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Reference ( gi|62442 )        : TTTA-A--AT-G-AA---CT-AGG-ATTT--A-CTTC--A-A-C-A-TC-T-GGG-A-AT---CC-T-A-C--TT--A-C-------AC-T-C-T-A--A--G-C--AA---T----T-T---C-A--C-A---AA-A-GAT-GAA-A-TT-C-T-T-C-AA-AA-TC-AC-C--TTT-CT--G---------------TT--TT-AAA--T-A-CT--TT-----CA--A-TA-T-T-C-C-G-AA-G--A-A--T-C-A-------GGA-T---C----AA--T-TT-G-AATT-TAC-CA--T--A--C-CT-TTAT-T-G-G-AT-T-C-C-GA-A-A-T-T-G-C--A--T--A---AAA-A--C--C---TT------AC-A-AAC--A--A-AG---A-TA----C-A--T--CG-CT-G-----GC--T---CC-A-G--T---A--A-G--T--------G-C--T-C-T-A-C-CA-AG-CC-T-C-T-TT-C-G-T-T---A-CT---T-----TT-G--AC---T------A-A-A--C--TA--CT-A-A--C-A-G--C-T-AT-C---A--------------A-A-G--A-A--TC---T-CTT-C---AG--A-G-A--ATA-C-T-G-T-T--CC-A--C--T-A--------C--A-T-A------T-T--C-CAGA--AG-T--G-G-T--G--T-CA-A--------T-C----A-GA-T-GTGG-ATT-C---TT-----T-A-AAA-----C-TC---T--AA----A-G-A-G--C-TTT---TG---G--G-A---T-AA--C-C--T-AA-AA--T-CAC--GAGA--A--T--T-T---C-----AAA-A--T-T--G-A-C-TGC-A-T-C--A-AA-A---C-G--T-A----T-G-A----T-T-T----C--T-C-C-A-C-A-C--T-T--TA-C-A--CA--A-CG-A---T--TC-C--T----C--AC-G--A-T--A--A-ATT--A--A--A-A-TC---T-A-G-G-C-TT-T--T--T-C--A--G--A---T---T-A--T-A---G-A--T--A-A-T---T-G-C--TT--T--T--T--AAA-C---A-A---AA-A-C--G--G-C--A--C-CC-G-A-A-A-AT-A--C-G-A-A------T--T----T-----C-T-A-G-TC-G-T-T--G-GG-----A-A-A--CA-A-G-A-C---A--C-A------TA-T-TT---T--TG----------T----A-GA-A-AA---C---A---C------T---C--------T-G----A----T-TG-C--C-C-A-C--A------CAA---G---T-A----------C--T---C-T---GAA--G-T--A--TA-TA-C---T---A--A---AGAGC--A--T-G-C-T-T--GG-G-T-T-----T---C-------T--T--A-T----A-G-A-T-A-A-----T-ATT--TTATG-T-A-G-T--C---T-T---T--GG-A--G-A---C-C--A-G-G-T-C-T--T-C-C-A--A-C-A-A--T-C--C-G-T--A--G-G--T-A--T-T-CCT--AT-----G-G--GC-AC--T--A---A-T-T--TG-----C-C-C-C-C--TT-A-TT--G-G-C-A-GA-CT--------T-A--T-C-T---T-T-A--------TA---------T----C-----A-T----A-T---G-A-A--G--C-A-G--AA--TT-G-T-T-A--C---A-G--A-A-A-C-T-GT--T---A-CG-G----G--A-----T--AA--A---------------A-A---C----A---AA-------A-AA------------C--TT--GCC-G-T-GT----C--C-T-TC--A--C--C--T-T--A--C---A-T-A-----T-A-G-G----T--A------------AT-A-----GA-T--G-A--T--G-T--G---T----T---A-T-C-A-A--T--T-AAC--AA--T--C-A----T--A-A-------T--TT---C---A--C-A---A-T------T--A-T--G-T-CC-A--T-TT--G----A-T-A-T-A-T-CC---C--G--A-A--G--A--A-C--T-C-G--ATA-TA---------------------AA---G-G-A---C-A--C--C-A--C--AG------------A-A-T-C-TGA-CA-T--A-------T--CT--GC--TT--C-A-T-A-TT-TG-G-A----T-A----TT-TT-A-C--T-T--A--A-CA-T-T-G-A-C-T--C----T--A----A---TG-GC--A-G-A-C-T--G--A-C--AAC-----T-A-C-A--T------T--A-T--A--T-G-A-T-A-A-G--C-G--T--G--AT--T--A--C--TT-T------A---T--C-T--T-T-G-C---A--A-T-CG-T--C-A-G--C---TTT-CC--TT--T-TC-TA------T-G--T-A-G-T--A-A-T--A------T--A--------------C------C-A-C-T-A-T-C-A-CC-TG---C--T-T--A-T-G--G---T-G-T-G--T-A-T-A--T-C-T-C--C-C-A-G-TT--G-A--T-T-CG---A-T---A-CGC-TA-AG-A-G--C--A-T-G-C-T-A--T-AC-G--T-A-T-G-A----------G-GA---C---T-T-TTT---AA---A-GC--G-A-G-G-C--C-A-A-CT--T-C-T-A---A--C--A-A--A---A--A----G--T--T--G------------A-TG-C-T---G------------C--A--G---G---T-T-A-T----A---A--C-G-A--A-T-C-T-C-G--TTT--AA-A--G-TC-A-TC--A--T---T--TC--G--C--A-------AA------T-T-C-T---A--C-G----------------G-T---CG-C----T-----A---T-A--A---T-G---A--C---T-T--G--TTT-G--CG--A--T---A--C-AA--A--------------------------T-A---T-------C--A-C--T-----A-A-G--T-C-A----T--A-T---G-TT-G-A-C--T-G-A-TTT--G-T-T-T-C-A--T-A-C-C--C--TTT--G--T--T-A---G-A-C-TG---T--CA---T-T--TT--C-C--TAC---T-AGA-T-T-T---G-A--C-T-A-CG---G-G--T-A-A---T-C--C-C--G-T-TT--AC--------T---T-T---G---T-T-----TC--G---AC--T---A---GGG-C-T--C--A----C-G---GCGG
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Reference ( family-12 )       :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TTTA-A--AT-G-AA---CT-AGGGTTT--A-CTTC--A-A-C-A-TC-T-GGG-A-AT---CC-T-A-C--TT--A-C-------AC-T-CC-A--A--G-C--AAT----T-T---C-A--C-A---AA-A-GA-T-GAA-A-TT-C-T-T-C-AA-AA-TC-AC-C--TTT-CT--G---------------TT--TT-AAA--T-A-CT--TT-----CA--A-TA-T-T-C-C-G-AA-G--A-A--T-C-A-------GGA-T---C----AA-T-TT--G-AA-TT-A-C-C-A--T--A--C-CT-TTA-C-T-G-G-AT-T-C-C-GA-A-AT-T-G-C--A-T---A---AAA-A--C--C---TT------AC-A-AA-C--A--A-AG---A-TA----C-A--T--CG-CT-G-----G---T-T-CC-A-G--T---A--A-G--T--------G-C--T-C-T-A-C-C-A-AGCCT-C-TNT--C--T-T-T-A-C-TN-----C--T-AA-C---TA-A-A--C--TA--C-T-A-A--C-AG--C-T--G--TC---AA-A---G--A-G-T-C---N-C---------T-T-CAG--A---G--A-T-A-----C-T-G-T-T--CC-A--C--T-A--------C--A-T-A------T-T--C-CAGA--AG-T-G--G-T--G--TCA-A--------T-C----A-GA-T-GTGG-ATT-C---T--C--A---A-AAA---C----T-C---T--AA-A-G-A--G-CTTT-TA---G--G-A-T-AA-C-T--T-N-A-AG--T-CA--C--G-A-GA-N---T-TT-T--C----AA-A-A--T-T--G-A-C-TGC-A-T-C--A-AA-A---C-G--T-A----T-G-A----T-T-T----C--T-C-C-A-CA-C--T-T--TA-C-A--CA--A-CG-A---T--TC-C--T-C----AC-G--A-T--A--A-ATT--A--A--A-A-TC---T-A-G-G-C-TT-T-T--T-C--A-G--A---T---T--A--TA---G-A-T--A-A-T---T-G-C--TT--T--T--T--GAA-C---A-A---AA-A-C--G--G-C--A--C-CC-G-A-A-A-A-T-A--C-G-A-A------T--T----T-----C-T-A-G-TC-G-T-T--G-GG-----A-AA--CA-A-G-AC---A--C-A------TA-T-T--T-TNG----------T----A-GA-A----AN---C-A-C---T---C--------TG----A----T-TG-C--C-C-A-C--A------CAA---G---T-A----------C--T---C-T---GAA------G-TA-GAT-A--TT---A-A---AGAGC--A--T-GC-T-T-GG-G--T-T-----T---C-------T--T--A-T----A-G-A-T-A-A-----T-ATT--TTATG-T-A-G-T--C---T-T--T--GG-A--G-A---C-C--A-G-G-T-C-T--T-C-C-A--A-C-A-A--T-C-CG-T--T-G-G--T--A--T-T-CCT--AT----G-GG--C-AC-T--A-A-T--T-GT-G--C-----C-C-C-C--TTA-TT--G-G-C-A-GA-C----------------T--------TA-T-TTT--T-A-T---A---T--T-C-A--------T-A-C--G-A-A--G--CA-G--AA--TT-G-T-T-A--C---A-G--A-A-A-C-T-G-T--T---A-CG-G----G--A-----T-----AA--A-A-A---C------------A-AA-------A-AA------------C--TT--GCC-G-T-GT----C--C-T-TC--A--C--C--T-T--A--C---A-T-A-----T-A-----------G-G-TA-T--A---T-AG-A-C-G-A-T--G-T--N--T----T---A-T-C-A-A--T--T-AA-C--AA--T--C-A----T--A-A-------T--TT---C---A--C-A---A-T------T--A-T--G-T-CC-A--T-TT--G----A-T-A-T-A-T-C---C-C--G--AN-G--A--A-C--T-C-G--A-NA-T-A-AA---G-GA---------------------C-A--C-C-A--C--A--G------------A-A-T-C-TGA-C-A--NA-------T--CT--GC--T--T-C-A-TA-TT-TG-G-AT-A----TT-TT----A-C--T-T--A--A-CA-T-T-G-AC-T--C-T--A----A---TG-GC--A-G-A-CT--G--A-C--AAC-----T-A-C-A--T------T--A-T--A--T-G--A-T-A-A-G--C-G-T--G--A-T--G-A-C--T--T-T---A--A------C---T-T--T-G-C---A--A-TC-G-T--C--A-A-C---TTT-CC--TTT-T-C-TA------TG--T-A-G-T--A-A-T--A------T--A--------------C------C-A-C-T-A-T-C-A-CC-TG---C--T-T--A-TG--GT---G-T-G--T-A-TG--T-C-T-C--C-C-A-G-TT--G-A--T-T-CG---A-T---A-C-G-C-A-A-G-A-G--C--A-T-G-C-T-A--T-G---C-G--T-A-T-GA----------G-GA---C---T-T-TTT---AA-A-G-C--G-A-G-G-C--C-A-A-C-T-AC--T-A---A--C--A-A--A---A--A----G--TT---------------------G-------A---TG-T-T---G-C-A-G--G-G--TT-AT----A---A--C-G-A--A-T-C-T-C-G--TTT--AA-A--G-TC-A-T-C--A--T---TT--C--G--C--A-------AA------T-T-C-T---A--C-G----------------G-T---CG-C----T-----A---T-A--A-T-G-A-C----C--T--T-G--TTTG--CG--A-TT--AC-A-A-A-T-------------------------TA--T--C--A-C-T-----A-A-G--T-C-A----T--A-T---G-TT-G-A-C--T-G-A-TTT--G-T-T-T-C-A--T-A-C-C--C--TTT--G--T--T-A---G-A-C-TG---T--CA---T-T--TT--C-C--TAC---T-AGA-T-T-T---G-A--C-T-A-CG---G-G-T-A--A---T-C--C-C--G-T-TT--AC--------T---T-T---G---T-T-----TC---G---A-CT--A-C--GGG-C-T--C--A--C-G---GCGG
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Reference ( family-12 )       :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TTTA-A--AT-G-AA---CT-AGGGTTT--A-CTTC--A-A-C-A-TC-T-GGG-A-AT---CC-T-A-C--TT--A-C-------AC-T-CC-A--A--G-C--AAT----T-T---C-A--C-A---AA-A-GA-T-GAA-A-TT-C-T-T-C-AA-AA-TC-AC-C--TTT-CT--G---------------TT--TT-AAA--T-A-CT--TT-----CA--A-TA-T-T-C-C-G-AA-G--A-A--T-C-A-------GGA-T---C----AA-T-TT--G-AA-TT-A-C-C-A--T--A--C-CT-TTA-C-T-G-G-AT-T-C-C-GA-A-AT-T-G-C--A-T---A---AAA-A--C--C---TT------AC-A-AA-C--A--A-AG---A-T-A----C-A--T--C-G-CT-G-----G---T-T-CC-A-G--T---A--A-G--T--------G-C--T-C-T-A-C-C-A-AGCCT-C-TNT--C--T-T-T-A-C-TN-----C--T-AA-C---TA-A-A--C-T--A--C-T-A-A--C-A-G--C-T--G--TC---AA-A---G--A-G-T-CN-C---------T-T-C---AG--A---G--A-T-A-----C-T-G-T-T--CC-A--C--T-A--------C--A-T-A------T-T--C-CAGA--AG-T--G-G-T--G--TCA-A--------T-C----A-GA-T-GT-GG-ATT-C---T--C--A---A-AAA---C----T-C---T--AA-A-G-A-G--CTTT-TA---G--G-A-T-AA-C-T--T-N-A-AG--T-CA--C--G-A-G-A-N---T-TTT-C--T---AA-A-A--T-T-G-A-C-TGC-A-T-C--A-AA-A---C-G--T-A----T-G-A----T-T-T----C--T-C-C-A-C-AC--T-T--TA-C-A--CA--A-CG-A---T--TC-C--T-C----AC-G--A-T--A--A-ATT--A--A--A-A-TC---T-A-G-G-C-TT-T-T--T-C--AG--A---T---T--A-TA---G-A-T--A-A-T---T-G-C--TT--T--T--T--GAA-C---A-A---AA-A-C--G--G-C--A--C-CC-G-A-A-A-A-T-A--C-G-A-A------T--T----T-----C-T-A-G-TC-G-T-T--G-GG-----A-AA--CA-A-G-AC---A--C--A------TA-T--T--T--T----------G-T-T---A-G-A-A----A---C--C-A-C---T---C--------TG----A----T-TG-C--C-C-A-C--A------CAA---G---T-A----------C--T---C-T---GAA------G-TAGAT-A--TT---A-A---AGAGC--A--T-GC-T-T-GG-G--T-T-----T---C-------T--T--A-T----A-G-A-T-A-A-----T-ATT--TTATG-T-A-G-T--C---T-T--T--GG-A--G-A---C-C--A-G-G-T-C-T--T-C-C-A--A-C-A-A--T-C-CG-T--T-G-G--T--A--T-T-CCT----AT-G-GG--C-AC-T--A-A-T--T-GT-G--C-----C-C-C-C--TTA-TT--G-G-C-A-GA-C----------------T--------TA-T-TTT--T-A-T---A---T--T-C-A--------T-A-C--G-A-A--G--CA-G--AA--TT-G-T-T-A--C---A-G--A-A-A-C-T-G-T--T---A-CG-G----G--A-----T-----AA--A-A-A---C------------A-AA-------A-AA------------C--TT--GCC-G-T-GT----C--C-T-T--C--A--C-C--T-T--A--C---A-T-A-----T-A-----------G-G-TA-T--A---T-AG-A-C-G-A-T--G-T--N--T----T---A-T-C-A-A--T--T-AA-C--A--A-T--C-A----T--A-A-------T--TT---C---A--C-A---A-T------T--A-T--G-T-CC-A--T-TT--G----A-T-A-T-A-T-C---C-C--G--A--C-G-A--A-C--T-C-G--A-NA-T-A-AA---G-GA---------------------C-A--C-C-A--C--A--G------------A-A-T-C-TGA-C-A--NA-------T--CT--GC--T--T-C-A-TA-TT-TG-G-AT-A----TT-TT----A-C--T--T-A--A-CA-T-T-G-AC--TC-T--A----A---TG-GC--A-G-A-CT--G--A-C--AAC-----T-A-C-A--T------T--A-T--A--T-G--A-T-A-A-G--C-G-T--G--A-T--G-A-C--T--T-T---G--A------C---T-T--T-G-C---A--A-TC-G-T--C--A-A-C---TTT-CC--TT--T-T-C-TA------TG--T-A-G-T--A-A-T--A------T--A--------------C------C-A-CT-A-T-C-A-CC-T-G---C--T-T--A-TG--GT---G-T-G--T-A-TG--T-C-T-C--C-C-A-G-TT--G-A--T-T-CG---A-T---A-C-G-C-A-A-G-A-G--C--A-T-G-C-T-A--T-G---C-G--T-A-T-GA----------G-GA---C---T-T-TTT---AA-A-G-C--G-A-G-G-C--C-A-A-C-T-AC--T-A---A--C--A-A--A---A--A----G--TT---------------------G-------A---TG-T-T---G-C-A-G--G-G--TT-AT----A---A--C-G-A--A-T-C-T-C-G--TTT--AA-A--G-TC-A-T-C--A--T---TT--C--G--C--A-------AA------T-T-C-T---A--C-G----------------G-T---CG-C----T-----A---T-A--A-T-G-A-C----C--T--T-G--TTTG--CG--A-TT--AC-A-A-A-T-------------------------TA--T--C--A-C-T-----A-A-G--T-C-A----T--A-T---G-TT-G-A-C--T-G-A-TTT--G-T-T-T-C-A--T-A-C-C--C--TTT--G--T--T-A---G-A-C-TG---T--CA---T-T--TT--C-C--TAC---T-AGA-T-T-T---G-A--C-T-A-CG---G-G-T-A--A---T-C--C-C--G-T-TT--AC--------T---T-T---G---T-T-----TC---G---A-CT--A-C--GGG-C-T--C--A--C-G---GCGG
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Reference ( family-12 )       :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TTTA-A--AT-G-AA---CT-AGGGTTT--A-CTTC--A-A-C-A-TC-T-GGG-A-AT---CC-T-A-C--TT--A-C-------AC-T-CC-A--A--G-C--AAT----T-T---C-A--C-A---AA-A-GA-T-GAA-A-TT-C-T-T-C-AA-AA-TC-AC-C--TTT-CT--G---------------TT--TT-AAA--T-A-CT--TT-----CA--A-TA-T-T-C-C-G-AA-G--A-A--T-C-A-------GGA-T---C----AA-T-TT--G-AA-TT-A-C-C-A--T--A--C-CT-TTA-C-T-G-G-AT-T-C-C-GA-A-AT-T-G-C--A-T---A---AAA-A--C--C---TT------AC-A-AA-C--A--A-AG---A-T-A----C-A--T--C-G-CT-G-----G---T-T-CC-A-G--T---A--A-G--T--------G-C--T-C-T-A-C-C-A-AGCCT-C-TNT--C--T-T-T-A-C-TN-----C--T-AA-C---TA-A-A--C-T--A--C-T-A-A--C-A-G--C-T--G--TC---AA-A---G--A-G-T-CN-C---------T-T-C---AG--A---G--A-T-A-----C-T-G-T-T--CC-A--C--T-A--------C--A-T-A------T-T--C-CAGA--AG-T--G-G-T--G--TCA-A--------T-C----A-GA-T-GT-GG-ATT-C---T--C--A---A-AAA---C----T-C---T--AA-A-G-A-G--CTTT-TA---G--G-A-T-AA-C-T--T-N-A-AG--T-CA--C--G-A-G-A---T-TTT-T-C--T---AA-A-A--T-T-G-A-C-TGC-A-T-C--A-AA-A---C-G--T-A----T-G-A----T-T-T----C--T-C-C-A-C-AC--T-T--TA-C-A--CA--A-CG-A---T--TC-C--T-C----AC-G--A-T--A--A-ATT--A--A--A-A-TC---T-A-G-G-C-TT-T-T--T-C--AG--A---T---T--A-TA---G-A-T--A-A-T---T-G-C--TT--T--T--T--GAA-C---A-A---AA-A-C--G--G-C--A--C-CC-G-A-A-A-A-T-A--C-G-A-A------T--T----T-----C-T-A-G-TC-G-T-T--G-GG-----A-AA--CA-A-G-AC---A--C--A------TA-T--T--T--T----------G-T-T---A-G-A-A----A---C--C-A-C---T---C--------TG----A----T-TG-C--C-C-A-C--A------CAA---G---T-A----------C--T---C-T---GAA------G-TAGAT-A--TT---A-A---AGAGC--A--T-GC-T-T-GG-G--T-T-----T---C-------T--T--A-T----A-G-A-T-A-A-----T-ATT--TTATG-T-A-G-T--C---T-T--T--GG-A--G-A---C-C--A-G-G-T-C-T--T-C-C-A--A-C-A-A--T-C-CG-T--T-G-G--T--A--T-T-CCT----AT-G-GG--C-AC-T--A-A-T--T-GT-G--C-----C-C-C-C--TTA-TT--G-G-C-A-GA-C----------------T--------TA-T-TTT--T-A-T---A---T--T-C-A--------T-A-C--G-A-A--G--CA-G--AA--TT-G-T-T-A--C---A-G--A-A-A-C-T-G-T--T---A-CG-G----G--A-----T-----AA--A-A-A---C------------A-AA-------A-AA------------C--TT--GCC-G-T-GT----C--C-T-T--C--A--C-C--T-T--A--C---A-T-A-----T-A-----------G-G-TA-T--A---T-AG-A-C-G-A-T--G-T--N--T----T---A-T-C-A-A--T--T-AA-C--A--A-T--C-A----T--A-A-------T--TT---C---A--C-A---A-T------T--A-T--G-T-CC-A--T-TT--G----A-T-A-T-A-T-C---C-C--G--A--C-G-A--A-C--T-C-G--A-NA-T-A-AA---G-GA---------------------C-A--C-C-A--C--A--G------------A-A-T-C-TGA-C-A--NA-------T--CT--GC--T--T-C-A-TA-TT-TG-G-AT-A----TT-TT----A-C--T--T-A--A-CA-T-T-G-AC--TC-T--A----A---TG-GC--A-G-A-CT--G--A-C--AAC-----T-A-C-A--T------T--A-T--A--T-G--A-T-A-A-G--C-G-T--G--A-T--G-A-C--T--T-T---G--A------C---T-T--T-G-C---A--A-TC-G-T--C--A-A-C---TTT-CC--TT--T-T-C-TA------TG--T-A-G-T--A-A-T--A------T--A--------------C------C-A-CT-A-T-C-A-CC-T-G---C--T-T--A-TG--GT---G-T-G--T-A-TG--T-C-T-C--C-C-A-G-TT--G-A--T-T-CG---A-T---A-C-G-C-A-A-G-A-G--C--A-T-G-C-T-A--T-G---C-G--T-A-T-GA----------G-GA---C---T-T-TTT---AA-A-G-C--G-A-G-G-C--C-A-A-C-T-AC--T-A---A--C--A-A--A---A--A----G--TT---------------------G-------A---TG-T-T---G-C-A-G--G-G--TT-AT----A---A--C-G-A--A-T-C-T-C-G--TTT--AA-A--G-TC-A-T-C--A--T---TT--C--G--C--A-------AA------T-T-C-T---A--C-G----------------G-T---CG-C----T-----A---T-A--A-T-G-A-C----C--T--T-G--TTTG--CG--A-TT--AC-A-A-A-T-------------------------TA--T--C--A-C-T-----A-A-G--T-C-A----T--A-T---G-TT-G-A-C--T-G-A-TTT--G-T-T-T-C-A--T-A-C-C--C--TTT--G--T--T-A---G-A-C-TG---T--CA---T-T--TT--C-C--TAC---T-AGA-T-T-T---G-A--C-T-A-CG---G-G-T-A--A---T-C--C-C--G-T-TT--AC--------T---T-T---G---T-T-----TC---G---A-CT--A-C--GGG-C-T--C--A--C-G---GCGG
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Reference ( family-12 )       :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TTTA-A--AT-G-AA---CT-AGGGTTT--A-CTTC--A-A-C-A-TC-T-GGG-A-AT---CC-T-A-C--TT--A-C-------AC-T-CC-A--A--G-C--AAT----T-T---C-A--C-A---AA-A-GA-T-GAA-A-TT-C-T-T-C-AA-AA-TC-AC-C--TTT-CT--G---------------TT--TT-AAA--T-A-CT--TT-----CA--A-TA-T-T-C-C-G-AA-G--A-A--T-C-A-------GGA-T---C----AA-T-TT--G-AA-TT-A-C-C-A--T--A--C-CT-TTA-C-T-G-G-AT-T-C-C-GA-A-AT-T-G-C--A-T---A---AAA-A--C--C---TT------AC-A-AA-C--A--A-AG---A-T-A----C-A--T--C-G-CT-G-----G---T-T-CC-A-G--T---A--A-G--T--------G-C--T-C-T-A-C-C-A-AGCCT-C-TNT--C--T-T-T-A-C-TN-----C--T-AA-C---TA-A-A--C-T--A--C-T-A-A--C-A-G--C-T--G--TC---AA-A---G--A-G-T-CN-C---------T-T-C---AG--A---G--A-T-A-----C-T-G-T-T--CC-A--C--T-A--------C--A-T-A------T-T--C-CAGA--AG-T--G-G-T--G--TCA-A--------T-C----A-GA-T-GT-GG-ATT-C---T--C--A---A-AAA---C----T-C---T--AA-A-G-A-G--CTTT-TA---G--G-A-T-AA-C-T--T-N-A-AG--T-CA--C--G-A-G-A---T-TTT-T-C--T---AA-A-A--T-T-G-A-C-TGC-A-T-C--A-AA-A---C-G--T-A----T-G-A----T-T-T----C--T-C-C-A-C-AC--T-T--TA-C-A--CA--A-CG-A---T--TC-C--T-C----AC-G--A-T--A--A-ATT--A--A--A-A-TC---T-A-G-G-C-TT-T-T--T-C--AG--A---T---T--A-TA---G-A-T--A-A-T---T-G-C--TT--T--T--T--GAA-C---A-A---AA-A-C--G--G-C--A--C-CC-G-A-A-A-A-T-A--C-G-A-A------T--T----T-----C-T-A-G-TC-G-T-T--G-GG-----A-AA--CA-A-G-AC---A--C--A------TA-T--T--T--T----------G-T-T---A-G-A-A----A---C--C-A-C---T---C--------TG----A----T-TG-C--C-C-A-C--A------CAA---G---T-A----------C--T---C-T---GAA------G-TAGAT-A--TT---A-A---AGAGC--A--T-GC-T-T-GG-G--T-T-----T---C-------T--T--A-T----A-G-A-T-A-A-----T-ATT--TTATG-T-A-G-T--C---T-T--T--GG-A--G-A---C-C--A-G-G-T-C-T--T-C-C-A--A-C-A-A--T-C-CG-T--T-G-G--T--A--T-T-CCT----AT-G-GG--C-AC-T--A-A-T--T-GT-G--C-----C-C-C-C--TTA-TT--G-G-C-A-GA-C----------------T--------TA-T-TTT--T-A-T---A---T--T-C-A--------T-A-C--G-A-A--G--CA-G--AA--TT-G-T-T-A--C---A-G--A-A-A-C-T-G-T--T---A-CG-G----G--A-----T-----AA--A-A-A---C------------A-AA-------A-AA------------C--TT--GCC-G-T-GT----C--C-T-T--C--A--C-C--T-T--A--C---A-T-A-----T-A-----------G-G-TA-T--A---T-AG-A-C-G-A-T--G-T--N--T----T---A-T-C-A-A--T--T-AA-C--A--A-T--C-A----T--A-A-------T--TT---C---A--C-A---A-T------T--A-T--G-T-CC-A--T-TT--G----A-T-A-T-A-T-C---C-C--G--A--C-G-A--A-C--T-C-G--A-NA-T-A-AA---G-GA---------------------C-A--C-C-A--C--A--G------------A-A-T-C-TGA-C-A--NA-------T--CT--GC--T--T-C-A-TA-TT-TG-G-AT-A----TT-TT----A-C--T--T-A--A-CA-T-T-G-AC--TC-T--A----A---TG-GC--A-G-A-CT--G--A-C--AAC-----T-A-C-A--T------T--A-T--A--T-G--A-T-A-A-G--C-G-T--G--A-T--G-A-C--T--T-T---G--A------C---T-T--T-G-C---A--A-TC-G-T--C--A-A-C---TTT-CC--TT--T-T-C-TA------TG--T-A-G-T--A-A-T--A------T--A--------------C------C-A-CT-A-T-C-A-CC-T-G---C--T-T--A-TG--GT---G-T-G--T-A-TG--T-C-T-C--C-C-A-G-TT--G-A--T-T-CG---A-T---A-C-G-C-A-A-G-A-G--C--A-T-G-C-T-A--T-G---C-G--T-A-T-GA----------G-GA---C---T-T-TTT---AA-A-G-C--G-A-G-G-C--C-A-A-C-T-AC--T-A---A--C--A-A--A---A--A----G--TT---------------------G-------A---TG-T-T---G-C-A-G--G-G--TT-AT----A---A--C-G-A--A-T-C-T-C-G--TTT--AA-A--G-TC-A-T-C--A--T---TT--C--G--C--A-------AA------T-T-C-T---A--C-G----------------G-T---CG-C----T-----A---T-A--A-T-G-A-C----C--T--T-G--TTTG--CG--A-TT--AC-A-A-A-T-------------------------TA--T--C--A-C-T-----A-A-G--T-C-A----T--A-T---G-TT-G-A-C--T-G-A-TTT--G-T-T-T-C-A--T-A-C-C--C--TTT--G--T--T-A---G-A-C-TG---T--CA---T-T--TT--C-C--TAC---T-AGA-T-T-T---G-A--C-T-A-CG---G-G-T-A--A---T-C--C-C--G-T-TT--AC--------T---T-T---G---T-T-----TC---G---A-CT--A-C--GGG-C-T--C--A--C-G---GCGG
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Reference ( family-12 )       :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TTTA-A--AT-G-AA---CT-AGGGTTT--A-CTTC--A-A-C-A-TC-T-GGG-A-AT---CC-T-A-C--TT--A-C-------AC-T-CC-AA--G--C--AAT----T-T---C-A--C-A---AA-A-GA-T-GAA-A-TT-C-T-T-C-AA-AA-TC-AC-C--TTT-CT--G---------------TT--TT-AAA--T-A-CT--TT-----CA--A-TA-T-T-C-C-G-AA-G--A-A--T-C-A-------GGA-T---C----AA-T-TT--G-AA-TT-A-C-C-A--T--A--C-CT-TTA-C-T-G-G-AT-T-C-C-GA-A-A-T-T-G-C--A-T---A---AAA-A--C--C---TT------AC-A-AAC--A--A-AG---A-T-A----C-A--T--C-G-CT-G-----G---T-T-CC-A-G--T---A--A-G--T--------G-C--T-C-T-A-C-C-A-AGCCT-C-TNT--C--T-T-TA-C-TN-----C--T-AA-C---TA-A-A--C-T--A--C-T-A-A--C-A-G--C-T--G--TC---AA-A---G--A-G-T-CN-C---------T-T-C---AG--A---G--A-T-A-----C-T-G-T-T--CC-A--C--T-A--------C--A-T-A------T-T--C-CAGA--AG-T--G-G-T--G--T-CA-A--------T-C----A-GA-T-GT-GG-ATT-C---T--C--A---A-AAA---C----T-C---T--AA-A-G-A-G--CTTT-TA---G--G-A-T-AA-C-T--T-N-A-AG--T-CA--C--G-A-G-A---T-TTT-T-C--T---AA-A-A--T-TG-A-C-TGC-A-T-C--A-AA-A---C-G--T-A----T-G-A----T-T-T----C--T-C-C-A-C-AC--T-T--TA-C-A--CA--A-CG-A---T--TC-C--T-C----AC-G--A-T--A--A-ATT--A--A--A-A-TC---T-A-G-G-C-TT-T-T--T-C--A-G--A---T---T--A--TA---G-A-T--A-A-T---T-G-C--TT--T--T--T--GAA-CA---A---AA-A-C--G--G-C--A--C-CC-G-A-A-A-A-T-A--C-G-A-A------T--T----T-----C-T-A-G-TC-G-T-T--G-GG-----A-AA--CA-A-G-A-C---A--C--A------TA-T--T--T--T----------G-T-T---A-G-A-A----A---C--C-A-C---T---C--------TG----A----T-TG-C--C-C-A-C--A------CAA---G---T-A----------C--T---C-T---GA-A------G-TA-GAT-A--T-T----A-----A-G--AG-C-A--T-GC-T-T-GG-G--T-T-----T---C-------T--T--A-T----A-G-A-T-A-A-----T-ATT--TTATG-T-A-G-T--C--T-T---T---GG-A--G----A-C-C--A-G-G-T-C-T--T-C--C-A--A-C-A-A--T-C-C-G-T--T-G-G--T--A--T-T-CCT----A-T-G-GGC-AC--T--A-A-T--T-GT-G--C-----C-C-C-C--TTA-TT--G-G-C-A-G-A-C----------------T--------T-A-T-TTT--T-A-T---AT---T-C-A--------T-A-C--GA-A--G--CA-G--AA--TT-G-T-T-A--C---A-G--A-A-A-C-T-G-T--T---A-CG-G----G--A-----T-----AA--A-A-A---C------------A-AA-------A-AA------------C--TT--GCC-G-T-GT----C--C-T-T-CA-A-C--C-TT--A-C---A-T-A-----T-A-----------G-G-TA-T--A---T-AG-A-C-G-A-T--G-T--N--T----T---A-T-C-A-A--T--T-AA-C--A--A-T--C-A----T--A-A-------T--TT---C---A--C-A---A-T------T--A-T--G-T-CC-A--T-TT--G----A-T-A-T-A-T-CC---C--G--A--C-G-A--A-C--T-C-G--A-NA-T-A-AA---G-GA---------------------C-A--C-C-A--C--A--G------------A-A-T-C-TGA-CA--N-A-------T--CT--GC--TT--C-A-TA-TT-TG-G-AT-A----TT-TT----A-C--T--T-A--A-CA-T-T-G-AC--TC-T--A----A---TG-GC--A-G-A-CT--G--A-C--AAC-----T-A-C-A--T------T--A-T--A--T-G--A-TA-A-G--C-G-T--G--A-T--G-A-C--T--T-T---G--A------C---T-T--T-G-C---A--A-TC-G-T--C--A-AC---TTT-CC--TT--T-T-C-TA------TG--T-A-G-T--A-A-T--A------T--A--------------C------C-A-CT-A-T-C-A-CC-T-G---C--T-T--A-TG--GT---G-T-G--T-A-TG--T-C-T-C--C-C-A-G-TT--G-A--T-T-CG---A-T---A-C-G-C-A-A-G-A-G--C--A-T-G-C-T-A--T-G---C-G--T-A-T-GA----------G-GA---C---T-T-TTT---AA-A-G-C--G-A-G-G-C--C-A-A-C-T-AC--T-A---A--C--A-A--A---A--A----G--TT---------------------G-------A---TG-T-T---G-C-A-G--G-G--TT-AT----A---A--C-G-A--A-T-C-T-C-G--TTT--AA-A--G-TC-A-T-C--A--T---TT--C--G--C--A-------AA------T-T-C-T---A--C-G----------------G-T---CG-C----T-----A---T-A--A-T-G-A-C----C--T--T-G--TTTG--CG--A-TT--AC-A-A-A-T-------------------------TA--T--C--A-C-T-----A-A-G--T-C-A----T--A-T---G-TT-G-A-C--T-G-A-TTT--G-T-T-T-C-A--T-A-C-C--C--TTT--G--T--T-A---G-A-C-TG---T--CA---T-T--TT--C-C--TAC---T-AGA-T-T-T---G-A--C-T-A-CG---G-G-T-A--A---T-C--C-C--G-T-TT--AC--------T---T-T---G---T-T-----TC---G---A-CT--A-C--GGG-C-T--C--A--C-G---GCGG
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