lowQualScore : 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111111
lowQualScore : 22 11 1 1 333333 555 1 22 22 55555 11 11 9999999 55555 0 333 11 0 1 22 0 1 0 44 0 1 66666 0 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 55555555555 11 0 1 0 0 1 2 1 0 99999999999999999 0 3333 777777 2 11111 1 3333333 11 33333 222 44444444 0 00 1111111 222 0 555 111 22 1 1 2 333 555555555555 666666666 2222 0 0 11 0 11 22222222 1 22 11 11 11 0 333 1 0 0 0 11 44 4444 0 1 4 0 22 22
lowQualScore : .. .. . . ...... ... . .. .. ..... .. .. ....... ..... . ... .. . . .. . . . .. . . ..... . ............................................................. ........... .. . . . . . . . . ................. . .... ...... . ..... . ....... .. ..... ... ........ . .. ....... ... . ... ... .. . . . ... ............ ......... .... . . .. . .. ........ . .. .. .. .. . ... . . . . .. .. .... . . . . .. ..
lowQualScore : 00 99 2 2 333333 555 9 22 22 33333 22 22 8888888 00000 8 444 99 8 6 88 8 6 8 11 8 5 11111 8 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 55555555555 00 7 5 7 7 4 1 4 7 77777777777777777 7 8888 666666 1 88888 4 5555555 66 44444 666 88888888 7 99 2222222 888 7 000 222 33 4 4 1 999 777777777777 000000000 2222 7 7 77 7 77 66666666 4 44 00 77 77 7 444 4 7 8 8 88 44 0000 8 5 1 8 88 44
consensus : TATT--CC--A-T-T------C---A-AA--A--A-----CC--T--T----C--A-----AA-A---T--T-T-G--CG-T-CA-T--T-T-T-----A-T----------T--G----------------A--TT----------------G---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-A-A-T--------A------T-AG---T---G--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---T---T---C-G---G---A--G-A-C-A-A-A--T-----T---TC---------A----A-G-CC--C-T--A--------C-AA--A--A--T--C-T--CT-AAA-A-C-T--CT-G----G-A-GC-T-T--C--CGGGGG
Reference ( gi|2998 ) : TATT--CC--A-T-T------C---A-AA--A--A-----CC--T--T----C--A-----AA-A---T--T-T-G--CG-T-CA-T--T-T-T-----A-T----------T--G----------------A--TT----------------G---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-A-A-T--------A------T-AG---T---G--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---T---T---C-G---G---A--G-A-C-A-A-A--T-----T---TC---------A----A-G-CC--C-T--A--------C-AA--A--A--T--C-T--CT-AAA-A-C-T--CT-G----G-A-GC-T-T--C--CGGGGG
gi|2999 : TATT--CC--A-T-T------C---A-AA--A--A-----CC--T--T----A--A-----AA-A---T--T-T-G--CG-C-CA-T--T-T-T-----A-T----------T--G----------------A--TT----------------G---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-A-A-T--------A------T-AG---T---G--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---T---T---C-G---G---A--G-A-C-A-A-A--T-----T---TC---------A----A-G-CC--C-T--T--------C-AA--A--A--T--C-T--CT-AAA-A-C-T--CT-G----G-A-GT-T-T--C--CAGGGG
gi|3000 : TATT--CC--A-T-T------C---A-AA--A--G-----CC--T--T----C--A-----AA-A---T--T-T-G--CG-T-CA-T--T-T-T-----A-T----------T--G----------------A--TT----------------G---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-A-A-T--------AG-----T-AG---T---G--A-A-----A-T-------T--G-----A---C--------T-A--C---T---T---C-G---G---A--G-A-C-A-A-A--T-----T---TT---------A----A-G-CC--C-T--A--------C-AA--A--A--T--A-T--CT-AAA-A-C-T--CT-G----G-A-GC-T-T--C--CGGGGG
gi|3001 : TATT--CC--A-T-T------C---A-AA--A--A-----CC--T--T----C--A-----AA-A---T--T-T-G--CG-T-CA-T--T-T-T-----A-T----------T--G----------------A--TT----------------G---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-A-A-T--------A------T-AG---T---G--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---T---T---C-G---G---A--G-A-C-A-A-A--T-----A---TC---------A----A-G-CC--C-T--A--------C-A--------------------AAA-G-C-A--CT-G----G-A-GC-T-T--C--CGGGGG
gi|3002 : TATT--CC--A-T-T------C---A-AA--A--A-----CC--T--T----C--A-----AA-A---T--T-T-G--CG-T-CA-T--C-T-T-----A-T----------T--G----------------A--TT----------------G---------A-----------AA--A-T-G-A-AA-G-A-A-A-T--------A------T-AT---T---G--A-A-----A-T-------T--G-----A---C--------C-A--C---T---T---C-G---G---A--G-A-C-A-A-A--T-----T---TT---------A----A-G-----C-T--A--------C-AA--A--A--T--A-T--CT-AAA-A-C-T--AT-G----G-A-GA-T-T--C--CGGGGG
gi|3003 : TAAT--CC--A-T-T------C---A-AA--A--A-----CC--T--T----A--A-----AA-A---T--T-T-G--CG-T-CA-T--T-T-T-----A-T----------T--G----------------A--TT----------------G---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-A-A-T--------A------T-AG-------G--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---T---T---T-G---G---A--G-A-C------------------CC---------A----A-A-CC--C-T--A--------C-AA--A--A--T--C-T--CT-AAA-A-C-T--CT-G----G-A-GC-C-T--C--AAGGAG
gi|3004 : TATTTCCC--A-T-T------C---A-AA--A--A-----CC--T--T----C--A-----AA-A---TG-T-T-G--CG-T-CA-T--T-T-T-----A-T----------T--G----------------A--T-----------------G---------A-----------AA--A-T---A-CA-G-A-A-A----------A------T-AG---T---G--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---T---T---T-G---G---A--G-A-C---A-A--T-----T---TC---------A----A-G-CC--C-T--A--------C-AA--A--A--T--T-T--C--GAA-A-C-T--CT------G-A-GC-T-T--C--CGGGG
gi|3007 : TATT--CC--A-T-T------C---A-AA--A---------C--T--T----T--A-----AA-A---T------G--TG-T-CA-T--T-T-------A-T----------T--G----------------A--TT----------------G---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-A-A-T--------A------T-AG-------G--A-A-----A-A-------T--------A---C--------T-A--C---T---T---C-G-------A--G-A-C-A-A----------T---TC---------A----A-G-CC--C-T--A--------C-AA--A--A--T--C-T--CT-AAA-A-C-T--CT-G----G-A-GCAT-T--C--CAGGGG
gi|3006 : TATT--CC--A-T-T------C---A-AA--A---------C--T--T----T--A-----AA-A---T------G--TG-T-CA-T--T-T-------A-T----------T--G----------------A--TT----------------G---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-A-A-T--------A------T-AG-------G--A-A-----A-A-------T--------A---C--------T-A--C---T---T---C-G-------A--G-A-C-A-A----------T---TC---------A----A-G-CC--C-T--A--------C-AA--A--A--T--C-T--CT-AAA-A-C-T--CT-G----G-A-GCAT-T--C--CAGGGG
gi|3008 : TATT--CC--AAT-T------C---A-AA--A--A-----CC--T--T----CC-A-----AA-A---T--T-T-G--CG-T-CATT--T-T-T-----A-T----------T--GGGT-------------A--TT----------------GA--------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-A-A-T--------A------T-AG---TCGAA--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-AACT---T---T---C-G---G---A--G-A-CAA-A-A--T-----T---TC---------A----A-A-GC--C-T--A--------C--A--A--A--T--C-T--CT-AAACA-C-T--CT-G----A-A-GCGT-T--C--CGGGG
gi|3005 : TATT--TC--A-T-T------C---A-AA--A--A-----CC--T--T----C--A-----AA-A---T--T---G--CG-T--A-T--T-T-T-----A-T----------G--G----------------A--CT----------------G---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-A-A-T--------A------T-AG---T---G--A-A-----A-ATTCTATTT--A-----G---C--------T-A--C-------T---C-G---G---A--A-A-C---A-A--T-----T---TC---------A----A-G-CC--C-T--A--------C-AA--A--A--T--CTT--CT-AAA-A-C-T--CT-G----G-A-
gi|3009 : TATT--CC--A-T-T------C-----AA--A--A-----CC--T--T----C--A-----AAGA---T--T-T-G--CG-T-CA----T-T-T-----A-T----------T--G----------------A--TT----------------G---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G---A-A-T--------AGT----T-AGT--T---G--A-A-----A-T-------T--G-----A---CT-------T-A--C-------T---C-G---G---A--G-G-C-A-A-A--A-----TAG-TT---------A----A-G-CC--C-C--A--------G-CA--A--A--T--C-T--CT-AAA-A-C-T--CT-G--------AC-T-T--C--GGGGGG
gi|3010 : TATT--CC--A-T-T------CTCTA-AA------------C--T--T-------A-----AA-A---T--T---G--CG-T-CA-T--T-T-TT----A-T----------T--G----------------A--TT----------------G---------C-----------GA--G-T-GGA-CA-G-A-A-A-T--------A------T-AG---T---G--A-A-----A-A-------TG-G-----A---C--------T-A--C---T---T---C-G---G---A--G---C-A-A-A--T-----T---TCTA-------G----A-G-CC--C-T-----------C--A--A--A--T--C-T--CT-AAC-A-C-T--CT-G----GAA-GC-T-TCCC--CGGGGG
gi|3011 : TATT--CC--A-T-T------C---A-AA--A--AT----CC--T--TA---C--A-----AA-AA--T--T-T-G--CG-T-CA-T--T-T-TA----A-T----------T--G----------------A--TT----------------G---------A-----------AA--ATT-G-A-CA-G-A-A-A-T--------ATAGGCCT-AG---T---G--ATA-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C-------T---C-A---G---A--G-AGC-A-A-AT-T-----T---TC---------T----A-G-CC--C----A--------C-AAC-A--A--TCCC-T--CT-AAA-A-C-T----------G-A-GC-T-TG-C--CGGAGG
gi|3012 : TATT--CC--A-T-T------C---A-AA--A--T-----CC--T--TA---C--A-----AA-AATTT--T-T-G--CG-TTCA-T--T-T-T-----A-T----------T--G----------------A--TT----------------G---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-ATA-T--------AGGCC--T-AG---T---G--ATA-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---T---C---A-A---G---A--G-C-A-A-A-A--T-----T---TC---------CT---A-G-CC--C-C-----------C-AAC-A--A--T--C-T--CTAAAA-A-C-T----------G-A-GC-T-TG-C--CGGAGG
gi|3013 : TATT--CC--A-T-T------C---A-AA--A--A-----CC--T--T----C--G-----AA-A---T--T-T-G--CG---------C-T-T-----C-T----------T--------------------------------------------------------------------T-G-A-CA-G---A-A-T--------A------T-AG---TGA-G--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------TGA--CT--T---T---C-G---G---AC-G-A-C-A-A-A--T-----T---CCA--------A----A-G-CC--C-T--A--------C-AA--A--A--T--C-T--CT-AAA-----T--CT-G----G-A-GC-
gi|3014 : TAGT--TC--A-T-T----------A-AA--A--A-----CC--T--T----C--A-----TA-A---T--T-T-GG-CG-T-CA-TA-T-T-C-----A-T-------------G----------------A--TT----------------G---------A-----------AC--A-T-G-A--A-G---A-A-T--------AC-----T-AA---T------A-A-----A-T-------T--GCT---AGCTC--------T-A--C---T---T---C-G---G---A--G---C-A-A-A--T-----T---T----------A----A-G-CC--C-T--A--------C-AA--A----------T--AT-TAA-A-C-T--CT-G----G-A-GC-T-T--C--GGG
gi|3015 : TATT--TT--A-T-C------C---A-AA--AT-A-----CT--TGGT----T--A-----CA-A---A--T-T-G--TG-T-AA-T--T-T-TT----A-T----------T--A----------------A--TTTCACATCAGC------A---------A-----------AA--A-T-G-A-CG-G-A-A-A----------A------T-AT---T---A--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---A---TGGCC-C---G---A--A-A-C-A-T-A--C-----A---TC---------A----G-G-CC--C-T--A--------T-AA--A--A--T--C-T--TT-AAA-A-T-C--CA-G----G-
gi|3016 : TGTT--TC--T-T-T------CTGAA-AA--A--G-----TC--T--T-------A-----AA-A---T--T---A--TG-T-CA-T--T-T-TTATGAA-T----------T--TCACCTC----------A--TC----------------A---------A-----------AT--A-T-G-A-AA-A-A-A-A----------G------T-AT---C---A--A-A-----A-A-------T---------------------T-A--C---A---T---C-GTGGG---A--G-A-C-A-T-AGCC-----TAG-TC---------A----A-G-CC--C-T--A--------T-AA--A--A--T--C-T--GT-AAA-A---T--CC-G----A-A-GC-T-T--C--CGGG
gi|3017 : TATT--CC--A-T-TTTACGAT---A-AATGA--A-----CC--T--T----C--C-----AA--------T-G-G--CG-G-TG-C--A-G-T-----A-T------------------------------A--GT----------------G---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-A-T-T--------AG-----T-AG---G---GATA-G-----A-A-------T--G-----A---C--------T-G------T---T---C-G---C---G--A-A-CAA-A-A--T-----T---TC---------ATAGCA-A-CC--T-T--ATTTGTGGTT-AA--A--ATCT--C-T--CT-AAA-A-C-TGCTT-GT---G-A-GC-CGT--C--CGGGGG
gi|3018 : ATT--TC--A-T-T------C---A-AA--A--A-----CC--T--T----C--A-----AA----------T-G--CG-T-CA-T--T-T-T-----A-T----------T--G----------------A--CT----------------G---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-A-A-T--------A------T-AG---T---G--A-A-----A-A-------T--TTATTTA---C--------T-A--T---C---T---C-G---G---A--A-A-C-A-A-A--T-----T---TC---------A----A-G-CC--C-T--A--------C-AA--A--A--T--C-T--CT-AAA-A-C-T--CT-G----G-A-
gi|3019 : ATT--CC--A-T-G------C---ACAA--A--A-----CCCAT--T----C--A-----AA-AAT-T--T-T-G--CG-T-CA-T--T-A-T-----ACT----------T--GTA--------------A--TT----------------G---------A-----------AA--A-T-G-A-CATG-A-A-AGT--------A------T-AG---T---G--G-A-----A-A-------T--GG----A---C--------T-A--C---T-------C-G---G---A--GGA-C-A-A-A--TAT---T---TC---------A----A-G-CCA-C-T--A--------C-AA--A--A--T--C-T--CT-AAA-A-C-T--CT-T----G-ACGC-T-T--C--CGGAGG
gi|3020 : ATC--CC--A-T-T------C---A-AA--A--AGCAGCCT--T--T----C--A-----AA-A---T--TGC-G--CG-T-CA-TG-T-TAT-----A-T----------T--G-------------------TT----------------G---------A-----------AATGA-T-A-A-CA-G-A-A---T--------A------G-AG---T--------------A-A-------TTAG-----A---CACATACTTT-A--C---T---T---C-T---G---A--G-A-CTA-A-A--T-----T---TT---------A----AAG-CC--C-T--A--------CTAA--A--A--T--A-T--CT-AAA-A-C-T--CT-G----A-A-GCTT-T--C--CGGGG
gi|3021 : TT--CC--A-T-T------C---A-AA--A--A-----CC--T--T----C--ATCA--AA-A---T--T-TTG--CG-T-CA-T--C-T-TCT---A-T----------TT-G----------------A--TT----------------G---------A-----------AA--C-T-G-A-CA-G-A-A-A-T--------A------T-AG---T---G--A-A-----A-A-------T--G-----A---CT-------T-A--C---T---T---C-----G---C--G-A-C-A-A-A--T-----T---TA---------A----A-G-CC--C-T--A--------C-AA--A--A--T--C-T--CT-AAA-A-C-T--CT-G----G-AGGC-T-T--C--CGGGGG
gi|3022 : TT--CC--C-T-T------C---G-AA--A--A-----CC--T--T----C--A-----AA-A---T--T-T-G--CG-T-CA-C--T-T-T-----A-A----------T--G----------------A----------------------------------------------------A-CA-G-A-A-A-T--------A------T-TG---T---G--T-A-----A-A-------T--G-----C---C--------T-A------T---T---C-G---G---A--G-A-C-A-A-A--T-----T---TC---------A----A-G--C--C-T--A--------C--A--A--A--T--C-T--CTAAAA-A-C-T--CT-A----G-A-GC-T-T--T--AGGGGG
gi|3023 : TT--CC--A-T-T------CC--A-AA--A--A-----CC--T--TGTTCC--A-----AA-A---T--T-TTG--CGGT-CA-T--T-T-T-----A-T----------TT-G----------------A--TT----------------G---------A-----------AA--A---G-A-CA-G-A-A-A-T--------AG-----T-AG---T---G--A-A-----A-T-------T--G-----AA--C--------T-A--C---T---TT--C-G---G---A--C-G-C-A-A-G--T-----T--------------A----A-G-CC--C-TT-A--------C-AA--ACAA--T--A-T--CT-AAA-AAC-T--CT-G----G-A-GC---T--C--CGGGGG
gi|3024 : TT--CCTTA-T-T------C---ATAA--A--AT----CC--T--T----C--A-----AA--------T-T-G--CG-T-CA-CA-T-T-T-----A-T----------T--G----------------A--TC----------------G---------AG----------AA--A-TCG-A-TA-G-A-A-AAT--------A------T-A----T---G--ACG-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---T---T---CCG---G---ACAG-A-C-A-A-A--T-----T---TC---------C----A-GACC--CGT--A--------C-AA--A--AA-TG-C-T--CT-TAA-A-C-T--CT-G----G-A-GC-C-T--C--CGGGGG
gi|3025 : TT--CC--A--------------A-AA--A--ATG---CT--C--T----T--A-----AA-A---T--T-T-G--TG-C-TA-T--T-T-C-----A-T----------T--A----------------A--TTTCACCTCATC------A---------A-----------AA--A-T-G-A-AA-A-A-A-A-A--------AG-----T-AT---T---A--A-A-----T-G-------T--G-----A---C--------T-A--C---A---T---G-G---G---A--T-A-C-A-T-A--C-----T---TC---------A----A-G-CC--C-T--A--------T-AAATA--A--T--C-T--GA-AAA-A-T-C--CA-G----A-A-GC-T-T--C--CGGGGG
gi|3026 : T--TC--A-T-T------C---C-AA--A--A-----CC--T--T----C--A-----AA-----T--G-T-G--CG-T-CA-T--TAT-T-----A-T-------------G----------------A--TT----------------G---------A-----------A-----T-G-A-CA-G-A-A---T--------A------A-AG---T---G--A-A-----A-A-------T--G-----A---CCT------T-A--A---T---T---T-C---G---A--G-A-C-A-A-AATT-----T---TC---------A----G----C--C-T--A--------C-AA--A--A--T--C-T--CT-AAA-T-C-TG-CT-T----G-A-G--T-T--C--TGGGG
gi|3027 : C--A-TAT------C---A-GA--A--A-----AC--T--T----C--ATCACAAA-A---T--T-T-G--CG-TGCA-T--T-T-T-----A-T----------T--G----------------AATTT------------------------------------------A-T-A-G-C--------------------------T-AG---T---GGAA-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A------T---T---C-G---GTGGA--G-A-C-A-A-A--T-----T---CC---------A----A-G-CCAGC-T--A--------C-AA--A--A--G--C-T--GT-AAA-A-CAT--CTGG----G-A-GC---T--C--CGAGGG
gi|3028 : -T-T------C---A-AA--A--A-----CC--T--T----C--A-----AA-A---T--T-T-G--CG-T-CA-T--T-T-T-----A-T----------T--G----------------A--TT----------------G---------A-----------AA--T-T-G-A-CA-G-A-A-A-T--------A------T-AG---T---G--A-A-----A-A-------C--G-----A---C--------T-C--C---T---T---C-G---G---A--G-A-C-A-A-A--T-----T---TC---------A----A---CC--C-T--A--------C-AA--A--A--T--C-T--TC-TAA-A-C-T--CT-G----A-A-GC-T-T--C--GGGGG
gi|3029 : -T-T------C---A-AAC-A--A-----CT--C--T----T--A-----AA-T---T--T-T-G--TG-T-CA-T--T-T-T-----A-T----------T--G----------------A--TTTCACATCATC------A---------A-----------AA--A-T-G-A-CACA-A-A-A-T--------A------T-TT---TT--A--A-A-----A-A-------T--T-----A---C--------T-A--C---AAGAT---C-C---G---A--G-A-C-A-T-A--C-----A---TC---------A----A-G-CC--G-T--A--------T-AA--A--A--T--C-A--GT-AAA-A-T-C--CA-T----G-A-GC-T-T--C--TGGAGG
gi|3030 : -T-T------C---A-AA--A--A-----CC--T--T----TT-G-----AA-A---T--A-T-G--TG---CG-C--T-T-T-----A-T----------T--A----------------A--TT----------------TCATCTCTTCA-----------AA--A-T-G-A-TA-G-C-----T--------T------T-TT---T---T--T-A-----A-A-------T--G-----T---T--------T-A--C---A---T---G-G---G---A--G-A-C-A-T-A--T-----T---TC---------T----A-A-CC--C-T--A--------T-AA--A--A--T--A-T--AT-AAA-A-T-C--CT-G----G-A-GC-T-T--C--CGGGAG
gi|3031 : -T-T------CT--A-GA--A--A-----CC--C--A----T--A-----AA-A---C--T-T-G--TG-T-AA-T--T-TCT-----A-T----------T--ATTTACTATATCATCTCA--TC----------------A---------A-----------AA--A-T-G-A-CG-G-ATA-A-T--------A------T------T---G--A-A-----A-A-------T--G-----A---A--------A-A--C---A---G---A-A---G---A--G-G-C-A-T-A--T-----T---TC---------A----A-G-CC--T-T--A--------T-AG--A--A--T--T-C--GT-AAA-A-T-A--CA-G----G-A-GC-T-T--
gi|3032 : -T------T---A-AA--A--A-----CT--T----------A-----AA-T---T--T-T-G--TG-T-CA-TATT-T-T-----A-T----------T--A----------------A--TTTCATCTCATC------A---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-GAA-A-A-T--------A------T-AA---T--------A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---A---T---G-G---G---A--A-A-C-A-
gi|3033 : ------C---A-AA--ACAA-----CA--T--T-------A-----CA-G---T--T-T-G--TG-A-CA-TA-T-T-G-----A-T----------TTCGCCTC------------A--TT----------------G---------A-----------AA--A-G-G-A-CA-G-A-A-A----------A------T-AG---T---A--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---A---T---A-G---T---A--G-A-C-C-T-A--T-----T---TC---------A----A-G--C--C-T--A--------T-AA--C--T--T--C-T--TT-----G-C-C--CT-G----G-A-
gi|3034 : ---A-AA--A--A-----CT--C--T----T--A-----AA-A---T--T-T-G--TG-T-CT-T--T-T-T-----A-TCACGTTCACCT--C----------------A--TC----------------A---------C-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-A-AAT--------A------T-AG----------A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---T---T---G-G---G---A--G-A-C-A-T-T--C-----T---TC---------A----A-G-TC--A-T--A--------T-AA--A--A--T--C-T--GT-AAA-A-T-A--CA-G----G-A-AC-T-T--C--
gi|3035 : ---A-AA--A--A-----CC--C--T----CTTG-----AA-T---T--T-T-G--TG-T-CA-T--T-T-T-----A-T----------T--TTTTTTACCTC------A--TC----------------G---------A-----------AA--G-T-A-A-CA-G-ACA-A-T--------A------T------T---A--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---A---T---G-G---A---A--G-A-C-A-T-G--C-----T---TC---------T----A-G-CC--C-T--A--------T-AA--A--A--T--C-TTGCT-AA------T--CCAG----G-A-GC-T-T--C--AGGGAG
gi|3036 : ---A-AA--A--A-----TC--T--G-------A-----AA-A---T--C-T-G--TG-T-CA-G--T-T-T-----A-T----------T--A----------------A--TTTCACCTCATC------A---------A-----------AA--A-T-G-G-GA-A-A-A-G-T--------A------T------T---T--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------C-A--C---A-------C-GC--G---A--T-T-C-A-T-A--C-----T---TC---------A----A-G-CC--C-C--T--------T-AA--A--A--T--C-T--AT-ACA-A-T-C--CA-G----G-A-CC-T-T--CATTGGGG
gi|3037 : ---A-AA--A--A-----TC--T--G-------A-----AC-A---T--T-T-G--TG-T-CA-G--T-T-T-----A-T----------T--A----------------A--TTTCACCTCATC------A---------A-----------AA--A-T-G-G-GA-A-A-A-G-T--------A------T------T---T--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------C-A--C---A-------C-GC--G---A--T-T-C-A-T-A--C-----T---TC---------A----A-G-CC--C-C--T--------T-AA--A--A--T--C-T--AT-ACA-A-T-C--CA-G----G-A-CC-T-T--CATTGGGG
gi|3038 : ---A-AG--A--A-----GC--T--T-------------AA-T---T--T-T-G--CG-T-CA-T--T-C-T-----A-T----------T--A----------------A--TTTA--------------A---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-GTA-A-A-A--------A------T-GGAT-T---A--A-A-----A-AAAT----T--G-----AC--C--------T-A--C---A---T---G-G---G---A--G-A-C-ATA-A--T-----T---CT---------A--------CC--C-T--A--------TGAA--A--A--A--C-T--GT-AA
gi|3039 : -AA--A--A-----CC--T--T----T--A-----AA-A---TGTT-T-GT-CA-T-TA-T--T-T-TC----A-T----------TA-G----------------A--TT----------------A---------ACCTTTCATTAGAA--G-T-G-A-TA-G-A-A-A----------A------T-AC---T---T--G-A-----A-A-------T--G-----A---T--------T-G--C---A---T---A-G---G---A--G-A-C-A-T-C--T-----A---TC---------A----A-G-CC--C-A--A--------T-AA--A--A--T--A-T--GT-AAA-A-T-C--CA-G----G-A-GC-T-T--C--TGGGGG
gi|3040 : -AA--A--A-----CC--C--C----C--A-----AA-A---C--T-C---------------T-T-A-----A-T----------T-------------------A--TT--------------------------A-----------AA--A-T-G-A-CA-A-A-A-A----------A------T-AT---T---A--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---A---T---G-G---G---T--G-A-C-A-A-A--C-----T---TC---------A----A-G-CC--A-T--A--------T-AA--A--A--T--C-T--GT-AAA-T-T-C--CA-G----G-G-GC-T-T--
gi|3041 : -AA--A--A-----GG--T--T----CTTA-----AA-A---T--T-T-G--TG-T-CA-A--T-C-T-----A-T----------T--A----------------AT-TT----------------C---------A-----------AC--A-C-A-C-CA-A-A-A-A----------G------C-AT---T---C--A-A-----A-A-------T--G-----A---T--------T-G--C---A---T---G-A---G---A--G-A---------------------C---------A----A-G-CC--C-C--A--------T-AA--A--A-----------T-AAA-A---T--CTAG----G-A-GC-T-T--C--CGGG
gi|3042 : -----CC--T--T----A--A-----AA-A---A--T-T-G--TG-C-CA-T--T-T-T-----A-T----------T--G----------------A--TTTCACCGAGCATAGAAAA---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-A-A----------A------T-AT---TT--A--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------G-A--CA--TA--T---A-G---G---A--G-A-C-A-A-G--TAAAC-T---TCTTGA-----A----A-G-CT--T-T--A--------T-AA--A--A--T--C-T--GT-AAA-A-T-C--CG-G----G-G-AC-T-T--C--
gi|3043 : C--T--T----C--ATCC--AA-A---T--T-T-GGACG-T-CA-T--T-T-T-----A-T----------T--G----------------A--TT----------------G---------AAC---------AA--A-T-G-ACCA-C-A-A-A-T--------ATT----T-CG---T---GA-A-A-----A-A-------T--G-----A---A--------T-A--CG--T---T---C-G---G---A--GAA-C-A-ACA--A-----T---TCAAAAAACAAA----A-G-CC--C-T--A--------C--A--A--A--T--C-T--CT-AAA-A-C-T--C-------G-A-GCAT-T--C--CGGGG
gi|3044 : --T--T----T--A-----AA-A---T--T-T-A--TG-C-CA-T--T-T-T-----A-T----------C-------------------A--TT--------------------------------------------------CA-G-T-A-A-TTTCACCTCA------T-AA---C---A--A-ATCAACA-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---A---T---G-G---G---A--G-G-C-A-T-A--C-----T---TC---------A----A-G-CT--C-T--A--------T-AA--A--A--T--C-T--GT-AAA-A-T-C--CA-G----G-A-GC-T-T--C--
gi|3045 : --A-----AA-A---T--T-T-G--TG-T-AA-T--T-T-T--------------------------------------A--TC----------------A---------A-----------AA--A-C-G-A-CA-GAA-A-A-T--------A------T-A--------A--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--CA--TGG-T---C-T---G---A--G-A-C-A-T-A--C-----A---TC---------A----A-G-CC--T-TAGA--------T-AA--A--A--T--C-T--GT-AAA-
gi|3046 : -----AA-A---T--T-T-T--TG-T----T--T-T-A-----A-TCTC-------T--C----------------A--TT----------------A---------G-----------AA--A-T-G-G-CA-A-A-A-A----------A------T-AT---T---T--A-A-----A-A-------T--G-----A---T--------C-A--C---A---C---A-G---G---A--A-A-C-A-T-A--T-----A---TC---------A----A-G-CC--C-T--A--------T-AA--A--A--T--C-T---G-AAA-A-T-C--CA-GTCATG-A-GC-T-T--C--GGG
gi|3047 : ---T--T-G-G--CG-T-CA-T--T-T-------A-T----------T--G----------------A--TTTCG-------------A---------A-----------AA--A-TAG-A-CA-G-A-A-A-T--------A------TTAG---T---G--A-A-----TTA-------G--G-----A------------T-A--C---TA--T---C-G---T---A--G-AAC-A-A-AC-T-----T---TC---------A----A-G-CG--C-T--A--------A-AA--A--A--C--T-T--CT-G-------------G----G-A-GC-T-T--C--CGGGAG
gi|3048 : A-T--T-T-C-----A-CC---------T--C----------------A--TC----------------A---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-A-A-T--------T------T------T---A--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--T---A---T---A-GCCCG---A--G-G-C-A-T-A--C-----A---TC---------A----A-T-CC--C-T--A--------T-AA--A--A--T--C-T--AT-AAA-A-C-C--CA-G----G-A-GC-T-T--C--AAGGGG
gi|3049 : A-T--T-T-C-----A-TA---------T--C----------------A--CT----------------T---------A-----------AA--A-T-G-A-AA-A-A-A-A-A--------G------G-AT---T---A--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-T--C---A---TGG-C-A---G---A--G-A-C-A-T-A--C-----T---TC---------A----A-G-CC--T-A--A--------T-AA--A--A--T--C-T--GT-AAA-A-T-C--CA-G----G-A-GG-T-C--C--CAAGGG
gi|3050 : A-T--T-T-C-----A-CA---------T--A----------------A--TT----------------A---------A-----------AA--G-T-G-A-CA-G-A-A-A----------A------T-AG---T---A--A-A-----A-T-------C--G-----A---C--------G-A--CATAT---T---C-G---T---A--G-A-A-A-ACA--T-----T---TT---------A----A-G-CT--T-T--A--------C-GA--A--A--T--C-T--AT-AA
gi|3051 : A--A-T-G-A-CA-A-G-A-A-A--------A------T-AT---T---T--A-A-----A-A-------T--G-----A---T--------C-A--C---A---C---A-G---G---A--A-A-C-A-T-A--T-----A---TC---------A----A-G-CC--C-T--A--------T-AA--A--A--T--C-T--GT-AAA-A-T-C--CA-GTCATG-A-GC-T-T--C--GGG
gi|3052 : --A-T-G-A-CA-G-A-A-A----------A------T-AG---T---GA-A-A-----A-A-------T--A-----A---T--------A-A--C---A---T---A-G---G---A--G-G-C-A-T-G--T-----T---TC---------A----A-G-CC--G-T--A--------T-AA--A--A--T--T-C--GT-AAA-A-C-C--CA-A----G-T-GC-T-T--C--CGCGG
gi|3053 : -T-G-A-AA-G-A-A-A-T--------A------T-CG---T---G--A-A-----A-A-------T--A-----A---C--------T-A--C---T---T---C-G---G----------------------------------------------------------------------A--A--A--T--C-T--CT-AAA-A-T-T--CT-G----G-A-GC-T-T--C--CGAGG
gi|3054 : -CA-G-A-A-A-T--------A------T-AGCGCT---G--A-A-----ACA-------T--G-----A---C--------T-A--C---T---T---C-G---G---AG-G-A-C-A-A-A--G-----TGTATC---------A----A-G-CC--C-
gi|3055 : --------A------T-AT---T---A--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---A---T---G-GCCCG---A--G-A-C-A-T-A--TAGGCCTACATC---------A----A-G-CC--C-T--A--------C-AA--A--A--T--C-T--GT-AAC-A-T-T--CA-G----A-A-GC-T-T--C--CGGGG
gi|3056 : --G-----A---C--------T-A--C---T---T---C-G---G---A--G-A-C-T-C-A--T-----T---TC---------A----A-G-CC--C-T--A--------C-AA--A--A--T--C-T--CT-AAA-A-C-T--CT-G----G-A-GC-T-T--C--
Alignments
lowQualScore : 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111111
lowQualScore : 11 11 1 1 333333 555 1 22 22 55555 11 11 9999999 44444 0 333 11 0 1 22 0 1 0 44 0 1 55555 0 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 55555555555 11 0 1 0 0 1 2 1 0 7777777777 888888 333333 666666 2 11111 1 3333333 11 33333 222 44444444 0 00 0000000 222 0 444 111 22 1 1 2 333 555555555555 555555555 2222 0 0 11 0 11 22222222 1 22 11 11 11 0 333 1 0 0 0 11 44 3333 0 1 4 0 22 22
lowQualScore : .. .. . . ...... ... . .. .. ..... .. .. ....... ..... . ... .. . . .. . . . .. . . ..... . ............................................................. ........... .. . . . . . . . . .......... ...... ...... ...... . ..... . ....... .. ..... ... ........ . .. ....... ... . ... ... .. . . . ... ............ ......... .... . . .. . .. ........ . .. .. .. .. . ... . . . . .. .. .... . . . . .. ..
lowQualScore : 99 88 2 1 222222 444 8 22 22 22222 22 22 4444444 99999 8 333 99 8 6 77 8 6 8 11 8 5 99999 8 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 44444444444 00 7 4 7 7 4 1 4 7 0000000000 888888 666666 666666 1 77777 4 4444444 66 33333 555 77777777 7 99 8888888 888 7 999 222 33 4 4 0 777 333333333333 999999999 2222 7 7 66 7 77 55555555 4 44 00 77 77 7 222 4 7 7 7 88 22 9999 7 5 0 8 88 33
consensus : TATT--CC--A-T-T------C---A-AA--A--A-----CC--T--T----C--A-----AA-A---T--T-T-G--CG-T-CA-T--T-T-T-----A-T----------T--G----------------A--TT----------------G---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-A-A-T--------A------T-AG---T---G--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---T---T---C-G---G---A--G-A-C-A-A-A--T-----T---TC---------A----A-G-CC--C-T--A--------C-AA--A--A--T--C-T--CT-AAA-A-C-T--CT-G----G-A-GC-T-T--C--CGGGGG
Reference ( family-378 ) : TATT--CC--A-T-T------C---A-AA--A--A-----CC--T--T----C--A-----AA-A---T--T-T-G--CG-T-CA-T--T-T-T-----A-T----------T--G----------------A--TT----------------G---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-A-A-T--------A------T-AG---T---G--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---T---T---C-G---G---A--G-A-C-A-A-A--T-----T---TC---------A----A-G-CC--C-T--A--------C-AA--A--A--T--C-T--CT-AAA-A-C-T--CT-G----G-A-GC-T-T--C--CGGGGG
gi|2998 : TATT--CC--A-T-T------C---A-AA--A--A-----CC--T--T----C--A-----AA-A---T--T-T-G--CG-T-CA-T--T-T-T-----A-T----------T--G----------------A--TT----------------G---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-A-A-T--------A------T-AG---T---G--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---T---T---C-G---G---A--G-A-C-A-A-A--T-----T---TC---------A----A-G-CC--C-T--A--------C-AA--A--A--T--C-T--CT-AAA-A-C-T--CT-G----G-A-GC-T-T--C--CGGGGG
gi|2999 : TATT--CC--A-T-T------C---A-AA--A--A-----CC--T--T----A--A-----AA-A---T--T-T-G--CG-C-CA-T--T-T-T-----A-T----------T--G----------------A--TT----------------G---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-A-A-T--------A------T-AG---T---G--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---T---T---C-G---G---A--G-A-C-A-A-A--T-----T---TC---------A----A-G-CC--C-T--T--------C-AA--A--A--T--C-T--CT-AAA-A-C-T--CT-G----G-A-GT-T-T--C--CAGGGG
gi|3000 : TATT--CC--A-T-T------C---A-AA--A--G-----CC--T--T----C--A-----AA-A---T--T-T-G--CG-T-CA-T--T-T-T-----A-T----------T--G----------------A--TT----------------G---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-A-A-T--------AG-----T-AG---T---G--A-A-----A-T-------T--G-----A---C--------T-A--C---T---T---C-G---G---A--G-A-C-A-A-A--T-----T---TT---------A----A-G-CC--C-T--A--------C-AA--A--A--T--A-T--CT-AAA-A-C-T--CT-G----G-A-GC-T-T--C--CGGGGG
gi|3001 : TATT--CC--A-T-T------C---A-AA--A--A-----CC--T--T----C--A-----AA-A---T--T-T-G--CG-T-CA-T--T-T-T-----A-T----------T--G----------------A--TT----------------G---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-A-A-T--------A------T-AG---T---G--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---T---T---C-G---G---A--G-A-C-A-A-A--T-----A---TC---------A----A-G-CC--C-T--A--------C-A--------------------AAA-G-C-A--CT-G----G-A-GC-T-T--C--CGGGGG
gi|3002 : TATT--CC--A-T-T------C---A-AA--A--A-----CC--T--T----C--A-----AA-A---T--T-T-G--CG-T-CA-T--C-T-T-----A-T----------T--G----------------A--TT----------------G---------A-----------AA--A-T-G-A-AA-G-A-A-A-T--------A------T-AT---T---G--A-A-----A-T-------T--G-----A---C--------C-A--C---T---T---C-G---G---A--G-A-C-A-A-A--T-----T---TT---------A----A-G-----C-T--A--------C-AA--A--A--T--A-T--CT-AAA-A-C-T--AT-G----G-A-GA-T-T--C--CGGGGG
gi|3003 : TAAT--CC--A-T-T------C---A-AA--A--A-----CC--T--T----A--A-----AA-A---T--T-T-G--CG-T-CA-T--T-T-T-----A-T----------T--G----------------A--TT----------------G---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-A-A-T--------A------T-AG-------G--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---T---T---T-G---G---A--G-A-C------------------CC---------A----A-A-CC--C-T--A--------C-AA--A--A--T--C-T--CT-AAA-A-C-T--CT-G----G-A-GC-C-T--C--AAGGAG
gi|3004 : TATTTCCC--A-T-T------C---A-AA--A--A-----CC--T--T----C--A-----AA-A---TG-T-T-G--CG-T-CA-T--T-T-T-----A-T----------T--G----------------A--T-----------------G---------A-----------AA--A-T---A-CA-G-A-A-A----------A------T-AG---T---G--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---T---T---T-G---G---A--G-A-C---A-A--T-----T---TC---------A----A-G-CC--C-T--A--------C-AA--A--A--T--T-T--C--GAA-A-C-T--CT------G-A-GC-T-T--C--CGGGG
gi|3005 : TATT--TC--A-T-T------C---A-AA--A--A-----CC--T--T----C--A-----AA-A---T--T---G--CG-T--A-T--T-T-T-----A-T----------G--G----------------A--CT----------------G---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-A-A-T--------A------T-AG---T---G--A-A-----A-ATTCTATTT--A-----G---C--------T-A--C-------T---C-G---G---A--A-A-C---A-A--T-----T---TC---------A----A-G-CC--C-T--A--------C-AA--A--A--T--CTT--CT-AAA-A-C-T--CT-G----G-A-
gi|3006 : TATT--CC--A-T-T------C---A-AA--A---------C--T--T----T--A-----AA-A---T------G--TG-T-CA-T--T-T-------A-T----------T--G----------------A--TT----------------G---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-A-A-T--------A------T-AG-------G--A-A-----A-A-------T--------A---C--------T-A--C---T---T---C-G-------A--G-A-C-A-A----------T---TC---------A----A-G-CC--C-T--A--------C-AA--A--A--T--C-T--CT-AAA-A-C-T--CT-G----G-A-GCAT-T--C--CAGGGG
gi|3007 : TATT--CC--A-T-T------C---A-AA--A---------C--T--T----T--A-----AA-A---T------G--TG-T-CA-T--T-T-------A-T----------T--G----------------A--TT----------------G---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-A-A-T--------A------T-AG-------G--A-A-----A-A-------T--------A---C--------T-A--C---T---T---C-G-------A--G-A-C-A-A----------T---TC---------A----A-G-CC--C-T--A--------C-AA--A--A--T--C-T--CT-AAA-A-C-T--CT-G----G-A-GCAT-T--C--CAGGGG
gi|3008 : TATT--CC--AAT-T------C---A-AA--A--A-----CC--T--T----CC-A-----AA-A---T--T-T-G--CG-T-CATT--T-T-T-----A-T----------T--GGGT-------------A--TT----------------GA--------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-A-A-T--------A------T-AG---TCGAA--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-AACT---T---T---C-G---G---A--G-A-CAA-A-A--T-----T---TC---------A----A-A-GC--C-T--A--------C--A--A--A--T--C-T--CT-AAACA-C-T--CT-G----A-A-GCGT-T--C--CGGGG
gi|3009 : TATT--CC--A-T-T------C-----AA--A--A-----CC--T--T----C--A-----AAGA---T--T-T-G--CG-T-CA----T-T-T-----A-T----------T--G----------------A--TT----------------G---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G---A-A-T--------AGT----T-AGT--T---G--A-A-----A-T-------T--G-----A---CT-------T-A--C-------T---C-G---G---A--G-G-C-A-A-A--A-----TAG-TT---------A----A-G-CC--C-C--A--------G-CA--A--A--T--C-T--CT-AAA-A-C-T--CT-G--------AC-T-T--C--GGGGGG
gi|3010 : TATT--CC--A-T-T------CTCTA-AA------------C--T--T-------A-----AA-A---T--T---G--CG-T-CA-T--T-T-TT----A-T----------T--G----------------A--TT----------------G---------C-----------GA--G-T-GGA-CA-G-A-A-A-T--------A------T-AG---T---G--A-A-----A-A-------TG-G-----A---C--------T-A--C---T---T---C-G---G---A--G---C-A-A-A--T-----T---TCTA-------G----A-G-CC--C-T-----------C--A--A--A--T--C-T--CT-AAC-A-C-T--CT-G----GAA-GC-T-TCCC--CGGGGG
gi|3011 : TATT--CC--A-T-T------C---A-AA--A--AT----CC--T--TA---C--A-----AA-AA--T--T-T-G--CG-T-CA-T--T-T-TA----A-T----------T--G----------------A--TT----------------G---------A-----------AA--ATT-G-A-CA-G-A-A-A-T--------ATAGGCCT-AG---T---G--ATA-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C-------T---C-A---G---A--G-AGC-A-A-AT-T-----T---TC---------T----A-G-CC--C----A--------C-AAC-A--A--TCCC-T--CT-AAA-A-C-T----------G-A-GC-T-TG-C--CGGAGG
gi|3012 : TATT--CC--A-T-T------C---A-AA--A--T-----CC--T--TA---C--A-----AA-AATTT--T-T-G--CG-TTCA-T--T-T-T-----A-T----------T--G----------------A--TT----------------G---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-ATA-T--------AGGCC--T-AG---T---G--ATA-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---T---C---A-A---G---A--G-C-A-A-A-A--T-----T---TC---------CT---A-G-CC--C-C-----------C-AAC-A--A--T--C-T--CTAAAA-A-C-T----------G-A-GC-T-TG-C--CGGAGG
gi|3013 : TATT--CC--A-T-T------C---A-AA--A--A-----CC--T--T----C--G-----AA-A---T--T-T-G--CG---------C-T-T-----C-T----------T--------------------------------------------------------------------T-G-A-CA-G---A-A-T--------A------T-AG---TGA-G--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------TGA--CT--T---T---C-G---G---AC-G-A-C-A-A-A--T-----T---CCA--------A----A-G-CC--C-T--A--------C-AA--A--A--T--C-T--CT-AAA-----T--CT-G----G-A-GC-
gi|3014 : TAGT--TC--A-T-T----------A-AA--A--A-----CC--T--T----C--A-----TA-A---T--T-T-GG-CG-T-CA-TA-T-T-C-----A-T-------------G----------------A--TT----------------G---------A-----------AC--A-T-G-A--A-G---A-A-T--------AC-----T-AA---T------A-A-----A-T-------T--GCT---AGCTC--------T-A--C---T---T---C-G---G---A--G---C-A-A-A--T-----T---T----------A----A-G-CC--C-T--A--------C-AA--A----------T--AT-TAA-A-C-T--CT-G----G-A-GC-T-T--C--GGG
gi|3015 : TATT--TT--A-T-C------C---A-AA--AT-A-----CT--TGGT----T--A-----CA-A---A--T-T-G--TG-T-AA-T--T-T-TT----A-T----------T--A----------------A--TTTCACATCAGC------A---------A-----------AA--A-T-G-A-CG-G-A-A-A----------A------T-AT---T---A--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---A---TGGCC-C---G---A--A-A-C-A-T-A--C-----A---TC---------A----G-G-CC--C-T--A--------T-AA--A--A--T--C-T--TT-AAA-A-T-C--CA-G----G-
gi|3016 : TGTT--TC--T-T-T------CTGAA-AA--A--G-----TC--T--T-------A-----AA-A---T--T---A--TG-T-CA-T--T-T-TTATGAA-T----------T--TCACCTC----------A--TC----------------A---------A-----------AT--A-T-G-A-AA-A-A-A-AGT--------A------T------C---A--A-A-----A-A-------T---------------------T-A--C---A---T---C-GTGGG---A--G-A-C-A-T-AGCC-----TAG-TC---------A----A-G-CC--C-T--A--------T-AA--A--A--T--C-T--GT-AAA-A---T--CC-G----A-A-GC-T-T--C--CGGG
gi|3017 : TATT--CC--A-T-TTTACGAT---A-AATGA--A-----CC--T--T----C--C-----AA--------T-G-G--CG-G-TG-C--A-G-T-----A-T------------------------------A--GT----------------G---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-A-T-T--------AG-----T-AG---G---GATA-G-----A-A-------T--G-----A---C--------T-G------T---T---C-G---C---G--A-A-CAA-A-A--T-----T---TC---------ATAGCA-A-CC--T-T--ATTTGTGGTT-AA--A--ATCT--C-T--CT-AAA-A-C-TGCTT-GT---G-A-GC-CGT--C--CGGGGG
gi|3018 : ATT--TC--A-T-T------C---A-AA--A--A-----CC--T--T----C--A-----AA----------T-G--CG-T-CA-T--T-T-T-----A-T----------T--G----------------A--CT----------------G---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-A-A-T--------A------T-AG---T---G--A-A-----A-A-------T--TTATTTA---C--------T-A--T---C---T---C-G---G---A--A-A-C-A-A-A--T-----T---TC---------A----A-G-CC--C-T--A--------C-AA--A--A--T--C-T--CT-AAA-A-C-T--CT-G----G-A-
gi|3019 : ATT--CC--A-T-G------C---ACAA--A--A-----CCCAT--T----C--A-----AA-AAT-T--T-T-G--CG-T-CA-T--T-A-T-----ACT----------T--GTA--------------A--TT----------------G---------A-----------AA--A-T-G-A-CATG-A-A-AGT--------A------T-AG---T---G--G-A-----A-A-------T--GG----A---C--------T-A--C---T-------C-G---G---A--GGA-C-A-A-A--TAT---T---TC---------A----A-G-CCA-C-T--A--------C-AA--A--A--T--C-T--CT-AAA-A-C-T--CT-T----G-ACGC-T-T--C--CGGAGG
gi|3020 : ATC--CC--A-T-T------C---A-AA--A--AGCAGCCT--T--T----C--A-----AA-A---T--TGC-G--CG-T-CA-TG-T-TAT-----A-T----------T--G-------------------TT----------------G---------A-----------AATGA-T-A-A-CA-G-A-A---T--------A------G-AG---T--------------A-A-------TTAG-----A---CACATACTTT-A--C---T---T---C-T---G---A--G-A-CTA-A-A--T-----T---TT---------A----AAG-CC--C-T--A--------CTAA--A--A--T--A-T--CT-AAA-A-C-T--CT-G----A-A-GCTT-T--C--CGGGG
gi|3021 : TT--CC--A-T-T------C---A-AA--A--A-----CC--T--T----C--ATCA--AA-A---T--T-TTG--CG-T-CA-T--C-T-TCT---A-T----------TT-G----------------A--TT----------------G---------A-----------AA--C-T-G-A-CA-G-A-A-A-T--------A------T-AG---T---G--A-A-----A-A-------T--G-----A---CT-------T-A--C---T---T---C-----G---C--G-A-C-A-A-A--T-----T---TA---------A----A-G-CC--C-T--A--------C-AA--A--A--T--C-T--CT-AAA-A-C-T--CT-G----G-AGGC-T-T--C--CGGGGG
gi|3022 : TT--CC--C-T-T------C---G-AA--A--A-----CC--T--T----C--A-----AA-A---T--T-T-G--CG-T-CA-C--T-T-T-----A-A----------T--G----------------A----------------------------------------------------A-CA-G-A-A-A-T--------A------T-TG---T---G--T-A-----A-A-------T--G-----C---C--------T-A------T---T---C-G---G---A--G-A-C-A-A-A--T-----T---TC---------A----A-G--C--C-T--A--------C--A--A--A--T--C-T--CTAAAA-A-C-T--CT-A----G-A-GC-T-T--T--AGGGGG
gi|3023 : TT--CC--A-T-T------CC--A-AA--A--A-----CC--T--TGTTCC--A-----AA-A---T--T-TTG--CGGT-CA-T--T-T-T-----A-T----------TT-G----------------A--TT----------------G---------A-----------AA--A---G-A-CA-G-A-A-A-T--------AG-----T-AG---T---G--A-A-----A-T-------T--G-----AA--C--------T-A--C---T---TT--C-G---G---A--C-G-C-A-A-G--T-----T--------------A----A-G-CC--C-TT-A--------C-AA--ACAA--T--A-T--CT-AAA-AAC-T--CT-G----G-A-GC---T--C--CGGGGG
gi|3024 : TT--CCTTA-T-T------C---ATAA--A--AT----CC--T--T----C--A-----AA--------T-T-G--CG-T-CA-CA-T-T-T-----A-T----------T--G----------------A--TC----------------G---------AG----------AA--A-TCG-A-TA-G-A-A-AAT--------A------T-A----T---G--ACG-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---T---T---CCG---G---ACAG-A-C-A-A-A--T-----T---TC---------C----A-GACC--CGT--A--------C-AA--A--AA-TG-C-T--CT-TAA-A-C-T--CT-G----G-A-GC-C-T--C--CGGGGG
gi|3025 : TT--CC--A--------------A-AA--A--ATG---CT--C--T----T--A-----AA-A---T--T-T-G--TG-C-TA-T--T-T-C-----A-T----------T--A----------------A--TTTCACCTCATC------A---------A-----------AA--A-T-G-A-AA-A-A-A-A-A--------AG-----T-AT---T---A--A-A-----T-G-------T--G-----A---C--------T-A--C---A---T---G-G---G---A--T-A-C-A-T-A--C-----T---TC---------A----A-G-CC--C-T--A--------T-AAATA--A--T--C-T--GA-AAA-A-T-C--CA-G----A-A-GC-T-T--C--CGGGGG
gi|3026 : T--TC--A-T-T------C---C-AA--A--A-----CC--T--T----C--A-----AA-----T--G-T-G--CG-T-CA-T--TAT-T-----A-T-------------G----------------A--TT----------------G---------A-----------A-----T-G-A-CA-G-A-A---T--------A------A-AG---T---G--A-A-----A-A-------T--G-----A---CCT------T-A--A---T---T---T-C---G---A--G-A-C-A-A-AATT-----T---TC---------A----G----C--C-T--A--------C-AA--A--A--T--C-T--CT-AAA-T-C-TG-CT-T----G-A-G--T-T--C--TGGGG
gi|3027 : C--A-TAT------C---A-GA--A--A-----AC--T--T----C--ATCACAAA-A---T--T-T-G--CG-TGCA-T--T-T-T-----A-T----------T--G----------------AATTT------------------------------------------A-T-A-G-C--------------------------T-AG---T---GGAA-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A------T---T---C-G---GTGGA--G-A-C-A-A-A--T-----T---CC---------A----A-G-CCAGC-T--A--------C-AA--A--A--G--C-T--GT-AAA-A-CAT--CTGG----G-A-GC---T--C--CGAGGG
gi|3028 : -T-T------C---A-AA--A--A-----CC--T--T----C--A-----AA-A---T--T-T-G--CG-T-CA-T--T-T-T-----A-T----------T--G----------------A--TT----------------G---------A-----------AA--T-T-G-A-CA-G-A-A-A-T--------A------T-AG---T---G--A-A-----A-A-------C--G-----A---C--------T-C--C---T---T---C-G---G---A--G-A-C-A-A-A--T-----T---TC---------A----A---CC--C-T--A--------C-AA--A--A--T--C-T--TC-TAA-A-C-T--CT-G----A-A-GC-T-T--C--GGGGG
gi|3029 : -T-T------C---A-AAC-A--A-----CT--C--T----T--A-----AA-T---T--T-T-G--TG-T-CA-T--T-T-T-----A-T----------T--G----------------A--TTTCACATCATC------A---------A-----------AA--A-T-G-A-CACA-A-A-A-T--------A------T-TT---TT--A--A-A-----A-A-------T--T-----A---C--------T-A--C---AAGAT---C-C---G---A--G-A-C-A-T-A--C-----A---TC---------A----A-G-CC--G-T--A--------T-AA--A--A--T--C-A--GT-AAA-A-T-C--CA-T----G-A-GC-T-T--C--TGGAGG
gi|3030 : -T-T------C---A-AA--A--A-----CC--T--T----TT-G-----AA-A---T--A-T-G--TG---CG-C--T-T-T-----A-T----------T--A----------------A--TT----------------TCATCTCTTCA-----------AA--A-T-G-A-TA-G-C-----T--------T------T-TT---T---T--T-A-----A-A-------T--G-----T---T--------T-A--C---A---T---G-G---G---A--G-A-C-A-T-A--T-----T---TC---------T----A-A-CC--C-T--A--------T-AA--A--A--T--A-T--AT-AAA-A-T-C--CT-G----G-A-GC-T-T--C--CGGGAG
gi|3031 : -T-T------CT--A-GA--A--A-----CC--C--A----T--A-----AA-A---C--T-T-G--TG-T-AA-T--T-TCT-----A-T----------T--ATTTACTATATCATCTCA--TC----------------A---------A-----------AA--A-T-G-A-CG-G-ATA-A-T--------A------T------T---G--A-A-----A-A-------T--G-----A---A--------A-A--C---A---G---A-A---G---A--G-G-C-A-T-A--T-----T---TC---------A----A-G-CC--T-T--A--------T-AG--A--A--T--T-C--GT-AAA-A-T-A--CA-G----G-A-GC-T-T--
gi|3032 : -T------T---A-AA--A--A-----CT--T----------A-----AA-T---T--T-T-G--TG-T-CA-TATT-T-T-----A-T----------T--A----------------A--TTTCATCTCATC------A---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-GAA-A-A-T--------A------T-AA---T--------A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---A---T---G-G---G---A--A-A-C-A-
gi|3033 : ------C---A-AA--ACAA-----CA--T--T-------A-----CA-G---T--T-T-G--TG-A-CA-TA-T-T-G-----A-T----------TTCGCCTC------------A--TT----------------G---------A-----------AA--A-G-G-A-CA-G-A-A-A----------A------T-AG---T---A--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---A---T---A-G---T---A--G-A-C-C-T-A--T-----T---TC---------A----A-G--C--C-T--A--------T-AA--C--T--T--C-T--TT-----G-C-C--CT-G----G-A-
gi|3034 : ---A-AA--A--A-----CT--C--T----T--A-----AA-A---T--T-T-G--TG-T-CT-T--T-T-T-----A-TCACGTTCACCT--C----------------A--TC----------------A---------C-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-A-AAT--------A------T-AG----------A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---T---T---G-G---G---A--G-A-C-A-T-T--C-----T---TC---------A----A-G-TC--A-T--A--------T-AA--A--A--T--C-T--GT-AAA-A-T-A--CA-G----G-A-AC-T-T--C--
gi|3035 : ---A-AA--A--A-----CC--C--T----CTTG-----AA-T---T--T-T-G--TG-T-CA-T--T-T-T-----A-T----------T--TTTTTTACCTC------A--TC----------------G---------A-----------AA--G-T-A-A-CA-G-ACA-A-T--------A------T------T---A--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---A---T---G-G---A---A--G-A-C-A-T-G--C-----T---TC---------T----A-G-CC--C-T--A--------T-AA--A--A--T--C-TTGCT-AA------T--CCAG----G-A-GC-T-T--C--AGGGAG
gi|3036 : ---A-AA--A--A-----TC--T--G-------A-----AA-A---T--C-T-G--TG-T-CA-G--T-T-T-----A-T----------T--A----------------A--TTTCACCTCATC------A---------A-----------AA--A-T-G-G-GA-A-A-A-G-T--------A------T------T---T--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------C-A--C---A-------C-GC--G---A--T-T-C-A-T-A--C-----T---TC---------A----A-G-CC--C-C--T--------T-AA--A--A--T--C-T--AT-ACA-A-T-C--CA-G----G-A-CC-T-T--CATTGGGG
gi|3037 : ---A-AA--A--A-----TC--T--G-------A-----AC-A---T--T-T-G--TG-T-CA-G--T-T-T-----A-T----------T--A----------------A--TTTCACCTCATC------A---------A-----------AA--A-T-G-G-GA-A-A-A-G-T--------A------T------T---T--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------C-A--C---A-------C-GC--G---A--T-T-C-A-T-A--C-----T---TC---------A----A-G-CC--C-C--T--------T-AA--A--A--T--C-T--AT-ACA-A-T-C--CA-G----G-A-CC-T-T--CATTGGGG
gi|3038 : ---A-AG--A--A-----GC--T--T-------------AA-T---T--T-T-G--CG-T-CA-T--T-C-T-----A-T----------T--A----------------A--TTTA--------------A---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-GTA-A-A-A--------A------T-GGAT-T---A--A-A-----A-AAAT----T--G-----AC--C--------T-A--C---A---T---G-G---G---A--G-A-C-ATA-A--T-----T---CT---------A--------CC--C-T--A--------TGAA--A--A--A--C-T--GT-AA
gi|3039 : -AA--A--A-----CC--T--T----T--A-----AA-A---TGTT-T-GT-CA-T-TA-T--T-T-TC----A-T----------TA-G----------------A--TT----------------A---------ACCTTTCATTAGAA--G-T-G-A-TA-G-A-A-A----------A------T-AC---T---T--G-A-----A-A-------T--G-----A---T--------T-G--C---A---T---A-G---G---A--G-A-C-A-T-C--T-----A---TC---------A----A-G-CC--C-A--A--------T-AA--A--A--T--A-T--GT-AAA-A-T-C--CA-G----G-A-GC-T-T--C--TGGGGG
gi|3040 : -AA--A--A-----CC--C--C----C--A-----AA-A---C--T-C---------------T-T-A-----A-T----------T-------------------A--TT--------------------------A-----------AA--A-T-G-A-CA-A-A-A-A----------A------T-AT---T---A--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---A---T---G-G---G---T--G-A-C-A-A-A--C-----T---TC---------A----A-G-CC--A-T--A--------T-AA--A--A--T--C-T--GT-AAA-T-T-C--CA-G----G-G-GC-T-T--
gi|3041 : -AA--A--A-----GG--T--T----CTTA-----AA-A---T--T-T-G--TG-T-CA-A--T-C-T-----A-T----------T--A----------------AT-TT----------------C---------A-----------AC--A-C-A-C-CA-A-A-A-A----------G------C-AT---T---C--A-A-----A-A-------T--G-----A---T--------T-G--C---A---T---G-A---G---A--G-A---------------------C---------A----A-G-CC--C-C--A--------T-AA--A--A-----------T-AAA-A---T--CTAG----G-A-GC-T-T--C--CGGG
gi|3042 : -----CC--T--T----A--A-----AA-A---A--T-T-G--TG-C-CA-T--T-T-T-----A-T----------T--G----------------A--TTTCACCGAGCATAGAAAA---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-A-AAT--------A------T--T---T---A--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------G-A--CA--TA--T---A-G---G---A--G-A-C-A-A-G--TAAAC-T---TCTTGA-----A----A-G-CT--T-T--A--------T-AA--A--A--T--C-T--GT-AAA-A-T-C--CG-G----G-G-AC-T-T--C--
gi|3043 : C--T--T----C--ATCC--AA-A---T--T-T-GGACG-T-CA-T--T-T-T-----A-T----------T--G----------------A--TT----------------G---------AAC---------AA--A-T-G-ACCA-C-A-A-A-T--------ATT----T-CG---T---GA-A-A-----A-A-------T--G-----A---A--------T-A--CG--T---T---C-G---G---A--GAA-C-A-ACA--A-----T---TCAAAAAACAAA----A-G-CC--C-T--A--------C--A--A--A--T--C-T--CT-AAA-A-C-T--C-------G-A-GCAT-T--C--CGGGG
gi|3044 : --T--T----T--A-----AA-A---T--T-T-A--TG-C-CA-T--T-T-T-----A-T----------C-------------------A--TT--------------------------------------------------CA-G-T-A-A-TTTCACCTCA------T-AA---C---A--A-ATCAACA-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---A---T---G-G---G---A--G-G-C-A-T-A--C-----T---TC---------A----A-G-CT--C-T--A--------T-AA--A--A--T--C-T--GT-AAA-A-T-C--CA-G----G-A-GC-T-T--C--
gi|3045 : --A-----AA-A---T--T-T-G--TG-T-AA-T--T-T-T--------------------------------------A--TC----------------A---------A-----------AA--A-C-G-A-CA-GAA-A-A-T--------A------T-A--------A--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--CA--TGG-T---C-T---G---A--G-A-C-A-T-A--C-----A---TC---------A----A-G-CC--T-TAGA--------T-AA--A--A--T--C-T--GT-AAA-
gi|3046 : -----AA-A---T--T-T-T--TG-T----T--T-T-A-----A-TCTC-------T--C----------------A--TT----------------A---------G-----------AA--A-T-G-G-CA-A-A-A-A----------A------T-AT---T---T--A-A-----A-A-------T--G-----A---T--------C-A--C---A---C---A-G---G---A--A-A-C-A-T-A--T-----A---TC---------A----A-G-CC--C-T--A--------T-AA--A--A--T--C-T---G-AAA-A-T-C--CA-GTCATG-A-GC-T-T--C--GGG
gi|3047 : ---T--T-G-G--CG-T-CA-T--T-T-------A-T----------T--G----------------A--TTTCG-------------A---------A-----------AA--A-TAG-A-CA-G-A-A-A-T--------A------TTAG---T---G--A-A-----TTA-------G--G-----A------------T-A--C---TA--T---C-G---T---A--G-AAC-A-A-AC-T-----T---TC---------A----A-G-CG--C-T--A--------A-AA--A--A--C--T-T--CT-G-------------G----G-A-GC-T-T--C--CGGGAG
gi|3048 : A-T--T-T-C-----A-CC---------T--C----------------A--TC----------------A---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-A-A-T--------T------T------T---A--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--T---A---T---A-GCCCG---A--G-G-C-A-T-A--C-----A---TC---------A----A-T-CC--C-T--A--------T-AA--A--A--T--C-T--AT-AAA-A-C-C--CA-G----G-A-GC-T-T--C--AAGGGG
gi|3049 : A-T--T-T-C-----A-TA---------T--C----------------A--CT----------------T---------A-----------AA--A-T-G-A-AA-A-A-A-A-A--------G------G-AT---T---A--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-T--C---A---TGG-C-A---G---A--G-A-C-A-T-A--C-----T---TC---------A----A-G-CC--T-A--A--------T-AA--A--A--T--C-T--GT-AAA-A-T-C--CA-G----G-A-GG-T-C--C--CAAGGG
gi|3050 : A-T--T-T-C-----A-CA---------T--A----------------A--TT----------------A---------A-----------AA--G-T-G-A-CA-G-A-A-A----------A------T-AG---T---A--A-A-----A-T-------C--G-----A---C--------G-A--CATAT---T---C-G---T---A--G-A-A-A-ACA--T-----T---TT---------A----A-G-CT--T-T--A--------C-GA--A--A--T--C-T--AT-AA
gi|3051 : A--A-T-G-A-CA-A-G-A-A-A--------A------T-AT---T---T--A-A-----A-A-------T--G-----A---T--------C-A--C---A---C---A-G---G---A--A-A-C-A-T-A--T-----A---TC---------A----A-G-CC--C-T--A--------T-AA--A--A--T--C-T--GT-AAA-A-T-C--CA-GTCATG-A-GC-T-T--C--GGG
gi|3052 : --A-T-G-A-CA-G-A-A-A----------A------T-AG---T---GA-A-A-----A-A-------T--A-----A---T--------A-A--C---A---T---A-G---G---A--G-G-C-A-T-G--T-----T---TC---------A----A-G-CC--G-T--A--------T-AA--A--A--T--T-C--GT-AAA-A-C-C--CA-A----G-T-GC-T-T--C--CGCGG
gi|3053 : -T-G-A-AA-G-A-A-A-T--------A------T-CG---T---G--A-A-----A-A-------T--A-----A---C--------T-A--C---T---T---C-G---G----------------------------------------------------------------------A--A--A--T--C-T--CT-AAA-A-T-T--CT-G----G-A-GC-T-T--C--CGAGG
gi|3054 : -CA-G-A-A-A-T--------A------T-AGCGCT---G--A-A-----ACA-------T--G-----A---C--------T-A--C---T---T---C-G---G---AG-G-A-C-A-A-A--G-----TGTATC---------A----A-G-CC--C-
gi|3055 : --------A------T-AT---T---A--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---A---T---G-GCCCG---A--G-A-C-A-T-A--TAGGCCTACATC---------A----A-G-CC--C-T--A--------C-AA--A--A--T--C-T--GT-AAC-A-T-T--CA-G----A-A-GC-T-T--C--CGGGG
gi|3056 : --G-----A---C--------T-A--C---T---T---C-G---G---A--G-A-C-T-C-A--T-----T---TC---------A----A-G-CC--C-T--A--------C-AA--A--A--T--C-T--CT-AAA-A-C-T--CT-G----G-A-GC-T-T--C--
Alignments
lowQualScore : 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111111
lowQualScore : 11 11 1 1 333333 555 1 22 22 55555 11 11 9999999 44444 0 333 11 0 1 22 0 1 0 44 0 1 55555 0 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 55555555555 11 0 1 0 0 1 2 1 0 7777777777 888888 333333 666666 2 11111 1 3333333 11 33333 222 44444444 0 00 0000000 222 0 444 111 22 1 1 2 333 555555555555 555555555 2222 0 0 11 0 11 22222222 1 22 11 11 11 0 333 1 0 0 0 11 44 3333 0 1 4 0 22 22
lowQualScore : .. .. . . ...... ... . .. .. ..... .. .. ....... ..... . ... .. . . .. . . . .. . . ..... . ............................................................. ........... .. . . . . . . . . .......... ...... ...... ...... . ..... . ....... .. ..... ... ........ . .. ....... ... . ... ... .. . . . ... ............ ......... .... . . .. . .. ........ . .. .. .. .. . ... . . . . .. .. .... . . . . .. ..
lowQualScore : 99 88 2 1 222222 444 8 22 22 22222 22 22 4444444 99999 8 333 99 8 6 77 8 6 8 11 8 5 99999 8 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 44444444444 00 7 4 7 7 4 1 4 7 0000000000 888888 666666 666666 1 77777 4 4444444 66 33333 555 77777777 7 99 8888888 888 7 999 222 33 4 4 0 777 333333333333 999999999 2222 7 7 66 7 77 55555555 4 44 00 77 77 7 222 4 7 7 7 88 22 9999 7 5 0 8 88 33
consensus : TATT--CC--A-T-T------C---A-AA--A--A-----CC--T--T----C--A-----AA-A---T--T-T-G--CG-T-CA-T--T-T-T-----A-T----------T--G----------------A--TT----------------G---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-A-A-T--------A------T-AG---T---G--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---T---T---C-G---G---A--G-A-C-A-A-A--T-----T---TC---------A----A-G-CC--C-T--A--------C-AA--A--A--T--C-T--CT-AAA-A-C-T--CT-G----G-A-GC-T-T--C--CGGGGG
Reference ( family-378 ) : TATT--CC--A-T-T------C---A-AA--A--A-----CC--T--T----C--A-----AA-A---T--T-T-G--CG-T-CA-T--T-T-T-----A-T----------T--G----------------A--TT----------------G---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-A-A-T--------A------T-AG---T---G--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---T---T---C-G---G---A--G-A-C-A-A-A--T-----T---TC---------A----A-G-CC--C-T--A--------C-AA--A--A--T--C-T--CT-AAA-A-C-T--CT-G----G-A-GC-T-T--C--CGGGGG
gi|2998 : TATT--CC--A-T-T------C---A-AA--A--A-----CC--T--T----C--A-----AA-A---T--T-T-G--CG-T-CA-T--T-T-T-----A-T----------T--G----------------A--TT----------------G---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-A-A-T--------A------T-AG---T---G--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---T---T---C-G---G---A--G-A-C-A-A-A--T-----T---TC---------A----A-G-CC--C-T--A--------C-AA--A--A--T--C-T--CT-AAA-A-C-T--CT-G----G-A-GC-T-T--C--CGGGGG
gi|2999 : TATT--CC--A-T-T------C---A-AA--A--A-----CC--T--T----A--A-----AA-A---T--T-T-G--CG-C-CA-T--T-T-T-----A-T----------T--G----------------A--TT----------------G---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-A-A-T--------A------T-AG---T---G--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---T---T---C-G---G---A--G-A-C-A-A-A--T-----T---TC---------A----A-G-CC--C-T--T--------C-AA--A--A--T--C-T--CT-AAA-A-C-T--CT-G----G-A-GT-T-T--C--CAGGGG
gi|3000 : TATT--CC--A-T-T------C---A-AA--A--G-----CC--T--T----C--A-----AA-A---T--T-T-G--CG-T-CA-T--T-T-T-----A-T----------T--G----------------A--TT----------------G---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-A-A-T--------AG-----T-AG---T---G--A-A-----A-T-------T--G-----A---C--------T-A--C---T---T---C-G---G---A--G-A-C-A-A-A--T-----T---TT---------A----A-G-CC--C-T--A--------C-AA--A--A--T--A-T--CT-AAA-A-C-T--CT-G----G-A-GC-T-T--C--CGGGGG
gi|3001 : TATT--CC--A-T-T------C---A-AA--A--A-----CC--T--T----C--A-----AA-A---T--T-T-G--CG-T-CA-T--T-T-T-----A-T----------T--G----------------A--TT----------------G---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-A-A-T--------A------T-AG---T---G--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---T---T---C-G---G---A--G-A-C-A-A-A--T-----A---TC---------A----A-G-CC--C-T--A--------C-A--------------------AAA-G-C-A--CT-G----G-A-GC-T-T--C--CGGGGG
gi|3002 : TATT--CC--A-T-T------C---A-AA--A--A-----CC--T--T----C--A-----AA-A---T--T-T-G--CG-T-CA-T--C-T-T-----A-T----------T--G----------------A--TT----------------G---------A-----------AA--A-T-G-A-AA-G-A-A-A-T--------A------T-AT---T---G--A-A-----A-T-------T--G-----A---C--------C-A--C---T---T---C-G---G---A--G-A-C-A-A-A--T-----T---TT---------A----A-G-----C-T--A--------C-AA--A--A--T--A-T--CT-AAA-A-C-T--AT-G----G-A-GA-T-T--C--CGGGGG
gi|3003 : TAAT--CC--A-T-T------C---A-AA--A--A-----CC--T--T----A--A-----AA-A---T--T-T-G--CG-T-CA-T--T-T-T-----A-T----------T--G----------------A--TT----------------G---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-A-A-T--------A------T-AG-------G--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---T---T---T-G---G---A--G-A-C------------------CC---------A----A-A-CC--C-T--A--------C-AA--A--A--T--C-T--CT-AAA-A-C-T--CT-G----G-A-GC-C-T--C--AAGGAG
gi|3004 : TATTTCCC--A-T-T------C---A-AA--A--A-----CC--T--T----C--A-----AA-A---TG-T-T-G--CG-T-CA-T--T-T-T-----A-T----------T--G----------------A--T-----------------G---------A-----------AA--A-T---A-CA-G-A-A-A----------A------T-AG---T---G--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---T---T---T-G---G---A--G-A-C---A-A--T-----T---TC---------A----A-G-CC--C-T--A--------C-AA--A--A--T--T-T--C--GAA-A-C-T--CT------G-A-GC-T-T--C--CGGGG
gi|3005 : TATT--TC--A-T-T------C---A-AA--A--A-----CC--T--T----C--A-----AA-A---T--T---G--CG-T--A-T--T-T-T-----A-T----------G--G----------------A--CT----------------G---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-A-A-T--------A------T-AG---T---G--A-A-----A-ATTCTATTT--A-----G---C--------T-A--C-------T---C-G---G---A--A-A-C---A-A--T-----T---TC---------A----A-G-CC--C-T--A--------C-AA--A--A--T--CTT--CT-AAA-A-C-T--CT-G----G-A-
gi|3006 : TATT--CC--A-T-T------C---A-AA--A---------C--T--T----T--A-----AA-A---T------G--TG-T-CA-T--T-T-------A-T----------T--G----------------A--TT----------------G---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-A-A-T--------A------T-AG-------G--A-A-----A-A-------T--------A---C--------T-A--C---T---T---C-G-------A--G-A-C-A-A----------T---TC---------A----A-G-CC--C-T--A--------C-AA--A--A--T--C-T--CT-AAA-A-C-T--CT-G----G-A-GCAT-T--C--CAGGGG
gi|3007 : TATT--CC--A-T-T------C---A-AA--A---------C--T--T----T--A-----AA-A---T------G--TG-T-CA-T--T-T-------A-T----------T--G----------------A--TT----------------G---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-A-A-T--------A------T-AG-------G--A-A-----A-A-------T--------A---C--------T-A--C---T---T---C-G-------A--G-A-C-A-A----------T---TC---------A----A-G-CC--C-T--A--------C-AA--A--A--T--C-T--CT-AAA-A-C-T--CT-G----G-A-GCAT-T--C--CAGGGG
gi|3008 : TATT--CC--AAT-T------C---A-AA--A--A-----CC--T--T----CC-A-----AA-A---T--T-T-G--CG-T-CATT--T-T-T-----A-T----------T--GGGT-------------A--TT----------------GA--------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-A-A-T--------A------T-AG---TCGAA--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-AACT---T---T---C-G---G---A--G-A-CAA-A-A--T-----T---TC---------A----A-A-GC--C-T--A--------C--A--A--A--T--C-T--CT-AAACA-C-T--CT-G----A-A-GCGT-T--C--CGGGG
gi|3009 : TATT--CC--A-T-T------C-----AA--A--A-----CC--T--T----C--A-----AAGA---T--T-T-G--CG-T-CA----T-T-T-----A-T----------T--G----------------A--TT----------------G---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G---A-A-T--------AGT----T-AGT--T---G--A-A-----A-T-------T--G-----A---CT-------T-A--C-------T---C-G---G---A--G-G-C-A-A-A--A-----TAG-TT---------A----A-G-CC--C-C--A--------G-CA--A--A--T--C-T--CT-AAA-A-C-T--CT-G--------AC-T-T--C--GGGGGG
gi|3010 : TATT--CC--A-T-T------CTCTA-AA------------C--T--T-------A-----AA-A---T--T---G--CG-T-CA-T--T-T-TT----A-T----------T--G----------------A--TT----------------G---------C-----------GA--G-T-GGA-CA-G-A-A-A-T--------A------T-AG---T---G--A-A-----A-A-------TG-G-----A---C--------T-A--C---T---T---C-G---G---A--G---C-A-A-A--T-----T---TCTA-------G----A-G-CC--C-T-----------C--A--A--A--T--C-T--CT-AAC-A-C-T--CT-G----GAA-GC-T-TCCC--CGGGGG
gi|3011 : TATT--CC--A-T-T------C---A-AA--A--AT----CC--T--TA---C--A-----AA-AA--T--T-T-G--CG-T-CA-T--T-T-TA----A-T----------T--G----------------A--TT----------------G---------A-----------AA--ATT-G-A-CA-G-A-A-A-T--------ATAGGCCT-AG---T---G--ATA-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C-------T---C-A---G---A--G-AGC-A-A-AT-T-----T---TC---------T----A-G-CC--C----A--------C-AAC-A--A--TCCC-T--CT-AAA-A-C-T----------G-A-GC-T-TG-C--CGGAGG
gi|3012 : TATT--CC--A-T-T------C---A-AA--A--T-----CC--T--TA---C--A-----AA-AATTT--T-T-G--CG-TTCA-T--T-T-T-----A-T----------T--G----------------A--TT----------------G---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-ATA-T--------AGGCC--T-AG---T---G--ATA-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---T---C---A-A---G---A--G-C-A-A-A-A--T-----T---TC---------CT---A-G-CC--C-C-----------C-AAC-A--A--T--C-T--CTAAAA-A-C-T----------G-A-GC-T-TG-C--CGGAGG
gi|3013 : TATT--CC--A-T-T------C---A-AA--A--A-----CC--T--T----C--G-----AA-A---T--T-T-G--CG---------C-T-T-----C-T----------T--------------------------------------------------------------------T-G-A-CA-G---A-A-T--------A------T-AG---TGA-G--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------TGA--CT--T---T---C-G---G---AC-G-A-C-A-A-A--T-----T---CCA--------A----A-G-CC--C-T--A--------C-AA--A--A--T--C-T--CT-AAA-----T--CT-G----G-A-GC-
gi|3014 : TAGT--TC--A-T-T----------A-AA--A--A-----CC--T--T----C--A-----TA-A---T--T-T-GG-CG-T-CA-TA-T-T-C-----A-T-------------G----------------A--TT----------------G---------A-----------AC--A-T-G-A--A-G---A-A-T--------AC-----T-AA---T------A-A-----A-T-------T--GCT---AGCTC--------T-A--C---T---T---C-G---G---A--G---C-A-A-A--T-----T---T----------A----A-G-CC--C-T--A--------C-AA--A----------T--AT-TAA-A-C-T--CT-G----G-A-GC-T-T--C--GGG
gi|3015 : TATT--TT--A-T-C------C---A-AA--AT-A-----CT--TGGT----T--A-----CA-A---A--T-T-G--TG-T-AA-T--T-T-TT----A-T----------T--A----------------A--TTTCACATCAGC------A---------A-----------AA--A-T-G-A-CG-G-A-A-A----------A------T-AT---T---A--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---A---TGGCC-C---G---A--A-A-C-A-T-A--C-----A---TC---------A----G-G-CC--C-T--A--------T-AA--A--A--T--C-T--TT-AAA-A-T-C--CA-G----G-
gi|3016 : TGTT--TC--T-T-T------CTGAA-AA--A--G-----TC--T--T-------A-----AA-A---T--T---A--TG-T-CA-T--T-T-TTATGAA-T----------T--TCACCTC----------A--TC----------------A---------A-----------AT--A-T-G-A-AA-A-A-A-AGT--------A------T------C---A--A-A-----A-A-------T---------------------T-A--C---A---T---C-GTGGG---A--G-A-C-A-T-AGCC-----TAG-TC---------A----A-G-CC--C-T--A--------T-AA--A--A--T--C-T--GT-AAA-A---T--CC-G----A-A-GC-T-T--C--CGGG
gi|3017 : TATT--CC--A-T-TTTACGAT---A-AATGA--A-----CC--T--T----C--C-----AA--------T-G-G--CG-G-TG-C--A-G-T-----A-T------------------------------A--GT----------------G---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-A-T-T--------AG-----T-AG---G---GATA-G-----A-A-------T--G-----A---C--------T-G------T---T---C-G---C---G--A-A-CAA-A-A--T-----T---TC---------ATAGCA-A-CC--T-T--ATTTGTGGTT-AA--A--ATCT--C-T--CT-AAA-A-C-TGCTT-GT---G-A-GC-CGT--C--CGGGGG
gi|3018 : ATT--TC--A-T-T------C---A-AA--A--A-----CC--T--T----C--A-----AA----------T-G--CG-T-CA-T--T-T-T-----A-T----------T--G----------------A--CT----------------G---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-A-A-T--------A------T-AG---T---G--A-A-----A-A-------T--TTATTTA---C--------T-A--T---C---T---C-G---G---A--A-A-C-A-A-A--T-----T---TC---------A----A-G-CC--C-T--A--------C-AA--A--A--T--C-T--CT-AAA-A-C-T--CT-G----G-A-
gi|3019 : ATT--CC--A-T-G------C---ACAA--A--A-----CCCAT--T----C--A-----AA-AAT-T--T-T-G--CG-T-CA-T--T-A-T-----ACT----------T--GTA--------------A--TT----------------G---------A-----------AA--A-T-G-A-CATG-A-A-AGT--------A------T-AG---T---G--G-A-----A-A-------T--GG----A---C--------T-A--C---T-------C-G---G---A--GGA-C-A-A-A--TAT---T---TC---------A----A-G-CCA-C-T--A--------C-AA--A--A--T--C-T--CT-AAA-A-C-T--CT-T----G-ACGC-T-T--C--CGGAGG
gi|3020 : ATC--CC--A-T-T------C---A-AA--A--AGCAGCCT--T--T----C--A-----AA-A---T--TGC-G--CG-T-CA-TG-T-TAT-----A-T----------T--G-------------------TT----------------G---------A-----------AATGA-T-A-A-CA-G-A-A---T--------A------G-AG---T--------------A-A-------TTAG-----A---CACATACTTT-A--C---T---T---C-T---G---A--G-A-CTA-A-A--T-----T---TT---------A----AAG-CC--C-T--A--------CTAA--A--A--T--A-T--CT-AAA-A-C-T--CT-G----A-A-GCTT-T--C--CGGGG
gi|3021 : TT--CC--A-T-T------C---A-AA--A--A-----CC--T--T----C--ATCA--AA-A---T--T-TTG--CG-T-CA-T--C-T-TCT---A-T----------TT-G----------------A--TT----------------G---------A-----------AA--C-T-G-A-CA-G-A-A-A-T--------A------T-AG---T---G--A-A-----A-A-------T--G-----A---CT-------T-A--C---T---T---C-----G---C--G-A-C-A-A-A--T-----T---TA---------A----A-G-CC--C-T--A--------C-AA--A--A--T--C-T--CT-AAA-A-C-T--CT-G----G-AGGC-T-T--C--CGGGGG
gi|3022 : TT--CC--C-T-T------C---G-AA--A--A-----CC--T--T----C--A-----AA-A---T--T-T-G--CG-T-CA-C--T-T-T-----A-A----------T--G----------------A----------------------------------------------------A-CA-G-A-A-A-T--------A------T-TG---T---G--T-A-----A-A-------T--G-----C---C--------T-A------T---T---C-G---G---A--G-A-C-A-A-A--T-----T---TC---------A----A-G--C--C-T--A--------C--A--A--A--T--C-T--CTAAAA-A-C-T--CT-A----G-A-GC-T-T--T--AGGGGG
gi|3023 : TT--CC--A-T-T------CC--A-AA--A--A-----CC--T--TGTTCC--A-----AA-A---T--T-TTG--CGGT-CA-T--T-T-T-----A-T----------TT-G----------------A--TT----------------G---------A-----------AA--A---G-A-CA-G-A-A-A-T--------AG-----T-AG---T---G--A-A-----A-T-------T--G-----AA--C--------T-A--C---T---TT--C-G---G---A--C-G-C-A-A-G--T-----T--------------A----A-G-CC--C-TT-A--------C-AA--ACAA--T--A-T--CT-AAA-AAC-T--CT-G----G-A-GC---T--C--CGGGGG
gi|3024 : TT--CCTTA-T-T------C---ATAA--A--AT----CC--T--T----C--A-----AA--------T-T-G--CG-T-CA-CA-T-T-T-----A-T----------T--G----------------A--TC----------------G---------AG----------AA--A-TCG-A-TA-G-A-A-AAT--------A------T-A----T---G--ACG-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---T---T---CCG---G---ACAG-A-C-A-A-A--T-----T---TC---------C----A-GACC--CGT--A--------C-AA--A--AA-TG-C-T--CT-TAA-A-C-T--CT-G----G-A-GC-C-T--C--CGGGGG
gi|3025 : TT--CC--A--------------A-AA--A--ATG---CT--C--T----T--A-----AA-A---T--T-T-G--TG-C-TA-T--T-T-C-----A-T----------T--A----------------A--TTTCACCTCATC------A---------A-----------AA--A-T-G-A-AA-A-A-A-A-A--------AG-----T-AT---T---A--A-A-----T-G-------T--G-----A---C--------T-A--C---A---T---G-G---G---A--T-A-C-A-T-A--C-----T---TC---------A----A-G-CC--C-T--A--------T-AAATA--A--T--C-T--GA-AAA-A-T-C--CA-G----A-A-GC-T-T--C--CGGGGG
gi|3026 : T--TC--A-T-T------C---C-AA--A--A-----CC--T--T----C--A-----AA-----T--G-T-G--CG-T-CA-T--TAT-T-----A-T-------------G----------------A--TT----------------G---------A-----------A-----T-G-A-CA-G-A-A---T--------A------A-AG---T---G--A-A-----A-A-------T--G-----A---CCT------T-A--A---T---T---T-C---G---A--G-A-C-A-A-AATT-----T---TC---------A----G----C--C-T--A--------C-AA--A--A--T--C-T--CT-AAA-T-C-TG-CT-T----G-A-G--T-T--C--TGGGG
gi|3027 : C--A-TAT------C---A-GA--A--A-----AC--T--T----C--ATCACAAA-A---T--T-T-G--CG-TGCA-T--T-T-T-----A-T----------T--G----------------AATTT------------------------------------------A-T-A-G-C--------------------------T-AG---T---GGAA-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A------T---T---C-G---GTGGA--G-A-C-A-A-A--T-----T---CC---------A----A-G-CCAGC-T--A--------C-AA--A--A--G--C-T--GT-AAA-A-CAT--CTGG----G-A-GC---T--C--CGAGGG
gi|3028 : -T-T------C---A-AA--A--A-----CC--T--T----C--A-----AA-A---T--T-T-G--CG-T-CA-T--T-T-T-----A-T----------T--G----------------A--TT----------------G---------A-----------AA--T-T-G-A-CA-G-A-A-A-T--------A------T-AG---T---G--A-A-----A-A-------C--G-----A---C--------T-C--C---T---T---C-G---G---A--G-A-C-A-A-A--T-----T---TC---------A----A---CC--C-T--A--------C-AA--A--A--T--C-T--TC-TAA-A-C-T--CT-G----A-A-GC-T-T--C--GGGGG
gi|3029 : -T-T------C---A-AAC-A--A-----CT--C--T----T--A-----AA-T---T--T-T-G--TG-T-CA-T--T-T-T-----A-T----------T--G----------------A--TTTCACATCATC------A---------A-----------AA--A-T-G-A-CACA-A-A-A-T--------A------T-TT---TT--A--A-A-----A-A-------T--T-----A---C--------T-A--C---AAGAT---C-C---G---A--G-A-C-A-T-A--C-----A---TC---------A----A-G-CC--G-T--A--------T-AA--A--A--T--C-A--GT-AAA-A-T-C--CA-T----G-A-GC-T-T--C--TGGAGG
gi|3030 : -T-T------C---A-AA--A--A-----CC--T--T----TT-G-----AA-A---T--A-T-G--TG---CG-C--T-T-T-----A-T----------T--A----------------A--TT----------------TCATCTCTTCA-----------AA--A-T-G-A-TA-G-C-----T--------T------T-TT---T---T--T-A-----A-A-------T--G-----T---T--------T-A--C---A---T---G-G---G---A--G-A-C-A-T-A--T-----T---TC---------T----A-A-CC--C-T--A--------T-AA--A--A--T--A-T--AT-AAA-A-T-C--CT-G----G-A-GC-T-T--C--CGGGAG
gi|3031 : -T-T------CT--A-GA--A--A-----CC--C--A----T--A-----AA-A---C--T-T-G--TG-T-AA-T--T-TCT-----A-T----------T--ATTTACTATATCATCTCA--TC----------------A---------A-----------AA--A-T-G-A-CG-G-ATA-A-T--------A------T------T---G--A-A-----A-A-------T--G-----A---A--------A-A--C---A---G---A-A---G---A--G-G-C-A-T-A--T-----T---TC---------A----A-G-CC--T-T--A--------T-AG--A--A--T--T-C--GT-AAA-A-T-A--CA-G----G-A-GC-T-T--
gi|3032 : -T------T---A-AA--A--A-----CT--T----------A-----AA-T---T--T-T-G--TG-T-CA-TATT-T-T-----A-T----------T--A----------------A--TTTCATCTCATC------A---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-GAA-A-A-T--------A------T-AA---T--------A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---A---T---G-G---G---A--A-A-C-A-
gi|3033 : ------C---A-AA--ACAA-----CA--T--T-------A-----CA-G---T--T-T-G--TG-A-CA-TA-T-T-G-----A-T----------TTCGCCTC------------A--TT----------------G---------A-----------AA--A-G-G-A-CA-G-A-A-A----------A------T-AG---T---A--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---A---T---A-G---T---A--G-A-C-C-T-A--T-----T---TC---------A----A-G--C--C-T--A--------T-AA--C--T--T--C-T--TT-----G-C-C--CT-G----G-A-
gi|3034 : ---A-AA--A--A-----CT--C--T----T--A-----AA-A---T--T-T-G--TG-T-CT-T--T-T-T-----A-TCACGTTCACCT--C----------------A--TC----------------A---------C-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-A-AAT--------A------T-AG----------A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---T---T---G-G---G---A--G-A-C-A-T-T--C-----T---TC---------A----A-G-TC--A-T--A--------T-AA--A--A--T--C-T--GT-AAA-A-T-A--CA-G----G-A-AC-T-T--C--
gi|3035 : ---A-AA--A--A-----CC--C--T----CTTG-----AA-T---T--T-T-G--TG-T-CA-T--T-T-T-----A-T----------T--TTTTTTACCTC------A--TC----------------G---------A-----------AA--G-T-A-A-CA-G-ACA-A-T--------A------T------T---A--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---A---T---G-G---A---A--G-A-C-A-T-G--C-----T---TC---------T----A-G-CC--C-T--A--------T-AA--A--A--T--C-TTGCT-AA------T--CCAG----G-A-GC-T-T--C--AGGGAG
gi|3036 : ---A-AA--A--A-----TC--T--G-------A-----AA-A---T--C-T-G--TG-T-CA-G--T-T-T-----A-T----------T--A----------------A--TTTCACCTCATC------A---------A-----------AA--A-T-G-G-GA-A-A-A-G-T--------A------T------T---T--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------C-A--C---A-------C-GC--G---A--T-T-C-A-T-A--C-----T---TC---------A----A-G-CC--C-C--T--------T-AA--A--A--T--C-T--AT-ACA-A-T-C--CA-G----G-A-CC-T-T--CATTGGGG
gi|3037 : ---A-AA--A--A-----TC--T--G-------A-----AC-A---T--T-T-G--TG-T-CA-G--T-T-T-----A-T----------T--A----------------A--TTTCACCTCATC------A---------A-----------AA--A-T-G-G-GA-A-A-A-G-T--------A------T------T---T--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------C-A--C---A-------C-GC--G---A--T-T-C-A-T-A--C-----T---TC---------A----A-G-CC--C-C--T--------T-AA--A--A--T--C-T--AT-ACA-A-T-C--CA-G----G-A-CC-T-T--CATTGGGG
gi|3038 : ---A-AG--A--A-----GC--T--T-------------AA-T---T--T-T-G--CG-T-CA-T--T-C-T-----A-T----------T--A----------------A--TTTA--------------A---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-GTA-A-A-A--------A------T-GGAT-T---A--A-A-----A-AAAT----T--G-----AC--C--------T-A--C---A---T---G-G---G---A--G-A-C-ATA-A--T-----T---CT---------A--------CC--C-T--A--------TGAA--A--A--A--C-T--GT-AA
gi|3039 : -AA--A--A-----CC--T--T----T--A-----AA-A---TGTT-T-GT-CA-T-TA-T--T-T-TC----A-T----------TA-G----------------A--TT----------------A---------ACCTTTCATTAGAA--G-T-G-A-TA-G-A-A-A----------A------T-AC---T---T--G-A-----A-A-------T--G-----A---T--------T-G--C---A---T---A-G---G---A--G-A-C-A-T-C--T-----A---TC---------A----A-G-CC--C-A--A--------T-AA--A--A--T--A-T--GT-AAA-A-T-C--CA-G----G-A-GC-T-T--C--TGGGGG
gi|3040 : -AA--A--A-----CC--C--C----C--A-----AA-A---C--T-C---------------T-T-A-----A-T----------T-------------------A--TT--------------------------A-----------AA--A-T-G-A-CA-A-A-A-A----------A------T-AT---T---A--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---A---T---G-G---G---T--G-A-C-A-A-A--C-----T---TC---------A----A-G-CC--A-T--A--------T-AA--A--A--T--C-T--GT-AAA-T-T-C--CA-G----G-G-GC-T-T--
gi|3041 : -AA--A--A-----GG--T--T----CTTA-----AA-A---T--T-T-G--TG-T-CA-A--T-C-T-----A-T----------T--A----------------AT-TT----------------C---------A-----------AC--A-C-A-C-CA-A-A-A-A----------G------C-AT---T---C--A-A-----A-A-------T--G-----A---T--------T-G--C---A---T---G-A---G---A--G-A---------------------C---------A----A-G-CC--C-C--A--------T-AA--A--A-----------T-AAA-A---T--CTAG----G-A-GC-T-T--C--CGGG
gi|3042 : -----CC--T--T----A--A-----AA-A---A--T-T-G--TG-C-CA-T--T-T-T-----A-T----------T--G----------------A--TTTCACCGAGCATAGAAAA---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-A-AAT--------A------T--T---T---A--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------G-A--CA--TA--T---A-G---G---A--G-A-C-A-A-G--TAAAC-T---TCTTGA-----A----A-G-CT--T-T--A--------T-AA--A--A--T--C-T--GT-AAA-A-T-C--CG-G----G-G-AC-T-T--C--
gi|3043 : C--T--T----C--ATCC--AA-A---T--T-T-GGACG-T-CA-T--T-T-T-----A-T----------T--G----------------A--TT----------------G---------AAC---------AA--A-T-G-ACCA-C-A-A-A-T--------ATT----T-CG---T---GA-A-A-----A-A-------T--G-----A---A--------T-A--CG--T---T---C-G---G---A--GAA-C-A-ACA--A-----T---TCAAAAAACAAA----A-G-CC--C-T--A--------C--A--A--A--T--C-T--CT-AAA-A-C-T--C-------G-A-GCAT-T--C--CGGGG
gi|3044 : --T--T----T--A-----AA-A---T--T-T-A--TG-C-CA-T--T-T-T-----A-T----------C-------------------A--TT--------------------------------------------------CA-G-T-A-A-TTTCACCTCA------T-AA---C---A--A-ATCAACA-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---A---T---G-G---G---A--G-G-C-A-T-A--C-----T---TC---------A----A-G-CT--C-T--A--------T-AA--A--A--T--C-T--GT-AAA-A-T-C--CA-G----G-A-GC-T-T--C--
gi|3045 : --A-----AA-A---T--T-T-G--TG-T-AA-T--T-T-T--------------------------------------A--TC----------------A---------A-----------AA--A-C-G-A-CA-GAA-A-A-T--------A------T-A--------A--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--CA--TGG-T---C-T---G---A--G-A-C-A-T-A--C-----A---TC---------A----A-G-CC--T-TAGA--------T-AA--A--A--T--C-T--GT-AAA-
gi|3046 : -----AA-A---T--T-T-T--TG-T----T--T-T-A-----A-TCTC-------T--C----------------A--TT----------------A---------G-----------AA--A-T-G-G-CA-A-A-A-A----------A------T-AT---T---T--A-A-----A-A-------T--G-----A---T--------C-A--C---A---C---A-G---G---A--A-A-C-A-T-A--T-----A---TC---------A----A-G-CC--C-T--A--------T-AA--A--A--T--C-T---G-AAA-A-T-C--CA-GTCATG-A-GC-T-T--C--GGG
gi|3047 : ---T--T-G-G--CG-T-CA-T--T-T-------A-T----------T--G----------------A--TTTCG-------------A---------A-----------AA--A-TAG-A-CA-G-A-A-A-T--------A------TTAG---T---G--A-A-----TTA-------G--G-----A------------T-A--C---TA--T---C-G---T---A--G-AAC-A-A-AC-T-----T---TC---------A----A-G-CG--C-T--A--------A-AA--A--A--C--T-T--CT-G-------------G----G-A-GC-T-T--C--CGGGAG
gi|3048 : A-T--T-T-C-----A-CC---------T--C----------------A--TC----------------A---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-A-A-T--------T------T------T---A--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--T---A---T---A-GCCCG---A--G-G-C-A-T-A--C-----A---TC---------A----A-T-CC--C-T--A--------T-AA--A--A--T--C-T--AT-AAA-A-C-C--CA-G----G-A-GC-T-T--C--AAGGGG
gi|3049 : A-T--T-T-C-----A-TA---------T--C----------------A--CT----------------T---------A-----------AA--A-T-G-A-AA-A-A-A-A-A--------G------G-AT---T---A--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-T--C---A---TGG-C-A---G---A--G-A-C-A-T-A--C-----T---TC---------A----A-G-CC--T-A--A--------T-AA--A--A--T--C-T--GT-AAA-A-T-C--CA-G----G-A-GG-T-C--C--CAAGGG
gi|3050 : A-T--T-T-C-----A-CA---------T--A----------------A--TT----------------A---------A-----------AA--G-T-G-A-CA-G-A-A-A----------A------T-AG---T---A--A-A-----A-T-------C--G-----A---C--------G-A--CATAT---T---C-G---T---A--G-A-A-A-ACA--T-----T---TT---------A----A-G-CT--T-T--A--------C-GA--A--A--T--C-T--AT-AA
gi|3051 : A--A-T-G-A-CA-A-G-A-A-A--------A------T-AT---T---T--A-A-----A-A-------T--G-----A---T--------C-A--C---A---C---A-G---G---A--A-A-C-A-T-A--T-----A---TC---------A----A-G-CC--C-T--A--------T-AA--A--A--T--C-T--GT-AAA-A-T-C--CA-GTCATG-A-GC-T-T--C--GGG
gi|3052 : --A-T-G-A-CA-G-A-A-A----------A------T-AG---T---GA-A-A-----A-A-------T--A-----A---T--------A-A--C---A---T---A-G---G---A--G-G-C-A-T-G--T-----T---TC---------A----A-G-CC--G-T--A--------T-AA--A--A--T--T-C--GT-AAA-A-C-C--CA-A----G-T-GC-T-T--C--CGCGG
gi|3053 : -T-G-A-AA-G-A-A-A-T--------A------T-CG---T---G--A-A-----A-A-------T--A-----A---C--------T-A--C---T---T---C-G---G----------------------------------------------------------------------A--A--A--T--C-T--CT-AAA-A-T-T--CT-G----G-A-GC-T-T--C--CGAGG
gi|3054 : -CA-G-A-A-A-T--------A------T-AGCGCT---G--A-A-----ACA-------T--G-----A---C--------T-A--C---T---T---C-G---G---AG-G-A-C-A-A-A--G-----TGTATC---------A----A-G-CC--C-
gi|3055 : --------A------T-AT---T---A--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---A---T---G-GCCCG---A--G-A-C-A-T-A--TAGGCCTACATC---------A----A-G-CC--C-T--A--------C-AA--A--A--T--C-T--GT-AAC-A-T-T--CA-G----A-A-GC-T-T--C--CGGGG
gi|3056 : --G-----A---C--------T-A--C---T---T---C-G---G---A--G-A-C-T-C-A--T-----T---TC---------A----A-G-CC--C-T--A--------C-AA--A--A--T--C-T--CT-AAA-A-C-T--CT-G----G-A-GC-T-T--C--
blockSeqs : TC TT A A TTACGA TCT C TG CA GCAGC CA GG GTTCC TCACA ATT GT T GA T AT A TATGA TATTTACTATATCATCTCATCA CCTTTCATTAG TG C T A T TTTCACCTC TAGGCC AGCGC CGAA T TCAAC T TTCTATT TA TATTT GCT ACATACTT AAGA GGC TGG TGG CA G G A TA TAGGCCTACA AAAAAACAA TAGC AG AG TTTGTGGT T AT TC CC TGC A GC TG TCAT C A CC AT
blockSeqs : . . . . . TGA T C T TG . . CTT TCA AT G T G G A C CT TGATTTCACCGAGCATAGAAAA AC . A C T C GT GGCC GGAT GAG T . C AAT G CT A CT ATGG GG CCC . C A A A AC GCCTAG TTGA T A T . G C A G C A G CA TCAT G A G AT
blockSeqs : . . . . . C . . . T . . CTT TCC A . . T . G . T TAATTTCACATCAGCA G . . . A . GT GT AGT GAT C . . . . G C T ATAT T CCC . G . . T AC TAAACT TA . . . . . C . . C . . TA T . G G .
blockSeqs : . . . . . T . . . T . . CC . . . . . . A . A TAATTTCACCTCATCA . . . . . . AT TT TAG GGA . . . . . . . T ATA . C . . . . . A GTGTA A . . . . . . . . C . . T . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . AC . . . . . . A . T TGATTTCACATCATCA . . . . . . AT G AG TA . . . . . . . . TT . C . . . . . A ATAG . . . . . . . . . C . . T . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . AC . . . . . . . . C TAATTTCATCTCATCA . . . . . . AT C AG GA . . . . . . . . GT . . . . . . . A TATT . . . . . . . . . C . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . . . . CACGTTCACCTCATCA . . . . . . T G AG GA . . . . . . . . TA . . . . . . . A ATTT . . . . . . . . . C . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . TTTTTTTACCTCATCG . . . . . . T G AT G . . . . . . . . T . . . . . . . A TTT . . . . . . . . . C . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . TAATTTCACCTCATCA . . . . . . T G AG G . . . . . . . . T . . . . . . . A CTT . . . . . . . . . C . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . TAATTTCACCTCATCA . . . . . . T . AG G . . . . . . . . T . . . . . . . A TT . . . . . . . . . C . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . TAATTTCATCTCTTC . . . . . . T . AG G . . . . . . . . T . . . . . . . A TT . . . . . . . . . C . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . TTCACCTCATCA . . . . . . T . AG G . . . . . . . . T . . . . . . . A TA . . . . . . . . . C . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . TTCGCCTCATTG . . . . . . T . AG G . . . . . . . . T . . . . . . . A TT . . . . . . . . . C . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . TGGGTATTGA . . . . . . T . AG G . . . . . . . . T . . . . . . . A TT . . . . . . . . . C . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . CTCTCATTA . . . . . . T . AG G . . . . . . . . T . . . . . . . A TT . . . . . . . . . C . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . TGATTTCGA . . . . . . T . AG G . . . . . . . . T . . . . . . . A TT . . . . . . . . . A . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . TGTAATTG . . . . . . T . AG G . . . . . . . . T . . . . . . . A TT . . . . . . . . . T . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . TAATTTAA . . . . . . T . AG G . . . . . . . . T . . . . . . . A TT . . . . . . . . . G . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . TTGATTG . . . . . . T . AA G . . . . . . . . T . . . . . . . T TT . . . . . . . . . C . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . TTGATTG . . . . . . T . AT G . . . . . . . . A . . . . . . . T TT . . . . . . . . . C . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . TGAATTT . . . . . . T . AG A . . . . . . . . A . . . . . . . A CA . . . . . . . . . C . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . TAGATTA . . . . . . T . AG A . . . . . . . . T . . . . . . . A TT . . . . . . . . . C . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . TAATTTC . . . . . . T . AG G . . . . . . . . C . . . . . . . A TT . . . . . . . . . C . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . CTCATCA . . . . . . T . AG G . . . . . . . . T . . . . . . . A TT . . . . . . . . . C . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . ATCACTT . . . . . . T . AG G . . . . . . . . T . . . . . . . A TT . . . . . . . . . C . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . ATAATTA . . . . . . T . TG G . . . . . . . . T . . . . . . . A TT . . . . . . . . . C . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . TGATTG . . . . . . T . AG G . . . . . . . . T . . . . . . . A TT . . . . . . . . . G . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . TGATTG . . . . . . A . AT G . . . . . . . . T . . . . . . . A TT . . . . . . . . . C . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . TGATTG . . . . . . T . AG A . . . . . . . . T . . . . . . . T CT . . . . . . . . . G . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . TGATTG . . . . . . T . AG G . . . . . . . . A . . . . . . . A TT . . . . . . . . . T . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . TGATTG . . . . . . T . AG G . . . . . . . . T . . . . . . . A TT . . . . . . . . . G . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . GGACTG . . . . . . T . TT T . . . . . . . . T . . . . . . . A CA . . . . . . . . . A . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . TGATTG . . . . . . T . TT G . . . . . . . . T . . . . . . . T TT . . . . . . . . . G . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . . . . . . . . . TGATTG . . . . . . T . AA A . . . . . . . . A . . . . . . . T TT . . . . . . . . . T . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . . . . . TGATTG . . . . . . T . AG A . . . . . . . . A . . . . . . . T TT . . . . . . . . . G . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . . . . . TGATTG . . . . . . T . AG T . . . . . . . . A . . . . . . . T CT . . . . . . . . . A . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . . . . . . TGATTG . . . . . . T . AC T . . . . . . . . A . . . . . . . T CT . . . . . . . . . A . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . . . . . TGATTG . . . . . . A . AT A . . . . . . . . T . . . . . . . T CT . . . . . . . . . G . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . . . . TGACTG . . . . . . T . AT T . . . . . . . . A . . . . . . . T CT . . . . . . . . . G . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . TGATCG . . . . . . T . CG A . . . . . . . . A . . . . . . . T TT . . . . . . . . . G . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . TGATTG . . . . . . T . AA C . . . . . . . . A . . . . . . . T TA . . . . . . . . . G . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . TGATTG . . . . . . T . AT A . . . . . . . . A . . . . . . . A CT . . . . . . . . . C . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . TGATG . . . . . . A . AT A . . . . . . . . A . . . . . . . A AT . . . . . . . . . G . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . GATTG . . . . . . A . AG A . . . . . . . . A . . . . . . . T CT . . . . . . . . . G . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . TGTTG . . . . . . T . AT T . . . . . . . . A . . . . . . . T CA . . . . . . . . . C . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . GATTG . . . . . . T . AG G . . . . . . . . A . . . . . . . T TA . . . . . . . . . A . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . AGTG . . . . . . . . CG A . . . . . . . . A . . . . . . . A CA . . . . . . . . . G . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . TATT . . . . . . . . AT A . . . . . . . . A . . . . . . . T CT . . . . . . . . . A . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . CATT . . . . . . . . A A . . . . . . . . A . . . . . . . T TT . . . . . . . . . G . . T . . .
blockSeqs : . . . ATCA . . . . . . . . T T . . . . . . . . A . . . . . . . T TA . . . . . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . TGA . . . . . . . . A G . . . . . . . . A . . . . . . . T TT . . . . . . . . . C . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . G . . . . . . . . T . . . . . . . A TT . . . . . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . . . T . . . . . . . T T . . . . . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . C T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : TATT--CC--A-T-T------C---A-AA--A--A-----CC--T--T----C--A-----AA-A---T--T-T-G--CG-T-CA-T--T-T-T-----A-T----------T--G----------------A--TT----------------G---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-A-A-T--------A------T-AG---T---G--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---T---T---C-G---G---A--G-A-C-A-A-A--T-----T---TC---------A----A-G-CC--C-T--A--------C-AA--A--A--T--C-T--CT-AAA-A-C-T--CT-G----G-A-GC-T-T--C--CGGGGG
finalCons : TATT--CC--A-T-T------C---A-AA--A--A-----CC--T--T----C--A-----AA-A---T--T-T-G--CG-T-CA-T--T-T-T-----A-T----------T--G----------------A--TT----------------G---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-A-A-T--------A------T-AG---T---G--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---T---T---C-G---G---A--G-A-C-A-A-A--T-----T---TC---------A----A-G-CC--C-T--A--------C-AA--A--A--T--C-T--CT-AAA-A-C-T--CT-G----G-A-GC-T-T--C--CGGGGG
Alignments
lowQualScore : 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111111
lowQualScore : 11 11 1 1 333333 555 1 22 22 55555 11 11 9999999 44444 0 333 11 0 1 22 0 1 0 44 0 1 55555 0 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 55555555555 11 0 1 0 0 1 2 1 0 7777777777 888888 333333 666666 2 11111 1 3333333 11 33333 222 44444444 0 00 0000000 222 0 444 111 22 1 1 2 333 555555555555 555555555 2222 0 0 11 0 11 22222222 1 22 11 11 11 0 333 1 0 0 0 11 44 3333 0 1 4 0 22 22
lowQualScore : .. .. . . ...... ... . .. .. ..... .. .. ....... ..... . ... .. . . .. . . . .. . . ..... . ............................................................. ........... .. . . . . . . . . .......... ...... ...... ...... . ..... . ....... .. ..... ... ........ . .. ....... ... . ... ... .. . . . ... ............ ......... .... . . .. . .. ........ . .. .. .. .. . ... . . . . .. .. .... . . . . .. ..
lowQualScore : 99 88 2 1 222222 444 8 22 22 22222 22 22 4444444 99999 8 333 99 8 6 77 8 6 8 11 8 5 99999 8 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 44444444444 00 7 4 7 7 4 1 4 7 0000000000 888888 666666 666666 1 77777 4 4444444 66 33333 555 77777777 7 99 8888888 888 7 999 222 33 4 4 0 777 333333333333 999999999 2222 7 7 66 7 77 55555555 4 44 00 77 77 7 222 4 7 7 7 88 22 9999 7 5 0 8 88 33
consensus : TATT--CC--A-T-T------C---A-AA--A--A-----CC--T--T----C--A-----AA-A---T--T-T-G--CG-T-CA-T--T-T-T-----A-T----------T--G----------------A--TT----------------G---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-A-A-T--------A------T-AG---T---G--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---T---T---C-G---G---A--G-A-C-A-A-A--T-----T---TC---------A----A-G-CC--C-T--A--------C-AA--A--A--T--C-T--CT-AAA-A-C-T--CT-G----G-A-GC-T-T--C--CGGGGG
Reference ( family-378 ) : TATT--CC--A-T-T------C---A-AA--A--A-----CC--T--T----C--A-----AA-A---T--T-T-G--CG-T-CA-T--T-T-T-----A-T----------T--G----------------A--TT----------------G---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-A-A-T--------A------T-AG---T---G--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---T---T---C-G---G---A--G-A-C-A-A-A--T-----T---TC---------A----A-G-CC--C-T--A--------C-AA--A--A--T--C-T--CT-AAA-A-C-T--CT-G----G-A-GC-T-T--C--CGGGGG
gi|2998 : TATT--CC--A-T-T------C---A-AA--A--A-----CC--T--T----C--A-----AA-A---T--T-T-G--CG-T-CA-T--T-T-T-----A-T----------T--G----------------A--TT----------------G---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-A-A-T--------A------T-AG---T---G--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---T---T---C-G---G---A--G-A-C-A-A-A--T-----T---TC---------A----A-G-CC--C-T--A--------C-AA--A--A--T--C-T--CT-AAA-A-C-T--CT-G----G-A-GC-T-T--C--CGGGGG
gi|2999 : TATT--CC--A-T-T------C---A-AA--A--A-----CC--T--T----A--A-----AA-A---T--T-T-G--CG-C-CA-T--T-T-T-----A-T----------T--G----------------A--TT----------------G---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-A-A-T--------A------T-AG---T---G--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---T---T---C-G---G---A--G-A-C-A-A-A--T-----T---TC---------A----A-G-CC--C-T--T--------C-AA--A--A--T--C-T--CT-AAA-A-C-T--CT-G----G-A-GT-T-T--C--CAGGGG
gi|3000 : TATT--CC--A-T-T------C---A-AA--A--G-----CC--T--T----C--A-----AA-A---T--T-T-G--CG-T-CA-T--T-T-T-----A-T----------T--G----------------A--TT----------------G---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-A-A-T--------AG-----T-AG---T---G--A-A-----A-T-------T--G-----A---C--------T-A--C---T---T---C-G---G---A--G-A-C-A-A-A--T-----T---TT---------A----A-G-CC--C-T--A--------C-AA--A--A--T--A-T--CT-AAA-A-C-T--CT-G----G-A-GC-T-T--C--CGGGGG
gi|3001 : TATT--CC--A-T-T------C---A-AA--A--A-----CC--T--T----C--A-----AA-A---T--T-T-G--CG-T-CA-T--T-T-T-----A-T----------T--G----------------A--TT----------------G---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-A-A-T--------A------T-AG---T---G--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---T---T---C-G---G---A--G-A-C-A-A-A--T-----A---TC---------A----A-G-CC--C-T--A--------C-A--------------------AAA-G-C-A--CT-G----G-A-GC-T-T--C--CGGGGG
gi|3002 : TATT--CC--A-T-T------C---A-AA--A--A-----CC--T--T----C--A-----AA-A---T--T-T-G--CG-T-CA-T--C-T-T-----A-T----------T--G----------------A--TT----------------G---------A-----------AA--A-T-G-A-AA-G-A-A-A-T--------A------T-AT---T---G--A-A-----A-T-------T--G-----A---C--------C-A--C---T---T---C-G---G---A--G-A-C-A-A-A--T-----T---TT---------A----A-G-----C-T--A--------C-AA--A--A--T--A-T--CT-AAA-A-C-T--AT-G----G-A-GA-T-T--C--CGGGGG
gi|3003 : TAAT--CC--A-T-T------C---A-AA--A--A-----CC--T--T----A--A-----AA-A---T--T-T-G--CG-T-CA-T--T-T-T-----A-T----------T--G----------------A--TT----------------G---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-A-A-T--------A------T-AG-------G--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---T---T---T-G---G---A--G-A-C------------------CC---------A----A-A-CC--C-T--A--------C-AA--A--A--T--C-T--CT-AAA-A-C-T--CT-G----G-A-GC-C-T--C--AAGGAG
gi|3004 : TATTTCCC--A-T-T------C---A-AA--A--A-----CC--T--T----C--A-----AA-A---TG-T-T-G--CG-T-CA-T--T-T-T-----A-T----------T--G----------------A--T-----------------G---------A-----------AA--A-T---A-CA-G-A-A-A----------A------T-AG---T---G--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---T---T---T-G---G---A--G-A-C---A-A--T-----T---TC---------A----A-G-CC--C-T--A--------C-AA--A--A--T--T-T--C--GAA-A-C-T--CT------G-A-GC-T-T--C--CGGGG
gi|3005 : TATT--TC--A-T-T------C---A-AA--A--A-----CC--T--T----C--A-----AA-A---T--T---G--CG-T--A-T--T-T-T-----A-T----------G--G----------------A--CT----------------G---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-A-A-T--------A------T-AG---T---G--A-A-----A-ATTCTATTT--A-----G---C--------T-A--C-------T---C-G---G---A--A-A-C---A-A--T-----T---TC---------A----A-G-CC--C-T--A--------C-AA--A--A--T--CTT--CT-AAA-A-C-T--CT-G----G-A-
gi|3006 : TATT--CC--A-T-T------C---A-AA--A---------C--T--T----T--A-----AA-A---T------G--TG-T-CA-T--T-T-------A-T----------T--G----------------A--TT----------------G---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-A-A-T--------A------T-AG-------G--A-A-----A-A-------T--------A---C--------T-A--C---T---T---C-G-------A--G-A-C-A-A----------T---TC---------A----A-G-CC--C-T--A--------C-AA--A--A--T--C-T--CT-AAA-A-C-T--CT-G----G-A-GCAT-T--C--CAGGGG
gi|3007 : TATT--CC--A-T-T------C---A-AA--A---------C--T--T----T--A-----AA-A---T------G--TG-T-CA-T--T-T-------A-T----------T--G----------------A--TT----------------G---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-A-A-T--------A------T-AG-------G--A-A-----A-A-------T--------A---C--------T-A--C---T---T---C-G-------A--G-A-C-A-A----------T---TC---------A----A-G-CC--C-T--A--------C-AA--A--A--T--C-T--CT-AAA-A-C-T--CT-G----G-A-GCAT-T--C--CAGGGG
gi|3008 : TATT--CC--AAT-T------C---A-AA--A--A-----CC--T--T----CC-A-----AA-A---T--T-T-G--CG-T-CATT--T-T-T-----A-T----------T--GGGT-------------A--TT----------------GA--------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-A-A-T--------A------T-AG---TCGAA--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-AACT---T---T---C-G---G---A--G-A-CAA-A-A--T-----T---TC---------A----A-A-GC--C-T--A--------C--A--A--A--T--C-T--CT-AAACA-C-T--CT-G----A-A-GCGT-T--C--CGGGG
gi|3009 : TATT--CC--A-T-T------C-----AA--A--A-----CC--T--T----C--A-----AAGA---T--T-T-G--CG-T-CA----T-T-T-----A-T----------T--G----------------A--TT----------------G---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G---A-A-T--------AGT----T-AGT--T---G--A-A-----A-T-------T--G-----A---CT-------T-A--C-------T---C-G---G---A--G-G-C-A-A-A--A-----TAG-TT---------A----A-G-CC--C-C--A--------G-CA--A--A--T--C-T--CT-AAA-A-C-T--CT-G--------AC-T-T--C--GGGGGG
gi|3010 : TATT--CC--A-T-T------CTCTA-AA------------C--T--T-------A-----AA-A---T--T---G--CG-T-CA-T--T-T-TT----A-T----------T--G----------------A--TT----------------G---------C-----------GA--G-T-GGA-CA-G-A-A-A-T--------A------T-AG---T---G--A-A-----A-A-------TG-G-----A---C--------T-A--C---T---T---C-G---G---A--G---C-A-A-A--T-----T---TCTA-------G----A-G-CC--C-T-----------C--A--A--A--T--C-T--CT-AAC-A-C-T--CT-G----GAA-GC-T-TCCC--CGGGGG
gi|3011 : TATT--CC--A-T-T------C---A-AA--A--AT----CC--T--TA---C--A-----AA-AA--T--T-T-G--CG-T-CA-T--T-T-TA----A-T----------T--G----------------A--TT----------------G---------A-----------AA--ATT-G-A-CA-G-A-A-A-T--------ATAGGCCT-AG---T---G--ATA-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C-------T---C-A---G---A--G-AGC-A-A-AT-T-----T---TC---------T----A-G-CC--C----A--------C-AAC-A--A--TCCC-T--CT-AAA-A-C-T----------G-A-GC-T-TG-C--CGGAGG
gi|3012 : TATT--CC--A-T-T------C---A-AA--A--T-----CC--T--TA---C--A-----AA-AATTT--T-T-G--CG-TTCA-T--T-T-T-----A-T----------T--G----------------A--TT----------------G---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-ATA-T--------AGGCC--T-AG---T---G--ATA-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---T---C---A-A---G---A--G-C-A-A-A-A--T-----T---TC---------CT---A-G-CC--C-C-----------C-AAC-A--A--T--C-T--CTAAAA-A-C-T----------G-A-GC-T-TG-C--CGGAGG
gi|3013 : TATT--CC--A-T-T------C---A-AA--A--A-----CC--T--T----C--G-----AA-A---T--T-T-G--CG---------C-T-T-----C-T----------T--------------------------------------------------------------------T-G-A-CA-G---A-A-T--------A------T-AG---TGA-G--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------TGA--CT--T---T---C-G---G---AC-G-A-C-A-A-A--T-----T---CCA--------A----A-G-CC--C-T--A--------C-AA--A--A--T--C-T--CT-AAA-----T--CT-G----G-A-GC-
gi|3014 : TAGT--TC--A-T-T----------A-AA--A--A-----CC--T--T----C--A-----TA-A---T--T-T-GG-CG-T-CA-TA-T-T-C-----A-T-------------G----------------A--TT----------------G---------A-----------AC--A-T-G-A--A-G---A-A-T--------AC-----T-AA---T------A-A-----A-T-------T--GCT---AGCTC--------T-A--C---T---T---C-G---G---A--G---C-A-A-A--T-----T---T----------A----A-G-CC--C-T--A--------C-AA--A----------T--AT-TAA-A-C-T--CT-G----G-A-GC-T-T--C--GGG
gi|3015 : TATT--TT--A-T-C------C---A-AA--AT-A-----CT--TGGT----T--A-----CA-A---A--T-T-G--TG-T-AA-T--T-T-TT----A-T----------T--A----------------A--TTTCACATCAGC------A---------A-----------AA--A-T-G-A-CG-G-A-A-A----------A------T-AT---T---A--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---A---TGGCC-C---G---A--A-A-C-A-T-A--C-----A---TC---------A----G-G-CC--C-T--A--------T-AA--A--A--T--C-T--TT-AAA-A-T-C--CA-G----G-
gi|3016 : TGTT--TC--T-T-T------CTGAA-AA--A--G-----TC--T--T-------A-----AA-A---T--T---A--TG-T-CA-T--T-T-TTATGAA-T----------T--TCACCTC----------A--TC----------------A---------A-----------AT--A-T-G-A-AA-A-A-A-AGT--------A------T------C---A--A-A-----A-A-------T---------------------T-A--C---A---T---C-GTGGG---A--G-A-C-A-T-AGCC-----TAG-TC---------A----A-G-CC--C-T--A--------T-AA--A--A--T--C-T--GT-AAA-A---T--CC-G----A-A-GC-T-T--C--CGGG
gi|3017 : TATT--CC--A-T-TTTACGAT---A-AATGA--A-----CC--T--T----C--C-----AA--------T-G-G--CG-G-TG-C--A-G-T-----A-T------------------------------A--GT----------------G---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-A-T-T--------AG-----T-AG---G---GATA-G-----A-A-------T--G-----A---C--------T-G------T---T---C-G---C---G--A-A-CAA-A-A--T-----T---TC---------ATAGCA-A-CC--T-T--ATTTGTGGTT-AA--A--ATCT--C-T--CT-AAA-A-C-TGCTT-GT---G-A-GC-CGT--C--CGGGGG
gi|3018 : ATT--TC--A-T-T------C---A-AA--A--A-----CC--T--T----C--A-----AA----------T-G--CG-T-CA-T--T-T-T-----A-T----------T--G----------------A--CT----------------G---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-A-A-T--------A------T-AG---T---G--A-A-----A-A-------T--TTATTTA---C--------T-A--T---C---T---C-G---G---A--A-A-C-A-A-A--T-----T---TC---------A----A-G-CC--C-T--A--------C-AA--A--A--T--C-T--CT-AAA-A-C-T--CT-G----G-A-
gi|3019 : ATT--CC--A-T-G------C---ACAA--A--A-----CCCAT--T----C--A-----AA-AAT-T--T-T-G--CG-T-CA-T--T-A-T-----ACT----------T--GTA--------------A--TT----------------G---------A-----------AA--A-T-G-A-CATG-A-A-AGT--------A------T-AG---T---G--G-A-----A-A-------T--GG----A---C--------T-A--C---T-------C-G---G---A--GGA-C-A-A-A--TAT---T---TC---------A----A-G-CCA-C-T--A--------C-AA--A--A--T--C-T--CT-AAA-A-C-T--CT-T----G-ACGC-T-T--C--CGGAGG
gi|3020 : ATC--CC--A-T-T------C---A-AA--A--AGCAGCCT--T--T----C--A-----AA-A---T--TGC-G--CG-T-CA-TG-T-TAT-----A-T----------T--G-------------------TT----------------G---------A-----------AATGA-T-A-A-CA-G-A-A---T--------A------G-AG---T--------------A-A-------TTAG-----A---CACATACTTT-A--C---T---T---C-T---G---A--G-A-CTA-A-A--T-----T---TT---------A----AAG-CC--C-T--A--------CTAA--A--A--T--A-T--CT-AAA-A-C-T--CT-G----A-A-GCTT-T--C--CGGGG
gi|3021 : TT--CC--A-T-T------C---A-AA--A--A-----CC--T--T----C--ATCA--AA-A---T--T-TTG--CG-T-CA-T--C-T-TCT---A-T----------TT-G----------------A--TT----------------G---------A-----------AA--C-T-G-A-CA-G-A-A-A-T--------A------T-AG---T---G--A-A-----A-A-------T--G-----A---CT-------T-A--C---T---T---C-----G---C--G-A-C-A-A-A--T-----T---TA---------A----A-G-CC--C-T--A--------C-AA--A--A--T--C-T--CT-AAA-A-C-T--CT-G----G-AGGC-T-T--C--CGGGGG
gi|3022 : TT--CC--C-T-T------C---G-AA--A--A-----CC--T--T----C--A-----AA-A---T--T-T-G--CG-T-CA-C--T-T-T-----A-A----------T--G----------------A----------------------------------------------------A-CA-G-A-A-A-T--------A------T-TG---T---G--T-A-----A-A-------T--G-----C---C--------T-A------T---T---C-G---G---A--G-A-C-A-A-A--T-----T---TC---------A----A-G--C--C-T--A--------C--A--A--A--T--C-T--CTAAAA-A-C-T--CT-A----G-A-GC-T-T--T--AGGGGG
gi|3023 : TT--CC--A-T-T------CC--A-AA--A--A-----CC--T--TGTTCC--A-----AA-A---T--T-TTG--CGGT-CA-T--T-T-T-----A-T----------TT-G----------------A--TT----------------G---------A-----------AA--A---G-A-CA-G-A-A-A-T--------AG-----T-AG---T---G--A-A-----A-T-------T--G-----AA--C--------T-A--C---T---TT--C-G---G---A--C-G-C-A-A-G--T-----T--------------A----A-G-CC--C-TT-A--------C-AA--ACAA--T--A-T--CT-AAA-AAC-T--CT-G----G-A-GC---T--C--CGGGGG
gi|3024 : TT--CCTTA-T-T------C---ATAA--A--AT----CC--T--T----C--A-----AA--------T-T-G--CG-T-CA-CA-T-T-T-----A-T----------T--G----------------A--TC----------------G---------AG----------AA--A-TCG-A-TA-G-A-A-AAT--------A------T-A----T---G--ACG-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---T---T---CCG---G---ACAG-A-C-A-A-A--T-----T---TC---------C----A-GACC--CGT--A--------C-AA--A--AA-TG-C-T--CT-TAA-A-C-T--CT-G----G-A-GC-C-T--C--CGGGGG
gi|3025 : TT--CC--A--------------A-AA--A--ATG---CT--C--T----T--A-----AA-A---T--T-T-G--TG-C-TA-T--T-T-C-----A-T----------T--A----------------A--TTTCACCTCATC------A---------A-----------AA--A-T-G-A-AA-A-A-A-A-A--------AG-----T-AT---T---A--A-A-----T-G-------T--G-----A---C--------T-A--C---A---T---G-G---G---A--T-A-C-A-T-A--C-----T---TC---------A----A-G-CC--C-T--A--------T-AAATA--A--T--C-T--GA-AAA-A-T-C--CA-G----A-A-GC-T-T--C--CGGGGG
gi|3026 : T--TC--A-T-T------C---C-AA--A--A-----CC--T--T----C--A-----AA-----T--G-T-G--CG-T-CA-T--TAT-T-----A-T-------------G----------------A--TT----------------G---------A-----------A-----T-G-A-CA-G-A-A---T--------A------A-AG---T---G--A-A-----A-A-------T--G-----A---CCT------T-A--A---T---T---T-C---G---A--G-A-C-A-A-AATT-----T---TC---------A----G----C--C-T--A--------C-AA--A--A--T--C-T--CT-AAA-T-C-TG-CT-T----G-A-G--T-T--C--TGGGG
gi|3027 : C--A-TAT------C---A-GA--A--A-----AC--T--T----C--ATCACAAA-A---T--T-T-G--CG-TGCA-T--T-T-T-----A-T----------T--G----------------AATTT------------------------------------------A-T-A-G-C--------------------------T-AG---T---GGAA-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A------T---T---C-G---GTGGA--G-A-C-A-A-A--T-----T---CC---------A----A-G-CCAGC-T--A--------C-AA--A--A--G--C-T--GT-AAA-A-CAT--CTGG----G-A-GC---T--C--CGAGGG
gi|3028 : -T-T------C---A-AA--A--A-----CC--T--T----C--A-----AA-A---T--T-T-G--CG-T-CA-T--T-T-T-----A-T----------T--G----------------A--TT----------------G---------A-----------AA--T-T-G-A-CA-G-A-A-A-T--------A------T-AG---T---G--A-A-----A-A-------C--G-----A---C--------T-C--C---T---T---C-G---G---A--G-A-C-A-A-A--T-----T---TC---------A----A---CC--C-T--A--------C-AA--A--A--T--C-T--TC-TAA-A-C-T--CT-G----A-A-GC-T-T--C--GGGGG
gi|3029 : -T-T------C---A-AAC-A--A-----CT--C--T----T--A-----AA-T---T--T-T-G--TG-T-CA-T--T-T-T-----A-T----------T--G----------------A--TTTCACATCATC------A---------A-----------AA--A-T-G-A-CACA-A-A-A-T--------A------T-TT---TT--A--A-A-----A-A-------T--T-----A---C--------T-A--C---AAGAT---C-C---G---A--G-A-C-A-T-A--C-----A---TC---------A----A-G-CC--G-T--A--------T-AA--A--A--T--C-A--GT-AAA-A-T-C--CA-T----G-A-GC-T-T--C--TGGAGG
gi|3030 : -T-T------C---A-AA--A--A-----CC--T--T----TT-G-----AA-A---T--A-T-G--TG---CG-C--T-T-T-----A-T----------T--A----------------A--TT----------------TCATCTCTTCA-----------AA--A-T-G-A-TA-G-C-----T--------T------T-TT---T---T--T-A-----A-A-------T--G-----T---T--------T-A--C---A---T---G-G---G---A--G-A-C-A-T-A--T-----T---TC---------T----A-A-CC--C-T--A--------T-AA--A--A--T--A-T--AT-AAA-A-T-C--CT-G----G-A-GC-T-T--C--CGGGAG
gi|3031 : -T-T------CT--A-GA--A--A-----CC--C--A----T--A-----AA-A---C--T-T-G--TG-T-AA-T--T-TCT-----A-T----------T--ATTTACTATATCATCTCA--TC----------------A---------A-----------AA--A-T-G-A-CG-G-ATA-A-T--------A------T------T---G--A-A-----A-A-------T--G-----A---A--------A-A--C---A---G---A-A---G---A--G-G-C-A-T-A--T-----T---TC---------A----A-G-CC--T-T--A--------T-AG--A--A--T--T-C--GT-AAA-A-T-A--CA-G----G-A-GC-T-T--
gi|3032 : -T------T---A-AA--A--A-----CT--T----------A-----AA-T---T--T-T-G--TG-T-CA-TATT-T-T-----A-T----------T--A----------------A--TTTCATCTCATC------A---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-GAA-A-A-T--------A------T-AA---T--------A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---A---T---G-G---G---A--A-A-C-A-
gi|3033 : ------C---A-AA--ACAA-----CA--T--T-------A-----CA-G---T--T-T-G--TG-A-CA-TA-T-T-G-----A-T----------TTCGCCTC------------A--TT----------------G---------A-----------AA--A-G-G-A-CA-G-A-A-A----------A------T-AG---T---A--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---A---T---A-G---T---A--G-A-C-C-T-A--T-----T---TC---------A----A-G--C--C-T--A--------T-AA--C--T--T--C-T--TT-----G-C-C--CT-G----G-A-
gi|3034 : ---A-AA--A--A-----CT--C--T----T--A-----AA-A---T--T-T-G--TG-T-CT-T--T-T-T-----A-TCACGTTCACCT--C----------------A--TC----------------A---------C-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-A-AAT--------A------T-AG----------A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---T---T---G-G---G---A--G-A-C-A-T-T--C-----T---TC---------A----A-G-TC--A-T--A--------T-AA--A--A--T--C-T--GT-AAA-A-T-A--CA-G----G-A-AC-T-T--C--
gi|3035 : ---A-AA--A--A-----CC--C--T----CTTG-----AA-T---T--T-T-G--TG-T-CA-T--T-T-T-----A-T----------T--TTTTTTACCTC------A--TC----------------G---------A-----------AA--G-T-A-A-CA-G-ACA-A-T--------A------T------T---A--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---A---T---G-G---A---A--G-A-C-A-T-G--C-----T---TC---------T----A-G-CC--C-T--A--------T-AA--A--A--T--C-TTGCT-AA------T--CCAG----G-A-GC-T-T--C--AGGGAG
gi|3036 : ---A-AA--A--A-----TC--T--G-------A-----AA-A---T--C-T-G--TG-T-CA-G--T-T-T-----A-T----------T--A----------------A--TTTCACCTCATC------A---------A-----------AA--A-T-G-G-GA-A-A-A-G-T--------A------T------T---T--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------C-A--C---A-------C-GC--G---A--T-T-C-A-T-A--C-----T---TC---------A----A-G-CC--C-C--T--------T-AA--A--A--T--C-T--AT-ACA-A-T-C--CA-G----G-A-CC-T-T--CATTGGGG
gi|3037 : ---A-AA--A--A-----TC--T--G-------A-----AC-A---T--T-T-G--TG-T-CA-G--T-T-T-----A-T----------T--A----------------A--TTTCACCTCATC------A---------A-----------AA--A-T-G-G-GA-A-A-A-G-T--------A------T------T---T--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------C-A--C---A-------C-GC--G---A--T-T-C-A-T-A--C-----T---TC---------A----A-G-CC--C-C--T--------T-AA--A--A--T--C-T--AT-ACA-A-T-C--CA-G----G-A-CC-T-T--CATTGGGG
gi|3038 : ---A-AG--A--A-----GC--T--T-------------AA-T---T--T-T-G--CG-T-CA-T--T-C-T-----A-T----------T--A----------------A--TTTA--------------A---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-GTA-A-A-A--------A------T-GGAT-T---A--A-A-----A-AAAT----T--G-----AC--C--------T-A--C---A---T---G-G---G---A--G-A-C-ATA-A--T-----T---CT---------A--------CC--C-T--A--------TGAA--A--A--A--C-T--GT-AA
gi|3039 : -AA--A--A-----CC--T--T----T--A-----AA-A---TGTT-T-GT-CA-T-TA-T--T-T-TC----A-T----------TA-G----------------A--TT----------------A---------ACCTTTCATTAGAA--G-T-G-A-TA-G-A-A-A----------A------T-AC---T---T--G-A-----A-A-------T--G-----A---T--------T-G--C---A---T---A-G---G---A--G-A-C-A-T-C--T-----A---TC---------A----A-G-CC--C-A--A--------T-AA--A--A--T--A-T--GT-AAA-A-T-C--CA-G----G-A-GC-T-T--C--TGGGGG
gi|3040 : -AA--A--A-----CC--C--C----C--A-----AA-A---C--T-C---------------T-T-A-----A-T----------T-------------------A--TT--------------------------A-----------AA--A-T-G-A-CA-A-A-A-A----------A------T-AT---T---A--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---A---T---G-G---G---T--G-A-C-A-A-A--C-----T---TC---------A----A-G-CC--A-T--A--------T-AA--A--A--T--C-T--GT-AAA-T-T-C--CA-G----G-G-GC-T-T--
gi|3041 : -AA--A--A-----GG--T--T----CTTA-----AA-A---T--T-T-G--TG-T-CA-A--T-C-T-----A-T----------T--A----------------AT-TT----------------C---------A-----------AC--A-C-A-C-CA-A-A-A-A----------G------C-AT---T---C--A-A-----A-A-------T--G-----A---T--------T-G--C---A---T---G-A---G---A--G-A---------------------C---------A----A-G-CC--C-C--A--------T-AA--A--A-----------T-AAA-A---T--CTAG----G-A-GC-T-T--C--CGGG
gi|3042 : -----CC--T--T----A--A-----AA-A---A--T-T-G--TG-C-CA-T--T-T-T-----A-T----------T--G----------------A--TTTCACCGAGCATAGAAAA---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-A-AAT--------A------T--T---T---A--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------G-A--CA--TA--T---A-G---G---A--G-A-C-A-A-G--TAAAC-T---TCTTGA-----A----A-G-CT--T-T--A--------T-AA--A--A--T--C-T--GT-AAA-A-T-C--CG-G----G-G-AC-T-T--C--
gi|3043 : C--T--T----C--ATCC--AA-A---T--T-T-GGACG-T-CA-T--T-T-T-----A-T----------T--G----------------A--TT----------------G---------AAC---------AA--A-T-G-ACCA-C-A-A-A-T--------ATT----T-CG---T---GA-A-A-----A-A-------T--G-----A---A--------T-A--CG--T---T---C-G---G---A--GAA-C-A-ACA--A-----T---TCAAAAAACAAA----A-G-CC--C-T--A--------C--A--A--A--T--C-T--CT-AAA-A-C-T--C-------G-A-GCAT-T--C--CGGGG
gi|3044 : --T--T----T--A-----AA-A---T--T-T-A--TG-C-CA-T--T-T-T-----A-T----------C-------------------A--TT--------------------------------------------------CA-G-T-A-A-TTTCACCTCA------T-AA---C---A--A-ATCAACA-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---A---T---G-G---G---A--G-G-C-A-T-A--C-----T---TC---------A----A-G-CT--C-T--A--------T-AA--A--A--T--C-T--GT-AAA-A-T-C--CA-G----G-A-GC-T-T--C--
gi|3045 : --A-----AA-A---T--T-T-G--TG-T-AA-T--T-T-T--------------------------------------A--TC----------------A---------A-----------AA--A-C-G-A-CA-GAA-A-A-T--------A------T-A--------A--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--CA--TGG-T---C-T---G---A--G-A-C-A-T-A--C-----A---TC---------A----A-G-CC--T-TAGA--------T-AA--A--A--T--C-T--GT-AAA-
gi|3046 : -----AA-A---T--T-T-T--TG-T----T--T-T-A-----A-TCTC-------T--C----------------A--TT----------------A---------G-----------AA--A-T-G-G-CA-A-A-A-A----------A------T-AT---T---T--A-A-----A-A-------T--G-----A---T--------C-A--C---A---C---A-G---G---A--A-A-C-A-T-A--T-----A---TC---------A----A-G-CC--C-T--A--------T-AA--A--A--T--C-T---G-AAA-A-T-C--CA-GTCATG-A-GC-T-T--C--GGG
gi|3047 : ---T--T-G-G--CG-T-CA-T--T-T-------A-T----------T--G----------------A--TTTCG-------------A---------A-----------AA--A-TAG-A-CA-G-A-A-A-T--------A------TTAG---T---G--A-A-----TTA-------G--G-----A------------T-A--C---TA--T---C-G---T---A--G-AAC-A-A-AC-T-----T---TC---------A----A-G-CG--C-T--A--------A-AA--A--A--C--T-T--CT-G-------------G----G-A-GC-T-T--C--CGGGAG
gi|3048 : A-T--T-T-C-----A-CC---------T--C----------------A--TC----------------A---------A-----------AA--A-T-G-A-CA-G-A-A-A-T--------T------T------T---A--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--T---A---T---A-GCCCG---A--G-G-C-A-T-A--C-----A---TC---------A----A-T-CC--C-T--A--------T-AA--A--A--T--C-T--AT-AAA-A-C-C--CA-G----G-A-GC-T-T--C--AAGGGG
gi|3049 : A-T--T-T-C-----A-TA---------T--C----------------A--CT----------------T---------A-----------AA--A-T-G-A-AA-A-A-A-A-A--------G------G-AT---T---A--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-T--C---A---TGG-C-A---G---A--G-A-C-A-T-A--C-----T---TC---------A----A-G-CC--T-A--A--------T-AA--A--A--T--C-T--GT-AAA-A-T-C--CA-G----G-A-GG-T-C--C--CAAGGG
gi|3050 : A-T--T-T-C-----A-CA---------T--A----------------A--TT----------------A---------A-----------AA--G-T-G-A-CA-G-A-A-A----------A------T-AG---T---A--A-A-----A-T-------C--G-----A---C--------G-A--CATAT---T---C-G---T---A--G-A-A-A-ACA--T-----T---TT---------A----A-G-CT--T-T--A--------C-GA--A--A--T--C-T--AT-AA
gi|3051 : A--A-T-G-A-CA-A-G-A-A-A--------A------T-AT---T---T--A-A-----A-A-------T--G-----A---T--------C-A--C---A---C---A-G---G---A--A-A-C-A-T-A--T-----A---TC---------A----A-G-CC--C-T--A--------T-AA--A--A--T--C-T--GT-AAA-A-T-C--CA-GTCATG-A-GC-T-T--C--GGG
gi|3052 : --A-T-G-A-CA-G-A-A-A----------A------T-AG---T---GA-A-A-----A-A-------T--A-----A---T--------A-A--C---A---T---A-G---G---A--G-G-C-A-T-G--T-----T---TC---------A----A-G-CC--G-T--A--------T-AA--A--A--T--T-C--GT-AAA-A-C-C--CA-A----G-T-GC-T-T--C--CGCGG
gi|3053 : -T-G-A-AA-G-A-A-A-T--------A------T-CG---T---G--A-A-----A-A-------T--A-----A---C--------T-A--C---T---T---C-G---G----------------------------------------------------------------------A--A--A--T--C-T--CT-AAA-A-T-T--CT-G----G-A-GC-T-T--C--CGAGG
gi|3054 : -CA-G-A-A-A-T--------A------T-AGCGCT---G--A-A-----ACA-------T--G-----A---C--------T-A--C---T---T---C-G---G---AG-G-A-C-A-A-A--G-----TGTATC---------A----A-G-CC--C-
gi|3055 : --------A------T-AT---T---A--A-A-----A-A-------T--G-----A---C--------T-A--C---A---T---G-GCCCG---A--G-A-C-A-T-A--TAGGCCTACATC---------A----A-G-CC--C-T--A--------C-AA--A--A--T--C-T--GT-AAC-A-T-T--CA-G----A-A-GC-T-T--C--CGGGG
gi|3056 : --G-----A---C--------T-A--C---T---T---C-G---G---A--G-A-C-T-C-A--T-----T---TC---------A----A-G-CC--C-T--A--------C-AA--A--A--T--C-T--CT-AAA-A-C-T--CT-G----G-A-GC-T-T--C--