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gi|28908                      :                                                                                                                                                                                                                                      TATT-AGAA-T--C-C--T-T-C---A--T-----------A-G------T--A-C-G-A-GT--GT-A-GTGG-----A-T-A----G-GG-A-----A-A--T-T-CGCAC--A-----T---C---G------GG-A-C-AG-A-T--T-T-C--G-C--A-G--T-C--TT-A------------G------G-A------C------G--A-G--GC----T-TT---G-C--C---G---A------GG-----T-C----CTTA----G----G----A-C--A-G-C-G-----A-A--T-C-T---G-T-TT-CATTC-G-A-GGACTT-G-G-A--A--T-TG----T-CC-CCTTTT-A-------T-----C--C---C-AC-A--CAG-A-G-T-A--A-----A-T---A---AAT----G-A-AG-GA--T--T--A-------A-T-T-T--T---T-T--C--A--C--A-----T-T-TT-A--TTCA---C----------------T-GA-TT--A-G-T--G-CG---T----A---A-AA--T-C-G--GG--GT-TTG---------A--T-G-A-AA-G--T-T-----T-A-A-TT-A-T-C-A-A-----ATCTT-------TT-----A-TTTGAAAC-TT-TAAAAatcacacttt
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gi|28910                      :                                                                                                                                                                                                                                      TAAT-AGAA-T--C-C--T-T-C---A--T---T-------A-C------T--A-C-G-A-GT--GT-G-G--G-----A-T-A----G-GG-A-----T-A--T-T-C---C--A-----C---C---G-A-GG-GG-A-C-AA-G-A--T-T-C--G-C--A-G--T-C--T--A------------G------G-A------C------G--A-G--GC----T-TT---G-C--C---G---A------G------T-C----CT------A----G----A-C--A-G-C-G-----A-A--T-C-TT--G-T-TC-C---C-G-A-GG---T-G-G-A--A----T-----T-CC-C----T-A-------T-----a
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gi|28911                      :                                                                                                                                                                                                                tgaaggatatcagcaatgatacTAAG-AGAA-T--C-C--T-T-C---A--T---T-------A-G------T--A-C-G-A-GT--AT-G-G--G-----A-T-A----G-GG-A-----A-A--T-T-C---C--A-----C---A---G-A-GG-GG-A-C-AA-G-A--T-T-C--G-C--A-G--G-G--T--A------------A------G-A------C------G--A-G--GC----C-TT---G-C--C---A---A------G------T-C----CT------T----G----A-C--A-G-C-G-----A-A--T-C-TT--G-T-TT-A---C-G-A-G-------------------------------------------------------------------------T-A--A-----A-T---A---A-T----G-A-AA-CA--T--T--A-------A-T-T-T--T---C-T--C--A--C--G-------T-TT-A--CCCAC--A----------------T--A-TT--A-G-T--G-CT---T----G---A-AT--T-C-A--GGA-AC-TTT---------G--A-G-A-AA-A--T-TC--A-A-A-A-TT-A-T-C-A-A-A---ATC-T-------TC-----G-TTTG-AAC-TT-
gi|28907                      :                                                                                                                                                                                                                                      TAAT-AGAA-T--C-C--T-T-C---A--T---TCGTGTTTA-C------T--G-C-G----T--GT-G-G--G-----A-T-A----G-GG-C-----A-A--T-T-C---C--A-----C---C---G-A-CG-GG-A-C-AA-G-C--T-T----A-C--A-G--T-C--T--A------------G------G-A------G------G--A-G--GA----T-TT---G-C--C---G---A------G------T------CT------A----G------C--A-G---G-----A-A--T-T-TT--G-T-TC-A---G-T-A-GG---T-A-G-A--A--T-G-----T-TC-C----T-A-------T-----C--C---C--C-A--A-G-A-G-T----A-----A-T-------A-T----G-A-AG-GA--T--T--A-------T-T-T-T--T---C-T--CG-A--C--------T-T-TT-A--TTCG---C----------------T-GT-TTA-A-G-T--G-CA---T----A---A-AA--T---A--GGA-GC-TGT---------G--A-G-G-AG-A--T-TT--A-G-A-A-TT-A-T---A-C-C---ATC-T-------TT-----A-TTTG-AAC-TT-TAAAA
gi|28912                      :                                                                                                                                                                                                                                      TAATTGGAA-T--C-T--T-T-C---A--T---T-------A--------T--A-C-G-A-GG--GT-T-G--G-----A-T-A----G-GG-A----------T-T-C---C--A-----C---C---G-A-GG-GG-A-C-AA-G-A--T-T-C--T-C--A-G--TTC--T--A-------------------------------------------------T-TT---G-C--T---GCTAA------G------G-T----TT------A----G----AAC--A-A-C-G-----A----T-C-TT--G-T-TC-C---A-G-A-GG---T-A-G-AGAA--T-T-----T-CC-C----T-A-------T-----C--C---C-AC-A--C-T-A-A-T-T--A-----A-T---A---G-T----T-A-AG-GA--T--T--A-------T-T-T-T--T---C-T--C-----C--A-----C-T-TT-A--TTCA---C----------------T-G--TT--T-G-T--G-CA---T----A---A-AA--T-C-A--GGA-GCTTTT---------G--TAG-G-CT-A--T-T-----------TT-A-TCC-A-ATT---ATC-T-------TAT----A-TTTG-AAC----TAAAGCAAAAACaca
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gi|28893                      :                                                                                                                                                                                                                               tgaagatTGAT-AGAA-TATC-C--T-T-C---A--C---T-------A-G------T--A-C-G-A-GT--GT-G-A--G-----A-T-A----G-AG-G-----A-A--G-T-C---C--A-----C---C---G-A-GA-GG-A-C-GA-G-A--T-T-C--G-T--A-G--T-T--C--A------------G------G-G------A------G--A-A--GC----T-TT---G-C--C---G---A------G--------------T------A----G----A-A--A-----------A-A--T-C----------C-C-------A-CA---T-G-G--------------------C----T-G-------T-----C--C---C-AC-A--T-G-G-G-T-A--A-----
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gi|28851                      :                                                                                                                                                                                                                                   agatAAT-ACGA-T--C-C--T-T-C---A--T---T-------A-T------TT-A-C-T-C-GT--GT-G-G--G-----A-T-A----G-GG-A-----A-A--T-T-C---C--A-----C---C---T-C-GG-GA-A-C-AA-G-A--T-T-T--G-C--T-G--T-C--T--A------------G------G-A------CTCAGCAG--A----GC----T-TC-----------------------G------T-C----CT------A----G----A-C--T-G-C-G-----A-A--T-C-TT--G-T-CC-T---C-T-C-GG---T-G-G-A--A--T-T-----T-CC-T----T-A-------T-----C--C---C-AC-A--C-T-C-G-T----A-----C-T---A---A-T----G-A-AG-GA--TTCT--A-------T-T-A-T--T---C-T--C--G--C--A-----
gi|28914                      :                                                                                                                                                                                                                                  atgatAAT-ACGA-T--C-C--T-T-C---A--T---T-------A-T------TT-A-C-T-C-GT--GT-G-G--G-----A-T-A----G-GG-A-----A-A--T-T-C---C--A-----C---C---T-C-GG-GA-A-C-AA-G-A--T-T-T--G-C--T-G--T-C--T--A------------G------G-A------CTCAGCAG--A----GC----T-TC-----------------------G------T-C----CT------A----G----A-C--T-G-C-G-----A-A--T-C-TT--G-T-CC-T---C-T-C-GG---T-G-G-A--A--T-T-----T-CC-T----T-A-------T-----C--C---C-AC-A--C-T-C-G-T----A-----C-T---A---A-T----G-A-AG-GA--TTCT--A-------T-T-A-T--T---C-T--tctcacattttattcactgtttagtgcaaaaattcaggaggcttcagaagatttagaattatcaatatacttatttgaactt
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gi|28917                      :                                                                                                                                                                                                                                      cAAA-AGAA-T--C-C--T-T-T---A--T---T-------A-T------T--AAC-T-C-GT--GT-G-G--G-----A-T-A----G-GG-A-----A-A--T-T-C---C--A-----C---C---T-C-TG-GA-A-C-AA-G-A--T-T-C--A-C--T-G--T-C--T--A------------G------G-A------C----------------------TC---G-C--A---A---A------G--------C----CT------A----A----A-T----------------G--T-C-CT--G-T-CC-C---C-T-C-GG---T-G-GAA--A--T-T-----T-CC-C----T-A-------T-----C--C---C-AC-A--C-T-C-A-T-ACTA-----A-T---------T----G-A-AG-GA--T--T--tcttctcacattttattcactattagtgcgtaaaaatcgggacgctttgaaacaatcttacaattccaatatctttatttgaactttaaaaaca
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gi|28718                      :                                    gaatcggcgctaggtgatcacgtgatataaaatgaaatgatacctacatcagctgaaatcttaaataaattcatgtgtgttgcaaactagttcgatccggttttgtagtatcacctgtccgtgtaatcattaccaaatatggatcgtcgtctgcactgggtgttcagaaatggtcattttagtacttatcgtgtgatgaagAA-T--C-C--T-T-----A--T---T-------A-TCT----T--A-C-T-C-GT--GT-G-G--G-----A-T-A----G-G--A-----A-A--T-C-C---C--A-----C---C---TCA-GG-GA-A-C-AA-G-A--T-T-C--G-CT-T-G--T-C--T--A------------GGCTTC-G-G------C------A--A-A--GC----C-TC---G-T--C--------------T------T-G----CT------T----G----A--------C-G-----A-A--T-C-TT--GAT-CC-C---C-T-C-GG---T-G-G-A--A----------T-CC-C----T-A-------T-----C--C---C-AC-A--C-T-C-G-T----A-----C-T---A---A-T----GAA-AG-GA--TC-T--A-------T-T-A-T--T---C-T--atttttttcttcacattttcattcactgattagcgccgttaaatcggggagcttgagcaaatttacaattatcaatatctttatttgacttataaacaaaac
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gi|28716                      :            gaatcggcgctaggttgaatcacggtgaatataaaatgaaatgataccttacatcagctgaaatcttaaataaattcatgtgtgttggcaactagttcgatccggttttgtagtatcaaactgtccgtgttaatcttaaccaaaatcatggatcgtcgtctgcactgggtttcagaaaatggtccattttagtacttatcgtgtgatgaaggcagcaatcattgcAA-T--C-C--T-T-----A--T---T-------A-TCT----T--A-C-T-C-GT--GT-G-G--G-----A-T-A----G-G--A-----A-A--T-C-C---C--A-----C---C---TCA-GG-GA-A-C-AA-G-A--T-T-C--G-CT-T-G--T-C--T--A------------GGCTTC-G-G------C------A--A-A--GC----C-TC---G-T--C--------------T------T-G----CT------T----G----A--------C-G-----A-A--T-C-TT--GAT-CC-C---C-T-C-GG---T-G-G-A--A----------T-CC-C----T-A-------T-----C--C---C-AC-A--C-T-C-G-T----A-----C-T---A---A-T----GAA-AG-GA--TC-T--A-------T-T-A-T--T---C-T--atttttttcttcacattttattcactgattagcagcgttaaatcggggagctttgaagcaaattacaattatcaatatctttatttgaactttagaaaaca
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gi|28898                      :                                                                                                                                                                                                agtcctgattttatgaccaaacagtgaataatatgtgagaaaaatAA-T--C-C--T-T-C---T--T---T-------A-T------TT-A-C-T-C-GT--GT-G-G--G-----A-T-A----G-GG-A-----A-A--T-T-A---C--A-----C---A---T-C-TG-GA-A-C-AA-T-A--T-T-C--G-C--T-G--T-C--T--A------------G------G-A------C------T--C-G--GC----A-AA---G-T--C---T---T------G------T-C----CT------A----G----A-C--T-G-C-G-----A-A--T-C-TT----T-AC-C---C-T-C-GG---T-G-G-A--A--T-T-----T-CC-C----T-A-------T-----C--C---C-AC-A--C-T-C-G-T----T-----C-T---A---A-T----G-A-AG-GA--T--T--A-------T-A-T-T--
gi|28831                      :                                                                                                                                                                                                                                         gattAA-T--C-C--T-A-T---A--T---T-------A-T------TT-A-C-T-C-GT--GT-G-G--------A-T-A----A-GG-A-----A-A--T-T-C---C--A-----C---C---T-C-GG-GA-A-C-AA-G-A--T-T-C--G-C--T-G--T-C--T--T------------G------G-A------C------T--C-G--GC----A-AA---G-C--C---T---T------G------T-C----CT------A----G----A-C--T-G-C-G-----A-A--T-A--T--G-T-CC-C---C-T-C-GG---T-G-G-A--A----T-----T-CC-T----T-A-------T-----C--C---C-AC-A--C-T-C-G-T----A-----C-T---A---A-T----G-A-AA-GA--TTCT--A-------T-T-A-G--T---C-T--T--A--T--A-----T-T-atttttctcacatattattcactgtttggtcataaaatcaggactccatttgaactttaaagcaaaactaatta
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gi|28830                      :                                                                                                                                                                                                                                  agattaatagaAA-C--C-T--T-T-CT--A--T---T----------------T--A-C-T-C-GT--GT-G-G--G-----A-T-A----G-GG-A-----A-A--T-TCC---C--ACTT--C---C-------GG-GA-A-C-AA-G----T-T-C--A-C--T-G--T-C--T--A------------GGACCTCG-A------C------A--A-A--GC----C-TC-----------------------G------T-C----CT------A----G----A-C--T-G-C-G-------A--T-C-TT--G-A-TC-C---C-C-T-CG---T-G-G-A--A--T-T-----C-CC-T----T-A-------T-----C--C---C-AC-A--C-T-C-G-T-A--C-----T-T---A---A-T----G-A-AG-GA--TTCT--A-------T-T-A-T--T---C-T--C--A--C--A-----T-T-TT-actttttctcacattttatccacagtttagtgggtaaactcaggagctttgaaaaaaaattaaattaaaaaaatcctcatttgaact
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gi|28875                      :                                                                                                                                                                                                                                             AA-T--C-C--T-T-C---A--T---T-------A-T------TT-A-C-T-C-GT--GT-G-G--G-----A-T-A----A-GG-A-----A-A--T-T-C---C--A-----C---C---T-C-GG-GA-A-C-AA-A-A--T-T-C--G-C--T-G--T-C--T--A------------G------A-A------C----------------------TC---G-C--A---A---A------G------C-CTCGTCT------A----G----A-C--T-G-C-G-----A-A--T-C-TT--G-T-CC-C---C-T-C-GG---T-G-G-A--A--T-T-----T-CC-T----T-A-------T-----C--C---C-AC-A--C-C-C-G-T----A-----C-T---A---A-T----G-A-A--GA--T--T--
gi|28850                      :                                                                                                                                                                                                                                     agaaaaatAA-A--C-C--T-T-C---A--T---T-------A-C------TT-A-C-T-C-GT--GT-G-G--G-----A-T-A----T-TG-A-----A-A-------------------------------------A-C-AC-T-A--T-T-C--G-C--T-G--T-A--T--A------------A------G-A------C------TC-A-G--G-----T-AA---G-C--C---T---C------T------T-A----CT------A----C----A-C--T-G-C-G-----A-A--T-C-TT--G-T-CC-C---T-T-C-TG---T-G-G-A--A--T-T-----T-CC-C----T-A-------T-----C--C---C-AC-A--C-T-C-G-T----A-----C-T---A---A-T----G-A-AG-GA--T--T--
gi|28871                      :                                                                                                                                                                                                                     caatcaaaccttgggtactattagAA-T--C-C--T-T-C---A--T---T-------ATT------T--A-C-T-C-GT--GT-A-A--G-----A-T-A----G-GG-------A-A--T-T-C---C--A-----C---C---T-C-GG-GA-A-C-AA-G-A--T-T-C--G-C--T-G--T-C--T--A------------G------G-ATCGG--C------A--A-A--GC----T-C------------------------G------T-C----CT------T----G----A-C--T-G-C-G-----A-A--T-C-TT--G---TC-C---C-T-C-GG---T-G-G-A--A--T-G-----G-CT-C----T-A-------T-----C--C---C-AC-A--C-T-C-G-T----A-----C-T---A---A-T----G-A-AG-GA--T--T--aatttttctcacattttattcactttagagtgcgtataatcagaagctttgaggagatttagaattattaataactttatttgaacttcaaaaaa
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gi|28940                      :                                                                                                                                                                                                                                          agaAA-T--C-C--T-T-C---A--T---T-------A-T------TT-A-C-T-C-CT--GT-G-A--G-----A-T-A----T-AA-A-----A-A--A-T-C---C--A-----C---C---T-C-TG-GA-T-C-AA-G-A--T-T-C--
gi|28933                      :                                                                                                                                                                                                                                          agaAA-T--T-C--T-T-C---A--T---G-------A-T------TT-A-C-T-T-GT--GT-G-G--G-----A-T-A----G-GGGA-----A-A--T-T-C---C--A-----C---C---T-C-TG-GA-A-C-AA-G-A--T-T-C--A-T--T-G--T-T--T--A------------G------G-atttttctcacattttattcactgtttagtgtataaaatatgaagctttgaggagatttagaattatcaatatcttatttgatttgtaaagca
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gi|28918                      :                                                                                                                                                                                                                             gaggaggcttaaccaaAA-T--C----T-T-C------T---T-------A-G------T--A-T-G-A-GT--GT-G-G--G-----A-T-A----G-GA-A-----A-A--T-T-C---A--A-----C---C---G-A-GG-GG-A-C-AA-G-A--T-T-T--G-C--A-G--T-C--T--A------------G------G-A------A------G--G-G--GC----T-TT---G-T--C---G-------------------------------------------------------------A--T-C-TT--G-T-TC-C---A-G-A-GG---T-G-T-A--A--T-T-----T-TC-C----T-A-------T-----C--C---C-AC-A--C-attcttctaacattctatccacattttagtgcatccattaaggtgcttagagaaaattttaaattatcataaatcctcattcgaactt
gi|28942                      :                                                                                                                                                                                                                                          acaAA-T--C-C--T-T-C---A--T---T-------A-T------TT-A-C-C-C-AT--GT-G-G--G-----A-T-A----G-GG-A-----A-A--C-T-T---C--A-----T---C---
gi|28919                      :                                                                                                                                                                                                                           gtggattttttttccagaAA-T--C-C--T-TAC---A--------------A-G------T--A-G-A-A-GT--GT-G-G--G-----A-T-A----G-GG-A-----A-A--T-C-C---T--A-----A---C---G-A-GG-AG-A-C-AA-G-A--T-T-T--A-G--A-C--T-C--T--AANNNNNNNNNNNN------N-N------N------N--N-N--NN----N-NN---N-N--N---N---N------N------N-N----NN------N----N----N-N--N-N-N-N-----N-N--N-N-NN--N-N-NN-N---N-N-N-NN---N-N-N-N--N--N-N-----N-NN-N----N-N-------T-----C--A---C-AC-A--G-G-A-G-T-A--A-----A-T---A---A-T----G-A-AG-GG--G--T--A-------T-T-T-T--T-----------A--C--A-----T-T-TT-A--CCCA---G----------------A-AA-TT--A-G-C--C-CA---T--------A-GA--T-T-A--AGA-GC-TTG---------A--T-G-A-AA-A--A-TC--A-G-A-A-AT-A-C-T-A-A-A---ATA-T-------TC-----A-TTTG-Aatttttctcacattttaccaactatttaatgtaaaactttgtaaggtttgggaagatttagaattatttgtatccctatttgagcttta
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gi|28858                      :                                                                                                                                                                                                                                         aatatA-T--C-C--T-T-C---A--T---T-------A-T------TT-A-C-T-C-GA--GT-G-G--A-----A-T-A----G-GG-A-----A-A--T-T-C---T--A-----C---C---T-C-TG-GA-A-C-AA-G-A--T-T-C--T-T--T-G--T-C--T--A------------GGCCTC-G-A------C------A--A-A--GC----C-TC-----------------------G------T-C----CT------A----G----A-C--T-G-C-G-----A-A--T-C-----A-T-CC-C---CTC-A-GG-----G-G-A--A--T-T-----T-CC-C----T-A-------T-----C--C---C-AC-A--C-T-C-G-T----A-----C-T---A---A-T----G-A-AG-GA--TTCT--A-------T-C-A-T--T---C-T--C--A--T--A-----ccatttgaactttaaagcaaaaattaaca
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gi|28841                      :                                                                                                                                                                                                                                                 --C-C--T-T-C---A--T---T-------ATC------T--A-C-T-C-AT--GT-G-G--A-----A-TTC----G-GG-A-----A-A--T-T-C---C--------C---C---T-C-TG-GG-A-C-AA-G-A--T-T-T--G-C--T-G--T-C--T--A------------G------A-AT-----C------GGCA-A--GC----C-TC---G--------------------------T-C----CT------A----G----A-C--T-G-C-G-----A-AA-T-C-TT--G-T-TC-C---C-C-T-AG---T-G-G-A--A--T-T-----T-CC-C----T-G-------------C--C---C-AC-A--C-------T-G--T-----C-T---A---A-T----G-ACAG-GA--C--T--aaattttccttaacttgttattcactgagttactggcgtaaaaatcgagagcttttaggaaatttacaatt
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gi|28921                      :                                                                                                                                                                                                               atctattgtggagctaattagaattccatcaaattagtacga-T-T---A--T---T-------A-T------T--A-C-G-A-GT--GT-G-G--G-----A-T-A----G-GG-A-----A-A--T-T-C---C--A-----C---C---G-AGGG-GG-A-C-AA-A-T--T-T-C--G-C--A-G--T-C-----A------------C------A-A------C------A--A-G--GC----T-TT---G-C--C---A---A------G------T-C----CT------A----G----G-A--A-G-C-G-----A-A--A-C-TT--G-T-TC-C---A-G-A-GG---T-G-G-A--A--T-T-----T-CC-C----T-T-------T-----C--C---C-AC-A--C-G-T-G-T-A--A-----A-A---A---A-T----G-A-AG-GT--C--T--A-------T-T-T-T--T---C-T--C--A--C--A-----T-T-TT-A--TTCA---C----------------T-GT-TT--A-G-T--T-CG---T----A---A-AA--T-C-A--GGA-GC-TTT----------------G-AG-A--T-TT--A-A-A-A-TT-A-T-C-A-A-T---ATC-T-------TT-----A-TTTA-AAC-TT-TAcactttacctacagttatagctgcatatttcagaagttgagaagagttttagaattaatcaatatttttatttgaactgaatgcaaaaaaca
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gi|28842                      :                                                                                                                                                                                                                                                                               acaaatcttcttagtatga-GT--GT-G-T--G-----A-T-A----G-TG-ATCAAAA-A--T-T-C---CC-A-----T---T---GTC-TG-GA-A-C-AA-G-A--TAT-C--G-C--T-G--T-C--T--A------------G------G--------------------G--AC----T-TG---G-C--C---ACA-A------G------C-C----CT------C----GTCCTA-T--A-G-A-GTCTGCA-A--T-A-TT--G-T-TC-C---C-C-T-CG---T-G-G-A--A--T-T-----T--C-C----T-A-------TC----C--C---C-AC-A--C-T-C-A-T----A-----C-T---A---A-A----G-AGAG-GA--T--TC-A-------T-T-
gi|28926                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                tgaagaaaggaatgaatgtcT--GT-GTG--G-----A-T-A----A-G----------A--T-T-C---C--A-----C-----------GA-GG-A-C-A--G-A--T-T-T--G-C--A-G--T--------------------G------G-A------C------A--A-G--GC----T-TT---G-C--T---G---A------G------T-C-----T------A----G----A-C--A-G-C-G-----A-A--T-C-TT--G-T-TC-C---A-G-A-GG---T-G-G-A--A----T-----T-CC-C----T-A-------T-----C--C------C-A--T-G-A-G-T-A--A-----A-T-------A-T----G-A-AG-GA--T--T--A-------T-T-T-T--C---C-TA-C--A--TTAA-----T-T-TT-T--TTCA---C----------------T-GA-TT--A-G-T--G-AG---T----A---A-AA--T-CAA--GGA-GC-TTT---------GA-T-G-G-TG-A--T-TTTAA-A-A-A-TTAA-T-C-A-A-T---ATT-ATTATCTTTA-----T-TTTG-AAC-TT-TAgagataaatacgtaaaggtt
gi|28928                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        T-G-G--G-----A-T-A----G-GG-A-----A-A--T-T-C---T--A-----C---T---T-C-TG-GA-C-C-AA-G-A--T-T-T--G-C--T-G--T-A--T--A------------G------G-A------C------T--C-A--AC----A-AA---G-C--C---A---T------G------T-T----CT------A----G----A-T--T-G-C-A-----A-A--T-C-TT-------C-C---C-T-C-AG---T-G-G-A--A--T-
gi|28910                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                -----A-T-A----G-GG-A-----A----T-T-C---C--A-----C---C---T-C-GG-GA-A-C-AA-G-A--T-T-C--G-C--T-G--T-C--T--A------------G------G-A------C------T--C-G--GC----A-AA---G-C--C---T---C------G------T-C----CT------A----G----A-C--T-G-C-G-----A-A--T-C-TT--G-T-CC-C---C-T-C-GG---T-G-G-A--A--T-A-----T-CC-C----T-A-------T-----C--C---C-AC-A--C-T-C-G-T----A-----G-T---A---A-T----G-A-AG-GA--T--T--attcccatatgagtcaatatcctgacacattttaccctcagttttagtgcataaattcaggagctttgagaaattcaaaattattgaaatcctcatttgaatttcagtgcaaaaac
gi|28927                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                          taatag-----A-T-A----G-GG-A-----A----T-T-C---C--A-----C---C---T-C-GG-GA-A-C-AA-G-A--T-T-C--G-C--T-G--T-C--T--A------------G------G-A------C------T--C-G--GC----A-AA---G-C--C---T---C------G------T-C----CT------A----G----A-C--T-G-C-G-----A-A--T-C-TT--G-T-CC-C---C-T-C-GG---T-G-G-A--A--T-A-----T-CC-C----T-A-------T-----C--C---C-AC-A--C-T-C-G-T----A-----G-T---A---A-T----G-A-AG-GA--T--T--
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gi|28894                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ataatccttacaagtagaa-----A-A--T-C-TT--G-T-CC-C---C-T-C-AG---T-G-G-A--A--T-T-----T-CC-C----T-A-------T-----C--C---C-AC-A--T-T-C-A-T----A-----C-T---A---A-T----G-A-AG-GA--T--T--tagactctaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcacacaggagtaaataatgaaggggtatttttacattttacccagaaattagcccatagattaagagcttgatgaaaaatcagaaatactaaaatattcatttga
gi|28943                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             agattaatag-C---C-G-A-GG---T-G-G-A-----T-T-----T-CC-C----T-A-------T-----C--C-----AC-A--C-G-A-G-T-T--A-----A-T---A-----T----G-A-AG-GG--T--A--AA------T-T-T-T--C---C-T--T--A--A--C-----T-TGTT-A--TTCA---C----------------T-GAGTT--A-C-T--GGCG---T----A---A-AAA-T-C-G--AGA-GC-TTT---------T--A-G-G-AA-A--T-TT--A-C-A-A-TT-
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Unaligned ( gi|28766 ): ATCATTCAATAAATTCATGTTTGTTGCAAACTAGTTCGATCCAGTTTTGTAGTCCCATCGGTCTGCGTTATCATTACCAAATATATATGGATGTCGTCAAGGTCAAAGGTTGCATCGGCTGTTCCATTTAAAGGAACGAATTATGGTCAACAATATATTTTAGTACTTA
Unaligned ( gi|28781 ): TTTAATGAATTTATGTTTGTTGCAAACTAGTTCGATCCGGTTTTGTAGTACAACCTCATTACCTGTCCCCGTAATCATTACCAAATATGGATTATCATC
Unaligned ( gi|28767 ): ATCATTCAATAAATTCATGTTTGTTGCAAACTAGTTTGATTCGGATTTCTAGTACCACCTGTCAACGGAATCTTTCACAAATATGAATCGTTGTCAAAGTCAAAAGTTGCATTGGCTGTTCCGTTTGAGGAATGAAATGGTCATCTTTATATCTTAGTACTTA
Unaligned ( gi|28814 ): ATATATTCATATTTGTTGTAAACTAATTCGATCCGGTTTTGTTGAACCACTTGTCCACGTAATCATTACCAAATATGGATCGTCGT






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gi|28897                      :                                                                                                                                                                                                                                  gaatTAAT-AGAA-T--CCT-T-CA--A---T--AG------T----AC-AC-GT-GTG-G--G-----AT-A-GCAAA-A-T-T-T---C-A-CCG-A-GG-GG-A-CAAG-ATT-C-G-CA-G--T-C--T-A------------G-G-A-CG-A-G--GT-T-TT---G-C-CG---A-G-T-CCT--AG-A-C-A--GCA-A-A--T-CTT---TCT-C---CAG-AG-G---T-GG-A--A--TT-----T-CC-C----T-A-------TCCC-ACAC-GA-G-T-AA-A-T--A--A-T----GA-AG-GA--T--T-A-T-TT-T--TCT--C-------A-C--A-----T-T-TT--A--TTCAC-------------------TGT-T-T--A-G-T--G-C-A---T----A---A-AA--T-T-A--GG-A-GC-------TT-TG-A--G-AAGA--T-TT--AG-A-A-TT-A-T-C-A-----G------T---ATC-TG-TA-GTTG-AAC--T--T-TAA-acca
gi|28898                      :                                                                                                                                                                                                                                   gatTAAT-ATAA-T--CCT-T-CA--T---T--AG------A----AC-GA-GT-GTG-G--G-----AT-A-GGGAA-A-T-T-C---C-A-CCG-A-GG-GT-A--AAG-ATT-C-G-CA-G--T-C--T-A------------G-G-A-CA-A-G--AC-T-TT---G-C-CG---A-G-T-CCT--AG-A-C-A--GCG-A-A--T-ATT-G-TTC-C---A-G-AT-G---T-GT-A--A--TT-----T-CC-C----T-A-------TCCC-ACAC-GA-G-T-AA-A-T--A--A-A----GA-AG-GA--T--T-A-T-TT-T--TCT--C-------A-C--A-----T-A-TT--A--TTCAC-------------------TGT-T-T--G-G-T----C-A---T----A---A-AA--T-C-A--GG-A-
gi|28898                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               gatC-TC-CA-TTTG-AAC--T--T-TAA-AGCAAAActccatttgaactttaaagcaaaactaatta
gi|28899                      :                             gattaatataatccttcattagaacgagtgtgggatagggaaattccaccgagggtaaagattcgcagtctaggacaagactttgccgagtcctagacagcgaatattgttccagatgtgtaatttccctatcccacacgagtaaataaagaaggattatttttctcacatattattcactgtttggtcataaaatcaggaTAAT-ATAA-T--CCT-T-CA--T---T--AG------A----AC-GA-GT-GTG-G--G-----AT-A-GGGAA-A-T-T-C---C-A-CCG-A-GG-GT-A--AAG-ATT-C-G-CA-G--T-C--T-A------------G-G-A-CA-A-G--AC-T-TT---G-C-CG---A-G-T-CCT--AG-A-C-A--GCG-A-A--T-ATT-G-TTC-C---A-G-AT-G---T-GT-A--A--TT-----T-CC-C----T-A-------TCCC-ACAC-GA-G-T-AA-A-T--A--A-A----GA-AG-GA--T--T-A-T-TT-T--TCT--C-------A-C--A-----T-A-TT--A--TTCAC-------------------TGT-T-T--G-G-T----C-A---T----A---A-AA--T-C-A--GG-A-GC-------TT-ctaatta
gi|28900                      :                                                                                                                                                                                                                                 gatAATAAT-AGAA-T--CCT-T-CA--T---T--AC------T----AC-GA-GT-GTG-G--G-----AT-A-GGGAA-A-T-T-C---C-A-CCG-A-GG-GG-A-CAAG-ATT-C-G-CA-G--T-C--T-A------------G-G-A-CG-A-G--GC-T-TT---G-C-CG---A-G-T-CCT--AG-A-C-A--GCG-A-A--T-CTT-G-TTC-C---C-G-AG-G---T-GG-A--A--TT-----T-CC-C----T-A-------TCCC-ACAC-GA-G-T-AA-A-T--A--A-T----GA-AG-GA--T--T-A-T-TT-T--TCT--C-------A-C--A-----T-T-TT--A--TTCAA-------------------TGA-T-T--A-G-T--G-C-G---T----A---A-AA--T-C-G--GG-A-GC-------CT-TG-C--G-GAAA--T-TC--AC-A-A-TT-A-T-C-A-----A------T---ATC-GT-AA-TTTG-AAC--T--T-TAT-AACGAAAACccatttgaactttaaagcaaa
gi|28901                      :                                                                                                                                                                                                                                    AATATG-AGAT-T--C---T-CA--TATGT--AA------T-----C-GA-TT-GTG-G--G-----AT-A-GGGAA-AAT-TAT---C-A-CCG-A-GG-GG-A-ATAG-CTT---G-CA-G--T-C--T-A------------G-G-ATCG-ATG--GC-T-GT---G-C-CG---A-G-T-CCTGTAG-A-C----GTG-A-A--T-CTTTG-TTC-C-----A-AG-G---T-GG-A--T--TG-----T-CC-G----T-A-------TCCG-ACTA-TA-G-T-AA-A-TTAATTA-T----GG-AG-AG--T--T-A-TATT-T--GCT--TCG-----A-C--A-----T-T-TT--A--GTCAA-------------------TGA-T-T--AAG-T--G-C-A---T----A---ATCA--T-C-A--AG-A-G--------TT-TG-AAGG-GAGA--T-TT--AGGA-A-TT-A-T-C-A-----A------TT--ATC-TT-TA-TTTG-AAC--T--T-TAA-
gi|28902                      :                                                                                                                                                                                                                                    AATACT-AGAA-T--CCT-T-CA--T---T--G---------------GC-GT-CTT-G--A-----GT-A-ATGAC-A-T-T-G---C-T-CCA-T-GG-GT-A-CAGG-ATC-T-G-CA-G--T-C--T-A------------G-G-A-CA-T-G--GC-A-TA---G-C-CG---T-G-C-CGT--AG-A-C-A--GTG-A-A--T-TTT-G-TTC-C---A-C-AG-G---A-GA-A--A--AT-----C-AT-C----T-A-------TCCC-ACAC-GA-G-T-AA-G-T--A--G-T----GA-AG-CG--T--G-G-T-TT-T--TCT--C-------G-A--A-----T-C-TT--A--CTTGC-------------------TGT-T-T--A-G-T--G-C-A---T----------GA--TCC-A--GG-A-GC-------TT-TG-T--G-AAAA--T-TT--AC-A-A-TT-A-T-C-A-----A------T---ATC-CT-TA-TTTT-AAA--T--T-
gi|28903                      :                                                                                                                                                                                                                                       AAT-AAAA-T--CCT-T-CA--T---T--AG------T-----T-GA-GT-GTG-A--G-----AT-A-GGGAA-ATT-T-C---C-A-CTG-A-GGCGG-A-CAAG-ATT-C-G-CA-A--G-C--T--------------------CA-A-GTAAC-T-TA---G-C-TG---A-GTT-CCT--AG-A-C-A--ATG-A-A--T-CTT-G-
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gi|28912                      :                                                                                                                                                                                                                                      TAATTGGAA-T--CTT-T-CA--T---T--A-------T----AC-GA-GG-GTT-G--G-----AT-A-GGGA----T-T-C---C-A-CCG-A-GG-GG-A-CAAG-ATT-C-T-CA-G--TTC--T-A-----------------------------T-TT---G-C-TGCTAA-G-G-TTT--AG-AAC-A--ACG-A----T-CTT-G-TTC-C---A-G-AG-G---T-AG-AGAA--TT-----T-CC-C----T-A-------TCCC-ACAC-TA-A-T-TA-A-T--A--G-T----TA-AG-GA--T--T-A-T-TT-T--TCT--C---------C--A-----C-T-TT--A--TTCAC-------------------TG--T-T--T-G-T--G-C-A---T----A---A-AA--T-C-A--GG-A-GCT------TT-TGTA--G-GCTA--T-T----------TT-A-TCC-A-----AT-----T---ATC-TTATA-TTTG-AAC-------TAA-AGCAAAAAC
gi|28914                      :                                                                                                                                                                                                                                    AATAAT-AGAA-T--CCT-T-CA--T---T--AG------T----AC-GA-GT-GTG-G--G-----AT-A-AGGAA-A-T-T-C---C-A-CCG-A-GA-GG-A-CAAG-ATT-C-G-CA-G--T-C--T-A------------G-G-A-CG-A-A--GC-T-CT---G-C-TG---A-G-T-CCT--AG-A-C-A--GCA-A-A--T-CTT-G-TTC-C---C-G-AG-G---T-GG-A--A--TT-----T-CC-C----T-A-------TCCC-ACAC-GA-G-T-AA-A-T--A--A-T----GA-AG-GA--TCGT-A-T-T
gi|28916                      :                                                                                                                                                                                                                                              A-T--CCT-T-CA--T---T--AA-----------AC-GA-GT-GTG-G--G-----AT-A-GGGAA-A-T-T-C---C-A-CCG-A-GG-GT-A--AAG-ATTCC-G-CA-G--T-C--T-A------------G-GCA-C--A-G--AC-T-TT---G-C-CG---A-G-T-CCT--AG-A-C-A--GCG-A-A--T-ATT-G-TTC-C---A-G-AT-G---T-GT-A--A--TT-----T-CC-C----T-A-------TCCC-ACAC-GA-G-T-AA-A-T--A--A-A----GA-AG-GA--T--T-A-T-TT-T--CTC--C-------A-C--A-----T-A-TT--A--TTCAC-------------------TGT-T-T--T-G-G--T-C-A---T--------A-AA--T-C-A--GG-A-GC-------TT-ct
gi|28916                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   aatatA-TTTG-AAC--T--T-TAA-AGCAAAAAccatttgaactttaaagcaaaaattaaca
gi|28917                      :                              aatatatccttcattaaacgagtgtgggatagggaaattccaccgagggtaaagattccgcagtctaggcacagactttgccgagtcctagacagcgaatattgttccagatgtgtaatttccctatcccacacgagtaaataaagaaggattattttctccacatattattcactgttttggtcataaatcaggagcttccAT-AGAA-T--CCT-T-CAA-T---T--AG------T----AT-GA-GT-GTG-G--G-----AT-A-GGGAA-ATT-T-C---C-A-CCG-A-GG-GG-A-CAGG-A--------C-A--T-T--T-----------------------A-G--GC-T-TT---G---CG---A-G-T-CCT--AG-A-C-A--GTG-A-A--T-CTT-G-TTC-C---A-G-AG-G---T-GG-A--A--TT-----T-CC-C----T-A-------TCCC-ACAC-GA-G-T-TA-A-T--A--A-T----AA-AG-GA--T--T-CTT-TT-T--TCT--C-------A-C--A---------TT--A--TTCAC-------------------TG--T-T--ACG-T--A-C-A---TTAAAA---A-AA--T-C-A--GG-A-GC-------TT-TG-A--G-GCGA----TT--AG-A-A-TT-A-T-A-A-----A------T---Attaaca
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gi|28921                      :                                                                                                                                                                                                                                                    at-T-TA--T---T--AT------T----AC-GA-GT-GTG-G--G-----AT-A-GGGAA-A-T-T-C---C-A-CCG-AGGG-GG-A-CAAA-TTT-C-G-CA-G--T-C----A------------C-A-A-CA-A-G--GC-T-TT---G-C-CA---A-G-T-CCT--AG-G-A-A--GCG-A-A--A-CTT-G-TTC-C---A-G-AG-G---T-GG-A--A--TT-----T-CC-C----T-T-------TCCC-ACAC-GT-G-T-AA-A-A--A--A-T----GA-AG-GT--C--T-A-T-TT-T--TCT--C-------A-C--A-----T-T-TT--A--TTCAC-------------------TGT-T-T--A-G-T--T-C-G---T----A---A-AA--T-C-A--GG-A-GC-------TT-TG-A--G----A--T-TT--AA-A-A-TT-A-T-C-A-----A------T---ATC-TT-TA-TTTA-AAC--T--T-TAA-
gi|28924                      :                                                                                                                                                                                                                                                                  --AG------T----GC-GA-GT-GGG-G--G-----AT-A-GGGGA-A-T-T-C---C-A-CCA-A-GG-AG-------------------G--T-C--T--------------G-C-A-TG-A-T--GC-T-TT---G-C-AG---A-G-T-CCTGCAC-A-C-A--GCG-T-A--T-CTT-G-TCC-C-----G-AG-G---T-GG-A--A--TT-----T-CC-C----T-A-------TCTTAACGT-GA-G-T-AG-A-T--A--A-TGATCGA-AG-G-------------------CT--C-------A-C--A-----T-T-TT--A--TCAAC-------------------AGT-T-T--A-A-T--G-C-A---TTTGGG---T-AA--T-T-A--GA-A-GC-------TT-CG-
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Reference ( family-154 )      :                                                                                                                                                                                                                                    AATAAT-AGAA-T--CCT-T-CA--TT--A---GT----A--C-GA---GT-GTG-G--G-----AT-AGGGAA-A-T-T-C---C-A-CCG-A-GG-GG-A-CAAG-ATT-C-G-C-AG--T-C--T-A------------G-G-A-CG-A-G--GC-T-TT---G-C-CG---A-G-T-CCT--AG-A-C--A-GCG-A-A--T-CTT-G-TTC-C---C-G-A-GG---T-GG-A--A--TT-----T-CC-C----TA-------TCCC-ACAC-GA-G-T-AA-A-T--A--A-T----GA-AG-GA--T--T-A-T-TT-T--T---CT--C-------A-C--A-----T-T-TT--A--TTCAC-------------------TGA-T-T--A-G-T--G-CG---T----A---A-AA--T-C-G--GG-A-GC-------TT-TG-A--G-GAAA--T-TT--AN-A-A-TT-A-T-C-A-----A------T---ATC-TT-TA-TTTG-AAC--T--T-TAA-AACGAAAAC
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gi|28884                      :                                                                                                                                                                                                                                                    ag-T-TA--TT--A---TT----A--C-GA---GT-GTG-G--G-----AT-AGGGAA-A-T-T-C---C-A-CCG-AGGG-GG-A-CAAA-TTT-C-G-C-AG--T-C----A------------C-A-A-CA-A-G--GC-T-TT---G-C-CA---A-G-T-CCT--AG-G-A--A-GCG-A-A--A-CTT-G-TTC-C---A-G-A-GG---T-GG-A--A--TT-----T-CC-C----TT-------TCCC-ACAC-GT-G-T-AA-A-A--A--A-T----GA-AG-GT--C--T-A-T-TT-T--T---CT--
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gi|28899                      :                             gattaatataatccttcattagaacgagtgtgggatagggaaattccaccgagggtaaagattcgcagtctaggacaagactttgccgagtcctagacagcgaatattgttccagatgtgtaatttccctatcccacacgagtaaataaagaaggattatttttctcacatattattcactgtttggtcataaaatcaggaTAAT-ATAA-T--CCT-T-CA--TT--A---GA----A--C-GA---GT-GTG-G--G-----AT-AGGGAA-A-T-T-C---C-A-CCG-A-GG-GT-A--AAG-ATT-C-G-C-AG--T-C--T-A------------G-G-A-CA-A-G--AC-T-TT---G-C-CG---A-G-T-CCT--AG-A-C--A-GCG-A-A--T-ATT-G-TTC-C---A-G-A-TG---T-GT-A--A--TT-----T-CC-C----TA-------TCCC-ACAC-GA-G-T-AA-A-T--A--A-A----GA-AG-GA--T--T-A-T-TT-T--T---CT--C-------A-C--A-----T-A-TT--A--TTCAC-------------------TGT-T-T--G-G-T----CA---T----A---A-AA--T-C-A--GG-A-GC-------TT-ctaatta
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gi|28902                      :                                                                                                                                                                                                                                    AATACT-AGAA-T--CCT-T-CA--TT--G---GC--------------GT-CTT-G--A-----GT-AATGAC-A-T-T-G---C-T-CCA-T-GG-GT-A-CAGG-ATC-T-G-C-AG--T-C--T-A------------G-G-A-CA-T-G--GC-A-TA---G-C-CG---T-G-C-CGT--AG-A-C--A-GTG-A-A--T-TTT-G-TTC-C---A-C-A-GG---A-GA-A--A--AT-----C-AT-C----TA-------TCCC-ACAC-GA-G-T-AA-G-T--A--G-T----GA-AG-CG--T--G-G-T-TT-T--T---CT--C-------G-A--A-----T-C-TT--A--CTTGC-------------------TGT-T-T--A-G-T--G-CA---T----------GA--TCC-A--GG-A-GC-------TT-TG-T--G-AAAA--T-TT--AC-A-A-TT-A-T-C-A-----A------T---ATC-CT-TA-TTTT-AAA--T--T-
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gi|28911                      :                                                                                                                                                                                                                                      TAAG-AGAA-T--CCT-T-CA--TT--A---GT----A--C-GA---GT-ATG-G--G-----AT-AGGGAA-A-T-T-C---C-A-CAG-A-GG-GG-A-CAAG-ATT-C-G-C-AG--G-G--T-A------------A-G-A-CG-A-G--GC-C-TT---G-C-CA---A-G-T-CCT--TG-A-C--A-GCG-A-A--T-CTT-G-TT---------------------------------------------TA---------------C-GA-G-T-AA-A-T--A--A-T----GA-AA-CA--T--T-A-A-TT-T--T---CT--C-------A-C--G-------T-TT--A--CCCAC-------------------ATA-T-T--A-G-T--G-CT---T----G---A-AT--T-C-A--GG-A-AC-------TT-TG-A--G-AAAA--T-TC--AA-A-A-TT-A-T-C-A-----A------A---ATC-TT-CG-TTTG-AAC--T--T-
gi|28912                      :                                                                                                                                                                                                                                      TAATTGGAA-T--CTT-T-CA--TT--A----T----A--C-GA---GG-GTT-G--G-----AT-AGGGA----T-T-C---C-A-CCG-A-GG-GG-A-CAAG-ATT-C-T-C-AG--TTC--T-A-----------------------------T-TT---G-C-TGCTAA-G-G-TTT--AG-AAC--A-ACG-A----T-CTT-G-TTC-C---A-G-A-GG---T-AG-AGAA--TT-----T-CC-C----TA-------TCCC-ACAC-TA-A-T-TA-A-T--A--G-T----TA-AG-GA--T--T-A-T-TT-T--T---CT--C---------C--A-----C-T-TT--A--TTCAC-------------------TG--T-T--T-G-T--G-CA---T----A---A-AA--T-C-A--GG-A-GCT------TT-TGTA--G-GCTA--T-T----------TT-A-TCC-A-----AT-----T---ATC-TTATA-TTTG-AAC-------TAA-AGCAAAAAC
gi|28914                      :                                                                                                                                                                                                                                    AATAAT-AGAA-T--CCT-T-CA--TT--A---GT----A--C-GA---GT-GTG-G--G-----AT-AAGGAA-A-T-T-C---C-A-CCG-A-GA-GG-A-CAAG-ATT-C-G-C-AG--T-C--T-A------------G-G-A-CG-A-A--GC-T-CT---G-C-TG---A-G-T-CCT--AG-A-C--A-GCA-A-A--T-CTT-G-TTC-C---C-G-A-GG---T-GG-A--A--TT-----T-CC-C----TA-------TCCC-ACAC-GA-G-T-AA-A-T--A--A-T----GA-AG-GA--TCGT-A-T-T
gi|28916                      :                                                                                                                                                                                                                                              A-T--CCT-T-CA--TT--A---A-----A--C-GA---GT-GTG-G--G-----AT-AGGGAA-A-T-T-C---C-A-CCG-A-GG-GT-A--AAG-ATTCC-G-C-AG--T-C--T-A------------G-GCA-C--A-G--AC-T-TT---G-C-CG---A-G-T-CCT--AG-A-C--A-GCG-A-A--T-ATT-G-TTC-C---A-G-A-TG---T-GT-A--A--TT-----T-CC-C----TA-------TCCC-ACAC-GA-G-T-AA-A-T--A--A-A----GA-AG-GA--T--T-A-T-TT-T--C---TC--C-------A-C--A-----T-A-TT--A--TTCAC-------------------TGT-T-T--T-G-G--T-CA---T--------A-AA--T-C-A--GG-A-GC-------TT-ct
gi|28916                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 aatatA-TTTG-AAC--T--T-TAA-AGCAAAAAccatttgaactttaaagcaaaaattaaca
gi|28917                      :                              aatatatccttcattaaacgagtgtgggatagggaaattccaccgagggtaaagattccgcagtctaggcacagactttgccgagtcctagacagcgaatattgttccagatgtgtaatttccctatcccacacgagtaaataaagaaggattattttctccacatattattcactgttttggtcataaatcaggagcttccAT-AGAA-T--CCT-T-CAA-TT--A---GT----A--T-GA---GT-GTG-G--G-----AT-AGGGAA-ATT-T-C---C-A-CCG-A-GG-GG-A-CAGG-A-------C-A---T-T--T-----------------------A-G--GC-T-TT---G---CG---A-G-T-CCT--AG-A-C--A-GTG-A-A--T-CTT-G-TTC-C---A-G-A-GG---T-GG-A--A--TT-----T-CC-C----TA-------TCCC-ACAC-GA-G-T-TA-A-T--A--A-T----AA-AG-GA--T--T-CTT-TT-T--T---CT--C-------A-C--A---------TT--A--TTCAC-------------------TG--T-T--ACG-T--A-CA---TTAAAA---A-AA--T-C-A--GG-A-GC-------TT-TG-A--G-GCGA----TT--AG-A-A-TT-A-T-A-A-----A------T---Attaaca
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gi|28921                      :                                                                                                                                                                                                                                                    at-T-TA--TT--A---TT----A--C-GA---GT-GTG-G--G-----AT-AGGGAA-A-T-T-C---C-A-CCG-AGGG-GG-A-CAAA-TTT-C-G-C-AG--T-C----A------------C-A-A-CA-A-G--GC-T-TT---G-C-CA---A-G-T-CCT--AG-G-A--A-GCG-A-A--A-CTT-G-TTC-C---A-G-A-GG---T-GG-A--A--TT-----T-CC-C----TT-------TCCC-ACAC-GT-G-T-AA-A-A--A--A-T----GA-AG-GT--C--T-A-T-TT-T--T---CT--C-------A-C--A-----T-T-TT--A--TTCAC-------------------TGT-T-T--A-G-T--T-CG---T----A---A-AA--T-C-A--GG-A-GC-------TT-TG-A--G----A--T-TT--AA-A-A-TT-A-T-C-A-----A------T---ATC-TT-TA-TTTA-AAC--T--T-TAA-
gi|28924                      :                                                                                                                                                                                                                                                               --A---GT----G--C-GA---GT-GGG-G--G-----AT-AGGGGA-A-T-T-C---C-A-CCA-A-GG-AG-------------------G--T-C--T--------------G-C-A-TG-A-T--GC-T-TT---G-C-AG---A-G-T-CCTGCAC-A-C--A-GCG-T-A--T-CTT-G-T-C-C---C-G-A-GG---T-GG-A--A--TT-----T-CC-C----TA-------TCTTAACGT-GA-G-T-AG-A-T--A--A-TGATCGA-AG-G----------------------CT--C-------A-C--A-----T-T-TT--A--TCAAC-------------------AGT-T-T--A-A-T--G-CA---TTTGGG---T-AA--T-T-A--GA-A-GC-------TT-CG-
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gi|28926                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                  ---GT-GTG-G--------AT-AAG----A-T-T-C---C-A-C-----GA-GG-A-CA-G-ATT-T-G-C-AG--T-------------------G-G-A-CA-A-G--GC-T-TT---G-C-TG---A-G-T-C-T--AG-A-C--A-GCG-A-A--T-CTT-G-TTC-C---A-G-A-GG---T-GG-A--A---T-----T-CC-C----TA-------TCC---CAT-GA-G-T-AA-A-T-----A-T----GA-AG-GA--T--T-A-T-TT-T--C---CTA-C-------A-TTAA-----T-T-TT--T--TTCAC-------------------TGA-T-T--A-G-T--G-AG---T----A---A-AA--T-CAA--GG-A-GC-------TT-TG-AT-G-GTGA--T-TTTAAA-A-A-TTAA-T-C-A-----ATATTATT---ATC-TT-TATTTTG-AAC--T--T-TA
gi|28927                      :                                                                                                                                                                                                                                            tAA-T--CCT-T-CA--TT--A---CT----A--C-GA---GT-GTG-G--G-----AT-AGGGAT-A-T-T-C---C-A-CCG-A-GG-GG-A-CAAG-ATT-C-G-C-AG--T-C--T-A------------G-G-A-CG-A-G--GC-T-TT---G-C-CG---A-G-T-CCT--AG-A-C--A-GCG-A-A--T-CTT-G-TTC-C---C-G-A-GG---T-GG-A--A---T-----T-CC-C----TA-------T
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Reference ( family-154 )      :                                                                                                                                                                                                                                    AATAAT-AGAA-T--CCT-T-CA--TT--A---GT----A--C-GA---GT-GTG-G--G-----AT-AGGGAA-A-T-T-C---C-A-CCG-A-GG-GG-A-CAAG-ATT-C-G-C-AG--T-C--T-A------------G-G-A-CG-A-G--GC-T-TT---G-C-CG---A-G-T-CCT--AG-A-C--A-GCG-A-A--T-CTT-G-TTC-C---C-G-A-GG---T-GG-A--A--TT-----T-CC-C----TA-------TCCC-ACAC-GA-G-T-AA-A-T--A--A-T----GA-AG-GA--T--T-A-T-TT-T--T---CT--C-------A-C--A-----T-T-TT--A--TTCAC-------------------TGA-T-T--A-G-T--G-CG---T----A---A-AA--T-C-G--GG-A-GC-------TT-TG-A--G-GAAA--T-TT--AN-A-A-TT-A-T-C-A-----A------T---ATC-TT-TA-TTTG-AAC--T--T-TAA-AACGAAAAC
gi|28716                      :                                                                                                                                                                                                                                    AATAAT-AGAT-C--CTT-T-CA--TT--A---GT----A--C-GA---GT-GTG-G--G-----AT-AGGGA----T-T-C---C-A-CCG-A-GG-GG-ATCAAG-ATT-C-GTC-AA--G-C----A------------A-G-A-CG-A-G--GC-T-TT---G-C-CG---A-A-G-CCT--AG-A-C--AAGCG-A-A--T-CTT-G-TTC-C---CTG-A-GG---T-GG-G--A--TT-----T-CC------TA-------TCCC-ACAC-GA-G-T-AAGA-T--A--A-T-----A-AG-GA--T--T-A-T-TT-T--T---TT--CTTC----A-C--A-----T-T-TT--A--TTCAC-------------------TGA-T-T--A-G-CA-G-CG---T----T---A-AA--T-C-G--GGGA-GC-------TT-TG-A--A-GCAA--A-TT--AC-A-A-TT-A-T-C-A-----A------T---ATC-TT-TA-TTTG-AAC--T--T-TA-----GAAAAC
gi|28717                      : gaatcggcgctaggttgaatcacggtgaatataaaatgaaatgataccttacatcagctgaaatcttaaataaattcatgtgtgttggcaactagttcgatccggttttgtagtatcaaactgtccgtgttaatcttaaccaaaatcatggatcgtcgtctgcactgggtttcagaaaatggtccattttagtacttatcgtgtgatgaaggcagcaatcattgcagAATAAT-AGAT-C--CTT-T-CA--TT--A---GT----A--C-GA---GT-GTG-G--G-----AT-AGGGA----T-T-C---C-A-CCG-A-GG-GG-ATCAAG-ATT-C-GTC-AA--G-C----A------------A-G-A-CG-A-G--GC-T-TT---G-C-CG---A-A-G-CCT--AG-A-C--AAGCG-A-A--T-CTT-G-TTC-C---CTG-A-GG---T-GG-G--A--TT-----T-CC------TA-------TCCC-ACAC-GA-G-T-AAGA-T--A--A-T-----A-AG-GA--T--T-A-T-TT-T--T---TT--CTTC----A-C--A-----T-T-TT--A--TTCAC-------------------TGA-T-T--A-G-CA-G-CG---T----T---A-AA--T-C-G--GGGA-GC-------TT-TG-A--A-GCAA--A-TT--AC-A-A-TT-A-T-C-A-----A------T---ATC-TT-TA-TTTG-AAC--T--T-TA-----GAAAACa
gi|28718                      : gaatcggcgctaggttgaatcacggtgaatataaaatgaaatgataccttacatcagctgaaatcttaaataaattcatgtgtgttggcaactagttcgatccggttttgtagtatcaaactgtccgtgttaatcttaaccaaaatcatggatcgtcgtctgcactgggtttcagaaaatggtccattttagtacttatcgtgtgatgaaggcagcaatcattgcagAATAAT-AGAT-C--CTT-T-CA--TT--A---GT----A--C-GA---GT-GTG-G--G-----AT-AGGGA----T-T-C---C-A-CCG-A-GG-GG-ATCAAG-ATT-C-GTC-AA--G-C----A------------A-G-A-CG-A-G--GC-T-TT---G-C-CG---A-A-G-CCT--AG-A-C--AAGCG-A-A--T-CTT-G-TTC-C---CTG-A-GG---T-GG-G--A--TT-----T-CC------TA-------TCCC-ACAC-GA-G-T-AAGA-T--A--A-T-----A-AG-GA--T--T-A-T-TT-T--T---TT--CTTC----A-C--A-----T-T-TT--A--TTCAC-------------------TGA-T-T--A-G-CA-G-CG---T----T---A-AA--T-C-G--GGGA-GC-------TT-TG-A--A-GCAA--A-TT--AC-A-A-TT-A-T-C-A-----A------T---ATC-TT-TA-TTTG-AAC--T--T-TA-----GAAAACa
gi|28719                      : gaatcggcgctaggttgaatcacggtgaatataaaatgaaatgataccttacatcagctgaaatcttaaataaattcatgtgtgttggcaactagttcgatccggttttgtagtatcaaactgtccgtgttaatcttaaccaaaatcatggatcgtcgtctgcactgggtttcagaaaatggtccattttagtacttatcgtgtgatgaaggcagcaatcattgcagAATAAT-AGAA-T--CCT-T-CA--TT--A---GT----A--C-GA----T-GTG-G--G-----AT-AGGGAA-T-T-T-C---C-A-CCGCA-GG-GG-A-CAAG-ATT-C-G-C-AG----C--T-A------------GAG-A-CG-A-G--GC-T-TT---G-C-CGA--A-G-T-CCT--AG-A-CA-A-GCG-A-A--T-CTT-G-TTC-C---C-G-A-GG---T-GG-G--A--TT-----TCCC-C----TA-------TCCC-ACAC-GA-G-T----A-T--A--A-T-----A-AG-GA--T--T-A-T-TT-T--TTTCTT--C-------A-C--A-----T-T-TTC-A--TTCAC-------------------TGA-T-T--A-G-C--GCCG---T----T---A-AA--T-CGG--GG-A-GC--------T-TG-A--G-CAAA--T-TT--AC-A-A-TT-A-T-C-A-----A------T---ATC-TT-TA-TTTG--AC--T--T-ATA-AACAAAAa
gi|28823                      :                    gaatcggcgctaggtgatcacgtgatataaaatgaaatgatacctacatcagctgaaatcttaaataaattcatgtgtgttgcaaactagttcgatccggttttgtagtatcacctgtccgtgtaatcattaccaaatatggatcgtcgtctgcactgggtgttcagaaatggtcattttagtacttatcgtgtgatgaaggcagcaatcattgcagAA-T--CCT-T-CA--TT--A---GT----A--C-GA---GT-GTG-G--GCCCGGAT-AGGGAA-A-T-T-C---C-A-CCG-A-GG-GG-A-CAAG-ATT-C-G-C-AA--T-C--T-A------------G-G-A-CG-A-G--AC-T-TT---G-C-CG---A-G-T-C-T--AG-A-C--A-GCG-A-A--T-CTT-G-TTC-C---C-G-A-GG---T-GG-A--A--TT-----T-CC-C----TA-------TTCC-ACAC-GA-G-T-AA-A-T--A--A-T----GA-AG-GA--T--T-A-T-TT-TTCT---CT--C-------A-A--A-----T-T-TT--A--TTCAC-------------------TGA-T-T--A-G-T--G-CG---T----A---A-AA--T-T-G--GG-A-GC-------TT-TG-A--T-GAAA--c
gi|28828                      :                                                                                                                                                                                                                                      TAAT-AGAA-T--CCT-T-CA--TT--A---CT----A--C-GA---GT-G---G--G-----AT-AGGAAA-----T-C---C-A-CCG-AAGG-GG-A-GAAG--TT-C-G-C-AG--T-C--TGA------------G-G-A-CG-A-G--GC-T-TT---G-C-CG---A-G-G-TCT--AGGA-C--A-ACG-A-A--TTCTT-G-TTC-C-----G-A-G----T-GG-A--AA-TT-----T-CC-C----TA-------TCCC-ACG--AA-G-T-AA-A-T--A--A-T----GA-AGTGA--T--T-A-T-TT-T--T---CT--C-------A-C--A-----TGT-TT--A--TTCAC-------------------TGA-T-T--A-G-TGCG-CG---T----A---A-AA----C-G--GA-G-GC-------
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gi|28874                      :                                                                                                                                                                                                                                  agacTAAT-AGAA-T--C-T-T-CA--TT--A---GT----A--C-GG---GT-GTG-G--G-----AT-AAGGAA-A-T-T-C---C-A-CCG-A-GG-GG-A-CAAG-ATT-C-G-C-AG--T-C--T-A------------G---A-CG-A-G--GC-T-TT---G-C--G---A-G-T-TCT--AG-A-C--A-GCG-A-A--T-TTT-G-TTC-C---C-G-A-GG---T-GG-A--A--TT-----T-CC-T----TA-------TCCC-ACAC-GA-G-T-AA-A-T--A--A-T----GA-AG-GA--T--T-A-T-TT-T--T---CT--C-------A-C--A-----T-T-TT--A--TTCACTGACTCACATTTTATTCACTGA-T-T--A-G-T--G-CG---T----A---A-AA--T-T-G--GG-A-GC-------TT-TG-A--G-GAAC--T-TT--AC-A-A-TT-A-T-C-A-----A------T---ATC--T-TA----G-AAC--T--T-TAA-AACa
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gi|28889                      :                                                                                                                                                                                                                                  agatTAAT-AGAA-T--CCT-T-CA--TTTCA---CT----A--C-GA---GG-GTAAG--G-----AT-AGG--A-A-T-T-C---C-AACCG-A-GG-GG-A-CAAGCATT-C-G-CGAG--T-C--T-A------------G-G-A-CG-A-G--GC-TGTT---G-CTCG---G-T-C-CCT--AG-A-CCAA-GCG-A-A--T-CTT-G-TTT-C---C-G-A-G----T-GG-A--A--TT-----T-CC-C----TA-------TCCC-ACAG-AG-G-T-AA-A-TA-A--A-T----GA----GATCT--T-A-T-TT-T--
gi|28890                      :                                                                                                                                                                                                                                      TAAT-ATAA-T--CCT-T-CA--TT--A---GA----A--C-GA---GT-GTG-G--G-----AT-AGGGAA-A-T-T-C---C-A-CCG-A-GG-GT-A--AAG-ATT-C-G-C-AG--T-C--T-A------------G-G-A-CA-A-G--AC-T-TT---G-C-CG---A-G-T-CCT--AG-A-C--A-GCG-A-A--T-ATT-G-TTC-C---A-G-A-TG---T-GT-A--A--TT-----T-CC-C----TA-------TCCC-ACAC-GA-G-T-AA-A-T--A--A-A----GA-AG-GA--T--T-A-T-TT-T--T---CT--gtcttcacaactcctcgtaaactctttagaagggtttcaaatgaaactggtaaatttcacgattat
gi|28891                      :                                                                                                                                                                                                                                      TAAT-AGAA-T--CCT-T-CA--TT--A---CT----A--C-GA---GT-G---G--G-----AT-AGGAAA-----T-C---C-A-CCG-AAGG-GG-A-GAAG--TT-C-G-C-AG--T-C--TGA------------G-G-A-CG-A-G--GC-T-TT---G-C-CG---A-G-G-TCT--AGGA-C--A-ACG-A-A--TTCTT-G-TTC-C-----G-A-G----T-GG-A--AA-TT-----T-CC-C----TA-------TCCC-ACG--AA-G-T-AA-A-T--A--A-T----GA-AGTGA--T--T-A-T-TT-T--T---CT--C-------A-C--A-----TGT-TT--A--TTCAC-------------------TGA-T-T--A-G-TGCG-CG---T----A---A-AA----C-G--GA-G-GC-------CA-TG----G-GAAA--T-CT--AC-A-ATTT-A-T-C-A-----A------T---AT--TT-AA-TATG-AAC--T--T-T-A-AACAAAAatcacacttt
gi|28892                      :                                                                                                                                                                                                                                         agatAA-T--CCT-T-CAA-TT--A---GT----A--T-GA---GT-GTG-G--G-----AT-AGGGAA-ATT-T-C---C-A-CCG-A-GG-GG-A-CAGG-A-------C-A---T-T--T-----------------------A-G--GC-T-TT---G---CG---A-G-T-CCT--AG-A-C--A-GTG-A-A--T-CTT-G-TTC-C---A-G-A-GG---T-GG-A--A--TT-----T-CC-C----TA-------TCCC-ACAC-GA-G-T-TA-A-T--A--A-T----AA-AG-GA--T--T-C-T-TT-T--T---c
gi|28893                      :                                                                                                                                                                                                                                   agaTGAT-AGAA-TATCCT-T-CA--CT--A---GT----A--C-GA---GT-GTG-A--G-----AT-AGAGGA-A-G-T-C---C-A-CCG-A-GA-GG-A-CGAG-ATT-C-G-T-AG--T-T--C-A------------G-G-G-AG-A-A--GC-T-TT---G-C-CG---A-G-----T--AG-A-A--A-----A-A--T-C-------C-C-------A-CA---T-GG-------------------C----TG-------TCCC-ACAT-GG-G-T-AA-
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gi|28895                      :                                                                                                                                                                                                                                  agatTAAT-AGAA-T--CCT-T-CA--TT--A---GT----A--C-GA---GT-GTG-G--GCCCGGAT-AGGGAA-A-T-T-C---C-A-CCG-A-GG-GG-A-CAAG-ATT-C-G-C-AA--T-C--T-A------------G-G-A-CG-A-G--AC-T-TT---G-C-CG---A-G-T-C-T--AG-A-C--A-GCG-A-A--T-CTT-G-TTC-C---C-G-A-GG---T-GG-A--A--TT-----T-CC-C----TA-------TTCC-ACAC-GA-G-T-AA-A-T--A--A-T----GA-AG-GA--T--T-A-T-TT-T--T---CT--CTC-----A-A--A-----T-T-TT--A--TTCAC-------------------TGA-T-T--A-G-T--G-CG---T----A---A-AA--T-T-G--GG-A-GC-------TT-TG-A--T-GAAA--T-TT--AC-A-A-TT-A-T-C-A-----A------T---ATC-TT-TA-TTTG-AAC--T--T-TAA-
gi|28896                      :                                                                                                                                                                                                                                   gacTAAT-AGAA-T--CCT-T-CA--TT--A---GT----A--C-GA---GT-GTG-G--G-----AT-AGGGAA---T-T-C---C-A-CCG-A-GG-GG-A-CAAG-ATT-C-G-C-AG--T-C--T-T------------A-A-A-CG-A-G--GC-T-TT---G-C-AG---A-G-T-CCT--AGAA-C--A-GCGAA-A--T-CTT-G-TTC-C---C-GAA-GG---T-GG-A--A--TT-----T--C-C----TA-------T-CC-ACAC-GA-G-T-AA-A-T-----A-T-----A-AG-GA--T--T-A-T-TT-T--T---CT--C-------A-C--C-----T-T-TT--A--TTCACT------------------TGA-T-T--A-G-T--G-CG---T----A---A-AA--T-C----GG-A-GC-------TT-TG----G-GAAA--T-TT--A--A-A-TT-A-T-C-A-----A------T---ATC-TT-TA-TTTA-AAC--T--T-TAA-AAttaaac
gi|28897                      :                                                                                                                                                                                                                                  gaatTAAT-AGAA-T--CCT-T-CA--AT--A---GT----A--C-AC---GT-GTG-G--G-----AT-AGCAAA-A-T-T-T---C-A-CCG-A-GG-GG-A-CAAG-ATT-C-G-C-AG--T-C--T-A------------G-G-A-CG-A-G--GT-T-TT---G-C-CG---A-G-T-CCT--AG-A-C--A-GCA-A-A--T-CTT-T-CTC-C---A-G-A-GG---T-GG-A--A--TT-----T-CC-C----TA-------TCCC-ACAC-GA-G-T-AA-A-T--A--A-T----GA-AG-GA--T--T-A-T-TT-T--T---CT--C-------A-C--A-----T-T-TT--A--TTCAC-------------------TGT-T-T--A-G-T--G-CA---T----A---A-AA--T-T-A--GG-A-GC-------TT-TG-A--G-AAGA--T-TT--AG-A-A-TT-A-T-C-A-----G------T---ATC-TG-TA-GTTG-AAC--T--T-TAA-acca
gi|28898                      :                                                                                                                                                                                                                                   gatTAAT-ATAA-T--CCT-T-CA--TT--A---GA----A--C-GA---GT-GTG-G--G-----AT-AGGGAA-A-T-T-C---C-A-CCG-A-GG-GT-A--AAG-ATT-C-G-C-AG--T-C--T-A------------G-G-A-CA-A-G--AC-T-TT---G-C-CG---A-G-T-CCT--AG-A-C--A-GCG-A-A--T-ATT-G-TTC-C---A-G-A-TG---T-GT-A--A--TT-----T-CC-C----TA-------TCCC-ACAC-GA-G-T-AA-A-T--A--A-A----GA-AG-GA--T--T-A-T-TT-T--T---CT--C-------A-C--A-----T-A-TT--A--TTCAC-------------------TGT-T-T--G-G-T----CA---T----A---A-AA--T-C-A--GG-A-
gi|28898                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             gatC-TC-CA-TTTG-AAC--T--T-TAA-AGCAAAActccatttgaactttaaagcaaaactaatta
gi|28899                      :                             gattaatataatccttcattagaacgagtgtgggatagggaaattccaccgagggtaaagattcgcagtctaggacaagactttgccgagtcctagacagcgaatattgttccagatgtgtaatttccctatcccacacgagtaaataaagaaggattatttttctcacatattattcactgtttggtcataaaatcaggaTAAT-ATAA-T--CCT-T-CA--TT--A---GA----A--C-GA---GT-GTG-G--G-----AT-AGGGAA-A-T-T-C---C-A-CCG-A-GG-GT-A--AAG-ATT-C-G-C-AG--T-C--T-A------------G-G-A-CA-A-G--AC-T-TT---G-C-CG---A-G-T-CCT--AG-A-C--A-GCG-A-A--T-ATT-G-TTC-C---A-G-A-TG---T-GT-A--A--TT-----T-CC-C----TA-------TCCC-ACAC-GA-G-T-AA-A-T--A--A-A----GA-AG-GA--T--T-A-T-TT-T--T---CT--C-------A-C--A-----T-A-TT--A--TTCAC-------------------TGT-T-T--G-G-T----CA---T----A---A-AA--T-C-A--GG-A-GC-------TT-ctaatta
gi|28900                      :                                                                                                                                                                                                                                 gatAATAAT-AGAA-T--CCT-T-CA--TT--A---CT----A--C-GA---GT-GTG-G--G-----AT-AGGGAA-A-T-T-C---C-A-CCG-A-GG-GG-A-CAAG-ATT-C-G-C-AG--T-C--T-A------------G-G-A-CG-A-G--GC-T-TT---G-C-CG---A-G-T-CCT--AG-A-C--A-GCG-A-A--T-CTT-G-TTC-C---C-G-A-GG---T-GG-A--A--TT-----T-CC-C----TA-------TCCC-ACAC-GA-G-T-AA-A-T--A--A-T----GA-AG-GA--T--T-A-T-TT-T--T---CT--C-------A-C--A-----T-T-TT--A--TTCAA-------------------TGA-T-T--A-G-T--G-CG---T----A---A-AA--T-C-G--GG-A-GC-------CT-TG-C--G-GAAA--T-TC--AC-A-A-TT-A-T-C-A-----A------T---ATC-GT-AA-TTTG-AAC--T--T-TAT-AACGAAAACccatttgaactttaaagcaaa
gi|28901                      :                                                                                                                                                                                                                                    AATATG-AGAT-T--C---T-CA--TA--T---GT----AATC-GA---TT-GTG-G--G-----AT-AGGGAA-AAT-TAT---C-A-CCG-A-GG-GG-A-ATAG-CTT---G-C-AG--T-C--T-A------------G-G-ATCG-ATG--GC-T-GT---G-C-CG---A-G-T-CCTGTAG-A-C----GTG-A-A--T-CTTTG-TTC-C-----A-A-GG---T-GG-A--T--TG-----T-CC-G----TA-------TCCG-ACTA-TA-G-T-AA-A-TTAATTA-T----GG-AG-AG--T--T-A-TATT-T--G---CT--TCG-----A-C--A-----T-T-TT--A--GTCAA-------------------TGA-T-T--AAG-T--G-CA---T----A---ATCA--T-C-A--AG-A-G--------TT-TG-AAGG-GAGA--T-TT--AGGA-A-TT-A-T-C-A-----A------TT--ATC-TT-TA-TTTG-AAC--T--T-TAA-
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gi|28914                      :                                                                                                                                                                                                                                    AATAAT-AGAA-T--CCT-T-CA--TT--A---GT----A--C-GA---GT-GTG-G--G-----AT-AAGGAA-A-T-T-C---C-A-CCG-A-GA-GG-A-CAAG-ATT-C-G-C-AG--T-C--T-A------------G-G-A-CG-A-A--GC-T-CT---G-C-TG---A-G-T-CCT--AG-A-C--A-GCA-A-A--T-CTT-G-TTC-C---C-G-A-GG---T-GG-A--A--TT-----T-CC-C----TA-------TCCC-ACAC-GA-G-T-AA-A-T--A--A-T----GA-AG-GA--TCGT-A-T-T
gi|28916                      :                                                                                                                                                                                                                                              A-T--CCT-T-CA--TT--A---A-----A--C-GA---GT-GTG-G--G-----AT-AGGGAA-A-T-T-C---C-A-CCG-A-GG-GT-A--AAG-ATTCC-G-C-AG--T-C--T-A------------G-GCA-C--A-G--AC-T-TT---G-C-CG---A-G-T-CCT--AG-A-C--A-GCG-A-A--T-ATT-G-TTC-C---A-G-A-TG---T-GT-A--A--TT-----T-CC-C----TA-------TCCC-ACAC-GA-G-T-AA-A-T--A--A-A----GA-AG-GA--T--T-A-T-TT-T--C---TC--C-------A-C--A-----T-A-TT--A--TTCAC-------------------TGT-T-T--T-G-G--T-CA---T--------A-AA--T-C-A--GG-A-GC-------TT-ct
gi|28916                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 aatatA-TTTG-AAC--T--T-TAA-AGCAAAAAccatttgaactttaaagcaaaaattaaca
gi|28917                      :                              aatatatccttcattaaacgagtgtgggatagggaaattccaccgagggtaaagattccgcagtctaggcacagactttgccgagtcctagacagcgaatattgttccagatgtgtaatttccctatcccacacgagtaaataaagaaggattattttctccacatattattcactgttttggtcataaatcaggagcttccAT-AGAA-T--CCT-T-CAA-TT--A---GT----A--T-GA---GT-GTG-G--G-----AT-AGGGAA-ATT-T-C---C-A-CCG-A-GG-GG-A-CAGG-A-------C-A---T-T--T-----------------------A-G--GC-T-TT---G---CG---A-G-T-CCT--AG-A-C--A-GTG-A-A--T-CTT-G-TTC-C---A-G-A-GG---T-GG-A--A--TT-----T-CC-C----TA-------TCCC-ACAC-GA-G-T-TA-A-T--A--A-T----AA-AG-GA--T--T-CTT-TT-T--T---CT--C-------A-C--A---------TT--A--TTCAC-------------------TG--T-T--ACG-T--A-CA---TTAAAA---A-AA--T-C-A--GG-A-GC-------TT-TG-A--G-GCGA----TT--AG-A-A-TT-A-T-A-A-----A------T---Attaaca
gi|28918                      :                                                                                                                                                                                                                                             AA-T--C-T-T-C---TT--A---GT----A--T-GA---GT-GTG-G--G-----AT-AGGAAA-A-T-T-C---A-A-CCG-A-GG-GG-A-CAAG-ATT-T-G-C-AG--T-C--T-A------------G-G-A-AG-G-G--GC-T-TT---G-T-CG------------------------------A--T-CTT-G-TTC-C---A-G-A-GG---T-GT-A--A--TT-----T-TC-C----TA-------TCCC-ACAC-
gi|28919                      :                                                                                                                                                                                                                                          acaAA-T--CCT-TACA------A---GT----A--G-AA---GT-GTG-G--G-----AT-AGGGAA-A-T-C-C---T-A-ACG-A-GG-AG-A-CAAG-ATT-T-A-G-AC--T-C--T-AANNNNNNNNNNNN-N-N-NN-N-N--NN-N-NN---N-N-NN---N-N-N-NNN--NN-N-N--N-NNN-N-N--N-NNN-N-NNN-N---N-N-N-NN---N-NN-N--N--NN-----N-NN-N----NN-------TCAC-ACAG-GA-G-T-AA-A-T--A--A-T----GA-AG-GG--G--T-A-T-TT-T--T---------------A-C--A-----T-T-TT--A--CCCAG-------------------AAA-T-T--A-G-C--C-CA---T--------A-GA--T-T-A--AG-A-GC--------T-TG-AT-G-AAAA--A-TC--AG-A-A-AT-A-C-T-A-----A------A---ATA-TT-CA-TTTG-A
gi|28921                      :                                                                                                                                                                                                                                                    at-T-TA--TT--A---TT----A--C-GA---GT-GTG-G--G-----AT-AGGGAA-A-T-T-C---C-A-CCG-AGGG-GG-A-CAAA-TTT-C-G-C-AG--T-C----A------------C-A-A-CA-A-G--GC-T-TT---G-C-CA---A-G-T-CCT--AG-G-A--A-GCG-A-A--A-CTT-G-TTC-C---A-G-A-GG---T-GG-A--A--TT-----T-CC-C----TT-------TCCC-ACAC-GT-G-T-AA-A-A--A--A-T----GA-AG-GT--C--T-A-T-TT-T--T---CT--C-------A-C--A-----T-T-TT--A--TTCAC-------------------TGT-T-T--A-G-T--T-CG---T----A---A-AA--T-C-A--GG-A-GC-------TT-TG-A--G----A--T-TT--AA-A-A-TT-A-T-C-A-----A------T---ATC-TT-TA-TTTA-AAC--T--T-TAA-
gi|28924                      :                                                                                                                                                                                                                                                               --A---GT----G--C-GA---GT-GGG-G--G-----AT-AGGGGA-A-T-T-C---C-A-CCA-A-GG-AG-------------------G--T-C--T--------------G-C-A-TG-A-T--GC-T-TT---G-C-AG---A-G-T-CCTGCAC-A-C--A-GCG-T-A--T-CTT-G-T-C-C---C-G-A-GG---T-GG-A--A--TT-----T-CC-C----TA-------TCTTAACGT-GA-G-T-AG-A-T--A--A-TGATCGA-AG-G----------------------CT--C-------A-C--A-----T-T-TT--A--TCAAC-------------------AGT-T-T--A-A-T--G-CA---TTTGGG---T-AA--T-T-A--GA-A-GC-------TT-CG-
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gi|28926                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                  ---GT-GTG-G--------AT-AAG----A-T-T-C---C-A-C-----GA-GG-A-CA-G-ATT-T-G-C-AG--T-------------------G-G-A-CA-A-G--GC-T-TT---G-C-TG---A-G-T-C-T--AG-A-C--A-GCG-A-A--T-CTT-G-TTC-C---A-G-A-GG---T-GG-A--A---T-----T-CC-C----TA-------TCC---CAT-GA-G-T-AA-A-T-----A-T----GA-AG-GA--T--T-A-T-TT-T--C---CTA-C-------A-TTAA-----T-T-TT--T--TTCAC-------------------TGA-T-T--A-G-T--G-AG---T----A---A-AA--T-CAA--GG-A-GC-------TT-TG-AT-G-GTGA--T-TTTAAA-A-A-TTAA-T-C-A-----ATATTATT---ATC-TT-TATTTTG-AAC--T--T-TA
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blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                          .      .      .  .   .  .    .          .             .               .         .     . .     . T        .   G            . .                                         .     .     .   .   A  .                      CT    .                .   .          .     .                      .  .   .  .                   .    .              .  .       .    .     .    .         .                    A    .  .   .  .  .   T           .  . G     .    .           . .       .  .  .  G    .  .       .     .      .           .        .  .      .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                          .      .      .  .   .  .    .          .             .               .         .     . .     . T        .   .            . .                                         .     .     .   .   .  .                      CT    .                .   .          .     .                      .  .   .  .                   .    .              .  .       .    .     .    .         .                    A    .  .   .  .  .   A           .  . G     .    .           . .       .  .  .  C    .  .       .     .      .           .        .  .      .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                          .      .      .  .   .  .    .          .             .               .         .     . .     . .        .   .            . .                                         .     .     .   .   .  .                      C     .                .   .          .     .                      .  .   .  .                   .    .              .  .       .    .     .    .         .                    A    .  .   .  .  .   A           .  . G     .    .           . .       .  .  .  C    .  .       .     .      .           .        .  .      .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                          .      .      .  .   .  .    .          .             .               .         .     . .     . .        .   .            . .                                         .     .     .   .   .  .                      C     .                .   .          .     .                      .  .   .  .                   .    .              .  .       .    .     .    .         .                    A    .  .   .  .  .   A           .  . G     .    .           . .       .  .  .  C    .  .       .     .      .           .        .  .      .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                          .      .      .  .   .  .    .          .             .               .         .     . .     . .        .   .            . .                                         .     .     .   .   .  .                      C     .                .   .          .     .                      .  .   .  .                   .    .              .  .       .    .     .    .         .                    A    .  .   .  .  .   A           .  . A     .    .           . .       .  .  .  G    .  .       .     .      .           .        .  .      .
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blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                          .      .      .  .   .  .    .          .             .               .         .     . .     . .        .   .            . .                                         .     .     .   .   .  .                      C     .                .   .          .     .                      .  .   .  .                   .    .              .  .       .    .     .    .         .                    T    .  .   .  .  .   A           .  . G     .    .           . .       .  .  .  G    .  .       .     .      .           .        .  .      .
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blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                          .      .      .  .   .  .    .          .             .               .         .     . .     . .        .   .            . .                                         .     .     .   .   .  .                      C     .                .   .          .     .                      .  .   .  .                   .    .              .  .       .    .     .    .         .                    A    .  .   .  .  .   T           .  . G     .    .           . .       .  .  .  C    .  .       .     .      .           .        .  .      .
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blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                          .      .      .  .   .  .    .          .             .               .         .     . .     . .        .   .            . .                                         .     .     .   .   .  .                      A     .                .   .          .     .                      .  .   .  .                   .    .              .  .       .    .     .    .         .                    T    .  .   .  .  .   A           .  . A     .    .           . .       .  .  .  A    .  .       .     .      .           .        .  .      .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                          .      .      .  .   .  .    .          .             .               .         .     . .     . .        .   .            . .                                         .     .     .   .   .  .                      A     .                .   .          .     .                      .  .   .  .                   .    .              .  .       .    .     .    .         .                    T    .  .   .  .  .   A           .  . A     .    .           . .       .  .  .  C    .  .       .     .      .           .        .  .      .
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blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                          .      .      .  .   .  .    .          .             .               .         .     . .     . .        .   .            . .                                         .     .     .   .   .  .                      C     .                .   .          .     .                      .  .   .  .                   .    .              .  .       .    .     .    .         .                    T    .  .   .  .  .   T           .  . G     .    .           . .       .  .  .  C    .  .       .     .      .           .        .  .      .
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blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                          .      .      .  .   .  .    .          .             .               .         .     . .     . .        .   .            . .                                         .     .     .   .   .  .                      A     .                .   .          .     .                      .  .   .  .                   .    .              .  .       .    .     .    .         .                    A    .  .   .  .  .   A           .  . A     .    .           . .       .  .  .  C    .  .       .     .      .           .        .  .      .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                          .      .      .  .   .  .    .          .             .               .         .     . .     . .        .   .            . .                                         .     .     .   .   .  .                      A     .                .   .          .     .                      .  .   .  .                   .    .              .  .       .    .     .    .         .                    T    .  .   .  .  .   A           .  . G     .    .           . .       .  .  .  C    .  .       .     .      .           .        .  .      .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                          .      .      .  .   .  .    .          .             .               .         .     . .     . .        .   .            . .                                         .     .     .   .   .  .                      C     .                .   .          .     .                      .  .   .  .                   .    .              .  .       .    .     .    .         .                    A    .  .   .  .  .   A           .  . G     .    .           . .       .  .  .  G    .  .       .     .      .           .        .  .      .
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blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                          .      .      .  .   .  .    .          .             .               .         .     . .     . .        .   .            . .                                         .     .     .   .   .  .                      C     .                .   .          .     .                      .  .   .  .                   .    .              .  .       .    .     .    .         .                    A    .  .   .  .  .   A           .  . A     .    .           . .       .  .  .  A    .  .       .     .      .           .        .  .      .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                          .      .      .  .   .  .    .          .             .               .         .     . .     . .        .   .            . .                                         .     .     .   .   .  .                      C     .                .   .          .     .                      .  .   .  .                   .    .              .  .       .    .     .    .         .                    T    .  .   .  .  .   A           .  . A     .    .           . .       .  .  .  G    .  .       .     .      .           .        .  .       
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                          .      .      .  .   .  .    .          .             .               .         .     . .     . .        .   .            . .                                         .     .     .   .   .  .                      C     .                .   .          .     .                      .  .   .  .                   .    .              .  .       .    .     .    .         .                    T    .  .   .  .  .   A           .  . G     .    .           . .       .  .  .  G    .  .       .     .      .           .        .  .       
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                          .      .      .  .   .  .    .          .             .               .         .     . .     . .        .   .            . .                                         .     .     .   .   .  .                      C     .                .   .          .     .                      .  .   .  .                   .    .              .  .       .    .     .    .         .                    T    .  .   .  .  .   A           .  . A     .    .           . .       .  .  .  A    .  .       .     .      .           .        .  .       
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                          .      .      .  .   .  .    .          .             .               .         .     . .     . .        .   .            . .                                         .     .     .   .   .  .                      C     .                .   .          .     .                      .  .   .  .                   .    .              .  .       .    .     .    .         .                    A    .  .   .  .  .   A           .  . A     .    .           . .       .  .  .  A    .  .       .     .      .           .        .  .       
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                          .      .      .  .   .  .    .          .             .               .         .     . .     . .        .   .            . .                                         .     .     .   .   .  .                      C     .                .   .          .     .                      .  .   .  .                   .    .              .  .       .    .     .    .         .                    A    .  .   .  .  .   A           .  . A     .    .           . .       .  .  .  A    .  .       .     .      .           .        .  .       
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                          .      .      .  .   .  .    .          .             .               .         .     . .     . .        .   .            . .                                         .     .     .   .   .  .                      C     .                .   .          .     .                      .  .   .  .                   .    .              .  .       .    .     .    .         .                    T    .  .   .  .  .   A           .  . A     .    .           . .       .  .  .  A    .  .       .     .      .           .        .  .       
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                          .      .      .  .   .  .    .          .             .               .         .     . .     . .        .   .            . .                                         .     .     .   .   .  .                      C     .                .   .          .     .                      .  .   .  .                   .    .              .  .       .    .     .    .         .                    T    .  .   .  .  .   A           .  . A     .    .           . .       .  .  .  A    .  .       .     .      .           .        .  .       
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                          .      .      .  .   .  .    .          .             .               .         .     . .     . .        .   .            . .                                         .     .     .   .   .  .                      C     .                .   .          .     .                      .  .   .  .                   .    .              .  .       .    .     .    .         .                    T    .  .   .  .  .   A           .  . G     .    .           . .       .  .  .  A    .  .       .     .      .           .        .  .       
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                          .      .      .  .   .  .    .          .             .               .         .     . .     . .        .   .            . .                                         .     .     .   .   .  .                      A     .                .   .          .     .                      .  .   .  .                   .    .              .  .       .    .     .    .         .                    T    .  .   .  .  .   A           .  . G     .    .           . .       .  .  .  G    .  .       .     .      .           .        .  .       
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                          .      .      .  .   .  .    .          .             .               .         .     . .     . .        .   .            . .                                         .     .     .   .   .  .                      A     .                .   .          .     .                      .  .   .  .                   .    .              .  .       .    .     .    .         .                    A    .  .   .  .  .   G           .  . A     .    .           . .       .  .  .  G    .  .       .     .      .           .        .  .       
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                          .      .      .  .   .  .    .          .             .               .         .     . .     . .        .   .            . .                                         .     .     .   .   .  .                      A     .                .   .          .     .                      .  .   .  .                   .    .              .  .       .    .     .    .         .                    A    .  .   .  .  .   A           .  . A     .    .           . .       .  .  .  G    .  .       .     .      .           .        .  .       
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                          .      .      .  .   .  .    .          .             .               .         .     . .     . .        .   .            . .                                         .     .     .   .   .  .                      C     .                .   .          .     .                      .  .   .  .                   .    .              .  .       .    .     .    .         .                    T    .  .   .  .  .   A           .  . A     .    .           . .       .  .  .  C    .  .       .     .      .           .        .  .       
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                          .      .      .  .   .  .    .          .             .               .         .     . .     . .        .   .            . .                                         .     .     .   .   .  .                      A     .                .   .          .     .                      .  .   .  .                   .    .              .  .       .    .     .    .         .                    A    .  .   .  .  .   T           .  . A     .    .           . .       .  .  .  .    .  .       .     .      .           .        .  .       
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                          .      .      .  .   .  .    .          .             .               .         .     . .     . .        .   .            . .                                         .     .     .   .   .  .                      C     .                .   .          .     .                      .  .   .  .                   .    .              .  .       .    .     .    .         .                    T    .  .   .  .  .   A           .  . A     .    .           . .       .  .  .  .    .  .       .     .      .           .                   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                          .      .      .  .   .  .    .          .             .               .         .     . .     . .        .   .            . .                                         .     .     .   .   .  .                      A     .                .   .          .     .                      .  .   .  .                   .    .              .  .       .    .     .    .         .                    T    .  .   .  .  .   A           .  . A     .    .           . .       .  .  .  .    .  .                                .                   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                          .      .      .  .   .  .    .          .             .               .         .     . .     . .        .   .            . .                                         .     .     .   .   .  .                      C     .                .   .          .     .                      .  .   .  .                   .    .              .  .       .    .     .    .         .                    A    .  .   .  .  .   A           .  . A     .    .           . .       .                                                                     
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                          .      .      .  .   .  .    .          .             .               .         .     . .     . .        .   .            . .                                         .     .     .   .   .  .                      C     .                .   .          .     .                      .  .   .  .                   .    .              .  .       .    .     .    .         .                    A    .  .   .  .  .   C           .  . G     .    .           . .                                                                             
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                          .      .      .  .   .  .    .          .             .               .         .     . .     . .        .   .            . .                                         .     .     .   .   .  .                      C     .                .   .          .     .                      .  .   .  .                   .    .              .  .       .    .     .    .         .                    A    .  .   .  .  .   T           .  . A     .    .           .                                                                               
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                          .      .      .  .   .  .    .          .             .               .         .     . .     . .        .   .            . .                                         .     .     .   .   .  .                      A     .                .   .          .     .                      .  .   .  .                   .    .              .  .       .    .     .    .         .                    T    .  .   .  .  .   A           .  . A     .    .                                                                                           
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                          .      .      .  .   .  .    .          .             .               .         .     . .     . .        .   .            . .                                         .     .     .   .   .  .                      A     .                .   .          .     .                      .  .   .  .                   .    .              .  .       .    .     .    .         .                    T    .  .   .  .  .   A           .  . A     .    .                                                                                           
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                          .      .      .  .   .  .    .          .             .               .         .     . .     . .        .   .            . .                                         .     .     .   .   .  .                      C     .                .   .          .     .                      .  .   .  .                   .    .              .  .       .    .     .    .         .                    T    .  .   .  .  .   A           .  . A     .    .                                                                                           
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                          .      .      .  .   .  .    .          .             .               .         .     . .     . .        .   .            . .                                         .     .     .   .   .  .                      C     .                .   .          .     .                      .  .   .  .                   .    .              .  .       .    .     .    .         .                    T    .  .   .  .  .   .           .  . T     .                                                                                                
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blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                          .      .      .  .   .  .    .          .             .               .         .     . .     . .        .   .            . .                                         .     .     .   .   .  .                      A     .                .   .          .     .                      .  .   .  .                   .    .              .  .       .    .     .    .         .                    .    .                                                                                                                                        
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blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                          .      .      .  .   .  .    .          .             .               .         .     . .     . .        .   .            . .                                         .     .     .   .   .  .                      G     .                .   .          .     .                      .  .   .  .                   .    .              .  .       .                                                                                                                                                                                            
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                          .      .      .  .   .  .    .          .             .               .         .     . .     . .        .   .            . .                                         .     .     .   .   .  .                      C     .                .   .          .     .                      .  .   .  .                   .    .              .  .                                                                                                                                                                                                    
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finalCons                     :                                                                                                                                                                                                                                    AATAAT-AGAA-T--CCT-T-CA--TT--A---GT----A--C-GA---GT-GTG-G--G-----AT-AGGGAA-A-T-T-C---C-A-CCG-A-GG-GG-A-CAAG-ATT-C-G-C-AG--T-C--T-A------------G-G-A-CG-A-G--GC-T-TT---G-C-CG---A-G-T-CCT--AG-A-C--A-GCG-A-A--T-CTT-G-TTC-CN----G-A-GG---T-GG-A--A--TT-----T-CC-C----TA-------TCCC-ACAC-GA-G-T-AA-A-T--A--A-T----GA-AG-GA--T--T-A-T-TT-T--T---CT--C-------A-C--A-----T-T-TT--A--TTCAC-------------------TGA-T-T--A-G-T--G-CG---T----A---A-AA--T-C-G--GG-A-GC-------TT-TG-A--G-GAAA--T-TT--AN-A-A-TT-A-T-C-A-----A------T---ATC-TT-TA-TTTG-AAC--T--T-TAA-AACGAAAAC
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28780 ): TTCAATATATTCATGTTTGTTGCAAACTAGTTCGATCCGGTTTTGTAGTACCACCTGTCCGCGTAATCATTGCCAAATATGGATCGTCGT
Unaligned ( gi|28761 ): AATATTCAATAAATTCATGTTTGTTGCAAACTAGTTTGATCCGGTTTTGTAGTACATGTACCACCTGTCCGCGTAATCACTACCAAATACTGGCATGGATCGTTGTC
Unaligned ( gi|28766 ): ATCATTCAATAAATTCATGTTTGTTGCAAACTAGTTCGATCCAGTTTTGTAGTCCCATCGGTCTGCGTTATCATTACCAAATATATATGGATGTCGTCAAGGTCAAAGGTTGCATCGGCTGTTCCATTTAAAGGAACGAATTATGGTCAACAATATATTTTAGTACTTA
Unaligned ( gi|28781 ): TTTAATGAATTTATGTTTGTTGCAAACTAGTTCGATCCGGTTTTGTAGTACAACCTCATTACCTGTCCCCGTAATCATTACCAAATATGGATTATCATC
Unaligned ( gi|28767 ): ATCATTCAATAAATTCATGTTTGTTGCAAACTAGTTTGATTCGGATTTCTAGTACCACCTGTCAACGGAATCTTTCACAAATATGAATCGTTGTCAAAGTCAAAAGTTGCATTGGCTGTTCCGTTTGAGGAATGAAATGGTCATCTTTATATCTTAGTACTTA
Unaligned ( gi|28814 ): ATATATTCATATTTGTTGTAAACTAATTCGATCCGGTTTTGTTGAACCACTTGTCCACGTAATCATTACCAAATATGGATCGTCGT






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gi|28846                      :                                                                                                                                                                                                                              gcagtaatataagacAA-T--CCT-T-CA--TT--A---TT----A--C-GA---GT--T--G--G-----AT-AGGGAA-A-T-T-C---CAA-CCG-A-GG-GGCA-CAAG-ATT-C-G-C-AG--T-C--T-A--------------G-A-CG-A-G--GC-T-TT---GCC-CG---A-G-T-CCT--AG-A-C----GCG-A-A--T-TCT-GATT-C-CC---G-A-GG---T-GG-G--A--TT-----T-CC-C----TAT------TCCC-ACAC-GA-G---AA-A-T--A--A-T----GA-AG-GA--T--T-A-T-TT-T--T---CT--C-------ACC--A---------TT--A---TCAC-------------------TGa
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gi|28883                      :                                                                                                                                                                                                                                    AATAAT-AGAA-T--CCT-T-CA--TT--AA--GT----A--C-GA---GT-GTG-G--G-----AT-AAGGGA-A-T-T-C---C-A-C-G-A-GG-GG-ATCAAG-AT--C-G-C-AG--T-C--T-A------------G-G-A-CG-A-G--GC-T-TT---G-T-CG---A-GGT-CCT--AG-A-C--A-GTG-A-A----CTT-G-TT-C-CC---GGA-AG---T-GGGA--A--TT-----T-CC-C----TA-------TCCC-ACAC-GA-G-T-AA-A-T--A---------GA-AA-GG--T--T-A-T-TT-T------CT--C-------A-C--A-----T-T-TTA-A--TTCAC--------------------GA-T-T--A-G-T--G-CG---T----A---A-AA--T-C-G--GA-G-GC-------TT-TG-A--
gi|28884                      :                                                                                                                                                                                                                                                    ag-T-TA--TT--A---TT----A--C-GA---GT-GTG-G--G-----AT-AGGGAA-A-T-T-C---C-A-CCG-AGGG-GG-A-CAAA-TTT-C-G-C-AG--T-C----A------------C-A-A-CA-A-G--GC-T-TT---G-C-CA---A-G-T-CCT--AG-G-A--A-GCG-A-A--A-CTT-G-TT-C-CA---G-A-GG---T-GG-A--A--TT-----T-CC-C----TT-------TCCC-ACAC-GT-G-T-AA-A-A--A--A-T----GA-AG-GT--C--T-A-T-TT-T--T---CT--
gi|28886                      :                                                                                                                                                                                                                                      TAAT-AGAAAT--CCT-T-CA--TT--A---AT----A--C-AA---GT-GTG-A--A-----AT-AGGAAA-A-T-T-C---C-A-TCG-A-GG-GG-A-CAAG-GTT-C-GGC-AG--T-C--T-A------------G-A-A-TG-A-G--CC-T-TT---G-G-CA---A-G-T-CCT--TG-A-C--A-GCA-A-A--T-CTT-G-TT-C-CC---G-A-GG---T-GG-A--A--TT-----T-TC-C----TA-------TCCC-ACAC-AA-G-TAAA-A-T--T--A-C----GA-AG-GA--T--T-ACT-TT-T--T---CT--C-------A-C--A-----T-T-TT--A--TCCAC-------------------AGT-T-T--A-G-T--G-GG---T----A---A-AC--T-C-A--GG-A-GC-------TT-TGAA--A-AAAA--A-TT--A--A-A-TT-A-A-A-A-----A------A---ATC-CT-CA-TTTG-AAC--T--
gi|28887                      :                                                                                                                                                                                                                                         agatAA-T--CCT-T-CA--TT--A---AT----A--C-AA---GT-GTG-A--A-----AT-AGGAAA-A-T-T-C---C-A-TCG-A-GG-GG-A-CAAG-GTT-C-GGC-AG--T-C--T-A------------G-A-A-TG-A-G--CC-T-TT---G-G-CA---A-G-T-CCT--TG-A-C--A-GCA-A-A--T-CTT-G-TT-C-CC---G-A-GG---T-GG-A--A--TT-----T-TC-C----TA-------TCCC-ACAC-AA-G-TAAA-A-T--T--A-C----GA-AG-GA--T--T-ACT-TT-T--T---CT--
gi|28888                      :                                                                                                                                                                                                                                      TAAT-AGAAAT--CCT-T-CA--TT--A---AT----A--C-AA---GT-GTG-A--A-----AT-AGGAAA-A-T-T-C---C-A-TCG-A-GG-GG-A-CAAG-GTT-CGG-C-AG--T-C--T-A------------G-A-A-TG-A-G--CC-T-TT---G-
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gi|28892                      :                                                                                                                                                                                                                                         agatAA-T--CCT-T-CAA-TT--A---GT----A--T-GA---GT-GTG-G--G-----AT-AGGGAA-ATT-T-C---C-A-CCG-A-GG-GG-A-CAGG-A-------C-A---T-T--T-----------------------A-G--GC-T-TT---G---CG---A-G-T-CCT--AG-A-C--A-GTG-A-A--T-CTT-G-TT-C-CA---G-A-GG---T-GG-A--A--TT-----T-CC-C----TA-------TCCC-ACAC-GA-G-T-TA-A-T--A--A-T----AA-AG-GA--T--T-C-T-TT-T--T---c
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gi|28898                      :                                                                                                                                                                                                                                   gatTAAT-ATAA-T--CCT-T-CA--TT--A---GA----A--C-GA---GT-GTG-G--G-----AT-AGGGAA-A-T-T-C---C-A-CCG-A-GG-GT-A--AAG-ATT-C-G-C-AG--T-C--T-A------------G-G-A-CA-A-G--AC-T-TT---G-C-CG---A-G-T-CCT--AG-A-C--A-GCG-A-A--T-ATT-G-TT-C-CA---G-A-TG---T-GT-A--A--TT-----T-CC-C----TA-------TCCC-ACAC-GA-G-T-AA-A-T--A--A-A----GA-AG-GA--T--T-A-T-TT-T--T---CT--C-------A-C--A-----T-A-TT--A--TTCAC-------------------TGT-T-T--G-G-T----CA---T----A---A-AA--T-C-A--GG-A-
gi|28898                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             gatC-TC-CA-TTTG-AAC--T--T-TAA-AGCAAAActccatttgaactttaaagcaaaactaatta
gi|28899                      :                             gattaatataatccttcattagaacgagtgtgggatagggaaattccaccgagggtaaagattcgcagtctaggacaagactttgccgagtcctagacagcgaatattgttccagatgtgtaatttccctatcccacacgagtaaataaagaaggattatttttctcacatattattcactgtttggtcataaaatcaggaTAAT-ATAA-T--CCT-T-CA--TT--A---GA----A--C-GA---GT-GTG-G--G-----AT-AGGGAA-A-T-T-C---C-A-CCG-A-GG-GT-A--AAG-ATT-C-G-C-AG--T-C--T-A------------G-G-A-CA-A-G--AC-T-TT---G-C-CG---A-G-T-CCT--AG-A-C--A-GCG-A-A--T-ATT-G-TT-C-CA---G-A-TG---T-GT-A--A--TT-----T-CC-C----TA-------TCCC-ACAC-GA-G-T-AA-A-T--A--A-A----GA-AG-GA--T--T-A-T-TT-T--T---CT--C-------A-C--A-----T-A-TT--A--TTCAC-------------------TGT-T-T--G-G-T----CA---T----A---A-AA--T-C-A--GG-A-GC-------TT-ctaatta
gi|28900                      :                                                                                                                                                                                                                                 gatAATAAT-AGAA-T--CCT-T-CA--TT--A---CT----A--C-GA---GT-GTG-G--G-----AT-AGGGAA-A-T-T-C---C-A-CCG-A-GG-GG-A-CAAG-ATT-C-G-C-AG--T-C--T-A------------G-G-A-CG-A-G--GC-T-TT---G-C-CG---A-G-T-CCT--AG-A-C--A-GCG-A-A--T-CTT-G-TT-C-CC---G-A-GG---T-GG-A--A--TT-----T-CC-C----TA-------TCCC-ACAC-GA-G-T-AA-A-T--A--A-T----GA-AG-GA--T--T-A-T-TT-T--T---CT--C-------A-C--A-----T-T-TT--A--TTCAA-------------------TGA-T-T--A-G-T--G-CG---T----A---A-AA--T-C-G--GG-A-GC-------CT-TG-C--G-GAAA--T-TC--AC-A-A-TT-A-T-C-A-----A------T---ATC-GT-AA-TTTG-AAC--T--T-TAT-AACGAAAACccatttgaactttaaagcaaa
gi|28901                      :                                                                                                                                                                                                                                    AATATG-AGAT-T--C---T-CA--TA--T---GT----AATC-GA---TT-GTG-G--G-----AT-AGGGAA-AAT-TAT---C-A-CCG-A-GG-GG-A-ATAG-CTT---G-C-AG--T-C--T-A------------G-G-ATCG-ATG--GC-T-GT---G-C-CG---A-G-T-CCTGTAG-A-C----GTG-A-A--T-CTTTG-TT-C-CA-----A-GG---T-GG-A--T--TG-----T-CC-G----TA-------TCCG-ACTA-TA-G-T-AA-A-TTAATTA-T----GG-AG-AG--T--T-A-TATT-T--G---CT--TCG-----A-C--A-----T-T-TT--A--GTCAA-------------------TGA-T-T--AAG-T--G-CA---T----A---ATCA--T-C-A--AG-A-G--------TT-TG-AAGG-GAGA--T-TT--AGGA-A-TT-A-T-C-A-----A------TT--ATC-TT-TA-TTTG-AAC--T--T-TAA-
gi|28902                      :                                                                                                                                                                                                                                    AATACT-AGAA-T--CCT-T-CA--TT--G---GC--------------GT-CTT-G--A-----GT-AATGAC-A-T-T-G---C-T-CCA-T-GG-GT-A-CAGG-ATC-T-G-C-AG--T-C--T-A------------G-G-A-CA-T-G--GC-A-TA---G-C-CG---T-G-C-CGT--AG-A-C--A-GTG-A-A--T-TTT-G-TT-C-CA---C-A-GG---A-GA-A--A--AT-----C-AT-C----TA-------TCCC-ACAC-GA-G-T-AA-G-T--A--G-T----GA-AG-CG--T--G-G-T-TT-T--T---CT--C-------G-A--A-----T-C-TT--A--CTTGC-------------------TGT-T-T--A-G-T--G-CA---T----------GA--TCC-A--GG-A-GC-------TT-TG-T--G-AAAA--T-TT--AC-A-A-TT-A-T-C-A-----A------T---ATC-CT-TA-TTTT-AAA--T--T-
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gi|28905                      :                                                                                                                                                                                                                                      TAAT-AGAA-T--CCT-T-CA--TT--A---TT----A--C-GA---GC-ATG-A--G-----AT-AGGGAA-A-T-T-C---T-T-CCG-A-GG-GG-A-CAAG-ATT-C-G-C-AG--T-C--T-A------------C-G-A-CG-A-G--GC-T-TT---G-C-CA---A-T-T-CCT--AG-A-C--A-GCG-A-A--T-CTT------C-CA---G-A-GG---T-GG-A--A--TT-----T-TC-C----TA-------TCTC-ACAC-GA-G-T-AA-A-T--A--A-T----AA-AG-GA--T--T-A-T-TT-T--T---CT--C-------A-C--A-----T-T-TT--A--TTAGC-------------------TTT-T-T--A-G-T--G-CA---T----A---A-AA--C-C-A--GG-A-GC-------TT-TG-A--G-GAGA--T-TT--AG-A-A-TT-A-T-C-A-----A------T---GCT-TT-TA-TTTA-AAC--T--T-TAC-AGCAAA
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gi|28908                      :                                                                                                                                                                                                                                      TATT-AGAA-T--CCT-T-CA--T---A---GT----A--C-GA---GT-GTA-GTGG-----AT-AGGGAA-A-T-T-CGCAC-A-TCG------GG-A-CAGA-TTT-C-G-C-AG--T-C--TTA------------G-G-A-CG-A-G--GC-T-TT---G-C-CG---A-GGT-CCTTAGG-A-C--A-GCG-A-A--T-CT--G-TT-T-CATTCG-A-GGACTT-GG-A--A--TTG----T-CC-CCTTTTA-------TCCC-ACACAGA-G-T-AA-A-T--A--AAT----GA-AG-GA--T--T-A-A-TT-T--T---TT--C-------A-C--A-----T-T-TT--A--TTCAC-------------------TGA-T-T--A-G-T--G-CG---T----A---A-AA--T-C-G--GG-G----------TT-TG-A--T-GAAA--G-TT---T-A-A-TT-A-T-C-A-----A----------ATCTTT-TA-TTTGAAAC--T--T-TAA-AAaca
gi|28909                      :                                                                                                                                                                                                                                      TAAT-AGAA----CCT-T-CA--TT--A------------C-TA---AT-G------G-----AT-AGGGAA-A-TCT-C---C-A-CCG-A-GG-GG-A-CAA--ATT-C-G-C-AG--T-C----A------------G-G-A-CGTA-G--GC-T-T----G-C-CG---A---T-CCT--AG-A-C--A-GCG-A-A--T-C-T-G-TT-C-CC---G---GG---T-GG-A--GATTT-----T-CC-C----TA-------T-CC-ACAC-GA-G---AA-A-T--A--A-T-----A-TG-GA--T--T-A-T-CT-T--T---CT--C-------A-C--A-------T-TT--A---TCAC-------------------TGAGT-T--A-G-TG-G-CG---T----A---A-A-----C-G--GG-A-GC-------CT---------GAAA--A-TT--AC-A-A--------C-C-----A------T---ATC-TT-AA-CTTA-AAC--T--TGTAA-AACaca
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gi|28911                      :                                                                                                                                                                                                                                      TAAG-AGAA-T--CCT-T-CA--TT--A---GT----A--C-GA---GT-ATG-G--G-----AT-AGGGAA-A-T-T-C---C-A-CAG-A-GG-GG-A-CAAG-ATT-C-G-C-AG--G-G--T-A------------A-G-A-CG-A-G--GC-C-TT---G-C-CA---A-G-T-CCT--TG-A-C--A-GCG-A-A--T-CTT-G-TT---------------------------------------------TA---------------C-GA-G-T-AA-A-T--A--A-T----GA-AA-CA--T--T-A-A-TT-T--T---CT--C-------A-C--G-------T-TT--A--CCCAC-------------------ATA-T-T--A-G-T--G-CT---T----G---A-AT--T-C-A--GG-A-AC-------TT-TG-A--G-AAAA--T-TC--AA-A-A-TT-A-T-C-A-----A------A---ATC-TT-CG-TTTG-AAC--T--T-
gi|28912                      :                                                                                                                                                                                                                                      TAATTGGAA-T--CTT-T-CA--TT--A----T----A--C-GA---GG-GTT-G--G-----AT-AGGGA----T-T-C---C-A-CCG-A-GG-GG-A-CAAG-ATT-C-T-C-AG--TTC--T-A-----------------------------T-TT---G-C-TGCTAA-G-G-TTT--AG-AAC--A-ACG-A----T-CTT-G-TT-C-CA---G-A-GG---T-AG-AGAA--TT-----T-CC-C----TA-------TCCC-ACAC-TA-A-T-TA-A-T--A--G-T----TA-AG-GA--T--T-A-T-TT-T--T---CT--C---------C--A-----C-T-TT--A--TTCAC-------------------TG--T-T--T-G-T--G-CA---T----A---A-AA--T-C-A--GG-A-GCT------TT-TGTA--G-GCTA--T-T----------TT-A-TCC-A-----AT-----T---ATC-TTATA-TTTG-AAC-------TAA-AGCAAAAAC
gi|28914                      :                                                                                                                                                                                                                                    AATAAT-AGAA-T--CCT-T-CA--TT--A---GT----A--C-GA---GT-GTG-G--G-----AT-AAGGAA-A-T-T-C---C-A-CCG-A-GA-GG-A-CAAG-ATT-C-G-C-AG--T-C--T-A------------G-G-A-CG-A-A--GC-T-CT---G-C-TG---A-G-T-CCT--AG-A-C--A-GCA-A-A--T-CTT-G-TT-C-CC---G-A-GG---T-GG-A--A--TT-----T-CC-C----TA-------TCCC-ACAC-GA-G-T-AA-A-T--A--A-T----GA-AG-GA--TCGT-A-T-T
gi|28916                      :                                                                                                                                                                                                                                              A-T--CCT-T-CA--TT--A---A-----A--C-GA---GT-GTG-G--G-----AT-AGGGAA-A-T-T-C---C-A-CCG-A-GG-GT-A--AAG-ATTCC-G-C-AG--T-C--T-A------------G-GCA-C--A-G--AC-T-TT---G-C-CG---A-G-T-CCT--AG-A-C--A-GCG-A-A--T-ATT-G-TT-C-CA---G-A-TG---T-GT-A--A--TT-----T-CC-C----TA-------TCCC-ACAC-GA-G-T-AA-A-T--A--A-A----GA-AG-GA--T--T-A-T-TT-T--C---TC--C-------A-C--A-----T-A-TT--A--TTCAC-------------------TGT-T-T--T-G-G--T-CA---T--------A-AA--T-C-A--GG-A-GC-------TT-ct
gi|28916                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 aatatA-TTTG-AAC--T--T-TAA-AGCAAAAAccatttgaactttaaagcaaaaattaaca
gi|28917                      :                              aatatatccttcattaaacgagtgtgggatagggaaattccaccgagggtaaagattccgcagtctaggcacagactttgccgagtcctagacagcgaatattgttccagatgtgtaatttccctatcccacacgagtaaataaagaaggattattttctccacatattattcactgttttggtcataaatcaggagcttccAT-AGAA-T--CCT-T-CAA-TT--A---GT----A--T-GA---GT-GTG-G--G-----AT-AGGGAA-ATT-T-C---C-A-CCG-A-GG-GG-A-CAGG-A-------C-A---T-T--T-----------------------A-G--GC-T-TT---G---CG---A-G-T-CCT--AG-A-C--A-GTG-A-A--T-CTT-G-TT-C-CA---G-A-GG---T-GG-A--A--TT-----T-CC-C----TA-------TCCC-ACAC-GA-G-T-TA-A-T--A--A-T----AA-AG-GA--T--T-CTT-TT-T--T---CT--C-------A-C--A---------TT--A--TTCAC-------------------TG--T-T--ACG-T--A-CA---TTAAAA---A-AA--T-C-A--GG-A-GC-------TT-TG-A--G-GCGA----TT--AG-A-A-TT-A-T-A-A-----A------T---Attaaca
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gi|28921                      :                                                                                                                                                                                                                                                    at-T-TA--TT--A---TT----A--C-GA---GT-GTG-G--G-----AT-AGGGAA-A-T-T-C---C-A-CCG-AGGG-GG-A-CAAA-TTT-C-G-C-AG--T-C----A------------C-A-A-CA-A-G--GC-T-TT---G-C-CA---A-G-T-CCT--AG-G-A--A-GCG-A-A--A-CTT-G-TT-C-CA---G-A-GG---T-GG-A--A--TT-----T-CC-C----TT-------TCCC-ACAC-GT-G-T-AA-A-A--A--A-T----GA-AG-GT--C--T-A-T-TT-T--T---CT--C-------A-C--A-----T-T-TT--A--TTCAC-------------------TGT-T-T--A-G-T--T-CG---T----A---A-AA--T-C-A--GG-A-GC-------TT-TG-A--G----A--T-TT--AA-A-A-TT-A-T-C-A-----A------T---ATC-TT-TA-TTTA-AAC--T--T-TAA-
gi|28924                      :                                                                                                                                                                                                                                                               --A---GT----G--C-GA---GT-GGG-G--G-----AT-AGGGGA-A-T-T-C---C-A-CCA-A-GG-AG-------------------G--T-C--T--------------G-C-A-TG-A-T--GC-T-TT---G-C-AG---A-G-T-CCTGCAC-A-C--A-GCG-T-A--T-CTT-G-T--C-CC---G-A-GG---T-GG-A--A--TT-----T-CC-C----TA-------TCTTAACGT-GA-G-T-AG-A-T--A--A-TGATCGA-AG-G----------------------CT--C-------A-C--A-----T-T-TT--A--TCAAC-------------------AGT-T-T--A-A-T--G-CA---TTTGGG---T-AA--T-T-A--GA-A-GC-------TT-CG-
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6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|28814 ): ATATATTCATATTTGTTGTAAACTAATTCGATCCGGTTTTGTTGAACCACTTGTCCACGTAATCATTACCAAATATGGATCGTCGT