lowQualScore : 1111 1 222 1
lowQualScore : 0 00 0 777777 0 0 0 11 111 0 1 0 8888 2 444 0 3 6 88 333 999999 3 3 0 3 77
lowQualScore : . .. . ...... . . . .. ... . . . .... . ... . . . .. ... ...... . . . . ..
lowQualScore : 4 66 4 000000 4 4 9 11 222 4 0 9 4444 5 444 6 1 2 88 888 666666 3 3 8 3 99
consensus : GGT-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-TT-AC-TAT--C-ATG-T---GCGAG-TCGAC-TCTC-A--GGC------CC-T-TGA-GGCC--TTTGATT
Reference ( gi|12871 ) : GGT-GAGCG--A-TGTA-----G-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-TT-AC-TAT--G-ATG-T---GAGAG-TCGAC-TCTT-A--TGC------CC-T-TCA-GGCC--TTTGATT
gi|12870 : GGT-GAGCG--A-TGTG-----G-TC-C-ATG--GGC---CTCTTG-TT-AC-TAT--G-ATG-C---AAGAG-TCGAC-TCTC-A--GGC------CC-T-TCA-GGCC--TTTGATT
gi|12865 : GGT-GAGAG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--GGG---CTCTTG-TT-AC-TAT--C-ATG-T---GCGAG-TCGAC-TCTC-A--GGC------CC-T-TGA-GGCC--TTTGATT
gi|12864 : GGT-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--AGC---CACTCG-TT-AC-TAT--C-GTG-T---GCGAG-TCGAC-TCTC-A--GGC------CC-T-TGA-GGCC--TTTGATT
gi|12866 : GGT-GAGAG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--GGT---CTCTTG-TT-AC-TAT--C-ATG-T---GCGAG-TCAAC-TCTC-A--GGC------CC-T-TGA-GGTC--TTTGATT
gi|12868 : GGT-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--CGT---CTCTTG-TT-AC-TAC----ATG-T---GCGA--TCGAC-TCTC-A--GGC------CT-T-TGA-GGCC--TTTGATT
gi|12869 : GGT-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATGA-GGT---CTCT-G-TT-AC-TAT--CCATG-T---GCGAG-TCGAC-ACTC-A--GGC------CC-T-TGA-GGCC--TTTGAT
gi|12873 : GGT-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--AGT---CTCTTG-TT-AC-TAT--C-ATG-TCGAAAGAG-TCGACCTCTC-A--GGCTTGAAGCC-T-TGATAGCC--TTTGATT
gi|12872 : GGT-GAGCG--A-TGTG-----G-CA-A-CTG--ATC---CT-TTG-TT-AC-TAT--C-ATG-T---GCGAG-TCGAC-TCTC-A--GGC------CC-TGTGA-GGCC--TTTGATT
gi|12874 : GGTCGAGCG--A-TGTG-----G-ACAC-ATGTAGTC---TTCTTT-TA-AC-TAT--C-ATG-T---GCGAG-TCGAC-TCTC-AGGGGC------CCAT-TGA-GGCC--TTTGATT
gi|12890 : GGT-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-TT-TC-TTT--G-AT
gi|12881 : GGT-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-TT-ACATAT--ca
gi|12878 : GGT-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-TT-AT-CAT--T-AT
gi|12877 : GGT-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-TT-AT-TGT--C-AT
gi|12885 : GGT-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-TT-AC-
gi|12902 : GGT-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-TTGAC-TGT--G-
gi|12883 : GGT-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-TT-A--TAT--ccagt
gi|12880 : GGT-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-TT--T-TAT--T-ATG-T---ta
gi|12879 : GGT-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-TT-AT-T
gi|12886 : GGT-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-TT--C-TAT--ttca
gi|12876 : GGT-GAGCG--A-CGCATGTTGG-CC-CGATG--ATTTTTCTCTTG-TT-AC-TAT--C-ATG-T---GCGAG-TCGA-------A------------C-T-TCA-GGCC--TTTGAta
gi|12896 : GGT-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-TT-Agtgcctt
gi|12895 : GGT-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-TT-A
gi|12894 : GGT-GAGCG--AATGTG-----G-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-TT-AC-TGT--
gi|12892 : GGT-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-TT-A
gi|12882 : GGT-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-TT-A
gi|12899 : GGT-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-TT-TT-TAT--atca
gi|12901 : GGT-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--GGC---CTCTTGTTT-AC-Tatttgtg
gi|12900 : GGT-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-TT--C-TA
gi|12891 : GGT-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-TT-TC-T
gi|12887 : GGT-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--TGC---CTCTTG-TT-AG-TAT--tggtcccatcaagttcgag
gi|12931 : GGT-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-TT-tcat
gi|12925 : GAT-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-TT-AG-TCT--T--CG-T---AGGAGTTCGAC-CCgttttacgtaatacagatgtcactttcctttgacagccctcggtggagcctttg
gi|12921 : GGT-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-TT-
gi|12920 : GGT-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-TT-
gi|12918 : GGT-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-TT-
gi|12917 : GGT-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-TT-
gi|12916 : GGT-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-TT-
gi|12914 : GGT-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-TT-
gi|12913 : GGT-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-TT-
gi|12912 : GGT-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-TT-
gi|12911 : GGT-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-TT-
gi|12910 : GGT-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-TT-
gi|12909 : GGT-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-TT-
gi|12908 : GGT-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-TT-
gi|12907 : GGT-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-TT-
gi|12906 : GGT-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-TT-
gi|12905 : GGT-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-TT-
gi|12904 : GGT-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-TT-
gi|12867 : GGT-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-TT-
gi|12898 : GGT-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-TT-
gi|12888 : GGT-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-TT-catatttcacatgc
gi|12923 : GGT-GAGCG--A-TATG-----G-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-TT-Ataacatgt
gi|12927 : GGT-GAGCG--A-TGTG-----GGCC-C-ATG--GGC---CTCTTG-TT-AA-TA
gi|12928 : GGT-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-TTG--GGC---CTCTTG-TT-AA-TA
gi|12929 : GGT-GAGTG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-TC-AC-
gi|12919 : GGT-GAGCG--A-TGTG-----G-CT-C-ATG--GGC---CTCTTG-TT-CC-T
gi|12932 : GGT-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-T
gi|12915 : GGT-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-T
gi|12884 : GGT-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-T
gi|12875 : GGT-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-T
gi|12903 : GGT-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-T
gi|12934 : GGG-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-TT-Aatcat
gi|12933 : GGT-GAGCC--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-TT--C-TAT--
gi|12936 : GGT-GAGCG--A-TATG-----G-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-T---C-TAT--
gi|12939 : GGT-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ACG--GGC---CTCTTG-TT-
gi|12937 : GGT-GAGCGGTA-TGTG-----G-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-TT--C-TAT--
gi|12889 : GGT-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--AGC---CTCTTG-TT-
gi|12930 : GGT-GAGCA--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--GAC---CTCTTG-TT-A
gi|12897 : GGT-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--AGC---ATCTTG-TT-TC-TAgttcacctgagccgaaggctcaagtgagcttttat
gi|12935 : GGT-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--GGCG--CTCTTG-TT-
gi|12924 : GGT-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--CGC---CTCTTG--T-AC-Ttaacatg
gi|12922 : GGT-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--AGC---TTCTTG-TT-ctc
gi|12938 : GGT-GAGCA--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-
gi|12893 : GGT-GAGTG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--AGC---CTCTTG-TT----TAT-----TG-T---Gatgttttgttaccatg
gi|12926 : GGT-GAGCG--A-TGTG-----G-CA-C-ATG--AGC---CTCTTG-TT-TC-Tt
gi|12940 : GT-GAGCG--A-TGTG--------T-C-ATG--AGT---CTCTTG-TTCAC-TATCAA-ATG-T---GCGAG-TCGACCTCTTCA--GGC------CC-T-TGA-GGCCT-TTTGATT
gi|12941 : GT-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--GGC---TTCTTG-TT-AT-TGT--
gi|12947 : GT-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-TT-
gi|12946 : GT-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-TT-
gi|12945 : GT-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-TT-
gi|12944 : GT-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-TT-
gi|12943 : GT-GAGCG--A-TATG-----G-CC-C-ATA--GGC---CTCTTG-TT-AC-T
gi|12942 : GT-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-TT-
gi|12948 : GT-GAGCA--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-TT-A
gi|12949 : GT-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-CCATG--GGC---CTCTTG-TT-A
gi|12950 : T-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--AGT---CTCTTG-TT-AC-TAT--C-ATGTT---GCAAG-TCGAC-TCTC-A---GG------CC-T-TGA-GGCCCTTTTGATTaggtcatctg
gi|12951 : T-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-TT-AC-
gi|12952 : T-GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--GGC---CTCTTA-TT-AG-GAT----ATG-T---G
gi|12953 : -GAGCG--A-TGTG-----G-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-TT-AC-T
Alignments
lowQualScore : 0 00 0 11111 0 0 0 11 111 11111 3333 0 3333333 22 1 11 444 6666 2 2 2 2 2 66666 66 777777 66 777 2 2 66
lowQualScore : . .. . ..... . . . .. ... ..... .... . ....... .. . .. ... .... . . . . . ..... .. ...... .. ... . . ..
lowQualScore : 4 66 4 11111 4 4 9 11 222 66666 5555 7 8888888 00 1 55 111 2222 2 2 5 5 7 77777 33 777777 33 333 7 7 33
consensus : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-A--C-T-------A--TC-A--TG---TGC----GA-G-TCGA-C-TCT-C-----A--GGC------CC--T---TGA-G-GCC--TTTGATT
Reference ( family-294 ) : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-A--C-T-------A--TC-A--TG---TGC----GA-G-TCGA-C-TCT-C-----A--GGC------CC--T---TGA-G-GCC--TTTGATT
gi|12864 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--AGC---CACTCG-----TT-A--C-T-------A--TC-G--TG---TGC----GA-G-TCGA-C-TCT-C-----A--GGC------CC--T---TGA-G-GCC--TTTGATT
gi|12865 : GGT-GAGAG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGG---CTCTTG-----TT-A--C-T-------A--TC-A--TG---TGC----GA-G-TCGA-C-TCT-C-----A--GGC------CC--T---TGA-G-GCC--TTTGATT
gi|12866 : GGT-GAGAG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGT---CTCTTG-----TT-A--C-T-------A--TC-A--TG---TGC----GA-G-TCAA-C-TCT-C-----A--GGC------CC--T---TGA-G-GTC--TTTGATT
gi|12867 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12868 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--CGT---CTCTTG-----TT-A--C-T-------A---C-A--TG---TGC----GA---TCGA-C-TCT-C-----A--GGC------CT--T---TGA-G-GCC--TTTGATT
gi|12869 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATGA-GGT---CTCT-G-----TT-A--C-T-------A--TCCA--TG---TGC----GA-G-TCGA-C-ACT-C-----A--GGC------CC--T---TGA-G-GCC--TTTGAT
gi|12870 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-TC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-A--C-T-------A--TG-A--TG---CAA----GA-G-TCGA-C-TCT-C-----A--GGC------CC--T---TCA-G-GCC--TTTGATT
gi|12871 : GGT-GAGCG--A-TG-----TAG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-A--C-T-------A--TG-A--TG---TGA----GA-G-TCGA-C-TCT-T-----A--TGC------CC--T---TCA-G-GCC--TTTGATT
gi|12872 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CA-A-CTG--ATC---CT-TTG-----TT-A--C-T-------A--TC-A--TG---TGC----GA-G-TCGA-C-TCT-C-----A--GGC------CC--TG--TGA-G-GCC--TTTGATT
gi|12873 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--AGT---CTCTTG-----TT-A--C-T-------A--TC-A--TG---T-CGAAAGA-G-TCGACC-TCT-C-----A--GGCTTGAAGCC--T---TGATA-GCC--TTTGATT
gi|12874 : GGTCGAGCG--A-TG-----TGG-ACAC-ATGTAGTC---TTCTTT-----TA-A--C-T-------A--TC-A--TG---TGC----GA-G-TCGA-C-TCT-C-----AGGGGC------CCA-T---TGA-G-GCC--TTTGATT
gi|12875 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----T
gi|12876 : GGT-GAGCG--A-CGCATGTTGG-CC-CGATG--ATTTTTCTCTTG-----TT-A--C-T-------A--TC-A--TG---TGC----GA-G-TCGA-A-CTT-C-----A--GGC------CT--T---TGA-GTGCC--TT
gi|12877 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-A--T-T-------G--TC-A--T
gi|12878 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-A--T-C-------A--TT-A--T
gi|12879 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-A--T-T-------T--TC-A--
gi|12880 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT----T-T-------A--TT-A--TG---T
gi|12881 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-A--CAT-------A--T
gi|12882 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-A------------A--TC-A--
gi|12883 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-A----T-------A--TT-A--
gi|12884 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----T
gi|12885 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-A--C-
gi|12886 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT----C-T-------A--TT-A--
gi|12887 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--TGC---CTCTTG-----TT-A--G-T-------AT-TC-A--T
gi|12888 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT------T-------A--AC-A--TG---T
gi|12889 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--AGC---CTCTTG-----TT-
gi|12890 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-T--C-TTTG----A--TC-A--
gi|12891 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-T--C-TTGGTCCCA--TC-A--AG---TTC----GA-G-
gi|12892 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-A--
gi|12893 : GGT-GAGTG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--AGC---CTCTTG-----TT------T-------A--TT-G--TG---T
gi|12894 : GGT-GAGCG--AATG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-A--C-T-------G--T
gi|12895 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-A--
gi|12896 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-A--
gi|12897 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--AGC---ATCTTG-----TT-T--C-T-------A--
gi|12898 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-C--A-T-------ATTTC-A--CA---TGC----
gi|12899 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-T--T-T-------A--T--A--TT---TGT----G
gi|12900 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT----C-T-------A--
gi|12901 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTGT----TT-A--C-T-------
gi|12902 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TTGA--C------------------TG---TGC----CA-G-T
gi|12903 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-------------T-------A--TC-A--T
gi|12904 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12905 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12906 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12907 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12908 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12909 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12910 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12911 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12912 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12913 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12914 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12915 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----T
gi|12916 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12917 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12918 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12919 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CT-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-C--C-T-------
gi|12920 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12921 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12922 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--AGC---TTCTTG-----TT-
gi|12923 : GGT-GAGCG--A-TA-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-A--
gi|12924 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--CGC---CTCTTG------T-A--C-T-------C--TC-
gi|12925 : GAT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-AGTC-T----------TC-----G---TAG----GA-GTTCGA-C-CC
gi|12926 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CA-C-ATG--AGC---CTCTTG-----TT-T--C-T-------
gi|12927 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGGGCC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-A--A-T-------A--
gi|12928 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-TTG--GGC---CTCTTG-----TT-A--A-T-------A--
gi|12929 : GGT-GAGTG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TC-A--C-
gi|12930 : GGT-GAGCA--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GAC---CTCTTG-----TT-A--G-T----------TC-A--CC---T------GA-G-CCGA-------------A--GGC------TCAAG---TGA-G---C--TTTTAT
gi|12931 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-G--T-T----------TT-A--CGTAATACA---GATG-TC-A-C-TTT-CCTTTGAC-AGC------CC--TCGGTGG-A-GCC--TTTG
gi|12932 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----T
gi|12933 : GGT-GAGCC--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT----C-T-------A--T
gi|12934 : GGG-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-A--
gi|12935 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGCG--CTCTTG-----TT------T-------A--AC-A--TG---
gi|12936 : GGT-GAGCG--A-TA-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----T-----C-T-------A--T
gi|12937 : GGT-GAGCGGTA-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT----C-T-------A--T
gi|12938 : GGT-GAGCA--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTGATGTTTT-G--T-T-------A--CC-A--TG---
gi|12939 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ACG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12940 : GT-GAGCG--A-TG-----TG---T-C-ATG--AGT---CTCTTG-----TTCA--C-T-------A--TC-AAATG---TGC----GA-G-TCGA-CCTCTTC-----A--GGC------CC--T---TGA-G-GCCT-TTTGATT
gi|12941 : GT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---TTCTTG-----TT-A--T-T-------G--T
gi|12942 : GT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12943 : GT-GAGCG--A-TA-----TGG-CC-C-ATA--GGC---CTCTTG-----TT-A--C-T-------
gi|12944 : GT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12945 : GT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12946 : GT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12947 : GT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12948 : GT-GAGCA--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-A--
gi|12949 : GT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-CCATG--GGC---CTCTTG-----TT-A--A-G-------G--TC-A--TC---TG
gi|12950 : T-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--AGT---CTCTTG-----TT-A--C-T-------A--TC-A--TGT--TGC----AA-G-TCGA-C-TCT-C-----A--GG-------CC--T---TGA-G-GCCCTTTTGATT
gi|12951 : T-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-A--C-
gi|12952 : T-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTA-----TT-A--G-G-------A--T--A--TG---TG
gi|12953 : -GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-A--C-T-------
Alignments
lowQualScore : 0 00 0 11111 0 0 0 11 111 11111 3333 0 3333333 22 1 11 444 6666 2 2 2 2 2 66666 66 777777 66 777 2 2 66
lowQualScore : . .. . ..... . . . .. ... ..... .... . ....... .. . .. ... .... . . . . . ..... .. ...... .. ... . . ..
lowQualScore : 4 66 4 11111 4 4 9 11 222 66666 5555 7 8888888 00 1 55 111 2222 2 2 5 5 7 77777 33 777777 33 333 7 7 33
consensus : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-A--C-T-------A--TC-A--TG---TGC----GA-G-TCGA-C-TCT-C-----A--GGC------CC--T---TGA-G-GCC--TTTGATT
Reference ( family-294 ) : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-A--C-T-------A--TC-A--TG---TGC----GA-G-TCGA-C-TCT-C-----A--GGC------CC--T---TGA-G-GCC--TTTGATT
gi|12864 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--AGC---CACTCG-----TT-A--C-T-------A--TC-G--TG---TGC----GA-G-TCGA-C-TCT-C-----A--GGC------CC--T---TGA-G-GCC--TTTGATT
gi|12865 : GGT-GAGAG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGG---CTCTTG-----TT-A--C-T-------A--TC-A--TG---TGC----GA-G-TCGA-C-TCT-C-----A--GGC------CC--T---TGA-G-GCC--TTTGATT
gi|12866 : GGT-GAGAG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGT---CTCTTG-----TT-A--C-T-------A--TC-A--TG---TGC----GA-G-TCAA-C-TCT-C-----A--GGC------CC--T---TGA-G-GTC--TTTGATT
gi|12867 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12868 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--CGT---CTCTTG-----TT-A--C-T-------A---C-A--TG---TGC----GA---TCGA-C-TCT-C-----A--GGC------CT--T---TGA-G-GCC--TTTGATT
gi|12869 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATGA-GGT---CTCT-G-----TT-A--C-T-------A--TCCA--TG---TGC----GA-G-TCGA-C-ACT-C-----A--GGC------CC--T---TGA-G-GCC--TTTGAT
gi|12870 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-TC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-A--C-T-------A--TG-A--TG---CAA----GA-G-TCGA-C-TCT-C-----A--GGC------CC--T---TCA-G-GCC--TTTGATT
gi|12871 : GGT-GAGCG--A-TG-----TAG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-A--C-T-------A--TG-A--TG---TGA----GA-G-TCGA-C-TCT-T-----A--TGC------CC--T---TCA-G-GCC--TTTGATT
gi|12872 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CA-A-CTG--ATC---CT-TTG-----TT-A--C-T-------A--TC-A--TG---TGC----GA-G-TCGA-C-TCT-C-----A--GGC------CC--TG--TGA-G-GCC--TTTGATT
gi|12873 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--AGT---CTCTTG-----TT-A--C-T-------A--TC-A--TG---T-CGAAAGA-G-TCGACC-TCT-C-----A--GGCTTGAAGCC--T---TGATA-GCC--TTTGATT
gi|12874 : GGTCGAGCG--A-TG-----TGG-ACAC-ATGTAGTC---TTCTTT-----TA-A--C-T-------A--TC-A--TG---TGC----GA-G-TCGA-C-TCT-C-----AGGGGC------CCA-T---TGA-G-GCC--TTTGATT
gi|12875 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----T
gi|12876 : GGT-GAGCG--A-CGCATGTTGG-CC-CGATG--ATTTTTCTCTTG-----TT-A--C-T-------A--TC-A--TG---TGC----GA-G-TCGA-A-CTT-C-----A--GGC------CT--T---TGA-GTGCC--TT
gi|12877 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-A--T-T-------G--TC-A--T
gi|12878 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-A--T-C-------A--TT-A--T
gi|12879 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-A--T-T-------T--TC-A--
gi|12880 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT----T-T-------A--TT-A--TG---T
gi|12881 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-A--CAT-------A--T
gi|12882 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-A------------A--TC-A--
gi|12883 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-A----T-------A--TT-A--
gi|12884 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----T
gi|12885 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-A--C-
gi|12886 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT----C-T-------A--TT-A--
gi|12887 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--TGC---CTCTTG-----TT-A--G-T-------AT-TC-A--T
gi|12888 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT------T-------A--AC-A--TG---T
gi|12889 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--AGC---CTCTTG-----TT-
gi|12890 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-T--C-TTTG----A--TC-A--
gi|12891 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-T--C-TTGGTCCCA--TC-A--AG---TTC----GA-G-
gi|12892 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-A--
gi|12893 : GGT-GAGTG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--AGC---CTCTTG-----TT------T-------A--TT-G--TG---T
gi|12894 : GGT-GAGCG--AATG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-A--C-T-------G--T
gi|12895 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-A--
gi|12896 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-A--
gi|12897 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--AGC---ATCTTG-----TT-T--C-T-------A--
gi|12898 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-C--A-T-------ATTTC-A--CA---TGC----
gi|12899 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-T--T-T-------A--T--A--TT---TGT----G
gi|12900 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT----C-T-------A--
gi|12901 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTGT----TT-A--C-T-------
gi|12902 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TTGA--C------------------TG---TGC----CA-G-T
gi|12903 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-------------T-------A--TC-A--T
gi|12904 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12905 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12906 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12907 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12908 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12909 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12910 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12911 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12912 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12913 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12914 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12915 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----T
gi|12916 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12917 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12918 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12919 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CT-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-C--C-T-------
gi|12920 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12921 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12922 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--AGC---TTCTTG-----TT-
gi|12923 : GGT-GAGCG--A-TA-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-A--
gi|12924 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--CGC---CTCTTG------T-A--C-T-------C--TC-
gi|12925 : GAT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-AGTC-T----------TC-----G---TAG----GA-GTTCGA-C-CC
gi|12926 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CA-C-ATG--AGC---CTCTTG-----TT-T--C-T-------
gi|12927 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGGGCC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-A--A-T-------A--
gi|12928 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-TTG--GGC---CTCTTG-----TT-A--A-T-------A--
gi|12929 : GGT-GAGTG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TC-A--C-
gi|12930 : GGT-GAGCA--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GAC---CTCTTG-----TT-A--G-T----------TC-A--CC---T------GA-G-CCGA-------------A--GGC------TCAAG---TGA-G---C--TTTTAT
gi|12931 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-G--T-T----------TT-A--CGTAATACA---GATG-TC-A-C-TTT-CCTTTGAC-AGC------CC--TCGGTGG-A-GCC--TTTG
gi|12932 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----T
gi|12933 : GGT-GAGCC--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT----C-T-------A--T
gi|12934 : GGG-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-A--
gi|12935 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGCG--CTCTTG-----TT------T-------A--AC-A--TG---
gi|12936 : GGT-GAGCG--A-TA-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----T-----C-T-------A--T
gi|12937 : GGT-GAGCGGTA-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT----C-T-------A--T
gi|12938 : GGT-GAGCA--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTGATGTTTT-G--T-T-------A--CC-A--TG---
gi|12939 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ACG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12940 : GT-GAGCG--A-TG-----TG---T-C-ATG--AGT---CTCTTG-----TTCA--C-T-------A--TC-AAATG---TGC----GA-G-TCGA-CCTCTTC-----A--GGC------CC--T---TGA-G-GCCT-TTTGATT
gi|12941 : GT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---TTCTTG-----TT-A--T-T-------G--T
gi|12942 : GT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12943 : GT-GAGCG--A-TA-----TGG-CC-C-ATA--GGC---CTCTTG-----TT-A--C-T-------
gi|12944 : GT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12945 : GT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12946 : GT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12947 : GT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12948 : GT-GAGCA--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-A--
gi|12949 : GT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-CCATG--GGC---CTCTTG-----TT-A--A-G-------G--TC-A--TC---TG
gi|12950 : T-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--AGT---CTCTTG-----TT-A--C-T-------A--TC-A--TGT--TGC----AA-G-TCGA-C-TCT-C-----A--GG-------CC--T---TGA-G-GCCCTTTTGATT
gi|12951 : T-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-A--C-
gi|12952 : T-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTA-----TT-A--G-G-------A--T--A--TG---TG
gi|12953 : -GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-A--C-T-------
blockSeqs : CATGT TA TTT ATGTT AGT TGGTCCC TT C AA TAA GAAA T T C C T CTTTG GG TTGAAG AA CGG T T CT
blockSeqs : . A G T GA TTG T . . T A . . . . . . C . A G . . T
blockSeqs : . . . . CA . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . A . .
blockSeqs : . . . . A . .
blockSeqs : . . . . A . .
blockSeqs : . . . . G . .
blockSeqs : . . . . A . .
blockSeqs : . . . . G . .
blockSeqs : . . . . A . .
blockSeqs : . . . . A . .
blockSeqs : . . . . A . .
blockSeqs : . . . . A . .
blockSeqs : . . . . A .
blockSeqs : . . . . A .
blockSeqs : . . . . A .
blockSeqs : . . . . A .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons :
originalCons : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-A--C-T-------A--TC-A--TG---TGC----GA-G-TCGA-C-TCT-C-----A--GGC------CC--T---TGA-G-GCC--TTTGATT
finalCons : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-A--C-T-------A--TC-A--TG---TGC----GA-G-TCGA-C-TCT-C-----A--GGC------CC--T---TGA-G-GCC--TTTGATT
Alignments
lowQualScore : 0 00 0 11111 0 0 0 11 111 11111 3333 0 3333333 22 1 11 444 6666 2 2 2 2 2 66666 66 777777 66 777 2 2 66
lowQualScore : . .. . ..... . . . .. ... ..... .... . ....... .. . .. ... .... . . . . . ..... .. ...... .. ... . . ..
lowQualScore : 4 66 4 11111 4 4 9 11 222 66666 5555 7 8888888 00 1 55 111 2222 2 2 5 5 7 77777 33 777777 33 333 7 7 33
consensus : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-A--C-T-------A--TC-A--TG---TGC----GA-G-TCGA-C-TCT-C-----A--GGC------CC--T---TGA-G-GCC--TTTGATT
Reference ( family-294 ) : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-A--C-T-------A--TC-A--TG---TGC----GA-G-TCGA-C-TCT-C-----A--GGC------CC--T---TGA-G-GCC--TTTGATT
gi|12864 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--AGC---CACTCG-----TT-A--C-T-------A--TC-G--TG---TGC----GA-G-TCGA-C-TCT-C-----A--GGC------CC--T---TGA-G-GCC--TTTGATT
gi|12865 : GGT-GAGAG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGG---CTCTTG-----TT-A--C-T-------A--TC-A--TG---TGC----GA-G-TCGA-C-TCT-C-----A--GGC------CC--T---TGA-G-GCC--TTTGATT
gi|12866 : GGT-GAGAG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGT---CTCTTG-----TT-A--C-T-------A--TC-A--TG---TGC----GA-G-TCAA-C-TCT-C-----A--GGC------CC--T---TGA-G-GTC--TTTGATT
gi|12867 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12868 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--CGT---CTCTTG-----TT-A--C-T-------A---C-A--TG---TGC----GA---TCGA-C-TCT-C-----A--GGC------CT--T---TGA-G-GCC--TTTGATT
gi|12869 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATGA-GGT---CTCT-G-----TT-A--C-T-------A--TCCA--TG---TGC----GA-G-TCGA-C-ACT-C-----A--GGC------CC--T---TGA-G-GCC--TTTGAT
gi|12870 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-TC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-A--C-T-------A--TG-A--TG---CAA----GA-G-TCGA-C-TCT-C-----A--GGC------CC--T---TCA-G-GCC--TTTGATT
gi|12871 : GGT-GAGCG--A-TG-----TAG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-A--C-T-------A--TG-A--TG---TGA----GA-G-TCGA-C-TCT-T-----A--TGC------CC--T---TCA-G-GCC--TTTGATT
gi|12872 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CA-A-CTG--ATC---CT-TTG-----TT-A--C-T-------A--TC-A--TG---TGC----GA-G-TCGA-C-TCT-C-----A--GGC------CC--TG--TGA-G-GCC--TTTGATT
gi|12873 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--AGT---CTCTTG-----TT-A--C-T-------A--TC-A--TG---T-CGAAAGA-G-TCGACC-TCT-C-----A--GGCTTGAAGCC--T---TGATA-GCC--TTTGATT
gi|12874 : GGTCGAGCG--A-TG-----TGG-ACAC-ATGTAGTC---TTCTTT-----TA-A--C-T-------A--TC-A--TG---TGC----GA-G-TCGA-C-TCT-C-----AGGGGC------CCA-T---TGA-G-GCC--TTTGATT
gi|12875 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----T
gi|12876 : GGT-GAGCG--A-CGCATGTTGG-CC-CGATG--ATTTTTCTCTTG-----TT-A--C-T-------A--TC-A--TG---TGC----GA-G-TCGA-A-CTT-C-----A--GGC------CT--T---TGA-GTGCC--TT
gi|12877 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-A--T-T-------G--TC-A--T
gi|12878 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-A--T-C-------A--TT-A--T
gi|12879 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-A--T-T-------T--TC-A--
gi|12880 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT----T-T-------A--TT-A--TG---T
gi|12881 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-A--CAT-------A--T
gi|12882 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-A------------A--TC-A--
gi|12883 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-A----T-------A--TT-A--
gi|12884 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----T
gi|12885 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-A--C-
gi|12886 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT----C-T-------A--TT-A--
gi|12887 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--TGC---CTCTTG-----TT-A--G-T-------AT-TC-A--T
gi|12888 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT------T-------A--AC-A--TG---T
gi|12889 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--AGC---CTCTTG-----TT-
gi|12890 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-T--C-TTTG----A--TC-A--
gi|12891 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-T--C-TTGGTCCCA--TC-A--AG---TTC----GA-G-
gi|12892 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-A--
gi|12893 : GGT-GAGTG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--AGC---CTCTTG-----TT------T-------A--TT-G--TG---T
gi|12894 : GGT-GAGCG--AATG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-A--C-T-------G--T
gi|12895 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-A--
gi|12896 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-A--
gi|12897 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--AGC---ATCTTG-----TT-T--C-T-------A--
gi|12898 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-C--A-T-------ATTTC-A--CA---TGC----
gi|12899 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-T--T-T-------A--T--A--TT---TGT----G
gi|12900 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT----C-T-------A--
gi|12901 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTGT----TT-A--C-T-------
gi|12902 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TTGA--C------------------TG---TGC----CA-G-T
gi|12903 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-------------T-------A--TC-A--T
gi|12904 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12905 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12906 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12907 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12908 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12909 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12910 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12911 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12912 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12913 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12914 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12915 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----T
gi|12916 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12917 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12918 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12919 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CT-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-C--C-T-------
gi|12920 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12921 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12922 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--AGC---TTCTTG-----TT-
gi|12923 : GGT-GAGCG--A-TA-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-A--
gi|12924 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--CGC---CTCTTG------T-A--C-T-------C--TC-
gi|12925 : GAT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-AGTC-T----------TC-----G---TAG----GA-GTTCGA-C-CC
gi|12926 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CA-C-ATG--AGC---CTCTTG-----TT-T--C-T-------
gi|12927 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGGGCC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-A--A-T-------A--
gi|12928 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-TTG--GGC---CTCTTG-----TT-A--A-T-------A--
gi|12929 : GGT-GAGTG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TC-A--C-
gi|12930 : GGT-GAGCA--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GAC---CTCTTG-----TT-A--G-T----------TC-A--CC---T------GA-G-CCGA-------------A--GGC------TCAAG---TGA-G---C--TTTTAT
gi|12931 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-G--T-T----------TT-A--CGTAATACA---GATG-TC-A-C-TTT-CCTTTGAC-AGC------CC--TCGGTGG-A-GCC--TTTG
gi|12932 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----T
gi|12933 : GGT-GAGCC--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT----C-T-------A--T
gi|12934 : GGG-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-A--
gi|12935 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGCG--CTCTTG-----TT------T-------A--AC-A--TG---
gi|12936 : GGT-GAGCG--A-TA-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----T-----C-T-------A--T
gi|12937 : GGT-GAGCGGTA-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT----C-T-------A--T
gi|12938 : GGT-GAGCA--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTGATGTTTT-G--T-T-------A--CC-A--TG---
gi|12939 : GGT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ACG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12940 : GT-GAGCG--A-TG-----TG---T-C-ATG--AGT---CTCTTG-----TTCA--C-T-------A--TC-AAATG---TGC----GA-G-TCGA-CCTCTTC-----A--GGC------CC--T---TGA-G-GCCT-TTTGATT
gi|12941 : GT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---TTCTTG-----TT-A--T-T-------G--T
gi|12942 : GT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12943 : GT-GAGCG--A-TA-----TGG-CC-C-ATA--GGC---CTCTTG-----TT-A--C-T-------
gi|12944 : GT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12945 : GT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12946 : GT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12947 : GT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-
gi|12948 : GT-GAGCA--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-A--
gi|12949 : GT-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-CCATG--GGC---CTCTTG-----TT-A--A-G-------G--TC-A--TC---TG
gi|12950 : T-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--AGT---CTCTTG-----TT-A--C-T-------A--TC-A--TGT--TGC----AA-G-TCGA-C-TCT-C-----A--GG-------CC--T---TGA-G-GCCCTTTTGATT
gi|12951 : T-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-A--C-
gi|12952 : T-GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTA-----TT-A--G-G-------A--T--A--TG---TG
gi|12953 : -GAGCG--A-TG-----TGG-CC-C-ATG--GGC---CTCTTG-----TT-A--C-T-------