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Reference ( gi|78837 )        :  TAA-AGAGATGG-----GA---A---G-C--TT--T--C-G-A---T--T-G-T-G-A----C--G-T-CA-TAA-TA-CTTT-C-G--A---T-T-G-T-G--A---C--G-T-C-A--T-A-A-T-A--C--TG----T---G-ATG-C-A-----A--A-------A-----A------C--------G-----T-------------C-A---A-G--C-A-T-----A---A-A-CATTT
gi|78875                      :  TAA-CGAGATGG-----GA---A---G-C--TA--T--C-C-A---T--T-G-T-G-A----C--G-T-CA-CA--TA-CTTT-C-G--A---T-T-G-T-G--A---C--G-T-C-A--T-A-A-T-G--C--TG----T---G-ATG-C-A-----A--A-------A-----
gi|78825                      :  TAA-CGAGATGG-----GA---A---G-C--TT--T--C-G-A---T--T-G-T-G-A----C--G-T-CA-TAA-TA-CTcaacaaacttc
gi|78828                      :  TAA-TGAGATGG-----AA---A---G-C--TT--T--C-G-A---T--T-G-T-G-A----C--G-T-CA-TAA-TA-CTgtgatgcaaaaacataatgtcaagcataaacatttcgt
gi|78838                      :  TAA-AGAGATGG-----AA---A---G-C--TT--T--C-G-A---T--T-G-T-G-A----C--A-T-TA-TAA-TA-C---------------T-G-T-G--A---C--G---C-A----A-A-T-A--C--------------AT---------------------A-----A------C--------G-----T-------------C-A---A-A--C-A-T-----A---A-A-CATTgtgacgcaaaaacataacgtcaagcataaacattgca
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gi|78862                      :     acgatATGGC----AA---A---G-C--TT--T--C-G-A---T--T-G-T-G-A----C--G-T-CA-TAA-TA-CTcaaaaacataac
gi|78865                      : taacgaagcATGG-----GA---A---G-CC-TT--T--C-T-A---T--T-G-T-G-A----C--G-T-CA-CAA-TA-C---------------T-G-T-G--A---C--G-gtgacgcaaaactacacgtcagcataacat
gi|78889                      :  taacgtgcATGG-----GA---A---G-CC-TT--T--CTG-A---T--T-G-T-G-A----C--G-T-CA-AAA-CA-C----C-A--G---G-G-G-T-G--A---C--G-C-G-A--A-A-A-----------------------A-C-A-----A--T-------A-----A------C--------G-----T-------------C-A---A-GC-C-A-T-----C---A-A-CATcaaaacatacgtcaaggtcgtaa
gi|78888                      :    aacgtgaTGG-----AA---A---G-C--TT--T--C-A-A---T--T-G-T-G-A----C--G-T-CA-TAA-TA-CTTT-attat
gi|78906                      :    aacgattTGG-----GA---AAAGG-C--TT--T--C-T-A---T--T-G-T-G-A----C--G-T-CA-CAA-TA-C-----------------G-T-G--A---C--G-C-A-A--A-A-A-T-A--C--gacgtaaa
gi|78907                      :            GG-----GA---A---G-CAGCT--T--T-G-A---T--T-G-T-G-A----A--G-T-CA-TAA-TA-----------A---C-T-G-T-G--A---C--G---C-A--A-A-A-T-A--gggtcaaggtcgtaa
gi|78908                      :             G-----GA---A---G-C--TT--T----G-C---T--T-G-T-G-A----C--G-T-CA-TAA-Tgtagaagctaaacatt
gi|78874                      :             G-----GA---A-----C--TT--T--C-G-A---T--T-G-T-G-A----C--G-T-CA-TAC-TA-ccgtgacgcagaaaatataacgtcaagcgtagacatttcat
gi|78881                      :    taacaatatG-----AA---A---G-C--TT--T--C-C-A------T-G-T-G-G----C--G-T-CA-CAA-TA-agcgcgtgacgcaataaatataactcaatgcgataacatttgat
gi|78879                      :           taacaaagca---A---G-C--TT--T--C-GGA---T--T-G-T-G-A----C--A-T-CA-TAA-TG-CTTgaatgaagcaaaaacataaagtaaagcaca
gi|78910                      :            taaccgagataat---G-C--TC--T--C-G-A---T--T-G-T-G-A----C--G-T-CA-TAA-TA-agacgctaaaaatacaaccacaag
gi|78911                      :                             -C--TT--T--C-A-A---T--T-G-T-G-A----C--G-T-CA-TAA-gaatgaggtaaaaacacaacgtctagcgtaaacatttcgt
gi|78912                      :                                   --T--C-G-A---T--T-G-T-G-A----C--G-T-CA-TAA-TA-CTaactgtttgatgcaagacataacgcaagcataaacattt
gi|78875                      :                                           -A---T--T-A-T-G-A----C--G-T-CA-CAA-------T-C-G--AAAGTAT-G-T-G--A---C--G-T-C-A--C-A-A-T-gtgacgtaatcacttaacgtcagacataaacattgca
gi|78891                      :                                            taacgagatgggaagctatcc--G-T-CA-GAA-AAGCTTT-C-A--A---T-T-G-T-GG-A---C--G-C-C-A--T-A-A---------------------------A-----A--A-------ACATA-A------C--------G-----T-------------C-A---A-G--C-A-T-----A---A-A-CATTgctgtgatgcaaaacaacaaacttc
gi|78879                      :                                                               aacgaaatgA-TAA-TAGCTTT-C-GG-A---T-T-G-T-G--A---C--A-T-C-A--T-A-A-T-G--C--TT----A---G-ACG-CTA-----A--A-------A-----A------T--------A-------------------C-A---A-C--C-A-C-----A---A-gca
gi|78860                      :                                                                   taaccgagAA-AA-CTTT-C-G--A---T-T-G-T-G--A---C--G-T-C-A--C-A-A-T-G--C--TG----CACAG-ACG-C-A-----ATTA-------ACATATA------C--------G-----T-------------C-A---A-G--C-A-T-----A---A-T-CATTTg
gi|78882                      :                                                                 taacgaatggAA-AA-CTTT-C-A--A---T-A-G-T-G--A---C--G-T-C-A--T-A-A-T-C--C--T
gi|78869                      :                                                                 taacgagatggA-TAGCTTT-T-G--A---T-T-G-T-G--A---C--A-T-C-A--A-A-A-T-A--G--AA----T---G-ACA-C-A-----C--A-------A-----A------CATAAT---G-----T-------------C-A---A-G--C-G-T-----A---A-A-CAT
gi|78873                      :                                                                  taactagaagg-TA-TTTT-G-G--A---T-T-T-T-G--A---T--G-T-C-A--T-C-A-T-A--T--TG----T---G-ACG-C-A-----A--A-------A-----A------C--------A-----TAACGTCATGCGCGC-A---A-G--T-A-T-----A---A-A-CATgtc
gi|78868                      :                                                           taacgagatattgtaaaagcA-CTTT-C-G--A---T-T-G-T-G--A---C--G-T-C-A--T-A-A-T-A--C--TG----TC--G-A-G-C-A-----T--A-------A-----A------C--------A-----T-------------
gi|78849                      :                                                                 taacgggatgggaaA-CTTT-C-G--A---T-T-G---G--A---C--G-T-C-A--T-A-A-T-G--C--CG----T---G-ACG-C-A-----A--A-------A-----A------C--------
gi|78878                      :                                                                  taacgagatgggaA-CTTT-C-G--A---T-T-G-T-G--A--------T-C-A--T-A-A-T-A--C--TG----T-----------------------------------------C--------G---------------------G---A-G--C-A-T-----A---A-A-CATTT
gi|78874                      :                                                                 taacgggatgtgaaA-CTTT-C-G--A---T-T-G-T-G--A---C--G-T-C-A--T-A-C-T-AAGCG-CG----T---G-ACG-C-A-----AT-A-------A-----A------T--------ATAAC-T-------------C-A---ATG--CGA-T---------A-A-CATTTcgtaacaactatacaaaatt
gi|78825                      :                                                                    taacaatatgga-CTTT-C-G--A---T-T-G-T-G--A---C--G-T-C-A--T-A-A-T-A--C--TG----T---G-ATG-C-A-----A--A-------A-----A------CATAAT---G-----T-------------C-A---A-G--C-A-T-----A---A-A-CATTTgat
gi|78828                      :                                                                 taacgagatgggaag-CTTT-C-G--A---T-T-G-T-G--A---C--G-T-C-A--T-A-A-T-A--C--TG----T---G-ACG-C-A-----A--AAACAT--A-----A------C--------G-----T-------------C-A---A-G--C-A-T-----A---A-A-CATTcgt
gi|78893                      :                                                                 taatgagatggaaag-CTTT-C-G--A---T-T-G-T-G--A---C--G-T-C-A--T-A-A-T-G--C--TG----T---G-ACG-C-A-----A--AAACAT--A-----A------C--------G-----T-------------C-A---A-G--C-A-T-----A---A-A-CATTTgca
gi|78827                      :                                                                   acaagatgggaag-CTTT-C-G--A---T-T-G-T-G--A---C--G-T-C-A--T-A-A-T-G--C--CG----T---G-ACG-C-A-----A--AAACAT--A-----A------C--------G-----T-------------C-A---A-G--C-A-T-----A---A-A-CATTTcat
gi|78829                      :                                                                  taacgagatgggag-CTTT-C-G--A---T-T-G-T-G--A---T--G-C-C-A--T-A-A-T-A--C--TG----T---G-ACA-C-A-----A--AAACAT--A-----A------C--------G-----T-------------C-A---A-G--C-A-T-----A---A-A-CATTTcat
gi|78835                      :                                                              taacgagatgggattaag-CTTT-A-G--A---T-T-G-T-G--A---C--G-T-C-A--T-A-A-T-A--C--TG----T---G-ATG-C-A-----A--A-------A-----A------C--------A-----TAACGG--------C-A---A-G--C-A-T-----A---G-A-CATTcgt
gi|78903                      :                                                                 taacgggatggaaag-CTTT-C-G--A---T-T-G-T-G--A---C--G-A-C-A--T-A-A-T-A--C--TG----T---G-ACA-C-A-----A--AAACAT--A-----A------C--------G-----T-------------C-A---A-G--C-A-T-----A---A-A-CATTgca
gi|78894                      :                                                                      aaatggaaag-CTTT-C-T--A---T-T-G-T-G--A---C--G-T-C-A--T-A-A-T-A--C--TG----T---G-ACG-C-A-----A--AAACAT--A-----A------C--------G-----T-------------C-A---G-A--C-A-T-----A---A-A-CATTgca
gi|78840                      :                                                                   atgaaatggaaag-CTTT-C-G--A---T-TTG-T-G--A---C--G-T-C-A--T-A-A-T-G--C--CG----T---G-ACG-C-A-----A--A-------AATAT-A------C--------G-----T-------------C-A---A-G--C-A-T-----A---G-A-CATTTgcat
gi|78833                      :                                                                taacaaagatgggaag-CTTT-C-G--AC--T-T-G-T-G--A---C--G-T-C-A--T-A-A-T-AA-C--TG----T---G-ACA-C-A-----A--A-------A-----A------CATAAT---G-----T-------------C-A---A-G--C-A-T-----A---A-A-CATTTcat
gi|78862                      :                                                                  taacgagatgggac-CTTT-C-G--A---T-T-G-T-G--A---C--G-T-C-A--T-A-A-T-A--C--TG----T---G-ACG-C-A-----A--A-------ACTAC-A------C--------G-----T-------------C-----A-G--C-A-T---------A-A-CATcat
gi|78831                      :                                                              taacgaagcatggcaaag-CTTT-C-G--A---T-T-G-T-G--A---C--G-T-C-A--TTA-A-T-G--C--CG----T---G-ACG-C-A-----A--A-------A-----ATATAA-C--------G-----T-------------C-A---A-G--C-G-T-----A---G-A-CATTT
gi|78904                      :                                                                 taacaagatgggaag-CTTT-C-G--A---T-T-G-T-G--A---C--G-T-C-A--T-A-A-T-G--C--CG----T---G-ACG-T-A-----A--GGATAT--A-----A------C--------G-----T-------------C-A---A-G--C-G-T-----A---G-A-CATTcat
gi|78911                      :                                                                     agatgggaaag-CTTT-C-A--A---T-T-G-T-G--A---C--G-T-C-A--T-A-A-A-A--C--TGTT--T---G-ATG-C-A-----A--GACAT---A-----A------C--------G-------------------C-A---A-G--C-A-T-----A---A-A-CATTTcat
gi|78842                      :                                                                                -CTTT-T-G--A---T-T-G-T-G--A---C--G-T-C-A--T-A-A-T-G--C--C-----T---G-ACG-C-A-----A--AACAT---A-----A------C--------G-----T-------------C-A---A-G--C---T-----A---A-A-CATTT
gi|78883                      :                                                                 taacaagatgggaag-CTTT-C-G--A---C-T-T-T-G--A---C--G-T-C-A--T-A-A-T-A--C--TG----T---G-ATG-C-A-----A--A-------A-----A------CATAAT---G-----T-------------C-----A-G--C---T-----A---A-G-CATTcat
gi|78865                      :                                                                 agcgagatgggaagg-CTTT-C-T--A---T-T-G-T-G--A---C--G-T-C-A--C-A-A-T-A--C--TG----T---G-ACG-C-A-----A--A-------ACAT--A------C--------G-----T-------------C-A---A-GGTC-G-T-----A---A-
gi|78832                      :                                                               taacgtgcatgggaagc-CTTT-C-G--A---T-T-G-T-G--A---C--G-T-C-A--T-A-A-T-G--C--CG----T---G-ACG-C-A-----A--A-------A-----A------C--------A-----T-------------
gi|78843                      :                                                                 taacgagatgggaag-CTTT-C-G--A---T-T-G-T-G--A---C--G-T-C-A--T-A-A-T-G--C--CG----T-----ACG-C-A-----A--A-------A-----aac
gi|78841                      :                                                                taacagagatgggaag-CTTT-C-G--A---T-T-G-T-G--A---C--G-T-C-A--T-A-A-T-G--C--CG----T---G-ACG-C-A-----A--A-------A-----A------C--------A-----T-------------cataac
gi|78845                      :                                                                 taacgagatggaaag-CTTT-C-G--A---T-T-G-T-G--A---C--A-A-C-A--T-A-A-T-G--C--TA----T---G-ACG-C-A-----A--AAGCAT--A-----A------C--------G-----C-------------C-A---A-G--C-A-T-----A---A-C-CAaac
gi|78910                      :                                                                 taacgagatgggaag-CTCT-C-G--A---T-T-G-T-G--A---C--G-T-C-A--T-A-A-T-A--G--AA----T---G-AGG-T-A-----A--AAACAC--A-----A------C--------G-----T-------------C-T---A-G--C-G-T-----A---A-A-CATTT
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gi|78888                      :                                                                 taacgagatggaaag-CTTT-C-A--A---T-T-G-T-G--A---C--G-T-C-A--T-A-A-T-A--C--TT----T---G-ACG-T-A-----A--A-------aa
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2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|78877 ): TAACGAATGGAAAGTTTCTCAATTGCTGCTCAAATAAACTGTGACGCAAGAAACCATAACGTCAGAACATAAACTTGCAT
Unaligned ( gi|78899 ): ACGAGATGGAGCTTCGATTGTCGAGTGCATTAATGCTGACGCAAAAACATAAC






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Reference ( family-298 )      :                                  TAAC-GA-G--A-TG-G-----GAA---G-C--TTT--C-GA--T-T-GT-G-A----C-GT-CA-TAA-T--A-CTTTC-G--A-T-TG-T-G--A---C-GT-CA--T-A-A-T-A--C-C----G--T---G-A----CG-C-A-----A--A-------A------A------C--------G-----T-------------C-A---A-G--C-A-T-----A---A-A-CATTT
gi|78824                      :                                  TAAC-GA-G--A-TG-G-----GAA---G-C--TTT--C-GA--T-T-G-----------------------------TT-G--A-T----------------T-CA--T-A-A-T-G--C-C----G--T---G-A----CG-C-A-----A--A-------A------A------C--------A-----T-------------T-A---
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gi|78826                      :                                                                                                            -CTTTC-GGAA-TCTG-T-G--ATAAC-GTACA--TTA-A-T-A--C-T----G--TT--G-A----TG-C-A-----A--A-------ACGCTA-A------T--------G-----T-------------C-A---A-G--C-A-T-----A---A-A-CATTTcgt
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gi|78835                      :                                  TAAC-GG-G--A-TG-G-----AAA---G-C--TTT--A-GA--T-T-GT-G-A----C-GT-CA-TAA-T--A-CTtcat
gi|78835                      :                                                                                                            -CTTTA-G--A-T-TG-T-G--A---C-GT-CA--T-A-A-T-A--C-T----G--T---G-A----TG-C-A-----A--A-------A------A------C--------A-----TAACGG--------C-A---A-G--C-A-T-----A---G-A-CATTgtgatgcaaaaacataacggcaagcatagacattgca
gi|78836                      :                   taacgggatggaaagTAAC-GT-G--A-TG-G-----GAA---G-C--TTT--C-TA--T-T-GT-G-A----C-GT-CA-CAA-T--A-C---C-G------TG-T--------C-G--CA--T-A-A---A--C-------------------------------A--T-------A------A------C--------G-----T-------------C-A---A-G--C-A-T-----A---A-A-CATTTgca
gi|78837                      :                                  TAAA-GA-G--A-TG-G-----GAA---G-C--TTT--C-GA--T-T-GT-G-A----C-GT-CA-TAA-T--A-CTTTC-G--A-T-TG-T-G--A---C-GT-CA--T-A-A-T-A--C-T----G--T---G-A----TG-C-A-----A--A-------A------A------C--------G-----T-------------C-A---A-G--C-A-T-----A---A-A-CATTTcgt
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gi|78839                      :                                                                                                               TTC-G--A-T-TG-T-G--A---T-GT-CA--T-A-A-T-A--C-T----G--T---G-A----CG-C-A-----A--AAAACAT-A------A------C--------G-----T-------------C-A---A-G--C-A-T-----A---A-A-CATgca
gi|78840                      :                taacgagatggaacagcaTAAC-AAAG--A-TG-G-----GAA---G-C--TTT--C-GA--T-T-----------------------------------------TG-T-G--A---C-GT-CA--T-A-A-T-G--C-C----G--T---G-A----CG-C-A-----A--A-------AATAT--A------C--------G-----T-------------C-A---A-G--C-A-T-----A---G-A-CATTT
gi|78841                      :                                                                                                            -CTTTC-G--A-T-TG-T-G--A---C-GT-CA--T-A-A-T-G--C-C----G--T---G-A----CG-C-A-----A--A-------A------A------C--------A-----T-------------cat
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gi|78842                      :                                                                                                            -CTTTT-G--A-T-TG-T-G--A---C-GT-CA--T-A-A-T-G--C-C-------T---G-A----CG-C-A-----A--AACAT---A------A------C--------G-----T-------------C-A---A-G--C---T-----A---A-A-CATTTgcctgacgcaaaacataacgtcaagctaaacatttcat
gi|78843                      :                   taacaagatgggaagTAACAGA-G--A-TG-G-----GAA---G-C--TTT--C-GA--T-T-GT-G-A----C-GT-CA-TAA-T--G-Ccat
gi|78843                      :                                                                                                            -CTTTC-G--A-T-TG-T-G--A---C-GT-CA--T-A-A-T-G--C-C----G--T-----A----CG-C-A-----A--A-------A------cgtacgcaaaacataac
gi|78844                      :                  taacagagatgggaagTAAC-GA-G--A-TG-G-----AAA---G-A--TTT--C-GA--T-T-GT-G-A----T-GT-CA-TAA-A--A-C------------TG-T-G--A---C-G--CA----A-A-A-A--C-------------------------------A--T-------A------A------C--------G-----T-------------C-A---A-G--C-A-T-----A---A-cataac
gi|78845                      :                                  TAAC-GA-G--A-TG-G-----GAA---G-C--TTT--C-GA--T-T-GT-G-A----C--------AA------------------------------------CA--T-A-A-T-G--C-T----A--T---G-A----CG-C-A-----A--AAGCAT--A------A------C--------G-----C-------------C-A---A-G--C-A-T-----A---A-C-CA
gi|78846                      :                                  TAAC-GA-G--A-TG-G-----AAA---G-C--TTG--C-GA--T-------------------A-TA---------------------G-T-T--A---C-GT-TA--T-A-A-T-A--C-T----G--T---G-A----CG-C-A-----A--A-------A------G------CATAAA---G-----T-------------C-A---A-G--C-A-T-----A---A-A-CATTT
gi|78847                      :                                                                                                              TTTC-G--A-T-TG-T-T--A---C-CG-CA--T-A-A-T-A--C-T----G--T---G-A----CG-C-A-----A--AAACAT--A------A------C--------G-----T-------------C-A---A-G--C-A-T---------A-A-CATTcgt
gi|78848                      :                   taacgagatggaaagTAAC-GA-G--A-TG-G-----GAA---GCC--TTT--C-GA--T-T-GT-G-A----CAGT-CA-CAA-T--G-C------------TG-T-G--A---C-GC-CA--A-A-A------------------------------C-A-----T--A-------T------A------C--------G-----TG------------C-A---A-A--C-A-T-----A---A-T-CATTTgca
gi|78849                      :                                  TAAC-GA-G--A-TG-G-----GAA-----C--TTT--C-GA--T-T-G
gi|78849                      :                                                                                                         --A-CTTTC-G--A-T-TG---G--A---C-GT-CA--T-A-A-T-G--C-C----G--T---G-A----CG-C-A-----A--A-------A------A------C--------gacgtcataatgccgtgacgcaaaaac
gi|78850                      :                     taacgagatgggaTAAT-GA-G--A-TG-G-----AAA---G-C--TTT--C-GA--T-T-GT-G-A----C-AC-CC-TAA------------A--A-T-TG-T-G--A---C-A--CA--C-A-A-A-A--A-C----A--T--------------------------------A------A------C--------G-----T-------------C-A---A-G--C-A-T-----G---A-A-CAT
gi|78851                      :                                  TAAT-GA-G--A-TG-GC----AAA---G-C--TT---C-GA--T-T-GT-G-A----C-AC-C--TAA-A--A---TTC---------G-T-G--A---C----------------A--C---------------A----CA-C-A-----AC-AT------A------A------C--------G-----T-------------C-A---A-G--C-A-T-----G---A-gtcgt
gi|78852                      :                                  TAAC-GT-G--A-TG-G-----GAA---G-C--TTT-------------------------------------A-CT-------A-T-TG-T-G--A---C-GT-CA--C-A-A-T-A--C-C----G--T-----A----CG-C-A-----A--AAACAT--A------A------C--------G-----T-------------C-A---A-G--C-ATT-----ACCCA-A-CATTT
gi|78853                      :                                                                                                               TTC-G--A-T-TGAT-G--A---C-GT-CA--T-A-A-T-G--C-C----G--T---G-A----CG-C-A-----A--AAATACT-A------A------C--------GTTT--T-------------C-A---A-G--C-G-T-----A---G-A-CATTT
gi|78854                      :                taacaagataggaagccaTAAC-GA-G--A-TG-A-----AAA---G-C--TTT--T-GA--C-T-GT-G-A----C-A------AA-------------------------------------A--T-A-A-T-A--T-T----G--T---G-A----CA-C-A-----A--A-------A------A------C--------ATAACTT-------------C-A---A-G--C-A-T-----G---A-A-CGTTTcat
gi|78855                      :                                  TAAC-AA-G--A-TG-G-----GAA---G-C--TTT--T-GA--T-TCGT-G-A------GT-CA-TAA-T--G-C------------TG-T--------------------------------------T---G-A----CG-CAA-----A--A-------A------A------C--------A-----T-------------A-ACGGA-G--C-A-T-----A---A-ACCATTT
gi|78856                      :                                  TAAC-GA-G--A-AG-G-----AAA---G-C--TTT----GA--T-T-GT-A-A----C-GT-CA-Tcat
gi|78856                      :                                                                                                               TTT-G--A-T-TG-T-A--A---C-GT-CA--T-C-A-T-A--A-C----T--T---G-A----TG-C-A-----A--A-------A------A------CATAAT---G-----T-------------C-A---A-G--C-A-T-----A---A-T-CAATTcataacttgatgcaaaaacataatgtcaagcataatcaattcat
gi|78857                      :                  taacgagaaggaaagcTAAC--A-G--A-TG-G-----GAA---GTC--TTT--C-GA--T-T-GT-G-A----C-GT-CA-TAA-T--cat
gi|78857                      :                                                                                                            -CTTTC-G--A-T-TG-T-G--A---C-GT-CA--T-A-A-T-G--A-T----A--T---G-A-----G-C-A-----A--A-------A------gatatgagcaaaacataa
gi|78858                      :                   taacagatgggaagtTAACCGA-G--A-TG-G-----GAA---A-G--CTT--C-GA------GT-G----------------------------------T-TG-TTG--A---C-GT-C---T-A-A-T-A--C-T----G--T---G-A----AG-C-A-----A--A-------A------A------CGAAAC---G-----T-------------C-A---A-G--C-A-T-----A---A-A-CATTcataa
gi|78859                      :                                  TAAC-GA-G--A-TG-GA----GAA---G-C--TT---C-GA--T-T--T-G-A----C-------------------------------------A---G-GT-CA--T-A-A-T-G--C-C----A--T---G-A----CG-C-A-----A--ATATAT--A------A------C--------G-----T-------------C-A---A-G--C-A-T-----AG--A-A-CATTgca
gi|78860                      :                                  TAAC-GA----A-TG-G-----AAA---A-C--TTT--C-GA--T-T-GT-G-A----C-GT-CA-cat
gi|78860                      :                                                                                                     AA-A--A-CTTTC-G--A-T-TG-T-G--A---C-GT-CA--C-A-A-T-G--C-T----G--CACAG-A----CG-C-A-----ATTA-------ACATAT-A------C--------G-----T-------------C-A---A-G--C-A-T-----A---A-T-CATTTcaatgctgcacagacgcaattaacatatacgtcaagcataatcattt
gi|78861                      :                        taacgaatggTAAC-GA-A--A-TG-G-----AAA---G-C--TTT--T--A--TAT-GT-G-A----C-GT-CA-TAA-T--A-CT----G-------G-T-G--A---C-A--CA--C---A-T-A--C-------------------------------A--T-------A------A------C--------G-----T-------------C-A---G-A--C-A-T-----AG--A-A-CATT
gi|78862                      :                                  TAAC-GA-AGCA-TG-GC----AAA---G-C--TTT--C-GA--T-T-GT-G-A----C-GT-CA-TAA-T--A-CTgcat
gi|78862                      :                                                                                                            -CTTTC-G--A-T-TG-T-G--A---C-GT-CA--T-A-A-T-A--C-T----G--T---G-A----CG-C-A-----A--A-------ACTAC--A------C--------G-----T-------------C-----A-G--C-A-T---------A-A-CATgtgacgcaaaactacacgtcagcataacat
gi|78863                      :                taacgaagcatggcaaagTAAC-GA-G--A-TG-G-----AAA---G-C--TTT--C-GA--T-T-GT-G-A----C-GT-CA-TA-------------------------------------------A-A-T-G--C-C----G--T---G-A----CGCC-A-----A--A-------A------A------C--------A-----T-------------
gi|78864                      :                                  TAAC-AA-G--A-TG-G-----GAT---G-C--TTT--C-GA--T-T-GT-G-T----C-GT-----------------------------------------T-CA--T-A-A-T-G--C-C----G--TG--G-A----CG-C-A-----A--A-------ATATT--A------C--------G-----T-------------C-A---A-G--C-A-TTG---A---G-A-CATCTaa
gi|78865                      :                                  TAAC-GT-GC-A-TG-G-----GAA---G-CC-TTT--C-TA--T-T-GT-G-A----C-GT-CA-CAA-T--A-CTc
gi|78865                      :                                                                                                            -CTTTC-T--A-T-TG-T-G--A---C-GT-CA--C-A-A-T-A--C-T----G--T---G-A----CG-C-A-----A--A-------ACAT---A------C--------G-----T-------------C-A---A-GGTC-G-T-----A---A-gtgacgcaaaacatacgtcaaggtcgtaa
gi|78866                      :                                                                                              taacgtgcatgggaagcTTC-T--A-T-TG-T-GGAA---C-GT-CA--C-ATA-T-A--C-C----G--T---G-A----CG-C-A-----A--AAAACAATA------A------C--------G-----T-------------C-A---A-G--C---T-----A---A-A-CATTT
gi|78867                      :                taacgtgaaatggaaagcTAAC-GA-G--A-TG-G-----GAA---G-C--TTT--C-GA--T-T-GT-G-A----C-G--CACTAA-T--G-C---C-G------TA-C-G--------GG-CA----A-A---A--C-T----A--T------------------------A-------A------A------C--------G-----T-------------T-A---AGG--C-A-T-----A---AGA-CATTT
gi|78868                      :                                  TAAC-GG-G--A-TG-G-----GAA---A-C--TTT--C-GA--T-T-GT-G-A----C-GT-CA-TAA-T--A-CTGTC-G--A-
gi|78868                      :                                                                                                         --A-CTTTC-G--A-T-TG-T-G--A---C-GT-CA--T-A-A-T-A--C-T----G--TC--G-A-----G-C-A-----T--A-------A------A------C--------A-----T-------------gcataaacat
gi|78869                      :                    taacgggatgggaaTAAC-TA-G--A-AG-G-----ATA---G-C--TTT--T-GA--T-T-GT-G-A----C-AT-CA-
gi|78869                      :                                                                                                      A-T--AGCTTTT-G--A-T-TG-T-G--A---C-AT-CA--A-A-A-T-A--G-A----A--T---G-A----CA-C-A-----C--A-------A------A------CATAAT---G-----T-------------C-A---A-G--C-G-T-----A---A-A-CATaaatagaatgacacacaaacataatgtcaagcgtaaacatgtc
gi|78870                      :                       taactagaaggTAAC-GA-G--A-CT-G-----GAA---T-C--TT---C-GA--T-T-GT-G-ATCATC-AT-TA-TAA-T--A-CTT-----------G-T-G--A---C-GC-AA--T-A---T-A--T-------------------------A-----A--T-------A------A------C--------G-----T-------------C-A---A-G--C-A-T-----A---A-A-CATgtc
gi|78871                      :                                  TAAC-GA-G--A-TG-G-----GAA---G-C---TT--C-GAC-T-T-GT-G-A----C-GT-CATTAA-T----------G--G-C-CG-T-G--A---C-GC-CA--A-A-A-A-A--C-
gi|78872                      :                                  TAAC-AA-G--A-TG-G-----GCA---G-C--TGT--C-GA--TGT-TT-G-AT---C-GT-CA-TAA-ataac
gi|78873                      :                                                                                                       -T--A-TTTTG-G--A-T-TT-T-G--A---T-GT-CA--T-C-A-T-A--T-T----G--T---G-A----CG-C-A-----A--A-------A------A------C--------A-----TAACGTCATGCGCGC-A---A-G--T-A-T-----A---A-A-CATctgcacctgacgcaaaaaacataactaagcatcaaaattcat
gi|78874                      :              taacgagatattgtaaaagcTAAC-AA-T--A-TG-G-----AA------C--TTT--C-GA--T-T-GT-G-A----C-GT-CA-TAC-T--A-
gi|78874                      :                                                                                                         --A-CTTTC-G--A-T-TG-T-G--A---C-GT-CA--T-A-C-T-AAGCGC----G--T---G-A----CG-C-A-----AT-A-------A------A------T--------ATAAC-T-------------C-A---ATG--CGA-T---------A-A-CATTTagcgcgtgacgcaataaatataactcaatgcgataacatttgat
gi|78875                      :                      taacaatatggaTAAC-GA-G--A-TG-G-----GAA---G-C--TAT--C-CA--T-T-GT-G-A----C-GT-CA-CA--T--A-CTTTC-G--A-T-TG-T-G--A---C-GT-CA--T-A-A-T-G--C-T----G--T---G-A----TG-C-A-----A--A-------A------gat
gi|78876                      :                                                                                                                                --A---C-GT-CA--T-A-AAT-A--C-T-------T---G-A----CG-C-A-----A--A-------AAACAATA------C--------G-----T-------------CAA---A-G--C-A-T-----A---A-A-CATTTcaacaaacttc
gi|78878                      : taacgaatgggaaaaaagctacgatttgtatgaTAAC-GG-G--A-TG-T-----GAA---A-C--TTT--C-GA--T-T-GT-G-A-------T-CA-TAA-T--A-CTGTC-G--
gi|78878                      :                                                                                                         --A-CTTTC-G--A-T-TG-T-G--A------T-CA--T-A-A-T-A--C-T----G--T----------CG-----------------------------------------------------------------G---A-G--C-A-T-----A---A-A-CATTTgagcataaacatttcgtaacaactatacaaaatt
gi|78879                      :                                                                                    taacgggatgtgaaA-TAA-T--AGCTTTC-GG-A-T-TG-T-G--A---C-AT-CA--T-A-A-T-G--C-T----T--A---G-A----CG-CTA-----A--A-------A------A------T--------A-------------------C-A---A-C--C-A-C-----A---A-cgtaacaactatacaaaatt
gi|78880                      :                          taaccgagTAAC-AA-G--A-TG-G-----AAA---G-C--TTT--C-GA--T-T-GT-G-A-------T-AA-TAA-T--g
gi|78881                      :                                  TAAC-AA-A--G-CA-G-----AAA---G-C--TTT--C-CA----T-GT-G-G----C-GT-CA-CAA-T--A-gtgaagataaaacatagaagtaagatgtcaacaacaaaca
gi|78881                      :                                                                                                            -CTTTC-C--A-T--G-T-G--G---C-GT-CA--C-A-A-T-A--G-A----A--T---G-A----AG-C-A-----A--A-------A------A------C--------A-----T-------------A-A---A-G--T-A-------A---A-G-CAgaatgaagcaaaaacataaagtaaagcaca
gi|78882                      :                   taacaaagcagaaagTAAC-GA-G--A-TG-G-----AAA---A-C--TTT--C-AA--T-A-GT-G-A----C-GT-CA-TAA-T--C-CTca
gi|78883                      :                                   AGC-GA-G--A-TG-G-----GAA---GGC--TTT--C-GA--C-T-TT-G-A----C-GT-CA-TAA-T--A-CT
gi|78883                      :                                                                                                            -CTTTC-G--A-C-TT-T-G--A---C-GT-CA--T-A-A-T-A--C-T----G--T---G-A----TG-C-A-----A--A-------A------A------CATAAT---G-----T-------------C-----A-G--C---T-----A---A-G-CATTgtgatgcaaaaacataatgtcagctaagcatt
gi|78884                      :                    agcgagatgggaaggAAC-GT-G--A-TG-G-----GAA---G-C--TTT--C-TA--T-T-GT-GTA----C-GT-CA-
gi|78884                      :                                                                                                            -CTTTC-T--A-T-TG-T-GT-A---C-GT-CA--C-A---T-A--C-C----G--T---G-A----CG-C-A-----A--C-------ACAT---A------A--------G-----T-------------C-A---A-G--C-A-T-----A---A-A-CAGTTcataccgtgacgcaacacataagtcaagcataaacagttttcgt
gi|78885                      :                     aacgtgatgggaagAAT-GA-G--A-CG-G-----AAA---G-C--TTT--C-AA--T-T-AT-G-A----C-AT-CA-TAA-T--A-ttcgt
gi|78885                      :                                                                                                            -CTTTC-A--A-T-TA-T-G--A---C-AT-CA--T-A-A-T-A--G-A----A--T---G-A----GG-C-A-----A--A-------A------A------C--------GTAACAT-------------C-A---A-G--G-G-T-----A---A-A-CATTTgaatgaggcaaaaacgtaacatcaagggtaaacattt
gi|78886                      :                     aatgagacggaaagAAC-GA-G--A-CG-G-----AAA---G-C--TTT--C-GA--T-T-GT-G-A----C-GT-CA-TAA-T--A-
gi|78886                      :                                                                                                            -CTTTC-G--A-T-TG-T-G--A---C-GT-CA--T-A-A-T-A--G-A----A--T---G-A----GG-C-AAATATA--A-------A------A------C--------G-----T-------------C-A---A-A--C-G-T-----gaatgaggcaaatataaaacgtcaaacgt
gi|78887                      :                     aacgagacggaaagAAC-GA-G----TG-G-----GAAA--G-C--TTT--C-GATGT-T-GT-G-A----C-GT-CA-CAA---------TT-G--G-C-CGTT-G--A---C-GC-CA--A-A-A----------------------A----CA-C------------------A------A------C--------G-----T-------------C-A---A-A--C-A-T---------A-A-TATTT
gi|78888                      :                                   AAC-GA-T--T-TG-G-----AAA---G-C--TTT--C-AA--T-T-GT-G-A----C-GT-CA-TAA-T--A-CTTT
gi|78888                      :                                                                                                            -CTTTC-A--A-T-TG-T-G--A---C-GT-CA--T-A-A-T-A--C-T----T--T---G-A----CG-T-A-----A--A-------gacgtaaa
gi|78889                      :                     aacgatttggaaagAAC-GT-G--AATG-G-----GAA---G-CC-TTT--CTGA--T-T-GT-G-A----C-GT-CA-AAA-C--A-C
gi|78889                      :                                                                                                            -CTTTCTG--A-T-TG-T-G--A---C-GT-CA--A-A-A-C-A--C-CAGGGG--T---G-A----CG-C-G-----A--AAAACAATA------A------C--------G-----T-------------C-A---A-GC-C-A-T-----C---A-A-CATcaggggtgacgcgaaaaacaataacgtcaagccatcaacatattat
gi|78890                      :                                                                                                       aacgtgaatgggaagc-T-TG-T-G--A---CTGT-CACCT-A-A-T-A--C-T----GC-T---G-A----CT-C-A-----A--A-------ACATA--A------C--------G-----T-------------C-A---A-G--C-A-CACATAA---A-A-CATTattat
gi|78891                      :           aacgcagatggagaagcatctgagAAC-GA-A--A-TG-GTCAGAAAA---G-C--TTT--C-AA--T-T-GTGG-A----C-GC-CA-TAA-gca
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gi|78895                      :                       atgaaatggaaagAC-GA-G--A-TG-G------AA---G-C--TTT--C-GA--T-T-GT-G-A----C-GT-CA-TAA-gcat
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gi|78897                      :                                    AC-GATG--A-TG-G-----GAA---G-C--TTTGTC-GA--T-T-GT-G-----------------------------------------G--A---C-GT-CA--T-A-A-C-G--C-C----GG-T---G-A----CG-C-A-----A--A-------A------A------C--------A-----T-------------cataac
gi|78898                      :                                    AC-GA-G--A-TG-G-----AAA---G-C--TTT--C-GA--TCT-GT-G-A----C-ATCCA-TAA-T--A-Caac
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gi|78901                      :                                                                                                                         -TG-T-G--A---A-CT-CA--T-A-A-T-G--C-C----G--T---G-A----CG-C-AAAAT-A--A-------A------A------C--------G-----T-------------C-A---A-G--C-GTT-----A---G-G-CATT
gi|78902                      :           acaaggtataggaagctatcgagtcaC-GA-G--A-TG-G-----AAA---G-C--TTT--C-GA--T-T-G--G-A----T-GT-CA-TAAGT--A-C----------T-TG-T-G--A---C-GT-AA--A-A-A-C-A---------G--T------------------------A-------A------T------C--------G-----T-------------C-A---A-G--C-A-T-----A---A-A-CATcat
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gi|78904                      :                                                                                                  aaatggaaag-CTTTC-G--A-T-TG-T-G--A---C-GT-CA--T-A-A-T-G--C-C----G--T---G-A----CG-T-A-----A--GGATAT--A------A------C--------G-----T-------------C-A---A-G--C-G-T-----A---G-A-CATTgca
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gi|78908                      :                                                                                                               TTT-G--C-T-TG-T-G--A---C-GT-CA--T-A-A-T----C-C----G--T---G-A----CG-C-A-----G--A-------A------AATATAAC--------G-----T-------------C-A---A-G--C-G-T-----A---G-A-CATTTccgtgacgcagaaaatataacgtcaagcgtagacatttcat
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|78877 ): TAACGAATGGAAAGTTTCTCAATTGCTGCTCAAATAAACTGTGACGCAAGAAACCATAACGTCAGAACATAAACTTGCAT






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Reference ( family-298 )      :                                  TAAC-GA-G--A-TG-G-----GAA---G-C--TTT--C-GA--T-T-GT-G-A----C-GT-CA-TAA-T--A-CTTTC-G--A-T-TG-T-G--A---C-GT-CA--T-A-A-T-A--C-C----G--T---G-A----CG-C-A-----A--A-------A------A------C--------G-----T-------------C-A---A-G--C-A-T-----A---A-A-CATTT
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gi|78829                      :                                                                                             taatgagatggaaag-CTTTC-G--A-T-TG-T-G--A---T-GC-CA--T-A-A-T-A--C-T----G--T---G-A----CA-C-A-----A--AAACAT--A------A------C--------G-----T-------------C-A---A-G--C-A-T-----A---A-A-CATTTgca
gi|78830                      :                taacgagatgggattaagTAAC-GA-G--A-TG-G-----GAA---G-C--TTT--C-GA--T-T-GT-G-A----C-GT-CA-CAA-T--G-C------------TG-T-G--A---C-G--CA----A-A-A-A--C-------------------------------A--T-------A------A------C--------G-----T-------------C-A---A-A--C-A-T-----A---A-T-CATTTcgt
gi|78831                      :                                  TAAC-AA-G--A-TG-G-----GAA---G-C--TTT--C-GA--T-T-GT-G-A----C-GT-CA-T------------------------------------------T-A-A-T-G--C-C----G--T---G-A----CG-C-A-----A--AAATAT--A------A------C--------G-----T-------------C-A---A-G--C-G-T-----A---G-A-CATTTtcat
gi|78832                      :                                  TAAC-GA-G--A-TG-G-----GAA---G----------------------------------------------CTTTC-G--A-T-TG-T-G--A---C-GT-CA--T-A-A-T-G--C-C----G--T---G-A----CG-C-A-----A--A-------A------A------C--------A-----T-------------cat
gi|78833                      :                                  TAAC-GA-G--A-TG-G-----G-A---C-C--TTT--C-GAC-T-T-GT-G-A----C-GT-CA-TAA-T--A-aac
gi|78833                      :                                                                                                            -CTTTC-G--ACT-TG-T-G--A---C-GT-CA--T-A-A-T-AA-C-T----G--T---G-A----CA-C-A-----A--A-------A------A------CATAAT---G-----T-------------C-A---A-G--C-A-T-----A---A-A-CATTTactgtgacacaaaaacataatgtcaagcataaacatttcat
gi|78834                      :                    taacgagatgggacTAAC-GA-G--A-TG-A-----GAA---G-C--TTT--C-GA--T-T-GT-G-A----C-GT-CA----------------------------------------CA--T-T-A-T-G--C-T----G--T---G-A----CG-C-A-----A--AAACAT--A------A------C--------G-----T-------------C-A---A-A--C-A-T-----A---A-T-CATTTcat
gi|78835                      :                                  TAAC-GG-G--A-TG-G-----AAA---G-C--TTT--A-GA--T-T-GT-G-A----C-GT-CA-TAA-T--A-CTtcat
gi|78835                      :                                                                                                            -CTTTA-G--A-T-TG-T-G--A---C-GT-CA--T-A-A-T-A--C-T----G--T---G-A----TG-C-A-----A--A-------A------A------C--------A-----TAACGG--------C-A---A-G--C-A-T-----A---G-A-CATTgtgatgcaaaaacataacggcaagcatagacattgca
gi|78836                      :                   taacgggatggaaagTAAC-GT-G--A-TG-G-----GAA---G-C--TTT--C-TA--T-T-GT-G-A----C-GT-CA-CAA-T--A-C---C-G------TG-T--------C-G--CA--T-A-A---A--C-------------------------------A--T-------A------A------C--------G-----T-------------C-A---A-G--C-A-T-----A---A-A-CATTTgca
gi|78837                      :                                  TAAA-GA-G--A-TG-G-----GAA---G-C--TTT--C-GA--T-T-GT-G-A----C-GT-CA-TAA-T--A-CTTTC-G--A-T-TG-T-G--A---C-GT-CA--T-A-A-T-A--C-T----G--T---G-A----TG-C-A-----A--A-------A------A------C--------G-----T-------------C-A---A-G--C-A-T-----A---A-A-CATTTcgt
gi|78838                      :                                  TAAA-GA-G--A-TG-G-----AAA---G-C--TTT--C-GA--T-T-GT-G-A----C-AT-TA-TAA-T--A-C------------TG-T-G--A---C-G--CA----A-A-T-A--C-------------------------------A--T-------A------A------C--------G-----T-------------C-A---A-A--C-A-T-----A---A-A-CATT
gi|78839                      :                                                                                                               TTC-G--A-T-TG-T-G--A---T-GT-CA--T-A-A-T-A--C-T----G--T---G-A----CG-C-A-----A--AAAACAT-A------A------C--------G-----T-------------C-A---A-G--C-A-T-----A---A-A-CATgca
gi|78840                      :                taacgagatggaacagcaTAAC-AAAG--A-TG-G-----GAA---G-C--TTT--C-GA--T-T-----------------------------------------TG-T-G--A---C-GT-CA--T-A-A-T-G--C-C----G--T---G-A----CG-C-A-----A--A-------AATAT--A------C--------G-----T-------------C-A---A-G--C-A-T-----A---G-A-CATTT
gi|78841                      :                                                                                                            -CTTTC-G--A-T-TG-T-G--A---C-GT-CA--T-A-A-T-G--C-C----G--T---G-A----CG-C-A-----A--A-------A------A------C--------A-----T-------------cat
gi|78842                      :                   taacgagatggaaagTAAC-AA-G--A-TG-G-----GAA---G-C--TTT--T-GA--T-T-GT-G-A----C-GT-CA-TAA-T--aac
gi|78842                      :                                                                                                            -CTTTT-G--A-T-TG-T-G--A---C-GT-CA--T-A-A-T-G--C-C-------T---G-A----CG-C-A-----A--AACAT---A------A------C--------G-----T-------------C-A---A-G--C---T-----A---A-A-CATTTgcctgacgcaaaacataacgtcaagctaaacatttcat
gi|78843                      :                   taacaagatgggaagTAACAGA-G--A-TG-G-----GAA---G-C--TTT--C-GA--T-T-GT-G-A----C-GT-CA-TAA-T--G-Ccat
gi|78843                      :                                                                                                            -CTTTC-G--A-T-TG-T-G--A---C-GT-CA--T-A-A-T-G--C-C----G--T-----A----CG-C-A-----A--A-------A------cgtacgcaaaacataac
gi|78844                      :                  taacagagatgggaagTAAC-GA-G--A-TG-G-----AAA---G-A--TTT--C-GA--T-T-GT-G-A----T-GT-CA-TAA-A--A-C------------TG-T-G--A---C-G--CA----A-A-A-A--C-------------------------------A--T-------A------A------C--------G-----T-------------C-A---A-G--C-A-T-----A---A-cataac
gi|78845                      :                                  TAAC-GA-G--A-TG-G-----GAA---G-C--TTT--C-GA--T-T-GT-G-A----C--------AA------------------------------------CA--T-A-A-T-G--C-T----A--T---G-A----CG-C-A-----A--AAGCAT--A------A------C--------G-----C-------------C-A---A-G--C-A-T-----A---A-C-CA
gi|78846                      :                                  TAAC-GA-G--A-TG-G-----AAA---G-C--TTG--C-GA--T-------------------A-TA---------------------G-T-T--A---C-GT-TA--T-A-A-T-A--C-T----G--T---G-A----CG-C-A-----A--A-------A------G------CATAAA---G-----T-------------C-A---A-G--C-A-T-----A---A-A-CATTT
gi|78847                      :                                                                                                              TTTC-G--A-T-TG-T-T--A---C-CG-CA--T-A-A-T-A--C-T----G--T---G-A----CG-C-A-----A--AAACAT--A------A------C--------G-----T-------------C-A---A-G--C-A-T---------A-A-CATTcgt
gi|78848                      :                   taacgagatggaaagTAAC-GA-G--A-TG-G-----GAA---GCC--TTT--C-GA--T-T-GT-G-A----CAGT-CA-CAA-T--G-C------------TG-T-G--A---C-GC-CA--A-A-A------------------------------C-A-----T--A-------T------A------C--------G-----TG------------C-A---A-A--C-A-T-----A---A-T-CATTTgca
gi|78849                      :                                  TAAC-GA-G--A-TG-G-----GAA-----C--TTT--C-GA--T-T-G
gi|78849                      :                                                                                                         --A-CTTTC-G--A-T-TG---G--A---C-GT-CA--T-A-A-T-G--C-C----G--T---G-A----CG-C-A-----A--A-------A------A------C--------gacgtcataatgccgtgacgcaaaaac
gi|78850                      :                     taacgagatgggaTAAT-GA-G--A-TG-G-----AAA---G-C--TTT--C-GA--T-T-GT-G-A----C-AC-CC-TAA------------A--A-T-TG-T-G--A---C-A--CA--C-A-A-A-A--A-C----A--T--------------------------------A------A------C--------G-----T-------------C-A---A-G--C-A-T-----G---A-A-CAT
gi|78851                      :                                  TAAT-GA-G--A-TG-GC----AAA---G-C--TT---C-GA--T-T-GT-G-A----C-AC-C--TAA-A--A---TTC---------G-T-G--A---C----------------A--C---------------A----CA-C-A-----AC-AT------A------A------C--------G-----T-------------C-A---A-G--C-A-T-----G---A-gtcgt
gi|78852                      :                                  TAAC-GT-G--A-TG-G-----GAA---G-C--TTT-------------------------------------A-CT-------A-T-TG-T-G--A---C-GT-CA--C-A-A-T-A--C-C----G--T-----A----CG-C-A-----A--AAACAT--A------A------C--------G-----T-------------C-A---A-G--C-ATT-----ACCCA-A-CATTT
gi|78853                      :                                                                                                               TTC-G--A-T-TGAT-G--A---C-GT-CA--T-A-A-T-G--C-C----G--T---G-A----CG-C-A-----A--AAATACT-A------A------C--------GTTT--T-------------C-A---A-G--C-G-T-----A---G-A-CATTT
gi|78854                      :                taacaagataggaagccaTAAC-GA-G--A-TG-A-----AAA---G-C--TTT--T-GA--C-T-GT-G-A----C-A------AA-------------------------------------A--T-A-A-T-A--T-T----G--T---G-A----CA-C-A-----A--A-------A------A------C--------ATAACTT-------------C-A---A-G--C-A-T-----G---A-A-CGTTTcat
gi|78855                      :                                  TAAC-AA-G--A-TG-G-----GAA---G-C--TTT--T-GA--T-TCGT-G-A------GT-CA-TAA-T--G-C------------TG-T--------------------------------------T---G-A----CG-CAA-----A--A-------A------A------C--------A-----T-------------A-ACGGA-G--C-A-T-----A---A-ACCATTT
gi|78856                      :                                  TAAC-GA-G--A-AG-G-----AAA---G-C--TTT----GA--T-T-GT-A-A----C-GT-CA-Tcat
gi|78856                      :                                                                                                               TTT-G--A-T-TG-T-A--A---C-GT-CA--T-C-A-T-A--A-C----T--T---G-A----TG-C-A-----A--A-------A------A------CATAAT---G-----T-------------C-A---A-G--C-A-T-----A---A-T-CAATTcataacttgatgcaaaaacataatgtcaagcataatcaattcat
gi|78857                      :                  taacgagaaggaaagcTAAC--A-G--A-TG-G-----GAA---GTC--TTT--C-GA--T-T-GT-G-A----C-GT-CA-TAA-T--cat
gi|78857                      :                                                                                                            -CTTTC-G--A-T-TG-T-G--A---C-GT-CA--T-A-A-T-G--A-T----A--T---G-A-----G-C-A-----A--A-------A------gatatgagcaaaacataa
gi|78858                      :                   taacagatgggaagtTAACCGA-G--A-TG-G-----GAA---A-G--CTT--C-GA------GT-G----------------------------------T-TG-TTG--A---C-GT-C---T-A-A-T-A--C-T----G--T---G-A----AG-C-A-----A--A-------A------A------CGAAAC---G-----T-------------C-A---A-G--C-A-T-----A---A-A-CATTcataa
gi|78859                      :                                  TAAC-GA-G--A-TG-GA----GAA---G-C--TT---C-GA--T-T--T-G-A----C-------------------------------------A---G-GT-CA--T-A-A-T-G--C-C----A--T---G-A----CG-C-A-----A--ATATAT--A------A------C--------G-----T-------------C-A---A-G--C-A-T-----AG--A-A-CATTgca
gi|78860                      :                                  TAAC-GA----A-TG-G-----AAA---A-C--TTT--C-GA--T-T-GT-G-A----C-GT-CA-cat
gi|78860                      :                                                                                                     AA-A--A-CTTTC-G--A-T-TG-T-G--A---C-GT-CA--C-A-A-T-G--C-T----G--CACAG-A----CG-C-A-----ATTA-------ACATAT-A------C--------G-----T-------------C-A---A-G--C-A-T-----A---A-T-CATTTcaatgctgcacagacgcaattaacatatacgtcaagcataatcattt
gi|78861                      :                        taacgaatggTAAC-GA-A--A-TG-G-----AAA---G-C--TTT--T--A--TAT-GT-G-A----C-GT-CA-TAA-T--A-CT----G-------G-T-G--A---C-A--CA--C---A-T-A--C-------------------------------A--T-------A------A------C--------G-----T-------------C-A---G-A--C-A-T-----AG--A-A-CATT
gi|78862                      :                                  TAAC-GA-AGCA-TG-GC----AAA---G-C--TTT--C-GA--T-T-GT-G-A----C-GT-CA-TAA-T--A-CTgcat
gi|78862                      :                                                                                                            -CTTTC-G--A-T-TG-T-G--A---C-GT-CA--T-A-A-T-A--C-T----G--T---G-A----CG-C-A-----A--A-------ACTAC--A------C--------G-----T-------------C-----A-G--C-A-T---------A-A-CATgtgacgcaaaactacacgtcagcataacat
gi|78863                      :                taacgaagcatggcaaagTAAC-GA-G--A-TG-G-----AAA---G-C--TTT--C-GA--T-T-GT-G-A----C-GT-CA-TA-------------------------------------------A-A-T-G--C-C----G--T---G-A----CGCC-A-----A--A-------A------A------C--------A-----T-------------
gi|78864                      :                                  TAAC-AA-G--A-TG-G-----GAT---G-C--TTT--C-GA--T-T-GT-G-T----C-GT-----------------------------------------T-CA--T-A-A-T-G--C-C----G--TG--G-A----CG-C-A-----A--A-------ATATT--A------C--------G-----T-------------C-A---A-G--C-A-TTG---A---G-A-CATCTaa
gi|78865                      :                                  TAAC-GT-GC-A-TG-G-----GAA---G-CC-TTT--C-TA--T-T-GT-G-A----C-GT-CA-CAA-T--A-CTc
gi|78865                      :                                                                                                            -CTTTC-T--A-T-TG-T-G--A---C-GT-CA--C-A-A-T-A--C-T----G--T---G-A----CG-C-A-----A--A-------ACAT---A------C--------G-----T-------------C-A---A-GGTC-G-T-----A---A-gtgacgcaaaacatacgtcaaggtcgtaa
gi|78866                      :                                                                                              taacgtgcatgggaagcTTC-T--A-T-TG-T-GGAA---C-GT-CA--C-ATA-T-A--C-C----G--T---G-A----CG-C-A-----A--AAAACAATA------A------C--------G-----T-------------C-A---A-G--C---T-----A---A-A-CATTT
gi|78867                      :                taacgtgaaatggaaagcTAAC-GA-G--A-TG-G-----GAA---G-C--TTT--C-GA--T-T-GT-G-A----C-G--CACTAA-T--G-C---C-G------TA-C-G--------GG-CA----A-A---A--C-T----A--T------------------------A-------A------A------C--------G-----T-------------T-A---AGG--C-A-T-----A---AGA-CATTT
gi|78868                      :                                  TAAC-GG-G--A-TG-G-----GAA---A-C--TTT--C-GA--T-T-GT-G-A----C-GT-CA-TAA-T--A-CTGTC-G--A-
gi|78868                      :                                                                                                         --A-CTTTC-G--A-T-TG-T-G--A---C-GT-CA--T-A-A-T-A--C-T----G--TC--G-A-----G-C-A-----T--A-------A------A------C--------A-----T-------------gcataaacat
gi|78869                      :                    taacgggatgggaaTAAC-TA-G--A-AG-G-----ATA---G-C--TTT--T-GA--T-T-GT-G-A----C-AT-CA-
gi|78869                      :                                                                                                      A-T--AGCTTTT-G--A-T-TG-T-G--A---C-AT-CA--A-A-A-T-A--G-A----A--T---G-A----CA-C-A-----C--A-------A------A------CATAAT---G-----T-------------C-A---A-G--C-G-T-----A---A-A-CATaaatagaatgacacacaaacataatgtcaagcgtaaacatgtc
gi|78870                      :                       taactagaaggTAAC-GA-G--A-CT-G-----GAA---T-C--TT---C-GA--T-T-GT-G-ATCATC-AT-TA-TAA-T--A-CTT-----------G-T-G--A---C-GC-AA--T-A---T-A--T-------------------------A-----A--T-------A------A------C--------G-----T-------------C-A---A-G--C-A-T-----A---A-A-CATgtc
gi|78871                      :                                  TAAC-GA-G--A-TG-G-----GAA---G-C---TT--C-GAC-T-T-GT-G-A----C-GT-CATTAA-T----------G--G-C-CG-T-G--A---C-GC-CA--A-A-A-A-A--C-
gi|78872                      :                                  TAAC-AA-G--A-TG-G-----GCA---G-C--TGT--C-GA--TGT-TT-G-AT---C-GT-CA-TAA-ataac
gi|78873                      :                                                                                                       -T--A-TTTTG-G--A-T-TT-T-G--A---T-GT-CA--T-C-A-T-A--T-T----G--T---G-A----CG-C-A-----A--A-------A------A------C--------A-----TAACGTCATGCGCGC-A---A-G--T-A-T-----A---A-A-CATctgcacctgacgcaaaaaacataactaagcatcaaaattcat
gi|78874                      :              taacgagatattgtaaaagcTAAC-AA-T--A-TG-G-----AA------C--TTT--C-GA--T-T-GT-G-A----C-GT-CA-TAC-T--A-
gi|78874                      :                                                                                                         --A-CTTTC-G--A-T-TG-T-G--A---C-GT-CA--T-A-C-T-AAGCGC----G--T---G-A----CG-C-A-----AT-A-------A------A------T--------ATAAC-T-------------C-A---ATG--CGA-T---------A-A-CATTTagcgcgtgacgcaataaatataactcaatgcgataacatttgat
gi|78875                      :                      taacaatatggaTAAC-GA-G--A-TG-G-----GAA---G-C--TAT--C-CA--T-T-GT-G-A----C-GT-CA-CA--T--A-CTTTC-G--A-T-TG-T-G--A---C-GT-CA--T-A-A-T-G--C-T----G--T---G-A----TG-C-A-----A--A-------A------gat
gi|78876                      :                                                                                                                                --A---C-GT-CA--T-A-AAT-A--C-T-------T---G-A----CG-C-A-----A--A-------AAACAATA------C--------G-----T-------------CAA---A-G--C-A-T-----A---A-A-CATTTcaacaaacttc
gi|78878                      : taacgaatgggaaaaaagctacgatttgtatgaTAAC-GG-G--A-TG-T-----GAA---A-C--TTT--C-GA--T-T-GT-G-A-------T-CA-TAA-T--A-CTGTC-G--
gi|78878                      :                                                                                                         --A-CTTTC-G--A-T-TG-T-G--A------T-CA--T-A-A-T-A--C-T----G--T----------CG-----------------------------------------------------------------G---A-G--C-A-T-----A---A-A-CATTTgagcataaacatttcgtaacaactatacaaaatt
gi|78879                      :                                                                                    taacgggatgtgaaA-TAA-T--AGCTTTC-GG-A-T-TG-T-G--A---C-AT-CA--T-A-A-T-G--C-T----T--A---G-A----CG-CTA-----A--A-------A------A------T--------A-------------------C-A---A-C--C-A-C-----A---A-cgtaacaactatacaaaatt
gi|78880                      :                          taaccgagTAAC-AA-G--A-TG-G-----AAA---G-C--TTT--C-GA--T-T-GT-G-A-------T-AA-TAA-T--g
gi|78881                      :                                  TAAC-AA-A--G-CA-G-----AAA---G-C--TTT--C-CA----T-GT-G-G----C-GT-CA-CAA-T--A-gtgaagataaaacatagaagtaagatgtcaacaacaaaca
gi|78881                      :                                                                                                            -CTTTC-C--A-T--G-T-G--G---C-GT-CA--C-A-A-T-A--G-A----A--T---G-A----AG-C-A-----A--A-------A------A------C--------A-----T-------------A-A---A-G--T-A-------A---A-G-CAgaatgaagcaaaaacataaagtaaagcaca
gi|78882                      :                   taacaaagcagaaagTAAC-GA-G--A-TG-G-----AAA---A-C--TTT--C-AA--T-A-GT-G-A----C-GT-CA-TAA-T--C-CTca
gi|78883                      :                                   AGC-GA-G--A-TG-G-----GAA---GGC--TTT--C-GA--C-T-TT-G-A----C-GT-CA-TAA-T--A-CT
gi|78883                      :                                                                                                            -CTTTC-G--A-C-TT-T-G--A---C-GT-CA--T-A-A-T-A--C-T----G--T---G-A----TG-C-A-----A--A-------A------A------CATAAT---G-----T-------------C-----A-G--C---T-----A---A-G-CATTgtgatgcaaaaacataatgtcagctaagcatt
gi|78884                      :                    agcgagatgggaaggAAC-GT-G--A-TG-G-----GAA---G-C--TTT--C-TA--T-T-GT-GTA----C-GT-CA-
gi|78884                      :                                                                                                            -CTTTC-T--A-T-TG-T-GT-A---C-GT-CA--C-A---T-A--C-C----G--T---G-A----CG-C-A-----A--C-------ACAT---A------A--------G-----T-------------C-A---A-G--C-A-T-----A---A-A-CAGTTcataccgtgacgcaacacataagtcaagcataaacagttttcgt
gi|78885                      :                     aacgtgatgggaagAAT-GA-G--A-CG-G-----AAA---G-C--TTT--C-AA--T-T-AT-G-A----C-AT-CA-TAA-T--A-ttcgt
gi|78885                      :                                                                                                            -CTTTC-A--A-T-TA-T-G--A---C-AT-CA--T-A-A-T-A--G-A----A--T---G-A----GG-C-A-----A--A-------A------A------C--------GTAACAT-------------C-A---A-G--G-G-T-----A---A-A-CATTTgaatgaggcaaaaacgtaacatcaagggtaaacattt
gi|78886                      :                     aatgagacggaaagAAC-GA-G--A-CG-G-----AAA---G-C--TTT--C-GA--T-T-GT-G-A----C-GT-CA-TAA-T--A-
gi|78886                      :                                                                                                            -CTTTC-G--A-T-TG-T-G--A---C-GT-CA--T-A-A-T-A--G-A----A--T---G-A----GG-C-AAATATA--A-------A------A------C--------G-----T-------------C-A---A-A--C-G-T-----gaatgaggcaaatataaaacgtcaaacgt
gi|78887                      :                     aacgagacggaaagAAC-GA-G----TG-G-----GAAA--G-C--TTT--C-GATGT-T-GT-G-A----C-GT-CA-CAA---------TT-G--G-C-CGTT-G--A---C-GC-CA--A-A-A----------------------A----CA-C------------------A------A------C--------G-----T-------------C-A---A-A--C-A-T---------A-A-TATTT
gi|78888                      :                                   AAC-GA-T--T-TG-G-----AAA---G-C--TTT--C-AA--T-T-GT-G-A----C-GT-CA-TAA-T--A-CTTT
gi|78888                      :                                                                                                            -CTTTC-A--A-T-TG-T-G--A---C-GT-CA--T-A-A-T-A--C-T----T--T---G-A----CG-T-A-----A--A-------gacgtaaa
gi|78889                      :                     aacgatttggaaagAAC-GT-G--AATG-G-----GAA---G-CC-TTT--CTGA--T-T-GT-G-A----C-GT-CA-AAA-C--A-C
gi|78889                      :                                                                                                            -CTTTCTG--A-T-TG-T-G--A---C-GT-CA--A-A-A-C-A--C-CAGGGG--T---G-A----CG-C-G-----A--AAAACAATA------A------C--------G-----T-------------C-A---A-GC-C-A-T-----C---A-A-CATcaggggtgacgcgaaaaacaataacgtcaagccatcaacatattat
gi|78890                      :                                                                                                       aacgtgaatgggaagc-T-TG-T-G--A---CTGT-CACCT-A-A-T-A--C-T----GC-T---G-A----CT-C-A-----A--A-------ACATA--A------C--------G-----T-------------C-A---A-G--C-A-CACATAA---A-A-CATTattat
gi|78891                      :           aacgcagatggagaagcatctgagAAC-GA-A--A-TG-GTCAGAAAA---G-C--TTT--C-AA--T-T-GTGG-A----C-GC-CA-TAA-gca
gi|78891                      :                                                                                             -GT-CA-GAA-A--AGCTTTC-A--A-T-TG-T-GG-A---C-GC-CA--T-A-A-A-A----------------A-A----C----------A--T-------A------A------C--------G-----T-------------C-A---A-G--C-A-T-----A---A-A-CATTaaaacataacgtcaagcataaacattgca
gi|78892                      :                          aacgaaatgAAT-GA-G--A-TG-G-----AAA---G-C--TTT--CTGA--T----T-G-A----CGGT-CA-CAA-T--A-C------------TG-T-GA-A---C-GC-CA--T-A-A-gca
gi|78893                      :                                                                                                            -CTTTC-G--A-T-TG-T-G--A---C-GT-CA--T-A-A-T-G--C-T----G--T---G-A----CG-C-A-----A--AAACAT--A------A------C--------G-----T-------------C-A---A-G--C-A-T-----A---A-A-CATTTataaacatt
gi|78894                      :                                                                                               acaagatgggaag-CTTTC-T--A-T-TG-T-G--A---C-GT-CA--T-A-A-T-A--C-T----G--T---G-A----CG-C-A-----A--AAACAT--A------A------C--------G-----T-------------C-A---G-A--C-A-T-----A---A-A-CATTcat
gi|78895                      :                       atgaaatggaaagAC-GA-G--A-TG-G------AA---G-C--TTT--C-GA--T-T-GT-G-A----C-GT-CA-TAA-gcat
gi|78895                      :                                                                                                            -CTTTC-G--A-T-TG-T-G--A---C-GT-CA--TAA-A-T-G--C-C----G--T---G-A----CG-C-A-----A--A-------A------A------atgccgtgacgcaaaaaacataac
gi|78896                      :                        acgagatggaagAC-GA-G--A-TG-G-----AAA---G-C--TTT-----------------------------------------TTC-G--A-T-TG-T-G--A---C-GT-CA--T-A-A-TGG--C-C----G--T---G-A----CG-C-A-----A--A-------A------acataac
gi|78897                      :                                    AC-GATG--A-TG-G-----GAA---G-C--TTTGTC-GA--T-T-GT-G-----------------------------------------G--A---C-GT-CA--T-A-A-C-G--C-C----GG-T---G-A----CG-C-A-----A--A-------A------A------C--------A-----T-------------cataac
gi|78898                      :                                    AC-GA-G--A-TG-G-----AAA---G-C--TTT--C-GA--TCT-GT-G-A----C-ATCCA-TAA-T--A-Caac
gi|78899                      :                                                                                                               TTC-G--A-T-TG-TCG--A-----GTGCA--TTA-A-T-G--C---------T---G-A----CG-C-A-----A--A-------A------A------C--------A-----T-------------gtggacgcaaaagcatgataagaaccgtctaaagccataaa
gi|78900                      :                        acgagatggagcAC-AA-G--A-TGAG-----GAA---G-C--T------------------------------A-CAA-TCGA-TCTTC-A--G-T-TG-C----A---C-GT-CA--T-A-A---G--C-A----G--T---G-G----CG-C-A-----A--A-------A------A------CATATAAACG-----T-------------C-A---A-G--C-AGT-----A---G-A-CATTaac
gi|78901                      :                                                                                                                         -TG-T-G--A---A-CT-CA--T-A-A-T-G--C-C----G--T---G-A----CG-C-AAAAT-A--A-------A------A------C--------G-----T-------------C-A---A-G--C-GTT-----A---G-G-CATT
gi|78902                      :           acaaggtataggaagctatcgagtcaC-GA-G--A-TG-G-----AAA---G-C--TTT--C-GA--T-T-G--G-A----T-GT-CA-TAAGT--A-C----------T-TG-T-G--A---C-GT-AA--A-A-A-C-A---------G--T------------------------A-------A------T------C--------G-----T-------------C-A---A-G--C-A-T-----A---A-A-CATcat
gi|78903                      :                                                                                                            -CTTTC-G--A-T-TG-T-G--A---C-GA-CA--T-A-A-T-A--C-T----G--T---G-A----CA-C-A-----A--AAACAT--A------A------C--------G-----T-------------C-A---A-G--C-A-T-----A---A-A-CATT
gi|78904                      :                                                                                                  aaatggaaag-CTTTC-G--A-T-TG-T-G--A---C-GT-CA--T-A-A-T-G--C-C----G--T---G-A----CG-T-A-----A--GGATAT--A------A------C--------G-----T-------------C-A---A-G--C-G-T-----A---G-A-CATTgca
gi|78905                      :                                                                                                    agatgggaaagTTC-G--A-T-T--T-G--A---C-GTTCA--T-A-A-T-G--C-C----G--T---GGA----CG-C-A-----A--A-------A------ATAATAAC--------G-----T-------------C-A---A-G--C-G-T-----A---AGA-CATcat
gi|78906                      :                                   agataggaagc-TG-G-----GAAAAGG-C--TTT--C-TA--T-T-GT-G-A----C-GT-CA-CAA-T--A-C-------------G-T-G--A---C-GC-AA--A-A-A-T-A--C-attcat
gi|78906                      :                                                                                                            -CTTTC-T--A-T-TG-T-G--A---C-GT-CA--C-A-A-T-A--C------G--T---G-A----CG-C-A-----A--A-------A------A------TACGG----G-----T-------------C-A---A-GGTC-G-T-----A---A-gggtcaaggtcgtaa
gi|78907                      :                                      tgggaaaaggG-G-----GAA---G-CAGCTT--T-GA--T-T-GT-G-A----A-GT-CA-TAA-T--A----------A-C-TG-T-G--A---C-G--CA--A-A-A-T-A--
gi|78907                      :                                                                                                               TTT-G--A-T-TG-T-G--A---A-GT-CA--T-A-A-T-AA-C-T----G--T---G-A----CG-C-A-----A--A-------A------T------A--------G-----TA------------G-A---A-G--C---T-----A---A-A-CATTgtagaagctaaacatt
gi|78908                      :                                       gggaagcagc-G-----GAA---G-C--TTT----GC--T-T-GT-G-A----C-GT-CA-TAA-T--
gi|78908                      :                                                                                                               TTT-G--C-T-TG-T-G--A---C-GT-CA--T-A-A-T----C-C----G--T---G-A----CG-C-A-----G--A-------A------AATATAAC--------G-----T-------------C-A---A-G--C-G-T-----A---G-A-CATTTccgtgacgcagaaaatataacgtcaagcgtagacatttcat
gi|78909                      :                                                                                                      ggaagc-CTTTT-C--A-T-TG-T-G--A---T-TT-CC--T-A-A-T-A--G-A----A--T---G-AATAATG-C-A-----A--A-------A------A------C--------A-----TATCAT--------C-A---A-G--T-G-T-----A---A-A-CATTTcat
gi|78910                      :                                                                                                          ag-CTCTC-G--A-T-TG-T-G--A---C-GT-CA--T-A-A-T-A--G-A----A--T---G-A----GG-T-A-----A--AAACAC--A------A------C--------G-----T-------------C-T---A-G--C-G-T-----A---A-A-CATTTcgt
gi|78911                      :                                                                                                           g-CTTTC-A--A-T-TG-T-G--A---C-GT-CA--T-A-A-A-A--C-T----GTTT---G-A----TG-C-A-----A--GACAT---A------A------C--------G-------------------C-A---A-G--C-A-T-----A---A-A-CATTTcgt
gi|78912                      :                                                                                                                TC-G--A-T-TG-T-G--A---C-GT-CA--T-A-A-T-A--C-T----G--T---G-A----CG-T-A-----ATCACTT----A------A------C--------G-----T-------------C-A---G-A--C-A-T-----A---A-A-CATT


blockSeqs                     :                                      A  A GC      TCAGA   AAG C AG      T  TG A        TCAT A     C   TAGCTTTCGGA              GA        A     T       AG CAGGG  TT ACA   ATAA      AATAT TT AAACAATA       TAATAA ATATAAAC TAACT AACGTCATGCGCG   CGG G GT   T ACATA CCC G
blockSeqs                     :                                      C  T C       C       A   T C       T  C  G        T    G     T   TCGATCTTCAG              T         G     A       A  GC     C  T     .         AAAT  TC AAACAATA       ATATAA ATAAT    TAACA AACGG           .   T GT   G TG    G   G
blockSeqs                     :                                      .  . .       A       .   G C       .  C  C        .    .     .   TAGCTTTTGA               G         T     T       A  T      G  G     .         .     C  AAACATA        .      ATAAT    TAAC  ATCAT           .   . C    T .     G   .
blockSeqs                     :                                      .  . .       C       .   . .       .  .  .        .    .     .   AAGCTTTCAA               A         .     .       .  C      .  C     .         .     T  AATACTA        .      ATAAA    TTT   G               .   . .    . .     .   .
blockSeqs                     :                                      .  . .       .       .   . .       .  .  .        .    .     .   TACTTTCGA                .         .     .       .  T      .  .     .         .     .  AAACAAT        .      ATAAT    .     A               .   . .    . .     .   .
blockSeqs                     :                                      .  . .       .       .   . .       .  .  .        .    .     .   AACTTTCGA                .         .     .       .  T      .  .     .         .     .  ACGCTA         .      GAAAC    .     .               .   . .    . .     .   .
blockSeqs                     :                                      .  . .       .       .   . .       .  .  .        .    .     .   TACTGTCGA                .         .     .       .  C      .  .     .         .     .  AACATA         .      ATAAT    .     .               .   . .    . .     .   .
blockSeqs                     :                                      .  . .       .       .   . .       .  .  .        .    .     .   TATTTTGGA                .         .     .       .  C      .  .     .         .     .  AACATA         .      ATAAT    .     .               .   . .    . .     .   .
blockSeqs                     :                                      .  . .       .       .   . .       .  .  .        .    .     .   TACTTTCGA                .         .     .       .  T      .  .     .         .     .  AACATA         .      ACGG     .     .               .   . .    . .     .   .
blockSeqs                     :                                      .  . .       .       .   . .       .  .  .        .    .     .   CTTTCGA                  .         .     .       .  T      .  .     .         .     .  AATATA         .      .        .     .               .   . .    . .     .   .
blockSeqs                     :                                      .  . .       .       .   . .       .  .  .        .    .     .   TACCG                    .         .     .       .  T      .  .     .         .     .  AACATA         .      .        .     .               .   . .    . .     .   .
blockSeqs                     :                                      .  . .       .       .   . .       .  .  .        .    .     .   AATTC                    .         .     .       .  T      .  .     .         .     .  AGCATA         .      .        .     .               .   . .    . .     .   .
blockSeqs                     :                                      .  . .       .       .   . .       .  .  .        .    .     .   TACTG                    .         .     .       .  T      .  .     .         .     .  AACATA         .      .        .     .               .   . .    . .     .   .
blockSeqs                     :                                      .  . .       .       .   . .       .  .  .        .    .     .   TGCCG                    .         .     .       .  C      .  .     .         .     .  AACATA         .      .        .     .               .   . .    . .     .   .
blockSeqs                     :                                      .  . .       .       .   . .       .  .  .        .    .     .   TACTT                    .         .     .       .  C      .  .     .         .     .  TATATA         .      .        .     .               .   . .    . .     .   .
blockSeqs                     :                                      .  . .       .       .   . .       .  .  .        .    .     .   TTCGA                    .         .     .       .  C      .  .     .         .     .  ACATAT         .      .        .     .               .   . .    . .     .   .
blockSeqs                     :                                      .  . .       .       .   . .       .  .  .        .    .     .   TACT                     .         .     .       .  C      .  .     .         .     .  AACATA         .      .        .     .               .   . .    . .     .   .
blockSeqs                     :                                      .  . .       .       .   . .       .  .  .        .    .     .   ACTA                     .         .     .       .  T      .  .     .         .     .  AACATA         .      .        .     .               .   . .    . .     .   .
blockSeqs                     :                                      .  . .       .       .   . .       .  .  .        .    .     .   TTGG                     .         .     .       .  T      .  .     .         .     .  AACATA         .      .        .     .               .   . .    . .     .   .
blockSeqs                     :                                      .  . .       .       .   . .       .  .  .        .    .     .   GTAC                     .         .     .       .  T      .  .     .         .     .  GATATA         .      .        .     .               .   . .    . .     .   .
blockSeqs                     :                                      .  . .       .       .   . .       .  .  .        .    .     .   TGC                      .         .     .       .  C      .  .     .         .     .  AACACA         .      .        .     .               .   . .    . .     .   .
blockSeqs                     :                                      .  . .       .       .   . .       .  .  .        .    .     .   TAC                      .         .     .       .  C      .  .     .         .     .  AATAT          .      .        .     .               .   . .    . .     .   .
blockSeqs                     :                                      .  . .       .       .   . .       .  .  .        .    .     .   AAC                      .         .     .       .  C      .  .     .         .     .  ACATA          .      .        .     .               .   . .    . .     .   .
blockSeqs                     :                                      .  . .       .       .   . .       .  .  .        .    .     .   TGC                      .         .     .       .  C      .  .     .         .     .  ACTAC          .      .        .     .               .   . .    . .     .   .
blockSeqs                     :                                      .  . .       .       .   . .       .  .  .        .    .     .   TGC                      .         .     .       .  T      .  .     .         .     .  ATATT          .      .        .     .               .   . .    . .     .   .
blockSeqs                     :                                      .  . .       .       .   . .       .  .  .        .    .     .   TGG                      .         .     .       .  C      .  .     .         .     .  ACATA          .      .        .     .               .   . .    . .     .   .
blockSeqs                     :                                      .  . .       .       .   . .       .  .  .        .    .     .   TAC                      .         .     .       .  T      .  .     .         .     .  ACATA          .      .        .     .               .   . .    . .     .   .
blockSeqs                     :                                      .  . .       .       .   . .       .  .  .        .    .     .   TAC                      .         .     .       .  T      .  .     .         .     .  ACAT           .      .        .     .               .   . .    . .     .   .
blockSeqs                     :                                      .  . .       .       .   . .       .  .  .        .    .     .   TAA                      .         .     .       .  C      .  .     .         .     .  ACAT           .      .        .     .               .   . .    . .     .   .
blockSeqs                     :                                      .  . .       .       .   . .       .  .  .        .    .     .   AA                       .         .     .       .  T      .  .     .         .     .  CTTA           .      .        .     .               .   . .    . .     .   .
blockSeqs                     :                                      .  . .       .       .   . .       .  .  .        .    .     .   .                        .         .     .       .  T      .  .     .         .     .  TA             .      .        .     .               .   . .    . .     .   .
blockSeqs                     :                                      .  . .       .       .   . .       .  .  .        .    .     .   .                        .         .     .       .  C      .  .     .         .     .  A              .      .        .     .               .   . .    . .     .   .
blockSeqs                     :                                      .  . .       .       .   . .       .  .  .        .    .     .   .                        .         .     .       .  C      .  .     .         .     .  A              .      .        .     .               .   . .    . .     .   .
blockSeqs                     :                                      .  . .       .       .   . .       .  .  .        .    .     .   .                        .         .     .       .  T      .  .     .         .     .  A              .      .        .     .               .   . .    . .     .   .
blockSeqs                     :                                      .  . .       .       .   . .       .  .  .        .    .     .   .                        .         .     .       .  C      .  .     .         .     .  A              .      .        .     .               .   . .    . .     .   .
blockSeqs                     :                                      .  . .       .       .   . .       .  .  .        .    .     .   .                        .         .     .       .  T      .  .     .         .     .  A              .      .        .     .               .   . .    . .     .   .
blockSeqs                     :                                      .  . .       .       .   . .       .  .  .        .    .     .   .                        .         .     .       .  T      .  .     .         .     .  A              .      .        .     .               .   . .    . .     .   .
blockSeqs                     :                                      .  . .       .       .   . .       .  .  .        .    .     .   .                        .         .     .       .  A      .  .     .         .     .  A              .      .        .     .               .   . .    . .     .   .
blockSeqs                     :                                      .  . .       .       .   . .       .  .  .        .    .     .   .                        .         .     .       .  T      .  .     .         .     .  A              .      .        .     .               .   . .    . .     .   .
blockSeqs                     :                                      .  . .       .       .   . .       .  .  .        .    .     .   .                        .         .     .       .  T      .  .     .         .     .  A              .      .        .     .               .   . .    . .     .   .
blockSeqs                     :                                      .  . .       .       .   . .       .  .  .        .    .     .   .                        .         .     .       .  T      .  .     .         .     .  A              .      .        .     .               .   . .    . .     .   .
blockSeqs                     :                                      .  . .       .       .   . .       .  .  .        .    .     .                            .         .     .       .  T      .  .     .         .     .  A              .      .        .     .               .   . .    . .     .   .
blockSeqs                     :                                      .  . .       .       .   . .       .  .  .        .    .     .                            .         .     .       .  T      .  .     .         .     .  A              .      .        .     .               .   . .    . .     .   .
blockSeqs                     :                                      .  . .       .       .   . .       .  .  .        .    .     .                            .         .     .       .  A      .  .     .         .     .  T              .      .        .     .               .   . .    . .     .   .
blockSeqs                     :                                      .  . .       .       .   . .       .  .  .        .    .     .                            .         .     .       .  T      .  .     .         .     .  A              .      .        .     .               .   . .    . .     .   .
blockSeqs                     :                                      .  . .       .       .   . .       .  .  .        .    .     .                            .         .     .       .  C      .  .     .         .     .  A              .      .        .     .               .   . .    . .     .   .
blockSeqs                     :                                      .  . .       .       .   . .       .  .  .        .    .     .                            .         .     .       .  A      .  .     .         .     .  A              .      .        .     .               .   . .    . .     .   .
blockSeqs                     :                                      .  . .       .       .   . .       .  .  .        .    .     .                            .         .     .       .  A      .  .     .         .     .  A              .      .        .     .               .   . .    . .     .   .
blockSeqs                     :                                      .  . .       .       .   . .       .  .  .        .    .     .                            .         .     .       .  T      .  .     .         .     .  A              .      .        .     .               .   . .    . .     .   .
blockSeqs                     :                                      .  . .       .       .   . .       .  .  .        .    .     .                            .         .     .       .  T      .  .     .         .     .  A              .      .        .     .               .   . .    . .     .   .
blockSeqs                     :                                      .  . .       .       .   . .       .  .  .        .    .     .                            .         .     .       .  T      .  .     .         .     .  A              .      .        .     .               .   . .    . .     .   .
blockSeqs                     :                                      .  . .       .       .   . .       .  .  .        .    .     .                            .         .     .       .  T      .  .     .         .     .  A              .      .        .     .               .   . .    . .     .   .
blockSeqs                     :                                      .  . .       .       .   . .       .  .  .        .    .     .                            .         .     .       .  C      .  .     .         .     .  A              .      .        .     .               .   . .    . .     .   .
blockSeqs                     :                                      .  . .       .       .   . .       .  .  .        .    .     .                            .         .     .       .  C      .  .     .         .     .  A              .      .        .     .               .   . .    . .     .   .
blockSeqs                     :                                      .  . .       .       .   . .       .  .  .        .    .     .                            .         .     .       .  C      .  .     .         .     .  A              .      .        .     .               .   . .    . .     .   .
blockSeqs                     :                                      .  . .       .       .   . .       .  .  .        .    .     .                            .         .     .       .  A      .  .     .         .     .  A              .      .        .     .               .   . .    . .     .   .
blockSeqs                     :                                      .  . .       .       .   . .       .  .  .        .    .     .                            .         .     .       .  C      .  .     .         .     .  A              .      .        .     .               .   . .    . .     .   .
blockSeqs                     :                                      .  . .       .       .   . .       .  .  .        .    .     .                            .         .     .       .  T      .  .     .         .     .  A              .      .        .     .               .   . .    . .     .   .
blockSeqs                     :                                      .  . .       .       .   . .       .  .  .        .    .     .                            .         .     .       .  C      .  .     .         .     .  A              .      .        .     .               .   . .    . .     .   .
blockSeqs                     :                                      .  . .       .       .   . .       .  .  .        .    .     .                            .         .     .       .  C      .  .     .         .     .  A              .      .        .     .               .   . .    . .     .   .
blockSeqs                     :                                                   .       .   . .       .  .  .        .    .     .                            .         .     .       .  T      .  .     .         .     .  A              .      .        .     .               .   . .    . .     .   .
blockSeqs                     :                                                   .       .   . .       .  .  .        .    .     .                            .         .     .       .  C      .  .     .         .     .  A              .      .        .     .               .   . .    . .     .   .
blockSeqs                     :                                                   .       .   . .       .  .  .             .     .                            .         .     .       .  A      .  .     .         .     .  A              .      .        .     .               .   . .    . .     .   .
blockSeqs                     :                                                                                                   .                            .         .     .       .  A      .  .     .         .     .  A              .      .        .     .               .   . .    . .     .   .
blockSeqs                     :                                                                                                                                .         .     .       .  T      .  .     .         .     .  A              .      .        .     .               .   . .    . .     .   .
blockSeqs                     :                                                                                                                                .         .     .       .  T      .  .     .         .     .  A              .      .        .     .               .   . .    . .     .   .
blockSeqs                     :                                                                                                                                .         .     .       .  .      .  .     .         .     .  A              .      .        .     .               .   . .    . .          
blockSeqs                     :                                                                                                                                .         .     .       .  .      .  .     .         .     .  A              .      .        .     .               .                       
blockSeqs                     :                                                                                                                                .         .     .       .  .      .  .     .         .     .  A              .      .        .     .                                       
blockSeqs                     :                                                                                                                                .         .     .       .  .      .  .     .         .     .  A              .      .        .     .                                       
blockSeqs                     :                                                                                                                                .         .     .       .  .      .  .     .         .     .  A              .      .        .     .                                       
blockSeqs                     :                                                                                                                                .         .     .       .  .      .  .     .         .     .  A              .      .        .     .                                       
blockSeqs                     :                                                                                                                                .         .     .       .  .      .  .     .         .     .  A              .      .        .     .                                       
blockSeqs                     :                                                                                                                                .         .     .       .  .      .  .     .         .     .  A              .      .        .     .                                       
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|78877 ): TAACGAATGGAAAGTTTCTCAATTGCTGCTCAAATAAACTGTGACGCAAGAAACCATAACGTCAGAACATAAACTTGCAT






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Reference ( family-298 )      :                                  TAAC-G----A-G--A-TG----G-----GA---A---G-C---T-T---T--C-G--A--T-T-G-T-G--A----C-GT-CA--TAA-TA--C------T---T------G-----TG-ACG-TCATA---A-TA--C-CG-T-G-ACG-C-A----A-----A-------A------A------C--------G-----T-----C--A---A-G--C-A-T-----A---A-A-CATTT
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gi|78840                      :                                  TAAC-A----AAG--A-TG----G-----GA---A---G-C---T-T---T--C-G--A--T-T-----------------------------------------T------G-----TG-ACG-TCATA---A-TG--C-CG-T-G-ACG-C-A----A-----A-------AATAT--A------C--------G-----T-----C--A---A-G--C-A-T-----A---G-A-CATTT
gi|78841                      :                                  TAAC-G----A-G--A-TG----G-----AA---A---G-C---T-T---T--C-G--A------------------------------------------T---T------G-----TG-ACG-TCATA---A-TG--C-CG-T-G-ACG-C-A----A-----A-------A------A------C--------A-----T-----cat
gi|78842                      :                                  TAAC-A----A-G--A-TG----G-----GA---A---G-C---T-T---T--T-G--A--T-T-G-T-G--A----C-GT-CA--TAA-TG--C------C------------------------------------------T-G-ACG-C-A----A-----AACAT---A------A------C--------G-----T-----C--A---A-G--C---T-----A---A-A-CATTTaac
gi|78843                      :                                  TAACAG----A-G--A-TG----G-----GA---A---G-C---T-T---T--C-G--A--T-T-G-T-G--A----C-GT-CA--TAA-TG--C------cat
gi|78844                      :                                  TAAC-G----A-G--A-TG----G-----AA---A---G-A---T-T---T--C-G--A--T-T-G-T-G--A----T-GT-CA--TAA-AA--C----------T------G-----TG-ACG--CA-A---A-AA--C-------------------A-----T-------A------A------C--------G-----T-----C--A---A-G--C-A-T-----A---A-cgtacgcaaaacataac
gi|78845                      :                                  TAAC-G----A-G--A-TG----G-----GA---A---G-C---T-T---T--C-G--A--T-T-G-T-G--A----C---------AA-------------------------------------CATA---A-TG--C-TA-T-G-ACG-C-A----A-----AAGCAT--A------A------C--------G-----C-----C--A---A-G--C-A-T-----A---A-C-CA
gi|78846                      :                                  TAAC-G----A-G--A-TG----G-----AA---A---G-C---T-T---G--C-G--A--T--------------------------A-TA--------------------G-----TT-ACG-TTATA---A-TA--C-TG-T-G-ACG-C-A----A-----A-------A------G------CATAAA---G-----T-----C--A---A-G--C-A-T-----A---A-A-CATTT
gi|78847                      :                                  TAAC-G----A-G--A-TG----G-----AA---A---G-----T-T---T--C-G--A--T-T-G-T----------------------TA--C---------------------------CG--CATA---A-TA--C-TG-T-G-ACG-C-A----A-----AAACAT--A------A------C--------G-----T-----C--A---A-G--C-A-T---------A-A-CATTcgt
gi|78848                      :                                  TAAC-G----A-G--A-TG----G-----GA---A---GCC---T-T---T--C-G--A--T-T-G-T-G--A----CAGT-CA--CAA-TG--C----------T------G-----TG-ACG-CCAAA---A------------------C-A----T-----A-------T------A------C--------G-----TG----C--A---A-A--C-A-T-----A---A-T-CATTTgca
gi|78849                      :                                  TAAC-G----A-G--A-TG----G-----GA---A-----C---T-T---T--C-G--A--T-T-G-----------------------------------------------------G-ACG-TCATA---A-TG--C-CG-T-G-ACG-C-A----A-----A-------A------A------C--------
gi|78850                      :                                  TAAT-G----A-G--A-TG----G-----AA---A---G-C---T-T---T--C-G--A--T-T-G-T-G--A----C-AC-CC--TAA--A--A------T---T------G-----TG-ACA--CACA---A-AA--A-CA-T----------------------------A------A------C--------G-----T-----C--A---A-G--C-A-T-----G---A-A-CAT
gi|78851                      :                                  TAAT-G----A-G--A-TG----GC----AA---A---G-C---T-T------C-G--A--T-T-G-T-G--A----C-AC-C---TAA-AA--T------T---C------G-----TG-AC-------------A--C--------ACA-C-A----AC----AT------A------A------C--------G-----T-----C--A---A-G--C-A-T-----G---A-gtcgt
gi|78852                      :                                  TAAC-G----T-G--A-TG----G-----GA---A---G-C---T-T---T---------------------A----C------------TA---------T---T------G-----TG-ACG-TCACA---A-TA--C-CG-T---ACG-C-A----A-----AAACAT--A------A------C--------G-----T-----C--A---A-G--C-ATT-----ACCCA-A-CATTT
gi|78853                      :                                  TAAC-A----A-G--A-TA----G-----GA---A---G-C---CAT---T--C-G--A--T-T-GAT-G--A----C-GT-CA--TAA-TG--C----------C------G-----TG-ACG-CAAAA---A-TA--C----T-A-ACG-T----------------------------------T--------T-----T-----C--A---A-G--C-G-T-----A---G-A-CATTT
gi|78854                      :                                  TAAC-G----A-G--A-TG----A-----AA---A---G-C---T-T---T--T-G--A--C-T-G-T-G--A----C-AA-AA--TAA-TA---------T---T------G-----TG-A----CACA---A-AA--A-CA-T----------------------------A------A------C--------T-----T-----C--A---A-G--C-A-T-----G---A-A-CGTTTcat
gi|78855                      :                                  TAAC-A----A-G--A-TG----G-----GA---A---G-C---T-T---T--T-G--A--T-TCG-T-G--A------GT-CA--TAA-TG--C----------T------G-----T-------------------------T-G-ACG-CAA----A-----A-------A------A------C--------A-----T-----A--ACGGA-G--C-A-T-----A---A-ACCATTT
gi|78856                      :                                  TAAC-G----A-G--A-AG----G-----AA---A---G-C---T-T---T----G--A--T-T-G-T-A--A----C-GT-CA-----------------------------------------TCATA---A-------CT-T-G-ATG-C-A----A-----A-------A------A------CATAAT---G-----T-----C--A---A-G--C-A-T-----A---A-T-CAATTcat
gi|78857                      :                                  TAAC------A-G--A-TG----G-----GA---A---GTC---T-T---T--C-G--A--T-T-G-T-G--A----C-GT-CA--TAA-Tcat
gi|78858                      :                                  TAACCG----A-G--A-TG----G-----GA---A---A-G---C-T---T--C-G--A------G-T-G-------------------------------T---T------GT----TG-ACG-TC-TA---A-TA--C-TG-T-G-AAG-C-A----AAAACGA-------A------A------C--------G-----T-----C--A---A-G--C-A-T-----A---A-A-CATTgatatgagcaaaacataa
gi|78859                      :                                  TAAC-G----A-G--A-TG----GA----GA---A---G-C-----T---T--C-G--A--T-T---T-G--A----C-------------------------------------------AGG-TCATA---A-TG--C-CA-T-G-ACG-C-A----A-----ATATAT--A------A------C--------G-----T-----C--A---A-G--C-A-T-----AG--A-A-CATTgca
gi|78860                      :                                  TAAC-G----A----A-TG----G-----AA---A---A-C---T-T---T--C-G--A--T-T-G-T-G--A----C-GT-CA--CAA-TG--C----------T------G-------------CACA----------------G-ACG-C-A----ATT---A-------ACATAT-A------C--------G-----T-----C--A---A-G--C-A-T-----A---A-T-CATTTcat
gi|78861                      :                                  TAAC-G----A-A--A-TG----G-----AA---A---G-C---T-T---T--T----A--TAT-G-T-G--A----C-GT-CA--TAA-TA--C------T---G------G-----TG-ACA--CAC----A-TA--C-------------------A-----T-------A------A------C--------G-----T-----C--A---G-A--C-A-T-----AG--A-A-CATT
gi|78862                      :                                  TAAC-G----A-AGCA-TG----GC----AA---A---G-C---T-T---T--C-G--A--T-T-G-T-G--A----C-GT-CA--TAA-TA--C------T----------------------------------------G-T-G-ACG-C-A----A-----A-------ACTAC--A------C--------G-----T-----C------A-G--C-A-T---------A-A-CATgcat
gi|78863                      :                                  TAAC-G----A-G--A-TG----G-----AA---A---G-C---T-T---T--C-G--A--T-T-G-T-G--A----C-GT-CA--TA-----------------------------------------A---A-TG--C-CG-T-G-ACGCC-A----A-----A-------A------A------C--------A-----T-----
gi|78864                      :                                  TAAC-A----A-G--A-TG----G-----GA---T---G-C---T-T---T--C-G--A--T-T-G-T-G--T----C-GT--------------------------------------------TCATA---A-TG--C-CG-TGG-ACG-C-A----A-----A-------ATATT--A------C--------G-----T-----C--A---A-G--C-A-TTG---A---G-A-CATCTaa
gi|78865                      :                                  TAAC-G----T-GC-A-TG----G-----GA---A---G-CC--T-T---T--C-T--A--T-T-G-T-G--A----C-GT-CA--CAA-TA--C------T----------------------------------------G-T-G-ACG-C-A----A-----A-------ACAT---A------C--------G-----T-----C--A---A-GGTC-G-T-----A---A-c
gi|78866                      :                                  TAAC-GTG--A-A--A-TG----G-----AA---A---G-C---T-T------C-T--A--T-T-G-T-GGAA----C-GT-CA------------------------------------------CATA-----TA--C-CG-T-G-ACG-C-A----A-----AAAACAATA------A------C--------G-----T-----C--A---A-G--C---T-----A---A-A-CATTT
gi|78867                      :                                  TAAC-G----A-G--A-TG----G-----GA---A---G-C---T-T---T--C-G--A--T-T-G-T-G--A----C-G--CAC-TAA-TG--C----------C------G-----T--ACG--GGCA---A-AA--C-TA-T--------------------A-------A------A------C--------G-----T-----T--A---AGG--C-A-T-----A---AGA-CATTT
gi|78868                      :                                  TAAC-G----G-G--A-TG----G-----GA---A---A-C---T-T---T--C-G--A--T-T-G-T-G--A----C-GT-CA--TAA-TA--C------T---
gi|78869                      :                                  TAAC-T----A-G--A-AG----G-----AT---A---G-C---T-T---T--T-G--A--T-T-G-T-G--A----C-AT-CA--AAA-TA---------------------------G-A-----ATG---A-C------------ACA-C-A----A-----ACAT----A------A------T--------G-----T-----C--A---A-G--C-G-T-----A---A-A-CATgtcgagcataaacat
gi|78870                      :                                  TAAC-G----A-G--A-CT----G-----GA---A---T-C---T-T------C-G--A--T-T-G-T-G--ATCATC-AT-TA--TAA-TA--C------T---T------G-----TG-ACG-CAAT----A-TA---------------T-A----A-----T-------A------A------C--------G-----T-----C--A---A-G--C-A-T-----A---A-A-CATgtc
gi|78871                      :                                  TAAC-G----A-G--A-TG----G-----GA---A---G-C-----T---T--C-G--AC-T-T-G-T-G--A----C-GT-CAT-TAA-TG--G------C---C------G-----TG-ACG-CCAAA---A-AA--C-
gi|78872                      :                                  TAAC-A----A-G--A-TG----G-----GC---A---G-C---T-G---T--C-G--A--TGT-T-T-G--AT---C-GT-CA--TA---A--C------T-------------------------------G-CA--C-C--T-G-ACG-CAA----A-----A-------A------A------C--------A-----TAAC--T--A---A-G--C-A-T-----C---A-A-AATTataac
gi|78873                      :                                  TAAC-G----A-G--A-TATTGTA-----AA---A---G-CTATT-T---T--G-G--A--T-T-T-T-G--A----T-GT-CA--TCA-TA---------T---T------G-----TG-ACG--CAAAAACA-TA--A-CG-T-C-ATG-C---------------------------G------C--------G-----------C--A---A-G--T-A-T-----A---A-A-CATcat
gi|78874                      :                                  TAAC-A----A-T--A-TG----G-----AA---------C---T-T---T--C-G--A--T-T-G-T-G--A----C-GT-CA--TAC-TAAGC------G---C------G-----TG-ACG-CAATA---A-
gi|78874                      :                                                                                                                                 ------T---T------G-----TG-ACG-TCATA---C-TAAGCGCG-T-G-ACG-C-A----AT----A-------A------A------T--------ATAAC-T-----C--A---ATG--CGA-T---------A-A-CATTTatataactcaatgcgataacatttgat
gi|78875                      :              taacaatatggaactttcgaTAAC-G----A-G--A-TG----G-----GA---A---G-C---T-A---T--C-C--A--T-T-G-T-G--A----C-GT-CA--C-A-TA--CTTTCGAT---T------G-----TG-ACG-TCATA---A-TG--C-TG-T-G-ATG-C-A----A-----A-------A------gat
gi|78876                      :                                                                                                                                                          -ACG-TCATA---AATA--C-T--T-G-ACG-C-A----A-----A-------AAACAATA------C--------G-----T-----CA-A---A-G--C-A-T-----A---A-A-CATTTcaacaaacttc
gi|78878                      : taacgaatgggaaaaaagctacgatttgtatgaTAAC-G----G-G--A-TG----T-----GA---A---A-C---T-T---T--C-G--A--T-T-G-T-G--A-------T-CA--TAA-TA--C------T---
gi|78879                      :                                  TAACCG----A-G--A-TA----A-----TA-------G-C---T-T---T--C-GG-A--T-T-G-T-G--A----C-AT-CA--TAA-TG--C------T---T------A------G-ACGCTAAAA---A-TA--C-gtcggagcataaacatttcgtaacaactatacaaaatt
gi|78880                      :                                  TAAC-A----A-G--A-TG----G-----AA---A---G-C---T-T---T--C-G--A--T-T-G-T-G--A-------T-AA--TAA----------------T------G-----TG-AAG---ATA---A--A--A-CA-TAG-AAG-T------A-----A-------G------A------T--------G-----T-----C--A---A-C--A-A-C-----A---A-A-CAaaccacaag
gi|78882                      :                                  TAAC-G----A-G--A-TG----G-----AA---A---A-C---T-T---T--C-A--A--T-A-G-T-G--A----C-GT-CA--TAA-TC--C------T---
gi|78883                      :                                   AGC-G----A-G--A-TG----G-----GA---A---GGC---T-T---T--C-G--A--C-T-T-T-G--A----C-GT-CA--TAA-TA--C------T----------------------------------------G-T-G-ATG-C-A----A-----A-------A------A------CATAAT---G-----T-----C------A-G--C---T-----A---A-G-CATT
gi|78884                      :                                   AAC-G----T-G--A-TG----G-----GA---A---G-C---T-T---T--C-T--A--T-T-G-T-GT-A----C-GT-CA--CA-----------------------------------------------TA--C-CG-T-G-ACG-C-A----A-----C-------ACAT---A------A--------G-----T-----C--A---A-G--C-A-T-----A---A-A-CAGTT
gi|78885                      :                                   AAT-G----A-G--A-CG----G-----AA---A---G-C---T-T---T--C-A--A--T-T-A-T-G--A----C-AT-CA--TAA-TA---------------------------G-A--------------------A-T-G-AGG-C-A----A-----A-------A------A------C--------GTAACAT-----C--A---A-G--G-G-T-----A---A-A-CATTTttcgt
gi|78886                      :                                   AAC-G----A-G--A-CG----G-----AA---A---G-C---T-T---T--C-G--A--T-T-G-T-G--A----C-GT-CA--TAA-TA--------------------GAA---TG-A-G-GCA-A---A-TA--T-------------------A-----A-------A------A------C--------G-----T-----C--A---A-A--C-G-T-----
gi|78887                      :                                   AAC-G----A-G----TG----G-----GA---AA--G-C---T-T---T--C-G--ATGT-T-G-T-G--A----C-GT-CA--CAA------------T---T------GGCCGTTG-ACG-CCAAA---A--------------ACA-C--------------------A------A------C--------G-----T-----C--A---A-A--C-A-T---------A-A-TATTT
gi|78888                      :                                   AAC-G----A-T--T-TG----G-----AA---A---G-C---T-T---T--C-A--A--T-T-G-T-G--A----C-GT-CA--TAA-TA--C------T---T------------TG-ACG-T
gi|78889                      :                                   AAC-G----T-G--AATG----G-----GA---A---G-CC--T-T---T--CTG--A--T-T-G-T-G--A----C-GT-CA--AAA-CA--C------CAGGG------G-----TG-ACG-----------------CG-A-A-AAA-C-A----A-----T-------A------A------C--------G-----T-----C--A---A-GC-C-A-T-----C---A-A-CATaaa
gi|78890                      :                                   AAC-GC---A-G--A-TG----GA----GA---A---G-C---A-T---C--T-G--AG-T-T-G-T-G--A----CTGT-CACCTAA-TA--C------T---G------C-----TG-AC--TCAAA---A-CA--T---------------------------------A------A------C--------G-----T-----C--A---A-G--C-A-CACATAA---A-A-CATTattat
gi|78891                      :                                   AAC-G----A-A--A-TG----GTCAGAAA---A---G-C---T-T---T--C-A--A--T-T-G-T-G-------------------------------------------------G-ACG-CCATA---A-AA---------A-AC---------A-----T-------A------A------C--------G-----T-----C--A---A-G--C-A-T-----A---A-A-CATTgca
gi|78892                      :                                   AAT-G----A-G--A-TG----G-----AA---A---G-C---T-T---T--CTG--A--T-----T-G--A----CGGT-CA--CAA-TA--C----------T------G-----TGAACG-CCATA---A-gca
gi|78893                      :                                    AC-A----A-G--A-TG----G-----GA---A---G-C---T-T---T--C-G--A--T-T-G-T-G--A----C-GT-CA--TAA-TG--C----------T------G-----TG-ACG--CA-A---A-AA--C-------------------A-----T-------A------A------C--------G-----T-----C--A---A-G--C-A-T-----A---A-A-CATTTataaacatt
gi|78894                      :                                    AT-G----A-A--A-TG----G-----AA---A---G-C---T-T---T--C-T--A--T-T-G-T-G--A----C-GT-CA--TAA-TA--C----------T------G-----TG-ACG--CA-A---A-AA--C-------------------A-----T-------A------A------C--------G-----T-----C--A---G-A--C-A-T-----A---A-A-CATTcat
gi|78895                      :                                    AC-G----A-G--A-TG----G------A---A---G-C---T-T---T--C-G--A--T-T-G-T-G--A----C-GT-CA--TA-----------------------------------------A---A-TG--C-CG-T-G-ACG-C-A----A-----A-------A------A------gcat
gi|78896                      :                                    AC-G----A-G--A-TG----G-----AA---A---G-C---T-T---TTTC-G--A--T-T-G-T-G--A----C-GT-CA--TAA-TG--G------C---C------G-----TG-ACG-acataac
gi|78897                      :                                    AC-G----ATG--A-TG----G-----GA---A---G-C---T-T---TGTC-G--A--T-T-G-T-G-------------------------------------------------G-ACG-TCATA---A-CG--C-CGGT-G-ACG-C-A----A-----A-------A------A------C--------A-----T-----caaaacataac
gi|78898                      :                                    AC-G----A-G--A-TG----G-----AA---A---G-C---T-T---T--C-G--A--TCT-G-T-G--A----C-ATCCA--TAA-TA--C------G---T------G------G-ACG--CA-A---A--A--G-CA-T-G-ATA---A----G-----A-------A------C------C--------G-----T-----CTAA---A-GC-C-A-T-----A---A-A-aac
gi|78899                      :                                    AC-G----A-G--A-TG----G----------A---G-C-----T---T--C-G--A--T-T-G-TCG--A---------------------------------------G-----TG--CA-T--TA---A-TG--C----T-G-ACG-C-A----A-----A-------A------A------C--------A-----T-----
gi|78900                      :                                    AC-A----A-G--A-TGA---G-----GA---A---G-C---T-ACAAT--C-G--A--T---------------C-TT-CA--G--------------T---T------G-----C--ACG-TCATA---A--G--C-AG-T-G-GCG-C-A----A-----A-------A------A------CATATAAACG-----T-----C--A---A-G--C-AGT-----A---G-A-CATTaac
gi|78901                      :                                    AC-A----A-GGTA-TA----G-----GA---A---G-C---T-A---T--C-G--A--------------------GT-CA--T-------------------------G-----TG-AAC-TCATA---A-TG--C-CG-T-G-ACG-C-AAAATA-----A-------A------A------C--------G-----T-----C--A---A-G--C-GTT-----A---G-G-CATT
gi|78902                      :                                     C-G----A-G--A-TG----G-----AA---A---G-C---T-T---T--C-G--A--T-T-G---G--A----T-GT-CA--TAAGTA--C------T---T------G-----TG-ACG-TAAAA---A-CA-----G-T--------------------A-------A------T------C--------G-----T-----C--A---A-G--C-A-T-----A---A-A-CATcat
gi|78903                      :                                        ----A-A--A-TG----G-----AA---A---G-C---T-T---T--C-G--A--T-T-G-T-G--A----C-GA-CA--TAA-TA--C----------T------G-----TG-A----CACA---A-AA--A-CA-T----------------------------A------A------C--------G-----T-----C--A---A-G--C-A-T-----A---A-A-CATT
gi|78904                      :                                        ----A-G--A-TG----G-----GA---AA--G-C---T-T---T--C-G--A--T-T-G-T-G--A----C-GT-CA--TAA-TG--C----------C------G-----TG-ACG-TAAGG---A-TA--T---------------------------------A------A------C--------G-----T-----C--A---A-G--C-G-T-----A---G-A-CATTgca
gi|78905                      :                                        ----A-G--A-TA----G-----GA---A---G-C---T-T------C-G--A--T-T---T-G--A----C-GT--------------------------------------------TCATA---A-TG--C-CG-T-GGACG-C-A----A-----A-------A------ATAATAAC--------G-----T-----C--A---A-G--C-G-T-----A---AGA-CATcat
gi|78906                      :                                                  -TG----G-----GA---AAAGG-C---T-T---T--C-T--A--T-T-G-T-G--A----C-GT-CA--CAA-TA--C-----------------G-----TG-ACG-CAAAA---A-TA--C-attcat
gi|78906                      :                                                                                                                                 ------T---T------G-----TG-ACG-TCACA---A-TA--C--G-T-G-ACG-C-A----A-----A-------A------A------TACGG----G-----T-----C--A---A-GGTC-G-T-----A---A-gggtcaaggtcgtaa
gi|78907                      :                                   tgggaaaaggctttctaG----G-----GA---A---G-CAG-C-T---T--T-G--A--T-T-G-T-G--A----A-GT-CA--TAA-TA--A------C---T------G-----TG-ACG--CAAA---A-TA--
gi|78907                      :                                                                                                                                 ------T---T------G-----TG-AAG-TCATA---A-TAA-C-TG-T-G-ACG-C-A----A-----A-------A------T------A--------G-----TA----G--A---A-G--C---T-----A---A-A-CATTgtagaagctaaacatt
gi|78908                      :                                                                                                            gggaagcagctttga-TG--C------T---T------G-----TG-ACG-TCATA---A-T---C-CG-T-G-ACG-C-A----G-----A-------A------AATATAAC--------G-----T-----C--A---A-G--C-G-T-----A---G-A-CATTT
gi|78910                      :                                                             ggaagctt---G-C---T-C---T--C-G--A--T-T-G-T-G--A----C-GT-CA--TAA-TA--------------------GAA---TG-AGG-TAAAA---A-CA--C---------------------------------A------A------C--------G-----T-----C--T---A-G--C-G-T-----A---A-A-CATTTcat
gi|78911                      :                                                                         -C---T-T---T--C-A--A--T-T-G-T-G--A----C-GT-CA--TAA-AA--C------TG--T------T-----TG-ATG----CA---A------------G-AC---------A-----T-------A------A------C--------G-----------C--A---A-G--C-A-T-----A---A-A-CATTTcgt
gi|78912                      :                                                                                                                                 ------T---T------G-----TG-ACG-TCATA---A-TA--C-TG-T-G-ACG-T-A----ATC---ACTT----A------A------C--------G-----T-----C--A---G-A--C-A-T-----A---A-A-CATT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|78877 ): TAACGAATGGAAAGTTTCTCAATTGCTGCTCAAATAAACTGTGACGCAAGAAACCATAACGTCAGAACATAAACTTGCAT
Unaligned ( gi|78881 ): TAACAAAGCAGAAAGCTTTCCATGTGGCGTCACAATAGAATGAAGCAAAAACATAAAGTAAAGCACA
Unaligned ( gi|78909 ): AGCTTTTCATTGTGATTTCCTAATAGAATGAATAATGCAAAAACATATCATCAAGTGTAAACATTTCGT