lowQualScore                  :                                                                         1111                                                              
lowQualScore                  :        3333 0 0 0 33333333 22222222 0 2222   0  0 88 11  0 1    1111 00 6666 0  0  0   0 11111 5 111111  0 11 1111 111 00        0 0 0    
lowQualScore                  :        .... . . . ........ ........ . ....   .  . .. ..  . .    .... .. .... .  .  .   . ..... . ......  . .. .... ... ..        . . .    
lowQualScore                  :        5555 8 8 8 66666666 88888888 8 4444   8  8 88 00  8 5    6666 88 6666 6  6  6   6 44444 7 666666  6 44 2222 666 99        6 6 6    
consensus                     :  ACAGAC----A-G-A-C--------G--------G-A----CAG-AA-AG-T--AC-A-AAAA----C--A--NTA-TG-TC-TCC-C-----C-C------TG-G--A----A---G-AGGGGAGAC-A-T-AATT
Reference ( gi|64760 )        :  ACAGAC----A-G-A-C--------G--------G-A----CAG-AA-AA-T--AC-A-AAAA----C--A--TTA-TG-TC-TCC-C-----C-C------TG-G--A----A---G-AGGGGAGAC-A-T-AATT
gi|64762                      :  ACAGAC----A-G-A-C--------G--------G-A----CAG-AA-AG-T--AC-G-AAAA----C--A--ATA-TG-TC-TCC-T-----C-C------TG-G--A----A---G-AGGGGAGAC-A-T-AATT
gi|64764                      :  ACAGAC----A-G-A-C--------G--------G-C----CAG-AA-AG-T--AC-G-AAAA----C--A--ATA-TG-TC-TCC-C-----C-C------TG-G--A----A---G-AGGGGAGGC-A-T-AATT
gi|64759                      :  ACAGAC----A-G-A-C--------G--------G-A----CAG-AA-AG-T--AC-A-AAAA----C--A--T----G-TC-TCC-C-----C-C------TG-G--A----A---G-AGGGGAGAC-A-T-AAT
gi|64757                      :  ACAGAC----A-G-A-C--------G--------G-A----CAG-AA-AG-T--AC-A-AAAA----C--A----A-TG-TC-TCC-C-----C-T------TG-G--A----A---G-AGGGGAGAC-A-T-AAT
gi|64763                      :  ACAGAC----A-G-A-C--------G--------G-A----CAG-AA-AG-T--AC-A-AAAA----C--A--ATA-TG-TC-T---C-----C-C------TG-G--A----A---G-AGGGGAGAC-A-T-AACT
gi|64770                      :  ACGGAT----G-G-A-C--------G--------G-A----CAG-AA-AG-T--AC-A-AAAA----C--A--ATA-TG-TC-TCC-C-----C-C------TG-G--A----A---G-AGGGGAGAC-G-T-AATa
gi|64761                      :  ACAGAC----A-G-A-T--------G--------G-A----CAG-AA-AG-T--AC-G-AAAA----C--A----A-TA-TC-TCC-C-----C-C------TG-G--A----A---G-AGGGGAGAC-A-T-AATT
gi|64772                      :  ACAGAC----A-G-A-C--------G--------A-C----CAG-AA-AG-T--AC-A-AAAA----C--A--ATA-TG-TC-TCC-C-----C-C------TG-G--A----A---G-AGGGGAACC-A-T-AAT
gi|64771                      :  ACAGAC----A-G-A-C--------G--------G-C----CAG-AA-AG-T--A----AAAA----C--A--ATA-TG-TC-TCC-C-----C-C------TG-G--A----A---G-AGGGGAGAC-A---AATT
gi|64767                      :  ACAGAC----A-G-A-T--------G--------G-A----CAG-AA-AG-T--AC-A-AAAA----C--A--AAT-TG-TC-TTC-C-----C-C------TG-G--A----A---G-AGAGGAGAC-A-T-AATa
gi|64768                      :  ACAGAT----G-G-A-C--------A--------G-A----CAG-AA-AG-T--AC-A-ATAA----C--A--T----G-TC-TCC-C-----C-C------TG-G--A----A---G-AGGGGAGAC-A-T-AATT
gi|64773                      :  ACGGAC----A-A-A-T--------G--------G-A----TAG-AA-AG-T--AC-G-AAAA----C--A--ATA-TG-TC-TCC-C-----C-C------TG-G--A----A---G-AGGGGAGAC-A-TCAATa
gi|64765                      :  ACAGGC----A-G-A-C--------G--------G-A----CAG-AA-AG-T--AC-A-AAAA-------A--C-A-TG-TC-TCC-C-----C-C------TG-G--A----A---G-AGGGGAGACAA-T-AAT
gi|64766                      :  ACAGGC----A-G-A-C--------G--------G-AA---CAG-AA-AG-T--AC-A-AAAA----C--A--T----G-TC-TCC-C-----C-C------TG-G--A--------G-AGGGGAGAC-A-T-AAT
gi|64769                      :  ACTGAC----A-G-C-C--------A--------G-A----CAG-AA-AG-T--AT-A-AAAA----C--A----A-TG-TC-TCC-C-----C-C------TG-G--A----A---G-GGTGGAGAC-A-T-AATT
gi|64778                      :  ACAAAC----A-G-A-C--------G--------G-A----CAG-GA-AAGT--AC-ATAAAA----C--A--ATA-TG-TC-TCC-C-----C-C------TG-G--A----A---GAAAGGGAGAA-A-T-AGTa
gi|64776                      :  ACAGACGACCA-G-A-C--------G--------G-A----CAG-AA-AG-T--AC-G-AAAA----C--A--ACA-TG-TC-T-T-C-----C-C------TG-G--A----A---G-AGGGGAAAC-A-T-AA
gi|64775                      :  ACAGACGACCA-G-A-C--------G--------G-A----CAG-AA-AG-T--AC-G-AAAA----C--A--ACA-TG-TC-T-T-C-----C-C------TG-G--A----A---G-AGGGGAAAC-A-T-AA
gi|64780                      :  ACAGAC----G-G-A-CTGATGGAAG--------G-A----CAG-AA-AG-T--AC-A-AAAC----C--A--ATA-TG-TA-TCC-C-----C-C------TG-A--A----A---A-AGGGGAGAC-A-T-AAT
gi|64758                      :  ACAGAC----A-G-A-C--------G--------G-C----CAG-AA---------------------------TA-TG-TC-TCC-C-----C-C------TG-G--A----A---G-AGGGGAGAC-A-T-AATT
gi|64779                      :  ACAGAC----A-G-A-C--------GAACGAAATG-A----CAG-AA-AG-T--AC-A-AAAA----C--A--GTA-TG-TA-TCC-C-----T-C------TG-T--A----A---G-AGGAGAGGT-A-T-AATTa
gi|64782                      :  ACAAAC----A-G-A-C--------G--------G-A----CAG-AA-TG-T--AC-G-AAAA----C--A--ATA-TG-TC-CAC-C-----C-C------TG-G--A----G---A-AGGGAAGAC-A-T-Aa
gi|64783                      :  ACAGAC----T-G-A-C--------G--------G-G----TAG-AA-AA-T--AC-A-AAAA----C--A--ATA-CC-CC-CCC-C-----C-C------TG-G--A----A---G-ACAGGAGAC-A-T-AA
gi|64796                      :  ACAGAC----T-G-A-C--------A--------G-AAACTTAG-AA-AAGT--AC-A-AAAA----T--A----A-TG-TC-TCT-C-----C-C------TG-A--A----A---G-AGGGGAGAC-A-T-AATTata
gi|64784                      : gACGAAC----A-G-A-C--------G--------G-A----CA---A-AA-T--AC-A-AAA------------CA-TG-TC-TCC-C-----C-C------TG-GA-A----A---G-AAAGGAGAC-A-T-AA
gi|64781                      :  ACAGAC----A-GCA-C--------C--------GTG----CAG-AA-AG-T--AC-GCAAAA----C--A--A-A-TGGTC-TAC-C-----C-C------TG-G--A----A---G-AGGGGAGAC-A-T-AATT
gi|64774                      :  ACAGAC----A-G-A-C--------G--------A-A----CAG-AA-AG-T--AT-A-AAAA----C--A----A-TG-TT-T---------C-A------TG-A--A----A---G-AGGGGAGAC-G-T-AAT
gi|64777                      :  ATAGAT----A-G-A-C--------G--------G-A----CAG-AA-AG-T--AC-A-AAAA----C--A----A-TG-CG-TCT-T-----C-T------GG-G--A----A---G-AGAGAAGAC-A-T-AAT
gi|64785                      :  ACGGAC----A-G-T-T--------G--------G-A----CAT-AA-AG-T--AC-A-AAAA----CCAA--T---TG-TC-T-C-C-----C-C------TG-G--A----A---G-AGAGGTGAC-A-T-AGT
gi|64787                      :  ACAGAC----A-G-A-C--------G--------G-A----CAG-G---------CTA-AAAA----C--A--ATA-TG-TC-TCC-C-----C-A------CC-A--A----AGTGG-GGGGGAGAC-A-T-AACT
gi|64786                      :  ACAGAC----A-G-A-C--------A--------G-A----CGG-AA-AG-T--AC-A-AAAA----C--A----A-TG-TC-TCC-a
gi|64789                      :   CGGAC----A-G-G-T--------G--------G-A----CAG-GA-CA-T--AT-A-AAAA----C--A--ATG-TA-TT-TCC-T-----C-C------CG-G--A----A---G-ATGGGAGAC-A-T-AAT
gi|64788                      :   CAGAT----G-G-A-CA-------G--------G-A----CAA-AA-AG-TTAAC-G-AAAA----C--A----A-TG-TC-TTC-C-----A-C------TG-GGAA----A---G-AGGGGAGA--A-T-AATT
gi|64790                      :    AGAC----A-G-A-C--------A--------G-A----CAG-AA-AG-T--AC-A-AAAA----C--A--ATA-TG-TC-TCC-C-----C-C------TG-G-----------G-AGGGGAAAC-A-T-AAa
gi|64791                      :    AGAC----A-G-A-C--------G--------G-A----CAG-GC--------C-A-AAAA----C--A--ATA-TG-TC-TCC-C-----CAC------TA-A--A----GT--G-GGGGGAGAC-A-T-AATT
gi|64806                      :    AGAC----A-G-A-C--------A--------A-A----AAGTAA-AA-T---T-A-AAAA----C--A--T----A-TC-TCC-C-----C-C------TG-G--A----A-----AAGGGAGAC-A-T-AATTa
gi|64793                      :     GAC----A-G-A-C--------A--------G-A----CAG-AA-AG-T--AC-A-AAAA----C--A--ATA-TG-TA-TCC-C-----C-C------TG-G--A----A---G-GAGGGAGAC-A-T-AATT
gi|64794                      :     GAC----A-G-A-C--------G--------G-A----CAG-AA-GC-T--AC-A-AAAA----A--A--ATA-TG-TC-TCC-A-----C-C------TG-G--A----A---G-AGGGGAGAC-A-T-AATTa
gi|64797                      :     GAC----A-G-A-C--------G--------G-A----CAT-AA-AG-T--AC-A-GAGA----C--A--ATA-TA-TC-TCC-C-----C-C------TG-G--A----A---C-AGGGAAGAC-A-T-AATa
gi|64792                      :     GAC------G-A-C--------G--------G-C----CAG-AA-AG-T--AC-A-AAAAAAACC--A--ATA-TG-TC-TCC-C-----C-C------TG-G--A----A---G-A-GGGAGAC-A-G-AATT
gi|64798                      :     GAC----A-G-A-T--------A--------G-A----CAG-GA-AG-T--GC-A-AAAA----C--A--GCA-TG-TC-TCC-A-----C-C------TG-A--A----A---G-AAGGGAGAC-A-T-AA
gi|64800                      :     GAC----A-G-AGC--------G--------G-C----CAG-GA-AAGT--AC-A-AAA-----C--A--GTA-TG-TCCTCC-C-----C-C------TG-G--A----A---G-AGGG-AGAC-A-T-AATT
gi|64795                      :     GAC----A-G-A-C--------G--------G-C----CAG-AA-AG-T--AC-G-AAAA----C--A----A-TG-TC-TCC-C-----C-T---------G--A----A---G-AGGGGAGAC-A-T-AA
gi|64802                      :     GAC----A-G-A-C--------A--------G-A----CAG-GA-AT-C--AC-A-AAAA----C--A--ATA-TA-TC-TCC-T-----A-C------AG-G--A----A---G-ATGGGAGAC-A-T-AAatta
gi|64803                      :     GAC----AAG-A-C--------A--------G-A----CAG-GA-AG-T--AC-A-AAAA----C--A--ACA-TG-TC-TCC-A-----C-C------TGCA--A----A---A-AAGGGATAC-A-T-AAata
gi|64799                      :     GGC----A-G-A-C--------T--------A-A----CAG-AT-G--T--AC-A-GAAA----T--A----A-TG-TC-TCC-C-----C-C------TG-G--A----A---G-AGGAAAGAC-A-T-AATata
gi|64801                      :     GGC----A-G-A-C--------T--------A-A----CAG-AT-G--T--AC-A-GAAA----T--A----A-TG-TC-TCC-C-----C-C------TG-G--A----A---G-AGGAAAGAC-ATT-AAT
gi|64804                      :      AC----A-G-A-C--------G--------G-A----CAG-AA-AG-T--AT-T-AAAA----C--AATTTG-TA-TA-TCT-C-----T-T------TG-G--A----A---G-AGGGGAGAC-A-T-AA
gi|64805                      :       C----A-G-A-C--------C--------G-A----CAG-AA-AG-T--AC-A-AAA-----C--A----A-TG-TC-TCT-C-----C--------TG-G--A----A---G-AGGGGAGAC-A-T-A
gi|64807                      :             -G-A-C--------T--------G-A----TAG-AATAACT--AC-A-AATA----C--A----A-TG-TC-TCC-C-----C-C------TG-G--A----A---G-AAGGGAGAC-A-T-tta
gi|64808                      :                   --------G--------G-A----CAG-AT----T--AC-A-AAAA----C--A----A-GG-TC-TCC-C-----C-C------TG-G--G----A---G-AGGGGAGAC-A-T-AA
gi|64809                      :                            --------G-G----CAA-GA-AG-T--AC-T-AAAA----C--A--TCA-TG-TC-TCC-A-----C-C------TG-G--A----A---G-AAGGGAGAC-A-T-AA
gi|64810                      :                                             G-AA-AA-A--AA-A-AAAA----C--A----A-TG-CC-TCC-C-----C--------TG-G--A----A---G-AGGGGAGAC-A-T-AATTata
gi|64811                      :                                                            -AAAA----C--A--ATAATG-TC-TCC-C-----C-C------TG-G--A----A---G-A-GGGAGAC-A-T-AATa
gi|64762                      :                                                                      --A--TTA-TG-TC-TCC-C-----CTC------TT-C--C----A---G--GAGGAGAC-A-T-Aca
gi|64764                      :                                       acagacagacggacagaaagtacgaaaacaa--A--TTA-TG-CC-TCC-C-----CTC------TT-C--C----A---G--GGGGAGAC-A-T-At
gi|64759                      :                                       acagacagacggccagaaagtacgaaaacaa--A--TTA-TG-TC-TCC-C-----CTC------TT-C--C----A---G--GGGGAGAC-A-T-t
gi|64757                      :                                         acagacagacggacagaaagtacaaaaac--A--TTA-TG-TC-TCC-C-----CTC------TT-C--C----A-----AGGGGAGAC-A-T-
gi|64770                      :                                        acagacagacggacagaaagtacaaaaaca--A--TTA-CG-TC-TCC-C-----CTC------TT-C--C----A---G--GGGGAGAC-A-T-A
gi|64768                      :                                       acggatggacggacagaaagtacaaaaacaa--A--TTA-TG-TC-TCC-C-----CTC------TT-C--C----A---G--GGGGAGAC-A-T-
gi|64766                      :                                         acagatggacagacagaaagtacaataac--A--TTA-TG-TC-TCC-C-----CTC------TC-C--A----------GGGGGAGAC-A-T-ta
gi|64769                      :                                        acaggcagacggaacagaaagtacaaaaac--A--TTA-TG-TC-TCCAC-----C-C------TT-C--C----A---G--GGGGAGAC-A-T-
gi|64758                      :                                        actgacagccagacagaaagtataaaaaca--A--TTA-TG-TC-TCC-C-----CTC------TT-C--C----A---G--GGGGAGAC-A-T-Ata
gi|64792                      :                                                    acagacagacggccagaa--A--TTC-TG-TC-TCC-C-----T-C------TT-C--C----A---G--GGGGAGAC-A-T-Ata
gi|64800                      :                                       gacgacggccagaaagtacaaaaaaaaccaa--A--TTA-TG-TC-TCC-C-----T-C------TT-C--C----A---G-GGGGAGGAC-A-T-At
gi|64796                      :                                         gacagagcggccaggaaagtacaaaacag--A--TTA-TG-TC-TCC-C-----CTC------TT-T--C----A---G--GGAGAGAC-A-T-TATTt
gi|64791                      :                                      gacagactgacagaaacttagaaaagtacaaa--A--TTA-TG-TC-TCC-C-----C-C------C-----ACTTTA---G-TGGGGAGAC-A-T-At
gi|64811                      :                                             agacagacggacaggccaaaaacaa--A--TTA-TG-TC-TCC-C-----T-C------TT-C--C----A---G--GGGGAGAC-A-T-TATTta
gi|64812                      :                                                                 aaaac--A--TTA-TG-TC-TCC-CCTCTTC-C------TG----------------GGGGAGAC-A-T-ca
gi|64787                      :                                                                         --TTA-TG-TC-TCC-C-----C-CCCACTTTG-------------G-TGGGGAGAC-A-T-A
gi|64812                      :                                                  acagacagacggacaggctaaaaacaaA-TG-TC-TCC-C-----C-C------AG-G--A----A---G-AGGGGAGAC-A-T-AATcta





Alignments
lowQualScore                  :                                                                             11                                               
lowQualScore                  :       3333 0 0 0 33333333 22222222 0 0   1  11 333333333  11   1 11   2222  33 0  11  0     0   0 11  222 0         0 0 0    
lowQualScore                  :       .... . . . ........ ........ . .   .  .. .........  ..   . ..   ....  .. .  ..  .     .   . ..  ... .         . . .    
lowQualScore                  :       4444 8 8 8 66666666 77777777 8 8   5  00 000000000  00   5 00   3333  99 7  77  7     7   7 77  000 7         7 7 7    
consensus                     : ACAGAC----A-G-A-C--------G--------G-A-CAG-AA--A---------GT--ACA-A--AAA----CAATA-TG--TC-TCCCC-CTG-G--AA---G-AGGGGAGAC-A-T-AATT
Reference ( family-395 )      : ACAGAC----A-G-A-C--------G--------G-A-CAG-AA--A---------GT--ACA-A--AAA----CANTA-TG--TC-TCCCC-CTG-G--AA---G-AGGGGAGAC-A-T-AATT
gi|64757                      : ACAGAC----A-G-A-C--------G--------G-A-CAG-AA--A---------GT--ACA-A--AAA----CA--A-TG--TC-TCCCC-TTG-G--AA---G-AGGGGAGAC-A-T-AAT
gi|64758                      : ACAGAC----A-G-A-C--------G--------G-C-CAG-AA---------------------------------TA-TG--TC-TCCCC-CTG-G--AA---G-AGGGGAGAC-A-T-AATT
gi|64759                      : ACAGAC----A-G-A-C--------G--------G-A-CAG-AA--A---------GT--ACA-A--AAA----CA----TG--TC-TCCCC-CTG-G--AA---G-AGGGGAGAC-A-T-AATa
gi|64760                      : ACAGAC----A-G-A-C--------G--------G-A-CAG-AA--A---------AT--ACA-A--AAA----CATTA-TG--TC-TCCCC-CTG-G--AA---G-AGGGGAGAC-A-T-AATT
gi|64761                      : ACAGAC----A-G-A-T--------G--------G-A-CAG-AA--A---------GT--ACG-A--AAA----CAATA-----TC-TCCCC-CTG-G--AA---G-AGGGGAGAC-A-T-AATT
gi|64762                      : ACAGAC----A-G-A-C--------G--------G-A-CAG-AA--A---------GT--ACG-A--AAA----CAATA-TG--TC-TCCTC-CTG-G--AA---G-AGGGGAGAC-A-T-AATT
gi|64763                      : ACAGAC----A-G-A-C--------G--------G-A-CAG-AA--A---------GT--ACA-A--AAA----CAATA-TG--TC-T--CC-CTG-G--AA---G-AGGGGAGAC-A-T-AACT
gi|64764                      : ACAGAC----A-G-A-C--------G--------G-C-CAG-AA--A---------GT--ACG-A--AAA----CAATA-TG--TC-TCCCC-CTG-G--AA---G-AGGGGAGGC-A-T-AATTa
gi|64765                      : ACAGGC----A-G-A-C--------G--------G-A-CAG-AA--A---------GT--ACA-A--AAA------ACA-TG--TC-TCCCC-CTG-G--AA---G-AGGGGAGACAA-T-AAT
gi|64766                      : ACAGGC----A-G-A-C--------G--------G-AACAG-AA--A---------GT--ACA-A--AAA----C---A-TG--TC-TCCCC-CTG-G---A---G-AGGGGAGAC-A-T-AAT
gi|64767                      : ACAGAC----A-G-A-T--------G--------G-A-CAG-AA--A---------GT--ACA-A--AAA----CAAAT-TG--TC-TTCCC-CTG-G--AA---G-AGAGGAGAC-A-T-AAT
gi|64768                      : ACAGAT----G-G-A-C--------A--------G-A-CAG-AA--A---------GT--ACA-A--TAA----CA----TG--TC-TCCCC-CTG-G--AA---G-AGGGGAGAC-A-T-AATT
gi|64769                      : ACTGAC----A-G-C-C--------A--------G-A-CAG-AA--A---------GT--ATA-A--AAA----CA--A-TG--TC-TCCCC-CTG-G--AA---G-GGTGGAGAC-A-T-AATTa
gi|64770                      : ACGGAT----G-G-A-C--------G--------G-A-CAG-AA--A---------GT--ACA-A--AAA----CAATA-TG--TC-TCCCC-CTG-G--AA---G-AGGGGAGAC-G-T-AATa
gi|64771                      : ACAGAC----A-G-A-C--------G--------G-C-CAG-AA--A---------GT--A---A--AAA----CAATA-TG--TC-TCCCC-CTG-G--AA---G-AGGGGAGAC-A---AATT
gi|64772                      : ACAGAC----A-G-A-C--------G--------A-C-CAG-AA--A---------GT--ACA-A--AAA----CAATA-TG--TC-TCCCC-CTG-G--AA---G-AGGGGAACC-A-T-AATa
gi|64773                      : ACGGAC----A-A-A-T--------G--------G-A-TAG-AA--A---------GT--ACG-A--AAA----CAATA-TG--TC-TCCCC-CTG-G--AA---G-AGGGGAGAC-A-TCAAT
gi|64774                      : ACAGAC----A-G-A-C--------G--------A-A-CAG-AA--A---------GT--ATA-A--AAA----CA--A-TG--TT-T---C-ATG-A--AA---G-AGGGGAGAC-G-T-AAT
gi|64775                      : ACAGACGACCA-G-A-C--------G--------G-A-CAG-AA--A---------GT--ACG-A--AAA----CAACA-TG--TC-T-TCC-CTG-G--AA---G-AGGGGAAAC-A-T-AA
gi|64776                      : ACAGACGACCA-G-A-C--------G--------G-A-CAG-AA--A---------GT--ACG-A--AAA----CAACA-TG--TC-T-TCC-CTG-G--AA---G-AGGGGAAAC-A-T-AA
gi|64777                      : ATAGAT----A-G-A-C--------G--------G-A-CAG-AA--A---------GT--ACA-A--AAA----CAATG-CG--TC-T--TC-TGG-G--AA---G-AGAGAAGAC-A-T-AAT
gi|64778                      : ACAAAC----A-G-A-C--------G--------G-A-CAGGAA--A---------GT--ACATA--AAA----CAATA-TG--TC-TCCCC-CTG-G--AA---GAAAGGGAGAA-A-T-AGT
gi|64779                      : ACAGAC----A-G-A-C--------GAACGAAATG-A-CAG-AA--A---------GT--ACA-A--AAA----CAGTA-TG--TA-TCCCT-CTG-T--AA---G-AGGAGAGGT-A-T-AATT
gi|64780                      : ACAGAC----G-G-A-CTGATGGAAG--------G-A-CAG-AA--A---------GT--ACA-A--AAC----CAATA-TG--TA-TCCCC-CTG-A--AA---A-AGGGGAGAC-A-T-AATa
gi|64781                      : ACAGAC----A-GCA-C--------C--------GTG-CAG-AA--A---------GT--ACGCA--AAA----CAA-A-TGG-TC-TACCC-CTG-G--AA---G-AGGGGAGAC-A-T-AATT
gi|64782                      : ACAAAC----A-G-A-C--------G--------G-A-CAG-AA--T---------GT--ACG-A--AAA----CAATA-TG--TC-CACCC-CTG-G--AG---A-AGGGAAGAC-A-T-A
gi|64783                      : ACAGAC----T-G-A-C--------G--------G-G-TAG-AA--A---------AT--ACA-A--AAA----CAATA-CC--CC-CCCCC-CTG-G--AA---G-ACAGGAGAC-A-T-AA
gi|64784                      : ACGAAC----A-G-A-C--------G--------G-A-CAA-AA-------------T--ACA-A--AA--------CA-TG--TC-TCCCC-CTG-GA-AA---G-AAAGGAGAC-A-T-AAata
gi|64785                      : ACGGAC----A-G-T-T--------G--------G-A-CAT-AA--A---------GT--ACA-A--AAAC---CAAT--TG--TC-T-CCC-CTG-G--AA---G-AGAGGTGAC-A-T-AGT
gi|64786                      : ACAGAC----A-G-A-C--------A--------G-A-CGG-AA--A---------GT--ACA-A--AAA----CA--A-TG--TC-TCC
gi|64787                      : ACAGAC----A-G-A-C--------G--------G-A-CAG---------------GC---TA-A--AAA----CAATA-TG--TC-TCCCC-ACC-A--AAGTGG-GGGGGAGAC-A-T-AACT
gi|64788                      :  CAGAT----G-G-A-CA-------G--------G-A-CAA-AA--A---------GTTAACG-A--AAA----CA--A-TG--TC-TTCCA-CTG-GGAAA---G-AGGGGAGA--A-T-AATTa
gi|64789                      :  CGGAC----A-G-G-T--------G--------G-A-CAG-GA--C---------AT--ATA-A--AAA----CAATG-TA--TT-TCCTC-CCG-G--AA---G-ATGGGAGAC-A-T-AATa
gi|64790                      :   AGAC----A-G-A-C--------A--------G-A-CAG-AA--A---------GT--ACA-A--AAA----CAATA-TG--TC-TCCCC-CTG-G-------G-AGGGGAAAC-A-T-AA
gi|64791                      :   AGAC----A-G-A-C--------G--------G-A-CAG---------------GC---CA-A--AAA----CAATA-TG--TC-TCCCCACTA-A--AGT--G-GGGGGAGAC-A-T-AATT
gi|64792                      :    GAC------G-A-C--------G--------G-C-CAG-AA--A---------GT--ACA-A--AAAAAACCAATA-TG--TC-TCCCC-CTG-G--AA---G-A-GGGAGAC-A-G-AATTa
gi|64793                      :    GAC----A-G-A-C--------A--------G-A-CAG-AA--A---------GT--ACA-A--AAA----CAATA-TG--TA-TCCCC-CTG-G--AA---G-GAGGGAGAC-A-T-AATT
gi|64794                      :    GAC----A-G-A-C--------G--------G-A-CAG-AA--G---------CT--ACA-A--AAA----AAATA-TG--TC-TCCAC-CTG-G--AA---G-AGGGGAGAC-A-T-AATTa
gi|64795                      :    GAC----A-G-A-C--------G--------G-C-CAG-AA--A---------GT--ACG-A--AAA----CA--A-TG--TC-TCCCC-T---G--AA---G-AGGGGAGAC-A-T-AAa
gi|64796                      :    GAC----A-G-A-C--------T--------G-A-CAG-AA--ACTTAGAAAAGT--ACA-A--AAA----TA--A-TG--TC-TCTCC-CTG-A--AA---G-AGGGGAGAC-A-T-AATTatta
gi|64797                      :    GAC----A-G-A-C--------G--------G-A-CAT-AA--A---------GT--ACA-G--AGA----CAATA-TA--TC-TCCCC-CTG-G--AA---C-AGGGAAGAC-A-T-AAT
gi|64798                      :    GAC----A-G-A-T--------A--------G-A-CAG-GA--A---------GT--GCA-A--AAA----CAGCA-TG--TC-TCCAC-CTG-A--AA---G-AAGGGAGAC-A-T-AA
gi|64799                      :    GGC----A-G-A-C--------T--------A-A-CAG-AT------------GT--ACA-G--AAA----TA--A-TG--TC-TCCCC-CTG-G--AA---G-AGGAAAGAC-A-T-AAT
gi|64800                      :    GAC----A-G-AGC--------G--------G-C-CAGGAA--A---------GT--ACA-A--AA-----CAGTA-TG--TCCTCCCC-CTG-G--AA---G-AGGG-AGAC-A-T-AATT
gi|64801                      :    GGC----A-G-A-C--------T--------A-A-CAG-AT------------GT--ACA-G--AAA----TA--A-TG--TC-TCCCC-CTG-G--AA---G-AGGAAAGAC-ATT-AAT
gi|64802                      :    GAC----A-G-A-C--------A--------G-A-CAG-GA--A---------TC--ACA-A--AAA----CAATA-TA--TC-TCCTA-CAG-G--AA---G-ATGGGAGAC-A-T-AA
gi|64803                      :    GAC----AAG-A-C--------A--------G-A-CAG-GA--A---------GT--ACA-A--AAA----CAACA-TG--TC-TCCAC-CTGCA--AA---A-AAGGGATAC-A-T-AAata
gi|64804                      :     AC----A-G-A-C--------G--------G-A-CAG-AA--A---------GT--ATT-A--AAA----CAATT-TGTATA-TCTCT-TTG-G--AA---G-AGGGGAGAC-A-T-AAata
gi|64805                      :      C----A-G-A-C--------C--------G-A-CAG-AA--A---------GT--ACA-A--AA-----CA--A-TG--TC-TCTCC--TG-G--AA---G-AGGGGAGAC-A-T-A
gi|64806                      :       ----A-G-A-C--------A--------G-A-CAA-AA--A---------GT--AAA-ATTAAA-----AACA-TA--TC-TCCCC-CTG-G--AA-----AAGGGAGAC-A-T-AATTtta
gi|64807                      :            -G-A-C--------T--------G-A-TAG-AATAA---------CT--ACA-A--ATA----CA--A-TG--TC-TCCCC-CTG-G--AA---G-AAGGGAGAC-A-T-
gi|64808                      :                  --------G--------G-A-CAG-A-------------TT--ACA-A--AAA----CA--A-GG--TC-TCCCC-CTG-G--GA---G-AGGGGAGAC-A-T-AA
gi|64809                      :                           --------G-G-CAA-GA--A---------GT--ACT-A--AAA----CATCA-TG--TC-TCCAC-CTG-G--AA---G-AAGGGAGAC-A-T-AA
gi|64810                      :                                         G-AA--A---------AA--AAA-A--AAA----CA--A-TG--CC-TCCCC--TG-G--AA---G-AGGGGAGAC-A-T-AATTata
gi|64811                      :                                                                -A--AAA----CAATAATG--TC-TCCCC-CTG-G--AA---G-A-GGGAGAC-A-T-AATa
gi|64812                      :                                                                               A-TG--TC-TCCCC-CAG-G--AA---G-AGGGGAGAC-A-T-AATca





Alignments
lowQualScore                  :       3333 0 0 0 33333333 22222222 0 0   1  11 333333333  11   1 11   2222    33  11  0     0   0 11  222 0         0 0 0    
lowQualScore                  :       .... . . . ........ ........ . .   .  .. .........  ..   . ..   ....    ..  ..  .     .   . ..  ... .         . . .    
lowQualScore                  :       4444 8 8 8 66666666 77777777 8 8   5  00 000000000  00   5 00   3333    22  77  7     7   7 77  000 7         7 7 7    
consensus                     : ACAGAC----A-G-A-C--------G--------G-A-CAG-AA--A---------GT--ACA-A--AAA----CAATA-TG--TC-TCCCC-CTG-G--AA---G-AGGGGAGAC-A-T-AATT
Reference ( family-395 )      : ACAGAC----A-G-A-C--------G--------G-A-CAG-AA--A---------GT--ACA-A--AAA----CAATA-TG--TC-TCCCC-CTG-G--AA---G-AGGGGAGAC-A-T-AATT
gi|64757                      : ACAGAC----A-G-A-C--------G--------G-A-CAG-AA--A---------GT--ACA-A--AAA----CA--A-TG--TC-TCCCC-TTG-G--AA---G-AGGGGAGAC-A-T-AAT
gi|64758                      : ACAGAC----A-G-A-C--------G--------G-C-CAG-AA---------------------------------TA-TG--TC-TCCCC-CTG-G--AA---G-AGGGGAGAC-A-T-AATT
gi|64759                      : ACAGAC----A-G-A-C--------G--------G-A-CAG-AA--A---------GT--ACA-A--AAA----CA----TG--TC-TCCCC-CTG-G--AA---G-AGGGGAGAC-A-T-AATa
gi|64760                      : ACAGAC----A-G-A-C--------G--------G-A-CAG-AA--A---------AT--ACA-A--AAA----CATTA-TG--TC-TCCCC-CTG-G--AA---G-AGGGGAGAC-A-T-AATT
gi|64761                      : ACAGAC----A-G-A-T--------G--------G-A-CAG-AA--A---------GT--ACG-A--AAA----CAATA-----TC-TCCCC-CTG-G--AA---G-AGGGGAGAC-A-T-AATT
gi|64762                      : ACAGAC----A-G-A-C--------G--------G-A-CAG-AA--A---------GT--ACG-A--AAA----CAATA-TG--TC-TCCTC-CTG-G--AA---G-AGGGGAGAC-A-T-AATT
gi|64763                      : ACAGAC----A-G-A-C--------G--------G-A-CAG-AA--A---------GT--ACA-A--AAA----CAATA-TG--TC-T--CC-CTG-G--AA---G-AGGGGAGAC-A-T-AACT
gi|64764                      : ACAGAC----A-G-A-C--------G--------G-C-CAG-AA--A---------GT--ACG-A--AAA----CAATA-TG--TC-TCCCC-CTG-G--AA---G-AGGGGAGGC-A-T-AATTa
gi|64765                      : ACAGGC----A-G-A-C--------G--------G-A-CAG-AA--A---------GT--ACA-A--AAA------ACA-TG--TC-TCCCC-CTG-G--AA---G-AGGGGAGACAA-T-AAT
gi|64766                      : ACAGGC----A-G-A-C--------G--------G-AACAG-AA--A---------GT--ACA-A--AAA----CA----TG--TC-TCCCC-CTG-G--A----G-AGGGGAGAC-A-T-AAT
gi|64767                      : ACAGAC----A-G-A-T--------G--------G-A-CAG-AA--A---------GT--ACA-A--AAA----CAAAT-TG--TC-TTCCC-CTG-G--AA---G-AGAGGAGAC-A-T-AAT
gi|64768                      : ACAGAT----G-G-A-C--------A--------G-A-CAG-AA--A---------GT--ACA-A--TAA----CA----TG--TC-TCCCC-CTG-G--AA---G-AGGGGAGAC-A-T-AATT
gi|64769                      : ACTGAC----A-G-C-C--------A--------G-A-CAG-AA--A---------GT--ATA-A--AAA----CAAT---G--TC-TCCCC-CTG-G--AA---G-GGTGGAGAC-A-T-AATTa
gi|64770                      : ACGGAT----G-G-A-C--------G--------G-A-CAG-AA--A---------GT--ACA-A--AAA----CAATA-TG--TC-TCCCC-CTG-G--AA---G-AGGGGAGAC-G-T-AATa
gi|64771                      : ACAGAC----A-G-A-C--------G--------G-C-CAG-AA--A---------GT--A---A--AAA----CAATA-TG--TC-TCCCC-CTG-G--AA---G-AGGGGAGAC-A---AATT
gi|64772                      : ACAGAC----A-G-A-C--------G--------A-C-CAG-AA--A---------GT--ACA-A--AAA----CAATA-TG--TC-TCCCC-CTG-G--AA---G-AGGGGAACC-A-T-AATa
gi|64773                      : ACGGAC----A-A-A-T--------G--------G-A-TAG-AA--A---------GT--ACG-A--AAA----CAATA-TG--TC-TCCCC-CTG-G--AA---G-AGGGGAGAC-A-TCAAT
gi|64774                      : ACAGAC----A-G-A-C--------G--------A-A-CAG-AA--A---------GT--ATA-A--AAA----CA--A-TG--TT-T---C-ATG-A--AA---G-AGGGGAGAC-G-T-AAT
gi|64775                      : ACAGACGACCA-G-A-C--------G--------G-A-CAG-AA--A---------GT--ACG-A--AAA----CAACA-TG--TC-T-TCC-CTG-G--AA---G-AGGGGAAAC-A-T-AA
gi|64776                      : ACAGACGACCA-G-A-C--------G--------G-A-CAG-AA--A---------GT--ACG-A--AAA----CAACA-TG--TC-T-TCC-CTG-G--AA---G-AGGGGAAAC-A-T-AA
gi|64777                      : ATAGAT----A-G-A-C--------G--------G-A-CAG-AA--A---------GT--ACA-A--AAA----CAATG-CG--TC-T--TC-TGG-G--AA---G-AGAGAAGAC-A-T-AAT
gi|64778                      : ACAAAC----A-G-A-C--------G--------G-A-CAGGAA--A---------GT--ACATA--AAA----CAATA-TG--TC-TCCCC-CTG-G--AA---GAAAGGGAGAA-A-T-AGT
gi|64779                      : ACAGAC----A-G-A-C--------GAACGAAATG-A-CAG-AA--A---------GT--ACA-A--AAA----CAGTA-TG--TA-TCCCT-CTG-T--AA---G-AGGAGAGGT-A-T-AATT
gi|64780                      : ACAGAC----G-G-A-CTGATGGAAG--------G-A-CAG-AA--A---------GT--ACA-A--AAC----CAATA-TG--TA-TCCCC-CTG-A--AA---A-AGGGGAGAC-A-T-AATa
gi|64781                      : ACAGAC----A-GCA-C--------C--------GTG-CAG-AA--A---------GT--ACGCA--AAA----CAA-A-TGG-TC-TACCC-CTG-G--AA---G-AGGGGAGAC-A-T-AATT
gi|64782                      : ACAAAC----A-G-A-C--------G--------G-A-CAG-AA--T---------GT--ACG-A--AAA----CAATA-TG--TC-CACCC-CTG-G--AG---A-AGGGAAGAC-A-T-A
gi|64783                      : ACAGAC----T-G-A-C--------G--------G-G-TAG-AA--A---------AT--ACA-A--AAA----CAATA-CC--CC-CCCCC-CTG-G--AA---G-ACAGGAGAC-A-T-AA
gi|64784                      : ACGAAC----A-G-A-C--------G--------G-A-CAA-AA-------------T--ACA-A--AA--------CA-TG--TC-TCCCC-CTG-GA-AA---G-AAAGGAGAC-A-T-AAata
gi|64785                      : ACGGAC----A-G-T-T--------G--------G-A-CAT-AA--A---------GT--ACA-A--AAAC---CAAT--TG--TC-T-CCC-CTG-G--AA---G-AGAGGTGAC-A-T-AGT
gi|64786                      : ACAGAC----A-G-A-C--------A--------G-A-CGG-AA--A---------GT--ACA-A--AAA----CA--A-TG--TC-TCC
gi|64787                      : ACAGAC----A-G-A-C--------G--------G-A-CAG---------------GC---TA-A--AAA----CAATA-TG--TC-TCCCC-ACC-A--AAGTGG-GGGGGAGAC-A-T-AACT
gi|64788                      :  CAGAT----G-G-A-CA-------G--------G-A-CAA-AA--A---------GTTAACG-A--AAA----CAAT---G--TC-TTCCA-CTG-GGAAA---G-AGGGGAGA--A-T-AATTa
gi|64789                      :  CGGAC----A-G-G-T--------G--------G-A-CAG-GA--C---------AT--ATA-A--AAA----CAATG-TA--TT-TCCTC-CCG-G--AA---G-ATGGGAGAC-A-T-AATa
gi|64790                      :   AGAC----A-G-A-C--------A--------G-A-CAG-AA--A---------GT--ACA-A--AAA----CAATA-TG--TC-TCCCC-CTG-G-------G-AGGGGAAAC-A-T-AA
gi|64791                      :   AGAC----A-G-A-C--------G--------G-A-CAG---------------GC---CA-A--AAA----CAATA-TG--TC-TCCCCACTA-A--AGT--G-GGGGGAGAC-A-T-AATT
gi|64792                      :    GAC------G-A-C--------G--------G-C-CAG-AA--A---------GT--ACA-A--AAAAAACCAATA-TG--TC-TCCCC-CTG-G--AA---G-A-GGGAGAC-A-G-AATTa
gi|64793                      :    GAC----A-G-A-C--------A--------G-A-CAG-AA--A---------GT--ACA-A--AAA----CAATA-TG--TA-TCCCC-CTG-G--AA---G-GAGGGAGAC-A-T-AATT
gi|64794                      :    GAC----A-G-A-C--------G--------G-A-CAG-AA--G---------CT--ACA-A--AAA----AAATA-TG--TC-TCCAC-CTG-G--AA---G-AGGGGAGAC-A-T-AATTa
gi|64795                      :    GAC----A-G-A-C--------G--------G-C-CAG-AA--A---------GT--ACG-A--AAA----CA--A-TG--TC-TCCCC-T---G--AA---G-AGGGGAGAC-A-T-AAa
gi|64796                      :    GAC----A-G-A-C--------T--------G-A-CAG-AA--ACTTAGAAAAGT--ACA-A--AAA----TAAT---G--TC-TCTCC-CTG-A--AA---G-AGGGGAGAC-A-T-AATTatta
gi|64797                      :    GAC----A-G-A-C--------G--------G-A-CAT-AA--A---------GT--ACA-G--AGA----CAATA-TA--TC-TCCCC-CTG-G--AA---C-AGGGAAGAC-A-T-AAT
gi|64798                      :    GAC----A-G-A-T--------A--------G-A-CAG-GA--A---------GT--GCA-A--AAA----CAGCA-TG--TC-TCCAC-CTG-A--AA---G-AAGGGAGAC-A-T-AA
gi|64799                      :    GGC----A-G-A-C--------T--------A-A-CAG-AT------------GT--ACA-G--AAA----TAAT---G--TC-TCCCC-CTG-G--AA---G-AGGAAAGAC-A-T-AAT
gi|64800                      :    GAC----A-G-AGC--------G--------G-C-CAGGAA--A---------GT--ACA-A--AA-----CAGTA-TG--TCCTCCCC-CTG-G--AA---G-AGGG-AGAC-A-T-AATT
gi|64801                      :    GGC----A-G-A-C--------T--------A-A-CAG-AT------------GT--ACA-G--AAA----TAAT---G--TC-TCCCC-CTG-G--AA---G-AGGAAAGAC-ATT-AAT
gi|64802                      :    GAC----A-G-A-C--------A--------G-A-CAG-GA--A---------TC--ACA-A--AAA----CAATA-TA--TC-TCCTA-CAG-G--AA---G-ATGGGAGAC-A-T-AA
gi|64803                      :    GAC----AAG-A-C--------A--------G-A-CAG-GA--A---------GT--ACA-A--AAA----CAACA-TG--TC-TCCAC-CTGCA--AA---A-AAGGGATAC-A-T-AAata
gi|64804                      :     AC----A-G-A-C--------G--------G-A-CAG-AA--A---------GT--ATT-A--AAA----CAATT-TGTATA-TCTCT-TTG-G--AA---G-AGGGGAGAC-A-T-AAata
gi|64805                      :      C----A-G-A-C--------C--------G-A-CAG-AA--A---------GT--ACA-A--AA-----CAAT---G--TC-TCTCC--TG-G--AA---G-AGGGGAGAC-A-T-A
gi|64806                      :       ----A-G-A-C--------A--------G-A-CAA-AA--A---------GT--AAA-ATTAAA-----AACA-TA--TC-TCCCC-CTG-G--AA-----AAGGGAGAC-A-T-AATTtta
gi|64807                      :            -G-A-C--------T--------G-A-TAG-AATAA---------CT--ACA-A--ATA----CAAT---G--TC-TCCCC-CTG-G--AA---G-AAGGGAGAC-A-T-
gi|64808                      :                  --------G--------G-A-CAG-A-------------TT--ACA-A--AAA----CAAG---G--TC-TCCCC-CTG-G--GA---G-AGGGGAGAC-A-T-AA
gi|64809                      :                           --------G-G-CAA-GA--A---------GT--ACT-A--AAA----CATCA-TG--TC-TCCAC-CTG-G--AA---G-AAGGGAGAC-A-T-AA
gi|64810                      :                                         G-AA--A---------AA--AAA-A--AAA----CAAT---G--CC-TCCCC--TG-G--AA---G-AGGGGAGAC-A-T-AATTata
gi|64811                      :                                                                -A--AAA----CAATAATG--TC-TCCCC-CTG-G--AA---G-A-GGGAGAC-A-T-AATa
gi|64812                      :                                                                               A-TG--TC-TCCCC-CAG-G--AA---G-AGGGGAGAC-A-T-AATca


blockSeqs                     :       GACC       TGATGGAA AACGAAAT       G  TA CTTAGAAAA  TA   T TT   AAAC    AA  TA              GA  GTG
blockSeqs                     :       GACC       A        .              G  .  .          .    C .    C       A   G               A   T  
blockSeqs                     :       .          .        .              .  .  .          .    . .    .       A   .               .   .  
blockSeqs                     :       .          .        .              .  .  .          .    . .    .       A   .               .   .  
blockSeqs                     :       .          .        .              .  .  .          .    . .    .       A   .               .   .  
blockSeqs                     :       .          .        .              .  .  .          .    . .    .       A   .               .   .  
blockSeqs                     :       .          .        .              .  .  .          .    . .    .       A   .               .   .  
blockSeqs                     :       .          .        .              .  .  .          .    . .    .       A   .               .   .  
blockSeqs                     :       .          .        .              .  .  .          .    . .    .       T   .               .   .  
blockSeqs                     :       .          .        .              .  .  .          .    . .    .       A   .               .   .  
blockSeqs                     :       .          .        .              .  .  .          .    . .    .       A   .               .   .  
blockSeqs                     :       .          .        .              .  .  .          .    . .    .       A   .               .   .  
blockSeqs                     :       .          .        .              .  .  .          .    . .    .       A   .               .   .  
blockSeqs                     :       .          .        .              .  .  .          .    . .    .       A   .               .   .  
blockSeqs                     :       .          .        .              .  .  .          .    . .    .       A   .               .   .  
blockSeqs                     :       .          .        .              .  .  .          .    . .    .       A   .               .   .  
blockSeqs                     :       .          .        .              .  .  .          .    . .    .       G   .               .   .  
blockSeqs                     :       .          .        .              .  .  .          .    . .    .       A   .               .   .  
blockSeqs                     :       .          .        .              .  .  .          .    . .    .       A   .               .   .  
blockSeqs                     :       .          .        .              .  .  .          .    . .    .       A   .               .   .  
blockSeqs                     :       .          .        .              .  .  .          .    . .    .       A   .               .   .  
blockSeqs                     :       .          .        .              .  .  .          .    . .    .       A   .               .   .  
blockSeqs                     :       .          .        .              .  .  .          .    . .    .       A   .               .   .  
blockSeqs                     :       .          .        .              .  .  .          .    . .    .       A   .               .   .  
blockSeqs                     :       .          .        .              .  .  .          .    . .    .       A   .               .   .  
blockSeqs                     :       .          .        .              .  .  .          .    . .    .       A   .               .   .  
blockSeqs                     :       .          .        .              .  .  .          .    . .    .       G   .               .   .  
blockSeqs                     :       .          .        .              .  .  .          .    . .    .       A   .               .   .  
blockSeqs                     :       .          .        .              .  .  .          .    . .    .       A   .               .   .  
blockSeqs                     :       .          .        .              .  .  .          .    . .    .       A   .               .   .  
blockSeqs                     :       .          .        .              .  .  .          .    . .    .       A   .               .   .  
blockSeqs                     :       .          .        .              .  .  .          .    . .    .       A   .               .   .  
blockSeqs                     :       .          .        .              .  .  .          .    . .    .       A   .               .   .  
blockSeqs                     :       .          .        .              .  .  .          .    . .    .       A   .               .   .  
blockSeqs                     :       .          .        .              .  .  .          .    . .    .       A   .               .   .  
blockSeqs                     :       .          .        .              .  .  .          .    . .    .       A   .               .   .  
blockSeqs                     :       .          .        .              .  .  .          .    . .    .       A   .               .   .  
blockSeqs                     :       .          .        .              .  .  .          .    . .    .       A   .               .   .  
blockSeqs                     :       .          .        .              .  .  .          .    . .    .       T   .               .   .  
blockSeqs                     :       .          .        .              .  .  .          .    . .    .       A   .               .   .  
blockSeqs                     :       .          .        .              .  .  .          .    . .    .       A   .               .   .  
blockSeqs                     :       .          .        .              .  .  .          .    . .    .       A   .               .   .  
blockSeqs                     :       .          .        .              .  .  .          .    . .    .       .   .               .   .  
blockSeqs                     :       .          .        .              .  .  .          .    . .    .       .   .               .   .  
blockSeqs                     :       .          .        .              .  .  .          .    . .    .       .   .               .   .  
blockSeqs                     :       .          .        .              .  .  .          .    . .    .       .   .               .   .  
blockSeqs                     :       .          .        .              .  .  .          .    . .    .       .   .               .   .  
blockSeqs                     :       .          .        .              .  .  .          .    . .    .       .   .               .   .  
blockSeqs                     :       .          .        .              .  .  .          .    . .    .       .   .               .   .  
blockSeqs                     :                  .        .              .  .  .          .    . .    .       .   .               .   .  
blockSeqs                     :                  .        .              .  .  .          .    . .    .       .   .               .   .  
blockSeqs                     :                           .              .  .  .          .    . .    .       .   .               .   .  
blockSeqs                     :                                          .  .  .          .    . .    .       .   .               .   .  
blockSeqs                     :                                                                . .    .       .   .               .   .  
blockSeqs                     :                                                                               .   .                      


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : ACAGAC----A-G-A-C--------G--------G-A-CAG-AA--A---------GT--ACA-A--AAA----CAATA-TG--TC-TCCCC-CTG-G--AA---G-AGGGGAGAC-A-T-AATT
finalCons                     : ACAGAC----A-G-A-C--------G--------G-A-CAG-AA--A---------GT--ACA-A--AAA----CAATA-TG--TC-TCCCC-CTG-G--AA---G-AGGGGAGAC-A-T-AATT





Alignments
lowQualScore                  :       3333 0 0 0 33333333 22222222 0 0   1  11 333333333  11   1 11   2222    33  11  0     0   0 11  222 0         0 0 0    
lowQualScore                  :       .... . . . ........ ........ . .   .  .. .........  ..   . ..   ....    ..  ..  .     .   . ..  ... .         . . .    
lowQualScore                  :       4444 8 8 8 66666666 77777777 8 8   5  00 000000000  00   5 00   3333    22  77  7     7   7 77  000 7         7 7 7    
consensus                     : ACAGAC----A-G-A-C--------G--------G-A-CAG-AA--A---------GT--ACA-A--AAA----CAATA-TG--TC-TCCCC-CTG-G--AA---G-AGGGGAGAC-A-T-AATT
Reference ( family-395 )      : ACAGAC----A-G-A-C--------G--------G-A-CAG-AA--A---------GT--ACA-A--AAA----CAATA-TG--TC-TCCCC-CTG-G--AA---G-AGGGGAGAC-A-T-AATT
gi|64757                      : ACAGAC----A-G-A-C--------G--------G-A-CAG-AA--A---------GT--ACA-A--AAA----CA--A-TG--TC-TCCCC-TTG-G--AA---G-AGGGGAGAC-A-T-AAT
gi|64758                      : ACAGAC----A-G-A-C--------G--------G-C-CAG-AA---------------------------------TA-TG--TC-TCCCC-CTG-G--AA---G-AGGGGAGAC-A-T-AATT
gi|64759                      : ACAGAC----A-G-A-C--------G--------G-A-CAG-AA--A---------GT--ACA-A--AAA----CA----TG--TC-TCCCC-CTG-G--AA---G-AGGGGAGAC-A-T-AATa
gi|64760                      : ACAGAC----A-G-A-C--------G--------G-A-CAG-AA--A---------AT--ACA-A--AAA----CATTA-TG--TC-TCCCC-CTG-G--AA---G-AGGGGAGAC-A-T-AATT
gi|64761                      : ACAGAC----A-G-A-T--------G--------G-A-CAG-AA--A---------GT--ACG-A--AAA----CAATA-----TC-TCCCC-CTG-G--AA---G-AGGGGAGAC-A-T-AATT
gi|64762                      : ACAGAC----A-G-A-C--------G--------G-A-CAG-AA--A---------GT--ACG-A--AAA----CAATA-TG--TC-TCCTC-CTG-G--AA---G-AGGGGAGAC-A-T-AATT
gi|64763                      : ACAGAC----A-G-A-C--------G--------G-A-CAG-AA--A---------GT--ACA-A--AAA----CAATA-TG--TC-T--CC-CTG-G--AA---G-AGGGGAGAC-A-T-AACT
gi|64764                      : ACAGAC----A-G-A-C--------G--------G-C-CAG-AA--A---------GT--ACG-A--AAA----CAATA-TG--TC-TCCCC-CTG-G--AA---G-AGGGGAGGC-A-T-AATTa
gi|64765                      : ACAGGC----A-G-A-C--------G--------G-A-CAG-AA--A---------GT--ACA-A--AAA------ACA-TG--TC-TCCCC-CTG-G--AA---G-AGGGGAGACAA-T-AAT
gi|64766                      : ACAGGC----A-G-A-C--------G--------G-AACAG-AA--A---------GT--ACA-A--AAA----CA----TG--TC-TCCCC-CTG-G--A----G-AGGGGAGAC-A-T-AAT
gi|64767                      : ACAGAC----A-G-A-T--------G--------G-A-CAG-AA--A---------GT--ACA-A--AAA----CAAAT-TG--TC-TTCCC-CTG-G--AA---G-AGAGGAGAC-A-T-AAT
gi|64768                      : ACAGAT----G-G-A-C--------A--------G-A-CAG-AA--A---------GT--ACA-A--TAA----CA----TG--TC-TCCCC-CTG-G--AA---G-AGGGGAGAC-A-T-AATT
gi|64769                      : ACTGAC----A-G-C-C--------A--------G-A-CAG-AA--A---------GT--ATA-A--AAA----CAAT---G--TC-TCCCC-CTG-G--AA---G-GGTGGAGAC-A-T-AATTa
gi|64770                      : ACGGAT----G-G-A-C--------G--------G-A-CAG-AA--A---------GT--ACA-A--AAA----CAATA-TG--TC-TCCCC-CTG-G--AA---G-AGGGGAGAC-G-T-AATa
gi|64771                      : ACAGAC----A-G-A-C--------G--------G-C-CAG-AA--A---------GT--A---A--AAA----CAATA-TG--TC-TCCCC-CTG-G--AA---G-AGGGGAGAC-A---AATT
gi|64772                      : ACAGAC----A-G-A-C--------G--------A-C-CAG-AA--A---------GT--ACA-A--AAA----CAATA-TG--TC-TCCCC-CTG-G--AA---G-AGGGGAACC-A-T-AATa
gi|64773                      : ACGGAC----A-A-A-T--------G--------G-A-TAG-AA--A---------GT--ACG-A--AAA----CAATA-TG--TC-TCCCC-CTG-G--AA---G-AGGGGAGAC-A-TCAAT
gi|64774                      : ACAGAC----A-G-A-C--------G--------A-A-CAG-AA--A---------GT--ATA-A--AAA----CA--A-TG--TT-T---C-ATG-A--AA---G-AGGGGAGAC-G-T-AAT
gi|64775                      : ACAGACGACCA-G-A-C--------G--------G-A-CAG-AA--A---------GT--ACG-A--AAA----CAACA-TG--TC-T-TCC-CTG-G--AA---G-AGGGGAAAC-A-T-AA
gi|64776                      : ACAGACGACCA-G-A-C--------G--------G-A-CAG-AA--A---------GT--ACG-A--AAA----CAACA-TG--TC-T-TCC-CTG-G--AA---G-AGGGGAAAC-A-T-AA
gi|64777                      : ATAGAT----A-G-A-C--------G--------G-A-CAG-AA--A---------GT--ACA-A--AAA----CAATG-CG--TC-T--TC-TGG-G--AA---G-AGAGAAGAC-A-T-AAT
gi|64778                      : ACAAAC----A-G-A-C--------G--------G-A-CAGGAA--A---------GT--ACATA--AAA----CAATA-TG--TC-TCCCC-CTG-G--AA---GAAAGGGAGAA-A-T-AGT
gi|64779                      : ACAGAC----A-G-A-C--------GAACGAAATG-A-CAG-AA--A---------GT--ACA-A--AAA----CAGTA-TG--TA-TCCCT-CTG-T--AA---G-AGGAGAGGT-A-T-AATT
gi|64780                      : ACAGAC----G-G-A-CTGATGGAAG--------G-A-CAG-AA--A---------GT--ACA-A--AAC----CAATA-TG--TA-TCCCC-CTG-A--AA---A-AGGGGAGAC-A-T-AATa
gi|64781                      : ACAGAC----A-GCA-C--------C--------GTG-CAG-AA--A---------GT--ACGCA--AAA----CAA-A-TGG-TC-TACCC-CTG-G--AA---G-AGGGGAGAC-A-T-AATT
gi|64782                      : ACAAAC----A-G-A-C--------G--------G-A-CAG-AA--T---------GT--ACG-A--AAA----CAATA-TG--TC-CACCC-CTG-G--AG---A-AGGGAAGAC-A-T-A
gi|64783                      : ACAGAC----T-G-A-C--------G--------G-G-TAG-AA--A---------AT--ACA-A--AAA----CAATA-CC--CC-CCCCC-CTG-G--AA---G-ACAGGAGAC-A-T-AA
gi|64784                      : ACGAAC----A-G-A-C--------G--------G-A-CAA-AA-------------T--ACA-A--AA--------CA-TG--TC-TCCCC-CTG-GA-AA---G-AAAGGAGAC-A-T-AAata
gi|64785                      : ACGGAC----A-G-T-T--------G--------G-A-CAT-AA--A---------GT--ACA-A--AAAC---CAAT--TG--TC-T-CCC-CTG-G--AA---G-AGAGGTGAC-A-T-AGT
gi|64786                      : ACAGAC----A-G-A-C--------A--------G-A-CGG-AA--A---------GT--ACA-A--AAA----CA--A-TG--TC-TCC
gi|64787                      : ACAGAC----A-G-A-C--------G--------G-A-CAG---------------GC---TA-A--AAA----CAATA-TG--TC-TCCCC-ACC-A--AAGTGG-GGGGGAGAC-A-T-AACT
gi|64788                      :  CAGAT----G-G-A-CA-------G--------G-A-CAA-AA--A---------GTTAACG-A--AAA----CAAT---G--TC-TTCCA-CTG-GGAAA---G-AGGGGAGA--A-T-AATTa
gi|64789                      :  CGGAC----A-G-G-T--------G--------G-A-CAG-GA--C---------AT--ATA-A--AAA----CAATG-TA--TT-TCCTC-CCG-G--AA---G-ATGGGAGAC-A-T-AATa
gi|64790                      :   AGAC----A-G-A-C--------A--------G-A-CAG-AA--A---------GT--ACA-A--AAA----CAATA-TG--TC-TCCCC-CTG-G-------G-AGGGGAAAC-A-T-AA
gi|64791                      :   AGAC----A-G-A-C--------G--------G-A-CAG---------------GC---CA-A--AAA----CAATA-TG--TC-TCCCCACTA-A--AGT--G-GGGGGAGAC-A-T-AATT
gi|64792                      :    GAC------G-A-C--------G--------G-C-CAG-AA--A---------GT--ACA-A--AAAAAACCAATA-TG--TC-TCCCC-CTG-G--AA---G-A-GGGAGAC-A-G-AATTa
gi|64793                      :    GAC----A-G-A-C--------A--------G-A-CAG-AA--A---------GT--ACA-A--AAA----CAATA-TG--TA-TCCCC-CTG-G--AA---G-GAGGGAGAC-A-T-AATT
gi|64794                      :    GAC----A-G-A-C--------G--------G-A-CAG-AA--G---------CT--ACA-A--AAA----AAATA-TG--TC-TCCAC-CTG-G--AA---G-AGGGGAGAC-A-T-AATTa
gi|64795                      :    GAC----A-G-A-C--------G--------G-C-CAG-AA--A---------GT--ACG-A--AAA----CA--A-TG--TC-TCCCC-T---G--AA---G-AGGGGAGAC-A-T-AAa
gi|64796                      :    GAC----A-G-A-C--------T--------G-A-CAG-AA--ACTTAGAAAAGT--ACA-A--AAA----TAAT---G--TC-TCTCC-CTG-A--AA---G-AGGGGAGAC-A-T-AATTatta
gi|64797                      :    GAC----A-G-A-C--------G--------G-A-CAT-AA--A---------GT--ACA-G--AGA----CAATA-TA--TC-TCCCC-CTG-G--AA---C-AGGGAAGAC-A-T-AAT
gi|64798                      :    GAC----A-G-A-T--------A--------G-A-CAG-GA--A---------GT--GCA-A--AAA----CAGCA-TG--TC-TCCAC-CTG-A--AA---G-AAGGGAGAC-A-T-AA
gi|64799                      :    GGC----A-G-A-C--------T--------A-A-CAG-AT------------GT--ACA-G--AAA----TAAT---G--TC-TCCCC-CTG-G--AA---G-AGGAAAGAC-A-T-AAT
gi|64800                      :    GAC----A-G-AGC--------G--------G-C-CAGGAA--A---------GT--ACA-A--AA-----CAGTA-TG--TCCTCCCC-CTG-G--AA---G-AGGG-AGAC-A-T-AATT
gi|64801                      :    GGC----A-G-A-C--------T--------A-A-CAG-AT------------GT--ACA-G--AAA----TAAT---G--TC-TCCCC-CTG-G--AA---G-AGGAAAGAC-ATT-AAT
gi|64802                      :    GAC----A-G-A-C--------A--------G-A-CAG-GA--A---------TC--ACA-A--AAA----CAATA-TA--TC-TCCTA-CAG-G--AA---G-ATGGGAGAC-A-T-AA
gi|64803                      :    GAC----AAG-A-C--------A--------G-A-CAG-GA--A---------GT--ACA-A--AAA----CAACA-TG--TC-TCCAC-CTGCA--AA---A-AAGGGATAC-A-T-AAata
gi|64804                      :     AC----A-G-A-C--------G--------G-A-CAG-AA--A---------GT--ATT-A--AAA----CAATT-TGTATA-TCTCT-TTG-G--AA---G-AGGGGAGAC-A-T-AAata
gi|64805                      :      C----A-G-A-C--------C--------G-A-CAG-AA--A---------GT--ACA-A--AA-----CAAT---G--TC-TCTCC--TG-G--AA---G-AGGGGAGAC-A-T-A
gi|64806                      :       ----A-G-A-C--------A--------G-A-CAA-AA--A---------GT--AAA-ATTAAA-----AACA-TA--TC-TCCCC-CTG-G--AA-----AAGGGAGAC-A-T-AATTtta
gi|64807                      :            -G-A-C--------T--------G-A-TAG-AATAA---------CT--ACA-A--ATA----CAAT---G--TC-TCCCC-CTG-G--AA---G-AAGGGAGAC-A-T-
gi|64808                      :                  --------G--------G-A-CAG-A-------------TT--ACA-A--AAA----CAAG---G--TC-TCCCC-CTG-G--GA---G-AGGGGAGAC-A-T-AA
gi|64809                      :                           --------G-G-CAA-GA--A---------GT--ACT-A--AAA----CATCA-TG--TC-TCCAC-CTG-G--AA---G-AAGGGAGAC-A-T-AA
gi|64810                      :                                         G-AA--A---------AA--AAA-A--AAA----CAAT---G--CC-TCCCC--TG-G--AA---G-AGGGGAGAC-A-T-AATTata
gi|64811                      :                                                                -A--AAA----CAATAATG--TC-TCCCC-CTG-G--AA---G-A-GGGAGAC-A-T-AATa
gi|64812                      :                                                                               A-TG--TC-TCCCC-CAG-G--AA---G-AGGGGAGAC-A-T-AATca