lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 3333333 111 1 111111 22222222222 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22222 1111111111 222222 22 11111 1111 111111111 11 111111111111
lowQualScore : 66 5 4 3 88 7777 3 5 3 666 4444444 3 000 1 0 7 8 55 3 777777 2 22222222222 3 0 3 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 666 3 00000 5555555555 7777 3 3 555555 55 44 4 3 3 2 555 99 2 44 5 444 2 2 33 66666 444 5 6666 5 33 33 77777 7777 33 2 33 2 33 66 2 33 7777 2 000000000 2 2 2 7 2 777 2 777777 444 444 2 11 77 2 444444444444 33 2 2
lowQualScore : .. . . . .. .... . . . ... ....... . ... . . . . .. . ...... . ........... . . . .................................................................................................................... ... . ..... .......... .... . . ...... .. .. . . . . ... .. . .. . ... . . .. ..... ... . .... . .. .. ..... .... .. . .. . .. .. . .. .... . ......... . . . . . ... . ...... ... ... . .. .. . ............ .. . .
lowQualScore : 99 0 4 6 33 7777 6 2 6 444 2222222 6 000 4 4 3 2 00 6 444444 8 88888888888 6 5 2 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 444 6 33333 9999999999 7777 6 6 222222 00 22 8 1 1 4 000 00 7 33 3 777 7 7 77 77777 777 3 1111 7 99 99 00000 1111 99 9 99 9 99 88 7 77 4444 7 777777777 7 9 7 5 5 888 5 222222 444 444 5 99 99 9 444444444444 99 9 9
consensus : ATCTC--G-CAAG-ATTG-CAG-CAGAATT----AAATG-TTGGTA-A---GACTCAG--AA---TA-A---TGTGGATCCAG-AA-GAA--AAC-AGCG----ACGACAC-A-T--TA-CAGA-AACAAACAGAAAACAATTA-----AATGACCTTG------T---T-------AG---------AAAAAAGAAGTA-G--TAGATAA--TA-TTTCC-CTTTTA----AACA-N-AA-A---------------ACA---T-G----TACA----------CGT----AT-TA-TTT-C-TA-CA--TAT--GTA-TG-ATNAGT---A--T-TTTT-AT-GA---AATTCA-C-CTTGTT--TTA-----CT---C-TG----TGAA-G--TGT--AA---GACAGTTT-A-TAAC--TC-GTT--CAT-A--T--TT-G--GATTGAC--TG-G---------CTGT-CTACA-G-GGCAAACTGGAATAAGAGGCCACCT-G---T-CTT------A---AG---TG-GCCACTTTCA-TA--ACTTCCCT-AAGGTGG-C-T---C----TGAAA--AC-A-GGTTTGA
Reference ( gi|5 ) : ATCTC--G-CAAG-ATTG-CAA-CAGAATT----AAATG-TTTGTA-A---GACTCAG--A----TA-A---TGTGGATCCAG-AA-GAA--AAC-AGCA----ACGACTT-A-T--TG-CAGA-AACAAACAGAAAACAATTACATGTAATGACCTTG------T---T-------AG---------AAGAGAGAAGTACG--TAGGTAA--TA-TTTCC-CTTTTA----AACA-G-AA-A---------------ACA---T-G----AACA----------CAT----AT-TA-TTT-C-TC-CA--TAT--GCA-TG-ATAAGT---A--T-TTT--AT-GA---AATTCA-C-TTTGTT--TTA-----CT---C-TG----TGAA-G--TGT--AA---GCCAGTTTTA-TAAC--TC-GTT--CAT-A--T--TT-G--GATTGGC--TG-G---------CTGT-CTACA-G-GGCAAATTGGAATAAGAGGCCACCT-G---T-CTT------A---AG---TG-GCCACTTTCA-CA--ACTTCCCT-AAGGTGG-C-T---C----TGAAA--AC-A-GGTTTGA
gi|9 : ATCTC--G-CAAGGATTG-CAG-CAGAATT----AAATG-TG-GTA-A--------AG--AA---TA-A---TGTGGAT--------------AC-AG-A----A----------------AGA-AA---ACAGAAAACAATTA------ATGACCTTG------TCTTT-------AG---------AAGA----------------TAA--TAATTTCC-CTTTTA----AACAAG-AA-A---------------ACA---T-G----TACA----------CAT----AT-TA-TTTTC-TA-CA--TATATGTA-TG-ATAAGT---AA-T-TTT--AT-GA---AATTAA-C-TTTGTT--TTA-----TT---C-GG----TGAA-G--TGT--AA---GACAGTTT-A-TAAC--TC-GTTGACAT-A--T--TT-G--GATTGAC--TT-G---------CTGT-CTACA-G-GGCAAACTGGAATAAGAGGTCACCT-A---T-CTT------A---AG---TG-GC
gi|13 : atATCTT--G-CAAG-ATTG-CAG-CAGTATC----AAATG-TTGGTA-T---GACTCAG--AA---TT-A---TGGGCATTCAG-AAAGAA--AAC-AGCG----ACGACAC-A-T--TA-CAGA-AACAAGCATAAAAC----------AATGAC----------T---T-------AA---------AAAAG--------G--TAGG--------------CT-----------------------------------CA---T-G----TACA----------TGT----TC-TA-TTT-TATA-CA--TAT--GTA-TG-ATCAGT---A--T-TTTTAAT-GA---AATTCA-C-CTTGAT--TTA-----CT---C-
gi|1 : ttgaaaggtatATCTCCAG-CAAG-ATTG-CAAGCA-AATT----TAATG-TTTGT--A---GACTCAG--A----AC-T---TGTGG-TTCAGAAA-GAAACAAC-AGCG----AGGACAC-A-T--TA-CAGATCACAAAag
gi|19 : aaacatcgtctgtttatttttctgtactaagctatattaagcttgaaacaaagaagcatgtatttttcagatacaagaactcttatctattctttagtacacgtgagacattactttataaggtatttagagaattattaccatggcaggtgcttataatttacaagtatattcctatgctccaattaaagtcgtaactaattggcaagcttacccgtcggcaagtgtttttttttattgcattaacatttttttgcgtaaagaactgttgttttggcgtgatgtaatcaccagtaataatgtcggaataactcatctacaatggttctagctcatcaatttagctggaagacagaccgttttctaaaaaaataaaaaaacatgagtcttaaaattcatattgagacattggaaaggtatATCTT--G-CAAG-ATTG-CAG-CAGAATT----AAATG-TTGGTA-A---GACTCCGC-A----TA-A---TGTGGATCCAGAAA-GAA--AAC-AGCGACATACGCCAC-A-T--TG-CAGA-AACAAAC--AAAACAATGACttttaatttaataaacatcgatcaatattatttttctacactcattatgaagatgcttattgattgaattcaacacttgtatgactgtactgtgagttaacagtgttagtaacagtctgttcattattttggatgactggttgtctacaggggcaaactggaataagaggccactctcttatgtgcactttcattaattccccctaggtccttcgtgtaagaacagttttg
gi|20 : ttgaaaggtatATCTT--GGCAAG-ATTG-CAG-CAGAATT----AAATG-TTGATA-A---GACTCAGA-A----TA-G---TGTGGATCCAG-AATGAA--AAC-AGCG----A-GACAC-A----TA-CAGA-AACAAACAGA----AATTA-ATG-AATTACCT--------T---T-------AA---------AAAAAAttaaaaaacaacaaccaaaaagtagactaataat
gi|6 : gtTC--A-CAAG-ATTG-CAG-CAGAATT----AGATA-TTGGTA-A---GACTCAG--AA---TA-A---TGTGGATTCAA-AAAGAA--AAC-AGCG----ACGACTT-A-T--TA-CAGA-AAGAAACAGAAAACAATTA------ATGACCTTGGTTTTTT---T-------GGGGTTTTTTAAAGAGAGAAGTA-G--C-GATAAATTA-ATTTC-CTTT----------------------------------A---T-G----TACA----------CAT----AT-TA-TTTTC-TA-CA--TAT--GTA-TG-ATAATT---AA-T-TTT--AT-GA---AATTCA-C-TTTGTT--TTA-----CT---C-TG----TGAG-G--TG---AA---GACAGTTTTA-TAAC--TC-GTT--CAT-A--T--TT-G--GATTGAC--TG-G---------CCGT-CTACA-G-GGCAAACTGGAATGAGAGGCCACCT-G---T-CTT------A---AG---TG-ACCACTTATA--A--ACTTCCCT-AAGGTGG-C-T---C----TGAAA--AC-A-GGag
gi|7 : C--G-CAAG-ATTGACAG-CAAAATT----AAATG-TT-GTA-A---GACTCAG--AA---TA-AAAATGTG-ATCCAG-AA-AAA--AACCAGCG----ACGACAC-AAT--TA-CAGA-AACAAATATAAAACA------T-TAATGA--TT-------T---T-------AA---------AAAA-AGTAGTGC-------TAA--TA-TC--------------AGCA-T-AT-A---------------ACA---T-G----TACA----------CGT----AT-AT-TTT-C-TAACA--TAT--GTA-T--ATCAGT---A--T-TTT--ATTGA---AATTCA-C-CTTGTT--TTA-----AT---C-TG----TGAA-G--TGT--AA---GACAGTTT-A-TAAC--TC-GTT--CAT-A--T--TT-G--GATTGAC--TG-G---------CTGT-CTACA-T-GCAAAAATGGAATAAGAGGCCACCT-G---T-CTT------A---A----TG-GCCACTTTCA-TA--ACTTCCCT-AAGGTGG-C-CTTAC----TGAAA--AC-A--ATTTG
gi|21 : --G-CAA--ATTG-CAG-CAGACTT----AAAT---TTGTATA---AAATCAG--AGA--TAGA---TGCG-ATCCAG-AATGAA--AAC-AGCGG---ACGACAC-A-TACCA-CAGA-ACAAAACAGA----AATT--ATG-AAT-ACCTTT------A---T-------AG---------AAAAATGAAG
gi|8 : AG-ATTG-CAG-CAGAATT----AAATT-TTGGTA-ATTAGACTCAG--AA---TA-A---CGTGGATCCAG-AA-AGA--AAC-AGCG----ATGACAC-A-T--TA-CAGA-AACAAATATAAAATAATTA------ATGACTTT------------------------------AAAAAAAAA-----------------A-TTTCC-TTTTTA----ATCA-ATAA-A---------------ACA---T-G----TACA----------CGT----AT-TA-TTTTC-TA-CA--TAT--GTA-TG-ATCAAT---A--T-TTTT-AT-GA---AATTCA-C-CTTGTT--TTA-----CT---C-TG----TGAA-G--TGT--AA---GACAGTTT-A-TAAC--TT-GTT--CAT-A--T--TT-G--GATTGAC--TG-G---------CTGT-CTACA-G-GGCAAAATGGAATAAGAGGGCACCT-G---T-CTT------A---TA---TG-GTCACTTTCA-TA--ACTTCCCT-AAGGTGGCC-T---C----TGAAA--AC-A-GGTTTGA
gi|23 : TTG-CAG-CAGAATT----AAATGATTGGTA-A---GACTCAGGAA----TA-A---TGTGGATTCAG-AA-AGA--AAC-AG------ACGACTTAA-T--TATTAAG-AATGAACAG--AATAAT------TAATTACCTTG------
gi|4 : cacaat-CAG-CAGAATTCTAAAAATG-TTGGTA-A---AAATCAG--AATATTA-AA--TGTGGATCCAG-AAAGAA--AAT-GGTG----ACGACAC-A-T--TA-CAGA-AGCAAACAGAAAACAATTACA------GACTTTA------T---TTTATAAAAA---------AAAAAAAGAGTA-A--TAAATAA---A-TTTCT-TTTTCAATAAAACA-T-GC-ACATGTATTATTTTTTACA---T-G----GACATTAGAATGTACAT----ATATA-TAT----------TAT--GTA-TG-GTCAGT---A--T-TTTT-AT-GA---AATTCA-C-CTTATT--TTA-----CA---T-TC----TGAA-G--TGT--AATATGC-AGTTT-G-TAAC--TT-GTT--AAT-A--T--AT-T--AATTGACAGTG-G---------CTGT-TCACA-T-AGCAAACTGGAATAAGAGGCCACCT-G---T-TTTTGTTATATTTAG---TG-GCCACTTTCA-TA--ACTTCCCT-TAGGTGGCC-T---C----TTAAA--AC-A-GGTTTggt
gi|2 : G---------AAGGAAGAAGTACAGTTAGATAA--TAATTTCC-CTTTTA----AACA-G-AG-A---------------ACA---T-GT---AAT-----------CATCTTAAT-TA-TT--C-TA-CAATTAT---TA-TG-A-AAGTTATA--T-TTTG-AT-GA---AATTCA-C-TT-GTTGTTTA-----CT---CCTG-----GAA-G--T-T--GA---GACACGTTAA-TAAC--TC-------AT-G--T--TT-GTTGATTGTA--TG-G---------CCGTTCTACA-G-GGGCAACTGGAATAAGAGGCCA-CT-G---TGCT-----------AG---TGAGCCACTTTCT-TAATACTTCCTT-AGAGTGG-CAT---C----TGAAA--AC-A-GGTT
gi|14 : agcattattttcattacgaagaaaacatttacctattcctgttatgacatctgaacatgctcataaggtatttaaagaattatcaactaggtgtttatccttgtcttatcacatacgtcgatctaaatccggagcttcatggcaatttttttattttttttaatagggatactttttttcatcagtgcattaaacactttctttttgttaaaacaagtgttgtatcttgattggcgtccacagttaattgcacgatacatccttaattgttttggactcatcaatttagctgagaccaacctttaaaaaaacccttgtttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAA--TAATTTCG-TTTTTA----ATTA-T-AA-A---------------ACA---T-G----TACA----------CGT----AT-TATTTT-C-TA-CA--TAT--GTA-TG-ATAAGT---ATTT-TTT--AT-G----AATTCA-C-TTTGTT--TTA-----CT---C-GG----TGAATG--TGT--AA---
gi|12 : gcAA--TA-TTTCCTCTTTTA----AACAAG-AATA---------------ACACTTT-GTACTAACA----------CAT----AT-AT-TTT-C-TA-CA--TAA--GTAATATATAAGT---A--T-TTT--AT-GA---AAATCA-C-TTTGGT--TTAAAACTCT---C-TGATTTTAAACG--TGTACAA---GACAGTTATA-AAAC--TC-GTT--CCC-A--TTATT-G--GATT-----CG-G---------CTCT-C-ACA-GAGGCAAACTGGAAT-AGAGCCAACCT-GCT-C-CTT------A---AGACTTG-GCCACTaagtcacaattctgggaaactggaaaagcacctgtcctaagtgccactgtcataacttccattaagtgcctctgaaaacacggtttgg
gi|11 : a--TA-TTTCC--TTTTA----AATT-A-AA-A---------------ACA---T-G----TACA----------CGT----AT-TA-TTTTC-TA-CA--TAT--GTA-TG-ATAAGT---A--T-TTTT-AT-GA---A-TTCA-C-TTGGTT--TTA-----CT---C-GG----TGAA-G--TGT--AA---GATAGTT----------------------A--T--TT-G--GATTGAC--TG-GTGTTATCTACTGT-CTTCT-G-GGCAAACTGGAATAAGAGGTCACCT-G---T-CCT------A---AG---TG-GCCACTGTCA-TA--ACTTCCTT-AAGGTGG-C-T---C----TGAAA--AC-A-GGTTTG
gi|1 : A-A---------------ACA---TCG----ATCA-----------AT----AT-TA-TTT-T-TC-TA--CAC--TCA-TT-ATGAAG---A--TGCTT--ATTGATTGAATTCAACACTTGTA--TGA-----CTGTAC-TG----TGA--G--T-T--AA-----CAGTGTTAGTAACAGTCTGTT--CATTA--T--TTTG--GAT-GAC--TG-G---------TTGT-CTACAGG-GGCAAACTGGAATAAGAGGCCA-CT-C---T-CTT------A---TG---TG---CACTTTCATTA--ATTCCCCC-TAGGTCC-T-T---CGTG-TAAGA--AC-A-GTTTTGg
gi|17 : aaacatcgtctgtttatttttctgtactaagctatattaagcttgaaacaaagaagcatgtatttttcagatacaagaactcttatctattctttagtacacgtgagacattactttataaggtatttagagaattattaccatggcaggtgcttataatttacaagtatattcctatgctccaattaaagtcgtaactaattggcaagcttacccgtcggcaagtgtttttttttattgcattaacatttttttgcgtaaagaactgttgttttggcgtgatgtaatcaccagtaataatgtcggaataactcatctacaatggttctagctcatcaatttagctggaagacagaccgttttctaaaaaaataaaaaaacatgagtcttaaaattcatattgagacattggaaaggtatatctccagcaagattgcaagcaaatttaatgtttgtagactcagaacttgtggttcagaaagaaacaacagcgaggacacattacagatcacaaattttaatttaatAT--GTA-TG-ATCAGT---A--T-TTTTTAT-GA---AATTCA-C-CTTATT--TTA-----CT---C-TG----TAAA-G--TGT--TA---TACAGTTT-A-TAAC--TC-GTT--CAT-A--T--TT-G--GATTGAC--TG-G---------CTGT-TTACA-G-GGCAAACTGAAATAAGAGGCCACCT-G---T-CTT------A---AG---TG-GTCACTTTCA-TA--ACTTCCCT-AAGGTGGCC-T---C----TGAAA--AC-A-GGTTT
gi|24 : T--GTA-TG-ATCAGT---A--T-TTTT-AT-GA---AATTAA-C-CTTATT--TTA-------------A----TAAA-G--TGT------------T-----TAAC--TT-GTT--CAT-A--TA-TT-G--AA-TGAA--TG-G---------CTAT-TTAC
gi|15 : catagacatcagaatgtacactTAAGT---A--T-TTTTTAT-GA---AATTCA-C-CTA--T--TTA-----CT---CCTG----TAAA-GAGTGT--TA---CTCACATTTA-TAAC--TC-GTT--CAT-AAAT--TT-G--GATTGGCACTG-----------CTGT--TACA-G-GGCAAACTGAAATAGAA--CCACCT-G---T-CTT------T---AA---TG-GTCACTTTCA-TACCACTGTCCTAAAAGTGA-A-C---CTACATGAAAAGACGA-GGTTTG
gi|18 : tc--T-TTT--AT-GA---AATTCA-C-CTTGTT--TTA-----CT---C-GG----TGAA-G--TGT--AA---GATAGTT----------------------A--T--TT-G--GATTGAC--TG-G---------CTGT-CTTCT-G-GGCAAACTGGAATAAGAGGTCACCT-G---T-CCT------A---AG---TG-GCCACTGTCA-TA--ACTTCCTT-AAGGTGGCC-T---C----TGAAA--AC-A-GGTTTGtgac
gi|22 : tatTTA-TAAC--TC-GTT--CAT-A--T--TT-G--GATTGAC--TG-G---------CTGT-CTACA-G-GGTAAACTGGAATAAAAGGCCACCT-G---T-CTT------A---AG---TG-GCCACTTTCA-TA--ACTTCCCT-AAGGTGGCC-T---C----TGAAA--AC-A-GGTTTGAg
gi|26 : cT-G--GATTGGC--TGTG---------CTGT-CTACA---GGCAAACTGGAATAATATGCCACCTGG---T-CTT------A---TG----G-GCCACTTTCA-TA--A-TTCCGT-AAGGTGC-C-T---C----TGAAA--AC-A-
gi|14 : -GGGAAACTGGAA-AAG----CACCT-G---T-CCT------A---AG---TG--CCACTGTCA-TA--ACTTCCAT-TAAGTGC-C-T---C----TGAAA--AC-ACGGTTTG
gi|29 : gctaataatttcgtttttaattataaaacatgtacacgtattattttctacatatgtatgataagtattttttatgaattcactttgttttactcggtgaatgtgtaaaagtcacaattctGGCAATCT-GAAAT-CCT------G---AG---TG-GGCACTTTCA-AA--ACTTCCCT-AAGGTGG-T-C---CA---TCAAA--AC-A-GGTTTAAg
10 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTCGCATGATCAAAAACTCGCAGATTTTAGATGTCTGGATCGGGATCCTATCAAGAAGTGAAAGTGAAACTTGTTTTTATTACCAAGAAAATATTGTTGTTTATCTTTTTGTATGCTTTGAAACGAATTTGAAGCATGTATTTTCATTACGAAGAAACTCTTACCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTTTATAGGGATACATTATGTTTCATTCATTGCATTAAAAAATTTGCTAACAAGAAGTGTGTTTTTGACGTGAGCGTATCACAGTAGTAATGCGCGGAT
Unaligned ( gi|10 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGAAACTATTGTTTATCTTTTTGTACGCTTGAAACGAAATTGAAGCATGTATTTTATTACGAAAGATTCTT
Unaligned ( gi|16 ): ACTCAAACCTCTCCTAGCGGTCACCTGGAATCAGCGGCCACTCCTGACCATCGGTCACTCTCAATTCCCCCCGATGATTTTCACTATATATTTGCACTGGAATAAACGGCCACCCGTGTAGCGCAGCCAGCAGCCACTCAAAACCTTACCCAACACGTTAATTACACTGTAATAGACGGCCATT
Unaligned ( gi|25 ): CTGAAAACAGGTTTGACTGTATAGTATTTTACTTTTGAAAGAAATCTTATTGAGATGAGTCATCATAAAAGATCTCTCTATTATCAGCACAACTGGAA
Unaligned ( gi|27 ): GCAACACTGAGGTTAATAAGAGGAGGCCACCTGTGCGTCTAACTGTCGAGCGGACGCGACACTTTTTATAACTTTCCTAAGATGGCTTCTG
Unaligned ( gi|28 ): TTTGATTAGGGATACATTTTGTTTCATTCAATGCATTAAAACATTGTTTGCTAAAAATAAGTGTTGTTTTGACGTGA
Unaligned ( gi|30 ): TGTTTATCTTTTTGTATGCTTGAAACTAATTTGAAGCAGGTATTTTTATTACGAAGAAACTCTTACCTA
Unaligned ( gi|31 ): AAAGGTCACCCTTAAAAGGTCACTTTTTGTACTTCTCAAAAGTGACTGCTTAATACAAGTTTGACTGT
Unaligned ( gi|32 ): ATTTTTTTAAGTATGTTGAAAAAAAAATTGAAGCATGTATTTTAATTACGAAGAAACTCTTCT
Unaligned ( gi|33 ): TCAAAACCTTGCCCAACAAGTTAATTACACTGTAATAGACGGC
Alignments
lowQualScore : 11111111 1 1 111111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 1111111111111 1111111111 111111111 11 1111111111 1 1111
lowQualScore : 66 4 4 3 3 7777 3 3 555 3 3 3 00000000 0 3 44 3 3 7777 44 5555 3 3 777777777 4 0 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5555 7 00 5555555555555 666 5555555555 55 7777 444 44 666666666 77 3 44 44 66 2 2 1 444 2 777 2 444 2 2 33 66666 666 2 5555 5 33 33 777777 2 2 2 666 2 33 2 33 2 33 55 2 33 33 33 2 999999999 2 2 2 2 5555 333 2 666 666 666666 333 333 1111111111 33 2 2 2 66 2 2 5 444 2222 33 2 2
lowQualScore : .. . . . . .... . . ... . . . ........ . . .. . . .... .. .... . . ......... . . .......................................................... .... . .. ............. ... .......... .. .... ... .. ......... .. . .. .. .. . . . ... . ... . ... . . .. ..... ... . .... . .. .. ...... . . . ... . .. . .. . .. .. . .. .. .. . ......... . . . . .... ... . ... ... ...... ... ... .......... .. . . . .. . . . ... .... .. . .
lowQualScore : 11 4 0 3 3 1111 3 3 888 3 3 3 55555555 0 3 66 3 3 1111 66 0000 3 3 777777777 4 4 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0000 3 22 1111111111111 444 9999999999 00 7777 999 66 777777777 99 1 22 22 88 9 9 9 444 5 888 5 444 5 5 44 22222 999 5 7777 3 77 77 555555 7 7 5 222 5 44 5 44 5 44 99 4 22 22 22 4 444444444 4 5 5 4 0000 999 2 999 111 444444 999 999 9999999999 11 5 5 5 99 5 5 0 444 2222 77 7 7
consensus : ATCTC--G-CAAG-ATTG-C-AGCAGAATT----AAATG-TTG-GTAA---GACTCAG-A-A-TA----A---TGTGGATCCAG-AA-GAA--AAC-AGC-G----ACGAC--ACA-T--TA-CAGA-AACAAACAGAAAACAATTA-----AATGACCTTG------TT-------AG---------AAAA--------AAGAAGTA--G--T-AGATAA--T-A-TTTCC-CTTTTAAAC-AG-AA-A---ACA---TGT----------A--C----ACG--T--ATTA---------TTTT-CT-AC--A--T--ATGTA-TG-ATAAG---TA-TTTT-T-AT-GA---AATTCA-C-CTTGT--TTTA-----CT---C-TG----TGAA-G--TGT--AAG--A--CA-G-T-T-T-A-TAAC--TC-GTT--CAT-A--T--TT-G--GATTG--AC--TG-G---------CTG-TCTACA-G-GGCAA-ACTGG----AATAAGAGG---CCACCT-G---T---CTT------A---AG---TG----------GC--CACTTTC-A-T-A--ACTTCCCT-AAGGTGG-C-T---C----TGAAA--AC-A-GGTTTGA
Reference ( family-974 ) : ATCTC--G-CAAG-ATTG-C-AGCAGAATT----AAATG-TTG-GTAA---GACTCAG-A-A-TA----A---TGTGGATCCAG-AA-GAA--AAC-AGC-G----ACGAC--ACA-T--TA-CAGA-AACAAACAGAAAACAATTA-----AATGACCTTG------TT-------AG---------AAAA--------AAGAAGTA--G--T-AGATAA--T-A-TTTCC-CTTTTAAAC-AN-AA-A---ACA---TGT----------A--C----ACG--T--ATTA---------TTT--CT-AC--A--T--ATGTA-TG-ATNAG---TA-TTTT-T-AT-GA---AATTCA-C-CTTGT--TTTA-----CT---C-TG----TGAA-G--TGT--AAG--A--CA-G-T-T-T-A-TAAC--TC-GTT--CAT-A--T--TT-G--GATTG--AC--TG-G---------CTG-TCTACA-G-GGCAA-ACTGG----AATAAGAGG---CCACCT-G---T---CTT------A---AG---TG----------GC--CACTTTC-A-T-A--ACTTCCCT-AAGGTGG-C-T---C----TGAAA--AC-A-GGTTTGA
gi|1 : ATCTCCAG-CAAG-ATTG-CAAGCA-AATT----TAATG-TTT-GT-A---GACTCAG-A-ACT---------TGTGG-TTCAGAAA-GAAACAAC-AGC-G----AGGAC--ACA-T--TA-CAGATCACAAA
gi|1 : aaacatcgtctgtttatttttctgtactaagctatattaagcttgaaacaaagaagcatgtatttttcagatacaagaactcttatctattctttagtacacgtgagacattactttataaggtatttagagaattattaccatggcaggtgcttataatttacaagtatattcctatgctccaattaaagtcgtaactaattggcaagcttacccgtcggcaagtgtttttttttattgcattaacatttttttgcgtaaagaactgttgttttggcgtgatgtaatcaccagtaataatgtcggaataactcatctacaatggttctagctcatcaatttagctggaagacagaccgttttctaaaaaaataaaaaaacatgagtcttaaaattcatattgagacattggaaaggtat--T--ATTA---------TTTTTCT-AC--A--CTCAT-TA-TG-A--AG----A-TGCT-T-ATTGATTGAATTCAACACTTGT--ATGA-----CTGTAC-TG----TGA--G--T-T--AA------CA-G-TGT-T-AGTAACAGTCTGTT--CATTA--T--TTTG--GAT-G--AC--TG-G---------TTG-TCTACAGG-GGCAA-ACTGG----AATAAGAGG---CCA-CT-C---T---CTT------A---TG---TG--------------CACTTTC-ATT-A--ATTCCCCC-TAGGTCC-T-T---CGTG-TAAGA--AC-A-GTTTTGttttaatttaataaacatcgatcaatattatttttctacactcattatgaagatgcttattgattgaattcaacacttgtatgactgtactgtgagttaacagtgttagtaacagtctgttcattattttggatgactggttgtctacaggggcaaactggaataagaggccactctcttatgtgcactttcattaattccccctaggtccttcgtgtaagaacagttttg
gi|11 : aaacatcgtctgtttatttttctgtactaagctatattaagcttgaaacaaagaagcatgtatttttcagatacaagaactcttatctattctttagtacacgtgagacattactttataaggtatttagagaattattaccatggcaggtgcttataatttacaagtatattcctatgctccaattaaagtcgtaactaattggcaagcttacccgtcggcaagtgtttttttttattgcattaacatttttttgcgtaaagaactgttgttttggcgtgatgtaatcaccagtaataatgtcggaataactcatctacaatggttctagctcatcaatttagctggaagacagaccgttttctaaaaaaataaaaaaacatgagtcttaaaattcatattgagacattggaaaggtatatctccagcaagattgcaagcaaatttaatgtttgtagactcagaacttgtggttcagaaagaaacaacagcgaggacacattacagatcacaaattttaatttaataaacatcgatcaa--T-A-TTTCC--TTTTAAAT-TA-AA-A---ACA---TGT----------A--C----ACG--T--ATTA---------TTTT-CT-AC--A--T--ATGTA-TG-ATAAG---TA-TTTT-T-AT-GA---A-TTCA-C-TTGGT--TTTA-----CT---C-GG----TGAA-G--TGT--AAG--A--TA-G-T-T-----------------------A--T--TT-G--GATTG--AC--TG-GTGTTATCTACTG-TCTTCT-G-GGCAA-ACTGG----AATAAGAGG---TCACCT-G---T---CCT------A---AG---TG----------GC--CACTGTC-A-T-A--ACTTCCTT-AAGGTGG-C-T---C----TGAAA--AC-A-GGTTTG
gi|12 : AA--T-A-TTTCCTCTTTTAAAC-AA-GA-ATA-ACACTTTGT----------A--CTAACACA--T--ATAT---------TTT--CT-AC--A--T--AAGTAATATATAAG---TA-TTTT---AT-GA---AAATCA-C-TTTGG--TTTAAAACTCT---C-TGATTTTAAACG--TGTACAAG--A--CA-G-T-TAT-A-AAAC--TC-GTT--CCC-A--TTATT-G--GATT-------CG-G---------CTC-TC-ACA-GAGGCAA-ACTGG----AAT-AGAGC---CAACCT-GCT-C---CTT------A---AGACTTG----------GC--CACTg
gi|13 : aATCTT--G-CAAG-ATTG-C-AGCAGTATC----AAATG-TTG-GTAT---GACTCAG-A-A-TT----A---TGGGCATTCAGAAA-GAA--AAC-AGC-G----ACGAC--ACA-T--TA-CAGA-AACAAGCATAAAAC----------AATGACTT----------------------------AAAA--------AAG--GTA--G-----GCTCA--T-G-T-------------------------ACA---TGT----------T--C---------T--AT-----------TTT--AT-AC--A--T--ATGTA-TG-ATCAG---TA-TTTT-TAAT-GA---AATTCA-C-CTTGA--TTTA-----CT---C-
gi|14 : ttgaaaggtatTAA--T-AATTTCG-TTTTTAATT-AT-AA-A---ACA---TGT----------A--C----ACG--T--ATTA---------TTTT-CT-AC--A--T--ATGTA-TG-ATAAG---TATTTTT-T-AT-G----AATTCA-C-TTTGT--TTTA-----CT---C-GG----TGAATG--TGT--AAA------A-G---T-C-A-CAAT--TC----------------TG-G--GA--A--AC--TG-G----------------A-A-A-AGC-A-CCTGT----CCTAAG-TG---CCA-CT-G---T---CAT------A-------------------------ACTTCC-A-T-----------T-AA-GTGC-C-T---C----TGAAA--AC-ACGGTTTGag
gi|15 : gcTAAG---TA-TTTT-TTAT-GA---AATTCA-C-CTA----TTTA-----CT---CCTG----TAAA-GAGTGT--TACTCA--CA---T-T-T-A-TAAC--TC-GTT--CAT-AAAT--TT-G--GATTGGCAC--TG-----------CTG-T-TACA-G-GGCAA-ACTGA----AATAGAA-----CCACCT-G---T---CTT------T---AA---TG----------GT--CACTTTC-A-T-ACCACTGTCCTAAAAGTGA-A-C---CTACATGAAAAGACGA-GGTTTGg
gi|17 : tc--ATGTA-TG-ATCAG---TA-TTTTTT-AT-GA---AATTCA-C-CTTAT--TTTA-----CT---C-TG----TAAA-G--TGT--TAT--A--CA-G-T-T-T-A-TAAC--TC-GTT--CAT-A--T--TT-G--GATTG--AC--TG-G---------CTG-TTTACA-G-GGCAA-ACTGA----AATAAGAGG---CCACCT-G---T---CTT------A---AG---TG----------GT--CACTTTC-A-T-A--ACTTCCCT-AAGGTGGCC-T---C----TGAAA--AC-A-GGTTTtgac
gi|18 : ---TA-TTTT-T-AT-GA---AATTCA-C-CTTGT--TTTA-----CT---C-GG----TGAA-G--TGT--AAG--A--TA-G-T-T-----------------------A--T--TT-G--GATTG--AC--TG-G---------CTG-TCTTCT-G-GGCAA-ACTGG----AATAAGAGG---TCACCT-G---T---CCT------A---AG---TG----------GC--CACTGTC-A-T-A--ACTTCCTT-AAGGTGGCC-T---C----TGAAA--AC-A-GGTTTG
gi|19 : ATCTT--G-CAAG-ATTG-C-AGCAGAATT----AAATG-TTG-GTAA---GACTCCG-C-A-TA----A---TGTGGATCCAGAAA-GAA--AAC-AGC-GACATACGCC--ACA-T--TG-CAGA-AACAAAC--AAAAC----------AATGAC----------TT-------AA---------AAAACAACAACCAAAAAGTA--GACT-A-ATAA--T-g
gi|2 : ttgaaaggtatG---------AAGG--------AAGAAGTACAG--TTAGATAA--T-AATTTCC-CTTTTAAAC-AG-AG-A---ACA---TGT----------AATC----ATC--TTAATTA----------TT--CT-AC--AATT--AT-TA-TG-A-AAGTTATA-TTTT-G-AT-GA---AATTCA---CTTGTTGTTTA-----CTC--C-TG-----GAA-G--T-T--GAG--A--CACG-T-T-A-A-TAAC-------T--CAT-G--T--TT-GTTGATTG--TA--TG-G---------CCGTTCTACA-G-GGGCA-ACTGG----AATAAGAGG---CCA-CT-G---TG--CT-----------AG---TGA---------GC--CACTTTC-T-T-AATACTTCCTT-AGAGTGG-CAT---C----TGAAA--AC-A-GGTT
gi|20 : agcattattttcattacgaagaaaacatttacctattcctgttatgacatctgaacatgctcataaggtatttaaagaattatcaactaggtgtttatccttgtcttatcacatacgtcgatctaaatccggagcttcatggcaatttttttattttttttaatagggatactttttttcatcagtgcattaaacactttctttttgttaaaacaagtgttgtatcttgattggcgtccacagttaattgcacgatacatccttaattgttttggactcatcaatttagctgagaccaacctttaaaaaaacccttgtttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATCTT--GGCAAG-ATTG-C-AGCAGAATT----AAATG-TTG-ATAA---GACTCAG-A-A-TA----G---TGTGGATCCAG-AATGAA--AAC-AGC-G----A-GAC--ACA----TA-CAGA-AACAAACAGAAATTAA-TG-----AATTACCT--------TT-------AA---------AAAA--------AA
gi|21 : gt--G-CAA--ATTG-C-AGCAGACTT----AAAT--TTGTATAA---AA-TCAG-AGA-TAG---A---TGC-GATCCAG-AATGAA--AAC-AGCGG----ACGAC--ACA-TACCA-CAGA-ACAAAACAGAAATTA--TG-----AAT-ACCTTT------AT-------AG---------AAAA--------ATGAAGag
gi|22 : -T-T-A-TAAC--TC-GTT--CAT-A--T--TT-G--GATTG--AC--TG-G---------CTG-TCTACA-G-GGTAA-ACTGG----AATAAAAGG---CCACCT-G---T---CTT------A---AG---TG----------GC--CACTTTC-A-T-A--ACTTCCCT-AAGGTGGCC-T---C----TGAAA--AC-A-GGTTTGA
gi|23 : cTTG-C-AGCAGAATT----AAATGATTG-GTAA---GACTCAGGA-A-TA----A---TGTGGATTCAG-AA-AGA--AAC-A---G----ACGACTTA-A-T--TATTAAG-AATGAACAG--AATAATT------AATTACCTTG------
gi|24 : cacaatT-AC--A--C--TTGTA-TG-ATCAG---TA-TTTT-T-AT-GA---AATTAA-C-CTTAT--TTTA-------------A----TAAA-G--TGT---------------T-------TAAC--TT-GTT--CAT-A--TA-TT-G--AA-TG--AA--TG-G---------CTA-TTTACggt
gi|26 : catagacatcagaatgT-G--GATTG--GC--TGTG---------CTG-TCTACA-G-G-CAA-ACTGG----AATAATATG---CCACCTGG---T---CTT------A---TG----G----------GC--CACTTTC-A-T-A--A-TTCCGT-AAGGTGC-C-T---C----TGAAA--AC-A-
gi|27 : GCAACACTGAGGTTAATAAGAGGAGGCCACCT-G---TGCGTCT------A---AC---TGTCGAGCGGACGCGACACTTTTTA-T-A--ACTTTCCT-AAGATGG-CTT---C----TG
gi|29 : GG---CAATCT-GAAAT---CCT------G---AG---TG----------GG--CACTTTC-A-A-A--ACTTCCCT-AAGGTGG-T-C---CA---TCAAA--AC-A-GGTTTAA
gi|4 : g-C-AGCAGAATTCTAAAAATG-TTG-GTAA---AAATCAG-A-A-TATTAAA---TGTGGATCCAG-AAAGAA--AAT-GGT-G----ACGAC--ACA-T--TA-CAGA-AGCAAACAGAAAACAATTA-----CA-GACTTTA------TTTTATAAAAA---------AAAA--------AAAGAGTA--A--T-AAATAA----A-TTTCT--TTTTCAAT-AA-AACATGCACA---TGTATTATTTTTTA--C----ATGGAC--ATTAGAATGTACATAT--AT-AT--A--TT-ATGTA-TG-GTCAG---TA-TTTT-T-AT-GA---AATTCA-C-CTTAT--TTTA-----CA---T-TC----TGAA-G--TGT--AAT--ATGCA-G-T-T-T-G-TAAC--TT-GTT--AAT-A--T--AT-T--AATTG--ACAGTG-G---------CTG-TTCACA-T-AGCAA-ACTGG----AATAAGAGG---CCACCT-G---T---TTTTGTTATATTTAG---TG----------GC--CACTTTC-A-T-A--ACTTCCCT-TAGGTGGCC-T---C----TTAAA--AC-A-GGTTTc
gi|5 : ATCTC--G-CAAG-ATTG-C-AACAGAATT----AAATG-TTT-GTAA---GACTCAG-A---TA----A---TGTGGATCCAG-AA-GAA--AAC-AGC-A----ACGAC--TTA-T--TG-CAGA-AACAAACAGAAAACAATTACATGTAATGACCTTG------TT-------AG---------AAGA--------GAGAAGTAC-G--T-AGGTAA--T-A-TTTCC-CTTTTAAAC-AG-AA-A---ACA---TGA----------A--C----ACA--T--ATTA---------TTT--CT-CC--A--T--ATGCA-TG-ATAAG---TA-TTTT---AT-GA---AATTCA-C-TTTGT--TTTA-----CT---C-TG----TGAA-G--TGT--AAG--C--CA-G-T-T-TTA-TAAC--TC-GTT--CAT-A--T--TT-G--GATTG--GC--TG-G---------CTG-TCTACA-G-GGCAA-ATTGG----AATAAGAGG---CCACCT-G---T---CTT------A---AG---TG----------GC--CACTTTC-A-C-A--ACTTCCCT-AAGGTGG-C-T---C----TGAAA--AC-A-GGTTTGA
gi|6 : TC--A-CAAG-ATTG-C-AGCAGAATT----AGATA-TTG-GTAA---GACTCAG-A-A-TA----A---TGTGGATTCAA-AAAGAA--AAC-AGC-G----ACGAC--TTA-T--TA-CAGA-AAGAAACAGAAAACAATTA-----A-TGACCTTGGTTTTTTT-------GGGGTTTTTTAAAGA--------GAGAAGTA--G--C--GATAAATT-A-ATTTC-CTTT------------------A---TGT----------A--C----ACA--T--ATTA---------TTTT-CT-AC--A--T--ATGTA-TG-ATAAT---TA-ATTT-T-AT-GA---AATTCA-C-TTTGT--TTTA-----CT---C-TG----TGAG-G--TG---AAG--A--CA-GTT-T-T-A-TAAC--TC-GTT--CAT-A--T--TT-G--GATTG--AC--TG-G---------CCG-TCTACA-G-GGCAA-ACTGG----AATGAGAGG---CCACCT-G---T---CTT------A---AG---TG----------AC--CACTT---A-TAA--ACTTCCCT-AAGGTGG-C-T---C----TGAAA--AC-A-GG
gi|7 : C--G-CAAG-ATTGAC-AGCAAAATT----AAATG-TTG--TAA---GACTCAG-A-A-TA----AAAATGTG-ATCCAG-AA-AAA--AACCAGC-G----ACGAC--ACAAT--TA-CAGA-AACAAATATAAAACA-TTA-----A-TGATTTT-----------------------------AA--------AAAAAGTA--G--T--GCTAA--T-A-TC----------AGC-AT-AT-A---ACA---TGT----------A--C----ACG--T--ATAT---------TTT--CTAAC--A--T--ATGTA-T--ATCAG---TA-TTTT-A-TT-GA---AATTCA-C-CTTGT--TTTA-----AT---C-TG----TGAA-G--TGT--AAG--A--CA-G-T-T-T-A-TAAC--TC-GTT--CAT-A--T--TT-G--GATTG--AC--TG-G---------CTG-TCTACA-T-GCAAA-AATGG----AATAAGAGG---CCACCT-G---T---CTT------A---A----TG----------GC--CACTTTC-A-T-A--ACTTCCCT-AAGGTGG-C-CTTAC----TGAAA--AC-A--ATTTG
gi|8 : AG-ATTG-C-AGCAGAATT----AAATT-TTG-GTAATTAGACTCAG-A-A-TA----A---CGTGGATCCAG-AA-AGA--AAC-AGC-G----ATGAC--ACA-T--TA-CAGA-AACAAATATAAAATAATTA-----A-TGACTTT---------------------------AAAA--------AAAAA--------------------A-TTTCC-TTTTTAATC-AATAA-A---ACA---TGT----------A--C----ACG--T--ATTA---------TTTT-CT-AC--A--T--ATGTA-TG-ATCAA---TA-TTTT-T-AT-GA---AATTCA-C-CTTGT--TTTA-----CT---C-TG----TGAA-G--TGT--AAG--A--CA-G-T-T-T-A-TAAC--TT-GTT--CAT-A--T--TT-G--GATTG--AC--TG-G---------CTG-TCTACA-G-GGCAA-AATGG----AATAAGAGG---GCACCT-G---T---CTT------A---TA---TG----------GT--CACTTTC-A-T-A--ACTTCCCT-AAGGTGGCC-T---C----TGAAA--AC-A-GGTTTGA
gi|9 : ATCTC--G-CAAGGATTG-C-AGCAGAATT----AAATG-T-G-GTAA--------AG-A-A-TA----A---TGTGGATACAG-AA-------------------------------------AGA-AA---ACAGAAAACAATT------AATGACCTTGTCT---TT-------AG---------A--------------------------AGATAA--TAA-TTTCC-CTTTTAAACAAG-AA-A---ACA---TGT----------A--C----ACA--T--ATTAT--------TTT--CT-ACATA--T--ATGTA-TG-ATAAG---TA-ATTT-T-AT-GA---AATTAA-C-TTTGT--TTTA-----TT---C-GG----TGAA-G--TGT--AAG--A--CA-G-T-T-T-A-TAAC--TC-GTTGACAT-A--T--TT-G--GATTG--AC--TT-G---------CTG-TCTACA-G-GGCAA-ACTGG----AATAAGAGG---TCACCT-A---T---CTT------A---AG---TG----------GC--
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTCGCATGATCAAAAACTCGCAGATTTTAGATGTCTGGATCGGGATCCTATCAAGAAGTGAAAGTGAAACTTGTTTTTATTACCAAGAAAATATTGTTGTTTATCTTTTTGTATGCTTTGAAACGAATTTGAAGCATGTATTTTCATTACGAAGAAACTCTTACCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTTTATAGGGATACATTATGTTTCATTCATTGCATTAAAAAATTTGCTAACAAGAAGTGTGTTTTTGACGTGAGCGTATCACAGTAGTAATGCGCGGAT
Unaligned ( gi|10 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGAAACTATTGTTTATCTTTTTGTACGCTTGAAACGAAATTGAAGCATGTATTTTATTACGAAAGATTCTT
Unaligned ( gi|16 ): ACTCAAACCTCTCCTAGCGGTCACCTGGAATCAGCGGCCACTCCTGACCATCGGTCACTCTCAATTCCCCCCGATGATTTTCACTATATATTTGCACTGGAATAAACGGCCACCCGTGTAGCGCAGCCAGCAGCCACTCAAAACCTTACCCAACACGTTAATTACACTGTAATAGACGGCCATT
Unaligned ( gi|25 ): CTGAAAACAGGTTTGACTGTATAGTATTTTACTTTTGAAAGAAATCTTATTGAGATGAGTCATCATAAAAGATCTCTCTATTATCAGCACAACTGGAA
Unaligned ( gi|28 ): TTTGATTAGGGATACATTTTGTTTCATTCAATGCATTAAAACATTGTTTGCTAAAAATAAGTGTTGTTTTGACGTGA
Unaligned ( gi|30 ): TGTTTATCTTTTTGTATGCTTGAAACTAATTTGAAGCAGGTATTTTTATTACGAAGAAACTCTTACCTA
Unaligned ( gi|31 ): AAAGGTCACCCTTAAAAGGTCACTTTTTGTACTTCTCAAAAGTGACTGCTTAATACAAGTTTGACTGT
Unaligned ( gi|32 ): ATTTTTTTAAGTATGTTGAAAAAAAAATTGAAGCATGTATTTTAATTACGAAGAAACTCTTCT
Unaligned ( gi|33 ): TCAAAACCTTGCCCAACAAGTTAATTACACTGTAATAGACGGC
Alignments
lowQualScore : 11111111 1 1 111111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 11111111111111 1111111111 111111111 1111111111 1 1111
lowQualScore : 66 4 4 3 3 7777 3 3 555 3 3 3 00000000 0 3 44 3 3 7777 44 5555 3 3 777777777 4 0 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5555 7 00 55555555555555 666 5555555555 55 44 3 3 3 3 3 44 44 33 111111111 2 2 2 444 2 777 2 444 2 2 33 66666 666 2 5555 5 33 33 777777 2 2 2 666 2 33 2 33 2 33 55 2 33 33 33 2 999999999 2 2 2 2 5555 333 2 666 666 666666 333 333 1111111111 33 2 2 2 66 2 2 5 444 2222 33 2 2
lowQualScore : .. . . . . .... . . ... . . . ........ . . .. . . .... .. .... . . ......... . . .......................................................... .... . .. .............. ... .......... .. .. . . . . . .. .. .. ......... . . . ... . ... . ... . . .. ..... ... . .... . .. .. ...... . . . ... . .. . .. . .. .. . .. .. .. . ......... . . . . .... ... . ... ... ...... ... ... .......... .. . . . .. . . . ... .... .. . .
lowQualScore : 11 4 0 3 3 1111 3 3 888 3 3 3 55555555 0 3 66 3 3 1111 66 0000 3 3 777777777 4 4 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0000 3 22 99999999999999 444 9999999999 00 66 3 3 3 3 1 22 22 99 444444444 9 9 2 444 5 888 5 444 5 5 44 22222 999 5 7777 3 77 77 555555 7 7 5 222 5 44 5 44 5 44 99 4 22 22 22 4 444444444 4 5 5 4 0000 999 2 999 111 444444 999 999 9999999999 11 5 5 5 99 5 5 0 444 2222 77 7 7
consensus : ATCTC--G-CAAG-ATTG-C-AGCAGAATT----AAATG-TTG-GTAA---GACTCAG-A-A-TA----A---TGTGGATCCAG-AA-GAA--AAC-AGC-G----ACGAC--ACA-T--TA-CAGA-AACAAACAGAAAACAATTA-----AATGACCTTG------TT-------AG---------AAAA--------AAGAAGTA--G--T-AGATAA--T-A-TTTCC-CTTTTAAAC-A-G-AA-A---ACA---TGT----------AC--ACG--TAT-T-ATT-TT-CTA-C--A--T--AT---------GTA-TG-ATAAG---TA-TTTT-T-AT-GA---AATTCA-C-CTTGT--TTTA-----CT---C-TG----TGAA-G--TGT--AAG--A--CA-G-T-T-T-A-TAAC--TC-GTT--CAT-A--T--TT-G--GATTG--AC--TG-G---------CTG-TCTACA-G-GGCAA-ACTGG----AATAAGAGG---CCACCT-G---T---CTT------A---AG---TG----------GC--CACTTTC-A-T-A--ACTTCCCT-AAGGTGG-C-T---C----TGAAA--AC-A-GGTTTGA
Reference ( family-974 ) : ATCTC--G-CAAG-ATTG-C-AGCAGAATT----AAATG-TTG-GTAA---GACTCAG-A-A-TA----A---TGTGGATCCAG-AA-GAA--AAC-AGC-G----ACGAC--ACA-T--TA-CAGA-AACAAACAGAAAACAATTA-----AATGACCTTG------TT-------AG---------AAAA--------AAGAAGTA--G--T-AGATAA--T-A-TTTCC-CTTTTAAAC-A-G-AA-A---ACA---TGT----------AC--ACG--TAT-T-ATT-TT-CTA-C--A--T--AT---------GTA-TG-ATAAG---TA-TTTT-T-AT-GA---AATTCA-C-CTTGT--TTTA-----CT---C-TG----TGAA-G--TGT--AAG--A--CA-G-T-T-T-A-TAAC--TC-GTT--CAT-A--T--TT-G--GATTG--AC--TG-G---------CTG-TCTACA-G-GGCAA-ACTGG----AATAAGAGG---CCACCT-G---T---CTT------A---AG---TG----------GC--CACTTTC-A-T-A--ACTTCCCT-AAGGTGG-C-T---C----TGAAA--AC-A-GGTTTGA
gi|1 : ATCTCCAG-CAAG-ATTG-CAAGCA-AATT----TAATG-TTT-GT-A---GACTCAG-A-ACT---------TGTGG-TTCAGAAA-GAAACAAC-AGC-G----AGGAC--ACA-T--TA-CAGATCACAAA
gi|1 : aaacatcgtctgtttatttttctgtactaagctatattaagcttgaaacaaagaagcatgtatttttcagatacaagaactcttatctattctttagtacacgtgagacattactttataaggtatttagagaattattaccatggcaggtgcttataatttacaagtatattcctatgctccaattaaagtcgtaactaattggcaagcttacccgtcggcaagtgtttttttttattgcattaacatttttttgcgtaaagaactgttgttttggcgtgatgtaatcaccagtaataatgtcggaataactcatctacaatggttctagctcatcaatttagctggaagacagaccgttttctaaaaaaataaaaaaacatgagtcttaaaattcatattgagacattggaaaggtat--TAT-T-ATT-TTTCTA-C--A--CTCAT----------TA-TG-A--AG----A-TGCT-T-ATTGATTGAATTCAACACTTGT--ATGA-----CTGTAC-TG----TGA--G--T-T--AA------CA-G-TGT-T-AGTAACAGTCTGTT--CATTA--T--TTTG--GAT-G--AC--TG-G---------TTG-TCTACAGG-GGCAA-ACTGG----AATAAGAGG---CCA-CT-C---T---CTT------A---TG---TG--------------CACTTTC-ATT-A--ATTCCCCC-TAGGTCC-T-T---CGTG-TAAGA--AC-A-GTTTTGttttaatttaataaacatcgatcaatattatttttctacactcattatgaagatgcttattgattgaattcaacacttgtatgactgtactgtgagttaacagtgttagtaacagtctgttcattattttggatgactggttgtctacaggggcaaactggaataagaggccactctcttatgtgcactttcattaattccccctaggtccttcgtgtaagaacagttttg
gi|11 : aaacatcgtctgtttatttttctgtactaagctatattaagcttgaaacaaagaagcatgtatttttcagatacaagaactcttatctattctttagtacacgtgagacattactttataaggtatttagagaattattaccatggcaggtgcttataatttacaagtatattcctatgctccaattaaagtcgtaactaattggcaagcttacccgtcggcaagtgtttttttttattgcattaacatttttttgcgtaaagaactgttgttttggcgtgatgtaatcaccagtaataatgtcggaataactcatctacaatggttctagctcatcaatttagctggaagacagaccgttttctaaaaaaataaaaaaacatgagtcttaaaattcatattgagacattggaaaggtatatctccagcaagattgcaagcaaatttaatgtttgtagactcagaacttgtggttcagaaagaaacaacagcgaggacacattacagatcacaaattttaatttaataaacatcgatcaa--T-A-TTTCC--TTTTAAAT-T-A-AA-A---ACA---TGT----------AC--ACG--TAT-T-ATT-TT-CTA-C--A--T--AT---------GTA-TG-ATAAG---TA-TTTT-T-AT-GA---A-TTCA-C-TTGGT--TTTA-----CT---C-GG----TGAA-G--TGT--AAG--A--TA-G-T-T-----------------------A--T--TT-G--GATTG--AC--TG-GTGTTATCTACTG-TCTTCT-G-GGCAA-ACTGG----AATAAGAGG---TCACCT-G---T---CCT------A---AG---TG----------GC--CACTGTC-A-T-A--ACTTCCTT-AAGGTGG-C-T---C----TGAAA--AC-A-GGTTTG
gi|12 : AA--T-A-TTTCCTCTTTTAAAC-AAG-AATA---ACACTTTGT----------ACTAACA--CATAT-ATT-TT-CTA-C--A--T--AA---------GTAATATATAAG---TA-TTTT---AT-GA---AAATCA-C-TTTGG--TTTAAAACTCT---C-TGATTTTAAACG--TGTACAAG--A--CA-G-T-TAT-A-AAAC--TC-GTT--CCC-A--TTATT-G--GATT-------CG-G---------CTC-TC-ACA-GAGGCAA-ACTGG----AAT-AGAGC---CAACCT-GCT-C---CTT------A---AGACTTG----------GC--CACTg
gi|13 : aATCTT--G-CAAG-ATTG-C-AGCAGTATC----AAATG-TTG-GTAT---GACTCAG-A-A-TT----A---TGGGCATTCAGAAA-GAA--AAC-AGC-G----ACGAC--ACA-T--TA-CAGA-AACAAGCATAAAAC----------AATGACTT----------------------------AAAA--------AAG--GTA--G-----GCTCA--T-G-T--------------------------ACA---TGT----------TC-----------T-ATT-TT-ATA-C--A--T--AT---------GTA-TG-ATCAG---TA-TTTT-TAAT-GA---AATTCA-C-CTTGA--TTTA-----CT---C-
gi|14 : ttgaaaggtatTAA--T-AATTTCG-TTTTTAATT-A-T-AA-A---ACA---TGT----------AC--ACG--TAT-T-ATT-TT-CTA-C--A--T--AT---------GTA-TG-ATAAG---TATTTTT-T-AT-G----AATTCA-C-TTTGT--TTTA-----CT---C-GG----TGAATG--TGT--AAA------A-G---T-C-A-CAAT--TC----------------TG-G--GA--A--AC--TG-G----------------A-A-A-AGC-A-CCTGT----CCTAAG-TG---CCA-CT-G---T---CAT------A-------------------------ACTTCC-A-T-----------T-AA-GTGC-C-T---C----TGAAA--AC-ACGGTTTGag
gi|15 : gcTAAG---TA-TTTT-TTAT-GA---AATTCA-C-CTA----TTTA-----CT---CCTG----TAAA-GAGTGT--TACTCA--CA---T-T-T-A-TAAC--TC-GTT--CAT-AAAT--TT-G--GATTGGCAC--TG-----------CTG-T-TACA-G-GGCAA-ACTGA----AATAGAA-----CCACCT-G---T---CTT------T---AA---TG----------GT--CACTTTC-A-T-ACCACTGTCCTAAAAGTGA-A-C---CTACATGAAAAGACGA-GGTTTGg
gi|17 : tc--AT---------GTA-TG-ATCAG---TA-TTTTTT-AT-GA---AATTCA-C-CTTAT--TTTA-----CT---C-TG----TAAA-G--TGT--TAT--A--CA-G-T-T-T-A-TAAC--TC-GTT--CAT-A--T--TT-G--GATTG--AC--TG-G---------CTG-TTTACA-G-GGCAA-ACTGA----AATAAGAGG---CCACCT-G---T---CTT------A---AG---TG----------GT--CACTTTC-A-T-A--ACTTCCCT-AAGGTGGCC-T---C----TGAAA--AC-A-GGTTTtgac
gi|18 : ---TA-TTTT-T-AT-GA---AATTCA-C-CTTGT--TTTA-----CT---C-GG----TGAA-G--TGT--AAG--A--TA-G-T-T-----------------------A--T--TT-G--GATTG--AC--TG-G---------CTG-TCTTCT-G-GGCAA-ACTGG----AATAAGAGG---TCACCT-G---T---CCT------A---AG---TG----------GC--CACTGTC-A-T-A--ACTTCCTT-AAGGTGGCC-T---C----TGAAA--AC-A-GGTTTG
gi|19 : ATCTT--G-CAAG-ATTG-C-AGCAGAATT----AAATG-TTG-GTAA---GACTCCG-C-A-TA----A---TGTGGATCCAGAAA-GAA--AAC-AGC-GACATACGCC--ACA-T--TG-CAGA-AACAAAC--AAAAC----------AATGAC----------TT-------AA---------AAAACAACAACCAAAAAGTA--GACT-A-ATAA--T-g
gi|2 : ttgaaaggtatG---------AAGG--------AAGAAGTACAG--TTAGATAA--T-AATTTCC-CTTTTAAAC-A-G-AG-A---ACA---TGT----------AA--TCA--TCT-TAATTATT-CTA-C--AATT--AT----------TA-TG-A-AAGTTATA-TTTT-G-AT-GA---AATTCA---CTTGTTGTTTA-----CTC--C-TG-----GAA-G--T-T--GAG--A--CACG-T-T-A-A-TAAC-------T--CAT-G--T--TT-GTTGATTG--TA--TG-G---------CCGTTCTACA-G-GGGCA-ACTGG----AATAAGAGG---CCA-CT-G---TG--CT-----------AG---TGA---------GC--CACTTTC-T-T-AATACTTCCTT-AGAGTGG-CAT---C----TGAAA--AC-A-GGTT
gi|20 : agcattattttcattacgaagaaaacatttacctattcctgttatgacatctgaacatgctcataaggtatttaaagaattatcaactaggtgtttatccttgtcttatcacatacgtcgatctaaatccggagcttcatggcaatttttttattttttttaatagggatactttttttcatcagtgcattaaacactttctttttgttaaaacaagtgttgtatcttgattggcgtccacagttaattgcacgatacatccttaattgttttggactcatcaatttagctgagaccaacctttaaaaaaacccttgtttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATCTT--GGCAAG-ATTG-C-AGCAGAATT----AAATG-TTG-ATAA---GACTCAG-A-A-TA----G---TGTGGATCCAG-AATGAA--AAC-AGC-G----A-GAC--ACA----TA-CAGA-AACAAACAGAAATTAA-TG-----AATTACCT--------TT-------AA---------AAAA--------AA
gi|21 : gt--G-CAA--ATTG-C-AGCAGACTT----AAAT--TTGTATAA---AA-TCAG-AGA-TAG---A---TGC-GATCCAG-AATGAA--AAC-AGCGG----ACGAC--ACA-TACCA-CAGA-ACAAAACAGAAATTA--TG-----AAT-ACCTTT------AT-------AG---------AAAA--------ATGAAGag
gi|22 : -T-T-A-TAAC--TC-GTT--CAT-A--T--TT-G--GATTG--AC--TG-G---------CTG-TCTACA-G-GGTAA-ACTGG----AATAAAAGG---CCACCT-G---T---CTT------A---AG---TG----------GC--CACTTTC-A-T-A--ACTTCCCT-AAGGTGGCC-T---C----TGAAA--AC-A-GGTTTGA
gi|23 : cTTG-C-AGCAGAATT----AAATGATTG-GTAA---GACTCAGGA-A-TA----A---TGTGGATTCAG-AA-AGA--AAC-A---G----ACGACTTA-A-T--TATTAAG-AATGAACAG--AATAATT------AATTACCTTG------
gi|24 : cacaatTA-C--A--C--TT---------GTA-TG-ATCAG---TA-TTTT-T-AT-GA---AATTAA-C-CTTAT--TTTA-------------A----TAAA-G--TGT---------------T-------TAAC--TT-GTT--CAT-A--TA-TT-G--AA-TG--AA--TG-G---------CTA-TTTACggt
gi|26 : catagacatcagaatgT-G--GATTG--GC--TGTG---------CTG-TCTACA-G-G-CAA-ACTGG----AATAATATG---CCACCTGG---T---CTT------A---TG----G----------GC--CACTTTC-A-T-A--A-TTCCGT-AAGGTGC-C-T---C----TGAAA--AC-A-
gi|27 : GCAACACTGAGGTTAATAAGAGGAGGCCACCT-G---TGCGTCT------A---AC---TGTCGAGCGGACGCGACACTTTTTA-T-A--ACTTTCCT-AAGATGG-CTT---C----TG
gi|29 : GG---CAATCT-GAAAT---CCT------G---AG---TG----------GG--CACTTTC-A-A-A--ACTTCCCT-AAGGTGG-T-C---CA---TCAAA--AC-A-GGTTTAA
gi|4 : g-C-AGCAGAATTCTAAAAATG-TTG-GTAA---AAATCAG-A-A-TATTAAA---TGTGGATCCAG-AAAGAA--AAT-GGT-G----ACGAC--ACA-T--TA-CAGA-AGCAAACAGAAAACAATTA-----CA-GACTTTA------TTTTATAAAAA---------AAAA--------AAAGAGTA--A--T-AAATAA----A-TTTCT--TTTTCAAT-A-A-AACATGCACA---TGTATTATTTTTTAC--ATGGACAT-T-AGA-AT-GTA-C--A--T--ATATATATTATGTA-TG-GTCAG---TA-TTTT-T-AT-GA---AATTCA-C-CTTAT--TTTA-----CA---T-TC----TGAA-G--TGT--AAT--ATGCA-G-T-T-T-G-TAAC--TT-GTT--AAT-A--T--AT-T--AATTG--ACAGTG-G---------CTG-TTCACA-T-AGCAA-ACTGG----AATAAGAGG---CCACCT-G---T---TTTTGTTATATTTAG---TG----------GC--CACTTTC-A-T-A--ACTTCCCT-TAGGTGGCC-T---C----TTAAA--AC-A-GGTTTc
gi|5 : ATCTC--G-CAAG-ATTG-C-AACAGAATT----AAATG-TTT-GTAA---GACTCAG-A---TA----A---TGTGGATCCAG-AA-GAA--AAC-AGC-A----ACGAC--TTA-T--TG-CAGA-AACAAACAGAAAACAATTACATGTAATGACCTTG------TT-------AG---------AAGA--------GAGAAGTAC-G--T-AGGTAA--T-A-TTTCC-CTTTTAAAC-A-G-AA-A---ACA---TGA----------AC--ACA--TAT-T-ATT-T--CTC-C--A--T--AT---------GCA-TG-ATAAG---TA-TTTT---AT-GA---AATTCA-C-TTTGT--TTTA-----CT---C-TG----TGAA-G--TGT--AAG--C--CA-G-T-T-TTA-TAAC--TC-GTT--CAT-A--T--TT-G--GATTG--GC--TG-G---------CTG-TCTACA-G-GGCAA-ATTGG----AATAAGAGG---CCACCT-G---T---CTT------A---AG---TG----------GC--CACTTTC-A-C-A--ACTTCCCT-AAGGTGG-C-T---C----TGAAA--AC-A-GGTTTGA
gi|6 : TC--A-CAAG-ATTG-C-AGCAGAATT----AGATA-TTG-GTAA---GACTCAG-A-A-TA----A---TGTGGATTCAA-AAAGAA--AAC-AGC-G----ACGAC--TTA-T--TA-CAGA-AAGAAACAGAAAACAATTA-----A-TGACCTTGGTTTTTTT-------GGGGTTTTTTAAAGA--------GAGAAGTA--G--C--GATAAATT-A-ATTTC-CTTT-------------------A---TGT----------AC--ACA--TAT-T-ATT-TT-CTA-C--A--T--AT---------GTA-TG-ATAAT---TA-ATTT-T-AT-GA---AATTCA-C-TTTGT--TTTA-----CT---C-TG----TGAG-G--TG---AAG--A--CA-GTT-T-T-A-TAAC--TC-GTT--CAT-A--T--TT-G--GATTG--AC--TG-G---------CCG-TCTACA-G-GGCAA-ACTGG----AATGAGAGG---CCACCT-G---T---CTT------A---AG---TG----------AC--CACTT---A-TAA--ACTTCCCT-AAGGTGG-C-T---C----TGAAA--AC-A-GG
gi|7 : C--G-CAAG-ATTGAC-AGCAAAATT----AAATG-TTG--TAA---GACTCAG-A-A-TA----AAAATGTG-ATCCAG-AA-AAA--AACCAGC-G----ACGAC--ACAAT--TA-CAGA-AACAAATATAAAACA-TTA-----A-TGATTTT-----------------------------AA--------AAAAAGTA--G--T--GCTAA--T-A-TC----------AGC-A-T-AT-A---ACA---TGT----------AC--ACG--TAT---ATT-TT-CTAAC--A--T--AT---------GTA-T--ATCAG---TA-TTTT-A-TT-GA---AATTCA-C-CTTGT--TTTA-----AT---C-TG----TGAA-G--TGT--AAG--A--CA-G-T-T-T-A-TAAC--TC-GTT--CAT-A--T--TT-G--GATTG--AC--TG-G---------CTG-TCTACA-T-GCAAA-AATGG----AATAAGAGG---CCACCT-G---T---CTT------A---A----TG----------GC--CACTTTC-A-T-A--ACTTCCCT-AAGGTGG-C-CTTAC----TGAAA--AC-A--ATTTG
gi|8 : AG-ATTG-C-AGCAGAATT----AAATT-TTG-GTAATTAGACTCAG-A-A-TA----A---CGTGGATCCAG-AA-AGA--AAC-AGC-G----ATGAC--ACA-T--TA-CAGA-AACAAATATAAAATAATTA-----A-TGACTTT---------------------------AAAA--------AAAAA--------------------A-TTTCC-TTTTTAATC-A-ATAA-A---ACA---TGT----------AC--ACG--TAT-T-ATT-TT-CTA-C--A--T--AT---------GTA-TG-ATCAA---TA-TTTT-T-AT-GA---AATTCA-C-CTTGT--TTTA-----CT---C-TG----TGAA-G--TGT--AAG--A--CA-G-T-T-T-A-TAAC--TT-GTT--CAT-A--T--TT-G--GATTG--AC--TG-G---------CTG-TCTACA-G-GGCAA-AATGG----AATAAGAGG---GCACCT-G---T---CTT------A---TA---TG----------GT--CACTTTC-A-T-A--ACTTCCCT-AAGGTGGCC-T---C----TGAAA--AC-A-GGTTTGA
gi|9 : ATCTC--G-CAAGGATTG-C-AGCAGAATT----AAATG-T-G-GTAA--------AG-A-A-TA----A---TGTGGATACAG-AA-------------------------------------AGA-AA---ACAGAAAACAATT------AATGACCTTGTCT---TT-------AG---------A--------------------------AGATAA--TAA-TTTCC-CTTTTAAACAA-G-AA-A---ACA---TGT----------AC--ACA--TAT-T-ATT-TT-CTA-CATA--T--AT---------GTA-TG-ATAAG---TA-ATTT-T-AT-GA---AATTAA-C-TTTGT--TTTA-----TT---C-GG----TGAA-G--TGT--AAG--A--CA-G-T-T-T-A-TAAC--TC-GTTGACAT-A--T--TT-G--GATTG--AC--TT-G---------CTG-TCTACA-G-GGCAA-ACTGG----AATAAGAGG---TCACCT-A---T---CTT------A---AG---TG----------GC--
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTCGCATGATCAAAAACTCGCAGATTTTAGATGTCTGGATCGGGATCCTATCAAGAAGTGAAAGTGAAACTTGTTTTTATTACCAAGAAAATATTGTTGTTTATCTTTTTGTATGCTTTGAAACGAATTTGAAGCATGTATTTTCATTACGAAGAAACTCTTACCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTTTATAGGGATACATTATGTTTCATTCATTGCATTAAAAAATTTGCTAACAAGAAGTGTGTTTTTGACGTGAGCGTATCACAGTAGTAATGCGCGGAT
Unaligned ( gi|10 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGAAACTATTGTTTATCTTTTTGTACGCTTGAAACGAAATTGAAGCATGTATTTTATTACGAAAGATTCTT
Unaligned ( gi|16 ): ACTCAAACCTCTCCTAGCGGTCACCTGGAATCAGCGGCCACTCCTGACCATCGGTCACTCTCAATTCCCCCCGATGATTTTCACTATATATTTGCACTGGAATAAACGGCCACCCGTGTAGCGCAGCCAGCAGCCACTCAAAACCTTACCCAACACGTTAATTACACTGTAATAGACGGCCATT
Unaligned ( gi|25 ): CTGAAAACAGGTTTGACTGTATAGTATTTTACTTTTGAAAGAAATCTTATTGAGATGAGTCATCATAAAAGATCTCTCTATTATCAGCACAACTGGAA
Unaligned ( gi|28 ): TTTGATTAGGGATACATTTTGTTTCATTCAATGCATTAAAACATTGTTTGCTAAAAATAAGTGTTGTTTTGACGTGA
Unaligned ( gi|30 ): TGTTTATCTTTTTGTATGCTTGAAACTAATTTGAAGCAGGTATTTTTATTACGAAGAAACTCTTACCTA
Unaligned ( gi|31 ): AAAGGTCACCCTTAAAAGGTCACTTTTTGTACTTCTCAAAAGTGACTGCTTAATACAAGTTTGACTGT
Unaligned ( gi|32 ): ATTTTTTTAAGTATGTTGAAAAAAAAATTGAAGCATGTATTTTAATTACGAAGAAACTCTTCT
Unaligned ( gi|33 ): TCAAAACCTTGCCCAACAAGTTAATTACACTGTAATAGACGGC
Alignments
lowQualScore : 11111111 1 1 111111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 11111111111111 1111111111 111111111 1111111111 1 1111
lowQualScore : 66 4 4 3 3 7777 3 3 555 3 3 3 00000000 0 3 44 3 3 7777 44 5555 3 3 777777777 4 0 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5555 7 00 55555555555555 666 5555555555 55 44 3 3 3 3 3 44 44 33 111111111 2 2 2 444 2 777 2 444 2 2 33 66666 666 2 5555 5 33 33 777777 2 2 2 666 2 33 2 33 2 33 55 2 33 33 33 2 999999999 2 2 2 2 5555 333 2 666 666 666666 333 333 1111111111 33 2 2 2 66 2 2 5 444 2222 33 2 2
lowQualScore : .. . . . . .... . . ... . . . ........ . . .. . . .... .. .... . . ......... . . .......................................................... .... . .. .............. ... .......... .. .. . . . . . .. .. .. ......... . . . ... . ... . ... . . .. ..... ... . .... . .. .. ...... . . . ... . .. . .. . .. .. . .. .. .. . ......... . . . . .... ... . ... ... ...... ... ... .......... .. . . . .. . . . ... .... .. . .
lowQualScore : 11 4 0 3 3 1111 3 3 888 3 3 3 55555555 0 3 66 3 3 1111 66 0000 3 3 777777777 4 4 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0000 3 22 99999999999999 444 9999999999 00 66 3 3 3 3 1 22 22 99 444444444 9 9 2 444 5 888 5 444 5 5 44 22222 999 5 7777 3 77 77 555555 7 7 5 222 5 44 5 44 5 44 99 4 22 22 22 4 444444444 4 5 5 4 0000 999 2 999 111 444444 999 999 9999999999 11 5 5 5 99 5 5 0 444 2222 77 7 7
consensus : ATCTC--G-CAAG-ATTG-C-AGCAGAATT----AAATG-TTG-GTAA---GACTCAG-A-A-TA----A---TGTGGATCCAG-AA-GAA--AAC-AGC-G----ACGAC--ACA-T--TA-CAGA-AACAAACAGAAAACAATTA-----AATGACCTTG------TT-------AG---------AAAA--------AAGAAGTA--G--T-AGATAA--T-A-TTTCC-CTTTTAAAC-A-G-AA-A---ACA---TGT----------AC--ACG--TAT-T-ATT-TT-CTA-C--A--T--AT---------GTA-TG-ATAAG---TA-TTTT-T-AT-GA---AATTCA-C-CTTGT--TTTA-----CT---C-TG----TGAA-G--TGT--AAG--A--CA-G-T-T-T-A-TAAC--TC-GTT--CAT-A--T--TT-G--GATTG--AC--TG-G---------CTG-TCTACA-G-GGCAA-ACTGG----AATAAGAGG---CCACCT-G---T---CTT------A---AG---TG----------GC--CACTTTC-A-T-A--ACTTCCCT-AAGGTGG-C-T---C----TGAAA--AC-A-GGTTTGA
Reference ( family-974 ) : ATCTC--G-CAAG-ATTG-C-AGCAGAATT----AAATG-TTG-GTAA---GACTCAG-A-A-TA----A---TGTGGATCCAG-AA-GAA--AAC-AGC-G----ACGAC--ACA-T--TA-CAGA-AACAAACAGAAAACAATTA-----AATGACCTTG------TT-------AG---------AAAA--------AAGAAGTA--G--T-AGATAA--T-A-TTTCC-CTTTTAAAC-A-G-AA-A---ACA---TGT----------AC--ACG--TAT-T-ATT-TT-CTA-C--A--T--AT---------GTA-TG-ATAAG---TA-TTTT-T-AT-GA---AATTCA-C-CTTGT--TTTA-----CT---C-TG----TGAA-G--TGT--AAG--A--CA-G-T-T-T-A-TAAC--TC-GTT--CAT-A--T--TT-G--GATTG--AC--TG-G---------CTG-TCTACA-G-GGCAA-ACTGG----AATAAGAGG---CCACCT-G---T---CTT------A---AG---TG----------GC--CACTTTC-A-T-A--ACTTCCCT-AAGGTGG-C-T---C----TGAAA--AC-A-GGTTTGA
gi|1 : ATCTCCAG-CAAG-ATTG-CAAGCA-AATT----TAATG-TTT-GT-A---GACTCAG-A-ACT---------TGTGG-TTCAGAAA-GAAACAAC-AGC-G----AGGAC--ACA-T--TA-CAGATCACAAA
gi|1 : aaacatcgtctgtttatttttctgtactaagctatattaagcttgaaacaaagaagcatgtatttttcagatacaagaactcttatctattctttagtacacgtgagacattactttataaggtatttagagaattattaccatggcaggtgcttataatttacaagtatattcctatgctccaattaaagtcgtaactaattggcaagcttacccgtcggcaagtgtttttttttattgcattaacatttttttgcgtaaagaactgttgttttggcgtgatgtaatcaccagtaataatgtcggaataactcatctacaatggttctagctcatcaatttagctggaagacagaccgttttctaaaaaaataaaaaaacatgagtcttaaaattcatattgagacattggaaaggtat--TAT-T-ATT-TTTCTA-C--A--CTCAT----------TA-TG-A--AG----A-TGCT-T-ATTGATTGAATTCAACACTTGT--ATGA-----CTGTAC-TG----TGA--G--T-T--AA------CA-G-TGT-T-AGTAACAGTCTGTT--CATTA--T--TTTG--GAT-G--AC--TG-G---------TTG-TCTACAGG-GGCAA-ACTGG----AATAAGAGG---CCA-CT-C---T---CTT------A---TG---TG--------------CACTTTC-ATT-A--ATTCCCCC-TAGGTCC-T-T---CGTG-TAAGA--AC-A-GTTTTGttttaatttaataaacatcgatcaatattatttttctacactcattatgaagatgcttattgattgaattcaacacttgtatgactgtactgtgagttaacagtgttagtaacagtctgttcattattttggatgactggttgtctacaggggcaaactggaataagaggccactctcttatgtgcactttcattaattccccctaggtccttcgtgtaagaacagttttg
gi|11 : aaacatcgtctgtttatttttctgtactaagctatattaagcttgaaacaaagaagcatgtatttttcagatacaagaactcttatctattctttagtacacgtgagacattactttataaggtatttagagaattattaccatggcaggtgcttataatttacaagtatattcctatgctccaattaaagtcgtaactaattggcaagcttacccgtcggcaagtgtttttttttattgcattaacatttttttgcgtaaagaactgttgttttggcgtgatgtaatcaccagtaataatgtcggaataactcatctacaatggttctagctcatcaatttagctggaagacagaccgttttctaaaaaaataaaaaaacatgagtcttaaaattcatattgagacattggaaaggtatatctccagcaagattgcaagcaaatttaatgtttgtagactcagaacttgtggttcagaaagaaacaacagcgaggacacattacagatcacaaattttaatttaataaacatcgatcaa--T-A-TTTCC--TTTTAAAT-T-A-AA-A---ACA---TGT----------AC--ACG--TAT-T-ATT-TT-CTA-C--A--T--AT---------GTA-TG-ATAAG---TA-TTTT-T-AT-GA---A-TTCA-C-TTGGT--TTTA-----CT---C-GG----TGAA-G--TGT--AAG--A--TA-G-T-T-----------------------A--T--TT-G--GATTG--AC--TG-GTGTTATCTACTG-TCTTCT-G-GGCAA-ACTGG----AATAAGAGG---TCACCT-G---T---CCT------A---AG---TG----------GC--CACTGTC-A-T-A--ACTTCCTT-AAGGTGG-C-T---C----TGAAA--AC-A-GGTTTG
gi|12 : AA--T-A-TTTCCTCTTTTAAAC-AAG-AATA---ACACTTTGT----------ACTAACA--CATAT-ATT-TT-CTA-C--A--T--AA---------GTAATATATAAG---TA-TTTT---AT-GA---AAATCA-C-TTTGG--TTTAAAACTCT---C-TGATTTTAAACG--TGTACAAG--A--CA-G-T-TAT-A-AAAC--TC-GTT--CCC-A--TTATT-G--GATT-------CG-G---------CTC-TC-ACA-GAGGCAA-ACTGG----AAT-AGAGC---CAACCT-GCT-C---CTT------A---AGACTTG----------GC--CACTg
gi|13 : aATCTT--G-CAAG-ATTG-C-AGCAGTATC----AAATG-TTG-GTAT---GACTCAG-A-A-TT----A---TGGGCATTCAGAAA-GAA--AAC-AGC-G----ACGAC--ACA-T--TA-CAGA-AACAAGCATAAAAC----------AATGACTT----------------------------AAAA--------AAG--GTA--G-----GCTCA--T-G-T--------------------------ACA---TGT----------TC-----------T-ATT-TT-ATA-C--A--T--AT---------GTA-TG-ATCAG---TA-TTTT-TAAT-GA---AATTCA-C-CTTGA--TTTA-----CT---C-
gi|14 : ttgaaaggtatTAA--T-AATTTCG-TTTTTAATT-A-T-AA-A---ACA---TGT----------AC--ACG--TAT-T-ATT-TT-CTA-C--A--T--AT---------GTA-TG-ATAAG---TATTTTT-T-AT-G----AATTCA-C-TTTGT--TTTA-----CT---C-GG----TGAATG--TGT--AAA------A-G---T-C-A-CAAT--TC----------------TG-G--GA--A--AC--TG-G----------------A-A-A-AGC-A-CCTGT----CCTAAG-TG---CCA-CT-G---T---CAT------A-------------------------ACTTCC-A-T-----------T-AA-GTGC-C-T---C----TGAAA--AC-ACGGTTTGag
gi|15 : gcTAAG---TA-TTTT-TTAT-GA---AATTCA-C-CTA----TTTA-----CT---CCTG----TAAA-GAGTGT--TACTCA--CA---T-T-T-A-TAAC--TC-GTT--CAT-AAAT--TT-G--GATTGGCAC--TG-----------CTG-T-TACA-G-GGCAA-ACTGA----AATAGAA-----CCACCT-G---T---CTT------T---AA---TG----------GT--CACTTTC-A-T-ACCACTGTCCTAAAAGTGA-A-C---CTACATGAAAAGACGA-GGTTTGg
gi|17 : tc--AT---------GTA-TG-ATCAG---TA-TTTTTT-AT-GA---AATTCA-C-CTTAT--TTTA-----CT---C-TG----TAAA-G--TGT--TAT--A--CA-G-T-T-T-A-TAAC--TC-GTT--CAT-A--T--TT-G--GATTG--AC--TG-G---------CTG-TTTACA-G-GGCAA-ACTGA----AATAAGAGG---CCACCT-G---T---CTT------A---AG---TG----------GT--CACTTTC-A-T-A--ACTTCCCT-AAGGTGGCC-T---C----TGAAA--AC-A-GGTTTtgac
gi|18 : ---TA-TTTT-T-AT-GA---AATTCA-C-CTTGT--TTTA-----CT---C-GG----TGAA-G--TGT--AAG--A--TA-G-T-T-----------------------A--T--TT-G--GATTG--AC--TG-G---------CTG-TCTTCT-G-GGCAA-ACTGG----AATAAGAGG---TCACCT-G---T---CCT------A---AG---TG----------GC--CACTGTC-A-T-A--ACTTCCTT-AAGGTGGCC-T---C----TGAAA--AC-A-GGTTTG
gi|19 : ATCTT--G-CAAG-ATTG-C-AGCAGAATT----AAATG-TTG-GTAA---GACTCCG-C-A-TA----A---TGTGGATCCAGAAA-GAA--AAC-AGC-GACATACGCC--ACA-T--TG-CAGA-AACAAAC--AAAAC----------AATGAC----------TT-------AA---------AAAACAACAACCAAAAAGTA--GACT-A-ATAA--T-g
gi|2 : ttgaaaggtatG---------AAGG--------AAGAAGTACAG--TTAGATAA--T-AATTTCC-CTTTTAAAC-A-G-AG-A---ACA---TGT----------AA--TCA--TCT-TAATTATT-CTA-C--AATT--AT----------TA-TG-A-AAGTTATA-TTTT-G-AT-GA---AATTCA---CTTGTTGTTTA-----CTC--C-TG-----GAA-G--T-T--GAG--A--CACG-T-T-A-A-TAAC-------T--CAT-G--T--TT-GTTGATTG--TA--TG-G---------CCGTTCTACA-G-GGGCA-ACTGG----AATAAGAGG---CCA-CT-G---TG--CT-----------AG---TGA---------GC--CACTTTC-T-T-AATACTTCCTT-AGAGTGG-CAT---C----TGAAA--AC-A-GGTT
gi|20 : agcattattttcattacgaagaaaacatttacctattcctgttatgacatctgaacatgctcataaggtatttaaagaattatcaactaggtgtttatccttgtcttatcacatacgtcgatctaaatccggagcttcatggcaatttttttattttttttaatagggatactttttttcatcagtgcattaaacactttctttttgttaaaacaagtgttgtatcttgattggcgtccacagttaattgcacgatacatccttaattgttttggactcatcaatttagctgagaccaacctttaaaaaaacccttgtttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATCTT--GGCAAG-ATTG-C-AGCAGAATT----AAATG-TTG-ATAA---GACTCAG-A-A-TA----G---TGTGGATCCAG-AATGAA--AAC-AGC-G----A-GAC--ACA----TA-CAGA-AACAAACAGAAATTAA-TG-----AATTACCT--------TT-------AA---------AAAA--------AA
gi|21 : gt--G-CAA--ATTG-C-AGCAGACTT----AAAT--TTGTATAA---AA-TCAG-AGA-TAG---A---TGC-GATCCAG-AATGAA--AAC-AGCGG----ACGAC--ACA-TACCA-CAGA-ACAAAACAGAAATTA--TG-----AAT-ACCTTT------AT-------AG---------AAAA--------ATGAAGag
gi|22 : -T-T-A-TAAC--TC-GTT--CAT-A--T--TT-G--GATTG--AC--TG-G---------CTG-TCTACA-G-GGTAA-ACTGG----AATAAAAGG---CCACCT-G---T---CTT------A---AG---TG----------GC--CACTTTC-A-T-A--ACTTCCCT-AAGGTGGCC-T---C----TGAAA--AC-A-GGTTTGA
gi|23 : cTTG-C-AGCAGAATT----AAATGATTG-GTAA---GACTCAGGA-A-TA----A---TGTGGATTCAG-AA-AGA--AAC-A---G----ACGACTTA-A-T--TATTAAG-AATGAACAG--AATAATT------AATTACCTTG------
gi|24 : cacaatTA-C--A--C--TT---------GTA-TG-ATCAG---TA-TTTT-T-AT-GA---AATTAA-C-CTTAT--TTTA-------------A----TAAA-G--TGT---------------T-------TAAC--TT-GTT--CAT-A--TA-TT-G--AA-TG--AA--TG-G---------CTA-TTTACggt
gi|26 : catagacatcagaatgT-G--GATTG--GC--TGTG---------CTG-TCTACA-G-G-CAA-ACTGG----AATAATATG---CCACCTGG---T---CTT------A---TG----G----------GC--CACTTTC-A-T-A--A-TTCCGT-AAGGTGC-C-T---C----TGAAA--AC-A-
gi|27 : GCAACACTGAGGTTAATAAGAGGAGGCCACCT-G---TGCGTCT------A---AC---TGTCGAGCGGACGCGACACTTTTTA-T-A--ACTTTCCT-AAGATGG-CTT---C----TG
gi|29 : GG---CAATCT-GAAAT---CCT------G---AG---TG----------GG--CACTTTC-A-A-A--ACTTCCCT-AAGGTGG-T-C---CA---TCAAA--AC-A-GGTTTAA
gi|4 : g-C-AGCAGAATTCTAAAAATG-TTG-GTAA---AAATCAG-A-A-TATTAAA---TGTGGATCCAG-AAAGAA--AAT-GGT-G----ACGAC--ACA-T--TA-CAGA-AGCAAACAGAAAACAATTA-----CA-GACTTTA------TTTTATAAAAA---------AAAA--------AAAGAGTA--A--T-AAATAA----A-TTTCT--TTTTCAAT-A-A-AACATGCACA---TGTATTATTTTTTAC--ATGGACAT-T-AGA-AT-GTA-C--A--T--ATATATATTATGTA-TG-GTCAG---TA-TTTT-T-AT-GA---AATTCA-C-CTTAT--TTTA-----CA---T-TC----TGAA-G--TGT--AAT--ATGCA-G-T-T-T-G-TAAC--TT-GTT--AAT-A--T--AT-T--AATTG--ACAGTG-G---------CTG-TTCACA-T-AGCAA-ACTGG----AATAAGAGG---CCACCT-G---T---TTTTGTTATATTTAG---TG----------GC--CACTTTC-A-T-A--ACTTCCCT-TAGGTGGCC-T---C----TTAAA--AC-A-GGTTTc
gi|5 : ATCTC--G-CAAG-ATTG-C-AACAGAATT----AAATG-TTT-GTAA---GACTCAG-A---TA----A---TGTGGATCCAG-AA-GAA--AAC-AGC-A----ACGAC--TTA-T--TG-CAGA-AACAAACAGAAAACAATTACATGTAATGACCTTG------TT-------AG---------AAGA--------GAGAAGTAC-G--T-AGGTAA--T-A-TTTCC-CTTTTAAAC-A-G-AA-A---ACA---TGA----------AC--ACA--TAT-T-ATT-T--CTC-C--A--T--AT---------GCA-TG-ATAAG---TA-TTTT---AT-GA---AATTCA-C-TTTGT--TTTA-----CT---C-TG----TGAA-G--TGT--AAG--C--CA-G-T-T-TTA-TAAC--TC-GTT--CAT-A--T--TT-G--GATTG--GC--TG-G---------CTG-TCTACA-G-GGCAA-ATTGG----AATAAGAGG---CCACCT-G---T---CTT------A---AG---TG----------GC--CACTTTC-A-C-A--ACTTCCCT-AAGGTGG-C-T---C----TGAAA--AC-A-GGTTTGA
gi|6 : TC--A-CAAG-ATTG-C-AGCAGAATT----AGATA-TTG-GTAA---GACTCAG-A-A-TA----A---TGTGGATTCAA-AAAGAA--AAC-AGC-G----ACGAC--TTA-T--TA-CAGA-AAGAAACAGAAAACAATTA-----A-TGACCTTGGTTTTTTT-------GGGGTTTTTTAAAGA--------GAGAAGTA--G--C--GATAAATT-A-ATTTC-CTTT-------------------A---TGT----------AC--ACA--TAT-T-ATT-TT-CTA-C--A--T--AT---------GTA-TG-ATAAT---TA-ATTT-T-AT-GA---AATTCA-C-TTTGT--TTTA-----CT---C-TG----TGAG-G--TG---AAG--A--CA-GTT-T-T-A-TAAC--TC-GTT--CAT-A--T--TT-G--GATTG--AC--TG-G---------CCG-TCTACA-G-GGCAA-ACTGG----AATGAGAGG---CCACCT-G---T---CTT------A---AG---TG----------AC--CACTT---A-TAA--ACTTCCCT-AAGGTGG-C-T---C----TGAAA--AC-A-GG
gi|7 : C--G-CAAG-ATTGAC-AGCAAAATT----AAATG-TTG--TAA---GACTCAG-A-A-TA----AAAATGTG-ATCCAG-AA-AAA--AACCAGC-G----ACGAC--ACAAT--TA-CAGA-AACAAATATAAAACA-TTA-----A-TGATTTT-----------------------------AA--------AAAAAGTA--G--T--GCTAA--T-A-TC----------AGC-A-T-AT-A---ACA---TGT----------AC--ACG--TAT---ATT-TT-CTAAC--A--T--AT---------GTA-T--ATCAG---TA-TTTT-A-TT-GA---AATTCA-C-CTTGT--TTTA-----AT---C-TG----TGAA-G--TGT--AAG--A--CA-G-T-T-T-A-TAAC--TC-GTT--CAT-A--T--TT-G--GATTG--AC--TG-G---------CTG-TCTACA-T-GCAAA-AATGG----AATAAGAGG---CCACCT-G---T---CTT------A---A----TG----------GC--CACTTTC-A-T-A--ACTTCCCT-AAGGTGG-C-CTTAC----TGAAA--AC-A--ATTTG
gi|8 : AG-ATTG-C-AGCAGAATT----AAATT-TTG-GTAATTAGACTCAG-A-A-TA----A---CGTGGATCCAG-AA-AGA--AAC-AGC-G----ATGAC--ACA-T--TA-CAGA-AACAAATATAAAATAATTA-----A-TGACTTT---------------------------AAAA--------AAAAA--------------------A-TTTCC-TTTTTAATC-A-ATAA-A---ACA---TGT----------AC--ACG--TAT-T-ATT-TT-CTA-C--A--T--AT---------GTA-TG-ATCAA---TA-TTTT-T-AT-GA---AATTCA-C-CTTGT--TTTA-----CT---C-TG----TGAA-G--TGT--AAG--A--CA-G-T-T-T-A-TAAC--TT-GTT--CAT-A--T--TT-G--GATTG--AC--TG-G---------CTG-TCTACA-G-GGCAA-AATGG----AATAAGAGG---GCACCT-G---T---CTT------A---TA---TG----------GT--CACTTTC-A-T-A--ACTTCCCT-AAGGTGGCC-T---C----TGAAA--AC-A-GGTTTGA
gi|9 : ATCTC--G-CAAGGATTG-C-AGCAGAATT----AAATG-T-G-GTAA--------AG-A-A-TA----A---TGTGGATACAG-AA-------------------------------------AGA-AA---ACAGAAAACAATT------AATGACCTTGTCT---TT-------AG---------A--------------------------AGATAA--TAA-TTTCC-CTTTTAAACAA-G-AA-A---ACA---TGT----------AC--ACA--TAT-T-ATT-TT-CTA-CATA--T--AT---------GTA-TG-ATAAG---TA-ATTT-T-AT-GA---AATTAA-C-TTTGT--TTTA-----TT---C-GG----TGAA-G--TGT--AAG--A--CA-G-T-T-T-A-TAAC--TC-GTTGACAT-A--T--TT-G--GATTG--AC--TT-G---------CTG-TCTACA-G-GGCAA-ACTGG----AATAAGAGG---TCACCT-A---T---CTT------A---AG---TG----------GC--
blockSeqs : . G G A . CTAA A T TTA G G . TTAAA A T . C G ACAT TT TAC T . ATTACATGT A TGGTTTTTTTGGGGTTTTTTAAAGAGAGAAGTAGCGA ATT A TC ATAAAACATGC CTT ATTATTTTTT TA GA A A A . A AT AT . ATATATTAT A T A TTA T TA . . . . TG AAACT C C ATTT C AG AC CTCA C T . AT . . . GA . AA TA . TT GC AG T TGTTATCTA T . A C GGTT AGG G AAA GCG TGTTAT TTT ACT TCGAGCGGAC GA T . A CC A C A TTA TACA AG G C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . AAAA A T . . . . . AT . . ATTA A TTAAAAAACAACAACCAAAAAGTAGACTAA TA A T ACAAGAATA . . . . . . . . . . . . . . . A . . TT . . . . . . . . . T . . TATG . . . TT . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . CT G . . . A . . . . AT . C T . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . GA . A . . . . . T . . ATTA A TATTTTATAAAAAAAAAAAAGAGTAATAAA T . C TCAATAAA . . . . . . . . . . . . . . . C . . TT . . . . . . . . . . . . GA . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . A . . . . . T . . ATTA A TGTTAGAAGAGAGAAGTACGTAGG T . C ACAAGAAA . . . . . . . . . . . . . . . A . . T . . . . . . . . . . . . GA . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . T . . ATG A TAAAAAAAGTAGTGC T . C TTATAAA . . . . . . . . . . . . . . . A . . T . . . . . . . . . . . . TA . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . T . . ATT A TGTCTTTAGAAGA T . T ACAGAGA . . . . . . . . . . . . . . . C . . T . . . . . . . . . . . . GA . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . T . . TTA A TAAAAAAAAA T . C ACAGAAA . . . . . . . . . . . . . . . A . . G . . . . . . . . . . . . GA . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . T . . ATT . T . . GCATATA . . . . . . . . . . . . . . . C . . T . . . . . . . . . . . . GC . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . . . . . T . . TG . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . T . . . . . . . . . . . . GA . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . T . . . . . . . . . . . . GA . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . A . . . . . . . . . . . . GA . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . T . . . . . . . . . . . . GA . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . T . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqCons : ** A******* ** ATTA***** C* ** *** *** GA**** ** ****
originalCons : ATCTC--G-CAAG-ATTG-C-AGCAGAATT----AAATG-TTG-GTAA---GACTCAG-A-A-TA----A---TGTGGATCCAG-AA-GAA--AAC-AGC-G----ACGAC--ACA-T--TA-CAGA-AACAAACAGAAAACAATTA-----AATGACCTTG------TT-------AG---------AAAA--------AAGAAGTA--G--T-AGATAA--T-A-TTTCC-CTTTTAAAC-A-G-AA-A---ACA---TGT----------AC--ACG--TAT-T-ATT-TT-CTA-C--A--T--AT---------GTA-TG-ATAAG---TA-TTTT-T-AT-GA---AATTCA-C-CTTGT--TTTA-----CT---C-TG----TGAA-G--TGT--AAG--A--CA-G-T-T-T-A-TAAC--TC-GTT--CAT-A--T--TT-G--GATTG--AC--TG-G---------CTG-TCTACA-G-GGCAA-ACTGG----AATAAGAGG---CCACCT-G---T---CTT------A---AG---TG----------GC--CACTTTC-A-T-A--ACTTCCCT-AAGGTGG-C-T---C----TGAAA--AC-A-GGTTTGA
finalCons : ATCTC--G-CAAG-ATTG-C-AGCAGAATT----AAATG-TTG-GTAA---GACTCAG-A-A-TAA-------TGTGGATCCAG-AA-GAA--AAC-AGC-G----ACGAC--ACA-T--TA-CAGA-AACAAACAGAAAACAATTA-----AATGACCTTG------TT-------AG---------AAAA--------AAGAAGTA--G--T-AGATAA--T-A-TTTCCC-TTTTAAAC-A-G-AA-A---ACA---TGT----------AC--ACG--TAT-T-ATT-TT-CTA-C--A--T--AT---------GTA-TG-ATAAG---TA-TTTT-T-AT-GA---AATTCA-C-CTTGT--TTTA-----CT---C-TG----TGAA-G--TGT--AAGA----CA-G-T-T-T-A-TAAC--TC-GTT--CAT-A--T--TT-G--GATTG--AC--TG-G---------CTG-TCTACA-G-GGCAA-ACTGG----AATAAGAGG---CCACCT-G---T---CTT------A---AG---TG----------GC--CACTTTC-A-T-A--ACTTCCCT-AAGGTGG-C-T---C----TGAAA--AC-A-GGTTTGA
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTCGCATGATCAAAAACTCGCAGATTTTAGATGTCTGGATCGGGATCCTATCAAGAAGTGAAAGTGAAACTTGTTTTTATTACCAAGAAAATATTGTTGTTTATCTTTTTGTATGCTTTGAAACGAATTTGAAGCATGTATTTTCATTACGAAGAAACTCTTACCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTTTATAGGGATACATTATGTTTCATTCATTGCATTAAAAAATTTGCTAACAAGAAGTGTGTTTTTGACGTGAGCGTATCACAGTAGTAATGCGCGGAT
Unaligned ( gi|10 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGAAACTATTGTTTATCTTTTTGTACGCTTGAAACGAAATTGAAGCATGTATTTTATTACGAAAGATTCTT
Unaligned ( gi|16 ): ACTCAAACCTCTCCTAGCGGTCACCTGGAATCAGCGGCCACTCCTGACCATCGGTCACTCTCAATTCCCCCCGATGATTTTCACTATATATTTGCACTGGAATAAACGGCCACCCGTGTAGCGCAGCCAGCAGCCACTCAAAACCTTACCCAACACGTTAATTACACTGTAATAGACGGCCATT
Unaligned ( gi|25 ): CTGAAAACAGGTTTGACTGTATAGTATTTTACTTTTGAAAGAAATCTTATTGAGATGAGTCATCATAAAAGATCTCTCTATTATCAGCACAACTGGAA
Unaligned ( gi|28 ): TTTGATTAGGGATACATTTTGTTTCATTCAATGCATTAAAACATTGTTTGCTAAAAATAAGTGTTGTTTTGACGTGA
Unaligned ( gi|30 ): TGTTTATCTTTTTGTATGCTTGAAACTAATTTGAAGCAGGTATTTTTATTACGAAGAAACTCTTACCTA
Unaligned ( gi|31 ): AAAGGTCACCCTTAAAAGGTCACTTTTTGTACTTCTCAAAAGTGACTGCTTAATACAAGTTTGACTGT
Unaligned ( gi|32 ): ATTTTTTTAAGTATGTTGAAAAAAAAATTGAAGCATGTATTTTAATTACGAAGAAACTCTTCT
Unaligned ( gi|33 ): TCAAAACCTTGCCCAACAAGTTAATTACACTGTAATAGACGGC
Alignments
lowQualScore : 11111111 1 1 111111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 11111111111111 1111111111 111111111 1111111111 1 1111
lowQualScore : 66 4 4 3 3 7777 3 3 555 3 3 3 00000000 0 3 44 3 3 7777 44 5555 3 3 777777777 4 0 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5555 7 00 55555555555555 666 5555555555 55 44 3 3 3 3 3 44 44 33 111111111 2 2 2 444 2 777 2 444 2 2 33 66666 666 2 5555 5 33 33 777777 2 2 2 666 2 33 2 33 2 33 55 2 33 33 33 2 999999999 2 2 2 2 5555 333 2 666 666 666666 333 333 1111111111 33 2 2 2 66 2 2 5 444 2222 33 2 2
lowQualScore : .. . . . . .... . . ... . . . ........ . . .. . . .... .. .... . . ......... . . .......................................................... .... . .. .............. ... .......... .. .. . . . . . .. .. .. ......... . . . ... . ... . ... . . .. ..... ... . .... . .. .. ...... . . . ... . .. . .. . .. .. . .. .. .. . ......... . . . . .... ... . ... ... ...... ... ... .......... .. . . . .. . . . ... .... .. . .
lowQualScore : 11 4 0 3 3 1111 3 3 888 3 3 3 55555555 0 3 66 3 3 1111 66 0000 3 3 777777777 4 4 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0000 3 22 99999999999999 444 9999999999 00 66 3 3 3 3 1 22 22 99 444444444 9 9 2 444 5 888 5 444 5 5 44 22222 999 5 7777 3 77 77 555555 7 7 5 222 5 44 5 44 5 44 99 4 22 22 22 4 444444444 4 5 5 4 0000 999 2 999 111 444444 999 999 9999999999 11 5 5 5 99 5 5 0 444 2222 77 7 7
consensus : ATCTC--G-CAAG-ATTG-C-AGCAGAATT----AAATG-TTG-GTAA---GACTCAG-A-A-TA----A---TGTGGATCCAG-AA-GAA--AAC-AGC-G----ACGAC--ACA-T--TA-CAGA-AACAAACAGAAAACAATTA-----AATGACCTTG------TT-------AG---------AAAA--------AAGAAGTA--G--T-AGATAA--T-A-TTTCC-CTTTTAAAC-A-G-AA-A---ACA---TGT----------AC--ACG--TAT-T-ATT-TT-CTA-C--A--T--AT---------GTA-TG-ATAAG---TA-TTTT-T-AT-GA---AATTCA-C-CTTGT--TTTA-----CT---C-TG----TGAA-G--TGT--AAG--A--CA-G-T-T-T-A-TAAC--TC-GTT--CAT-A--T--TT-G--GATTG--AC--TG-G---------CTG-TCTACA-G-GGCAA-ACTGG----AATAAGAGG---CCACCT-G---T---CTT------A---AG---TG----------GC--CACTTTC-A-T-A--ACTTCCCT-AAGGTGG-C-T---C----TGAAA--AC-A-GGTTTGA
Reference ( family-974 ) : ATCTC--G-CAAG-ATTG-C-AGCAGAATT----AAATG-TTG-GTAA---GACTCAG-A-A-TA----A---TGTGGATCCAG-AA-GAA--AAC-AGC-G----ACGAC--ACA-T--TA-CAGA-AACAAACAGAAAACAATTA-----AATGACCTTG------TT-------AG---------AAAA--------AAGAAGTA--G--T-AGATAA--T-A-TTTCC-CTTTTAAAC-A-G-AA-A---ACA---TGT----------AC--ACG--TAT-T-ATT-TT-CTA-C--A--T--AT---------GTA-TG-ATAAG---TA-TTTT-T-AT-GA---AATTCA-C-CTTGT--TTTA-----CT---C-TG----TGAA-G--TGT--AAG--A--CA-G-T-T-T-A-TAAC--TC-GTT--CAT-A--T--TT-G--GATTG--AC--TG-G---------CTG-TCTACA-G-GGCAA-ACTGG----AATAAGAGG---CCACCT-G---T---CTT------A---AG---TG----------GC--CACTTTC-A-T-A--ACTTCCCT-AAGGTGG-C-T---C----TGAAA--AC-A-GGTTTGA
gi|1 : ATCTCCAG-CAAG-ATTG-CAAGCA-AATT----TAATG-TTT-GT-A---GACTCAG-A-ACT---------TGTGG-TTCAGAAA-GAAACAAC-AGC-G----AGGAC--ACA-T--TA-CAGATCACAAA
gi|1 : aaacatcgtctgtttatttttctgtactaagctatattaagcttgaaacaaagaagcatgtatttttcagatacaagaactcttatctattctttagtacacgtgagacattactttataaggtatttagagaattattaccatggcaggtgcttataatttacaagtatattcctatgctccaattaaagtcgtaactaattggcaagcttacccgtcggcaagtgtttttttttattgcattaacatttttttgcgtaaagaactgttgttttggcgtgatgtaatcaccagtaataatgtcggaataactcatctacaatggttctagctcatcaatttagctggaagacagaccgttttctaaaaaaataaaaaaacatgagtcttaaaattcatattgagacattggaaaggtat--TAT-T-ATT-TTTCTA-C--A--CTCAT----------TA-TG-A--AG----A-TGCT-T-ATTGATTGAATTCAACACTTGT--ATGA-----CTGTAC-TG----TGA--G--T-T--AA------CA-G-TGT-T-AGTAACAGTCTGTT--CATTA--T--TTTG--GAT-G--AC--TG-G---------TTG-TCTACAGG-GGCAA-ACTGG----AATAAGAGG---CCA-CT-C---T---CTT------A---TG---TG--------------CACTTTC-ATT-A--ATTCCCCC-TAGGTCC-T-T---CGTG-TAAGA--AC-A-GTTTTGttttaatttaataaacatcgatcaatattatttttctacactcattatgaagatgcttattgattgaattcaacacttgtatgactgtactgtgagttaacagtgttagtaacagtctgttcattattttggatgactggttgtctacaggggcaaactggaataagaggccactctcttatgtgcactttcattaattccccctaggtccttcgtgtaagaacagttttg
gi|11 : aaacatcgtctgtttatttttctgtactaagctatattaagcttgaaacaaagaagcatgtatttttcagatacaagaactcttatctattctttagtacacgtgagacattactttataaggtatttagagaattattaccatggcaggtgcttataatttacaagtatattcctatgctccaattaaagtcgtaactaattggcaagcttacccgtcggcaagtgtttttttttattgcattaacatttttttgcgtaaagaactgttgttttggcgtgatgtaatcaccagtaataatgtcggaataactcatctacaatggttctagctcatcaatttagctggaagacagaccgttttctaaaaaaataaaaaaacatgagtcttaaaattcatattgagacattggaaaggtatatctccagcaagattgcaagcaaatttaatgtttgtagactcagaacttgtggttcagaaagaaacaacagcgaggacacattacagatcacaaattttaatttaataaacatcgatcaa--T-A-TTTCC--TTTTAAAT-T-A-AA-A---ACA---TGT----------AC--ACG--TAT-T-ATT-TT-CTA-C--A--T--AT---------GTA-TG-ATAAG---TA-TTTT-T-AT-GA---A-TTCA-C-TTGGT--TTTA-----CT---C-GG----TGAA-G--TGT--AAG--A--TA-G-T-T-----------------------A--T--TT-G--GATTG--AC--TG-GTGTTATCTACTG-TCTTCT-G-GGCAA-ACTGG----AATAAGAGG---TCACCT-G---T---CCT------A---AG---TG----------GC--CACTGTC-A-T-A--ACTTCCTT-AAGGTGG-C-T---C----TGAAA--AC-A-GGTTTG
gi|12 : AA--T-A-TTTCCTCTTTTAAAC-AAG-AATA---ACACTTTGT----------ACTAACA--CATAT-ATT-TT-CTA-C--A--T--AA---------GTAATATATAAG---TA-TTTT---AT-GA---AAATCA-C-TTTGG--TTTAAAACTCT---C-TGATTTTAAACG--TGTACAAG--A--CA-G-T-TAT-A-AAAC--TC-GTT--CCC-A--TTATT-G--GATT-------CG-G---------CTC-TC-ACA-GAGGCAA-ACTGG----AAT-AGAGC---CAACCT-GCT-C---CTT------A---AGACTTG----------GC--CACTg
gi|13 : aATCTT--G-CAAG-ATTG-C-AGCAGTATC----AAATG-TTG-GTAT---GACTCAG-A-A-TT----A---TGGGCATTCAGAAA-GAA--AAC-AGC-G----ACGAC--ACA-T--TA-CAGA-AACAAGCATAAAAC----------AATGACTT----------------------------AAAA--------AAG--GTA--G-----GCTCA--T-G-T--------------------------ACA---TGT----------TC-----------T-ATT-TT-ATA-C--A--T--AT---------GTA-TG-ATCAG---TA-TTTT-TAAT-GA---AATTCA-C-CTTGA--TTTA-----CT---C-
gi|14 : ttgaaaggtatTAA--T-AATTTCG-TTTTTAATT-A-T-AA-A---ACA---TGT----------AC--ACG--TAT-T-ATT-TT-CTA-C--A--T--AT---------GTA-TG-ATAAG---TATTTTT-T-AT-G----AATTCA-C-TTTGT--TTTA-----CT---C-GG----TGAATG--TGT--AAA------A-G---T-C-A-CAAT--TC----------------TG-G--GA--A--AC--TG-G----------------A-A-A-AGC-A-CCTGT----CCTAAG-TG---CCA-CT-G---T---CAT------A-------------------------ACTTCC-A-T-----------T-AA-GTGC-C-T---C----TGAAA--AC-ACGGTTTGag
gi|15 : gcTAAG---TA-TTTT-TTAT-GA---AATTCA-C-CTA----TTTA-----CT---CCTG----TAAA-GAGTGT--TACTCA--CA---T-T-T-A-TAAC--TC-GTT--CAT-AAAT--TT-G--GATTGGCAC--TG-----------CTG-T-TACA-G-GGCAA-ACTGA----AATAGAA-----CCACCT-G---T---CTT------T---AA---TG----------GT--CACTTTC-A-T-ACCACTGTCCTAAAAGTGA-A-C---CTACATGAAAAGACGA-GGTTTGg
gi|17 : tc--AT---------GTA-TG-ATCAG---TA-TTTTTT-AT-GA---AATTCA-C-CTTAT--TTTA-----CT---C-TG----TAAA-G--TGT--TAT--A--CA-G-T-T-T-A-TAAC--TC-GTT--CAT-A--T--TT-G--GATTG--AC--TG-G---------CTG-TTTACA-G-GGCAA-ACTGA----AATAAGAGG---CCACCT-G---T---CTT------A---AG---TG----------GT--CACTTTC-A-T-A--ACTTCCCT-AAGGTGGCC-T---C----TGAAA--AC-A-GGTTTtgac
gi|18 : ---TA-TTTT-T-AT-GA---AATTCA-C-CTTGT--TTTA-----CT---C-GG----TGAA-G--TGT--AAG--A--TA-G-T-T-----------------------A--T--TT-G--GATTG--AC--TG-G---------CTG-TCTTCT-G-GGCAA-ACTGG----AATAAGAGG---TCACCT-G---T---CCT------A---AG---TG----------GC--CACTGTC-A-T-A--ACTTCCTT-AAGGTGGCC-T---C----TGAAA--AC-A-GGTTTG
gi|19 : ATCTT--G-CAAG-ATTG-C-AGCAGAATT----AAATG-TTG-GTAA---GACTCCG-C-A-TA----A---TGTGGATCCAGAAA-GAA--AAC-AGC-GACATACGCC--ACA-T--TG-CAGA-AACAAAC--AAAAC----------AATGAC----------TT-------AA---------AAAACAACAACCAAAAAGTA--GACT-A-ATAA--T-g
gi|2 : ttgaaaggtatG---------AAGG--------AAGAAGTACAG--TTAGATAA--T-AATTTCC-CTTTTAAAC-A-G-AG-A---ACA---TGT----------AA--TCA--TCT-TAATTATT-CTA-C--AATT--AT----------TA-TG-A-AAGTTATA-TTTT-G-AT-GA---AATTCA---CTTGTTGTTTA-----CTC--C-TG-----GAA-G--T-T--GAG--A--CACG-T-T-A-A-TAAC-------T--CAT-G--T--TT-GTTGATTG--TA--TG-G---------CCGTTCTACA-G-GGGCA-ACTGG----AATAAGAGG---CCA-CT-G---TG--CT-----------AG---TGA---------GC--CACTTTC-T-T-AATACTTCCTT-AGAGTGG-CAT---C----TGAAA--AC-A-GGTT
gi|20 : agcattattttcattacgaagaaaacatttacctattcctgttatgacatctgaacatgctcataaggtatttaaagaattatcaactaggtgtttatccttgtcttatcacatacgtcgatctaaatccggagcttcatggcaatttttttattttttttaatagggatactttttttcatcagtgcattaaacactttctttttgttaaaacaagtgttgtatcttgattggcgtccacagttaattgcacgatacatccttaattgttttggactcatcaatttagctgagaccaacctttaaaaaaacccttgtttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATCTT--GGCAAG-ATTG-C-AGCAGAATT----AAATG-TTG-ATAA---GACTCAG-A-A-TA----G---TGTGGATCCAG-AATGAA--AAC-AGC-G----A-GAC--ACA----TA-CAGA-AACAAACAGAAATTAA-TG-----AATTACCT--------TT-------AA---------AAAA--------AA
gi|21 : gt--G-CAA--ATTG-C-AGCAGACTT----AAAT--TTGTATAA---AA-TCAG-AGA-TAG---A---TGC-GATCCAG-AATGAA--AAC-AGCGG----ACGAC--ACA-TACCA-CAGA-ACAAAACAGAAATTA--TG-----AAT-ACCTTT------AT-------AG---------AAAA--------ATGAAGag
gi|22 : -T-T-A-TAAC--TC-GTT--CAT-A--T--TT-G--GATTG--AC--TG-G---------CTG-TCTACA-G-GGTAA-ACTGG----AATAAAAGG---CCACCT-G---T---CTT------A---AG---TG----------GC--CACTTTC-A-T-A--ACTTCCCT-AAGGTGGCC-T---C----TGAAA--AC-A-GGTTTGA
gi|23 : cTTG-C-AGCAGAATT----AAATGATTG-GTAA---GACTCAGGA-A-TA----A---TGTGGATTCAG-AA-AGA--AAC-A---G----ACGACTTA-A-T--TATTAAG-AATGAACAG--AATAATT------AATTACCTTG------
gi|24 : cacaatTA-C--A--C--TT---------GTA-TG-ATCAG---TA-TTTT-T-AT-GA---AATTAA-C-CTTAT--TTTA-------------A----TAAA-G--TGT---------------T-------TAAC--TT-GTT--CAT-A--TA-TT-G--AA-TG--AA--TG-G---------CTA-TTTACggt
gi|26 : catagacatcagaatgT-G--GATTG--GC--TGTG---------CTG-TCTACA-G-G-CAA-ACTGG----AATAATATG---CCACCTGG---T---CTT------A---TG----G----------GC--CACTTTC-A-T-A--A-TTCCGT-AAGGTGC-C-T---C----TGAAA--AC-A-
gi|27 : GCAACACTGAGGTTAATAAGAGGAGGCCACCT-G---TGCGTCT------A---AC---TGTCGAGCGGACGCGACACTTTTTA-T-A--ACTTTCCT-AAGATGG-CTT---C----TG
gi|29 : GG---CAATCT-GAAAT---CCT------G---AG---TG----------GG--CACTTTC-A-A-A--ACTTCCCT-AAGGTGG-T-C---CA---TCAAA--AC-A-GGTTTAA
gi|4 : g-C-AGCAGAATTCTAAAAATG-TTG-GTAA---AAATCAG-A-A-TATTAAA---TGTGGATCCAG-AAAGAA--AAT-GGT-G----ACGAC--ACA-T--TA-CAGA-AGCAAACAGAAAACAATTA-----CA-GACTTTA------TTTTATAAAAA---------AAAA--------AAAGAGTA--A--T-AAATAA----A-TTTCT--TTTTCAAT-A-A-AACATGCACA---TGTATTATTTTTTAC--ATGGACAT-T-AGA-AT-GTA-C--A--T--ATATATATTATGTA-TG-GTCAG---TA-TTTT-T-AT-GA---AATTCA-C-CTTAT--TTTA-----CA---T-TC----TGAA-G--TGT--AAT--ATGCA-G-T-T-T-G-TAAC--TT-GTT--AAT-A--T--AT-T--AATTG--ACAGTG-G---------CTG-TTCACA-T-AGCAA-ACTGG----AATAAGAGG---CCACCT-G---T---TTTTGTTATATTTAG---TG----------GC--CACTTTC-A-T-A--ACTTCCCT-TAGGTGGCC-T---C----TTAAA--AC-A-GGTTTc
gi|5 : ATCTC--G-CAAG-ATTG-C-AACAGAATT----AAATG-TTT-GTAA---GACTCAG-A---TA----A---TGTGGATCCAG-AA-GAA--AAC-AGC-A----ACGAC--TTA-T--TG-CAGA-AACAAACAGAAAACAATTACATGTAATGACCTTG------TT-------AG---------AAGA--------GAGAAGTAC-G--T-AGGTAA--T-A-TTTCC-CTTTTAAAC-A-G-AA-A---ACA---TGA----------AC--ACA--TAT-T-ATT-T--CTC-C--A--T--AT---------GCA-TG-ATAAG---TA-TTTT---AT-GA---AATTCA-C-TTTGT--TTTA-----CT---C-TG----TGAA-G--TGT--AAG--C--CA-G-T-T-TTA-TAAC--TC-GTT--CAT-A--T--TT-G--GATTG--GC--TG-G---------CTG-TCTACA-G-GGCAA-ATTGG----AATAAGAGG---CCACCT-G---T---CTT------A---AG---TG----------GC--CACTTTC-A-C-A--ACTTCCCT-AAGGTGG-C-T---C----TGAAA--AC-A-GGTTTGA
gi|6 : TC--A-CAAG-ATTG-C-AGCAGAATT----AGATA-TTG-GTAA---GACTCAG-A-A-TA----A---TGTGGATTCAA-AAAGAA--AAC-AGC-G----ACGAC--TTA-T--TA-CAGA-AAGAAACAGAAAACAATTA-----A-TGACCTTGGTTTTTTT-------GGGGTTTTTTAAAGA--------GAGAAGTA--G--C--GATAAATT-A-ATTTC-CTTT-------------------A---TGT----------AC--ACA--TAT-T-ATT-TT-CTA-C--A--T--AT---------GTA-TG-ATAAT---TA-ATTT-T-AT-GA---AATTCA-C-TTTGT--TTTA-----CT---C-TG----TGAG-G--TG---AAG--A--CA-GTT-T-T-A-TAAC--TC-GTT--CAT-A--T--TT-G--GATTG--AC--TG-G---------CCG-TCTACA-G-GGCAA-ACTGG----AATGAGAGG---CCACCT-G---T---CTT------A---AG---TG----------AC--CACTT---A-TAA--ACTTCCCT-AAGGTGG-C-T---C----TGAAA--AC-A-GG
gi|7 : C--G-CAAG-ATTGAC-AGCAAAATT----AAATG-TTG--TAA---GACTCAG-A-A-TA----AAAATGTG-ATCCAG-AA-AAA--AACCAGC-G----ACGAC--ACAAT--TA-CAGA-AACAAATATAAAACA-TTA-----A-TGATTTT-----------------------------AA--------AAAAAGTA--G--T--GCTAA--T-A-TC----------AGC-A-T-AT-A---ACA---TGT----------AC--ACG--TAT---ATT-TT-CTAAC--A--T--AT---------GTA-T--ATCAG---TA-TTTT-A-TT-GA---AATTCA-C-CTTGT--TTTA-----AT---C-TG----TGAA-G--TGT--AAG--A--CA-G-T-T-T-A-TAAC--TC-GTT--CAT-A--T--TT-G--GATTG--AC--TG-G---------CTG-TCTACA-T-GCAAA-AATGG----AATAAGAGG---CCACCT-G---T---CTT------A---A----TG----------GC--CACTTTC-A-T-A--ACTTCCCT-AAGGTGG-C-CTTAC----TGAAA--AC-A--ATTTG
gi|8 : AG-ATTG-C-AGCAGAATT----AAATT-TTG-GTAATTAGACTCAG-A-A-TA----A---CGTGGATCCAG-AA-AGA--AAC-AGC-G----ATGAC--ACA-T--TA-CAGA-AACAAATATAAAATAATTA-----A-TGACTTT---------------------------AAAA--------AAAAA--------------------A-TTTCC-TTTTTAATC-A-ATAA-A---ACA---TGT----------AC--ACG--TAT-T-ATT-TT-CTA-C--A--T--AT---------GTA-TG-ATCAA---TA-TTTT-T-AT-GA---AATTCA-C-CTTGT--TTTA-----CT---C-TG----TGAA-G--TGT--AAG--A--CA-G-T-T-T-A-TAAC--TT-GTT--CAT-A--T--TT-G--GATTG--AC--TG-G---------CTG-TCTACA-G-GGCAA-AATGG----AATAAGAGG---GCACCT-G---T---CTT------A---TA---TG----------GT--CACTTTC-A-T-A--ACTTCCCT-AAGGTGGCC-T---C----TGAAA--AC-A-GGTTTGA
gi|9 : ATCTC--G-CAAGGATTG-C-AGCAGAATT----AAATG-T-G-GTAA--------AG-A-A-TA----A---TGTGGATACAG-AA-------------------------------------AGA-AA---ACAGAAAACAATT------AATGACCTTGTCT---TT-------AG---------A--------------------------AGATAA--TAA-TTTCC-CTTTTAAACAA-G-AA-A---ACA---TGT----------AC--ACA--TAT-T-ATT-TT-CTA-CATA--T--AT---------GTA-TG-ATAAG---TA-ATTT-T-AT-GA---AATTAA-C-TTTGT--TTTA-----TT---C-GG----TGAA-G--TGT--AAG--A--CA-G-T-T-T-A-TAAC--TC-GTTGACAT-A--T--TT-G--GATTG--AC--TT-G---------CTG-TCTACA-G-GGCAA-ACTGG----AATAAGAGG---TCACCT-A---T---CTT------A---AG---TG----------GC--
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTCGCATGATCAAAAACTCGCAGATTTTAGATGTCTGGATCGGGATCCTATCAAGAAGTGAAAGTGAAACTTGTTTTTATTACCAAGAAAATATTGTTGTTTATCTTTTTGTATGCTTTGAAACGAATTTGAAGCATGTATTTTCATTACGAAGAAACTCTTACCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTTTATAGGGATACATTATGTTTCATTCATTGCATTAAAAAATTTGCTAACAAGAAGTGTGTTTTTGACGTGAGCGTATCACAGTAGTAATGCGCGGAT
Unaligned ( gi|10 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGAAACTATTGTTTATCTTTTTGTACGCTTGAAACGAAATTGAAGCATGTATTTTATTACGAAAGATTCTT
Unaligned ( gi|16 ): ACTCAAACCTCTCCTAGCGGTCACCTGGAATCAGCGGCCACTCCTGACCATCGGTCACTCTCAATTCCCCCCGATGATTTTCACTATATATTTGCACTGGAATAAACGGCCACCCGTGTAGCGCAGCCAGCAGCCACTCAAAACCTTACCCAACACGTTAATTACACTGTAATAGACGGCCATT
Unaligned ( gi|25 ): CTGAAAACAGGTTTGACTGTATAGTATTTTACTTTTGAAAGAAATCTTATTGAGATGAGTCATCATAAAAGATCTCTCTATTATCAGCACAACTGGAA
Unaligned ( gi|28 ): TTTGATTAGGGATACATTTTGTTTCATTCAATGCATTAAAACATTGTTTGCTAAAAATAAGTGTTGTTTTGACGTGA
Unaligned ( gi|30 ): TGTTTATCTTTTTGTATGCTTGAAACTAATTTGAAGCAGGTATTTTTATTACGAAGAAACTCTTACCTA
Unaligned ( gi|31 ): AAAGGTCACCCTTAAAAGGTCACTTTTTGTACTTCTCAAAAGTGACTGCTTAATACAAGTTTGACTGT
Unaligned ( gi|32 ): ATTTTTTTAAGTATGTTGAAAAAAAAATTGAAGCATGTATTTTAATTACGAAGAAACTCTTCT
Unaligned ( gi|33 ): TCAAAACCTTGCCCAACAAGTTAATTACACTGTAATAGACGGC