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blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . .
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blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : TTCTCTT---T---A--GAGAAG-TG-GAC-AGG--------C----AT----------------A-G-C-C------T----A-------C---A---------T-CCACTT----C--TC--TTC-GC-----A-AACCT-TCA--TG-------TTT--T------G-A-TTCT--G-GA---AAACG--T-GTAA-ATGT
finalCons : TTCTCTT---T---A--GAGAAG-TG-GAC-AGG--------C----AT----------------A-G-C-C------T----A-------C---A---------T-CCACTT----C--TC--TTC-GC-----A-AACCT-TCA--TG-------TTT--T------G-A-TTCT--G-GA---AAACG--T-GTAA-ATGT
Alignments
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lowQualScore : ... ... .. . . . ........ .... ................ . . . ...... ............ ... ......... . .... .. .. . ..... . . .. ....... .. ...... . . .. . ... .. . .
lowQualScore : 111 222 22 5 8 5 44444444 5555 1111111111111111 7 7 5 111111 333333333333 333 888888888 7 8888 33 33 1 99999 1 2 77 1111111 77 666666 5 2 88 3 333 88 8 6
consensus : TTCTCTT---T---A--GAGAAG-TG-GAC-AGG--------C----AT----------------A-G-C-C------T----A-------C---A---------T-CCACTT----C--TC--TTC-GC-----A-AACCT-TCA--TG-------TTT--T------G-A-TTCT--G-GA---AAACG--T-GTAA-ATGT
Reference ( family-382 ) : TTCTCTT---T---A--GAGAAG-TG-GAC-AGG--------C----AT----------------A-G-C-C------T----A-------C---A---------T-CCACTT----C--TC--TTC-GC-----A-AACCT-TCA--TG-------TTT--T------G-A-TTCT--G-GA---AAACG--T-GTAA-ATGT
gi|116430 : TTCTCTT---T---A--GAGAAG-TG-GAC-AGG--------C----AT----------------A-G-C-C------T----A-------C---A---------T-CCACTT----C--TC--TTC-GC-----A-AACCT-TCA--AG-------TTT--T------G-A-TTCT--G-AA---AAACG--T-GTAA-ATGT
gi|116431 : TTCTCTT---T---A--GAGAA--TG-GAC-AGG--------C----AT----------------A-G-C-C------T----A-------C---A---------T-CCACTT----C--TC--TTC-GC-----A-ATCCT-TCA--TG-------TTT--T------G-A-TTCT--G-AA---AAACG--T-GTAA-ATGT
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gi|116457 : TTCT-TT---T---A--GAGAAG-TG-GAC-AGG--------C----AT----------------A-G-C-C------T----A-------C---A---------T-CCA
gi|116458 : TTCTCTA---T---A--GAGAAG-TG-GAC-AGG--------C----ATA---------------A-A-C-C------T----A-------C---A---------T-
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gi|116462 : TTCTCTT---T---A--GAGAAG-TG-GAC-AGA--------C----AG----------------A-C-C-C------T----A-------CCT-G---------T-CTACT
gi|116463 : TCTCTT---T---A--GAAAAG-TG-GAC-AGG--------C----AT----------------A-G-CTC------T----A-------G---C---------T-TAAC-T----C--TT--TTC-GC-----A-AAACA-TCA--TG-------TTT--T------A-AGTTCT--G-GCTTTAAACA--T-GTAA-
gi|116464 : TCTCTT---T---ACAAAGAAG-TC-TGC-AGA-------------------------------------------------A-------C---A---------C-CCACCT----C--TC--TTC-GC-----A-AAGCT-TCA--TG-------TTA--T------G-A-TTAT--G-G----AAACG--T-ATAA-ATG
gi|116465 : ---A--GAGAAG-TG-GAC-AGG--------C----AT----------------A-G-C-C------T----------------G---------T-CCGCTT----C--TC--T
gi|116466 : tccctttTCTCTA---T---A--GATAAG-TT-AAC-AGG--------T----AG----------------A-G-C-C------T----C-------T---A---------T-CCACTT----C--TC--TTC-GC-----A-AAC
gi|116467 : TCTCTT---TT--A--GAGAAGATG-GAC-AGA--------C----AT----------------A-G-C-C------T----A-------C---A---------T-CCAC
gi|116468 : TCTCTT---T---A--GAGGAG-TG-GAC-AGG--------C----ATTATG------------A-G-C-C------T----AGTCTATGC---ATG-------T-CCACTT----C--TC--T
gi|116469 : TCTCTT---T---A--GAGAAG-TG-GAT-AGG--------C----AT----------------A-G-C-C------
gi|116470 : CTCTT---T---A--GAGAAG-TG-GAC-AGG--------C----AT----------------A-G-C-A------T----A-------C---A---------C-CCACTT----C--TC--TTC-GC-----A-AACTT-TCA--TGTGTTTTTTTT--T------GTT-TTTT--T-GA---GAACG--T-GTAA-ATG
gi|116471 : CCCCT---T---A--CAGAAG-TG-GAT-AGA--------C----AT----------------A-G-C-C------T----GAAGT---C---A---------G-CCACTT----C--TC--TTC-GC-----A-AACC------------------------------A-TTCT--G-GA---AAACG--C-GTAA-ATG
gi|116472 : CTTTTA--T---G--GAGAAG-TG-GAT-AGG--------C----AT----------------A-G-C-C------T----T-------C---A---------T-CCACTT----
gi|116473 : CTCTT---T---A--GAGAAG-TG-GAC-AGG--------C----AC----------------A-G---C------T----A-------C---A---------T-CC
gi|116474 : TCTT----------GAGAAG-TG-AAC-AGG--------C----AA----------------A-G-CTC------T----A-------C---A---------T-CCACTTACTAC--TG--TCC-G------A-AACCTATCA--TG-------TTT--T------G-A-TTCTGCG-GA---AAACG--TGGTAA-AT
gi|116475 : TCTT---TTGAA--GAGAAG-TG-GAC-AGG--------C----GT----------------A-G-C-C------T----A-------C---A---------T-CC
gi|116476 : TT---T---ACGGAGAAG-TG-GAC-AGG-------------AT----------------A-GCC-C------T----A-------C---A---------T-CCACTT----C--TC--TTC-GC-----A-
gi|116477 : TT---T---A--GAGAAG-TG-GAC-AGG--------T----ATGAAGGCTATATAATATA-G-C-C------T----T-------C---A---------T-CCACTT----C--TT--TAT-GC-----A-GA-CT-TCA--TG-------TTT--A------G-----CT--G-CA---GAAC---T-GTA
gi|116478 : T---T---A--GAGAAG-TG-GAC-AGG--------C----ATTA--------------A-G-C-A------C----A-------C---A---------T-CCACTT----C--TC--T
gi|116479 : ---T---A--AAGAAC-TG-GAC-AGGGGGATATGC----AT----------------T-G-C-C------TGGCAA-------C---A---------T-T---TT----C--TC--TTC-GC-----A-AACCT-TCT--TT-------TTT--TATTCAAA-A-TTCT--T-G----TAACA--T-GTAA-ATG
gi|116480 : --GAGTAG-TG-GAC-AGG--------C--------------------------C-C------T----A-------C---A---------T-CCACTT----C--TC--TTC-GC-----A-TA-----------------------------------TCT--G-GA---AAACG--T-GTAA-ATAT
gi|116481 : G-TG-GA--AGG--------C----AT----------------A-G-C-T------T----A-------T---A---------T-TCACAT----T--TT--GCT-GA-----A-AACCT-TCA--TG-------TTT--C--------A-TTCC--ATGA---A---G--T-GTA
gi|116482 : -GAC-AAG--------C----AT----------------A-T-C-C-----------A-------C---A---------T-CC-----------TC--TTC-GC-----A-TACGT-TTG--TA-------TTTCTT------T-A-TTCT--G-GA---AAACG--T-G
gi|116483 : AC-AGG--------C----AT----------------A-G-C-C------C----T-------C---A---------T-CCACTT----C--TC--TTC-GC-----A-AACC---CA--TG-------TTT--A------G-A-TTCT--G-GA---AAACG--T-GTTA-ATGT
gi|116484 : AC-AGA--------C----AT----------------A-G-C-C------T----A-------C---T---------T-CCACTT----A--TC--TTC-G--------AA------A--TA-------TTT--T------G-A-TTCT--G-GA---AAACG--T-GTAA-AT
gi|116485 : ----C--TC--TTC-AC-----A-AACCT-TCA--TG-------TTT--T------G-A-TTCT--G-GT---AAACG--
gi|116486 : ----C--TC--TTT-GC-----A-AACCT-TTA--TG-------CAT--T------A-A-TTCT--G-GG---AAACG--T-GTAA-AT
gi|116487 : --TTA-GC-----G-AACCT-TCA--GG-------TAT--T------G-A-TTCT--G-GA---AAACG--T-GTAA-ATG
gi|116488 : -GC-----A-AACCT-TCA--TG-------CTT--T------G-A-TTCT--G-GA---AAACGTTT-ATAA-ATG