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Reference ( family-352 ) : AAGA-CATGT-AG-A-A-C-A---A---A-----A----GT-T-G-T-TT--AGT-T--T-T-A-CN-AG--A--T-C-TATC----TA-ACC-G--TAT--C--A----AGATA-T-AG-----G--CC-C-GC-GG-G-CCTC-AT-GGC-TC-GC-CTG--T-ACGA-A--CGATTTAGTGTT
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gi|28594 : AAAA-AATGT-AG-A-A-C-A---A---A-----T----GT-T-G-T-TC--AGT-C--T-A-T-CG-TG--A--T-T-TATT----GT-ACG-A--TAT--C--A----AGATT-T-AG-----A--CC-T-GC-GG-G-CCTC-AT-GGC-TA-GC-CTG----AAGA-GT-CGATTTtttt
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gi|28629 : AGA-CATGT-AG-A-A-C-A---A---A-----A----CT-T-G-T-C---AGT-T--TAT-A--G-AG--C--T-C-T-TC-------ATT-GA-TAT--C--A----AGA-A-A-AG-----G--CC-CTGT-GG-G-CTTC-AT-GGC-TA-GC-CTG--G-A-GA-AT-CAATTT--TGTTctgt
gi|28630 : AGA-CATAT-TG-A-A-C-A---A---A-----A----GT-T-G-T-TTG-AAC-T--T-C-G-CA-AG--A--T-C-TGTA----TT-ACG-A--TAT--T--A----AAAAAAT-AC-----G--CC-C-TT-GG-G-CCTC-AT-GGC-TC-AC-CTttttg
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Reference ( family-352 ) : AAGA-CATGT-AG-A-A-CA---A---A-----A----GT-T-G-T-TT--AG-T-TTNN--CG-A-G--A--TC-TATC----TA-ACC-G--TAT--C--A----AGATA-T-AG-----G--CC-C-GC-GG-G-CCTC-AT-GGC-TC-G-C-C-TG--NACGA-A--C-GATTTAGTGTT
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gi|28639 : -A-A-TA---A---A-----A----GT-T-G-T-TT--AT-T-TCTA--TT-A-G--A--TC-TATT----TA-ACC-A--TAT--C--A----AGAAA-TAAG-----G-----C-GC-AG-A-CCTC-AT-GGC-TC-A-C-C-TG--
blockSeqs : T AT TTT ACC TTTAA CTGAG T TC T CTAT AT GT TAATTGA AA TA TGCA A TT AAAAA AC CT G C AGC TAT T GT TT
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blockSeqs : . G . . . C . . . TA T . GAACCA . . . A T . . T . . CA G C T .
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blockSeqs : . G . . . G . . . AT A . GTACGA . . . T A . . A . . AG G T . .
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blockSeqs : . G . . . C . . . AT G . GATTGA . . . T T . . C . . CA T A .
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blockSeqs : . . . . . . . . . .
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originalCons : AAGA-CATGT-AG-A-A-CA---A---A-----A----GT-T-G-T-TT--AG-T-TTNN--CG-A-G--A--TC-TATC----TA-ACC-G--TAT--C--A----AGATA-T-AG-----G--CC-C-GC-GG-G-CCTC-AT-GGC-TC-G-C-C-TG--NACGA-A--C-GATTTAGTGTT
finalCons : AAGA-CATGT-AG-A-A-CA---A---A-----A----GT-T-G-T-TT--AG-T-TTNN--CG-A-G--A--TC-TATC----TA-ACC-G--TAT--C--A----AGATA-T-AG-----G--CCC--GC-GG-G-CCTC-AT-GGC-TC-G-C-C-TG--NACGA-A--C-GATTTAGTGTT
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Reference ( family-352 ) : AAGA-CATGT-AG-A-A-CA---A---A-----A----GT-T-G-T-TT--AG-T-TTNN--CG-A-G--A--TC-TATC----TA-ACC-G--TAT--C--A----AGATA-T-AG-----G--CC-C-GC-GG-G-CCTC-AT-GGC-TC-G-C-C-TG--NACGA-A--C-GATTTAGTGTT
gi|28573 : AAGA-CATGT-AG-A-A-CA---A---A-----A----CT-T-G-T-TA--AG-T-TTAT--CA-A-G--A--TC-TATC-----G-ATT-GA-TAT--C--A----AGA-A-A-AG-----G--CC-CTGT-GG-G-CTTC-AT-CGC-TA-G-C-C-TG--GA-GA-AT-C-AATTT--TGTT
gi|28574 : aAAGA-CATGT-AG-A-A-CA---A---A-----A----CT-T-G-T-TC--AG-T-TAAT--CG-A-G-----TG-TAT-----TA-ATT-GA-TAT--C--A----AGA-A-A-AG-----G--CC-CTGT-GG-G-CTTC-AT-GGC-T----C-C-TG--GA-GA-AT-C-AATTT--TGTTttttg
gi|28575 : aAAGA-CATGT-AG-A-A-CA---A---A-----A----CT-T-G-T-TC--TG-T-TTAT--CA-A-G--A--TC-TATC-----G-ATT-GA-TAT--C--A----CGA-A-A-AG-----G--TCAT-AT-GG-G-CTTC-AT-GGC-TA-G-C-T-TT--GATAA-T--C-AATTT--TGTTttt
gi|28576 : aAAGA-CATGT-AG-A-A-CA---A---A-----A----CT-T-G-T-TC--TG-T-TTAT--CA-A-G--A--TC-TATC-----G-ATT-GA-TAT--C--A----CGA-A-A-AG-----G--TCAT-AT-GG-G-CTTC-AT-GGC-TA-G-C-T-TT--GATAA-T--C-AATTT--TGTTttttg
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gi|28581 : aAAGAATATGT-AG-A-A-CA---A---A-----AA---GT-T-G-T-TC--AG-T-TTAT--CG-T-G--A--TT-TATT----GT-ACG-A--TAT--T--A----AAATT-T-AG-----A---C-G-GC-GG-C-CCT--AT-GGC-TA-GCC-C-CG--GA-GA-G--CAGATTTcacatcacctccatggccacccttggaaaagtcgagttttttg
gi|28582 : -A-CA---A---A-----AT---GT-T-G-T-TTTCAG-T-TTAAT-CG-T-G--A--TA-TATT----GT-ACG-A--TAT--C--A----AGATG-T-AG-----A--TC-G-GC-GG-G-CCTC-GT-GAC-TA-G-C-C-TG--AA-GA-GT-C-GATTTt
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gi|28590 : aAAGA-TATG-----A-A-CA---A---A-----A----CT-T-G-T-TC--AG-T-TTAT--CA-A-G--A--TC-T-TT----TG-ATT-GA-TAT--C--G----AGA-A-A-AG-----G--CC-CTGT-GG-G-CTTC-AT-GGC-TA-G-C-C-TG--GA-GA-AT-C-AATTT--TGTT
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gi|28597 : AAGA-TATGT-AG-A-A-CA---A---A-----A----GT-T-G-T-TC--AG-T-TTAT--CG-T-G--A--TT-TATt
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gi|28612 : AAGA-CATGT-TT-A-A-CA---A---A-----A----GT-T-G-T-TT--AG-T-TTTG--CT-A-G--G--TC-TATC----GA-ACC-G--TAT--C---------ATA-A-AG-----G--TC-T-AC-AG-G-CCTA-AT-GGC-TC-A-C-C-TG--TACAG-A--C-GATTTAGTGTT
gi|28613 : AAGA-CATAT-TG-A-A-CA---A---A-----A----GT-T-G-T-TT--AA-C-TTTG--TG-A-G--A--TC-TATA----TT-ACA-A--TAT--C--A----AAAAA-T-AT-----G--CC-C-AT-GG-G-CATC-AT-GGC-TC-A-C-A-TG--CGCAG-A--C-AATTTAGTGTT
gi|28614 : AAGA-TATAT-AA-A-A-CA---A---A-----A----AT-T-G-T-TT--AG-T-TTTA--CT-A-A--A--TC-TATC----TT-ACC-G--TAT--C--A----AGATA-T-AG-----G--CC-T-GC-AG-G-CCTT-GT-GGC-TC-A-C-C-TG--TACGG-A--C-AATTT
gi|28615 : AAGA-CATGT-AT-A-T-CA---A---A-----A----GT-T-G-T-TT--AG-T-TTTA--CT-A-G--G--TC-TATC----TA-A-T-G--TAT--C--A----A-ATA-T-AA-----C--CC-C-AT-GG-G-CCTT-AT-GGC-T--A-C-C-TG--TACGA-A--C-GATTT
gi|28616 : AAGA-CACAT-AT-A-A-CA---A---A-----A----GT-T-G-T-TT--AA-T-TTTA--TT-A-T--A--TC-TGTC----AA-ACC-A--TAT--C--A----AGA-A-T-AT-----G--CC-T-GT-GG-G-CCCC-AT-GGC-TC-A-C-C-TG--TACAG-A--C-
gi|28617 : AAGA-CATGT-AT-A-A-CA---A---ATTTAAA----GT-T-G-T-TT--AA-T-TTTA--TT-A-C--A--TC-TATC----TA-ATT-G--TAT--C--A----AGATA-T-AA-----G--CC-T-GT-GG-G-CCTC-CT-GGC-TC-A-C-C-TG--tcggctttg
gi|28618 : AAGA-CATGT-AA-A-A-AATTTA---A-----A----GT-T-G-T-TT--AA-T-TTTT-----A-C--A--TC-TATC----TA-ATT-G--TAT--C--A----AGATA-T-AA-----G--CC-T-GT-GG-G-CCTC-CT-GGC-TC-A-C-C-TG--
gi|28619 : AAGA-TATATTAT-A-A-CA---A---A-----A----GT-T-G-T-TT--AGTT-TTAA--CT-A-A--A--TC-TATT----T--ACC-G--TAT--C--A----AGATA-T-GG-----C--CC-C-GC--G-G-CCAT-GT-GGC-TC-A-C-T-TG--
gi|28620 : AAAA-CATAT-TG-A-A-TA---A---A-----A----TT-T-G-T-TT--AG-T-TTTA--CA-A-A--A--TC-TATT----CA-ACC-G--TAT--T--A----AGATATT-AG-----G--CC-C-AC-GG-G-TCTT-AT-GGT-TC-A-C-C-TG--
gi|28621 : AGGA-CATAT-TG-A-A-CA---A---A-----ACTGAGT-T-G-T-TT--AG-T-TT-------A-G--A--TC-TATC----TA-TCC-G--TAT--C--A----AGATA-T-AG-----G--CA-T-GT-AA-G-CCTC-AT-GTC-TC-A-C-C-TGTATATGA-A--C-GATTT
gi|28622 : AAGA-CATAA-TG-A-A-CA---A---A-----A----GT-T-G-T-TC--AA-T-TTAG--TG-A-G--A--TC-TATA----TT-ACG-A--TAT--TTAA----AAAAA-T-AT-----G--CC-C-AC-AG-G-TCTC-AT-GGC-TC-A-C-C-TG--
gi|28623 : AAAA-CATTT-TG-A-A-CA---A---A-----A----GT-T-G-T-TC--AA-T-TTCG--TG-T-G--A--TA-TATA----TT-ACA-A--TAT--C--A----AAAAA-T-AC-----G--CC-C-AT-GG-G-CCTC-AT-GGC-TC-A-T-C-TG--CACAG-A--C-AATTTAG
gi|28624 : AAAA-CATAT-AA-A-A-CA---A---A-----T----GT-T-A-T-TT--AG-T-TTTA--CT-A-G--T--TT-TATC----TA-ACC-G--TAT--C--A----AGATA-A-AG-----G--CC-C-AT-GG-G-CCTC-AT-GGC-T
gi|28625 : AAGA-CATGT-AATA-A-CA---A---A-----A----TT-T-G-T-TT--AG-T-TTTTA-CT-A-C--A--TC-TATC----TA-ACT-G--TAT--C--A----AGATA-T-AA-----G--CC-T-----G-G-CCTC-AT-G---TA-G-C-G-TG--TACGA-A--C-A--TTAATGTT
gi|28626 : AAGA-CATGT-AT-A-A-CA---A---A-----A----GT-T-GGT-TT--AA-T-TTAC--TA-C-------TC-TATC----TA-ACCTG--TA---C--A----AGATA-T-AA-----G---C-T-GT-GG-G-CCTCAAT-GGC-TG-A-C-C-TG--TACGG-A--C-AATTTAATGTT
gi|28627 : AAGA-CATGT-A----A-CA---A---A-----A----GT-T-G-T-TT--AA-T-TTTA--CT-A-T--A--TC-TATT----TT-ATT-G--TAT--C--A----AGATA-T-AG-----G--CC-C-GT-G
gi|28628 : AGA-GATGT-AA-A-A-CA---A---A-----A----GT-T-----TC--AG-T-TTAT--CG-T-G--A--TT-TATT----GT-ACG-A--TAT--C--A----AGATA-T-TA-----G--AC-C-GC-AG-G-CCTC-AT-GGC-TA-G-C-C-TG--GGAGA-T--C-GATTTtg
gi|28629 : AGA-CATGT-AG-A-A-CA---A---A-----A----CT-T-G-T-C---AG-T-TTAT--AG-A-G--C--TC-T-TC-------ATT-GA-TAT--C--A----AGA-A-A-AG-----G--CC-CTGT-GG-G-CTTC-AT-GGC-TA-G-C-C-TG--GA-GA-AT-C-AATTT--TGTTctgt
gi|28630 : AGA-CATAT-TG-A-A-CA---A---A-----A----GT-T-G-T-TTG-AA-C-TTCG--CA-A-G--A--TC-TGTA----TT-ACG-A--TAT--T--A----AAAAAAT-AC-----G--CC-C-TT-GG-G-CCTC-AT-GGC-TC-A-C-C-Tttttg
gi|28631 : AGA-CATGT-A----A-CA---A---A-----A----GT-T-G-T-TT--AG-T-TTTA--CT-A-C--A--TC-TATC----TA-ACT-G--TATA-G--A----GGATA-T-AA-----G--CC-T-GT-GG-G-CCTC-AT-GGC-TC-A-CGC-TG--TACGA-A--C-AATTTAATGTT
gi|28632 : ATGT-AG-A-AACA---A---A-----A----TG-T-G-T-TC--AGTT-TTAT--CG-T-G-----TC-TAT-----TG-TCG-A--TAT--C--A----AGATT-T-A------A--CC-T-GC-GG-GACCTC-AT--GC-TA-G-C-A-TG--GAAGA-GT-C-GATTT
gi|28633 : ATGT-AG-A-A-CA---A---A-----A----GT-T---T-TC--AG-T-TTAT--CG-T-G--A--TT-TATT----GT-ACG-A--TAT--C--A----AGATT-T-AG-----A---C-C-GC-GG-G-CCTC-AT-GGCATA-G-C-C-TG--GAt
gi|28634 : ATGT-AG-A-A-CA---A---A-----A----GT-T-G-T-TA--AG-T-TTAT--CG-T-G--A--TT-TAT-----TATACG-A--TAT--C--A----ATATT-T-AG-----A--CC-T-GT-GG-G-CCTC-AT-gagtctttt
gi|28635 : ATGT-AG-A-A-CA---A---A-----A----GT-T-A-T-TC--AG-T-TTAT--CG-CTG--A--TT-TATTG---TT-ACG-A--TAT--C--A----AGATT-T-AT-----A--CC-T-GC-GG-A-CCTC-ATAAGC-TA-G-C-C-TG--GA-GATT--C-GATTT
gi|28636 : ATGT-A----A-CA---A---A-----A----GT-T-G-T-TT--AG-T-TTTG--CT-A-G--A--TC-TGTC----AA-ACC-A--TAT--C--A----AGATA-T-AT-----G--CC-T-TT-GG-G-CCTC-AT-GGC-TC-A-C-C-Ttttt
gi|28637 : ATAT-AT-A-A-CA---A---A-----A----GT-T-G-T-TT--AG-T-TTTA--CT-A-A--A--TC-TTTC----TA-ACC-A--TAT--C--ATGCAGGATA-T-AA-----G--CC-T-GT-GG-G-CCTC-AT-GGC-TC-A-C-C-TG--TACGG-A--T-GATTCAA
gi|28638 : G-A-A-GA---A---A-----A----GT-T-G-T-TT--AG-T-TTTA--CT-A-G--A--TC-TATC----TA-ACC-G--TGT--C--A----AGATA-C-AG-----G--CC-T-TT-GG-G-CCTC-AT-GAC-T
gi|28639 : -A-A-TA---A---A-----A----GT-T-G-T-TT--AT-T-TCTA--TT-A-G--A--TC-TATT----TA-ACC-A--TAT--C--A----AGAAA-TAAG-----G-----C-GC-AG-A-CCTC-AT-GGC-TC-A-C-C-TG--