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Reference ( gi|32429 )        : AAACA-TC-CG--GTTTTA---C-CG--GC-T-C--C--GCTT--A-TG-C--A-CA-C--T-----GA-AT-T---G-G-TTG--A--CC-G-T--A-C-GC-G-C--A--T-AA-AT-T-TCG---C----G-C-A--G-T--CA-A-C--A--T-TTTTTTGAGA-AT-A---TC-A---CC--C--G-TT-G-----TC-AAG--C--AA--T-G--T------GGA--C--C-GT-TG-T-T--A-C--G-TT-C-TC-ACAC
gi|32434                      : AAACA-TC-CG---TTTTA---C-CG--AC-T-C--C--GCTT--A-TG-T--A-CA-A--T-----AG-AA-T---G-A-TGA--A--CC-G-T--A-C-GC-G-C--A--T-AC-AT-T-TCG---C----G-C-A--C-T--GA-A-C--A--T-TTTTTTG-GA-AT-A---TC-A---AC--C--G-TT-G-----TC-AAG--C--AA--T-G--T------GGA--C--C-GT-TG-T-T--A-C--G-TT-C-TC-ACAC
gi|32435                      : AAACA-TC-CG---TTTTA---T-CT--GC-T-C--C--GCTT--A-TG-C--A-CG-C--T-----AG-AA-A---G-A-TGA--A--CC-A-T--A-C-GC-G-C--A--T-AA-AT-T-CTG---C----G-C-A--G-T--CA-A-C--A--T-TTTTT--AGA-AT-A---AC-A---CC--C--G-TT-G-----TC-AAG--C--AA--T-G--T------GGA--C--C-GT-TG-T-T--A-C--G-TT-C-TC-ACAC
gi|32436                      : AAACA-TC-GT--GTTTAA---C-CG--GCCT-C--C--GCTT--A-TG-C--A-CA-C--T-----AG-AT-----G-G-TGA--A--CC-G----A---GC-G-C--A--T-AACAT-T-TCG---C----G-C-A--G-T--CA-A-C--A--T-TTTTTT-AGA-AT-A---AC-A---CC--CT-G-TT-G-----TC-AAG--C--AA--T-G--T------GGA--C--C-GT-TG-T-T--A-C--G-TT-C-TC-ACAC
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gi|32445                      : AAACA-TC-CG---TTTTA---C-CG--GC-T-C--C--GCTT--A-TG-C--
gi|32446                      :  AACA-CC-----GTTTT----C-TG--ATAC-C--C--G-TT--A-TT-C--A-CAAC--T-----AG-AA-T---G----TG--A--CC-G-T--A-C-GC-G-C--A--TAAA-AT-G-TCG---CA---G-C-A--GAT--CA-A-C--A-----GTTTTGG------A---TC-A---CC--C--GTTT-G-----TT---G--C---A--T-G--T------GGAACT--C-GT-GT-T-T--A-C--G-TT-C-TC-ACAC
gi|32447                      :  AACA-TC-----GTTT--------G--GC-T-------ATTA--A-TG-C--A-CA-C--A-----GA-AT-----G-G-TGA--A--CT-G-T--A-C-A--G-C--A--T-AA-AA-T-TAG---T----G-C-A--G-T---A-A----A--T-TTTCTTGG---AT-A---AC-A---AT-----G-TT-T-----TC-CA---C--AG--T-G--T------GGA--C--C-G--TG-----------G-TT-C-TC-ACAC
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gi|32449                      :     A-TC-CGTTATTTTA---T-CG--GC-T-C--C--GCTT--A-TGAC--A-CG-C--TTATAGGA-AG-A---G-A-TGA--A--CC-GAT--AGC-GC-G-C--AACT-AA-AT-T-TTG---C----G-CGA--G-TGACA-A-C--A--T-TTTTAT-AGA-AT-A---
gi|32450                      :                   A---C-CG--GC-CAC--C--GCTT--A-TG-C--A-CA-CAAT-----AG-AA-T---G-G-TGA--A--CC-G-T--A-C-GC-G-C--A--T-CA-TT-T-TGG---C----GGC-A--GGT--CA-A-C--A--T-TTTAT--AGA-AT-A----C-A---C------G-TTTG-----TC-AAG--C--AA--T-GG-T------GGA--C--T-GT-TG-T-T--A-C--G-TT-C-TCTACACaaca
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1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Reference ( family-423 )      : AAACA-TC-CG-TT---T-T-A---C-CG--GC-T-C--C--GCTT--A-TG-C--ACA-C--T----G-GA---AT-G-GTG-AA--C-C-G-T--A-CG-C-G-C--A--T-AA-AT-T-TGG--C-GC--A-TGT--CAA-C---A--NT-TTT----TC---AG-AAT-G---TC-A---CC--C--G-TCG-----TC-AAG--C--AA--T-G--T-GNA--C--C-GT-TG-C-----T--A-CG-TT-C-TC-ACAC
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gi|32446                      :  AACA--C-CG-TT---T-T-----C-TG--ATAC-C--C--G-TT--A-TT-C--ACAAC--T----A-GA---AT-G--TG-A---C-C-G-T--A-CG-C-G-C--A--TAAA-AT-G-TCG--CAGC--A-GAT--CAA-C---A--GT-TTT---------GG-A-------TC-A---CC--C--GTTTG-----TT---G--C---A--T-G--T-GGAACT--C-GT-GT-T-----T--A-CG-TT-C-TC-ACAC
gi|32447                      :  AACA-TC--G-TT---T----------G--GC-T-------ATTA--A-TG-C--ACA-C-------A-GA---AT-G-GTG-AA--C-T-G-T--A-CA---G-C--A--T-AA-AA-T-TAG--T-GC--A--GT--AAA---------T-TTT----CT---TG-GAT-A---AC-A---AT-----G-TTT-----TC-CA---C--AG--T-G--T-GGA--C--C-GT--G-------------G-TT-C-TC-ACAC
gi|32448                      :   ACA-TC-TG-TT---T---A---C-CG--GCAT-C--CT-GCTT--A-TT-C--ACA-CG-T----A-GA---AT-G-GTGAAA--C-C-G-TA-A-CGCC-G-C--A--T-AA-AT-C---G--C-GC--A-AGC--AAA-C---T--AT-TTT----TT---GG-AAT-A---CA-A---CC--CCGA-TTG-----TT-AAG--C--AA--T-G--T-G-A--C--C-GTCTG-T-----T--A-CG-TT-C-TC-
gi|32449                      :     A-TC-CG-TTATTT-T-A---T-CG--GC-T-C--C--GCTT--A-TGAC--ACG-C--TTATAG-GA---AGAG-ATG-AA--C-C-GAT--AGCG-C-G-C--AACT-AA-AT-T-TTG--C-GCGAG-TGA--CAA-C---A--TT-TTT----AT---AG-AAT-
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Reference ( family-423 )      : AAACA-TC-CG-TT---T-T-A---C-CG--GC-T-C--C--GCTTA-TG-C--ACA-C--T-------A-G-A-AC----G-GCG-AA--C-C-G-T--A-CGC-G-C--A--T-AA-AT-T-TGG--C-GC--A-TGT--CAA-C---A--NT-TTT----TC---AG-AAT-G---TC-A---CC--C--G-TCG-----TC-AAG--C--AA--T-G--T-NNA--C--CGT-TG-C-----T--A-CG-TT-C-TC-ACAC
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gi|32443                      : AAACA-TC-CG-TT---T-T-A---C-C---GC-T-CGAC--GCGTA-AG-G--ACA-C--T-------A-GAA-AT----G-GTG-AA--C-C-G-------GC-G-C--AATT-AA-AT-T-C-G--C-GC--A--GT---AA-C---A--TT-TTT----TT---GG-AATAA---TC-A---AC--C--G-TT------TC-AG------AA--TCG--T-GGA--C--CGT----A-----T--A-TG-TT-C-TC-AC
gi|32444                      : AAACA-TCGCG-TT---TGT-A---T-TC--GC-T-T--CCTGCTTAATG-CCTACG-C--T-------A-G-A-AA----G-ATG-AA--CTC-G-T----CG--G-C--A--C-TA-AT-TGTCG--CAGC--A--GT--CAA-CCA-A--TT-TTTG---TT---AG-A-------TC-----CC--C--G-TTG-----TC-AAG--C--AT--T-G--T-GGA-----CGT-TG-TG----T--A-CG-TT---TC-ACAC
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gi|32448                      :   ACA-TC-TG-TT---T---A---C-CG--GCAT-C--CT-GCTTA-TT-C--ACA-CG-T-------A-G-A-AT----G-GTG-AAA-C-C-G-T--AACGCCG-C--A--T-AA-AT-C---G--C-GC--A-AGC--AAA-C---T--AT-TTT----TT---GG-AAT-A---CA-A---CC--CCGA-TTG-----TT-AAG--C--AA--T-G--T-G-A--C--CGTCTG-T-----T--A-CG-TT-C-TC-
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Alignments
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lowQualScore                  :      9  8  8  333 999 000 7  44  333 44 11     7  0 33   7 11 7777777 5 7 0  9999 8   8  77 6 8 6 11 2   6 8 99 22 6  8  6 8 8888 0  11 77  666  8 111 222 8   5555 0000  6   11111 99 444  11 55 3   22222  7   11111 8 11 5 00 4444 33   0  6666666 33 0  7  7 7  6    
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Reference ( family-423 )      : AAACA-TC-CG-TT---T-T-A---C-CG--GC-T-C--C--GCTTA-TG-C--ACA-C--T-------A-G-A-AC----G-GCG-AA--C-C-G-T--A-CGC-G-C--A--T-AA-AT-T-TGG--C-GC--A-TGT--CAA-C---A--NT-TTT----TC---AG-AAT-G---TC-A---CC--C--G-TCG-----TC-AAG--C--A-A--T-G--T-NNNC--CGT-TG-C-----T--A-CG-TT-C-TC-ACAC
gi|32429                      : AAACA-TC-CGGTT---T-T-A---C-CG--GC-T-C--C--GCTTA-TG-C--ACA-C--T-------G-A-A-TT----G-GTT-GA--C-C-G-T--A-CGC-G-C--A--T-AA-AT-T-TCG--C-GC--A--GT--CAA-C---A--TT-TTT----TTG--AG-AAT-A---TC-A---CC--C--G-TTG-----TC-AAG--C--A-A--T-G--T-GGAC--CGT-TG-T-----T--A-CG-TT-C-TC-ACAC
gi|32430                      : AAACA-TC-CGGTT---T-T-A---C--G--GC-T-C-----GCTTA-TG-C--ACA-C--T-------A-G-A-AT----G-GTG-AA--A-C-G-T--A-CGC-G-C--A--T-AA-AT-T-TCG--CGGC--A--GT--CAA-C---AATTT-TTT----TT---GG-AAT-A---TC-A---CC--G--T-TTG-----TC-AAG--C--A-A--T-G--T--GGC--CGT-T--T-----T--A-CG-TT-C-TC-ACAC
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gi|32435                      : AAACA-TC-CG-TT---T-T-A---T-CT--GC-T-C--C--GCTTA-TG-C--ACG-C--T-------A-G-A-AA----G-ATG-AA--C-C-A-T--A-CGC-G-C--A--T-AA-AT-T-CTG--C-GC--A--GT--CAA-C---A--TT-TTT----T----AG-AAT-A---AC-A---CC--C--G-TTG-----TC-AAG--C--A-A--T-G--T-GGAC--CGT-TG-T-----T--A-CG-TT-C-TC-ACAC
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gi|32437                      : AAACA-TC--G-TT---T---A---C-CG---C-T-C--C--ACTTA-TG-C--AG-----T-------A-G-A-CA----T-GTG-AA--C-C-G-T--A-CGC-G----A--T-AA-AT-T-TCG--C-GC--A--GT--CAA-C---A--TT-TTT----TG---GG-AAT-A---TC-A---CC--C--G-TTG-----TC-AAG--C--A-A--T-G--T-GGAC--CGG-TG-------T--A-CG-TT-C-TC-ACAC
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gi|32439                      : AGACA-TC-AG-TT---T-T-A---CGCG--GC-T-C--C--GCTTA-TG-C--ACA-C--T-------A-G-A-AT----G-GTGAAA--C-CAG-T--AGCGC-G-CA-A--T-AA-AT-T-CCG--C-GC--A-AGT--CAA-C---A--TT-TTT----T----AG-AAT-A---AC-ACTGCT--C--GTTTG-----TCAAAG--C--A-A--T-G--T-GTACGGCGT-TGTT-----T--A-CG-TT-C-TC-ACAC
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gi|32441                      : AATCA-TC-GA-TT---T-T-A---C-CG--GC-TTC--C--GCTTG-TG-C--ACA-C--T-------A-G-A-AT----G-GTG-AA--C-C-G-T--A-CGC-G-CGAA--T-AA-AT-T-TTG--C-GC--A--GT--CAA-C---A--TT-TTT----T----AG-----G---TC-A---CC--
gi|32442                      : AAACA-TC-TG-TT---T-T-AAACC-CGAGGC-T-C-----GCTT--TGAC--ACA----T-------ACG-A-AT----G-GTG-AA--C-C-G-T--A-CGC-GAC--A--C-AA-AT-T-TCG--C-AC--A--GT--CAA-A---A--TT-TTT----TT---AG-AAT-A---ACTA---CC--CT-G-TGGGA---TC-ATG--C--A-A--TCG--T-GGAC--CGT-TGTT-----T--A-CG-TG-T-TCTACA
gi|32443                      : AAACA-TC-CG-TT---T-T-A---C-C---GC-T-CGAC--GCGTA-AG-G--ACA-C--T-------A-GAA-AT----G-GTG-AA--C-C-G-------GC-G-C--AATT-AA-AT-T-C-G--C-GC--A--GT---AA-C---A--TT-TTT----TT---GG-AATAA---TC-A---AC--C--G-TT------TC-AG------A-A--TCG--T-GGAC--CGT----A-----T--A-TG-TT-C-TC-AC
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gi|32445                      : AAACA-TC-CG-TT---T-T-A---C-CG--GC-T-C--C--GCTTA-TG-C--
gi|32446                      :  AACA--C-CG-TT---T-T-----C-TG--ATAC-C--C--G-TTA-TT-C--ACAAC--T-------A-G-A-AT----G--TG-A---C-C-G-T--A-CGC-G-C--A--TAAA-AT-G-TCG--CAGC--A-GAT--CAA-C---A--GT-TTT---------GG-A-------TC-A---CC--C--GTTTG-----TT---G--C--ATG--T-G--G-AACT--CGT-GT-T-----T--A-CG-TT-C-TC-ACAC
gi|32447                      :  AACA-TC--G-TT---T----------G--GC-T-------ATTAA-TG-C--ACA-C----------A-G-A-AT----G-GTG-AA--C-T-G-T--A-CA--G-C--A--T-AA-AA-T-TAG--T-GC--A--GT--AAA---------T-TTT----CT---TG-GAT-A---AC-A---AT-----G-TTT-----TC-CA---C--A-G--T-G--T-GGAC--CGT--G-------------G-TT-C-TC-ACAC
gi|32448                      :   ACA-TC-TG-TT---T---A---C-CG--GCAT-C--CT-GCTTA-TT-C--ACA-CG-T-------A-G-A-AT----G-GTG-AAA-C-C-G-T--AACGCCG-C--A--T-AA-AT-C---G--C-GC--A-AGC--AAA-C---T--AT-TTT----TT---GG-AAT-A---CA-A---CC--CCGA-TTG-----TT-AAG--C--A-A--T-G--T-GA-C--CGTCTG-T-----T--A-CG-TT-C-TC-
gi|32449                      :     A-TC-CG-TTATTT-T-A---T-CG--GC-T-C--C--GCTTA-TGAC--ACG-C--TTATAGGAA-G-A-------G-ATG-AA--C-C-GAT--AGCGC-G-C--AACT-AA-AT-T-TTG--C-GCGAG-TGA--CAA-C---A--TT-TTT----AT---AG-AAT-
gi|32450                      :                     -A---C-CG--GC-CAC--C--GCTTA-TG-C--ACA-CAAT-------A-G-A-AT----G-GTG-AA--C-C-G-T--A-CGC-G-C--A--T-CA-TT-T-TGG--CGGC--A-GGT--CAA-C---A--TT-TTA----T----AG-AAT--------A---CA--C--GTTTG-----TC-AAG--C--A-A--TGG--T-GGAC--TGT-TG-T-----T--A-CG-TT-C-TCTACACaaaca
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gi|32452                      :                                                   -C--ATA-C--T-------A-G-A----------CG-AA--C-C-G-T--A-TGC-G-C--A--T-AA--T-T-TGA--C-GC--A-TGT---AA-C---A--GT-TTT----T----AT-AAT-G---CT-A---CC--C--G-TCG-----TC-AAT--T--A-A--T-A--T-TTCT--CGT-TG-C-----T--A-
gi|32453                      :                                                                         -A-AC----G-GCG-AA--C-C-G-T--A-CGC-G-C--A--TAAA-AT-T-TGA--C-GC--ATTGT---AA-C---A--AT-TTT----TC---AGAAATAG---TT-A---CC--C--G-TCG-----TC--AG--T--A-A--T-G--T-TTCC--CGT-TG-C-----T--A-
gi|32454                      :                                                                           -AC----G-GCG-AA--C-C-G-T--A-CGC-G-C--A--T-AA-AT-T-GGA--C-GC--A-TGT---AA-C---A--AT-TTT----T----AG-AAT-G---TT-A---CT--CG-G-TCG-----TC-AAG--T--A-A--T-GC-T-TTCC--CGT-TG-C-----T--A-
gi|32455                      :                                                                           -AC----G-GCG-AA--C-C-G-T--A-CGC-G-C--A--T-AA-AT-T-TGA--C-GC--A-TGT---AA-CA--A--TT-TTT----TC---AG-AAT-G---TT-A---CC--C--G-TCG-----TC-AAG--T--A-A--T-G--T-TTCC--CGT-TG-C-----T--A-
gi|32456                      :                                                                           -AC----G-GCG-AA--C-C-G-T--A-CGC-G-C--A--T-AA-AT-T-TGA--C-GC--A-TGT---AA-C---A--AT-TTT----TC---AGAAAT-G---TT-A---CC--C--G-TCG-----TC-AAG--T--A-A--T-G--T-TTCC--CGT-TG-C-----T--A-
gi|32457                      :                                                                           -AC----G-GCG-AA--C-C-G-T--A-CGC-G-C--A--T-AA-AT-T-TGA--C-GC--A-TGT---AA-C---A--AT-TTT----TC---AA-AAT-G---TT-A---CC--C--G-TCG-----TC-AAG--T--A-A--T-G--T-TTCC--CGT-TG-C-----T--A-
gi|32458                      :                                                                           -AC----G-GCG-AA--C-C-G-T--A-CGC-G-C--A--T-AA-AT-T-TGA--C-GC--A-TGT--TAA-C---A--AT-TTT----TC---AG-AAT-G---TT-A----C--C--G-TCG-----TC-AAG--T--A-A--T-G--T-TTCC--CGT-TG-C-----T--A-
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Alignments
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Reference ( family-423 )      : AAACA-TC-CG-TT---T-T-A---C-CG--GC-T-C--C--GCTTA-TG-C--ACA-C--T-------A-G-A-AC----G-GCG-AA--C-C-G-T--A-CGC-G-C--A--T-AA-AT-T-TGG--C-GC--A-TGT--CAA-C---A--NT-TTT----TC---AG-AAT-G---TC-A---CC--C--G-TCG-----TC-AAG--C--A-A--T-G--T-NNNC--CGT-TG-C-----T--A-CG-TT-C-TC-ACAC
gi|32429                      : AAACA-TC-CGGTT---T-T-A---C-CG--GC-T-C--C--GCTTA-TG-C--ACA-C--T-------G-A-A-TT----G-GTT-GA--C-C-G-T--A-CGC-G-C--A--T-AA-AT-T-TCG--C-GC--A--GT--CAA-C---A--TT-TTT----TTG--AG-AAT-A---TC-A---CC--C--G-TTG-----TC-AAG--C--A-A--T-G--T-GGAC--CGT-TG-T-----T--A-CG-TT-C-TC-ACAC
gi|32430                      : AAACA-TC-CGGTT---T-T-A---C--G--GC-T-C-----GCTTA-TG-C--ACA-C--T-------A-G-A-AT----G-GTG-AA--A-C-G-T--A-CGC-G-C--A--T-AA-AT-T-TCG--CGGC--A--GT--CAA-C---AATTT-TTT----TT---GG-AAT-A---TC-A---CC--G--T-TTG-----TC-AAG--C--A-A--T-G--T--GGC--CGT-T--T-----T--A-CG-TT-C-TC-ACAC
gi|32431                      : AAACA-CC-CG-TT---T-T-A---C-CG--GC-T-C--C--GCTTA-TG-C--ACA-C--T-------A-G-A-AT----G-GTG-AA--C-C-G-T--A-CGC-G-C--A--T-AA-AT-T-TCG--CTGC--A--G---CAA-TCCAA--AT-TTT----TT---GG-AAT-A---TC-A---CC--C--A-T-G-----TC-AAGCCC--A-A--T-G--TGGGAC--CGT-TG-T-----T--A-CG-TT-C-TC-ACAC
gi|32432                      : AAACA-CC-CG-TT---T-T-A---C-C---GC-T-C--C--GCTTA-TGCC--ACA-C--T-------A-G-A-AT----G-GTG-AA--C-C-G-T--A-CGC-G-C--A--T-AA-AT-T-TCG--T-GC--C-AG---CAATC---A--AT-TTT----TT---GG-AAT-A---TC-A---CC--C--A-TTG-----TC-AAGCCC--A-A--T-G--T-GGAC--CGT-TG-T-----T--A-CG-TT-C-TC-ACAC
gi|32433                      : AACCA-CC-CG-TT---T-TTA---C-CG--CT-T-C--C--GCTTA-TG-C--ACA-C--T-------A-G-A-AT----G-GTG-AA--C-C-G-T--A-CGC-G-C--A--T-AA-AT-T-T-G--T-GC--A-C-T--AAT-C---A--AT-TTT----TT---GG-AAT-A---TC-A---CC--C--ATTCG-----TC-AAGC-C--A-A--T-G--TGGGAC--CGT-TG-T-----T--A-CG-TT---TC-ACAC
gi|32434                      : AAACA-TC-CG-TT---T-T-A---C-CG--AC-T-C--C--GCTTA-TG-T--ACA-A--T-------A-G-A-AT----G-ATG-AA--C-C-G-T--A-CGC-G-C--A--T-AC-AT-T-TCG--C-GC--ACTG----AA-C---A--TT-TTT----TT---GG-AAT-A---TC-A---AC--C--G-TTG-----TC-AAG--C--A-A--T-G--T-GGAC--CGT-TG-T-----T--A-CG-TT-C-TC-ACAC
gi|32435                      : AAACA-TC-CG-TT---T-T-A---T-CT--GC-T-C--C--GCTTA-TG-C--ACG-C--T-------A-G-A-AA----G-ATG-AA--C-C-A-T--A-CGC-G-C--A--T-AA-AT-T-CTG--C-GC--A--GT--CAA-C---A--TT-TTT----T----AG-AAT-A---AC-A---CC--C--G-TTG-----TC-AAG--C--A-A--T-G--T-GGAC--CGT-TG-T-----T--A-CG-TT-C-TC-ACAC
gi|32436                      : AAACA-TCGTG-TT---T-A-A---C-CG--GCCT-C--C--GCTTA-TG-C--ACA-C--T-------A-G-A--T----G-GTG-AA--C-C-G----A--GC-G-C--A--T-AACAT-T-TCG--C-GC--A--GT--CAA-C---A--TT-TTT----TT---AG-AAT-A---AC-A---CC--CT-G-TTG-----TC-AAG--C--A-A--T-G--T-GGAC--CGT-TG-T-----T--A-CG-TT-C-TC-ACAC
gi|32437                      : AAACA-TC--G-TT---T---A---C-CG---C-T-C--C--ACTTA-TG-C--AG-----T-------A-G-A-CA----T-GTG-AA--C-C-G-T--A-CGC-G----A--T-AA-AT-T-TCG--C-GC--A--GT--CAA-C---A--TT-TTT----TG---GG-AAT-A---TC-A---CC--C--G-TTG-----TC-AAG--C--A-A--T-G--T-GGAC--CGG-TG-------T--A-CG-TT-C-TC-ACAC
gi|32438                      : AAACA-TC-CG-TT---T-T-A---C-CG--GC---C--C--GCTTA-TG-G--ACA-C--C-------ATG-A-AT------GTG-AATTC-T-GTT--A-CGC-G-C--A--T-AA-AA-T-T-C--C-GC--A--GT--CAA-C---A--TT-TTT----T----GG-AAT-A---AC-A---CC--C--G-TTG-----TCTAAG--C--A-A--T-G--T-GGAC--CGT-GG-T-----T--A-CGTTT-C-TC-ACAC
gi|32439                      : AGACA-TC-AG-TT---T-T-A---CGCG--GC-T-C--C--GCTTA-TG-C--ACA-C--T-------A-G-A-AT----G-GTGAAA--C-CAG-T--AGCGC-G-CA-A--T-AA-AT-T-CCG--C-GC--A-AGT--CAA-C---A--TT-TTT----T----AG-AAT-A---AC-ACTGCT--C--GTTTG-----TCAAAG--C--A-A--T-G--T-GTACGGCGT-TGTT-----T--A-CG-TT-C-TC-ACAC
gi|32440                      : AAACAATC-CG-TT---T-T-A---C-CG--GC-G-C--C--ATTTA-TG-C--AC-------------A-G-AGAT----GCGTG-AA--C-C-G-T--ACCGCGG-C--A--T-AA-AT-T-TCG--C--C--G-CGT--CAA-C---A--TT-TTT----T-----G-GAT-AT--TC-A---CC--A--G-ATG-----TC-AAG--C--A-A--T-GTTT-GGAC--CGT-TG-T-----T--ATCG-TTGC-TC-ACAC
gi|32441                      : AATCA-TC-GA-TT---T-T-A---C-CG--GC-TTC--C--GCTTG-TG-C--ACA-C--T-------A-G-A-AT----G-GTG-AA--C-C-G-T--A-CGC-G-CGAA--T-AA-AT-T-TTG--C-GC--A--GT--CAA-C---A--TT-TTT----T----AG-----G---TC-A---CC--
gi|32442                      : AAACA-TC-TG-TT---T-T-AAACC-CGAGGC-T-C-----GCTT--TGAC--ACA----T-------ACG-A-AT----G-GTG-AA--C-C-G-T--A-CGC-GAC--A--C-AA-AT-T-TCG--C-AC--A--GT--CAA-A---A--TT-TTT----TT---AG-AAT-A---ACTA---CC--CT-G-TGGGA---TC-ATG--C--A-A--TCG--T-GGAC--CGT-TGTT-----T--A-CG-TG-T-TCTACA
gi|32443                      : AAACA-TC-CG-TT---T-T-A---C-C---GC-T-CGAC--GCGTA-AG-G--ACA-C--T-------A-GAA-AT----G-GTG-AA--C-C-G-------GC-G-C--AATT-AA-AT-T-C-G--C-GC--A--GT---AA-C---A--TT-TTT----TT---GG-AATAA---TC-A---AC--C--G-TT------TC-AG------A-A--TCG--T-GGAC--CGT----A-----T--A-TG-TT-C-TC-AC
gi|32444                      : AAACA-TCGCG-TT---TGT-A---T-TC--GC-T-T--CCTGCTTAATG-CCTACG-C--T-------A-G-A-AA----G-ATG-AA--CTC-G-T----CG--G-C--A--C-TA-AT-TGTCG--CAGC--A--GT--CAA-CCA-A--TT-TTTG---TT---AG-A-------TC-----CC--C--G-TTG-----TC-AAG--C--A-T--T-G--T-GGA---CGT-TG-TG----T--A-CG-TT---TC-ACAC
gi|32445                      : AAACA-TC-CG-TT---T-T-A---C-CG--GC-T-C--C--GCTTA-TG-C--
gi|32446                      :  AACA--C-CG-TT---T-T-----C-TG--ATAC-C--C--G-TTA-TT-C--ACAAC--T-------A-G-A-AT----G--TG-A---C-C-G-T--A-CGC-G-C--A--TAAA-AT-G-TCG--CAGC--A-GAT--CAA-C---A--GT-TTT---------GG-A-------TC-A---CC--C--GTTTG-----TT---G--C--ATG--T-G--G-AACT--CGT-GT-T-----T--A-CG-TT-C-TC-ACAC
gi|32447                      :  AACA-TC--G-TT---T----------G--GC-T-------ATTAA-TG-C--ACA-C----------A-G-A-AT----G-GTG-AA--C-T-G-T--A-CA--G-C--A--T-AA-AA-T-TAG--T-GC--A--GT--AAA---------T-TTT----CT---TG-GAT-A---AC-A---AT-----G-TTT-----TC-CA---C--A-G--T-G--T-GGAC--CGT--G-------------G-TT-C-TC-ACAC
gi|32448                      :   ACA-TC-TG-TT---T---A---C-CG--GCAT-C--CT-GCTTA-TT-C--ACA-CG-T-------A-G-A-AT----G-GTG-AAA-C-C-G-T--AACGCCG-C--A--T-AA-AT-C---G--C-GC--A-AGC--AAA-C---T--AT-TTT----TT---GG-AAT-A---CA-A---CC--CCGA-TTG-----TT-AAG--C--A-A--T-G--T-GA-C--CGTCTG-T-----T--A-CG-TT-C-TC-
gi|32449                      :     A-TC-CG-TTATTT-T-A---T-CG--GC-T-C--C--GCTTA-TGAC--ACG-C--TTATAGGAA-G-A-------G-ATG-AA--C-C-GAT--AGCGC-G-C--AACT-AA-AT-T-TTG--C-GCGAG-TGA--CAA-C---A--TT-TTT----AT---AG-AAT-
gi|32450                      :                     -A---C-CG--GC-CAC--C--GCTTA-TG-C--ACA-CAAT-------A-G-A-AT----G-GTG-AA--C-C-G-T--A-CGC-G-C--A--T-CA-TT-T-TGG--CGGC--A-GGT--CAA-C---A--TT-TTA----T----AG-AAT--------A---CA--C--GTTTG-----TC-AAG--C--A-A--TGG--T-GGAC--TGT-TG-T-----T--A-CG-TT-C-TCTACACaaaca
gi|32451                      :                     -A---C-CG--GC----------ATTA-TA-T--ATA-C--T---------G-A-ACTCATG-GTG-AA--CGT-G-T----CGC-G----A--T-AA-AT-T-CC---C-GT--A-GTT--CAA-T---T--TT-TTT----TG---GG-AAT-A---TC-A---AC--C--G-TTG-----TC-AAG--C--A-ATTT-G--T-GGAC--CGT-TG-C-----T--A-TG-TT-T-CT-ACAC
gi|32452                      :                                                   -C--ATA-C--T-------A-G-A----------CG-AA--C-C-G-T--A-TGC-G-C--A--T-AA--T-T-TGA--C-GC--A-TGT---AA-C---A--GT-TTT----T----AT-AAT-G---CT-A---CC--C--G-TCG-----TC-AAT--T--A-A--T-A--T-TTCT--CGT-TG-C-----T--A-
gi|32453                      :                                                                         -A-AC----G-GCG-AA--C-C-G-T--A-CGC-G-C--A--TAAA-AT-T-TGA--C-GC--ATTGT---AA-C---A--AT-TTT----TC---AGAAATAG---TT-A---CC--C--G-TCG-----TC--AG--T--A-A--T-G--T-TTCC--CGT-TG-C-----T--A-
gi|32454                      :                                                                           -AC----G-GCG-AA--C-C-G-T--A-CGC-G-C--A--T-AA-AT-T-GGA--C-GC--A-TGT---AA-C---A--AT-TTT----T----AG-AAT-G---TT-A---CT--CG-G-TCG-----TC-AAG--T--A-A--T-GC-T-TTCC--CGT-TG-C-----T--A-
gi|32455                      :                                                                           -AC----G-GCG-AA--C-C-G-T--A-CGC-G-C--A--T-AA-AT-T-TGA--C-GC--A-TGT---AA-CA--A--TT-TTT----TC---AG-AAT-G---TT-A---CC--C--G-TCG-----TC-AAG--T--A-A--T-G--T-TTCC--CGT-TG-C-----T--A-
gi|32456                      :                                                                           -AC----G-GCG-AA--C-C-G-T--A-CGC-G-C--A--T-AA-AT-T-TGA--C-GC--A-TGT---AA-C---A--AT-TTT----TC---AGAAAT-G---TT-A---CC--C--G-TCG-----TC-AAG--T--A-A--T-G--T-TTCC--CGT-TG-C-----T--A-
gi|32457                      :                                                                           -AC----G-GCG-AA--C-C-G-T--A-CGC-G-C--A--T-AA-AT-T-TGA--C-GC--A-TGT---AA-C---A--AT-TTT----TC---AA-AAT-G---TT-A---CC--C--G-TCG-----TC-AAG--T--A-A--T-G--T-TTCC--CGT-TG-C-----T--A-
gi|32458                      :                                                                           -AC----G-GCG-AA--C-C-G-T--A-CGC-G-C--A--T-AA-AT-T-TGA--C-GC--A-TGT--TAA-C---A--AT-TTT----TC---AG-AAT-G---TT-A----C--C--G-TCG-----TC-AAG--T--A-A--T-G--T-TTCC--CGT-TG-C-----T--A-
gi|32459                      :                                                                           -AC----G-GCG-AA--C-C-G-T--A-CGC-G-C--A--T-AA-AT-T-TGA--C-GC--A-TGT---AA-C---A--A--TTT----TC---AG-ATT-G---TT-A---CC--C--G-TCG-----TC-AAG--T--A-A--T-G--T-TTCC--CGT-TG-C-----T--A-
gi|32460                      :                                                                           -AC----G-GCG-AA--C-C-G-T--A-CCC-G-T--A--T-AA-AT-T-TGA--C-GC--A-TGT---AA-C---A--AT-TTT----TC---AG-ATT-G---TT-A---CC--C--G-TCG-----TC-AAG--T--A-A--T-G--T-TTAC--CGT-TG-C-----T--A-
gi|32461                      :                                                                           -AC----G-GCG-AA--C-C-G-T--A-AGC-G-C--A--T-AA-AT-T-TGA--C-GC--A-TGT---AA-C---A--AT-TTT----TC---AT-AAT-G---TT-A---CC--C--G-TCG-----TC-AAG--T--A-A--T-G--T-TTCC--CGT-TG-C-----T--A-
gi|32462                      :                                                                           -AC----G-GCG-AA--C-C-G-T--A-CGC-G-C--A--T-AA-AT-T-TGA--C-GC--A-TGT---AA-C---A--AT-TTT----TC---AG-AAT-GTACTT-A---CT--C--G-TCG-----TC-AAG--T--G-C--T-G--T-TTCC--CGT-TG-T-----T--A-
gi|32463                      :                                                                           -AC----G-GCG-AA--C-C-G-T--A-CGC-G-C--A--T-AA-AT-T-TAA--C-GC--A-TGT----A-CG--A--AT-TTT----TC---AT-AAT-G---TA-A---CC--C--G-TCG-----TC-AAG--T--A-A--T-G--T-TTCC--CGT-TG-C-----T--A-
gi|32464                      :                                                                           -AC----G-GCG-AA--C-C-G-T--A-CGC-G-C--A--T-AA-AT-T-TGA--C-GC--A-TGT---AA-C---A--AT-TTT----TC---AG-ATT-G---TT-A---CC--C--G-TCG-----TC-AAGA-T--A-A--T-G--T--TTC--CGT-TG-C-----T--
gi|32465                      :                                                                                   -GTG-AA--T-C-A-T--A-TGC-A-C--A--T-AA-TG-T-TTG--C-TC--A--GT--TGA-T---A--TT-TTTATAGTC---AT-AAT------T-A---CC--C--A-TTGACTTGTC-AAG--C--A-A--T-G--T-CGAC--TGT-TG-A-----G--A-AG-TT-C-T
gi|32466                      :                                                                        ata-AC----G-GAG-AA--C-C-A-T--G-CGC-G-C--A--T-AA-GT-T-TGA--C-GC--A-TGT---GA-T---A--CT-TTT----TC---GT-AAT-A---TC-A---CC--C--G-TTG-----TC-AAG--T--A-A--T-A--T--TTC--TGT-TG-C-----TAGA-TG-CT-A-TC-ACAC
gi|32467                      :                                                                           -AC----G-GCG-AA--C-C-G-T--A-CGC-G-C--A--T-AA-AT-T-TGA--C-GC--A-TGT---AA-C---A--AT-TTT----TTTCAAG-ATT-G---TT-A----C--C--G-TCA-----TC-AAG--T--A-A--T-G--T-
gi|32468                      :                                                                           -AC----G-GTG-AA--C-C-G-T--A-CGC-G-C--A--C-AA-AT-T-TGA--T-CC--A-TGT--T-A-T---A--TT-TT---------------T-A---TC-A---CC--T--G-TTG-----TC-AAG--T--A-A--T-G--T-TACC--AGT-TG-C-----T--
gi|32469                      :                                                                           -AC----G-GCG-AA--C-C-G-T----CGC-G-C--A--T-AA--T-T-TGA--C-GC--A-TGT---AA-----A--TT-TTT----TC---AG-ATT-G---TT-A---CC--C--G-TCG-----TC-AAG--T--A-A--T-G--T-
gi|32470                      :                                                                           -AC----G-GCG-AA--C-C-G-T--A-CGC-G-C--A--T-AA-AT-T-TGA--C-GC--AGTGT--ATA-C---A--ATGTTT----TC---AG-ATT-GC--TT-A---CC--CT-G-TCG-----TC-AGT--A--A-A--T-G--T-TTCCT-CGG-TG-CGTAGAT--A-CA-TT-CATC-AC
gi|32471                      :                                                                           -AC----G-GCG-AAA-C-C-G-T--A-CGC-G-C--A--T-AA-AT-T-TGGA-C-GC--A-TGT---AA-C---A--AG-TTT----TC---AT-AAT-G---TT-A----C--C--G-TCG-----TC-AAGT-T--A-A--T-G--T-
gi|32472                      :                                                                           -AC----G-GTG-AA--C-C-A-A--A-CTC-G-C--A--T-AA-AT-T-TGA--T-GC--A-TGT--GAT-G---AT-TT-TTT----TT---AT-GAT-A---TC-A---TC--T--G-TTG-----CC-AAG--T--A-A--T-G--T-TTCC--TGT-TG-C-----T--A-g
gi|32473                      :                                                                              ----G-GCG-AA--C-C-G-T--A-CGC-G-C--A--T-AA-AT-T-TGA--C-GC--A-TGT---AA-C---A--AT-TTT----TC---AT-AAT-G---TT-A---CC--T--G-TCG-----TC-AAG--T--A-A--T-G--T-TTCC--CGT-TG-C-----T--A-
gi|32474                      :                                                                              ----G-GCG-AA--C-C-G-T--T-CGC-G-C--A--T-AT-ATAT-TGAGAC-GC--A-TGT---AA-C---A--AT-TTT----TC---AG-AAT-G---TT-A---CC--C--G-TCG-----TC--AG--T--A-A--T-G--T-TTCC--CGT-TG-
gi|32475                      :                                                                              ----G-GCG-AA--A-C---T--A-CGC-G-C--A--T-AA-AT-T-TGGA-C-GC--A-TG----AA-C---A--AT-TTT----TC---AT-AAT-G---TT-A---CC--T--G-TCG-----TC-AAGT-T--A-A--T-G--T-
gi|32476                      :                                                                                   -GCG-AA--C-G-G-T--A-CGC-A-C--A--T-AA-AT-T-TGA--C-GC--A-TGT---AA-C---A--AT-TTT----TC---AT-AAT-G---TT-A---CC--C--G-TCG-----TC-AAG--T--A-A--T-G--T-TTCC--CGT-TG-C-----T--A-
gi|32477                      :                                                                                   -GCG-AA--C-C-G-T--A-AGC-G-C--A--T-AA-AT-T-TGA--C-GC--A--GTAACAA-A---A--TT-TTT----CC---AG--AT-GT--TT-A---CCTGC--G-TCG-----TC-AAG--CTAA-A--T-G--T-
gi|32478                      :                                                                                   -GCG-AA--C-C-A-T--A-CAC-G-C--A--T-AC-AT-T-TAA--C-GC--A-TGT---AG-C---A--AT-TTT----TC---AT-AAT-G---TT-A---CC--C--G-TCG-----TC-ATG--T--A-A--T-G--T-g
gi|32479                      :                                                                                      G-AA--C-C-G-TTTA-AGC-G-C--A--T-AC-ATCT-TGG--C-GC--A-TGT---AA-C---A--AT-TTT----TC---AG-A-T-G---T--A---CC--C--G-T-G-----TC-AAG--T--A-A--T-G--T-TTCC--CGT-TG-C-----T--A-


blockSeqs                     :      A  G  G  ATT TT  AAC G  AG  CT  GA CT     A  C CT   A AA TATAGGA T A    TCAT        TT T   T TT G   G   GA AT A     A   GAGA G  GA CT  AAC    CCA ATT     ATAG TTCA  A   GTAC     CTG  TG CG T   ACTTG  T   CCC     TT C TT GGGA GG      CGTAGA  AG T  T  G A  T
blockSeqs                     :      .  G  .  .   GT  .   .  .   TT  .  T      .  A .    . G  .       C .    .           A  G   A .  C   C   A  AC A     C   GGA  T  .  TT  C      CA  TT      G    T     A   AT       .    .  T  T   GA     A   CCC     .  C C  GGGA T       TT      .  .  .  . .  T
blockSeqs                     :      .  .  .  .   T   .   .  .   AC  .  .      .  A .    . .  .       . .    .           A  .   . .  A   .   .  .  .     .   GGA  A  .  GT  C      A   A       .    T     .   AA       .    .  T  T   .      .   CTA     .  G .  GGA  .       TT      .  .  .  . .  .
blockSeqs                     :      .  .  .  .   T   .   .  .   AT  .  .      .  . .    . .  .       . .    .           .  .   . .  G   .   .  .  .     .   CG   A  .  A   C      G   A       .    T     .   AG       .    .  G  T   .      .   CC      .  . .  GGA  .       TG      .  .  .  . .  .
blockSeqs                     :      .  .  .  .   T   .   .  .   CA  .  .      .  . .    . .  .       . .    .           .  .   . .  .   .   .  .  .     .   CG   G  .  C   A      .   A       .    T     .   GC       .    .  T  .   .      .   AT      .  . .  GGA  .       T       .  .  .  . .  .
blockSeqs                     :      .  .  .  .   T   .   .  .   T   .  .      .  . .    . .  .       . .    .           .  .   . .  .   .   .  .  .     .   CG   .  .  A   C      .   T       .    T     .   GT       .    .  .  .   .      .   TT      .  . .  GGA  .       T       .  .  .  . .  .
blockSeqs                     :      .  .  .  .   T   .   .  .   T   .  .      .  . .    . .  .       . .    .           .  .   . .  .   .   .  .  .     .   CG   .  .  C   C      .   T       .    T     .   A        .    .  .  .   .      .   TT      .  . .  GGA  .       T       .  .  .  . .  .
blockSeqs                     :      .  .  .  .   A   .   .  .   T   .  .      .  . .    . .  .       . .    .           .  .   . .  .   .   .  .  .     .   TG   .  .  G   C      .   T       .    G     .   A        .    .  .  .   .      .   C       .  . .  GGA  .       T       .  .  .  . .  .
blockSeqs                     :      .  .  .  .   T   .   .  .   T   .  .      .  . .    . .  .       . .    .           .  .   . .  .   .   .  .  .     .   CG   .  .  A   C      .   T       .    T     .   A        .    .  .  .   .      .   C       .  . .  GTA  .       T       .  .  .  . .  .
blockSeqs                     :      .  .  .  .   T   .   .  .   T   .  .      .  . .    . .  .       . .    .           .  .   . .  .   .   .  .  .     .   CG   .  .  T   C      .   T       .    T     .   A        .    .  .  .   .      .   C       .  . .  GGA  .       T       .  .  .  . .  .
blockSeqs                     :      .  .  .  .   T   .   .  .   T   .  .      .  . .    . .  .       . .    .           .  .   . .  .   .   .  .  .     .   CG   .  .  G   C      .   T       .    T     .   A        .    .  .  .   .      .   C       .  . .  GGA  .       T       .  .  .  . .  .
blockSeqs                     :      .  .  .  .   T   .   .  .   T   .  .      .  . .    . .  .       . .    .           .  .   . .  .   .   .  .  .     .   CG   .  .  G   C      .   T       .    T     .   A        .    .  .  .   .      .   C       .  . .  GGA  .       T       .  .  .  . .  .
blockSeqs                     :      .  .  .  .   T   .   .  .   T   .  .      .  . .    . .  .       . .    .           .  .   . .  .   .   .  .  .     .   TG   .  .  T   C      .   T       .    T     .   A        .    .  .  .   .      .   C       .  . .  GGA  .       T       .  .  .  . .  .
blockSeqs                     :      .  .  .  .   T   .   .  .   G   .  .      .  . .    . .  .       . .    .           .  .   . .  .   .   .  .  .     .   CG   .  .  T   C      .   T       .    T     .   A        .    .  .  .   .      .   C       .  . .  AAC  .       A       .  .  .  . .  .
blockSeqs                     :      .  .  .  .   T   .   .  .   T   .  .      .  . .    . .  .       . .    .           .  .   . .  .   .   .  .  .     .   CG   .  .  T   C      .   T       .    G     .   A        .    .  .  .   .      .   C       .  . .  GGA  .       T       .  .  .  . .  .
blockSeqs                     :      .  .  .  .   T   .   .  .   T   .  .      .  . .    . .  .       . .    .           .  .   . .  .   .   .  .  .     .   CG   .  .  T   A      .   T       .    C     .   A        .    .  .  .   .      .   C       .  . .  GGA  .       T       .  .  .  . .  .
blockSeqs                     :      .  .  .  .   T   .   .  .   T   .  .      .  . .    . .  .       . .    .           .  .   . .  .   .   .  .  .     .   AG   .  .  T   A      .   G       .    C     .   G        .    .  .  .   .      .   C       .  . .  GGA  .       T       .  .  .  . .  .
blockSeqs                     :      .  .  .  .   .   .   .  .   T   .  .      .  . .    . .  .       . .    .           .  .   . .  .   .   .  .  .     .   TG   .  .  T   C      .   A       .    C     .   A        .    .  .  .   .      .   C       .  . .  TTC  .       C       .  .  .  . .  .
blockSeqs                     :      .  .  .  .   .   .   .  .   T   .  .      .  . .    . .  .       . .    .           .  .   . .  .   .   .  .  .     .   GG   .  .  T   C      .   T       .    C     .   A        .    .  .  .   .      .   C       .  . .  TTC  .       C       .  .  .  . .  .
blockSeqs                     :      .  .  .  .   .   .   .  .   T   .  .      .  . .    . .  .       . .    .           .  .   . .  .   .   .  .  .     .   GA   .  .  T   C      .   T       .    C     .   A        .    .  .  .   .      .   C       .  . .  TTC  .       C       .  .  .  . .  .
blockSeqs                     :                       .   .  .   .   .  .      .  . .    . .  .       . .    .           .  .   . .  .   .   .  .  .     .   GA   .  .  T   T      .   T       .    C     .   A        .    .  .  .   .      .   C       .  . .  TTC  .       C       .  .  .  . .  .
blockSeqs                     :                       .   .  .   .   .  .      .  . .    . .  .       . .    .           .  .   . .  .   .   .  .  .     .   GA   .  .  T   T      .   G       .    C     .   G        .    .  .  .   .      .   C       .  . .  TTC  .       C       .  .  .  . .   
blockSeqs                     :                                                   . .                   .    .           .  .   . .  .   .   .  .  .     .   GA   .  .  T   T      .   A       .    C     .   G        .    .  .  .   .      .   T       .  . .  TTC  .       C       .  .           
blockSeqs                     :                                                                              .           .  .   . .  .   .   .  .  .     .   GA   .  .  T   A      .   A       .    C     .   G        .    .  .  .   .      .   T       .  . .  TTC  .       C       .  .           
blockSeqs                     :                                                                              .           .  .   . .  .   .   .  .  .     .   GA   .  .  T   G      .   T       .    C     .   G        .    .  .  .   .      .   T       .  . .  TTC  .       C       .  .           
blockSeqs                     :                                                                              .           .  .   . .  .   .   .  .  .     .   GA   .  .  T   .      .   A       .    C     .   G        .    .  .  .   .      .   T       .  . .  TTA  .       C       .  .           
blockSeqs                     :                                                                              .           .  .   . .  .   .   .  .  .     .   GA   .  .  T   .      .   A       .    C     .   G        .    .  .  .   .      .   T       .  . .  TTC  .       C       .  .           
blockSeqs                     :                                                                              .           .  .   . .  .   .   .  .  .     .   GA   .  .  T   .      .   A       .    C     .   G        .    .  .  .   .      .   T       .  . .  TTC  .       C       .  .           
blockSeqs                     :                                                                              .           .  .   . .  .   .   .  .  .     .   GA   .  .  T   .      .   A       .    C     .   G        .    .  .  .   .      .   T       .  . .  TTC  .       T       .  .           
blockSeqs                     :                                                                              .           .  .   . .  .   .   .  .  .     .   GA   .  .  T   .      .   A       .    C     .   G        .    .  .  .   .      .   T       .  . .  CGA  .       C       .  .           
blockSeqs                     :                                                                              .           .  .   . .  .   .   .  .  .     .   AA   .  .  T   .      .   A       .    C     .   G        .    .  .  .   .      .   T       .  . .  TAC  .       C       .  .           
blockSeqs                     :                                                                              .           .  .   . .  .   .   .  .  .     .   GA   .  .  T   .      .   A       .    T     .   G        .    .  .  .   .      .   T       .  . .  TTC  .       A       .  .           
blockSeqs                     :                                                                              .           .  .   . .  .   .   .  .  .     .   TG   .  .  T   .      .   A       .    C     .   A        .    .  .  .   .      .   T       .  . .  TTC  .       C       .  .           
blockSeqs                     :                                                                              .           .  .   . .  .   .   .  .  .     .   GA   .  .  T   .      .   A       .    C     .   G        .    .  .  .   .      .   T       .  . .  TTC  .       C       .  .           
blockSeqs                     :                                                                              .           .  .   . .  .   .   .  .  .     .   GA   .  .  T   .      .   T       .    C     .   A        .    .  .  .   .      .   C       .  . .  TTC  .       C       .  .           
blockSeqs                     :                                                                              .           .  .   . .  .   .   .  .  .     .   GA   .  .  T   .      .   C       .    C     .   G        .    .  .  .   .      .   T       .  . .  TTC  .       C       .  .           
blockSeqs                     :                                                                              .           .  .   . .  .   .   .  .  .     .   GA   .  .  .   .      .   A       .    C     .   G        .    .  .  .   .      .   T       .  . .  TTC  .       C       .  .           
blockSeqs                     :                                                                              .           .  .   . .  .   .   .  .  .     .   GA   .  .  .   .      .   T       .    C     .   A        .    .  .  .   .      .   T       .  . .  GG   .       C       .  .           
blockSeqs                     :                                                                              .           .  .   . .  .   .   .  .  .     .   GA   .  .  .   .      .   T       .    C     .   G        .    .  .  .   .      .   T       .  . .  GA   .       .       .              
blockSeqs                     :                                                                              .           .  .   . .  .   .   .  .  .     .   GA   .  .  .   .      .   A       .    .     .   G        .    .  .  .   .      .   A       .  . .  TT   .       .       .              
blockSeqs                     :                                                                              .           .  .   . .  .   .   .  .  .     .   GA   .  .  .   .      .   A       .    .     .   G        .    .  .  .   .      .   T       .  . .  TT   .                              
blockSeqs                     :                                                                              .           .  .   . .  .   .   .  .  .     .   GA   .  .  .   .      .   A       .    .     .   G        .    .  .  .   .      .   T       .  . .                                      
blockSeqs                     :                                                                              .           .  .   . .  .   .   .  .  .     .   AA   .  .  .   .      .   A       .    .     .   G        .    .  .  .   .      .   T       .  . .                                      
blockSeqs                     :                                                                              .           .  .   . .  .   .   .  .  .     .   GG   .  .  .   .      .   A       .    .     .   G        .    .  .  .   .      .   T       .  . .                                      
blockSeqs                     :                                                                                          .  .   . .  .   .   .  .  .     .   G    .  .  .   .      .   A       .    .     .   .        .    .  .  .   .      .   T       .  . .                                      
blockSeqs                     :                                                                                          .  .   . .  .   .   .  .  .     .   C    .  .  .   .      .   T       .    .     .   .        .    .  .  .   .      .   T       .  . .                                      
blockSeqs                     :                                                                                          .  .   . .  .   .   .  .  .     .   G    .  .  .   .      .   A       .    .     .   .        .    .  .  .   .      .   .       .  . .                                      
blockSeqs                     :                                                                                          .  .   . .  .   .   .  .  .     .   G    .  .  .   .      .   A       .    .     .   .        .    .                                                                        
blockSeqs                     :                                                                                          .  .   . .  .   .   .  .  .     .   C    .  .  .   .      .   .       .    .     .                                                                                          


blockSeqCons                  :                                                                                                                                         T*                          C***
originalCons                  : AAACA-TC-CG-TT---T-T-A---C-CG--GC-T-C--C--GCTTA-TG-C--ACA-C--T-------A-G-A-AC----G-GCG-AA--C-C-G-T--A-CGC-G-C--A--T-AA-AT-T-TGG--C-GC--A-TGT--CAA-C---A--NT-TTT----TC---AG-AAT-G---TC-A---CC--C--G-TCG-----TC-AAG--C--A-A--T-G--T-NNNC--CGT-TG-C-----T--A-CG-TT-C-TC-ACAC
finalCons                     : AAACA-TC-CG-TT---T-T-A---C-CG--GC-T-C--C--GCTTA-TG-C--ACA-C--T-------A-G-A-AC----G-GCG-AA--C-C-G-T--A-CGC-G-C--A--T-AA-AT-T-TGG--C-GC--AT-GT--CAA-C---A--NT-TTT----TC---AG-AAT-G---TC-A---CC--C--G-TCG-----TC-AAG--C--A-A--T-G--T-NNNC--CGT-TG-C-----T--A-CG-TT-C-TC-ACAC





Alignments
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lowQualScore                  :      1  3  3  333 222 333 1  22  666 22 44     1  5 22   1 44 5555555 3 1 1  1111 0   0  22 1 0 1 11 3   1 0 11 22 1  0  1 0 4444 4  11 00  777  0 444 333 0   2222 7777  1   55555 00 111  11 44 3   33333  1   66666 0 11 2 22 8888 22   1  5555555 11 1  1  1 1  3    
lowQualScore                  :      .  .  .  ... ... ... .  ..  ... .. ..     .  . ..   . .. ....... . . .  .... .   .  .. . . . .. .   . . .. .. .  .  . . .... .  .. ..  ...  . ... ... .   .... ....  .   ..... .. ...  .. .. .   .....  .   ..... . .. . .. .... ..   .  ....... .. .  .  . .  .    
lowQualScore                  :      9  8  8  333 999 000 7  44  333 44 11     7  0 33   7 11 7777777 5 7 0  9999 8   8  77 6 8 6 11 2   6 8 99 22 6  8  6 8 8888 0  11 77  666  8 111 222 8   5555 0000  6   11111 99 444  11 55 3   22222  7   11111 8 11 5 00 4444 33   0  6666666 33 0  7  7 7  6    
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Reference ( family-423 )      : AAACA-TC-CG-TT---T-T-A---C-CG--GC-T-C--C--GCTTA-TG-C--ACA-C--T-------A-G-A-AC----G-GCG-AA--C-C-G-T--A-CGC-G-C--A--T-AA-AT-T-TGG--C-GC--A-TGT--CAA-C---A--NT-TTT----TC---AG-AAT-G---TC-A---CC--C--G-TCG-----TC-AAG--C--A-A--T-G--T-NNNC--CGT-TG-C-----T--A-CG-TT-C-TC-ACAC
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gi|32430                      : AAACA-TC-CGGTT---T-T-A---C--G--GC-T-C-----GCTTA-TG-C--ACA-C--T-------A-G-A-AT----G-GTG-AA--A-C-G-T--A-CGC-G-C--A--T-AA-AT-T-TCG--CGGC--A--GT--CAA-C---AATTT-TTT----TT---GG-AAT-A---TC-A---CC--G--T-TTG-----TC-AAG--C--A-A--T-G--T--GGC--CGT-T--T-----T--A-CG-TT-C-TC-ACAC
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gi|32443                      : AAACA-TC-CG-TT---T-T-A---C-C---GC-T-CGAC--GCGTA-AG-G--ACA-C--T-------A-GAA-AT----G-GTG-AA--C-C-G-------GC-G-C--AATT-AA-AT-T-C-G--C-GC--A--GT---AA-C---A--TT-TTT----TT---GG-AATAA---TC-A---AC--C--G-TT------TC-AG------A-A--TCG--T-GGAC--CGT----A-----T--A-TG-TT-C-TC-AC
gi|32444                      : AAACA-TCGCG-TT---TGT-A---T-TC--GC-T-T--CCTGCTTAATG-CCTACG-C--T-------A-G-A-AA----G-ATG-AA--CTC-G-T----CG--G-C--A--C-TA-AT-TGTCG--CAGC--A--GT--CAA-CCA-A--TT-TTTG---TT---AG-A-------TC-----CC--C--G-TTG-----TC-AAG--C--A-T--T-G--T-GGA---CGT-TG-TG----T--A-CG-TT---TC-ACAC
gi|32445                      : AAACA-TC-CG-TT---T-T-A---C-CG--GC-T-C--C--GCTTA-TG-C--
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gi|32448                      :   ACA-TC-TG-TT---T---A---C-CG--GCAT-C--CT-GCTTA-TT-C--ACA-CG-T-------A-G-A-AT----G-GTG-AAA-C-C-G-T--AACGCCG-C--A--T-AA-AT-C---G--C-GC--A-AGC--AAA-C---T--AT-TTT----TT---GG-AAT-A---CA-A---CC--CCGA-TTG-----TT-AAG--C--A-A--T-G--T-GA-C--CGTCTG-T-----T--A-CG-TT-C-TC-
gi|32449                      :     A-TC-CG-TTATTT-T-A---T-CG--GC-T-C--C--GCTTA-TGAC--ACG-C--TTATAGGAA-G-A-------G-ATG-AA--C-C-GAT--AGCGC-G-C--AACT-AA-AT-T-TTG--C-GCGAG-TGA--CAA-C---A--TT-TTT----AT---AG-AAT-
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gi|32468                      :                                                                           -AC----G-GTG-AA--C-C-G-T--A-CGC-G-C--A--C-AA-AT-T-TGA--T-CC--A-TGT--T-A-T---A--TT-TT---------------T-A---TC-A---CC--T--G-TTG-----TC-AAG--T--A-A--T-G--T-TACC--AGT-TG-C-----T--
gi|32469                      :                                                                           -AC----G-GCG-AA--C-C-G-T----CGC-G-C--A--T-AA--T-T-TGA--C-GC--A-TGT---AA-----A--TT-TTT----TC---AG-ATT-G---TT-A---CC--C--G-TCG-----TC-AAG--T--A-A--T-G--T-
gi|32470                      :                                                                           -AC----G-GCG-AA--C-C-G-T--A-CGC-G-C--A--T-AA-AT-T-TGA--C-GC--AGTGT--ATA-C---A--ATGTTT----TC---AG-ATT-GC--TT-A---CC--CT-G-TCG-----TC-AGT--A--A-A--T-G--T-TTCCT-CGG-TG-CGTAGAT--A-CA-TT-CATC-AC
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gi|32473                      :                                                                              ----G-GCG-AA--C-C-G-T--A-CGC-G-C--A--T-AA-AT-T-TGA--C-GC--A-TGT---AA-C---A--AT-TTT----TC---AT-AAT-G---TT-A---CC--T--G-TCG-----TC-AAG--T--A-A--T-G--T-TTCC--CGT-TG-C-----T--A-
gi|32474                      :                                                                              ----G-GCG-AA--C-C-G-T--T-CGC-G-C--A--T-AT-ATAT-TGAGAC-GC--A-TGT---AA-C---A--AT-TTT----TC---AG-AAT-G---TT-A---CC--C--G-TCG-----TC--AG--T--A-A--T-G--T-TTCC--CGT-TG-
gi|32475                      :                                                                              ----G-GCG-AA--A-C---T--A-CGC-G-C--A--T-AA-AT-T-TGGA-C-GC--A-TG----AA-C---A--AT-TTT----TC---AT-AAT-G---TT-A---CC--T--G-TCG-----TC-AAGT-T--A-A--T-G--T-
gi|32476                      :                                                                                   -GCG-AA--C-G-G-T--A-CGC-A-C--A--T-AA-AT-T-TGA--C-GC--A-TGT---AA-C---A--AT-TTT----TC---AT-AAT-G---TT-A---CC--C--G-TCG-----TC-AAG--T--A-A--T-G--T-TTCC--CGT-TG-C-----T--A-
gi|32477                      :                                                                                   -GCG-AA--C-C-G-T--A-AGC-G-C--A--T-AA-AT-T-TGA--C-GC--A--GTAACAA-A---A--TT-TTT----CC---AG--AT-GT--TT-A---CCTGC--G-TCG-----TC-AAG--CTAA-A--T-G--T-
gi|32478                      :                                                                                   -GCG-AA--C-C-A-T--A-CAC-G-C--A--T-AC-AT-T-TAA--C-GC--A-TGT---AG-C---A--AT-TTT----TC---AT-AAT-G---TT-A---CC--C--G-TCG-----TC-ATG--T--A-A--T-G--T-g
gi|32479                      :                                                                                      G-AA--C-C-G-TTTA-AGC-G-C--A--T-AC-ATCT-TGG--C-GC--A-TGT---AA-C---A--AT-TTT----TC---AG-A-T-G---T--A---CC--C--G-T-G-----TC-AAG--T--A-A--T-G--T-TTCC--CGT-TG-C-----T--A-