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Reference ( gi|126845 )       :   TATTTT-T--A---T--GCC-C-CC------G--T-GA-TC-G-AA-----GA-TC------------A--------------T--------GG----GG-----------------G------C--A-T--A--TT--G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T-C-AT-TCT
gi|126846                     :   TATTTT-T--A---T--GCC-C-CC------G--T-GA-TC-G-AA-----GA-TC------------G-----------------------GG----GG-----------------G------C--A-T--A--TT--G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T-C-AT-TCT
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Reference ( family-225 )      :                              TATTTT-T--A---T--G-CC-C-CC------G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------C-------------G-G---------G-G--------------GGC--AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T-C-AT-TCT
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gi|126888                     :                               ATTAT-T--A---T--G-CC-C-CC------G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------C-------------
gi|126888                     :                                                       C------G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------C-------------A-G---------G-G--------------GGC--AT--A--TT--G----T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T-C-AT-aggcgtgatcgaagatcagggggcatattgttttgtcctgtctgtcat
gi|126889                     : attattatgcccccgtgatcgaagatcaggATTTT-T--A---A--G-CC-C-CC------G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------C-------------G-G---------G-G--------------GGC--AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-G-
gi|126890                     :                               ATTTT-T--A---T--G-CC-C-CT------G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------CGGGGGGGGGGGGGG-G---------G-G--------------GGG--GT--A--TT--G--T-T---T-T-T-A-T---CC-TG-----T---C-TG-
gi|126891                     :                               ATTTG-T--A---T--G-CC-C-CC------G-T-GA-T-C-A-AA---A-T--------T-------------G-G---------G-GAGGGGGGGGGGGGGGGC--GC--AA-TT--G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-T--T-C-AT-TCT
gi|126897                     :                                TTTT-T--A---T--G-CC-C-CC------G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------C-------------G-G---------G-G--------------GGC--AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T-C-AT-TCT
gi|126898                     :                                TTTT-T--A---T--G-CC-C-CC------G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------C-------------A-G---------G-G--------------GGC--AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T-C-AT-TCT
gi|126899                     :                                TTTT-T--A---T--G-CC-C-CC------G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------G-------------C-G---------G-G--------------GGC--AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T-C-AT-TCT
gi|126900                     :                                TTTT-T--A---T--G-CC-C-CC------G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------C-------------G-G---------G-G--------------GGC--AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T-C-AT-T
gi|126901                     :                                TTTT-T--A---T--G-CC-C-CC------G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------C-------------G-G---------G-G--------------GGC--AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T-C-AT-T
gi|126902                     :                                TTTT-T--A---T--G-CC-C-CC------G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------C-------------G-G---------G-G--------------AGC--AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T-C-AC-T
gi|126903                     :                                TTTT-T--A---T--G-CC-C-CC------G-T-GA-T-C-G-AG-A-A-T--------C-------------G-G---------G-G----------------C--AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T-C-AT-TCT
gi|126904                     :                                TTTT-T--A---T--G-CC-C-CC------G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T------------------------G---------G-G--------------GGC--AA--A--TT--G----T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T-C-AT-TCT
gi|126905                     :                                TTAT-T--A---T--G-CC-C-C-------G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------C-------------G-G---------G-G--------------GGC--AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T-C-AT-TCT
gi|126906                     :                                TTTT-T--A---T--G-CC-A-CC------G-T-GA-T-C-A-AA-G-A-T--------C-------------G-G---------G-G--------------GGC--ATC-A--TT--G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T-C-AT-TCT
gi|126907                     :                                TTTT-T--A---T--G-CC-T-CC------G-T-GA-T-C-G-GA-A-A-T--------C-------------G-G---------G-G--------------GGC--AT--A--TT--C--T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T-C-AT-TCT
gi|126908                     :                                TTTT-T--A---T--G-CC-C-CC------G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------C-------------G-G---------G-G--------------GGC--AT--A--TTG-G--T-T---T-T-T-A-T---CC-TG-----C---C-TG-T-C-AT-T
gi|126909                     :                                TTTT-T--A---T--G-CC-C-CC------G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------C-------------G-ATCGAAT---A-G--------------GGC--AT--A--TTCCG--T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T-C-AT-TCT
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gi|126912                     :                                TTTT-T--A---T--G-CC-C-CC------G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------C-------------G-G---------G-G--------------GGC--AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-G-A---C-------------C-TG-T-C-AT-TCT
gi|126913                     :                                TTTT-T--A---T--G-CC-C-CC------G-T-GA-T-C-G-AA-G-ATT--------C-------------G-G---------G-G--------------GGC--AT--AACTT--GT-T-T---T-T-T-G-T---CC-TT-----T---C-TG-T-C-
gi|126914                     :                                TTTT-T--A---T--G-CA-C-T-------G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------C-------------G-G---------A-G--------------GCC--AT--A--TTG-G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T-C-AT-TCT
gi|126915                     :                                TTTT-T--A---T--G-CC-C-CC------G-T-GA-T-A-T-AA-G-A-T--------C-------------G-A---------A-G--------------G-C--AT--G--TT--G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----C---G-TG-T-C-AT-CCT
gi|126916                     :                                TTTG-T--G---T--G-CC-C-TC------G-TTGA-T-C-G-AA-G-A-T--------C-------------G-G---------G-G----------------C--AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T---AT-TCT
gi|126917                     :                                TTTT-T--A---TA-G-CC-C-CC------G-T-GA-T---G-AA-G-A-T--------C-------------G-G---------G-G--------------GCA--AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-GCT---CC-TG-----T---C-TG-T-C-GA-TCT
gi|126918                     :                                TTTT-T--A---T--G-CC-C-CG------G-T-GA-G-C-G-A--G-A-T--------C-------------G-G---------G-G---------------GC--AT--A--TT--G----T---T-T-T-G-T---CCTTG-----T---C-TG-T-C-AT-T
gi|126919                     :                                TTTT-A--A---T--G-CC-C-CC------A-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------C-------------G-G---------T-G--------------GA---AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TGGCAT-T---C-TG-T-C-
gi|126920                     :                                TTCT-T--A---T--G-CC-C-C-------G-T-GACT-C-G-AAAG-A-T--------C-------------G-G---------G-G--------------GCC--AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TGC----T---C-TG-T-C-AT-ACT
gi|126921                     :                                TTTT-T--A---T--G-CC-T-TG------G-T-GA-T-T-G-AA-G-A-T--------C-------------G-G---------G-GGGGAGGGG------GGC--AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----TCTGC-TG-T-C-CT-TCT
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gi|126935                     :                                 TTT-T--A---T--G-CC-C-CC------G-T-GA-T-C-G-GA-G-A-T--------T-------------G-G---------G-G--------------GGC--AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-A-TGCCCC-TG-----T---
gi|126936                     :                                 TTT-T--A---T--G-CC-C-CC------G-T-GA-T-C-G-AA-GGA-T--------A-------------G-G---------G-G--------------GGC--AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T-C-AT-TCT
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gi|126943                     :                                  TC-T--A---T--G-CT-T-AC------G-T-GA-T-G-A-AA-G-A-T--------T-------------G-GAGGGGGGGGG-G--------------GGC--AT--G--TT--G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T-C-AT-TCT
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gi|126956                     :                                    -T--A---T--G-CC-C-CC------G-T-AA-T-C-G-AA-G-A-T--------C-------------A-G---------G-G--------------ACC--AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T-C-AT-TCT
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Alignments
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Reference ( family-225 )      :                              TATTTT-T--A---T--G-CC-C-CC------G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------C-------------G-G---------G-G--------------GGC--AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T-C-AT-TCT
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gi|126887                     :                               ATTTT-T--A---T--G-CC-C-CC------G-T-GA-G-CAG-AA-G-A-TTT------C-------------G-G---------TTG--------------GGC--AT--A--TT--G--T-T---T-T-TGG-T---CC-T------T---C-TG-T-C-AT-
gi|126888                     :                               ATTAT-T--A---T--G-CC-C-CC------G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------C-------------
gi|126888                     :                                                       C------G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------C-------------A-G---------G-G--------------GGC--AT--A--TT--G----T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T-C-AT-aggcgtgatcgaagatcagggggcatattgttttgtcctgtctgtcat
gi|126889                     : attattatgcccccgtgatcgaagatcaggATTTT-T--A---A--G-CC-C-CC------G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------C-------------G-G---------G-G--------------GGC--AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-G-
gi|126890                     :                               ATTTT-T--A---T--G-CC-C-CT------G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------CGGGGGGGGGGGGGG-G---------G-G--------------GGG--GT--A--TT--G--T-T---T-T-T-A-T---CC-TG-----T---C-TG-
gi|126891                     :                               ATTTG-T--A---T--G-CC-C-CC------G-T-GA-T-C-A-AA---A-T--------T-------------G-G---------G-GAGGGGGGGGGGGGGGGC--GC--AA-TT--G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-T--T-C-AT-TCT
gi|126897                     :                                TTTT-T--A---T--G-CC-C-CC------G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------C-------------G-G---------G-G--------------GGC--AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T-C-AT-TCT
gi|126898                     :                                TTTT-T--A---T--G-CC-C-CC------G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------C-------------A-G---------G-G--------------GGC--AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T-C-AT-TCT
gi|126899                     :                                TTTT-T--A---T--G-CC-C-CC------G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------G-------------C-G---------G-G--------------GGC--AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T-C-AT-TCT
gi|126900                     :                                TTTT-T--A---T--G-CC-C-CC------G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------C-------------G-G---------G-G--------------GGC--AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T-C-AT-T
gi|126901                     :                                TTTT-T--A---T--G-CC-C-CC------G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------C-------------G-G---------G-G--------------GGC--AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T-C-AT-T
gi|126902                     :                                TTTT-T--A---T--G-CC-C-CC------G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------C-------------G-G---------G-G--------------AGC--AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T-C-AC-T
gi|126903                     :                                TTTT-T--A---T--G-CC-C-CC------G-T-GA-T-C-G-AG-A-A-T--------C-------------G-G---------G-G----------------C--AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T-C-AT-TCT
gi|126904                     :                                TTTT-T--A---T--G-CC-C-CC------G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T------------------------G---------G-G--------------GGC--AA--A--TT--G----T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T-C-AT-TCT
gi|126905                     :                                TTAT-T--A---T--G-CC-C-C-------G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------C-------------G-G---------G-G--------------GGC--AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T-C-AT-TCT
gi|126906                     :                                TTTT-T--A---T--G-CC-A-CC------G-T-GA-T-C-A-AA-G-A-T--------C-------------G-G---------G-G--------------GGC--ATC-A--TT--G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T-C-AT-TCT
gi|126907                     :                                TTTT-T--A---T--G-CC-T-CC------G-T-GA-T-C-G-GA-A-A-T--------C-------------G-G---------G-G--------------GGC--AT--A--TT--C--T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T-C-AT-TCT
gi|126908                     :                                TTTT-T--A---T--G-CC-C-CC------G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------C-------------G-G---------G-G--------------GGC--AT--A--TTG-G--T-T---T-T-T-A-T---CC-TG-----C---C-TG-T-C-AT-T
gi|126909                     :                                TTTT-T--A---T--G-CC-C-CC------G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------C-------------G-ATCGAAT---A-G--------------GGC--AT--A--TTCCG--T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T-C-AT-TCT
gi|126910                     :                                TTTT-T--A---T--G-CC-C-CC------G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-G--------C-------------G-G---------G-G--------------GGC--AT--A--TT--G--T-T---T-T-A-G-T----C-TG-----T---C-TG-T-C-AT-TCT
gi|126911                     :                                TTTT-T--A---T--C-CC-C-CC------G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------C-------------G-G---------G-G--------------GGC--AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-A-T---CC-TGTCAT-T---C-TG-T-C-AC-TCT
gi|126912                     :                                TTTT-T--A---T--G-CC-C-CC------G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------C-------------G-G---------G-G--------------GGC--AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-G-A---C-------------C-TG-T-C-AT-TCT
gi|126913                     :                                TTTT-T--A---T--G-CC-C-CC------G-T-GA-T-C-G-AA-G-ATT--------C-------------G-G---------G-G--------------GGC--AT--AACTT--GT-T-T---T-T-T-G-T---CC-TT-----T---C-TG-T-C-
gi|126914                     :                                TTTT-T--A---T--G-CA-C-T-------G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------C-------------G-G---------A-G--------------GCC--AT--A--TTG-G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T-C-AT-TCT
gi|126915                     :                                TTTT-T--A---T--G-CC-C-CC------G-T-GA-T-A-T-AA-G-A-T--------C-------------G-A---------A-G--------------G-C--AT--G--TT--G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----C---G-TG-T-C-AT-CCT
gi|126916                     :                                TTTG-T--G---T--G-CC-C-TC------G-TTGA-T-C-G-AA-G-A-T--------C-------------G-G---------G-G----------------C--AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T---AT-TCT
gi|126917                     :                                TTTT-T--A---TA-G-CC-C-CC------G-T-GA-T---G-AA-G-A-T--------C-------------G-G---------G-G--------------GCA--AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-GCT---CC-TG-----T---C-TG-T-C-GA-TCT
gi|126918                     :                                TTTT-T--A---T--G-CC-C-CG------G-T-GA-G-C-G-A--G-A-T--------C-------------G-G---------G-G---------------GC--AT--A--TT--G----T---T-T-T-G-T---CCTTG-----T---C-TG-T-C-AT-T
gi|126919                     :                                TTTT-A--A---T--G-CC-C-CC------A-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------C-------------G-G---------T-G--------------GA---AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TGGCAT-T---C-TG-T-C-
gi|126920                     :                                TTCT-T--A---T--G-CC-C-C-------G-T-GACT-C-G-AAAG-A-T--------C-------------G-G---------G-G--------------GCC--AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TGC----T---C-TG-T-C-AT-ACT
gi|126921                     :                                TTTT-T--A---T--G-CC-T-TG------G-T-GA-T-T-G-AA-G-A-T--------C-------------G-G---------G-GGGGAGGGG------GGC--AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----TCTGC-TG-T-C-CT-TCT
gi|126922                     :                                TTTT-T--ACAAT--A-AC-C-CT------G-T-GA-T-C-G-GA-G-A-T--------C-------------G-G---------T-T--------------TGC--AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-G-C---CC-TG-----T---C-TG-T-C-AT-TCT
gi|126935                     :                                 TTT-T--A---T--G-CC-C-CC------G-T-GA-T-C-G-GA-G-A-T--------T-------------G-G---------G-G--------------GGC--AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-A-TGCCCC-TG-----T---
gi|126936                     :                                 TTT-T--A---T--G-CC-C-CC------G-T-GA-T-C-G-AA-GGA-T--------A-------------G-G---------G-G--------------GGC--AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T-C-AT-TCT
gi|126937                     :                                 TTT-T--A---T--G-CC-T-CA------G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------C---------------A---------G-G--------------GGC--AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-G-T---C-------------C-TG-T-C-AT-TCT
gi|126938                     :                                 TTT-T--A---TTGG-CC-C-CCA-----G-T-GA-G-C-G-GA-A-A-T--------C-------------G-G---------G-G--------------G-C--AT--A--TT--G--T-TGTGT-C-T-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T-C-AT-TCT
gi|126939                     :                                 TTT-T--A---T--G-CC-C-CC------T-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------T-------------G-G---------G-G--------------AGT--AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-G-T---TC-TT-----T---C-TG-T-
gi|126940                     :                                 TTT-T--A---T--G-CC-C-CCC-----G-T-GAAT-C-G-AA-G-A-C--------T-------------G-G---------G-G----------------C--AT--A--TT--G--T-T---T-TCT-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T---AT-TC
gi|126942                     :                                  TT-T--A---T----CC-C-CC--------T-GA-A-C-G-AA-G-AAT--------C-------------G-G---------G-G---------------GC--AT--A--TT--G----T---T-T-T-G-T---CC-T------T---C-TG-T-C-AT-TCT
gi|126943                     :                                  TC-T--A---T--G-CT-T-AC------G-T-GA-T-G-A-AA-G-A-T--------T-------------G-GAGGGGGGGGG-G--------------GGC--AT--G--TT--G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T-C-AT-TCT
gi|126945                     :                                   T-T--A---T--G-CC-C-CC------G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------C-------------G-G---------G-G--------------GGC--AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-G-T---CCTTG-----T---C-TG-T-C-AT-TCT
gi|126946                     :                                   T-C--A---C--G-CC-C-CC------G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------C-------------G-G---------G-G--------------AGC--AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T-C-AT-TCT
gi|126947                     :                                   T-T--A---T--G-CC-T-CC------G-T-GA-T-T-G-AA-G-A-T--------C-------------G-G---------G-G---------------GC--AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T-C-AA-TCT
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gi|126949                     :                                   T-T--A---T--C-CC-C-CC------G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------C-------------G-G---------G-G--------------GGC--AT--A--TT--GT-T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T-C-AT-T
gi|126950                     :                                   T-T--A---T--G-CC-C-CT------A-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------C-------------A-G---------G-G--------------G-C--AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-TT-T-C-CT-TCT
gi|126951                     :                                   T-T--A---T--A-CC-C-CC------G-T-GA-T-C-G-AC-G-A-T--------C---------------G---------G-G--------------GGT--AT--A---T--A--T-T---T-T-T-G-C---CC-TA-----T---C----T-C-AT-TCT
gi|126952                     :                                   T-T--A---T--G-CC-C-CC------G-T-GA-T-C-G-AT-G-A-T--------C-------------G-G---------G-G--------------G-----T--A--TT--A--T-T---T-T-T-G-C---CC-TA-----------TA-T-C-AT-TCT
gi|126954                     :                                   T-T--A---T--G-CCAC-CC------G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------C---------------G---------G-G--------------GGC--AT-----TT--G----T---T-T-T-G-T----C-TG-----T-----TG-T-C-AT-T
gi|126956                     :                                    -T--A---T--G-CC-C-CC------G-T-AA-T-C-G-AA-G-A-T--------C-------------A-G---------G-G--------------ACC--AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T-C-AT-TCT
gi|126957                     :                                    -T--A---T--G-CC-C-CC------A-T-GA-T-C-G-A-----------------------------------------G-G--------------TGC--AT--A--TT--A--A-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T-C-AT-TCT
gi|126958                     :                                         ---T--G-CC-C-TC------G-C--A-T-CTG-AG-G-A-T--------C-------------G-G---------G-G--------------GGC--AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TGT----T---T-TG-T-C-AT-TCT
gi|126959                     :                                             --G-CC-C-CC------G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------C-------------G-G---------G-G--------------G----AT--A--TT--GT-T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----TC--C-TG-TCC-AT-TCT


blockSeqs                     :                                         CAA TG         TGCCCC                     TGCGGGGG GGGGGGGGGGGGG   AGGGGGGGG   AGGGGGGGGGGGGG          AC  CC TT   TAA                 TTTTC CTG
blockSeqs                     :                                         A   T          T                          TT       GGGGGGGGGGGGG   TCGAAT      GGGAGGGG                T   G  TT   GTG                 TCAT  C  
blockSeqs                     :                                         .   A          C                          .        GGGGGAGGGGGG    C           GGGGGG                  A   G  T    .                   GCAT  C  
blockSeqs                     :                                         .   .          A                          .        GGGGGGGG        .           TGGG                    .   G  T    .                   C     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          C                          .        GGATC           .           .                       .   G  T    .                   T     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
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blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
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blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
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blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
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blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                         .   .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                   .     .  
blockSeqs                     :                                             .          .                          .        .               .           .                       .   .  .    .                            
blockSeqs                     :                                                        .                          .        .                                                                                            


blockSeqCons                  :                              
originalCons                  :                              TATTTT-T--A---T--G-CC-C-CC------G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------C-------------G-G---------G-G--------------GGC--AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T-C-AT-TCT
finalCons                     :                              TATTTT-T--A---T--G-CC-C-CC------G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------C-------------G-G---------G-G--------------GGC--AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T-C-AT-TCT





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lowQualScore                  :                                    . .. ... .. .  . .  ...... . .  . . . .  . . . ........ ............. . ......... . ..............   ..  .. ..  .. .. . ... . . . . ...  .  ..... ... .  . . .  .   
lowQualScore                  :                                    4 66 111 44 4  8 4  777777 4 4  8 4 8 4  4 8 8 00000000 8888888888888 4 222222222 4 88888888888888   66  00 33  11 33 8 444 4 4 8 8 777  8  55555 555 4  4 4 4  4   
consensus                     :                              TATTTT-T--A---T--G-CC-C-CC------G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------C-------------G-G---------G-G--------------GGC--AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T-C-AT-TCT
Reference ( family-225 )      :                              TATTTT-T--A---T--G-CC-C-CC------G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------C-------------G-G---------G-G--------------GGC--AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T-C-AT-TCT
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gi|126845                     :                            acTATTTT-T--A---T--G-CC-C-CC------G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------C-------------ATG---------G-G--------------GGC--AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T-C-AT-TCT
gi|126846                     :                              TATTTT-T--A---T--G-CC-C-CC------G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------C-------------G-G---------G-G--------------GGC--AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T-C-AT-TCT
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gi|126849                     :                              TATTTT-CTAA---T--G-CC-C-CT------G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------T-------------G-A---------G-G--------------G-C--AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T-C-AT-TTT
gi|126850                     :                              TGTTTT-T--A---T--G-CG-C-CC------ACT-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------C-------------G-G---------G-G--------------G-C--AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T-C-AT-TCT
gi|126851                     :                              TATTTT-T--A---T--G-CC-C-CC------G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------C---------------G---------G-G--------------GGC--AT--A--TT--G--A-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-
gi|126852                     :                              TGTTTT-T--A---T--G-CC-C-CC------G-T-GA-T-C-A-AA-G-A-T--------T-------------G-G---------G-G--------------GGC--AT--A--TTG-G--T-TTAAT-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T-C-AT-TCT
gi|126853                     :                              TGTTTT-T--A---T--G-CT-A-CC------G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------C-------------G-G---------G-G--------------G-C--AT--A--AT--G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TT-----T---C-TG-T-C-AT-TCT
gi|126854                     :                              TGTTAT-T--A---T--G-CC-T-CC------G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------C-------------A-G---------G-G--------------GGC--AT--A--TT--G----T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T-C-AT-TCT
gi|126855                     :                              TATTTT-T--A---T--G-CC-C-CCTGCCCCG-T-GA-T-C-G-A--G-A-T--------C-------------G-G---------G-G--------------GGC--AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T-C-AT-TCT
gi|126856                     :                              TATTTT-T--A---T--G-CC-C-CC------G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------CGGGGGGGGGGGGGG-G---------G-G--------------GGG--GT--A--TT--G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-CG-T-C-AT-TCT
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gi|126870                     :                               ATTTT-T--A---T--G-CC-C-CC------G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------C-------------G-G---------G-G--------------GGC--AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T-CAAT-TCT
gi|126871                     :                               ATTTT-T--A---T--G-CC-C-CC------G-T-GA-T-C-G-AA-G-G-T--------C---------------G---------G-G--------------GCC--AT--A--TT--G--T-G---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T-C-AT-TCT
gi|126872                     :                               ATTTT-T--A---T--G-CC-C-CC------G-A-GA-T-T-G-AA-A-A-T--------T-------------G-G---------G-G--------------GGC--AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T-C-AT-TCT
gi|126873                     :                               ATTTT-T--A---T--G-CC-C-CC------G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------C-------------G-G---------G-G--------------GGC--AT--A--TT--G----T---T-T-T-G-T---CC-TT-----T---C-TG-T-C-AT-TCT
gi|126874                     :                               ATTTT-T--A---T--G-CT-C-TC------A-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------T-------------G-G---------G-A--------------A-C--AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T-C-AT-T
gi|126875                     :                               ATTTT-T--A---T--G-CT-C-TC------A-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------T-------------G-G---------G-A--------------A-C--AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-T-T---CC-TG-----T---C-TG-T-C-AT-T
gi|126876                     :                               ATTGT-T--A---T--G-CC-C-CC------G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------C-------------G-G---------G-G--------------GGC--AT--A------G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T-C-AT-T
gi|126877                     :                               ATTTT-T--A---T--G-CC-C-T-------G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------C-------------G-G---------G-G--------------GGC--AT--A--TT-----T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T-C-AT-TCT
gi|126878                     :                               ATTTT-T--A---T--G-CC-C-CCT-----A-T-GA-TTC-G-AA-G-A-T--------C-------------G-G---------G-G---------------GC--AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TT-----T---C-TGTT-C-AT-TCT
gi|126879                     :                               ATTTT-T--A---T--G-TCGCGCT------G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------C-------------G-G---------G-G--------------GGC--AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T-C-AT-T
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gi|126881                     :                               ATTTT-T--A---T--G-CC-C-CCC-----G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------CGGATC--------G-G---------G-G--------------GGC--AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-G-----CC-TT-----T---C-TG-T-C-AT-TCT
gi|126882                     :                               ATTTT-T--A---T--G-CC-C-AT------T-T-GA-T-C-A-AA-G-A-T--------T-------------G-G---------G-G--------------AGC--AT--A--TA--G--T-T---T-T-T-G-T---CT-TG-----T---C-TG-T-C-AT-TCT
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gi|126885                     :                               ATTTT-T--A---TT-G-CC-C-AC------G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------C-------------G-GC--------G-G--------------GCC--AT--C--TT--G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----TC--C-TG-T-C-AT-TCT
gi|126886                     :                               ATTTTGT--A---T--G-CC-C-CC------G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------C-------------G-G---------G-A--------------GGC--ATAGA--TT--G--T-T---T-T-T-G-T---CC--G-----T---CATG-T-C-A
gi|126887                     :                               ATTTT-T--A---T--G-CC-C-CC------G-T-GA-G-CAG-AA-G-A-TTT------C-------------G-G---------TTG--------------GGC--AT--A--TT--G--T-T---T-T-TGG-T---CC-T------T---C-TG-T-C-AT-
gi|126888                     :                               ATTAT-T--A---T--G-CC-C-CC------G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------C-------------
gi|126888                     :                                                       C------G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------C-------------A-G---------G-G--------------GGC--AT--A--TT--G----T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T-C-AT-aggcgtgatcgaagatcagggggcatattgttttgtcctgtctgtcat
gi|126889                     : attattatgcccccgtgatcgaagatcaggATTTT-T--A---A--G-CC-C-CC------G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------C-------------G-G---------G-G--------------GGC--AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-G-
gi|126890                     :                               ATTTT-T--A---T--G-CC-C-CT------G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------CGGGGGGGGGGGGGG-G---------G-G--------------GGG--GT--A--TT--G--T-T---T-T-T-A-T---CC-TG-----T---C-TG-
gi|126891                     :                               ATTTG-T--A---T--G-CC-C-CC------G-T-GA-T-C-A-AA---A-T--------T-------------G-G---------G-GAGGGGGGGGGGGGGGGC--GC--AA-TT--G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-T--T-C-AT-TCT
gi|126897                     :                                TTTT-T--A---T--G-CC-C-CC------G-T-GA-T-C-G-AA-G-A-T--------C-------------G-G---------G-G--------------GGC--AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-G-T---CC-TG-----T---C-TG-T-C-AT-TCT
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gi|126935                     :                                 TTT-T--A---T--G-CC-C-CC------G-T-GA-T-C-G-GA-G-A-T--------T-------------G-G---------G-G--------------GGC--AT--A--TT--G--T-T---T-T-T-A-TGCCCC-TG-----T---
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