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lowQualScore                  :     8  11 8  8  2222 8 8 11 8  99 6 2222  5 8  8 4444 3 4444444444444444444 88 88   5 6666 8 8   6666 8 8 8 8 88 2222    5 666666666 1 333  88 66666 3  8 66 33 5 8 5 88 8 000000   00  8 777777     77   22  888  3333 4 4   3   1 66 4 33 4    
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Reference ( gi|70351 )        : AAAA-AT--C-AG-AA----G-G-C--A-TC--A-G-A--GA-T-GC-T----A-T-------------------A--G--CCG-A----G-T-TGC----A-G-G-T-A--A----CATT-T---------TTG---AA--G-----T-TT-T--TC-T-G-T-C--T-G---G--GCA--GG-T---A--AGCCA--TGA--GG---CC----CTTAGGC-ATA-T--T-T--A-TATA
gi|70357                      : AAAA-AT--C-AG-AA----G-G-C--A-TC--A-G-A--GA-T-GC-T----A-T-------------------A--G--CCG-A----G-T-TGC----A-G-G-T-A--C----CATT-T---------TTG---AA--G-----T-TT-T--TC-T-G-T-C--T-G---G--GCA--GG-T---A--AGCCA--TGA--GG---CC----CTTAGGC-ATA-T--T-T--A-TATA
gi|70353                      : AAAA-AT--C-AG-AA----G-G-C--A-TC--AAG-A--GA-T-GC-T----A-T-------------------A--G--CCG-A----G-T-TGC----A-G-G-T-A--A----CATT-T---------TCG---AA--G-----T-TT-T--TC-T-G-T-C--T-G---G--GCA--GG-T---G--AGCCA--TGA--GG---CC----CTTGGGC-GTA-T--T-T--A-TATA
gi|70358                      : AAAA-AT--C-AG-AA----G-G-C--A-TC--A-G-A--GA-T-GC-T----A-T-------------------A--A--CCG-A----G-T-TGC----T-G-G-T-A--A----CATT-T---------TCG---AA--G-----T-TT-T--TC-T-G-T-C--T-G---G--GCA--GG-T---A--AGTCA--TGA--GG---CC----CTTGGGC-ATA-T--T-T--A-TATA
gi|70362                      : AAAA-AT--C-AG-AA----G-G-C--A-TC--A-G-A--GA-T-GC-T----A-T-------------------A--G--CCG-A----G-T-TGC----A---G-T-A--A----CATT-T---------TTG---AA--G-----T-TT-T--TC-T-G-T-C--T-----G--GCA--GG-T---A--AGCCA--TGAG-GG---CC----CTTAGGC-ATA-T--T-T--ATTATA
gi|70359                      : AAAA-AC--C-AG-AA----G-G-C--A-TC--A-G-A--GA-T-GC-T----A-T-------------------A--G--CCG-A----G-T-TGC----T-G-G-T-A--A----CATT-T---------TCG---AA--G-----T-TT-T--TC-T-G-T-C--T-G---G--GCA--GG-T---G--AGCCA--TAA--GG---CC----CTTTGGC-GTA-T--T-T--A-TATA
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Alignments
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lowQualScore                  :     .  .. .  .  .... . . .. .  .. . ................  . .....  . .... . . .. ..   . .... . .   .... . .  .  ... .  .. . ....   ...  .... ..... .  . .. .. . . . .. . ......   .  .... . .  ...   ...  .. ..  ...  ....    ..   ..  . .. . .. .    
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Reference ( family-396 )      : AAAA-AT--C-AG-AA----G-G-C--A-TC--A-G-A--------------GA-T-----GC-T----A-T-A--G--CCG-A----G-T-TGC----A-G-GT-AA---C-AT--T-T----TCG---AA----G-----T-TT-T--TC-T-G-T-C--T-G---G--GCA-GG----T-G-AG---CCA---TG--A--GG---CC----CTTG--GGC-GTA-T--T-T--A-TATA
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gi|70385                      :  AAA-AT--C-AG-AA----G-G-C--A-TC--A-G-AGATGCTATCAAGGCGA-TCAAGAGC-T----A-T-A--GGCCCG-A----G-G-TGC----A-G--T-A----C-AT--T-T----TTG---AA----G-----T-TT-T--TC-T-G-T-C--T-G---G--GCA-GG----T---AA---CCA---TG-----GG---CC----CTTA--GGC-ATA-T--A-T--A-
gi|70386                      :  AAA-AT--C-AG-AA----G-G-C--A-TC--A-G-A--------------GA-T-----GC-T------T-A--A--GCGCA----G-T-TGC----A-G-GT-AA---C-AT--T-T----TTG---AA----G-------TT-T--TC-T-G---C--T-----G--GC--GA----T-A-AG---CC--------A--GG---CC----A-TA--GGCAATA-T--T-T--A-TAT
gi|70387                      :  AAA-AT--C-AA-AA----G-G-C--A-TC--G-T-G--------------GA-T-----GC-T----A-T-A--G--CGG-A----G-T-TGC----A-G-GT-AA---C-AT--T-T----TCG----A----T-----T-TT-T--TT-T-G-T-C--C-G---T--GAA-GG----T-G-AG---CAA---TG--A--G
gi|70388                      :  AAA-AT--C-AA-A--------------TC--A-G-A--------------GA-T------C-T----A-T-A--G--C-G-A----G-T-TGC----A-G-AT-AA------T--T-T----TTG---AA----G-----T-TT-T--T--T-G-T-C--T-G---A--ACA-GG----T-GAAG---CC----TG--A--G-----C----CTTG--GGC-ATA-T--T-T--A-TA
gi|70389                      :  AAA-ATTAC-AG-AA----G-GGC--A-TC--A-G-AAG------------GA-TA----GC-T----A-T-A--A--CCG-GCCAGG-T-AGC----A-G-GT-AAGGGC-AT--T-TCTTATTG---AA----G-----T-TT-T--TC-T-G-G-C--T-G---G--GCA-GG----T---AG---CCATT-TG--A--GG---CC----CTTA--GGC-ATA-TCGT-T--A-TA
gi|70390                      :  AAA-AT--C-AG-AA----G-G-C--A-TC--A-G-A--------------GA-T-----GT-T----A-C-A--G--CCG-A----G-T-TGC----A-G-GT-AA---C-AT--T-T----TTG---AA----G-----
gi|70391                      :  AAA-AT--C-AA-AACCTTG-G-C--A-TC--G-G-G--------------GA-A-----GC-T----A-T-A--A--CCG-A----G-T-TGC----A-G-GT-AA---C-AT--T-T----TCA---AAT---T-----T-TT-T--TT-T-G-T-C--C-G---T--GAA-GG----T-G-AG---TCA---AG--A--
gi|70392                      :  AAA-AT--C-AA-AA----G-G-C--A-TC--A-A-A--------------GA-T-----GC-T----A-C-A--G--TCG-A----G-T-TGC----G-G-GC-AT---C-AT--T-T----TCA---AA----G-----TATT-T--TT-T-G-T-C--
gi|70393                      :  AAA-AT--C-AA-AGCCCTG-G-T--A-TC--T-G-G--------------GA-T-----GC-T----A-T-A--G--CCG-A----G-T-TGC----A-G-GT-AA---C-AT--G-T----TCG----A----T-----T-TT-T--TT-T-G-T-C--C-G---T--GAA-TG----T-G-AA---CCA---TG--A--
gi|70394                      :  AAA-AG--C-AA-AA----G-G-A--A-TC--G-G-G--------------AA-T-----GC-T----G-T-A--G--CCG-A----G-T-TGC----A-G-GT-AT---T-AT--T-T----TCA---AA----A-----T-TT-TA-TT-T-G-TCC--C-G---T--GAA-GG----T-G-AG---CCA---TG--
gi|70395                      :  AAA-AT--C-AA-AA----G-G-C--A-TC--G-G-G--------------GA-T-----GC------------------------------------A-G-GT-AA---C-AT--T-T----TCG---AA----G-----T-TT-T--T--T-G-T-C--T-G---T--GAA-GG----T-G-AG---CCA---TG--A--G
gi|70396                      :  AAA-AT--C-AG---------G-C--A-TC--G-G----------------GA-A-----GC-TTATAA-T-A--G--TCA-T----G-T-TAC----A-G-GT-AA---C-AT--T-T-----CG---AA----G-----T-TT-T-----T-G-T-CA-T-G---A----A-GG----T-A-TG---CCA---TG--A--G
gi|70397                      :  AAA-AG--C-AA-AA----GAG-CGAA-TC--A-G----------------GA-T-----GC-T----A-T-A--G--CCA-A----GAT-TGC----A-G-GT-AT---T-AT--T-T----TGG---AT----T-----T-TT-T--TT-TGG-T-C--C-GTATG--AT--GG----T-G-AG---CCA---CA--A--G
gi|70398                      :  AAA-AG--C-AA-AA----G-G-T--A--C--G-G-G--------------GA-T-----GC-T----A-T-A--G--CCG-A----G-C-TGC----AGG-GT-AA---T-AT--T-
gi|70399                      :   AA-AT--C-AG-AA----G-G-C--A-TC--A-A-G--------------TA-T-----GC-T----A-T-A--G--CCG-A----G-T-TGC----A-G-AT-AA---C-AT--T-T----TCG---AT----G-----T-TT-TTGTC-T-G-T-G--T-A---T--ACA-TGTA--T-G-AG---CCA---TG--A--GG---CC----TGTG--GGC-ATA-T--ataaataaaaattgaaattttttt
gi|70400                      :           -AG-AA----G-G-C--A-TC--A---A--------------G--T-----GC-T----A-T-A--G--CCG-G----A-T-TGC----A-G-GTTAA---CCAT--T-T----TCG---AA----G-----T-TT-T--CT-T-T-T-C--T-T---G--GCA-GG----T-A-AGTTTTCAAGCTGAAA--GG----C----CTTG--GG
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gi|70403                      :                                                       -T-----GT-T----T-T-A--G--CCG-A----G-T-GGC----A-G--T-AT---C-AT--T-T----TCG---AA----G-----T-AA-T--TT-T-G-T-C--T-G---T--GCA-GG----T-G-AG---CCA---TG--A--GG---Ccaagtacatttatat
gi|70404                      :                                                         -----GC-T----A-T--------CA-A----G-T-TGC----G-------A---C-AT--T--------G---AA-------------------T-T-G-T-C--T-G---T--GAA-GG----T-G-AA---CCA---TG--A--GG---CC----AGTG--GGC-ATA-T--T-T--A-
gi|70405                      :                                                                                                                                                         -T-G-T-C--T-G---C--GCA-TG----T-G-AG---CCA---TG--A--TG---CC----CATG--GGC-ATA-T--T-T--
gi|70406                      :                                                                                                                                                        t-T-G-T-C--T-G---T--GCA-GA----T-G-AG---CCA---TG--A--GG---CC----CATG--GGC-GTA-T--T-T--





Alignments
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lowQualScore                  :     .  .. .  .  .... . . .. .  .. . ................  . .....  . .... . . .. ..   . .... . .   .... . .  .  ... .  .. . ....   ...  .... ..... .  . .. .. . . . .. . ......   .  .... . .  ...   ...  .. ..  ...  ....    ..   ..  . .. . .. .    
lowQualScore                  :     8  11 8  8  1111 8 8 11 8  88 5 5555555555555555  5 66666  7 3333 2 5 88 88   5 6666 7 7   6666 7 7  5  000 7  00 7 6666   111  4444 66666 3  8 66 55 5 7 5 88 8 777777   8  8888 7 5  555   111  11 11  888  3333    55   55  1 77 4 44 5    
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Reference ( family-396 )      : AAAA-AT--C-AG-AA----G-G-C--A-TC--A-G-A--------------GA-T-----GC-T----A-T-A--G--CCG-A----G-T-TGC----A-G-GT-AA---C-AT--T-T----TCG---AA----G-----T-TT-T--TC-T-G-T-C--T-G---G--GCA-GG----T-G-AG---CCA---TG--A--GG---CC----CTTG--GGC-GTA-T--T-T--A-TATA
gi|70351                      : AAAA-AT--C-AG-AA----G-G-C--A-TC--A-G-A--------------GA-T-----GC-T----A-T-A--G--CCG-A----G-T-TGC----A-G-GT-AA---C-AT--T-T----TTG---AA----G-----T-TT-T--TC-T-G-T-C--T-G---G--GCA-GG----T-A-AG---CCA---TG--A--GG---CC----CTTA--GGC-ATA-T--T-T--A-TATA
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gi|70371                      : AAAA-AT----AG-AA----G-G-C--A-TC----G-A--------------GA-A-----GC-T----A-T-G--G--C-G-A----G-T-GTC----A-G-GT-AC---C-AT--T-T----TTG---AA----G-----T-TTGT--TC-T-G-T-C--T-G---G---CA-G-----T-A-AG---CCA---TG--A--GG---CC----CTTA--GGC-A-A-TA-T-T--A-TATAtgcagacca
gi|70372                      : AAAA-AT--C-AA-AAA---G-G-C--A-TC--A-G-G--------------GA-T-----GT-T----A-T-A--G--CTG-A----G-T-TGT----A-G-GT-AA---T-A---T-T----TCA---AA----G-----T-TT-T--AC-G-T-T-C--T-G---T--GGA-GG----T-G-AG---CCA---TG--A--GG---CC----CAAG--GGC-GTA-T--T-T--
gi|70373                      : AAAA-AT--C-AT-AA----G-G-C--A-TC--A-G-A--------------GA-T-----GC-T----A-T-A--G--CTG-A----G-G-TAC----A-G-GT-AA---C-AT--T-T----TCG---AA----G-----T-TT-T--TC-T-G-T-C--T-G---G--
gi|70374                      : AAAA-GT--C-AGGAA----A-G-C--A-TC--AAG-A--------------GACT-----GC-T----A-T-A--G--CCG-A----G-T-TGC----A-G-AT--A---T-ATCAT-T----TCGA--AA----G-----TATT-TA-TC-T-G-TAC--TGG---G--GCA-GG----TCA-AG---CCA---TG--C--AG---CC----CTTC--GGC-ATATT--T-T--A-TATA
gi|70375                      : AAAA-AT--C-A--AG----G-G-C--A-TC--A-G-A--------------G--T-----GC-T----A-T-A--GG-CCG-A----G-T-TGC----A-G-G---A---C-AT--T-T----TCG----A----G-----T-TT-T--T--T-GTT-C--T-G---A--TAG-GG----TGG-AG---CAA---TG--A--GGGACCC----TTTG--GGC-CTA-T--T-T--A-
gi|70376                      : AAAA-AT--C-GG-AA----G-G-C--A-TC--A-G-A--------------GATT-----GC-T------T-A--G--CCGAA----G-T-TGC----A-G-GT--A---C--T--T-T----TCG---AG----T-----T-TT-T--TCGT-G-T-C--T-G---T--ACATGG----T-GCAG---CC----TG--A---G---CC----TTTG--GGT-GTA-A--T-T--A-TA
gi|70377                      : AAAA-AT--C-AA-AA----G-G-C--A-TC--G-G-A--------------AA-T-----GC-T----A-C-A--G--CCG-A----G-T-TAC----A-G-GT-AA---C-AT--T-T----TTG---AA----G-----TATT-T--TT-T-G-T-C--
gi|70378                      : AAAA-AT--C-AA-AA----G-G-T--A-TC--A-G-G--------------GA-T-----GA-T----A-T-A--G--CCG-A----G-T-TACAGCTA-G-GT-AA---C-AT--T-T----TCA---AA----GGCT--T-TC-T--TT-T-G-T-C--T-G---
gi|70379                      : AAAC-AT--C-AG-AC----A-G-C--A-TC--A-GGA--------------GA-T-----GC-T----A-T-ATGG--CCG--------T-TGTCA--A-GTGT-AA---C-AT--T-T----TCAGAAAA----G-----T-CT-T--TC-TTG-T-C--T-G---G--GCA-GGGGTTT-GAAG---CCAC--CG--A--GG---CC----CTTG--
gi|70380                      : AAAA-AT--CCAG-AA----G-G-C--A-TCCCA-G-G--------------AG-T-----GC-TT---A-T-A--G--CCG-A----G-T-TGC------G-GTAAA---C-AT--T-T----TCG---AG----G-----T-TT-T--T------T-C--T-G---T--GTA-TA----T-G-AG---GCA---TG--A--GG---
gi|70381                      : AAAATAT--C-AG-AA----G---C--A-TC--A-G-A--------------GA-T-----GC-T----A-T-AT-G--CGA-A----G-T-TGC----A-G-GT-AA-----AT--T-T----TT----------A-----T-TT-T--TC-T---T-C--T-A---G--gcattttat
gi|70382                      : AAAA-AT--C-AG-TT----G-G-C--T-TC--A-G----------------GT-T-----TT-A----A-A-A--G--CCG-A----G-TCTGC----A-G-G----------------------A---AA----A-----T-TT-T--TT-T-G-T-C--T-G---A--GCA-GGT---T-G-AG---CCAT--TG--A--GG---CA----CTGGGCGGC-GTA-T--
gi|70383                      :  AAA-AG--C-AA-AA----G-G-A--A-TC--G-G-G--------------GA-T-----GC-----------------CA-A----G-T-TGC----A-G-GT-AT---T-AT--T-T----TC-----ATTTTT-----T-TT-T--TT-T-G-T-C--C-A---T--GAA-GG----T-G-AG---CCA---TG--
gi|70384                      :  AAA-AT--C-AG-AA----G-G-C--A-TC--A-G-A--------------GA-T-----GCAT----ATT-A--G--CCG-A----G---TG-----A-G-GT-AA---C-AT--T-T----T-G---AC----A-----T-TT-T-----T-G-T-C--T-G---GA-GCA-GG----T-A-CG---CCAT--TG--AAGAG---CC----CTTA--GGC-ATA-T--TCT--A-TATA
gi|70385                      :  AAA-AT--C-AG-AA----G-G-C--A-TC--A-G-AGATGCTATCAAGGCGA-TCAAGAGC-T----A-T-A--GGCCCG-A----G-G-TGC----A-G--T-A----C-AT--T-T----TTG---AA----G-----T-TT-T--TC-T-G-T-C--T-G---G--GCA-GG----T---AA---CCA---TG-----GG---CC----CTTA--GGC-ATA-T--A-T--A-
gi|70386                      :  AAA-AT--C-AG-AA----G-G-C--A-TC--A-G-A--------------GA-T-----GC-T------T-A--A--GCGCA----G-T-TGC----A-G-GT-AA---C-AT--T-T----TTG---AA----G-------TT-T--TC-T-G---C--T-----G--GC--GA----T-A-AG---CC--------A--GG---CC----A-TA--GGCAATA-T--T-T--A-TAT
gi|70387                      :  AAA-AT--C-AA-AA----G-G-C--A-TC--G-T-G--------------GA-T-----GC-T----A-T-A--G--CGG-A----G-T-TGC----A-G-GT-AA---C-AT--T-T----TCG----A----T-----T-TT-T--TT-T-G-T-C--C-G---T--GAA-GG----T-G-AG---CAA---TG--A--G
gi|70388                      :  AAA-AT--C-AA-A--------------TC--A-G-A--------------GA-T------C-T----A-T-A--G--C-G-A----G-T-TGC----A-G-AT-AA------T--T-T----TTG---AA----G-----T-TT-T--T--T-G-T-C--T-G---A--ACA-GG----T-GAAG---CC----TG--A--G-----C----CTTG--GGC-ATA-T--T-T--A-TA
gi|70389                      :  AAA-ATTAC-AG-AA----G-GGC--A-TC--A-G-AAG------------GA-TA----GC-T----A-T-A--A--CCG-GCCAGG-T-AGC----A-G-GT-AAGGGC-AT--T-TCTTATTG---AA----G-----T-TT-T--TC-T-G-G-C--T-G---G--GCA-GG----T---AG---CCATT-TG--A--GG---CC----CTTA--GGC-ATA-TCGT-T--A-TA
gi|70390                      :  AAA-AT--C-AG-AA----G-G-C--A-TC--A-G-A--------------GA-T-----GT-T----A-C-A--G--CCG-A----G-T-TGC----A-G-GT-AA---C-AT--T-T----TTG---AA----G-----
gi|70391                      :  AAA-AT--C-AA-AACCTTG-G-C--A-TC--G-G-G--------------GA-A-----GC-T----A-T-A--A--CCG-A----G-T-TGC----A-G-GT-AA---C-AT--T-T----TCA---AAT---T-----T-TT-T--TT-T-G-T-C--C-G---T--GAA-GG----T-G-AG---TCA---AG--A--
gi|70392                      :  AAA-AT--C-AA-AA----G-G-C--A-TC--A-A-A--------------GA-T-----GC-T----A-C-A--G--TCG-A----G-T-TGC----G-G-GC-AT---C-AT--T-T----TCA---AA----G-----TATT-T--TT-T-G-T-C--
gi|70393                      :  AAA-AT--C-AA-AGCCCTG-G-T--A-TC--T-G-G--------------GA-T-----GC-T----A-T-A--G--CCG-A----G-T-TGC----A-G-GT-AA---C-AT--G-T----TCG----A----T-----T-TT-T--TT-T-G-T-C--C-G---T--GAA-TG----T-G-AA---CCA---TG--A--
gi|70394                      :  AAA-AG--C-AA-AA----G-G-A--A-TC--G-G-G--------------AA-T-----GC-T----G-T-A--G--CCG-A----G-T-TGC----A-G-GT-AT---T-AT--T-T----TCA---AA----A-----T-TT-TA-TT-T-G-TCC--C-G---T--GAA-GG----T-G-AG---CCA---TG--
gi|70395                      :  AAA-AT--C-AA-AA----G-G-C--A-TC--G-G-G--------------GA-T-----GC------------------------------------A-G-GT-AA---C-AT--T-T----TCG---AA----G-----T-TT-T--T--T-G-T-C--T-G---T--GAA-GG----T-G-AG---CCA---TG--A--G
gi|70396                      :  AAA-AT--C-AG---------G-C--A-TC--G-G----------------GA-A-----GC-TTATAA-T-A--G--TCA-T----G-T-TAC----A-G-GT-AA---C-AT--T-T-----CG---AA----G-----T-TT-T-----T-G-T-CA-T-G---A----A-GG----T-A-TG---CCA---TG--A--G
gi|70397                      :  AAA-AG--C-AA-AA----GAG-CGAA-TC--A-G----------------GA-T-----GC-T----A-T-A--G--CCA-A----GAT-TGC----A-G-GT-AT---T-AT--T-T----TGG---AT----T-----T-TT-T--TT-TGG-T-C--C-GTATG--AT--GG----T-G-AG---CCA---CA--A--G
gi|70398                      :  AAA-AG--C-AA-AA----G-G-T--A--C--G-G-G--------------GA-T-----GC-T----A-T-A--G--CCG-A----G-C-TGC----AGG-GT-AA---T-AT--T-
gi|70399                      :   AA-AT--C-AG-AA----G-G-C--A-TC--A-A-G--------------TA-T-----GC-T----A-T-A--G--CCG-A----G-T-TGC----A-G-AT-AA---C-AT--T-T----TCG---AT----G-----T-TT-TTGTC-T-G-T-G--T-A---T--ACA-TGTA--T-G-AG---CCA---TG--A--GG---CC----TGTG--GGC-ATA-T--ataaataaaaattgaaattttttt
gi|70400                      :           -AG-AA----G-G-C--A-TC--A---A--------------G--T-----GC-T----A-T-A--G--CCG-G----A-T-TGC----A-G-GTTAA---CCAT--T-T----TCG---AA----G-----T-TT-T--CT-T-T-T-C--T-T---G--GCA-GG----T-A-AGTTTTCAAGCTGAAA--GG----C----CTTG--GG
gi|70401                      :           -AA-AA----G-G-A--A-TC--A-G-G--------------GA-T-----GT-T----A-T-A--G--CCG-A----G-T-TGC----A-A----AG---C-------------CG---A------------------------G-T-C--T-G---T--ACA-GG----T-G-AG---CCA---TG--G--GG---CC----CACA--GGC-ATA-T--T-
gi|70402                      :                                --A-G-G--------------GA-T-----GC-T----A-T-A--G--GCA-A----G-T-TGC----A-G-GT-AT---T-AT--T-T----TCG----A----T-----T-TT-T--TT-T-A-T-CCAT-G---AATGTA-AT----T-A-AG---CCA---TG--
gi|70403                      :                                                       -T-----GT-T----T-T-A--G--CCG-A----G-T-GGC----A-G--T-AT---C-AT--T-T----TCG---AA----G-----T-AA-T--TT-T-G-T-C--T-G---T--GCA-GG----T-G-AG---CCA---TG--A--GG---Ccaagtacatttatat
gi|70404                      :                                                         -----GC-T----A-T--------CA-A----G-T-TGC----G-------A---C-AT--T--------G---AA-------------------T-T-G-T-C--T-G---T--GAA-GG----T-G-AA---CCA---TG--A--GG---CC----AGTG--GGC-ATA-T--T-T--A-
gi|70405                      :                                                                                                                                                         -T-G-T-C--T-G---C--GCA-TG----T-G-AG---CCA---TG--A--TG---CC----CATG--GGC-ATA-T--T-T--
gi|70406                      :                                                                                                                                                        t-T-G-T-C--T-G---T--GCA-GA----T-G-AG---CCA---TG--A--GG---CC----CATG--GGC-GTA-T--T-T--


blockSeqs                     :        TA       CCTT     GA    CC A AGATGCTATCAAGGC   C CAAGA    TATA A T TG GC   A CCAG       AGCT      A  GGG    CA   CTTA   GAA  TTTT GTTTT A    TG CG T   A CA   TATG        GGTT C C  TTT   AGC  AA AG  GAC  TGTA    GC   AA  T CG A TA T
blockSeqs                     :        .        CCCT     .     A  A AAG               T A        T    A G T  G    C .          CA        T  A      .    .      A    TT   GTT   A    A  C  G   C A    AAT         TA   G A  .     TT   .  G   .    .       .    A   . A  C TA .
blockSeqs                     :        .        A        .     .  . AA                . .        .    T . .  .    . .          .         .  .      .    .      .    T    GCT   A    A  C  .   . .    GA          T    . A  .     C    .  .   .    .       .    G   . .  . .  .
blockSeqs                     :        .        .        .     .  . GA                . .        .    . . .  .    . .          .         .  .      .    .      .    .    GT    .    .  C  .   . .    G           .    . .  .     T    .  .   .    .       .    G   . .  . .  .
blockSeqs                     :        .        .        .     .  . A                 . .        .    . . .  .    . .          .         .  .      .    .      .    .    .     .    .  C  .   . .    G           .    . .  .     T    .  .   .    .       .    G   . .  . .  .
blockSeqs                     :        .        .        .     .  . A                 . .        .    . . .  .    . .          .         .  .      .    .      .    .    .     .    .  C  .   . .    G           .    . .  .     .    .  .   .    .       .    G   . .  . .  .
blockSeqs                     :        .        .        .     .  . A                 . .        .    . . .  .    . .          .         .  .      .    .      .    .    .     .    .  C  .   . .    G           .    . .  .     .    .  .   .    .       .    A   . .  . .  .
blockSeqs                     :        .        .        .     .  . A                 . .        .    . . .  .    . .          .         .  .      .    .      .    .    .     .    .  C  .   . .    G           .    . .  .     .    .  .   .    .       .    A   . .  . .  .
blockSeqs                     :        .        .        .     .  . A                 . .        .    . . .  .    . .          .         .  .      .    .      .    .    .     .    .  C  .   . .    G           .    . .  .     .    .  .   .    .       .    G   . .  . .  .
blockSeqs                     :        .        .        .     .  . A                 . .        .    . . .  .    . .          .         .  .      .    .      .    .    .     .    .  T  .   . .    G           .    . .  .     .    .  .   .    .       .    G   . .  . .  .
blockSeqs                     :        .        .        .     .  . A                 . .        .    . . .  .    . .          .         .  .      .    .      .    .    .     .    .  C  .   . .    G           .    . .  .     .    .  .   .    .       .    G   . .  . .  .
blockSeqs                     :        .        .        .     .  . A                 . .        .    . . .  .    . .          .         .  .      .    .      .    .    .     .    .  C  .   . .    A           .    . .  .     .    .  .   .    .       .    A   . .  . .  .
blockSeqs                     :        .        .        .     .  . A                 . .        .    . . .  .    . .          .         .  .      .    .      .    .    .     .    .  T  .   . .    G           .    . .  .     .    .  .   .    .       .    G   . .  . .  .
blockSeqs                     :        .        .        .     .  . A                 . .        .    . . .  .    . .          .         .  .      .    .      .    .    .     .    .  T  .   . .    G           .    . .  .     .    .  .   .    .       .    G   . .  . .  .
blockSeqs                     :        .        .        .     .  . A                 . .        .    . . .  .    . .          .         .  .      .    .      .    .    .     .    .  T  .   . .    A           .    . .  .     .    .  .   .    .       .    G   . .  . .  .
blockSeqs                     :        .        .        .     .  . G                 . .        .    . . .  .    . .          .         .  .      .    .      .    .    .     .    .  C  .   . .    A           .    . .  .     .    .  .   .    .       .    A   . .  . .  .
blockSeqs                     :        .        .        .     .  . G                 . .        .    . . .  .    . .          .         .  .      .    .      .    .    .     .    .  C  .   . .    A           .    . .  .     .    .  .   .    .       .    G   . .  . .  .
blockSeqs                     :        .        .        .     .  . A                 . .        .    . . .  .    . .          .         .  .      .    .      .    .    .     .    .  T  .   . .    G           .    . .  .     .    .  .   .    .       .    A   . .  . .  .
blockSeqs                     :        .        .        .     .  . A                 . .        .    . . .  .    . .          .         .  .      .    .      .    .    .     .    .  T  .   . .    G           .    . .  .     .    .  .   .    .       .    A   . .  . .  .
blockSeqs                     :        .        .        .     .  . A                 . .        .    . . .  .    . .          .         .  .      .    .      .    .    .     .    .  T  .   . .    T           .    . .  .     .    .  .   .    .       .    G   . .  . .  .
blockSeqs                     :        .        .        .     .  . G                 . .        .    . . .  .    . .          .         .  .      .    .      .    .    .     .    .  C  .   . .    T           .    . .  .     .    .  .   .    .       .    A   . .  . .  .
blockSeqs                     :        .        .        .     .  . A                 . .        .    . . .  .    . .          .         .  .      .    .      .    .    .     .    .  C  .   . .    A           .    . .  .     .    .  .   .    .       .    C   . .  . .  .
blockSeqs                     :        .        .        .     .  . G                 . .        .    . . .  .    . .          .         .  .      .    .      .    .    .     .    .  C  .   . .    G           .    . .  .     .    .  .   .    .       .    G   . .  . .  .
blockSeqs                     :        .        .        .     .  . A                 . .        .    . . .  .    . .          .         .  .      .    .      .    .    .     .    .  C  .   . .    T           .    . .  .     .    .  .   .    .       .    G   . .  . .  .
blockSeqs                     :        .        .        .     .  . A                 . .        .    . . .  .    . .          .         .  .      .    .      .    .    .     .    .  T  .   . .    G           .    . .  .     .    .  .   .    .       .    A   . .  . .  .
blockSeqs                     :        .        .        .     .  . A                 . .        .    . . .  .    . .          .         .  .      .    .      .    .    .     .    .  T  .   . .    G           .    . .  .     .    .  .   .    .       .    A   . .  . .  .
blockSeqs                     :        .        .        .     .  . A                 . .        .    . . .  .    . .          .         .  .      .    .      .    .    .     .    .  C  .   . .    A           .    . .  .     .    .  .   .    .       .    A   . .  . .   
blockSeqs                     :        .        .        .     .  . A                 . .        .    . . .  .    . .          .         .  .      .    .      .    .    .     .    .  C  .   . .    T           .    . .  .     .    .  .   .    .       .    A   . .  . .   
blockSeqs                     :        .        .        .     .  . G                 . .        .    . . .  .    . .          .         .  .      .    .      .    .    .     .    .  T  .   . .    G           .    . .  .     .    .  .   .    .       .    A   . .  . .   
blockSeqs                     :        .        .        .     .  . G                 . .        .    . . .  .    . .          .         .  .      .    .      .    .    .     .    .  T  .   . .    T           .    . .  .     .    .  .   .    .       .    A   . .  . .   
blockSeqs                     :        .        .        .     .  . A                 . .        .    . . .  .    . .          .         .  .      .    .      .    .    .     .    .  C  .   . .    G           .    . .  .     .    .  .   .    .       .    A   . .  . .   
blockSeqs                     :        .        .        .     .  . G                 . .        .    . . .  .    . .          .         .  .      .    .      .    .    .     .    .  C  .   . .    A           .    . .  .     .    .  .   .    .       .    A   . .  .     
blockSeqs                     :        .        .        .     .  . A                 . .        .    . . .  .    . .          .         .  .      .    .      .    .    .     .    .  T  .   . .    T           .    . .  .     .    .  .   .    .       .    G   . .        
blockSeqs                     :        .        .        .     .  . A                 . .        .    . . .  .    . .          .         .  .      .    .      .    .    .     .    .  C  .   . .    G           .    . .  .     .    .  .   .    .       .    .   . .        
blockSeqs                     :        .        .        .     .  . G                 . .        .    . . .  .    . .          .         .  .      .    .      .    .    .     .    .  T  .   . .    G           .    . .  .     .    .  .   .    .       .                   
blockSeqs                     :        .        .        .     .  . A                 . .        .    . . .  .    . .          .         .  .      .    .      .    .    .     .    .  T  .   . .    T           .    . .  .     .    .  .   .    .       .                   
blockSeqs                     :        .        .        .     .  . A                 . .        .    . . .  .    . .          .         .  .      .    .      .    .    .     .    .  T  .   . .    A           .    . .  .     .    .  .   .                                
blockSeqs                     :        .        .        .     .  . G                 . .        .    . . .  .    . .          .         .  .      .    .      .    .    .     .    .  T  .   . .    G           .    . .  .     .    .  .   .                                
blockSeqs                     :        .        .        .     .  . A                 . .        .    . . .  .    . .          .         .  .      .    .      .    .    .     .    .  T  .   . .    T           .    . .  .     .    .  .                                    
blockSeqs                     :        .        .        .     .  . G                 . .        .    . . .  .    . .          .         .  .      .    .      .    .    .     .    .  C  .   . .    T           .    . .  .     .    .  .                                    
blockSeqs                     :        .        .        .     .  . G                 . .        .    . . .  .    . .          .         .  .      .    .      .    .    .     .    .  T  .   . .    T           .    . .  .     .    .  .                                    
blockSeqs                     :        .        .        .     .  . G                 . .        .    . . .  .    . .          .         .  .      .    .      .    .    .     .    .  T  .   . .    T           .    . .  .     .    .  .                                    
blockSeqs                     :        .        .        .     .  . G                 . .        .    . . .  .    . .          .         .  .      .    .      .    .    .     .    .  T  .   . .    A           .    . .  .     .    .  .                                    
blockSeqs                     :        .        .        .     .  . G                 . .        .    . . .  .    . .          .         .  .      .    .      .    .    .     .    .  T  .   . .    T           .    . .  .     .    .  .                                    
blockSeqs                     :        .        .        .     .  . A                 . .        .    . . .  .    . .          .         .  .      .    .      .    .    .     .    .  .  .   . .    G           .    . .  .     .    .                                       
blockSeqs                     :        .        .        .     .  . G                 . .        .    . . .  .    . .          .         .  .      .    .      .    .    .     .    .  .  .   . .    T           .    . .  .     .    .                                       
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originalCons                  : AAAA-AT--C-AG-AA----G-G-C--A-TC--A-G-A--------------GA-T-----GC-T----A-T-A--G--CCG-A----G-T-TGC----A-G-GT-AA---C-AT--T-T----TCG---AA----G-----T-TT-T--TC-T-G-T-C--T-G---G--GCA-GG----T-G-AG---CCA---TG--A--GG---CC----CTTG--GGC-GTA-T--T-T--A-TATA
finalCons                     : AAAA-AT--C-AG-AA----G-G-C--A-TC--A-G-A--------------GA-T-----GC-T----A-T-A--G--CCG-A----G-T-TGC----A-G-GT-AA---C-AT--T-T----TCG---AA----G-----T-TT-T--TC-T-G-T-C--T-G---G--GCA-GG----T-G-AG---CCA---TG--A--GG---CC----CTTG--GGC-GTA-T--T-T--A-TATA





Alignments
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lowQualScore                  :     8  11 8  8  1111 8 8 11 8  88 5 5555555555555555  5 66666  7 3333 2 5 88 88   5 6666 7 7   6666 7 7  5  000 7  00 7 6666   111  4444 66666 3  8 66 55 5 7 5 88 8 777777   8  8888 7 5  555   111  11 11  888  3333    55   55  1 77 4 44 5    
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Reference ( family-396 )      : AAAA-AT--C-AG-AA----G-G-C--A-TC--A-G-A--------------GA-T-----GC-T----A-T-A--G--CCG-A----G-T-TGC----A-G-GT-AA---C-AT--T-T----TCG---AA----G-----T-TT-T--TC-T-G-T-C--T-G---G--GCA-GG----T-G-AG---CCA---TG--A--GG---CC----CTTG--GGC-GTA-T--T-T--A-TATA
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gi|70378                      : AAAA-AT--C-AA-AA----G-G-T--A-TC--A-G-G--------------GA-T-----GA-T----A-T-A--G--CCG-A----G-T-TACAGCTA-G-GT-AA---C-AT--T-T----TCA---AA----GGCT--T-TC-T--TT-T-G-T-C--T-G---
gi|70379                      : AAAC-AT--C-AG-AC----A-G-C--A-TC--A-GGA--------------GA-T-----GC-T----A-T-ATGG--CCG--------T-TGTCA--A-GTGT-AA---C-AT--T-T----TCAGAAAA----G-----T-CT-T--TC-TTG-T-C--T-G---G--GCA-GGGGTTT-GAAG---CCAC--CG--A--GG---CC----CTTG--
gi|70380                      : AAAA-AT--CCAG-AA----G-G-C--A-TCCCA-G-G--------------AG-T-----GC-TT---A-T-A--G--CCG-A----G-T-TGC------G-GTAAA---C-AT--T-T----TCG---AG----G-----T-TT-T--T------T-C--T-G---T--GTA-TA----T-G-AG---GCA---TG--A--GG---
gi|70381                      : AAAATAT--C-AG-AA----G---C--A-TC--A-G-A--------------GA-T-----GC-T----A-T-AT-G--CGA-A----G-T-TGC----A-G-GT-AA-----AT--T-T----TT----------A-----T-TT-T--TC-T---T-C--T-A---G--gcattttat
gi|70382                      : AAAA-AT--C-AG-TT----G-G-C--T-TC--A-G----------------GT-T-----TT-A----A-A-A--G--CCG-A----G-TCTGC----A-G-G----------------------A---AA----A-----T-TT-T--TT-T-G-T-C--T-G---A--GCA-GGT---T-G-AG---CCAT--TG--A--GG---CA----CTGGGCGGC-GTA-T--
gi|70383                      :  AAA-AG--C-AA-AA----G-G-A--A-TC--G-G-G--------------GA-T-----GC-----------------CA-A----G-T-TGC----A-G-GT-AT---T-AT--T-T----TC-----ATTTTT-----T-TT-T--TT-T-G-T-C--C-A---T--GAA-GG----T-G-AG---CCA---TG--
gi|70384                      :  AAA-AT--C-AG-AA----G-G-C--A-TC--A-G-A--------------GA-T-----GCAT----ATT-A--G--CCG-A----G---TG-----A-G-GT-AA---C-AT--T-T----T-G---AC----A-----T-TT-T-----T-G-T-C--T-G---GA-GCA-GG----T-A-CG---CCAT--TG--AAGAG---CC----CTTA--GGC-ATA-T--TCT--A-TATA
gi|70385                      :  AAA-AT--C-AG-AA----G-G-C--A-TC--A-G-AGATGCTATCAAGGCGA-TCAAGAGC-T----A-T-A--GGCCCG-A----G-G-TGC----A-G--T-A----C-AT--T-T----TTG---AA----G-----T-TT-T--TC-T-G-T-C--T-G---G--GCA-GG----T---AA---CCA---TG-----GG---CC----CTTA--GGC-ATA-T--A-T--A-
gi|70386                      :  AAA-AT--C-AG-AA----G-G-C--A-TC--A-G-A--------------GA-T-----GC-T------T-A--A--GCGCA----G-T-TGC----A-G-GT-AA---C-AT--T-T----TTG---AA----G-------TT-T--TC-T-G---C--T-----G--GC--GA----T-A-AG---CC--------A--GG---CC----A-TA--GGCAATA-T--T-T--A-TAT
gi|70387                      :  AAA-AT--C-AA-AA----G-G-C--A-TC--G-T-G--------------GA-T-----GC-T----A-T-A--G--CGG-A----G-T-TGC----A-G-GT-AA---C-AT--T-T----TCG----A----T-----T-TT-T--TT-T-G-T-C--C-G---T--GAA-GG----T-G-AG---CAA---TG--A--G
gi|70388                      :  AAA-AT--C-AA-A--------------TC--A-G-A--------------GA-T------C-T----A-T-A--G--C-G-A----G-T-TGC----A-G-AT-AA------T--T-T----TTG---AA----G-----T-TT-T--T--T-G-T-C--T-G---A--ACA-GG----T-GAAG---CC----TG--A--G-----C----CTTG--GGC-ATA-T--T-T--A-TA
gi|70389                      :  AAA-ATTAC-AG-AA----G-GGC--A-TC--A-G-AAG------------GA-TA----GC-T----A-T-A--A--CCG-GCCAGG-T-AGC----A-G-GT-AAGGGC-AT--T-TCTTATTG---AA----G-----T-TT-T--TC-T-G-G-C--T-G---G--GCA-GG----T---AG---CCATT-TG--A--GG---CC----CTTA--GGC-ATA-TCGT-T--A-TA
gi|70390                      :  AAA-AT--C-AG-AA----G-G-C--A-TC--A-G-A--------------GA-T-----GT-T----A-C-A--G--CCG-A----G-T-TGC----A-G-GT-AA---C-AT--T-T----TTG---AA----G-----
gi|70391                      :  AAA-AT--C-AA-AACCTTG-G-C--A-TC--G-G-G--------------GA-A-----GC-T----A-T-A--A--CCG-A----G-T-TGC----A-G-GT-AA---C-AT--T-T----TCA---AAT---T-----T-TT-T--TT-T-G-T-C--C-G---T--GAA-GG----T-G-AG---TCA---AG--A--
gi|70392                      :  AAA-AT--C-AA-AA----G-G-C--A-TC--A-A-A--------------GA-T-----GC-T----A-C-A--G--TCG-A----G-T-TGC----G-G-GC-AT---C-AT--T-T----TCA---AA----G-----TATT-T--TT-T-G-T-C--
gi|70393                      :  AAA-AT--C-AA-AGCCCTG-G-T--A-TC--T-G-G--------------GA-T-----GC-T----A-T-A--G--CCG-A----G-T-TGC----A-G-GT-AA---C-AT--G-T----TCG----A----T-----T-TT-T--TT-T-G-T-C--C-G---T--GAA-TG----T-G-AA---CCA---TG--A--
gi|70394                      :  AAA-AG--C-AA-AA----G-G-A--A-TC--G-G-G--------------AA-T-----GC-T----G-T-A--G--CCG-A----G-T-TGC----A-G-GT-AT---T-AT--T-T----TCA---AA----A-----T-TT-TA-TT-T-G-TCC--C-G---T--GAA-GG----T-G-AG---CCA---TG--
gi|70395                      :  AAA-AT--C-AA-AA----G-G-C--A-TC--G-G-G--------------GA-T-----GC------------------------------------A-G-GT-AA---C-AT--T-T----TCG---AA----G-----T-TT-T--T--T-G-T-C--T-G---T--GAA-GG----T-G-AG---CCA---TG--A--G
gi|70396                      :  AAA-AT--C-AG---------G-C--A-TC--G-G----------------GA-A-----GC-TTATAA-T-A--G--TCA-T----G-T-TAC----A-G-GT-AA---C-AT--T-T-----CG---AA----G-----T-TT-T-----T-G-T-CA-T-G---A----A-GG----T-A-TG---CCA---TG--A--G
gi|70397                      :  AAA-AG--C-AA-AA----GAG-CGAA-TC--A-G----------------GA-T-----GC-T----A-T-A--G--CCA-A----GAT-TGC----A-G-GT-AT---T-AT--T-T----TGG---AT----T-----T-TT-T--TT-TGG-T-C--C-GTATG--AT--GG----T-G-AG---CCA---CA--A--G
gi|70398                      :  AAA-AG--C-AA-AA----G-G-T--A--C--G-G-G--------------GA-T-----GC-T----A-T-A--G--CCG-A----G-C-TGC----AGG-GT-AA---T-AT--T-
gi|70399                      :   AA-AT--C-AG-AA----G-G-C--A-TC--A-A-G--------------TA-T-----GC-T----A-T-A--G--CCG-A----G-T-TGC----A-G-AT-AA---C-AT--T-T----TCG---AT----G-----T-TT-TTGTC-T-G-T-G--T-A---T--ACA-TGTA--T-G-AG---CCA---TG--A--GG---CC----TGTG--GGC-ATA-T--ataaataaaaattgaaattttttt
gi|70400                      :           -AG-AA----G-G-C--A-TC--A---A--------------G--T-----GC-T----A-T-A--G--CCG-G----A-T-TGC----A-G-GTTAA---CCAT--T-T----TCG---AA----G-----T-TT-T--CT-T-T-T-C--T-T---G--GCA-GG----T-A-AGTTTTCAAGCTGAAA--GG----C----CTTG--GG
gi|70401                      :           -AA-AA----G-G-A--A-TC--A-G-G--------------GA-T-----GT-T----A-T-A--G--CCG-A----G-T-TGC----A-A----AG---C-------------CG---A------------------------G-T-C--T-G---T--ACA-GG----T-G-AG---CCA---TG--G--GG---CC----CACA--GGC-ATA-T--T-
gi|70402                      :                                --A-G-G--------------GA-T-----GC-T----A-T-A--G--GCA-A----G-T-TGC----A-G-GT-AT---T-AT--T-T----TCG----A----T-----T-TT-T--TT-T-A-T-CCAT-G---AATGTA-AT----T-A-AG---CCA---TG--
gi|70403                      :                                                       -T-----GT-T----T-T-A--G--CCG-A----G-T-GGC----A-G--T-AT---C-AT--T-T----TCG---AA----G-----T-AA-T--TT-T-G-T-C--T-G---T--GCA-GG----T-G-AG---CCA---TG--A--GG---Ccaagtacatttatat
gi|70404                      :                                                         -----GC-T----A-T--------CA-A----G-T-TGC----G-------A---C-AT--T--------G---AA-------------------T-T-G-T-C--T-G---T--GAA-GG----T-G-AA---CCA---TG--A--GG---CC----AGTG--GGC-ATA-T--T-T--A-
gi|70405                      :                                                                                                                                                         -T-G-T-C--T-G---C--GCA-TG----T-G-AG---CCA---TG--A--TG---CC----CATG--GGC-ATA-T--T-T--
gi|70406                      :                                                                                                                                                        t-T-G-T-C--T-G---T--GCA-GA----T-G-AG---CCA---TG--A--GG---CC----CATG--GGC-GTA-T--T-T--