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Reference ( gi|111476 )       : ACAA-T-C-G-A---A--A--G-C---TT---C-CCAT-C-T-C--G-----T-T--A-A-C----G-C-T-C-A-T-TTA-A----C-CA--T--C-T-C-A-A-ATC-T-----C--A-G-T-G--C-----A-T---T----A--T---CC--AA-T--C-AAA--AT-A----C-----G-TG--T--T-AC--AAA--A-C--A-A--T-TGC-A-TTTAGAAT
gi|111478                     : ACAA-T-C-G-A---A--A--G-C---T----C-CCAT-C-T-C--G-----T-T--A-A-C----G-C-T-C-A-T-TTA-A----C-CA--C--C-T-C-A-A-ATC-T-----C--A-G-T-G--C-----A-T---T----A--T---CC--AA-T--C-AAA--AT-A----C-----T-TG--T--T-AC--AAA--A-C--A-A--T-TGC-A--TTAGAAT
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gi|111514                     : ACAA-T-A-G-A---A--A--G-C---TT---T-CCAT-T-T-C--ATAGGCT-T--G-A-T----G-C-G-C-A-T-TTA---------------------------C-T-----C--A-G-T-A--C-----A-T---T----A--G---TC--AA-T-----------------------A-TG--A--T--C--AAA--A-C--A-G--T-TGC-A--TTAGAAT
gi|111517                     : ACAA-T-C-T-A---A--A--G-C---TT---T-CCAT-C-C-C--G-----T-T--A-A-------------------TA-A----A-CA--T----T-T-A-----C-T-----C--A-G-T-A--C-----A-T---T----G--G---TA--AA-T--T----------------------TG--A--T--C--AAA--A-C--A-G--T-AGC-A--TTAGAAT
gi|111518                     :  CAA-T-C-G-A---A--A--G-----TT---C-CCAT-C-T-C--G-----T-T--A-A-C----G-C-T-C-A-T-TTA-A----C-C---C--C-TGC-A-A-ATC-T-----C--A-GTT-G--G-----A-T---T----A--T---CC--AA-T--C-AAA--AT-A----C-----G-TG--T--T-AC--AAA--A-C--A-A--T-TGC-C-ATTAGAAT
gi|111519                     :  CAA-T-C---A---ATTA--G-CGTATT---T-CGAT---T-C--A-----T-T--A-A-A----G-C-TTC-A-T-CTA-A----G-CG--T--CCT-C-A-A-ATCCT-----C--A-G-C-G--A-----A-T---T----AG-C---CC--AA-T----AAA--AT-A----C-----A-TA--T--T-AC--AAA--A-C--A-A--T-TG
gi|111521                     :   AA-T-T-G-A---A--A--G-C---TT---C-CCAT-T-T-C--G-----T-T--A-A-C----G-C-T-C-A-T-TTA-A----A-CA--T--C-T-C-A-A-ATC-T-----C--A-G-T-G--C-----A-T---T----A--G---CC--AA-T--C-AAA--AT-A----C-----A-TG--T--T-AC--AAA--A-A--A-A--T-TGC-A--TTAGAATaaagagaat
gi|111522                     :   AA-T-C-G-A---A-----G-C---TT---CTCCAT-C-T-C--G-----T-T--A-A-C----G-C-T-C-A-T-TTA-A----CGCA--T--C-T-CAA-A-ATC-TC----C--A-G-T-G--C-------T---T----A--T---CC---A-T--C-AAA--AT-A----C-----G-TG--T--T-AC--AAA--A-C----A--T-TGC-A--TTAGAAT
gi|111520                     :   AG-T-C-G-A---A--A--G-CC--TT---C-CCAT-C-T-C--GC----T-T--A-A-C----G-CCT-C-A-T-TTA-A----C-CG--T--C-T-C-A-A-ATC-T-----T--A-G-T-G--C-----A-T---T----A--A---CCA-AA-C--C-CAA--AT-A----C-----A-TA--T--T-AC--AAA--A-C----A--T-TGC-A--CTAGAAT
gi|111524                     :    A-T-C-G-A---A--A--G-C---TTT--C-CCA--C-T-C--G-----T-TT-A-A-C----GGC-T-C-A-T-TTA-A----C-CA--CG-C-T-C-A-A-ATC-T-----C--AAG-T-G--C-----A-T---T----A--T---C---AA-T--C-AAA--AT------C-----G-TT--T--T-AC--AAA--A-C--A-A--T-TGC-A--TTAGAAT
gi|111523                     :    A-T-C-G-C---A--A--G-C---TT---T-CCAT-C-T-C--G-----T-T--A-A-T----G-C-T-C-A-T-TTA-A----C-CG--T--T-C-T-A-A-ATC-T-----C--A-G-T-G--C-----A-T---TA---A--TTAGCC--AA-T--C-AAA--AT-A----C-----A-AA--T--T-AC--AAA--A-C--A-T--C-TGC-A--TTGGAAT
gi|111525                     :     -T-C-A-A---A--A--T-CA--CT---T-CCAT-C-T-CT-G-----T-T--A-A-T----G-C-T-C-A-T-TTG-A----C-CG--T--C-T-C-A-A-ATC-A-----A--A-A-G-G--CTTTCCA-T---TCTTAA--TGC-TC--AA-T--C-AAA--AT-A----C-----A-AA--T--T-AC--AAA--A-C--A-G--T-TGC-A--TTAGAAT
gi|111527                     :     -T-C-A-A---A--A--T-CA--CT---T-CCAT-C-T-CT-G-----T-T--A-A-T----G-C-T-C-A-T-TTG-A----C-CG--T--C-T-C-A-A-ATC-A-----A--A-A-G-G--CTTTCCA-T---TCTTAA--TGC-TC--AA-T--C-AAA--AT-A----CAA---A-TA--T--C-A---AAA--A-C--AGG--T-TGC-A--ATAGAAT
gi|111526                     :     -T-C-A-A---A--A--T-CA--CT---T-CCAT-C-T-CT-G-----T-T--A-A-T----G-C-T-C-A-T-TTG-A----C-CG--T--C-T-C-A-A-ATC-A-----A--A-A-G-G--CTTTCCA-T---TCTTAA--TGC-TC--AA-T--C-AAA--AT-A----CAA---A-TA--T--C-A---AAA--A-C--AGG--T-TGC-A--ATAGAAT
gi|111528                     :           -A---A--A--G-C---TTTT-C-CAAC-C-T-C----------T--A-AGT----G-C-T-T-G-T-TTA-G----C-TG--C--C-T-C-A-A-ACT-T-----C--A-G-T-G--C-----A-C---T----A--A---CC--AA-T--C--AA--AT-G----C-----C-AGA-T--T-AC--AAA--A-
gi|111529                     :                    --G-C---TT---C-CCAT-C-T-C--G-----T-T--A-G-C----G-C-T-C-A-T-TTA-A----C-CA--T--C-T-C-A-A-ATC-T-----C--A-G-T-G--C-----A-T---T----A--T---CC--AA-T--C-AAA--AT-A----C-----T-TG--T--T-AC--AAA--A-C--A-T--T-TGC-A--TTAGAATttgtggaatagaat
gi|111530                     :                         ---TT---C-ACAT-C-A-C--G-----T-T--A-A-C----G-CCT-C-A-TATTA-A----TACG--T--C-T-C-A-A-ATCAT-----C------T-G--C-----A-TGTAT----A--TAG-CC--AA-TGTC-ATACCAA-A----C-----A-T---T--T-AC--AAA--A-C--A-T--T-TGC-A--TTAGAAT
gi|111531                     :                              ---C-CTGT-C-T----A-----T-T--A-A-T----A-T-C-C-C-C-TTA-A----C-C---T--C-T-C-A-A-ATC-T-----C----G-T-G--C-----A-C---C----G------CC--AA-T--C-AAA--AC-A----------A-TA--T--C-AC--AAA--A-C--A-A--T-TGC-A--TTAGAAT
gi|111532                     :                              ---C-CTGT-C-T----A-----T-T--A-A-T----A-T-C-C-C-C-TTA-A----C--G--T--C-T-C-A-A-ATC-T-----C--A-GTT-G--C-----A-TC--T----A--G---CCAAAA-T--C-AAA--AG-A----C-----ATTA--T--C-AC--AAA--ACC--A-A--T-TGC-A-CTTAGA
gi|111534                     :                                    CGT-C-T-C--G-----T-G--A-A-C----G-------A-----G-A----C-TA-----C-T-C-A-A-ATC-T-----C--A-G-T-G--C-----A-T---T----A--G---CC--AA-T--C-AAA--AT-A----CAACTAG-TAC-T--T-AC--AAA--A----A-G--T-TGC-A--TTAGAAT
gi|111533                     :                                    CAT-C-TGC--A-----T-TGGA-A-T----G-C-T-T-A-T-TTA-A----C-TG--C--C-T-C-A-A-ACA-T-----C--A-A-T-G--A-----A-T---T----A--G---CC--AA-T--C-AAA--TT-G----CA----G-T---T--T-AT--AAA--A-T--G-T--T-TGC-A--TTAGAAT
gi|111535                     :                                                -----T-T--A-A-T----A-C-T-C-A-T-TTC-A----T-AG--C--C-T-C-A-A-ACA-T-----A--T-G-T-G--C-----A-T---T----A--G---CC--AA-T--C-AAA--AT-G----C-----A--A--T--T-AC--AAA--A-C--A-G--T-TGC-A--TTAGAA
gi|111536                     :                                                      -T--A-A-C----G-C-T-C-A-T-TTA-A----C-CA--T--C-T-C-A-A-ATA-T-----C--A-G-T-A--C-----A-T---T----A--T---CC--AA-T--C-AAA--AT-A----C-----G-TG--T--A-AC--AAA--A-C--A-A--T-TGC-A--TTAGAAT
gi|111537                     :                                                                                TA-G----C-C---T--C-T-C-A-A-ATA-T-----C--T-G-T-G--C-----A-T---T----A--G---CC--AA-T--C-AAA--TT-G----C-------TGA-T--T-AC--AAA--A-C--A-G--T-CAC-A--TCAGAAT
gi|111512                     :                                                                                    ----C-CA--T--C-T-C-A-------T-----T--A-A-T-G--C-------T---C----A--T---TT--AA----C-GAA--AT-A----C-----A-AA--T--T-AC--AAA--A-C--A-G--T-TGC-A--TTAGAAT
gi|111538                     :                                                                            acaatcgaaagctttA--T--C-T-T-A-A-ATC-T-----C--A-T-T-G--C-----A-T---T----A--G---CC--AA-T--C--AA--AT-A----C-----A-CA--A--T-AC--AAA--A-C--A-G--T-TGT-A--TTAGAAT

lowQualScore                  :     1 0 1 0 222 11 11 2 444 0 222 0    0 0 0 33 22222 0 22 0 1 2222 0 1 1 0 0 0   1 3333 2 55555555 1 1 1 1 0    999999999 22222 11 1 1 0 22 33333 1 22222  1 333 22  0 00 2222   00  0 2222 9999999 333 11   11 0  11 2 00 2 11 0  0 11 22 1  1    
lowQualScore                  :     . . . . ... .. .. . ... . ... .    . . . .. ..... . .. . . .... . . . . . .   . .... . ........ . . . . .    ......... ..... .. . . . .. ..... . .....  . ... ..  . .. ....   ..  . .... ....... ... ..   .. .  .. . .. . .. .  . .. .. .  .    
lowQualScore                  :     5 8 5 8 444 00 00 2 222 7 999 7    7 7 7 77 44444 7 99 7 3 1111 7 3 3 7 7 7   3 2222 0 77777777 3 3 9 9 6    000000000 33333 55 9 3 6 88 00000 3 33333  5 444 22  6 99 0000   99  6 0000 8888888 333 66   66 7  66 0 99 0 66 7  7 88 99 3  3    
consensus                     : ACAA-T-C-G-A---A--A--G-C---T-T---C-CCAT-C-T-C--G-----T-T--A-A-C----G-C-T-C-A-T-TTA-A----C-C--G-----T-C-T-C-A-AATC---------T-----C--A-G-T-G--C-----A-T-----TAGC---C--AA-T--C----AAA--AT-A----C-----G-TG--T--TAC--A-AA--A-C--A-A--T-TG-C--A--T-TA-GAAT
Reference ( family-367 )      : ACAA-T-C-G-A---A--A--G-C---T-T---C-CCAT-C-T-C--G-----T-T--A-A-C----G-C-T-C-A-T-TTA-A----C-C--G-----T-C-T-C-A-AATC---------T-----C--A-G-T-G--C-----A-T-----TANC---C--AA-T--C----AAA--AT-A----C-----G-TG--T--TAC--A-AA--A-C--A-A--T-TG-C--A--T-TA-GAAT
gi|111476                     : ACAA-T-C-G-A---A--A--G-C---T-T---C-CCAT-C-T-C--G-----T-T--A-A-C----G-C-T-C-A-T-TTA-A----C-C--A-----T-C-T-C-A-AATC---------T-----C--A-G-T-G--C-----A-T-----TATC---C--AA-T--C----AAA--AT-A----C-----G-TG--T--TAC--A-AA--A-C--A-A--T-TG-C--AT-T-TA-GAAT
gi|111477                     : ACAA-T-C-G-A---A--A--G-C---T-T---C-CCAT-C-T-C--G-----T-T--A-A-C----G-C-T-C-A-T-TTA-A----C-C--G-----T-C-T-C-A-AATC---------T-----T--A-G-T-G--C-----A-T-----TAAC---C--AA-C--C----AAA--AT-A----C-----A-TA--T--TAC--A-AA--A-C--A-A--T-TG-C--A--T-TA-GAAT
gi|111478                     : ACAA-T-C-G-A---A--A--G-C---T-----C-CCAT-C-T-C--G-----T-T--A-A-C----G-C-T-C-A-T-TTA-A----C-C--A-----C-C-T-C-A-AATC---------T-----C--A-G-T-G--C-----A-T-----TATC---C--AA-T--C----AAA--AT-A----C-----T-TG--T--TAC--A-AA--A-C--A-A--T-TG-C--A--T-TA-GAAT
gi|111479                     : ACAA-T-C-G-A---A--A--G-C---T-T---C-CCAT-C-T-C--T-----T-T--A-A-C----G-A-T-C-A-T-TTA-A----C-C--G-----C-C-T-C-A-AATC---------T-----C--A-G-T-C--C-----A-T-----TAGC---C--AA-T--C----AAA--AT-A----C-----A-TG--T--TAC--A-AA--A-C--A-A--T-TG-C--A--T-TA-GAAT
gi|111480                     : ACAA-T-A-G-A---A--A--G-C---T-T---C-CCAT-C-A-C--G-----T-T--A-A-T----G-C-T-C-A-T-TTA-A----C-C--G-----T-C-T-C-G-AATC---------T-----C--A-G-T-G--C-----A-T-----TAGG---C--AA-T--C----AAA--AT-A----C-----A-TA--T--TAC--A-AA--A-C--T-A--T-TT-C--A--T-TA-GAAT
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gi|111488                     : ACAAGT-C-G-A---A--A--G-G---T-----C-CCAT-C-T-C--G-----T-T--A-A-C----G-C-T-C-A-T-TTA-A----T-C--G-----T-C-T-C-A-AATT---------T-----C--A-G-T-G--C-----A-T-----TAGC---C---A-T--C----AAA--AT-A----C-----A-TA-----TAC--A-AA--A-C--A-A--T-TG-C--A--T-TA-GAAT
gi|111489                     : ACAA-T-A-G-A---A--A--G-C---T-T---C-CCAT-C-A-C--G-----T-TT-A-A-C----G-C-T-C-A-T-TTA-A----C-C--G-----T-C-TTC-A-AATC---------T-----C--A-G-T-G--C-----A-T-----TAGC---C--AA-T--C----AAA--AT-A----C-----A-TA--T--TAC--A-AA--A-C--A-A--T-TT-C-----T-TA-TAAT
gi|111490                     : ACAA-T-C-G-A---A--A--G-C---T-T---T-CCAT-C-T-C--G-----T-T--A-A-C----G-C-T-C-A-T-TAA-A----C-C--A-----C-C-T-C-A-AATC---------T-----C--AGG-T-GC-C-----A-T-----TATC---C--AA-T--T----CAA--AT-A----C-----T-TG--T--TAC--C-AA--A-C--A-A--T-TG-C--A--T-TA-GAAT
gi|111491                     : ACAA-T-C-G-A---A--A--G-C---T-T---C-CCAT-C-T-C--G-----T-T--A-A-C----G-C-TCC-A-T-TTA-A----A-C--A-----T-C-T-C-ATAATC---------T-----C--T-G-T-G--C-----A-C-----TATC---C--AA-T--C----AAA--AT-A----C-----G-TG--T--TAC----AA--A-C--A-A--T-TG-C--T--A-TA-GAAT
gi|111492                     : ACAA-T-C-G-A---A--A--G-T---T-T---T-CCAT---T-C--G-----T-T--A-A-C----G-C-T-C-A-T-TTATA----C-C--------T-C-T-C-A-AATG---------C-----C--A-G-T----T-----A-T-----TAGC---C--AA-T--C----AAA--AT-A----C-----A-TG--T--TAC----AA--A-C--A-A--T-TG-C--A--T-TA-GAAT
gi|111493                     : ACAA-T-C---A---A--A--G-C---T-T---T-CCTT-C-T-C--G-----T-T--A-A-TTAATG-C-T-C-A-T-TTA-A----C-C--A-----T-C-T-C-A-AATC---------T-----T--A-G-T-G--C-----A-T-----TAGC---C--AA-T--C----AAA--AT-A----C-----A-AA--T--TAC--T-AA--A-C--A-G--T-TA-C--A--T-TA-GAA
gi|111494                     : ACAA-T-C-G-A---A--A--GGC---T-T---C-CCAT-C-T-C--G-----T-T--A-AAC----G-C-T-C-G-T-ATA-A----C-C--A-----T-C-T-C-A-AATG---------T-----C--A-G-T-G--C-----A-T-----TAGC---C--AATT--C---------AT-A----C-----A-TT--T--TAC--A-AA--A-C--C-A--T-TG----A--T-TA-GAAT
gi|111495                     : ACAA-TTC-G-ATCTA--A--G-C---T-T---C-CCA--C-T-C--G-----T-T--ACA-CC---G-C-T-T-A-T-T-A-A----C-C--A-----T-C-T-C-A-AATC---------T-----C--A-G-T-G--C-----A-T-----TATC---C---A-T--C----CAA--AT-A----C-----G-TG--T--TGT--C-AA--A-CCAA-A--T-CG-A--A--TACA-GAA
gi|111496                     : ACAA-T-C-G-A---A--AAAG-C---T-T---T-CCAT-C-T-C--G-----T----A-A-C----G-C-T-C-A-T-TTA-AACA-C-C--AA----T-C-T-C-A-AATC---------T-----C--A-G-T----C-----A-T-----TATC---C--AA-T--C----AAA---T-A----C-----G-TG--T--TAC--A-AA--A-C--AGA--T-TG-C--A--TCTA-GAAT
gi|111497                     : ACAA-T-C-G-A---A--A--G-T---T-T---C-ACAT-C-C-C--G-----T-T--A-A-C----G-T-T-C-A-T-TT-------T-CAGG-----T-C-T-C-A-AGAT---------T-----C--A-G-T-G--C-----A-T-----TCGC---C--AA-T--C----AAA--AT-A----C-----A-TA--T--TAC--A-AA--A-C--A-A--TGTG-C--A--T-TACGAAT
gi|111498                     : ACAAGT-C-G-A---A-----G-C---T-T---C-CCAT-C-T-C--G-----T-T--A-A-C----G-C-T-C-A-T-TTA-A----C-C--A-----CAC-T-C-A-AATT---------T-----C--A-G-T-G--C-----A-T-------AT---C--AA-T--CA---AAA--AT-A----C-----T-CG--T--TAC--G-AA--ACC--A-A--T-TG-C--A--T-TG-GAAT
gi|111499                     : ACTA-T-T-G-A---A--A--G-T---T-T---T-CCAT-C-T-C--G-----T-T--A-A-T----G-T-T-C-A-T-TTA-A----C--------------T-A-A-GATC---------T-----C--A-G-T-G--C-----A-T-----TAGC---C--AA-T--C----AAA--AT-A----C-----A-AA--T--TAC--A-AA--A-C--A-G--T-TA-C--A--T-CT-GAAT
gi|111500                     : ACAA-T-A-G-A---A-----G-C---T-T---T-CCAT-T-T-CACG-----T-T--A-A-C----G-C-T-C-A-T-TTA-A----T-C--G-----T-C-TAC-A-AATC---------T-----C--A-G-T-GGCC-----AGT-----TAGC---C--AA-T--C----AAA--AT-G----C-----ACTA--T--TAC--A-AA--AGC--A-A--T-TG-C--AT-T-TA-GAAT
gi|111501                     : ACAA-T-G-G-A---T--A--G-C---T-T---C-CCAT-C-T-C--G-----T-T--A-A-C----G-C-T-C-G-T-TTA-A----C-C--G-----T-C-T-C-A-AATC---------T-----C--A-G-T-G--C------------------------------------A--AT-A----C-----A-T---T--TACA-A-AA--A-C--A-A--T-TG-C--A--T-TA-GAAT
gi|111502                     : ACAG-T-C-A-A---A--A--G-C---T-T---T-TCAT-C-T-C--G-----T-T--A-A-T----A-T-T-C-A-T-TTA-T----C-T--G-----T-C-T-C-A-AATC---------T-----C--A-G-T-G--C-----A-T-----TAGC---C--AA-T--C----AAA--AT------------G-TAATT--TAC--A-AA--A-C--A-G--T-TG-T--A--
gi|111503                     : ACAA-T-C-G-A---A--A--G-C---T-T---T-CCAT-C-T-C--G-----T-T--A-A-C----G-C-T-C-A-T-TT--A----C-C--A-----T-C-T-C-A-AATC---------C-----C--A-G-T-G--C-----ATT-----TATC---C--AA-T--C----AAA--AT-A----
gi|111504                     : ACAA-T-C-G-ACA-A--A--G-C---T-T---C-CCAT-CAT-C--G-----T-A--A-A-T----G-C-T-C-AAT-TTA-AAAACC-C--G-----T-C-T-C-A-AATC---------T-----TT-A-G-T-G--C-----C-T-----TAGT---C--AA----C----AAA--AT-AAACGT-----G-TG--T--TAC--A-AA--A-C--A-A--T-TG-C--A--T-TA-GAAT
gi|111505                     : ACAA-T-C-G-A---A--A--GAC---T-T---C-CCAT-C-T----G-----T-T--A-A-C----A-C-T-CAA-T-TTA-A----C-C--C-----A-C---C-A-AATT---------T-----CAGA-G-T-G--C-----A-T-------AT---C--AA-T--C----AAA--AT-A----C-----G-TG--T--T-C--ACAA--A-C--A-A--T-TG-C--A--T-TA-GAA
gi|111506                     : ACAA-T-C-G-A---A-----G-C---T-------CCAT-C-T-C--G-----T----A-C-C----G-C-T-C---T-TTA-A----C----A-----C-C-T-C-A-AATC------------------A-G-T-G--C-----A-T-----ATGC---C--AA-T--C----AAA--AT-A----T-----G-TG--T--TAC--A-AA-------A-A--T-TG-C--A--T-TA-GAAT
gi|111507                     : ACAA-T-A-GTA---A--A--G-C---T-T---C-CCAT-C-A-C--G-----T-T--A-A-C----G-C-T-C-A-T-TTA-A----T-C--G-----T-C-T-C-A-ACTC---------TTCTCCC--A-G-T-GT-T-----A-T-----TAGC---C---A-T--C----AAA--AA-A------------TA--T--TAC--A-GAATA-C--A-A--T-TG-C--A--T-TATGAAT
gi|111508                     : ACAA-T-CCG-A---A--A--G-C---TAT---T---AT-C-T-C--G-----G-T--T-A-C----G-C-T-C-A-T-TTACA----C-C--A---------T-C-A-AATC---------T-----C--AGG-T-GA-C-----A-T-----TATC---C--AA-T--C----AAA--AT-AT---C-----G-TG--T--TAC----AA--A-C----A--T-TG-C--A----TA-GAA
gi|111509                     : ACAA-T-C-A-A---A--G--G-C---T-T---T-CCAT-C-T-T--G-----T-T--A-A-T----G-C-T-C-A-T-T--------C-C---------------------T---------T-----T--A-G-T-G--C-----A-T-----TAGG---T--CA-T--C----AAA--AT-G----------G-TG--GAATAC--A-AA--A-C--A-G--T-TG-C--A--T-CA-GAAT
gi|111510                     : ACAA-T-CAG-A---A--A--GGC---T-T---C-CCATTC-A-C--G-----T-TT-A-A-C----G-C-T-C-A-T-TTA-A----TGC--GATACCT-C-A-C-A-TATC---------T-----C--A-G-TGG--T-----A-T-----TAG----C--AA-T--CCAAAGAA--AT-A----C-------CA--TA-TAC--A-AAC-A-C--A-AC-T-TG-C--A--T-TA-GAAT
gi|111511                     : ACAA-T-T-G-G---A--A--C-C---T-T---T-ATGT-C-T-C--A-----T-C--C-A-T----G-C-A-C-A-T-CTA-A----T----G-----T-C-C-CCA-AACC---------T-----C--A-G-T-G--T-----A-T-----TAGC---T--AA-T--C----AAA--GT-G----C-----A-AT--T--CAC--A-AA--G-C--A-G--A-TG-C--A--T-TA-GAAT
gi|111512                     : ACAA-T-C-G-A---A--A--G-C---T-T---T-CCAT-C-T-C--A-----T-T--A-A-T----G-C-T-C-A-T-TTA-A------C--G-------------A-AAT-------------------A--------------------------------------C----AAA--TT-A----C-------------------A-AA--A-C--A-G--T-TG-C--A--T-TA-GAAT
gi|111513                     : ACAA-T-C-G-A---A--A--G-C---T-T---T-CCAT-C-T-C--A-----T-T--A-A-T----G-C-G-T-A-T-TTA------------------------------C---------T-----C--A-G-T-A--C-----A-T-----TGGT---C--AA-T--T-------------------------TG--A--TAA--A-AA--A-A--A-AAGT-TG-C--A--T-TA-GCAT
gi|111514                     : ACAA-T-A-G-A---A--A--G-C---T-T---T-CCAT-T-T-C--ATAGGCT-T--G-A-T----G-C-G-C-A-T-TTA------------------------------C---------T-----C--A-G-T-A--C-----A-T-----TAGT---C--AA-T--------------------------A-TG--A--T-C--A-AA--A-C--A-G--T-TG-C--A--T-TA-GAAT
gi|111515                     : ACAA-T-C-G-A---A--A--G-C---T-T---T-CCAT-C-T-C--T-----T-T--A-A-T----G-A-A-C-A-T-TTA------------------------------C---------T-----C--T-G-T-A--T-----A-T-----TGGT---C--AA-T--T-------------------------TG--A--T-C--A-AA--A-C--A-G--T-TG-C--A--T-TA-GAAT
gi|111516                     : ACAA-T-C-G-A---A--A--G-C---T-T---T-CCAT-C-T-T--G-----T-T--A-A-T----G-C-T-C-A-T-TTG-A----T-C--G-----T-C-T-CTA-AA
gi|111517                     : ACAA-T-C-T-A---A--A--G-C---T-T---T-CCAT-C-C-C--G-----T-T--A-A-T----A-A-A-C-A-T-TTA------------------------------C---------T-----C--A-G-T-A--C-----A-T-----TGGT---A--AA-T--T-------------------------TG--A--T-C--A-AA--A-C--A-G--T-AG-C--A--T-TA-GAAT
gi|111518                     :  CAA-T-C-G-A---A--A--G-----T-T---C-CCAT-C-T-C--G-----T-T--A-A-C----G-C-T-C-A-T-TTA-A----C-C--------C-C-TGC-A-AATC---------T-----C--A-GTT-G--G-----A-T-----TATC---C--AA-T--C----AAA--AT-A----C-----G-TG--T--TAC--A-AA--A-C--A-A--T-TGCC--A--T-TA-GAAT
gi|111519                     :  CAA-T-C---A---ATTA--G-CGTAT-T---T-CGAT---T-C--A-----T-T--A-A-A----G-C-TTC-A-T-CTA-A----G-C--G-----T-CCT-C-A-AATCC--------T-----C--A-G-C-G--A-----A-T-----TAGC---CC-AA-T-------AAA--AT-A----C-----A-TA--T--TAC--A-AA--A-C--A-A--T-TG-A--A--A-GA-GAAT
gi|111520                     :   AG-T-C-G-A---A--A--G-CC--T-T---C-CCAT-C-T-C--GC----T-T--A-A-C----G-CCT-C-A-T-TTA-A----C-C--G-----T-C-T-C-A-AATC---------T-----T--A-G-T-G--C-----A-T-----TAAC---CA-AA-C--C----CAA--AT-A----C-----A-TA--T--TAC--A-AA--A-C----A--T-TG-C--A--C-TA-GAAT
gi|111521                     :   AA-T-T-G-A---A--A--G-C---T-T---C-CCAT-T-T-C--G-----T-T--A-A-C----G-C-T-C-A-T-TTA-A----A-C--A-----T-C-T-C-A-AATC---------T-----C--A-G-T-G--C-----A-T-----TAGC---C--AA-T--C----AAA--AT-A----C-----A-TG--T--TAC--A-AA--A-A--A-A--T-TG-C--A--T-TA-GAAT
gi|111522                     :   AA-T-C-G-A---A-----G-C---T-T---CTCCAT-C-T-C--G-----T-T--A-A-C----G-C-T-C-A-T-TTA-A----CGC--A-----T-C-T-CAA-AATC---------TC----C--A-G-T-G--C-------T-----TATC---C---A-T--C----AAA--AT-A----C-----G-TG--T--TAC--A-AA--A-C----A--T-TG-C--A--T-TA-GAAT
gi|111523                     :    A-T-C-G-C---A--A--G-C---T-T---T-CCAT-C-T-C--G-----T-T--A-A-T----G-C-T-C-A-T-TTA-A----C-C--G-----T-T-C-T-A-AATC---------T-----C--A-G-T-G--CATTA-A-T-----TAGC---C--AA-T--C----AAA--AT-A----C-----A-AA--T--TAC--A-AA--A-C--A-T--C-TG-C--A--T-TG-GAAT
gi|111524                     :    A-T-C-G-A---A--A--G-C---T-TT--C-CCA--C-T-C--G-----T-TT-A-A-C----GGC-T-C-A-T-TTA-A----C-C--A-----CGC-T-C-A-AATC---------T-----C--AAG-T-G--C-----A-T-----TATC------AA-T--C----AAA--AT------C-----G-TT--T--TAC--A-AA--A-C--A-A--T-TG-C--A--T-TA-GAAT
gi|111525                     :     -T-C-A-A---A--A--T-CA--C-T---T-CCAT-C-T-CT-G-----T-T--A-A-T----G-C-T-C-A-T-TTG-A----C-C--G-----T-C-T-C-A-AATCAAAAGGCTTT-----C--C-A-T-T--C-------T-----TAATGCTC--AA-T--C----AAA--AT-A----C-----A-AA--T--TAC--A-AA--A-C--A-G--T-TG-C--A--T-TA-GAAT
gi|111526                     :     -T-C-A-A---A--A--T-CA--C-T---T-CCAT-C-T-CT-G-----T-T--A-A-T----G-C-T-C-A-T-TTG-A----C-C--G-----T-C-T-C-A-AATCAAAAGGCTTT-----C--C-A-T-T--C-------T-----TAATGCTC--AA-T--C----AAA--AT-A----CAA---A-TA--T--CA---A-AA--A-C--AGG--T-TG-C--A--A-TA-GAAT
gi|111527                     :     -T-C-A-A---A--A--T-CA--C-T---T-CCAT-C-T-CT-G-----T-T--A-A-T----G-C-T-C-A-T-TTG-A----C-C--G-----T-C-T-C-A-AATCAAAAGGCTTT-----C--C-A-T-T--C-------T-----TAATGCTC--AA-T--C----AAA--AT-A----CAA---A-TA--T--CA---A-AA--A-C--AGG--T-TG-C--A--A-TA-GAAT
gi|111528                     :           -A---A--A--G-C---T-TTT-C-CAAC-C-T-C----------T--A-AGT----G-C-T-T-G-T-TTA-G----C-T--G-----C-C-T-C-A-AACT---------T-----C--A-G-T-G--C-----A-C-----TAAC---C--AA-T--C-----AA--AT-G----C-----C-AGA-T--TAC--A-A--------A-A--T-TG-TGGA--A-TA-GAAT
gi|111529                     :                    --G-C---T-T---C-CCAT-C-T-C--G-----T-T--A-G-C----G-C-T-C-A-T-TTA-A----C-C--A-----T-C-T-C-A-AATC---------T-----C--A-G-T-G--C-----A-T-----TATC---C--AA-T--C----AAA--AT-A----C-----T-TG--T--TAC--A-AA--A-C--A-T--T-TG-C--A--T-TA-GAAT
gi|111530                     :                         ---T-T---C-ACAT-C-A-C--G-----T-T--A-A-C----G-CCT-C-A-TATTA-A----TAC--G-----T-C-T-C-A-AATCA--------T-----C------T-G--C-----A-TGTATATAGC---C--AA-TGTC----ATACCAA-A----C-----A-T---T--TAC--A-AA--A-C--A-T--T-TG-C--A--T-TA-GAAT
gi|111531                     :                               ---C-CTGT-C-T----A-----T-T--A-A-T----A-T-C-C-C-C-TTA-A----C-C--------T-C-T-C-A-AATC---------T-----C----G-T-G--C-----A-C-----C-GC---C--AA-T--C----AAA--AC-A----------A-TA--T--CAC--A-AA--A-C--A-A--T-TG-C--A--T-TA-GAAT
gi|111532                     :                               ---C-CTGT-C-T----A-----T-T--A-A-T----A-T-C-C-C-C-TTA-A----C----G-----T-C-T-C-A-AATC---------T-----C--A-GTT-G--C-----A-TC----TAGC---CAAAA-T--C----AAA--AG-A----C-----ATTA--T--CAC--A-AA--ACC--A-A--T-TG-C--AC-T-TA-GA
gi|111533                     :                                     CAT-C-TGC--A-----T-TGGA-A-T----G-C-T-T-A-T-TTA-A----C-T--G-----C-C-T-C-A-AACA---------T-----C--A-A-T-G--A-----A-T-----TAGC---C--AA-T--C----AAA--TT-G----CA----G-T---T--TAT--A-AA--A-T--G-T--T-TG-C--A--T-TA-GAAT
gi|111534                     :                                                                                                     -C-T-C-A-AATC---------T-----C--A-G-T-G--C-----A-T-----TAGC---C--AA-T--C----AAA--AT-A----CAACTAG-TAC-T--TAC--A-AA--A----A-G--T-TG-C--A--T-TA-GAAT
gi|111535                     :                              cgtctcgtgaacgagacta-----T-T--A-A-T----A-C-T-C-A-T-TTC-A----T-A--G-----C-C-T-C-A-AACA---------T-----A--T-G-T-G--C-----A-T-----TAGC---C--AA-T--C----AAA--AT-G----C-----A--A--T--TAC--A-AA--A-C--A-G--T-TG-C--A--T-TA-GAA
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Reference ( family-367 )      : ACAA-T-C-G-A---A--A--G-C---T-T---C-CCAT-C-T-C--G-----T-T--A-A-C----G-C-T-C-A-T-TTA-A----C-C--G-----T-C-T-C-A-AATC---------T-----C--A-G-T-G--C-----A-T-----TA--GC-C--AA-T--C----AAA--AT-A----C-----G-TG--T--TAC--A-AA--A-C--A-A--T-TG-C--A--T-TA-GAAT
gi|111476                     : ACAA-T-C-G-A---A--A--G-C---T-T---C-CCAT-C-T-C--G-----T-T--A-A-C----G-C-T-C-A-T-TTA-A----C-C--A-----T-C-T-C-A-AATC---------T-----C--A-G-T-G--C-----A-T-----TA--TC-C--AA-T--C----AAA--AT-A----C-----G-TG--T--TAC--A-AA--A-C--A-A--T-TG-C--AT-T-TA-GAAT
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gi|111498                     : ACAAGT-C-G-A---A-----G-C---T-T---C-CCAT-C-T-C--G-----T-T--A-A-C----G-C-T-C-A-T-TTA-A----C-C--A-----CAC-T-C-A-AATT---------T-----C--A-G-T-G--C-----A-T---------AT-C--AA-T--CA---AAA--AT-A----C-----T-CG--T--TAC--G-AA--ACC--A-A--T-TG-C--A--T-TG-GAAT
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gi|111508                     : ACAA-T-CCG-A---A--A--G-C---TAT---T---AT-C-T-C--G-----G-T--T-A-C----G-C-T-C-A-T-TTACA----C-C--A---------T-C-A-AATC---------T-----C--AGG-T-GA-C-----A-T-----TA--TC-C--AA-T--C----AAA--AT-AT---C-----G-TG--T--TAC----AA--A-C----A--T-TG-C--A----TA-GAA
gi|111509                     : ACAA-T-C-A-A---A--G--G-C---T-T---T-CCAT-C-T-T--G-----T-T--A-A-T----G-C-T-C-A-T-T--------C-C---------------------T---------T-----T--A-G-T-G--C-----A-T-----TA--GG-T--CA-T--C----AAA--AT-G----------G-TG--GAATAC--A-AA--A-C--A-G--T-TG-C--A--T-CA-GAAT
gi|111510                     : ACAA-T-CAG-A---A--A--GGC---T-T---C-CCATTC-A-C--G-----T-TT-A-A-C----G-C-T-C-A-T-TTA-A----TGC--GATACCT-C-A-C-A-TATC---------T-----C--A-G-TGG--T-----A-T-----TA--G--C--AA-T--CCAAAGAA--AT-A----C-------CA--TA-TAC--A-AAC-A-C--A-AC-T-TG-C--A--T-TA-GAAT
gi|111511                     : ACAA-T-T-G-G---A--A--C-C---T-T---T-ATGT-C-T-C--A-----T-C--C-A-T----G-C-A-C-A-T-CTA-A----T----G-----T-C-C-CCA-AACC---------T-----C--A-G-T-G--T-----A-T-----TA--GC-T--AA-T--C----AAA--GT-G----C-----A-AT--T--CAC--A-AA--G-C--A-G--A-TG-C--A--T-TA-GAAT
gi|111512                     : ACAA-T-C-G-A---A--A--G-C---T-T---T-CCAT-C-T-C--A-----T-T--A-A-T----G-C-T-C-A-T-TTA-A------C--G-------------A-AAT-------------------A--------------------------------------C----AAA--TT-A----C-------------------A-AA--A-C--A-G--T-TG-C--A--T-TA-GAAT
gi|111513                     : ACAA-T-C-G-A---A--A--G-C---T-T---T-CCAT-C-T-C--A-----T-T--A-A-T----G-C-G-T-A-T-TTA------------------------------C---------T-----C--A-G-T-A--C-----A-T-----TG--GT-C--AA-T--T-------------------------TG--A--TAA--A-AA--A-A--A-AAGT-TG-C--A--T-TA-GCAT
gi|111514                     : ACAA-T-A-G-A---A--A--G-C---T-T---T-CCAT-T-T-C--ATAGGCT-T--G-A-T----G-C-G-C-A-T-TTA------------------------------C---------T-----C--A-G-T-A--C-----A-T-----TA--GT-C--AA-T--------------------------A-TG--A--T-C--A-AA--A-C--A-G--T-TG-C--A--T-TA-GAAT
gi|111515                     : ACAA-T-C-G-A---A--A--G-C---T-T---T-CCAT-C-T-C--T-----T-T--A-A-T----G-A-A-C-A-T-TTA------------------------------C---------T-----C--T-G-T-A--T-----A-T-----TG--GT-C--AA-T--T-------------------------TG--A--T-C--A-AA--A-C--A-G--T-TG-C--A--T-TA-GAAT
gi|111516                     : ACAA-T-C-G-A---A--A--G-C---T-T---T-CCAT-C-T-T--G-----T-T--A-A-T----G-C-T-C-A-T-TTG-A----T-C--G-----T-C-T-CTA-AA
gi|111517                     : ACAA-T-C-T-A---A--A--G-C---T-T---T-CCAT-C-C-C--G-----T-T--A-A-T----A-A-A-C-A-T-TTA------------------------------C---------T-----C--A-G-T-A--C-----A-T-----TG--GT-A--AA-T--T-------------------------TG--A--T-C--A-AA--A-C--A-G--T-AG-C--A--T-TA-GAAT
gi|111518                     :  CAA-T-C-G-A---A--A--G-----T-T---C-CCAT-C-T-C--G-----T-T--A-A-C----G-C-T-C-A-T-TTA-A----C-C--------C-C-TGC-A-AATC---------T-----C--A-GTT-G--G-----A-T-----TA--TC-C--AA-T--C----AAA--AT-A----C-----G-TG--T--TAC--A-AA--A-C--A-A--T-TGCC--A--T-TA-GAAT
gi|111519                     :  CAA-T-C---A---ATTA--G-CGTAT-T---T-CGAT---T-C--A-----T-T--A-A-A----G-C-TTC-A-T-CTA-A----G-C--G-----T-CCT-C-A-AATCC--------T-----C--A-G-C-G--A-----A-T-----TA--GC-CC-AA-T-------AAA--AT-A----C-----A-TA--T--TAC--A-AA--A-C--A-A--T-TG-A--A--A-GA-GAAT
gi|111520                     :   AG-T-C-G-A---A--A--G-CC--T-T---C-CCAT-C-T-C--GC----T-T--A-A-C----G-CCT-C-A-T-TTA-A----C-C--G-----T-C-T-C-A-AATC---------T-----T--A-G-T-G--C-----A-T-----TA--AC-CA-AA-C--C----CAA--AT-A----C-----A-TA--T--TAC--A-AA--A-C----A--T-TG-C--A--C-TA-GAAT
gi|111521                     :   AA-T-T-G-A---A--A--G-C---T-T---C-CCAT-T-T-C--G-----T-T--A-A-C----G-C-T-C-A-T-TTA-A----A-C--A-----T-C-T-C-A-AATC---------T-----C--A-G-T-G--C-----A-T-----TA--GC-C--AA-T--C----AAA--AT-A----C-----A-TG--T--TAC--A-AA--A-A--A-A--T-TG-C--A--T-TA-GAAT
gi|111522                     :   AA-T-C-G-A---A-----G-C---T-T---CTCCAT-C-T-C--G-----T-T--A-A-C----G-C-T-C-A-T-TTA-A----CGC--A-----T-C-T-CAA-AATC---------TC----C--A-G-T-G--C-------T-----TA--TC-C---A-T--C----AAA--AT-A----C-----G-TG--T--TAC--A-AA--A-C----A--T-TG-C--A--T-TA-GAAT
gi|111523                     :    A-T-C-G-C---A--A--G-C---T-T---T-CCAT-C-T-C--G-----T-T--A-A-T----G-C-T-C-A-T-TTA-A----C-C--G-----T-T-C-T-A-AATC---------T-----C--A-G-T-G--CATTA-A-T-----TA--GC-C--AA-T--C----AAA--AT-A----C-----A-AA--T--TAC--A-AA--A-C--A-T--C-TG-C--A--T-TG-GAAT
gi|111524                     :    A-T-C-G-A---A--A--G-C---T-TT--C-CCA--C-T-C--G-----T-TT-A-A-C----GGC-T-C-A-T-TTA-A----C-C--A-----CGC-T-C-A-AATC---------T-----C--AAG-T-G--C-----A-T-----TA---T-C--AA-T--C----AAA--AT------C-----G-TT--T--TAC--A-AA--A-C--A-A--T-TG-C--A--T-TA-GAAT
gi|111525                     :     -T-C-A-A---A--A--T-CA--C-T---T-CCAT-C-T-CT-G-----T-T--A-A-T----G-C-T-C-A-T-TTG-A----C-C--G-----T-C-T-C-A-AATCAAAAGGCTTT-----C--C-A-T-T--C-------T-----TAATGCTC--AA-T--C----AAA--AT-A----C-----A-AA--T--TAC--A-AA--A-C--A-G--T-TG-C--A--T-TA-GAAT
gi|111526                     :     -T-C-A-A---A--A--T-CA--C-T---T-CCAT-C-T-CT-G-----T-T--A-A-T----G-C-T-C-A-T-TTG-A----C-C--G-----T-C-T-C-A-AATCAAAAGGCTTT-----C--C-A-T-T--C-------T-----TAATGCTC--AA-T--C----AAA--AT-A----CAA---A-TA--T--CA---A-AA--A-C--AGG--T-TG-C--A--A-TA-GAAT
gi|111527                     :     -T-C-A-A---A--A--T-CA--C-T---T-CCAT-C-T-CT-G-----T-T--A-A-T----G-C-T-C-A-T-TTG-A----C-C--G-----T-C-T-C-A-AATCAAAAGGCTTT-----C--C-A-T-T--C-------T-----TAATGCTC--AA-T--C----AAA--AT-A----CAA---A-TA--T--CA---A-AA--A-C--AGG--T-TG-C--A--A-TA-GAAT
gi|111528                     :           -A---A--A--G-C---T-TTT-C-CAAC-C-T-C----------T--A-AGT----G-C-T-T-G-T-TTA-G----C-T--G-----C-C-T-C-A-AACT---------T-----C--A-G-T-G--C-----A-C-----TA--AC-C--AA-T--C-----AA--AT-G----C-----C-AGA-T--TAC--A-A--------A-A--T-TG-TGGA--A-TA-GAAT
gi|111529                     :                    --G-C---T-T---C-CCAT-C-T-C--G-----T-T--A-G-C----G-C-T-C-A-T-TTA-A----C-C--A-----T-C-T-C-A-AATC---------T-----C--A-G-T-G--C-----A-T-----TA--TC-C--AA-T--C----AAA--AT-A----C-----T-TG--T--TAC--A-AA--A-C--A-T--T-TG-C--A--T-TA-GAAT
gi|111530                     :                         ---T-T---C-ACAT-C-A-C--G-----T-T--A-A-C----G-CCT-C-A-TATTA-A----TAC--G-----T-C-T-C-A-AATCA--------T-----C------T-G--C-----A-TGTATATA--GC-C--AA-TGTC----ATACCAA-A----C-----A-T---T--TAC--A-AA--A-C--A-T--T-TG-C--A--T-TA-GAAT
gi|111531                     :                               ---C-CTGT-C-T----A-----T-T--A-A-T----A-T-C-C-C-C-TTA-A----C-C--------T-C-T-C-A-AATC---------T-----C----G-T-G--C-----A-C-----C---GC-C--AA-T--C----AAA--AC-A----------A-TA--T--CAC--A-AA--A-C--A-A--T-TG-C--A--T-TA-GAAT
gi|111532                     :                               ---C-CTGT-C-T----A-----T-T--A-A-T----A-T-C-C-C-C-TTA-A----C----G-----T-C-T-C-A-AATC---------T-----C--A-GTT-G--C-----A-TC----TA--GC-CAAAA-T--C----AAA--AG-A----C-----ATTA--T--CAC--A-AA--ACC--A-A--T-TG-C--AC-T-TA-GA
gi|111533                     :                                     CAT-C-TGC--A-----T-TGGA-A-T----G-C-T-T-A-T-TTA-A----C-T--G-----C-C-T-C-A-AACA---------T-----C--A-A-T-G--A-----A-T-----TA--GC-C--AA-T--C----AAA--TT-G----CA----G-T---T--TAT--A-AA--A-T--G-T--T-TG-C--A--T-TA-GAAT
gi|111534                     :                                                                                                     -C-T-C-A-AATC---------T-----C--A-G-T-G--C-----A-T-----TA--GC-C--AA-T--C----AAA--AT-A----CAACTAG-TAC-T--TAC--A-AA--A----A-G--T-TG-C--A--T-TA-GAAT
gi|111535                     :                              cgtctcgtgaacgagacta-----T-T--A-A-T----A-C-T-C-A-T-TTC-A----T-A--G-----C-C-T-C-A-AACA---------T-----A--T-G-T-G--C-----A-T-----TA--GC-C--AA-T--C----AAA--AT-G----C-----A--A--T--TAC--A-AA--A-C--A-G--T-TG-C--A--T-TA-GAA
gi|111536                     :                                                       -T--A-A-C----G-C-T-C-A-T-TTA-A----C-C--A-----T-C-T-C-A-AATA---------T-----C--A-G-T-A--C-----A-T-----TA--TC-C--AA-T--C----AAA--AT-A----C-----G-TG--T--AAC--A-AA--A-C--A-A--T-TG-C--A--T-TA-GAAT
gi|111537                     :                                                                                 TA-G----C-C--------T-C-T-C-A-AATA---------T-----C--T-G-T-G--C-----A-T-----TA--GC-C--AA-T--C----AAA--TT-G----C-------TGA-T--TAC--A-AA--A-C--A-G--T-CA-C--A--T-CA-GAAT
gi|111538                     :                                                                                               -----T-C-T-T-A-AATC---------T-----C--A-T-T-G--C-----A-T-----TA--GC-C--AA-T--C-----AA--AT-A----C-----A-CA--A--TAC--A-AA--A-C--A-G--T-TG-T--A--T-TA-GAAT