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lowQualScore                  :            ..    .   ...   ........ ..     .....  .........    . .  .........  . ...     .. .   ..   ..   .....  . .  . . . . .   . ..  .     
lowQualScore                  :            22    9   444   66666666 11     00000  333333333    6 8  999999999  8 999     11 8   99   99   44444  9 6  9 7 9 9 9   9 33  9     
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Reference ( gi|67434 )        :     ACATAGA--GAAT-ATT---ACA--------T--GCTAA-----AA---------TCCA-T-AT------T--GC-A--TGGCAT--A-TCA--GCC--CGA-GT--GG-C-CC-C-A-T-A-TCA-G--CCTGAGGG
gi|67437                      :     ACATAGA--GAAT-ATT---ACA--------T--GCTCA-----AA---------TCCA-T-AT------C--GC-A--TGGCAT--A-TCA--GCC--CGA-GT--GG-C-CC-C-A-T-A-TCA-G--CCTGAGGG
gi|67435                      :     ACATAGA--GA-T-ATT---ACA--------T--GCTAA-----AA---------TCCA-T-AT------T--GC----TGGCAT--A-TCA--GCC---GA-GT--GG-C-CC-C-A-T-A-TCA-G--CCTGAGGG
gi|67440                      :   atATATAGA--GAAT-ATC---ACA--------T--GCTAA-----AA---------TCCA-T-AT------C--GT-A--TTACAT--A-TCA--GCC--CGA-GT--GG-C-CC-C-A-T-A-TGA-G--CCCGAGGG
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gi|67462                      :   atagATAG---GAAT-ATT---A-A--------T--GCTAA-----AA---------TCCA-T-AT------C--AC-A--AGACA---A--CA--GCCT-TG------GG-C-CC-CAA-T-A-TC
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gi|67453                      :     ataaatA--GAAT-ATC---ATA--------G--GCTAA-----AA---------TCTC-T-AT------T--GC-A--TGGCAT--A-TCA--GCC--CGA-TT--GG-C-CC-C-A-T-A-TCA-G--CC
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gi|67451                      :     ataaatA--GAAT-ATT---ACA--------T--GCTAA-----AA---------TTCC-T-AT------C--GC-A--TGGCAT--A-TCA--ACCCTCGA------G-C-CT-C-A-C-A-TCc
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lowQualScore                  :                       ..    .   ... .  ........      .....  .........    .   ...... ..  . ...     .. .   ..   ..   .....  . .  . . . . .   . ..        
lowQualScore                  :                       22    8   444 8  55555555      00000  222222222    6   000000 11  8 777     11 8   99   99   88888  8 6  8 7 7 8 8   9 22        
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Reference ( family-425 )      :                ACATAGA--GAAT-ATT---A-CA--------TGCTAA-----AA---------TCCA-TAT------C--GC-A--TGGCAT--A-TCA--GCC--CGA-GT--GG-C-CC-C-A-T-A-TCA-G--CCCGAGGG
gi|67434                      :                ACATAGA--GAAT-ATT---A-CA--------TGCTAA-----AA---------TCCA-TAT------T--GC-A--TGGCAT--A-TCA--GCC--CGA-GT--GG-C-CC-C-A-T-A-TCA-G--CCTGAGGG
gi|67435                      :                ACATAGA--GA-T-ATT---A-CA--------TGCTAA-----AA---------TCCA-TAT------T--GC----TGGCAT--A-TCA--GCC---GA-GT--GG-C-CC-C-A-T-A-TCA-G--CCTGAGGG
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gi|67450                      :          ataaatACATAGA--GAAT-ATTGTAA-CA--------TGCAAA-----AA---------TTCC-TAT------C--GC-A--TGGCAT--A-TCA--GCC--TGA-GT--GA-C-CC-C-A-T-A-TCA-G--CCCGAGGG
gi|67451                      :                      A--GAAT-ATT---A-CA--------TGCTAA-----AA---------TTCC-TAT------C--GC-A--TGGCAT--A-TCA--ACCCTCGA------G-C-CT-C-A-C-A-TCC-A--CCC
gi|67452                      :                ataaatA--GAAT-ATC---A-CA--------TACCAA-----AA---------TCCA-CAT------C--AT-A--TGCCAT--A-TCA--GCC--CTC-G---GG-C-CC-C-A-T-A-TCC-G--CCC
gi|67453                      :                ataaatA--GAAT-ATC---A-TA--------GGCTAA-----AA---------TCTC-TAT------T--GC-A--TGGCAT--A-TCA--GCC--CGA-TT--GG-C-CC-C-A-T-A-TCA-G--CC
gi|67454                      :                ataaatA--GAAT-ATC---AATA--------GGCTAA-----A----------TCTC-TAT------T--GC-A---GGCAT--A-TCA--GCC---GA-TT--GG-C-CC-C-A-T-A-TCA-G--CC
gi|67455                      :                ataaatA--GAAT-ATC---A-CA--------GGCTAA-----A----------TCTC-TAT------T--GC-A--TGGCAT--A-CTA--G-C--CGA-TT--G----CC-C-A-T-A-TCA-G--CC
gi|67456                      :                ataaatA--GAAT-AGT---A-CA--------TGCTAA-----AA---------TCCA-TATGAACACC--AT-A--TGTCAT--A-CCA--GCC--C----TTAAG-C-CC-C-A-T-A-TCA-G--CCC
gi|67457                      :          ataaatACATAGA--GAAT-ATT---A-CA--------TGCTAA-----AA---------TCC---AT------C--AT-A--TGTTAT--A-ATA--GCC--TAA-GT--GG-T-GC-A-A-T-A-TTA-T--CCCGAGGG
gi|67458                      :                      A--GAAT-ATA---A-CA--------TCCCGA-----AA---------TCCA-CAT------C--AT-A--TGTCAT--A-TCA--GCC--CTC-G---GG-C-AC-C-A-T-A-CCA-AGTCCCGAG
gi|67459                      :          ataaatACATAGA--GAAT-ATC---A-CA--------TGGTAA---------------------TAT------C-----------CAT--A-TCA--GCC--CGA-GT--GG-C-CC-C-A-T-A-TCA-G--CCGGAGGG
gi|67460                      :                ACATAGA--GAAC-ATT---A-CA--------TACCAA-----AA---------TACA-TAT------C--AT-A--TACAAT--A-TCA--GCC--CGA-GT--GG-A-CC-C-A-T-A-TCA-G--CCCAATGG
gi|67461                      :                ATATAGA--GAAT-ATT---A-CA--------TACCAT-----AA---------TCCA-TAT------C--AT-A--TGCCAC--A-TAA--GCC--CGA-GT--GG-A-CC-C-A-T-A-TCA-G--GCC
gi|67462                      :                  ATAG---GAAT-ATT---A--A--------TGCTAA-----AA---------TCCA-TAT------C--AC-A--AGACA---A--CA--GCCT-TG------GG-C-CC-CAA-T-A-TC
gi|67463                      :             ataATATAGA--GAAT-AAT---A-CA--------TACTAT-----T----------TCCA-TAT------C--AC-A--CCCTGT--A-TCA--GCC---GA-G----A-C-AC-C-AAT-A-TCA-G--CCCGAGGG
gi|67464                      :                          AAC-AAT---G-CA--------TGGCAA-----AA---------TCTG-TAT------C--AC-A--CTCCAT--A-TCA--ACC--CAA-----GG-C-TC-CAA-T-A-TCA-G--CCCGAGGG
gi|67465                      : atatataatgaaaacATATAGA--GAAT-ATT----------------GCTAA-----AA---------TCCA-TAT------C--GC-A--CTGCAT--A-TCA--GAC--C
gi|67466                      :                  ACAGA--GAAT---------CA--------TGCTAA-----AC---------TATT-TAT------C--AC-T--T--CAT--A-TCA--GCC--CGA-GT--GG-C-CC-C-A-T-A-TCA-G--CCCGA
gi|67467                      :            atagATATAGA--GAAT-AAT---A-CA--------TACCTA-----TT---------TCCA-TAT------C--AC-ACCTG---T--A-TCA--GCC--CGA-----GA-CACC-A-A-T-A-TCAGG--CCCGAGGG
gi|67468                      :                ATATAGA--GAAT-AAT---A-CA--------TACCTA-----TT---------TCCA-TAT------C--AC-A--CCCTTT--A-TCA--GCC--CGA-----GA-CACA-A-A-T-A-TCA-G--CCCGAGGG
gi|67469                      :                       --GAAT-ATT---A-CA--------TGCTAA-----AA---------TCCA-TAT------C--GC-A--AGGCAT--A-TCA--GCC--CTC-GG--GG-C-CC-C-A-T-A-TCA-A--CCC
gi|67470                      :               tatatgat--GAAT-ATT---A--A--------TGCTAA-----AA---------TCCA-TAT------C--GC-A---AGCAT--A-TCA--GCC--CTC-GG--GG-C-CC-C-ATT-A-TCA-A--CC
gi|67471                      :          tatatgatATATA--GAAT-ATT---T-CA--------TGCTAA-----AGAG-------TCCACTAT------C--GCCA--TGGCAT--A-TTT--GCT--GGA-GT--GGGC-CC-C-A-T-A-TCA-G--CCCGAGGG
gi|67472                      :                 tATAGA--GAAT-ATT---A-CA--------TGCTAA-----AA---------TCCA-CAT------C--GC-A--TGGCAT--A-TCA--GCC--CGA-GT--GG-A-CC-C-A-T-A-TCA-G--TCCGAGG
gi|67473                      :                  ATAGA--GAAT-ACT---A-CA--------TGCTCA-----AA---------TCCA-TAT------C--AC-A--GGGCAT--A-TCA--GCC--TGA-GT--GG-T-TT-C-A-T-A-TCA-G--
gi|67474                      :                  ATAGA--GAAT-ATT---A-CA--------TGCTAA-----AA---------TCCA-TAT------C--AC-A--TGGCAT--A-TCA--GCC--CGA-GT--GA-C-CC-C-A-T-A-TCA-G--TCCGAGGG
gi|67475                      :                  ATAGA--GAAT-ATT---A-CA--------TACCAA-----AC---------CCCC-TAC------C--AT-A--TGCCAC--A-TAA--GTC--CGA-AT--GG-A-CA-C-A-T-A-TCA-G--CCCAAGGG
gi|67476                      :                  ATAGA--GAAT-ATT---A-CA--------TACCAA-----AA---------TCCA-TAT------C--AT-A--TGTCAT--A-TCA--GCC--CAA-GT--GG-A-CC-C-A-T-A-TCC-G--CCCGAGGG
gi|67477                      :                  ATAGA--AAAT-ATT---G-CA--------TGCTAA-----AA---------TCCA-TATA-----C--GC-A--TCGCAT--T-TCA--GCC--CGACGT--GG-C-CC-C-A-T-A-TCA-
gi|67478                      :                  ATA-A--GAAT-AT----A-CG--------TGCCAA-----AA---------TCCA-TAT------C--GC-A--TGGC-T--A-TCA--G-C--CGA-GT--TT-C-CCGC-A-T-A-TCA-G--CTT-AGGG
gi|67479                      :                           AT-ATT---A-CA--------TGCTAA-----AA---------TCCA-TAT------C--GG-C--TGGCAT----TCAG-GCC--CGG-----GG-C-CC-
gi|67480                      :                tgtaagA--GAATGATT---A-CAG-------TGCTCA-----A----------TCCAGTAT------CCGGC-A--AGGCAT--A-TCAACGCT--CGG-A----G-C-CC-C-A-T-A-TCA-C--CC
gi|67481                      :                       --GAA--ATT---A-CG--------TGCTAA-----AA---------TCCA-TAT------C--G-----TGTCAT--T-TCA--GCC--CAA-GT--GG-A-CC-C-A-TGA-TCA-G--CCCGAGGG
gi|67482                      :                                 ---A-CA--------TGCTAA-----AA---------TCCA-TAT------C--GC-A--AGGCAT--A-ACA--GCC--CTC-GG--GG-C-CC-C-A-T-A-TCA-A--CCC
gi|67483                      :                                 ---A-CA--------TGCTGA-----AA---------TCAA-TAT------C--GC-A--AAGCAT--A-TCG--GCC--CTC-G---GG-C-TC-C-A-T-A-TTT-A--CCC
gi|67484                      :                                                      -----AA---------TCCA-CAT------C--GC-A--TGGCAT--G-TCA--GCC--CCC-G---GG-C-CC-C-A-T-A-TCA-A--CC





Alignments
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lowQualScore                  :                       ..    .   ... .  ........      .....  .........    .   ...... ..  . ...     .. .   ..   ..   .....  . .  . . . . .   . ..        
lowQualScore                  :                       22    8   444 8  55555555      00000  222222222    6   000000 11  8 777     11 8   99   99   88888  8 6  8 7 7 8 8   9 22        
consensus                     :                ACATAGA--GAAT-ATT---A-CA--------TGCTAA-----AA---------TCCA-TAT------C--GC-A--TGGCAT--A-TCA--GCC--CGA-GT--GG-C-CC-C-A-T-A-TCA-G--CCCGAGGG
Reference ( family-425 )      :                ACATAGA--GAAT-ATT---A-CA--------TGCTAA-----AA---------TCCA-TAT------C--GC-A--TGGCAT--A-TCA--GCC--CGA-GT--GG-C-CC-C-A-T-A-TCA-G--CCCGAGGG
gi|67434                      :                ACATAGA--GAAT-ATT---A-CA--------TGCTAA-----AA---------TCCA-TAT------T--GC-A--TGGCAT--A-TCA--GCC--CGA-GT--GG-C-CC-C-A-T-A-TCA-G--CCTGAGGG
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gi|67449                      :                ataaatA--GAAT-ATT---A--A--------TTCAAA-----AA---------TCCA-TAT------C--AT-A--TGCCAT--ATTCA--GCC--CGA-GG--GA----C-C-A-T-AGTCA-G--CCCAAGGG
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gi|67458                      :                      A--GAAT-ATA---A-CA--------TCCCGA-----AA---------TCCA-CAT------C--AT-A--TGTCAT--A-TCA--GCC--CTC-G---GG-C-AC-C-A-T-A-CCA-AGTCCCGAG
gi|67459                      :          ataaatACATAGA--GAAT-ATC---A-CA--------TGGTAA---------------------TAT------C-----------CAT--A-TCA--GCC--CGA-GT--GG-C-CC-C-A-T-A-TCA-G--CCGGAGGG
gi|67460                      :                ACATAGA--GAAC-ATT---A-CA--------TACCAA-----AA---------TACA-TAT------C--AT-A--TACAAT--A-TCA--GCC--CGA-GT--GG-A-CC-C-A-T-A-TCA-G--CCCAATGG
gi|67461                      :                ATATAGA--GAAT-ATT---A-CA--------TACCAT-----AA---------TCCA-TAT------C--AT-A--TGCCAC--A-TAA--GCC--CGA-GT--GG-A-CC-C-A-T-A-TCA-G--GCC
gi|67462                      :                  ATAG---GAAT-ATT---A--A--------TGCTAA-----AA---------TCCA-TAT------C--AC-A--AGACA---A--CA--GCCT-TG------GG-C-CC-CAA-T-A-TC
gi|67463                      :             ataATATAGA--GAAT-AAT---A-CA--------TACTAT-----T----------TCCA-TAT------C--AC-A--CCCTGT--A-TCA--GCC---GA-G----A-C-AC-C-AAT-A-TCA-G--CCCGAGGG
gi|67464                      :                          AAC-AAT---G-CA--------TGGCAA-----AA---------TCTG-TAT------C--AC-A--CTCCAT--A-TCA--ACC--CAA-----GG-C-TC-CAA-T-A-TCA-G--CCCGAGGG
gi|67465                      : atatataatgaaaacATATAGA--GAAT-ATT----------------GCTAA-----AA---------TCCA-TAT------C--GC-A--CTGCAT--A-TCA--GAC--C
gi|67466                      :                  ACAGA--GAAT---------CA--------TGCTAA-----AC---------TATT-TAT------C--AC-T--T--CAT--A-TCA--GCC--CGA-GT--GG-C-CC-C-A-T-A-TCA-G--CCCGA
gi|67467                      :            atagATATAGA--GAAT-AAT---A-CA--------TACCTA-----TT---------TCCA-TAT------C--AC-ACCTG---T--A-TCA--GCC--CGA-----GA-CACC-A-A-T-A-TCAGG--CCCGAGGG
gi|67468                      :                ATATAGA--GAAT-AAT---A-CA--------TACCTA-----TT---------TCCA-TAT------C--AC-A--CCCTTT--A-TCA--GCC--CGA-----GA-CACA-A-A-T-A-TCA-G--CCCGAGGG
gi|67469                      :                       --GAAT-ATT---A-CA--------TGCTAA-----AA---------TCCA-TAT------C--GC-A--AGGCAT--A-TCA--GCC--CTC-GG--GG-C-CC-C-A-T-A-TCA-A--CCC
gi|67470                      :               tatatgat--GAAT-ATT---A--A--------TGCTAA-----AA---------TCCA-TAT------C--GC-A---AGCAT--A-TCA--GCC--CTC-GG--GG-C-CC-C-ATT-A-TCA-A--CC
gi|67471                      :          tatatgatATATA--GAAT-ATT---T-CA--------TGCTAA-----AGAG-------TCCACTAT------C--GCCA--TGGCAT--A-TTT--GCT--GGA-GT--GGGC-CC-C-A-T-A-TCA-G--CCCGAGGG
gi|67472                      :                 tATAGA--GAAT-ATT---A-CA--------TGCTAA-----AA---------TCCA-CAT------C--GC-A--TGGCAT--A-TCA--GCC--CGA-GT--GG-A-CC-C-A-T-A-TCA-G--TCCGAGG
gi|67473                      :                  ATAGA--GAAT-ACT---A-CA--------TGCTCA-----AA---------TCCA-TAT------C--AC-A--GGGCAT--A-TCA--GCC--TGA-GT--GG-T-TT-C-A-T-A-TCA-G--
gi|67474                      :                  ATAGA--GAAT-ATT---A-CA--------TGCTAA-----AA---------TCCA-TAT------C--AC-A--TGGCAT--A-TCA--GCC--CGA-GT--GA-C-CC-C-A-T-A-TCA-G--TCCGAGGG
gi|67475                      :                  ATAGA--GAAT-ATT---A-CA--------TACCAA-----AC---------CCCC-TAC------C--AT-A--TGCCAC--A-TAA--GTC--CGA-AT--GG-A-CA-C-A-T-A-TCA-G--CCCAAGGG
gi|67476                      :                  ATAGA--GAAT-ATT---A-CA--------TACCAA-----AA---------TCCA-TAT------C--AT-A--TGTCAT--A-TCA--GCC--CAA-GT--GG-A-CC-C-A-T-A-TCC-G--CCCGAGGG
gi|67477                      :                  ATAGA--AAAT-ATT---G-CA--------TGCTAA-----AA---------TCCA-TATA-----C--GC-A--TCGCAT--T-TCA--GCC--CGACGT--GG-C-CC-C-A-T-A-TCA-
gi|67478                      :                  ATA-A--GAAT-AT----A-CG--------TGCCAA-----AA---------TCCA-TAT------C--GC-A--TGGC-T--A-TCA--G-C--CGA-GT--TT-C-CCGC-A-T-A-TCA-G--CTT-AGGG
gi|67479                      :                           AT-ATT---A-CA--------TGCTAA-----AA---------TCCA-TAT------C--GG-C--TGGCAT----TCAG-GCC--CGG-----GG-C-CC-
gi|67480                      :                tgtaagA--GAATGATT---A-CAG-------TGCTCA-----A----------TCCAGTAT------CCGGC-A--AGGCAT--A-TCAACGCT--CGG-A----G-C-CC-C-A-T-A-TCA-C--CC
gi|67481                      :                       --GAA--ATT---A-CG--------TGCTAA-----AA---------TCCA-TAT------C--G-----TGTCAT--T-TCA--GCC--CAA-GT--GG-A-CC-C-A-TGA-TCA-G--CCCGAGGG
gi|67482                      :                                 ---A-CA--------TGCTAA-----AA---------TCCA-TAT------C--GC-A--AGGCAT--A-ACA--GCC--CTC-GG--GG-C-CC-C-A-T-A-TCA-A--CCC
gi|67483                      :                                 ---A-CA--------TGCTGA-----AA---------TCAA-TAT------C--GC-A--AAGCAT--A-TCG--GCC--CTC-G---GG-C-TC-C-A-T-A-TTT-A--CCC
gi|67484                      :                                                      -----AA---------TCCA-CAT------C--GC-A--TGGCAT--G-TCA--GCC--CCC-G---GG-C-CC-C-A-T-A-TCA-A--CC


blockSeqs                     :                       TA        GTA    TTTGTACA      TTAAA  ATCCCCAAA    C   GAACAC CG    CCT     AC     AC   CT   TTA      A    A A         GT
blockSeqs                     :                       .         .      T             .      AG           G   A      .     T       .      G    T    CGT      A    A T         . 
blockSeqs                     :                       .         .      G             .      .            .   .      .     A       .      .    .    GT       .    . .         . 
blockSeqs                     :                       .         .      .             .      .            .   .      .     T       .      .    .    GT       .    . .         . 
blockSeqs                     :                       .         .      .             .      .            .   .      .     A       .      .    .    CT       .    . .         . 
blockSeqs                     :                       .         .      .             .      .            .   .      .     A       .      .    .    TC       .    . .         . 
blockSeqs                     :                       .         .      .             .      .            .   .      .     T       .      .    .    GT       .    . .         . 
blockSeqs                     :                       .         .      .             .      .            .   .      .     A       .      .    .    AT       .    . .         . 
blockSeqs                     :                       .         .      .             .      .            .   .      .     T       .      .    .    GT       .    . .         . 
blockSeqs                     :                       .         .      .             .      .            .   .      .     T       .      .    .    GT       .    . .         . 
blockSeqs                     :                       .         .      .             .      .            .   .      .     T       .      .    .    GT       .    . .         . 
blockSeqs                     :                       .         .      .             .      .            .   .      .     A       .      .    .    GG       .    . .         . 
blockSeqs                     :                       .         .      .             .      .            .   .      .     T       .      .    .    GT       .    . .         . 
blockSeqs                     :                       .         .      .             .      .            .   .      .     A       .      .    .    TT       .    . .         . 
blockSeqs                     :                       .         .      .             .      .            .   .      .     T       .      .    .    TT       .    . .         . 
blockSeqs                     :                       .         .      .             .      .            .   .      .     T       .      .    .    TT       .    . .         . 
blockSeqs                     :                       .         .      .             .      .            .   .      .     T       .      .    .    GT       .    . .         . 
blockSeqs                     :                       .         .      .             .      .            .   .      .     T       .      .    .    GT       .    . .         . 
blockSeqs                     :                       .         .      .             .      .            .   .      .     T       .      .    .    GT       .    . .         . 
blockSeqs                     :                       .         .      .             .      .            .   .      .     T       .      .    .    GT       .    . .         . 
blockSeqs                     :                       .         .      .             .      .            .   .      .     T       .      .    .    GT       .    . .         . 
blockSeqs                     :                       .         .      .             .      .            .   .      .     T       .      .    .    GG       .    . .         . 
blockSeqs                     :                       .         .      .             .      .            .   .      .     T       .      .    .    GG       .    . .         . 
blockSeqs                     :                       .         .      .             .      .            .   .      .     T       .      .    .    GT       .    . .         . 
blockSeqs                     :                       .         .      .             .      .            .   .      .     T       .      .    .    GT       .    . .         . 
blockSeqs                     :                       .         .      .             .      .            .   .      .     T       .      .    .    GT       .    . .         . 
blockSeqs                     :                       .         .      .             .      .            .   .      .     A       .      .    .    GT       .    . .         . 
blockSeqs                     :                       .         .      .             .      .            .   .      .     C       .      .    .    AT       .    . .         . 
blockSeqs                     :                       .         .      .             .      .            .   .      .     C       .      .    .    GT       .    . .         . 
blockSeqs                     :                       .         .      .             .      .            .   .      .     C       .      .    .    GT       .    . .         . 
blockSeqs                     :                       .         .      .             .      .            .   .      .     T       .      .    .    GT       .    . .         . 
blockSeqs                     :                       .         .      .             .      .            .   .      .     C       .      .    .    GG       .    . .         . 
blockSeqs                     :                       .         .      .             .      .            .   .      .     A       .      .    .    G        .    . .         . 
blockSeqs                     :                       .         .      .             .      .            .   .      .     T       .      .    .    G        .    . .         . 
blockSeqs                     :                       .         .      .             .      .            .   .      .     T       .      .    .    G        .    . .         . 
blockSeqs                     :                       .         .      .             .      .            .   .      .     G       .      .    .    G        .    . .         . 
blockSeqs                     :                       .         .      .             .      .            .   .      .     T       .      .    .    G        .    . .         . 
blockSeqs                     :                       .         .      .             .      .            .   .      .     T       .      .    .    G        .    . .         . 
blockSeqs                     :                       .         .      .             .      .            .   .      .     T       .      .    .    A        .    . .         . 
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blockSeqs                     :                                 .      .             .      .            .   .      .     .       .      .    .                                
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blockSeqCons                  :                
originalCons                  :                ACATAGA--GAAT-ATT---A-CA--------TGCTAA-----AA---------TCCA-TAT------C--GC-A--TGGCAT--A-TCA--GCC--CGA-GT--GG-C-CC-C-A-T-A-TCA-G--CCCGAGGG
finalCons                     :                ACATAGA--GAAT-ATT---A-CA--------TGCTAA-----AA---------TCCA-TAT------C--GC-A--TGGCAT--A-TCA--GCC--CGA-GT--GG-C-CC-C-A-T-A-TCA-G--CCCGAGGG





Alignments
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lowQualScore                  :                       ..    .   ... .  ........      .....  .........    .   ...... ..  . ...     .. .   ..   ..   .....  . .  . . . . .   . ..        
lowQualScore                  :                       22    8   444 8  55555555      00000  222222222    6   000000 11  8 777     11 8   99   99   88888  8 6  8 7 7 8 8   9 22        
consensus                     :                ACATAGA--GAAT-ATT---A-CA--------TGCTAA-----AA---------TCCA-TAT------C--GC-A--TGGCAT--A-TCA--GCC--CGA-GT--GG-C-CC-C-A-T-A-TCA-G--CCCGAGGG
Reference ( family-425 )      :                ACATAGA--GAAT-ATT---A-CA--------TGCTAA-----AA---------TCCA-TAT------C--GC-A--TGGCAT--A-TCA--GCC--CGA-GT--GG-C-CC-C-A-T-A-TCA-G--CCCGAGGG
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gi|67444                      :            atagACATAGA--GAAT-ATT---A-CA--------TGCTAA-----AAATCCCCAAATCCA-TAT------C--AC-T--TGGCAT--A-TCA--GCC--CTA-GT--GG-C-CC-C-A-T-A-TCA-G--TCCGAGGG
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gi|67448                      :                ataaatA--GAAT-ATT---A-CA--------TACAAA-----AA---------TCCA-TAT------C--AT-A--TGCCAT--A-TCA--GCC--CGA-GT--GG-A-CC-C-A-T-A-TCA-G--CCCAAGGGtcggg
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gi|67451                      :                      A--GAAT-ATT---A-CA--------TGCTAA-----AA---------TTCC-TAT------C--GC-A--TGGCAT--A-TCA--ACCCTCGA------G-C-CT-C-A-C-A-TCC-A--CCC
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gi|67455                      :                ataaatA--GAAT-ATC---A-CA--------GGCTAA-----A----------TCTC-TAT------T--GC-A--TGGCAT--A-CTA--G-C--CGA-TT--G----CC-C-A-T-A-TCA-G--CC
gi|67456                      :                ataaatA--GAAT-AGT---A-CA--------TGCTAA-----AA---------TCCA-TATGAACACC--AT-A--TGTCAT--A-CCA--GCC--C----TTAAG-C-CC-C-A-T-A-TCA-G--CCC
gi|67457                      :          ataaatACATAGA--GAAT-ATT---A-CA--------TGCTAA-----AA---------TCC---AT------C--AT-A--TGTTAT--A-ATA--GCC--TAA-GT--GG-T-GC-A-A-T-A-TTA-T--CCCGAGGG
gi|67458                      :                      A--GAAT-ATA---A-CA--------TCCCGA-----AA---------TCCA-CAT------C--AT-A--TGTCAT--A-TCA--GCC--CTC-G---GG-C-AC-C-A-T-A-CCA-AGTCCCGAG
gi|67459                      :          ataaatACATAGA--GAAT-ATC---A-CA--------TGGTAA---------------------TAT------C-----------CAT--A-TCA--GCC--CGA-GT--GG-C-CC-C-A-T-A-TCA-G--CCGGAGGG
gi|67460                      :                ACATAGA--GAAC-ATT---A-CA--------TACCAA-----AA---------TACA-TAT------C--AT-A--TACAAT--A-TCA--GCC--CGA-GT--GG-A-CC-C-A-T-A-TCA-G--CCCAATGG
gi|67461                      :                ATATAGA--GAAT-ATT---A-CA--------TACCAT-----AA---------TCCA-TAT------C--AT-A--TGCCAC--A-TAA--GCC--CGA-GT--GG-A-CC-C-A-T-A-TCA-G--GCC
gi|67462                      :                  ATAG---GAAT-ATT---A--A--------TGCTAA-----AA---------TCCA-TAT------C--AC-A--AGACA---A--CA--GCCT-TG------GG-C-CC-CAA-T-A-TC
gi|67463                      :             ataATATAGA--GAAT-AAT---A-CA--------TACTAT-----T----------TCCA-TAT------C--AC-A--CCCTGT--A-TCA--GCC---GA-G----A-C-AC-C-AAT-A-TCA-G--CCCGAGGG
gi|67464                      :                          AAC-AAT---G-CA--------TGGCAA-----AA---------TCTG-TAT------C--AC-A--CTCCAT--A-TCA--ACC--CAA-----GG-C-TC-CAA-T-A-TCA-G--CCCGAGGG
gi|67465                      : atatataatgaaaacATATAGA--GAAT-ATT----------------GCTAA-----AA---------TCCA-TAT------C--GC-A--CTGCAT--A-TCA--GAC--C
gi|67466                      :                  ACAGA--GAAT---------CA--------TGCTAA-----AC---------TATT-TAT------C--AC-T--T--CAT--A-TCA--GCC--CGA-GT--GG-C-CC-C-A-T-A-TCA-G--CCCGA
gi|67467                      :            atagATATAGA--GAAT-AAT---A-CA--------TACCTA-----TT---------TCCA-TAT------C--AC-ACCTG---T--A-TCA--GCC--CGA-----GA-CACC-A-A-T-A-TCAGG--CCCGAGGG
gi|67468                      :                ATATAGA--GAAT-AAT---A-CA--------TACCTA-----TT---------TCCA-TAT------C--AC-A--CCCTTT--A-TCA--GCC--CGA-----GA-CACA-A-A-T-A-TCA-G--CCCGAGGG
gi|67469                      :                       --GAAT-ATT---A-CA--------TGCTAA-----AA---------TCCA-TAT------C--GC-A--AGGCAT--A-TCA--GCC--CTC-GG--GG-C-CC-C-A-T-A-TCA-A--CCC
gi|67470                      :               tatatgat--GAAT-ATT---A--A--------TGCTAA-----AA---------TCCA-TAT------C--GC-A---AGCAT--A-TCA--GCC--CTC-GG--GG-C-CC-C-ATT-A-TCA-A--CC
gi|67471                      :          tatatgatATATA--GAAT-ATT---T-CA--------TGCTAA-----AGAG-------TCCACTAT------C--GCCA--TGGCAT--A-TTT--GCT--GGA-GT--GGGC-CC-C-A-T-A-TCA-G--CCCGAGGG
gi|67472                      :                 tATAGA--GAAT-ATT---A-CA--------TGCTAA-----AA---------TCCA-CAT------C--GC-A--TGGCAT--A-TCA--GCC--CGA-GT--GG-A-CC-C-A-T-A-TCA-G--TCCGAGG
gi|67473                      :                  ATAGA--GAAT-ACT---A-CA--------TGCTCA-----AA---------TCCA-TAT------C--AC-A--GGGCAT--A-TCA--GCC--TGA-GT--GG-T-TT-C-A-T-A-TCA-G--
gi|67474                      :                  ATAGA--GAAT-ATT---A-CA--------TGCTAA-----AA---------TCCA-TAT------C--AC-A--TGGCAT--A-TCA--GCC--CGA-GT--GA-C-CC-C-A-T-A-TCA-G--TCCGAGGG
gi|67475                      :                  ATAGA--GAAT-ATT---A-CA--------TACCAA-----AC---------CCCC-TAC------C--AT-A--TGCCAC--A-TAA--GTC--CGA-AT--GG-A-CA-C-A-T-A-TCA-G--CCCAAGGG
gi|67476                      :                  ATAGA--GAAT-ATT---A-CA--------TACCAA-----AA---------TCCA-TAT------C--AT-A--TGTCAT--A-TCA--GCC--CAA-GT--GG-A-CC-C-A-T-A-TCC-G--CCCGAGGG
gi|67477                      :                  ATAGA--AAAT-ATT---G-CA--------TGCTAA-----AA---------TCCA-TATA-----C--GC-A--TCGCAT--T-TCA--GCC--CGACGT--GG-C-CC-C-A-T-A-TCA-
gi|67478                      :                  ATA-A--GAAT-AT----A-CG--------TGCCAA-----AA---------TCCA-TAT------C--GC-A--TGGC-T--A-TCA--G-C--CGA-GT--TT-C-CCGC-A-T-A-TCA-G--CTT-AGGG
gi|67479                      :                           AT-ATT---A-CA--------TGCTAA-----AA---------TCCA-TAT------C--GG-C--TGGCAT----TCAG-GCC--CGG-----GG-C-CC-
gi|67480                      :                tgtaagA--GAATGATT---A-CAG-------TGCTCA-----A----------TCCAGTAT------CCGGC-A--AGGCAT--A-TCAACGCT--CGG-A----G-C-CC-C-A-T-A-TCA-C--CC
gi|67481                      :                       --GAA--ATT---A-CG--------TGCTAA-----AA---------TCCA-TAT------C--G-----TGTCAT--T-TCA--GCC--CAA-GT--GG-A-CC-C-A-TGA-TCA-G--CCCGAGGG
gi|67482                      :                                 ---A-CA--------TGCTAA-----AA---------TCCA-TAT------C--GC-A--AGGCAT--A-ACA--GCC--CTC-GG--GG-C-CC-C-A-T-A-TCA-A--CCC
gi|67483                      :                                 ---A-CA--------TGCTGA-----AA---------TCAA-TAT------C--GC-A--AAGCAT--A-TCG--GCC--CTC-G---GG-C-TC-C-A-T-A-TTT-A--CCC
gi|67484                      :                                                      -----AA---------TCCA-CAT------C--GC-A--TGGCAT--G-TCA--GCC--CCC-G---GG-C-CC-C-A-T-A-TCA-A--CC