lowQualScore : 222222222222222222
lowQualScore : 1 0 00 0 333333 00 000000000000000000 2222 2222222 33333 111 222222 111111 1 3333 0 3333 1 555555555 66 11 111 0 1 00 0 0
lowQualScore : . . .. . ...... .. .................. .... ....... ..... ... ...... ...... . .... . .... . ......... .. .. ... . . .. . .
lowQualScore : 2 6 99 6 444444 88 222222222222222222 4444 8888888 22222 777 333333 777777 2 6666 6 1111 8 666666666 77 77 777 6 2 88 6 6
consensus : GACAGA-C-G--GA-C------G--AC---G-----C---T----A----TACC-------A-----T---A------A------T-ACGT---CC-CG----TCT-T-T---G---A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
Reference ( gi|124246 ) : GACAGA-C-G--GA-C------A--AC---G-----G---T----A----TACC-------A-----T---A------A------T-ACGT---CC-CG----TCT-T-T---G---A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124245 : GACAGA-C-G--GA-C------G--AC---G-----C---T----A----TACC-------A-----T---A------A------T-ACGT---TC-CG----TCT-T-C---G---A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124247 : GACAAA-T-G--GA-C------G--AC---G-----C---T----A----TACC-------A-----T---A------A------T-ACGT---CC-CG----TCT-T-T---G---A--CG--G---G-TG-TA--TA-A-AAA
gi|124249 : GACAGA-C-G--GA-C------G--AC---G-----C---T----A----TTCC-------A-----T---A------A------T-ACAT---TC-CG----TCT-T-C---G---A--CG--G---G-TG-TA--TA-A-AAA
gi|124253 : GACGGA-C-G--GA-C------A--AC---C-----GCC-T----A----TACC-------A-----T---A------A------T-ACGT---CC-CG----TCT-T-C---G---A--CC--G---G-CGATA--TA-A-AAA
gi|124257 : GACAGA-C-G--GA-C------A--AC---A-----C---T----A----TACC-------A-----T---A------ATACATGT-ACAT---CT-CG----TCT-T-T---G---A--AG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124251 : GACGGA-C-G--GAAC------G--AC---G-----C---T----A----TAC--------A-----T---A------A------T-ACGT---CC-CG----TCT-T-C---G---A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-TAA
gi|124252 : GACAGA-T-G--GA-C------G--AC---G-----C---T----A----TACA-------A-----T---A------A------T-ACGT---CC-CA----TTT-T-C---A---A--CG--A---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124258 : GACAGA-C-A--GA-C------A--AT---G-----C---T----A----TATC-------A-----T---A------A------T-ACAT---CC-CG----CCT-T-T---G---A--AG--G---A-CA-TA--TA-A-AAA
gi|124255 : GACAGA-C-G--GA-C------G--AC---T-----C---T----T----TACC-------A-----TGATA------A------T-ACGTAGTCC-CG----TCT-T-T---G---A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124254 : GACAGA-T-A--GA-T------G--AT---G-----C---T----A----TACC-------A-----T---A------A------T-ACAT---CC-CG----TCT-T-T---G---A--TG--G---G-GG-TA--TA-A-AAA
gi|124250 : GACAGA-T-G--GA-C------A--AC---T-----C---C----A----TACC-------A-----T---A------A------T-ACCT---CC-AA----TCT-T-T---G---A--CG--A---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124259 : GACGGA-C-G--GA-C------A--AC---A-----C---C----A----TAGC-------A-----T---A------A------T-ACGT---CC-CG----TCT-GAA---G---A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124265 : GACAGA-C-G--GA-C------G--ACAGCG-----G---T----A----TAGC-------A-----T---A------A------T-ACG----CC-CG----CCT-T-T---T---ATGCG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124260 : GACAGA-C-G--GA-C------G--AC---G-----T---C----A----TACC-------A-----C---A----------------CGT---CC-CG----TCT-T-T---G---A--CG--G---G-CG-TA---A-A-A
gi|124256 : GACAGAAC-GACGA-C------A--A----G-----C---T----A----TACC-------A-----T---A----------------CGT---CC-CG----TCT-T-C---G---A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-AA
gi|124262 : GACGGA-C-G--GA-C------A--AC---G-----C---A----A----TAAC-------A-----T---A------A------T-ACGT---CC-C-----TCT-GAA---G---A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124270 : GACGGA-C-G---A-C------A--GC---G-----G---T----A----TAGC-------A-----T---A------A------T-ACGT---CC-CC----TTT-T-T---AT--G--CG--G---G-CG-TA--TA-G-AAA
gi|124266 : gacgGACGGA-C-G--GA-C------A--AC---GCCATAA---T----A----TACA-------AATG--T---A------A------T-ACGT---CC-CG----TCT-G-AA--G---A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124271 : GAAAGA-T-G--GA-C------A--AT---G-----C---C----A----TACC-------A-----T---A----------------TGT---CC-TG----TCT-T-T---G---A--TG--G---G-CG-TA--TA-A-AA
gi|124264 : GACAGA-C-G--GA-C------G--AC---A-----GCGCT----A----TAGC-------A-----T---A------A------T-ACG----CC-CG----CTT-T-T---T---ATGCG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124261 : GACAGG-T-G--GA-C------G--AC---G-----C---A----A----CACC-------A-----T---A------A------T-GCAT---CC-TG----TCT-T-T---G---A--TT--G---G-CG-TG--TA-A-AAA
gi|124263 : GACAGA-T-A--GA-T------G--AC---G-----C---A----A----TACT-------A-----T---A------A------T-ACGT---TC-CG----CCC-T-T---G---A--TG--G---G-AG-TA--TA-A-AAA
gi|124279 : GACGGA-C-G--AA-C------A--GC---G-----G---T----A----TAGC-------A-----T---A------A------T-ACGA---CC-CGCTAATTT-TAT---G------CG--G---G-CG-TA--TA-A-AA
gi|124275 : gacaGACAGA-C-A--AA-C------A--AA---C-----C---C----A----CACC-------A-----A---A------A------T-ATGT---CC-CA----TCT-T-T---G---A--CG--G---G-CT-TA--TA-A-AAA
gi|124290 : GACGGA-C-G--GA-C------A--ACAGCG-----G---T----A----TAGC-------A-----T---A------A------T-ACG----CC-CA----CTT-T-T---T---ATGCG--G---G-CG-TA--TA-A-AA
gi|124286 : GACGGA-C-G--GA-C------A--AC---A-----G--------A----TAAC-------A-----T---A------A------T-ACGT---CC-CG----TCT-----------G--CA--GATTG-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124281 : GACAGA-C-G--GA-C------G--ACAGCG-----G---T----A----TAGC-------A-----T---A------A------T-ACG----CC-CG----CTT-T-T---T---A--TGCTG---G-CG-TG--TA-A-AAA
gi|124283 : GACAGA-C-G--GA-C------G--ACAGCG-----G---T----A----TAGC-------A-----T---A------A------T-ACG----CC-CG----CTT-T-T---T---ATGTG--G---G-CA-TA--TA-A-AAA
gi|124267 : GACAGA-C-G--GA-C------G--AC---A-----G---TGCT-A----TAGC-------A-----T---A------A------T-ACG----CC-CG----CTT-T-T---T---ATGCG--G---G-CA-TA--TA-A-AAA
gi|124292 : GACAGG-C-G---A-C------A--GC---G-----G---T----A----TACC-------A-----T---A------A------T-ACGC---CCACA----TTT-T-T---AT--G--CG--A---A-CG-TA--TA-A-AA
gi|124273 : gacaGACGGA-C-G--GA-C------A--AC---A-----C---C----A----TAAC-------A-----T---A------A------T-ATGC---CC-CG----TCTAA-A---G---A--CG--G---A-TG-TA--TA-A-AAA
gi|124278 : GAC-GA-T-G--GA-C------A--AT---G-----T---C----A----TAAC-------A-----T---A------A------T-ACGT---CC-CA----TCTAA-A---G---A--CG--G---A-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124272 : GACGGA-C-G--GA-C------G--AC---A-----GCGCT----A----TAGC-------A-----T---A------A------T-ACA----CC-CGC---TTT-T-T---AT--A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124269 : GACAGA-C-G--GG-C------G--AT---G-----C---C----A----TACC-------A-----T---C------T------T-ACAT---CT-TG----TCA-T-T---G---A--TG--G---G-CA-TA--TA-A-AAA
gi|124268 : GACAGA-C-A--GT-C------G--AT---G-----C---C----AAAATTATC-------A-----T---A------A------T-ATGT---CC-AG----TCT-T-T---G---A--CA--G---G-CA-TA--TA-A-AAA
gi|124280 : GACAGA-C-A--GA-C------AGAAC-------------C----A----TACA-------A-----T---A------A------T-ACTT---CC-TG----TCT-T-T---G---A--AT--G---G-TG-TA--TA-A-AAA
gi|124282 : GACAGA-C-G--GA-C------G--AC---A-----GCAGT----A----TAGC-------A-----T---A------A------T-ACG----CT-CG----CTT-T-T---T---A--TGCTG---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124274 : GACAGA-C-G--GA-T------G--AC---A-----G---TGCT-A----TAGC-------A-----T---A------A------T-ATG----CC-CG----CTT-T-T---C---ATGCG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124288 : GACAGA-C-G--GA-C------G--AC---A-----G---T----GATG-TAGC-------A-----T---A------A------T-ACGC---CC-CC----TTT-T-T---AT--G--CG--G---G-TG-TA--TA-A-A
gi|124276 : GACAGA-C-G--GA-C------G--ACAGCG-----G---T----A----TAGC-------A-----T---A------A------T-ACG----CC-CG----CTT-T-C---A---ATGCG--G---G-TG-TATTTA-A-AAA
gi|124289 : GACAGA-C-G--GA-C------G--AC---A-----GCGAT----A----TAGT-------A-----T---A------A------T-ACG----CC-CG----CTT-T-T---T---ATGCG--G---G-CG-TA--TT-A-AAA
gi|124285 : GACAGA-C-G--GA-CCCGACCA--GC---G-----C---T----A----TAGC-------A-----T---A------A------T-ACG----CC-CGC---TTT-T-T---G---T--CG--G---G-CGCTA--TA-G-AAA
gi|124277 : GACAGA-T-G--GA-C------G--AC---G-----C---C---------TACC-------A-----TT--A------A------TTACAT---CC-CAA---TCT-T-T---GC--A--CA--G---G-TG-TA--TA-A-AAA
gi|124284 : GACGGAAC-G--GA-C------A--AC---G-----C---C----A----TAAC-------A-----T---T------A------T-ACGT---CC-TG----TCT-GAA---G---A--CA--G---G-CG-T---TA-A-AAA
gi|124248 : GACAGA-CAG--GA-CTGAGC-G--AC---GCTT--A---T----A----TACC-------AG----T---A------A------T-ACGT---CC-CG----TCT-T-C---GA--A--CG--GC--T-CG-TA--TA-ATAAA
gi|124293 : GACAGA-C-G--TA-C------A--AC---C-----C---T----A----AACC-------A-----T---A------A------T-----------CG----TC--------G---A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124291 : GACAGA-C-A--GA-C------A---C---A-----A---TTGCCA----TACC-------A-----C---A------A------T-CAAT---CC-TG----TCT-T-A---G---A--CA--G---G-CG-TA--TATA-AAA
gi|124307 : GACAGA-C-G---A-C------A--CC------------------A----TACC-------A-----T---G------A------T-ACAT---CC-CG----TCT-T-T---T---A--CG--
gi|124287 : GACGGT-C-G--GA-C------G--GC---G-----C---C----A----TGCC-------A-----T---ACTAGTAA------T-AAGC---TC-CG----TCT-T-G---G---A--CG--G---G--G-TA--TA-A-AA
gi|124294 : ACAGA-C-G--GA-T------G--AC---A-----C---T----G----TACC-------A-----T---A------A------T-ACAT---CC-TG----TCT-T-T---G---A--CG--G---G-TG-TA--TA-A-AAA
gi|124297 : ACAGA-C-G--GA-C------G--AC---A-----G---T---------TACCTCAACCCA-----T---A------A------TTACCT---CC-TG----TCT-T-T---G---A--CG--G---G-TG-TA--TA-A-AAA
gi|124295 : ACGAA-C-G--GA-C------A--AT---G-----C---C----A----TAAC-------A-----T---A------A------T-ATGT---CC-CG----TCT-GAA---G---A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124296 : ACAGA-C-A--GA-C------G--AT---G-----C---T----A----TACT-------ACGGTAT---A------A------T-ACAT---TC-TG----TCT-T-T---G---A--CG--G---G-CA-CG--TA-A-AAA
gi|124298 : ACAGA-C-A--GA-C------A---C---A-----C---C----A----TACC-------A-----T---A------A------C-ACAT---CC-AG----TCA-T-A---A---A--AG--G---G-CA-TA--TA-A-AAA
gi|124299 : CAGA-C-G--GA-C------G--AC---A-----C---T----A----TACC-------A-----T---A------A------T-ACTT---CC-CG----TCT-T-T---G---A--CG--G---G-CG-CA--TA-A-AAA
gi|124300 : CAGA-C-G--AA-C------G--AC---G-----C---T----A----TACC-------A-----T---A------A------T-ACGT---CT-CG----TCA-T-C---G---A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-TAA
gi|124302 : CAGA-A-G--GA-C------A--AC---G-----T---C----A----TACC-------A-----T---A------A------T-ACGT---CA-AG----TCT-T-C---G---A--CA--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124301 : CAGA-C-A--GA-C------G--AT---G-----C---C----A----TACC-------A-----T---A------C------T-ACAT---CC-TG----TCT-T-T---G---A--CA--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124303 : AGA-C-G--GA-C------G--AC---G-----C---T----A----TACC-------A-----T---A------A------T-ACGT---CC-CG----TCT-T-T---G---A--CG--G---G-CG-TT--CA-A-AAA
gi|124304 : AGA-C-G--GA-C------G--AC---C-----G---T----T----TATCCG-----G-----T---A------A------T-ACGT---CC-CG----TCT-T-C---GGAAA--CG--G---GCCG-TA--TA-A-AAA
gi|124305 : GA-C-G---A-C------A--AC---G-----C---C----A----TAAC-------A-----T---A------A------T-ACGT---CC-CG----T-T-C-TGAAG---A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124306 : GA-T-G--GA-T------A--AC---G-----C---C----A----TAAC-------A-----T---A------A------T-ACGC---CC-CG----TCTAA-A---G---A--CA--G---G-TG-TA--TG-A-AAA
gi|124308 : GA-C-G--GA-C------A--AC---C-----G---CC---A----T-CC-------A-----C---AT-----A------T-ACGT---CC--G----TCT-G-AA--G---A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124309 : -C-A--GA-C------A--AC---G-----C---T----A----TACC-------A-----C---A------A------T-ACTT---CC-GG----TCT-T-T---G---A--TG--G---A-CG-TA--TG-A-AAA
gi|124310 : --AC---G-----C---T----A----TACC-------A-----T---A------A------T-ACAT---TC-CG----TCT-T-T---G---A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124308 : g------A------T-ACG----CC-CG----TCT-T-CA--G---A--CG--G---A-CG-TA--TA-
Alignments
lowQualScore : 1111
lowQualScore : 0 0 0 22222 1111 7777 99999 111 1111 1111 0 33333 111 222222 222222 0 2222 0 0 2222 1 444444444 66 11 111 0 1 00 0 0
lowQualScore : . . . ..... .... .... ..... ... .... .... . ..... ... ...... ...... . .... . . .... . ......... .. .. ... . . .. . .
lowQualScore : 6 6 6 33333 3333 2222 66666 777 3333 3333 6 88888 111 333333 333333 6 5555 6 6 5555 8 888888888 77 77 777 6 2 88 6 6
consensus : GACAGA-C-GGA-C-----GA----C----GC-----T---A----T----ACC-A-----T---A------A------T-ACGT---CC-C-G----TCT-T-T---G---A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
Reference ( family-356 ) : GACAGA-C-GGA-C-----GA----C----GC-----T---A----T----ACC-A-----T---A------A------T-ACGT---CC-C-G----TCT-T-T---G---A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124245 : GACAGA-C-GGA-C-----GA----C----GC-----T---A----T----ACC-A-----T---A------A------T-ACGT---TC-C-G----TCT-T-C---G---A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124246 : GACAGA-C-GGA-C-----AA----C----GG-----T---A----T----ACC-A-----T---A------A------T-ACGT---CC-C-G----TCT-T-T---G---A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124247 : GACAAA-T-GGA-C-----GA----C----GC-----T---A----T----ACC-A-----T---A------A------T-ACGT---CC-C-G----TCT-T-T---G---A--CG--G---G-TG-TA--TA-A-AAA
gi|124248 : GACAGA-CAGGA-CTGAGCGA----C----GC-----TTATA----T----ACC-AG----T---A------A------T-ACGT---CC-C-G----TCT-T-C---GA--A--CG--GC--T-CG-TA--TA-ATAAA
gi|124249 : GACAGA-C-GGA-C-----GA----C----GC-----T---A----T----TCC-A-----T---A------A------T-ACAT---TC-C-G----TCT-T-C---G---A--CG--G---G-TG-TA--TA-A-AAA
gi|124250 : GACAGA-T-GGA-C-----AA----C----TC-----C---A----T----ACC-A-----T---A------A------T-ACCT---CC-A-A----TCT-T-T---G---A--CG--A---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124251 : GACGGA-C-GGAAC-----GA----C----GC-----T---A----T----AC--A-----T---A------A------T-ACGT---CC-C-G----TCT-T-C---G---A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-TAA
gi|124252 : GACAGA-T-GGA-C-----GA----C----GC-----T---A----T----ACA-A-----T---A------A------T-ACGT---CC-C-A----TTT-T-C---A---A--CG--A---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124253 : GACGGA-C-GGA-C-----AA----CC---GCC----T---A----T----ACC-A-----T---A------A------T-ACGT---CC-C-G----TCT-T-C---G---A--CC--G---G-CGATA--TA-A-AAA
gi|124254 : GACAGA-T-AGA-T-----GA----T----GC-----T---A----T----ACC-A-----T---A------A------T-ACAT---CC-C-G----TCT-T-T---G---A--TG--G---G-GG-TA--TA-A-AAA
gi|124255 : GACAGA-C-GGA-C-----GA----C----TC-----T---T----T----ACC-A-----TGATA------A------T-ACGTAGTCC-C-G----TCT-T-T---G---A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124256 : GACAGA-A-CGA-C-----GA----CAA--GC-----T---A----T----ACC-A-----T---A----------------CGT---CC-C-G----TCT-T-C---G---A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-AA
gi|124257 : GACAGA-C-GGA-C-----AA----C----AC-----T---A----T----ACC-A-----T---A------ATACATGT-ACAT---CT-C-G----TCT-T-T---G---A--AG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124258 : GACAGA-C-AGA-C-----AA----T----GC-----T---A----T----ATC-A-----T---A------A------T-ACAT---CC-C-G----CCT-T-T---G---A--AG--G---A-CA-TA--TA-A-AAA
gi|124259 : GACGGA-C-GGA-C-----AA----C----AC-----C---A----T----AGC-A-----T---A------A------T-ACGT---CC-C-G----TCT-GAA---G---A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124260 : GACAGA-C-GGA-C-----GA----C----GT-----C---A----T----ACC-A-----C---A----------------CGT---CC-C-G----TCT-T-T---G---A--CG--G---G-CG-TA---A-A-A
gi|124261 : GACAGG-T-GGA-C-----GA----C----GC-----A---A----C----ACC-A-----T---A------A------T-GCAT---CC-T-G----TCT-T-T---G---A--TT--G---G-CG-TG--TA-A-AAA
gi|124262 : GACGGA-C-GGA-C-----AA----C----GC-----A---A----T----AAC-A-----T---A------A------T-ACGT---CC-C------TCT-G-AA--G---A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124263 : GACAGA-T-AGA-T-----GA----C----GC-----A---A----T----ACT-A-----T---A------A------T-ACGT---TC-C-G----CCC-T-T---G---A--TG--G---G-AG-TA--TA-A-AAA
gi|124264 : GACAGA-C-GGA-C-----GA----CAGC-GC-----T---A----T----AGC-A-----T---A------A------T-ACG----CC-C-G----CTT-T-T---T---ATGCG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124265 : GACAGA-C-GGA-C-----GA----CA---GCGG---T---A----T----AGC-A-----T---A------A------T-ACG----CC-C-G----CCT-T-T---T---ATGCG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124266 : GACGGA-C-GGA-C-----AA----C----GCCATAAT---A----T----ACA-AATG--T---A------A------T-ACGT---CC-C-G----TCT-GAA---G---A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124267 : GACAGA-C-GGA-C-----GA----CAGT-GC-----T---A----T----AGC-A-----T---A------A------T-ACG----CC-C-G----CTT-T-T---T---ATGCG--G---G-CA-TA--TA-A-AAA
gi|124268 : GACAGA-C-AGT-C-----GA----T----GC-----C---AAAATT----ATC-A-----T---A------A------T-ATGT---CC-A-G----TCT-T-T---G---A--CA--G---G-CA-TA--TA-A-AAA
gi|124269 : GACAGA-C-GGG-C-----GA----T----GC-----C---A----T----ACC-A-----T---C------T------T-ACAT---CT-T-G----TCA-T-T---G---A--TG--G---G-CA-TA--TA-A-AAA
gi|124270 : GACGGA-C-GGA-C-----GA----CA---GCGG---T---A----T----AGC-A-----T---A------A------T-ACGT---CC-C-C----TTT-T-T---AT--G--CG--G---G-CG-TA--TA-G-AAA
gi|124271 : GAAAGA-T-GGA-C-----AA----T----GC-----C---A----T----ACC-A-----T---A----------------TGT---CC-T-G----TCT-T-T---G---A--TG--G---G-CG-TA--TA-A-AA
gi|124272 : GACGGA-C-GGA-C-----GA----CAGC-GC-----T---A----T----AGC-A-----T---A------A------T-ACA----CC-C-GC---TTT-T-T---AT--A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124273 : GACGGA-C-GGA-C-----AA----C----AC-----C---A----T----AAC-A-----T---A------A------T-ATGC---CC-C-G----TCTAA-A---G---A--CG--G---A-TG-TA--TA-A-AAA
gi|124274 : GACAGA-C-GGA-T-----GA----CAGT-GC-----T---A----T----AGC-A-----T---A------A------T-ATG----CC-C-G----CTT-T-T---C---ATGCG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124275 : GACAGA-C-AAA-C-----AA----A----CC-----C---A----C----ACC-A-----A---A------A------T-ATGT---CC-C-A----TCT-T-T---G---A--CG--G---G-CT-TA--TA-A-AAA
gi|124276 : GACAGA-C-GGA-C-----GA----CA---GCGG---T---A----T----AGC-A-----T---A------A------T-ACG----CC-C-G----CTT-T-C---A---ATGCG--G---G-TG-TATTTA-A-AAA
gi|124277 : GACAGA-T-GGA-C-----GA----C----GC-----C--------T----ACC-AT----T---A------AT-----T-ACAT---CC-CAA----TCT-T-T---GC--A--CA--G---G-TG-TA--TA-A-AAA
gi|124278 : GAC-GA-T-GGA-C-----AA----T----GT-----C---A----T----AAC-A-----T---A------A------T-ACGT---CC-C-A----TCTAA-A---G---A--CG--G---A-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124279 : GACAGA-C-GGA-C-----GAACAGC----GG-----T---A----T----AGC-A-----T---A------A------T-ACGA---CC-C-GCTAATTT-TAT---G------CG--G---G-CG-TA--TA-A-AA
gi|124280 : GACAGA-C-AGA-C-----AG----A----AC-----C---A----T----ACA-A-----T---A------A------T-ACTT---CC-T-G----TCT-T-T---G---A--AT--G---G-TG-TA--TA-A-AAA
gi|124281 : GACAGA-C-GGA-C-----GA----CA---GCGG---T---A----T----AGC-A-----T---A------A------T-ACG----CC-C-G----CTT-T-T---T---A--TGCTG---G-CG-TG--TA-A-AAA
gi|124282 : GACAGA-C-GGA-C-----GA----CA---GCAG---T---A----T----AGC-A-----T---A------A------T-ACG----CT-C-G----CTT-T-T---T---A--TGCTG---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124283 : GACAGA-C-GGA-C-----GA----CA---GCGG---T---A----T----AGC-A-----T---A------A------T-ACG----CC-C-G----CTT-T-T---T---ATGTG--G---G-CA-TA--TA-A-AAA
gi|124284 : GACGGAAC-GGA-C-----AA----C----GC-----C---A----T----AAC-A-----T---T------A------T-ACGT---CC-T-G----TCT-GAA---G---A--CA--G---G-CG-T---TA-A-AAA
gi|124285 : GACAGA-C-GGA-CCC---GA----CCAGCGC-----T---A----T----AGC-A-----T---A------A------T-ACG----CC-C-GC---TTT-T-T---G---T--CG--G---G-CGCTA--TA-G-AAA
gi|124286 : GACGGA-C-GGA-C-----AA----CA---G----------A----T----AAC-A-----T---A------A------T-ACGT---CC-C-G----TCT-----------G--CA--GATTG-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124287 : GACGGT-C-GGA-C-----GG----C----GC-----C---A----T----GCC-A-----T---ACTAGTAA------T-AAGC---TC-C-G----TCT-T-G---G---A--CG--G---G--G-TA--TA-A-AA
gi|124288 : GACAGA-C-GGA-C-----GA----CAGT-GA-----T---G----T----AGC-A-----T---A------A------T-ACGC---CC-C-C----TTT-T-T---AT--G--CG--G---G-TG-TA--TA-A-A
gi|124289 : GACAGA-C-GGA-C-----GA----CA---GCGA---T---A----T----AGT-A-----T---A------A------T-ACG----CC-C-G----CTT-T-T---T---ATGCG--G---G-CG-TA--TT-A-AAA
gi|124290 : GACGGA-C-GGA-C-----AA----CA---GCGG---T---A----T----AGC-A-----T---A------A------T-ACG----CC-C-A----CTT-T-T---T---ATGCG--G---G-CG-TA--TA-A-AA
gi|124291 : GACAGA-C-AGA-C------A----CAATTGC-----C---A----T----ACC-A-----C---A------A------T-CAAT---CC-T-G----TCT-T-A---G---A--CA--G---G-CG-TA--TATA-AAA
gi|124292 : GACAGA-C-AGG-C-----GA----CA---GCGG---T---A----T----ACC-A-----T---A------A------T-ACGC---CCAC-A----TTT-T-T---AT--G--CG--A---A-CG-TA--TA-A-AA
gi|124293 : GACAGA-C-GTA-C-----AA----C----CC-----T---A----A----ACC-A-----T---A------A------T--CGT---C-------------------G---A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124294 : ACAGA-C-GGA-T-----GA----C----AC-----T---G----T----ACC-A-----T---A------A------T-ACAT---CC-T-G----TCT-T-T---G---A--CG--G---G-TG-TA--TA-A-AAA
gi|124295 : ACGAA-C-GGA-C-----AA----T----GC-----C---A----T----AAC-A-----T---A------A------T-ATGT---CC-C-G----TCT-GAA---G---A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124296 : ACAGA-C-AGA-C-----GA----T----GC-----T---A----T----ACT-ACGGTAT---A------A------T-ACAT---TC-T-G----TCT-T-T---G---A--CG--G---G-CA-CG--TA-A-AAA
gi|124297 : ACAGA-C-GGA-C-----GA----CA---GT-----T---A----CCTCAACCCA-----T---A------A------TTACCT---CC-T-G----TCT-T-T---G---A--CG--G---G-TG-TA--TA-A-AAA
gi|124298 : ACAGA-C-AGA-C------A----C----AC-----C---A----T----ACC-A-----T---A------A------C-ACAT---CC-A-G----TCA-T-A---A---A--AG--G---G-CA-TA--TA-A-AAA
gi|124299 : CAGA-C-GGA-C-----GA----C----AC-----T---A----T----ACC-A-----T---A------A------T-ACTT---CC-C-G----TCT-T-T---G---A--CG--G---G-CG-CA--TA-A-AAA
gi|124300 : CAGA-C-GAA-C-----GA----C----GC-----T---A----T----ACC-A-----T---A------A------T-ACGT---CT-C-G----TCA-T-C---G---A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-TAA
gi|124301 : CAGA-C-AGA-C-----GA----T----GC-----C---A----T----ACC-A-----T---A------C------T-ACAT---CC-T-G----TCT-T-T---G---A--CA--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124302 : CAGA-A-GGA-C-----AA----C----GT-----C---A----T----ACC-A-----T---A------A------T-ACGT---CA-A-G----TCT-T-C---G---A--CA--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124303 : AGA-C-GGA-C-----GA----C----GC-----T---A----T----ACC-A-----T---A------A------T-ACGT---CC-C-G----TCT-T-T---G---A--CG--G---G-CG-TT--CA-A-AAA
gi|124304 : AGA-C-GGA-C-----GA----CC---GT-----TT--A----T----CCG-G-----T---A------A------T-ACGT---CC-C-G----TCT-T-C---GGAAA--CG--G---GCCG-TA--TA-A-AAA
gi|124305 : GA-C-G-A-C-----AA----C----GC-----C---A----T----AAC-A-----T---A------A------T-ACGT---CC-C-G----T-T-C-TGAAG---A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124306 : GA-T-GGA-T-----AA----C----GC-----C---A----T----AAC-A-----T---A------A------T-ACGC---CC-C-G----TCTAA-A---G---A--CA--G---G-TG-TA--TG-A-AAA
gi|124307 : GA-C-AGA-C-----GA----C----AC-----C---A----T----ACC-A-----T---G------A------T-ACAT---CC-C-G----TCT-T-T---T---A--CG--
gi|124308 : GA-C-GGA-C-----AA----CC---GC-----C---A----T-----CC-A-----C---AT-----A------T-ACGT---CC---G----TCT-G-AA--G---A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124309 : -C-AGA-C-----AA----C----GC-----T---A----T----ACC-A-----C---A------A------T-ACTT---CC-G-G----TCT-T-T---G---A--TG--G---A-CG-TA--TG-A-AAA
gi|124310 : -----GA----C----GC-----T---A----T----ACC-A-----T---A------A------T-ACAT---TC-C-G----TCT-T-T---G---A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
Alignments
lowQualScore : 1111
lowQualScore : 0 0 0 22222 1111 7777 99999 111 1111 1111 0 33333 111 222222 222222 0 2222 0 0 2222 1 444444444 66 11 111 0 1 00 0 0
lowQualScore : . . . ..... .... .... ..... ... .... .... . ..... ... ...... ...... . .... . . .... . ......... .. .. ... . . .. . .
lowQualScore : 6 6 6 33333 3333 2222 66666 777 3333 3333 6 88888 111 333333 333333 6 5555 6 6 5555 8 888888888 77 77 777 6 2 88 6 6
consensus : GACAGA-C-GGA-C-----GA----C----GC-----T---A----T----ACC-A-----T---A------A------T-ACGT---CC-C-G----TCT-T-T---G---A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
Reference ( family-356 ) : GACAGA-C-GGA-C-----GA----C----GC-----T---A----T----ACC-A-----T---A------A------T-ACGT---CC-C-G----TCT-T-T---G---A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124245 : GACAGA-C-GGA-C-----GA----C----GC-----T---A----T----ACC-A-----T---A------A------T-ACGT---TC-C-G----TCT-T-C---G---A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124246 : GACAGA-C-GGA-C-----AA----C----GG-----T---A----T----ACC-A-----T---A------A------T-ACGT---CC-C-G----TCT-T-T---G---A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124247 : GACAAA-T-GGA-C-----GA----C----GC-----T---A----T----ACC-A-----T---A------A------T-ACGT---CC-C-G----TCT-T-T---G---A--CG--G---G-TG-TA--TA-A-AAA
gi|124248 : GACAGA-CAGGA-CTGAGCGA----C----GC-----TTATA----T----ACC-AG----T---A------A------T-ACGT---CC-C-G----TCT-T-C---GA--A--CG--GC--T-CG-TA--TA-ATAAA
gi|124249 : GACAGA-C-GGA-C-----GA----C----GC-----T---A----T----TCC-A-----T---A------A------T-ACAT---TC-C-G----TCT-T-C---G---A--CG--G---G-TG-TA--TA-A-AAA
gi|124250 : GACAGA-T-GGA-C-----AA----C----TC-----C---A----T----ACC-A-----T---A------A------T-ACCT---CC-A-A----TCT-T-T---G---A--CG--A---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124251 : GACGGA-C-GGAAC-----GA----C----GC-----T---A----T----AC--A-----T---A------A------T-ACGT---CC-C-G----TCT-T-C---G---A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-TAA
gi|124252 : GACAGA-T-GGA-C-----GA----C----GC-----T---A----T----ACA-A-----T---A------A------T-ACGT---CC-C-A----TTT-T-C---A---A--CG--A---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124253 : GACGGA-C-GGA-C-----AA----CC---GCC----T---A----T----ACC-A-----T---A------A------T-ACGT---CC-C-G----TCT-T-C---G---A--CC--G---G-CGATA--TA-A-AAA
gi|124254 : GACAGA-T-AGA-T-----GA----T----GC-----T---A----T----ACC-A-----T---A------A------T-ACAT---CC-C-G----TCT-T-T---G---A--TG--G---G-GG-TA--TA-A-AAA
gi|124255 : GACAGA-C-GGA-C-----GA----C----TC-----T---T----T----ACC-A-----TGATA------A------T-ACGTAGTCC-C-G----TCT-T-T---G---A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124256 : GACAGA-A-CGA-C-----GA----CAA--GC-----T---A----T----ACC-A-----T---A----------------CGT---CC-C-G----TCT-T-C---G---A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-AA
gi|124257 : GACAGA-C-GGA-C-----AA----C----AC-----T---A----T----ACC-A-----T---A------ATACATGT-ACAT---CT-C-G----TCT-T-T---G---A--AG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124258 : GACAGA-C-AGA-C-----AA----T----GC-----T---A----T----ATC-A-----T---A------A------T-ACAT---CC-C-G----CCT-T-T---G---A--AG--G---A-CA-TA--TA-A-AAA
gi|124259 : GACGGA-C-GGA-C-----AA----C----AC-----C---A----T----AGC-A-----T---A------A------T-ACGT---CC-C-G----TCT-GAA---G---A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124260 : GACAGA-C-GGA-C-----GA----C----GT-----C---A----T----ACC-A-----C---A----------------CGT---CC-C-G----TCT-T-T---G---A--CG--G---G-CG-TA---A-A-A
gi|124261 : GACAGG-T-GGA-C-----GA----C----GC-----A---A----C----ACC-A-----T---A------A------T-GCAT---CC-T-G----TCT-T-T---G---A--TT--G---G-CG-TG--TA-A-AAA
gi|124262 : GACGGA-C-GGA-C-----AA----C----GC-----A---A----T----AAC-A-----T---A------A------T-ACGT---CC-C------TCT-G-AA--G---A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124263 : GACAGA-T-AGA-T-----GA----C----GC-----A---A----T----ACT-A-----T---A------A------T-ACGT---TC-C-G----CCC-T-T---G---A--TG--G---G-AG-TA--TA-A-AAA
gi|124264 : GACAGA-C-GGA-C-----GA----CAGC-GC-----T---A----T----AGC-A-----T---A------A------T-ACG----CC-C-G----CTT-T-T---T---ATGCG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124265 : GACAGA-C-GGA-C-----GA----CA---GCGG---T---A----T----AGC-A-----T---A------A------T-ACG----CC-C-G----CCT-T-T---T---ATGCG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124266 : GACGGA-C-GGA-C-----AA----C----GCCATAAT---A----T----ACA-AATG--T---A------A------T-ACGT---CC-C-G----TCT-GAA---G---A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124267 : GACAGA-C-GGA-C-----GA----CAGT-GC-----T---A----T----AGC-A-----T---A------A------T-ACG----CC-C-G----CTT-T-T---T---ATGCG--G---G-CA-TA--TA-A-AAA
gi|124268 : GACAGA-C-AGT-C-----GA----T----GC-----C---AAAATT----ATC-A-----T---A------A------T-ATGT---CC-A-G----TCT-T-T---G---A--CA--G---G-CA-TA--TA-A-AAA
gi|124269 : GACAGA-C-GGG-C-----GA----T----GC-----C---A----T----ACC-A-----T---C------T------T-ACAT---CT-T-G----TCA-T-T---G---A--TG--G---G-CA-TA--TA-A-AAA
gi|124270 : GACGGA-C-GGA-C-----GA----CA---GCGG---T---A----T----AGC-A-----T---A------A------T-ACGT---CC-C-C----TTT-T-T---AT--G--CG--G---G-CG-TA--TA-G-AAA
gi|124271 : GAAAGA-T-GGA-C-----AA----T----GC-----C---A----T----ACC-A-----T---A----------------TGT---CC-T-G----TCT-T-T---G---A--TG--G---G-CG-TA--TA-A-AA
gi|124272 : GACGGA-C-GGA-C-----GA----CAGC-GC-----T---A----T----AGC-A-----T---A------A------T-ACA----CC-C-GC---TTT-T-T---AT--A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124273 : GACGGA-C-GGA-C-----AA----C----AC-----C---A----T----AAC-A-----T---A------A------T-ATGC---CC-C-G----TCTAA-A---G---A--CG--G---A-TG-TA--TA-A-AAA
gi|124274 : GACAGA-C-GGA-T-----GA----CAGT-GC-----T---A----T----AGC-A-----T---A------A------T-ATG----CC-C-G----CTT-T-T---C---ATGCG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124275 : GACAGA-C-AAA-C-----AA----A----CC-----C---A----C----ACC-A-----A---A------A------T-ATGT---CC-C-A----TCT-T-T---G---A--CG--G---G-CT-TA--TA-A-AAA
gi|124276 : GACAGA-C-GGA-C-----GA----CA---GCGG---T---A----T----AGC-A-----T---A------A------T-ACG----CC-C-G----CTT-T-C---A---ATGCG--G---G-TG-TATTTA-A-AAA
gi|124277 : GACAGA-T-GGA-C-----GA----C----GC-----C--------T----ACC-AT----T---A------AT-----T-ACAT---CC-CAA----TCT-T-T---GC--A--CA--G---G-TG-TA--TA-A-AAA
gi|124278 : GAC-GA-T-GGA-C-----AA----T----GT-----C---A----T----AAC-A-----T---A------A------T-ACGT---CC-C-A----TCTAA-A---G---A--CG--G---A-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124279 : GACAGA-C-GGA-C-----GAACAGC----GG-----T---A----T----AGC-A-----T---A------A------T-ACGA---CC-C-GCTAATTT-TAT---G------CG--G---G-CG-TA--TA-A-AA
gi|124280 : GACAGA-C-AGA-C-----AG----A----AC-----C---A----T----ACA-A-----T---A------A------T-ACTT---CC-T-G----TCT-T-T---G---A--AT--G---G-TG-TA--TA-A-AAA
gi|124281 : GACAGA-C-GGA-C-----GA----CA---GCGG---T---A----T----AGC-A-----T---A------A------T-ACG----CC-C-G----CTT-T-T---T---A--TGCTG---G-CG-TG--TA-A-AAA
gi|124282 : GACAGA-C-GGA-C-----GA----CA---GCAG---T---A----T----AGC-A-----T---A------A------T-ACG----CT-C-G----CTT-T-T---T---A--TGCTG---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124283 : GACAGA-C-GGA-C-----GA----CA---GCGG---T---A----T----AGC-A-----T---A------A------T-ACG----CC-C-G----CTT-T-T---T---ATGTG--G---G-CA-TA--TA-A-AAA
gi|124284 : GACGGAAC-GGA-C-----AA----C----GC-----C---A----T----AAC-A-----T---T------A------T-ACGT---CC-T-G----TCT-GAA---G---A--CA--G---G-CG-T---TA-A-AAA
gi|124285 : GACAGA-C-GGA-CCC---GA----CCAGCGC-----T---A----T----AGC-A-----T---A------A------T-ACG----CC-C-GC---TTT-T-T---G---T--CG--G---G-CGCTA--TA-G-AAA
gi|124286 : GACGGA-C-GGA-C-----AA----CA---G----------A----T----AAC-A-----T---A------A------T-ACGT---CC-C-G----TCT-----------G--CA--GATTG-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124287 : GACGGT-C-GGA-C-----GG----C----GC-----C---A----T----GCC-A-----T---ACTAGTAA------T-AAGC---TC-C-G----TCT-T-G---G---A--CG--G---G--G-TA--TA-A-AA
gi|124288 : GACAGA-C-GGA-C-----GA----CAGT-GA-----T---G----T----AGC-A-----T---A------A------T-ACGC---CC-C-C----TTT-T-T---AT--G--CG--G---G-TG-TA--TA-A-A
gi|124289 : GACAGA-C-GGA-C-----GA----CA---GCGA---T---A----T----AGT-A-----T---A------A------T-ACG----CC-C-G----CTT-T-T---T---ATGCG--G---G-CG-TA--TT-A-AAA
gi|124290 : GACGGA-C-GGA-C-----AA----CA---GCGG---T---A----T----AGC-A-----T---A------A------T-ACG----CC-C-A----CTT-T-T---T---ATGCG--G---G-CG-TA--TA-A-AA
gi|124291 : GACAGA-C-AGA-C------A----CAATTGC-----C---A----T----ACC-A-----C---A------A------T-CAAT---CC-T-G----TCT-T-A---G---A--CA--G---G-CG-TA--TATA-AAA
gi|124292 : GACAGA-C-AGG-C-----GA----CA---GCGG---T---A----T----ACC-A-----T---A------A------T-ACGC---CCAC-A----TTT-T-T---AT--G--CG--A---A-CG-TA--TA-A-AA
gi|124293 : GACAGA-C-GTA-C-----AA----C----CC-----T---A----A----ACC-A-----T---A------A------T--CGT---C-------------------G---A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124294 : ACAGA-C-GGA-T-----GA----C----AC-----T---G----T----ACC-A-----T---A------A------T-ACAT---CC-T-G----TCT-T-T---G---A--CG--G---G-TG-TA--TA-A-AAA
gi|124295 : ACGAA-C-GGA-C-----AA----T----GC-----C---A----T----AAC-A-----T---A------A------T-ATGT---CC-C-G----TCT-GAA---G---A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124296 : ACAGA-C-AGA-C-----GA----T----GC-----T---A----T----ACT-ACGGTAT---A------A------T-ACAT---TC-T-G----TCT-T-T---G---A--CG--G---G-CA-CG--TA-A-AAA
gi|124297 : ACAGA-C-GGA-C-----GA----CA---GT-----T---A----CCTCAACCCA-----T---A------A------TTACCT---CC-T-G----TCT-T-T---G---A--CG--G---G-TG-TA--TA-A-AAA
gi|124298 : ACAGA-C-AGA-C------A----C----AC-----C---A----T----ACC-A-----T---A------A------C-ACAT---CC-A-G----TCA-T-A---A---A--AG--G---G-CA-TA--TA-A-AAA
gi|124299 : CAGA-C-GGA-C-----GA----C----AC-----T---A----T----ACC-A-----T---A------A------T-ACTT---CC-C-G----TCT-T-T---G---A--CG--G---G-CG-CA--TA-A-AAA
gi|124300 : CAGA-C-GAA-C-----GA----C----GC-----T---A----T----ACC-A-----T---A------A------T-ACGT---CT-C-G----TCA-T-C---G---A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-TAA
gi|124301 : CAGA-C-AGA-C-----GA----T----GC-----C---A----T----ACC-A-----T---A------C------T-ACAT---CC-T-G----TCT-T-T---G---A--CA--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124302 : CAGA-A-GGA-C-----AA----C----GT-----C---A----T----ACC-A-----T---A------A------T-ACGT---CA-A-G----TCT-T-C---G---A--CA--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124303 : AGA-C-GGA-C-----GA----C----GC-----T---A----T----ACC-A-----T---A------A------T-ACGT---CC-C-G----TCT-T-T---G---A--CG--G---G-CG-TT--CA-A-AAA
gi|124304 : AGA-C-GGA-C-----GA----CC---GT-----TT--A----T----CCG-G-----T---A------A------T-ACGT---CC-C-G----TCT-T-C---GGAAA--CG--G---GCCG-TA--TA-A-AAA
gi|124305 : GA-C-G-A-C-----AA----C----GC-----C---A----T----AAC-A-----T---A------A------T-ACGT---CC-C-G----T-T-C-TGAAG---A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124306 : GA-T-GGA-T-----AA----C----GC-----C---A----T----AAC-A-----T---A------A------T-ACGC---CC-C-G----TCTAA-A---G---A--CA--G---G-TG-TA--TG-A-AAA
gi|124307 : GA-C-AGA-C-----GA----C----AC-----C---A----T----ACC-A-----T---G------A------T-ACAT---CC-C-G----TCT-T-T---T---A--CG--
gi|124308 : GA-C-GGA-C-----AA----CC---GC-----C---A----T-----CC-A-----C---AT-----A------T-ACGT---CC---G----TCT-G-AA--G---A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124309 : -C-AGA-C-----AA----C----GC-----T---A----T----ACC-A-----C---A------A------T-ACTT---CC-G-G----TCT-T-T---G---A--TG--G---A-CG-TA--TG-A-AAA
gi|124310 : -----GA----C----GC-----T---A----T----ACC-A-----T---A------A------T-ACAT---TC-C-G----TCT-T-T---G---A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
blockSeqs : TGAGC ACAG CAGC CATAA TAT AAAT CTCA CGGTA GAT CTAGTA TACATG TAGT CTAA A CGGAA TG CT ATT A
blockSeqs : CC . AATT GG T . . ATG . T T T C A TGAAG TG CT C C
blockSeqs : . . AGC GG . . . G . . . T C A CGA TG . . .
blockSeqs : . . AGT GG . . . T . . . T . . AAG TG . . .
blockSeqs : . . AGC GG . . . . . . . T . . AAG TG . . .
blockSeqs : . . AGT AG . . . . . . . T . . AAG TG . . .
blockSeqs : . . AGT GG . . . . . . . T . . TAT TG . . .
blockSeqs : . . AA GA . . . . . . . T . . TAT TG . . .
blockSeqs : . . C GG . . . . . . . T . . TGC . . . .
blockSeqs : . . A GG . . . . . . . T . . ATG . . . .
blockSeqs : . . A C . . . . . . . T . . AAG . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . T . . TAT . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . T . . TAT . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . T . . AAG . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . T . . AAG . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . T . . TG . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . T . . TG . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . T . . CG . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . T . . TG . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . . T . . CG . . . .
blockSeqs : . . C . . . . . . . . T . . CA . . . .
blockSeqs : . . C . . . . . . . . T . . CG . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . TG . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C . . TG . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . CG . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . TG . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . TG . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . TG . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . TG . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . TG . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . TT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C . . TT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C . . TT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . TG . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C . . TG . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . TG . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . AG . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . TC . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . TG . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . CA . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . AG . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . TG . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . TT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . TT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . TT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . TG . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . GG . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . TT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C . . TT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . AG . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . TG . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . TG . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . TG . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . AA . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . TG . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . CG . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . TG . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . CG . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . TG . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . AG . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . TT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . TG . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . TG . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : GACAGA-C-GGA-C-----GA----C----GC-----T---A----T----ACC-A-----T---A------A------T-ACGT---CC-C-G----TCT-T-T---G---A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
finalCons : GACAGA-C-GGA-C-----GA----C----GC-----T---A----T----ACC-A-----T---A------A------T-ACGT---CC-C-G----TCT-T-T---G---A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
Alignments
lowQualScore : 1111
lowQualScore : 0 0 0 22222 1111 7777 99999 111 1111 1111 0 33333 111 222222 222222 0 2222 0 0 2222 1 444444444 66 11 111 0 1 00 0 0
lowQualScore : . . . ..... .... .... ..... ... .... .... . ..... ... ...... ...... . .... . . .... . ......... .. .. ... . . .. . .
lowQualScore : 6 6 6 33333 3333 2222 66666 777 3333 3333 6 88888 111 333333 333333 6 5555 6 6 5555 8 888888888 77 77 777 6 2 88 6 6
consensus : GACAGA-C-GGA-C-----GA----C----GC-----T---A----T----ACC-A-----T---A------A------T-ACGT---CC-C-G----TCT-T-T---G---A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
Reference ( family-356 ) : GACAGA-C-GGA-C-----GA----C----GC-----T---A----T----ACC-A-----T---A------A------T-ACGT---CC-C-G----TCT-T-T---G---A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124245 : GACAGA-C-GGA-C-----GA----C----GC-----T---A----T----ACC-A-----T---A------A------T-ACGT---TC-C-G----TCT-T-C---G---A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124246 : GACAGA-C-GGA-C-----AA----C----GG-----T---A----T----ACC-A-----T---A------A------T-ACGT---CC-C-G----TCT-T-T---G---A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124247 : GACAAA-T-GGA-C-----GA----C----GC-----T---A----T----ACC-A-----T---A------A------T-ACGT---CC-C-G----TCT-T-T---G---A--CG--G---G-TG-TA--TA-A-AAA
gi|124248 : GACAGA-CAGGA-CTGAGCGA----C----GC-----TTATA----T----ACC-AG----T---A------A------T-ACGT---CC-C-G----TCT-T-C---GA--A--CG--GC--T-CG-TA--TA-ATAAA
gi|124249 : GACAGA-C-GGA-C-----GA----C----GC-----T---A----T----TCC-A-----T---A------A------T-ACAT---TC-C-G----TCT-T-C---G---A--CG--G---G-TG-TA--TA-A-AAA
gi|124250 : GACAGA-T-GGA-C-----AA----C----TC-----C---A----T----ACC-A-----T---A------A------T-ACCT---CC-A-A----TCT-T-T---G---A--CG--A---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124251 : GACGGA-C-GGAAC-----GA----C----GC-----T---A----T----AC--A-----T---A------A------T-ACGT---CC-C-G----TCT-T-C---G---A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-TAA
gi|124252 : GACAGA-T-GGA-C-----GA----C----GC-----T---A----T----ACA-A-----T---A------A------T-ACGT---CC-C-A----TTT-T-C---A---A--CG--A---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124253 : GACGGA-C-GGA-C-----AA----CC---GCC----T---A----T----ACC-A-----T---A------A------T-ACGT---CC-C-G----TCT-T-C---G---A--CC--G---G-CGATA--TA-A-AAA
gi|124254 : GACAGA-T-AGA-T-----GA----T----GC-----T---A----T----ACC-A-----T---A------A------T-ACAT---CC-C-G----TCT-T-T---G---A--TG--G---G-GG-TA--TA-A-AAA
gi|124255 : GACAGA-C-GGA-C-----GA----C----TC-----T---T----T----ACC-A-----TGATA------A------T-ACGTAGTCC-C-G----TCT-T-T---G---A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124256 : GACAGA-A-CGA-C-----GA----CAA--GC-----T---A----T----ACC-A-----T---A----------------CGT---CC-C-G----TCT-T-C---G---A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-AA
gi|124257 : GACAGA-C-GGA-C-----AA----C----AC-----T---A----T----ACC-A-----T---A------ATACATGT-ACAT---CT-C-G----TCT-T-T---G---A--AG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124258 : GACAGA-C-AGA-C-----AA----T----GC-----T---A----T----ATC-A-----T---A------A------T-ACAT---CC-C-G----CCT-T-T---G---A--AG--G---A-CA-TA--TA-A-AAA
gi|124259 : GACGGA-C-GGA-C-----AA----C----AC-----C---A----T----AGC-A-----T---A------A------T-ACGT---CC-C-G----TCT-GAA---G---A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124260 : GACAGA-C-GGA-C-----GA----C----GT-----C---A----T----ACC-A-----C---A----------------CGT---CC-C-G----TCT-T-T---G---A--CG--G---G-CG-TA---A-A-A
gi|124261 : GACAGG-T-GGA-C-----GA----C----GC-----A---A----C----ACC-A-----T---A------A------T-GCAT---CC-T-G----TCT-T-T---G---A--TT--G---G-CG-TG--TA-A-AAA
gi|124262 : GACGGA-C-GGA-C-----AA----C----GC-----A---A----T----AAC-A-----T---A------A------T-ACGT---CC-C------TCT-G-AA--G---A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124263 : GACAGA-T-AGA-T-----GA----C----GC-----A---A----T----ACT-A-----T---A------A------T-ACGT---TC-C-G----CCC-T-T---G---A--TG--G---G-AG-TA--TA-A-AAA
gi|124264 : GACAGA-C-GGA-C-----GA----CAGC-GC-----T---A----T----AGC-A-----T---A------A------T-ACG----CC-C-G----CTT-T-T---T---ATGCG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124265 : GACAGA-C-GGA-C-----GA----CA---GCGG---T---A----T----AGC-A-----T---A------A------T-ACG----CC-C-G----CCT-T-T---T---ATGCG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124266 : GACGGA-C-GGA-C-----AA----C----GCCATAAT---A----T----ACA-AATG--T---A------A------T-ACGT---CC-C-G----TCT-GAA---G---A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124267 : GACAGA-C-GGA-C-----GA----CAGT-GC-----T---A----T----AGC-A-----T---A------A------T-ACG----CC-C-G----CTT-T-T---T---ATGCG--G---G-CA-TA--TA-A-AAA
gi|124268 : GACAGA-C-AGT-C-----GA----T----GC-----C---AAAATT----ATC-A-----T---A------A------T-ATGT---CC-A-G----TCT-T-T---G---A--CA--G---G-CA-TA--TA-A-AAA
gi|124269 : GACAGA-C-GGG-C-----GA----T----GC-----C---A----T----ACC-A-----T---C------T------T-ACAT---CT-T-G----TCA-T-T---G---A--TG--G---G-CA-TA--TA-A-AAA
gi|124270 : GACGGA-C-GGA-C-----GA----CA---GCGG---T---A----T----AGC-A-----T---A------A------T-ACGT---CC-C-C----TTT-T-T---AT--G--CG--G---G-CG-TA--TA-G-AAA
gi|124271 : GAAAGA-T-GGA-C-----AA----T----GC-----C---A----T----ACC-A-----T---A----------------TGT---CC-T-G----TCT-T-T---G---A--TG--G---G-CG-TA--TA-A-AA
gi|124272 : GACGGA-C-GGA-C-----GA----CAGC-GC-----T---A----T----AGC-A-----T---A------A------T-ACA----CC-C-GC---TTT-T-T---AT--A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124273 : GACGGA-C-GGA-C-----AA----C----AC-----C---A----T----AAC-A-----T---A------A------T-ATGC---CC-C-G----TCTAA-A---G---A--CG--G---A-TG-TA--TA-A-AAA
gi|124274 : GACAGA-C-GGA-T-----GA----CAGT-GC-----T---A----T----AGC-A-----T---A------A------T-ATG----CC-C-G----CTT-T-T---C---ATGCG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124275 : GACAGA-C-AAA-C-----AA----A----CC-----C---A----C----ACC-A-----A---A------A------T-ATGT---CC-C-A----TCT-T-T---G---A--CG--G---G-CT-TA--TA-A-AAA
gi|124276 : GACAGA-C-GGA-C-----GA----CA---GCGG---T---A----T----AGC-A-----T---A------A------T-ACG----CC-C-G----CTT-T-C---A---ATGCG--G---G-TG-TATTTA-A-AAA
gi|124277 : GACAGA-T-GGA-C-----GA----C----GC-----C--------T----ACC-AT----T---A------AT-----T-ACAT---CC-CAA----TCT-T-T---GC--A--CA--G---G-TG-TA--TA-A-AAA
gi|124278 : GAC-GA-T-GGA-C-----AA----T----GT-----C---A----T----AAC-A-----T---A------A------T-ACGT---CC-C-A----TCTAA-A---G---A--CG--G---A-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124279 : GACAGA-C-GGA-C-----GAACAGC----GG-----T---A----T----AGC-A-----T---A------A------T-ACGA---CC-C-GCTAATTT-TAT---G------CG--G---G-CG-TA--TA-A-AA
gi|124280 : GACAGA-C-AGA-C-----AG----A----AC-----C---A----T----ACA-A-----T---A------A------T-ACTT---CC-T-G----TCT-T-T---G---A--AT--G---G-TG-TA--TA-A-AAA
gi|124281 : GACAGA-C-GGA-C-----GA----CA---GCGG---T---A----T----AGC-A-----T---A------A------T-ACG----CC-C-G----CTT-T-T---T---A--TGCTG---G-CG-TG--TA-A-AAA
gi|124282 : GACAGA-C-GGA-C-----GA----CA---GCAG---T---A----T----AGC-A-----T---A------A------T-ACG----CT-C-G----CTT-T-T---T---A--TGCTG---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124283 : GACAGA-C-GGA-C-----GA----CA---GCGG---T---A----T----AGC-A-----T---A------A------T-ACG----CC-C-G----CTT-T-T---T---ATGTG--G---G-CA-TA--TA-A-AAA
gi|124284 : GACGGAAC-GGA-C-----AA----C----GC-----C---A----T----AAC-A-----T---T------A------T-ACGT---CC-T-G----TCT-GAA---G---A--CA--G---G-CG-T---TA-A-AAA
gi|124285 : GACAGA-C-GGA-CCC---GA----CCAGCGC-----T---A----T----AGC-A-----T---A------A------T-ACG----CC-C-GC---TTT-T-T---G---T--CG--G---G-CGCTA--TA-G-AAA
gi|124286 : GACGGA-C-GGA-C-----AA----CA---G----------A----T----AAC-A-----T---A------A------T-ACGT---CC-C-G----TCT-----------G--CA--GATTG-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124287 : GACGGT-C-GGA-C-----GG----C----GC-----C---A----T----GCC-A-----T---ACTAGTAA------T-AAGC---TC-C-G----TCT-T-G---G---A--CG--G---G--G-TA--TA-A-AA
gi|124288 : GACAGA-C-GGA-C-----GA----CAGT-GA-----T---G----T----AGC-A-----T---A------A------T-ACGC---CC-C-C----TTT-T-T---AT--G--CG--G---G-TG-TA--TA-A-A
gi|124289 : GACAGA-C-GGA-C-----GA----CA---GCGA---T---A----T----AGT-A-----T---A------A------T-ACG----CC-C-G----CTT-T-T---T---ATGCG--G---G-CG-TA--TT-A-AAA
gi|124290 : GACGGA-C-GGA-C-----AA----CA---GCGG---T---A----T----AGC-A-----T---A------A------T-ACG----CC-C-A----CTT-T-T---T---ATGCG--G---G-CG-TA--TA-A-AA
gi|124291 : GACAGA-C-AGA-C------A----CAATTGC-----C---A----T----ACC-A-----C---A------A------T-CAAT---CC-T-G----TCT-T-A---G---A--CA--G---G-CG-TA--TATA-AAA
gi|124292 : GACAGA-C-AGG-C-----GA----CA---GCGG---T---A----T----ACC-A-----T---A------A------T-ACGC---CCAC-A----TTT-T-T---AT--G--CG--A---A-CG-TA--TA-A-AA
gi|124293 : GACAGA-C-GTA-C-----AA----C----CC-----T---A----A----ACC-A-----T---A------A------T--CGT---C-------------------G---A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124294 : ACAGA-C-GGA-T-----GA----C----AC-----T---G----T----ACC-A-----T---A------A------T-ACAT---CC-T-G----TCT-T-T---G---A--CG--G---G-TG-TA--TA-A-AAA
gi|124295 : ACGAA-C-GGA-C-----AA----T----GC-----C---A----T----AAC-A-----T---A------A------T-ATGT---CC-C-G----TCT-GAA---G---A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124296 : ACAGA-C-AGA-C-----GA----T----GC-----T---A----T----ACT-ACGGTAT---A------A------T-ACAT---TC-T-G----TCT-T-T---G---A--CG--G---G-CA-CG--TA-A-AAA
gi|124297 : ACAGA-C-GGA-C-----GA----CA---GT-----T---A----CCTCAACCCA-----T---A------A------TTACCT---CC-T-G----TCT-T-T---G---A--CG--G---G-TG-TA--TA-A-AAA
gi|124298 : ACAGA-C-AGA-C------A----C----AC-----C---A----T----ACC-A-----T---A------A------C-ACAT---CC-A-G----TCA-T-A---A---A--AG--G---G-CA-TA--TA-A-AAA
gi|124299 : CAGA-C-GGA-C-----GA----C----AC-----T---A----T----ACC-A-----T---A------A------T-ACTT---CC-C-G----TCT-T-T---G---A--CG--G---G-CG-CA--TA-A-AAA
gi|124300 : CAGA-C-GAA-C-----GA----C----GC-----T---A----T----ACC-A-----T---A------A------T-ACGT---CT-C-G----TCA-T-C---G---A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-TAA
gi|124301 : CAGA-C-AGA-C-----GA----T----GC-----C---A----T----ACC-A-----T---A------C------T-ACAT---CC-T-G----TCT-T-T---G---A--CA--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124302 : CAGA-A-GGA-C-----AA----C----GT-----C---A----T----ACC-A-----T---A------A------T-ACGT---CA-A-G----TCT-T-C---G---A--CA--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124303 : AGA-C-GGA-C-----GA----C----GC-----T---A----T----ACC-A-----T---A------A------T-ACGT---CC-C-G----TCT-T-T---G---A--CG--G---G-CG-TT--CA-A-AAA
gi|124304 : AGA-C-GGA-C-----GA----CC---GT-----TT--A----T----CCG-G-----T---A------A------T-ACGT---CC-C-G----TCT-T-C---GGAAA--CG--G---GCCG-TA--TA-A-AAA
gi|124305 : GA-C-G-A-C-----AA----C----GC-----C---A----T----AAC-A-----T---A------A------T-ACGT---CC-C-G----T-T-C-TGAAG---A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124306 : GA-T-GGA-T-----AA----C----GC-----C---A----T----AAC-A-----T---A------A------T-ACGC---CC-C-G----TCTAA-A---G---A--CA--G---G-TG-TA--TG-A-AAA
gi|124307 : GA-C-AGA-C-----GA----C----AC-----C---A----T----ACC-A-----T---G------A------T-ACAT---CC-C-G----TCT-T-T---T---A--CG--
gi|124308 : GA-C-GGA-C-----AA----CC---GC-----C---A----T-----CC-A-----C---AT-----A------T-ACGT---CC---G----TCT-G-AA--G---A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA
gi|124309 : -C-AGA-C-----AA----C----GC-----T---A----T----ACC-A-----C---A------A------T-ACTT---CC-G-G----TCT-T-T---G---A--TG--G---A-CG-TA--TG-A-AAA
gi|124310 : -----GA----C----GC-----T---A----T----ACC-A-----T---A------A------T-ACAT---TC-C-G----TCT-T-T---G---A--CG--G---G-CG-TA--TA-A-AAA