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Reference ( gi|59469 )        :                                                                       AAAA-ATAATAA-A-AG-AATCAT---AGC-ATG---T-TGAATT-C-G--GTCAAT-T-C-A-T--G-----------GT--T----------TT-ATA-G-C--ACC---AAC--CC-CG-A-----GA-G-T---A--C-AA-T---A-T------A--GAC-C----T-C-G---G-AC-----TT-CG---T-C---CT-CG--G-TC-A-AT-AT---T-G--TA----T-------T---C--A-GG--GTT----------G--GT--G----C-TA-T--A-----------A-A--CC-A-T-G-A--ATT-GAC-C----T------C---A--T-C--A--A---CAT-GC---T---A-T-A-ATT-G---T---A-T--ATTATT
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gi|59528                      :                                                                              aATAA-A-AC-AATTAT---TGC--TG---C-TTTATT---G--GTCAAT-A-CGA-T--G-----------AT--T----------T----A-GAC--ACC--------TT-CG-A------A-G-T---A--A-AA-T---A-T------T--GAC-C----T-C-G---C-CC-----TT-CG---G-G---CT-CG--G-TG-A-AT-AT---T-G--TACTT-C-------T---C--A-GG----T----------G-------------TC-T--A-----------A-A--TC-A-TCG-T--ATT-GAC-C----T------A---A--A-A--A--A---CA--GC---A---A-T-A-
gi|59524                      :                                                                               ATAA-A-AT-AATTAT---TGC--TGC--T-TTA--T-C-G--GCCAAT-A-CGA-T--G-----------AT--T----------T----A-GAC--ACC--------TT-CG-A------A-G-T---A--A-AA-T---A-T------T--CAC-C----T-C-A---C-CC-----TT-CG---G-G---CT-CA--G-TG-A-AT-AT---T-G--TACTT-C-------T---C--A-GG----T----------G-------------TC-T--A-----------A-A--TC-A-TCG-T--ATT-GAC-C----T------T---A--A-A--A--A---CA--GC---A---A-T-A-ATT-G---T---
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gi|59515                      :                                                                                TAA-T-AC-AATTAT---AGC-ATG---T-TGA-TG-A-G--GTCAAT-T-C-A-T--G-----------GT--T----------TT-CGA-G-G--ACG---AAG--TC-CG-A-----
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gi|59528                      :                                                                                                             ataaaTT-A-G--GTCAAT-A-CGA-T--G-----------AT--T----------T----A-G-----------ACA-CC-TG-A-----GAAG-T---A--C-AA-T---A-TTC----ACCGAG-C----C-C-G---A-AG-----GG-CG------------AG--G-TC-A-AT-AT---T-T--TAC---T-------T---C--G-AA---------------G--GT--G------TC-T--A-----------A-A--TC-A-TCG-T--ATT-GAC-C-----------A---A--T-A--A--AG--CA--GC---A---A-T-A-ATT-G---T---aaaacagcaatacatgtacatgtaattgtataatat
gi|59526                      :                                                                                                       tattgctgttttT-C-G--GCCAATAT-C-G-T--G-----------GA--T----------T----A-A-G--ACC---ACC--TT-CG-A-----AG-T-T---A--C-AA-T---A-C------T--CAC-C----T-C-G---C-CC-----TT-CG---G-G---CT-CG--G-TG-A-AT-AT---T-G--TA----C-------T---T---------TTTTCTCA----G--GT--G----T-TC-T--A-----------A-A--CC-G-T-C-AATATT-GAC-T----T------A---A----A--A--A---CA--GCA--A---A-T-A-ATT-G---T---tttat
gi|59497                      :                                                                                                                      -G--GTCAAT-T-C-A-T--G-----------GT--T----------TT-ATA-G-C--ACC---AAC--CT----------GA-G-T------T-AA-T---A-T------T--GACGC----G-A-G---G-AT-----GA-AG---T-C---C--CGAGG-TC-TTAT-AT---T-C--TC----TC------T---C--A-GG--GTT----------G--GT--G----C-TA-TA-A-----------A-A--CT-A-T-GAA--ATT-GAC-CAA--T------T------T-C--A--A---CAT-GC---TTAAG-T-A-ATT-G---T-----T--TTTATTtaaagcagaataattatttcat
gi|59521                      :                                                                                                                      -G--GTCAAT-T-C-A-T--G-----------GT--T----------TT-ATA-G-C--ACC---AAC--CT----------GA-G-T------T-AA-T---A-T------T--GACGC----G-A-G---G-AT-----GA-AG---T-C---C--CGAGG-TC-TTAT-AT---T-C--TC----TC------T---C--A-GG--GTT----------G--GT--G----C-TA-TA-A-----------A-A--CT-A-T-GAA--ATT-GAC-CAA--T------T------T-C--A--A---CAT-GC---TTAAG-T-A-ATT-G---T---tccatcaagatgcaattaattgtgtataata
gi|59534                      :                                                                                                 acaattaattgcatcttgatgga--GTCAAT-T-C-A-T--G-----------GT--T----------TT-ATA-G-C--ACC---AAC--CG-CG-A-----Gtt
gi|59529                      :                                                                                                                      ta--GTCAAT-T-C-A-T--G-----------GT--T----------TT-ATA-G-C--ACC---AAC--CG-CG-A-----G
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gi|59485                      :                                                                                               tataacacattaattgcatcttgatggaggtAT-T-C-A-T--G-----------GT--T----------TT-ATA-G-C--ACC---AAC--CC-TG-A-----G----T------T-AA-T---A-T------T--GACGC----G-A-G---G-AT-----GA-AG---T-C---C--CGAGG-TC-TTAT-AT---T-C--TC----TC------T---C--A-GG--GTT----------G--GT--G----C-TA-TA-A-----------A-A--CT-A-T-G-A--ATT-GAC-CAA--T------T------T-C--A--A---CAT-GC---T---A-T-A-ATT-AT--T---G-T--ATTATTttt
gi|59530                      :                                                                                                                               aaa-C-A-T--G-----------GT--T----------CT-ATA-G-C--ACC---AAC--CC-TG-A-----G----T---A--C-AA-T---A-T------A--GAC-A----T-T-G---G-AC-----TT-CG---T-C---CT-TG--G-TC-A-AT-AT---T-G---A----C-------T---C--A-GG--GTT----------G--GT--G----A-TA-TA-A-----------A-A--TC-A-T-G-A--AAT-GAC-T----T------C---A--T-C--A--A---CAT-GC---T---A-T-A-ATT-G---C---A-T--ATTATacct
gi|59496                      :                                                                                                                                  -C-A-T--G-----------GT--T----------CT-ATA-G-C--ACC---AAC--CC-TG-A-----G----T---A--C-AA-T---A-T------A--GAC-A----T-T-G---G-AC-----TT-CG---T-C---CT-TG--G-TC-A-AT-AT---T-G---A----C-------T---C--A-GG--GTT----------G--GT--G----A-TA-T--A-----------A-AA-TC-A-T-G-A--AAT-GAC-T----T------C---A--T-C--A--A---CAT-GC---T---A-T-A-ATT-G---C---A-T--ATT
gi|59506                      :                                                                                                                                                                                   C---AAC--CC-TG-G-----AG-G-T---A--C-AA-T---A-T------A--GAC-C----T-C-G---A-ACT----TT-CG---TAT---CT-CG--G-TC-A-TA-AT---T-GCTTA----C-------T---CA-A-GG--GTT----------G--GT--G----C-TA-TA-A-----------A-A--CC-A-T-G-T--ATT-GA--C----G------CGAAA--T-C--A--A---CAT-GC---T---ATT-A-ATT-G---T---A-T--AT
gi|59531                      :                                                                                                                                                                                   C---AAC--CC-TG-G-----AG-G-T---A--C-AA-T---A-T------A--GAC-C----T-C-G---A-ACT----TT-CG---TAT---CT-CG--G-TC-A-TA-AT---T-GCTTA----C-------T---CA-A-GG--GTT----------G--GT--G----C-TA-TA-A-----------A-A--CC-A-T-G-T--ATT-GA--C----G------CGAAA--T-C--A--A---CAT-GC---T---ATT-A-ATT-G---T---A-T--
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gi|59522                      :                                                                                                                                                                                                        aatattatacaattatttctgtttttgaggtcaaaacgatgacttaagaca-AC-----TT-CG---T-T---CT-CG--G-TC-A-AT-AT---T-G--TA----C-------T---C--A-GG--GTT----------G--GT--G----C-TA-TA-A-----------A-A--CC-G-T-G-A--ATT-GAC-C----GA-----A---A--T-C--A--A---CAT-GC---T---A-T-A-ATT-G---T---
gi|59508                      :                                                                                                                                                                                                                                                                       G---T-C---CT-CT--G-TC-T-GT-AT---T-G--TG----T-------A---A--A-GG--GTT----------G--GT--A----A-TA-T--A-----------A-AA-TT-T-T-G-G--ATA-GAC-C----T------C---A--T-C--A--A---CAT-GC---T---G-T-A-ATT-C---T---A-T--AT
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gi|59507                      :                                                                                                                                                                                                                                                                              ccgaT-CG--G-TC-A-AT-AT-----G--TA----T-------T---CCAA-GG--GTT----------G--G--------C-TA-A--A-----------A-AACCC-A-T-G-A--ATT-GAC-C----T------C---AG-T-C--A--A---C-T--C---T---A-TAA-ATT-G---T---A-T--catat
gi|59533                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                atatgG--G-TC-A-AT-AT---T-G--TA----C-------T---C--A-GG--GTT----------G--GT--G----C-TA-TA-A-----------A-A--CC-G-T-G-A--ATT-GAC-C----GA-----A---A--T-C--A--A---CAT-GC---T---A-T-A-ATT-G---T---A-T--
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gi|59505                      :                                                                       AAAA-ATAATAAAA-CAATTAG---AGC-ATA---T-TGAATT-C-GGTCAAT-T--C-A-T--GGT--GT-TATA-G-C--ACC---AAC--TCC--------GA-A-TACAATTAT-AT-AGACCTT-GAAC-TT-CGT-C--CT-GG-A-TCAATAT---C-G--TA----C-T---C--G-GG-GAC------G--GT-G-CTAT-AAAA-------------C-A-C-GA--ATT-GAC-CT------C---A-TC--A--A---CAT-GC---TA-T-AATT-GT---A-T--AT
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gi|59508                      :                                                                                                                                                                                                             atatgGT-C--CT-CT-G-TCTGTAT---T-G--TG----T-A---A--A-GG-GTT------G--GT-A-ATAT-AAAA-T-----------T-T-T-GG--ATA-GAC-CT------C---A-TC--A--A---CAT-GC---TG-T-AATT-CT---A-T--AT
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Reference ( family-347 )      :                                                                       AAAA-ATAATAAAA-CAATTAT---AGC-ATG---T-TGAATT-C-GGTCAAT-T--C-A-T--GGT--TT-TATA-G-C--ACC---AAC--CCTG-A-----GA-G-TACA---AT-AT-AGACCTC-GGAC-TT-CGT-C--CT-CG-G-TCAATAT---T-G--TA----C-T---C--A-GG-GTT------G--GT-G-CTAT-AAAA-C-----------C-A-T-GA--ATT-GAC-CT------C---A-TC--A--A---CAT-GC---TA-T-AAT--TG-TA-T--ANTATT
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Reference ( family-347 )      :                                                                       AAAA-ATAATAAAA-CAATTAT---AGC-ATG---T-TGAATT-C-GGTCAAT-T--C-A-T--GGT--TT-TATA-G-C--ACC---AAC--CCTG-A-----GA-G-TACA---AT-AT-AGACCTC-GGAC-TT-CGT-C--CT-CG-G-TCAATAT---T-G--TA----C-T---C--A-GG-GTT------G--GT-G-CTAT-AAAA-C-----------C-A-T-GA--ATT-GAC-CT------C---A-TC--A--A---CAT-GC---TA-T-AAT--TGTA-TA----ATATT
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Reference ( family-347 )      :                                                                       AAAA-ATAATAAAA-CAATTAT---AGC-ATG---T-TGAATT-C-GGTCAAT-T--C-A-T--GGT--TT-TATA-G-C--ACC---AAC--CCTG-A-----GA-G-TACA---AT-AT-AGACCTC-GGAC-TT-CGT-C--CT-CG-G-TCAATAT---T-G--TA----C-T---C--A-GG-GTT------G--GT-G-CTAT-AAAA-C-----------C-A-T-GA--ATT-GAC-CT------C---A-TC--A--A---CAT-GC---TA-T-AAT--TGTA-TA----ATATT
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gi|59502                      :                                                                            aaAATAAAA-CAATTAT---TGC--TGC--T-TTA--T-C-GGTCAAT-A--C-AAT--GAT--TT----A-GAC--ACC----------TG-A-----GAAG-TAAA---AT-AT-TAACCTT-GCCC-TA-CGG-G--CT-CG-G-TGAATAT---T-G--TA----C-TTCTC--A-GG--------------T-G--TCT-TAAG-T-----------C-A-TCGT--TTT-GAC-CT------C---A-AA--A--A---CA--GA---AA-T-AAT--TGTA-TA----ATATT
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gi|59527                      :                                                                       AAAA-ATAATATAA-CAAATGC---AGT-CCT---T-TCAAT--C-AGTCAAT-C--C-A-T--AGA--TA-TATT-G-----------AC--TTTACA-----GA-A-AAGC---AT-AT-CGACCTC-ACAC-TT-CGT-G--CT-CA-G-TCGATATGC-T-T--T-----C-T---C--T-G----T------GAAGT---CGAT-ATAT-C-----------T-A-T-GG--ATT-GAC-CT------C---A-TG--A--A---AGG-GC---TA-T-ATT--TGT
gi|59528                      :                                                                               ATAAAA-CAATTAT---TGC--TG---C-TTTATT---GGTCAAT-A--CGA-T--GAT--TT----A-G----AC-----AC--CTTC-G-----AA-G-TAAA---AT-AT-TGACCTC-GCCC-TT-CGG-G--CT-CG-G-TGAATAT---T-G--TACTT-C-T---C--A-------------G--GT-GTCT----AAA-T-----------C-A-TCGT--ATT-GAC-CT------A---A-AA--A--A---CA--GC---AA-T-A
gi|59529                      :                                                                                                                                                                                                                                             --TA----C-T---C--G-CG-GTT------G--GT-G-CTAT-AAAA-C-----------C-A-T-GA--ATT-GAC-
gi|59530                      :                                                                                                                              --C-A-T--GGT--TC-TATA-G-C--ACC---AAC--CCTG-A-----G----TACA---AT-AT-AGACATT-GGAC-TT-CGT-C--CT-TG-G-TCAATAT---T-G---A----C-T---C--A-GG-GTT------G--GT-G-ATAT-AAAA-T-----------C-A-T-GA--AAT-GAC-TT------C---A-TC--A--A---CAT-GC---TA-T-AAT--TGCA-TA----TTAT
gi|59531                      :                                                                                                                                                           C---AAC--CCTG-G-----AG-G-TACA---AT-AT-AGACCTC-GAAC-TTTCGTAT--CT-CG-G-TCATAAT---T-GCTTA----C-T---C--AAGG-GTT------G--GT-G-CTAT-AAAA-C-----------C-A-T-GT--ATT-GA--CG------CGAAA-TC--A--A---CAT-GC---TATT-AAT--TGTA-TA----
gi|59532                      :                                                                                                                                                                                                                         T-CG-G-TCAATA----T-G--TA----T-T---CCAA-GG-GTT------G-----G-CTAA-AAAACC-----------C-A-T-GA--ATT-GAC-CT------C---AGTC--A--A---C-T--C---TA-TAAAT--TGTA-TC----ATAT
gi|59533                      :                                                                                                                                                                                                                        ccgaG-G-TCAATAT---T-G--TA----C-T---C--A-GG-GTT------G--GT-G-CTAT-AAAA-C-----------C-G-T-GA--ATT-GAC-CGA-----A---A-TC--A--A---CAT-GC---TA-T-AAT--TGTA-TA----
gi|59534                      :                                                                                                                                                                                                                                             --TA----C-T---C--G-CG-GTT------G--GT-G-CTAT-AAAA-C-----------C-A-T-GA--ATT-GAC-


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blockSeqs                     :                                                                           .         .       CA    A   C   A   T  TC        . .  G . T        T    .   C    TA         TCGAT       .  C .    .  AAG     G A  .  .   AT    T  C         .   . CT  CTT  . TCT .  GGGTTG            T T    A    . GGTGATATAAC . . C  T        .  C      .   G  .  .  .    T   .    T .         .  .   
blockSeqs                     :                                                                           .         .       A     A   C   A   A  C         . .  G . T        T    .   C    A          ACAGA       .  C .    .  AG      . A  .  .   C     .  .         .   . .   CTT  . TCT .  GGGTTG            . T    .    . GGTGATTAAC  . . C  .        .  A      .   .  .  .  .    T   .    . .         .  .   
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blockSeqs                     :                                                                           .         .       A     A   .   .   A  C         . .  . . .        T    .   .    A          CGAA        .  C .    .  AG      . A  .  .   T     .  .         .   . .   .    . .   .  GGATTG            . .    .    . .           . . C  .        .  .      .   .  .  .  .    T   .    . .         .  .   
blockSeqs                     :                                                                           .         .       A     A   .   .   A  C         . .  . . .        T    .   .    A          CGAA        .  C .    .  AA      . G  .  .   C     .  .         .   . .   .    . .   .  GGGTTG            . .    .    . .           . . C  .        .  .      .   .  .  .  .    T   .    . .         .  .   
blockSeqs                     :                                                                           .         .       A     A   .   .   A  C         . .  . . .        T    .   .    A          CACA        .  C .    .  AG      . G  .  .   T     .  .         .   . .   .    . .   .  GGGTTG            . .    .    . .           . . C  .        .  .      .   .  .  .  .    T   .    . .         .  .   
blockSeqs                     :                                                                           .         .       A     A   .   .   A  G         . .  . . .        A    .   .    A          GGAG        .  C .    .  AG      . G  .  .   T     .  .         .   . .   .    . .   .  GGATTG            . .    .    . .           . . .  .        .  .      .   .  .  .  .    T   .    . .         .  .   
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blockSeqs                     :                                                                           .         .       A     A   .   .   A  G         . .  . . .        A    .   .    A          CAAA        .  G .    .  AG      . G  .  .   C     .  .         .   . .   .    . .   .  GATGTT            . .    .    . .           . . .  .        .  .      .   .  .  .  .    T   .    . .         .  .   
blockSeqs                     :                                                                           .         .       A     A   .   .   A  G         . .  . . .        A    .   .    A          GAGA        .  C .    .  AG      . G  .  .   C     .  .         .   . .   .    . .   .  GATGTT            . .    .    . .           . . .  .        .  .      .   .  .  .  .    T   .    . .         .  .   
blockSeqs                     :                                                                           .         .       A     A   .   .   A  C         . .  . . .        T    .   .    A          CGAA        .  C .    .  AG      . A  .  .   C     .  .         .   . .   .    . .   .  GGGTTG            . .    .    . .           . . .  .        .  .      .   .  .  .  .    T   .    . .         .  .   
blockSeqs                     :                                                                           .         .       A     A   .   .   A  T         . .  . . .        T    .   .    A          GAGA        .  C .    .  AG      . G  .  .   C     .  .         .   . .   .    . .   .  GGGGTG            . .    .    . .           . . .  .        .  .      .   .  .  .  .    T   .    . .         .  .   
blockSeqs                     :                                                                           .         .       A     A   .   .   A  C         . .  . . .        T    .   .    A          GAGA        .  C .    .  TC      . A  .  .   C     .  .         .   . .   .    . .   .  GGGTTA            . .    .    . .           . . .  .        .  .      .   .  .  .  .    T   .    . .         .  .   
blockSeqs                     :                                                                           .         .       A     A   .   .   T  C         . .  . . .        T    .   .    A          CGAA        .  C .    .  TC      . A  .  .   T     .  .         .   . .   .    . .   .  GGGACG            . .    .    . .           . . .  .        .  .      .   .  .  .  .    T   .    . .         .  .   
blockSeqs                     :                                                                           .         .       A     A   .   .   A  C         . .  . . .        T    .   .    A          CGAA        .  C .    .  AG      . A  .  .   T     .  .         .   . .   .    . .   .  GGGTTG            . .    .    . .           . . .  .        .  .      .   .  .  .  .    T   .    . .         .  .   
blockSeqs                     :                                                                           .         .       A     A   .   .   A  C         . .  . . .        T    .   .    A          GAAG        .  A .    .  TG      . G  .  .   T     .  .         .   . .   .    . .   .  GGGTTG            . .    .    . .           . . .  .        .  .      .   .  .  .  .    T   .    . .         .  .   
blockSeqs                     :                                                                           .         .       A     A   .   .   A  C         . .  . . .        T    .   .    A          CGAA        .  C .    .  TC      . G  .  .   T     .  .         .   . .   .    . .   .  AAGTTG            . .    .    . .           . . .  .        .  .      .   .  .  .  .    T   .    . .         .  .   
blockSeqs                     :                                                                           .         .       T     A   .   .   A  C         . .  . . .        T    .   .    A          GGAG        .  G .    .  TC      . C  .  .   C     .  .         .   . .   .    . .   .  GGGTTG            . .    .    . .           . . .  .        .  .      .   .  .  .  .    T   .    . .         .  .   
blockSeqs                     :                                                                           .         .       T     A   .   .   A  C         . .  . . .        T    .   .    A          CAG         .  A .    .  CA      . G  .  .   C     .  .         .   . .   .    . .   .  GGGGTG            . .    .    . .           . . .  .        .  .      .   .  .  .  .    T   .    . .         .  .   
blockSeqs                     :                                                                           .         .       T     A   .   .   A  C         . .  . . .        T    .   .    A          AAT         .  A .    .  TA      . G  .  .   G     .  .         .   . .   .    . .   .  GAGTTG            . .    .    . .           . . .  .        .  .      .   .  .  .  .    T   .    . .         .  .   
blockSeqs                     :                                                                           .         .       T     A   .   .   A  T         . .  . . .        A    .   .    G          TGA         .  A .    .  AG      . C  .  .   G     .  .         .   . .   .    . .   .  AGGTTG            . .    .    . .           . . .  .        .  .      .   .  .  .  .    G   .    . .         .  .   
blockSeqs                     :                                                                           .         .       T     C   .   .   A  T         . .  . . .        T    .   .    A          TGA         .  G .    .  AA      . C  .  .   C     .  .         .   . .   .    . .   .  GGGTTG            . .    .    . .           . . .  .        .  .      .   .  .  .  .    T   .    . .         .  .   
blockSeqs                     :                                                                           .         .       T     A   .   .   A  C         . .  . . .        T    .   .    A          TGA         .  A .    .  AG      . C  .  .   C     .  .         .   . .   .    . .   .  CGGTTG            . .    .    . .           . . .  .        .  .      .   .  .  .  .    T   .    . .         .  .   
blockSeqs                     :                                                                           .         .       T     A   .   .   A  C         . .  . . .        T    .   .    A          TGA         .  A .    .  AG      . C  .  .   G     .  .         .   . .   .    . .   .  GGGTTG            . .    .    . .           . . .  .        .  .      .   .  .  .  .    T   .    . .         .  .   
blockSeqs                     :                                                                           .         .       A     A   .   .   A  C         . .  . . .        T    .   .    A          GAG         .  C .    .  TC      . C  .  .   G     .  .         .   . .   .    . .   .  GGGTTG            . .    .    . .           . . .  .        .  .      .   .  .  .  .    T   .    . .         .  .   
blockSeqs                     :                                                                           .         .       T     C   .   .   A  C         . .  . . .        T    .   .    A          GAG         .  C .    .  AG      . G  .  .   G     .  .         .   . .   .    . .   .  GGGTTG            . .    .    . .           . . .  .        .  .      .   .  .  .  .    T   .    . .         .  .   
blockSeqs                     :                                                                           .         .       A     A   .   .   A  C         . .  . . .        T    .   .    A          AAT         .  C .    .  AG      . G  .  .   G     .  .         .   . .   .    . .   .  CGGTTG            . .    .    . .           . . .  .        .  .      .   .  .  .  .    T   .    . .         .  .   
blockSeqs                     :                                                                           .         .       A     A   .   .   A  C         . .  . . .        T    .   .    A          GAA         .  T .    .  AG      . A  .  .   G     .  .         .   . .   .    . .   .  AGGTT             . .    .    . .           . . .  .        .  .      .   .  .  .  .    G   .    . .         .  .   
blockSeqs                     :                                                                                     .       A     A   .   .   A  C         . .  . . .        A    .   .    A          GAG         .  A .    .  TG      . A  .  .   C     .  .         .   . .   .    . .   .  AGTTG             . .    .    . .           . . .  .        .  .      .   .  .  .  .    T   .    . .         .  .   
blockSeqs                     :                                                                                     .       A     A   .   .   A  C         . .  . . .        T    .   .    A          GAA         .  C .    .  TG      . C  .  .   C     .  .         .   . .   .    . .   .  GGGTT             . .    .    . .           . . .  .        .  .      .   .  .  .  .    T   .    . .         .  .   
blockSeqs                     :                                                                                     .       T     A   .   .   A  T         . .  . . .        T    .   .    A          GAG         .  G .    .  TC      . C  .  .   C     .  .         .   . .   .    . .   .  GGGTT             . .    .    . .           . . .  .        .  .      .   .  .  .  .    T   .    . .         .  .   
blockSeqs                     :                                                                                     .       A     A   .   .   T  C         . .  . . .        T    .   .    A          GAG         .  A .    .  AG      . G  .  .   C     .  .         .   . .   .    . .   .  GGGTT             . .    .    . .           . . .  .        .  .      .   .  .  .  .    T   .    . .         .  .   
blockSeqs                     :                                                                                     .       A     A   .   .   A  C         . .  . . .        T    .   .    A          GAA         .  C .    .  AG      . G  .  .   G     .  .         .   . .   .    . .   .  GGGTT             . .    .    . .           . . .  .        .  .      .   .  .  .  .    T   .    . .         .  .   
blockSeqs                     :                                                                                     .       A     C   .   .   A  T         . .  . . .        T    .   .    A          GAG         .  A .    .  TC      . G  .  .   G     .  .         .   . .   .    . .   .  AGGTT             . .    .    . .           . . .  .        .  .      .   .  .  .  .    T   .    . .         .  .   
blockSeqs                     :                                                                                     .       A     C   .   .   A  C         . .  . . .        T    .   .    A          CAG         .  A .    .  TC      . G  .  .   C     .  .         .   . .   .    . .   .  AGTTG             . .    .    . .           . . .  .        .  .      .   .  .  .  .    T   .    . .         .  .   
blockSeqs                     :                                                                                     .       T     .   .   .   .  C         . .  . . .        T    .   .    .          GAG         .  A .    .  TC      . C  .  .   C     .  .         .   . .   .    . .   .  GGTGT             . .    .    . .           . . .  .        .  .      .   .  .  .  .    T   .    . .         .  .   
blockSeqs                     :                                                                                     .       T     .   .   .   .  T         . .  . . .        T    .   .    .          AA          .  C .    .  TC      . C  .  .   C     .  .         .   . .   .    . .   .  GGTTG             . .    .    . .           . . .  .        .  .      .   .  .  .  .    T   .    . .         .  .   
blockSeqs                     :                                                                                     .       T     .   .   .   .  C         . .  . . .        T    .   .    .          GA          .  C .    .  CG      . C  .  .   C     .  .         .   . .   .    . .   .  GGTGT             . .    .    . .           . . .  .        .  .      .   .  .  .  .    A   .    . .         .  .   
blockSeqs                     :                                                                                     .       A     .   .   .   .  C         . .  . . .        T    .   .    .          GA          .  G .    .  TG      . G  .  .   G     .  .         .   . .   .    . .   .  GTGAA             . .    .    . .           . . .  .        .  .      .   .  .  .  .    G   .    . .         .  .   
blockSeqs                     :                                                                                     .       A     .   .   .   .  C         . .  . . .        T    .   .    .          GA          .  A .    .  AG      . A  .  .   G     .  .         .   . .   .    . .   .  GGTGT             . .    .    . .           . . .  .        .  .      .   .  .  .  .    T   .    . .         .  .   
blockSeqs                     :                                                                                     .       T     .   .   .   .  C         . .  . . .        .    .   .    .          GA          .  A .    .  AG      . G  .  .   G     .  .         .   . .   .    . .   .  GGTGT             . .    .    . .           . . .  .        .  .      .   .  .  .  .    T   .    . .         .  .   
blockSeqs                     :                                                                                     .       T     .   .   .   .  C         . .  . . .        .    .   .    .          GA          .  A .    .  A       . C  .  .   C     .  .         .   . .   .    . .   .  GGTTG             . .    .    . .           . . .  .        .  .      .   .  .  .  .    T   .    . .         .      
blockSeqs                     :                                                                                     .       T     .   .   .   .  .         . .  . . .        .    .   .    .          GA          .  C .    .  A       . C  .  .   T     .  .         .   . .   .    . .   .  GTGAA             . .    .    . .           . . .  .        .  .      .   .  .  .  .    T   .    . .         .      
blockSeqs                     :                                                                                     .       A     .   .   .   .  .         . .  . . .        .    .   .    .          GA          .  G .    .  A       . C  .  .   C     .  .         .   . .   .    . .   .  GGTG              . .    .    . .           . . .  .        .  .      .   .  .  .  .    .   .    . .         .      
blockSeqs                     :                                                                                     .       T     .   .   .   .  .         . .  . . .        .    .   .    .          GA          .  A .    .  .       . C  .  .   T     .  .         .   . .   .    . .   .  GGTG              . .    .    . .           . . .  .        .  .      .   .  .  .  .    .   .    . .         .      
blockSeqs                     :                                                                                     .       .     .   .   .   .  .         . .  . . .        .    .   .    .          AA          .  C .    .  .       . C  .  .   G     .  .         .   . .   .    . .   .  GGTG              . .    .    . .           . . .  .        .  .      .   .  .  .  .    .   .    . .                
blockSeqs                     :                                                                                     .       .     .   .   .   .  .         . .  . . .        .    .   .    .          GA          .  C .    .  .       . C  .  .   G     .  .         .   . .   .    . .   .  GGTG              . .    .    . .           . . .  .        .  .      .   .  .  .  .    .   .    . .                
blockSeqs                     :                                                                                     .       .     .   .   .   .  .         . .  . . .        .    .   .    .          GA          .  . .    .  .       . G  .  .   G     .  .         .   . .   .    . .   .  AGGT              . .    .    . .           . . .  .        .  .      .   .  .  .  .    .   .    . .                
blockSeqs                     :                                                                                                                              .  . . .        .    .   .    .          GA          .  . .    .  .       . A  .  .   G     .  .         .   . .   .    . .   .  TTAG              . .    .    . .           . . .  .        .  .      .   .  .  .  .    .   .    . .                
blockSeqs                     :                                                                                                                              .  . . .        .    .   .    .          GA          .  . .    .  .       . .  .  .   G     .  .         .   . .   .    . .   .  GG                . .    .    . .           . . .  .        .  .      .   .  .  .  .    .   .    . .                
blockSeqs                     :                                                                                                                                                            .                                                .  .   G     .  .         .   . .   .    . .   .  G                 . .    .    . .           . . .  .        .  .      .   .  .  .  .    .   .    . .                
blockSeqs                     :                                                                                                                                                            .                                                       C     .  .         .   . .   .    . .   .  G                 . .    .    . .           . . .  .        .  .      .   .  .  .  .    .   .    . .                
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blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                          .  .         .   . .   .    . .   .  T                 . .    .    . .           . . .  .        .  .      .   .  .  .  .    .   .    . .                
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gi|59505                      :                                                                   aAAAA-ATAATAAAA-CAATTAG---AGC-ATA---T-TGAATT-C-GGTCAAT-T-C-A-T--GGT--GTTATA-G-C--AC--C---AACT---CC-GA------A--T-ACAATTAT-AT-AGACCTT-GAAC-TT-CGT-C--CT-GG-A-TCAATAT---C-G--TA----C-T---C--G-GG-GAC------G--GT-G-CTAT-AAAA-------------C-A-C-GA--ATT-GAC-CT------C---A-TC--A--A---CAT-GC---TA-T-AAT--TGTA-TA----
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gi|59507                      :                                                                                                                                                                                                                      aT-CG-G-TCAATA----T-G--TA----T-T---CCAA-GG-GTT------G-----G-CTAA-AAAACC-----------C-A-T-GA--ATT-GAC-CT------C---AGTC--A--A---C-T--C---TA-TAAAT--TGTA-TC----ATAT
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gi|59534                      :                                                                                                                                                                                                                                           --TA----C-T---C--G-CG-GTT------G--GT-G-CTAT-AAAA-C-----------C-A-T-GA--ATT-GAC-