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Reference ( gi|107861 )       :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         CGT-C-G-T----C--C-G-T---------T--AA-C-A-A---T-TGA--A--C-A-T---T-TT-T-------A-A-C-T--T----CT-T----C--T-T--G-A-T-A----------A-C-T-A-C-CA--G--T------C--C--A-A---T-T--C--T-TT-------T---C--A---A-A-------T----TT-G-G-T---A------T----G-A----A-G--C-A-----T---C--T-T-T--GG-GAC--A--A---G-G-G---G---C-A--C--A--T---A-A--A---T--T--G-T--AAA-T---T-T-C--A-G-G-T-C-T-C--TT---G--C-A--CCC-C-T--G-G-GG--C---CT----T-G-G--G-----------G---G-C-G-G-G-G---C-----A--A-----A--A-A-------C--T--G--C--CC-AA-AA-G-T---------G----A-CC-A-A--T-T-T----T-C---AAAA-A-----T---------C-T-T--C-T--T-C-T-T-A--A-C--A--A---C-CG-C-A-C-GT--G-T-C--T--G--A-G--A--G-AAA-CC--A-A-A--T-G--C--A-T--A-G--T-G---A-T--G--T-A-G--A-G---CA-G---G--AA-G-G---C--C--T-TT--A-C---C--A----A-A-A--T-TG--T--A-AA-T--T--T---G-G-T---G-A-T-C-C-CC-G----------G-GGT-A--GGG---T--TT-C-T-G--A-C-CC-C-A---G-GGC--G---G-GG-C----C--A--A---A-C-TT------------------G---G------TA-C--A---T-A---G-T-G----T----T-T-A-T----A-T-G-----T--A-----A---A-A---CA---T-TT--G----A-AA-AG--C-A---T--T--T--T-C---------T--T---AA-T----G-C--T-A-TT--G-A-----T--A--T--T--A------A---T-G-T---GAAG-C-T-A---AA-T-G-G---------A-T-A---T---T-T--T----A----A-A-T-G-AA-T--A-G-G--G--A----------------------C-C---TTT---T---A--T--C--A----------A---A--AT---T-G--T--A-A-A--TT---T---C---A-T-G---A--T--CC-T---A---G-G--G-------T-A---G---GG-G-T-T-------T------T--AG-T-A--T-T-A--G-G--G-T--G-G-G--G--CC----------A-A-A-A-T--G--------G-T-C---G---T--T----G--A--TG-A-A-A-T-G--T-----G----T-T-A-A--C-A-A--T-T--G-A--A--C-A-T-TT--T-T-A--A----C-T--T--C---TT---C--T--T-G-A-T-A-A-C-CA--C-C---A---G-------T--CC------A-A--T-T-C-T-T---T--T----C---A-A--A--T--T---T-G--G-T---A--T-G----A-A--G--C-A---T-C--T-T-T-GG-G--A-C-AA--------G-GGG-C-A--------C-----A--T--A-A--A---T--T-G------T--A-A-A--T-T-T-----C-A-G-G---T--C---CT---T---G--C----AC-----C-C-C--T--G-G--G-G--C-------C--T----T------------G------G-----G---G----C--G---G---G-G--C------AA---A--A----C-T--G--C--C-C---------A------A-AA---------G-T--G--A-C-C-AA---T--T------T----T---C--AA---AA---A------T------C----T----T------C--------T-----T------A-----A------------C------A---A-CC-G--C-------G----C-G-T---G-T-C--T-G---A--G--A--G--A--A--A-C-C----AA---A-----T-------G--C---A--T------A-G-T--G-A--------T----G--T-A----G-A-----G---C-A---G---G-AA--G--G---C---C-T--TT---A--C-----C--A-A-AA--T-T--G--T-A--AA---TT-T-G-G-T---G-A-T--C-C-C-C--G--G-G----G--T--A-G---G-G-------T-T--C-T---G-A--C-C-CC--A---G-GG-C---GGGG
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gi|107915                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        -----G----T-T-A-A--C-A-A--T-T--G-A--A--C-A-T-TT--T-T-A--A----C-T--T--C---TT-----------G-A-T-A-A-C-CA--C-C---A---G-------T--CC------A-A--T-T-A-T-T---T--T----C---A-A--A--T--T---T-A--G-T---A--T-G----A-A--G--C-A---T-C--T-T-T-GG-G--A-C-AA--------G-GGG-C-A--------C-----A--C--A-A--A---T--T-A------T--A-A-A--T-T-T-----C-A-G-G---T--C---TT---TT--G--C----AC-----C-C-C--T--G-G--G-G--C-------C--T----T------------G------G-----G---GG---T--G---G---G-G--C------AA---A--A------------------------------------AA---------G-T--G--A-C-A-AA---T--T------T----T---C--AA---AA---A------T------CCTC-T----T------C--------T-----T------T-----A------------C------A---G-TC-A--T-------G----C-A-T---G-T-C--T-G---A--G--A--G--A--A--A-C-T----AA---A-----T-------A--C---A--T------A-G-T--G-A--------T----G--T-A----G-A-----G---C-A---G---G-AA--G--G---C---C-T--CT---A--C-----C--A-A-AA--T-T--G--T-A--AA---TT-T-G-G-T---G-A-T--C-C-C-C--A--G-G----G--T--A-G---G-GA------T-T--C-T---G-A--C-C-CC--A---G-GG-C---GGGccaaattgtacatagagtgtatagtgtaaaacatcatttgaaaaacattttaattgctacttgacagtaaattaaaactaaaatggatgttggaatgagccagggagttttctattataattgtaaatttgcgtgacccttaggggtagggttttgcatgttagggttggggccaaacatggtcattgatgaaatgtgttaaacaattgaacatttttaactcttcttaataactaccagtcaatctctatttcaaattttggtattgagcatcttttgcgacaggggcacgtaaatttgtaaatttcaggtcttttgcacccctgggcggccggggaggcgggggggtgacacaattttcaaaaatctttttcttttacaatccaccacatgtctaacggcagcacagtaagctgaagtaagggggc
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Reference ( family-2 )        :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   CGT-C-G-T----C--C-G-T---------T--AA-C-A-A---T-TGA--A--C-A-T---T-TT-T-------A-A-C-TT----CT-T----C--T-T--G-A-T-A----------A--C-C-AC-CA--G--T--C--C--A-A---T-T--C--T-TT-------T---C--A---A-A-------T----TT-G-G-T---A------T----G-A----A-G--C-A-----T---C--T-T-T--GG-GAC--A--A---G-G-G---G--C--A--C--A--T---A-----A--A---T--T--G-T-AAA-T---T-T-C--A-G-G-T-C-T-C--TT---G--C-A--CCC-C-T--G-G-GG--C---CT----T-G-G--G-----------G---GC-G-G-G-G---C-----A--A-----A--A-A-------C--T--G--C--CC-AA-AA-G-T---------G----A-CC-A-A--T-T-T----T-C---AAAA-A-----T---------C-T-T--C-T--T-CTT--N--A-C--A--A---C-CG-C-A-C-AT--G-T-C--T--G--A-G--AG-A-A-A-CC--A-A-A--T-G--C---A-T--A-G--T-G---A-T--G--T-A-G--A-G---CA-G---G--AA-G-G---CC--T-T-T--A-C---C--A----A-A-A--T-TG-T--A-AA-T--T--T---G-G----T---G-A-T-C-C-CC-G----------G-GG--T-A-GG--G-G---T-T--C-T-G--A-C-CC-C-A---G-GGCG---G-GG-C----C--A--A---A-C-TT------------------G---G------TA-C--A---T-A---G-T-G--T----T-T-A-T----A-T-G-----T--A-----A---A-A---CA---T-TT--G----A-AA-A-G-C-A-T--C---T--T--C---------T--T--AA-T----G-C--T-A-----TT--G-A-T--A--T--T--A------A---T-G-T---GAAA-C-T-A---AA-TG-G---------A-T-A---T---T-T-T----G---A-A--T-G-AG-T--A-G-G--G--A----------------------C-C---TT-T---T---A--T--C--A---A---A--AT---T-G--T--A-A-A--TT---T---C---A-T-G---A--T--CC-T---A---G-G--G-------T-A--G---GG-G-T-T-------T------T--G--G-T-A--T-T-A--G-GG-T--G--G-G--G--CC----------A-A-A-A-T--------G--------G-T-C---A---T--T-G--A--TG-A-A-A-T-G--T-----G----T-T-A-A--C-A-A--T-T-G-A--A--C-A-T-TT-T--T-A--A----C-T--T--C---TT---C--T--T-G-A-T-A-A-C-CA--C-C---A---G-------T-C-C--A-A-T-T--C-T-T---T--T----C-A---A--A--T--T-T-G---G-T---A--T-G----A-AG--C-A---T-C--T-T-T-GGG--A-C-AA-G-GGG-C-A--------C--A--T--A-A--A---T--T-G------T--A-A-A--T-T-T-C-A-G-G-T-C-T-C--TT---G-CAC-----C-C-C--T--G-G--G-G--C-C--T--T------------G--G---G---G--T---------G-G---G-G-C------AA---A--A----C-T--G--C--CC---------A--A-AA-G-T--G--A-C-C-AA---T-T------TT---C--AA---AA---A------T------C----T----T------C--------T--T-----N----A------------C--A---A-CC-G-C-A-C----A-T---G-T-C--T-G---A--G--A-G--A--A--A-C-C----AA-A-----T-------G--C--A--T------A-G-T--G-A--------T----G--T-A----G-A-----GC-A---G---G-AA--G--G---C---C-T--TT---A--C-----C--A-A-AA--T-T--G--T-A--AA---TT-T-G-G-T---G-A-T--C-C-C-C--G--G-G-G--TAG-G--G-G------T-T--C-T--G-A--C-C-CC--A---G-GG-C---GGGG
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gi|107915                     : cgtcgtccgttacaattgaacatcttttaactccttcttgataaccaccagtcattctttcttcacttgtaatgaatcatctttgggacaaaaaggggcaaatattgtaactttcagtctcattgcaatccttgggcctggggtggggcaaaaactgccccaaaagtgaccaattttcaaaatttcttcttcacaacgcacatgtcgagagaaccaaatgcatagtgatgtaagatcaggaaggcctctatcaaaatgtaaatttagtgatccccggggtaggggttctgccccagggcggtgccaaaacttggtacatagtgttttatactataaaacatttgaaaagcatcttctttaatgttattgatattaatcgtgaactaattgatattttgaatgaatagggaaggccttttatcaaattgtaaaatttcatgattctaggggtagggttttagtattagggggggcctaaaggtcatttgatgaaatgtgttaataaattgaacatttcaacttcttcttgataaccaccagttcaattcttttcaaatttgggcatgaagcatgctttgggacaaggggcaacataaattttgtaaatttcaggtctcttgcacccctggggctgggtggtggggaaaagtgatccaagttgtgaatgataaccaaatgactatatgtttgaatttagttcatattcgacgtaaagatgtcgccttgcatatagataccttctcagtataatgtaCGT-C-A-T----C--C-G-T---------T--AA-C-A-A---T-TGA--A--C-A-T---T-TT-T-------A-A-C-TT----CT-T------------G-A-T-A----------A--C-C-AC-CA--G--T--C--C--A-A---T-T--A--T-TT-------T---C--A---A-A-------T----TT-A-G-T---A------T----G-A----A-G--C-A-----T---C--T-T-T--GG-GAC--A--A---G-G-G---G--C--A--C--A--C---A-----A--A---T--T--A-T-AAA-T---T-T-C--A-G-G-T-C-T-T--TT---G--C-A--CCC-C-T--G-G-GG--C---CT----T-G-G--G-----------G---GT-G-G-G-G---C-----A--A-----A--A-A--------------------------A-G-T---------G----A-CA-A-A--T-T-T----T-C---AAAA-A-----T---------C-C-T--C-T--T-CTT--T--A-C--A--G---T-CA-T-G-C-AT--G-T-C--T--G--A-G--AG-A-A-A-CT--A-A-A--T-A--C---A-T--A-G--T-G---A-T--G--T-A-G--A-G---CA-G---G--AA-G-G---CC--T-C-T--A-C---C--A----A-A-A--T-TG-T--A-AA-T--T--T---G-G----T---G-A-T-C-C-CC-A----------G-GG--T-A-GG--G-A---T-T--C-T-G--A-C-CC-C-A---G-GGCG---G-GA-T----C--A--A---A-C-TC------------------G---A------TA-C--A---T-A---G-T-G--T----T-T-T-A----A-T-G-----T--A-----A---A-A---CA---T-TT--G----A-AA-A-A-C-A-----------T--C---------T--------------------------------------------------------------------A-C-T-A---AA-TG-G---------A--------------------------A--T-G-AG-C--A-G-G--G--A----------------------G-T---TT-TC--T---A--T--T--A---T---A--AT---T-G--T--G-A-A--CT---T---G---G-T-G---A--T--CC-T---A---G-GA-G-------T-G--G---GG-G-T-T-------T------T--G--G-T-A--T-T-A--G-GG-T--G--G-G--G--CC----------A-A-A---T--------G--------G-T-C---A---T--T-G--A--TG-A-A---T-G--T-----G----T-T-A-A--C-A-A--T-T-A-A--A--A-A-T-TT-T------------C-T--T--C---TT---C--T--T-G-A-T-C-A-T-AT--T-G---A---T-------T-C-C--A-G-T-G--C-T-T---A--T----C-A---A--A--A--T-T-T---G-T---A--T-A----C-AG--C-A---T-C--T-T-T-GGA--AAC-AA-G-GGG-G-GGGGGGGGGC--A--T--G-A--A---T--T-GGACGGAT--A-A--------T-C-A-T-G-T-C-T-C--TT---G-CAC-----C-C-A--A--G-T--G-G--C-C--T--C------------G--G---G---G--TG--------G-G---G-G-C------AA---A-----------------------------A--A-AA-G-T--G--C-C-C-AA---T-T------TT---G--AA---AA---A------T------C----T----T------C--------T--T----------A------------C--A---A-CT-G-C-A-C----A-T---G-T-T--T-T---A-----A-T--A--A--A-T-T----AA-A-----TGTTGTTGG--C--A--T------G-G-T--G-A--------T----agg
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Reference ( family-2 )        :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   CGT-C-G-T----C--C-G-T---------T--AA-C-A-A---T-TGA--A--C-A-T---T-TT-T-------A-A-C-TT----CT-T----C--T-T--G-A-T-A----------A--C-C-AC-CA--G--T--C--C--A-A---T-T--C--T-TT-------T---C--A---A-A-------T----TT-G-G-T---A------T----G-A----A-G--C-A-----T---C--T-T-T--GG-GAC--A--A---G-G-G---G--C--A--C--A--T---A-----A--A---T--T--G-T-AAA-T---T-T-C--A-G-G-T-C-T-C--TT---G--C-A--CCC-C-T--G-G-GG--C---CT----T-G-G--G-----------G---GC-G-G-G-G---C-----A--A-----A--A-A-------C--T--G--C--CC-AA-AA-G-T---------G----A-CC-A-A--T-T-T----T-C---AAAA-A-----T---------C-T-T--C-T--T-CTT--T--A-C--A--A---C-CG-C-A-C-AT--G-T-C--T--G--A-G--AG-A-A-A-CC--A-A-A--T-G--C---A-T--A-G--T-G---A-T--G--T-A-G--A-G---CA-G---G--AA-G-G---CC--T-T-T--A-C---C--A----A-A-A--T-TG-T--A-AA-T--T--T---G-G----T---G-A-T-C-C-CC-G----------G-GG--T-A-GG--G-G---T-T--C-T-G--A-C-CC-C-A---G-GGCG---G-GG-C----C--A--A---A-C-TT------------------G---G------TA-C--A---T-A---G-T-G--T----T-T-A-T----A-T-G-----T--A-----A---A-A---CA---T-TT--G----A-AA-A-G-C-A-T--C---T--T--C---------T--T--AA-T----G-C--T-A-----TT--G-A-T--A--T--T--A------A---T-G-T---GAAA-C-T-A---AA-TG-G---------A-T-A---T---T-T-T----G---A-A--T-G-AG-T--A-G-G--G--A----------------------C-C---TT-T---T---A--T--C--A---A---A--AT---T-G--T--A-A-A--TT---T---C---A-T-G---A--T--CC-T---A---G-G--G-------T-A--G---GG-G-T-T-------T------T--G--G-T-A--T-T-A--G-GG-T--G--G-G--G--CC----------A-A-A-A-T--------G--------G-T-C---A---T--T-G--A--TG-A-A-A-T-G--T-----G----T-T-A-A--C-A-A--T-T-G-A--A--C-A-T-TT-T--T-A--A----C-T--T--C---TT---C--T--T-G-A-T-A-A-C-CA--C-C---A---G-------T-CC--A-A--T-T-C-T-T---T--T----C---A-A--A--T--T---T-G--G-T---A--T-G----A-AG--C-A---T-C--T-T-T-GGG--A-C-AA-G-GGG-C-A--------C--A--T--A-A--A---T--T-G------T--A-A-A--T-T-T-C-A-G-G-T-C-T-C--TT---G-CAC-----C-C-C--T--G-G--G-G--C-C--T--T------------G--G---G---G--T---------G-G---G-G-C------AA---A--A----C-T--G--C--CC---------A--A-AA-G-T--G--A-C-C-AA---T--T------T-T---C--AA---AA-----A------T------C----T----T------C-------T-------T-----T----A--C--A---A-CC-G---C-A-C----A-T---G-T-C--T-G---A--G--A-G--A--A--A-C-C----AA-A-----T-------G--C--A--T------A-G-T--G-A--------T----G--T-A----G-A-----GC-A---G---G-AA--G--G---C---C-T--TT---A--C-----C--A-A-AA--T-T--G--T-A--AA---TT-T-G-G-T---G-A-T--C-C-C-C--G--G-G-G--TAG-G--G-G------T-T--C-T--G-A--C-C-CC--A---G-GG-C---GGGG
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gi|107915                     : cgtcgtccgttacaattgaacatcttttaactccttcttgataaccaccagtcattctttcttcacttgtaatgaatcatctttgggacaaaaaggggcaaatattgtaactttcagtctcattgcaatccttgggcctggggtggggcaaaaactgccccaaaagtgaccaattttcaaaatttcttcttcacaacgcacatgtcgagagaaccaaatgcatagtgatgtaagatcaggaaggcctctatcaaaatgtaaatttagtgatccccggggtaggggttctgccccagggcggtgccaaaacttggtacatagtgttttatactataaaacatttgaaaagcatcttctttaatgttattgatattaatcgtgaactaattgatattttgaatgaatagggaaggccttttatcaaattgtaaaatttcatgattctaggggtagggttttagtattagggggggcctaaaggtcatttgatgaaatgtgttaataaattgaacatttcaacttcttcttgataaccaccagttcaattcttttcaaatttgggcatgaagcatgctttgggacaaggggcaacataaattttgtaaatttcaggtctcttgcacccctggggctgggtggtggggaaaagtgatccaagttgtgaatgataaccaaatgactatatgtttgaatttagttcatattcgacgtaaagatgtcgccttgcatatagataccttctcagtataatgtaCGT-C-A-T----C--C-G-T---------T--AA-C-A-A---T-TGA--A--C-A-T---T-TT-T-------A-A-C-TT----CT-T------------G-A-T-A----------A--C-C-AC-CA--G--T--C--C--A-A---T-T--A--T-TT-------T---C--A---A-A-------T----TT-A-G-T---A------T----G-A----A-G--C-A-----T---C--T-T-T--GG-GAC--A--A---G-G-G---G--C--A--C--A--C---A-----A--A---T--T--A-T-AAA-T---T-T-C--A-G-G-T-C-T-T--TT---G--C-A--CCC-C-T--G-G-GG--C---CT----T-G-G--G-----------G---GT-G-G-G-G---C-----A--A-----A--A-A--------------------------A-G-T---------G----A-CA-A-A--T-T-T----T-C---AAAA-A-----T---------C-C-T--C-T--T-CTT--T--A-C--A--G---T-CA-T-G-C-AT--G-T-C--T--G--A-G--AG-A-A-A-CT--A-A-A--T-A--C---A-T--A-G--T-G---A-T--G--T-A-G--A-G---CA-G---G--AA-G-G---CC--T-C-T--A-C---C--A----A-A-A--T-TG-T--A-AA-T--T--T---G-G----T---G-A-T-C-C-CC-A----------G-GG--T-A-GG--G-A---T-T--C-T-G--A-C-CC-C-A---G-GGCG---G-GA-T----C--A--A---A-C-TC------------------G---A------TA-C--A---T-A---G-T-G--T----T-T-T-A----A-T-G-----T--A-----A---A-A---CA---T-TT--G----A-AA-A-A-C-A-----------T--C---------T--------------------------------------------------------------------A-C-T-A---AA-TG-G---------A--------------------------A--T-G-AG-C--A-G-G--G--A----------------------G-T---TT-TC--T---A--T--T--A---T---A--AT---T-G--T--G-A-A--CT---T---G---G-T-G---A--T--CC-T---A---G-GA-G-------T-G--G---GG-G-T-T-------T------T--G--G-T-A--T-T-A--G-GG-T--G--G-G--G--CC----------A-A-A---T--------G--------G-T-C---A---T--T-G--A--TG-A-A---T-G--T-----G----T-T-A-A--C-A-A--T-T-A-A--A--A-A-T-TT-T------------C-T--T--C---TT---C--T--T-G-A-T-C-A-T-AT--T-G---A---T-------T-CC--A-G--T-G-C-T-T---A--T----C---A-A--A--A--T---T-T--G-T---A--T-A----C-AG--C-A---T-C--T-T-T-GGA--AAC-AA-G-GGG-G-GGGGGGGGGC--A--T--G-A--A---T--T-GGACGGAT--A-A--------T-C-A-T-G-T-C-T-C--TT---G-CAC-----C-C-A--A--G-T--G-G--C-C--T--C------------G--G---G---G--TG--------G-G---G-G-C------AA---A-----------------------------A--A-AA-G-T--G--C-C-C-AA---T--T------T-T---G--AA---AA-----A------T------C----T----T------C---------------T-----T----A--C--A---A-CT-G---C-A-C----A-T---G-T-T--T-T---A-----A-T--A--A--A-T-T----AA-A-----TGTTGTTGG--C--A--T------G-G-T--G-A--------T----agg
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Reference ( family-2 )        :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   CGT-C-G-T----C--C-G-T---------T--AA-C-A-A---T-TGA--A--C-A-T---T-TT-T-------A-A-C-TT----CT-T----C--T-T--G-A-T-A----------A--C-C-AC-CA--G--T--C--C--A-A---T-T--C--T-TT-------T---C--A---A-A-------T----TT-G-G-T---A------T----G-A----A-G--C-A-----T---C--T-T-T--GG-GAC--A--A---G-G-G---G--C--A--C--A--T---A-----A--A---T--T--G-T-AAA-T---T-T-C--A-G-G-T-C-T-C--TT---G--C-A--CCC-C-T--G-G-GG--C---CT----T-G-G--G-----------G---GC-G-G-G-G---C-----A--A-----A--A-A-------C--T--G--C--CC-AA-AA-G-T---------G----A-CC-A-A--T-T-T----T-C---AAAA-A-----T---------C-T-T--C-T--T-CTT--T--A-C--A--A---C-CG-C-A-C-AT--G-T-C--T--G--A-G--AG-A-A-A-CC--A-A-A--T-G--C---A-T--A-G--T-G---A-T--G--T-A-G--A-G---CA-G---G--AA-G-G---CC--T-T-T--A-C---C--A----A-A-A--T-TG-T--A-AA-T--T--T---G-G----T---G-A-T-C-C-CC-G----------G-GG--T-A-GG--G-G---T-T--C-T-G--A-C-CC-C-A---G-GGCG---G-GG-C----C--A--A---A-C-TT------------------G---G------TA-C--A---T-A---G-T-G--T----T-T-A-T----A-T-G-----T--A-----A---A-A---CA---T-TT--G----A-AA-A-G-C-A-T--C---T--T--C---------T--T--AA-T----G-C--T-A-----TT--G-A-T--A--T--T--A------A---T-G-T---GAAA-C-T-A---AA-TG-G---------A-T-A---T---T-T-T----G---A-A--T-G-AG-T--A-G-G--G--A----------------------C-C---TT-T---T---A--T--C--A---A---A--AT---T-G--T--A-A-A--TT---T---C---A-T-G---A--T--CC-T---A---G-G--G-------T-A--G---GG-G-T-T-------T------T--G--G-T-A--T-T-A--G-GG-T--G--G-G--G--CC----------A-A-A-A-T--------G--------G-T-C---A---T--T-G--A--TG-A-A-A-T-G--T-----G----T-T-A-A--C-A-A--T-T-G-A--A--C-A-T-TT-T--T-A--A----C-T--T--C---TT---C--T--T-G-A-T-A-A-C-CA--C-C---A---G-------T-CC--A-A--T-T-C-T-T---T--T----C---A-A--A--T--T---T-G--G-T---A--T-G----A-AG--C-A---T-C--T-T-T-GGG--A-C-AA-G-GGG-C-A--------C--A--T--A-A--A---T--T-G------T--A-A-A--T-T-T-C-A-G-G-T-C-T-C--TT---G-CAC-----C-C-C--T--G-G--G-G--C-C--T--T------------G--G---G---G--T---------G-G---G-G-C------AA---A--A----C-T--G--C--CC---------A--A-AA-G-T--G--A-C-C-AA---T--T------T-T---C--AA---AA-----A------T------C----T----T------C-------T-------T-----T----A--C--A---A-CC-G---C-A-C----A-T---G-T-C--T-G---A--G--A-G--A--A--A-C-C----AA-A-----T-------G--C--A--T------A-G-T--G-A--------T----G--T-A----G-A-----GC-A---G---G-AA--G--G---C---C-T--TT---A--C-----C--A-A-AA--T-T--G--T-A--AA---TT-T-G-G-T---G-A-T--C-C-C-C--G--G-G-G--TAG-G--G-G------T-T--C-T--G-A--C-C-CC--A---G-GG-C---GGGG
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gi|107915                     : cgtcgtccgttacaattgaacatcttttaactccttcttgataaccaccagtcattctttcttcacttgtaatgaatcatctttgggacaaaaaggggcaaatattgtaactttcagtctcattgcaatccttgggcctggggtggggcaaaaactgccccaaaagtgaccaattttcaaaatttcttcttcacaacgcacatgtcgagagaaccaaatgcatagtgatgtaagatcaggaaggcctctatcaaaatgtaaatttagtgatccccggggtaggggttctgccccagggcggtgccaaaacttggtacatagtgttttatactataaaacatttgaaaagcatcttctttaatgttattgatattaatcgtgaactaattgatattttgaatgaatagggaaggccttttatcaaattgtaaaatttcatgattctaggggtagggttttagtattagggggggcctaaaggtcatttgatgaaatgtgttaataaattgaacatttcaacttcttcttgataaccaccagttcaattcttttcaaatttgggcatgaagcatgctttgggacaaggggcaacataaattttgtaaatttcaggtctcttgcacccctggggctgggtggtggggaaaagtgatccaagttgtgaatgataaccaaatgactatatgtttgaatttagttcatattcgacgtaaagatgtcgccttgcatatagataccttctcagtataatgtaCGT-C-A-T----C--C-G-T---------T--AA-C-A-A---T-TGA--A--C-A-T---T-TT-T-------A-A-C-TT----CT-T------------G-A-T-A----------A--C-C-AC-CA--G--T--C--C--A-A---T-T--A--T-TT-------T---C--A---A-A-------T----TT-A-G-T---A------T----G-A----A-G--C-A-----T---C--T-T-T--GG-GAC--A--A---G-G-G---G--C--A--C--A--C---A-----A--A---T--T--A-T-AAA-T---T-T-C--A-G-G-T-C-T-T--TT---G--C-A--CCC-C-T--G-G-GG--C---CT----T-G-G--G-----------G---GT-G-G-G-G---C-----A--A-----A--A-A--------------------------A-G-T---------G----A-CA-A-A--T-T-T----T-C---AAAA-A-----T---------C-C-T--C-T--T-CTT--T--A-C--A--G---T-CA-T-G-C-AT--G-T-C--T--G--A-G--AG-A-A-A-CT--A-A-A--T-A--C---A-T--A-G--T-G---A-T--G--T-A-G--A-G---CA-G---G--AA-G-G---CC--T-C-T--A-C---C--A----A-A-A--T-TG-T--A-AA-T--T--T---G-G----T---G-A-T-C-C-CC-A----------G-GG--T-A-GG--G-A---T-T--C-T-G--A-C-CC-C-A---G-GGCG---G-GA-T----C--A--A---A-C-TC------------------G---A------TA-C--A---T-A---G-T-G--T----T-T-T-A----A-T-G-----T--A-----A---A-A---CA---T-TT--G----A-AA-A-A-C-A-----------T--C---------T--------------------------------------------------------------------A-C-T-A---AA-TG-G---------A--------------------------A--T-G-AG-C--A-G-G--G--A----------------------G-T---TT-TC--T---A--T--T--A---T---A--AT---T-G--T--G-A-A--CT---T---G---G-T-G---A--T--CC-T---A---G-GA-G-------T-G--G---GG-G-T-T-------T------T--G--G-T-A--T-T-A--G-GG-T--G--G-G--G--CC----------A-A-A---T--------G--------G-T-C---A---T--T-G--A--TG-A-A---T-G--T-----G----T-T-A-A--C-A-A--T-T-A-A--A--A-A-T-TT-T------------C-T--T--C---TT---C--T--T-G-A-T-C-A-T-AT--T-G---A---T-------T-CC--A-G--T-G-C-T-T---A--T----C---A-A--A--A--T---T-T--G-T---A--T-A----C-AG--C-A---T-C--T-T-T-GGA--AAC-AA-G-GGG-G-GGGGGGGGGC--A--T--G-A--A---T--T-GGACGGAT--A-A--------T-C-A-T-G-T-C-T-C--TT---G-CAC-----C-C-A--A--G-T--G-G--C-C--T--C------------G--G---G---G--TG--------G-G---G-G-C------AA---A-----------------------------A--A-AA-G-T--G--C-C-C-AA---T--T------T-T---G--AA---AA-----A------T------C----T----T------C---------------T-----T----A--C--A---A-CT-G---C-A-C----A-T---G-T-T--T-T---A-----A-T--A--A--A-T-T----AA-A-----TGTTGTTGG--C--A--T------G-G-T--G-A--------T----agg
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Reference ( family-2 )        :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   CGT-C-G-T----C--C-G-T---------T--AA-C-A-A---T-TGA--A--C-A-T---T-TT-T-------A-A-C-TT----CT-T----C--T-T--G-A-T-A----------A--C-C-AC-CA--G--T--C--C--A-A---T-T--C--T-TT-------T---C--A---A-A-------T----TT-G-G-T---A------T----G-A----A-G--C-A-----T---C--T-T-T--GG-GAC--A--A---G-G-G---G--C--A--C--A--T---A-----A--A---T--T--G-T-AAA-T---T-T-C--A-G-G-T-C-T-C--TT---G--C-A--CCC-C-T--G-G-GG--C---CT----T-G-G--G-----------G---GC-G-G-G-G---C-----A--A-----A--A-A-------C--T--G--C--CC-AA-AA-G-T---------G----A-CC-A-A--T-T-T----T-C---AAAA-A-----T---------C-T-T--C-T--T-CTT--T--A-C--A--A---C-CG-C-A-C-AT--G-T-C--T--G--A-G--AG-A-A-A-CC--A-A-A--T-G--C---A-T--A-G--T-G---A-T--G--T-A-G--A-G---CA-G---G--AA-G-G---CC--T-T-T--A-C---C--A----A-A-A--T-TG-T--A-AA-T--T--T---G-G----T---G-A-T-C-C-CC-G----------G-GG--T-A-GG--G-G---T-T--C-T-G--A-C-CC-C-A---G-GGCG---G-GG-C----C--A--A---A-C-TT------------------G---G------TA-C--A---T-A---G-T-G--T----T-T-A-T----A-T-G-----T--A-----A---A-A---CA---T-TT--G----A-AA-A-G-C-A-T--C---T--T--C---------T--T--AA-T----G-C--T-A-----TT--G-A-T--A--T--T--A------A---T-G-T---GAAA-C-T-A---AA-TG-G---------A-T-A---T---T-T-T----G---A-A--T-G-AG-T--A-G-G--G--A----------------------C-C---TT-T---T---A--T--C--A---A---A--AT---T-G--T--A-A-A--TT---T---C---A-T-G---A--T--CC-T---A---G-G--G-------T-A--G---GG-G-T-T-------T------T--G--G-T-A--T-T-A--G-GG-T--G--G-G--G--CC----------A-A-A-A-T--------G--------G-T-C---A---T--T-G--A--TG-A-A-A-T-G--T-----G----T-T-A-A--C-A-A--T-T-G-A--A--C-A-T-TT-T--T-A--A----C-T--T--C---TT---C--T--T-G-A-T-A-A-C-CA--C-C---A---G-------T-CC--A-A--T-T-C-T-T---T--T----C---A-A--A--T--T---T-G--G-T---A--T-G----A-AG--C-A---T-C--T-T-T-GGG--A-C-AA-G-GGG-C-A--------C--A--T--A-A--A---T--T-G------T--A-A-A--T-T-T-C-A-G-G-T-C-T-C--TT---G-CAC-----C-C-C--T--G-G--G-G--C-C--T--T------------G--G---G---G--T---------G-G---G-G-C------AA---A--A----C-T--G--C--CC---------A--A-AA-G-T--G--A-C-C-AA---T--T------T-T---C--AA---AA-----A------T------C----T----T------C-------T-------T-----T----A--C--A---A-CC-G---C-A-C----A-T---G-T-C--T-G---A--G--A-G--A--A--A-C-C----AA-A-----T-------G--C--A--T------A-G-T--G-A--------T----G--T-A----G-A-----GC-A---G---G-AA--G--G---C---C-T--TT---A--C-----C--A-A-AA--T-T--G--T-A--AA---TT-T-G-G-T---G-A-T--C-C-C-C--G--G-G-G--TAG-G--G-G------T-T--C-T--G-A--C-C-CC--A---G-GG-C---GGGG
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gi|107915                     : cgtcgtccgttacaattgaacatcttttaactccttcttgataaccaccagtcattctttcttcacttgtaatgaatcatctttgggacaaaaaggggcaaatattgtaactttcagtctcattgcaatccttgggcctggggtggggcaaaaactgccccaaaagtgaccaattttcaaaatttcttcttcacaacgcacatgtcgagagaaccaaatgcatagtgatgtaagatcaggaaggcctctatcaaaatgtaaatttagtgatccccggggtaggggttctgccccagggcggtgccaaaacttggtacatagtgttttatactataaaacatttgaaaagcatcttctttaatgttattgatattaatcgtgaactaattgatattttgaatgaatagggaaggccttttatcaaattgtaaaatttcatgattctaggggtagggttttagtattagggggggcctaaaggtcatttgatgaaatgtgttaataaattgaacatttcaacttcttcttgataaccaccagttcaattcttttcaaatttgggcatgaagcatgctttgggacaaggggcaacataaattttgtaaatttcaggtctcttgcacccctggggctgggtggtggggaaaagtgatccaagttgtgaatgataaccaaatgactatatgtttgaatttagttcatattcgacgtaaagatgtcgccttgcatatagataccttctcagtataatgtaCGT-C-A-T----C--C-G-T---------T--AA-C-A-A---T-TGA--A--C-A-T---T-TT-T-------A-A-C-TT----CT-T------------G-A-T-A----------A--C-C-AC-CA--G--T--C--C--A-A---T-T--A--T-TT-------T---C--A---A-A-------T----TT-A-G-T---A------T----G-A----A-G--C-A-----T---C--T-T-T--GG-GAC--A--A---G-G-G---G--C--A--C--A--C---A-----A--A---T--T--A-T-AAA-T---T-T-C--A-G-G-T-C-T-T--TT---G--C-A--CCC-C-T--G-G-GG--C---CT----T-G-G--G-----------G---GT-G-G-G-G---C-----A--A-----A--A-A--------------------------A-G-T---------G----A-CA-A-A--T-T-T----T-C---AAAA-A-----T---------C-C-T--C-T--T-CTT--T--A-C--A--G---T-CA-T-G-C-AT--G-T-C--T--G--A-G--AG-A-A-A-CT--A-A-A--T-A--C---A-T--A-G--T-G---A-T--G--T-A-G--A-G---CA-G---G--AA-G-G---CC--T-C-T--A-C---C--A----A-A-A--T-TG-T--A-AA-T--T--T---G-G----T---G-A-T-C-C-CC-A----------G-GG--T-A-GG--G-A---T-T--C-T-G--A-C-CC-C-A---G-GGCG---G-GA-T----C--A--A---A-C-TC------------------G---A------TA-C--A---T-A---G-T-G--T----T-T-T-A----A-T-G-----T--A-----A---A-A---CA---T-TT--G----A-AA-A-A-C-A-----------T--C---------T--------------------------------------------------------------------A-C-T-A---AA-TG-G---------A--------------------------A--T-G-AG-C--A-G-G--G--A----------------------G-T---TT-TC--T---A--T--T--A---T---A--AT---T-G--T--G-A-A--CT---T---G---G-T-G---A--T--CC-T---A---G-GA-G-------T-G--G---GG-G-T-T-------T------T--G--G-T-A--T-T-A--G-GG-T--G--G-G--G--CC----------A-A-A---T--------G--------G-T-C---A---T--T-G--A--TG-A-A---T-G--T-----G----T-T-A-A--C-A-A--T-T-A-A--A--A-A-T-TT-T------------C-T--T--C---TT---C--T--T-G-A-T-C-A-T-AT--T-G---A---T-------T-CC--A-G--T-G-C-T-T---A--T----C---A-A--A--A--T---T-T--G-T---A--T-A----C-AG--C-A---T-C--T-T-T-GGA--AAC-AA-G-GGG-G-GGGGGGGGGC--A--T--G-A--A---T--T-GGACGGAT--A-A--------T-C-A-T-G-T-C-T-C--TT---G-CAC-----C-C-A--A--G-T--G-G--C-C--T--C------------G--G---G---G--TG--------G-G---G-G-C------AA---A-----------------------------A--A-AA-G-T--G--C-C-C-AA---T--T------T-T---G--AA---AA-----A------T------C----T----T------C---------------T-----T----A--C--A---A-CT-G---C-A-C----A-T---G-T-T--T-T---A-----A-T--A--A--A-T-T----AA-A-----TGTTGTTGG--C--A--T------G-G-T--G-A--------T----agg
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