T---G------CCAA--CCAGATAAT--ATG-A-G-TT-AT-TGC----C-CTTGAC-A-A-TATTTTTT
gi|47134                      :          GAA-A-A---TCAA--TG-T--A---GAATAC-A-CA-T--A-AG-G-T-AA---AGG-G---A-T-T-G------TCA---CCA-----T--AGG-A-G-T---T-TGC----C-CTTGCC-A-A-TGTTTTTTT
gi|47135                      :            A-A-C---TCAA--TG-T--A---GAATAC-A-CA-T--A-AG-G-T-AG---AGG-A---T-T-T-GCATGTACCA---TCA-----T--AGG-A-G-TT-TG-TGC----C-CTTGAC-A-A-TAT
gi|47136                      :            A-A-A---TTAA--TG-T--A---GA----------------G-G-T-AT---AGG-A---A-T-T-G------CCA---CCA-----T--AGG-A-G-TT-AT-TGC----C-CGTGAC-A-A-TATTTTTTT
gi|47137                      :                                                        c-T-AT---AGG-A---A-A-T-C------CCA---GCA-----T--AGG-A-G-TT-AT-TGC----C-CTTGAC---A-CATTTTATT
gi|47138                      :                     aaattgtggaaatcatacaaC-A-CC-T--A-AG-G-T-AG---CGG-A---A-A-T-G------GC----CCA-----T--AGG-A-G-AT-AT-TGC----C--TTGAC-ATA-TATTTTTTT
gi|47139                      :                                      agAC-A-C-------AG-A-T-AGCATAGA-A---A-A-T-A------TCA---GCA-----G--AGG-A-G-TT-AT-TGC----C-CTTGAC-A-A-CATTT
gi|47140                      :                                                         -T-AG---AGA-A---A-T---A------TTA---CCA-----T--AGG-A-G-TT-AT-TGC----C-CTTGAC-A-G-CATT
gi|47141                      :                                              catgtacaa-G-T-AA---TGG-A---A-A-T-C------CCA---GCA-----C--AGG-A-G-TT-AT-TGC----C-TTTGAC-A-A-CATTTTATT
gi|47142                      :                                                  atataca-T-AG---AAA-A---A-A-T-A------CTA---ACC-----T--AGG-A-G-TT-AT-TGCATGCC-CTTGAC-A-A-CATTTTCTT
gi|47143                      :                                                     ataa-T-AG---AGA-A---A-T-T-A------TTA---CCA-----T--AGG-A-G-TT-AT-TGCCG--C-CTTGGC-A-G-CATTTTT
gi|47144                      :                                                            aa---AGG-A---A-A-T-G------CCA---GTA-----T--TGG-A-G-TT-AT-TGC----C-CTTCAC-A-A-CAT
gi|47145                      :                                                              ---AGG-A---A-A-T-G------CCA---GTA-----T--TGG-A-G-TT-AT-TGC----C-CTTGAT-A-A-GAT
gi|47146                      :                                                                            -T-A------CCA---GCA-----T--TGG-A-G-TT-AT-TGC----C-CTTGAC-A-A-CCTTT
gi|47147                      :                                                                                       aa---CCA-----T--AGG-A-G-TT-AT-TGC----C-CTTGAA-C-A-CATTTTTTT