lowQualScore                  :                                      44444444444444444444444                     444444444444444444444444         11     2222222222                    33333     11         1111     111   33333333333333333           1111111111111         1     22222222          11    3333333333333333     11     33333333333333333333333333333          1111   222       22222      1         111        11111   1      222222        111111            333333333333333333333333333333               33333               1111111                                                                        222222        222222222222222                  33333      22                              1           111    111111   2222222222222222222    111  11111       5555555555         444444444444                       22222222222                 11     2      111     111111111        1                 111111111   33                               22        11         11111  1                11111  111111        11     111           2222222222                   22  11      1        44 1     111111        
lowQualScore                  :     3       5 55   3  5   0 888  5   55555555555555555555555  5  5 66  55  66 4  000000000000000000000000 66   55 22 66  1111111111   4   888 4  8  5  44444   5 11 5 66    0000     444   22222222222222222   8  66 4 6666666666666 4   444 0   4 00000000 4  5555  11 0  9999999999999999     11     99999999999999999999999999999       1  6666   111       77777  66  0 5 77 5  111  5     99999   0 66   000000  4     111111  4  7777   888888888888888888888888888888 4 4           44444   4  55 55    7777777  4 8 55  8  8 4     1    4 8 8 55  4 55  4   55     4     777 4 55 777 444444   55 4 666666666666666 4  4   99     4  99999  4   55   55 4  4   4 4 4 4  4 4     0  4    4   555    000000   8888888888888888888    111  11111 4 0   8888888888 2  4    222222222222  7777 4 8 9999        11111111111  8 66  555   8  00     5      222 4   999999999  66 4  2  3 4  1         777777777   33      4   4   4  4 66          99 0      99  8888   11111  5   5  5      5  22222  666666  5  5  11 5   333 66  777   8888888888  77     5    5    88  11      6   5    11 0 66  333333  5     
lowQualScore                  :     .       . ..   .  .   . ...  .   .......................  .  . ..  ..  .. .  ........................ ..   .. .. ..  ..........   .   ... .  .  .  .....   . .. . ..    ....     ...   .................   .  .. . ............. .   ... .   . ........ .  ....  .. .  ................     ..     .............................       .  ....   ...       .....  ..  . . .. .  ...  .     .....   . ..   ......  .     ......  .  ....   .............................. . .           .....   .  .. ..    .......  . . ..  .  . .     .    . . . ..  . ..  .   ..     .     ... . .. ... ......   .. . ............... .  .   ..     .  .....  .   ..   .. .  .   . . . .  . .     .  .    .   ...    ......   ...................    ...  ..... . .   .......... .  .    ............  .... . . ....        ...........  . ..  ...   .  ..     .      ... .   .........  .. .  .  . .  .         .........   ..      .   .   .  . ..          .. .      ..  ....   .....  .   .  .      .  .....  ......  .  .  .. .   ... ..  ...   ..........  ..     .    .    ..  ..      .   .    .. . ..  ......  .     
lowQualScore                  :     0       0 44   6  0   2 888  0   44444444444444444444444  0  0 99  44  11 4  999999999999999999999999 11   33 22 11  7777777777   4   111 4  9  0  88888   0 99 0 99    6666     555   22222222222222222   9  11 4 0000000000000 4   333 0   4 44444444 4  6666  99 4  0000000000000000     99     11111111111111111111111111111       4  8888   555       44444  99  0 0 99 7  666  7     22222   0 99   333333  4     222222  4  0000   000000000000000000000000000000 4 4           22222   0  11 55    0000000  0 0 55  0  0 0     6    0 0 0 55  0 44  0   55     0     000 0 55 000 777777   55 0 777777777777777 0  0   55     0  33333  0   55   55 0  0   0 0 0 0  0 0     7  0    0   000    333333   7777777777777777777    000  55555 0 8   2222222222 5  0    888888888888  0000 4 9 4444        22222222222  9 11  333   9  66     1      444 4   111111111  11 4  9  6 4  1         888888888   22      4   4   4  4 11          77 7      88  5555   11111  0   0  0      0  55555  555555  0  0  99 0   888 99  111   8888888888  55     0    0    88  99      2   0    99 0 99  666666  0     
consensus                     :   GACTGCAAAA-AT-TCTTAA-ACACT-ATAA-AAT------------TA-CC------TA-TG-C--GGT-TG--A-AA--A---T----TG-----------A--AGA-CT--T--GC---C-G--A-ATA-AAAG--G-AT-GT-AT-C-A-CAC-A--T-G--GGGG----TTTAT--CGAAAAACTNAT-GT--CG--TGA-AA--T-A---A-A---GG--A-TTAGAAAATGC-A-AT-C-T-T-AA-CG-TC--ATTTN-GT------TT----TCAGC--AGTCA-CN--AA-CA--A--GA---GT-TATC-CCCCCTTGGTA-A-TTTTTGGAAAATGG-AA--AT--AA-A-G--T-CC-A-AA-ATGGAA-TTATAG-C--CTA--T-T-AT-TCTGA--C-T-CA-GA-A--TCAAA--TT-A---TA--GA-------------A-A-TTTATTTAAGAATA-TTTC-AAA-G--TGAA-------AT-A-T--TA-CT-T-TATTTCTAAA-A-C-A--AC-AT-TG-ACT--AAATT-GGCCA---A-T--A---A--G---AAG--T-T--C-----T--T---G-AA-CAA--CCCTG-AAG----AG-TGTA-CAT--T-TT-CTC-T-T-A-TT-T-CAGCCCAA-AAAC-TTC---ATTT-A--A-ACTNG---GA----ATT-T-NCCCTA---AA-NA--T-TAGTT-AA-----T-TCTA-TCATG-TCAT---C--AC-T--T-C-A----ATAAATAA--TTTCTAA-ACA-T--GA-T-AAT-TT--TCCTT-AAATAG-A-A-AAT----GTA--GA--C-TTAAAAT-TAAAAAAAAAAA---------ATTT-GCCAAG-AAA-GAT-AA-C--TCTGGAAAAAA-AAAGTCTT-CTG----ATG-----TCAATC-AC-TCCTCA-TT-----GTG--A--TG-TC-AC--A-GTT---C--GC-T-AAG--C--T-A--AT-GTAGAT-CAAT-ATTGT-TT--ACAACTTCTC-AAGCA-C-T--AT-TA-T-TG-AGGAA
Reference ( gi|5 )            :   GATTGCAAAA-AT-TCTTAA-ACACT-ATAA-AAT------------TA-AC------TA-TG-C--GGT-TG--A-AA--A---T----TG-----------A--AGA-CT--T--GC---C-G--A-ATA-AAAA--G-AT-GT-AT-A-C-CAC-A--T-G--GGGG----TTTAT--CGAACAACTAAT-GT--C---TGA-AA--T-A---A-A---GG--A-TTAGAAAATGC-A-AT-C-T-T-AA-CG-TC--ATTTG-GT------TT----TCAGC--AGTCA-AC--AA-CA--A--GA--AGT-TATCACCCCCTTGGTA-A-TTTTTGAAAAATGGGAA--AT--AA-A-G--T-CC-A-AA-ATGGAA-TTATAG-C--CTA--T-T-AT-TCTGA--C-T-CA-GA-A--TCATA--TT-A---TA--GA-------------A-A-TTTATTTAAGAATA-TTTC-AAA-G--TGAA-------AT-A-T--TA-CT-T-TATTTCTAAA-A-C-A--AC-AT-TG-ACT--AAATT-GGCCA---A-T--A---A--G---AAG--T-T--C-----T--T---G-AA-CAA--CCCTG-AAGT---AG-TGT--CAT--T-TT-CTC-T-T-A-TT-T-CAGCCGAA-AAAC-TTC---ATTT-A--A-ACTTA---GA----ATT-T-CGCCTA---AA-TA--T-TAGTTGAA-----TCTCTA-TCAT--TCAT---CCAAC-T--T-C-A----ATAAATAA--TTTCTAA-ACA-T--GA-T-AAT-TT--TCCTTCAAATAG-A-A-AAT----GTA--GA--C-TTAAAAT-TAAAAAAAAAAA---------ATTTGGCCAAG-AAA-GAT-AA-C--TCTGGAAAAAAGAAAGTCTTCCTG----ATG-----TC-ATC-AC-TCCTCA-TT-----GTG--A--TG-TC-AC--A-GTT---C--GC-T-AAG--C--T-A--AT-GTAGAT-CAAT-ATTG--TT--ACAACTACTC-AAGC--C-T--AT-TA-T-TG-AGGAA
gi|7                          :   GACTCCAGGA-AT-TCTAAA-ACATT-TTAA-AAT-------------G-CC------TA-CA-C--TTT-TT--A-AAT-A---T----TGCATGTATTTAAA--AGA-TT--T--GC---T-T--A-ATA-AAGA--A-TT-GT-GT-C-A-CAC-A--T-G--GAGG----GTTAT--AAAAAAAT--AT-GT--CG--TGA-AA--T-A---T-----TT--A-TTAAGAA--------------T-AG-AG-TC--ATTTA-CT------TTAAAATTAGC--AGTCA--CTAAA-CC--A--GA---GT-TATC-CCCCCTTGACA-A-TTTT--GAAAATGG--A--AT--AAGA-G--T-CCCA-AA-ATGGAG-CT-TAGAC--CTA--T-T-AT-TTTGA--T-T-CA-GA-A--TCAAA--AT-----TA--GA-------------A-G-TTTATCTAAGAAT---TTG-AAT-G--TGAA-------AT-A-A--TAACT-T-CAATT--GAA-A-C-A--AC-AA-TG-ACT--AAATT-GGTCA---T-TTAA---G--G---AAG--T-TTTC-----T--T---G-AAATAA--TCATG-GAG----AG-TATA-TAT--T-TT-CCC-T-T-A-TT-T-CAGCCAAA-AAATATTC---ATTT-A-----TTTACAGGA----ATT-T-GTCCTA---AA-AA--T-T-GTTTAG-----TCTATAATCATG-TCAT---C--AC-T--T-C-A----ATAAATAA--TTCATA---CA-T--GA-T-AAT-TT--TACAT-AAATAG---A-AAT----TT---GA--G-CTAAA---TAAAGAAAAGAA---------ATTT-GCCAAG-AAA-GAT-TA-T--TCTAGAAAAA--AAAGCCTT-CTG----AGG-----T
gi|4                          :    ACTGCAAAACAT-TCTTAA-ACA---ATAA-A-T------------TA-CC------TAATGGC--GGT-TG--A-AA--AAATC----TG-----------A--AGA-CT--T--GC---C-G--A-ATA-AAAC--G-AT-GT-AT-C-A-CAC-A--TCG--GGGG----TTTAT--CGAA-AAC-AAT-GT--CC--TGA-AA--T-A---A-A---GG--A-T---AGAATGC-A-AT-----T-AA-AG-TCCCATTTT--T------TT----TCAGC--AGTCA--C--AA-CA-----GA--CGT-TAT-ACCC--TTGGTA-AATTTTTG-AAAAT-GGAC--ATAAAA-A-G--T-CC-A-AA-ATGGAA-TTATAG-C--CTA--T-TAAT-TCTGA--CAT-CA-GA-A--TCAT---TT-A---TAGTGA-------------A-A-TTTATTTAAGA--A-TTTC-AAACG--TGAA-------AT-ATT--TA-CT-T-TATTTCTAAAGA-C-AAGAC-AT-TG-ACT--AAATT-GGCCA---ACT--A---AG-G---AAG--T-T--CT----T--T---G-AA-CAA--CCCTG-AAACATGAG-TGT--AAT--T-TT-CTC-T-T-A-TTGT-CAGCCCAA-AAAC-TTC---ATTT-A--A-ACTAG---GG----ATC-T-GCCCTA---AA-TA--TGTAGTT--A-----T-TCTA--CATG-TCA-----CAAC-T--T-CTA----ATAAATAA---TTCTAA---A-T--GA-T-AATCTT--TCCTT-AAATAG---A-AAT----GTAG-GA--C-TT--AAT-TACAAAAAAAAA---------ATT--GCCAAG-AAA-GAT-AA-C--TCTGGAAAAA--AAAGTCTT-CTG----ATG-----TC-ATCAAC-TCCTCA-TT-----GTG--A--TGCTC-AC--ACGTT---C--GC-T-AAGA-C--T-A--ATGGTAGAT-CAAT-ATTGGTTT--AC-ACTTCTC-AAGCA-C-T--ATGTACT-TG-AGGA
gi|2                          : aaaACTGCAAAA-AT-TCTTAAGACACT-ATAATGAT------------TA-CC------TA-TG-C--GGT-TG--A-AAGAA---TGGTGTG-----------A--AGAACT--T--GC---C-G--A-ATA-AAAG--G-ATTGT-AT-C-A-CAC-A--T-G--GGGT----TTTAT---GAATAACTT-T-GT--C---CTG-AA--T-A---A-A---GG--AATTAGAAA-TGC-A--T-C-T-T-AA-C--TC--AAATG--T------TT----TCAGC--ACTCA--C--AA-CACAA--CA--CGT-TATC--CCCCCTGCTA-----TTTGAAAAATGGAAA--A----A-A-G--T-CCCA-AA-ATGACA-TTATAG-CGCCTAA-T-T-AT-TCTGA--C---CA-GA-AAATCAAA--TTTA---TA--GA-------------A-AATTTATTTAAGAA-A-TT-C-AAA-G--T-AA-------AT-A-T--TAACG-T-TATTTTGAAA-AGC-A--AC-ATGTG-ACT--AAATT-G-CCA---A-T--ATAAA--G---AAG--TCT--T-----T--T---G-AA-GAA--CCCTG-GAAG---AGCTGTA-CAT--T-TT-CTC-TGT-A-TT-TTCAGCCCAA-AAAC-TTC-----TT-A--A-ACT-A---GAG---ATT-T-GCCCTA---AA--A--T-TAGTTG---------TCTA-TCATG-TCAT---C--ACGT--T-CTA----ATAAATAA--TT-CTAA--CA-T--GA-T-AATATT--TCCTT-AAATAGTA-A-AACTCGGATA--GATAC-TTATAATATTTAAAAAAAAA---------ATT--GCCAAG-AAAAGAT-AA-C--TCTGAGAAAAA---AGTCTTC-TG----ATG-----TC--TC-AC-TTCTCA-TCCTCCCGTT-----TG-CC-ACGCA-GCTTCTC--CC-TCAAG--CCTT-A--A--GTAGAT-CAAT-AATG--TTT-ACAACTTCTC-AAGCA-C-TGAGT-TA-T-TG-
gi|15                         :    ACTGCAAAA-A--TCTTAG-A-ACT----A-AAT------------TATCC------TA-TG-C--GG--TG--A-AA-----------TG-----------AACAGA--T--T--GC---C-G----ATA-AAAG--G-AT-gaaa
gi|3                          :    aTTGTCAAA-ATGTCTTAA--CGCTTATAA-TAA------------TA-CC------TA-TG-C--GGT-TG--A-AA--AA--T----TT-----------A--AGA-TT--T--GC---CCG--ATATA-AGAA--GGAT-GTGAT-AAT-CAC-A--T-G--GAGG----TTTATATCGGA----TATT-GT--CA--TGAGAA--TGA---A-A---GG--A-TTAGAAAATGC-A-ATTC-T-T-GA-CGGTC--ATTGT-GT------TT----TCAG---AGTCCCAC--AAACA--A--GA---GT-TATC---CCTTTGGTA-A-TTGT--GAAAATGG-AATTAT--AA-A-G--T-CC-ATAA-ATGGG---T-TAG-C--CTA--T-C-AT-T-TGA--T-T-CA-GA-----TATAA-TT-A---TG--AA-------------A-A-GTTA---------A-TTGT-AA------GAA-------AT-A-T--TA-TTAC-TATTTCTAAA-A-T-A---C-AA-TG-ACT--CA-TT-GGC-A---A-T--A---AA-G---AAG--T-T--A-----TGTT---G-GA-ATA--CCCGG-AA-----AG-TGC--TACGAT-TT-CTCGT-T-A-TT-T-TCGCCCAA-AA-C-TTCT--ATTTCA--A-ACTAG---GAC---ATT-C-TACTTAC--AA-GA--T-GAGTT--A-----T-TCTA-TCATG-TCAT---C--AC-T--T-C-ATTGAATAAATAAGATATGTAA-CCAGT--GACT-AAT-TT--TTCT-CAAATAT-G-A-AAT----ATGATGA--C-GTTAGAT-AAAAAAAAAAAAAAAGTAAAGATTTG--CATG-AAA-GAT-GA-T--TC-GAGAAAAAGA-----TTACTG----ATG-----TCAATC-AC-T-CTCAGTT-----GTGACA--TA-TC-ACA-A-GTT---C--GCGT-AAA--T--G-ACCAT-GTAGAT-CATTGATTGT-TT--GCAACTACTCTGAGCA-C-T--AT-CA-TATG-
gi|1                          :  agacTGCAAAA-AA-TTCTAT-ACACT-A--A-AAT------------TA-CCC-----TA-TG-C--GGT--G--ATAA--A---A----TG-----------A--AGA-CTGTTAGGT---C-A--C-GTATAAAA--G-ATCGT-AT-C-A-CACCA--T-G--GGGGGTCTTCCAT--CGAAAAACTACTCGT--C---CCG-AA--T-A---ATA---GGCCA-TTAGCCAATCC-ACAT-C-C-T-AA-CT-TCT-ATTTGCGTCC----TC----TCAGCCCAGTCA-CA--AA-CA-----GA--GCTCTATC-CCCCCTTG-TA-A-TTTT--GAAAATGG-AT--AT--AA-A-AATC-CC-A-AATATGGAAATCTTAG-C--CTA--TCT-AT-TCTGA--C-T-CA--A-A--TCA-A--T--A---TA--GA-------------AGA-TTTATTTAAGAAT---TTC-AAA-G--GGAA-------AT-A-T--TA-CT-T-TATTTGTAAA-A-C-A--CA-AA-TG-ACT--AAATT-GGCCA---A-T--A---AAGA---AAG--T-T--C-----TA-TTGAG-AA-CAA--CCCTG-AAG----AG-TGA--CAT--T-TTCCTC-T-T-A--T-T-CAGCCCAAGAAAC-TTC---ATTT-A--A-AACTA---GAG---ATT-G-C-CCTA---AACTA--T-TAGT--A--------TCTA-TCATG-TCAT---C--AC-T--T-C-A----ATAAATAA--TATCT-A-ACA-TTGAA-T-AAT-TTTCTCCTTAAAGTAG-ATA-AAT---------AA--T-TTAAA---TATATAAAAAAA---------ATT--GCCAAG-AAA-GATAAA-C--TCTGGAAAAA--AAAGTTTTCTT-----ATG-----TCAATC-AC-TCCTCA-TT-----GT---A--TG-TC-AC--A-GTT---C--GC-T-AAGGCC--TAA--AT-GTAGAT-CAAT-AATG--TTTAGCAACTTCTC-AAGCA-CGT--AT-T--T-TG-AGAA
gi|12                         :   aaaaatcAAA-AT-TTT--A-ACACT-ATAT-AAT------------AA-ACCTATAATG-TG-CTAGGTATGAAA-AA--A---TA---TG-----------A--AGA-CTTCT--GCACAC-GTTACATA-AAAGATG-AT-GT-ATCA-CACAC-ATTT-GATGGGA----TTTAC--TGAAACATT-AT-GTACC---AGATAA--T-A---G-A---GGA-A-TTAG-AAATACAA-AT-CTT-T-AA-CG-T
gi|8                          :    aagacgcAA-AT-TCTAAA-ACATT-TTAA-AATGCCTACACTTTTTA-AA------TA-TA-A--TGA-TG--A-TA--T---T----TA-----------A--AGA-TT--T--GC---T-T--A-ATA-AAGG--A-TT-GT-GT-C-A-CAC-A--T-G--GAAG----GTTAT----AAAAAATTAT-GT--CG--TGA-AA--T-ATTTA-A---GA--A--TAGA----GC-A--------------G-TC--A-----------------------------CA-AA--AA-CC--A--G---AGT-TAT--CCCCCTTGGCA----TTTTG-AAAATGG--A--AT--AAGA-G--TCCC-A-AA-ATGGAG-CT-TAGAC--CTA----T-AT-TTTGA--T-T-CA-GA-A--TCAAA--T------TA--GA-------------A-G-TTTATCTAAGA--A-TTTG-AAT-G--TGAA-------ATAA-T--AA-CT-T-CAAT--TGAA-A-C-A--AC-AA-TG-ACT--AAATT-GGCCATTTA-A--G---A--G---AAGTTT-T--C-----T--T---G-AA-AAA--TCATG-GAG----AG-TATA-TAT--T-TT-CCC-T-T-A-TT-T-CAGCCAAA-AAAA-CTC---ATTT------ATTTAAG-GA----ATT-T-GTCCTA---AA-AA--T-T-GTTTAG-------TCTA-TCATG-TCAT---C--AC----T-C-A----ATAAATAA---TTCT-A-ACA-T--GA-T-AAT-TT--TACAT-AAATAG-A-A-AAT----TTA--GG--C-T--AAAT-AAGAAAAATAAA---------ATTT-GCCAAG-AAA-GAT-TA-C--TCTAGAAAAAA-AAAGCCTT-CTG----Atctaattaaaggttgtgagttcaatgccaaagtcacaacagt
gi|6                          :                                                                           g--A-AA--A---T----TG-----------A--AGA-CT--T--GC---CTG--A-ATA-AAAG--G-AT-GT-AT---C-TAC-AC-T-G--GGGG----TTTAT--CGAAAAACCTAT-GT--CCG-TGA-AA--T-A---A-A---GG--A-TTG--AAATGC-A-AT-C-T-T-AAACG-TC--ATTTT-GT------TT----TCAGC--AGTCA-CA--AA-CA--A--GA---GT-TATC--CCCCTTGGTA-T-ATTTTGAGA--TGG--A--AT--AA-AAG--T-CC-C-AA-ATGGAAGTTATAG-C--CTA--TATGAT-TCTGA--C-T-CC-GA-A--TCA-A--T--A---TG--AA-------------A-A-TTT-TTTAAGAAT---TTC-AAA-G--TGAA-------AT-AGT--TA-CTGT-TATTTCTAAA-A-CAA--AC-AT-TG-ACT--AAATT-GGGCA---A-T--A---ATGG---AAG--T-T--CT----T--T---G-AA-C-A--CCCTG-AAG-----A-TGTA-CAT--T-TT-CTC-T-T-A-TT-T-CAGCCCAA-AATC-TTC---ATTT-ATGACACTAG---GG----ATT-T-GCCCTA---GA-AA--T-TAGTT--A-----T-TCTA-TCATG-TCAT----CGAC-T--TCC-A----GTAAATAA---TTCTAA-ACA-T---A-TAAAT-TT--TCGCTTAAA-AG-A-ACAAT----GTA--GA--C-TT--AAT-TAAAAAAAAAAA-----------TTGCCCAAG-AGA-GAT-AA-CTGTCTGGAAAAAA-AAAGTCTT-CTG----ATG-----TCAATC-AC-TCCTCA-TT------TG--A--TG-TC-AG--C-GTT---CCGGC-T-AAGC-C--T-A--AT-GTAGATGCAAT-ATTGCTTT--ACAACT-CTC-AAGCA-CAT--AT-TATT-TGTAGGAA
gi|13                         :                                                                                                                                                          tcctgagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgaAACTA-T-GT--CGCATGA-AAATT-A---G-ATCAGGC-A-TTTGAAA-TGC-A-AT-C-TGTAAA-CG--C--ATTTGTGTTAATAATT----TCAGCA-AGTCA-CA--AA-CA--AATGAGCAGT-TAT---CCCCCTGGTACA-TTTTTAGAAAATGCGAA--TT--AA-A-at
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            acaAA-TAGTAG-C--CTAGCT-A-ATATCTGGAGC-T-CAAGA-A--TCAAT--TT-A---TA--GA-------------A-A-ATTATCTAAGA----CTTCTAAA-G--TAAGG------AT---T--TA-CT-T-T--TTCTAAA-ATC-A--AC-AT-TG-ACT--AAAT--GGCAC---A-T--A---A--AGTCAAG--T-T--------T--T---G-AA-CAAA-CTCTG-AAG----AG-TGTAACAT--T-TT--TC-T-T-AACT-T-C-GCCCAA-AAAC-TTC---ATTT-T--A-ACAGG---GA----TTTGT-CCCCTATATAA-TACAT-TAGTTATA-----T-TCTA-TCAT--TGATAATCCACC-TATT-C-A----ATAAATAA--TT-CTAACATACT--GA---AAT-TTC-TCCTTAATAGAG-A-A-AAT----GTA--GA--CATTAAAGT-T-ATACAAAAAA---------ATT--GCCAAGTAAA-GAT-AATC--TCTGGAAAAAAT--AGTCTTCTTGCACCATGTATGTTC-ATC-ACGTCGCTA-AT-----GTC--ATTTA-TCAAC--A-GTT---C--GC----AC--C--T-----T--TAG---CAAT--TTG--TT--TCATCT-CTC-AAGCA-C-T--AT-AT-T-TG-AGGAA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           caTA--T-T-AT-TCTGAA-C-TACA-GATA--TCACAGATT-AGTTTA--GATGAGTTCGGGAGTA-A-TTAATTTAAGGGTAATGTC-AAA-GGGTGAATAATTAAAT-A-TCGTG-TT-TATATTTCTACA-A-C-C--ACTAT-TGGACTTAAAATTTGGCC------T--A---A--G---GAG--T-T--TGTAATT--T---GGAA-CAAAACCTTGTAA-----AG-TGT--CAT--TATT-CTC-T-TTA-TT-T-CAGCCCAT-AAAC-TTCATTATTT-A--A-ACTGA---GGGATTATT-G-CGCCTT---AA-T---T-TA-TTGAAGTTATTCT-TA-TCAT--ta
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TTATTTAAGAAT---TTC-AAA-G--TGGA-------AA-A-T--TA-CT-T-TATTTCTAAA-A-CCA--AC-AT-TG-ACT--AAATT-GGCCA---A-T--A---A--GGG-AAG--T-T--C-----T--TT--G-AA-CA---CCCTG-AAG----AG-TGTA-CAT--T-TC-CTC-T-T-A-TT-T-CACCCGAA-AAAC-TTCA--ATTT-A--A-ACTAG---GA----ATT-TGCCCCAA---AA-TA--T-TAGTTAA-------CT-TA-TCATTGTCAT---C--AC-T--T-C-A----ATAAATAA---TTCT-A-ACA-T--GA-T-AAT-TT--TCCTT-AAATAG-A-A-AAT----GTA--GA--C-TT-AAAT-TAAAAAAAAAAA---------ATT--GCCAAG-AAA-GAT-AC-T--TCTGGAAAAA--AACGTCTTTCTG----ATG-----TC-ATC-A--TCCTCA-TT-----GTG--A--TG-TC-AC--A-GTTC--C--GC-T-AAGC-C--T-A--AT-GTAGAT-CAA--ATTGT-TT--ACAACTACTC-AAGCAAC-T--AT-TA---TG-AGAAAggaacatagccacgatcacaaattatgtaattatataatactttctaatactaatgaattaagatgtttttgcacaaaa
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  AAAAAAAAGTATT--TG----ATA-----AC-ATC-AC-TCCTCA-TT-----GTT--A--TG-TC-AC--A-ATT---C--GC-T-ATGT-C--T-A--AT--TAGAT-CAAT-ACTGT-TT--ACAACTTCTC-GAACA-C-T--AT-TA-T-TG-

Unaligned ( gi|16 ): ATATCATGGCATTACTTCAGTAAATAATTCTAACATAATAATTTTACATAA

lowQualScore                  :                                                                                   111111   11111        11      333333333333333333333333         111111     1111111111                          111111                  111                111           111111111  11               11111111          11    222222222222222222                         1111111                          11                             1           1111          1111                             11111111111      2222222222222               22222               1111111                                                                         222222        11111111111                                                                            111       111111                     111111      1111          222222                        111    1111           111    11                                            111111111111              11111            11111111                              1                    11111111     1                11111  111111        11     111           22                                                                       
lowQualScore                  :                                        5      4  4   2  4     66   4   777  8 4 4 222222 4 11111 4 66   00   4  888888888888888888888888 55   4  111111 55  5555555555    4   55   4  4   4 4   000000 4 66    9999     111   0  9999 4  8 222   8 666 4 000000000  33 4  0 1  8   4 44444444 4  4  4  00    777777777777777777     66 4   66  5 4 4    3333333   66  88   22   0  4     88       4 4  888   8 66 66 5  0 5  5      3333   8 66   3333 4 4 4     99 4 4  4  8 55   55555555555   55 2222222222222 4 4           77777   3  33 55    5555555  3 3 55 3 7  7 3     0    3 7 7  55 3 44  3   55     3     666 3 55 666 111111   55 3 88888888888 7 3 55 3   88     3  7777 3  3  3 3     3   3  3 3 7   3 3        3    3   000 3   3 333333 3 888   3  55  1 3  000000  3 3 6666  3 55    000000     555   77     3 88  000  3 5555        55 000    22  7 55  3 3   7  3  88   3  3 4  4 4 4 4 44 999999999999   4 8888  3  22222  0         77777777 44 4     4   4   4  4 55     7     3      3  7 3  33333333     5   4  4      4  11111  222222  4  4  00 4   222 66  555   33 66 7777  55     4    4   4 4    4    1    4    4  8 66  4  999  4     
lowQualScore                  :                                        .      .  .   .  .     ..   .   ...  . . . ...... . ..... . ..   ..   .  ........................ ..   .  ...... ..  ..........    .   ..   .  .   . .   ...... . ..    ....     ...   .  .... .  . ...   . ... . .........  .. .  . .  .   . ........ .  .  .  ..    ..................     .. .   ..  . . .    .......   ..  ..   ..   .  .     ..       . .  ...   . .. .. .  . .  .      ....   . ..   .... . . .     .. . .  .  . ..   ...........   .. ............. . .           .....   .  .. ..    .......  . . .. . .  . .     .    . . .  .. . ..  .   ..     .     ... . .. ... ......   .. . ........... . . .. .   ..     .  .... .  .  . .     .   .  . . .   . .        .    .   ... .   . ...... . ...   .  ..  . .  ......  . . ....  . ..    ......     ...   ..     . ..  ...  . ....        .. ...    ..  . ..  . .   .  .  ..   .  . .  . . . . .. ............   . ....  .  .....  .         ........ .. .     .   .   .  . ..     .     .      .  . .  ........     .   .  .      .  .....  ......  .  .  .. .   ... ..  ...   .. .. ....  ..     .    .   . .    .    .    .    .  . ..  .  ...  .     
lowQualScore                  :                                        7      4  4   2  4     77   4   888  9 4 4 888888 4 11111 4 11   66   0  666666666666666666666666 55   0  555555 55  2222222222    0   55   0  4   4 4   333333 4 11    4444     888   9  7777 0  0 111   0 333 0 555555555  55 0  9 3  1   0 77777777 0  0  0  66    999999999999999999     11 4   11  3 4 4    7777777   11  33   22   1  4     44       4 4  333   9 11 99 0  0 0  0      3333   9 11   4444 0 0 0     55 0 0  0  0 55   11111111111   55 0000000000000 0 0           88888   6  88 00    5555555  6 6 00 6 3  3 6     5    6 3 3  00 6 11  6   00     6     444 6 00 444 555555   00 6 55555555555 3 6 00 6   66     6  7777 6  6  6 6     6   6  6 6 3   6 6        6    6   000 6   6 444444 6 000   6  00  0 6  555555  6 6 8888  6 00    333333     888   99     6 66  000  6 0000        00 333    44  3 00  6 6   3  6  66   6  6 0  0 0 0 0 88 777777777777   0 6666  2  44444  1         88888888 88 0     0   0   0  0 55     9     6      6  3 6  22222222     4   4  4      4  11111  666666  4  4  66 4   222 11  333   99 11 0000  66     4    4   4 4    4    9    4    4  9 11  4  888  4     
consensus                     :                                    GACT-GCAAAA-AT-TCTTAA-ACACT-ATAA-AAT---TA-C-C-T------A-T-----G-C--GGT--TGA-AA--A---T----TG-----------A--AGA-CT------T--GC---C-G--A-ATAA-AAG--GAT-GT-ATC-A-CAC-A----T-G--GGGG----TTTAT--CGAAAAACTNAT-GT-CG--TGA-AA--T-A---A-A---GG--A-TTAGAAAATGC-A-AT-C-T-T-AA-CG-TC--ATTTN-GT--T------T----TCAGC--A-GTC--ACAA-A-CAAG-----A-GTT--ATC-CCCCCTTGGTA-ATTTTTGGAAAATG-G-AA--ATAA-A--G--T-CC-A-AA-ATGGAA-TTATAG-C--CTA--T-T-A-T-TCTGA--C-T-CA-GA-A--TCA--AATT-A---TAG--A-------------A-A-TTTATTTAAGAATA-TTTC-AAA-G--TGAA-------AT-A-T--T-A-CT-T-TATTTCTAAA-A-C-AA--C-AT-TG-ACT--AAATT-GGCCA---A-T--A---A--GG--AAG--T-T--C-----T--T-G-A--A-CAA--CCCTG-AA----G-AG-TG-T-ACATT-TTC-TC-T-T-ATT-T-CAGCCCAA-AAAC-TTC---A-TTT-A---A--A-CT-AGGG-AT--TTGC-CC------TA-A-A--N-AT-T--AGTT-A-AT-TCTAT---CAT--GTCAT-C--AC---TT-C----AATAAATA--ATTTCTAA-ACA-T--GA-T-AAT-TT-TC--CTT-AA-A-TA-G-A-A-A-AT----G-------TAG-A--C-TTAAAAT---TAAAAAAAAAAA------ATTT-G-CCAAG-AAA-GAT-AA-C--TCTGGAAAAAA-AAAGTC-TT-C-TG--------ATGTCAATC-AC-TCCTCA-TT-----GTG--A--TG-TC-AC--A-GTT---C--GC-T-AAG--C--T-A--AT-GTAGAT-CAAT-ATT-G-TTTA-CAACTTCTC-AAGC-AC-T--AT-TA-T-TG-AGGAA
Reference ( family-989 )      :                                    GACT-GCAAAA-AT-TCTTAA-ACACT-ATAA-AAT---TA-C-C-T------A-T-----G-C--GGT--TGA-AA--A---T----TG-----------A--AGA-CT------T--GC---C-G--A-ATAA-AAG--GAT-GT-ATC-A-CAC-A----T-G--GGGG----TTTAT--CGAAAAACTNAT-GT-CG--TGA-AA--T-A---A-A---GG--A-TTAGAAAATGC-A-AT-C-T-T-AA-CG-TC--ATTTN-GT--T------T----TCAGC--A-GTC--ACNA-A-CAAG-----A-GTT--ATC-CCCCCTTGGTA-ATTTTTGGAAAATG-G-AA--ATAA-A--G--T-CC-A-AA-ATGGAA-TTATAG-C--CTA--T-T-A-T-TCTGA--C-T-CA-GA-A--TCA--AATT-A---TAG--A-------------A-A-TTTATTTAAGAATA-TTTC-AAA-G--TGAA-------AT-A-T--T-A-CT-T-TATTTCTAAA-A-C-AA--C-AT-TG-ACT--AAATT-GGCCA---A-T--A---A--G---AAG--T-T--C-----T--T-G-A--A-CAA--CCCTG-AA----G-AG-TG-T-ACATT-TTC-TC-T-T-ATT-T-CAGCCCAA-AAAC-TTC---A-TTT-A---A--A-CT-NGGA-AT--TTNC-CC------TA-A-A--N-AT-T--AGTT-A-AT-TCTAT---CAT--GTCAT-C--AC---TT-C----AATAAATA--ATTTCTAA-ACA-T--GA-T-AAT-TT-TC--CTT-AA-A-TA-G-A-A-A-AT----G-------TAG-A--C-TTAAAAT---TAAAAAAAAAAA------ATTT-G-CCAAG-AAA-GAT-AA-C--TCTGGAAAAAA-AAAGTC-TT-C-TG--------ATGTCAATC-AC-TCCTCA-TT-----GTG--A--TG-TC-AC--A-GTT---C--GC-T-AAG--C--T-A--AT-GTAGAT-CAAT-ATT-G-TTTA-CAACTTCTC-AAGC-AC-T--AT-TA-T-TG-AGGAA
gi|1                          :                                      CT-GCAAAA-AA-TTCTAT-ACACT-A--A-AAT---TA-C-CCT------A-T-----G-C--GGT---GATAA--A---A----TG-----------A--AGA-CTGTTAGGT--CA---C-G--T-ATAA-AAG--ATC-GT-ATC-A-CACCA----T-G--GGGGGTCTTCCAT--CGAAAAACTACTCGT-CC--CGA-A---T-A---ATA---GGCCA-TTAGCCAATCC-ACAT-C-C-T-AA-CT-TCT-ATTTGCGTCCT------C----TCAGCCCA-GTC--ACAA-A-CA-G-----A-GCTCTATC-CCCCCTTG-TA-ATTTT--GAAAATG-G-AT--ATAA-A--AATC-CC-A-AATATGGAAATCTTAG-C--CTA--TCT-A-T-TCTGA--C-T-CA--A-A--TCA--A--T-A---TAG--A-------------AGA-TTTATTTAAGAAT---TTC-AAA-G--GGAA-------AT-A-T--T-A-CT-T-TATTTGTAAA-A-C-AC--A-AA-TG-ACT--AAATT-GGCCA---A-T--A---A--AGA-AAG--T-T--C-----TATT-G-AGAA-CAA--CCCTG-AA----G-AG-TG---ACATT-TTCCTC-T-T-ATT---CAGCCCAAGAAAC-TTC---A-TTT-A---A--AACT-AGAG-AT--T-GC-CC------TA-A-A--CTAT-T--AGT----AT--CTAT---CAT--GTCAT-C--AC---TT-C----AATAAATA--ATATCTAA--CA-TTGAA-T-AAT-TT-TCTCCTT-AA-AGTA-G-ATA-A-AT----A-----------A--T-TTAAA-----TATATAAAAAAA------ATT--G-CCAAG-AAA-GATAAA-C--TCTGG-AAAAA-AAAGTT-TT-C-TT--------ATGTCAATC-AC-TCCTCA-TT-----GT---A--TG-TC-AC--A-GTT---C--GC-T-AAGGCC--TAA--AT-GTAGAT-CAAT-AAT-G-TTTAGCAACTTCTC-AAGC-ACGT--AT-T--T-TG-AGAA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 aaaaatTTATTTAAGAAT---TTC-AAA-G--TGGA-------AA-A-T--T-A-CT-T-TATTTCTAAA-A-CCAA--C-AT-TG-ACT--AAATT-GGCCA---A-T--A---A--GGG-AAG--T-T--C-----T--TTG-A--A-CA---CCCTG-AA----G-AG-TG-T-ACATT-TCC-TC-T-T-ATT-T-CACCCGAA-AAAC-TTC---AATTT-A---A--A-CT-AGGA-AT--TTGC-CC------CA-A-A--ATAT-T--AGTT-A-AC-T-TAT---CATT-GTCAT-C--AC---TT-C----AATAAATA--ATT-CTAA--CA-T--GA-T-AAT-TT-TC--CTT-AA-A-TA-G-A-A-A-AT----G-------TAG-A--C-TT-AAAT---TAAAAAAAAAAA------A-TT-G-CCAAG-AAA-GAT-AC-T--TCTGG-AAAAA-AACGTCTTT-C-TG--------ATGTC-ATC-A--TCCTCA-TT-----GTG--A--TG-TC-AC--A-GTTC--C--GC-T-AAGC-C--T-A--AT-GTAGAT-CAA--ATT-G-TTTA-CAACTACTC-AAGCAAC-T--AT-TA---TG-AGAAA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TA--T-T-A-T-TCTGAA-C-TACA-GATA--TCACAGATT-AGTTTAG--ATGAGTTCGGGAGTA-A-TTAATTTAAGGGTAATGTC-AAA-GGGTGAATAATTAAAT-A-TCGT-G-TT-TATATTTCTACA-A-C-CA--CTAT-TGGACTTAAAATTTGGCC------T--A---A--G---GAG--T-T--TGTAATT--T-GGA--A-CAAAACCTTG-TA----A-AG-TG-T--CATTATTC-TC-T-TTATT-T-CAGCCCAT-AAAC-TTCATTA-TTT-A---A--A-CTGAGGG-ATTATTGCGCC------TT-A-ATTT-AT-TGAAGTT-A-TT-CTTAT---CAT--G
gi|12                         :                                            AAA-AT-TTT--A-ACACT-ATAT-AAT---AAAC-C-T------A-TAATGTG-CTAGGTA-TGA-AA--AAA-TA---TG-----------A--AGA-CT------TCTGCACAC-GTTACATAA-AAGATGAT-GT-ATC-A-CAC-ACATTT-GATGGGA----TTTAC--TGAAACA-TTAT-GTACC--AGATAA--T-A---G-A---GGA-A-TTAG-AAATACAA-AT-CTT-T-AA-CG-Tgaacatagccacgatcacaaattatgtaattatataatactttctaatactaatgaattaagatgtttttgcacaaaa
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                        aagacgcAAACT-AT-GT-CGCATGA-AAATT-A---G-ATCAGGC-A-TTTGAAA-TGC-A-AT-C-TGT-AAACG--C--ATTTGTGT--TAATAATT----TCAGC--AAGTC--ACAA-A-CAAATGAGCA-GTT--ATC-CCCC--TGGTACATTTTTAGAAAATGCG-AA--TTAA-A--tctaattaaaggttgtgagttcaatgccaaagtcacaacagt
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  acAAAAA-AAAGTA-TT---TG--------ATAACA-TC-AC-TCCTCA-TT-----GTT--A--TG-TC-AC--A-ATT---C--GC-T-ATGT-C--T-A--AT--TAGAT-CAAT-ACT-G-TTTA-CAACTTCTC-GAAC-AC-T--AT-TA-T-TG-
gi|15                         :                                     ACT-GCAAAA-A--TCTTAG-A-ACT----A-AAT---TATC-C-T------A-T-----G-C--GG---TGA-AA-----------TG-----------AACAGA--T------T--GC---C-G----ATAA-AAG--GAT-
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                aTAT---CAT--GGCAT-T--AC---TT-C----AGTAAATA--A-TTCT-A-ACA-T--AA-T-AAT-TT-TA--CAT-AA-
gi|2                          :                                    aACT-GCAAAA-AT-TCTTAAGACACT-ATAATGAT---TA-C-C-T------A-T-----G-C--GGT--TGA-AAGAA---TGGTGTG-----------A--AGAACT------T--GC---C-G--A-ATAA-AAG--GATTGT-ATC-A-CAC-A----T-G--GGGT----TTTAT---GAATAACTT-T-GT-CC--TGA-A---T-A---A-A---GG--AATTAGAAA-TGC-A--T-C-T-T-AA-C--TC--AAAT--GT--T------T----TCAGC--A-CTC--ACAACA-CAAC-----ACGTT--ATC-CCCCCT-GCTA----TTTGAAAAATG-G-AA--A-AA-A--G--T-CCCA-AA-ATGACA-TTATAG-CGCCTAA-T-T-A-T-TCTGA--C---CA-GA-AAATCA--AATTTA---TAG--A-------------A-AATTTATTTAAGAA-A-TT-C-AAA-G--T-AA-------AT-A-T--T-AACG-T-TATTTTGAAA-AGC-AA--C-ATGTG-ACT--AAATT-G-CCA---A-T--ATAAA--G---AAG--TCT--T-----T--T-G-A--A-GAA--CCCTGGAA----G-AGCTG-T-ACATT-TTC-TC-TGT-ATT-TTCAGCCCAA-AAAC-TTC------TT-A---A--A-CT-AGAG-AT--TTGC-CC------TA-A-A----AT-T--AGTT-G----TCTAT---CAT--GTCAT-C--ACG--TT-CT---AATAAATA--ATT-CTAA--CA-T--GA-T-AATATT-TC--CTT-AA-A-TA-GTA-A-A-ACTCGGA-------TAG-ATAC-TTATAATATTTAAAAAAAAAA---------TT-G-CCAAG-AAAAGAT-AA-C--TCTG--AGAAA-AAAGTC-TT-C-TG--------ATGTC--TC-AC-TTCTCA-TCCTCCCGTT-----TG-CC-ACGCA-GCTTCTC--CC-TCAAG--CCTT-A--A--GTAGAT-CAAT-AAT-G-TTTA-CAACTTCTC-AAGC-AC-TGAGT-TA-T-TG-
gi|3                          :                                    GACTTGTCAAA-ATGTCTTAA--CGCTTATAA-TAA---TA-C-C-T------A-T-----G-C--GGT--TGA-AA--AA--T----TT-----------A--AGA-TT------T--GC---CCG--ATATAAGAAG--GAT-GTGATA-ATCAC-A----T-G--GAGG----TTTATATCGGA----TATT-GT-CA--TGAGAA--TGA---A-A---GG--A-TTAGAAAATGC-A-ATTC-T-T-GA-CGGTC--ATTGT-GT--T------T----TCAG---A-GTCCCACAA-A-CAAG-----A-GTT--ATC-CCT--TTGGTA-ATTGT--GAAAATG-G-AATTATAA-A--G--T-CC-ATAA-ATGGG---T-TAG-C--CTA--T-C-A-T-T-TGA--T-T-CA-GATA--T----AATT-A---TGA--A-------------A-A-GTTA---------A-TTGT-AA------GAA-------AT-A-T--T-A-TTAC-TATTTCTAAA-A-T-A---C-AA-TG-ACT--CA-TT-GGC-A---A-T--A---AA-G---AAG--T-T--A-----TGTT-G-G--A-ATA--CCCGG-AA------AG-TGCT-ACGAT-TTC-TCGT-T-ATT-T-TCGCCCAA-AA-C-TTCT--A-TTTCA---A--A-CT-AGGACAT--TCTA-CT------TACA-A--G-AT-G--AGTT-A--T-TCTAT---CAT--GTCAT-C--AC---TT-CATTGAATAAATAAGATATGTAA-CCAGT--GACT-AAT-TT-TT--CTC-AA-A-TATG-A-A-ATAT----GATGACGTTAG-A-----TAAAA-----AAAAAAAAAAAGTAAAGATTT-G--CATG-AAA-GAT-GA-T--TC--GAGAAAA-AGA----TTAC-TG--------ATGTCAATC-AC-T-CTCAGTT-----GTGACA--TA-TC-ACA-A-GTT---C--GCGT-AAA--T--G-ACCAT-GTAGAT-CATTGATT-G-TTTG-CAACTACTCTGAGC-AC-T--AT-CA-TATG-gaaa
gi|4                          :                                    aACT-GCAAAACAT-TCTTAA-ACA---ATAA-A-T---TA-C-C-T------AAT-----GGC--GGT--TGA-AA--AAATC----TG-----------A--AGA-CT------T--GC---C-G--A-ATAA-AAC--GAT-GT-ATC-A-CAC-A----TCG--GGGG----TTTAT--CGAAAA--CAAT-GT-CC--TGA-AA--T-A---A-A---GG--A-T---AGAATGC-A-AT-----T-AA-AG-TCCCATTTT--T--T------T----TCAGC--A-GTC--AC-A-A-CAGA-----C-GTT--ATA-CCC--TTGGTA-AATTTTTGAAAATG-G-AC--ATAA-AAAG--T-CC-A-AA-ATGGAA-TTATAG-C--CTA--T-T-AAT-TCTGA--CAT-CA-GA-A--TCA--T-TT-A---TAGTGA-------------A-A-TTTATTTAAGAAT---TTC-AAACG--TGAA-------AT-A-T--TTA-CT-T-TATTTCTAAAGA-C-AAGAC-AT-TG-ACT--AAATT-GGCCA---ACT--A---A--GG--AAG--T-T--C-----T--TTG-A--A-CAA--CCCTG-AAACATG-AG-TG-T-A-ATT-TTC-TC-T-T-ATTGT-CAGCCCAA-AAAC-TTC---A-TTT-A---A--A-CT-AGGG-AT--CTGC-CC------TA-A-A--T-ATGT--AGTT-A--T-TCTA----CAT--GTCAC-A--AC---TT-CT---AATAAATA--ATT-CTAA-A---T--GA-T-AATCTT-TC--CTT-AA-A-TA-G-A-A-A--T----G-------TAGGA--C-TTAA--T---TACAAAAAAAAA------ATT--G-CCAAG-AAA-GAT-AA-C--TCTGG-AAAAA-AAAGTC-TT-C-TG--------ATGTC-ATCAAC-TCCTCA-TT-----GTG--A--TGCTC-AC--ACGTT---C--GC-T-AAGA-C--T-A--ATGGTAGAT-CAAT-ATTGG-TTTA-C-ACTTCTC-AAGC-AC-T--ATGTACT-TG-AGGA
gi|5                          :                                 aaaGATT-GCAAAA-AT-TCTTAA-ACACT-ATAA-AAT---TA-A-C-T------A-T-----G-C--GGT--TGA-AA--A---T----TG-----------A--AGA-CT------T--GC---C-G--A-ATAA-AAA--GAT-GT-ATA-C-CAC-A----T-G--GGGG----TTTAT--CGAACAACTAAT-GT-C---TGA-AA--T-A---A-A---GG--A-TTAGAAAATGC-A-AT-C-T-T-AA-CG-TC--ATTTG-GT--T------T----TCAGC--A-GTC--AACA-A-CAAG-----AAGTT--ATCACCCCCTTGGTA-ATTTTTGAAAAATG-GGAA--ATAA-A--G--T-CC-A-AA-ATGGAA-TTATAG-C--CTA--T-T-A-T-TCTGA--C-T-CA-GA-A--TCA--TATT-A---TAG--A-------------A-A-TTTATTTAAGAATA-TTTC-AAA-G--TGAA-------AT-A-T--T-A-CT-T-TATTTCTAAA-A-C-AA--C-AT-TG-ACT--AAATT-GGCCA---A-T--A---A--G---AAG--T-T--C-----T--T-G-A--A-CAA--CCCTG-AA----GTAG-TG-T--CATT-TTC-TC-T-T-ATT-T-CAGCCGAA-AAAC-TTC---A-TTT-A---A--A-CT-TAGA-AT--TTCG-CC------TA-A-A--T-AT-T--AGTTGA-ATCTCTAT---CAT---TCAT-CCAAC---TT-C----AATAAATA--ATTTCTAA-ACA-T--GA-T-AAT-TT-TC--CTTCAA-A-TA-G-A-A-A-AT----G-------TAG-A--C-TTAAAAT---TAAAAAAAAAAA------ATTTGG-CCAAG-AAA-GAT-AA-C--TCTGGAAAAAAGAAAGTC-TTCC-TG--------ATGTC-ATC-AC-TCCTCA-TT-----GTG--A--TG-TC-AC--A-GTT---C--GC-T-AAG--C--T-A--AT-GTAGAT-CAAT-ATT-G--TTA-CAACTACTC-AAGC--C-T--AT-TA-T-TG-AGGAA
gi|6                          :                                                                                                             A-AA--A---T----TG-----------A--AGA-CT------T--GC---CTG--A-ATAA-AAG--GAT-GT-ATCTA-CAC------T-G--GGGG----TTTAT--CGAAAAACCTAT-GTCCG--TGA-AA--T-A---A-A---GG--A-TT--GAAATGC-A-AT-C-T-TAAA-CG-TC--ATTTT-GT--T------T----TCAGC--A-GTC--ACAA-A-CAAG-----A-GTT--AT--CCCCCTTGGTA-TATTTTG--AGATG-G-AA--TAAA-A--G--T-CC-C-AA-ATGGAAGTTATAG-C--CTA--TATGA-T-TCTGA--C-T-CC-GA-A--TCA--A--T-A---TGA--A-------------A-A-TTT-TTTAAGA--A-TTTC-AAA-G--TGAA-------AT-AGT--T-A-CTGT-TATTTCTAAA-A-CAAA--C-AT-TG-ACT--AAATT-GGGCA---A-T--A---ATGG---AAG--T-T--CT----T--T-G-A--A-C-A--CCCTG-AA----G-A--TG-T-ACATT-TTC-TC-T-T-ATT-T-CAGCCCAA-AATC-TTC---A-TTT-ATG-AC-A-CT-AGGG-AT--TTGC-CC------TA-G-A--A-AT-T--AGTT---AT-TCTAT---CAT--GTCAT-CG-AC---TTCC----AGTAAATA--A-TTCTAA-ACA-T---A-TAAAT-TT-TCG-CTT-AA-A--A-G-A-ACA-AT----G-------TAG-A--C-TT--AAT---TAAAAAAAAAAA--------TT-GCCCAAG-AGA-GAT-AA-CTGTCTGGAAAAAA-AAAGTC-TT-C-TG--------ATGTCAATC-AC-TCCTCA-TT------TG--A--TG-TC-AG--C-GTT---CCGGC-T-AAGC-C--T-A--AT-GTAGATGCAAT-ATT-GCTTTA-CAAC-TCTC-AAGC-ACAT--AT-TATT-TGTAGGAA
gi|7                          : tcctgagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgaGACT-CCAGGA-AT-TCTAAA-ACATT-TTAA-AAT----G-C-C-T------A-C-----A-C--TTT--TTA-AAT-A---T----TGCATGTATTTAAA--AGA-TT------T--GC---T-T--A-ATAA-AGA--ATT-GT-GTC-A-CAC-A----T-G--GAGG----GTTAT--AAAAAAA--TAT-GT-CG--TGA-AA--T-A---T-----TT--A-TTAAGAA--------------T-AG-AG-TC--ATTTA-CT--T------TAAAATTAGC--A-GTC--ACTA-AACCAG-----A-GTT--ATC-CCCCCTTGACA-ATTTT--GAAAATG-G-AA---TAAGA--G--T-CCCA-AA-ATGGAG-CT-TAGAC--CTA--T-T-A-T-TTTGA--T-T-CA-GA-A--TCA--AAAT-----TAG--A-------------A-G-TTTATCTAAGAAT---TTG-AAT-G--TGAA-------AT-A-A--T-AACT-T-CAATT--GAA-A-C-AA--C-AA-TG-ACT--AAATT-GGTCA---T-TTAA---G--G---AAG--T-TTTC-----T--T-G-A--AATAA--TCATG-GA----G-AG-TA-T-ATATT-TTC-CC-T-T-ATT-T-CAGCCAAA-AAATATTC---A-TTT-A---TTTA-C--AGGA-AT--TTGT-CC------TA-A-A--A-AT-T---GTT-T-AG-TCTATAATCAT--GTCAT-C--AC---TT-C----AATAAATA--ATTCATA---CA-T--GA-T-AAT-TT-TA--CAT-AA-A-TA-G-A-A-A--T----T-------T-G-A--G-CTAAA-----TAAAGAAAAGAA------ATTT-G-CCAAG-AAA-GAT-TA-T--TCTAG-AAAAA-AAAGCC-TT-C-TG--------AGGTat
gi|8                          :                                             AA-AT-TCTAAA-ACATT-TTAA-AATGCCTA-CAC-TTTTTAAA-T-----A-T--AATGATGA-TA--T---T----TA-----------A--AGA-TT------T--GC---T-T--A-ATAA-AGG--ATT-GT-GTC-A-CAC-A----T-G--GAAG----GTTAT----AAAAAATTAT-GT-CG--TGA-AA--T-ATTTA-A---GA--A--TAGA----GC-A--------------G-TC--A--------------------------------C--AAAA-A-CCAG-----A-GTT--AT--CCCCCTTGGC--ATTTT--GAAAATG-G--A--ATAAGA--G--TCCC-A-AA-ATGGAG-CT-TAGAC--CTA----T-A-T-TTTGA--T-T-CA-GA-A--TCA--AAT------TAG--A-------------A-G-TTTATCTAAGA--A-TTTG-AAT-G--TGAA-------ATAA-T--A-A-CT-T-CAAT--TGAA-A-C-AA--C-AA-TG-ACT--AAATT-GGCCATTTA-A--G---A--G---AAGTTT-T--C-----T--T-G-A--A-AAA--TCATG-GA----G-AG-TA-T-ATATT-TTC-CC-T-T-ATT-T-CAGCCAAA-AAAA-CTC---A-TTT-ATTTA--A-----GGA-AT--TTGT-CC------TA-A-A--A-AT-T---GTT-T-AG-TCTAT---CAT--GTCAT-C--AC----T-C----AATAAATA--A-TTCT-A-ACA-T--GA-T-AAT-TT-TA--CAT-AA-A-TA-G-A-A-A-AT----T-------TAG-G--C-T--AAAT---AAGAAAAATAAA------ATTT-G-CCAAG-AAA-GAT-TA-C--TCTAGAAAAAA-AAAGCC-TT-C-TG--------A
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  gAA-TAGTAG-C--CTAGCT-A-A-TATCTGGAGC-T-CAAGA-A--TCA--ATTT-A---TAG--A-------------A-A-ATTATCTAAGA----CTTCTAAA-G--TAAGG------AT---T--T-A-CT-T-T--TTCTAAA-ATC-AA--C-AT-TG-ACT--AAAT--GGCAC---A-T--A---A--AGTCAAG--T-T--------T--T-G-A--A-CAAA-CTCTG-AA----G-AG-TG-TAACATT-TT--TC-T-TAACT-T-C-GCCCAA-AAAC-TTC---A-TTT-T---A--A-C--AGGG-AT--TTGT-CCCCTATATA-ATA--C-AT-T--AGTT-ATAT-TCTAT---CATTGATAATCC--ACCTATT-C----AATAAATA--A-TTCTAACATACT--GA---AAT-TTCTC--CTT-AATA-GA-G-A-A-A-AT----G-------TAG-A--CATTAAAGT---TATACAAAAAAA--------TT-G-CCAAGTAAA-GAT-AATC--TCTGG-AAAAA-ATAGTC-TT-CTTGCACCATGTATGTTCATC-ACGTCGCTA-AT-----GTC--ATTTA-TCAAC--A-GTT---C--GC----AC--C--T-----T--TAG---CAAT--TT-G-TTT--CATC-TCTC-AAGC-AC-T--AT-AT-T-TG-AGGAA

lowQualScore                  :                                                                                   111111   11111        11      333333333333333333333333         111111     1111111111                          111111                  111                111           111111111             1    1111111111                33333333333333333333       111                  1111111                          11                             1           1111          1111                             11111111111      2222222222222               22222               1111111                                                                             111            1111                                                                          111                                 111111      1111          222222                   11  111    1111           111    11                                            111111111111              11111            22222222                              1                    11111111     1                11111  111111        11     111           22                                                                       
lowQualScore                  :                                        5      4  4   2  4     66   4   777  8 4 4 222222 4 11111 4 66   00   4  888888888888888888888888 55   4  111111 55  5555555555    4   55   4  4   4 4   000000 4 66    9999     111   0  9999 4  8 222   8 666 4 000000000  99 8  0    3    6666666666  4  4  99  55  88888888888888888888   55  222 4   55  4  4     3333333   66  88   22   0  4     88       4 4  888   8 66 66 5  0 5  5      3333   8 66   3333 4 4 4     99 4 4  4  8 55   55555555555   55 2222222222222 4 4           77777   3  33 55    5555555  3 3 55 3 7  7 3     0    3 7 7  55 3 44  3   55     3     555 3 55 777 88  000 55 88 8888 0000  55 3   88     3  7777 3  3  3  3    3   3  3 3 3 3  3 3        3    3   000 3   3 99999 3 55    3  55    3  000000  3 3 6666  3 55    000000     555   77      22  000  3 5555        55 000    66  7 55  3 3   7  3  88   3  3 4  4 4 4 4 4  999999999999  4  8888  8  00000  0         22222222  4 4     4   4   4  4 55     7     3      3  7 3  33333333     5   4  4      4  11111  222222  4  4  00 4   222 66  555   33 66 7777  55     4    4   4 4    4    1    4    4  8 66  4  999  4     
lowQualScore                  :                                        .      .  .   .  .     ..   .   ...  . . . ...... . ..... . ..   ..   .  ........................ ..   .  ...... ..  ..........    .   ..   .  .   . .   ...... . ..    ....     ...   .  .... .  . ...   . ... . .........  .. .  .    .    ..........  .  .  ..  ..  ....................   ..  ... .   ..  .  .     .......   ..  ..   ..   .  .     ..       . .  ...   . .. .. .  . .  .      ....   . ..   .... . . .     .. . .  .  . ..   ...........   .. ............. . .           .....   .  .. ..    .......  . . .. . .  . .     .    . . .  .. . ..  .   ..     .     ... . .. ... ..  ... .. .. .... ....  .. .   ..     .  .... .  .  .  .    .   .  . . . .  . .        .    .   ... .   . ..... . ..    .  ..    .  ......  . . ....  . ..    ......     ...   ..      ..  ...  . ....        .. ...    ..  . ..  . .   .  .  ..   .  . .  . . . . .  ............  .  ....  .  .....  .         ........  . .     .   .   .  . ..     .     .      .  . .  ........     .   .  .      .  .....  ......  .  .  .. .   ... ..  ...   .. .. ....  ..     .    .   . .    .    .    .    .  . ..  .  ...  .     
lowQualScore                  :                                        7      4  4   2  4     77   4   888  9 4 4 888888 4 11111 4 11   66   0  666666666666666666666666 55   0  555555 55  2222222222    0   55   0  4   4 4   333333 4 11    4444     888   9  7777 0  0 111   0 333 0 555555555  55 0  9    0    1111111111  0  0  55  55  55555555555555555555   55  555 0   55  0  0     7777777   11  33   22   1  4     44       4 4  333   9 11 99 0  0 0  0      3333   9 11   4444 0 0 0     55 0 0  0  0 55   11111111111   55 0000000000000 0 0           88888   6  88 00    5555555  6 6 00 6 3  3 6     5    6 3 3  00 6 11  6   00     6     222 6 00 666 66  000 00 66 4444 5555  00 6   66     6  7777 6  6  6  6    6   6  6 6 6 6  6 6        6    6   000 6   6 44444 6 99    6  00    6  555555  6 6 8888  6 00    333333     888   99      33  000  6 0000        00 333    88  3 00  6 6   3  6  66   6  6 0  0 0 0 0 0  777777777777  0  6666  1  00000  1         77777777  0 0     0   0   0  0 55     9     6      6  3 6  22222222     4   4  4      4  11111  666666  4  4  66 4   222 11  333   99 11 0000  66     4    4   4 4    4    9    4    4  9 11  4  888  4     
consensus                     :                                    GACT-GCAAAA-AT-TCTTAA-ACACT-ATAA-AAT---TA-C-C-T------A-T-----G-C--GGT--TGA-AA--A---T----TG-----------A--AGA-CT------T--GC---C-G--A-ATAA-AAG--GAT-GT-ATC-A-CAC-A----T-G--GGGG----TTTAT--CGAAAAACTNAT-GT-CG--TGA-AA--T-A---A-A---GG--A-TTAGAAAATGCA-A-T-CT-T-AA-CG-TC--AT--TTN---GT--T------T----TCA--GC---A-GTC--AC-AA-ACAAG-----A-GTT--ATC-CCCCCTTGGTA-ATTTTTGGAAAATG-G-AA--ATAA-A--G--T-CC-A-AA-ATGGAA-TTATAG-C--CTA--T-T-A-T-TCTGA--C-T-CA-GA-A--TCA--AATT-A---TAG--A-------------A-A-TTTATTTAAGAATA-TTTC-AAA-G--TGAA-------AT-A-T--T-A-CT-T-TATTTCTAAA-A-C-AA--C-AT-TG-ACT--AAATT-GGCCA-A-T-A--A-G-G--AA---G--T--T--C-T--T-GA--A-CAA--CCCTG-AA----G-AG-TG-TA-CATT-TTC-TC-T-T-A-TT-T-CAGCCCAA-AAAC-TTC---A-TTT-A--A--A-CT-AGGG-AT--TTGC-CC------TA-A-A--N-AT-T--AGTT-A-AT-TCTAT---CAT--GTCATC--AC---TT-C----AATAAATA--ATTTCTAA-ACA-T--GA-T-AAT-TT-TC--CTT-AA-A-TA-G-A-A-A-AT----G-------TA-GA--C-TTAAAAT---TAAAAAAAAAAA------ATTT-G-CCAAG-AAA-GAT-AA-C--TCTGGAAAAAA-AAAGTC-TT-C-TG--------ATGTCAATC-AC-TCCTCA-TT-----GTG--A--TG-TC-AC--A-GTT---C--GC-T-AAG--C--T-A--AT-GTAGAT-CAAT-ATT-G-TTTA-CAACTTCTC-AAGC-AC-T--AT-TA-T-TG-AGGAA
Reference ( family-989 )      :                                    GACT-GCAAAA-AT-TCTTAA-ACACT-ATAA-AAT---TA-C-C-T------A-T-----G-C--GGT--TGA-AA--A---T----TG-----------A--AGA-CT------T--GC---C-G--A-ATAA-AAG--GAT-GT-ATC-A-CAC-A----T-G--GGGG----TTTAT--CGAAAAACTNAT-GT-CG--TGA-AA--T-A---A-A---GG--A-TTAGAAAATGCA-A-T-CT-T-AA-CG-TC--AT--TTN---GT--T------T----TCA--GC---A-GTC--AC-AA-ACAAG-----A-GTT--ATC-CCCCCTTGGTA-ATTTTTGGAAAATG-G-AA--ATAA-A--G--T-CC-A-AA-ATGGAA-TTATAG-C--CTA--T-T-A-T-TCTGA--C-T-CA-GA-A--TCA--AATT-A---TAG--A-------------A-A-TTTATTTAAGAATA-TTTC-AAA-G--TGAA-------AT-A-T--T-A-CT-T-TATTTCTAAA-A-C-AA--C-AT-TG-ACT--AAATT-GGCCA-A-T-A--A-G-G--AA---G--T--T--C-T--T-GA--A-CAA--CCCTG-AA----G-AG-TG-TA-CATT-TTC-TC-T-T-A-TT-T-CAGCCCAA-AAAC-TTC---A-TTT-A--A--A-CT-AGGG-AT--TTGC-CC------TA-A-A--N-AT-T--AGTT-A-AT-TCTAT---CAT--GTCATC--AC---TT-C----AATAAATA--ATTTCTAA-ACA-T--GA-T-AAT-TT-TC--CTT-AA-A-TA-G-A-A-A-AT----G-------TA-GA--C-TTAAAAT---TAAAAAAAAAAA------ATTT-G-CCAAG-AAA-GAT-AA-C--TCTGGAAAAAA-AAAGTC-TT-C-TG--------ATGTCAATC-AC-TCCTCA-TT-----GTG--A--TG-TC-AC--A-GTT---C--GC-T-AAG--C--T-A--AT-GTAGAT-CAAT-ATT-G-TTTA-CAACTTCTC-AAGC-AC-T--AT-TA-T-TG-AGGAA
gi|1                          :                                      CT-GCAAAA-AA-TTCTAT-ACACT-A--A-AAT---TA-C-CCT------A-T-----G-C--GGT---GATAA--A---A----TG-----------A--AGA-CTGTTAGGT--CA---C-G--T-ATAA-AAG--ATC-GT-ATC-A-CACCA----T-G--GGGGGTCTTCCAT--CGAAAAACTACTCGT-CC--CGA-A---T-A---ATA---GGCCA-TTAGCCAATCCACA-T-CC-T-AA-CT-TCT-AT--TTGC--GTCCT------C----TCA--GCCC-A-GTC--AC-AA-ACA-G-----A-GCTCTATC-CCCCCTTG-TA-ATTTT--GAAAATG-G-AT--ATAA-A--AATC-CC-A-AATATGGAAATCTTAG-C--CTA--TCT-A-T-TCTGA--C-T-CA--A-A--TCA--A--T-A---TAG--A-------------AGA-TTTATTTAAGAAT---TTC-AAA-G--GGAA-------AT-A-T--T-A-CT-T-TATTTGTAAA-A-C-AC--A-AA-TG-ACT--AAATT-GGCCA-A-T-A--A-A-G--AAA--G--T--T--C-TATT-GAGAA-CAA--CCCTG-AA----G-AG-TG--A-CATT-TTCCTC-T-T-A-TT---CAGCCCAAGAAAC-TTC---A-TTT-A--A--AACT-AGAG-AT--T-GC-CC------TA-A-A--CTAT-T--AGT----AT--CTAT---CAT--GTCATC--AC---TT-C----AATAAATA--ATATCTAA--CA-TTGAA-T-AAT-TT-TCTCCTT-AA-AGTA-G-ATA-A-AT----A-----------A--T-TTAAA-----TATATAAAAAAA------ATT--G-CCAAG-AAA-GATAAA-C--TCTGG-AAAAA-AAAGTT-TT-C-TT--------ATGTCAATC-AC-TCCTCA-TT-----GT---A--TG-TC-AC--A-GTT---C--GC-T-AAGGCC--TAA--AT-GTAGAT-CAAT-AAT-G-TTTAGCAACTTCTC-AAGC-ACGT--AT-T--T-TG-AGAA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       aaaaatTTATTTAAGAAT---TTC-AAA-G--TGGA-------AA-A-T--T-A-CT-T-TATTTCTAAA-A-CCAA--C-AT-TG-ACT--AAATT-GGCCA-A-T-A--A-G-GG-AA---G--T--T--C-T--TTGA--A-CA---CCCTG-AA----G-AG-TG-TA-CATT-TCC-TC-T-T-A-TT-T-CACCCGAA-AAAC-TTC---AATTT-A--A--A-CT-AGGA-AT--TTGC-CC------CA-A-A--ATAT-T--AGTT-A-AC-T-TAT---CATT-GTCATC--AC---TT-C----AATAAATA--ATT-CTAA--CA-T--GA-T-AAT-TT-TC--CTT-AA-A-TA-G-A-A-A-AT----G-------TA-GA--C-TT-AAAT---TAAAAAAAAAAA------A-TT-G-CCAAG-AAA-GAT-AC-T--TCTGG-AAAAA-AACGTCTTT-C-TG--------ATGTC-ATC-A--TCCTCA-TT-----GTG--A--TG-TC-AC--A-GTTC--C--GC-T-AAGC-C--T-A--AT-GTAGAT-CAA--ATT-G-TTTA-CAACTACTC-AAGCAAC-T--AT-TA---TG-AGAAA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TA--T-T-A-T-TCTGAA-C-TACA-GATA--TCACAGATT-AGTTTAG--ATGAGTTCGGGAGTA-A-TTAATTTAAGGGTAATGTC-AAA-GGGTGAATAATTAAAT-A-TCGT-G-TT-TATATTTCTACA-A-C-CA--CTAT-TGGACTTAAAATTTGGCC----T-A--A-G-G--AGTTTG--TAAT--T-T--G-GA--A-CAAAACCTTG-TA----A-AG-TG-T--CATTATTC-TC-T-TTA-TT-T-CAGCCCAT-AAAC-TTCATTA-TTT-A--A--A-CTGAGGG-ATTATTGCGCC------TT-A-ATTT-AT-TGAAGTT-A-TT-CTTAT---CAT--G
gi|12                         :                                            AAA-AT-TTT--A-ACACT-ATAT-AAT---AAAC-C-T------A-TAATGTG-CTAGGTA-TGA-AA--AAA-TA---TG-----------A--AGA-CT------TCTGCACAC-GTTACATAA-AAGATGAT-GT-ATC-A-CAC-ACATTT-GATGGGA----TTTAC--TGAAACA-TTAT-GTACC--AGATAA--T-A---G-A---GG--AATTAGAAA-TACA-AAT-CT-TTAA-CG-TT--CTAATTAAAGGT--TGTGAG-T----TCAATGCCAAA-GTC--AC-AA-gaacatagccacgatcacaaattatgtaattatataatactttctaatactaatgaattaagatgtttttgcacaaaa
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                        aagacgcAAACT-AT-GT-CGCATGA-AAATT-A---G-ATCAGGC-A-TTTGAAA-TGCA-A-T-CTGT-AAACG--C--AT--TTGT--GT--TAATAATT----TCA--GC---AAGTC--AC-AA-ACAAATGAGCA-GTT--ATC-CCCC--TGGTACATTTTTAGAAAATGCG-AA--TTAA-A--cagt
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  acAAAAA-AAAGTA-TT---TG--------ATAACA-TC-AC-TCCTCA-TT-----GTT--A--TG-TC-AC--A-ATT---C--GC-T-ATGT-C--T-A--AT--TAGAT-CAAT-ACT-G-TTTA-CAACTTCTC-GAAC-AC-T--AT-TA-T-TG-
gi|15                         :                                     ACT-GCAAAA-A--TCTTAG-A-ACT----A-AAT---TATC-C-T------A-T-----G-C--GG---TGA-AA-----------TG-----------AACAGA--T------T--GC---C-G----ATAA-AAG--GAT-
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 aTAT---CAT--GGCATT--AC---TT-C----AGTAAATA--A-TTCT-A-ACA-T--AA-T-AAT-TT-TA--CAT-AA-
gi|2                          :                                    aACT-GCAAAA-AT-TCTTAAGACACT-ATAATGAT---TA-C-C-T------A-T-----G-C--GGT--TGA-AAGAA---TGGTGTG-----------A--AGAACT------T--GC---C-G--A-ATAA-AAG--GATTGT-ATC-A-CAC-A----T-G--GGGT----TTTAT---GAATAACTT-T-GT-CC--TGA-A---T-A---A-A---GG--AATTAGAAA-TGCA---T-CT-T-AA-C--TC--AA--AT----GT--T------T----TCA--GC---A-CTC--AC-AACACAAC-----ACGTT--ATC-CCCCCT-GCTA----TTTGAAAAATG-G-AA--A-AA-A--G--T-CCCA-AA-ATGACA-TTATAG-CGCCTAA-T-T-A-T-TCTGA--C---CA-GA-AAATCA--AATTTA---TAG--A-------------A-AATTTATTTAAGAA-A-TT-C-AAA-G--T-AA-------AT-A-T--T-AACG-T-TATTTTGAAA-AGC-AA--C-ATGTG-ACT--AAATT-G-CCA-A-T-ATAA-A-G--AA---G--TC-T--T-T--T-GA--A-GAA--CCCTGGAA----G-AGCTG-TA-CATT-TTC-TC-TGT-A-TT-TTCAGCCCAA-AAAC-TTC------TT-A--A--A-CT-AGAG-AT--TTGC-CC------TA-A-A----AT-T--AGTT-G----TCTAT---CAT--GTCATC--ACG--TT-CT---AATAAATA--ATT-CTAA--CA-T--GA-T-AATATT-TC--CTT-AA-A-TA-GTA-A-A-ACTCGGA-------TA-GATAC-TTATAATATTTAAAAAAAAAA---------TT-G-CCAAG-AAAAGAT-AA-C--TCTG--AGAAA-AAAGTC-TT-C-TG--------ATGTC--TC-AC-TTCTCA-TCCTCCCGTT-----TG-CC-ACGCA-GCTTCTC--CC-TCAAG--CCTT-A--A--GTAGAT-CAAT-AAT-G-TTTA-CAACTTCTC-AAGC-AC-TGAGT-TA-T-TG-
gi|3                          :                                    GACTTGTCAAA-ATGTCTTAA--CGCTTATAA-TAA---TA-C-C-T------A-T-----G-C--GGT--TGA-AA--AA--T----TT-----------A--AGA-TT------T--GC---CCG--ATATAAGAAG--GAT-GTGATA-ATCAC-A----T-G--GAGG----TTTATATCGGA----TATT-GT-CA--TGAGAA--TGA---A-A---GG--A-TTAGAAAATGCA-A-TTCT-T-GA-CGGTC--AT--TGT---GT--T------T----TCA--G----A-GTCCCAC-AA-ACAAG-----A-GTT--ATC-CCT--TTGGTA-ATTGT--GAAAATG-G-AATTATAA-A--G--T-CC-ATAA-ATGGG---T-TAG-C--CTA--T-C-A-T-T-TGA--T-T-CA-GATA--T----AATT-A---TGA--A-------------A-A-GTTA---------A-TTGT-AA------GAA-------AT-A-T--T-A-TTAC-TATTTCTAAA-A-T-A---C-AA-TG-ACT--CA-TT-GGC-A-A-T-A--A-A-G--AA---G--T--T--A-TGTT-GG--A-ATA--CCCGG-AA------AG-TGCTA-CGAT-TTC-TCGT-T-A-TT-T-TCGCCCAA-AA-C-TTCT--A-TTTCA--A--A-CT-AGGACAT--TCTA-CT------TACA-A--G-AT-G--AGTT-A--T-TCTAT---CAT--GTCATC--AC---TT-CATTGAATAAATAAGATATGTAA-CCAGT--GACT-AAT-TT-TT--CTC-AA-A-TATG-A-A-ATAT----GATGACGTTA-GA-----TAAAA-----AAAAAAAAAAAGTAAAGATTT-G--CATG-AAA-GAT-GA-T--TC--GAGAAAA-AGA----TTAC-TG--------ATGTCAATC-AC-T-CTCAGTT-----GTGACA--TA-TC-ACA-A-GTT---C--GCGT-AAA--T--G-ACCAT-GTAGAT-CATTGATT-G-TTTG-CAACTACTCTGAGC-AC-T--AT-CA-TATG-gaaa
gi|4                          :                                    aACT-GCAAAACAT-TCTTAA-ACA---ATAA-A-T---TA-C-C-T------AAT-----GGC--GGT--TGA-AA--AAATC----TG-----------A--AGA-CT------T--GC---C-G--A-ATAA-AAC--GAT-GT-ATC-A-CAC-A----TCG--GGGG----TTTAT--CGAAAA--CAAT-GT-CC--TGA-AA--T-A---A-A---GG--A-T---AGAATGCA-A-T----T-AA-AG-TCCCAT--TTT----T--T------T----TCA--GC---A-GTC--AC-AA--CAGA-----C-GTT--ATA-CCC--TTGGTA-AATTTTTGAAAATG-G-AC--ATAA-AAAG--T-CC-A-AA-ATGGAA-TTATAG-C--CTA--T-T-AAT-TCTGA--CAT-CA-GA-A--TCA--T-TT-A---TAGTGA-------------A-A-TTTATTTAAGAAT---TTC-AAACG--TGAA-------AT-A-T--TTA-CT-T-TATTTCTAAAGA-C-AAGAC-AT-TG-ACT--AAATT-GGCCA-ACT-A--A-G-G--AA---G--T--T--C-T--TTGA--A-CAA--CCCTG-AAACATG-AG-TG-TA--ATT-TTC-TC-T-T-A-TTGT-CAGCCCAA-AAAC-TTC---A-TTT-A--A--A-CT-AGGG-AT--CTGC-CC------TA-A-A--T-ATGT--AGTT---AT-TCTA----CAT--GTCACA--AC---TT-CT---AATAAATA--A-TTCTAA---A-T--GA-T-AATCTT-TC--CTT-AA-A-TA-G---A-A-AT----G-------TAGGA--C-TT--AAT---TACAAAAAAAAA------A-TT-G-CCAAG-AAA-GAT-AA-C--TCTGG-AAAAA-AAAGTC-TT-C-TG--------ATGTC-ATCAAC-TCCTCA-TT-----GTG--A--TGCTC-AC--ACGTT---C--GC-T-AAGA-C--T-A--ATGGTAGAT-CAAT-ATTGG-TTTA-C-ACTTCTC-AAGC-AC-T--ATGTACT-TG-AGGA
gi|5                          :                                 aaaGATT-GCAAAA-AT-TCTTAA-ACACT-ATAA-AAT---TA-A-C-T------A-T-----G-C--GGT--TGA-AA--A---T----TG-----------A--AGA-CT------T--GC---C-G--A-ATAA-AAA--GAT-GT-ATA-C-CAC-A----T-G--GGGG----TTTAT--CGAACAACTAAT-GT-C---TGA-AA--T-A---A-A---GG--A-TTAGAAAATGCA-A-T-CT-T-AA-CG-TC--AT--TTG---GT--T------T----TCA--GC---A-GTC--AA-CA-ACAAG-----AAGTT--ATCACCCCCTTGGTA-ATTTTTGAAAAATG-GGAA--ATAA-A--G--T-CC-A-AA-ATGGAA-TTATAG-C--CTA--T-T-A-T-TCTGA--C-T-CA-GA-A--TCA--TATT-A---TAG--A-------------A-A-TTTATTTAAGAATA-TTTC-AAA-G--TGAA-------AT-A-T--T-A-CT-T-TATTTCTAAA-A-C-AA--C-AT-TG-ACT--AAATT-GGCCA-A-T-A--A---G--AA---G--T--T--C-T--T-GA--A-CAA--CCCTG-AA----GTAG-TG-T--CATT-TTC-TC-T-T-A-TT-T-CAGCCGAA-AAAC-TTC---A-TTT-A--A--A-CT-TAGA-AT--TTCG-CC------TA-A-A--T-AT-T--AGTTGA-ATCTCTAT---CAT---TCATCCAAC---TT-C----AATAAATA--ATTTCTAA-ACA-T--GA-T-AAT-TT-TC--CTTCAA-A-TA-G-A-A-A-AT----G-------TA-GA--C-TTAAAAT---TAAAAAAAAAAA------ATTTGG-CCAAG-AAA-GAT-AA-C--TCTGGAAAAAAGAAAGTC-TTCC-TG--------ATGTC-ATC-AC-TCCTCA-TT-----GTG--A--TG-TC-AC--A-GTT---C--GC-T-AAG--C--T-A--AT-GTAGAT-CAAT-ATT-G--TTA-CAACTACTC-AAGC--C-T--AT-TA-T-TG-AGGAA
gi|6                          :                                                                                                             A-AA--A---T----TG-----------A--AGA-CT------T--GC---CTG--A-ATAA-AAG--GAT-GT-ATCTA-CAC------T-G--GGGG----TTTAT--CGAAAAACCTAT-GTCCG--TGA-AA--T-A---A-A---GG--A-TT--GAAATGCA-A-T-CT-TAAA-CG-TC--AT--TTT---GT--T------T----TCA--GC---A-GTC--AC-AA-ACAAG-----A-GTT--AT--CCCCCTTGGTA-TATTTTG--AGATG-G-AA--TAAA-A--G--T-CC-C-AA-ATGGAAGTTATAG-C--CTA--TATGA-T-TCTGA--C-T-CC-GA-A--TCA--A--T-A---TGA--A-------------A-A-TTT-TTTAAGA--A-TTTC-AAA-G--TGAA-------AT-AGT--T-A-CTGT-TATTTCTAAA-A-CAAA--C-AT-TG-ACT--AAATT-GGGCA-A-T-A--ATG-G--AA---G--T--T--CTT--T-GA--A-C-A--CCCTG-AA----G-A--TG-TA-CATT-TTC-TC-T-T-A-TT-T-CAGCCCAA-AATC-TTC---A-TTT-ATGAC-A-CT-AGGG-AT--TTGC-CC------TA-G-A--A-AT-T--AGTT---AT-TCTAT---CAT--GTCATCG-AC---TTCC----AGTAAATA--A-TTCTAA-ACA-T---A-TAAAT-TT-TCG-CTT-AA-A--A-G-A-ACA-AT----G-------TA-GA--C-TT--AAT---TAAAAAAAAAAA--------TT-GCCCAAG-AGA-GAT-AA-CTGTCTGGAAAAAA-AAAGTC-TT-C-TG--------ATGTCAATC-AC-TCCTCA-TT------TG--A--TG-TC-AG--C-GTT---CCGGC-T-AAGC-C--T-A--AT-GTAGATGCAAT-ATT-GCTTTA-CAAC-TCTC-AAGC-ACAT--AT-TATT-TGTAGGAA
gi|7                          : tcctgagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgaGACT-CCAGGA-AT-TCTAAA-ACATT-TTAA-AAT----G-C-C-T------A-C-----A-C--TTT--TTA-AAT-A---T----TGCATGTATTTAAA--AGA-TT------T--GC---T-T--A-ATAA-AGA--ATT-GT-GTC-A-CAC-A----T-G--GAGG----GTTAT--AAAAAAA--TAT-GT-CG--TGA-AA--T-A---T-----TT--A-TTAAGAA-------------T-AG-AG-TC--AT--TTA---CT--T------TAAAATTA--GC---A-GTC--ACTAA-ACCAG-----A-GTT--ATC-CCCCCTTGACA-ATTTT--GAAAATG-G-AA---TAAGA--G--T-CCCA-AA-ATGGAG-CT-TAGAC--CTA--T-T-A-T-TTTGA--T-T-CA-GA-A--TCA--AAAT-----TAG--A-------------A-G-TTTATCTAAGAAT---TTG-AAT-G--TGAA-------AT-A-A--T-AACT-T-CAATT--GAA-A-C-AA--C-AA-TG-ACT--AAATT-GGTCA-T-TTA--A-G-G--AA---G--T--TTTC-T--T-GA--AATAA--TCATG-GA----G-AG-TA-TA-TATT-TTC-CC-T-T-A-TT-T-CAGCCAAA-AAATATTC---A-TTT-A--TTTA-C--AGGA-AT--TTGT-CC------TA-A-A--A-AT-T---GTT-T-AG-TCTATAATCAT--GTCATC--AC---TT-C----AATAAATA--ATTCATA---CA-T--GA-T-AAT-TT-TA--CAT-AA-A-TA-G-A-A-A--T----T-------T--GA--G-CTAAA-----TAAAGAAAAGAA------ATTT-G-CCAAG-AAA-GAT-TA-T--TCTAG-AAAAA-AAAGCC-TT-C-TG--------AGGTat
gi|8                          :                                             AA-AT-TCTAAA-ACATT-TTAA-AATGCCTA-CAC-TTTTTAAA-T-----A-T--AATGATGA-TA--T---T----TA-----------A--AGA-TT------T--GC---T-T--A-ATAA-AGG--ATT-GT-GTC-A-CAC-A----T-G--GAAG----GTTAT----AAAAAATTAT-GT-CG--TGA-AA--T-ATTTA-A---GA--A--TAGA----GCA--------------G-TC--A---------------------------------------C--AA-AA-ACCAG-----A-GTT--AT--CCCCCTTGGC--ATTTT--GAAAATG-G--A--ATAAGA--G--TCCC-A-AA-ATGGAG-CT-TAGAC--CTA----T-A-T-TTTGA--T-T-CA-GA-A--TCA--AAT------TAG--A-------------A-G-TTTATCTAAGA--A-TTTG-AAT-G--TGAA-------ATAA-T--A-A-CT-T-CAAT--TGAA-A-C-AA--C-AA-TG-ACT--AAATT-GGCCATT-T-A--A-GAG--AA---GTTT--T--C-T--T-GA--A-AAA--TCATG-GA----G-AG-TA-TA-TATT-TTC-CC-T-T-A-TT-T-CAGCCAAA-AAAA-CTC---A-TTT-A--T--T-TA-AGGA-AT--TTGT-CC------TA-A-A--A-AT-T---GTT-T-AG-TCTAT---CAT--GTCATC--AC----T-C----AATAAATA--A-TTCT-A-ACA-T--GA-T-AAT-TT-TA--CAT-AA-A-TA-G-A-A-A-AT----T-------TA-GG--C-T--AAAT---AAGAAAAATAAA------ATTT-G-CCAAG-AAA-GAT-TA-C--TCTAGAAAAAA-AAAGCC-TT-C-TG--------A
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        gAA-TAGTAG-C--CTAGCT-A-A-TATCTGGAGC-T-CAAGA-A--TCA--ATTT-A---TAG--A-------------A-A-ATTATCTAAGA----CTTCTAAA-G--TAAGG------AT---T--T-A-CT-T-T--TTCTAAA-ATC-AA--C-AT-TG-ACT--AAAT--GGCAC-A-T-A--A-A-GTCAA---G--T--T----T--T-GA--A-CAAA-CTCTG-AA----G-AG-TG-TAACATT-TT--TC-T-T-AACT-T-C-GCCCAA-AAAC-TTC---A-TTT-T--A--A-C--AGGG-AT--TTGT-CCCCTATATA-ATA--C-AT-T--AGTT-ATAT-TCTAT---CATTGATAATCC-ACCTATT-C----AATAAATA--ATT-CTAACATACT--GA---AAT-TTCTC--CTT-AATA-GA-G-A-A-A-AT----G-------TA-GA--CATTAAAGT---TATACAAAAAAA--------TT-G-CCAAGTAAA-GAT-AATC--TCTGG-AAAAA-ATAGTC-TT-CTTGCACCATGTATGTTCATC-ACGTCGCTA-AT-----GTC--ATTTA-TCAAC--A-GTT---C--GC----AC--C--T-----T--TAG---CAAT--TT-G-TTT--CATC-TCTC-AAGC-AC-T--AT-AT-T-TG-AGGAA