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Reference ( gi|31837 )        :                                                                                                                                      TTTTT--A--TT-C-A-T-T-CA-----G--A-------C--A----A-A-G-T--G-T--CA----A--G---C-T-C----C--T-CT-C-C-C--T--C----A---G-A---T---T-T-T--------G--T-C-------C-A---G--C-G-T---C------T---GG--C-G-----T--A--T--T--C-TT--C---C--A-C-A-G--A--A-T-T--C--A--T--G--A---T---A---G-T--C----T--G-AA-A---TTA--T-G-T--CG--CC--A-T-----T--T--A-A-A--T---G--A---G-C-------G--A---G----T--T-------CT--C--G-G---A-------A-T-T-T--A-----G-G-A--C-C----TT---T-C--A---A-A--A--A----T-A-A--G--G-G---A------C------------------TT---G-A--G-A---T-C-C--T-C-A--T-TT---T-GG--A-C--T--A-----A--A---------T-T--T------A-T----A--TC-----C-C-C-C------G--T--A-A---T-A---A--T--A--T-G-A--------CC---A-----G--C-G--G-G---A--T------------A-----A---TA---A-T---T--A-A--A--T-G--A--G-A-A---A---G-A-G--G----A-AC-A---T-G-T---A-C-A-C-T-T---T-G-G-A---G---------G--A-T--T--CC----G---T------T-G-T---A-------A--T------TG--T----TTTC--A----A--T-A--T-C-T--A--GG---C-----A--C-T-----G--C--A-A----C-G------T-C-T------G----T---T--T-G-T--A--A-T-T---A--A---A-T--A--A----C--T--T--GG-A-T-G-C-AAT---A---TA-G---------------------T-GG--A-A-T---T--A---A-T---C-T---A-T-A-T--------G-A-AA-T-A----C-A-AG-G---T----G----T-G-G--A-T-----------T------T---C----A--T--C-T----T---A-A-A-G-T-A---A--G-G--C--G-G---AA---T--A--CA-------------G-G---A--C-T-G----TA-C-T-T--T-T------T-T--AT-G-A-T-------T-G--A-G--G-A-T--G---T-T-G-T-T----A--A-T---G-T-T--G-AC-A-G--C-A-T-CG----A--T--T-C---C-T-T------T-A---T--T--G-T-C-A---A---A-TT-T--G----A-G-A-T-G-T----A--G-G---A-----A-----C----G-G-C-G----A-G--G-------T-T--------T-C----T--G---G-A--G--T------T---C-G-CTC----C--TCA-T---C--A-T---T--A--A-----T-----A--CG--T--G---G--------T--G-G-A--A-C-A-----A-A---G--A--G-T-C-T--G-T-G--AT-A---GGC-A-A-CA-T----C--C-C--C-A-A-T--T-A---T----A-----T-A--G---T-C-A-AG-T---C-T---G------T-A--T-T-C--C-G-G--T--G-T-T-G-A--GG-A-A---T--CC-AAG--T---GGC---AG-C---A----AGC---T-TT-A----G--T-T---T--T----T----C-----T--T-GT-A---A--T------T--C----A-T-------A--C--A-A---CA---T--TTT--C-A--A---A------------G--G-G-A-C-A------G--AGT-A--A-AG--TT-T-G--G--T-G--C-G-A--A-T-G-T--G-A--T-GT-G-GA--CCCAAT-G--G--T---TTAT-T--C--A-----T-G-T---AC--G---G-T-----------AAA--G--G--G---AGT--C--A-A-----TGA--A-----A---CA--T-C-----ATG--TA---T-TA-T-GGGT-----TT--G---TT---TG-T--A-CG-A-A-C-GA-T-G-T-C-C--A--T---GA-C-T-AC--GTT--T-TACG-T-C----T--AGG-TG-T--A--T-T-GG--TAAAA
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gi|31839                      :                                                                                                                                      TTTTT--A--TC-C-A-T-T-CA-----G--A-------C--A----A-A-G-A--G-T--CA----A--G---C-T-C----C--T-CT-C-C-C--T--C----A---G-A---T---T-T-T--------G--T-C-------C-A---G--C-G-T---C------T---GG--C-G-----T--A--T--T--C-TT--C---C--A-C-A-G--A--A-T-T--C--A--T--G--A---T---A---G-T--CA---T--G-AA-A---TTA--T-G-T--CG--CC--A-T-----T--T--A-A-A--T---G--A---G-C-------G--AG--G----T--T-------CT--C--G-G---A-------A-T-T-T--A-----G-G-A--C-C----TT---T-C------A-A--A--A----T---A--G--G-G---A------C------------------TT---A-A--G-A---T-C-C--T-CAA--T-TT---T-GG--A-C--T--A-----T--A---------T-T--T------A-T----G--TC-----C-C-C-C------G--T--A-A---T-A---A--T--A--T-G-A--------CC---A-----G--C-G--G-T---A--C------------T-----A---TA---A-T---T--A-A--A--T-G--A--G---A---A---G-A-G--G----A-ACAA---T-G-T---A-C-A-C-T-C---T-GAG-A---G---------G--ATT--T--CC----G---T------T-G-T---A-------A--T------TG--------TTC--A----A--T-A--T-C-T--A--GG---C-----A--C-T-----G--C--A-A----C-G------T-C-T------G----T---T--T-G-T-----A-T-T---A--A---A-T--A--A----C--T--T--GG-A-T-G-C-A-----A---TA-G---------------------T-GG--A-A-T---T--AT--A-A---C-T---A-T-A-T--------G-A-AA-T-A----C-A-AG-G---T----G----T-G-G--A-T-----------T------T---C----A--T--C-T----T---A-A-A-G-T-A---A--G-G--C--G-G---AA---T--A--CA-------------G-G---A--C-T-G----TA-CTT-T--T-T------T-T--AT-G-A-T-------T-G--A-G--G-A-T--G---T-T-G-T-T----A--A-T---G-T-T--G--C-A-A--C-A-T-CG----A--T--T-C---CTT-T------T-G---TA-T--G-T-C-A---A---A-TT-T--G----A-G-A-T-G-T----A--G-G---A-----AT----C----T-G-C-G----A-G--G-------T-T--------T-C----T--G---G-A--G--T------T---C-A-CT-----C--TCA-T---C--A-T---T--A--A-----T-----A--CG--T--G---G--------T----G-A--A-C-A-----A-A---G--A--G-T-C-T--G-T-G--AT-A---GGC-A-A-CA-T----C--C-C--C-A-A-T--TAA---T----A-----T-A--G---T-C-A-AG-T---C-T---G------T-A----T-C--C-G-GT-T--G-T-A-G-A--GG-ATA---T--CC-AAG--T---GGC---AG-C---A----AGC---T-TT-A----G--T-T---T--T----T----C-----T--T-GT-A---A--T------T--C----A-T-------A--C--A-A---AA---T--TTT--CAA--A---A------------G--G-G-A-C-A------G--AGT-A--A-AG--TT-T-G--G--T-G--C-G-A--A-T-G-T--G-A--T-GT-G-GAC-CCCAAT-A--G--T---TTAT-T--C--A-----T-G-TA--AC--G---G-TA----------AAA--G--G--G---AGT--CA-A-A-----GGA--A-----A---CA--T-C-----ATG--TA---T-TA-T-GGG------TT--G---TT---T--T--A-CG-A-A-C-GA-T-G-T-C-C--A--T---GA-C-T-AC---TT--T-TACG-T-C----T--AGG-TG-T--A--T-T-GG--TAAAA
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gi|31947                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ttttgatccatgcagacaaagtgtcaagctcctctccctcagattgtgtccaacgctggcgtattcttccacagaatccatgatagtcatgaatttgtcgccatttaaatgagcgaagttctcggaatttaggactttttgaaataagggacttaagatcctcattttggactatatttatatccccagtaataatatgaccagcgggaccataattaaatgaggaagaggaacatgtacactttggaggatttcgttgtaattgttcagtatctaggcactgcgacgtctctttgtaattgcaatagtggaattatatctgtatgaaatacaaggtgtgggtttcatcttaaaataaggcgaatgcaggactgtacttctttatggttgaggatgttgttgatgttgacagcatcgattcctttattgtcaaatttaagatgtaggaatcggcgaggtttcttgagttcacttcatcactaatgcgcggtggaacaaagagtctgtgatagg--C--G-G---AA---T--A--CA-------------G-A---C--T-T-G----CA-T-T-A--T-A------T-T--A----A-T-------T-G--G-G--G-A-T--G---T-T-G-gtgttgaggaatccaagtaggcccgatctttagtttttttcttgtaattcatacaaaattttcaaaggaacagagtaaagtttggtgcgaatgtgatgtggacccaatgatttattcacgttaggtaaaagggagtcaaaggaaacatcgtgtatatgggtttgttgtatgaacgatgtccatgactacgtttacgtctaggtgtatggtaaaa
gi|32112                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tttgatccattcaggaacaacagtgtcagctctcgctcagattttgtctaacggcctgggcggtaattcttcccacagattatgatagtgccatgcaattatgtcgccagttgtaaatggagcggaggttctcggaattttaggacttttaaatagagggacttaagatcctcatgtttggacaatatttatatccgcgccgtaaataacatgcccaagcgggactatgattaaatgaggagggaacatgtacactgttggaggatttcgttgtaactggttcagtatctaggcacatgcaacgatctgtttgtcatgtaagaataacttggatgcaacatagtggaattgtatctatatgaaaatccaaggtggtgggatttcatcttaaaagtaaggcggcatacaggactgtacttttttatggttgaggatgttgttactgttgacaggcatcgattcctttattgtcaaaatattttggagaatgtagaatggcgaggtgttctggagtcgtcaacactcatcattaagtacgagggtggagacaaagtaggtctgtggatggg--C--G-G---AA---T--A--CA-------------G------------------A-C-T-TGGT-T------A-T--AT-A-A-T-------T-G--G-G--G-A-T--G---T-T-G-gtgttgagggaatccaagtcagaaccttagctttagttttttcttgtaattcatgacgaaatttttcaaccagggacagagtaaagtttggtgcgaatggtgatgtggaccaatggtttattcatgaatggctaaaagagagtcaaggaaacatcatgtattatggggtttgttgtacgaacggatgtccatggactgacgttacgtctaggtgtattggttaa
gi|31948                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        cttttgatttattgttgaggatcgttgttaatgttgacgctcgattctttattttttttttgtctcagatggtaggatcggcggaggttctggagtttcacattcatcattaaaacaagtggaacaaagagtctgtgatggg--G-G---AA---T--A--CA-------------G-----A--C-T-T----GA-----T--C-T------A-T--AT-G-A-T-------T-G--G-G--G-A-T--G---T-T-G-C-C---------T---A-T-T--C-AC-A-G--C-gtgttaggaatccaatagcttagctttagtttcgtctgtaaattcataccaaatttcatagggacagagtaaagtttggtgcgaaatattatttggacccaatggtttattctgatgaatggtaaaaggagtcaaaggaacatccagtgatggtttaggtttgtttacgaacgatgtccattgactacgtttagcgctaggtgtatatggtaaaa
gi|31872                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tttgatccattcagacgcaaagtgtcaagatcctctccctcagattttgtccaacgtctggccgtcattcttccaccgaatccataatagtcatgaaattatgtcgccatttatgagcgaggttcccgtaattttagtgaccttttgaaaattgaaggattaaagctcccatttttggacatatactatatcccagtaataaacatggaccaggggaccataattaaatgagaagaggaacatgtacactttggaggatttcgttgtaattcttcaatatctcggcactgcaacgctcctgtttgctaattgaaataatttctggtgcaattaggtgagactatatcctgtatctaaatacaagcgtgtggatttcatcttaaaataaggcgggatggcaggactgtactttttcatggttgggatgtttgttgatgttgacctgatcaaacttcctctattggtcaaattaaagatgaaggaatcgcgagcgtttccttcgagttcacttttcgtcactaatggccgctcggtggaacaaga--G-A---AA---T--A--CA-------------G-A---A--C-T-------------T--T-T------T-T--AT-G-A-C-------G-A--A-G--A-A-T--G---T-T-A-C-T----T--A-T---G-T-T--T-AC-G-G--C-A-T-CT----A--A--T-C---T-T-T------T-A---T--T--A-G-T-G---G---A-TT-T--C----A-G-C-T-T-A----A--T-G---A-----AC----C----G-G-C-GGC--A-A--G-------A-T--------A-C----G--G---A-A--G--GA-----T---T-G-CT----------A-T---C--C-G---T--A--A-----T-----C--CT--T--G---G--------T--G-G----T-T-A-----A-A---G--G--G-C-C-T--A-T-G--AT-T---GGC-A-A-----------------C-A-A-T--T-A---TGATCA-----T-A--GCATT-C---AG-T---G-T---A------T-A--T-T-C--T-G-G--T--G-T-T-GAA--AA-A-A---T--CC-AAG--T----GT---AGAC---T----AGT---T-CT-G----G--CAT---C--T----T----CAAATAT--T-GT-----G--T------T--C----A---------------A-A----A---C--TCT--C-A--A---C------------G--G-A-A-C-A------G--AGT-A--A-AGT-TT-T-T--T--T-G--C-G-G--A-T-G-T--G-A--T-AT-G-GA--CCTAAT-T--G--T---TGAC-T--G--A-----C-G-T---AA--G---G-C-----------AAA------------AGT--A--A-G-----TGA--AGAGTGG---CA--T-C-----GTG--TA---T-GA-A-TGGT-----CT------TT---GG-T--A-TG-A-A-C-GA-T-G-C-C-C--A--T---GA-C-T-TC--G-T--T-TACA-T-C----T--TTG-TG-C--A--T-T-tggtgttgattggacagtcaagtagaccctatttttagtttcttcttgtatattcatacagcatttcaaaggtaacagagtaacagtttggtgcgaatggtgatgagaccaatggtttattccaaggtaaaggcggtcaaaggacacatcgtgtatatgggtttgttgtacgaacgatgtccatgactacgtttacgtgagttgtattggtaaaa
gi|32109                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ttttaatccattctgataaaagtatcaagttcttattttttatatttggcccatcgtctggtataatcttcgacgtaatttcataatggaggatgacgttctgtcgccaataaaatggccgaggttctctgaatttacgacctcttaaaataagtgatcttagatcctcatgtctttatatttacattacctgtaatgacatgtccagctggacaatagttgaaagaagaacaagtgggtggattaagtataagaatgtaaatatctaggcactgcagagtttgtttgtaattaaaatgtttaaatgcaatcgtggaagtatatttgtag--CA-------------G-G---A--C-T-G----TA-C-T-T--C-T------T-T--AT-G-G-T-------T-G--A-G--G-A-T--G---T-A-G-T-T----G--A-T---G-T-T--G-GC-A-G--C-A-T-CA----A--A--T-C---C-T-T------T-A---T--T--G-C-C-A---A---A-TT-T--G----A-G-A-T-G-T----A--G-A---A-----A-----TT---G-G-C-G----A-G--G-------T-T--------T-C----T--T---G-A--C--T------T---C-A-CT-----A--TCA-T---C--A-C---T--A--AT----T-----A--CG--C--G---G--------T--G-G-A--A-C-A-----A-A---G--A--G-T-T-T--G-T-G--AT-A---GGC-T-A-CA-T----C--C-C--C-A-A-T--C-A---T----A-----T-A--A---T-C-A-AG-T---C-T---A------T-A--T-T-C--C-G-G--T--G-T-T-G-A--GG-A-A---T--TC-AAG--TA--GGC----C-C---T----AGC---T-TT-A----GT-T-T---T--T----T----C-----T--T-GT-A---A--T------T--C----A-T-------A--C--A-A---AA---T--TTT--C-A--A---A------------G--G-A-A-C-T------G--GGT-A--A-AG--TT-T-G--G--T-G--C-G-A--G-T-G-T--G-A--C-GT-G-GA--CCCATT-G--G--T---TTAT-T--C--A-----C-G-T---AA--G---G-TA----------AAA--G--G--G---AGT--CA-A-A-----GGA--A-----A---CA--T-C-----GTG--TA---T-TA-T-TGGT-----TT--G----T---TG-T--A-CG-A-A-C-GA-T-G-T-C-C--A--T---GA-C-T-AC--G-T--T-TACG-T-C----T--AGG-TG-C--A--T-T-GG--TAAAA
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gi|31843                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ttaattcattcagacaaagtgtcaacctcctgccttagattttgtccaacgcctggcgtattctccacagaattcatgaaatagtatgaaattatgtcgccatttaaatgagcaaggttctcagaatttaggaccttttgaaataagggacttaagatcctcatttagactatattatatctccccgtaataatatgaccagcgagactataatcaaacaaggaagaggaacatgtacactggaggattccattgtaattgttcaatatctaggcactgcaatgtctgttagtaatgaaaaaacttggatgcaataatggaattatatctacatgaaatacaaggtgtggatttcatcttaaagtaaggcggaatacatgactgtattttttatgattgag--G--T------T---C-G-CTC----T--TCC-T---C--A-T---T--A--A-----T-----G--GA--T--G---G--------T--gattcctttattgtcaaatttgagatgtaggaaacggcgatgtttctggacttcattctcatcattaatacgcggtggaacaaagagtgtgtgataggcaacatacccaattatataatcaagtatgtattccggtgttgaggaatccaggtggcagctagctttagtttcatacaaaattttcaaaggaacagagcaaagtttggtgcgaatgtgatgtggacccaatgatttcttcatgttgtacgaacgatgtccatgattacgtttatgtctaggtgtattggaaaaa
gi|32127                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tttttgaatccatgcagacaaagtgggtaagctcctctccgttcagattgtgttccaacgctgcgtatctcttccacagaatccataatatgtcatcgaaacactttggtcgcccatactcattaaattgatgcgaagtctcgaatttaggacttcgaaataaggacttaagatccctcgatttttggactatagttattcccagtaataatatgaccagccggga-T---T--A--A-----TG----A--CG--T--G---G--------T--G-G-A--A-C-A-----A-A---G--GAGG-T-C-T--G-T-G--AT-A---GGC-A-A-CA-T----C--C-C--C-A-A-T--T-A---T----A-----T-G--G---T-G-A-AG-T---C-T---G------A-A--T-T-C--C-G-G--T--G-T-A-G-A--GG-A-A---T--CC-AGG--T---GGC---AG-C---A----AGC---T-TT-A----G--T-T---T--TT---T----C-----T--T-GT-A---A--T------T--C----A-T-------A--C--A-A---AA---T--TTT--C-A--A---A------------G--G-G-A-C-A------G--AGT-A--A-AG--TT-T-G--G--T-G--C-G-A--A-T-G-T--G-A--T-GT-G-GA--CCCAAT-G--T--T---TTAT-T--C--A-----T-G-T---AC--A---G-TA----------AAA--G--G--G---AGT--CA-A-A-----GGA--A-----A---CA--T-C-----ATG--TA---T-TA-T-GGGT-----TT--G----T---TG-T--A-CA-A-A-C-GA-T-G-T-C-C--A--T---GA-C-T-AC--G-T--T-TACG-T-C----T--AGG-TG-T--A--A-T-GG--TAAAatcgtacactttggaactggattacggtttgtaatggtcagtatctaggctatctcgcggacgtctctttcgtaatttgcaatagtggaaattattatctgatgaaataaccaaggtgtgggtttgcatcttaaaaatgggctcgagcggactcgtacttctttctatcgttgaggtatgttgttgagttgacagcatcgattcctttattgtcaatttaagagtgtactggaaatcggcgaggtttctctgagtcctttgtcacttccatcactaatcgcgcggtggaggacaaaagagtctgtgataggcaacacttccatcgatactaatcaagtctgtattccgcgatgtgtgaggaactccaagttggccgatcctttagttttttttctttgtatcttttctacaaaattttcaaggaacaagagtaaaagtggtgcgacatgtgactgtgcccaatgatttattcacgtcaaggtaaaagtggagtcaaaatggaaatctatcgtgatattatggttttgtttgtaatgtaatgattttccagtcgactacgggctttacgtcctcttaggttgtatcttggtgaaa
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Reference ( family-110 )      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TTTTNA-T-C-C-A-T-T-CA-----G--A-------C--A----A-A-G-T--G-T--CA----A--G---C-T-C----C--T-CT-C-C-C--T--C----A-G-A---T---T-T---T--G--T-C--C-A-A--C-G-T---C--T---GG--C-G-----T----------A--T--T--C-TT--C---C--A-C-A-G--A--A-T-T--C-A--T--GA--T---A-G--T--C----A------T-G-AA-A---T-TA--T-G-T--CG--CC--A-T-----T--T--A-A-A--T---G--A---G-C-------G--A---G----T--T-------CT--C--G-G---A-------A-T-T-T--A-----G-G-A--C-C-TT-T-C--GA-A--A--A-T-A-A--G--G-G---A-----C------------------T-----T---A----A-G-A-T-C-C--T-C-A--T-TT---T-GGA-C------T--A---------T-A-T--T--T------A-T--A--T-C-C-C-C-C------G-T--A-A---T-A---A--T-----A--T-G-A--------CC---A--G--C--G--G-G--A-C-N-------------A-T-A-A-T---T---A--AA--T-G---A-G-G-A-A---G-A-G--G----A-AC-A---T-G-T---A-C-A-C-T-T---T-G--G-A---G---------G--A-T--T-CC----G---T------T-G-T---A-------A--T------TG--T----TTTC--A----A--T-A--T-CT--A--GG---C---A--C-T-----G--C--AA----C-G------T-C--T-G----T---T--T-G-T--A--A-T-T---A--A---A-T--A--A----C--T--T--GG-A-T-G-C-AAT---A---TA-G---------------------T-GG--A-A---T-T---A-T--A-T---C-T-G-T-AT---G----A-AA-T-A----C-A-A-G-G---T----G----T-G-G-A-T-----------T------T---C----A--T--C-T----T---A-A-A-A-T-A---A-G-G--C--G-G---AA--T--A--CA-------------G-G---A-C-T-G----T-A-C-T--T--T-T------T-T--A-T-G-G-T-------T-G-A-G--G-A-T--G---T-T-G-T-T-G--A----T---G-T-T--G-AC--G-G-C-A-TC-G----A--T--T-C---C-T-T------T-A---T--T--G-T-C-A---A---A-TT-T--G----A-G-A-T-G-T----A--G-G---A-----A-----C----G-G-C-G----A-G--G-------T-TT-C----T--G---G-A-----G--T------T---C--A-C---T-C--TCA-T---C--A-T---T--A--A-----T-A--CG---C--GG------------T--G-G-A--A-C-A-----A-A-G---A--G-T-C-T-G-T-G--AT-G---GG-C-A-A-CA-T----C--C-CC-AA-TC----A-T--A--T-A-AT-C--A-AG-T---C--T---G------T-A--T-T-C--C-GG-T--G-T-T-G-A--GGA-A---T--CC-AAG--T---G-GCAG----C--T-A-GC--T-T-T--A----G--T---T---T--T-T-----C-----T--T-GT-A---A--T------T--C----A-T-------A--C-A-A--A---A---T--TTT--C-A--A--A--G---------------G-A-A-C-AG--AGT-A----A-AG--TTTG--G--T-G--C-G-A--A-T-GT--G-A--T-GT-GGA--CCCAAT-G--G--T-TTAT-T--C--A-----CGT-AA---G---G-T-----------AAA--G--G--G---AGT--C-A-A---NGA-----A-----A--CA--T---C---G-TG-TA-T-TA-T-GGGT-----TT--G---TT---TG-T--A-CG-A-A-C-GA-T-G-T-C-C--A--T---GA-C-T--AC--G---TT----TA--CG-T-C----T--AGG-TG-T--A--T-T-GG--TAAAA
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gi|31974                      : ttaattcattcagacaaagtgtcaacctcctgccttagattttgtccaacgcctggcgtattctccacagaattcatgaaatagtatgaaattatgtcgccatttaaatgagcaaggttctcagaatttaggaccttttgaaataagggacttaagatcctcatttagactatattatatctccccgtaataatatgaccagcgagactataatcaaacaaggaagaggaacatgtacactggaggattccattgtaattgttcaatatctaggcactgcaatgtctgttagtaatgaaaaaacttggatgcaataatggaattatatctacatgaaatacaaggtgtggatttcatcttaaagtaaggcggaatacatgactgtattttttatgattgaggatgctgttaatgttaacagcatcgattcctttattgtcaaatttgagatgtaggaaacggcgatgtttctggacttcattctcatcattaatacgcggtggaacaaagagtgtgtgataggcaacatacccaattatataatcaagtatgtattccggtgttgaggaatccaggtggcagctagctttagtttcatacaaaattttcaaaggaacagagcaaagtttggtgcgaatgtgatgtggacccaatgatttcttcatgTTTG-T-C-C-A-T-T-CA-----G--A-------C--AC---A-A-G-T--G-T--CA----A--G---A-T-C----C--T-CT-C-C-C--T--C----A-G-A---T---T-T---C--G--T-C--C-A-A--C-G-T---C--T---GG--C-G-----T----------A--T--T--C-TTT-C---C--A-C-A-G--A--A-T-T--C-A--T--AAA-T---A-A--T-------A------T-G-AA-A---T-TA--T-G-T--CG--CC--A-T-----T--T--A-A----T---G------G-C-------G--G---G----T--T-------C---C--G-G---A-------A-T-T-T--------G-G-A--C-C-TT-T-T--GA-A--A--G-----A--G--G-G---A-----C------------------T-----T---A----A-A-G-T-C-A--T-C-A--T-TT---T-GGA-C------T--A---------T-A-C--T---------A-T--A--T-C-C-C-A--------G-T--A-AA--T-A---A--C-----A--T-G-A--------CC---A--G--C--G--G----A-C-C-------------A-T-A-A-T---T---A--AA--T-G---A-G-G-A-A---G-A-G--G----A-AC-A---T-G-T---A-C-A-C-T-T---T-G--G-A---G---------G--A-T--T-TC----G---T------T-G-T---A-------A--T------T--------CTTA--A----A--T-A--T-CT--A--GG---C---A--C-T-----G--C--AA----C-G------T-C--T-G----T---T--T-G-T--A--A-T-T---A--A---A-T--A--A----C--T--T--GG-T-G-G-C-AAT---A------G---------------------T-GG--A-A---C-T---A-T--A-T---C-T-G-T-AT---G----A-AA-T-A----C-A-A-G-G---T----G----T-G-G-A-T-----------T------TT--C----A--T--C-T----T---A-A-A---T-A---A-G-G--C--G-G---G---T--G--CA-------------G-----A-C-T-G----T-A-C-T--T--T-T------T-T--A-T-G-G-T-------T-G-A-G--G-A-T--G---T-T-G-T-T-G-------T---G-T----G-AC--T-G-C-A-TC-A----------T-C---C-T-T------T-A---T--T--G-T-C-A---A---A-TT-T--A----A-G-A-T-G-T----A--G-G---A-----AT----C----G-G-C-G----G-G------------TT-C----T--T---G-A-----GT-T------T---C--C-T---T-T--TCG-T---C--A-C---T--A--A-----T-G--CG---C--GG------------T--G-A-A--A-C-A-----A-C-G---A--G-T-C-T-G-T-G--AT-A---GG-C-A-A-CA-T-------C-CC-AA-TC----A-T--A--T-A-AT-C--A-AG-T---C--T---G------TAA--T-T-C--C--G-T--GTT-T-G-A--GGA-A---T--CC-AAG--T---A-AC------C--T---TT--T-T-T--A----G--T---T---T--T-T-----C-----T--T-GT-A---A--A------T--C----A-T-------A--C---A--C---A---T--TTT--C-A--A--A--G---------------G-A-A-C-AG--AGT-A----A-AG--TTTG--G--T-G--C-GAA--A-T-GT--G-A--T-GT-AGA--CCCAAT----G--T-TTAT-T-----A-----CGT-AA---G---G-T-----------AAA--G--G--G---AGT--C-A-A---AGG-----AC----A--CA--T---C---G-TG-TA-T-TA-T--GGT-----TT--G----T---TG-T--A-C--A-A-C-GA-T-G-T---C--A--T---GATC-T--AC--G----T----TA--CG-T-C----G--AGT-TG-T--A--T-TGGG--TAAAA
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gi|31976                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TTGA-T-C-C-A-T-T-CA-----GGAA-------C--A----A-G-A-G--G-T--CA----A--G---A-TGC----C--T-CTTC-C-C--TG-C----A-G-A---T---T-T---T-------C--C-A-A--C-G-T---C--T---GG--C-G----------------A--T--TA-C-TT--C---C--A-C-AAG--A--ACT-T--C-A--T--AA--T---A-G--T--C----A------T-G-AA-A---T-TA--T-T-C--TG--CC--AAT-----T--T--A-ACAC-T---G--A---G-C-------G--A---G----T--TA------CT--C--GCG---A-------AGT-T-T--A-----G-A------C-TT-T-T--GA-G--A--A-T-G-ACGG--G-G---A-----C------------------T-----T---A----A-GGA-T-C-C--T-C-A--T-TT---T-GGA-CAA----T--A---------G-A-T--TATC------A-T--AGTT-C-C-C-C-A------G-T--ACA---T-A---AACT-----AA-T-G-A--------CC---A--G--C--G--G-G--A-C-C-------------A-T-A-A-T---T---A--AA--T-G---A---G-A-A---G-A-G--G----A-AC-T---T-G-C---A-C-G-T-T-T---TGG--G-A---G---------G--A-TTAT-CT----G---C------T-G-T---A-------A--C------AT--T----CTTC--AC---A--T-A--T--T--A---G---C---A--C-T-----G--C--AA----C-GT-----T-C--T-G----T---T--T-G-T--A--A-T-T---A--A---A-T-----A----C--T--T--TT-G-T-G-C-A-----A---TA-G---------------------T-GG--A-AAC-T-A---A-T--A-T---C-T-G-TGAT---G----A-AA-T-A----C-A-A-G-G---T----G----T---G-A-T-----------T------T---C----A--T--C-TAA--T---A-A-A-A-TAA---A-A-G--C--A-G---GAGGTTGG--CA---------------G---A-CGG-G----T-A-C-T--T--T-T------TAT--A-T-G-G---------T-G-A-G--G-A-T--G-----T-G-G-T-G--A----G---G-G-T--G-AC--G--------C-A----A--A--T-C---C-T-T------T-A------T--G-T-C-A---AC--ACTT-T--A----A-G-A-T-G-T----A--G-A---A-----T-----C----G-G-C-G----A-G--G-------T-TT-C----T------G-A-----T--T------T---C--ATC---T-T--TCG-T---C--A-TAACT--A--AT----T-G--CG---C--AGGTGGGATGAAACT--G-G-A--A-C-A-----A-A-G---A--G-T-C-T-G-T-G--AT-A---GG-C-A-A-CA-T----C--
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Reference ( family-110 )      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TTTTNA-T-C-C-A-T-T-CA-----G--A-------C--A----A-A-G-T--G-T--CA----A--G---C-T-C----C--T-CT-C-C-C--T--C----A-G-A---T---T-T---T--G--T-C--C-A-A--C-G-T---C--T---GG--C-G-----T----------A--T--T--C-TT--C---C--A-C-A-G--A--A-T-T--C-A--T--GA--T---A-G--T--C----A------T-G-AA-A---T-TA--T-G-T--CG--CC--A-T-----T--T--A-A-A--T---G--A--G-C-------G-A--G-----G--T---T---CT---C--G-G---A-------A-T-T-T--A-----G-G-A-C-C--TT--T--T--A--AA--A--T--A-A--G--G---G---A-----C------------------T-----T---A----A-G-A-T-C-C--T-C-A--T-TT---T-GGA-C------T--A---------T-A-T--T--T------A-T--A--T-C-C-C-C-C------G-T--A-A---T-A---A--T-----A--T-G-A--------CC---A--G--C--G--G-G--A-C-------------T-A-T-A-A-T---T--A--A--A--T-G---A-G-G-A-A---G-A-G--G----A-AC-A---T-G-T---A-C-A-C-T-T---T-G--G-A---G---------G--A-T--T-CC----G---T------T-G-T---A-------A--T------TG--T----TTTC--A----A--T-A--T-CT--A--GG---C---A--C-T-----G--C--AA----C-G------T-C--T-G----T---T--T-G-T--A--A-T-T---A--A---A-T--A--A----C--T--T--GG-A-T-G-C-AAT---A---TA-G---------------------T-GG--A-A---T-T---A-T--A-T---C-T-G-T-AT---G----A-AA-T-A----C-A-AG-G---T----G----T-G-G-A-T-----------T------T---C----A--T--C-T----T---A-A-A-A-T-A---A-G-G--C--G-G---AA--T--A--CA-------------G-G---A-C-T-G----T-A-C-T--T--T-T------T-T--AT-G-G-T-------T-G-A-G--G-A-T--G---T-T-G-T-T-G--A----T---G-T-T--G-AC--G-G-C-A-T-CG----A--T--T-C---C-T-T------T-A---T--T--G-T-C-A---A---A-TT-T--G----A-G-A-T-G-T----A--G-G---A-----A-----C----G-G-C-G----A-G--G-------T-TT-C----T--G---G-A-----G--T------T---C--A-C---T-C--TCA-T-C---AC--T--A-A-T--N-CG---CGG------------T-G-G-A--A-C-A-----A-A-G---A--G-T-C-T-G-T-G--AT-G---GGC-A-A-CA-T----C--C-CC-AA-TC----A-T--A--T-A-AT-C--A-AG-T---C--T---G------T-A--T-T-C--C-GG-T--G-T-T-G-A--GGA-A---T--CC-AAG--T---G-GCAG----C--T-A-GC--T-T-T--A----G--T---T---T--T-T-----C-----T--T-GT-A---A--T------T--C----A-T-------A--C-A-A--A---A---T--TTT--C-A--A--A--G---------------G-A-A-C-AG--AGT-A----A-AG--TTTG--G--T-G--C-G-A--A-T-GT--G-A--T-GT-GGA--CCCAAT-G--G--T-TTAT-T--C--A-----CGT-AA---G---G-T-----------AAA--G--G--G---AGT--C-A-A---G---GA----A--A--CA--T---C---G-TG-TA-T-TA-T-GGGT-----TT--G---TT---TG-T--A-CG-A-A-C-GA-T-G-T-C-C--A--T---GA-C-T--AC--G---TT----TA--CG-T-C----T--AGG-TG-T--A--T-T-GG--TAAAA
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gi|31883                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TTTTTA-T-C-C-A-T-T-CA-----G--A-------C--A----A-A-G---------CA-----------C-T-A----G--T-AT-C--------------A-A-G---T---T-T---T--GG-C-C--C-A-T--C-G-T---C--T---GG--C-A-----T----------A--A--T--A-TT--C---G--A-C-A-T--A--C-T-T--C-A--T--AA--T---G-G--A--G----A------T-G-AA-G---T-TC--T-G-T--CG--CC--A-G-----T--T--G-A-A--T---G--A--C-T-------G-A--G-----G--TTTAT---CT---C--A-G---A-------
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gi|31884                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tttttatccattcagacaaagcactagtatcaagttttggcccatcgtctggcataatattcgacatacttcataatggagatgaagttctgtcgccagttgaatgactgaggtttatctcTTTTTA-T-A-G-A-T-T-TG-----G--A-------C--A----A-G-G-T--G-G--CA----A--T---C-T-C----C--T-CT-C-T-C--T--C----A-A-A---T---T-T---T--G--T-C--C-A-A--T-G-T---C--T---GG--C-G-----T----------A--T--T--C-TT--C---C--A-C-A-G--A--A-T-T--T-A--C--GA--T---A-G--T--C----A------T-G-CA-A---T-TA--T-G-T--CA--CC--T-T-----T--T--A-A-T--T---G--A--G-C-------G-A--G-----G--T---T---CT---C--G-G---A-------A-T-T-T--T-----T-G-A-C-C--TT--T--C--G--AA--A--T--A-A--------------------------------------------------------------------------------C-GGA-C------T------------T-A--------------A-T--A--T-C-C-----------------------T-T---A--T-----T--T-T-T--------CT---A--G--C--G--G-G--G-C-------------C-A-T-A-G-T---T--A--A--A--T-G---A-G-A-A-A---G-A-G--T----G-AC-A---T-G-T---G-C-A-C-T-T---T-G--G-A---A---------A--A-T--T-CG----G---T------T-G-T---A-------A--T------TG--------TTG--A----A--T-A--T-TT--A--
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gi|31974                      : ttaattcattcagacaaagtgtcaacctcctgccttagattttgtccaacgcctggcgtattctccacagaattcatgaaatagtatgaaattatgtcgccatttaaatgagcaaggttctcagaatttaggaccttttgaaataagggacttaagatcctcatttagactatattatatctccccgtaataatatgaccagcgagactataatcaaacaaggaagaggaacatgtacactggaggattccattgtaattgttcaatatctaggcactgcaatgtctgttagtaatgaaaaaacttggatgcaataatggaattatatctacatgaaatacaaggtgtggatttcatcttaaagtaaggcggaatacatgactgtattttttatgattgaggatgctgttaatgttaacagcatcgattcctttattgtcaaatttgagatgtaggaaacggcgatgtttctggacttcattctcatcattaatacgcggtggaacaaagagtgtgtgataggcaacatacccaattatataatcaagtatgtattccggtgttgaggaatccaggtggcagctagctttagtttcatacaaaattttcaaaggaacagagcaaagtttggtgcgaatgtgatgtggacccaatgatttcttcatgTTTG-T-C-C-A-T-T-CA-----G--A-------C--AC---A-A-G-T--G-T--CA----A--G---A-T-C----C--T-CT-C-C-C--T--C----A-G-A---T---T-T---C--G--T-C--C-A-A--C-G-T---C--T---GG--C-G-----T----------A--T--T--C-TTT-C---C--A-C-A-G--A--A-T-T--C-A--T--AAA-T---A-A--T-------A------T-G-AA-A---T-TA--T-G-T--CG--CC--A-T-----T--T--A-A----T---G-----G-C-------G----G-----G--T---T---C----C--G-G---A-------A-T-T-T--------G-G-A-C-C--TT--T--T--G--AA--A-----G-A--G--G---G---A-----C------------------T-----T---A----A-A-G-T-C-A--T-C-A--T-TT---T-GGA-C------T--A---------T-A-C--T---------A-T--A--T-C-C-C-A--------G-T--A-AA--T-A---A--C-----A--T-G-A--------CC---A--G--C--G--G----A-C-------------C-A-T-A-A-T---T--A--A--A--T-G---A-G-G-A-A---G-A-G--G----A-AC-A---T-G-T---A-C-A-C-T-T---T-G--G-A---G---------G--A-T--T-TC----G---T------T-G-T---A-------A--T------T--------CTTA--A----A--T-A--T-CT--A--GG---C---A--C-T-----G--C--AA----C-G------T-C--T-G----T---T--T-G-T--A--A-T-T---A--A---A-T--A--A----C--T--T--GG-T-G-G-C-AAT---A------G---------------------T-GG--A-A---C-T---A-T--A-T---C-T-G-T-AT---G----A-AA-T-A----C-A-AG-G---T----G----T-G-G-A-T-----------T------TT--C----A--T--C-T----T---A-A-A---T-A---A-G-G--C--G-G---G---T--G--CA-------------G-----A-C-T-G----T-A-C-T--T--T-T------T-T--AT-G-G-T-------T-G-A-G--G-A-T--G---T-T-G-T-T-G-------T---G-T----G-AC--T-G-C-A-T-CA----------T-C---C-T-T------T-A---T--T--G-T-C-A---A---A-TT-T--A----A-G-A-T-G-T----A--G-G---A-----AT----C----G-G-C-G----G-G------------TT-C----T--T---G-A-----GT-T------T---C--C-T---T-T--TCG-T-C---AC--T--A-A-T--G-CG---CGG------------T-G-A-A--A-C-A-----A-C-G---A--G-T-C-T-G-T-G--AT-A---GGC-A-A-CA-T-------C-CC-AA-TC----A-T--A--T-A-AT-C--A-AG-T---C--T---G------TAA--T-T-C--C--G-T--GTT-T-G-A--GGA-A---T--CC-AAG--T---A-AC------C--T---TT--T-T-T--A----G--T---T---T--T-T-----C-----T--T-GT-A---A--A------T--C----A-T-------A--C---A--C---A---T--TTT--C-A--A--A--G---------------G-A-A-C-AG--AGT-A----A-AG--TTTG--G--T-G--C-GAA--A-T-GT--G-A--T-GT-AGA--CCCAAT----G--T-TTAT-T-----A-----CGT-AA---G---G-T-----------AAA--G--G--G---AGT--CAA-A---G---GA----C--A--CA--T---C---G-TG-TA-T-TA-T--GGT-----TT--G----T---TG-T--A-C--A-A-C-GA-T-G-T---C--A--T---GATC-T--AC--G----T----TA--CG-T-C----G--AGT-TG-T--A--T-TGGG--TAAAA
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Reference ( family-110 )      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TTTTNA-T-C-C-A-T-T-CA-----G--A-------C--A----A-A-G-T--G-T--CA----A--G---C-T-C----C--T-CT-C-C-C--T--C----A-G-A---T---T-T---T--G--T-C--C-A-A--C-G-T---C--T---GG--C-G-----T----------A--T--T--C-TT--C---C--A-C-A-G--A--A-T-T--C-A--T--GA--T---A-G--T--C----A------T-G-AA-A---T-TA--T-G-T--CG--CC--A-T-----T--T--A-A-A--T---G--A--G-C-------G-A--G-----G--T---T---CT---C--G-G---A-------A-T-T-T--A-----G-G-A-C-C--TT--T--T--A--AA--A--T--A-A--G--G---G---A-----C------------------T-----T---A----A-G-A-T-C-C--T-C-A--T-TT---T-GGA-C------T--A---------T-A-T--T--T------A-T--A--T-C-C-C-C-C------G-T--A-A---T-A---A--T-----A--T-G-A--------CC---A--G--C--G--G-G--A-C-------------T-A-T-A-A-T---T--A--A--A--T-G---A-G-G-A-A---G-A-G--G----A-AC-A---T-G-T---A-C-A-C-T-T---T-G--G-A---G---------G--A-T--T-CC----G---T------T-G-T---A-------A--T------TG--T----TTTC--A----A--T-A--T-CT--A--GG---C---A--C-T-----G--C--AA----C-G------T-C--T-G----T---T--T-G-T--A--A-T-T---A--A---A-T--A--A----C--T--T--GG-A-T-G-C-AAT---A---TA-G---------------------T-GG--A-A---T-T---A-T--A-T---C-T-G-T-AT---G----A-AA-T-A----C-A-AG-G---T----G----T-G-G-A-T-----------T------T---C----A--T--C-T----T---A-A-A-A-T-A---A-G-G--C--G-G---AA--T--A--CA-------------G-G---A-C-T-G----T-A-C-T--T--T-T------T-T--AT-G-G-T-------T-G-A-G--G-A-T--G---T-T-G-T-T-G--A----T---G-T-T--G-AC--G-G-C-A-T-CG----A--T--T-C---C-T-T------T-A---T--T--G-T-C-A---A---A-TT-T--G----A-G-A-T-G-T----A--G-G---A-----A-----C----G-G-C-G----A-G--G-------T-TT-C----T--G---G-A-----G--T------T---C--A-C---T-C--TCA-T-C---AC--T--A-A-T--N-CG---CGG------------T-G-G-A--A-C-A-----A-A-G---A--G-T-C-T-G-T-G--AT-G---GGC-A-A-CA-T----C--C-CC-AA-TC----A-T--A--T-A-AT-C--A-AG-T---C--T---G------T-A--T-T-C--C-GG-T--G-T-T-G-A--GGA-A---T--CC-AAG--T---G-GCAG----C--T-A-GC--T-T-T--A----G--T---T---T--T-T-----C-----T--T-GT-A---A--T------T--C----A-T-------A--C-A-A--A---A---T--TTT--C-A--A--A--G---------------G-A-A-C-AG--AGT-A----A-AG--TTTG--G--T-G--C-G-A--A-T-GT--G-A--T-GT-GGA--CCCAAT-G--G--T-TTAT-T--C--A-----CGT-AA---G---G-T-----------AAA--G--G--G---AGT--C-A-A---G---GA----A--A--CA--T---C---G-TG-TA-T-TA-T-GGGT-----TT--G---TT---TG-T--A-CG-A-A-C-GA-T-G-T-C-C--A--T---GA-C-T--AC--G---TT----TA--CG-T-C----T--AGG-TG-T--A--T-T-GG--TAAAA
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gi|31883                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TTTTTA-T-C-C-A-T-T-CA-----G--A-------C--A----A-A-G---------CA-----------C-T-A----G--T-AT-C--------------A-A-G---T---T-T---T--GG-C-C--C-A-T--C-G-T---C--T---GG--C-A-----T----------A--A--T--A-TT--C---G--A-C-A-T--A--C-T-T--C-A--T--AA--T---G-G--A--G----A------T-G-AA-G---T-TC--T-G-T--CG--CC--A-G-----T--T--G-A-A--T---G--A--C-T-------G-A--G-----G--TTTAT---CT---C--A-G---A-------
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gi|31884                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tttttatccattcagacaaagcactagtatcaagttttggcccatcgtctggcataatattcgacatacttcataatggagatgaagttctgtcgccagttgaatgactgaggtttatctcTTTTTA-T-A-G-A-T-T-TG-----G--A-------C--A----A-G-G-T--G-G--CA----A--T---C-T-C----C--T-CT-C-T-C--T--C----A-A-A---T---T-T---T--G--T-C--C-A-A--T-G-T---C--T---GG--C-G-----T----------A--T--T--C-TT--C---C--A-C-A-G--A--A-T-T--T-A--C--GA--T---A-G--T--C----A------T-G-CA-A---T-TA--T-G-T--CA--CC--T-T-----T--T--A-A-T--T---G--A--G-C-------G-A--G-----G--T---T---CT---C--G-G---A-------A-T-T-T--T-----T-G-A-C-C--TT--T--C--G--AA--A--T--A-A--------------------------------------------------------------------------------C-GGA-C------T------------T-A--------------A-T--A--T-C-C-----------------------T-T---A--T-----T--T-T-T--------CT---A--G--C--G--G-G--G-C-------------C-A-T-A-G-T---T--A--A--A--T-G---A-G-A-A-A---G-A-G--T----G-AC-A---T-G-T---G-C-A-C-T-T---T-G--G-A---A---------A--A-T--T-CG----G---T------T-G-T---A-------A--T------TG--------TTG--A----A--T-A--T-TT--A--
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gi|31974                      : ttaattcattcagacaaagtgtcaacctcctgccttagattttgtccaacgcctggcgtattctccacagaattcatgaaatagtatgaaattatgtcgccatttaaatgagcaaggttctcagaatttaggaccttttgaaataagggacttaagatcctcatttagactatattatatctccccgtaataatatgaccagcgagactataatcaaacaaggaagaggaacatgtacactggaggattccattgtaattgttcaatatctaggcactgcaatgtctgttagtaatgaaaaaacttggatgcaataatggaattatatctacatgaaatacaaggtgtggatttcatcttaaagtaaggcggaatacatgactgtattttttatgattgaggatgctgttaatgttaacagcatcgattcctttattgtcaaatttgagatgtaggaaacggcgatgtttctggacttcattctcatcattaatacgcggtggaacaaagagtgtgtgataggcaacatacccaattatataatcaagtatgtattccggtgttgaggaatccaggtggcagctagctttagtttcatacaaaattttcaaaggaacagagcaaagtttggtgcgaatgtgatgtggacccaatgatttcttcatgTTTG-T-C-C-A-T-T-CA-----G--A-------C--AC---A-A-G-T--G-T--CA----A--G---A-T-C----C--T-CT-C-C-C--T--C----A-G-A---T---T-T---C--G--T-C--C-A-A--C-G-T---C--T---GG--C-G-----T----------A--T--T--C-TTT-C---C--A-C-A-G--A--A-T-T--C-A--T--AAA-T---A-A--T-------A------T-G-AA-A---T-TA--T-G-T--CG--CC--A-T-----T--T--A-A----T---G-----G-C-------G----G-----G--T---T---C----C--G-G---A-------A-T-T-T--------G-G-A-C-C--TT--T--T--G--AA--A-----G-A--G--G---G---A-----C------------------T-----T---A----A-A-G-T-C-A--T-C-A--T-TT---T-GGA-C------T--A---------T-A-C--T---------A-T--A--T-C-C-C-A--------G-T--A-AA--T-A---A--C-----A--T-G-A--------CC---A--G--C--G--G----A-C-------------C-A-T-A-A-T---T--A--A--A--T-G---A-G-G-A-A---G-A-G--G----A-AC-A---T-G-T---A-C-A-C-T-T---T-G--G-A---G---------G--A-T--T-TC----G---T------T-G-T---A-------A--T------T--------CTTA--A----A--T-A--T-CT--A--GG---C---A--C-T-----G--C--AA----C-G------T-C--T-G----T---T--T-G-T--A--A-T-T---A--A---A-T--A--A----C--T--T--GG-T-G-G-C-AAT---A------G---------------------T-GG--A-A---C-T---A-T--A-T---C-T-G-T-AT---G----A-AA-T-A----C-A-AG-G---T----G----T-G-G-A-T-----------T------TT--C----A--T--C-T----T---A-A-A---T-A---A-G-G--C--G-G---G---T--G--CA-------------G-----A-C-T-G----T-A-C-T--T--T-T------T-T--AT-G-G-T-------T-G-A-G--G-A-T--G---T-T-G-T-T-G-------T---G-T----G-AC--T-G-C-A-T-CA----------T-C---C-T-T------T-A---T--T--G-T-C-A---A---A-TT-T--A----A-G-A-T-G-T----A--G-G---A-----AT----C----G-G-C-G----G-G------------TT-C----T--T---G-A-----GT-T------T---C--C-T---T-T--TCG-T-C---AC--T--A-A-T--G-CG---CGG------------T-G-A-A--A-C-A-----A-C-G---A--G-T-C-T-G-T-G--AT-A---GGC-A-A-CA-T-------C-CC-AA-TC----A-T--A--T-A-AT-C--A-AG-T---C--T---G------TAA--T-T-C--C--G-T--GTT-T-G-A--GGA-A---T--CC-AAG--T---A-AC------C--T---TT--T-T-T--A----G--T---T---T--T-T-----C-----T--T-GT-A---A--A------T--C----A-T-------A--C---A--C---A---T--TTT--C-A--A--A--G---------------G-A-A-C-AG--AGT-A----A-AG--TTTG--G--T-G--C-GAA--A-T-GT--G-A--T-GT-AGA--CCCAAT----G--T-TTAT-T-----A-----CGT-AA---G---G-T-----------AAA--G--G--G---AGT--CAA-A---G---GA----C--A--CA--T---C---G-TG-TA-T-TA-T--GGT-----TT--G----T---TG-T--A-C--A-A-C-GA-T-G-T---C--A--T---GATC-T--AC--G----T----TA--CG-T-C----G--AGT-TG-T--A--T-TGGG--TAAAA
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Reference ( family-110 )      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TTTTNA-T-C-C-A-T-T-CA-----G--A-------C--A----A-A-G-T--G-T--CA----A--G---C-T-C----C--T-CT-C-C-C--T--C----A-G-A---T---T-T---T--G--T-C--C-A-A--C-G-T---C--T---GG--C-G-----T----------A--T--T--C-TT--C---C--A-C-A-G--A--A-T-T--C-A--T--GA--T---A-G--T--C----A------T-G-AA-A---T-TA--T-G-T--CG--CC--A-T-----T--T--A-A-A--T---G--A--G-C-------G-A--G-----G--T---T---CT---C--G-G---A-------A-T-T-T--A-----G-G-A-C-C--TT--T--T--A--AA--A--T--A-A--G--G---G---A-----C------------------T-----T---A----A-G-A-T-C-C--T-C-A--T-TT---T-GGA-C------T--A---------T-A-T--T--T------A-T--A--T-C-C-C-C-C------G-T--A-A---T-A---A--T-----A--T-G-A--------CC---A--G--C--G--G-G--A-C-------------T-A-T-A-A-T---T--A--AA--T-G--A---G-G-A-A---G-A-G--G----A-AC-A---T-G-T---A-C-A-C-T-T---T-G--G-A---G---------G--A-T--T-CC----G---T------T-G-T---A-------A---T------T-G--T-T--C-----A-A--T-A--T-CT--A--GG---C---A--C-T-----G--C--AA----C-G------T-C--T-G----T---T--T-G-T--A--A-T-T---A--A---A-T--A--A----C--T--T--G-----G-A-T-G-C-A-A--T---A--G-----------------------T-GG--A-A---T-T---A-----T--A-T---C-T-G-T-AT---G----A-AA-T-A----C-A-A-G-G---T----G----T-G-G-A-T-----------T------T---C----A--T--C-T----T---A-A-A-A-T-A---A-G-G--C--G-G---AA--T--A--CA-------------G-G---A-C-T-G----T-A-C-T--T--T-T------T-T--A-T-G-G-T-------T-G-A-G--G-A-T--G---T-T-G-T-T-G--A----T---G-T-T--G-AC--G-G-C-A-T-CG----A--T--T-C---C-T-T------T-A---T--T--G-T-C-A---A---A-TT-T--G----A-G-A-T-G-T----A--G-G---A-----A-----C----G-G-C-G----A-G--G-------T-TT-C----T--G---G-A-----G--T------T---C--A-C---T-C--TCA-T-C---AC--T--A-A-T--N-CG---CGG------------T-G-G-A--A-C-A-----A-A-G---A--G-T-C-T-G-T-G--AT-G---GGC-A-A-CA-T----C--C-CC-AA-TC----A-T--A--T-A-AT-C--A-AG-T---C--T---G------T-A--T-T-C--C-GG-T--G-T-T-G-A--GGA-A---T--CC-AAG--T---G-GCAG----C--T-A-GC--T-T-T--A----G--T---T---T--T-T-----C-----T--T-GT-A---A--T------T--C----A-T-------A--C-A-A--A---A---T--TTT--C-A--A--A--G---------------G-A-A-C-AG--AGT-A----A-AG--TTTG--G--T-G--C-G-A--A-T-GT--G-A--T-GT-GGA--CCCAA-T-G--G--T-TTAT-T--C--A-----CGT-AA---G---G-T-----------AAA--G--G--G---AGT--C-A-A---G---GA----A--A--CA--T---C---G-TG-TA-T-TA-T------G-GG-TTT--G-T----TG-T--A--CG-A-A-C-GA-T-G-T-C-C--A--T---GA-C-T--AC--G---TT----TA--CG-T-C----T--AGG-TG-T--A--T-T-GG--TAAAA
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gi|31869                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TTTTGA-T-C-C-A-T-T-CA-----G--A-------C--A----A-A-A-T----C--CA----A--CTCTC-T-C----C--T-CT-T-C-C--TTTC----A-G-A---T---T-T---T--G--T-T--C-A-A--C-G-T---T--T---GG--T-G-----T----------A--TG-T--C-TT--C---A--A-G-A-G--A----T-T--C-A--T--GA--T---A-G-----C----A------T-G-A--------TA--T-A-T--CG--CC--A-T-----C--C--A-A----T---G--AC-G-C-------G-A--GT----A--T---C---CC---C--G-G---A-------A-C-C-C--A-----G-G-A-C-C--TT--T--A--A--TA--A--T--A-A--A--G---G---A-----C------------------C-----C---A----A-T-A-T-C-C--T-C-A--T-TT---T-GGA-C------T--A---------T-A-T--C--T------A-T--A--T-C-C-C-A--------G-T--A-A---T-A---G--T-----A----G-A--------CC---A--G--C--G--G-G--A-G-------------C-A-T-A-A-T---T--A--AAAAT-G--A---G-G-A-A---G-A-G--G----A-AC-A---A-G-T---A-C-A-C-T-T---T-G--G-A---G---------G--A-C--T-TT----G---T------T-G-T---A-------A---T------T-G--T-T--C-----A-A--TTA--T-CT--T--GG---C---A--T-T-----G--C--AA----C-G------T-C--T-G----T---T--T-GCT--A--A-T-T---T--G---A-T--A--A----C--T-----G-----G-A-T-G-C-A-A--T---A--G-----------------------T-G---A-A---TAT---A-----T--A-T---C-A-A-T-AT---G----A-A--T-A----C-A-C-A-G---T----G----T-G-G-A-T-----------T------T---C----A--T--C-T----T---A-A-A-A-TAA---A-G-G--T--G------A--TG-G--CA-------------G-G---A-C-T-G----T-A-C-T--T--T-T------T-A--T-T-G-G-C-------T-G-C-G--G-A-T--A---T-T-G-T-T-G--AT---T---GTT-T--G-A-----G-C-A-T-------A--A--T-C---C-A-T------T-A-------------C-G---A---A-TT-G--G----A-G-T-T-A-G----A--C-A---A-----T-----C----G-G-C-G----A-A--G-------G-TT-C----T--T---G-A-----G--T------T---
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gi|31873                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ttttaatccattctgataaaagtatcaagttcttattttttatatttggcccatcgtctggtataatcttcgacgtaatttcataatggaggatgacgttctgtcgccaataaaatggccgaggttctctgaatttacgacctcttaaaataagtgatcttagatcctcatgtctttatatttacattacctgtaatgacatgtccagctggacaatagttgaaagaagaacaagtgggtggattaagtataagaatgtaaatatctaggcactgcagagtttgtttgtaattaaaatgtttaaatgcaatcgtggaagtatatttgtagTTTTAA-T-C-C-A-T-T-CT-----G--A-------T--A----G---G-T--A-T---A----A--G---T-T-C----T--T-CT-T-T-T--T--C----A-T-A---T---TCT---T--G--A-C--C-ATA--T-T-T---C--T---GG--C-A-----T----------A--A--T----TT--C---T--A-T-C-G--A--A-T-T--C----T--AA--T---A-A--T--GGAGAA------T-G-AA-G---T-TC--T-G-T--CG--CC--A-A-----T--T--A-A-A--T---G--ACTG---------G-A--G-----A--TA--T---CT---C--T-G---A-------A-T-T----G-----G-G-A-C-A--TT--T--T--G--AA--A--T--A-A--G--T---G---A-----T------------------C-----T---GT---A-G-A-A-T-C--T-C-A--T-TTCTCT-CAA-C------T--A---------C-A-T--T--T------A-C--A--T-C-A-C-C-T------G-T--A-AC--T-G---A--C-----A--T-G-T--------CC---A--G--C--T--G-T--A-C-------------T---T-A-G-T------G--AC--T-G--A---A-G-A-A---A------G----A-AC-A---A-G-A---T-C-A-A-G-T---G-G--G-T---G---------G--A-G--T-AA----G---TATA---T-A-T---A-------G---T------T-G--C-T--C-----A-A--T-A----CT--A--G--------A--C-T-----GGGC--AG----A-G------T-T--T-G----C---T--T-G-T--A--G-T-A---A--A---A-C--A--G----T--T--TT-G-----G-A-T-G-C-A----T---C--G-----------------------T-GG--A-G---T-T---AA----T--G-T---T-T-G-T-G----G----A-AA-T-G----C-A-G-G-G---T----G--------G-A-TAC---------T------T---G----A--A--T-T----G---A-A-A-A-T-A---A-TCG--C--AAG---AA--TG-A--CA-------------G-G---A-C-T-G----A-A-C-G--T--T-TA-----T-C--A-T-G-A-C-------G-A-A-G--G-AAT--G---T-T-G-C-T-GTTA----T---G-T-T--T-ACAGG-G-C-A-T--GTCTTA--T--T-C---CCT-T------T-A---T--TTAG-T---G---A---A-TT-T--C----A-G-G-C-T-T----AA-G-G---A-----A-----CCGGTG-G-C-A----A-G--A-------T-T--C----G--GAAGG-A-----G--T-------------A-C---T-A--T---T-C---CG--T--A-A-T--C-CG---CGG------------T-G-G-T--T-TTA-----A-A-G---A--GGC-C-T-G-T-G--AT-G---GGC-T-A-CA-T----C--C-AT-AA-TC----A-T--A--G-C-AT-C--C-AG-C---C--T---A------T-A--T-C-C--T-GG-C--G-T-T-G-A--AAA-A---T--CC-AAG--T---G--TAGA---C--T-A-GC--T-T-T--G----G--CA--T---C--T-T-----C-----T--A-AT-A---A--C------T--T----G-T-------T--C-A-A--A---G---C--TCT--C-A--A--T--T---------------G-A-A-C-AG--AGT-A----A-AG--TTTA--G--T-G--C-G-G--A-T-GT--G-A--T-GT-GGA--CCTAA-T-T--T--T-TGGC-T--G--A-----CGT-AA---G---G-C-----------AAA--A--GT-G---AGC--G-A-A---GA--GT----G--A--CA--T---C---T-TG-TA---TG-T------GTGG-TCT----T----TGAT--A--TG-A-A-C-GA-T-G-T-C-C--A--T---GA-C-T--TC--G---TT----TA--CG-T-C----T--TTG-TG-C--A--T-T-TG--AAAAA
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gi|31883                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TTTTTA-T-C-C-A-T-T-CA-----G--A-------C--A----A-A-G---------CA-----------C-T-A----G--T-AT-C--------------A-A-G---T---T-T---T--GG-C-C--C-A-T--C-G-T---C--T---GG--C-A-----T----------A--A--T--A-TT--C---G--A-C-A-T--A--C-T-T--C-A--T--AA--T---G-G--A--G----A------T-G-AA-G---T-TC--T-G-T--CG--CC--A-G-----T--T--G-A-A--T---G--A--C-T-------G-A--G-----G--TTTAT---CT---C--A-G---A-------
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gi|31884                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tttttatccattcagacaaagcactagtatcaagttttggcccatcgtctggcataatattcgacatacttcataatggagatgaagttctgtcgccagttgaatgactgaggtttatctcTTTTTA-T-A-G-A-T-T-TG-----G--A-------C--A----A-G-G-T--G-G--CA----A--T---C-T-C----C--T-CT-C-T-C--T--C----A-A-A---T---T-T---T--G--T-C--C-A-A--T-G-T---C--T---GG--C-G-----T----------A--T--T--C-TT--C---C--A-C-A-G--A--A-T-T--T-A--C--GA--T---A-G--T--C----A------T-G-CA-A---T-TA--T-G-T--CA--CC--T-T-----T--T--A-A-T--T---G--A--G-C-------G-A--G-----G--T---T---CT---C--G-G---A-------A-T-T-T--T-----T-G-A-C-C--TT--T--C--G--AA--A--T--A-A--------------------------------------------------------------------------------C-GGA-C------T------------T-A--------------A-T--A--T-C-C-----------------------T-T---A--T-----T--T-T-T--------CT---A--G--C--G--G-G--G-C-------------C-A-T-A-G-T---T--A--AA--T-G--A---G-A-A-A---G-A-G--T----G-AC-A---T-G-T---G-C-A-C-T-T---T-G--G-A---A---------A--A-T--T-CG----G---T------T-G-T---A-------A---T------T-G--T-T--G-----A-A--T-A--T-TT--A--
gi|31885                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TTTTTA-T-C-C-A-T-T-TA-----G--A-------C--A----A-A-G-T--G-T--CA----A--G---C-T-C----C--T-CT-C-C-A--T--C----A-G-A---T---T-T------G--T-C--C-A-A--C-G-C---C--A---GG--C-G-----T----------A--T--T--C-TT--C---C--A-C-A-G--A--A-T-T--C-A--T--GA--T---A-G--T--C----A------T-G-AA-A---T-TA--T-G-T--CG--CC--A-T-----T--T--G-A-A--T---G--A--G-C-------G-A--G-----G--T---T---CT---C--G-G---A-------A-T-T-T--A-----G-G-A-C-C--TT--T--T--A--AA--A--T--A-A--G--G---G---A-----C------------------T-----G---A----A-G-A-T-C-C--T-
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