lowQualScore : 3333
lowQualScore : 6 2 7777 2 9999 2 3 33 888888 1 11 111 1 0 22 0 0 22 1111 11 33 11 33333333 11 111 33 3 1
lowQualScore : . . .... . .... . . .. ...... . .. ... . . .. . . .. .... .. .. .. ........ .. ... .. . .
lowQualScore : 8 7 4444 4 7777 1 2 33 888888 0 22 666 8 9 22 9 9 22 0000 22 11 22 33333333 22 666 11 7 0
consensus : ATATTACCTGCCTGGAGCTGTAAT-AACA----AT-TTTGTCA----TACT-TCAAAT-CA--AT-----A-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A-CACG-G--TCT---C--CC--TAT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AAATGT
Reference ( gi|101641 ) : ATATTACCTGCCTAGAGCTGTAAT-AACA----AT-TTTGTCA----TACT-TCAAAT-CA--AT-----A-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A-CACG-G--TC----C--CC--TAT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AAATGT
gi|101642 : ATATTACCTGTCTGGAGCTGTAAT-AACA----AT-TTTGGCA----TACT-TCAAAT-CA--AT-----A-TAATTAAAT--T---TT-C-C--A-CACG-G--TCT---C--CC--TAT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AAA
gi|101644 : ATATTACCTGCCTGGAGCTGTAAT-AACA----AT-TTTGTCA----TACT-TCAAAT-CA--AT-----A-TAATAAAAG--T---TT-G-C--A-CATG-G--TCT---C--TC--TAT--C--------TG---T---CT--A-TTAC-AAATAT
gi|101645 : ATATTACCTGCCTGGAGCTGTAAT-AACA-------TTTGTCA----TACT-TCAAAT-CA--AT-----A-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A-CACA-G--TCT---C--CC--TA-----------------T---CT--A-TTAC-AAATG
gi|101646 : ATATTACCTGCCTGGAGCTGTAAT-AACA----AT-TTTGTCA----TACT-TCAAAT-CA--AT-----A-TAATAAAAG--T---TT-G-C--A-CATG-G--TCT---C--TC--TA---C--------TG--TT---CT--A-TAAC-AAA
gi|101648 : ATATTACCTGTCTGGAGCTGTAAT-AACA----AT-TTTATCA----TACT-TCAAAT-CA--AT-----A-TA---AAAT--T---TT-C-C--A-CACG-G--CCT---C--CC--TATGAA--------TG--TTTAGCTTCA-TTAC-
gi|101650 : ATATTACCTGCCTTGGGCTGTAAT-AAC-----AT-TTTGT-A----TACA-T-AAAT-CA--A
gi|101651 : ATATTACCTGCCTGGAGCTGTAAT-AACAT---ATAATTGTGA----TAC
gi|101643 : ATATTACCTGCCTGGAGCTGTAAT-AACA----
gi|101647 : ATATTACCTGCCTGAAGCTGTAAT-AACA----AT-
gi|101649 : ATATTACCTGCCTGGAGCTGTAAT-AACATAATAT-TTT
gi|101652 : TTACCTGCCTGGAGCTGTAAT-AACA----AT-TTTGTCA----TACT-TCAAAT-CA--AT-----A-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A---------------C--TC--TAT--C--------TG--AT---CT--A-TTAC-AAATGT
gi|101653 : CCTGCCTGGTGCTGTAAT-AACA----AT-TTTGTCAGTCATACT-TCAAAT-CA--AT-----A-TCATTAAAT--T---GT-C-C--A-CAAG-G--TCT---C--CC--TAT--C--------TT--TT---AT--A-TTAC-AAATGT
gi|101655 : CTGGA-CTGTAAT-AACA----A--TTTGTCAC---TACTGTCAAAT-C--------------------------------C--A-AACG-G--TCT---C--CC--TAT--G--------TG--TT---CT--A--TACAAAATGT
gi|101654 : AGCTGTAAT-AACA----AT-TT-GTCT----TACT-TCAAAT-CA--AT-----A-TAATTAAAT--T---TC-C-C--A-CACG-G--TC----T--CCG-TAG--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AAATGT
gi|101656 : gccgaTAATTGACA----AT-TTT--------TA-T-TCA--T-CATAGT-----AATAATTAAAA--T---TT-G-C--A-CACG-G--T-----C--CC--TAT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AA
gi|101657 : CA----AC-TTTGTCA----TACT-TCAAAT-CA--AT-----A-TAATTAAAA--T---TC-G-C--A-CACG-G--TCT---C--CC--TAT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AAATGT
gi|101658 : A----AT-TTT---A----CGGT-TCATAT-CG--TA-----A-TAATTACAT--T---TT-G-C--A-CACG-T--TCT---C--CC--TAT--C--------TG--TT---CC--A-TTAC-AA
gi|101659 : T-TTTCTCAG---TAAT-T----T-CA--AC-----A-AAATTAA-T--T---TT-G-C--A-CATG-G--TCT---C--CC--TAT--C--------TG--TT---AT--A-TTAC--AATGT
gi|101660 : TGTTA----TGTT-TCATTA-CA--A------A-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A-CAGG-G--GCT---C--CC--TAT--A--------TG--TT---TT--A-TTAC-AA
gi|101661 : TTA----TTCC-TGAAAA-CA--ATGGATAA-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A-CACA-G--TCT---C--CC--TAT--A--------TG--T-----T--A-TTAC-AA
gi|101662 : T-TCAACTATA--A------A-TAATCAAAT--T---TT-G-C--A-CACG-G--TCT---C--CC--AAT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AA
gi|101663 : T-TAAAATGCA--A------A-TAATTAAAT--T---T--G-CCCA-CACG-GG-TCT---C--CC--TAT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AA
gi|101664 : -TCACAT-CAG-AC-----A-TAATTAAAT--T---TTTG-C--AACACGCG--TC----T--CCCTTAT--C--------TG--TT---CT--ACTTAC-AA
gi|101665 : AAAA-CA--A------A-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A-CACG-G--TCT---C--CC--TAT--C--------TG--TT---CT--A-TAAC-AA
gi|101666 : AAA--CA--AT-----A-CAATTAGAT--TATTTT-G-C--A-CACG-G--TC----T--CC--TAT--C--------TG--TT---CTA-A-TTAC-AA
gi|101667 : AGT-CA--ATTCTTAA-TAATTAAAT--T---T--G-C--A-CACG-G--TCT---C--CC--TAT--C--------TG--TT---CT--ATTTAC-AA
gi|101668 : AT-TA--AA-----A-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A-CACG-G--TCTCGGC--CC--TAT--C--------TG--TT---CT--A-TAAC-AA
gi|101669 : T-CA--A------A-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A-CACG-G--TCT---C--CC--TAT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AA
gi|101670 : -CA--A------A-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A-CACG-G--TCT---C--CC--TAT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AA
gi|101671 : A--AA-----A-CAATTAAAT--T---TT-G-T--A-CATG-G--TCT---C--CC--TAT--C--------TG--TT---CT--A-TTA
gi|101672 : --AT-----A-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A-CACG-G--ACT---C--CC--TAT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AA
gi|101673 : --AT-----A-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A-CACG-G--TCT---C--CC--TAT--C--------TG--T
gi|101674 : --AT-----A-TAATGAAAT--T---TT-G-C--A-CACG-G--TCT---C--CC--TCT--C--------TG--TT---TT--ATTTAC-AA
gi|101677 : T-----A-TAAT-AAAT--T---TT-G-C--A-CACA-G--TT----C--CC--TGT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AAGT
gi|101675 : T-----A-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A-CACG-G--TCT---C--CC--TAT--CTGTAAAAGTG--TT---CT--A-TTAC-AA
gi|101678 : T-----A-TAATTAAATGTT---TT-G-C--A-CACG-A--TC----T--CC--TAT--T--------TG--TT---CTA-A-TTAC-AAAT
gi|101676 : T-----A-TACCTAAAT--G---TT-G-C--A-CACG-GACTC----C--CTA-TAT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AA
gi|101679 : T-----A-TTATTAAAT--T---TT-G-CC-A-CACG-T--CT----C--TC--TAT--C--------TG--TC---CT--A-TTAC-AA
gi|101681 : -----A-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A-CACG-G--TCT---C--CC--TAT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AA
gi|101680 : -----A-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A-CACG-G--TCT---C--CC--TAT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AA
gi|101682 : -----A-TAATTAAAT--T---TTTG-C--A-CACG-G--TCT---C--CC--TAT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AA
gi|101685 : -----A-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A-CACG-G--TT----C--CC--TAT--C--------TG--TT---CT--T-TAAC-AA
gi|101683 : -----A-TAATTAAAT--T---TT-G-T--A-CACG-G--TCT---C--CC--TAT--C--------TG--TT---CT--A-TCGC-AA
gi|101684 : -----A-TAATTAAAT--T---TT-A-C--A-CACG-G--TCT---C--CC--TAT--C--------TGAATT---CT--ATTTAC-AA
gi|101686 : -----A-TAATTAAAT--T---TT-GGT--A-CACG-G--TC----CTCCC--TAT--C--------TG--TT---CT--A-TCGC-AA
gi|101687 : -----A-TAATTAGAT--T---TT-G-C--A-CACG-G--TCT---C--CT--TAT--A--------TG--TT---CT--A-
gi|101688 : -TAGTTAAAT--T---TT-G-C--A-CACG-G--TCT---C--CC--TAT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AA
gi|101689 : TTAAAA--T---TT-G-C--A-CACG-G--TTT---C--CC--TAT--C--------TG--TT---CT--A-TTA
gi|101690 : AT--T---TT-G-C--A-CACG-G--TCT---C--CT--TAT--C--------TG--TT---CC--A-TTAC-AA
Alignments
lowQualScore : 2 6666 2 9999 2 3 33 888888 0 11 111 1 1 11 0 0 0 0 111 11 0 11 33333333 11 111 33 3 1
lowQualScore : . .... . .... . . .. ...... . .. ... . . .. . . . . ... .. . .. ........ .. ... .. . .
lowQualScore : 5 9999 2 2222 0 1 22 333333 9 22 666 8 8 22 9 9 9 9 666 22 9 22 22222222 22 666 11 6 0
consensus : ATATTACCTGCCTGGAGCTGTAAT-AACA----AT-TTTGTCA----TACT-TCAAAT-CA--AT-----A-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A-CACG-G-TC-T---CCC--T-AT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AAATGT
Reference ( family-427 ) : ATATTACCTGCCTGGAGCTGTAAT-AACA----AT-TTTGTCA----TACT-TCAAAT-CA--AT-----A-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A-CACG-G-TC-T---CCC--T-AT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AAATGT
gi|101641 : ATATTACCTGCCTAGAGCTGTAAT-AACA----AT-TTTGTCA----TACT-TCAAAT-CA--AT-----A-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A-CACG-G-TC-----CCC--T-AT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AAATGT
gi|101642 : ATATTACCTGTCTGGAGCTGTAAT-AACA----AT-TTTGGCA----TACT-TCAAAT-CA--AT-----A-TAATTAAAT--T---TT-C-C--A-CACG-G-TC-T---CCC--T-AT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AAA
gi|101643 : ATATTACCTGCCTGGAGCTGTAAT-AACA----
gi|101644 : ATATTACCTGCCTGGAGCTGTAAT-AACA----AT-TTTGTCA----TACT-TCAAAT-CA--AT-----A-TAATAAAAG--T---TT-G-C--A-CATG-G-TC-T---CTC--T-AT--C--------TG---T---CT--A-TTAC-AAATAT
gi|101645 : ATATTACCTGCCTGGAGCTGTAAT-AACA-------TTTGTCA----TACT-TCAAAT-CA--AT-----A-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A-CACA-G-TC-T---CCC--T-A-----------------T---CT--A-TTAC-AAATG
gi|101646 : ATATTACCTGCCTGGAGCTGTAAT-AACA----AT-TTTGTCA----TACT-TCAAAT-CA--AT-----A-TAATAAAAG--T---TT-G-C--A-CATG-G-TC-T---CTC--T-A---C--------TG--TT---CT--A-TAAC-AAA
gi|101647 : ATATTACCTGCCTGAAGCTGTAAT-AACA----AT-
gi|101648 : ATATTACCTGTCTGGAGCTGTAAT-AACA----AT-TTTATCA----TACT-TCAAAT-CA--AT-----A-TA---AAAT--T---TT-C-C--A-CACG-G-CC-T---CCC--T-ATGAA--------TG--TTTAGCTTCA-TTAC-A
gi|101649 : ATATTACCTGCCTGGAGCTGTAAT-AACATAATAT-TTT
gi|101650 : ATATTACCTGCCTTGGGCTGTAAT-AAC-----AT-TTTGT-A----TACA-T-AAAT-CA--A
gi|101651 : ATATTACCTGCCTGGAGCTGTAAT-AACAT---ATAATTGTGA----TAC
gi|101652 : TTACCTGCCTGGAGCTGTAAT-AACA----AT-TTTGTCA----TACT-TCAAAT-CA--AT-----A-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A---------------CTC--T-AT--C--------TG--AT---CT--A-TTAC-AAATGT
gi|101653 : CCTGCCTGGTGCTGTAAT-AACA----AT-TTTGTCAGTCATACT-TCAAAT-CA--AT-----A-TCATTAAAT--T---GT-C-C--A-CAAG-G-TC-T---CCC--T-AT--C--------TT--TT---AT--A-TTAC-AAATGT
gi|101654 : GCC-GAAGCTGTAAT-AACA----AT-TT-GTCT----TACT-TCAAAT-CA--AT-----A-TAATTAAAT--T---TC-C-C--A-CACG-G-TC-T---CCG--T-AG--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AAATGT
gi|101655 : CTGGA-CTGTAAT-AACA----A--TTTGTCAC---TACTGTCAAAT-C--------------------------------C--A-AACG-G-TC-T---CCC--T-AT--G--------TG--TT---CT--A--TACAAAATGT
gi|101656 : TAATTGACA----AT-TTT--------TA-T-TCA--T-CATAGT-----AATAATTAAAA--T---TT-G-C--A-CACG-G-TC------CC--T-AT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AA
gi|101657 : CA----AC-TTTGTCA----TACT-TCAAAT-CA--AT-----A-TAATTAAAA--T---TC-G-C--A-CACG-G-TC-T---CCC--T-AT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AAATGT
gi|101658 : A----AT-TTT---A----CGGT-TCATAT-CG--TA-----A-TAATTACAT--T---TT-G-C--A-CACG-T-TC-T---CCC--T-AT--C--------TG--TT---CC--A-TTAC-AA
gi|101659 : T-TTTCTCAG---TAAT-T----T-CA--AC-----A-AAATTAA-T--T---TT-G-C--A-CATG-G-TC-T---CCC--T-AT--C--------TG--TT---AT--A-TTAC--AATGT
gi|101660 : TGTTA----TGTT-TCATTA-CA--A------A-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A-CAGG-G-GC-T---CCC--T-AT--A--------TG--TT---TT--A-TTAC-AA
gi|101661 : TTA----TTCC-TGAAAA-CA--ATGGATAA-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A-CACA-G-TC-T---CCC--T-AT--A--------TG--T-----T--A-TTAC-AA
gi|101662 : T-TCAACTATA--A------A-TAATCAAAT--T---TT-G-C--A-CACG-G-TC-T---CCC--A-AT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AA
gi|101663 : T-TAAAATGCA--A------A-TAATTAAAT--T---T--G-CCCA-CACG-GGTC-T---CCC--T-AT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AA
gi|101664 : -TCACAT-CAG-AC-----A-TAATTAAAT--T---TTTG-C--AACACGCG-TC-T---CCC--TTAT--C--------TG--TT---CT--ACTTAC-AA
gi|101665 : AAAA-CA--A------A-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A-CACG-G-TC-T---CCC--T-AT--C--------TG--TT---CT--A-TAAC-AA
gi|101666 : AAA--CA--AT-----A-CAATTAGAT--TATTTT-G-C--A-CACG-G-TC-T----CC--T-AT--C--------TG--TT---CTA-A-TTAC-AA
gi|101667 : AGT-CA--ATTCTTAA-TAATTAAAT--T---T--G-C--A-CACG-G-TC-T---CCC--T-AT--C--------TG--TT---CT--ATTTAC-AA
gi|101668 : AT-TA--AA-----A-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A-CACG-G-TC-TCGGCCC--T-AT--C--------TG--TT---CT--A-TAAC-AA
gi|101669 : T-CA--A------A-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A-CACG-G-TC-T---CCC--T-AT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AA
gi|101670 : -CA--A------A-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A-CACG-G-TC-T---CCC--T-AT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AA
gi|101671 : A--AA-----A-CAATTAAAT--T---TT-G-T--A-CATG-G-TC-T---CCC--T-AT--C--------TG--TT---CT--A-TTA
gi|101672 : --AT-----A-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A-CACG-G-AC-T---CCC--T-AT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AA
gi|101673 : --AT-----A-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A-CACG-G-TC-T---CCC--T-AT--C--------TG--T
gi|101674 : --AT-----A-TAATGAAAT--T---TT-G-C--A-CACG-G-TC-T---CCC--T-CT--C--------TG--TT---TT--ATTTAC-AA
gi|101675 : T-----A-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A-CACG-G-TC-T---CCC--T-AT--CTGTAAAAGTG--TT---CT--A-TTAC-AA
gi|101676 : T-----A-TACCTAAAT--G---TT-G-C--A-CACG-G-AC-T---CCCTAT-AT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AA
gi|101677 : T-----A-TAAT-AAAT--T---TT-G-C--A-CACA-G-T--T---CCC--T-GT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AAGT
gi|101678 : T-----A-TAATTAAATGTT---TT-G-C--A-CACG-A-TC-T----CC--T-AT--T--------TG--TT---CTA-A-TTAC-AAAT
gi|101679 : T-----A-TTATTAAAT--T---TT-GCC--A-CAC--G-TC-T---CTC--T-AT--C--------TG--TC---CT--A-TTAC-AA
gi|101680 : -----A-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A-CACG-G-TC-T---CCC--T-AT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AA
gi|101681 : -----A-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A-CACG-G-TC-T---CCC--T-AT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AA
gi|101682 : -----A-TAATTAAAT--T---TTTG-C--A-CACG-G-TC-T---CCC--T-AT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AA
gi|101683 : -----A-TAATTAAAT--T---TT-G-T--A-CACG-G-TC-T---CCC--T-AT--C--------TG--TT---CT--A-TCGC-AA
gi|101684 : -----A-TAATTAAAT--T---TT-A-C--A-CACG-G-TC-T---CCC--T-AT--C--------TGAATT---CT--ATTTAC-AA
gi|101685 : -----A-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A-CACG-G-T--T---CCC--T-AT--C--------TG--TT---CT--T-TAAC-AA
gi|101686 : -----A-TAATTAAAT--T---TT-GGT--A-CACG-G-TCCT---CCC--T-AT--C--------TG--TT---CT--A-TCGC-AA
gi|101687 : -----A-TAATTAGAT--T---TT-G-C--A-CACG-G-TC-T---CCT--T-AT--A--------TG--TT---CT--A-
gi|101688 : -TAGTTAAAT--T---TT-G-C--A-CACG-G-TC-T---CCC--T-AT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AA
gi|101689 : TTAAAA--T---TT-G-C--A-CACG-G-TT-T---CCC--T-AT--C--------TG--TT---CT--A-TTA
gi|101690 : AT--T---TT-G-C--A-CACG-G-TC-T---CCT--T-AT--C--------TG--TT---CC--A-TTAC-AA
Alignments
lowQualScore : 2 6666 2 9999 2 3 33 888888 0 11 111 1 1 11 0 0 0 0 111 11 0 11 33333333 11 111 33 3 1
lowQualScore : . .... . .... . . .. ...... . .. ... . . .. . . . . ... .. . .. ........ .. ... .. . .
lowQualScore : 5 9999 2 2222 0 1 22 333333 9 22 666 8 8 22 9 9 9 9 666 22 9 22 22222222 22 666 11 6 0
consensus : ATATTACCTGCCTGGAGCTGTAAT-AACA----AT-TTTGTCA----TACT-TCAAAT-CA--AT-----A-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A-CACG-G-TC-T---CCC--T-AT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AAATGT
Reference ( family-427 ) : ATATTACCTGCCTGGAGCTGTAAT-AACA----AT-TTTGTCA----TACT-TCAAAT-CA--AT-----A-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A-CACG-G-TC-T---CCC--T-AT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AAATGT
gi|101641 : ATATTACCTGCCTAGAGCTGTAAT-AACA----AT-TTTGTCA----TACT-TCAAAT-CA--AT-----A-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A-CACG-G-TC-----CCC--T-AT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AAATGT
gi|101642 : ATATTACCTGTCTGGAGCTGTAAT-AACA----AT-TTTGGCA----TACT-TCAAAT-CA--AT-----A-TAATTAAAT--T---TT-C-C--A-CACG-G-TC-T---CCC--T-AT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AAA
gi|101643 : ATATTACCTGCCTGGAGCTGTAAT-AACA----
gi|101644 : ATATTACCTGCCTGGAGCTGTAAT-AACA----AT-TTTGTCA----TACT-TCAAAT-CA--AT-----A-TAATAAAAG--T---TT-G-C--A-CATG-G-TC-T---CTC--T-AT--C--------TG---T---CT--A-TTAC-AAATAT
gi|101645 : ATATTACCTGCCTGGAGCTGTAAT-AACA-------TTTGTCA----TACT-TCAAAT-CA--AT-----A-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A-CACA-G-TC-T---CCC--T-A-----------------T---CT--A-TTAC-AAATG
gi|101646 : ATATTACCTGCCTGGAGCTGTAAT-AACA----AT-TTTGTCA----TACT-TCAAAT-CA--AT-----A-TAATAAAAG--T---TT-G-C--A-CATG-G-TC-T---CTC--T-A---C--------TG--TT---CT--A-TAAC-AAA
gi|101647 : ATATTACCTGCCTGAAGCTGTAAT-AACA----AT-
gi|101648 : ATATTACCTGTCTGGAGCTGTAAT-AACA----AT-TTTATCA----TACT-TCAAAT-CA--AT-----A-TA---AAAT--T---TT-C-C--A-CACG-G-CC-T---CCC--T-ATGAA--------TG--TTTAGCTTCA-TTAC-A
gi|101649 : ATATTACCTGCCTGGAGCTGTAAT-AACATAATAT-TTT
gi|101650 : ATATTACCTGCCTTGGGCTGTAAT-AAC-----AT-TTTGT-A----TACA-T-AAAT-CA--A
gi|101651 : ATATTACCTGCCTGGAGCTGTAAT-AACAT---ATAATTGTGA----TAC
gi|101652 : TTACCTGCCTGGAGCTGTAAT-AACA----AT-TTTGTCA----TACT-TCAAAT-CA--AT-----A-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A---------------CTC--T-AT--C--------TG--AT---CT--A-TTAC-AAATGT
gi|101653 : CCTGCCTGGTGCTGTAAT-AACA----AT-TTTGTCAGTCATACT-TCAAAT-CA--AT-----A-TCATTAAAT--T---GT-C-C--A-CAAG-G-TC-T---CCC--T-AT--C--------TT--TT---AT--A-TTAC-AAATGT
gi|101654 : GCC-GAAGCTGTAAT-AACA----AT-TT-GTCT----TACT-TCAAAT-CA--AT-----A-TAATTAAAT--T---TC-C-C--A-CACG-G-TC-T---CCG--T-AG--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AAATGT
gi|101655 : CTGGA-CTGTAAT-AACA----A--TTTGTCAC---TACTGTCAAAT-C--------------------------------C--A-AACG-G-TC-T---CCC--T-AT--G--------TG--TT---CT--A--TACAAAATGT
gi|101656 : TAATTGACA----AT-TTT--------TA-T-TCA--T-CATAGT-----AATAATTAAAA--T---TT-G-C--A-CACG-G-TC------CC--T-AT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AA
gi|101657 : CA----AC-TTTGTCA----TACT-TCAAAT-CA--AT-----A-TAATTAAAA--T---TC-G-C--A-CACG-G-TC-T---CCC--T-AT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AAATGT
gi|101658 : A----AT-TTT---A----CGGT-TCATAT-CG--TA-----A-TAATTACAT--T---TT-G-C--A-CACG-T-TC-T---CCC--T-AT--C--------TG--TT---CC--A-TTAC-AA
gi|101659 : T-TTTCTCAG---TAAT-T----T-CA--AC-----A-AAATTAA-T--T---TT-G-C--A-CATG-G-TC-T---CCC--T-AT--C--------TG--TT---AT--A-TTAC--AATGT
gi|101660 : TGTTA----TGTT-TCATTA-CA--A------A-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A-CAGG-G-GC-T---CCC--T-AT--A--------TG--TT---TT--A-TTAC-AA
gi|101661 : TTA----TTCC-TGAAAA-CA--ATGGATAA-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A-CACA-G-TC-T---CCC--T-AT--A--------TG--T-----T--A-TTAC-AA
gi|101662 : T-TCAACTATA--A------A-TAATCAAAT--T---TT-G-C--A-CACG-G-TC-T---CCC--A-AT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AA
gi|101663 : T-TAAAATGCA--A------A-TAATTAAAT--T---T--G-CCCA-CACG-GGTC-T---CCC--T-AT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AA
gi|101664 : -TCACAT-CAG-AC-----A-TAATTAAAT--T---TTTG-C--AACACGCG-TC-T---CCC--TTAT--C--------TG--TT---CT--ACTTAC-AA
gi|101665 : AAAA-CA--A------A-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A-CACG-G-TC-T---CCC--T-AT--C--------TG--TT---CT--A-TAAC-AA
gi|101666 : AAA--CA--AT-----A-CAATTAGAT--TATTTT-G-C--A-CACG-G-TC-T----CC--T-AT--C--------TG--TT---CTA-A-TTAC-AA
gi|101667 : AGT-CA--ATTCTTAA-TAATTAAAT--T---T--G-C--A-CACG-G-TC-T---CCC--T-AT--C--------TG--TT---CT--ATTTAC-AA
gi|101668 : AT-TA--AA-----A-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A-CACG-G-TC-TCGGCCC--T-AT--C--------TG--TT---CT--A-TAAC-AA
gi|101669 : T-CA--A------A-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A-CACG-G-TC-T---CCC--T-AT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AA
gi|101670 : -CA--A------A-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A-CACG-G-TC-T---CCC--T-AT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AA
gi|101671 : A--AA-----A-CAATTAAAT--T---TT-G-T--A-CATG-G-TC-T---CCC--T-AT--C--------TG--TT---CT--A-TTA
gi|101672 : --AT-----A-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A-CACG-G-AC-T---CCC--T-AT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AA
gi|101673 : --AT-----A-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A-CACG-G-TC-T---CCC--T-AT--C--------TG--T
gi|101674 : --AT-----A-TAATGAAAT--T---TT-G-C--A-CACG-G-TC-T---CCC--T-CT--C--------TG--TT---TT--ATTTAC-AA
gi|101675 : T-----A-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A-CACG-G-TC-T---CCC--T-AT--CTGTAAAAGTG--TT---CT--A-TTAC-AA
gi|101676 : T-----A-TACCTAAAT--G---TT-G-C--A-CACG-G-AC-T---CCCTAT-AT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AA
gi|101677 : T-----A-TAAT-AAAT--T---TT-G-C--A-CACA-G-T--T---CCC--T-GT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AAGT
gi|101678 : T-----A-TAATTAAATGTT---TT-G-C--A-CACG-A-TC-T----CC--T-AT--T--------TG--TT---CTA-A-TTAC-AAAT
gi|101679 : T-----A-TTATTAAAT--T---TT-GCC--A-CAC--G-TC-T---CTC--T-AT--C--------TG--TC---CT--A-TTAC-AA
gi|101680 : -----A-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A-CACG-G-TC-T---CCC--T-AT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AA
gi|101681 : -----A-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A-CACG-G-TC-T---CCC--T-AT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AA
gi|101682 : -----A-TAATTAAAT--T---TTTG-C--A-CACG-G-TC-T---CCC--T-AT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AA
gi|101683 : -----A-TAATTAAAT--T---TT-G-T--A-CACG-G-TC-T---CCC--T-AT--C--------TG--TT---CT--A-TCGC-AA
gi|101684 : -----A-TAATTAAAT--T---TT-A-C--A-CACG-G-TC-T---CCC--T-AT--C--------TGAATT---CT--ATTTAC-AA
gi|101685 : -----A-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A-CACG-G-T--T---CCC--T-AT--C--------TG--TT---CT--T-TAAC-AA
gi|101686 : -----A-TAATTAAAT--T---TT-GGT--A-CACG-G-TCCT---CCC--T-AT--C--------TG--TT---CT--A-TCGC-AA
gi|101687 : -----A-TAATTAGAT--T---TT-G-C--A-CACG-G-TC-T---CCT--T-AT--A--------TG--TT---CT--A-
gi|101688 : -TAGTTAAAT--T---TT-G-C--A-CACG-G-TC-T---CCC--T-AT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AA
gi|101689 : TTAAAA--T---TT-G-C--A-CACG-G-TT-T---CCC--T-AT--C--------TG--TT---CT--A-TTA
gi|101690 : AT--T---TT-G-C--A-CACG-G-TC-T---CCT--T-AT--C--------TG--TT---CC--A-TTAC-AA
blockSeqs : T TAAT A GTCA G A TA TGGATA GT ATT T C CC CGG TA GA TGTAAAAG AA TAG TC C
blockSeqs : . T . C . G G TTCTTA . . T G . . . . . . . A T
blockSeqs : . . . G . . . T . . . . . . . . . . . A T
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : ATATTACCTGCCTGGAGCTGTAAT-AACA----AT-TTTGTCA----TACT-TCAAAT-CA--AT-----A-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A-CACG-G-TC-T---CCC--T-AT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AAATGT
finalCons : ATATTACCTGCCTGGAGCTGTAAT-AACA----AT-TTTGTCA----TACT-TCAAAT-CA--AT-----A-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A-CACG-G-TC-T---CCC--T-AT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AAATGT
Alignments
lowQualScore : 2 6666 2 9999 2 3 33 888888 0 11 111 1 1 11 0 0 0 0 111 11 0 11 33333333 11 111 33 3 1
lowQualScore : . .... . .... . . .. ...... . .. ... . . .. . . . . ... .. . .. ........ .. ... .. . .
lowQualScore : 5 9999 2 2222 0 1 22 333333 9 22 666 8 8 22 9 9 9 9 666 22 9 22 22222222 22 666 11 6 0
consensus : ATATTACCTGCCTGGAGCTGTAAT-AACA----AT-TTTGTCA----TACT-TCAAAT-CA--AT-----A-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A-CACG-G-TC-T---CCC--T-AT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AAATGT
Reference ( family-427 ) : ATATTACCTGCCTGGAGCTGTAAT-AACA----AT-TTTGTCA----TACT-TCAAAT-CA--AT-----A-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A-CACG-G-TC-T---CCC--T-AT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AAATGT
gi|101641 : ATATTACCTGCCTAGAGCTGTAAT-AACA----AT-TTTGTCA----TACT-TCAAAT-CA--AT-----A-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A-CACG-G-TC-----CCC--T-AT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AAATGT
gi|101642 : ATATTACCTGTCTGGAGCTGTAAT-AACA----AT-TTTGGCA----TACT-TCAAAT-CA--AT-----A-TAATTAAAT--T---TT-C-C--A-CACG-G-TC-T---CCC--T-AT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AAA
gi|101643 : ATATTACCTGCCTGGAGCTGTAAT-AACA----
gi|101644 : ATATTACCTGCCTGGAGCTGTAAT-AACA----AT-TTTGTCA----TACT-TCAAAT-CA--AT-----A-TAATAAAAG--T---TT-G-C--A-CATG-G-TC-T---CTC--T-AT--C--------TG---T---CT--A-TTAC-AAATAT
gi|101645 : ATATTACCTGCCTGGAGCTGTAAT-AACA-------TTTGTCA----TACT-TCAAAT-CA--AT-----A-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A-CACA-G-TC-T---CCC--T-A-----------------T---CT--A-TTAC-AAATG
gi|101646 : ATATTACCTGCCTGGAGCTGTAAT-AACA----AT-TTTGTCA----TACT-TCAAAT-CA--AT-----A-TAATAAAAG--T---TT-G-C--A-CATG-G-TC-T---CTC--T-A---C--------TG--TT---CT--A-TAAC-AAA
gi|101647 : ATATTACCTGCCTGAAGCTGTAAT-AACA----AT-
gi|101648 : ATATTACCTGTCTGGAGCTGTAAT-AACA----AT-TTTATCA----TACT-TCAAAT-CA--AT-----A-TA---AAAT--T---TT-C-C--A-CACG-G-CC-T---CCC--T-ATGAA--------TG--TTTAGCTTCA-TTAC-A
gi|101649 : ATATTACCTGCCTGGAGCTGTAAT-AACATAATAT-TTT
gi|101650 : ATATTACCTGCCTTGGGCTGTAAT-AAC-----AT-TTTGT-A----TACA-T-AAAT-CA--A
gi|101651 : ATATTACCTGCCTGGAGCTGTAAT-AACAT---ATAATTGTGA----TAC
gi|101652 : TTACCTGCCTGGAGCTGTAAT-AACA----AT-TTTGTCA----TACT-TCAAAT-CA--AT-----A-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A---------------CTC--T-AT--C--------TG--AT---CT--A-TTAC-AAATGT
gi|101653 : CCTGCCTGGTGCTGTAAT-AACA----AT-TTTGTCAGTCATACT-TCAAAT-CA--AT-----A-TCATTAAAT--T---GT-C-C--A-CAAG-G-TC-T---CCC--T-AT--C--------TT--TT---AT--A-TTAC-AAATGT
gi|101654 : GCC-GAAGCTGTAAT-AACA----AT-TT-GTCT----TACT-TCAAAT-CA--AT-----A-TAATTAAAT--T---TC-C-C--A-CACG-G-TC-T---CCG--T-AG--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AAATGT
gi|101655 : CTGGA-CTGTAAT-AACA----A--TTTGTCAC---TACTGTCAAAT-C--------------------------------C--A-AACG-G-TC-T---CCC--T-AT--G--------TG--TT---CT--A--TACAAAATGT
gi|101656 : TAATTGACA----AT-TTT--------TA-T-TCA--T-CATAGT-----AATAATTAAAA--T---TT-G-C--A-CACG-G-TC------CC--T-AT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AA
gi|101657 : CA----AC-TTTGTCA----TACT-TCAAAT-CA--AT-----A-TAATTAAAA--T---TC-G-C--A-CACG-G-TC-T---CCC--T-AT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AAATGT
gi|101658 : A----AT-TTT---A----CGGT-TCATAT-CG--TA-----A-TAATTACAT--T---TT-G-C--A-CACG-T-TC-T---CCC--T-AT--C--------TG--TT---CC--A-TTAC-AA
gi|101659 : T-TTTCTCAG---TAAT-T----T-CA--AC-----A-AAATTAA-T--T---TT-G-C--A-CATG-G-TC-T---CCC--T-AT--C--------TG--TT---AT--A-TTAC--AATGT
gi|101660 : TGTTA----TGTT-TCATTA-CA--A------A-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A-CAGG-G-GC-T---CCC--T-AT--A--------TG--TT---TT--A-TTAC-AA
gi|101661 : TTA----TTCC-TGAAAA-CA--ATGGATAA-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A-CACA-G-TC-T---CCC--T-AT--A--------TG--T-----T--A-TTAC-AA
gi|101662 : T-TCAACTATA--A------A-TAATCAAAT--T---TT-G-C--A-CACG-G-TC-T---CCC--A-AT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AA
gi|101663 : T-TAAAATGCA--A------A-TAATTAAAT--T---T--G-CCCA-CACG-GGTC-T---CCC--T-AT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AA
gi|101664 : -TCACAT-CAG-AC-----A-TAATTAAAT--T---TTTG-C--AACACGCG-TC-T---CCC--TTAT--C--------TG--TT---CT--ACTTAC-AA
gi|101665 : AAAA-CA--A------A-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A-CACG-G-TC-T---CCC--T-AT--C--------TG--TT---CT--A-TAAC-AA
gi|101666 : AAA--CA--AT-----A-CAATTAGAT--TATTTT-G-C--A-CACG-G-TC-T----CC--T-AT--C--------TG--TT---CTA-A-TTAC-AA
gi|101667 : AGT-CA--ATTCTTAA-TAATTAAAT--T---T--G-C--A-CACG-G-TC-T---CCC--T-AT--C--------TG--TT---CT--ATTTAC-AA
gi|101668 : AT-TA--AA-----A-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A-CACG-G-TC-TCGGCCC--T-AT--C--------TG--TT---CT--A-TAAC-AA
gi|101669 : T-CA--A------A-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A-CACG-G-TC-T---CCC--T-AT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AA
gi|101670 : -CA--A------A-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A-CACG-G-TC-T---CCC--T-AT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AA
gi|101671 : A--AA-----A-CAATTAAAT--T---TT-G-T--A-CATG-G-TC-T---CCC--T-AT--C--------TG--TT---CT--A-TTA
gi|101672 : --AT-----A-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A-CACG-G-AC-T---CCC--T-AT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AA
gi|101673 : --AT-----A-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A-CACG-G-TC-T---CCC--T-AT--C--------TG--T
gi|101674 : --AT-----A-TAATGAAAT--T---TT-G-C--A-CACG-G-TC-T---CCC--T-CT--C--------TG--TT---TT--ATTTAC-AA
gi|101675 : T-----A-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A-CACG-G-TC-T---CCC--T-AT--CTGTAAAAGTG--TT---CT--A-TTAC-AA
gi|101676 : T-----A-TACCTAAAT--G---TT-G-C--A-CACG-G-AC-T---CCCTAT-AT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AA
gi|101677 : T-----A-TAAT-AAAT--T---TT-G-C--A-CACA-G-T--T---CCC--T-GT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AAGT
gi|101678 : T-----A-TAATTAAATGTT---TT-G-C--A-CACG-A-TC-T----CC--T-AT--T--------TG--TT---CTA-A-TTAC-AAAT
gi|101679 : T-----A-TTATTAAAT--T---TT-GCC--A-CAC--G-TC-T---CTC--T-AT--C--------TG--TC---CT--A-TTAC-AA
gi|101680 : -----A-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A-CACG-G-TC-T---CCC--T-AT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AA
gi|101681 : -----A-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A-CACG-G-TC-T---CCC--T-AT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AA
gi|101682 : -----A-TAATTAAAT--T---TTTG-C--A-CACG-G-TC-T---CCC--T-AT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AA
gi|101683 : -----A-TAATTAAAT--T---TT-G-T--A-CACG-G-TC-T---CCC--T-AT--C--------TG--TT---CT--A-TCGC-AA
gi|101684 : -----A-TAATTAAAT--T---TT-A-C--A-CACG-G-TC-T---CCC--T-AT--C--------TGAATT---CT--ATTTAC-AA
gi|101685 : -----A-TAATTAAAT--T---TT-G-C--A-CACG-G-T--T---CCC--T-AT--C--------TG--TT---CT--T-TAAC-AA
gi|101686 : -----A-TAATTAAAT--T---TT-GGT--A-CACG-G-TCCT---CCC--T-AT--C--------TG--TT---CT--A-TCGC-AA
gi|101687 : -----A-TAATTAGAT--T---TT-G-C--A-CACG-G-TC-T---CCT--T-AT--A--------TG--TT---CT--A-
gi|101688 : -TAGTTAAAT--T---TT-G-C--A-CACG-G-TC-T---CCC--T-AT--C--------TG--TT---CT--A-TTAC-AA
gi|101689 : TTAAAA--T---TT-G-C--A-CACG-G-TT-T---CCC--T-AT--C--------TG--TT---CT--A-TTA
gi|101690 : AT--T---TT-G-C--A-CACG-G-TC-T---CCT--T-AT--C--------TG--TT---CC--A-TTAC-AA